'n Nuwe tipe Gram-negatiewe, aërobiese, sout-verdraagsame, aktiewe, staafvormige en roofsugtige bakterieë ASxL5T is uit 'n beesmisdam in Nottinghamshire, Engeland, geïsoleer en Campylobacter as sy prooi gebruik. Daarna is ander Campylobacter-spesies en lede van die Enterobacteriaceae-familie as prooi ontdek. Na subkultuur sonder gasheerselle, is swak aseptiese groei op Brain Heart Infusion Agar verkry. Die optimale groeitoestande is 37 °C en pH is 7. Transmissie-elektronmikroskopie het 'n paar baie ongewone morfologiese kenmerke wat verband hou met die beskikbaarheid van prooi aan die lig gebring. Filogenetiese analise met behulp van die 16S rRNA geenvolgorde het aangedui dat die isolaat verwant is aan 'n lid van die Mariene Spirulina familie, maar kan nie duidelik geklassifiseer word as 'n lid van enige bekende genus nie. Heelgenoomvolgordebepaling van ASxL5T het die verwantskap met lede van die mariene spirochetes bevestig. 'n Databasissoektog het aan die lig gebring dat verskeie ASxL5T's 16S rRNA-geenvolgordes deel met verskeie ongekultiveerde bakterieë van die see, landoppervlak en grondwater. Ons stel voor dat die stam ASxL5T 'n nuwe spesie in 'n nuwe genus verteenwoordig. Ons beveel die naam Venatorbacter cucullus gen aan. November, sp. In November is ASxL5T as die tipe stam gebruik.
Roofbakterieë is bakterieë wat die vermoë toon om ander lewende bakterieë te jag en dood te maak om biosintetiese materiale en energie te verkry. Dit is anders as die algemene herwinning van voedingstowwe uit dooie mikroörganismes, en dit verskil ook van parasitiese interaksies, waarin bakterieë 'n noue verhouding met hul gasheer vorm sonder om hulle dood te maak. Roofbakterieë het verskillende lewensiklusse ontwikkel om voordeel te trek uit oorvloedige voedselbronne in die nisse waar hulle gevind word (soos mariene habitats). Hulle is 'n taksonomies diverse groep, wat slegs verbind word deur hul unieke sterilisasie lewensiklus1. Voorbeelde van roofbakterieë is in verskeie verskillende filums gevind, insluitend: Proteobakterieë, Bacteroides en Chlorella.3. Die mees goed bestudeerde roofbakterieë is egter die Bdellovibrio- en Bdellovibrio-en-agtige organismes (BALOs4). Roofbakterieë is 'n belowende bron van nuwe biologies aktiewe verbindings en antibakteriese middels5.
Daar word geglo dat roofbakterieë mikrobiese diversiteit verbeter en 'n positiewe impak op ekosisteemgesondheid, produktiwiteit en stabiliteit het6. Ten spyte van hierdie positiewe eienskappe, is daar min studies oor nuwe roofbakterieë as gevolg van die moeilikheid om bakterieë te kweek en die behoefte om selinteraksies noukeurig waar te neem om hul komplekse lewensiklusse te verstaan. Hierdie inligting is nie maklik om uit rekenaarontleding te verkry nie.
In 'n era van toenemende antimikrobiese weerstand, word nuwe strategieë vir die teiken van bakteriële patogene bestudeer, soos die gebruik van bakteriofage en roofbakterieë7,8. ASxL5T-bakterieë is in 2019 geïsoleer met behulp van faag-isolasietegnologie uit beesmis wat by die Suiwelsentrum van die Universiteit van Nottingham, Nottinghamshire, versamel is. Die doel van die ondersoek is om organismes met potensiaal as biologiese beheermiddels te isoleer. Campylobacter hyointestinalis is 'n soönotiese patogeen wat toenemend met menslike dermsiektes geassosieer word10. Dit is alomteenwoordig in serum en word as 'n teikengasheer gebruik.
Die ASxL5T-bakterie is uit beesvleisjellie geïsoleer omdat daar waargeneem is dat die plate wat dit op die grasperk van C. hyointestinalis gevorm het, soortgelyk was aan dié wat deur bakteriofage geproduseer word. Dit is 'n onverwagte bevinding, want 'n deel van die fage-isolasieproses behels die filtrasie deur 'n 0,2 µm-filter, wat ontwerp is om bakteriële selle te verwyder. Mikroskopiese ondersoek van die materiaal wat uit die gedenkplaat onttrek is, het aan die lig gebring dat die klein gram-negatiewe geboë staafvormige bakterieë nie polihidroksibutiraat (PHB) ophoop nie. Die aseptiese kultuur onafhanklik van prooiselle word gerealiseer op ryk vaste medium (soos breinhartinfusie-agar (BHI) en bloedagar (BA)), en die groei daarvan is swak. Dit word verkry nadat subkultuur met swaar inokulum verbeter. Dit groei ewe goed onder mikro-aërobiese (7% v/v suurstof) en atmosferiese suurstoftoestande, maar nie in 'n anaërobiese atmosfeer nie. Na 72 uur was die deursnee van die kolonie baie klein en bereik 2 mm, en dit was beige, deurskynend, rond, konveks en blink. Standaard biochemiese toetsing word belemmer omdat ASxL5T nie betroubaar in vloeibare media gekweek kan word nie, wat daarop dui dat dit op die komplekse lewensiklus van biofilmvorming kan staatmaak. Die plaatsuspensie het egter gewys dat ASxL5T aërobies is, positief is vir oksidase en katalase, en 5% NaCl kan verdra. ASxL5T is bestand teen 10 µg streptomisien, maar is sensitief vir alle ander antibiotika wat getoets word. Die ASxL5T bakteriese selle is deur TEM ondersoek (Figuur 1). As dit sonder prooiselle op die BA gegroei word, is ASxL5T-selle klein Campylobacter, met 'n gemiddelde lengte van 1.63 μm (± 0.4), 'n breedte van 0.37 μm (± 0.08), en 'n enkele lang (tot 5 μm) paal. Seksuele flagella. Ongeveer 1,6% van die selle blyk 'n breedte van minder as 0,2 μm te hê, wat deur die filtertoestel sal toelaat. 'n Ongewone strukturele uitbreiding is op die bokant van sommige selle waargeneem, soortgelyk aan 'n kuip (Latynse cucullus) (sien die pyle in 1D, E, G). Dit blyk te wees saamgestel uit oortollige buitenste membraan, wat kan wees as gevolg van die vinnige vermindering in die grootte van die periplasmiese omhulsel, terwyl die buitenste membraan ongeskonde bly, wat 'n "los" voorkoms toon. Om ASxL5T in die afwesigheid van voedingstowwe (in PBS) vir 'n lang tyd by 4°C te kweek, het daartoe gelei dat die meeste (maar nie alle nie) selle 'n kokale morfologie toon (Figuur 1C). Wanneer ASxL5T vir 48 uur met Campylobacter jejuni as prooi groei, is die gemiddelde selgrootte aansienlik langer en smaller as selle wat sonder 'n gasheer gegroei het (Tabel 1 en Figuur 1E). Daarteenoor, wanneer ASxL5T vir 48 uur met E. coli as prooi groei, is die gemiddelde selgrootte langer en wyer as wanneer dit sonder prooi groei (Tabel 1), en die sellengte is veranderlik, wat gewoonlik filamentagtig vertoon (Figuur 1F). As dit vir 48 uur met Campylobacter jejuni of E. coli as prooi geïnkubeer is, het ASxL5T-selle glad geen flagella getoon nie. Tabel 1 som die waarnemings van veranderinge in selgrootte op gebaseer op die teenwoordigheid, afwesigheid en prooi tipe van ASxL5T.
TEM-vertoning van ASx5LT: (A) ASx5LT wys lang sweep; (B) tipiese ASx5LT-battery; (C) kokke ASx5LT-selle na lang inkubasie sonder voedingstowwe; (D) 'n groep ASx5LT selle toon abnormaliteit (E) ASx5LT selgroep geïnkubeer met Campylobacter prooi het verhoogde sel lengte getoon in vergelyking met dié sonder prooi groei (D) het ook apikale struktuur getoon; (F) Groot filamentagtige flagella, ASx5LT selle, na inkubasie met E. coli prooi; (G) 'n Enkele ASx5LT-sel na inkubasie met E. coli, wat 'n ongewone topstruktuur toon. Die staaf stel 1 μm voor.
Die bepaling van die 16S rRNA-geenvolgorde (toegangsnommer MT636545.1) stel databasissoektogte in staat om reekse soortgelyk aan dié in die Gammaproteobacteria-klas vas te stel, en is die naaste aan mariene bakterieë in die mariene spirillum-familie (Figuur 2), en is lede van die Thalassolituus genus Die naaste familielid aan Marine Bacillus. Die 16S rRNA-geenvolgorde verskil duidelik van die roofbakterieë wat aan die Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) familie behoort. Die paarsgewyse vergelykings van B. bacteriovorus HD100T (tipe stam, DSM 50701) en B. bacteriovorus DM11A was 48.4% en 47.7%, en vir B. exovorus JSS was dit 46.7%. ASxL5T bakterieë het 3 kopieë van die 16S rRNA geen, waarvan twee identies aan mekaar is, en die derde is 3 basisse uitmekaar. Twee ander predatoriese bakteriële isolate (ASx5S en ASx5O; 16S rRNA geentoetredingsnommers is onderskeidelik MT636546.1 en MT636547.1) met soortgelyke morfologiese en fenotipiese kenmerke van dieselfde plek is nie dieselfde nie, maar hulle verskil van ASxL5T en onkultureel databasisreekse word saam met ander genera gegroepeer in Oceanospirillaceae (Figuur 2). Die hele genoomvolgorde van ASxL5T is bepaal en gestoor in die NCBI databasis, en die toegangsnommer is CP046056. Die genoom van ASxL5T bestaan ​​uit 'n sirkelvormige chromosoom van 2,831,152 bp met 'n G + C-verhouding van 56,1%. Die genoomvolgorde bevat 2653 CDS (totaal), waarvan 2567 voorspel word om proteïene te kodeer, waarvan 1596 as vermeende funksies toegeken kan word (60,2%). Die genoom bevat 67 RNA-koderende gene, insluitend 9 rRNA's (3 elk vir 5S, 16S en 23S) en 57 tRNA's. Die genomiese kenmerke van ASxL5T is vergelyk met die beskikbare genome van stamme van die naaste relatiewe tipe wat vanaf die 16S rRNA geenvolgorde geïdentifiseer is (Tabel 2). Gebruik aminosuuridentiteit (AAI) om alle beskikbare Thalassolituus-genome met ASxL5T te vergelyk. Die naaste beskikbare (onvolledige) genoomvolgorde wat deur AAI bepaal word, is Thalassolituus sp. C2-1 (voeg NZ_VNIL01000001 by). Hierdie stam is geïsoleer uit die diepsee sedimente van die Mariana-sloot, maar daar is tans geen fenotipiese inligting oor hierdie stam vir vergelyking nie. In vergelyking met ASxL5T se 2,82 Mb, is die organisme se genoom groter op 4,36 Mb. Die gemiddelde genoomgrootte van mariene spirokete is ongeveer 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 volledige verwysingsgenome ondersoek vanaf https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), dus is die genoom van ASxL5T in lyn met die orde In vergelyking met die ander lede is dit redelik klein. Gebruik GToTree 1.5.54 om 'n genoom-gebaseerde beraamde maksimum waarskynlikheid filogenetiese boom te genereer (Figuur 3A), deur die belynde en gekoppelde aminosuurvolgordes van 172 enkelkopie-gene spesifiek vir Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Die ontleding het getoon dat dit nou verwant is aan Thalassolituus, Bacterial Plane en Marine Bacterium. Hierdie data dui egter aan dat ASxL5T verskil van sy familielede in Marine Spirulina en sy genoomvolgordedata is beskikbaar.
Die filogenetiese boom wat die 16S rRNA-geenvolgorde gebruik, beklemtoon die posisie van die ASxL5T-, ASxO5- en ASxS5-stamme (met die ingewande) relatief tot die ongekultiveerde en mariene bakterieë-stamme in die Marine Spirulinaceae. Die Genbank-toetredingsnommer volg die stamnaam tussen hakies. Gebruik ClustalW om rye in lyn te bring, en gebruik maksimum waarskynlikheidsmetode en Tamura-Nei-model om filogenetiese verwantskappe af te lei, en voer 1000 geleide replikasies in die MEGA X-program uit. Die nommer op die tak dui aan dat die begeleide kopiewaarde groter as 50% is. Escherichia coli U/541T is as 'n uitgroep gebruik.
(A) 'n Filogenetiese boom gebaseer op die genoom, wat die verwantskap tussen die mariene Spirospiraceae-bakterie ASxL5T en sy naasbestaandes, E. coli U 5/41T as 'n uitgroep toon. (B) In vergelyking met T. oleivorans MIL-1T, word die funksionele kategorieverspreiding van gene voorspel op grond van die ortoloë groep (COG) cluster van ASx5LT proteïen. Die figuur aan die linkerkant toon die aantal gene in elke funksionele COG-kategorie in elke genoom. Die grafiek aan die regterkant toon die persentasie genome wat in elke funksionele COG-groep voorkom. (C) In vergelyking met T. oleiverans MIL-1T, die ontleding van die volledige KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modulêre pad van ASxL5T.
Die gebruik van die KEGG-databasis om die komponentgene wat in die ASxL5T-genoom teenwoordig is te ondersoek, het die tipiese metaboliese pad van aërobiese gamma Proteus geopenbaar. ASxL5T bevat 'n totaal van 75 gene wat aan bakteriële motorproteïene toegewys is, insluitend gene betrokke by chemotaxis, flagella-samestelling en tipe IV fimbriae-stelsel. In die laaste kategorie is 9 uit 10 gene verantwoordelik vir die rukbeweging van 'n reeks ander organismes. Die genoom van ASxL5T bevat 'n volledige tetrahidropirimidien biosintetiese pad wat deelneem aan die beskermende reaksie op osmotiese stres20, soos verwag vir halofiele. Die genoom bevat ook baie volledige paaie vir kofaktore en vitamiene, insluitend riboflavien sintese weë. Alhoewel die alkaan 1-monooxygenase (alkB2) geen teenwoordig is in ASxL5T, is die koolwaterstofbenuttingsweg nie volledig nie. In die genoomvolgorde van ASxL5T is homoloë van gene wat geïdentifiseer is as hoofsaaklik verantwoordelik vir die afbraak van koolwaterstowwe in T. oleiverans MIL-1T21, soos TOL_2658 (alkB) en TOL_2772 (alkoholdehidrogenase), duidelik afwesig. Figuur 3B toon die vergelyking van geenverspreiding in die COG-kategorie tussen ASxL5T en Olyfolie MIL-1T. Oor die algemeen bevat die kleiner ASxL5T-genoom proporsioneel minder gene van elke COG-kategorie in vergelyking met die groter verwante genoom. Wanneer die aantal gene in elke funksionele kategorie as 'n persentasie van die genoom uitgedruk word, word verskille opgemerk in die persentasie gene in die translasie-, ribosomale struktuur- en biogenese-kategorieë, en die energieproduksie- en omskakelingsfunksiekategorieë, wat die groter ASxL5T uitmaak. genoom Die persentasie word vergelyk met dieselfde groep teenwoordig in die T. oleiverans MIL-1T genoom. In teenstelling met die ASxL5T-genoom, het T. oleivorans MIL-1T 'n hoër persentasie gene in die replikasie-, rekombinasie- en herstel- en transkripsiekategorieë. Interessant genoeg is die grootste verskil in die inhoud van elke funksionele kategorie van die twee genome die aantal onbekende gene teenwoordig in ASxL5T (Figuur 3B). 'n Verrykingsanalise van KEGG-modules is uitgevoer, waar elke KEGG-module 'n stel handgedefinieerde funksionele eenhede verteenwoordig vir annotasie en biologiese interpretasie van genoomvolgordedata. Die vergelyking van geenverspreiding in die volledige KOG-modulepad van ASxL5T en olyf MIL-1T word in Figuur 3C getoon. Hierdie analise toon dat alhoewel ASxL5T 'n volledige swael- en stikstofmetaboliese pad het, T. oleiverans MIL-1T dit nie het nie. Daarteenoor het T. oleiverans MIL-1T 'n volledige sisteïen- en metionienmetaboliese weg, maar dit is onvolledig in ASxL5T. Daarom het ASxL5T 'n kenmerkende module vir sulfaat assimilasie (gedefinieer as 'n stel gene wat as fenotipiese merkers gebruik kan word, soos metaboliese kapasiteit of patogenisiteit; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T oleiverans MIL-1T. Om die geeninhoud van ASxL5T te vergelyk met die lys gene wat 'n roofsugtige lewenstyl voorstel, is onoortuigend. Alhoewel die waaL-geen wat kodeer vir die ligase wat met die O-antigeen-polisakkaried geassosieer word na die kern in die ASxL5T-genoom teenwoordig is (maar dit is algemeen in baie Gram-negatiewe bakterieë), kan triptofaan 2,3-dioksigenase (TDO) Gene die 60 aminos insluit suurstreke wat algemeen voorkom in roofbakterieë wat nie teenwoordig is nie. Daar is geen ander predatoriese kenmerkende gene in die ASxL5T-genoom nie, insluitend dié wat ensieme kodeer wat betrokke is by isoprenoïedbiosintese in die mevalonaatweg. Let daarop dat daar geen transkripsieregulerende geen gntR in die roofdiergroep is wat ondersoek is nie, maar drie gntR-agtige gene kan in ASxL5T geïdentifiseer word.
Die fenotipiese kenmerke van ASxL5T word in Tabel 3 opgesom en vergelyk met die fenotipiese kenmerke van verwante genera 23, 24, 25, 26 en 27 wat in die literatuur gerapporteer word. Isolate van T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en Oceanobacter kriegii is aktiewe, soutverdraagsame, oksidase-positiewe staafvormige liggame, maar het byna geen ander fenotipiese kenmerke met ASxL5T nie. Die gemiddelde pH van die see is 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), wat in T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en O weerspieël word. kriegii. ASxL5T is geskik vir die groter pH-reeks (4-9) tipies van nie-mariene spesies. Fenotipiese kenmerke van Thalassolituus sp. C2-1. Onbekend. Die groeitemperatuurreeks van ASxL5T is oor die algemeen wyer as dié van mariene stamme (4–42 °C), hoewel sommige maar nie alle T. marinus-isolate hitteverdraagsaam is nie. Die onvermoë om ASxL5T in sousmedia te kweek het verdere fenotipiese karakterisering verhoed. Gebruik API 20E om die materiaal wat van die BA-plaat geskraap is, ONPG, arginiendihidrolase, lisiendekarboksilase, ornitiendekarboksilase, sitraatbenutting, urease, triptofaan-deaminase, gelatienhidrolise-ensiem te toets, die toetsresultate was almal negatief, maar geen indool, asetoïen en H2S vervaardig is. Ongefermenteerde koolhidrate sluit in: glukose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrose, melibiose, amigdalien en arabinose. In vergelyking met die gepubliseerde verwante verwysingsstamme, word die sellulêre vetsuurprofiel van die ASxL5T-stam in Tabel 4 getoon. Die belangrikste sellulêre vetsure is C16:1ω6c en/of C16:1ω7c, C16:0 en C18:1ω9. Hidroksievetsure C12:0 3-OH en C10:0 3-OH bestaan ​​ook. Die verhouding van C16:0 in ASxL5T is hoër as die gerapporteerde waarde van verwante genera. In teenstelling met die gerapporteerde T. marinus IMCC1826TT, word die verhouding van C18:1ω7c en/of C18:1ω6c in ASxL5T verminder. oleivorans MIL-1T en O. kriegii DSM 6294T, maar nie opgespoor in B. sanyensis KCTC 32220T nie. Die vergelyking van die vetsuurprofiele van ASxL5T en ASxLS het subtiele verskille in die hoeveelheid individuele vetsure tussen die twee stamme aan die lig gebring, wat ooreenstem met die genomiese DNS-volgorde van dieselfde spesie. Geen poli-3-hidroksibutiraat (PHB) deeltjies is met die Soedan swart toets opgespoor nie.
Die predasie-aktiwiteit van ASxL5T-bakterieë is bestudeer om die omvang van prooi te bepaal. Hierdie bakterie kan plae op Campylobacter spesies vorm, insluitend: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 en C. upsaliensis NCTC 11541T. Gebruik die kulture wat in die gasheerreeksbepalingsafdeling van die metode gelys word om 'n wyer reeks Gram-negatiewe en Gram-positiewe bakterieë te toets. Die resultate toon dat ASxL5T ook in Escherichia coli NCTC 86 en Citrobacter freundii NCTC 9750T gebruik kan word. Plake gevorm op Klebsiella oxytoca 11466. Die TEM-interaksie met E. coli NCTC 86 word in Figuur 4A-D getoon, en die interaksie met Campylobacter jejuni PT14 en Campylobacter suis S12 word in Figuur 4E-H middel getoon. Die aanvalmeganisme blyk verskillend te wees tussen die prooitipes wat getoets is, met een of meer E. coli-selle wat aan elke ASxL5T-sel geheg is en lateraal langs die verlengde sel geposisioneer is voor adsorpsie. Daarteenoor lyk dit asof ASxL5T aan Campylobacter heg deur 'n enkele kontakpunt, gewoonlik in kontak met die toppunt van die roofdiersel en naby die toppunt van die Campylobacter-sel (Figuur 4H).
TEM wat die interaksie tussen ASx5LT en prooi toon: (AD) en E. coli prooi; (EH) en C. jejuni prooi. (A) 'n Tipiese ASx5LT-sel gekoppel aan 'n enkele E. coli (EC) sel; (B) 'n Filamentagtige ASx5LT wat aan 'n enkele EC-sel geheg is; (C) 'n Filamentagtige ASx5LT-sel wat aan veelvuldige EC-selle gekoppel is; (D) Aanhegting Kleiner ASx5LT selle op 'n enkele E. coli (EC) sel; (E) 'n enkele ASx5LT-sel gekoppel aan 'n Campylobacter jejuni (CJ)-sel; (F) ASx5LT val C. hyointestinalis (CH) selle aan; (G) twee Een ASx5LT-sel het 'n CJ-sel aangeval; (H) 'n Nabyaansig van die ASx5LT-aanhegtingspunt, naby die toppunt van die CJ-sel (staaf 0.2 μm). Die staaf verteenwoordig 1 μm in (A–G).
Roofbakterieë het ontwikkel om voordeel te trek uit oorvloedige bronne van prooi. Dit is duidelik dat hulle wyd in baie verskillende omgewings voorkom. As gevolg van die smal grootte van die bevolkingslede, is dit moontlik om ASxL5T-bakterieë uit die flodder te isoleer deur die faagskeidingsmetode te gebruik. Die genomiese relevansie van ASxL5T vir lede van die oceanospirillaceae-familie van mariene bakterieë is verbasend, hoewel die organisme soutverdraagsaam is en kan groei op 'n medium wat 5% sout bevat. Waterkwaliteitontleding van die flodder het getoon dat die natriumchloriedinhoud minder as 0,1% was. Daarom is modder ver weg van die mariene omgewing - beide geografies en chemies. Die teenwoordigheid van drie verwante maar verskillende isolate uit dieselfde bron lewer bewyse dat hierdie roofdiere in hierdie nie-mariene omgewing floreer. Daarbenewens het mikrobioomanalise (datalêers beskikbaar vanaf https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) getoon dat dieselfde 16S rRNA geenvolgorde in die top 50 mees volop operasionele taksa (OTU) geleë is ) In ’n paar monsternemingsintervalle van die modder. Verskeie ongekultiveerde bakterieë is in die Genbank-databasis gevind, wat 16S rRNA-geenvolgordes soortgelyk aan ASxL5T-bakterieë het. Hierdie rye, tesame met die rye van ASxL5T, ASxS5 en ASxO5, verteenwoordig blykbaar verskillende klades wat van Thalassolituus en Oceanobacter geskei is (Figuur 2). Drie soorte ongekultiveerde bakterieë (GQ921362, GQ921357 en GQ921396) is in 2009 uit die spleetwater op 'n diepte van 1,3 kilometer in die Suid-Afrikaanse goudmyn geïsoleer, en die ander twee (DQ256320 en DQ337006 was ook in Suid-Afrika) in 2005). Die 16S rRNA-geenvolgorde wat die naaste aan ASxL5T verwant is, is deel van die 16S rRNA-geenvolgorde verkry uit die verrykingskultuur van sanderige sedimente verkry vanaf die strande van Noord-Frankryk in 2006 (toegangsnommer AM29240828). Nog 'n nouverwante 16S rRNA-geenvolgorde van die ongekultiveerde bakterie HQ183822.1 is verkry uit 'n versameltenk wat van 'n munisipale stortingsterrein in China geloog is. Natuurlik is ASxL5T-bakterieë nie hoogs verteenwoordigend in taksonomiese databasisse nie, maar hierdie volgordes van ongekultiveerde bakterieë verteenwoordig waarskynlik organismes soortgelyk aan ASxL5T, wat oor die hele wêreld versprei word, gewoonlik in uitdagende omgewings. Uit die hele genoom filogenetiese analise is die naaste verwant aan ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. En O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus is 'n lid van mariene verpligte koolwaterstoffragmenteringsbakterieë (OHCB), wat wydverspreid in mariene en terrestriële omgewings voorkom, en gewoonlik die dominante word ná koolwaterstofbesoedeling-voorvalle30,31. Mariene bakterieë is nie lede van die OHCB-groep nie, maar word uit die mariene omgewing geïsoleer.
Fenotipiese data dui aan dat ASxL5T 'n nuwe spesie is en 'n lid van 'n voorheen onherkende genus in die mariene spirospiraceae-familie. Daar is tans geen duidelike standaard om nuut geïsoleerde stamme in 'n nuwe genus te klassifiseer nie. Pogings is aangewend om universele genera-grense te bepaal, byvoorbeeld, gebaseer op die persentasie van die genoom van 'n konserwatiewe proteïen (POCP), word aanbeveel dat die afsnywaarde 50% identies is aan die verwysingsstam33. Ander stel voor om AAI-waardes te gebruik, wat voordele bo POCP inhou omdat dit uit onvolledige genome verkry kan word34. Die skrywer glo dat indien die AAI-waarde minder as 74% is in vergelyking met die modelstam van die modelspesie, die stam 'n verteenwoordiger van 'n ander genera is. Die modelgenus in die mariene spirillaceae is mariene spirillum, en die modelstam is O. linum ATCC 11336T. Die AAI-waarde tussen ASxL5T en O. linum ATCC 11336T is 54.34%, en die AAI-waarde tussen ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T (genustipe stamme) is 67.61%, wat aandui dat ASxL5T 'n nuwe genus wat verskil van Thalassolituus verteenwoordig. Deur die 16S rRNA-geenvolgorde as die klassifikasiestandaard te gebruik, is die voorgestelde genusafbakeningsgrens 94.5%35. ASxL5T kan in die Thalassolituus-genus geplaas word, wat 95.03% 16S rRNA-volgorde-identiteit met T. oleivorans MIL-1T en 96.17% toon. marinus IMCC1826T. Dit sal egter ook in die Bacteroides-genus geplaas word wat 94.64% 16S rRNA geen-identiteit met B. sanyensis NV9 het, wat aandui dat die gebruik van 'n enkele geen soos die 16S rRNA geen kan lei tot arbitrêre klassifikasie en toewysing. Nog 'n voorgestelde metode gebruik ANI en Genoom Alignment Score (AF) om die groepering van datapunte van alle tipes en nie-tipe stamme van bestaande genera te ondersoek. Die skrywer beveel aan om die genusgrens te kombineer met die buigpunt van die beraamde genus spesifiek vir die taksa wat ontleed word. As daar egter nie genoeg volledige genoomvolgordes van Thalassolituus-isolate is nie, is dit onmoontlik om met hierdie metode te bepaal of ASxL5T tot die Thalassolituus-genus behoort. As gevolg van die beperkte beskikbaarheid van volledige genoomvolgordes vir ontleding, moet die hele genoom filogenetiese boom met omsigtigheid geïnterpreteer word. Tweedens kan heelgenoomvergelykingsmetodes nie wesenlike verskille in die grootte van die vergelykende genome verantwoord nie. Hulle het die ooreenkoms gemeet van bewaarde kern enkelkopie-gene tussen verwante genera, maar het nie die groot aantal gene wat nie in die veel kleiner genoom van ASxL5T teenwoordig is, in ag geneem nie. Natuurlik het ASxL5T en groepe insluitend Thalassolituus, Oceanobacter en Bacterioplanes 'n gemeenskaplike voorouer, maar evolusie het 'n ander pad geneem, wat lei tot 'n vermindering in die genoom, wat kan wees om aan te pas by 'n roofsugtige lewenstyl. Dit is in teenstelling met T. oleivorans MIL-1T, wat 28% groter is en onder verskillende omgewingsdruk ontwikkel het om koolwaterstowwe te benut23,30. 'n Interessante vergelyking kan gemaak word met verpligte intrasellulêre parasiete en simbiote, soos Rickettsia, Chlamydia en Buchnera. Hul genoomgrootte is ongeveer 1 Mb. Die vermoë om gasheerselmetaboliete te gebruik lei tot geenverlies, en het dus beduidende evolusionêre genomiese agteruitgang ondergaan. Evolusionêre veranderinge van mariene chemiese voedingstoforganismes na roofsugtige lewenstyl kan 'n soortgelyke vermindering in genoomgrootte tot gevolg hê. Die COG- en KEGG-analise beklemtoon die aantal gene wat vir spesifieke funksies gebruik word en die globale verskille in die genomiese weë tussen ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T, wat nie te wyte is aan die wydverspreide beskikbaarheid van mobiele genetiese elemente nie. Die verskil in die G + C-verhouding van die hele genoom van ASxL5T is 56.1%, en dié van T. oleivorans MIL-1T is 46.6%, wat ook aandui dat dit gesegregeer is.
Ondersoek van die koderingsinhoud van die ASxL5T-genoom verskaf funksionele insigte in fenotipiese kenmerke. Die teenwoordigheid van gene wat vir tipe IV fimbriae (Tfp) kodeer is van besondere belang omdat hulle selbeweging bevorder, wat sosiale sweef of stuiptrekkings genoem word, sonder flagella op die oppervlak. Volgens berigte het Tfp ander funksies, insluitend predasie, patogenese, biofilmvorming, natuurlike DNS-opname, outomatiese sel-aggregasie en ontwikkeling38. Die ASxL5T-genoom bevat 18 gene wat kodeer vir diguanilaatsiklase ('n ensiem wat die omskakeling van 2 guanosientrifosfaat in guanosien 2 fosfaat en sikliese diGMP kataliseer) en 6 gene wat vir die ooreenstemmende diguanilaat siklase fosfaat diguanilaat kodeer. Die geen vir esterase (wat die afbraak van sikliese di-GMP na guanosienmonofosfaat kataliseer) is interessant omdat sik-di-GMP 'n belangrike tweede boodskapper is wat betrokke is by biofilm ontwikkeling en skeiding, beweging, selaanhegting en virulensie 39, 40 in die proses. Daar moet ook op gelet word dat in Bdellovibrio bacteriovorus getoon is dat sikliese dubbele GMP die oorgang tussen vrye lewe en roofsugtige leefstyl beheer41.
Die meeste navorsing oor roofbakterieë het gefokus op Bdellovibrio, Bdellovibrio-agtige organismes en Myxococcus spesies. Hierdie en ander bekende voorbeelde van roofbakterieë vorm 'n diverse groep. Ten spyte van hierdie diversiteit, is 'n stel kenmerkende proteïenfamilies wat die fenotipes van 11 bekende roofbakterieë weerspieël, geïdentifiseer3,22. Slegs gene wat O-antigeen-ligase (waaL) kodeer, is egter geïdentifiseer, wat veral algemeen in Gram-negatiewe bakterieë voorkom. Hierdie vorm van analise is nie nuttig om ASxL5T as 'n roofdier aan te wys nie, waarskynlik omdat dit 'n nuwe aanvalstrategie gebruik. Die beskikbaarheid van meer diverse predatoriese bakteriese genome sal help om fyner resolusie-ontledings te ontwikkel wat bewyse van funksionele en omgewingsverskille tussen groeplede in ag neem. Voorbeelde van roofbakterieë wat nie by hierdie ontleding ingesluit is nie, sluit lede van Cupriavidus necator42 en Bradymonabacteria43 in, want namate navorsers verskillende mikrobiese gemeenskappe ondersoek, word meer rooftaksa gevestig.
Die mees noemenswaardige kenmerk van ASxL5T-bakterieë wat deur TEM-beeld vasgevang word, is sy unieke en buigsame morfologie, wat interaksie met prooibakterieë kan bevorder. Die tipe interaksie wat waargeneem word, verskil van ander roofbakterieë en is nie voorheen ontdek of gerapporteer nie. Die voorgestelde ASxL5T predatoriese lewensiklus word in Figuur 5 getoon. Daar is min voorbeelde in die literatuur met soortgelyke apikale strukture as wat ons hier rapporteer, maar hierdie voorbeelde sluit in Terasakiispira papahanaumokuakeensis, 'n mariene spirillum-bakterie met af en toe toppuntvergroting 44, en Alphaproteobacteria, Terasakiella pusakiella , wat voorheen aan die genus Oceanospirillum behoort het, uitstal Die sogenaamde "polêre film" 45. Kokke-vorme word dikwels in ouer kulture waargeneem, veral vir bakterieë met geboë vorms, soos Vibrio, Campylobacter en Helicobacter 46, 47, 48, wat 'n gedegradeerde toestand kan verteenwoordig. Verdere werk is nodig om die presiese lewensiklus van ASxL5T-bakterieë te verduidelik. Om te bepaal hoe dit vang en prooi, en of sy genoom biologies aktiewe verbindings kodeer wat vir mediese of biotegnologiese doeleindes gebruik kan word.
Beskrywing van Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. is saamgestel uit venators van L. n. venator,'hunter' en Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' Selle is aërobies, sout-verdraagsaam, geboë Gram-vlek-negatief, oefenstaaf en oksidase-aktiwiteit akkumuleer nie. In die temperatuurreeks van 4 tot 42 °C Ingroei Die pH-reeks van 4-9 is ongewoon. In seeslakke is die meeste onverdraagsaam teenoor suur pH. 0 en C18:1ω9; C12:0 3-OH en C10:0 3-OH word gevind as hidroksie vetterige sure nie .
Beskrywing van Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus beteken kuif).
Daarbenewens is die beskrywende kenmerk van hierdie genus dat wanneer dit op BA of BHI gekweek word, die selle 1,63 µm lank en 0,37 µm wyd is. Die kolonies op BHI-agar is baie klein en bereik 2 mm in deursnee na 72 uur. Hulle is beige, deurskynend, rond, konveks en blink. Die lede van hierdie spesie kan Escherichia coli en Klebsiella gebruik. Campylobacter en verskeie ander Gram-negatiewe bakterieë dien as prooi.
Die tipiese stam ASxL5T is geïsoleer uit beesvleismelk in Nottinghamshire, VK, en gedeponeer in die National Type Culture Collection (VK): toegangsnommer NCTC 14397 en die Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) toegangsnommer NCCB 100775. Die volledige genoomvolgorde van ASxL5T is in Genbank gedeponeer volgens die byvoeging van CP046056.
ASxL5T-bakterieë is uit beesmelk geïsoleer met behulp van faag-isolasietegnologie9,49. Die suspensie is 1:9 (w/v) verdun in SM-buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O en 0.01% gelatien; Sigma Aldrich, Gillingham, VK), dan inkubeer by 4°C vir 24 uur, stadig roteer om die roofdiere in die buffer te elueer. Die suspensie is vir 3 minute by 3000g sentrifugeer. Die supernatant is versamel en vir 'n tweede keer vir 5 minute by 13 000 g gesentrifugeer. Die supernatant is dan deur 'n 0.45 µm membraanfilter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Duitsland) en 'n 0.2 µm membraanfilter (Minisart) gevoer om enige oorblywende bakteriese selle te verwyder. ASxL5T kan hierdie filters slaag. 'n Sagte agar-grasperk van Campylobacter enterosus S12 (NCBI-toegangsnommer CP040464) uit dieselfde suspensie is voorberei deur gebruik te maak van standaardtegnieke. Die gefiltreerde suspensie is op elk van hierdie gasheerselplate in 10 µl druppels in drievoud versprei en toegelaat om droog te word. Die plaat is vir 48 uur onder mikro-aërobiese toestande (5% O2, 5% H2, 10% CO2 en 80% N2) by 37°C in 'n mikro-aërobiese tenk geïnkubeer. Die verkryde sigbare gedenkplaat is in SM buffer onttrek en na die vars grasperk van C. hyointestinalis S12 oorgeplaas om die geliseerde organismes verder te propageer. Sodra vasgestel is dat die bakterieë die oorsaak van die litiese plaak is en nie die faag nie, probeer om die organisme onafhanklik van die gasheer te laat groei en dit verder te karakteriseer. Die aërobiese kultuur is uitgevoer by 37 °C met 5% v/v gedefibrineerde perdebloed (TCS Biosciences Lt, Buckingham, VK, aanvulling). Volgens die riglyne van die Nasionale Kliniese Standaarde Komitee word die skyfdiffusiemetode vir antibakteriese vatbaarheidstoetsing gebruik. BHI-agar is gekweek by 37 °C met behulp van 'n skyf wat die volgende antibiotika (Oxoid) bevat vir aërobiese kultuur: amoksisillien en klavulansuur 30 µg; sefotaksim 30 µg; streptomisien 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidiksiensuur 30 µg; Imipenem 10 µg; azitromisien 15 µg; Chlooramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; tetrasiklien 30 µg; Nitrofurantoïen 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampisillien 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-sulfametoksasool 25 µg. Die souttoleransie is vasgestel deur aërobiese inkubasie op BHI agarplate by 37 °C. Bykomende NaCl is by die BHI-agarplate gevoeg om 'n konsentrasiereeks van tot 10% w/v te verskaf. Die pH-reeks word bepaal deur aërobiese kultuur op BHI-agarplate by 37°C, waar die pH-reeks aangepas is na tussen 4 en 9 met steriele HCl of steriele NaOH, en die teiken pH-waarde word geverifieer voordat die plaat geskink word. Vir sellulêre vetsuur analise, is ASxL5T gekweek op BHI agar vir 3 dae en aërobies by 37 °C. Volgens die MIDI (Sherlock Microbial Identification System, weergawe 6.10) standaardprotokol van FERA Science Ltd, (York, VK), is selvetsure onttrek, voorberei en ontleed.
Vir TEM is ASxL5T aërobies gekweek deur eenvormig op BA by 37°C vir 24 uur te versprei, en dan geoes in 1 ml 3% (v/v) glutaaraldehied in 0.1 M kakodilaatbuffer by kamertemperatuur Fix vir 1 uur, dan sentrifugeer by 10 000 g vir 3 minute. Hersuspendeer dan die korrel versigtig in 600 μl 0,1 M kakodilaatbuffer. Dra die vaste ASxL5T-suspensie oor na die Formvar/koolstoffilm op 'n 200 maas koperrooster. Die bakterieë is gekleur met 0.5% (w/v) uranilasetaat vir 1 minuut en ondersoek deur TEM met behulp van 'n TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskoop. Soos hierbo genoem, kombineer dieselfde aantal prooi en roofdier in NZCYM-bouillon (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) en inkubeer vir 48 uur onder mikro-aërobiese toestande van Campylobacter of Campylobacter by 37°C, Die interaksie van roofdier en prooi is ook deur TEM ondersoek. Aërobiese toestande vir Escherichia coli. Ondersoek prooi en roofbakterieë onafhanklik om enige veranderinge in selmorfologie as gevolg van predasie te bepaal. Die Soedan swart metode is gebruik vir optiese mikroskopie van PHB akkumulasie.
Kweek ASxL5T oornagkulture deur groei op BHI- of BA-plate met 'n steriele depper te smeer. Versamel ASxL5T-selle en suspendeer hulle in MRD (CM0733, Oxoid), en plaas dit dan vir 7 dae by 4°C om die selle uit te honger. Die NCTC verwysing of laboratorium voorraad bakteriële kultuur is geënt in BHI sous of No. 2 voedingstof sous (CM007, Oxoid), oornag geïnkubeer, gesentrifugeer teen 13 000 g en hersuspendeer in MRD totdat OD600 0.4 was. Kultuur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 14oxyto6, LeNCiella 14oxyto6 10817, Listeria Spesiale bakterieë NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus duikboot hamburger NCTC 1621T, Salmonella bacteria 5 NC 4 NC 50 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Die Campylobacter-gasheer is mikro-aërobies geïnkubeer op BA-plate by 37°C in NZM gesuspendeer. Die getoetsde Campylobacter-gashere is: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.i lari NCTC 11458, C.i lari je. PT14, C... Versamel selle in MRD, sentrifugeer by 13 000g en hersuspendeer in MRD totdat OD600 0,4 is. Voeg 'n monster van 0.5 ml suspensie by 5 ml gesmelte NZCYM bo-agar (0.6% agar) en gooi dit op 'n 1.2% NZCYM onderplaat. Na uitharding en droging is die serie-verdunde ASxL5T as 20 µl druppels op elke grasperkbord in drievoud versprei. Die kultuurtemperatuur en atmosfeer hang af van die vereistes van die toetsbakterieë.
Gebruik GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) om DNA van bakteriële isolate voor te berei. Standaardmetodes is gebruik vir PCR-amplifikasie van 16S rRNA-geen en produkvolgordebepaling deur gebruik te maak van kleurstofterminasiechemie (Eurofins Value Read Service, Duitsland). Gebruik die BLAST-N-program om hierdie volgordes met ander 16S rRNA-geenvolgordes te vergelyk om nouverwante spesies te identifiseer en te versamel. Dit word in lyn gebring met behulp van ClustalW in die MEGA X-program. Die filogenetiese boom is gerekonstrueer deur gebruik te maak van MEGA X deur gebruik te maak van die maksimum waarskynlikheid metode gebaseer op die Tamura-Nei model, met 1000 geleide kopieë54. Gebruik PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, VK) om DNA te onttrek vir heelgenoomvolgordebepaling. Die genoomvolgorde van ASxL5T is bepaal deur gebruik te maak van die Illumina MiSeq-kombinasie, wat bestaan ​​uit 250 bp dubbele leeswerk wat saamgestel is uit 'n biblioteek wat met behulp van die Nextera-etiketteringstel voorberei is en 2 tot 20 kb lank lees vanaf die PacBio-platform. Genomika DNA-volgordebepaling navorsingsfasiliteit by Sembia Universiteit. Die genoom is saamgestel met behulp van CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denemarke). ASxL5T-kulture word in die National Type Culture Collection (VK) en die Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) gedeponeer. Die genome van verwante organismes wat vir vergelyking gebruik word, is: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (toegangsnommer HF680312, volledig); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (toetredingsnommer BMYY01000001, onvolledig); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (toegangsnommer NZ_AUGV00000000, onvolledig); Marinamonas-gemeenskap DSM 5604T (bygevoeg ASM436330v1, onvolledig), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (bygevoeg MTSD02000001, onvolledig) en Thalassolituus sp. C2-1 (voeg NZ_VNIL01000001 by, onvolledig). Gebruik JGI Genome Portal36 by https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= om die belyningtelling (AF) en gemiddelde nukleïensuuridentiteit (ANI) te bepaal. In pare. Die metode van Rodriguez-R & Konstantinidis55 is gebruik om aminosuuridentiteit (AAI) te bepaal. Gebruik GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 om 'n geskatte maksimum waarskynlikheid filogenetiese boom te genereer. Die insetgenoom wat die beskikbare verwysingsgenoom verteenwoordig, word gekies uit verwysingsgenera wat geïdentifiseer is as verwant aan ASxL5T uit die 16S rRNA filogenie. Het die boom geannoteer met behulp van die interaktiewe boom van die lewe aanlyn hulpmiddel (https://itol.embl.de/). Die funksionele annotasie en analise van die ASxL5T-genoom word uitgevoer met behulp van die BlastKOALA KEGG-aanlyninstrument deur die KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) moduleverrykingsverspreiding te gebruik. Die verspreiding van COG-kategorieë (ortoloë groepe) word bepaal met behulp van die eggNOG-mapper aanlyn hulpmiddel.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ en Muñoz-Dorado, J. Bakteriese predasie: 75 jaar en dit gaan voort! . omgewing. mikro-organisme. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. ens. Diversiteit en antibakteriese potensiaal van roofbakterieë aan die Peruaanse kuslyn. Maart dwelms. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Deur hul gene sal jy hulle verstaan: die genomiese kenmerke van roofbakterieë. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Die roofsugtige lewenstyl van die bakteriofaag Bdellovibrio. installeer. Pastoor mikrobes. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotika van roofbakterieë. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio en soortgelyke organismes is voorspellers van mikrobioomdiversiteit in verskillende gasheerpopulasies. mikro-organisme. Ekologie. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. en Ballesté-Delpierre, C. Ontdek die huidige status van nuwe antibakteriese middels. klinies. mikro-organisme. Infekteer. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Die dubbele predasie van fage en fage kan E. coli prooi sonder 'n enkele predasie uitroei. J. Bakterieë. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Die telling en diversiteit van Campylobacter en bakteriofage wat geïsoleer is tydens die voersiklus van vrylopende en organiese hoenders. Toepassingsomgewing. mikro-organisme. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA ens. Werk die genomiese taksonomie en epidemiologie van Campylobacter-varke op. wetenskap. Verteenwoordiger 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, besturende direkteur GToTree: Gebruikersvriendelike werkvloei vir stelselgenomika. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC SPIER: 'n Meervoudige volgorde belyningsmetode wat tyd en ruimte kompleksiteit verminder. BMC biologiese inligting. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: 'n Gereedskap vir outomatiese belyning en snoei in grootskaalse filogenetiese analise. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC geen en metagenomiese volgorde vertaling begin voorspelling. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform en doeltreffende NCBI klassifikasie toolkit. Bio Rxiv. (Besoek op 1 Junie 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-benaderde maksimum waarskynlikheid boom met groot belyning. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Besoek op 1 Junie 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes. Nukleïensuurnavorsing. 28, 27-30 (2000).
Tsjeggiese Republiek, L. ens. Die rol van ekstremoliete ektoïen en hidroksiektoïen as stresbeskermers en voedingstowwe: genetika, sisteemgenomika, biochemie en strukturele analise. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differensiële proteïenuitdrukking tydens die groei van die verpligte mariene koolwaterstofafbrekende bakterie Thalassolituus oleivorans MIL-1 tydens die groei van medium- en langkettingalkane. voor. mikro-organisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., en Jurkevitch, E. 'n Nuwe vergelykende genomika-metode vir die definisie van fenotipiese-spesifieke aanwysers openbaar spesifieke oorerwing in roofbakterieë merk. Openbare Wetenskap Biblioteek Een. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ens. Thalassolituus oleivorans geen. November, sp. nov., 'n nuwe soort mariene bakterieë wat spesialiseer in die gebruik van koolwaterstowwe. internasionaliteit. J. Stelsel. evolusie. mikro-organisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, sp. In November het dit geskei van die seewater wat in die Stille Suidsee sirkuleer. internasionaliteit. J. Stelsel. evolusie. mikro-organisme. 66, 5010–5015 (2016).