አዲስ ዓይነት ግራም-አሉታዊ፣ ኤሮቢክ፣ ጨው-ታጋሽ፣ ገባሪ፣ ዘንግ-ቅርጽ ያለው እና አዳኝ ባክቴሪያ ASxL5T በእንግሊዝ ኖቲንግሃምሻየር ካለ የከብት እበት ኩሬ ተለይቷል እና ካምፓሎባክተርን እንደ ምርኮ ተጠቅሞበታል። በመቀጠልም ሌሎች የካምፒሎባክተር ዝርያዎች እና የኢንቴሮባክቴሪያ ቤተሰብ አባላት እንደ ምርኮ ተገኝተዋል። ከንዑስ ባህል በኋላ ያለ አስተናጋጅ ሴሎች፣ በ Brain Heart Infusion Agar ላይ ደካማ የአሴፕቲክ እድገት ተገኝቷል። በጣም ጥሩው የእድገት ሁኔታዎች 37 ዲግሪ ሴንቲግሬድ እና ፒኤች 7 ናቸው. የኤሌክትሮኖች ስርጭት በአጉሊ መነጽር ሲታይ ከአደን መገኘት ጋር የተያያዙ አንዳንድ በጣም ያልተለመዱ የስነ-ቅርጽ ባህሪያትን አሳይቷል. የ 16S አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተል በመጠቀም የፋይሎኔቲክ ትንታኔ እንደሚያመለክተው ማግለሉ ከባህር ኃይል Spirulina ቤተሰብ አባል ጋር የተያያዘ ነው፣ ነገር ግን እንደ የትኛውም የሚታወቅ ጂነስ አባል በግልፅ ሊመደብ አይችልም። የ ASxL5T ባለ ሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል ከባህር ውስጥ ስፒሮቼትስ አባላት ጋር ያለውን ግንኙነት አረጋግጧል። የውሂብ ጎታ ፍለጋ በርካታ ASxL5Ts ከውቅያኖስ፣ ከመሬት ወለል እና ከከርሰ ምድር ውሃ ከሚመጡ ከበርካታ ያልተለመዱ ባክቴሪያዎች ጋር 16S rRNA ዘረ-መልን እንደሚጋሩ አረጋግጧል። ውጥረቱ ASxL5T በአዲስ ጂነስ ውስጥ አዲስ ዝርያን እንደሚወክል እንጠቁማለን። Venatorbacter cuculus Gen የሚለውን ስም እንመክራለን. ኖቬምበር, sp. በኖቬምበር ላይ፣ ASxL5T እንደ ውጥረቱ አይነት ጥቅም ላይ ውሏል።
አዳኝ ባክቴሪያዎች ባዮሲንተቲክ ቁሳቁሶችን እና ሃይል ለማግኘት ሌሎች ህይወት ያላቸው ባክቴሪያዎችን የማደን እና የመግደል ችሎታን የሚያሳዩ ባክቴሪያዎች ናቸው። ይህ ንጥረ ነገር ከሞቱ ረቂቅ ተህዋሲያን አጠቃላይ ማገገም የተለየ ሲሆን ከጥገኛ መስተጋብር በተጨማሪ ባክቴሪያዎች እነሱን ሳይገድሉ ከቤታቸው ጋር የቅርብ ግንኙነት ይፈጥራሉ። አዳኝ ተህዋሲያን በተገኙባቸው ቦታዎች (እንደ የባህር ውስጥ መኖሪያዎች ያሉ) የተትረፈረፈ የምግብ ምንጮችን ለመጠቀም የተለያዩ የህይወት ዑደቶችን ፈጥረዋል። እነሱ በታክሶኖሚካዊ ልዩነት ያላቸው ቡድኖች ናቸው፣ እነሱም በልዩ የማምከን የህይወት ዑደታቸው ብቻ የተገናኙ ናቸው። አዳኝ ተህዋሲያን ምሳሌዎች በተለያዩ ፋይላዎች ውስጥ ተገኝተዋል፡ ከእነዚህም ውስጥ፡ ፕሮቲቦባክቴሪያ፣ ባክቴሮይድ እና ክሎሬላ.3. ይሁን እንጂ በጣም በደንብ የተማሩ አዳኝ ባክቴሪያዎች Bdellovibrio እና Bdellovbrio-እና-መሰል ፍጥረታት (BALOs4) ናቸው። አዳኝ ባክቴሪያ አዲስ ባዮሎጂያዊ ንቁ ውህዶች እና ፀረ-ባክቴሪያ ወኪሎች ተስፋ ሰጪ ምንጭ ናቸው።
አዳኝ ባክቴሪያዎች ረቂቅ ተሕዋስያንን ልዩነት እንደሚያሳድጉ እና በሥነ-ምህዳር ጤና, ምርታማነት እና መረጋጋት ላይ አዎንታዊ ተጽእኖ ይኖራቸዋል ተብሎ ይታመናል. ምንም እንኳን እነዚህ አዎንታዊ ባህሪያት ቢኖሩም, ባክቴሪያዎችን ለማልማት አስቸጋሪ ስለሆነ እና ውስብስብ የህይወት ዑደታቸውን ለመረዳት የሕዋስ ግንኙነቶችን በጥንቃቄ መከታተል ስለሚያስፈልጋቸው አዳዲስ አዳኝ ባክቴሪያዎች ላይ የተደረጉ ጥናቶች ጥቂት ናቸው. ይህ መረጃ ከኮምፒዩተር ትንተና ለማግኘት ቀላል አይደለም.
ፀረ ተሕዋስያን የመቋቋም አቅም እየጨመረ በሄደበት ዘመን፣ እንደ ባክቴርያ እና አዳኝ ባክቴሪያ7፣8 ያሉ የባክቴሪያ በሽታ አምጪ ተህዋስያንን ለማጥቃት አዳዲስ ስልቶች እየተጠና ነው። ASxL5T ባክቴሪያ በኖቲንግሃም ኖቲንግሃምሻየር ዩኒቨርስቲ የወተት ማእከል ከተሰበሰበ ከላም እበት phage ማግለል ቴክኖሎጂን በመጠቀም በ2019 ተለይተዋል። የምርመራው ዓላማ እንደ ባዮሎጂያዊ ቁጥጥር ወኪሎች ሊሆኑ የሚችሉ ህዋሳትን ማግለል ነው። Campylobacter hyointestinalis የዞኖቲክ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ነው, እሱም ከጊዜ ወደ ጊዜ ከሰው አንጀት በሽታዎች ጋር ይዛመዳል10. በሴረም ውስጥ በሁሉም ቦታ የሚገኝ እና እንደ ኢላማ አስተናጋጅ ጥቅም ላይ ይውላል.
የ ASxL5T ባክቴሪያ ከከብት ጄሊ ተለይቷል ምክንያቱም በ C. hyointestinalis ሣር ላይ የተፈጠሩት ንጣፎች በባክቴሪዮፋጅስ ከሚመረቱት ጋር ተመሳሳይነት እንዳላቸው ተስተውሏል. ይህ ያልተጠበቀ ግኝት ነው፣ ምክንያቱም የፋጌ ማግለል ሂደት አንድ ክፍል በ 0.2 μm ማጣሪያ ውስጥ ማጣራትን ያካትታል፣ እሱም የባክቴሪያ ህዋሶችን ለማስወገድ ታስቦ የተሰራ። ከጣፋው ላይ በሚወጣው ንጥረ ነገር ላይ በአጉሊ መነጽር ሲታይ አነስተኛ ግራም-አሉታዊ ጥምዝ ዘንግ-ቅርጽ ያለው ባክቴሪያ polyhydroxybutyrate (PHB) አልተጠራቀመም። ከአደን ህዋሶች ነፃ የሆነ አሴፕቲክ ባህል በበለጸገ ጠንካራ መካከለኛ (እንደ የአንጎል የልብ ኢንፍሉሽን agar (BHI) እና የደም አጋር (ቢኤ) ያሉ) ላይ እውን ሲሆን እድገቱ ደካማ ነው። ከንዑስ ባህል በኋላ የሚገኘው በከባድ ኢንኩሉም መሻሻል ነው። በማይክሮኤሮቢክ (7% ቪ / ቪ ኦክሲጅን) እና በከባቢ አየር ውስጥ ባለው የኦክስጂን ሁኔታ ውስጥ እኩል ያድጋል, ነገር ግን በአናይሮቢክ ከባቢ አየር ውስጥ አይደለም. ከ 72 ሰአታት በኋላ, የቅኝ ግዛቱ ዲያሜትር በጣም ትንሽ ነበር, 2 ሚሜ ደርሷል, እና beige, translucent, round, convex እና አንጸባራቂ ነበር. ASxL5T በፈሳሽ ሚዲያ ውስጥ በአስተማማኝ ሁኔታ ማዳበር ስለማይችል መደበኛ ባዮኬሚካላዊ ሙከራ ተስተጓጉሏል፣ይህም ውስብስብ በሆነው የባዮፊልም አፈጣጠር የሕይወት ዑደት ላይ ሊመካ እንደሚችል ይጠቁማል። ነገር ግን፣ የፕላስ እገዳው ASxL5T ኤሮቢክ፣ ለኦክሳይድ እና ካትላሴ አወንታዊ እና 5% NaClን መታገስ እንደሚችል አሳይቷል። ASxL5T 10 μg ስትሬፕቶማይሲንን ይቋቋማል፣ ነገር ግን ለተሞከሩት ሌሎች አንቲባዮቲኮች ሁሉ ስሜታዊ ነው። የ ASxL5T የባክቴሪያ ህዋሶች በTEM (ምስል 1) ተመርምረዋል። በBA ላይ ያለ አዳኝ ህዋሶች ሲበቅሉ ASxL5T ህዋሶች ትንሽ ካምፒሎባክተር ናቸው፣ በአማካይ 1.63 μm (± 0.4) ርዝመታቸው፣ 0.37 μm (± 0.08) ስፋት እና አንድ ነጠላ ረጅም (እስከ 5 μm) ምሰሶ። ወሲባዊ ፍላጀላ. በግምት 1.6% የሚሆኑት ሴሎች ከ 0.2 ማይክሮን ያነሰ ስፋት ያላቸው ይመስላሉ, ይህም በማጣሪያ መሳሪያው ውስጥ ማለፍ ያስችላል. በአንዳንድ ሴሎች አናት ላይ ያልተለመደ መዋቅራዊ ማራዘሚያ ታይቷል፣ ልክ እንደ ፍሪንግ (ላቲን ኩኩለስ) (በ1D፣ E፣ G ያሉትን ቀስቶች ይመልከቱ)። ይህ ከመጠን በላይ ውጫዊ ሽፋን ያቀፈ ይመስላል, ይህም የፔሪፕላስሚክ ኤንቬሎፕ መጠን በፍጥነት በመቀነስ ምክንያት ሊሆን ይችላል, ውጫዊው ሽፋን ሳይበላሽ ሲቆይ, "ልቅ" መልክን ያሳያል. ASxL5T ንጥረ-ምግቦች በሌሉበት (በፒቢኤስ) ለረጅም ጊዜ በ 4 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ውስጥ ማሳደግ አብዛኛዎቹ (ነገር ግን ሁሉም አይደሉም) ሴሎች ኮክካል ሞርፎሎጂ (ምስል 1C) ያሳያሉ. ASxL5T ከካምፒሎባክተር ጄጁኒ ጋር ለ48 ሰአታት እንደ ምርኮ ሲያድግ፣ አማካኝ የሕዋስ መጠን ያለ አስተናጋጅ ካደጉ ህዋሶች በእጅጉ ይረዝማል እና ጠባብ ነው (ሠንጠረዥ 1 እና ምስል 1E)። በአንጻሩ፣ ASxL5T ከኢ.ኮላይ ጋር ለ48 ሰአታት አዳኝ ሆኖ ሲያድግ፣ አማካኝ የሕዋስ መጠን ያለአንዳች ካደገው የበለጠ ረዘም ያለ እና ሰፊ ነው (ሠንጠረዥ 1) እና የሕዋስ ርዝመቱ ተለዋዋጭ ነው፣ ብዙውን ጊዜ ፋይበር ያሳያል (ምስል 1F)። በ Campylobacter jejuni ወይም E.coli እንደ አዳኝ ለ48 ሰአታት ሲታከሉ፣ ASxL5T ሕዋሳት ምንም ባንዲራ አላሳዩም። ሠንጠረዥ 1 በ ASxL5T መኖር ፣ መቅረት እና የአደን አይነት ላይ በመመርኮዝ የሕዋስ መጠን ለውጦች ምልከታዎችን ያጠቃልላል።
የ ASx5LT TEM ማሳያ: (A) ASx5LT ረጅም ጅራፍ ያሳያል; (ለ) የተለመደው ASx5LT ባትሪ; (ሐ) cocci ASx5LT ሕዋሳት ያለ ንጥረ ነገሮች ከረዥም ጊዜ በኋላ; (D) የ ASx5LT ሴሎች ቡድን ያልተለመደ (ኢ) ASx5LT ሴል ቡድን በካምፕሎባክተር አዳኝ የተጨመረው የሕዋስ ርዝማኔ የጨመረው አዳኝ ዕድገት ከሌላቸው (ዲ) ጋር ሲወዳደር የአፕቲካል መዋቅርን አሳይቷል; (ኤፍ) ትልቅ Filamentous ፍላጀለም, ASx5LT ሕዋሳት, E. ኮላይ prey ጋር ከመታቀፉ በኋላ; (ጂ) አንድ ነጠላ ASx5LT ሴል ከኢ.ኮላይ ጋር ከተፈጠረ በኋላ ያልተለመደ የላይኛው መዋቅር ያሳያል። አሞሌው 1 μm ይወክላል።
የ16S rRNA ዘረ-መል (የመዳረሻ ቁጥር MT636545.1) መወሰን የውሂብ ጎታ ፍለጋዎች በGammaproteobacteria ክፍል ውስጥ ካሉት ጋር ተመሳሳይ የሆኑ ቅደም ተከተሎችን ለመመስረት ያስችላል፣ እና በባህር ስፒሪሉም ቤተሰብ ውስጥ ካሉ የባህር ባክቴሪያዎች በጣም ቅርብ ናቸው (ምስል 2) እና የTlassolituusgenusgenus አባላት ናቸው። ከ Marine Bacillus የቅርብ ዘመድ። የ16S አር ኤን ኤ ዘረ-መል (ጅን) ቅደም ተከተል የBdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) ቤተሰብ ከሆኑት አዳኝ ባክቴሪያዎች በግልጽ የተለየ ነው። የ B. bacteriovorus HD100T (አይነት ስትሬን፣ DSM 50701) እና B. bacteriovorus DM11A 48.4% እና 47.7% ሲሆኑ፣ ለ B. exovorus JSS ደግሞ 46.7% ነበር ። ASxL5T ባክቴሪያ የ 16S አር ኤን ኤ ጂን 3 ቅጂዎች አሏቸው ፣ ሁለቱ እርስ በእርስ ተመሳሳይ ናቸው ፣ እና ሶስተኛው በ 3 መሠረቶች ልዩነት አላቸው። ሌሎች ሁለት አዳኝ የባክቴሪያ መነጠል (ASx5S እና ASx5O፤ 16S rRNA ዘረመል ቁጥሮች MT636546.1 እና MT636547.1 በቅደም ተከተል) ከተመሳሳይ ቦታ የመጡ ተመሳሳይ morphological እና phenotypic ባህርያት ተመሳሳይ አይደሉም ነገር ግን ከ ASxL5T እና ካልሰለጠነ ባክቴሪያ የተለዩ ናቸው። የውሂብ ጎታ ቅደም ተከተሎች ከሌሎች ዘውጎች ጋር በአንድ ላይ ተሰብስበዋል። Oceanospirillaceae (ምስል 2). አጠቃላይ የ ASxL5T ጂኖም ቅደም ተከተል ተወስኖ በNCBI ዳታቤዝ ውስጥ ተቀምጧል እና የመግቢያ ቁጥሩ CP046056 ነው። የ ASxL5T ጂኖም ክብ ክሮሞዞም 2,831,152 bp እና G + C ሬሾ 56.1% ነው። የጂኖም ቅደም ተከተል 2653 ሲ.ዲ.ኤስ (ጠቅላላ) ይዟል፣ ከነሱም 2567ቱ ፕሮቲኖችን እንደሚያስቀምጡ ተተነበየ፣ ከዚህ ውስጥ 1596 ቱ እንደ የማስቀመጫ ተግባራት (60.2%) ሊመደብ ይችላል። ጂኖም 9 አር ኤን ኤ (3 እያንዳንዳቸው ለ 5S፣ 16S እና 23S) እና 57 tRNAsን ጨምሮ 67 አር ኤን ኤ ኮድ ጂኖችን ይዟል። የ ASxL5T ጂኖሚክ ባህሪያት ከ 16S አር ኤን ኤ ዘረ-መል (ሰንጠረዥ 2) ከተለዩት የቅርቡ አንጻራዊ ዝርያ ጂኖም ጋር ተነጻጽረዋል። የሚገኙትን Thalassolituus ጂኖም ከ ASxL5T ጋር ለማነፃፀር የአሚኖ አሲድ ማንነትን (AAI) ይጠቀሙ። በጣም ቅርብ የሆነው (ያልተሟላ) የጂኖም ቅደም ተከተል በAAI የሚወሰነው Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ያክሉ)። ይህ ውጥረቱ ከማሪያና ትሬንች ጥልቅ ባህር ውስጥ ተለይቷል፣ ነገር ግን በአሁኑ ጊዜ ስለዚህ ዝርያ ለማነፃፀር ምንም አይነት ፍኖታዊ መረጃ የለም። ከ ASxL5T 2.82Mb ጋር ሲነጻጸር፣የኦርጋኒክ ጂኖም በ4.36 ሜባ ይበልጣል። የባህር ውስጥ ስፒሮኬቴስ አማካኝ ጂኖም መጠን 4.16 ሜጋ ባይት ነው (± 1.1; n = 92 ሙሉ የማጣቀሻ ጂኖም ከ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly የተመረመረ)፣ ስለዚህ የ ASxL5T ጂኖም ከ ትዕዛዝ ከሌሎቹ አባላት ጋር ሲወዳደር በጣም ትንሽ ነው። GToTree 1.5.54 ን ተጠቀም በጂኖም ላይ የተመሰረተ የተገመተ ከፍተኛ የፋይሎጄኔቲክ ዛፍ (ስእል 3A)፣ የተጣጣመ እና የተገናኘ የአሚኖ አሲድ ቅደም ተከተሎችን በመጠቀም ለGammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 172 ነጠላ ቅጂ ጂኖች 17፣18። ትንታኔው ከታላሶሊቱስ ፣ ከባክቴሪያ አውሮፕላን እና ከባህር ባክቴሪያ ጋር በቅርበት የተዛመደ መሆኑን አሳይቷል። ሆኖም፣ እነዚህ መረጃዎች ASxL5T በማሪን Spirulina ካሉት ዘመዶቹ የተለየ እንደሆነ እና የጂኖም ቅደም ተከተል መረጃው እንደሚገኝ ያመለክታሉ።
የ 16S rRNA ዘረ-መል (ጅን) ቅደም ተከተል በመጠቀም የፋይሎጄኔቲክ ዛፍ የ ASxL5T, ASxO5 እና ASxS5 ዝርያዎችን (ከአንጀት ጋር) በማሪን Spirulinaceae ውስጥ ከሚገኙት ያልተመረቱ እና የባህር ውስጥ ባክቴሪያ ዝርያዎች አንጻር ያለውን አቀማመጥ ያጎላል. የጄንባንክ መዳረሻ ቁጥር በቅንፍ ውስጥ ያለውን የውጥረት ስም ይከተላል። ቅደም ተከተሎችን ለማመጣጠን ክላስትታል ደብልዩን ይጠቀሙ እና ከፍተኛውን የዕድል ዘዴን እና የታሙራ-ኒ ሞዴልን ተጠቀም ፋይሎጄኔቲክ ግንኙነቶችን ለመገመት እና በ MEGA X ፕሮግራም ውስጥ 1000 የተመሩ ድግግሞሾችን ያከናውኑ። በቅርንጫፉ ላይ ያለው ቁጥር የሚመራው ቅጂ ዋጋ ከ 50% በላይ መሆኑን ያመለክታል. Escherichia coli U/541T እንደ ውጪ ቡድን ጥቅም ላይ ውሏል።
(ሀ) በጂኖም ላይ የተመሰረተ የፋይሎጄኔቲክ ዛፍ, በባህር ውስጥ ስፒሮፒራሲያ ባክቴሪያ ASxL5T እና በቅርብ ዘመዶቹ, E.coli U 5/41T መካከል ያለውን ግንኙነት እንደ አንድ ቡድን ያሳያል. (ለ) ከ T. oleivorans MIL-1T ጋር ሲነፃፀር የጂኖች ተግባራዊ ምድብ ስርጭት በ ASx5LT ፕሮቲን ኦርቶሎጅስ ቡድን (COG) ክላስተር ላይ በመመርኮዝ ይተነብያል። በግራ በኩል ያለው ምስል በእያንዳንዱ ጂኖም ውስጥ በእያንዳንዱ ተግባራዊ የ COG ምድብ ውስጥ ያሉትን የጂኖች ብዛት ያሳያል. በቀኝ በኩል ያለው ግራፍ በእያንዳንዱ ተግባራዊ የ COG ቡድን ውስጥ የሚገኙትን የጂኖም መቶኛ ያሳያል። (ሐ) ከ T. oleiverans MIL-1T ጋር ሲነጻጸር የ ASxL5T ሙሉ የ KEGG (ኪዮቶ ኢንሳይክሎፔዲያ ኦቭ ጂኖች እና ጂኖም) ሞጁል መንገድ ትንተና።
በ ASxL5T ጂኖም ውስጥ የሚገኙትን የአካል ክፍሎች ጂኖችን ለመመርመር የ KEGG ዳታቤዝ በመጠቀም የኤሮቢክ ጋማ ፕሮቲየስን የተለመደ ሜታቦሊዝም መንገድ አሳይቷል። ASxL5T በኬሞታክሲስ፣ በፍላጀላ ስብሰባ እና በአይ ቪ fimbriae ስርዓት ላይ የተሳተፉ ጂኖችን ጨምሮ ለባክቴሪያ ሞተር ፕሮቲኖች የተመደቡ 75 ጂኖችን ይይዛል። በመጨረሻው ምድብ ከ10 ጂኖች ውስጥ 9 ቱ ለተለያዩ ፍጥረታት መንቀጥቀጥ ተጠያቂ ናቸው። የ ASxL5T ጂኖም ለ halophiles እንደሚጠበቀው ለ osmotic stress20 የመከላከያ ምላሽ ውስጥ የሚሳተፍ የተሟላ tetrahydropyrimidine biosynthetic pathway ይዟል። ጂኖም በተጨማሪም የሪቦፍላቪን ውህደት መንገዶችን ጨምሮ ለኮፋክተሮች እና ቫይታሚኖች ብዙ የተሟላ መንገዶችን ይዟል። ምንም እንኳን አልካኔ 1-ሞኖኦክሲጅኔዝ (alkB2) ጂን በ ASxL5T ውስጥ ቢገኝም፣ የሃይድሮካርቦን አጠቃቀም መንገድ አልተጠናቀቀም። በ ASxL5T ጂኖም ቅደም ተከተል በቲ. oleiverans MIL-1T21 ውስጥ ለሃይድሮካርቦኖች መበላሸት በዋናነት ተጠያቂ የሆኑት የጂኖች ሆሞሎጎች እንደ TOL_2658 (alkB) እና TOL_2772 (አልኮሆል dehydrogenase) አይገኙም። ምስል 3B በ ASxL5T እና የወይራ ዘይት MIL-1T መካከል ባለው የ COG ምድብ ውስጥ ያለውን የጂን ስርጭት ንፅፅር ያሳያል። በአጠቃላይ፣ ትንሹ ASxL5T ጂኖም ከትልቅ ተዛማጅ ጂኖም ጋር ሲነጻጸር ከእያንዳንዱ የ COG ምድብ የተመጣጣኝ ጥቂት ጂኖች ይዟል። በእያንዳንዱ የተግባር ምድብ ውስጥ ያሉት የጂኖች ብዛት እንደ ጂኖም በመቶኛ ሲገለጽ፣ በትርጉሙ ውስጥ ባሉ ጂኖች መቶኛ፣ ራይቦሶማል መዋቅር እና ባዮጄኔዝስ ምድቦች፣ እና የኃይል ምርት እና ልወጣ ተግባር ምድቦች ውስጥ ልዩነቶች ተገልጸዋል፣ ይህም ትልቁን ASxL5T ይመሰርታል። ጂኖም መቶኛ በT. oleiverans MIL-1T ጂኖም ውስጥ ካለው ተመሳሳይ ቡድን ጋር ተነጻጽሯል። በአንጻሩ ከ ASxL5T ጂኖም ጋር ሲነጻጸር T. oleivorans MIL-1T በማባዛት፣ እንደገና በማዋሃድ እና በመጠገን እና በግልባጭ ምድቦች ውስጥ ከፍተኛ የጂን መቶኛ አለው። የሚገርመው፣ በእያንዳንዱ የሁለቱ ጂኖም ይዘት ውስጥ ያለው ትልቁ ልዩነት በ ASxL5T (ምስል 3B) ውስጥ የሚገኙት ያልታወቁ ጂኖች ብዛት ነው። የKEGG ሞጁሎች የማበልፀጊያ ትንተና ተካሂዷል፣ እያንዳንዱ የKEGG ሞጁል ለማብራሪያ እና ለጂኖም ቅደም ተከተል መረጃ ባዮሎጂካል ትርጓሜ በእጅ የተገለጹ የተግባር አሃዶች ስብስብን ይወክላል። በ ASxL5T እና የወይራ MIL-1T ሙሉ የ KOG ሞጁል መንገድ የጂን ስርጭት ንፅፅር በስእል 3C ይታያል። ይህ ትንታኔ እንደሚያሳየው ASxL5T የተሟላ የሰልፈር እና የናይትሮጅን ሜታቦሊዝም መንገድ ቢኖረውም ቲ.ኦሊቨራንስ MIL-1T ግን የለውም። በአንጻሩ T. oleiverans MIL-1T የተሟላ ሳይስቴይን እና ሜታዮኒን ሜታቦሊዝም መንገድ አለው ነገር ግን በ ASxL5T ያልተሟላ ነው። ስለዚህ፣ ASxL5T ለሰልፌት ውህደት የባህሪ ሞጁል አለው (እንደ ፍኖተቲክ ማርከሮች እንደ ሜታቦሊክ አቅም ወይም በሽታ አምጪነት ያሉ የጂኖች ስብስብ ይገለጻል፤ https://www.genome.jp/kegg/module.html) በቲ oleiverans MIL-1T. የ ASxL5T ጂን ይዘት አዳኝ የአኗኗር ዘይቤን ከሚጠቁሙት ጂኖች ዝርዝር ጋር ማወዳደር የማያሳስብ ነው። ምንም እንኳን ከኦ አንቲጅን ፖሊሰካካርዴድ ጋር የተያያዘውን ሊጋዝ ወደ ኮር የሚይዘው ዋኤል ጂን በ ASxL5T ጂኖም ውስጥ ቢገኝም (ነገር ግን በብዙ ግራም-አሉታዊ ባክቴሪያዎች የተለመደ ነው) tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) ጂኖች 60 አሚኖዎችን ሊያካትት ይችላል. በአብዛኛው በሌሉ አዳኝ ባክቴሪያዎች ውስጥ የሚገኙ የአሲድ ክልሎች። በኤኤስኤክስኤል5ቲ ጂኖም ውስጥ ሌላ አዳኝ ባህሪይ ጂኖች የሉም፣ በሜቫሎንቴት መንገድ ውስጥ በአይሶፕረኖይድ ባዮሲንተሲስ ውስጥ የተሳተፉትን ኢንዛይሞችን ጨምሮ። በተመረመረው አዳኝ ቡድን ውስጥ ምንም ግልባጭ ተቆጣጣሪ ጂን gntR እንደሌለ ልብ ይበሉ ፣ ግን በ ASxL5T ውስጥ ሶስት gntR የሚመስሉ ጂኖች ሊታወቁ ይችላሉ።
የ ASxL5T ፍኖቲፒካል ባህሪያት በሰንጠረዥ 3 ውስጥ ተጠቃለዋል እና በሥነ-ጽሑፍ ውስጥ ከተመዘገቡት ተዛማጅ ጄኔራሎች 23, 24, 25, 26, እና 27 ጋር ሲነጻጸር. ከቲ.ማሪነስ፣ ቲ ኦሌቮራንስ፣ ቢ. sanyensis እና Oceanobacter kriegii የሚለዩት ንቁ፣ ጨው-ታጋሽ፣ ኦክሳይድ-አዎንታዊ ዘንግ-ቅርጽ ያላቸው አካላት ናቸው፣ ነገር ግን ከ ASxL5T ጋር ምንም አይነት ሌላ ፍኖተ-ባህሪያት የላቸውም ማለት ይቻላል። የውቅያኖስ አማካኝ ፒኤች 8.1 ነው (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) ይህ በT. marinus፣ T. olevorans፣ B. sanyensis እና O. kriegii. ASxL5T ለትልቅ የፒኤች ክልል (4-9) የባህር ላይ ያልሆኑ ዝርያዎች የተለመደ ነው። የታላሶሊቱስ ስፒ. C2-1. ያልታወቀ። የ ASxL5T የእድገት የሙቀት መጠን በአጠቃላይ ከባህር ውስጥ ዝርያዎች (4-42 ° ሴ) የበለጠ ሰፊ ነው, ምንም እንኳን ጥቂቶቹ ግን ሁሉም የቲ.ማሪነስ መነጠል ሙቀትን የሚቋቋሙ ናቸው. ASxL5Tን በብሮት ሚዲያ ውስጥ ማደግ አለመቻሉ ተጨማሪ የፍኖታይፕ ባህሪን ከልክሏል። ኤፒአይ 20E ይጠቀሙ ከቢኤ ሳህን ፣ ONPG ፣ arginine dihydrolase ፣ lysine decarboxylase ፣ ornithine decarboxylase ፣ citrate utilization ፣ urease ፣ tryptophan deaminase ፣ gelatin hydrolysis ኢንዛይም ፣ የፈተና ውጤቶቹ ሁሉም አሉታዊ ነበሩ ፣ ግን ምንም ኢንዶል ፣ አሴቶይን እና ኤች.ኤስ. ተመርተው ነበር። ያልተመረቱ ካርቦሃይድሬትስ የሚከተሉትን ያጠቃልላሉ-ግሉኮስ ፣ ማንኖስ ፣ ኢኖሲቶል ፣ sorbitol ፣ rhamnose ፣ sucrose ፣ melibiose ፣ amygdalin እና arabinose። ከታተሙት ተዛማጅ የማመሳከሪያ ዓይነቶች ጋር ሲነጻጸር፣ የ ASxL5T ዘር ሴሉላር ፋቲ አሲድ መገለጫ በሰንጠረዥ 4 ውስጥ ይታያል። ዋና ሴሉላር ፋቲ አሲድ C16:1ω6c እና/ወይም C16:1ω7c፣ C16:0 እና C18:1ω9 ናቸው። ሃይድሮክሲ ፋቲ አሲድ C12:0 3-OH እና C10:0 3-OH እንዲሁ አሉ። በASxL5T ውስጥ ያለው የC16፡0 ጥምርታ ከተዛመደው የዘር ሐረግ ዋጋ ከፍ ያለ ነው። በተቃራኒው፣ ከዘገበው T. marinus IMCC1826TT ጋር ሲነጻጸር፣ በ ASxL5T ውስጥ የC18፡1ω7c እና/ወይም C18፡1ω6c ሬሾ ቀንሷል። oleivorans MIL-1T እና O. kriegii DSM 6294T፣ ግን በ B. sanyensis KCTC 32220T ውስጥ አልተገኘም። የ ASxL5T እና ASxLS የሰባ አሲድ መገለጫዎችን በማነፃፀር በሁለቱ ዝርያዎች መካከል ባለው የጂኖሚክ ዲ ኤን ኤ ቅደም ተከተል መካከል ባለው የግለሰባዊ ቅባት አሲድ መጠን ላይ ስውር ልዩነቶችን አሳይቷል። የሱዳን ጥቁር ሙከራን በመጠቀም ምንም የ poly-3-hydroxybutyrate (PHB) ቅንጣቶች አልተገኙም።
የ ASxL5T ባክቴሪያ የቅድመ መከላከል እንቅስቃሴ የአደንን መጠን ለማወቅ ጥናት ተካሂዷል። ይህ ባክቴሪያ በካምፒሎባክተር ዝርያዎች ላይ ንጣፎችን ሊፈጥር ይችላል እነዚህም የሚከተሉትን ያካትታሉ: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 እና C. upsaliensis NCTC 11541T. ሰፋ ያለ ግራም-አሉታዊ እና ግራም-አዎንታዊ ባክቴሪያዎችን ለመፈተሽ ዘዴው በአስተናጋጅ ክልል መወሰኛ ክፍል ውስጥ የተዘረዘሩትን ባህሎች ይጠቀሙ። ውጤቶቹ እንደሚያሳዩት ASxL5T በ Escherichia coli NCTC 86 እና Citrobacter freundii NCTC 9750T ውስጥም ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል። በ Klebsiella oxytoca 11466 ላይ የተፈጠሩ ንጣፎች የ TEM መስተጋብር ከኢ.ኮሊ NCTC 86 ጋር በስእል 4A-D ይታያል, እና ከ Campylobacter jejuni PT14 እና Campylobacter suis S12 ጋር ያለው ግንኙነት በስእል 4E-H መካከለኛ. የጥቃት ስልቱ በተፈተኑት አዳኝ አይነቶች መካከል የተለየ ይመስላል፣ አንድ ወይም ከዚያ በላይ ኢ.ኮላይ ህዋሶች ከእያንዳንዱ ASxL5T ሴል ጋር ተያይዘው ወደ ጎን ከመግባታቸው በፊት በተዘረጋው ሴል ላይ ተቀምጠዋል። በአንጻሩ፣ ASxL5T ከካምፒሎባክተር ጋር በአንድ የግንኙነት ነጥብ በኩል ተያይዟል፣ ብዙውን ጊዜ ከአዳኝ ሴል ጫፍ ጋር እና ከካምፒሎባክተር ሴል ጫፍ አጠገብ (ምስል 4H) አጠገብ ይታያል።
TEM በ ASx5LT እና prey: (AD) እና E.coli prey መካከል ያለውን መስተጋብር ያሳያል; (EH) እና C. jejuni prey። (ሀ) የተለመደ ASx5LT ሕዋስ ከአንድ ኢ.ኮላይ (ኢ.ሲ.) ሕዋስ ጋር የተገናኘ; (ለ) ከአንድ EC ሕዋስ ጋር የተያያዘ ፋይበር ASx5LT; (ሐ) ፋይበር ASx5LT ሴል ከብዙ ኢ.ሲ.ሴሎች ጋር የተገናኘ; (D) አባሪ ትናንሽ ASx5LT ሴሎች በአንድ ኢ. ኮላይ (ኢ.ሲ.) ሕዋስ ላይ; (ኢ) አንድ ነጠላ ASx5LT ሕዋስ ከካምፒሎባክተር ጄጁኒ (ሲጄ) ሕዋስ ጋር የተገናኘ; (ኤፍ) ASx5LT ጥቃቶች C. hyointestinalis (CH) ሕዋሳት; (ጂ) ሁለት አንድ ASx5LT ሕዋስ በ CJ ሕዋስ ላይ ጥቃት ሰነዘረ; (H) የ ASx5LT ተያያዥ ነጥብ፣ ከሲጄ ሴል ጫፍ አጠገብ (ባር 0.2 μm) ቅርብ እይታ። አሞሌው 1 μm በ (A-G) ውስጥ ይወክላል።
አዳኝ ተህዋሲያን የተትረፈረፈ አዳኝ ምንጮችን ለመጠቀም ተሻሽለዋል። በግልጽ ለማየት እንደሚቻለው, በተለያዩ አካባቢዎች ውስጥ በሰፊው ይገኛሉ. በሕዝብ ብዛት ጠባብነት ምክንያት የፋጌን የመለየት ዘዴን በመጠቀም ASxL5T ባክቴሪያዎችን ከቅዝቃዛው መለየት ይቻላል. የ ASxL5T ጂኖሚክ አግባብነት በባህር ውስጥ ባክቴሪያ ውስጥ ከሚገኙት የ oceanospirillaceae ቤተሰብ አባላት ጋር ያለው ጠቀሜታ አስገራሚ ነው, ምንም እንኳን ኦርጋኒዝም ጨው-ታጋሽ እና 5% ጨው ባለው መካከለኛ ላይ ማደግ ይችላል. የውሃ ጥራት ትንተና የሶዲየም ክሎራይድ ይዘት ከ 0.1% ያነሰ መሆኑን ያሳያል. ስለዚህ, ጭቃ ከባህር አካባቢ በጣም የራቀ ነው - በጂኦግራፊያዊ እና በኬሚካል. ሶስት ተዛማጅ ነገር ግን ከተመሳሳይ ምንጭ የተለዩ ነገሮች መኖራቸው እነዚህ አዳኞች በዚህ የባህር ላይ ባልሆነ አካባቢ እየበለፀጉ መሆናቸውን የሚያሳይ ማስረጃ ነው። በተጨማሪም የማይክሮባዮም ትንተና (የውሂብ ፋይሎች ከ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 ይገኛሉ) ተመሳሳይ የ 16S rRNA ጂን ቅደም ተከተል በ 50 ከፍተኛ የተትረፈረፈ ኦፕሬሽን ታክስ (OTU) ውስጥ ይገኛል ። ) በጭቃው ጥቂት የናሙና ክፍተቶች ውስጥ። ከ ASxL5T ባክቴሪያ ጋር ተመሳሳይ የሆኑ 16S rRNA ዘረ-መል ያላቸው በጄንባንክ ዳታቤዝ ውስጥ ብዙ ያልሰለጠኑ ባክቴሪያዎች ተገኝተዋል። እነዚህ ቅደም ተከተሎች፣ ከ ASxL5T፣ ASxS5 እና ASxO5 ቅደም ተከተሎች ጋር፣ ከThalsolituus እና Oceanobacter የተለዩ ክላዶችን የሚያመለክቱ ይመስላሉ (ምስል 2)። በ2009 በደቡብ አፍሪካ የወርቅ ማዕድን ማውጫ ውስጥ 1.3 ኪሎ ሜትር ጥልቀት ላይ ከፋይስ ውሃ ውስጥ ሶስት አይነት ያልሰለጠኑ ባክቴሪያ (GQ921362፣ GQ921357 እና GQ921396) የተቀሩት ሁለቱ (DQ256320 እና DQ337006) በደቡብ አፍሪካ ከከርሰ ምድር ውሃ ተለይተዋል። በ2005)። ከASxL5T ጋር በጣም የሚቀራረበው የ16S አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተል ከሰሜን ፈረንሳይ የባህር ዳርቻዎች በ2006 (የመዳረሻ ቁጥር AM29240828) ከተገኘው አሸዋማ ደለል የማበልጸግ ባህል የተገኘው የ16S አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተል አካል ነው። ሌላ በቅርበት የተዛመደ 16S አር ኤን ኤ ዘረ-መል (ጅን) ቅደም ተከተል ካልተመረተው ባክቴሪያ HQ183822.1 የተገኘው በቻይና ከሚገኝ ማዘጋጃ ቤት የቆሻሻ መጣያ ከተፈሰሰው የመሰብሰቢያ ታንክ ነው። በግልጽ እንደሚታየው፣ ASxL5T ባክቴሪያ በታክሶኖሚክ ዳታቤዝ ውስጥ ብዙም አይወክልም፣ ነገር ግን እነዚህ ካልዳበሩ ባክቴሪያዎች የሚመጡት ቅደም ተከተሎች ከ ASxL5T ጋር ተመሳሳይ የሆኑ ፍጥረታትን ሊወክሉ ይችላሉ፣ እነሱም በዓለም ዙሪያ ተሰራጭተዋል፣ አብዛኛውን ጊዜ ፈታኝ በሆኑ አካባቢዎች። ከጠቅላላው የጂኖም ፋይሎጄኔቲክ ትንታኔ ፣ ከ ASxL5T የቅርብ ዘመድ Thalassolituus sp ነው። C2-1, T. marinus, T. oleivorans. እና O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus በባህር ውስጥ እና በመሬት ላይ ባሉ አካባቢዎች ውስጥ በሰፊው የተስፋፋው የባህር አስገዳጅ የሃይድሮካርቦን ቁርጥራጭ ባክቴሪያ (OHCB) አባል ነው, እና አብዛኛውን ጊዜ ከሃይድሮካርቦን ብክለት በኋላ የበላይ ይሆናል30,31. የባህር ውስጥ ባክቴሪያዎች የኦኤችሲቢ ቡድን አባላት አይደሉም ነገር ግን ከባህር አካባቢ የተገለሉ ናቸው።
የፍኖቲፒክ መረጃ እንደሚያመለክተው ASxL5T አዲስ ዝርያ እና በባህር ውስጥ ስፒሮስፔራሴ ቤተሰብ ውስጥ ቀደም ሲል ያልታወቀ ዝርያ አባል ነው። በአሁኑ ጊዜ አዲስ የተለዩ ዝርያዎችን ወደ አዲስ ጂነስ ለመመደብ ምንም ግልጽ መስፈርት የለም። ሁለንተናዊ የጄኔራ ድንበሮችን ለመወሰን ሙከራዎች ተደርገዋል, ለምሳሌ, በጥንታዊ ፕሮቲን (POCP) ጂኖም መቶኛ ላይ በመመስረት, የተቆረጠው ዋጋ 50% ከማመሳከሪያው 33 ጋር ተመሳሳይ እንዲሆን ይመከራል. ሌሎች ደግሞ የ AAI እሴቶችን መጠቀምን ይጠቁማሉ, ይህም ከ POCP በላይ ጥቅሞች አሉት ምክንያቱም ካልተሟሉ ጂኖም34 ሊገኙ ይችላሉ. ደራሲው የ AAI ዋጋ ከ 74% በታች ከሆነ ሞዴል ዝርያ ሞዴል ጋር ሲነጻጸር, ውጥረቱ የተለየ ዝርያ ተወካይ ነው ብሎ ያምናል. በባህር ውስጥ ስፒሪላሴኤ ውስጥ ያለው ሞዴል ዝርያ የባህር ስፒሪል ነው, እና የሞዴል ዝርያ O.linum ATCC 11336T ነው. በ ASxL5T እና O.linum ATCC 11336T መካከል ያለው የAAI ዋጋ 54.34% ሲሆን በ ASxL5T እና T. oleivorans MIL-1T (የጂነስ አይነት ዝርያዎች) መካከል ያለው የAAI ዋጋ 67.61% ሲሆን ይህም ASxL5T ከTlassolituus የተለየ አዲስ ዝርያን እንደሚያመለክት ያሳያል። የ16S አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተል እንደ ምደባ መስፈርት በመጠቀም፣ የተጠቆመው የዘር ወሰን 94.5%35 ነው። ASxL5T 95.03% 16S rRNA ተከታታይ ማንነትን ከT. oleivorans MIL-1T እና 96.17% ጋር በማሳየት በ Thalassolituus ጂነስ ውስጥ ሊቀመጥ ይችላል። ማሪነስ IMCC1826T. ነገር ግን፣ 94.64% 16S አር ኤን ኤ ጂን ማንነት ከ B. sanyensis NV9 ጋር ባለው የባክቴሮይድ ጂነስ ውስጥ ይቀመጣል፣ ይህም እንደ 16S አር ኤን ኤ ጂን ያሉ ነጠላ ጂን መጠቀም የዘፈቀደ ምደባ እና ምደባን እንደሚያመጣ ያሳያል። ሌላው የተጠቆመው ዘዴ ኤኤንአይ እና የጂኖም አሰላለፍ ነጥብ (ኤኤፍ) በመጠቀም ከሁሉም አይነት እና ነባር የዘረመል አይነቶች ያልሆኑትን የውሂብ ነጥቦችን መሰባሰቡን ይመረምራል። ደራሲው የጂነስ ወሰንን ከታክሱ ልዩ ግምት ከተገመተው የመቀየሪያ ነጥብ ጋር በማጣመር ይመክራል። ነገር ግን፣ ከThalassolituus isolates በቂ የተሟላ የጂኖም ቅደም ተከተሎች ከሌሉ፣ በዚህ ዘዴ ASxL5T የThalassolituus ጂነስ መሆን አለመሆኑን ማወቅ አይቻልም። ለመተንተን የተሟሉ የጂኖም ቅደም ተከተሎች ውሱንነት በመኖሩ ምክንያት ሙሉውን የጂኖም ፋይሎጄኔቲክ ዛፍ በጥንቃቄ መተርጎም አለበት. በሁለተኛ ደረጃ, አጠቃላይ የጂኖም ንጽጽር ዘዴዎች በንፅፅር ጂኖም መጠን ላይ ከፍተኛ ልዩነት ሊኖራቸው አይችልም. የተጠበቁ ዋና ነጠላ ቅጂ ጂኖች በተዛማጅ ዝርያዎች መካከል ያለውን ተመሳሳይነት ለካ፣ ነገር ግን በጣም ትንሽ በሆነው ASxL5T ጂኖም ውስጥ የሌሉትን ብዛት ያላቸውን ጂኖች ግምት ውስጥ አላስገቡም። በግልጽ እንደሚታየው ASxL5T እና Thalassolituus፣ Oceanobacter እና Bacterioplanes ጨምሮ ቡድኖች አንድ የጋራ ቅድመ አያት አላቸው፣ ነገር ግን ዝግመተ ለውጥ የተለየ መንገድ ወስዷል፣ ይህም ጂኖም እንዲቀንስ አድርጓል፣ ይህም ከአዳኝ የአኗኗር ዘይቤ ጋር መላመድ ሊሆን ይችላል። ይህ በ28% የሚበልጥ እና በተለያዩ የአካባቢ ግፊቶች ሃይድሮካርቦን 23,30 ለመጠቀም ከፈጠረው ከቲ. oleivorans MIL-1T ጋር ተቃራኒ ነው። እንደ ሪኬትሲያ፣ ክላሚዲያ እና ቡችነራ ካሉ የግዴታ ሴሉላር ተውሳኮች እና ሲምቢዮንስ ጋር አስደሳች ንጽጽር ማድረግ ይቻላል። የጂኖም መጠናቸው 1 ሜባ አካባቢ ነው። የእንግዴ ሴል ሜታቦሊቲዎችን የመጠቀም ችሎታ ወደ ጂን መጥፋት ያመራል፣ ስለዚህ ጉልህ የሆነ የዝግመተ ለውጥ ጂኖሚክ ውድመት ተደረገ። ከባህር ኬሚካላዊ ንጥረ-ምግቦች ወደ አዳኝ የአኗኗር ዘይቤዎች የሚመጡ የዝግመተ ለውጥ ለውጦች ተመሳሳይ የጂኖም መጠን እንዲቀንስ ሊያደርግ ይችላል። የ COG እና KEGG ትንተና ለተወሰኑ ተግባራት ጥቅም ላይ የሚውሉትን የጂኖች ብዛት እና በ ASxL5T እና T. oleivorans MIL-1T መካከል ባለው የጂኖሚክ መንገዶች ውስጥ ያለውን ዓለም አቀፍ ልዩነት ያጎላል, እነዚህም በተንቀሳቃሽ የጄኔቲክ ንጥረ ነገሮች ሰፊ ስርጭት ምክንያት አይደሉም. የ ASxL5T አጠቃላይ ጂኖም የ G + C ሬሾ 56.1% ነው ፣ እና የቲ ኦሊቮራንስ MIL-1T 46.6% ነው ፣ ይህ ደግሞ የተከፋፈለ መሆኑን ያሳያል ።
የ ASxL5T ጂኖም የኮድ ይዘትን መመርመር ስለ ፍኖቲፒካል ባህሪያት ተግባራዊ ግንዛቤዎችን ይሰጣል። የጂኖች ኢንኮዲንግ ዓይነት IV fimbriae (Tfp) መኖሩ ልዩ ትኩረት የሚስብ ነው ምክንያቱም የሕዋስ እንቅስቃሴን ስለሚያበረታቱ, ማህበራዊ መንሸራተት ወይም መንቀጥቀጥ, ላይ ላዩን ፍላጀላ ሳይኖር. እንደ ሪፖርቶች ከሆነ Tfp ሌሎች ተግባራት አሉት እነሱም አዳኝ ፣ በሽታ አምጪ ተህዋስያን ፣ ባዮፊልም ምስረታ ፣ የተፈጥሮ ዲ ኤን ኤ መውሰድ ፣ አውቶማቲክ ሕዋስ ማሰባሰብ እና ልማት38። የ ASxL5T ጂኖም diguanylate cyclase (2 ጓኖሲን ትራይፎስፌት ወደ ጓኖሲን 2 ፎስፌት እና ሳይክሊክ ዲጂኤምፒ) የሚቀይር ኢንዛይም 18 ጂኖችን ይይዛል እና ተዛማጅ diguanylate cyclase phosphate diguanylate 6 ጂኖችን ይይዛል። የኢስተር ጂን (የሳይክል ዲ-ጂኤምፒን ወደ ጓኖዚን ሞኖፎስፌት መበላሸትን ማቃለል) ትኩረት የሚስብ ነው ምክንያቱም cycl-di-GMP በባዮፊልም ልማት እና መለያየት ፣ እንቅስቃሴ ፣ የሕዋስ ትስስር እና ቫይረስ 39 ፣ 40 በሂደቱ ውስጥ የተሳተፈ አስፈላጊ ሁለተኛ መልእክተኛ ነው። በተጨማሪም በ Bdellovibrio bacteriovorus ውስጥ, ሳይክሊክ ድርብ GMP በነጻ ህይወት እና አዳኝ የአኗኗር ዘይቤ መካከል ያለውን ሽግግር ለመቆጣጠር እንደታየ ልብ ሊባል ይገባል41.
በአዳኝ ተህዋሲያን ላይ የተደረገው አብዛኛው ምርምር በBdellovibrio፣ Bdellovibrio-like organisms እና Myxococcus ዝርያዎች ላይ ያተኮረ ነው። እነዚህ እና ሌሎች የታወቁ አዳኝ ባክቴሪያዎች ምሳሌዎች የተለያየ ቡድን ይመሰርታሉ። ምንም እንኳን ይህ ልዩነት ቢኖርም ፣ የታወቁ የ 11 አዳኝ ተህዋሲያን ተውሳኮችን የሚያንፀባርቁ የባህሪ ፕሮቲን ቤተሰቦች ስብስብ ተለይቷል 3,22። ነገር ግን፣ ኦ አንቲጅን ሊጋሴ (ዋኤል) ኮድ የሚያደርጉ ጂኖች ብቻ ተለይተዋል፣ ይህ በተለይ በ ግራም-አሉታዊ ባክቴሪያ ውስጥ የተለመደ ነው። ይህ የመተንተን ዘዴ ASxL5Tን እንደ አዳኝ ለመሰየም አጋዥ አይደለም፣ ምናልባትም ልብ ወለድ የጥቃት ስትራቴጂ ስለሚጠቀም። በጣም የተለያየ አዳኝ የባክቴሪያ ጂኖም መገኘት በቡድን አባላት መካከል ያለውን የአሠራር እና የአካባቢያዊ ልዩነቶችን ማስረጃዎች ከግምት ውስጥ በማስገባት የተሻሉ ትንታኔዎችን ለማዘጋጀት ይረዳል. በዚህ ትንታኔ ውስጥ ያልተካተቱ አዳኝ ባክቴሪያ ምሳሌዎች የCupriavidus necator42 እና Bradymonabacteria43 አባላትን ያጠቃልላሉ ምክንያቱም ተመራማሪዎች የተለያዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ማህበረሰቦችን ሲመረምሩ ብዙ አዳኝ ታክሶች ተመስርተዋል።
በTEM ምስል የተቀረፀው የ ASxL5T ባክቴሪያ በጣም ታዋቂው ባህሪ ልዩ እና ተለዋዋጭ ሞርፎሎጂ ነው ፣ ይህም ከአደን ባክቴሪያ ጋር ያለውን ግንኙነት ሊያበረታታ ይችላል። የሚታየው የመስተጋብር አይነት ከሌሎች አዳኝ ተህዋሲያን የተለየ ሲሆን ከዚህ ቀደም አልተገኘም ወይም አልተዘገበም። የታቀደው ASxL5T አዳኝ የሕይወት ዑደት በስእል 5 ይታያል። እዚህ ላይ እንደምናቀርበው በሥነ ጽሑፍ ውስጥ ተመሳሳይ የአፕቲካል አወቃቀሮች ያላቸው ጥቂት ምሳሌዎች አሉ ነገር ግን እነዚህ ምሳሌዎች Terasakiispira papahanaumokuakeensis፣ የባህር ውስጥ ስፒሪልየም ባክቴሪያ አልፎ አልፎ ከፍተኛ መጠን ያለው 44 እና አልፋፕሮቴቦባክቴሪያ፣ ቴራሳኪላ ፐስ ይገኙበታል። ቀደም ሲል የውቅያኖስፒሪሉም ዝርያ የነበረ፣ ኤግዚቢሽን "የዋልታ ፊልም" ተብሎ የሚጠራው 45. የኮሲ ቅርጾች ብዙውን ጊዜ በአሮጌ ባህሎች ውስጥ ይስተዋላሉ, በተለይም እንደ Vibrio, Campylobacter እና Helicobacter 46, 47, 48 የመሳሰሉ የተጠማዘዘ ቅርጾች ላላቸው ባክቴሪያዎች, ይህም የተበላሸ ሁኔታን ሊያመለክት ይችላል. የ ASxL5T ባክቴሪያዎችን ትክክለኛ የህይወት ዑደት ለማብራራት ተጨማሪ ስራ ያስፈልጋል. እንዴት እንደሚይዝ እና እንደሚይዝ እና ጂኖም ለህክምና ወይም ለባዮቴክኖሎጂ አገልግሎት ሊውሉ የሚችሉ ባዮሎጂያዊ ንቁ ውህዶችን መደበቅ አለመሆኑን ለመወሰን።
የ Venatorbacter Gen. መግለጫ ህዳር Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ከ L. n. venator,'አዳኝ' እና Gr.n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a አደን ዘንግ' venators የተዋቀረ ነው. ሴሎች ኤሮቢክ, ጨው-ታጋሽ ናቸው, ጥምዝ ግራም እድፍ, የ PHB እንቅስቃሴ አዎንታዊ ናቸው ከ 4 እስከ 42 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ያለው የሙቀት መጠን ከ 4 እስከ 9 ባለው የባህር ውስጥ ቀንድ አውጣዎች ውስጥ ፣ አብዛኛዎቹ የአሲድ ፒኤች አይታገሡም ። C18:1ω9; C12:0 3-OH እና C10:0 3-OH እንደ ሃይድሮክሳይድ ቅባት ይገኛሉ አሲዲዎች በሾርባ ውስጥ አይበቅሉም የዲኤንኤው G + C ይዘት 56.1 ሞል ነው .
የ Venatorbacter cucullus sp መግለጫ. ህዳር Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus ማለት ፍትሃዊ ማለት ነው)።
በተጨማሪም የዚህ ዝርያ ገላጭ ባህሪ በ BA ወይም BHI ላይ ሲበቅሉ ሴሎቹ 1.63 µm ርዝመትና 0.37 µm ስፋት ያላቸው መሆኑ ነው። በ BHI agar ላይ ያሉ ቅኝ ግዛቶች በጣም ትንሽ ናቸው, ከ 72 ሰዓታት በኋላ ወደ 2 ሚሊ ሜትር ዲያሜትር ይደርሳሉ. እነሱ beige, translucent, ክብ, ኮንቬክስ እና አንጸባራቂ ናቸው. የዚህ ዝርያ አባላት Escherichia coli እና Klebsiella ሊጠቀሙ ይችላሉ. ካምፖሎባክተር እና ሌሎች በርካታ ግራም-አሉታዊ ባክቴሪያዎች እንደ አዳኝ ሆነው ያገለግላሉ።
የተለመደው ASxL5T ከበሬ ሥጋ ወተት በኖቲንግሃምሻየር፣ ዩኬ ተለይቷል እና በብሔራዊ የባህል ስብስብ (ዩኬ) ውስጥ ተቀምጧል፡ የመግቢያ ቁጥር NCTC 14397 እና የኔዘርላንድ የባክቴሪያ ባህል ስብስብ (NCCB) የመግቢያ ቁጥር NCCB 100775። የ ASxL5T ሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል በ CP046056 በተጨማሪ በ Genbank ተቀምጧል።
ASxL5T ባክቴሪያዎች phage isolation technology9,49 በመጠቀም ከበሬ ሥጋ ወተት ተለይተዋል። ዝቃጩ በ1፡9 (ወ/v) በኤስኤም ቋት (50 ሚሜ ትሪስ-ኤችሲኤል [pH 7.5]፣ 0.1 M NaCl፣ 8 mM MgSO4.7H2O እና 0.01% gelatin፤ ሲግማ አልድሪች፣ ጊሊንግሃም፣ ዩኬ)፣ ከዚያም መክተት ተደረገ። በ 4 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ውስጥ ለ 24 ሰአታት, አዳኞችን ወደ መያዣው ውስጥ ለማስወጣት ቀስ ብሎ ማዞር. እገዳው በ 3000 ግራም ለ 3 ደቂቃዎች በሴንትሪፉድ ነበር. የሱፐርኔቱ ተሰብስቦ በ 13,000 ግራም ለሁለተኛ ጊዜ ለ 5 ደቂቃዎች. የተረፈውን የባክቴሪያ ህዋሶች ለማስወገድ በ 0.45 μm membrane ማጣሪያ (ሚኒሰርት፤ ሳርቶሪየስ፣ ጎቲንገን፣ ጀርመን) እና 0.2 μm membrane ማጣሪያ (ሚኒሰርት) በኩል አልፏል። ASxL5T እነዚህን ማጣሪያዎች ማለፍ ይችላል። የ Campylobacter enterosus S12 (NCBI accession ቁጥር CP040464) ለስላሳ የአጋር ሣር የተዘጋጀው ከተመሳሳይ ፈሳሽ ውስጥ መደበኛ ቴክኒኮችን በመጠቀም ነው። የተጣራው ዝቃጭ በእያንዳንዳቸው በ10 µl ጠብታዎች ውስጥ በእነዚህ አስተናጋጅ ሴል ፕላቶች ላይ ተሰራጭቶ እንዲደርቅ ተፈቅዶለታል። ሳህኑ በማይክሮኤሮቢክ ሁኔታዎች (5% O2, 5% H2, 10% CO2 እና 80% N2) ውስጥ በ 37 ዲግሪ ሴንቲግሬድ ውስጥ በ 48 ሰአታት ውስጥ በማይክሮኤሮፊል ታንክ ውስጥ ተተክሏል. የተገኘው የሚታየው ንጣፍ ወደ ኤስኤም ቋት ተወስዶ ወደ ትኩስ የC. hyointestinalis S12 የሣር ክዳን ተላልፎ የተያዙ ሕያዋን ፍጥረታትን የበለጠ ለማባዛት። ተህዋሲያን የሊቲክ ፕላስተር መንስኤዎች እንጂ ፋጌው እንዳልሆኑ ከተረጋገጠ, ከአስተናጋጁ ራሱን ችሎ አካልን ለማደግ እና የበለጠ ባህሪይ ለማድረግ ይሞክሩ. የኤሮቢክ ባህል በ 37 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ በ 5% ቪ / ቪ ዲፊብሪነድ የፈረስ ደም (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplement) ተካሂዷል. በብሔራዊ ክሊኒካዊ ደረጃዎች ኮሚቴ መመሪያዎች መሠረት የዲስክ ስርጭት ዘዴ ለፀረ-ባክቴሪያ ተጋላጭነት ምርመራ ጥቅም ላይ ይውላል. BHI agar ለኤሮቢክ ባህል የሚከተሉትን አንቲባዮቲክስ (ኦክሳይድ) የያዘ ዲስክ በመጠቀም በ 37 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ያዳብራል: amoxicillin እና clavulanic acid 30 μg; cefotaxime 30 µg; ስትሬፕቶማይሲን 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg ናሊዲክሲክ አሲድ 30 µg; ኢሚፔነም 10 µg; አዚትሮሚሲን 15 µg; ክሎራምፊኒኮል 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; አምፒሲሊን 10 µg; ሴፎዶክሲም 10 µg; Trimethoprim-sulfamethoxazole 25 µg. የጨው መቻቻል በ BHI agar plates ላይ በአይሮቢክ ኢንኩቤሽን በ 37 ° ሴ. እስከ 10% w/v የማጎሪያ ክልል ለማቅረብ ተጨማሪ NaCl ወደ BHI agar plates ተጨምሯል። የፒኤች መጠን የሚወሰነው በኤሮቢክ ባህል በ BHI agar plates ላይ በ 37 ዲግሪ ሴንቲግሬድ ሲሆን የፒኤች መጠን በ4 እና 9 መካከል በንፁህ HCl ወይም በንፁህ NaOH መካከል ተስተካክሏል፣ እና ሳህኑን ከመፍሰሱ በፊት የታለመው የፒኤች እሴት ይረጋገጣል። ለሴሉላር ፋቲ አሲድ ትንተና፣ ASxL5T በ BHI agar ለ 3 ቀናት እና ኤሮቢክ በ 37 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ተበድሏል። በMIDI (Sherlock Microbial Identification System፣ ስሪት 6.10) የ FERA Science Ltd፣ (ዮርክ፣ ዩኬ) መደበኛ ፕሮቶኮል መሰረት፣ የሴል ፋቲ አሲዶች ተነጥቀው ተዘጋጅተው ተንትነዋል።
ለTEM፣ ASxL5T በBA በ37°C ለ24 ሰአታት አንድ አይነት በሆነ መልኩ በመሰራጨት ኤሮቢክን ያዳበረ ሲሆን ከዚያም በ 1 ml 3% (v/v) glutaraldehyde በ 0.1M cacodylate buffer በክፍል ሙቀት ውስጥ ተሰብስቧል ለ1 ሰአት ከዚያም ሴንትሪፉጅ በ 10,000 ግራም ለ 3 ደቂቃዎች. ከዚያም በ 600 μl 0.1 M cacodylate buffer ውስጥ ያለውን ፔሌት በቀስታ እንደገና ማንጠልጠል. ቋሚውን የ ASxL5T እገዳ ወደ ፎርምቫር/ካርቦን ፊልም በ200 ጥልፍልፍ የመዳብ ፍርግርግ ያስተላልፉ። ባክቴሪያዎቹ ለ1 ደቂቃ በ0.5% (w/v) uranyl acetate ተበክለዋል እና በTEI Tecnai G2 12 Biotwin ማይክሮስኮፕ በመጠቀም በTEM ተመርምረዋል። ከላይ እንደተገለፀው በNZCYM መረቅ (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ውስጥ ያሉትን ተመሳሳይ አዳኝ እና አዳኞችን በማዋሃድ ለ 48 ሰአታት በካምፓሎባክተር ወይም በካምፓሎባክተር በማይክሮ ኤሮቢክ ሁኔታ በ 37 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ውስጥ ማቆየት ፣ የአዳኞች እና አዳኞች መስተጋብር በTEM ተመርምሯል። ለ Escherichia ኮላይ የኤሮቢክ ሁኔታዎች. በአዳኝ ምክንያት በሴል ሞርፎሎጂ ላይ የተደረጉ ለውጦችን ለመወሰን አዳኝ እና አዳኝ ባክቴሪያዎችን በነፃ ይመርምሩ። የሱዳን ጥቁር ዘዴ ለፒኤችቢ ክምችት ኦፕቲካል ማይክሮስኮፒ ጥቅም ላይ ውሏል።
በ BHI ወይም BA plates ላይ እድገትን በማይጸዳ swab በመቀባት ASxL5T በአንድ ሌሊት ባህሎችን ያሳድጉ። የ ASxL5T ህዋሶችን ሰብስቡ እና በ MRD (CM0733, Oxoid) ውስጥ ያግዷቸው እና ከዚያም በ 4 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ውስጥ ለ 7 ቀናት ህዋሳቱን እንዲራቡ ያስቀምጧቸው. የNCTC ማጣቀሻ ወይም የላቦራቶሪ ክምችት የባክቴሪያ ባህል በ BHI broth ወይም No. 2 nutrient broth (CM007, Oxoid) በአንድ ጀንበር የተከተተ፣ በ13,000 ግራም ሴንትሪፉድ እና በኤምአርዲ ውስጥ እስከ OD600 0.4 ድረስ ታግዷል። ባህል፡ Bacillus subtilis NCTC 3610T፣ Citrobacter freundii NCTC 9750T፣ Enterobacter aerogenes NCTC 10006T፣ Enterococcus faecalis NCTC 775T፣ Escherichia coli NCTC 86፣ Klebsiella 46oca NCTC 10817፣ ሊስቴሪያ ልዩ ባክቴሪያ NCTC 4885፣ Bacillus macerans NCTC 6355T፣ Providencia stuartsii NCTC 10318፣ Pseudomonas fluorescens SMDL፣ Rhodococcus submarine ሃምበርገር NCTC 1621T፣ ሳልሞኔላ ሞንሲል ኤንሲሲ ባክቴሪያ ኢንቴስቲንታል 10861, ስቴፕሎኮከስ Aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. የካምፓሎባክተር አስተናጋጅ በማይክሮ ኤሮቢክ በ BA plates በ 37°C እና በ N.ZM ብሮስ ታግዷል። የተሞከሩት የካምፕሎባክተር አስተናጋጆች፡- C.coli 12667 NCTC፣ C. jejuni 12662፣ C. jejuni PT14፣ C. jejuni NCTC 11168T፣ C. helveticus NCTC 12472፣ C.lari NCTC 11445NC፣ C.11niTC PT14፣ C... ሴሎችን በኤምአርዲ ይሰብስቡ፣ ሴንትሪፉጅ በ13,000 ግራም እና በMRD ውስጥ እስከ OD600 0.4 ድረስ ይቆዩ። የ 0.5 ml እገዳን ወደ 5 ml የሚቀልጥ NZCYM top agar (0.6% agar) ይጨምሩ እና በ 1.2% NZCYM የታችኛው ሳህን ላይ ያፈስሱ። ከታከመ እና ከደረቀ በኋላ፣ በተከታታይ የተዳከመ ASxL5T በእያንዳንዱ የሳር ሰሌዳ ላይ እንደ 20 μl ጠብታዎች በሶስት እጥፍ ተሰራጭቷል። የባህል ሙቀት እና ከባቢ አየር በፈተና ባክቴሪያ መስፈርቶች ላይ የተመሰረተ ነው.
ዲኤንኤ ከባክቴሪያ መነጠል ለማዘጋጀት GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) ይጠቀሙ። መደበኛ ዘዴዎች ለ PCR የ 16S አር ኤን ኤ ጂን ማጉላት እና የምርቱን ቅደም ተከተል ለመወሰን ማቅለሚያ ማቋረጫ ኬሚስትሪ (Eurofins Value Read Service, ጀርመን) በመጠቀም ጥቅም ላይ ውለዋል. እነዚህን ቅደም ተከተሎች ከሌሎች 16S አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተሎች ጋር ለማነፃፀር BLAST-N ፕሮግራምን ተጠቀም በቅርብ ተዛማጅ ዝርያዎችን ለመለየት እና ለመሰብሰብ። እነዚህ በሜጋ ኤክስ ፕሮግራም ውስጥ ክሊሳሊንግ በመጠቀም ተሰናብተዋል. በTamura-Nei ሞዴል ላይ የተመሰረተ ከፍተኛውን የዕድል ዘዴ በመጠቀም በሜጋኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤኤ ላይ የተመሰረተው የፋይሎጄኔቲክ ዛፉ በ 1000 የተመሩ ቅጂዎች54 እንደገና ተገንብቷል። ለሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል ዲኤንኤ ለማውጣት PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ይጠቀሙ። የ ASxL5T ጂኖም ቅደም ተከተል የኢሉሚና ሚሴቅ ጥምርን በመጠቀም ተወስኗል፣ይህም 250 bp ባለ ሁለት ጫፍ ንባቦችን ያቀፈ የ Nextera መለያ ኪት በመጠቀም የተዘጋጀ ቤተመፃህፍት እና ከ2 እስከ 20 ኪባ ረጅም ንባቦችን ከPacBio መድረክ። በሴምቢያ ዩኒቨርሲቲ የጂኖሚክስ ዲኤንኤ ቅደም ተከተል ምርምር ተቋም. ጂኖም የተሰበሰበው CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark) በመጠቀም ነው። ASxL5T ባህሎች በብሔራዊ የባህል ስብስብ (ዩኬ) እና በኔዘርላንድ የባክቴሪያ ባህል ስብስብ (NCCB) ውስጥ ተቀምጠዋል። ለማነፃፀር ጥቅም ላይ የሚውሉት ተዛማጅ ፍጥረታት ጂኖም፡- Thalassolituus oleivorans MIL-1T (የመዳረሻ ቁጥር HF680312፣ ሙሉ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (መዳረሻ ቁጥር Y01000001, ያልተሟላ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (መዳረሻ ቁጥር NZ_AUGV00000000፣ ያልተጠናቀቀ); የማሪናሞናስ ማህበረሰብ DSM 5604T (የተጨመረ ASM436330v1፣ ያልተሟላ)፣ Oceanospirullum linum ATCC 11336T (የተጨመረው MTSD02000001፣ ያልተሟላ) እና Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ያክሉ፣ ያልተሟላ)። የአሰላለፍ ውጤቱን (AF) እና አማካኝ ኑክሊክ አሲድ ማንነትን (ANI) ለመወሰን JGI Genome Portal36 በ https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ተጠቀም። በጥንድ። የአሚኖ አሲድ ማንነትን (AAI) ለመወሰን የሮድሪገስ-አር እና ኮንስታንቲኒዲስ55 ዘዴ ጥቅም ላይ ውሏል። የሚገመተውን ከፍተኛውን የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ለማመንጨት GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ይጠቀሙ። የሚገኘውን የማመሳከሪያ ጂኖም የሚወክለው የግብአት ጂኖም ከ ASxL5T ጋር የተዛመደ ከ16S rRNA phylogeny ተለይቶ ከተገለጸው የማጣቀሻ ዘረመል ተመርጧል። በይነተገናኝ የሕይወት ዛፍ በመስመር ላይ መሣሪያ (https://itol.embl.de/) በመጠቀም ዛፉን ተብራርቷል። የ ASxL5T ጂኖም ተግባራዊ ማብራሪያ እና ትንተና የሚካሄደው በBastKOALA KEGG የመስመር ላይ መሳሪያ በመጠቀም KEGG (የኪዮቶ ኢንሳይክሎፔዲያ ኦቭ ጂኖች እና ጂኖም) ሞጁል ማበልፀጊያ ስርጭትን በመጠቀም ነው። የ COG ምድቦች (የኦርቶዶክስ ቡድኖች) ስርጭት የሚወሰነው በ eggNOG-mapper የመስመር ላይ መሳሪያ በመጠቀም ነው.
ፔሬዝ፣ ጄ.፣ ሞራሌዳ-ሙኖዝ፣ ኤ.፣ ማርኮስ-ቶሬስ፣ ኤፍጄ እና ሙኖዝ-ዶራዶ፣ ጄ. የባክቴሪያ ቅድመ ዝግጅት፡ 75 ዓመታት እና ይቀጥላል! . አካባቢ. ረቂቅ ተሕዋስያን. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. ወዘተ በፔሩ የባህር ዳርቻ ላይ አዳኝ ተህዋሲያን ልዩነት እና ፀረ-ባክቴሪያ አቅም. የማርች መድሃኒቶች. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017)።
Pasternak, Z. et al. በጂኖቻቸው አማካኝነት እርስዎ ይረዱዋቸዋል-የአዳኝ ተህዋሲያን ጂኖሚክ ባህሪያት. ISME J. 7, 756–769 (2013)
ሶኬት፣ RE የባክቴሪዮፋጅ ብዴሎቪብሪዮ አዳኝ የአኗኗር ዘይቤ። ጫን። ፓስተር ማይክሮቦች. 63፣ 523–539 (2009)።
ኮርፕ, ጄ., ቬላ ጉሮቪች, ኤምኤስ እና ኔት, ኤም. ከአዳኝ ባክቴሪያ የሚመጡ አንቲባዮቲኮች. Beilstein J. ሂስቶኬሚስትሪ 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovbrio እና ተመሳሳይ ፍጥረታት በተለያዩ አስተናጋጅ ህዝቦች ውስጥ የማይክሮባዮሚ ልዩነት ትንበያዎች ናቸው. ረቂቅ ተሕዋስያን. ኢኮሎጂ 79፣ 252–257 (2020)።
ቪላ, ጄ., ሞሬኖ-ሞራሌስ, ጄ. እና ባሌስቴ-ዴልፒየር, ሲ. የአዳዲስ ፀረ-ባክቴሪያ ወኪሎችን ወቅታዊ ሁኔታ ይወቁ. ክሊኒካዊ. ረቂቅ ተሕዋስያን. መበከል https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019)።
Hobley, L. et al. የፋጌ እና ፋጌ ድርብ ቅድመ ዝግጅት ኢ.ኮላይን ያለ አንድ አዳኝ መጥፋት ይችላል። ጄ. ባክቴሪያ. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020)።
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, ከሆነ ነፃ-ክልል እና ኦርጋኒክ ዶሮዎች አመጋገብ ዑደት ወቅት Campylobacter እና bacteriophages መካከል ብዛት እና ልዩነት. የመተግበሪያ አካባቢ. ረቂቅ ተሕዋስያን. 71, 1259-1266 (2005).
ዊልኪንሰን፣ ዲኤ ወዘተ የካምፒሎባክተር ስዋይን ጂኖሚክ ታክሶኖሚ እና ኤፒዲሚዮሎጂን ያዘምኑ። ሳይንስ. ተወካይ 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
ሊ፣ ኤምዲ ጂቶትሪ፡ ለስርዓተ ጂኖሚክስ ለተጠቃሚ ምቹ የስራ ፍሰት። ባዮኢንፎርማቲክስ 35፣ 4162–4164 (2019)።
ኤድጋር፣ አርሲ ጡንቻ፡ የጊዜ እና የቦታ ውስብስብነትን የሚቀንስ ባለብዙ ተከታታይ አሰላለፍ ዘዴ። BMC ባዮሎጂካል መረጃ. 5, 113 (2004)
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: በትልቅ የፋይሎጄኔቲክ ትንታኔ ውስጥ በራስ-ሰር ለማጣጣም እና ለመቁረጥ መሳሪያ. ባዮኢንፎርማቲክስ 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ዘረ-መል እና የሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል የትርጉም መነሻ ጣቢያ ትንበያ። ባዮኢንፎርማቲክስ 28, 2223-2230 (2012).
Shen፣ W. & Xiong፣ J. TaxonKit፡ ተሻጋሪ መድረክ እና ቀልጣፋ የNCBI ምደባ መሣሪያ ስብስብ። ባዮ Rxiv. (በጁን 1፣ 2021 ላይ ደርሷል)። https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019)።
ዋጋ፣ ኤምኤን፣ ደሃል፣ ፒኤስ እና አርኪን፣ AP FastTree 2-ግምታዊ ከፍተኛ ዕድል ያለው ዛፍ ከትልቅ አሰላለፍ ጋር። PLoS One 5, e9490 (2010)
ታንግ፣ ኦ.ጂኤንዩ ትይዩ። (በጁን 1፣ 2021 ላይ ደርሷል)። https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018)።
ካነሂሳ፣ ኤም. እና ጎቶ፣ ኤስ. ኬጂጂ፡ የኪዮቶ ኢንሳይክሎፔዲያ ኦቭ ጂኖች እና ጂኖም። ኑክሊክ አሲድ ምርምር. 28, 27-30 (2000).
ቼክ ሪፐብሊክ, L. ወዘተ የኤክስሬሞላይትስ ectoine እና hydroxyectoine እንደ የጭንቀት መከላከያ እና አልሚ ምግቦች ሚና: ዘረመል, የስርዓት ጂኖሚክስ, ባዮኬሚስትሪ እና መዋቅራዊ ትንተና. ጂን (ባዝል)። 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018)።
ግሬግሰን, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKow, ቢኤ ልዩነት ፕሮቲን አገላለጽ የግዴታ የባሕር ሃይድሮካርቦን-የሚያዋርድ ባክቴሪያ Thalassolituus oleivorans MIL-1 መካከለኛ እና ረጅም ሰንሰለት alkanes እድገት ወቅት. ፊት ለፊት. ረቂቅ ተሕዋስያን. 9, 3130 (2018)
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. አዲስ የንጽጽር ጂኖሚክስ ዘዴ ፍኖተፒክ-ተኮር አመልካቾችን ለመለየት አዳኝ ባክቴሪያ ምልክት ውስጥ የተወሰነ ውርስ ያሳያል። የሕዝብ ሳይንስ ቤተ መጻሕፍት አንድ. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015)።
ያኪሞቭ, ኤምኤም, ወዘተ. Thalassolituus oleivorans ጂን. ኖቬምበር, sp. ኖቭ., በሃይድሮካርቦኖች አጠቃቀም ላይ ልዩ የሆነ አዲስ ዓይነት የባህር ውስጥ ባክቴሪያዎች. አለማቀፋዊነት. ጄ. ስርዓት. ዝግመተ ለውጥ. ረቂቅ ተሕዋስያን. 54, 141-148 (2004).
ዋንግ፣ ዋይ፣ ዩ፣ ኤም.፣ ሊዩ፣ ዋይ፣ ያንግ፣ ኤክስ እና ዣንግ፣ XH Bacterioplanoides pacificum Gen. ኖቬምበር, sp. በኖቬምበር, በደቡብ ፓስፊክ ውስጥ ከሚዘዋወረው የባህር ውሃ ተለየ. አለማቀፋዊነት. ጄ. ስርዓት. ዝግመተ ለውጥ. ረቂቅ ተሕዋስያን. 66, 5010-5015 (2016).