Qram-mənfi, aerob, duza dözümlü, aktiv, çubuqşəkilli və yırtıcı ASxL5T bakteriyasının yeni növü İngiltərənin Nottingemşir şəhərindəki inək peyin gölündən təcrid edilib və onun yırtıcısı kimi Campylobacter istifadə edilib. Sonradan digər Campylobacter növləri və Enterobacteriaceae ailəsinin üzvləri yırtıcı kimi aşkar edilmişdir. Host hüceyrələri olmadan subkulturadan sonra Brain Heart Infusion Agarda zəif aseptik artım əldə edildi. Optimal böyümə şəraiti 37 °C və pH 7-dir. Transmissiya elektron mikroskopiyası yırtıcıların mövcudluğu ilə bağlı çox qeyri-adi morfoloji xüsusiyyətləri aşkar etdi. 16S rRNA gen ardıcıllığından istifadə etməklə filogenetik analiz göstərdi ki, izolat Marine Spirulina ailəsinin üzvü ilə əlaqəlidir, lakin heç bir məlum cinsin üzvü kimi aydın şəkildə təsnif edilə bilməz. ASxL5T-nin bütün genom ardıcıllığı dəniz spiroketlərinin üzvləri ilə əlaqəni təsdiqlədi. Verilənlər bazasında aparılan axtarış nəticəsində məlum oldu ki, bir neçə ASxL5T 16S rRNA gen ardıcıllığını okean, quru səthi və yeraltı sulardan gələn bir neçə mədəniyyətsiz bakteriya ilə bölüşür. Biz təklif edirik ki, ASxL5T ştammı yeni cinsdə yeni bir növü təmsil edir. Venatorbacter cucullus gen adını tövsiyə edirik. Noyabr, sp. Noyabr ayında ASxL5T tipli deformasiya kimi istifadə edilmişdir.
Yırtıcı bakteriyalar biosintetik materiallar və enerji əldə etmək üçün digər canlı bakteriyaları ovlamaq və öldürmək qabiliyyətini nümayiş etdirən bakteriyalardır. Bu, ölü mikroorqanizmlərdən qida maddələrinin ümumi bərpasından fərqlidir və eyni zamanda bakteriyaların ev sahibi ilə onları öldürmədən sıx əlaqə qurduğu parazitar qarşılıqlı təsirlərdən fərqlidir. Yırtıcı bakteriyalar tapıldıqları nişlərdə (məsələn, dəniz yaşayış yerləri) bol qida mənbələrindən faydalanmaq üçün müxtəlif həyat dövrləri inkişaf etdirmişlər. Onlar taksonomik cəhətdən müxtəlif qrupdur və yalnız unikal sterilizasiya həyat dövrü ilə bağlıdır1. Yırtıcı bakteriyalara nümunələr bir neçə müxtəlif filalarda tapılmışdır, o cümlədən: Proteobakteriyalar, Bacteroides və Chlorella.3. Bununla belə, ən yaxşı öyrənilmiş yırtıcı bakteriyalar Bdellovibrio və Bdellovibrio və bənzər orqanizmlərdir (BALOs4). Yırtıcı bakteriyalar yeni bioloji aktiv birləşmələrin və antibakterial maddələrin perspektivli mənbəyidir5.
Yırtıcı bakteriyaların mikrob müxtəlifliyini artırdığı və ekosistemin sağlamlığına, məhsuldarlığına və sabitliyinə müsbət təsir etdiyi güman edilir6. Bu müsbət atributlara baxmayaraq, bakteriyaların becərilməsinin çətinliyi və onların mürəkkəb həyat dövrlərini başa düşmək üçün hüceyrə qarşılıqlı əlaqəsini diqqətlə müşahidə etmək zərurəti səbəbindən yeni yırtıcı bakteriyalara dair az sayda tədqiqat var. Bu məlumatı kompüter analizindən əldə etmək asan deyil.
Antimikrobiyal müqavimətin artdığı bir dövrdə bakteriofaqların və yırtıcı bakteriyaların istifadəsi kimi bakterial patogenləri hədəfləmək üçün yeni strategiyalar öyrənilir7,8. ASxL5T bakteriyaları 2019-cu ildə Nottingemşir, Nottingem Universitetinin Südçilik Mərkəzindən toplanmış inək peyinindən faq izolyasiya texnologiyasından istifadə etməklə təcrid edilmişdir. Tədqiqatın məqsədi bioloji nəzarət agentləri kimi potensiala malik orqanizmləri təcrid etməkdir. Campylobacter hyointestinalis zoonoz patogendir və getdikcə daha çox insan bağırsaq xəstəlikləri ilə əlaqələndirilir10. Serumda hər yerdə mövcuddur və hədəf sahibi kimi istifadə olunur.
ASxL5T bakteriyası C. hyointestinalis çəmənində əmələ gətirdiyi lövhələrin bakteriofaqların əmələ gətirdiyi lövhələrə bənzədiyi müşahidə edildiyi üçün mal əti jelesindən təcrid edilmişdir. Bu, gözlənilməz bir tapıntıdır, çünki fag izolyasiya prosesinin bir hissəsi bakteriya hüceyrələrini çıxarmaq üçün nəzərdə tutulmuş 0,2 µm filtrdən süzülməyi nəzərdə tutur. Lövhədən çıxarılan materialın mikroskopik müayinəsi kiçik qram-mənfi əyri çubuqşəkilli bakteriyaların polihidroksibutirat (PHB) toplamadığını aşkar etdi. Yırtıcı hüceyrələrdən asılı olmayan aseptik kultura zəngin bərk mühitdə (beyin ürəyi infuziya aqar (BHI) və qan agar (BA) kimi) həyata keçirilir və böyüməsi zəifdir. Ağır aşılama ilə subkulturadan sonra əldə edilir. Mikroaerob (7% v/v oksigen) və atmosfer oksigen şəraitində eyni dərəcədə yaxşı inkişaf edir, lakin anaerob atmosferdə deyil. 72 saatdan sonra koloniyanın diametri çox kiçik, 2 mm-ə çatdı və bej, şəffaf, yuvarlaq, qabarıq və parlaq idi. Standart biokimyəvi sınağa mane olur, çünki ASxL5T maye mühitdə etibarlı şəkildə yetişdirilə bilməz, bu da onun biofilmin formalaşmasının mürəkkəb həyat dövrünə etibar edə biləcəyini göstərir. Bununla belə, boşqab asqısı göstərdi ki, ASxL5T aerobdur, oksidaz və katalaza üçün müsbətdir və 5% NaCl-ə dözə bilir. ASxL5T 10 µg streptomisinə davamlıdır, lakin sınaqdan keçirilmiş bütün digər antibiotiklərə qarşı həssasdır. ASxL5T bakteriya hüceyrələri TEM tərəfindən araşdırıldı (Şəkil 1). BA-da yırtıcı hüceyrələr olmadan böyüdükdə ASxL5T hüceyrələri kiçik Campylobacter olur, orta uzunluğu 1,63 μm (± 0,4), eni 0,37 μm (± 0,08) və tək uzun (5 μm-ə qədər) dirəyə malikdir. Cinsi flagella. Hüceyrələrin təxminən 1,6%-nin eni 0,2 μm-dən az görünür ki, bu da filtr qurğusundan keçməyə imkan verəcək. Bəzi hücrələrin yuxarı hissəsində pərdəyə (Latın cucullus) bənzər qeyri-adi struktur uzantısı müşahidə edildi (1D, E, G-dəki oxlara baxın). Görünür, bu, artıq xarici membrandan ibarətdir ki, bu da periplazmik zərfin ölçüsünün sürətlə azalması ilə əlaqədar ola bilər, xarici membran isə "boş" görünüş nümayiş etdirərək bütöv qalır. ASxL5T-nin qida maddələri olmadıqda (PBS-də) uzun müddət 4°C-də yetişdirilməsi əksər hüceyrələrin (lakin hamısı deyil) kokkal morfologiyasını göstərməsi ilə nəticələndi (Şəkil 1C). ASxL5T Campylobacter jejuni ilə ov kimi 48 saat böyüdükdə, orta hüceyrə ölçüsü anasız böyüyən hüceyrələrdən əhəmiyyətli dərəcədə uzun və dar olur (Cədvəl 1 və Şəkil 1E). Bunun əksinə olaraq, ASxL5T E. coli ilə birlikdə 48 saat ərzində yırtıcı kimi böyüdükdə, orta hüceyrə ölçüsü yırtıcı olmadan böyüdükdən daha uzun və daha geniş olur (Cədvəl 1) və hüceyrə uzunluğu dəyişkəndir, adətən saplı görünür (Şəkil 1F). Yırtıcı olaraq Campylobacter jejuni və ya E. coli ilə 48 saat ərzində inkubasiya edildikdə, ASxL5T hüceyrələri heç bir flagella göstərmədi. Cədvəl 1 ASxL5T-nin mövcudluğu, olmaması və yırtıcı növü əsasında hüceyrə ölçüsündə dəyişikliklərin müşahidələrini ümumiləşdirir.
ASx5LT-nin TEM displeyi: (A) ASx5LT uzun qamçı göstərir; (B) tipik ASx5LT batareyası; (C) qidasız uzun inkubasiyadan sonra kokkların ASx5LT hüceyrələri; (D) bir qrup ASx5LT hüceyrəsi anormallıq nümayiş etdirir (E) Campylobacter yırtıcısı ilə inkubasiya edilmiş ASx5LT hüceyrə qrupu yırtıcı böyüməsi olmayanlarla müqayisədə hüceyrə uzunluğunun artması (D) də apikal quruluş göstərdi; (F) E. coli yırtıcısı ilə inkubasiyadan sonra iri filamentli flagella, ASx5LT hüceyrələri; (G) E. coli ilə inkubasiyadan sonra qeyri-adi üst quruluş göstərən tək ASx5LT hüceyrəsi. Bar 1 μm-i təmsil edir.
16S rRNA gen ardıcıllığının müəyyən edilməsi (giriş nömrəsi MT636545.1) verilənlər bazası axtarışlarına Gammaproteobacteria sinfində olanlara oxşar ardıcıllıqlar yaratmaq imkanı verir və dəniz spirillum ailəsindəki dəniz bakteriyalarına ən yaxın olan (Şəkil 2) və Thalassolituus cinsinin üzvləridir. Marine Bacillus-un ən yaxın qohumu. 16S rRNA gen ardıcıllığı Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) ailəsinə aid yırtıcı bakteriyalardan aydın şəkildə fərqlənir. B. bacteriovorus HD100T (tip ştamm, DSM 50701) və B. bakteriovorus DM11A-nın ikili müqayisəsi 48,4% və 47,7%, B. exovorus JSS üçün isə 46,7% təşkil etmişdir. ASxL5T bakteriyasında 16S rRNA geninin 3 nüsxəsi var, bunlardan ikisi bir-biri ilə eynidir, üçüncüsü isə bir-birindən 3 bazadır. Eyni yerdən oxşar morfoloji və fenotipik xüsusiyyətlərə malik digər iki yırtıcı bakterial təcrid (ASx5S və ASx5O; 16S rRNA geninə qoşulma nömrələri müvafiq olaraq MT636546.1 və MT636547.1-dir) eyni deyil, lakin onlar ASxL5T və qeyri-kulturulmamış B-dən fərqlidir. verilənlər bazası ardıcıllığı digərləri ilə birlikdə qruplaşdırılır Oceanospirillaceae cinsində (Şəkil 2). ASxL5T-nin bütün genom ardıcıllığı müəyyən edilib və NCBI verilənlər bazasında saxlanılıb və qoşulma nömrəsi CP046056-dır. ASxL5T genomu 56,1% G+C nisbəti ilə 2,831,152 bp dairəvi xromosomdan ibarətdir. Genom ardıcıllığı 2653 CDS (cəmi) ehtiva edir, bunlardan 2567-nin zülalları kodlaşdırması proqnozlaşdırılır, onlardan 1596-sı ehtimal olunan funksiyalar kimi təyin edilə bilər (60,2%). Genomda 9 rRNA (5S, 16S və 23S üçün hər biri 3) və 57 tRNA daxil olmaqla 67 RNT kodlaşdıran gen var. ASxL5T-nin genomik xüsusiyyətləri 16S rRNA gen ardıcıllığından müəyyən edilmiş ən yaxın nisbi tipli suşların mövcud genomları ilə müqayisə edilmişdir (Cədvəl 2). Bütün mövcud Thalassolituus genomlarını ASxL5T ilə müqayisə etmək üçün amin turşusu şəxsiyyətindən (AAI) istifadə edin. AAI tərəfindən müəyyən edilən ən yaxın mövcud (natamam) genom ardıcıllığı Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 əlavə edin). Bu ştam Mariana xəndəyinin dərin dəniz çöküntülərindən təcrid olunub, lakin hazırda müqayisə üçün bu ştam haqqında heç bir fenotipik məlumat yoxdur. ASxL5T-nin 2,82 Mb ilə müqayisədə, orqanizmin genomu 4,36 Mb-da daha böyükdür. Dəniz spiroketlərinin orta genom ölçüsü təxminən 4,16 Mb-dir (± 1,1; n = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly saytından tədqiq edilmiş 92 tam istinad genomu), buna görə də ASxL5T-nin genomu sifariş Digər üzvlərlə müqayisədə olduqca kiçikdir. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16-a xas olan 172 tək nüsxəli genin uyğunlaşdırılmış və əlaqəli amin turşusu ardıcıllığından istifadə edərək, genom əsaslı hesablanmış maksimum ehtimal olunan filogenetik ağac yaratmaq üçün GToTree 1.5.54-dən istifadə edin, 17 ,18. Təhlil göstərdi ki, o, Thalassolituus, Bakteriya müstəvisi və Dəniz Bakteriyası ilə yaxından əlaqəlidir. Bununla belə, bu məlumatlar göstərir ki, ASxL5T Marine Spirulinadakı qohumlarından fərqlidir və onun genom ardıcıllığı məlumatları mövcuddur.
16S rRNA gen ardıcıllığından istifadə edən filogenetik ağac ASxL5T, ASxO5 və ASxS5 suşlarının (bağırsaqlarla birlikdə) Dəniz Spirulinaceae-də becərilməmiş və dəniz bakteriya ştammlarına nisbətən mövqeyini vurğulayır. Genbank qoşulma nömrəsi mötərizədə ştam adından sonra gəlir. Ardıcıllığı uyğunlaşdırmaq üçün ClustalW-dən istifadə edin və filogenetik əlaqələri çıxarmaq üçün maksimum ehtimal metodundan və Tamura-Nei modelindən istifadə edin və MEGA X proqramında 1000 idarə olunan replikasiya həyata keçirin. Filialdakı nömrə idarə olunan nüsxə dəyərinin 50%-dən çox olduğunu göstərir. Xarici qrup kimi Escherichia coli U/541T istifadə edilmişdir.
(A) Dəniz Spirospiraceae bakteriyası ASxL5T ilə onun yaxın qohumları, E. coli U 5/41T arasındakı əlaqəni kənar qrup kimi göstərən genom əsasında filogenetik ağac. (B) T. oleivorans MIL-1T ilə müqayisədə, genlərin funksional kateqoriya paylanması ASx5LT zülalının ortoloji qrup (COG) klasterinə əsasən proqnozlaşdırılır. Soldakı rəqəm hər bir genomda hər funksional COG kateqoriyasındakı genlərin sayını göstərir. Sağdakı qrafik hər bir funksional COG qrupunda olan genomların faizini göstərir. (C) T. oleiverans MIL-1T ilə müqayisədə, ASxL5T-nin tam KEGG (Gen və Genomların Kioto Ensiklopediyası) modul yolunun təhlili.
ASxL5T genomunda mövcud olan komponent genlərini araşdırmaq üçün KEGG verilənlər bazasından istifadə aerob qamma Proteusun tipik metabolik yolunu aşkar etdi. ASxL5T, bakterial motor zülallarına təyin edilmiş cəmi 75 gen, o cümlədən kemotaksis, flagella birləşməsi və IV tip fimbriae sistemində iştirak edən genləri ehtiva edir. Son kateqoriyada 10 gendən 9-u bir sıra digər orqanizmlərin seğirmə hərəkətindən məsuldur. ASxL5T genomu, halofillər üçün gözlənildiyi kimi, osmotik stresə20 qoruyucu reaksiyada iştirak edən tam tetrahidropirimidin biosintetik yolu ehtiva edir. Genom həmçinin kofaktorlar və vitaminlər üçün çoxlu tam yolları, o cümlədən riboflavin sintezi yollarını ehtiva edir. ASxL5T-də alkan 1-monoksigenaz (alkB2) geni olsa da, karbohidrogendən istifadə yolu tam deyil. ASxL5T-nin genom ardıcıllığında T. oleiverans MIL-1T21-də karbohidrogenlərin deqradasiyası üçün əsasən məsul olan genlərin TOL_2658 (alkB) və TOL_2772 (spirt dehidrogenaz) kimi homoloqları açıq şəkildə yoxdur. Şəkil 3B ASxL5T və Zeytun yağı MIL-1T arasında COG kateqoriyasında gen paylanmasının müqayisəsini göstərir. Ümumiyyətlə, daha kiçik ASxL5T genomu daha böyük əlaqəli genomla müqayisədə hər COG kateqoriyasından mütənasib olaraq daha az gen ehtiva edir. Hər bir funksional kateqoriyadakı genlərin sayı genomun faizi ilə ifadə edildikdə, daha böyük ASxL5T-ni təşkil edən translyasiya, ribosom quruluşu və biogenez kateqoriyalarındakı genlərin faizində və enerji istehsalı və çevrilmə funksiyası kateqoriyalarında fərqlər qeyd olunur. genom Faiz T. oleiverans MIL-1T genomunda mövcud olan eyni qrupla müqayisə edilir. Bunun əksinə olaraq, ASxL5T genomu ilə müqayisədə, T. oleivorans MIL-1T replikasiya, rekombinasiya və təmir və transkripsiya kateqoriyalarında genlərin daha yüksək faizinə malikdir. Maraqlıdır ki, iki genomun hər bir funksional kateqoriyasının məzmununda ən böyük fərq ASxL5T-də mövcud olan naməlum genlərin sayıdır (Şəkil 3B). KEGG modullarının zənginləşdirmə təhlili aparıldı, burada hər bir KEGG modulu genom ardıcıllığı məlumatlarının annotasiyası və bioloji şərhi üçün əl ilə müəyyən edilmiş funksional vahidlər toplusunu təmsil edir. ASxL5T və zeytun MIL-1T-nin tam KOG modul yolunda gen paylanmasının müqayisəsi Şəkil 3C-də göstərilmişdir. Bu təhlil göstərir ki, ASxL5T tam kükürd və azot mübadiləsi yoluna malik olsa da, T. oleiverans MIL-1T yoxdur. Bunun əksinə olaraq, T. oleiverans MIL-1T tam sistein və metionin metabolik yola malikdir, lakin ASxL5T-də natamamdır. Buna görə də, ASxL5T sulfat assimilyasiyası üçün xarakterik modula malikdir (metabolik tutum və ya patogenlik kimi fenotipik markerlər kimi istifadə edilə bilən genlər toplusu kimi müəyyən edilir; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T-də oleiverans MIL-1T. ASxL5T-nin gen məzmununu yırtıcı həyat tərzini təklif edən genlərin siyahısı ilə müqayisə etmək qeyri-müəyyəndir. O antigen polisaxaridlə əlaqəli liqazanı nüvəyə kodlayan waaL geni ASxL5T genomunda olsa da (lakin bir çox qram-mənfi bakteriyalarda yaygındır), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) genlərinə 60 amin daxil ola bilər. ümumiyyətlə mövcud olmayan yırtıcı bakteriyalarda tapılan turşu bölgələri. Mevalonat yolunda izoprenoid biosintezində iştirak edən kodlaşdıran fermentlər də daxil olmaqla, ASxL5T genomunda başqa yırtıcı xarakterik genlər yoxdur. Qeyd edək ki, tədqiq edilən yırtıcı qrupda transkripsiya tənzimləyici gen gntR yoxdur, lakin ASxL5T-də üç gntR kimi gen müəyyən edilə bilər.
ASxL5T-nin fenotipik xüsusiyyətləri Cədvəl 3-də ümumiləşdirilmiş və ədəbiyyatda bildirilmiş 23, 24, 25, 26 və 27-ci cinslərin fenotipik xüsusiyyətləri ilə müqayisə edilmişdir. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis və Oceanobacter kriegii izolatları aktiv, duza davamlı, oksidaza müsbət çubuqvari cisimlərdir, lakin ASxL5T ilə demək olar ki, başqa fenotipik xüsusiyyətlərə malik deyillər. Okeanın orta pH-ı 8,1-dir (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), bu T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis və O. kriegii. ASxL5T qeyri-dəniz növlərinə xas olan daha böyük pH diapazonu (4-9) üçün uyğundur. Thalassolituus sp.-in fenotipik xüsusiyyətləri. C2-1. Naməlum. ASxL5T-nin böyümə temperaturu diapazonu ümumiyyətlə dəniz suşlarından (4-42 °C) daha genişdir, baxmayaraq ki, bəziləri, lakin hamısı deyil, T. marinus təcridləri istiliyə dözümlüdür. Bulyon mühitində ASxL5T yetişdirə bilməməsi daha çox fenotipik xarakteristikaya mane oldu. BA plitəsindən, ONPG, arginin dihidrolaza, lizin dekarboksilaza, ornitin dekarboksilaza, sitrat istifadəsi, ureaza, triptofan deaminaza, jelatin hidroliz fermentindən sıyrılmış materialları sınaqdan keçirmək üçün API 20E istifadə edin, test nəticələrinin hamısı mənfi idi, lakin indol və H2AS yox idi. istehsal olunurdu. Fermentasiya edilməmiş karbohidratlara aşağıdakılar daxildir: qlükoza, mannoz, inositol, sorbitol, ramnoz, saxaroza, melibioza, amigdalin və arabinoza. Dərc edilmiş müvafiq istinad ştammları ilə müqayisədə, ASxL5T ştammının hüceyrə yağ turşusu profili Cədvəl 4-də göstərilmişdir. Əsas hüceyrə yağ turşuları C16:1ω6c və/və ya C16:1ω7c, C16:0 və C18:1ω9-dur. C12:0 3-OH və C10:0 3-OH hidroksi yağ turşuları da mövcuddur. ASxL5T-də C16:0 nisbəti əlaqəli cinslərin bildirilmiş dəyərindən yüksəkdir. Bunun əksinə olaraq bildirilmiş T. marinus IMCC1826TT ilə müqayisədə ASxL5T-də C18:1ω7c və/və ya C18:1ω6c nisbəti azalıb. oleivorans MIL-1T və O. kriegii DSM 6294T, lakin B. sanyensis KCTC 32220T-də aşkar edilməyib. ASxL5T və ASxLS-in yağ turşusu profillərinin müqayisəsi eyni növün genomik DNT ardıcıllığına uyğun gələn iki suş arasında fərdi yağ turşularının miqdarında incə fərqlər aşkar etdi. Sudan qara testindən istifadə etməklə heç bir poli-3-hidroksibutirat (PHB) hissəcikləri aşkar edilməmişdir.
Yırtıcıların diapazonunu müəyyən etmək üçün ASxL5T bakteriyasının yırtıcı fəaliyyəti tədqiq edilmişdir. Bu bakteriya Campylobacter növlərində lövhələr yarada bilər, o cümlədən: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 və C. upsaliensis NCTC 11541T. Qram-mənfi və qram-müsbət bakteriyaların daha geniş diapazonunu sınamaq üçün metodun host diapazonunun müəyyən edilməsi bölməsində sadalanan mədəniyyətlərdən istifadə edin. Nəticələr göstərir ki, ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 və Citrobacter freundii NCTC 9750T-də də istifadə edilə bilər. Klebsiella oxytoca 11466 üzərində əmələ gələn lövhələr. E. coli NCTC 86 ilə TEM qarşılıqlı əlaqəsi Şəkil 4A-D-də, Campylobacter jejuni PT14 və Campylobacter suis S12 ilə qarşılıqlı əlaqə isə Şəkil 4E-H ortasında göstərilmişdir. Hücum mexanizmi sınaqdan keçirilmiş yırtıcı növlər arasında fərqli görünür, bir və ya daha çox E. coli hüceyrəsi hər ASxL5T hüceyrəsinə bağlanır və adsorbsiyadan əvvəl uzadılmış hüceyrə boyunca yanal şəkildə yerləşdirilir. Bunun əksinə olaraq, ASxL5T, adətən yırtıcı hüceyrənin zirvəsi ilə təmasda və Campylobacter hüceyrəsinin zirvəsinə yaxın olan bir təmas nöqtəsi vasitəsilə Campylobacter-ə bağlanır (Şəkil 4H).
ASx5LT və yırtıcı arasında qarşılıqlı əlaqəni göstərən TEM: (AD) və E. coli yırtıcısı; (EH) və C. jejuni yırtıcısı. (A) Tək E. coli (EC) hüceyrəsinə qoşulmuş tipik ASx5LT hüceyrəsi; (B) Tək bir EC hüceyrəsinə birləşdirilmiş filamentli ASx5LT; (C) Çoxlu AK hüceyrələrinə qoşulmuş filamentli ASx5LT hüceyrəsi; (D) Tək E. coli (EC) hüceyrəsində daha kiçik ASx5LT hüceyrələrinin əlavə edilməsi; (E) Campylobacter jejuni (CJ) hüceyrəsinə qoşulmuş tək ASx5LT hüceyrəsi; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) hüceyrələrinə hücum edir; (G) iki Bir ASx5LT hüceyrəsi CJ hüceyrəsinə hücum etdi; (H) CJ hüceyrəsinin zirvəsinə yaxın olan ASx5LT qoşma nöqtəsinin yaxından görünüşü (bar 0,2 μm). Çubuğun 1 μm in (A–G) olduğunu göstərir.
Yırtıcı bakteriyalar bol yırtıcı mənbələrdən faydalanmaq üçün təkamülləşmişdir. Aydındır ki, onlar müxtəlif mühitlərdə geniş şəkildə mövcuddur. Populyasiya üzvlərinin ölçüsünün dar olması səbəbindən fag ayırma üsulundan istifadə etməklə ASxL5T bakteriyalarını məhluldan təcrid etmək mümkündür. ASxL5T-nin dəniz bakteriyalarının oceanospirillaceae ailəsinin üzvləri üçün genomik uyğunluğu təəccüblüdür, baxmayaraq ki, orqanizm duza davamlıdır və tərkibində 5% duz olan mühitdə inkişaf edə bilər. Şlamın suyun keyfiyyətinin təhlili göstərdi ki, natrium xlorid tərkibi 0,1%-dən azdır. Buna görə də palçıq həm coğrafi, həm də kimyəvi cəhətdən dəniz mühitindən uzaqdır. Eyni mənbədən üç əlaqəli, lakin fərqli təcridin olması bu yırtıcıların bu qeyri-dəniz mühitində inkişaf etdiyini sübut edir. Bundan əlavə, mikrobiom analizi (məlumat faylları https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 saytından əldə edilə bilər) göstərdi ki, eyni 16S rRNA gen ardıcıllığı ilk 50 ən zəngin əməliyyat taksonunda (OTU) yerləşir. ) Palçıqdan bir neçə nümunə götürmə intervalında. Genbank məlumat bazasında ASxL5T bakteriyasına bənzər 16S rRNA gen ardıcıllığına malik bir neçə mədəniyyətsiz bakteriya aşkar edilmişdir. Bu ardıcıllıqlar ASxL5T, ASxS5 və ASxO5 ardıcıllığı ilə birlikdə Thalassolituus və Oceanobacter-dən ayrılmış müxtəlif təbəqələri təmsil edir (Şəkil 2). Üç növ mədəniyyətsiz bakteriya (GQ921362, GQ921357 və GQ921396) 2009-cu ildə Cənubi Afrikanın qızıl mədənində 1,3 kilometr dərinlikdəki çat suyundan, digər ikisi (DQ256320 və DQ337) Cənubi Afrikadakı yeraltı sulardan (DQ337) təcrid edilmişdir. in 2005). ASxL5T ilə ən yaxından əlaqəli olan 16S rRNA gen ardıcıllığı 2006-cı ildə Fransanın şimalındakı çimərliklərdən əldə edilən qumlu çöküntülərin zənginləşdirilməsi mədəniyyətindən əldə edilən 16S rRNA gen ardıcıllığının bir hissəsidir (giriş nömrəsi AM29240828). Kulturulmamış HQ183822.1 bakteriyasından başqa bir yaxından əlaqəli 16S rRNA gen ardıcıllığı Çindəki bələdiyyə poliqonundan yuyulmuş toplama çənindən əldə edilmişdir. Aydındır ki, ASxL5T bakteriyaları taksonomik verilənlər bazalarında yüksək səviyyədə təmsil olunmur, lakin mədəniyyətsiz bakteriyaların bu ardıcıllığı, çox güman ki, bütün dünyada, adətən çətin mühitlərdə yayılmış ASxL5T-yə bənzər orqanizmləri təmsil edir. Bütün genomun filogenetik analizindən ASxL5T-yə ən yaxın qohum Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Və O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus dəniz və quru mühitlərində geniş yayılmış və adətən karbohidrogen çirklənməsi insidentlərindən sonra dominantlığa çevrilən dəniz obliqat karbohidrogen parçalanma bakteriyalarının (OHCB) üzvüdür30,31. Dəniz bakteriyaları OHCB qrupunun üzvləri deyil, dəniz mühitindən təcrid olunmuşdur.
Fenotipik məlumatlar göstərir ki, ASxL5T yeni növdür və dəniz spirospiraceae ailəsində əvvəllər tanınmamış cinsin üzvüdür. Hal-hazırda yeni təcrid olunmuş suşları yeni cinsə təsnif etmək üçün dəqiq standart yoxdur. Universal nəsil sərhədlərini müəyyən etməyə cəhdlər edilmişdir, məsələn, konservativ zülalın (POCP) genomunun faizinə əsaslanaraq, kəsmə dəyərinin istinad ştammı ilə 50% eyni olması tövsiyə olunur33. Digərləri POCP-dən üstün olan AAI dəyərlərindən istifadə etməyi təklif edir, çünki onlar natamam genomlardan əldə edilə bilər34. Müəllif hesab edir ki, əgər AAI dəyəri model növlərin model ştammı ilə müqayisədə 74%-dən azdırsa, ştamm fərqli bir cinsin nümayəndəsidir. Dəniz spirillaceae-də model cinsi dəniz spirillumu, model ştammı isə O. linum ATCC 11336T-dir. ASxL5T və O. linum ATCC 11336T arasında AAI dəyəri 54,34%, ASxL5T və T. oleivorans MIL-1T (cins tip suşlar) arasında isə AAI dəyəri 67,61% təşkil edir ki, bu da ASxL5T-nin Thalas-dan fərqli yeni cinsi təmsil etdiyini göstərir. Təsnifat standartı kimi 16S rRNA gen ardıcıllığından istifadə etməklə, təklif olunan cinsin delimitasiyası sərhədi 94,5%35-dir. ASxL5T Thalassolituus cinsinə yerləşdirilə bilər, T. oleivorans MIL-1T və 96.17% ilə 95.03% 16S rRNA ardıcıllığı eyniliyini göstərir. marinus IMCC1826T. Bununla belə, o, həmçinin B. sanyensis NV9 ilə 94,64% 16S rRNA gen eyniliyinə malik olan Bacteroides cinsinə yerləşdiriləcək və bu, 16S rRNA geni kimi tək bir genin istifadəsinin ixtiyari təsnifata və təyinata səbəb ola biləcəyini göstərir. Təklif olunan başqa bir üsul, mövcud cinslərin bütün növlərindən və qeyri-növ suşlarından məlumat nöqtələrinin qruplaşdırılmasını yoxlamaq üçün ANI və Genom Alignment Score (AF) istifadə edir. Müəllif cins sərhədini təhlil edilən taksonlara xas olan təxmin edilən cinsin əyilmə nöqtəsi ilə birləşdirməyi tövsiyə edir. Lakin Thalassolituus izolatlarından kifayət qədər tam genom ardıcıllığı olmadıqda, bu üsulla ASxL5T-nin Thalassolituus cinsinə aid olub-olmadığını müəyyən etmək mümkün deyil. Təhlil üçün tam genom ardıcıllığının məhdud olması səbəbindən bütün genom filogenetik ağacı ehtiyatla şərh edilməlidir. İkincisi, bütün genom müqayisəsi üsulları müqayisə edilən genomların ölçüsündə əhəmiyyətli fərqləri nəzərə ala bilməz. Onlar əlaqəli cinslər arasında konservləşdirilmiş əsas tək nüsxəli genlərin oxşarlığını ölçdülər, lakin ASxL5T-nin daha kiçik genomunda olmayan çoxlu sayda genləri nəzərə almadılar. Aydındır ki, ASxL5T və Thalassolituus, Oceanobacter və Bacterioplanes daxil olmaqla qrupların ortaq əcdadı var, lakin təkamül fərqli bir yol tutdu və bu, yırtıcı həyat tərzinə uyğunlaşa bilən genomun azalmasına səbəb oldu. Bu, T. oleivorans MIL-1T-dən fərqlidir, o, 28% daha böyükdür və karbohidrogenlərdən istifadə etmək üçün müxtəlif ekoloji təzyiqlər altında təkamül keçirmişdir23,30. Rickettsia, Chlamydia və Buchnera kimi məcburi hüceyrədaxili parazitlər və simbiontlar ilə maraqlı bir müqayisə edilə bilər. Onların genom ölçüsü təxminən 1 Mb-dir. Ev sahibi hüceyrə metabolitlərindən istifadə etmək qabiliyyəti gen itkisinə səbəb olur, buna görə də əhəmiyyətli təkamül genomik deqradasiyasına məruz qalmışdır. Dəniz kimyəvi qida orqanizmlərindən yırtıcı həyat tərzinə qədər təkamül dəyişiklikləri genom ölçüsündə oxşar azalma ilə nəticələnə bilər. COG və KEGG təhlili xüsusi funksiyalar üçün istifadə olunan genlərin sayını və ASxL5T və T. oleivorans MIL-1T arasındakı genomik yollardakı qlobal fərqləri vurğulayır ki, bu da mobil genetik elementlərin geniş yayılması ilə əlaqədar deyil. ASxL5T-nin bütün genomunun G+C nisbətindəki fərq 56,1%, T. oleivorans MIL-1T-də isə 46,6% təşkil edir ki, bu da onun ayrıldığını göstərir.
ASxL5T genomunun kodlaşdırma məzmununun tədqiqi fenotipik xüsusiyyətlərə dair funksional anlayışlar təmin edir. IV tip fimbriae (Tfp) kodlayan genlərin olması xüsusi maraq doğurur, çünki onlar səthdə flagella olmadan sosial sürüşmə və ya qıcolma adlanan hüceyrə hərəkətini təşviq edirlər. Məlumatlara görə, Tfp-nin yırtıcılıq, patogenez, biofilmin əmələ gəlməsi, təbii DNT-nin tutulması, hüceyrənin avtomatik yığılması və inkişafı daxil olmaqla başqa funksiyaları var38. ASxL5T genomunda diguanilat siklazı (2 guanozin trifosfatın guanozin 2 fosfata və siklik diGMP-yə çevrilməsini kataliz edən ferment) kodlayan 18 gen və müvafiq diguanilat siklazı kodlayan 6 gen var. Esteraza üçün geni (siklik di-GMP-nin guanozin monofosfata parçalanmasını kataliz edən) maraqlıdır, çünki sikl-di-GMP biofilmin inkişafı və ayrılması, hərəkəti, hüceyrə əlavəsi və prosesdə virulentlik 39, 40-da iştirak edən mühüm ikinci xəbərçidir. Onu da qeyd etmək lazımdır ki, Bdellovibrio bacteriovorus-da siklik ikiqat GMP sərbəst həyat və yırtıcı həyat tərzi arasında keçidi idarə edir41.
Yırtıcı bakteriyalar üzərində aparılan tədqiqatların əksəriyyəti Bdellovibrio, Bdellovibrioya bənzər orqanizmlər və Myxococcus növlərinə yönəlmişdir. Yırtıcı bakteriyaların bu və digər məlum nümunələri müxtəlif qrup təşkil edir. Bu müxtəlifliyə baxmayaraq, məlum olan 11 yırtıcı bakteriyanın fenotiplərini əks etdirən bir sıra xarakterik protein ailələri müəyyən edilmişdir3,22. Bununla belə, yalnız O antigen liqazını (waaL) kodlayan genlər müəyyən edilmişdir ki, bu da xüsusilə qram-mənfi bakteriyalarda yaygındır. Bu analiz forması ASxL5T-ni yırtıcı kimi təyin etmək üçün faydalı deyil, çünki o, yeni hücum strategiyasından istifadə edir. Daha müxtəlif yırtıcı bakterial genomların mövcudluğu qrup üzvləri arasında funksional və ekoloji fərqlərin sübutunu nəzərə alan daha incə ayırdetmə analizlərini inkişaf etdirməyə kömək edəcəkdir. Bu analizə daxil edilməyən yırtıcı bakteriyalara misal olaraq Cupriavidus necator42 və Bradymonabacteria43 üzvləri daxildir, çünki tədqiqatçılar müxtəlif mikrob icmalarını araşdırdıqca daha çox yırtıcı taksonlar yaranır.
TEM görüntüsü ilə çəkilmiş ASxL5T bakteriyalarının ən diqqətəlayiq xüsusiyyəti onun unikal və çevik morfologiyasıdır ki, bu da yırtıcı bakteriyalarla qarşılıqlı əlaqəyə kömək edir. Müşahidə olunan qarşılıqlı təsir növü digər yırtıcı bakteriyalardan fərqlidir və əvvəllər aşkar edilməmiş və ya bildirilməmişdir. Təklif olunan ASxL5T yırtıcı həyat dövrü Şəkil 5-də göstərilmişdir. Ədəbiyyatda burada bildirdiyimiz kimi oxşar apikal strukturları olan bir neçə nümunə var, lakin bu nümunələrə Terasakiispira papahanaumokuakeensis, zirvəsi arabir böyüyən dəniz spirillum bakteriyası 44 və Alphaproteobsakeria daxildir. , əvvəllər cinsinə aid idi Oceanospirillum, sərgiləyən "Qütb filmi" adlanan 45. Kokk formaları tez-tez köhnə mədəniyyətlərdə müşahidə olunur, xüsusən də Vibrio, Campylobacter və Helicobacter 46, 47, 48 kimi əyri formaları olan bakteriyalar üçün, bu, deqradasiyaya uğramış vəziyyəti təmsil edə bilər. ASxL5T bakteriyalarının dəqiq həyat dövrünü aydınlaşdırmaq üçün əlavə iş lazımdır. Onun necə tutduğunu və ov etdiyini və onun genomunun tibbi və ya biotexnoloji məqsədlər üçün istifadə oluna bilən bioloji aktiv birləşmələri kodlayıb kodlaşdırmadığını müəyyən etmək.
Venatorbacter geninin təsviri. Noyabr Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator,'hunter' və Gr. n. bacter,'a çubuq' olan venatorlardan ibarətdir. Venatorbacter,'a ovçuluq çubuğu' Hüceyrələr aerob, duza davamlıdır, əyri Gram boyası mənfi, katalaza və oksidaz aktivliyi müsbətdir. PHB 4-dən 42 °C-ə qədər olan temperaturda yığılmır :1ω7c, C16:0 və C18:1ω9 C12:0 3-OH və C10:0 3-OH hidroksi yağ turşuları şəklində tapılır. Onlar DNT G+C tərkibi 56,1 mol% təşkil edir. Bu cinsin filogenetik mövqeyi ailədədir.
Venatorbacter cucullus sp.-in təsviri. Noyabr Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus zəriflik deməkdir).
Bundan əlavə, bu cinsin təsviri xüsusiyyəti ondan ibarətdir ki, BA və ya BHI üzərində böyüdükdə hüceyrələrin uzunluğu 1,63 µm və eni 0,37 µm olur. BHI agarda koloniyalar çox kiçikdir, 72 saatdan sonra diametri 2 mm-ə çatır. Onlar bej, şəffaf, yuvarlaq, qabarıq və parlaqdır. Bu növün nümayəndələri Escherichia coli və Klebsiella istifadə edə bilərlər. Campylobacter və bir sıra digər qram-mənfi bakteriyalar yırtıcı kimi xidmət edir.
Tipik ASxL5T ştammı Böyük Britaniyanın Nottingemşir şəhərində mal əti südündən təcrid olunmuş və Milli Tip Mədəniyyət Kolleksiyasında (Böyük Britaniya) saxlanılmışdır: giriş nömrəsi NCTC 14397 və Hollandiya Bakteriya Mədəniyyəti Kolleksiyası (NCCB) giriş nömrəsi NCCB 100775. Tam genom ardıcıllığı ASxL5T əlavəsinə uyğun olaraq Genbanka yatırılmışdır CP046056.
ASxL5T bakteriyaları fag izolyasiya texnologiyasından istifadə edərək mal əti südündən təcrid edilmişdir9,49. Bulamaç SM tamponunda (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O və 0.01% jelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, Böyük Britaniya) 1:9 (ağırlıq/həc) nisbətində seyreltildi, sonra inkubasiya edildi. 24 saat ərzində 4°C-də, yavaş-yavaş fırlanaraq süzülür yırtıcılar buferə daxil olur. Süspansiyon 3 dəqiqə 3000 q-da sentrifuqa edilmişdir. Supernatant toplanmış və 5 dəqiqə ərzində ikinci dəfə 13000 q-da sentrifuqa edilmişdir. Sonra supernatant qalan bakterial hüceyrələri çıxarmaq üçün 0,45 µm membran filtrindən (Minisart; Sartorius, Göttingen, Almaniya) və 0,2 µm membran filtrindən (Minisart) keçirildi. ASxL5T bu filtrləri keçə bilər. Eyni məhluldan Campylobacter enterosus S12 (NCBI qoşulma nömrəsi CP040464) yumşaq agar qazonu standart üsullardan istifadə edilməklə hazırlanmışdır. Süzülmüş məhlul üç nüsxədə 10 µl damcı şəklində bu host hüceyrə lövhələrinin hər birinə paylandı və qurumağa icazə verildi. Plaka mikroaerob şəraitdə (5% O2, 5% H2, 10% CO2 və 80% N2) 48 saat ərzində 37°C-də mikroaerofil çəndə inkubasiya edilmişdir. Əldə edilən görünən lövhə SM buferinə çıxarıldı və parçalanmış orqanizmləri daha da çoxaltmaq üçün C. hyointestinalis S12-nin təzə qazonuna köçürüldü. Bakteriyaların fag deyil, litik lövhənin səbəbi olduğu müəyyən edildikdən sonra, orqanizmi ev sahibindən asılı olmayaraq böyütməyə və daha da xarakterizə etməyə çalışın. Aerob kultura 37 °C-də 5% v/v defibrinləşdirilmiş at qanı ilə aparılmışdır (TCS Biosciences Lt, Buckingham, Böyük Britaniya, əlavə). Milli Klinik Standartlar Komitəsinin təlimatlarına uyğun olaraq, disk diffuziya üsulu antibakterial həssaslıq testi üçün istifadə olunur. BHI agar aerob kultura üçün aşağıdakı antibiotikləri (Oksoid) ehtiva edən diskdən istifadə edərək 37 °C-də becərildi: amoksisillin və klavulan turşusu 30 µg; sefotaksim 30 mkq; streptomisin 10 mkq; siprofloksasin 5 mkq; Ceftazidim 30 µg Nalidiksik turşusu 30 µg; imipenem 10 mkq; Azitromisin 15 mkq; xloramfenikol 30 mkq; sefoksitin 30 mkq; tetrasiklin 30 mkq; nitrofurantoin 300 mkq; Aztreonam 30 µg; ampisilin 10 mkq; sefpodoksim 10 mkq; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 µg. Duza dözümlülük 37 °C-də BHI agar plitələrində aerob inkubasiya yolu ilə müəyyən edilmişdir. 10%-ə qədər konsentrasiya diapazonunu təmin etmək üçün BHI agar plitələrinə əlavə NaCl əlavə edildi. PH diapazonu 37°C-də BHI agar plitələrində aerob kultura ilə müəyyən edilir, burada pH diapazonu steril HCl və ya steril NaOH ilə 4 ilə 9 arasında tənzimlənir və hədəf pH dəyəri boşqab tökülməzdən əvvəl yoxlanılır. Hüceyrə yağ turşusu analizi üçün ASxL5T BHI agarda 3 gün və aerob 37 °C-də becərildi. FERA Science Ltd, (York, Böyük Britaniya) şirkətinin MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) standart protokoluna uyğun olaraq hüceyrə yağ turşuları ekstraksiya edilmiş, hazırlanmış və təhlil edilmişdir.
TEM üçün, ASxL5T 24 saat ərzində 37°C-də BA-da bərabər şəkildə yayılmaqla aerob şəkildə becərildi və sonra otaq temperaturunda 0,1 M kakodilat tamponunda 1 ml 3% (h/v) qlutaraldehidə yığıldı. 1 saat ərzində sabitləşdirin, sonra sentrifuqa edin. 10.000 q-da 3 dəqiqə. Sonra pelleti 600 μl 0,1 M kakodilat tamponunda yumşaq bir şəkildə yenidən dayandırın. Sabit ASxL5T asqısını 200 mesh mis tor üzərində Formvar/karbon filminə köçürün. Bakteriyalar 1 dəqiqə ərzində 0,5% (ağırlıq/həc) uranil asetat ilə boyandı və TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopundan istifadə edərək TEM tərəfindən araşdırıldı. Yuxarıda qeyd edildiyi kimi, NZCYM bulyonunda (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) eyni sayda yırtıcı və yırtıcı birləşdirin və 37°C temperaturda Campylobacter və ya Campylobacter mikroaerob şəraitində 48 saat inkubasiya edin, Yırtıcı və yırtıcı heyvanın qarşılıqlı təsiri TEM tərəfindən də araşdırıldı. Escherichia coli üçün aerob şərait. Yırtıcılıq nəticəsində hüceyrə morfologiyasında hər hansı dəyişikliyi müəyyən etmək üçün yırtıcı və yırtıcı bakteriyaları müstəqil şəkildə araşdırın. PHB toplanmasının optik mikroskopiyası üçün Sudan qara üsulundan istifadə edilmişdir.
Steril tamponla BHI və ya BA plitələrində böyüməni sürtməklə bir gecədə ASxL5T mədəniyyətlərini yetişdirin. ASxL5T hüceyrələrini toplayın və onları MRD-də (CM0733, Oxoid) dayandırın və sonra hüceyrələri ac qalmaq üçün onları 7 gün ərzində 4°C-də yerləşdirin. NCTC arayışı və ya laboratoriya ehtiyatı bakterial kulturası BHI bulyonuna və ya № 2 qidalı bulyona (CM007, Oksoid) əkilmiş, bir gecədə inkubasiya edilmiş, 13000 q-da sentrifuqa edilmiş və OD600 0,4 olana qədər MRD-də yenidən dayandırılmışdır. Mədəniyyət: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella, Lebsiella NCTCoxy1 10817, Listeria Xüsusi bakteriya NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus sualtı hamburger NCTC 1621T, Salmonella NCTC747 bakteriya testi NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter sahibi mikroaerobik olaraq BA plitələrində 37°C və NYC temperaturda inkubasiya edilib. Test edilmiş Campylobacter hostları bunlardır: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C.81. PT14, C... MRD-də hüceyrələri toplayın, 13,000 q-da sentrifuqa edin və OD600 0,4 olana qədər MRD-də yenidən dayandırın. 5 ml ərinmiş NZCYM üst agarına (0,6% agar) 0,5 ml suspenziyadan bir hissə əlavə edin və onu 1,2% NZCYM alt boşqabına tökün. Quruduqdan və qurudulduqdan sonra ardıcıl olaraq seyreltilmiş ASxL5T üç nüsxədə hər qazon taxtasına 20 µl damcı şəklində paylandı. Kultura temperaturu və atmosferi test bakteriyalarının tələblərindən asılıdır.
Bakterial təcridlərdən DNT hazırlamaq üçün GenElute™ Bakterial Genomik DNT Kitindən (Sigma Aldridge) istifadə edin. 16S rRNA geninin PCR gücləndirilməsi və boyanın sonlandırılması kimyası (Eurofins Value Read Service, Almaniya) istifadə edərək məhsulun ardıcıllığının təyini üçün standart üsullardan istifadə edilmişdir. Yaxından əlaqəli növləri müəyyən etmək və toplamaq üçün bu ardıcıllıqları digər 16S rRNA gen ardıcıllığı ilə müqayisə etmək üçün BLAST-N proqramından istifadə edin. Bunlar MEGA X proqramında ClustalW istifadə edərək uyğunlaşdırılır. Filogenetik ağac MEGA X istifadə edərək Tamura-Nei modelinə əsaslanan maksimum ehtimal metodundan istifadə etməklə, 1000 idarə olunan nüsxə ilə yenidən qurulmuşdur54. Bütün genom ardıcıllığı üçün DNT çıxarmaq üçün PureLink™ Genomik DNT Kitindən (Fisher Scientific, Loughborough, UK) istifadə edin. ASxL5T-nin genom ardıcıllığı Illumina MiSeq kombinasiyasından istifadə etməklə müəyyən edilmişdir ki, bu da Nextera etiketləmə dəsti ilə hazırlanmış kitabxanadan və PacBio platformasından 2 ilə 20 kb uzunluqda oxunuşlardan ibarət 250 bp ikitərəfli oxunuşlardan ibarətdir. Sembia Universitetində Genomik DNT Sıralama Tədqiqat Qurumu. Genom CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danimarka) istifadə edərək yığılmışdır. ASxL5T mədəniyyətləri Milli Tip Mədəniyyət Kolleksiyasında (Böyük Britaniya) və Hollandiya Bakteriya Mədəniyyəti Kolleksiyasında (NCCB) saxlanılır. Müqayisə üçün istifadə edilən əlaqəli orqanizmlərin genomları bunlardır: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (giriş nömrəsi HF680312, tam); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (qoşulma nömrəsi BMYY01000001, natamam); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (qoşulma nömrəsi NZ_AUGV00000000, natamam); Marinamonas icması DSM 5604T (ASM436330v1 əlavə edildi, natamam), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 əlavə edildi, natamam) və Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 əlavə edin, natamam). Düzəliş xalını (AF) və orta nuklein turşusu eyniliyini (ANI) müəyyən etmək üçün https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ünvanında JGI Genome Portal36-dan istifadə edin. Cüt-cüt. Rodriguez-R & Konstantinidis55 metodu amin turşusunun eyniliyini (AAI) müəyyən etmək üçün istifadə edilmişdir. Təxmini maksimum ehtimal olunan filogenetik ağac yaratmaq üçün GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 istifadə edin. Mövcud istinad genomunu təmsil edən giriş genomu 16S rRNA filogeniyasından ASxL5T ilə əlaqəli olduğu müəyyən edilmiş istinad cinslərindən seçilir. İnteraktiv həyat ağacı onlayn alətindən (https://itol.embl.de/) istifadə edərək ağacın şərhi. ASxL5T genomunun funksional annotasiyası və təhlili BlastKOALA KEGG onlayn alətindən istifadə etməklə, KEGG (Kyoto Gen və Genomlar Ensiklopediyası) modul zənginləşdirmə paylanmasından istifadə etməklə həyata keçirilir. COG kateqoriyalarının (orfoloji qrupların) paylanması eggNOG-mapper onlayn alətindən istifadə etməklə müəyyən edilir.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ və Muñoz-Dorado, J. Bakterial yırtıcılıq: 75 ildir və davam edir! . mühit. mikroorqanizm. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. və s. Peru sahillərində yırtıcı bakteriyaların müxtəlifliyi və antibakterial potensialı. Mart dərmanları. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Onların genləri vasitəsilə siz onları başa düşəcəksiniz: yırtıcı bakteriyaların genomik xüsusiyyətləri. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bdellovibrio bakteriofaqının yırtıcı həyat tərzi. quraşdırın. Pastor mikrobları. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Yırtıcı bakteriyalardan antibiotiklər. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio və oxşar orqanizmlər müxtəlif ev sahibi populyasiyalarda mikrobiom müxtəlifliyinin proqnozlaşdırıcılarıdır. mikroorqanizm. Ekologiya. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. və Ballesté-Delpierre, C. Yeni antibakterial agentlərin cari vəziyyətini kəşf edin. kliniki. mikroorqanizm. Yoluxdurmaq. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. və başqaları. Faq və faqın ikili yırtıcılığı E. coli ovunu tək bir yırtıcı olmadan məhv edə bilər. J. Bakteriyalar. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Sərbəst və üzvi toyuqların qidalanma dövrü ərzində təcrid olunmuş Campylobacter və bakteriofaqların sayı və müxtəlifliyi. Tətbiq mühiti. mikroorqanizm. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA və s. Campylobacter donuzlarının genomik taksonomiyasını və epidemiologiyasını yeniləyin. elm. Nümayəndə 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Sistem genomikası üçün istifadəçi dostu iş axını. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Zaman və məkan mürəkkəbliyini azaldan çoxlu ardıcıl düzülmə üsulu. BMC bioloji məlumat. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Geniş miqyaslı filogenetik analizdə avtomatik uyğunlaşdırma və kəsmə üçün alət. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC geni və metagenomik ardıcıllığın tərcüməsi başlanğıc saytının proqnozlaşdırılması. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Çarpaz platforma və səmərəli NCBI təsnifat alətləri dəsti. Bio Rxiv. (1 iyun 2021-ci ildə əldə edilib); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Qiymət, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-böyük düzülmə ilə təxmini maksimum ehtimal ağacı. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralel. (1 iyun 2021-ci ildə əldə edilib); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Genlər və Genomların Kyoto Ensiklopediyası. Nuklein turşusunun tədqiqatı. 28, 27-30 (2000).
Çexiya, L. və s. Ektoin və hidroksyektoinin stress qoruyucuları və qida maddələri kimi ekstremolitlərin rolu: genetika, sistem genomikası, biokimya və struktur analizi. Gen (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA. Orta və uzun zəncirli alkanların böyüməsi zamanı məcburi dəniz karbohidrogenləri parçalayan bakteriya Thalassolituus oleivorans MIL-1-in böyüməsi zamanı diferensial protein ifadəsi. ön. mikroorqanizm. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. və Jurkevitch, E. Fenotipik spesifik göstəriciləri müəyyən etmək üçün yeni müqayisəli genomik metod yırtıcı bakteriya işarəsində xüsusi irsiyyəti ortaya qoyur. İctimai Elm Kitabxanası 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM və s. Thalassolituus oleivorans geni. Noyabr, sp. nov., karbohidrogenlərin istifadəsində ixtisaslaşan dəniz bakteriyalarının yeni növü. beynəlmiləllik. J. Sistem. təkamül. mikroorqanizm. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Noyabr, sp. Noyabr ayında Cənubi Sakit Okeanda dövr edən dəniz suyundan ayrıldı. beynəlmiləllik. J. Sistem. təkamül. mikroorqanizm. 66, 5010–5015 (2016).