Новы тып грамотріцательных, аэробных, солеустойчивых, актыўных, палачкападобных і драпежных бактэрый ASxL5T быў вылучаны з сажалкі з каровіным гноем у Нотынгемшыры, Англія, і выкарыстоўваў Campylobacter ў якасці сваёй здабычы. Пазней іншыя віды Campylobacter і члены сямейства Enterobacteriaceae былі выяўлены як здабыча. Пасля субкультуры без клетак-гаспадароў слабы асептычны рост быў дасягнуты на агары Brain Heart Infusion. Аптымальныя ўмовы росту - 37 °C і pH 7. Прасвечвае электронная мікраскапія выявіла некаторыя вельмі незвычайныя марфалагічныя асаблівасці, звязаныя з даступнасцю здабычы. Філагенетычны аналіз з выкарыстаннем паслядоўнасці гена 16S рРНК паказаў, што изолят звязаны з членам сямейства марскіх спіруліны, але не можа быць дакладна класіфікаваны як член любога вядомага роду. Полногеномное секвенирование ASxL5T пацвердзіла сваяцтва з прадстаўнікамі марскіх спірохет. Пошук у базе дадзеных паказаў, што некалькі ASxL5T падзяляюць паслядоўнасці гена 16S рРНК з некалькімі некультурнымі бактэрыямі з акіяна, паверхні зямлі і падземных вод. Мы мяркуем, што штам ASxL5T прадстаўляе новы від у новым родзе. Мы рэкамендуем назву Venatorbacter cucullus gen. Лістапад, сп. У лістападзе ў якасці тыпавога штаму быў выкарыстаны ASxL5T.
Драпежныя бактэрыі - гэта бактэрыі, якія дэманструюць здольнасць высочваць і забіваць іншыя жывыя бактэрыі для атрымання біясінтэтычных матэрыялаў і энергіі. Гэта адрозніваецца ад агульнага аднаўлення пажыўных рэчываў з мёртвых мікраарганізмаў, а таксама ад паразітарных узаемадзеянняў, пры якіх бактэрыі ўсталёўваюць цесныя адносіны са сваім гаспадаром, не забіваючы іх. Драпежныя бактэрыі развілі розныя жыццёвыя цыклы, каб скарыстацца багатымі крыніцамі ежы ў нішах, дзе яны знаходзяцца (напрыклад, у марскіх месцах пражывання). Яны ўяўляюць сабой таксанамічна разнастайную групу, якую звязвае толькі іх унікальны жыццёвы цыкл стэрылізацыі1. Прыклады драпежных бактэрый былі знойдзены ў некалькіх розных тыпах, у тым ліку: Proteobacteria, Bacteroides і Chlorella.3. Аднак найбольш добра вывучанымі драпежнымі бактэрыямі з'яўляюцца Bdellovibrio і Bdellovibrio і падобныя арганізмы (BALOs4). Драпежныя бактэрыі з'яўляюцца перспектыўным крыніцай новых біялагічна актыўных злучэнняў і антыбактэрыйных сродкаў5.
Лічыцца, што драпежныя бактэрыі павялічваюць разнастайнасць мікробаў і станоўча ўплываюць на здароўе, прадукцыйнасць і стабільнасць экасістэм6. Нягледзячы на ​​​​гэтыя станоўчыя характарыстыкі, даследаванняў новых драпежных бактэрый мала з-за цяжкасцей культывавання бактэрый і неабходнасці ўважлівага назірання за ўзаемадзеяннем клетак, каб зразумець іх складаныя жыццёвыя цыклы. Гэтую інфармацыю няпроста атрымаць з дапамогай кампутарнага аналізу.
У эпоху расце ўстойлівасці да антымікробных прэпаратаў вывучаюцца новыя стратэгіі барацьбы з бактэрыяльнымі патагенамі, такія як выкарыстанне бактэрыяфагаў і драпежных бактэрый7,8. Бактэрыі ASxL5T былі вылучаныя ў 2019 годзе з выкарыстаннем тэхналогіі ізаляцыі фагаў з каровінага гною, сабранага ў Малочным цэнтры Нотынгемскага ўніверсітэта, Нотынгемшыр. Мэта расследавання - вылучыць арганізмы, якія могуць быць агентамі біялагічнай барацьбы. Campylobacter hyointestinalis з'яўляецца заанозных ўзбуджальнікам, які ўсё часцей асацыюецца з захворваннямі кішачніка чалавека10. Ён паўсюдна сустракаецца ў сыроватцы і выкарыстоўваецца ў якасці мэтавага гаспадара.
Бактэрыя ASxL5T была вылучана з ялавічнага жэле, таму што было заўважана, што бляшкі, якія яна ўтварыла на газоне C. hyointestinalis, былі падобныя на тыя, што ўтвараюцца бактэрыяфагамі. Гэта нечаканая знаходка, таму што частка працэсу ізаляцыі фага ўключае фільтраванне праз фільтр 0,2 мкм, які прызначаны для выдалення бактэрыяльных клетак. Мікраскапічнае даследаванне матэрыялу, вынятага з бляшкі, паказала, што невялікія грамотріцательных выгнутыя палачкападобныя бактэрыі не назапашваюць полигидроксибутират (ПГБ). Асептычная культура, незалежная ад ахвярных клетак, рэалізуецца на насычаным цвёрдым асяроддзі (такім як агар для інфузій мозгу і сэрца (BHI) і крывяны агар (BA)), і яе рост слабы. Атрымліваюць пасля перасеву з паляпшэннем цяжкіх прышчэпак. Ён аднолькава добра расце ў мікрааэробных (7% аб'ёму кіслароду) і атмасферных умовах кіслароду, але не ў анаэробнай атмасферы. Праз 72 гадзіны дыяметр калоніі быў вельмі малым, дасягаючы 2 мм, і яна была бэжавай, напаўпразрыстай, круглай, выпуклай і бліскучай. Стандартнае біяхімічнае тэсціраванне абцяжарана, таму што ASxL5T нельга надзейна культываваць у вадкіх асяроддзях, што сведчыць аб тым, што ён можа абапірацца на складаны жыццёвы цыкл фарміравання біяплёнкі. Аднак завісь пласціны паказала, што ASxL5T з'яўляецца аэробным, станоўчым для аксідазы і каталазы і можа пераносіць 5% NaCl. ASxL5T устойлівы да 10 мкг стрэптаміцыну, але адчувальны да ўсіх іншых пратэставаных антыбіётыкаў. Бактэрыяльныя клеткі ASxL5T былі даследаваны з дапамогай ПЭМ (малюнак 1). Пры вырошчванні без ахвярных клетак на BA клеткі ASxL5T з'яўляюцца невялікімі Campylobacter з сярэдняй даўжынёй 1,63 мкм (± 0,4), шырынёй 0,37 мкм (± 0,08) і адзіным доўгім (да 5 мкм) полюсам. Палавыя жгуцікі. Прыблізна 1,6% клетак, здаецца, маюць шырыню менш за 0,2 мкм, што дазволіць прайсці праз фільтруючае прылада. На вяршыні некаторых клетак назіралася незвычайнае структурнае пашырэнне, падобнае да абцякальніка (лац. cucullus) (гл. стрэлкі на 1D, E, G). Здаецца, гэта складаецца з лішку вонкавай мембраны, што можа быць звязана з хуткім памяншэннем памеру перыплазматычнай абалонкі, у той час як вонкавая мембрана застаецца непашкоджанай, дэманструючы "рыхлы" выгляд. Культываванне ASxL5T у адсутнасць пажыўных рэчываў (у PBS) на працягу доўгага часу пры 4°C прывяло да таго, што большасць (але не ўсе) клетак дэманструюць кокковую марфалогію (малюнак 1C). Калі ASxL5T расце з Campylobacter jejuni ў якасці здабычы на ​​працягу 48 гадзін, сярэдні памер клеткі значна даўжэйшы і вузейшы, чым клеткі, выгадаваныя без гаспадара (табліца 1 і малюнак 1E). У адрозненне ад гэтага, калі ASxL5T расце з E. coli ў якасці здабычы на ​​працягу 48 гадзін, сярэдні памер клеткі даўжэй і шырэй, чым калі яна расце без ахвяры (табліца 1), а даўжыня клеткі зменлівая, звычайна паказваючы ніткападобныя (малюнак 1F). Пры інкубацыі з Campylobacter jejuni або кішачнай палачкай у якасці здабычы на ​​працягу 48 гадзін клеткі ASxL5T наогул не паказалі жгуцікаў. Табліца 1 абагульняе назіранні за зменамі памеру клеткі ў залежнасці ад наяўнасці, адсутнасці і тыпу ахвяры ASxL5T.
Дысплей TEM ASx5LT: (A) ASx5LT паказвае доўгую пугу; (B) тыповая батарэя ASx5LT; (C) кокі ASx5LT клеткі пасля доўгай інкубацыі без пажыўных рэчываў; (D) група клетак ASx5LT дэманструе анамалію (E) Група клетак ASx5LT, інкубаваных са здабычай Campylobacter, паказала павелічэнне даўжыні клетак у параўнанні з клеткамі без росту ахвяры (D) таксама паказала апікальную структуру; (F) Вялікія ніткападобныя жгуцікі, клеткі ASx5LT, пасля інкубацыі са здабычай кішачнай палачкі; (G) Адзіная клетка ASx5LT пасля інкубацыі з кішачнай палачкай, якая паказвае незвычайную верхнюю структуру. Паласа ўяўляе сабой 1 мкм.
Вызначэнне паслядоўнасці гена 16S рРНК (інвентарны нумар MT636545.1) дазваляе шукаць у базе дадзеных для ўстанаўлення паслядоўнасцей, падобных паслядоўнасцям у класе Gammaproteobacteria, найбольш блізкіх да марскіх бактэрый у сямействе марскіх спірыл (малюнак 2) і з'яўляецца членам роду Thalassolituus Бліжэйшы сваяк марской палачкі. Паслядоўнасць гена 16S рРНК відавочна адрозніваецца ад драпежных бактэрый, якія адносяцца да сямейства Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Параўнае параўнанне B. bacteriovorus HD100T (штам тыпу, DSM 50701) і B. bacteriovorus DM11A склала 48,4% і 47,7%, а для B. exovorus JSS - 46,7%. Бактэрыі ASxL5T маюць 3 копіі гена 16S рРНК, дзве з якіх ідэнтычныя адна адной, а трэцяя размешчана на 3 падставы. Два іншых ізалятаў драпежных бактэрый (ASx5S і ASx5O; нумары доступу да гена 16S рРНК MT636546.1 і MT636547.1 адпаведна) з аналагічнымі марфалагічнымі і фенатыпічнымі характарыстыкамі з таго ж месца не аднолькавыя, але яны адрозніваюцца ад ASxL5T і некультываваных бактэрый. паслядоўнасці базы дадзеных згрупаваны разам з іншымі родамі ў Oceanospirillaceae (малюнак 2). Поўная паслядоўнасць геному ASxL5T была вызначана і захавана ў базе дадзеных NCBI, а нумар доступу - CP046056. Геном ASxL5T складаецца з кругавой храмасомы памерам 2 831 152 п.н. з суадносінамі G + C 56,1%. Паслядоўнасць геному змяшчае 2653 CDS (усяго), з якіх 2567, як мяркуецца, будуць кадаваць вавёркі, з якіх 1596 могуць быць прызначаныя як меркаваныя функцыі (60,2%). Геном змяшчае 67 генаў, якія кадуюць РНК, у тым ліку 9 рРНК (па 3 для 5S, 16S і 23S) і 57 тРНК. Геномных характарыстыкі ASxL5T параўноўвалі з наяўнымі геномамі штамаў бліжэйшага роднаснага тыпу, ідэнтыфікаваных па паслядоўнасці гена 16S рРНК (табл. 2). Выкарыстоўвайце ідэнтычнасць амінакіслот (AAI), каб параўнаць усе даступныя геномы Thalassolituus з ASxL5T. Бліжэйшая даступная (няпоўная) паслядоўнасць геному, вызначаная AAI, - Thalassolituus sp. C2-1 (дадаць NZ_VNIL01000001). Гэты штам быў вылучаны з глыбакаводных адкладаў Марыянскай западзіны, але ў цяперашні час няма фенатыпічнае інфармацыі аб гэтым штаме для параўнання. У параўнанні з 2,82 Мб ASxL5T, геном арганізма большы і складае 4,36 Мб. Сярэдні памер геному марскіх спірохет складае каля 4,16 Мб (± 1,1; n = 92 поўныя эталонныя геномы, даследаваныя з https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), таму геном ASxL5T адпавядае парадак У параўнанні з іншымі ўдзельнікамі, ён даволі малы. Выкарыстоўвайце GToTree 1.5.54 для стварэння філагенетычнага дрэва максімальнай верагоднасці на аснове геному (малюнак 3A), выкарыстоўваючы выраўнаваныя і звязаныя амінакіслотныя паслядоўнасці 172 аднакопійных генаў, характэрных для Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Аналіз паказаў, што ён цесна звязаны з Thalassolituus, Bacterial Plane і Marine Bacterium. Аднак гэтыя дадзеныя паказваюць, што ASxL5T адрозніваецца ад сваіх суродзічаў у марской спіруліны і што дадзеныя аб паслядоўнасці геному даступныя.
Філагенетычнае дрэва з выкарыстаннем паслядоўнасці гена 16S рРНК падкрэслівае становішча штамаў ASxL5T, ASxO5 і ASxS5 (з вантробамі) адносна штамаў некультывуемых і марскіх бактэрый марскіх Spirulinaceae. Інвентарны нумар Genbank варта пасля назвы штаму ў дужках. Выкарыстоўвайце ClustalW для выраўноўвання паслядоўнасцей, а таксама выкарыстоўвайце метад максімальнага праўдападабенства і мадэль Тамура-Неі для высновы аб філагенетычных адносінах і выканайце 1000 кіраваных рэплікацый у праграме MEGA X. Лічба на галінцы паказвае, што значэнне кіраванай копіі больш за 50%. Кішачная палачка U/541T выкарыстоўвалася ў якасці аутгрупы.
(A) Філагенетычнае дрэва, заснаванае на геноме, якое паказвае ўзаемасувязь паміж марской бактэрыяй Spirosspiraceae ASxL5T і яе блізкімі сваякамі E. coli U 5/41T у якасці старонняй групы. (B) У параўнанні з T. oleivorans MIL-1T, размеркаванне генаў па функцыянальнай катэгорыі прадказваецца на аснове арталагічнай групы (COG) кластара бялку ASx5LT. На малюнку злева паказана колькасць генаў у кожнай функцыянальнай катэгорыі COG у кожным геноме. Графік справа паказвае працэнт геномаў, якія змяшчаюцца ў кожнай функцыянальнай групе COG. (C) У параўнанні з T. oleiverans MIL-1T, аналіз поўнага модульнага шляху KEGG (Кіёцкая энцыклапедыя генаў і геномаў) ASxL5T.
Выкарыстанне базы дадзеных KEGG для вывучэння генаў-кампанентаў, якія прысутнічаюць у геноме ASxL5T, выявіла тыповы метабалічны шлях аэробнага гама-пратэя. ASxL5T змяшчае ў агульнай складанасці 75 генаў, якія адносяцца да рухальных бялкоў бактэрый, у тым ліку гены, якія ўдзельнічаюць у хемотаксисе, зборцы жгутиков і сістэме фімбрый тыпу IV. У апошняй катэгорыі 9 з 10 генаў адказваюць за паторгванне шэрагу іншых арганізмаў. Геном ASxL5T змяшчае поўны шлях біясінтэзу тэтрагідрапірымідыну, які ўдзельнічае ў ахоўнай рэакцыі на асматычны стрэс20, як і чакалася для галафілаў. Геном таксама змяшчае мноства поўных шляхоў для кофакторов і вітамінаў, уключаючы шляхі сінтэзу рыбафлавіну. Хоць ген алкан-1-монааксігеназы (alkB2) прысутнічае ў ASxL5T, шлях выкарыстання вуглевадародаў не завершаны. У паслядоўнасці геному ASxL5T відавочна адсутнічаюць гамолагі генаў, ідэнтыфікаваных як галоўныя адказныя за дэградацыю вуглевадародаў у T. oleiverans MIL-1T21, такіх як TOL_2658 (alkB) і TOL_2772 (алкагольдэгідрагеназа). На малюнку 3B паказана параўнанне размеркавання генаў у катэгорыі COG паміж ASxL5T і аліўкавым алеем MIL-1T. У цэлым, меншы геном ASxL5T змяшчае прапарцыйна менш генаў з кожнай катэгорыі COG у параўнанні з больш буйным роднасным геномам. Калі колькасць генаў у кожнай функцыянальнай катэгорыі выяўляецца ў працэнтах ад геному, адзначаюцца адрозненні ў працэнтах генаў у катэгорыях трансляцыі, рыбасомнай структуры і біягенезу, а таксама ў катэгорыях вытворчасці і пераўтварэння энергіі, якія складаюць большы ASxL5T геном Працэнт параўноўваецца з той жа групай, якая прысутнічае ў геноме T. oleiverans MIL-1T. Наадварот, у параўнанні з геномам ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T мае больш высокі працэнт генаў у катэгорыях рэплікацыі, рэкамбінацыі і рэпарацыі і транскрыпцыі. Цікава, што самая вялікая розніца ў змесце кожнай функцыянальнай катэгорыі двух геномаў - гэта колькасць невядомых генаў, прысутных у ASxL5T (малюнак 3B). Быў праведзены аналіз ўзбагачэння модуляў KEGG, дзе кожны модуль KEGG уяўляе сабой набор уручную вызначаных функцыянальных адзінак для анатацыі і біялагічнай інтэрпрэтацыі дадзеных паслядоўнасці геному. Параўнанне размеркавання генаў у поўным шляху модуля KOG ASxL5T і аліўкавага MIL-1T паказана на малюнку 3C. Гэты аналіз паказвае, што хоць ASxL5T мае поўны метабалічны шлях серы і азоту, T. oleiverans MIL-1T гэтага не робіць. Наадварот, T. oleiverans MIL-1T мае поўны метабалічны шлях цыстэіну і метионина, але ён няпоўны ў ASxL5T. Такім чынам, ASxL5T мае характэрны модуль для асіміляцыі сульфату (вызначаецца як набор генаў, якія могуць быць выкарыстаны ў якасці фенатыпічных маркераў, такіх як метабалічная здольнасць або патагеннасць; https://www.genome.jp/kegg/module.html) У T . oleiverans MIL-1T. Параўнанне ўтрымання генаў ASxL5T са спісам генаў, якія паказваюць на драпежны лад жыцця, не дае вынікаў. Хаця ген waaL, які кадуе лігазу, звязаную з поліцукрыдам антыгена O да ядра, прысутнічае ў геноме ASxL5T (але ён распаўсюджаны ў многіх грамотріцательных бактэрый), гены трыптафан-2,3-дыяксігеназы (TDO) могуць уключаць у сябе 60 амінакіслот кіслотныя вобласці, якія звычайна сустракаюцца ў драпежных бактэрый, якіх няма. У геноме ASxL5T няма іншых драпежных характэрных генаў, у тым ліку генаў, якія кадуюць ферменты, якія ўдзельнічаюць у біясінтэзе изопреноидов на шляху мевалоната. Звярніце ўвагу, што ў даследаванай групе драпежнікаў няма рэгулятарнага гена транскрыпцыі gntR, але ў ASxL5T можна ідэнтыфікаваць тры gntR-падобных гена.
Фенатыпічнае характарыстыкі ASxL5T зведзены ў табліцы 3 і параўноўваюцца з фенатыпічнымі характарыстыкамі роднасных родаў 23, 24, 25, 26 і 27, апублікаванымі ў літаратуры. Ізаляты T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis і Oceanobacter kriegii з'яўляюцца актыўнымі, солеустойчивыми, аксідаза-станоўчымі палачкападобнымі целамі, але амаль не маюць іншых фенатыпічных характарыстык з ASxL5T. Сярэдні pH акіяна складае 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), што адлюстроўваецца на T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis і O. крыегіі. ASxL5T падыходзіць для больш шырокага дыяпазону pH (4-9), характэрнага для немарскіх відаў. Фенатыпічная характарыстыка Thalassolituus sp. C2-1. Невядомы. Тэмпературны дыяпазон росту ASxL5T, як правіла, шырэйшы, чым у марскіх штамаў (4–42 °C), хаця некаторыя, але не ўсе ізаляты T. marinus з'яўляюцца тэрмаўстойлівымі. Немагчымасць вырасціць ASxL5T у булённых асяроддзях перашкодзіла далейшай фенатыпічнае характарыстыкі. Выкарыстоўвайце API 20E для праверкі матэрыялаў, саскрабаных з пласціны BA, ONPG, аргініндыгідралазы, лізіндэкарбаксілазы, арніціндэкарбаксілазы, утылізацыі цытрата, урэазы, трыптафандэзаміназы, фермента гідролізу жэлаціну, усе вынікі выпрабаванняў былі адмоўнымі, але без індолу, ацэтаіну і H2S вырабляліся. Да неферментированных вугляводаў адносяцца: глюкоза, манноза, инозит, сарбіт, рамноза, цукроза, мелибиоза, амигдалин і арабиноза. У параўнанні з апублікаванымі роднаснымі эталоннымі штамамі клеткавы профіль тоўстых кіслот штаму ASxL5T паказаны ў табліцы 4. Асноўнымі клеткавымі тоўстымі кіслотамі з'яўляюцца C16:1ω6c і/або C16:1ω7c, C16:0 і C18:1ω9. Гідраксільныя тоўстыя кіслоты C12:0 3-OH і C10:0 3-OH таксама існуюць. Суадносіны C16:0 у ASxL5T вышэй, чым заяўленае значэнне роднасных родаў. Наадварот, у параўнанні з T. marinus IMCC1826TT, пра які паведамляецца, суадносіны C18:1ω7c і/або C18:1ω6c у ASxL5T зніжаюцца. oleivorans MIL-1T і O. kriegii DSM 6294T, але не выяўлены ў B. sanyensis KCTC 32220T. Параўнанне профіляў тоўстых кіслот ASxL5T і ASxLS выявіла тонкія адрозненні ў колькасці асобных тоўстых кіслот паміж двума штамамі, якія адпавядаюць паслядоўнасці геномнай ДНК аднаго і таго ж віду. Часціцы полі-3-гідраксібутырату (PHB) не былі выяўлены з дапамогай суданскага чорнага тэсту.
Для вызначэння дыяпазону здабычы была вывучана драпежніцкая актыўнасць бактэрый ASxL5T. Гэтая бактэрыя можа ўтвараць бляшкі на відах Campylobacter, у тым ліку: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Кішачная палачка NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 і C. upsaliensis NCTC 11541T. Выкарыстоўвайце культуры, пералічаныя ў раздзеле метаду вызначэння дыяпазону гаспадароў, каб праверыць больш шырокі спектр грамотріцательных і грамположительных бактэрый. Вынікі паказваюць, што ASxL5T таксама можна выкарыстоўваць у Escherichia coli NCTC 86 і Citrobacter freundii NCTC 9750T. Бляшкі ўтварыліся на Klebsiella oxytoca 11466. Узаемадзеянне TEM з E. coli NCTC 86 паказана на малюнку 4A-D, а ўзаемадзеянне з Campylobacter jejuni PT14 і Campylobacter suis S12 паказана на малюнку 4E-H пасярэдзіне. Механізм атакі, відаць, адрозніваецца ў залежнасці ад выпрабаваных тыпаў здабычы: адна або некалькі клетак E. coli прымацоўваюцца да кожнай клеткі ASxL5T і размяшчаюцца збоку ўздоўж пашыранай клеткі перад адсорбцыяй. Наадварот, ASxL5T, відаць, прымацоўваецца да Campylobacter праз адну кропку кантакту, звычайна ў кантакце з вяршыняй клеткі драпежніка і каля вяршыні клеткі Campylobacter (малюнак 4H).
TEM паказвае ўзаемадзеянне паміж ASx5LT і здабычай: (AD) і здабычай кішачнай палачкі; (EH) і C. jejuni ахвяр. (A) Тыповая клетка ASx5LT, злучаная з адной клеткай E. coli (EC); (B) ніткападобны ASx5LT, прымацаваны да адной клеткі EC; (C) Ніткападобная клетка ASx5LT, злучаная з некалькімі клеткамі EC; (D) Прымацаванне меншых клетак ASx5LT на адной ячэйцы E. coli (EC); (E) адна клетка ASx5LT, злучаная з клеткай Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT атакуе клеткі C. hyointestinalis (CH); (G) дзве Адна клетка ASx5LT атакавала клетку CJ; (H) Выгляд буйным планам кропкі прымацавання ASx5LT, каля вяршыні клеткі CJ (палоса 0,2 мкм). Палоска ўяўляе 1 мкм у (A–G).
Драпежныя бактэрыі эвалюцыянавалі, каб скарыстацца багатымі крыніцамі здабычы. Відавочна, што яны шырока прысутнічаюць у самых розных асяроддзях. З-за вузкага памеру членаў папуляцыі можна вылучыць бактэрыі ASxL5T з завісі метадам падзелу фагаў. Геномная значнасць ASxL5T для членаў сямейства марскіх бактэрый oceanospirillaceae дзіўная, хаця арганізм устойлівы да солі і можа расці на асяроддзі, якое змяшчае 5% солі. Аналіз якасці вады ў пульпе паказаў, што ўтрыманне хларыду натрыю менш за 0,1%. Такім чынам, бруд знаходзіцца далёка ад марскога асяроддзя - як геаграфічна, так і хімічна. Наяўнасць трох звязаных, але розных ізалятаў з адной крыніцы сведчыць аб тым, што гэтыя драпежнікі квітнеюць у гэтым немарскім асяроддзі. Акрамя таго, аналіз мікрабіёмаў (файлы дадзеных даступныя на https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) паказаў, што тая ж паслядоўнасць гена 16S рРНК знаходзіцца ў топ-50 найбольш распаўсюджаных таксонаў (OTU ) Праз некалькі інтэрвалаў адбору проб бруду. У базе дадзеных Genbank было знойдзена некалькі некультурных бактэрый, якія маюць паслядоўнасці гена 16S рРНК, падобныя на бактэрыі ASxL5T. Гэтыя паслядоўнасці разам з паслядоўнасцямі ASxL5T, ASxS5 і ASxO5, здаецца, прадстаўляюць розныя клады, аддзеленыя ад Thalassolituus і Oceanobacter (малюнак 2). Тры віды некультурных бактэрый (GQ921362, GQ921357 і GQ921396) былі вылучаныя з расколіны вады на глыбіні 1,3 кіламетра ў паўднёваафрыканскім залатым капальні ў 2009 годзе, а два іншых (DQ256320 і DQ337006) былі выдзелены з падземных вод (таксама ў Паўднёвай Афрыцы). у 2005 годзе). Паслядоўнасць гена 16S рРНК, найбольш блізкая да ASxL5T, з'яўляецца часткай паслядоўнасці гена 16S рРНК, атрыманай з узбагачальнай культуры пяшчаных адкладаў, атрыманых з пляжаў паўночнай Францыі ў 2006 г. (інвентарны нумар AM29240828). Іншая блізкароднасная паслядоўнасць гена 16S рРНК з некультурнай бактэрыі HQ183822.1 была атрымана з рэзервуара для збору, вымытага з муніцыпальнай звалкі ў Кітаі. Відавочна, што бактэрыі ASxL5T не вельмі рэпрэзентатыўныя ў таксанамічных базах дадзеных, але гэтыя паслядоўнасці з некультурных бактэрый, верагодна, прадстаўляюць арганізмы, падобныя на ASxL5T, якія распаўсюджаны па ўсім свеце, звычайна ў складаных умовах. З філагенетычнага аналізу ўсяго геному бліжэйшым сваяком да ASxL5T з'яўляецца Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. І O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus з'яўляецца членам марскіх аблігатных бактэрый фрагментацыі вуглевадародаў (OHCB), якія шырока распаўсюджаны ў марскіх і наземных асяроддзях і звычайна становяцца дамінуючым пасля выпадкаў забруджвання вуглевадародамі30,31. Марскія бактэрыі не ўваходзяць у групу OHCB, але ізаляваны ад марскога асяроддзя.
Фенатыпічныя дадзеныя паказваюць, што ASxL5T з'яўляецца новым відам і членам раней непрызнанага роду сямейства марскіх спіраспіравых. У цяперашні час няма дакладнага стандарту для класіфікацыі нядаўна вылучаных штамаў у новы род. Былі зроблены спробы вызначыць універсальныя межы родаў, напрыклад, на аснове адсотка геному кансерватыўнага бялку (POCP), рэкамендуецца, каб гранічнае значэнне было на 50% ідэнтычным эталоннаму штаму33. Іншыя прапануюць выкарыстоўваць значэнні AAI, якія маюць перавагі перад POCP, таму што іх можна атрымаць з няпоўных геномаў34. Аўтар лічыць, што калі значэнне AAI менш за 74% у параўнанні з мадэльным штамам мадэльнага віду, штам з'яўляецца прадстаўніком іншых родаў. Мадэльным родам марскіх спірілавых з'яўляецца марская спірыла, а мадэльным - O. linum ATCC 11336T. Значэнне AAI паміж ASxL5T і O. linum ATCC 11336T складае 54,34%, а значэнне AAI паміж ASxL5T і T. oleivorans MIL-1T (штамы роду) складае 67,61%, што сведчыць аб тым, што ASxL5T прадстаўляе новы род, які адрозніваецца ад Thalassolituus. Выкарыстоўваючы паслядоўнасць гена 16S рРНК у якасці стандарту класіфікацыі, прапанаваная мяжа размежавання роду складае 94,5%35. ASxL5T можа быць аднесены да роду Thalassolituus, дэманструючы 95,03% ідэнтычнасці паслядоўнасці 16S рРНК з T. oleivorans MIL-1T і 96,17%. marinus IMCC1826T. Аднак ён таксама будзе аднесены да роду Bacteroides, які мае 94,64% ідэнтычнасці гена 16S рРНК з B. sanyensis NV9, што сведчыць аб тым, што выкарыстанне аднаго гена, напрыклад гена 16S рРНК, можа прывесці да адвольнай класіфікацыі і прызначэння. Іншы прапанаваны метад выкарыстоўвае ANI і ацэнку выраўноўвання геному (AF) для вывучэння кластарызацыі кропак дадзеных усіх тыпаў і нетыпаў штамаў існуючых родаў. Аўтар рэкамендуе сумясціць мяжу роду з кропкай перагіну меркаванага роду, характэрнага для аналізуемых таксонаў. Аднак, калі няма дастатковай колькасці поўных паслядоўнасцей геному з ізалятаў Thalassolituus, немагчыма вызначыць, ці належыць ASxL5T да роду Thalassolituus, з дапамогай гэтага метаду. З-за абмежаванай даступнасці поўных геномных паслядоўнасцей для аналізу ўсё філагенетычнае дрэва геному трэба інтэрпрэтаваць з асцярогай. Па-другое, метады параўнання ўсяго геному не могуць улічыць істотныя адрозненні ў памеры параўноўваных геномаў. Яны вымералі падабенства захаваных асноўных аднакопійных генаў паміж роднаснымі родамі, але не прынялі да ўвагі вялікую колькасць генаў, якіх няма ў значна меншым геноме ASxL5T. Відавочна, што ASxL5T і групы, уключаючы Thalassolituus, Oceanobacter і Bacterioplanes, маюць агульнага продка, але эвалюцыя пайшла па іншым шляху, што прывяло да памяншэння геному, што можа быць звязана з адаптацыяй да драпежнага ладу жыцця. Гэта ў адрозненне ад T. oleivorans MIL-1T, які на 28% большы і развіваўся пад розным ціскам навакольнага асяроддзя для выкарыстання вуглевадародаў 23,30. Цікавае параўнанне можна правесці з облигатными ўнутрыклеткавых паразітамі і сімбіёнтамі, такімі як Ріккетсіі, Хламідыі і Бухнера. Памер іх геному складае каля 1 Мб. Здольнасць выкарыстоўваць метабаліты клетак-гаспадароў прыводзіць да страты генаў, таму падвяргаецца значнай эвалюцыйнай геномнай дэградацыі. Эвалюцыйныя змены ад марскіх хімічных пажыўных арганізмаў да драпежнага ладу жыцця могуць прывесці да падобнага памяншэння памеру геному. Аналіз COG і KEGG падкрэслівае колькасць генаў, якія выкарыстоўваюцца для пэўных функцый, і глабальныя адрозненні ў геномных шляхах паміж ASxL5T і T. oleivorans MIL-1T, якія не звязаны з шырокай даступнасцю мабільных генетычных элементаў. Розніца ў суадносінах G + C усяго геному ASxL5T складае 56,1%, а T. oleivorans MIL-1T - 46,6%, што таксама сведчыць аб яго сегрэгацыі.
Даследаванне зместу кадавання геному ASxL5T дае функцыянальнае разуменне фенатыпічных характарыстык. Наяўнасць генаў, якія кадуюць фімбрыі тыпу IV (Tfp), уяўляе асаблівую цікавасць, таму што яны спрыяюць руху клетак, званаму сацыяльным слізгаценнем або канвульсіямі, без жгуцікаў на паверхні. Паводле паведамленняў, Tfp выконвае і іншыя функцыі, у тым ліку драпежніцтва, патагенез, фарміраванне біяплёнкі, натуральнае паглынанне ДНК, аўтаматычную агрэгацыю і развіццё клетак38. Геном ASxL5T змяшчае 18 генаў, якія кадуюць дигуанилатциклазу (фермент, які каталізуе ператварэнне 2-гуанозинтрифосфата ў гуанозин-2-фасфат і цыклічны diGMP), і 6 генаў, кадуючых адпаведны дигуанилатциклазы фасфат-дигуанилат. Ген эстэразы (каталізуе дэградацыю цыклічнага ды-GMP да гуанозінмонафасфату) цікавы, таму што цыкл-ды-GMP з'яўляецца важным другім пасланнікам, які ўдзельнічае ў развіцці і аддзяленні біяплёнкі, руху, прымацаванні клетак і вірулентнасці 39, 40 у працэсе. Варта таксама адзначыць, што ў Bdellovibrio bacteriovorus было паказана, што цыклічны падвойны GMP кантралюе пераход паміж вольным жыццём і драпежным ладам жыцця41.
Большасць даследаванняў драпежных бактэрый сканцэнтравана на Bdellovibrio, Bdellovibrio-падобных арганізмах і відах Myxococcus. Гэтыя і іншыя вядомыя прыклады драпежных бактэрый складаюць разнастайную групу. Нягледзячы на ​​такую ​​разнастайнасць, быў ідэнтыфікаваны набор характэрных сямействаў бялкоў, якія адлюстроўваюць фенатыпы 11 вядомых драпежных бактэрый3,22. Аднак былі ідэнтыфікаваныя толькі гены, якія кадуюць О-антыген-лігазу (waaL), што асабліва часта сустракаецца ў грамотріцательных бактэрый. Такая форма аналізу не дапамагае прызначыць ASxL5T драпежнікам, верагодна, таму, што ён выкарыстоўвае новую стратэгію атакі. Наяўнасць больш разнастайных драпежных бактэрыяльных геномаў дапаможа распрацаваць больш дакладны аналіз дазволу, які ўлічвае доказы функцыянальных і экалагічных адрозненняў паміж членамі групы. Прыклады драпежных бактэрый, не ўключаных у гэты аналіз, ўключаюць членаў Cupriavidus necator42 і Bradymonabacteria43, таму што, калі даследчыкі даследуюць розныя мікробныя супольнасці, усталёўваецца больш драпежных таксонаў.
Самая характэрная асаблівасць бактэрый ASxL5T, атрыманых на выяве TEM, - гэта іх унікальная і гнуткая марфалогія, якая можа спрыяць узаемадзеянню з бактэрыямі-ахвярамі. Тып назіранага ўзаемадзеяння адрозніваецца ад іншых драпежных бактэрый і раней не выяўляўся і не паведамляўся. Прапанаваны драпежны жыццёвы цыкл ASxL5T паказаны на малюнку 5. У літаратуры ёсць некалькі прыкладаў з падобнымі верхавіннымі структурамі, як мы паведамляем тут, але гэтыя прыклады ўключаюць Terasakiispira papahanaumokuakeensis, марскую бактэрыю Spirillum з выпадковым пашырэннем верхавіны 44, і Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , раней адносіліся да роду Oceanospirillum, дэманструючы так званую "палярную плёнку" 45. Формы коккаў часта сустракаюцца ў старых культурах, асабліва для бактэрый з выгнутымі формамі, такіх як Vibrio, Campylobacter і Helicobacter 46, 47, 48, якія могуць прадстаўляць дэградаваны стан. Неабходная далейшая праца, каб высветліць дакладны жыццёвы цыкл бактэрый ASxL5T. Каб вызначыць, як ён захоплівае і палюе, і ці кадуе яго геном біялагічна актыўныя злучэнні, якія можна выкарыстоўваць у медыцынскіх або біятэхналагічных мэтах.
Апісанне Venatorbacter gen. лістапад Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. складаецца з венатораў ад L. n. venator, «паляўнічы» і гр. н. bacter, «палачка». Venatorbacter, «палачка» .Клеткі з'яўляюцца аэробнымі, выгнутымі па Граму, актыўнасць каталазы і оксидазы не назапашваецца Дыяпазон тэмператур ад 4 да 42 °C У марскіх слімакоў незвычайны кіслотны кіслот C16:1ω6c і C16:0. C18:1ω9; C12:0 3-OH і C10:0 3-OH сустракаюцца ў выглядзе гідраксільных кіслот не растуць у бульённых асяроддзях.Утрыманне G + C складае 56,1% Прадстаўнікі гэтага роду праяўляюць устойлівасць да Campylobacter.
Апісанне Venatorbacter cucullus sp. Лістапад Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus азначае абцякальнік).
Акрамя таго, апісальнай асаблівасцю гэтага роду з'яўляецца тое, што пры вырошчванні на BA або BHI клеткі маюць даўжыню 1,63 мкм і шырыню 0,37 мкм. Калоніі на агар BHI вельмі малыя, дасягаючы 2 мм у дыяметры праз 72 гадзіны. Яны бэжавыя, напаўпразрыстыя, круглыя, выпуклыя і бліскучыя. Прадстаўнікі гэтага віду могуць выкарыстоўваць кішачную палачку і клебсиеллу. Здабычай служаць Campylobacter і некалькі іншых грамотріцательных бактэрый.
Тыповы штам ASxL5T быў вылучаны з ялавічнага малака ў графстве Нотынгемшыр, Вялікабрытанія, і здадзены на захоўванне ў Нацыянальную калекцыю тыпавых культур (Вялікабрытанія): інвентарны нумар NCTC 14397 і ў Нідэрландскай калекцыі бактэрыяльных культур (NCCB) інвентарны нумар NCCB 100775. Поўная паслядоўнасць геному ASxL5T быў дэпанаваны ў Genbank у адпаведнасці з дадаткам CP046056.
Бактэрыі ASxL5T былі вылучаны з ялавічнага малака з выкарыстаннем тэхналогіі ізаляцыі фагаў9,49. Завісь разводзяць 1:9 (маса/аб'ём) у буферы SM (50 мМ Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 М NaCl, 8 мм MgSO4,7H2O і 0,01% жэлаціну; Sigma Aldrich, Gillingham, Вялікабрытанія), затым інкубуюць. пры 4°C на працягу 24 гадзін, павольна круцячы для элюіравання драпежнікаў у буфер. Завісь центрифугировали пры 3000g на працягу 3 хвілін. Супернатант сабралі і центрифугировали пры 13000g другі раз на працягу 5 хвілін. Затым супернатант прапусцілі праз мембранны фільтр 0,45 мкм (Minisart; Sartorius, Гётынген, Германія) і мембранны фільтр 0,2 мкм (Minisart), каб выдаліць рэшткі бактэрыяльных клетак. ASxL5T можа прапусціць гэтыя фільтры. Газон з мяккім агарам Campylobacter enterosus S12 (нумар доступу NCBI CP040464) з той жа суспензіі быў падрыхтаваны з выкарыстаннем стандартных метадаў. Адфільтраваную суспензію размеркавалі на кожную з гэтых пласцін з клеткамі-гаспадарамі кроплямі па 10 мкл у трох паўторах і далі высахнуць. Пласціну інкубавалі ў мікрааэрафільным баку пры 37°C на працягу 48 гадзін у мікрааэробных умовах (5% O2, 5% H2, 10% CO2 і 80% N2). Атрыманы бачны налёт экстрагавалі ў буфер SM і пераносілі на свежы газон C. hyointestinalis S12 для далейшага размнажэння лізаваных арганізмаў. Пасля таго, як будзе ўстаноўлена, што бактэрыі з'яўляюцца прычынай літычнага налёту, а не фаг, паспрабуйце вырасціць арганізм незалежна ад гаспадара і ахарактарызаваць яго далей. Аэробную культуру праводзілі пры 37 °C з 5% аб'ёмам дэфібрынаванай конскай крыві (TCS Biosciences Lt, Бакінгем, Вялікабрытанія, дадатак). Згодна з рэкамендацыямі Нацыянальнага камітэта па клінічным стандартам, для вызначэння адчувальнасці да антыбактэрыйных прэпаратаў выкарыстоўваецца метад дыскавай дыфузіі. BHI-агар культывавалі пры 37 °C з выкарыстаннем дыска, які змяшчае наступныя антыбіётыкі (Oxoid) для аэробнай культуры: амоксіціллін і клавуланавай кіслаты 30 мкг; цефотаксим 30 мкг; стрэптаміцын 10 мкг; ципрофлоксацин 5 мкг; Цефтазидим 30 мкг Налидиксовая кіслата 30 мкг; Имипенем 10 мкг; Азитромицин 15 мкг; Хлорамфеникол 30 мкг; Цефокситин 30 мкг; Тэтрацыклін 30 мкг; Нитрофурантоин 300 мкг; Азтреонам 30 мкг; ампіцыліну 10 мкг; Цефподоксим 10 мкг; Триметоприм-Сульфаметоксазол 25 мкг. Устойлівасць да солі была ўстаноўлена шляхам аэробнай інкубацыі на пласцінах з агарам BHI пры 37 °C. Дадатковы NaCl быў дададзены ў пласціны з агарам BHI для забеспячэння дыяпазону канцэнтрацыі да 10% мас./аб. Дыяпазон pH вызначаецца аэробнай культурай на чашках з агарам BHI пры тэмпературы 37°C, дзе дыяпазон pH быў даведзены да значэнняў ад 4 да 9 з дапамогай стэрыльнай HCl або стэрыльнай NaOH, а мэтавае значэнне pH правяраецца перад разліваннем на чашку. Для клеткавага аналізу тоўстых кіслот ASxL5T культывавалі на агары BHI на працягу 3 дзён і ў аэробных умовах пры 37 °C. У адпаведнасці са стандартным пратаколам MIDI (Sherlock Microbial Identification System, версія 6.10) FERA Science Ltd, (Ёрк, Вялікабрытанія), тлустыя кіслоты клетак былі экстрагаваныя, падрыхтаваныя і прааналізаваныя.
Для TEM ASxL5T культывавалі аэробна шляхам раўнамернага размеркавання на BA пры 37°C на працягу 24 гадзін, а затым збіралі ў 1 мл 3% (аб'ём) глутаральдэгіду ў 0,1 М какодилатном буферы пры пакаёвай тэмпературы. Фіксуюць на працягу 1 гадзіны, затым цэнтрыфугуюць пры 10000 г на працягу 3 хвілін. Затым акуратна ресуспендируйте асадак у 600 мкл 0,1 М какодилатного буфера. Перанясіце фіксаваную завісь ASxL5T на плёнку Formvar/вуглярод на меднай сетцы памерам 200 меш. Бактэрыі афарбоўвалі 0,5% (вага/аб'ём) уранілацэтату на працягу 1 хвіліны і даследавалі з дапамогай ПЭМ з дапамогай мікраскопа TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Як згадвалася вышэй, злучыце аднолькавую колькасць здабычы і драпежніка ў булёне NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) і інкубуйце на працягу 48 гадзін у мікрааэробных умовах Campylobacter або Campylobacter пры 37°C. Узаемадзеянне драпежніка і ахвяры таксама быў абследаваны ТЭМ. Аэробныя ўмовы для кішачнай палачкі. Незалежны агляд здабычы і драпежных бактэрый, каб вызначыць любыя змены ў марфалогіі клетак з-за драпежніцтва. Для аптычнай мікраскапіі назапашвання ПГБ выкарыстоўваўся метад Судана-блэка.
Вырошчвайце культуры ASxL5T на працягу ночы, наносячы рост на пласціны BHI або BA стэрыльным тампонам. Збярыце клеткі ASxL5T і суспендуйце іх у MRD (CM0733, Oxoid), а потым пастаўце іх пры 4°C на 7 дзён, каб клеткі пазбавіліся ад голаду. Эталонную або лабараторную маткавую бактэрыяльную культуру NCTC засявалі ў булён BHI або пажыўны булён № 2 (CM007, Oxoid), інкубавалі на працягу ночы, цэнтрыфугавалі пры 13 000 g і ресуспендировали ў MRD, пакуль OD600 не стала 0,4. Культура: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Спецыяльныя бактэрыі Listeria NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, кішачныя бактэрыі Salmonella Mondeville NCTC 5747, слізь NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Гаспадара Campylobacter мікрааэробна інкубавалі на пласцінах BA пры 37°C і суспендавалі ў булёне NZCYM. Тэставаныя гаспадары Campylobacter: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14, C... Збярыце клеткі ў MRD, цэнтрыфугуйце пры 13000g і ресуспендируйте ў MRD, пакуль OD600 не стане 0,4. Дадайце аліквоту 0,5 мл завісі ў 5 мл расплаўленага верхняга агару NZCYM (0,6% агар) і выліце на ніжнюю талерку з 1,2% NZCYM. Пасля зацвярдзення і высыхання серыйна разведзены ASxL5T быў размеркаваны ў выглядзе кропель па 20 мкл на кожную газонную дошку ў трох экземплярах. Тэмпература культуры і атмасфера залежаць ад патрабаванняў доследных бактэрый.
Выкарыстоўвайце GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) для падрыхтоўкі ДНК з бактэрыяльных изолятов. Стандартныя метады выкарыстоўвалі для ПЦР-ампліфікацыі гена 16S рРНК і вызначэння паслядоўнасці прадукту з выкарыстаннем хіміі тэрмінацыі фарбавальніка (Eurofins Value Read Service, Германія). Выкарыстоўвайце праграму BLAST-N для параўнання гэтых паслядоўнасцей з іншымі паслядоўнасцямі гена 16S рРНК для ідэнтыфікацыі і збору блізкіх відаў. Яны выраўнаваны з дапамогай ClustalW у праграме MEGA X. Філагенетычнае дрэва было рэканструявана з дапамогай MEGA X з выкарыстаннем метаду максімальнага праўдападабенства, заснаванага на мадэлі Тамуры-Нея, з 1000 кіраванымі копіямі54. Выкарыстоўвайце PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Лафбара, Вялікабрытанія) для вылучэння ДНК для секвеніравання ўсяго геному. Паслядоўнасць геному ASxL5T была вызначана з выкарыстаннем камбінацыі Illumina MiSeq, якая складаецца з двухканчатковых чытанняў 250 bp, якія складаюцца з бібліятэкі, падрыхтаванай з выкарыстаннем набору маркіроўкі Nextera, і чытанняў даўжынёй ад 2 да 20 кб з платформы PacBio. Навукова-даследчы цэнтр геномікі секвенирования ДНК пры Універсітэце Сембія. Геном быў сабраны з дапамогай CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Орхус, Данія). Культуры ASxL5T захоўваюцца ў Нацыянальнай калекцыі тыпавых культур (Вялікабрытанія) і ў Нідэрландскай калекцыі бактэрыяльных культур (NCCB). Геномы роднасных арганізмаў, выкарыстаныя для параўнання: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (інвентарны нумар HF680312, поўны); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (інвентарны нумар BMYY01000001, няпоўны); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (інвентарны нумар NZ_AUGV00000000, няпоўны); Marinamonas community DSM 5604T (дададзены ASM436330v1, няпоўны), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (дададзены MTSD02000001, няпоўны) і Thalassolituus sp. C2-1 (дадаць NZ_VNIL01000001, няпоўны). Выкарыстоўвайце JGI Genome Portal36 на https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page=, каб вызначыць бал выраўноўвання (AF) і сярэднюю ідэнтычнасць нуклеінавай кіслаты (ANI). Парамі. Для вызначэння ідэнтычнасці амінакіслот (AAI) быў выкарыстаны метад Rodriguez-R & Konstantinidis55. Выкарыстоўвайце GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 для стварэння ацэначнага філагенетычнага дрэва максімальнай верагоднасці. Уваходны геном, які прадстаўляе даступны эталонны геном, выбіраецца з эталонных родаў, ідэнтыфікаваных як звязаныя з ASxL5T з філагенезу 16S рРНК. Анатаваў дрэва з дапамогай інтэрнэт-інструмента інтэрактыўнага дрэва жыцця (https://itol.embl.de/). Функцыянальная анатацыя і аналіз геному ASxL5T праводзяцца з дапамогай онлайн-інструмента BlastKOALA KEGG з выкарыстаннем модуля ўзбагачэння KEGG (Кіёцкая энцыклапедыя генаў і геномаў). Размеркаванне катэгорый COG (арталагічных груп) вызначаецца з дапамогай онлайн-інструмента eggNOG-mapper.
Перэс, Х., Мараледа-Муньас, А., Маркас-Торэс, Ф. Дж. і Муньас-Дарада, Х. Бактэрыяльнае драпежніцтва: 75 гадоў, і гэта працягваецца! . асяроддзя. мікраарганізм. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. і г.д.. Разнастайнасць і антыбактэрыйны патэнцыял драпежных бактэрый на перуанскім узбярэжжы. Сакавіцкія наркотыкі. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастарнак З. і інш. Праз іх гены вы зразумееце іх: геномныя характарыстыкі драпежных бактэрый. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Драпежны лад жыцця бактэрыяфага Bdellovibrio. ўсталяваць. Пастыр мікробаў. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Антыбіётыкі ад драпежных бактэрый. Beilstein J. Гістахімія 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio і падобныя арганізмы з'яўляюцца прадказальнікамі разнастайнасці мікрабіёмаў у розных папуляцыях гаспадароў. мікраарганізм. Экалогія. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. і Ballesté-Delpierre, C. Адкрыйце для сябе бягучы статус новых антыбактэрыйных сродкаў. клінічны. мікраарганізм. Заразіць. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. і інш. Падвойнае драпежніцтва фага і фага можа знішчыць здабычу E. coli без адзінага драпежніцтва. Ж. Бактэрыі. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Колькасць і разнастайнасць Campylobacter і бактэрыяфагаў, ізаляваных падчас цыкла кармлення вольнага выгулу і арганічных курэй. Прыкладное асяроддзе. мікраарганізм. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA і г.д. Абнаўленне геномнай сістэматыкі і эпідэміялогіі Campylobacter свіней. навукі. Прадстаўнік 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Лі, доктар медыцынскіх навук GToTree: зручны працоўны працэс для сістэмнай геномікі. Біяінфарматыка 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: метад выраўноўвання множнай паслядоўнасці, які памяншае складанасць часу і прасторы. BMC біялагічная інфармацыя. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Інструмент для аўтаматычнага выраўноўвання і абрэзкі ў буйнамаштабным філагенетычным аналізе. Біяінфарматыка 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, ген EC і метагеномная трансляцыя паслядоўнасці прагназавання пачатку сайта. Біяінфарматыка 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Кросплатформенны і эфектыўны інструментар класіфікацыі NCBI. Bio Rxiv. (Прагледжана 1 чэрвеня 2021 г.); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP. FastTree 2-прыблізнае дрэва максімальнай верагоднасці з вялікім выраўноўваннем. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Прагледжана 1 чэрвеня 2021 г.); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Кіёцкая энцыклапедыя генаў і геномаў. Даследаванне нуклеінавых кіслот. 28, 27-30 (2000).
Чэшская Рэспубліка, Л. і г.д. Роля экстрэмалітаў эктаіна і гидроксиэктоина ў якасці абаронцаў стрэсу і пажыўных рэчываў: генетыка, сістэмная геноміка, біяхімія і структурны аналіз. Гена (Базэль). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Дыферэнцыяльная экспрэсія бялку падчас росту аблігатнай марской вуглевадароднай дэградацыі бактэрыі Thalassolituus oleivorans MIL-1 падчас росту сярэдняй і доўгай ланцуга алканаў. пярэдні. мікраарганізм. 9, 3130 (2018).
Пастэрнак, З., Бэн Сасан, Т., Коэн, Ю., Сегеў, Э., і Юркевіч, Э. Новы метад параўнальнай геномікі для вызначэння фенатыпічных спецыфічных паказчыкаў паказвае спецыфічную спадчыннасць драпежных бактэрый. Публічная навуковая бібліятэка One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якімаў М. М. і інш Thalassolituus oleivorans ген. Лістапад, сп. nov., новы від марскіх бактэрый, які спецыялізуецца на выкарыстанні вуглевадародаў. інтэрнацыянальнасць. Ж. Сістэма. эвалюцыя. мікраарганізм. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Лістапад, сп. У лістападзе ён аддзяліўся ад марской вады, якая цыркулюе ў паўднёвай частцы Ціхага акіяна. інтэрнацыянальнасць. Ж. Сістэма. эвалюцыя. мікраарганізм. 66, 5010–5015 (2016).