একটি নতুন ধরনের গ্রাম-নেতিবাচক, বায়বীয়, লবণ-সহনশীল, সক্রিয়, রড-আকৃতির, এবং শিকারী ব্যাকটেরিয়া ASxL5T ইংল্যান্ডের নটিংহামশায়ারে একটি গোবরের পুকুর থেকে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল এবং ক্যাম্পিলোব্যাক্টরকে তার শিকার হিসাবে ব্যবহার করেছিল। পরবর্তীকালে, অন্যান্য ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর প্রজাতি এবং এন্টারব্যাকটেরিয়াস পরিবারের সদস্যদের শিকার হিসাবে আবিষ্কৃত হয়। হোস্ট কোষ ছাড়া উপসংস্কৃতির পরে, ব্রেন হার্ট ইনফিউশন আগর-এ দুর্বল অ্যাসেপটিক বৃদ্ধি অর্জন করা হয়েছিল। সর্বোত্তম বৃদ্ধির অবস্থা হল 37 °C এবং pH হল 7৷ সংক্রমণ ইলেকট্রন মাইক্রোস্কোপি শিকারের প্রাপ্যতার সাথে সম্পর্কিত কিছু খুব অস্বাভাবিক রূপগত বৈশিষ্ট্য প্রকাশ করেছে৷ 16S rRNA জিন ক্রম ব্যবহার করে ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণ ইঙ্গিত দেয় যে বিচ্ছিন্নতা মেরিন স্পিরুলিনা পরিবারের সদস্যের সাথে সম্পর্কিত, তবে কোনও পরিচিত বংশের সদস্য হিসাবে স্পষ্টভাবে শ্রেণীবদ্ধ করা যায় না। ASxL5T-এর সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং সামুদ্রিক স্পিরোচেটের সদস্যদের সাথে সম্পর্ক নিশ্চিত করেছে। একটি ডাটাবেস অনুসন্ধানে প্রকাশ করা হয়েছে যে বেশ কয়েকটি ASxL5Ts সমুদ্র, ভূমি পৃষ্ঠ এবং ভূগর্ভস্থ জল থেকে বিভিন্ন অসংস্কৃত ব্যাকটেরিয়াগুলির সাথে 16S rRNA জিন ক্রম ভাগ করে। আমরা পরামর্শ দিই যে স্ট্রেন ASxL5T একটি নতুন জেনাসে একটি নতুন প্রজাতির প্রতিনিধিত্ব করে। আমরা Venatorbacter cucullus gen নামটি সুপারিশ করি। নভেম্বর, এসপি. নভেম্বরে, ASxL5T টাইপ স্ট্রেন হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল।
শিকারী ব্যাকটেরিয়া হল ব্যাকটেরিয়া যেগুলি জৈব সংশ্লেষিত পদার্থ এবং শক্তি পাওয়ার জন্য অন্যান্য জীবন্ত ব্যাকটেরিয়াকে শিকার এবং হত্যা করার ক্ষমতা প্রদর্শন করে। এটি মৃত অণুজীব থেকে পুষ্টির সাধারণ পুনরুদ্ধারের থেকে আলাদা, এবং এটি পরজীবী মিথস্ক্রিয়া থেকেও আলাদা, যেখানে ব্যাকটেরিয়া তাদের হত্যা না করে তাদের হোস্টের সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক তৈরি করে। শিকারী ব্যাকটেরিয়াগুলি বিভিন্ন জীবনচক্রের বিকাশ ঘটিয়েছে যেখানে তারা পাওয়া যায় (যেমন সামুদ্রিক আবাসস্থল) কুলুঙ্গিতে প্রচুর খাদ্য উত্সের সুবিধা নিতে। এগুলি একটি শ্রেণীবিন্যাসগতভাবে বৈচিত্র্যময় গোষ্ঠী, যা শুধুমাত্র তাদের অনন্য জীবাণুমুক্ত জীবন চক্র 1 দ্বারা সংযুক্ত। শিকারী ব্যাকটেরিয়ার উদাহরণগুলি বিভিন্ন ফাইলে পাওয়া গেছে, যার মধ্যে রয়েছে: প্রোটিওব্যাকটেরিয়া, ব্যাকটেরয়েডস এবং ক্লোরেলা।3। যাইহোক, সবচেয়ে ভালভাবে অধ্যয়ন করা শিকারী ব্যাকটেরিয়া হল Bdellovibrio এবং Bdellovibrio-and-like organisms (BALOs4)। শিকারী ব্যাকটেরিয়া হল নতুন জৈবিকভাবে সক্রিয় যৌগ এবং অ্যান্টিব্যাকটেরিয়াল এজেন্টগুলির একটি প্রতিশ্রুতিশীল উত্স।
শিকারী ব্যাকটেরিয়া জীবাণু বৈচিত্র্যকে উন্নত করে এবং বাস্তুতন্ত্রের স্বাস্থ্য, উৎপাদনশীলতা এবং স্থিতিশীলতার উপর ইতিবাচক প্রভাব ফেলে বলে বিশ্বাস করা হয়। এই ইতিবাচক বৈশিষ্ট্য থাকা সত্ত্বেও, নতুন শিকারী ব্যাকটেরিয়া নিয়ে খুব কম গবেষণা হয়েছে কারণ ব্যাকটেরিয়া চাষে অসুবিধা হয় এবং তাদের জটিল জীবনচক্র বোঝার জন্য কোষের মিথস্ক্রিয়া সাবধানে পর্যবেক্ষণ করা প্রয়োজন। এই তথ্য কম্পিউটার বিশ্লেষণ থেকে প্রাপ্ত করা সহজ নয়.
ক্রমবর্ধমান অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল প্রতিরোধের যুগে, ব্যাকটেরিয়া প্যাথোজেনগুলিকে লক্ষ্য করার জন্য নতুন কৌশলগুলি অধ্যয়ন করা হচ্ছে, যেমন ব্যাকটেরিওফেজ এবং শিকারী ব্যাকটেরিয়া 7,8 ব্যবহার করা। ASxL5T ব্যাকটেরিয়া 2019 সালে নটিংহামশায়ারের নটিংহাম বিশ্ববিদ্যালয়ের ডেইরি সেন্টার থেকে সংগৃহীত গোবর থেকে ফেজ আইসোলেশন প্রযুক্তি ব্যবহার করে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল। তদন্তের উদ্দেশ্য হল জৈবিক নিয়ন্ত্রণ এজেন্ট হিসাবে সম্ভাব্য জীবগুলিকে বিচ্ছিন্ন করা। ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর হায়োইনটেস্টিনালিস একটি জুনোটিক প্যাথোজেন, যা মানুষের অন্ত্রের রোগের সাথে ক্রমবর্ধমানভাবে জড়িত। এটি সিরামে সর্বব্যাপী এবং একটি লক্ষ্য হোস্ট হিসাবে ব্যবহৃত হয়।
ASxL5T ব্যাকটেরিয়াটি গরুর মাংসের জেলি থেকে বিচ্ছিন্ন ছিল কারণ এটি দেখা গেছে যে এটি C. hyointestinalis-এর লনে যে ফলকগুলি তৈরি করেছিল তা ব্যাকটেরিওফেজগুলির দ্বারা উত্পাদিতগুলির অনুরূপ। এটি একটি অপ্রত্যাশিত আবিষ্কার, কারণ ফেজ বিচ্ছিন্নকরণ প্রক্রিয়ার অংশে 0.2 µm ফিল্টারের মাধ্যমে ফিল্টার করা জড়িত, যা ব্যাকটেরিয়া কোষগুলি অপসারণের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। ফলক থেকে নিষ্কাশিত উপাদানের মাইক্রোস্কোপিক পরীক্ষায় দেখা গেছে যে ছোট গ্রাম-নেতিবাচক বাঁকা রড-আকৃতির ব্যাকটেরিয়া পলিহাইড্রোক্সিবুটাইরেট (PHB) জমা করেনি। শিকার কোষ থেকে স্বাধীন অ্যাসেপটিক সংস্কৃতি সমৃদ্ধ কঠিন মাধ্যমে উপলব্ধি করা হয় (যেমন ব্রেন হার্ট ইনফিউশন আগর (BHI) এবং ব্লাড আগর (BA)), এবং এর বৃদ্ধি দুর্বল। এটি ভারী inoculum উন্নতি সঙ্গে subculture পরে প্রাপ্ত করা হয়. এটি মাইক্রোঅ্যারোবিক (7% v/v অক্সিজেন) এবং বায়ুমণ্ডলীয় অক্সিজেন অবস্থার অধীনে সমানভাবে ভালভাবে বৃদ্ধি পায়, তবে অ্যানেরোবিক বায়ুমণ্ডলে নয়। 72 ঘন্টা পরে, উপনিবেশের ব্যাস খুব ছোট ছিল, 2 মিমি পর্যন্ত পৌঁছেছিল এবং এটি বেইজ, স্বচ্ছ, গোলাকার, উত্তল এবং চকচকে ছিল। স্ট্যান্ডার্ড জৈব রাসায়নিক পরীক্ষা ব্যাহত হয় কারণ ASxL5T তরল মিডিয়াতে নির্ভরযোগ্যভাবে সংস্কৃতি করা যায় না, যা পরামর্শ দেয় যে এটি বায়োফিল্ম গঠনের জটিল জীবন চক্রের উপর নির্ভর করতে পারে। যাইহোক, প্লেট সাসপেনশন দেখায় যে ASxL5T বায়বীয়, অক্সিডেস এবং ক্যাটালেসের জন্য ইতিবাচক, এবং 5% NaCl সহ্য করতে পারে। ASxL5T 10 µg স্ট্রেপ্টোমাইসিন প্রতিরোধী, কিন্তু পরীক্ষিত অন্যান্য অ্যান্টিবায়োটিকের প্রতি সংবেদনশীল। ASxL5T ব্যাকটেরিয়া কোষগুলি TEM (চিত্র 1) দ্বারা পরীক্ষা করা হয়েছিল। যখন BA-তে শিকার কোষ ছাড়া বড় হয়, তখন ASxL5T কোষগুলি ছোট ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর হয়, যার গড় দৈর্ঘ্য 1.63 μm (± 0.4), প্রস্থ 0.37 μm (± 0.08), এবং একটি একক দীর্ঘ (5 μm পর্যন্ত) মেরু থাকে। যৌন ফ্ল্যাজেলা। আনুমানিক 1.6% কোষের প্রস্থ 0.2 μm এর কম বলে মনে হচ্ছে, যা ফিল্টার ডিভাইসের মধ্য দিয়ে যাওয়ার অনুমতি দেবে। ফেয়ারিং (ল্যাটিন কুকুলাস) অনুরূপ কিছু কোষের শীর্ষে একটি অস্বাভাবিক কাঠামোগত এক্সটেনশন পরিলক্ষিত হয়েছিল (1D, E, G-তে তীরগুলি দেখুন)। এটি অতিরিক্ত বাইরের ঝিল্লি দ্বারা গঠিত বলে মনে হয়, যা পেরিপ্লাজমিক খামের আকার দ্রুত হ্রাসের কারণে হতে পারে, যখন বাইরের ঝিল্লি অক্ষত থাকে, একটি "আলগা" চেহারা দেখায়। 4°C তাপমাত্রায় দীর্ঘ সময় ধরে পুষ্টির অনুপস্থিতিতে (PBS-এ) ASxL5T চাষ করার ফলে বেশিরভাগ (কিন্তু সবগুলো নয়) কোষে একটি কোকাল মরফোলজি দেখায় (চিত্র 1C)। যখন ASxL5T ক্যাম্পিলোব্যাক্টর জেজুনির সাথে 48 ঘন্টার জন্য শিকার হিসাবে বৃদ্ধি পায়, তখন গড় কোষের আকার হোস্ট ছাড়া বেড়ে ওঠা কোষের তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে দীর্ঘ এবং সংকীর্ণ হয় (সারণী 1 এবং চিত্র 1E)। বিপরীতে, যখন ASxL5T 48 ঘন্টার জন্য শিকার হিসাবে E. coli এর সাথে বৃদ্ধি পায়, তখন গড় কোষের আকার যখন শিকার ছাড়া বৃদ্ধি পায় তার চেয়ে দীর্ঘ এবং প্রশস্ত হয় (সারণী 1), এবং কোষের দৈর্ঘ্য পরিবর্তনশীল, সাধারণত ফিলামেন্টাস (চিত্র 1F) দেখায়। ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর জেজুনি বা ই. কোলির সাথে 48 ঘন্টার জন্য শিকারের সাথে ইনকিউব করা হলে, ASxL5T কোষগুলি কোনও ফ্ল্যাজেলা দেখায়নি। সারণি 1 ASxL5T এর উপস্থিতি, অনুপস্থিতি এবং শিকারের ধরণের উপর ভিত্তি করে কোষের আকারের পরিবর্তনের পর্যবেক্ষণগুলিকে সংক্ষিপ্ত করে।
ASx5LT এর TEM প্রদর্শন: (A) ASx5LT লম্বা চাবুক দেখায়; (খ) সাধারণ ASx5LT ব্যাটারি; (গ) পুষ্টি ছাড়া দীর্ঘ ইনকিউবেশন পরে cocci ASx5LT কোষ; (D) ASx5LT কোষের একটি গ্রুপ অস্বাভাবিকতা দেখায় (E) ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর শিকারের সাথে ইনকিউবেট করা ASx5LT কোষের গোষ্ঠী শিকারের বৃদ্ধি ছাড়া কোষের দৈর্ঘ্যের তুলনায় বৃদ্ধি পেয়েছে (D) এছাড়াও apical গঠন দেখায়; (F) বড় ফিলামেন্টাস ফ্ল্যাজেলা, ASx5LT কোষ, ই. কোলাই শিকারের সাথে ইনকিউবেশনের পরে; (G) E. coli এর সাথে ইনকিউবেশনের পরে একটি একক ASx5LT কোষ, একটি অস্বাভাবিক শীর্ষ কাঠামো দেখায়। বারটি 1 μm প্রতিনিধিত্ব করে।
16S rRNA জিন সিকোয়েন্স (অ্যাক্সিশন নম্বর MT636545.1) নির্ণয় করা ডাটাবেস অনুসন্ধানগুলিকে গামাপ্রোটোব্যাকটেরিয়া শ্রেণীর অনুরূপ ক্রম স্থাপন করতে সক্ষম করে এবং সামুদ্রিক স্পিরিলাম পরিবারের (চিত্র 2) মধ্যে সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়াগুলির সবচেয়ে কাছের এবং থালাসসোলিটুসজেনের সদস্য। মেরিনের নিকটতম আত্মীয় ব্যাসিলাস। 16S rRNA জিনের ক্রমটি Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) পরিবারের অন্তর্গত শিকারী ব্যাকটেরিয়া থেকে স্পষ্টতই আলাদা। B. ব্যাকটেরিওভোরাস HD100T (টাইপ স্ট্রেন, DSM 50701) এবং B. ব্যাকটেরিওভোরাস DM11A-এর জোড়াভিত্তিক তুলনা ছিল 48.4% এবং 47.7%, এবং B. exovorus JSS-এর জন্য এটি ছিল 46.7%। ASxL5T ব্যাকটেরিয়াতে 16S rRNA জিনের 3টি কপি রয়েছে, যার মধ্যে দুটি একে অপরের সাথে অভিন্ন এবং তৃতীয়টি 3টি বেস আলাদা। অন্য দুটি শিকারী ব্যাকটেরিয়া আইসোলেট (ASx5S এবং ASx5O; 16S rRNA জিনের যোগ সংখ্যা যথাক্রমে MT636546.1 এবং MT636547.1) একই অবস্থান থেকে অনুরূপ অঙ্গসংস্থানগত এবং ফেনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে একই নয়, তবে তারা ব্যাকটেরিয়া এবং ব্যাকটেরিয়া থেকে আলাদা। ডাটাবেস Oceanospirillaceae (চিত্র 2) এর অন্যান্য প্রজন্মের সাথে ক্রমগুলিকে একত্রে গুচ্ছবদ্ধ করা হয়েছে। ASxL5T-এর পুরো জিনোম ক্রম নির্ধারণ করা হয়েছে এবং NCBI ডাটাবেসে সংরক্ষিত হয়েছে, এবং অ্যাক্সেস নম্বর হল CP046056। ASxL5T এর জিনোমে 2,831,152 bp এর একটি বৃত্তাকার ক্রোমোজোম রয়েছে যার G + C অনুপাত 56.1%। জিনোম সিকোয়েন্সে 2653টি সিডিএস (মোট), যার মধ্যে 2567টি প্রোটিন এনকোড করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে, যার মধ্যে 1596টি পুটেটিভ ফাংশন (60.2%) হিসাবে বরাদ্দ করা যেতে পারে। জিনোমে 67টি আরএনএ-কোডিং জিন রয়েছে, যার মধ্যে রয়েছে 9টি আরআরএনএ (3টি প্রতিটি 5S, 16S, এবং 23S এর জন্য) এবং 57টি টিআরএনএ। ASxL5T এর জিনোমিক বৈশিষ্ট্যগুলিকে 16S rRNA জিন সিকোয়েন্স (টেবিল 2) থেকে চিহ্নিত নিকটতম আপেক্ষিক ধরণের স্ট্রেনের উপলব্ধ জিনোমের সাথে তুলনা করা হয়েছিল। ASxL5T এর সাথে সমস্ত উপলব্ধ থ্যালাসোলিটাস জিনোমের তুলনা করতে অ্যামিনো অ্যাসিড পরিচয় (AAI) ব্যবহার করুন। AAI দ্বারা নির্ধারিত নিকটতম উপলব্ধ (অসম্পূর্ণ) জিনোম ক্রম হল থ্যালাসোলিটাস এসপি। C2-1 (NZ_VNIL01000001 যোগ করুন)। এই স্ট্রেনটি মারিয়ানা ট্রেঞ্চের গভীর-সমুদ্রের পলল থেকে বিচ্ছিন্ন ছিল, তবে তুলনা করার জন্য বর্তমানে এই স্ট্রেন সম্পর্কে কোনও ফেনোটাইপিক তথ্য নেই। ASxL5T এর 2.82 Mb এর সাথে তুলনা করে, জীবের জিনোম 4.36 Mb-এ বড়। সামুদ্রিক স্পিরোচেটগুলির গড় জিনোমের আকার প্রায় 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 সম্পূর্ণ রেফারেন্স জিনোমগুলি https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly থেকে তদন্ত করা হয়েছে), তাই ASxL5T-এর জিনোমের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ অর্ডার অন্যান্য সদস্যদের তুলনায়, এটি বেশ ছোট. GToTree 1.5.54 ব্যবহার করে একটি জিনোম-ভিত্তিক আনুমানিক সর্বাধিক সম্ভাবনা ফাইলোজেনেটিক ট্রি (চিত্র 3A) তৈরি করুন, গামাপ্রোটোব্যাকটেরিয়া 11,12,13,165,14,172 একক-কপি জিনের সারিবদ্ধ এবং লিঙ্কযুক্ত অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম ব্যবহার করে 17,18। বিশ্লেষণে দেখা গেছে যে এটি থ্যালাসোলিটাস, ব্যাকটেরিয়াল প্লেন এবং সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়ামের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত। যাইহোক, এই তথ্যগুলি নির্দেশ করে যে ASxL5T সামুদ্রিক স্পিরুলিনায় এর আত্মীয়দের থেকে আলাদা এবং এর জিনোম সিকোয়েন্স ডেটা উপলব্ধ।
16S rRNA জিন সিকোয়েন্স ব্যবহার করে ফাইলোজেনেটিক গাছটি ASxL5T, ASxO5, এবং ASxS5 স্ট্রেনের অবস্থান (আন্তর সহ) সামুদ্রিক স্পিরুলিনাসি-তে অচাষিত এবং সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়া স্ট্রেনের সাথে তুলনা করে। Genbank অ্যাক্সেস নম্বর বন্ধনীতে স্ট্রেন নাম অনুসরণ করে। সিকোয়েন্সগুলি সারিবদ্ধ করতে ClustalW ব্যবহার করুন, এবং ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক অনুমান করতে সর্বাধিক সম্ভাবনা পদ্ধতি এবং Tamura-Nei মডেল ব্যবহার করুন এবং MEGA X প্রোগ্রামে 1000 নির্দেশিত প্রতিলিপি সম্পাদন করুন৷ শাখার সংখ্যা নির্দেশ করে যে নির্দেশিত অনুলিপি মান 50% এর বেশি। Escherichia coli U/541T একটি আউটগ্রুপ হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল।
(A) জিনোমের উপর ভিত্তি করে একটি ফাইলোজেনেটিক গাছ, সামুদ্রিক Spirospiraceae ব্যাকটেরিয়া ASxL5T এবং এর নিকটাত্মীয়, E. coli U 5/41T এর মধ্যে একটি আউটগ্রুপ হিসাবে সম্পর্ক দেখাচ্ছে। (B) T. oleivorans MIL-1T-এর সাথে তুলনা করে, ASx5LT প্রোটিনের অর্থলোগাস গ্রুপ (COG) ক্লাস্টারের উপর ভিত্তি করে জিনের কার্যকরী বিভাগ বন্টন পূর্বাভাস দেওয়া হয়। বাম দিকের চিত্রটি প্রতিটি জিনোমের প্রতিটি কার্যকরী COG বিভাগে জিনের সংখ্যা দেখায়। ডানদিকের গ্রাফটি প্রতিটি কার্যকরী COG গ্রুপে থাকা জিনোমের শতাংশ দেখায়। (C) T. oleiverans MIL-1T-এর সাথে তুলনা করে, ASxL5T-এর সম্পূর্ণ KEGG (কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া অফ জিনস অ্যান্ড জিনোম) মডুলার পাথওয়ের বিশ্লেষণ।
ASxL5T জিনোমে উপস্থিত উপাদান জিনগুলি পরীক্ষা করার জন্য KEGG ডাটাবেস ব্যবহার করে অ্যারোবিক গামা প্রোটিয়াসের সাধারণ বিপাকীয় পথ প্রকাশ করেছে। ASxL5T-এ ব্যাকটেরিয়া মোটর প্রোটিনের জন্য বরাদ্দকৃত মোট 75টি জিন রয়েছে, যার মধ্যে রয়েছে কেমোট্যাক্সিস, ফ্ল্যাজেলা সমাবেশ এবং টাইপ IV ফিমব্রিয়া সিস্টেমের সাথে জড়িত জিনগুলি। শেষ শ্রেণীতে, 10টির মধ্যে 9টি জিন অন্যান্য জীবের একটি পরিসরের নড়াচড়ার জন্য দায়ী। ASxL5T এর জিনোমে একটি সম্পূর্ণ টেট্রাহাইড্রোপাইরিমিডিন বায়োসিন্থেটিক পাথওয়ে রয়েছে যা হ্যালোফাইলের জন্য প্রত্যাশিত অসমোটিক স্ট্রেস20 এর প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়াতে অংশগ্রহণ করে। জিনোমে রিবোফ্লাভিন সংশ্লেষণের পথ সহ কোফ্যাক্টর এবং ভিটামিনের জন্য অনেকগুলি সম্পূর্ণ পথ রয়েছে। যদিও অ্যালকেন 1-মনোঅক্সিজেনেস (alkB2) জিনটি ASxL5T-তে উপস্থিত রয়েছে, হাইড্রোকার্বন ব্যবহারের পথটি সম্পূর্ণ নয়। ASxL5T-এর জিনোম সিকোয়েন্সে, T. oleiverans MIL-1T21-এ হাইড্রোকার্বনের অবক্ষয়ের জন্য প্রধানত দায়ী হিসাবে চিহ্নিত জিনের সমগোত্রীয়, যেমন TOL_2658 (alkB) এবং TOL_2772 (অ্যালকোহল ডিহাইড্রোজেনেস) স্পষ্টতই। চিত্র 3B ASxL5T এবং অলিভ অয়েল MIL-1T এর মধ্যে COG বিভাগে জিন বিতরণের তুলনা দেখায়। সামগ্রিকভাবে, ছোট ASxL5T জিনোমে বৃহত্তর সম্পর্কিত জিনোমের তুলনায় প্রতিটি COG বিভাগ থেকে আনুপাতিকভাবে কম জিন থাকে। যখন প্রতিটি কার্যকরী বিভাগে জিনের সংখ্যাকে জিনোমের শতাংশ হিসাবে প্রকাশ করা হয়, তখন অনুবাদে জিনের শতাংশ, রাইবোসোমাল গঠন এবং বায়োজেনেসিস বিভাগ এবং শক্তি উৎপাদন এবং রূপান্তর ফাংশন বিভাগে পার্থক্যগুলি উল্লেখ করা হয়, যা বৃহত্তর ASxL5T গঠন করে। জিনোম টি. অলিভেরান্স MIL-1T জিনোমে উপস্থিত একই গ্রুপের সাথে শতাংশের তুলনা করা হয়। বিপরীতে, ASxL5T জিনোমের সাথে তুলনা করে, T. oleivorans MIL-1T এর প্রতিলিপি, পুনর্মিলন এবং মেরামত এবং ট্রান্সক্রিপশন বিভাগে জিনের উচ্চ শতাংশ রয়েছে। মজার বিষয় হল, দুটি জিনোমের প্রতিটি কার্যকরী বিভাগের বিষয়বস্তুর মধ্যে সবচেয়ে বড় পার্থক্য হল ASxL5T (চিত্র 3B) তে উপস্থিত অজানা জিনের সংখ্যা। কেইজিজি মডিউলগুলির একটি সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ করা হয়েছিল, যেখানে প্রতিটি কেইজিজি মডিউল জিনোম সিকোয়েন্স ডেটার টীকা এবং জৈবিক ব্যাখ্যার জন্য ম্যানুয়ালি সংজ্ঞায়িত কার্যকরী ইউনিটগুলির একটি সেট উপস্থাপন করে। ASxL5T এবং জলপাই MIL-1T-এর সম্পূর্ণ KOG মডিউল পাথওয়েতে জিন বিতরণের তুলনা চিত্র 3C-তে দেখানো হয়েছে। এই বিশ্লেষণটি দেখায় যে যদিও ASxL5T এর একটি সম্পূর্ণ সালফার এবং নাইট্রোজেন বিপাকীয় পথ রয়েছে, T. oleiverans MIL-1T এর নেই। বিপরীতে, T. oleiverans MIL-1T এর একটি সম্পূর্ণ সিস্টাইন এবং মেথিওনিন বিপাকীয় পথ রয়েছে, তবে এটি ASxL5T-এ অসম্পূর্ণ। অতএব, ASxL5T এর সালফেট আত্তীকরণের জন্য একটি বৈশিষ্ট্যযুক্ত মডিউল রয়েছে (জিনের একটি সেট হিসাবে সংজ্ঞায়িত যা ফেনোটাইপিক মার্কার হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে, যেমন বিপাকীয় ক্ষমতা বা প্যাথোজেনিসিটি; https://www.genome.jp/kegg/module.html) টি-তে অলিভেরান্স MIL-1T. ASxL5T-এর জিনের বিষয়বস্তুর সাথে জিনের তালিকার তুলনা করা যা একটি শিকারী জীবনযাত্রার পরামর্শ দেয় তা নিষ্পত্তিযোগ্য। যদিও waaL জিনটি O অ্যান্টিজেন পলিস্যাকারাইডের সাথে যুক্ত ligase কে এনকোডিং করে ASxL5T জিনোমে উপস্থিত থাকে (কিন্তু এটি অনেক গ্রাম-নেগেটিভ ব্যাকটেরিয়াতে সাধারণ), ট্রিপটোফান 2,3-ডাইঅক্সিজেনেস (TDO) জিন 60 অ্যামিনো অন্তর্ভুক্ত করতে পারে। অ্যাসিড অঞ্চলগুলি সাধারণত শিকারী ব্যাকটেরিয়ায় পাওয়া যায় যা উপস্থিত নেই। মেভালোনেট পাথওয়েতে আইসোপ্রেনয়েড বায়োসিন্থেসিসে জড়িত এনকোডিং এনজাইমগুলি সহ ASxL5T জিনোমে অন্য কোনও শিকারী বৈশিষ্ট্যযুক্ত জিন নেই। উল্লেখ্য যে পরীক্ষা করা শিকারী গোষ্ঠীতে কোনো ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেটরি জিন gntR নেই, তবে ASxL5T-তে তিনটি gntR-এর মতো জিন সনাক্ত করা যেতে পারে।
ASxL5T-এর ফিনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যগুলি সারণি 3-এ সংক্ষিপ্ত করা হয়েছে এবং সাহিত্যে রিপোর্ট করা 23, 24, 25, 26, এবং 27 সম্পর্কিত জেনারের ফিনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে তুলনা করা হয়েছে। T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis এবং Oceanobacter kriegii থেকে বিচ্ছিন্ন, সক্রিয়, লবণ-সহনশীল, অক্সিডেস-পজিটিভ রড-আকৃতির দেহ, কিন্তু ASxL5T এর সাথে প্রায় অন্য কোনো ফিনোটাইপিক বৈশিষ্ট্য নেই। সমুদ্রের গড় pH হল 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), যা T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis এবং O-তে প্রতিফলিত হয়। kriegii ASxL5T বৃহত্তর pH পরিসরের জন্য উপযুক্ত (4-9) সাধারণ অ-সামুদ্রিক প্রজাতির। থ্যালাসোলিটাস এসপির ফিনোটাইপিক বৈশিষ্ট্য। C2-1. অজানা। ASxL5T-এর বৃদ্ধির তাপমাত্রা পরিসীমা সামুদ্রিক স্ট্রেনের (4–42 °C) তুলনায় সাধারণত প্রশস্ত হয়, যদিও কিছু কিন্তু সব T. মেরিনাস আইসোলেট তাপ-সহনশীল নয়। ব্রোথ মিডিয়াতে ASxL5T বৃদ্ধির অক্ষমতা আরও ফেনোটাইপিক চরিত্রায়নকে বাধা দেয়। BA প্লেট, ONPG, আরজিনাইন ডাইহাইড্রোলেজ, লাইসিন ডিকারবক্সিলেস, অরনিথিন ডিকারবক্সিলেস, সাইট্রেট ইউটিলাইজেশন, ইউরেস, ট্রিপটোফ্যান ডিমিনেজ, জেলটিন হাইড্রোলাইসিস এনজাইম থেকে স্ক্র্যাপ করা উপকরণগুলি পরীক্ষা করতে API 20E ব্যবহার করুন, পরীক্ষার ফলাফলগুলি সমস্ত নেতিবাচক ছিল, কিন্তু H202000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000। উত্পাদিত হয় আনফার্মেন্টেড কার্বোহাইড্রেটের মধ্যে রয়েছে: গ্লুকোজ, ম্যানোজ, ইনোসিটল, সরবিটল, র্যামনোজ, সুক্রোজ, মেলিবায়োজ, অ্যামিগডালিন এবং অ্যারাবিনোজ। প্রকাশিত সম্পর্কিত রেফারেন্স স্ট্রেনের সাথে তুলনা করে, ASxL5T স্ট্রেনের সেলুলার ফ্যাটি অ্যাসিড প্রোফাইল সারণী 4 এ দেখানো হয়েছে। প্রধান সেলুলার ফ্যাটি অ্যাসিড হল C16:1ω6c এবং/অথবা C16:1ω7c, C16:0 এবং C18:1ω9। হাইড্রক্সি ফ্যাটি অ্যাসিড C12:0 3-OH এবং C10:0 3-OHও বিদ্যমান। ASxL5T-তে C16:0 অনুপাত সংশ্লিষ্ট জেনারের রিপোর্ট করা মানের থেকে বেশি। বিপরীতে, রিপোর্ট করা T. marinus IMCC1826TT-এর সাথে তুলনা করে, ASxL5T-তে C18:1ω7c এবং/অথবা C18:1ω6c-এর অনুপাত কমে গেছে। অলিভোরান্স MIL-1T এবং O. kriegii DSM 6294T, কিন্তু B. sanyensis KCTC 32220T-তে সনাক্ত করা যায়নি। ASxL5T এবং ASxLS-এর ফ্যাটি অ্যাসিড প্রোফাইলের তুলনা করে দুটি স্ট্রেনের মধ্যে পৃথক ফ্যাটি অ্যাসিডের পরিমাণে সূক্ষ্ম পার্থক্য প্রকাশ পেয়েছে, যা একই প্রজাতির জিনোমিক ডিএনএ ক্রমের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। সুদান ব্ল্যাক টেস্ট ব্যবহার করে কোনো পলি-3-হাইড্রোক্সিবুটাইরেট (PHB) কণা সনাক্ত করা যায়নি।
শিকারের পরিসর নির্ধারণের জন্য ASxL5T ব্যাকটেরিয়ার শিকারী কার্যকলাপ অধ্যয়ন করা হয়েছিল। এই ব্যাকটেরিয়া ক্যাম্পিলোব্যাক্টর প্রজাতির উপর ফলক তৈরি করতে পারে, যার মধ্যে রয়েছে: ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর সুইস 11608T, ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর জেজুনি PT14, ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর জেজুনি 12662, ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর জেজুনি NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. হেলভেটিকাস NCTC 12472; C lari NCTC 11458 এবং C. upsaliensis NCTC 11541T। গ্রাম-নেগেটিভ এবং গ্রাম-পজিটিভ ব্যাকটেরিয়ার বিস্তৃত পরিসর পরীক্ষা করতে পদ্ধতির হোস্ট পরিসর নির্ধারণ বিভাগে তালিকাভুক্ত সংস্কৃতিগুলি ব্যবহার করুন। ফলাফলগুলি দেখায় যে ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 এবং Citrobacter freundii NCTC 9750T-তেও ব্যবহার করা যেতে পারে। Klebsiella oxytoca 11466-এর উপর গঠিত ফলক। E. coli NCTC 86-এর সাথে TEM-এর মিথস্ক্রিয়া চিত্র 4A-D-এ দেখানো হয়েছে, এবং Campylobacter jejuni PT14 এবং Campylobacter suis S12-এর সাথে মিথস্ক্রিয়া চিত্র 4E-H মাঝখানে দেখানো হয়েছে। প্রতিটি ASxL5T কোষের সাথে এক বা একাধিক E. coli কোষ সংযুক্ত এবং শোষণের আগে বর্ধিত কোষ বরাবর পার্শ্বীয়ভাবে অবস্থান করে আক্রমণের প্রক্রিয়াটি পরীক্ষিত শিকারের প্রকারের মধ্যে আলাদা বলে মনে হয়। বিপরীতে, ASxL5T একটি একক যোগাযোগের মাধ্যমে ক্যাম্পাইলোব্যাক্টারের সাথে সংযুক্ত বলে মনে হয়, সাধারণত শিকারী কোষের শীর্ষের সাথে এবং ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর কোষের শীর্ষের কাছাকাছি (চিত্র 4H)।
TEM ASx5LT এবং শিকারের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া দেখাচ্ছে: (AD) এবং E. coli prey; (EH) এবং সি. জেজুনি শিকার। (A) একটি সাধারণ ASx5LT কোষ একটি একক E. coli (EC) কোষের সাথে সংযুক্ত; (B) একটি ফিলামেন্টাস ASx5LT একটি একক EC কোষের সাথে সংযুক্ত; (C) একাধিক EC কোষের সাথে সংযুক্ত একটি ফিলামেন্টাস ASx5LT সেল; (D) সংযুক্তি একটি একক E. coli (EC) কোষে ছোট ASx5LT কোষ; (ই) একটি ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর জেজুনি (সিজে) কোষের সাথে সংযুক্ত একটি একক ASx5LT কোষ; (F) ASx5LT আক্রমণ করে C. hyointestinalis (CH) কোষ; (ছ) দুটি এক ASx5LT সেল একটি সিজে সেলকে আক্রমণ করেছে; (H) ASx5LT সংযুক্তি পয়েন্টের একটি ক্লোজ-আপ ভিউ, CJ সেলের শীর্ষের কাছে (বার 0.2 μm)। বারটি 1 μm in (A-G) প্রতিনিধিত্ব করে।
শিকারী ব্যাকটেরিয়া শিকারের প্রচুর উৎসের সুবিধা নিতে বিবর্তিত হয়েছে। স্পষ্টতই, তারা বিভিন্ন পরিবেশে ব্যাপকভাবে উপস্থিত। জনসংখ্যার সদস্যদের সংকীর্ণ আকারের কারণে, ফেজ বিচ্ছেদ পদ্ধতি ব্যবহার করে স্লারি থেকে ASxL5T ব্যাকটেরিয়া বিচ্ছিন্ন করা সম্ভব। সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়ার oceanospirillaceae পরিবারের সদস্যদের কাছে ASxL5T-এর জিনোমিক প্রাসঙ্গিকতা আশ্চর্যজনক, যদিও জীবটি লবণ-সহনশীল এবং 5% লবণ ধারণকারী একটি মাধ্যমে বৃদ্ধি পেতে পারে। স্লারির জলের গুণমান বিশ্লেষণে দেখা গেছে যে সোডিয়াম ক্লোরাইডের পরিমাণ 0.1% এর কম ছিল। অতএব, কাদা সামুদ্রিক পরিবেশ থেকে অনেক দূরে - ভৌগোলিক এবং রাসায়নিকভাবে। একই উৎস থেকে তিনটি সম্পর্কিত কিন্তু ভিন্ন ভিন্ন বিচ্ছিন্নতার উপস্থিতি প্রমাণ দেয় যে এই শিকারীরা এই অ-সামুদ্রিক পরিবেশে উন্নতি করছে। উপরন্তু, মাইক্রোবায়োম বিশ্লেষণ (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 থেকে উপলভ্য ডেটা ফাইল) দেখায় যে একই 16S rRNA জিন সিকোয়েন্স শীর্ষ 50টি সর্বাধিক প্রচুর পরিচালন ট্যাক্সায় অবস্থিত (OTU) ) কাদা কিছু নমুনা বিরতিতে. Genbank ডাটাবেসে বেশ কিছু অপসংস্কৃতি ব্যাকটেরিয়া পাওয়া গেছে, যেগুলোর 16S rRNA জিন সিকোয়েন্স ASxL5T ব্যাকটেরিয়ার অনুরূপ। এই ক্রমগুলি, ASxL5T, ASxS5 এবং ASxO5 এর ক্রমগুলির সাথে, থ্যালাসোলিটাস এবং ওশেনোব্যাক্টর (চিত্র 2) থেকে পৃথক করা বিভিন্ন ক্লেডের প্রতিনিধিত্ব করে বলে মনে হচ্ছে। 2009 সালে দক্ষিণ আফ্রিকার সোনার খনিতে তিন ধরণের অসংস্কৃতি ব্যাকটেরিয়া (GQ921362, GQ921357 এবং GQ921396) ফিসারের জল থেকে 1.3 কিলোমিটার গভীরে বিচ্ছিন্ন হয়েছিল, এবং অন্য দুটি (DQ256320 এবং DQ337) দক্ষিণ আফ্রিকার মাটি থেকে (DQ256320) মধ্যে 2005)। 16S rRNA জিন ক্রমটি ASxL5T-এর সাথে সবচেয়ে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত 16S rRNA জিন সিকোয়েন্সের অংশ যা 2006 সালে উত্তর ফ্রান্সের সৈকত থেকে প্রাপ্ত বালুকাময় পলির সমৃদ্ধকরণ সংস্কৃতি থেকে প্রাপ্ত (অ্যাক্সিশন নম্বর AM29240828)। অপর একটি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত 16S rRNA জিনের অনুক্রম অপরিবর্তিত ব্যাকটেরিয়াম HQ183822.1 থেকে পাওয়া গিয়েছিল চীনের একটি পৌরসভার ল্যান্ডফিল থেকে লিচ করা একটি সংগ্রহ ট্যাঙ্ক থেকে। স্পষ্টতই, ASxL5T ব্যাকটেরিয়া ট্যাক্সোনমিক ডাটাবেসে খুব বেশি প্রতিনিধিত্ব করে না, কিন্তু অসংস্কৃতি ব্যাকটেরিয়া থেকে আসা এই ক্রমগুলি ASxL5T-এর মতো জীবের প্রতিনিধিত্ব করতে পারে, যা সারা বিশ্বে বিতরণ করা হয়, সাধারণত চ্যালেঞ্জিং পরিবেশে। পুরো জিনোম ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণ থেকে, ASxL5T-এর নিকটতম আপেক্ষিক হল থ্যালাসোলিটাস sp। C2-1, T. marinus, T. oleivorans. এবং O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. থ্যালাসোলিটাস সামুদ্রিক বাধ্যতামূলক হাইড্রোকার্বন ফ্র্যাগমেন্টেশন ব্যাকটেরিয়া (OHCB) এর সদস্য, যা সামুদ্রিক এবং স্থলজ পরিবেশে বিস্তৃত, এবং সাধারণত হাইড্রোকার্বন দূষণের ঘটনার পরে প্রভাবশালী হয়ে ওঠে31। সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়া OHCB গ্রুপের সদস্য নয়, কিন্তু সামুদ্রিক পরিবেশ থেকে বিচ্ছিন্ন।
ফেনোটাইপিক ডেটা ইঙ্গিত করে যে ASxL5T একটি নতুন প্রজাতি এবং সামুদ্রিক স্পাইরোস্পাইরাসি পরিবারের পূর্বে অচেনা জেনাসের সদস্য। সদ্য বিচ্ছিন্ন স্ট্রেনগুলিকে একটি নতুন জেনাসে শ্রেণীবদ্ধ করার জন্য বর্তমানে কোনও স্পষ্ট মান নেই। সার্বজনীন প্রজন্মের সীমানা নির্ধারণের প্রচেষ্টা করা হয়েছে, উদাহরণস্বরূপ, একটি রক্ষণশীল প্রোটিনের (POCP) জিনোমের শতাংশের উপর ভিত্তি করে, এটি সুপারিশ করা হয় যে কাট-অফ মানটি রেফারেন্স স্ট্রেইনের 50% অনুরূপ। অন্যরা AAI মানগুলি ব্যবহার করার পরামর্শ দেয়, যার POCP এর থেকে সুবিধা রয়েছে কারণ সেগুলি অসম্পূর্ণ জিনোম থেকে পাওয়া যেতে পারে34। লেখক বিশ্বাস করেন যে যদি AAI মান মডেল প্রজাতির মডেল স্ট্রেনের তুলনায় 74% এর কম হয় তবে স্ট্রেনটি একটি ভিন্ন প্রজন্মের প্রতিনিধি। সামুদ্রিক spirillaceae-এর মডেল জেনাস হল সামুদ্রিক স্পিরিলাম, এবং মডেল স্ট্রেন হল O. linum ATCC 11336T। ASxL5T এবং O. linum ATCC 11336T-এর মধ্যে AAI মান হল 54.34%, এবং ASxL5T এবং T. অলিভোরান্স MIL-1T (জেনাস টাইপ স্ট্রেন) এর মধ্যে AAI মান হল 67.61%, ইঙ্গিত করে যে ASxL5T একটি নতুন থালাস জেনাস থেকে আলাদা। শ্রেণীবিন্যাস মান হিসাবে 16S rRNA জিন ক্রম ব্যবহার করে, প্রস্তাবিত জিনাস সীমানা সীমা 94.5% 35। ASxL5T থ্যালাসোলিটাস জেনাসে স্থাপন করা যেতে পারে, T. oleivorans MIL-1T এবং 96.17% এর সাথে 95.03% 16S rRNA সিকোয়েন্স পরিচয় দেখায়। marinus IMCC1826T। যাইহোক, এটি B. sanyensis NV9-এর সাথে 94.64% 16S rRNA জিন পরিচয় আছে এমন ব্যাকটেরয়েডস জেনাসেও স্থাপন করা হবে, যা ইঙ্গিত করে যে 16S rRNA জিনের মতো একক জিনের ব্যবহার নির্বিচারে শ্রেণীবিভাগ এবং নিয়োগের দিকে পরিচালিত করতে পারে। অন্য একটি প্রস্তাবিত পদ্ধতি এএনআই এবং জিনোম অ্যালাইনমেন্ট স্কোর (এএফ) ব্যবহার করে বিদ্যমান জেনারের সমস্ত ধরণের এবং নন-টাইপ স্ট্রেন থেকে ডেটা পয়েন্টের ক্লাস্টারিং পরীক্ষা করতে। লেখক বিশ্লেষণ করা হচ্ছে ট্যাক্সার জন্য নির্দিষ্ট আনুমানিক জেনাসের ইনফ্লেকশন পয়েন্টের সাথে জিনাস সীমানাকে একত্রিত করার পরামর্শ দিয়েছেন। যাইহোক, যদি থ্যালাসোলিটাস বিচ্ছিন্ন থেকে পর্যাপ্ত সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্স না থাকে, তাহলে এই পদ্ধতির মাধ্যমে ASxL5T থ্যালাসোলিটাস জেনাসের অন্তর্গত কিনা তা নির্ধারণ করা অসম্ভব। বিশ্লেষণের জন্য সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্সের সীমিত প্রাপ্যতার কারণে, সম্পূর্ণ জিনোম ফাইলোজেনেটিক গাছটিকে সতর্কতার সাথে ব্যাখ্যা করা উচিত। দ্বিতীয়ত, পুরো জিনোম তুলনা পদ্ধতিগুলি তুলনা করা জিনোমের আকারে উল্লেখযোগ্য পার্থক্যের জন্য দায়ী হতে পারে না। তারা সম্পর্কিত জেনারের মধ্যে সংরক্ষিত কোর একক-কপি জিনের মিল পরিমাপ করেছে, কিন্তু ASxL5T-এর অনেক ছোট জিনোমে উপস্থিত নয় এমন বিপুল সংখ্যক জিনকে বিবেচনায় নেয়নি। স্পষ্টতই, ASxL5T এবং থ্যালাসোলিটাস, ওশেনোব্যাক্টর এবং ব্যাকটিরিওপ্লেন সহ গোষ্ঠীগুলির একটি সাধারণ পূর্বপুরুষ রয়েছে, তবে বিবর্তন একটি ভিন্ন পথ নিয়েছে, যার ফলে জিনোম হ্রাস পেয়েছে, যা শিকারী জীবনধারার সাথে খাপ খাইয়ে নিতে পারে। এটি T. oleivorans MIL-1T এর বিপরীতে, যা 28% বড় এবং হাইড্রোকার্বন 23,30 ব্যবহার করার জন্য বিভিন্ন পরিবেশগত চাপের মধ্যে বিকশিত হয়েছে। একটি আকর্ষণীয় তুলনা করা যেতে পারে বাধ্য অন্তঃকোষীয় পরজীবী এবং সিম্বিয়নটস, যেমন রিকেটসিয়া, ক্ল্যামিডিয়া এবং বুচনেরার সাথে। তাদের জিনোমের আকার প্রায় 1 Mb। হোস্ট সেল মেটাবোলাইট ব্যবহার করার ক্ষমতা জিনের ক্ষতির দিকে পরিচালিত করে, তাই উল্লেখযোগ্য বিবর্তনীয় জিনোমিক অবক্ষয় হয়েছে। সামুদ্রিক রাসায়নিক পুষ্টিকর জীব থেকে শিকারী জীবনযাত্রায় বিবর্তনীয় পরিবর্তনের ফলে জিনোমের আকার একই রকম হ্রাস পেতে পারে। COG এবং KEGG বিশ্লেষণ নির্দিষ্ট ফাংশনের জন্য ব্যবহৃত জিনের সংখ্যা এবং ASxL5T এবং T. oleivorans MIL-1T এর মধ্যে জিনোমিক পথের বৈশ্বিক পার্থক্যগুলিকে হাইলাইট করে, যা মোবাইল জেনেটিক উপাদানগুলির ব্যাপক প্রাপ্যতার কারণে নয়। ASxL5T-এর পুরো জিনোমের G+C অনুপাতের পার্থক্য হল 56.1%, এবং T. oleivorans MIL-1T-এর 46.6%, যা এটিকে আলাদা করাও নির্দেশ করে।
ASxL5T জিনোমের কোডিং বিষয়বস্তুর পরীক্ষা ফেনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যগুলিতে কার্যকরী অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। জিন এনকোডিং টাইপ IV fimbriae (Tfp) এর উপস্থিতি বিশেষ আগ্রহের কারণ তারা পৃষ্ঠের উপর ফ্ল্যাজেলা ছাড়াই কোষের আন্দোলনকে উৎসাহিত করে, যাকে সোশ্যাল গ্লাইডিং বা খিঁচুনি বলা হয়। রিপোর্ট অনুসারে, Tfp-এর অন্যান্য কাজ রয়েছে, যার মধ্যে রয়েছে শিকার, প্যাথোজেনেসিস, বায়োফিল্ম গঠন, প্রাকৃতিক ডিএনএ গ্রহণ, স্বয়ংক্রিয় কোষ একত্রীকরণ এবং বিকাশ38। ASxL5T জিনোমে রয়েছে 18টি জিন এনকোডিং ডিগুয়ানাইলেট সাইক্লেস (একটি এনজাইম যা 2টি গুয়ানোসিন ট্রাইফসফেটকে গুয়ানোসিন 2 ফসফেট এবং সাইক্লিক ডিজিএমপিতে রূপান্তরিত করে) এবং 6টি জিন সংশ্লিষ্ট ডিগুয়ানাইলেট সাইক্লেজ এনকোডিং করে। এস্টেরেজের জিন (চক্রীয় ডাই-জিএমপি থেকে গুয়ানোসিন মনোফসফেটের অবক্ষয়কে অনুঘটক করা) আকর্ষণীয় কারণ সাইক্ল-ডি-জিএমপি একটি গুরুত্বপূর্ণ দ্বিতীয় বার্তাবাহক যা বায়োফিল্ম বিকাশ এবং পৃথকীকরণ, আন্দোলন, কোষ সংযুক্তি এবং ভাইরুলেন্স 39, 40 প্রক্রিয়ায় জড়িত। এটিও উল্লেখ করা উচিত যে Bdellovibrio ব্যাকটেরিওভোরাসে, চক্রীয় ডাবল জিএমপি মুক্ত জীবন এবং শিকারী জীবনধারার মধ্যে পরিবর্তন নিয়ন্ত্রণ করতে দেখানো হয়েছে।
শিকারী ব্যাকটেরিয়া নিয়ে বেশিরভাগ গবেষণা Bdellovibrio, Bdellovibrio-এর মতো জীব এবং Myxococcus প্রজাতির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করেছে। শিকারী ব্যাকটেরিয়াগুলির এই এবং অন্যান্য পরিচিত উদাহরণগুলি একটি বিচিত্র গোষ্ঠী গঠন করে। এই বৈচিত্র্য সত্ত্বেও, বৈশিষ্ট্যযুক্ত প্রোটিন পরিবারের একটি সেট যা 11টি পরিচিত শিকারী ব্যাকটেরিয়ার ফেনোটাইপগুলিকে প্রতিফলিত করে 3,22টি চিহ্নিত করা হয়েছে। যাইহোক, শুধুমাত্র O antigen ligase (waaL) এনকোডিং জিন সনাক্ত করা হয়েছে, যা গ্রাম-নেগেটিভ ব্যাকটেরিয়াতে বিশেষভাবে সাধারণ। বিশ্লেষণের এই ফর্মটি ASxL5T কে শিকারী হিসাবে মনোনীত করতে সহায়ক নয়, সম্ভবত এটি একটি অভিনব আক্রমণ কৌশল ব্যবহার করে। আরও বৈচিত্র্যময় শিকারী ব্যাকটেরিয়া জিনোমের প্রাপ্যতা সূক্ষ্ম রেজোলিউশন বিশ্লেষণ বিকাশে সহায়তা করবে যা গ্রুপ সদস্যদের মধ্যে কার্যকরী এবং পরিবেশগত পার্থক্যের প্রমাণ বিবেচনা করে। এই বিশ্লেষণে অন্তর্ভুক্ত নয় এমন শিকারী ব্যাকটেরিয়াগুলির উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে Cupriavidus necator42 এবং Bradymonabacteria43 এর সদস্য, কারণ গবেষকরা বিভিন্ন জীবাণু সম্প্রদায়ের তদন্ত করার সাথে সাথে আরও শিকারী ট্যাক্সা প্রতিষ্ঠিত হয়।
TEM ইমেজ দ্বারা ক্যাপচার করা ASxL5T ব্যাকটেরিয়ার সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য বৈশিষ্ট্য হল এর অনন্য এবং নমনীয় রূপবিদ্যা, যা শিকার ব্যাকটেরিয়ার সাথে মিথস্ক্রিয়াকে উন্নীত করতে পারে। পর্যবেক্ষণ করা মিথস্ক্রিয়া অন্যান্য শিকারী ব্যাকটেরিয়া থেকে ভিন্ন এবং পূর্বে আবিষ্কৃত বা রিপোর্ট করা হয়নি। প্রস্তাবিত ASxL5T শিকারী জীবনচক্র চিত্র 5-এ দেখানো হয়েছে। সাহিত্যে অনুরূপ apical স্ট্রাকচারের কিছু উদাহরণ রয়েছে যেমন আমরা এখানে রিপোর্ট করছি, কিন্তু এই উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে টেরাসাকিসপিরা পাপাহানাউমোকুয়াকিনসিস, একটি সামুদ্রিক স্পিরিলাম ব্যাকটেরিয়া যার মাঝে মাঝে সর্বোচ্চ বৃদ্ধি 44, এবং আলফাপ্রোটিলাসিয়া, টেরাসাকিসপিরা, , পূর্বে জেনাসের অন্তর্গত Oceanospirillum, প্রদর্শিত তথাকথিত "পোলার ফিল্ম" 45. Cocci ফর্মগুলি প্রায়ই পুরানো সংস্কৃতিতে পরিলক্ষিত হয়, বিশেষ করে ভিব্রিও, ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর এবং হেলিকোব্যাক্টর 46, 47, 48 এর মতো বাঁকা আকারের ব্যাকটেরিয়াগুলির জন্য, যা একটি অবনতিপূর্ণ অবস্থার প্রতিনিধিত্ব করতে পারে। ASxL5T ব্যাকটেরিয়ার সুনির্দিষ্ট জীবনচক্র স্পষ্ট করার জন্য আরও কাজ করা প্রয়োজন। এটি কীভাবে ক্যাপচার করে এবং শিকার করে এবং এর জিনোম জৈবিকভাবে সক্রিয় যৌগগুলিকে এনকোড করে কিনা তা নির্ধারণ করতে যা চিকিৎসা বা জৈব প্রযুক্তিগত উদ্দেশ্যে ব্যবহার করা যেতে পারে।
ভেনেটরব্যাক্টর জেনার বর্ণনা। নভেম্বর ভেনেটরব্যাক্টর (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator,'Hunter' এবং Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting rod'-এর ভেনেটর নিয়ে গঠিত কোষ বায়বীয়, লবণ-সহনশীল, বাঁকা গ্রাম দাগ নেতিবাচক, ব্যায়াম রড এবং অক্সিডেস কার্যকলাপ ইতিবাচক। 4 থেকে 42 ডিগ্রি সেলসিয়াস তাপমাত্রায় পিএইচবি জমা হয় না :1ω7c, C16:0 এবং C18:1ω9 ; C12:0 3-OH এবং C10:0 3-OH এগুলি ব্রোথ মিডিয়াতে বৃদ্ধি পায় না। পরিবার এই বংশের ফাইলোজেনেটিক অবস্থান পরিবারে।
Venatorbacter cucullus sp এর বর্ণনা। নভেম্বর ভেনেটরব্যাক্টর কুকুলাস (cu'cull.us.; L. n. cucullus মানে ফেয়ারিং)।
উপরন্তু, এই বংশের বর্ণনামূলক বৈশিষ্ট্য হল যে যখন BA বা BHI তে বড় হয়, কোষগুলি 1.63 µm লম্বা এবং 0.37 µm চওড়া হয়। বিএইচআই আগরের উপনিবেশগুলি খুব ছোট, 72 ঘন্টা পরে 2 মিমি ব্যাসে পৌঁছায়। এগুলি বেইজ, স্বচ্ছ, গোলাকার, উত্তল এবং চকচকে। এই প্রজাতির সদস্যরা Escherichia coli এবং Klebsiella ব্যবহার করতে পারে। ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর এবং অন্যান্য গ্রাম-নেগেটিভ ব্যাকটেরিয়া শিকার হিসাবে কাজ করে।
সাধারণ স্ট্রেন ASxL5T নটিংহামশায়ার, যুক্তরাজ্যের গরুর দুধ থেকে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল এবং ন্যাশনাল টাইপ কালচার কালেকশনে (ইউকে) জমা করা হয়েছিল: অ্যাকসেশান নম্বর এনসিটিসি 14397 এবং নেদারল্যান্ডস ব্যাকটেরিয়াল কালচার কালেকশন (এনসিসিবি) অ্যাকসেশান নম্বর এনসিসিবি 1007 টি ইকুমেন 1007 সম্পূর্ণ। হয়েছে CP046056 এর সংযোজন অনুসারে Genbank এ জমা করা হয়েছে।
ফেজ আইসোলেশন প্রযুক্তি9,49 ব্যবহার করে ASxL5T ব্যাকটেরিয়া গরুর দুধ থেকে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল। স্লারিটি SM বাফারে 1:9 (w/v) পাতলা করা হয়েছিল (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O এবং 0.01% জেলটিন; সিগমা অ্যালড্রিচ, গিলিংহাম, ইউকে), তারপর ইনকিউবেট 24 ঘন্টার জন্য 4°C এ, ধীরে ধীরে ঘূর্ণায়মান বাফার মধ্যে শিকারী. সাসপেনশনটি 3 মিনিটের জন্য 3000g এ সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল। সুপারনাট্যান্ট সংগ্রহ করা হয়েছিল এবং 5 মিনিটের জন্য দ্বিতীয়বার 13,000 গ্রাম সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল। তারপরে সুপারনাট্যান্টটিকে একটি 0.45 µm ঝিল্লি ফিল্টার (মিনিসার্ট; সার্টোরিয়াস, গটিংজেন, জার্মানি) এবং একটি 0.2 µm ঝিল্লি ফিল্টার (মিনিসার্ট) এর মধ্য দিয়ে যাওয়া হয় যাতে কোনও অবশিষ্ট ব্যাকটেরিয়া কোষ অপসারণ করা হয়। ASxL5T এই ফিল্টারগুলি পাস করতে পারে। একই স্লারি থেকে Campylobacter enterosus S12 (NCBI Accession number CP040464) এর একটি নরম আগর লন প্রমিত কৌশল ব্যবহার করে প্রস্তুত করা হয়েছিল। ফিল্টার করা স্লারি এই হোস্ট সেল প্লেটের প্রতিটিতে 10 μl ড্রপলেটে তিন প্রতিলিপিতে বিতরণ করা হয়েছিল এবং শুকানোর অনুমতি দেওয়া হয়েছিল। প্লেটটি মাইক্রোঅ্যারোবিক অবস্থার (5% O2, 5% H2, 10% CO2, এবং 80% N2) অধীনে 48 ঘন্টার জন্য 37 ডিগ্রি সেলসিয়াসে একটি মাইক্রোঅ্যারোফিলিক ট্যাঙ্কে ইনকিউবেট করা হয়েছিল। প্রাপ্ত দৃশ্যমান ফলকটি এসএম বাফারে বের করা হয়েছিল এবং লাইজড জীবের আরও বংশবিস্তার করার জন্য C. hyointestinalis S12-এর তাজা লনে স্থানান্তরিত করা হয়েছিল। একবার এটি নির্ধারণ করা হয় যে ব্যাকটেরিয়াই লাইটিক প্লেকের কারণ এবং ফেজ নয়, জীবকে হোস্ট থেকে স্বাধীনভাবে বৃদ্ধি করার চেষ্টা করুন এবং আরও বৈশিষ্ট্যযুক্ত করুন। 5% v/v ডিফিব্রিনেটেড ঘোড়ার রক্ত ​​(TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, সম্পূরক) দিয়ে বায়বীয় সংস্কৃতি 37 °C এ সঞ্চালিত হয়েছিল। ন্যাশনাল ক্লিনিক্যাল স্ট্যান্ডার্ডস কমিটির নির্দেশিকা অনুযায়ী, ডিস্ক ডিফিউশন পদ্ধতি ব্যাকটেরিয়া প্রতিরোধী সংবেদনশীলতা পরীক্ষার জন্য ব্যবহার করা হয়। বিএইচআই আগর বায়বীয় সংস্কৃতির জন্য নিম্নলিখিত অ্যান্টিবায়োটিক (অক্সয়েড) ধারণকারী একটি ডিস্ক ব্যবহার করে 37 ডিগ্রি সেলসিয়াসে সংষ্কৃত করা হয়েছিল: অ্যামোক্সিসিলিন এবং ক্লাভুল্যানিক অ্যাসিড 30 µg; cefotaxime 30 µg; স্ট্রেপ্টোমাইসিন 10 μg; সিপ্রোফ্লক্সাসিন 5 μg; Ceftazidime 30 µg নালিডিক্সিক অ্যাসিড 30 µg; ইমিপেনেম 10 μg; Azithromycin 15 µg; ক্লোরামফেনিকল 30 μg; সেফক্সিটিন 30 μg; টেট্রাসাইক্লিন 30 μg; নাইট্রোফুরানটোইন 300 μg; Aztreonam 30 µg; অ্যাম্পিসিলিন 10 μg; Cefpodoxime 10 µg; ট্রাইমেথোপ্রিম-সালফামেথক্সাজল 25 µg। লবণ সহনশীলতা 37 ডিগ্রি সেলসিয়াসে বিএইচআই আগর প্লেটে অ্যারোবিক ইনকিউবেশন দ্বারা প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। 10% w/v পর্যন্ত ঘনত্বের পরিসর প্রদান করতে BHI আগর প্লেটে অতিরিক্ত NaCl যোগ করা হয়েছিল। পিএইচ পরিসীমা BHI আগর প্লেটের বায়বীয় কালচার দ্বারা 37 ডিগ্রি সেলসিয়াসে নির্ধারিত হয়, যেখানে পিএইচ পরিসরটি 4 থেকে 9 এর মধ্যে জীবাণুমুক্ত এইচসিএল বা জীবাণুমুক্ত NaOH এর সাথে সামঞ্জস্য করা হয়েছে এবং প্লেটটি ঢালার আগে লক্ষ্য পিএইচ মান যাচাই করা হয়। সেলুলার ফ্যাটি অ্যাসিড বিশ্লেষণের জন্য, ASxL5T বিএইচআই আগরে 3 দিনের জন্য এবং 37 ডিগ্রি সেলসিয়াসে অ্যারোবিক করা হয়েছিল। FERA সায়েন্স লিমিটেড, (ইয়র্ক, ইউকে) এর MIDI (শার্লক মাইক্রোবিয়াল আইডেন্টিফিকেশন সিস্টেম, সংস্করণ 6.10) স্ট্যান্ডার্ড প্রোটোকল অনুসারে, সেল ফ্যাটি অ্যাসিডগুলি নিষ্কাশন, প্রস্তুত এবং বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।
TEM-এর জন্য, ASxL5T BA তে 37°C তাপমাত্রায় 24 ঘন্টার জন্য সমানভাবে ছড়িয়ে বায়বীয়ভাবে সংষ্কৃত হয়েছিল, এবং তারপর 3% (v/v) গ্লুটারালডিহাইডের 0.1 এম ক্যাকোডিলেট বাফারে ঘরের তাপমাত্রায় 1 মিলিলিটারে কাটা হয়েছিল, তারপর 1 ঘন্টার জন্য সেন্ট্রিফিউজ করুন। 3 মিনিটের জন্য 10,000 গ্রাম এ। তারপর আলতো করে 600 μl 0.1 M cacodylate বাফারে পেলেটটি পুনরায় সাসপেন্ড করুন। একটি 200 মেশ কপার গ্রিডে ফর্মভার/কার্বন ফিল্মে স্থির ASxL5T সাসপেনশন স্থানান্তর করুন। ব্যাকটেরিয়া 1 মিনিটের জন্য 0.5% (w/v) ইউরানাইল অ্যাসিটেট দিয়ে দাগযুক্ত ছিল এবং একটি TEI Tecnai G2 12 Biotwin মাইক্রোস্কোপ ব্যবহার করে TEM দ্বারা পরীক্ষা করা হয়েছিল। উপরে উল্লিখিত হিসাবে, NZCYM ব্রোথ (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) তে একই সংখ্যক শিকার এবং শিকারীকে একত্রিত করুন এবং 37 ডিগ্রি সেলসিয়াস তাপমাত্রায় ক্যাম্পিলোব্যাক্টর বা ক্যাম্পাইলোব্যাক্টরের মাইক্রোবায়োবিক অবস্থার অধীনে 48 ঘন্টার জন্য ইনকিউবেট করুন, শিকারী এবং শিকারীর মিথস্ক্রিয়া। TEM দ্বারাও পরীক্ষা করা হয়েছিল। Escherichia coli এর জন্য বায়বীয় অবস্থা। শিকারের কারণে কোষের আকারবিদ্যায় কোন পরিবর্তন হয়েছে কিনা তা নির্ধারণ করতে শিকার এবং শিকারী ব্যাকটেরিয়া স্বাধীনভাবে পরীক্ষা করুন। পিএইচবি সঞ্চয়ের অপটিক্যাল মাইক্রোস্কোপির জন্য সুদান কালো পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়েছিল।
একটি জীবাণুমুক্ত swab সঙ্গে BHI বা BA প্লেটে বৃদ্ধি smearing দ্বারা রাতারাতি ASxL5T সংস্কৃতি বৃদ্ধি করুন। ASxL5T কোষগুলি সংগ্রহ করুন এবং সেগুলিকে MRD (CM0733, Oxoid) এ সাসপেন্ড করুন এবং তারপর কোষগুলিকে ক্ষুধার্ত করার জন্য 7 দিনের জন্য 4°C এ রাখুন। NCTC রেফারেন্স বা ল্যাবরেটরি স্টক ব্যাকটেরিয়াল কালচারটি বিএইচআই ব্রোথ বা নং 2 পুষ্টির ঝোল (CM007, অক্সয়েড) এ টিকা দেওয়া হয়েছিল, রাতারাতি ইনকিউব করা হয়েছিল, 13,000 গ্রাম সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল এবং OD600 0.4 না হওয়া পর্যন্ত এমআরডিতে পুনরায় সাসপেন্ড করা হয়েছিল। সংস্কৃতি: ব্যাসিলাস সাবটিলিস NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebnostoccaux11TC, Lebnostoccox14 10817, লিস্টেরিয়া স্পেশাল ব্যাকটেরিয়া NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus সাবমেরিন হ্যামবার্গার NCTC 1621 মন্টেস্টিনভিল, স্যালমোনটেস্টিনভিল, বি7টিসিভিল মিউকিলেজ NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460। ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর হোস্টটি BA73thp BA °C-এন্ড-এন্ড-সি-এন্ড-এন্ড-সি-এন্ড-এন্ড-সি-এন্ড-সি-এন্ড-এন্ড-সি-এন্ড-সি-এন্ডপ্লেটে মাইক্রোঅ্যারোবিকভাবে ইনকিউবেট করা হয়েছিল। পরীক্ষিত ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর হোস্টগুলি হল: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. হেলভেটিকাস NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.5NCTC 11458, C.5NCTC8. PT14, C... MRD-এ কোষ সংগ্রহ করুন, 13,000g-এ সেন্ট্রিফিউজ করুন এবং OD600 0.4 না হওয়া পর্যন্ত MRD-এ পুনরায় সাসপেন্ড করুন। 5 মিলি গলিত NZCYM শীর্ষ আগর (0.6% আগর) এ 0.5 মিলি সাসপেনশনের একটি অ্যালিকোট যোগ করুন এবং এটি একটি 1.2% NZCYM নীচের প্লেটে ঢেলে দিন। নিরাময় এবং শুকানোর পরে, ক্রমিকভাবে মিশ্রিত ASxL5T প্রতিটি লন বোর্ডে 20 μl ফোঁটা হিসাবে তিন প্রতিলিপিতে বিতরণ করা হয়েছিল। সংস্কৃতির তাপমাত্রা এবং বায়ুমণ্ডল পরীক্ষার ব্যাকটেরিয়ার প্রয়োজনীয়তার উপর নির্ভর করে।
ব্যাকটেরিয়া বিচ্ছিন্ন থেকে DNA প্রস্তুত করতে GenElute™ ব্যাকটেরিয়াল জিনোমিক ডিএনএ কিট (সিগমা অ্যালড্রিজ) ব্যবহার করুন। ডাই টার্মিনেশন কেমিস্ট্রি (ইউরোফিন্স ভ্যালু রিড সার্ভিস, জার্মানি) ব্যবহার করে 16S rRNA জিনের পিসিআর পরিবর্ধন এবং পণ্যের ক্রম নির্ধারণের জন্য স্ট্যান্ডার্ড পদ্ধতিগুলি ব্যবহার করা হয়েছিল। ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি সনাক্ত করতে এবং সংগ্রহ করতে অন্যান্য 16S rRNA জিন ক্রমগুলির সাথে এই ক্রমগুলির তুলনা করতে BLAST-N প্রোগ্রামটি ব্যবহার করুন। এগুলি MEGA X প্রোগ্রামে ClustalW ব্যবহার করে সারিবদ্ধ করা হয়। 1000 গাইডেড কপি সহ Tamura-Nei মডেলের উপর ভিত্তি করে সর্বাধিক সম্ভাবনা পদ্ধতি ব্যবহার করে MEGA X ব্যবহার করে ফাইলোজেনেটিক গাছটি পুনর্গঠন করা হয়েছিল। সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ডিএনএ বের করতে PureLink™ জিনোমিক ডিএনএ কিট (ফিশার সায়েন্টিফিক, লফবরো, ইউকে) ব্যবহার করুন। ASxL5T-এর জিনোম সিকোয়েন্স ইলুমিনা MiSeq কম্বিনেশন ব্যবহার করে নির্ধারণ করা হয়েছিল, যা নেক্সটেরা লেবেলিং কিট ব্যবহার করে তৈরি একটি লাইব্রেরি এবং PacBio প্ল্যাটফর্ম থেকে 2 থেকে 20 kb লম্বা রিডের সমন্বয়ে গঠিত 250 bp ডবল-এন্ডেড রিড নিয়ে গঠিত। সেম্বিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ে জিনোমিক্স ডিএনএ সিকোয়েন্সিং গবেষণা সুবিধা। জিনোমটি সিএলসি জিনোমিক্স ওয়ার্কবেঞ্চ 12.0.3 (কিয়াজেন, আরহাস, ডেনমার্ক) ব্যবহার করে একত্রিত করা হয়েছিল। ASxL5T সংস্কৃতিগুলি ন্যাশনাল টাইপ কালচার কালেকশন (ইউকে) এবং নেদারল্যান্ডস ব্যাকটেরিয়াল কালচার কালেকশনে (এনসিসিবি) জমা হয়। তুলনা করার জন্য ব্যবহৃত সম্পর্কিত জীবের জিনোমগুলি হল: থ্যালাসোলিটুয়াস অলিভোরান্স MIL-1T (অ্যাক্সেশন নম্বর HF680312, সম্পূর্ণ); ব্যাকটিরিওপ্লেন স্যানিয়েনসিস KCTC 32220T (অ্যাক্সেশন নম্বর BMYY01000001, অসম্পূর্ণ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (অ্যাক্সেশন নম্বর NZ_AUGV00000000, অসম্পূর্ণ); Marinamonas সম্প্রদায় DSM 5604T (সংযুক্ত ASM436330v1, অসম্পূর্ণ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (যোগ করা হয়েছে MTSD02000001, অসম্পূর্ণ) এবং Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 যোগ করুন, অসম্পূর্ণ)। অ্যালাইনমেন্ট স্কোর (AF) এবং গড় নিউক্লিক অ্যাসিড আইডেন্টিটি (ANI) নির্ধারণ করতে https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page=-এ JGI জিনোম পোর্টাল36 ব্যবহার করুন। জোড়ায় জোড়ায়। Rodriguez-R & Konstantinidis55 এর পদ্ধতিটি অ্যামিনো অ্যাসিড আইডেন্টিটি (AAI) নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। আনুমানিক সর্বাধিক সম্ভাবনা ফাইলোজেনেটিক ট্রি তৈরি করতে GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ব্যবহার করুন। উপলব্ধ রেফারেন্স জিনোমের প্রতিনিধিত্বকারী ইনপুট জিনোমটি 16S rRNA ফাইলোজেনি থেকে ASxL5T এর সাথে সম্পর্কিত হিসাবে চিহ্নিত রেফারেন্স জেনার থেকে নির্বাচন করা হয়েছে। ইন্টারেক্টিভ ট্রি অফ লাইফ অনলাইন টুল (https://itol.embl.de/) ব্যবহার করে গাছটিকে টীকা করা হয়েছে। ASxL5T জিনোমের কার্যকরী টীকা এবং বিশ্লেষণ KEGG (কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া অফ জিনস অ্যান্ড জিনোম) মডিউল সমৃদ্ধকরণ বিতরণ ব্যবহার করে BlastKOALA KEGG অনলাইন টুল ব্যবহার করে করা হয়। COG শ্রেণীবিভাগের (অর্থোলগাস গ্রুপ) বন্টন নির্ধারণ করা হয় eggNOG-mapper অনলাইন টুল ব্যবহার করে।
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ এবং Muñoz-Dorado, J. ব্যাকটেরিয়ার শিকার: 75 বছর এবং এটি অব্যাহত! . পরিবেশ অণুজীব 18, 766–779 (2016)।
Linares-Otoya, L. ইত্যাদি। পেরুর উপকূলরেখায় শিকারী ব্যাকটেরিয়ার বৈচিত্র্য এবং ব্যাকটেরিয়া প্রতিরোধী সম্ভাবনা। মার্চ ওষুধ। 15. E308। https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017)।
পাস্তেরনাক, জেড. এট আল। তাদের জিনের মাধ্যমে, আপনি তাদের বুঝতে পারবেন: শিকারী ব্যাকটেরিয়ার জিনোমিক বৈশিষ্ট্য। ISME J. 7, 756–769 (2013)।
সকেট, আরই ব্যাকটেরিওফেজ বিডেলোভিব্রিওর শিকারী জীবনধারা। ইনস্টল যাজক জীবাণু। 63, 523-539 (2009)।
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. শিকারী ব্যাকটেরিয়া থেকে অ্যান্টিবায়োটিক। বেইলস্টেইন জে. হিস্টোকেমিস্ট্রি 12, 594–607 (2016)।
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio এবং অনুরূপ জীব হল বিভিন্ন হোস্ট জনগোষ্ঠীর মধ্যে মাইক্রোবায়োম বৈচিত্র্যের ভবিষ্যদ্বাণীকারী। অণুজীব ইকোলজি। 79, 252-257 (2020)।
ভিলা, জে., মোরেনো-মোরালেস, জে. এবং ব্যালেস্টে-ডেলপিয়ের, সি. নতুন অ্যান্টিব্যাকটেরিয়াল এজেন্টের বর্তমান অবস্থা আবিষ্কার করুন। ক্লিনিক্যাল অণুজীব সংক্রমিত। https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019)।
Hobley, L. et al. ফেজ এবং ফেজের দ্বৈত শিকার ই. কোলাই শিকারকে একক শিকার ছাড়াই নির্মূল করতে পারে। J. ব্যাকটেরিয়া। 202, e00629-19। https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020)।
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF ফ্রি-রেঞ্জ এবং জৈব মুরগির খাওয়ানোর চক্রের সময় ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর এবং ব্যাকটেরিওফেজের গণনা এবং বৈচিত্র্য বিচ্ছিন্ন। আবেদন পরিবেশ। অণুজীব 71, 1259-1266 (2005)।
উইলকিনসন, ডিএ ইত্যাদি। ক্যাম্পাইলোব্যাক্টর সোয়াইন এর জিনোমিক শ্রেণীবিন্যাস এবং মহামারীবিদ্যা আপডেট করুন। বিজ্ঞান প্রতিনিধি 8, 2393। https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018)।
লি, MD GToTree: সিস্টেম জিনোমিক্সের জন্য ব্যবহারকারী-বান্ধব কর্মপ্রবাহ। বায়োইনফরমেটিক্স 35, 4162–4164 (2019)।
এডগার, আরসি পেশী: একটি মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট পদ্ধতি যা সময় এবং স্থান জটিলতা হ্রাস করে। BMC জৈবিক তথ্য। 5, 113 (2004)।
Capella-Gutierrez, S., Silla-Martinez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: বড় আকারের ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণে স্বয়ংক্রিয় প্রান্তিককরণ এবং ছাঁটাই করার জন্য একটি সরঞ্জাম। বায়োইনফরমেটিক্স 25, 1972-1973 (2009)।
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC জিন এবং মেটাজেনমিক সিকোয়েন্স অনুবাদ শুরু সাইট পূর্বাভাস। বায়োইনফরমেটিক্স 28, 2223-2230 (2012)।
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: ক্রস-প্ল্যাটফর্ম এবং দক্ষ NCBI ক্লাসিফিকেশন টুলকিট। বায়ো Rxiv. (1 জুন, 2021 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019)।
মূল্য, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-বড় প্রান্তিককরণ সহ আনুমানিক সর্বাধিক সম্ভাবনা গাছ। PLOS One 5, e9490 (2010)।
Tange, O. GNU সমান্তরাল। (1 জুন, 2021 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018)।
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: জিন এবং জিনোমের কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া। নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা। 28, 27-30 (2000)।
চেক রিপাবলিক, এল. ইত্যাদি। স্ট্রেস প্রোটেক্টর এবং পুষ্টি উপাদান হিসাবে এক্সট্রিমোলাইটস ইক্টোইন এবং হাইড্রোক্সাইক্টোইনের ভূমিকা: জেনেটিক্স, সিস্টেম জিনোমিক্স, বায়োকেমিস্ট্রি এবং কাঠামোগত বিশ্লেষণ। জিন (বাসেল)। 9. E177। https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018)।
গ্রেগসন, বিএইচ, মেটোডিয়েভা, জি., মেটোডিভ, এমভি, গোলিশিন, পিএন এবং ম্যাককিউ, বিএ ডিফারেনশিয়াল প্রোটিন এক্সপ্রেশন বাধ্যতামূলক সামুদ্রিক হাইড্রোকার্বন-অবক্ষয়কারী ব্যাকটেরিয়াম থ্যালাসোলিটুস অলিভোরান্স এমআইএল-1 মাঝারি এবং দীর্ঘ চেইন অ্যালকেনেসের বৃদ্ধির সময়। সামনে অণুজীব 9, 3130 (2018)।
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., এবং Jurkevitch, E. ফেনোটাইপিক-নির্দিষ্ট সূচক সংজ্ঞায়িত করার জন্য একটি নতুন তুলনামূলক জিনোমিক্স পদ্ধতি শিকারী ব্যাকটেরিয়া চিহ্নের নির্দিষ্ট উত্তরাধিকার প্রকাশ করে। পাবলিক সায়েন্স লাইব্রেরি এক. 10. e0142933। https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015)।
ইয়াকিমভ, এমএম, ইত্যাদি থ্যালাসোলিটাস অলিভোরান্স জিন। নভেম্বর, এসপি. nov., একটি নতুন ধরনের সামুদ্রিক ব্যাকটেরিয়া যা হাইড্রোকার্বন ব্যবহারে বিশেষজ্ঞ। আন্তর্জাতিকতা জে সিস্টেম। বিবর্তন অণুজীব 54, 141-148 (2004)।
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH ব্যাকটিরিওপ্লানয়েডস প্যাসিফিকাম জেন। নভেম্বর, এসপি. নভেম্বরে, এটি দক্ষিণ প্রশান্ত মহাসাগরে সঞ্চালিত সামুদ্রিক জল থেকে পৃথক হয়েছিল। আন্তর্জাতিকতা জে সিস্টেম। বিবর্তন অণুজীব 66, 5010-5015 (2016)।