Novi tip gram-negativnih, aerobnih, otpornih na sol, aktivnih, štapićastih i grabežljivih bakterija ASxL5T izoliran je iz ribnjaka kravljeg gnoja u Nottinghamshireu u Engleskoj i koristio je Campylobacter kao svoj plijen. Kasnije su druge vrste Campylobacter i članovi porodice Enterobacteriaceae otkriveni kao plijen. Nakon subkulture bez ćelija domaćina, postignut je slab aseptički rast na Brain Heart Infusion Agaru. Optimalni uslovi rasta su 37 °C i pH je 7. Transmisiona elektronska mikroskopija otkrila je neke vrlo neobične morfološke karakteristike vezane za dostupnost plijena. Filogenetska analiza upotrebom sekvence gena 16S rRNA pokazala je da je izolat povezan sa članom porodice Marine Spirulina, ali se ne može jasno klasificirati kao član bilo kojeg poznatog roda. Sekvenciranje cijelog genoma ASxL5T potvrdilo je vezu s pripadnicima morskih spiroheta. Pretraživanje baze podataka otkrilo je da nekoliko ASxL5T dijeli sekvence gena 16S rRNA s nekoliko nekulturnih bakterija iz oceana, kopnene površine i podzemnih voda. Predlažemo da soj ASxL5T predstavlja novu vrstu u novom rodu. Preporučujemo naziv Venatorbacter cucullus gen. Novembar, sp. U novembru je ASxL5T korišten kao tipski soj.
Predatorske bakterije su bakterije koje pokazuju sposobnost da love i ubijaju druge žive bakterije kako bi dobile biosintetske materijale i energiju. Ovo se razlikuje od općeg oporavka nutrijenata iz mrtvih mikroorganizama, a razlikuje se i od parazitskih interakcija, u kojima bakterije stvaraju bliski odnos sa svojim domaćinom, a da ih ne ubijaju. Predatorske bakterije su razvile različite životne cikluse kako bi iskoristile prednosti bogatih izvora hrane u nišama u kojima se nalaze (kao što su morska staništa). Oni su taksonomski raznolika grupa, koje povezuje samo njihov jedinstveni životni ciklus sterilizacije1. Primjeri predatorskih bakterija pronađeni su u nekoliko različitih tipova, uključujući: Proteobacteria, Bacteroides i Chlorella.3. Međutim, najbolje proučavane predatorske bakterije su organizmi Bdellovibrio i Bdellovibrio i slični (BALOs4). Predatorske bakterije su obećavajući izvor novih biološki aktivnih spojeva i antibakterijskih sredstava5.
Vjeruje se da predatorske bakterije povećavaju mikrobnu raznolikost i imaju pozitivan utjecaj na zdravlje ekosistema, produktivnost i stabilnost6. Unatoč ovim pozitivnim atributima, postoji nekoliko studija o novim predatorskim bakterijama zbog poteškoća u uzgoju bakterija i potrebe da se pažljivo promatraju interakcije stanica kako bi se razumjeli njihovi složeni životni ciklusi. Ove informacije nije lako dobiti kompjuterskom analizom.
U eri sve veće antimikrobne rezistencije, proučavaju se nove strategije za ciljanje bakterijskih patogena, kao što je upotreba bakteriofaga i predatorskih bakterija7,8. ASxL5T bakterije su izolovane 2019. godine korištenjem tehnologije izolacije faga iz kravljeg balege prikupljene u Mliječnom centru Univerziteta Nottingham, Nottinghamshire. Svrha istraživanja je da se izoluju organizmi s potencijalom kao biološki kontrolni agensi. Campylobacter hyointestinalis je zoonoza, koja se sve više povezuje s crijevnim bolestima ljudi10. Sveprisutan je u serumu i koristi se kao ciljni domaćin.
ASxL5T bakterija je izolirana iz goveđeg želea jer je uočeno da su plakovi koje je formirala na travnjaku C. hyointestinalis slični onima koje proizvode bakteriofagi. Ovo je neočekivano otkriće, jer dio procesa izolacije faga uključuje filtriranje kroz filter od 0,2 µm, koji je dizajniran za uklanjanje bakterijskih stanica. Mikroskopski pregled materijala izvađenog iz plaka otkrio je da male gram-negativne zakrivljene štapićaste bakterije nisu akumulirale polihidroksibutirat (PHB). Aseptična kultura neovisna o stanicama plijena realizuje se na bogatom čvrstom mediju (kao što je moždani srčani infuzioni agar (BHI) i krvni agar (BA)), a njen rast je slab. Dobija se nakon supkulture sa jakim poboljšanjem inokuluma. Podjednako dobro raste u mikroaerobnim (7% v/v kiseonika) i atmosferskim uslovima kiseonika, ali ne i u anaerobnoj atmosferi. Nakon 72 sata, promjer kolonije je bio vrlo mali, dostigao je 2 mm, i bio je bež, proziran, okrugao, konveksan i sjajan. Standardno biohemijsko testiranje je otežano jer se ASxL5T ne može pouzdano uzgajati u tečnim medijima, što sugeriše da se može oslanjati na složen životni ciklus formiranja biofilma. Međutim, suspenzija ploče je pokazala da je ASxL5T aeroban, pozitivan na oksidazu i katalazu i da može podnijeti 5% NaCl. ASxL5T je otporan na 10 µg streptomicina, ali je osjetljiv na sve druge testirane antibiotike. ASxL5T bakterijske ćelije su ispitane TEM (slika 1). Kada se uzgajaju bez ćelija plena na BA, ASxL5T ćelije su mali Campylobacter, sa prosečnom dužinom od 1,63 μm (± 0,4), širinom od 0,37 μm (± 0,08) i jednim dugim (do 5 μm) polu. Seksualne flagele. Čini se da otprilike 1,6% ćelija ima širinu manju od 0,2 μm, što će omogućiti prolaz kroz filterski uređaj. Uočeno je neobično strukturno proširenje na vrhu nekih ćelija, slično kao na latini (latinski cucullus) (vidi strelice na 1D, E, G). Čini se da se sastoji od viška vanjske membrane, što može biti posljedica brzog smanjenja veličine periplazmatskog omotača, dok vanjska membrana ostaje netaknuta, pokazujući "labav" izgled. Uzgoj ASxL5T u odsustvu nutrijenata (u PBS) dugo vremena na 4°C rezultiralo je da većina (ali ne sve) ćelija pokazuje koknu morfologiju (Slika 1C). Kada ASxL5T raste s Campylobacter jejuni kao plijenom 48 sati, prosječna veličina ćelije je značajno duža i uža od ćelija uzgojenih bez domaćina (Tabela 1 i Slika 1E). Nasuprot tome, kada ASxL5T raste s E. coli kao plijenom 48 sati, prosječna veličina ćelije je duža i šira nego kada raste bez plijena (Tablica 1), a dužina ćelije je promjenjiva, obično pokazuje filamentnu (Slika 1F). Kada su inkubirane sa Campylobacter jejuni ili E. coli kao plenom tokom 48 sati, ASxL5T ćelije nisu uopšte pokazivale flagele. Tabela 1 sumira opažanja promjena u veličini ćelije na osnovu prisustva, odsustva i vrste plijena ASxL5T.
TEM displej ASx5LT: (A) ASx5LT prikazuje dugačak bič; (B) tipična ASx5LT baterija; (C) ćelije koka ASx5LT nakon duge inkubacije bez nutrijenata; (D) grupa ASx5LT ćelija pokazuje abnormalnost (E) ASx5LT ćelijska grupa inkubirana sa plenom Campylobacter pokazala je povećanu dužinu ćelija u poređenju sa onima bez rasta plena (D) takođe je pokazala apikalnu strukturu; (F) Velika filamentozna flagela, ASx5LT ćelije, nakon inkubacije sa E. coli plenom; (G) Jedna ASx5LT ćelija nakon inkubacije sa E. coli, pokazuje neobičnu gornju strukturu. Traka predstavlja 1 μm.
Određivanje sekvence gena 16S rRNA (pristupni broj MT636545.1) omogućava pretraživanje baze podataka da se uspostave sekvence slične onima u klasi Gammaproteobacteria, a najbliže su morskim bakterijama u porodici morskih spiriluma (slika 2) i članovi su roda Thalassolituus Najbliži srodnik Marine Bacillus. Slijed gena 16S rRNA jasno se razlikuje od predatorskih bakterija koje pripadaju porodici Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Poređenja u paru B. bacteriovorus HD100T (tipski soj, DSM 50701) i B. bacteriovorus DM11A bila su 48,4% i 47,7%, a za B. exovorus JSS 46,7%. ASxL5T bakterije imaju 3 kopije 16S rRNA gena, od kojih su dvije identične jedna drugoj, a treća je udaljena 3 baze. Dva druga predatorska bakterijska izolata (ASx5S i ASx5O; pristupni brojevi gena 16S rRNA su MT636546.1 i MT636547.1, respektivno) sa sličnim morfološkim i fenotipskim karakteristikama sa iste lokacije nisu isti, ali se razlikuju od ASxL5T i nekulturnog Bac sekvence baze podataka su grupisane zajedno sa drugim rodovima u Oceanospirillaceae (Slika 2). Celokupna sekvenca genoma ASxL5T je određena i sačuvana u NCBI bazi podataka, a pristupni broj je CP046056. Genom ASxL5T sastoji se od kružnog hromozoma od 2,831,152 bp sa G + C odnosom od 56,1%. Sekvenca genoma sadrži 2653 CDS (ukupno), od kojih je predviđeno da 2567 kodira proteine, od kojih se 1596 može dodijeliti kao pretpostavljene funkcije (60,2%). Genom sadrži 67 gena koji kodiraju RNK, uključujući 9 rRNK (po 3 za 5S, 16S i 23S) i 57 tRNA. Genomske karakteristike ASxL5T upoređene su sa dostupnim genomima sojeva najbližeg relativnog tipa identifikovanog iz sekvence gena 16S rRNA (Tabela 2). Koristite identifikaciju aminokiselina (AAI) da uporedite sve dostupne Thalassolituus genome sa ASxL5T. Najbliža dostupna (nepotpuna) sekvenca genoma određena AAI je Thalassolituus sp. C2-1 (dodati NZ_VNIL01000001). Ovaj soj je izoliran iz dubokomorskih sedimenata Marijanske brazde, ali trenutno nema fenotipskih podataka o ovoj soji radi poređenja. U poređenju sa ASxL5T od 2,82 Mb, genom organizma je veći na 4,36 Mb. Prosječna veličina genoma morskih spiroheta je oko 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 kompletna referentna genoma istražena sa https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), tako da je genom ASxL5T u skladu sa red U poređenju sa ostalim članovima, prilično je mali. Koristite GToTree 1.5.54 da generišete filogenetičko stablo maksimalne vjerovatnoće zasnovano na genomu (slika 3A), koristeći usklađene i povezane sekvence aminokiselina 172 gena u jednoj kopiji specifičnih za gamaproteobakterije 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Analiza je pokazala da je usko povezan sa Thalassolituusom, bakterijskom ravninom i morskom bakterijom. Međutim, ovi podaci ukazuju da se ASxL5T razlikuje od svojih srodnika u morskoj spirulini i da su dostupni podaci o sekvenci njegovog genoma.
Filogenetsko stablo koje koristi sekvencu gena 16S rRNA naglašava položaj sojeva ASxL5T, ASxO5 i ASxS5 (sa crijevima) u odnosu na nekultivirane i morske bakterijske sojeve u Marine Spirulinaceae. Genbank pristupni broj slijedi ime soja u zagradama. Koristite ClustalW da poravnate sekvence i koristite metodu maksimalne vjerovatnoće i Tamura-Nei model da biste zaključili filogenetske odnose i izvršite 1000 vođenih replikacija u MEGA X programu. Broj na grani označava da je vrijednost vođene kopije veća od 50%. Escherichia coli U/541T je korištena kao vangrupa.
(A) Filogenetsko stablo zasnovano na genomu, koje pokazuje odnos između morske bakterije Spirospiraceae ASxL5T i njenih bliskih srodnika, E. coli U 5/41T kao van grupe. (B) U poređenju sa T. oleivorans MIL-1T, funkcionalna kategorija distribucije gena je predviđena na osnovu ortologne grupe (COG) klastera ASx5LT proteina. Slika na lijevoj strani pokazuje broj gena u svakoj funkcionalnoj kategoriji COG u svakom genomu. Grafikon sa desne strane pokazuje postotak genoma sadržanih u svakoj funkcionalnoj COG grupi. (C) U poređenju sa T. oleiverans MIL-1T, analiza kompletnog KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modularnog puta ASxL5T.
Korištenje baze podataka KEGG za ispitivanje komponentnih gena prisutnih u ASxL5T genomu otkrilo je tipičan metabolički put aerobnog gama Proteusa. ASxL5T sadrži ukupno 75 gena dodijeljenih bakterijskim motornim proteinima, uključujući gene uključene u hemotaksiju, sklapanje flagela i sistem fimbrija tipa IV. U posljednjoj kategoriji, 9 od 10 gena je odgovorno za trzanje niza drugih organizama. Genom ASxL5T sadrži kompletan biosintetski put tetrahidropirimidina koji sudjeluje u zaštitnom odgovoru na osmotski stres20, kako se očekuje za halofile. Genom takođe sadrži mnoge kompletne puteve za kofaktore i vitamine, uključujući i puteve sinteze riboflavina. Iako je gen alkan 1-monooksigenaze (alkB2) prisutan u ASxL5T, put iskorištavanja ugljikovodika nije potpun. U sekvenci genoma ASxL5T, homolozi gena koji su identifikovani kao glavni odgovorni za degradaciju ugljovodonika u T. oleiverans MIL-1T21, kao što su TOL_2658 (alkB) i TOL_2772 (alkohol dehidrogenaza) očigledno su odsutni. Slika 3B prikazuje poređenje distribucije gena u kategoriji COG između ASxL5T i maslinovog ulja MIL-1T. Sve u svemu, manji ASxL5T genom sadrži proporcionalno manje gena iz svake kategorije COG u poređenju sa većim srodnim genomom. Kada se broj gena u svakoj funkcionalnoj kategoriji izrazi kao postotak genoma, primjećuju se razlike u postotku gena u kategorijama translacije, ribosomske strukture i biogeneze, te u kategorijama funkcije proizvodnje i konverzije energije, koje čine veći ASxL5T. genom Procenat je upoređen sa istom grupom prisutnom u genomu T. oleiverans MIL-1T. Nasuprot tome, u poređenju sa ASxL5T genomom, T. oleivorans MIL-1T ima veći procenat gena u kategorijama replikacije, rekombinacije i popravke i transkripcije. Zanimljivo je da je najveća razlika u sadržaju svake funkcionalne kategorije dva genoma broj nepoznatih gena prisutnih u ASxL5T (slika 3B). Izvršena je analiza obogaćivanja KEGG modula, pri čemu svaki KEGG modul predstavlja skup ručno definisanih funkcionalnih jedinica za anotaciju i biološku interpretaciju podataka o sekvenci genoma. Poređenje distribucije gena u kompletnom putu KOG modula ASxL5T i MIL-1T masline prikazano je na slici 3C. Ova analiza pokazuje da iako ASxL5T ima potpuni metabolički put sumpora i dušika, T. oleiverans MIL-1T nema. Nasuprot tome, T. oleiverans MIL-1T ima kompletan metabolički put cisteina i metionina, ali je nepotpun u ASxL5T. Stoga ASxL5T ima karakterističan modul za asimilaciju sulfata (definiran kao skup gena koji se mogu koristiti kao fenotipski markeri, kao što je metabolički kapacitet ili patogenost; https://www.genome.jp/kegg/module.html) U T oleiverans MIL-1T. Upoređivanje sadržaja gena ASxL5T sa listom gena koji sugeriraju predatorski način života je neuvjerljivo. Iako je waaL gen koji kodira ligazu povezanu s polisaharidom antigena O u jezgru prisutan u genomu ASxL5T (ali je uobičajen u mnogim gram-negativnim bakterijama), geni triptofan 2,3-dioksigenaze (TDO) mogu uključivati ​​60 aminokiselina. kisele regije koje se obično nalaze u predatorskim bakterijama koje nisu prisutne. Nema drugih predatorskih karakterističnih gena u ASxL5T genomu, uključujući one koji kodiraju enzime uključene u biosintezu izoprenoida u mevalonatnom putu. Imajte na umu da nema transkripcionog regulatornog gena gntR u ispitivanoj grupi grabežljivaca, ali tri gena slična gntR mogu se identificirati u ASxL5T.
Fenotipske karakteristike ASxL5T su sažete u tabeli 3 i upoređene sa fenotipskim karakteristikama srodnih rodova 23, 24, 25, 26 i 27 objavljenim u literaturi. Izolati iz T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis i Oceanobacter kriegii su aktivna tijela u obliku štapa koja su otporna na sol, oksidaza-pozitivna, ali nemaju gotovo nikakve druge fenotipske karakteristike sa ASxL5T. Prosječna pH vrijednost okeana je 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), što se odražava na T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis i O. kriegii. ASxL5T je pogodan za veći pH raspon (4-9) tipičan za ne-morske vrste. Fenotipske karakteristike Thalassolituus sp. C2-1. Nepoznato. Raspon temperature rasta ASxL5T općenito je širi od onih kod morskih sojeva (4-42 °C), iako su neki, ali ne svi izolati T. marinus, otporni na toplinu. Nemogućnost uzgoja ASxL5T u bujonskoj podlozi spriječila je daljnju fenotipsku karakterizaciju. Koristite API 20E za testiranje materijala sastruganih sa BA ploče, ONPG, arginin dihidrolaze, lizin dekarboksilaze, ornitin dekarboksilaze, iskorištavanja citrata, ureaze, triptofan deaminaze, enzima hidrolize želatina, svi rezultati testa su bili negativni, ali bez indola i H2S, su proizvedeni. Nefermentirani ugljikohidrati uključuju: glukozu, manozu, inozitol, sorbitol, ramnozu, saharozu, melibiozu, amigdalin i arabinozu. U poređenju sa objavljenim srodnim referentnim sojevima, profil ćelijskih masnih kiselina soja ASxL5T prikazan je u tabeli 4. Glavne ćelijske masne kiseline su C16:1ω6c i/ili C16:1ω7c, C16:0 i C18:1ω9. Postoje i hidroksi masne kiseline C12:0 3-OH i C10:0 3-OH. Omjer C16:0 u ASxL5T je veći od prijavljene vrijednosti srodnih rodova. Nasuprot tome, u poređenju sa prijavljenim T. marinus IMCC1826TT, odnos C18:1ω7c i/ili C18:1ω6c u ASxL5T je smanjen. oleivorans MIL-1T i O. kriegii DSM 6294T, ali nije otkriven u B. sanyensis KCTC 32220T. Poređenje profila masnih kiselina ASxL5T i ASxLS otkrilo je suptilne razlike u količini pojedinačnih masnih kiselina između dva soja, koje su u skladu sa sekvencom genomske DNK iste vrste. Pomoću sudanskog crnog testa nisu otkrivene čestice poli-3-hidroksibutirata (PHB).
Predatorska aktivnost ASxL5T bakterija je proučavana kako bi se odredio raspon plijena. Ova bakterija može formirati plakove na vrstama Campylobacter, uključujući: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 i C. upsaliensis NCTC 11541T. Koristite kulture navedene u odjeljku metode za određivanje raspona domaćina za testiranje šireg spektra gram-negativnih i gram-pozitivnih bakterija. Rezultati pokazuju da se ASxL5T može koristiti i u Escherichia coli NCTC 86 i Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plakovi formirani na Klebsiella oxytoca 11466. TEM interakcija sa E. coli NCTC 86 prikazana je na slici 4A-D, a interakcija sa Campylobacter jejuni PT14 i Campylobacter suis S12 prikazana je na slici 4E-H u sredini. Čini se da se mehanizam napada razlikuje između testiranih tipova plijena, s jednom ili više ćelija E. coli koje su pričvršćene za svaku ASxL5T ćeliju i postavljene bočno duž proširene ćelije prije adsorpcije. Nasuprot tome, čini se da se ASxL5T veže za Campylobacter kroz jednu tačku kontakta, obično u kontaktu sa vrhom ćelije predatora i blizu vrha ćelije Campylobacter (slika 4H).
TEM koji pokazuje interakciju između ASx5LT i plijena: (AD) i E. coli plijen; (EH) i C. jejuni plijen. (A) Tipična ASx5LT ćelija povezana sa jednom ćelijom E. coli (EC); (B) filamentni ASx5LT vezan za jednu EC ćeliju; (C) filamentozna ASx5LT ćelija povezana sa više EC ćelija; (D) Pričvršćivanje manjih ASx5LT ćelija na jednu ćeliju E. coli (EC); (E) jedna ASx5LT ćelija povezana sa ćelijom Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT napada ćelije C. hyointestinalis (CH); (G) dvije One ASx5LT ćelije su napale CJ ćeliju; (H) Pogled izbliza na ASx5LT tačku pričvršćivanja, blizu vrha CJ ćelije (bar 0,2 μm). Traka predstavlja 1 μm u (A–G).
Predatorske bakterije su evoluirale kako bi iskoristile prednosti obilja izvora plijena. Očigledno, oni su široko prisutni u mnogim različitim okruženjima. Zbog uske veličine članova populacije, moguće je izolovati ASxL5T bakterije iz kaše metodom odvajanja faga. Genomska relevantnost ASxL5T za članove porodice morskih bakterija oceanospirillaceae je iznenađujuća, iako je organizam tolerantan na sol i može rasti na podlozi koja sadrži 5% soli. Analiza kvaliteta vode u kaši je pokazala da je sadržaj natrijum hlorida manji od 0,1%. Zbog toga je blato daleko od morskog okruženja – i geografski i hemijski. Prisutnost tri srodna, ali različita izolata iz istog izvora pruža dokaz da ovi grabežljivci napreduju u ovom ne-morskom okruženju. Osim toga, analiza mikrobioma (fajlovi sa podacima dostupnim na https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) pokazala je da se ista sekvenca gena 16S rRNA nalazi u 50 najzastupljenijih operativnih taksona (OTU). ) U nekoliko intervala uzorkovanja mulja. Nekoliko nekulturnih bakterija pronađeno je u bazi podataka Genbank, koje imaju sekvence gena 16S rRNA slične ASxL5T bakterijama. Čini se da ove sekvence, zajedno sa sekvencama ASxL5T, ASxS5 i ASxO5, predstavljaju različite klade odvojene od Thalassolituusa i Oceanobacter (Slika 2). Tri vrste nekulturnih bakterija (GQ921362, GQ921357 i GQ921396) izolovane su iz vode pukotina na dubini od 1,3 kilometra u južnoafričkom rudniku zlata 2009. godine, a druge dvije (DQ256320 i DQ337006) su iz podzemnih voda Južne Afrike ( 2005. godine). Slijed gena 16S rRNA koji je najbliži ASxL5T dio je sekvence gena 16S rRNA dobijene iz kulture obogaćivanja pješčanih sedimenata dobijenih sa plaža sjeverne Francuske 2006. godine (pristupni broj AM29240828). Još jedna blisko srodna sekvenca gena 16S rRNA iz nekultivisane bakterije HQ183822.1 dobijena je iz sabirnog rezervoara izluženog sa opštinske deponije u Kini. Očigledno, ASxL5T bakterije nisu visoko reprezentativne u taksonomskim bazama podataka, ali ove sekvence iz nekulturnih bakterija vjerovatno predstavljaju organizme slične ASxL5T, koji su rasprostranjeni po cijelom svijetu, obično u izazovnim okruženjima. Iz cjelokupne filogenetske analize genoma, najbliži srodnik ASxL5T je Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. I O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus je član morske obavezne ugljikovodične fragmentacijske bakterije (OHCB), koja je široko rasprostranjena u morskim i kopnenim sredinama, i obično postaje dominantna nakon incidenata zagađenja ugljikovodicima30,31. Morske bakterije nisu članovi OHCB grupe, ali su izolirane iz morskog okoliša.
Fenotipski podaci ukazuju da je ASxL5T nova vrsta i član ranije nepriznatog roda u porodici morskih spirospiraceae. Trenutno ne postoji jasan standard za klasifikaciju novoizolovanih sojeva u novi rod. Učinjeni su pokušaji da se odrede univerzalne granice rodova, na primjer, na osnovu procenta genoma konzervativnog proteina (POCP), preporučuje se da granična vrijednost bude 50% identična referentnom soju33. Drugi predlažu korištenje AAI vrijednosti, koje imaju prednosti u odnosu na POCP jer se mogu dobiti iz nekompletnih genoma34. Autor smatra da ako je vrijednost AAI manja od 74% u poređenju sa modelnim sojem modelne vrste, soj je predstavnik različitih rodova. Modelni rod u morskim spirillaceae je morski spirillum, a modelni soj je O. linum ATCC 11336T. Vrijednost AAI između ASxL5T i O. linum ATCC 11336T je 54,34%, a vrijednost AAI između ASxL5T i T. oleivorans MIL-1T (sojevi tipa roda) je 67,61%, što ukazuje da ASxL5T predstavlja novi rod drugačiji od Thalassolituus. Koristeći sekvencu gena 16S rRNA kao klasifikacioni standard, predložena granica razgraničenja roda je 94,5%35. ASxL5T se može smjestiti u rod Thalassolituus, pokazujući 95,03% identičnost sekvence 16S rRNA sa T. oleivorans MIL-1T i 96,17%. marinus IMCC1826T. Međutim, on će također biti stavljen u rod Bacteroides koji ima 94,64% identičnost 16S rRNA gena sa B. sanyensis NV9, što ukazuje da korištenje jednog gena kao što je 16S rRNA gen može dovesti do proizvoljnog razvrstavanja i dodjele. Druga predložena metoda koristi ANI i Genome Alignment Score (AF) da ispita grupisanje tačaka podataka iz svih tipova i netipskih sojeva postojećih rodova. Autor preporučuje kombinovanje granice roda sa prevojnom tačkom procenjenog roda specifičnog za taksone koji se analizira. Međutim, ako nema dovoljno kompletnih sekvenci genoma iz izolata Thalassolituus, ovom metodom je nemoguće utvrditi pripada li ASxL5T rodu Thalassolituus. Zbog ograničene dostupnosti kompletnih sekvenci genoma za analizu, cjelokupno filogenetsko stablo genoma treba tumačiti s oprezom. Drugo, metode poređenja cijelog genoma ne mogu objasniti značajne razlike u veličini upoređenih genoma. Oni su izmjerili sličnost konzerviranih gena sa jednom kopijom između srodnih rodova, ali nisu uzeli u obzir veliki broj gena koji nisu prisutni u mnogo manjem genomu ASxL5T. Očigledno, ASxL5T i grupe uključujući Thalassolituus, Oceanobacter i Bacterioplanes imaju zajedničkog pretka, ali evolucija je krenula drugačijim putem, što je dovelo do smanjenja genoma, što može biti prilagođavanje predatorskom načinu života. Ovo je u suprotnosti sa T. oleivorans MIL-1T, koji je 28% veći i koji je evoluirao pod različitim pritiscima okoline kako bi iskoristio ugljovodonike23,30. Zanimljivo poređenje se može napraviti sa obveznim intracelularnim parazitima i simbiontima, kao što su Rickettsia, Chlamydia i Buchnera. Veličina njihovog genoma je oko 1 Mb. Sposobnost korištenja metabolita ćelije domaćina dovodi do gubitka gena, pa je podvrgnut značajnoj evolucijskoj genomskoj degradaciji. Evolucijske promjene od morskih kemijskih hranljivih organizama do predatorskih načina života mogu rezultirati sličnim smanjenjem veličine genoma. COG i KEGG analiza naglašava broj gena koji se koriste za specifične funkcije i globalne razlike u genomskim putevima između ASxL5T i T. oleivorans MIL-1T, koje nisu posljedica široko rasprostranjene dostupnosti mobilnih genetskih elemenata. Razlika u G + C omjeru cijelog genoma ASxL5T je 56,1%, a T. oleivorans MIL-1T 46,6%, što također ukazuje na segregaciju.
Ispitivanje sadržaja kodiranja ASxL5T genoma pruža funkcionalni uvid u fenotipske karakteristike. Prisustvo gena koji kodiraju fimbrije tipa IV (Tfp) je od posebnog interesa jer potiču kretanje ćelija, koje se naziva socijalno klizanje ili konvulzije, bez flagela na površini. Prema izvještajima, Tfp ima i druge funkcije, uključujući grabežljivost, patogenezu, formiranje biofilma, prirodno preuzimanje DNK, automatsku agregaciju i razvoj ćelija38. ASxL5T genom sadrži 18 gena koji kodiraju digvanilat ciklazu (enzim koji katalizuje konverziju 2 gvanozin trifosfata u guanozin 2 fosfat i ciklički diGMP) i 6 gena koji kodiraju odgovarajući digvanilat ciklaza fosfat diguanilat. Gen za esterazu (katalizujući razgradnju cikličkog di-GMP-a do gvanozin monofosfata) je zanimljiv jer je cycl-di-GMP važan drugi glasnik uključen u razvoj i odvajanje biofilma, kretanje, vezivanje ćelija i virulenciju 39, 40 u tom procesu. Također treba napomenuti da se kod Bdellovibrio bacteriovorus pokazalo da ciklički dvostruki GMP kontrolira prijelaz između slobodnog života i predatorskog načina života41.
Većina istraživanja predatorskih bakterija fokusirana je na Bdellovibrio, organizme slične Bdellovibrio i vrste Myxococcus. Ovi i drugi poznati primjeri predatorskih bakterija čine raznoliku grupu. Uprkos ovoj raznolikosti, identifikovan je skup karakterističnih familija proteina koji odražavaju fenotipove 11 poznatih predatorskih bakterija3,22. Međutim, identificirani su samo geni koji kodiraju O antigen ligazu (waaL), što je posebno često kod Gram negativnih bakterija. Ovaj oblik analize nije od pomoći u označavanju ASxL5T kao predatora, vjerovatno zato što koristi novu strategiju napada. Dostupnost raznovrsnijih predatorskih bakterijskih genoma pomoći će da se razviju analize finije rezolucije koje uzimaju u obzir dokaze o funkcionalnim i ekološkim razlikama između članova grupe. Primjeri predatorskih bakterija koje nisu uključene u ovu analizu uključuju pripadnike Cupriavidus necator42 i Bradymonabacteria43, jer kako istraživači istražuju različite mikrobne zajednice, ustanovljeno je više predatorskih taksona.
Najznačajnija karakteristika ASxL5T bakterija snimljenih TEM slikom je njena jedinstvena i fleksibilna morfologija, koja može promovirati interakciju s bakterijama plijenima. Uočena vrsta interakcije razlikuje se od drugih predatorskih bakterija i nije ranije otkrivena ili prijavljena. Predloženi životni ciklus grabežljivaca ASxL5T prikazan je na slici 5. Postoji nekoliko primjera u literaturi sa sličnim apikalnim strukturama kao što ovdje izvještavamo, ali ti primjeri uključuju Terasakiispira papahanaumokuakeensis, morsku spirillum bakteriju s povremenim proširenjem vrha 44, i Alphaproteobacteria pu. , koji je ranije pripadao rodu Oceanospirillum, koji pokazuje takozvani "polarni film" 45. Forme koka se često primjećuju u starijim kulturama, posebno kod bakterija sa zakrivljenim oblicima, kao što su Vibrio, Campylobacter i Helicobacter 46, 47, 48, koji mogu predstavljati degradirano stanje. Potreban je dalji rad kako bi se razjasnio precizan životni ciklus ASxL5T bakterija. Da bi se utvrdilo kako hvata i plijeni te da li njegov genom kodira biološki aktivne spojeve koji se mogu koristiti u medicinske ili biotehnološke svrhe.
Opis Venatorbacter gen. Novembar Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. se sastoji od venatora iz L. n. venator, 'lovac' i Gr. n. bacter, 'štap'. Venatorbacter, 'lovački štap' Ćelije su aerobne, zakrivljene po Gramu, aktivnost katalaze i oksidaze se ne akumulira Temperatura u rasponu od 4 do 42 °C Urasli u rasponu od 4 do 9 Kod morskih puževa, većina je netolerantna na kiseli pH. C18:1ω9 ; C12:0 3-OH i C10:0 3-OH se nalaze kao hidroksi masne kiseline ne raste u bujonu. Sadržaj DNK G + C je 56,1 mol%.
Opis Venatorbacter cucullus sp. Novembar Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus znači zalijevanje).
Osim toga, opisna karakteristika ovog roda je da kada se uzgajaju na BA ili BHI, ćelije su dugačke 1,63 µm i široke 0,37 µm. Kolonije na BHI agaru su vrlo male, dostižu 2 mm u prečniku nakon 72 sata. Bež su, prozirne, okrugle, konveksne i sjajne. Pripadnici ove vrste mogu koristiti Escherichia coli i Klebsiella. Campylobacter i nekoliko drugih gram-negativnih bakterija služe kao plijen.
Tipični soj ASxL5T izolovan je iz goveđeg mleka u Nottinghamshireu, UK, i deponovan u Nacionalnu kolekciju tipskih kultura (UK): pristupni broj NCTC 14397 i Holandska zbirka bakterijskih kultura (NCCB) pristupni broj NCCB 100775. Kompletna sekvenca genoma ASxL5T je deponovano u Genbank prema dodatku CP046056.
ASxL5T bakterije su izolovane iz goveđeg mlijeka korištenjem tehnologije izolacije faga9,49. Suspenzija je razrijeđena 1:9 (w/v) u SM puferu (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O i 0,01% želatine; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), zatim inkubirajte na 4°C tokom 24 sata, polako rotirajući da se eluira grabežljivaca u tampon. Suspenzija je centrifugirana na 3000 g 3 minute. Supernatant je sakupljen i centrifugiran na 13.000 g po drugi put u trajanju od 5 minuta. Supernatant je zatim propušten kroz 0,45 µm membranski filter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Njemačka) i 0,2 µm membranski filter (Minisart) kako bi se uklonile sve preostale bakterijske ćelije. ASxL5T može proći ove filtere. Meki agar travnjak od Campylobacter enterosus S12 (NCBI pristupni broj CP040464) iz istog gnojiva pripremljen je standardnim tehnikama. Filtrirana suspenzija je raspoređena na svaku od ovih ploča ćelije domaćina u 10 µl kapljica u tri primjerka i ostavljena da se osuši. Ploča je inkubirana u mikroaerofilnom rezervoaru na 37°C tokom 48 sati u mikroaerobnim uslovima (5% O2, 5% H2, 10% CO2 i 80% N2). Dobijeni vidljivi plak je ekstrahovan u SM pufer i prebačen na svež travnjak C. hyointestinalis S12 radi daljeg razmnožavanja liziranih organizama. Nakon što se utvrdi da su bakterije uzrok litičkog plaka, a ne faga, pokušajte uzgajati organizam neovisno o domaćinu i dalje ga karakterizirati. Aerobna kultura je izvedena na 37 °C sa 5% v/v defibrinirane konjske krvi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, dodatak). Prema smjernicama Nacionalnog komiteta za kliničke standarde, metoda disk difuzije se koristi za testiranje osjetljivosti na antibakterije. BHI agar je kultivisan na 37 °C koristeći disk koji sadrži sledeće antibiotike (Oxoid) za aerobnu kulturu: amoksicilin i klavulanska kiselina 30 µg; cefotaksim 30 µg; streptomicin 10 µg; ciprofloksacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidiksična kiselina 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromicin 15 µg; Hloramfenikol 30 µg; Cefoksitin 30 µg; Tetraciklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; ampicilin 10 µg; Cefpodoksim 10 µg; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 µg. Tolerancija soli je utvrđena aerobnom inkubacijom na BHI agar pločama na 37 °C. Dodatni NaCl je dodan na BHI agar ploče kako bi se osigurao raspon koncentracije do 10% w/v. Opseg pH je određen aerobnom kulturom na BHI agar pločama na 37°C, pri čemu je pH raspon podešen na između 4 i 9 sa sterilnom HCl ili sterilnim NaOH, a ciljna pH vrijednost se provjerava prije izlivanja ploče. Za analizu ćelijske masne kiseline, ASxL5T je kultivisan na BHI agaru 3 dana i aerobno na 37 °C. Prema MIDI (Sherlock Microbial Identification System, verzija 6.10) standardnom protokolu FERA Science Ltd, (York, UK), ćelijske masne kiseline su ekstrahirane, pripremljene i analizirane.
Za TEM, ASxL5T je kultivisan aerobno ravnomernim širenjem na BA na 37°C tokom 24 sata, a zatim sakupljen u 1 ml 3% (v/v) glutaraldehida u 0,1 M kakodilatnom puferu na sobnoj temperaturi Fiksirajte 1 sat, a zatim centrifugirajte na 10.000 g tokom 3 minuta. Zatim lagano resuspendirajte pelet u 600 μl 0,1 M kakodilatnog pufera. Prenesite fiksnu suspenziju ASxL5T na Formvar/karbonski film na bakrenoj mreži od 200 mesh. Bakterije su obojene sa 0,5% (w/v) uranil acetata 1 minut i ispitane TEM pomoću TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopa. Kao što je gore spomenuto, kombinirajte isti broj plijena i grabežljivca u NZCYM bujonu (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) i inkubirajte 48 sati u mikroaerobnim uvjetima Campylobacter ili Campylobacter na 37°C, Interakcija grabežljivca i plijena je takođe pregledao TEM. Aerobni uslovi za Escherichia coli. Neovisno pregledajte plijen i grabežljive bakterije kako biste utvrdili bilo kakve promjene u morfologiji stanica zbog grabežljivaca. Za optičku mikroskopiju akumulacije PHB korištena je metoda Sudan black.
Uzgajati ASxL5T kulture preko noći razmazujući rast na BHI ili BA ploče sterilnim tamponom. Sakupite ASxL5T ćelije i suspendujte ih u MRD (CM0733, Oxoid), a zatim ih stavite na 4°C na 7 dana da izgladnjuju ćelije. NCTC referentna ili laboratorijska zaliha bakterijska kultura je inokulirana u BHI bujon ili nutrijenti br. 2 (CM007, Oxoid), inkubirana preko noći, centrifugirana na 13,000 g i resuspendirana u MRD dok OD600 nije bio 0,4. Kultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 1uco6 TC66, Klebsiella 1uco6 NCTC 10817, Listeria Specijalne bakterije NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus podmorski hamburger NCTC 1621T47NC, bakterija Moncilellade in 7NC NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Domaćin Campylobacter je mikroaerobno inkubiran na BAZ pločama i suspendovan na N°C brošuru. Testirani domaćini Campylobacter su: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni 11458, NCTC 11458, PT14, C... Sakupite ćelije u MRD, centrifugirajte na 13.000g i resuspendujte u MRD dok OD600 ne bude 0,4. Dodajte alikvot od 0,5 ml suspenzije u 5 ml rastopljenog NZCYM gornjeg agara (0,6% agar) i sipajte ga na donju ploču sa 1,2% NZCYM. Nakon očvršćavanja i sušenja, serijski razrijeđeni ASxL5T raspoređen je kao kapljice od 20 µl na svaku dasku za travnjak u tri primjerka. Temperatura kulture i atmosfera ovise o zahtjevima testiranih bakterija.
Koristite GenElute™ komplet za bakterijsku genomsku DNK (Sigma Aldridge) za pripremu DNK iz bakterijskih izolata. Standardne metode su korišćene za PCR amplifikaciju 16S rRNA gena i određivanje sekvence proizvoda korišćenjem hemije terminacije boje (Eurofins Value Read Service, Nemačka). Koristite program BLAST-N da uporedite ove sekvence sa drugim sekvencama gena 16S rRNA da biste identifikovali i prikupili blisko srodne vrste. Oni su poravnati pomoću ClustalW u MEGA X programu. Filogenetsko stablo je rekonstruisano korišćenjem MEGA X koristeći metodu maksimalne verovatnoće zasnovane na Tamura-Nei modelu, sa 1000 vođenih kopija54. Koristite PureLink™ Genomic DNK Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) za ekstrakciju DNK za sekvenciranje cijelog genoma. Slijed genoma ASxL5T određena je korištenjem kombinacije Illumina MiSeq, koja se sastoji od 250 bp dvostranih čitanja sastavljenih od biblioteke pripremljene korištenjem Nextera kompleta za označavanje i 2 do 20 kb dugih očitavanja sa PacBio platforme. Istraživačka ustanova za sekvenciranje genomike DNK na Univerzitetu Sembia. Genom je sastavljen pomoću CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danska). ASxL5T kulture su deponovane u Nacionalnoj kolekciji tipskih kultura (UK) i Holandskoj kolekciji bakterijskih kultura (NCCB). Genomi srodnih organizama koji se koriste za poređenje su: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (pristupni broj HF680312, kompletan); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (pristupni broj BMYY01000001, nepotpun); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (pristupni broj NZ_AUGV00000000, nepotpun); Marinamonas zajednica DSM 5604T (dodat ASM436330v1, nepotpun), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (dodat MTSD02000001, nepotpun) i Thalassolituus sp. C2-1 (dodati NZ_VNIL01000001, nepotpuno). Koristite JGI Genome Portal36 na https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= da odredite rezultat poravnanja (AF) i prosječni identitet nukleinske kiseline (ANI). U parovima. Za određivanje identiteta aminokiselina (AAI) korištena je metoda Rodriguez-R & Konstantinidis55. Koristite GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 da generišete filogenetičko stablo maksimalne vjerovatnoće. Ulazni genom koji predstavlja dostupni referentni genom je odabran iz referentnih rodova koji su identifikovani kao povezani sa ASxL5T iz filogenije 16S rRNA. Stablo je označeno pomoću interaktivnog online alata za drvo života (https://itol.embl.de/). Funkcionalno označavanje i analiza genoma ASxL5T se vrši pomoću BlastKOALA KEGG online alata koristeći KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modul za distribuciju obogaćivanja. Distribucija COG kategorija (ortologne grupe) određuje se pomoću eggNOG-mapper online alata.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ i Muñoz-Dorado, J. Bakterijska grabežljivost: 75 godina i nastavlja se! . okruženje. mikroorganizam. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. itd. Raznolikost i antibakterijski potencijal predatorskih bakterija na peruanskoj obali. martovske droge. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Kroz njihove gene ćete ih razumjeti: genomske karakteristike predatorskih bakterija. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Predatorski način života bakteriofaga Bdellovibrio. instalirati. Pastor mikrobi. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurović, MS & Nett, M. Antibiotici iz predatorskih bakterija. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio i slični organizmi su prediktori raznolikosti mikrobioma u različitim populacijama domaćina. mikroorganizam. Ekologija. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. i Ballesté-Delpierre, C. Otkrijte trenutni status novih antibakterijskih sredstava. klinički. mikroorganizam. Zaraziti. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Dvostruka grabežljivost faga i faga može iskorijeniti plijen E. coli bez ijednog grabežljivca. J. Bacteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Broj i raznolikost Campylobacter i bakteriofaga izolovanih tokom ciklusa hranjenja slobodnog uzgoja i organskih pilića. Okruženje aplikacije. mikroorganizam. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA itd. Ažurirajte genomsku taksonomiju i epidemiologiju svinja Campylobacter. nauka. Predstavnik 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Tok rada lak za upotrebu za sistemsku genomiku. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Metoda poravnanja višestrukih sekvenci koja smanjuje složenost vremena i prostora. BMC biološke informacije. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Alat za automatsko poravnavanje i podrezivanje u velikoj filogenetskoj analizi. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gen i metagenomska sekvenca predviđanja početne lokacije translacije. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platformski i efikasan alat za NCBI klasifikaciju. Bio Rxiv. (Pristupljeno 1. juna 2021.); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-približno stablo maksimalne vjerovatnoće sa velikim poravnanjem. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Pristupljeno 1. juna 2021.); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Istraživanje nukleinskih kiselina. 28, 27-30 (2000).
Češka Republika, L. itd. Uloga ekstremolita ektoina i hidroksiektoina kao zaštitnika stresa i nutrijenata: genetika, sistemska genomika, biohemija i strukturna analiza. Gene (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferencijalna ekspresija proteina tokom rasta obavezne morske bakterije koja razgrađuje ugljovodonike Thalassolituus oleivorans MIL-1 tokom rasta alkana srednjeg i dugog lanca . front. mikroorganizam. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., i Jurkevitch, E. Nova komparativna genomička metoda za definiranje fenotipsko-specifičnih indikatora otkriva specifično nasljeđivanje u obilježju predatorskih bakterija. Javna naučna biblioteka jedan. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, itd. Thalassolituus oleivorans gen. Novembar, sp. nov., nova vrsta morskih bakterija specijaliziranih za korištenje ugljikovodika. internacionalnost. J. System. evolucija. mikroorganizam. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Novembar, sp. U novembru se odvojio od morske vode koja kruži u južnom Pacifiku. internacionalnost. J. System. evolucija. mikroorganizam. 66, 5010–5015 (2016).