Usa ka bag-ong klase sa Gram-negative, aerobic, salt-tolerant, active, rod-shaped, ug predatory bacteria nga ASxL5T ang gilain gikan sa usa ka cow dung pond sa Nottinghamshire, England, ug gigamit ang Campylobacter isip tukbonon niini. Sa ulahi, ang ubang mga klase sa Campylobacter ug mga miyembro sa pamilyang Enterobacteriaceae nadiskubre nga tukbonon. Human sa subculture nga walay host cells, ang huyang nga aseptic nga pagtubo nakab-ot sa Brain Heart Infusion Agar. Ang labing maayo nga kondisyon sa pagtubo mao ang 37 °C ug pH 7. Transmission electron microscopy nagpadayag sa pipila ka talagsaon nga morphological features nga may kalabutan sa pagkaanaa sa tukbonon. Ang phylogenetic analysis gamit ang 16S rRNA gene sequence nagpakita nga ang isolate nalangkit sa usa ka membro sa Marine Spirulina family, apan dili klarong maklasipikar isip sakop sa bisan unsang nailhang genus. Ang whole-genome sequencing sa ASxL5T nagpamatuod sa relasyon sa mga miyembro sa marine spirochetes. Usa ka pagpangita sa database nagpadayag nga daghang ASxL5Ts nag-ambit sa 16S rRNA gene sequence nga adunay daghang dili-kultura nga bakterya gikan sa dagat, nawong sa yuta ug tubig sa yuta. Gisugyot namon nga ang strain nga ASxL5T nagrepresentar sa usa ka bag-ong espisye sa usa ka bag-ong genus. Girekomenda namon ang ngalan nga Venatorbacter cucullus gen. Nobyembre, sp. Niadtong Nobyembre, ang ASxL5T gigamit isip tipo nga strain.
Ang manunukob nga bakterya mao ang mga bakterya nga nagpakita sa abilidad sa pagpangayam ug pagpatay sa ubang buhi nga bakterya aron makakuha og biosynthetic nga mga materyales ug enerhiya. Lahi kini sa kinatibuk-ang pagbawi sa mga sustansya gikan sa patay nga mga mikroorganismo, ug lahi usab kini sa mga interaksyon sa parasitiko, diin ang mga bakterya nagporma usa ka suod nga relasyon sa ilang host nga wala gipatay sila. Ang mga manunukob nga bakterya nagbag-o sa lainlaing mga siklo sa kinabuhi aron mapahimuslan ang daghang mga gigikanan sa pagkaon sa mga lugar diin sila makit-an (sama sa mga puy-anan sa dagat). Sila usa ka taxonomic nga lainlain nga grupo, nga konektado lamang sa ilang talagsaon nga sterilization life cycle1. Ang mga pananglitan sa manunukob nga bakterya nakit-an sa daghang lain-laing phyla, lakip ang: Proteobacteria, Bacteroides, ug Chlorella.3. Bisan pa, ang labing maayo nga gitun-an nga manunukob nga bakterya mao ang Bdelovibrio ug Bdelovibrio-and-like nga mga organismo (BALOs4). Ang manunukob nga bakterya usa ka maayong tinubdan sa bag-ong biologically active compounds ug antibacterial agent5.
Ang mga manunukob nga bakterya gituohan nga makapauswag sa pagkadaiya sa microbial ug adunay positibo nga epekto sa kahimsog sa ekosistema, produktibidad ug kalig-on6. Bisan pa niining positibo nga mga hiyas, adunay pipila ka mga pagtuon sa bag-ong predatory bacteria tungod sa kalisud sa pag-kultura sa bakterya ug ang panginahanglan sa pag-obserbar sa mga interaksyon sa cell aron masabtan ang ilang komplikado nga mga siklo sa kinabuhi. Kini nga impormasyon dili sayon ​​nga makuha gikan sa computer analysis.
Sa usa ka panahon sa pagdugang sa antimicrobial nga resistensya, bag-ong mga estratehiya alang sa pagtarget sa mga pathogen sa bakterya gitun-an, sama sa paggamit sa mga bacteriophage ug mga manunukob nga bakterya7,8. Ang ASxL5T nga bakterya na-isolate sa 2019 gamit ang phage isolation technology gikan sa tae sa baka nga nakolekta gikan sa Dairy Center sa University of Nottingham, Nottinghamshire. Ang katuyoan sa imbestigasyon mao ang pag-isolate sa mga organismo nga adunay potensyal isip biological control agent. Ang Campylobacter hyointestinalis kay usa ka zoonotic pathogen, nga mas nalangkit sa mga sakit sa tinai sa tawo10. Kini anaa sa tanang dapit sa serum ug gigamit isip target host.
Ang ASxL5T nga bakterya nahimulag gikan sa beef jelly tungod kay naobserbahan nga ang mga plake nga naporma sa lawn sa C. hyointestinalis susama sa gihimo sa mga bacteriophage. Kini usa ka wala damha nga pagpangita, tungod kay ang bahin sa proseso sa pag-inusara sa phage naglakip sa pagsala pinaagi sa usa ka 0.2 µm filter, nga gidisenyo aron makuha ang mga selula sa bakterya. Ang mikroskopiko nga pagsusi sa materyal nga gikuha gikan sa plake nagpadayag nga ang gamay nga gramo-negatibo nga curved rod-shaped nga bakterya wala magtigum og polyhydroxybutyrate (PHB). Ang aseptiko nga kultura nga independente sa mga selula sa biktima matuman sa adunahan nga solidong medium (sama sa brain heart infusion agar (BHI) ug blood agar (BA)), ug huyang ang pagtubo niini. Kini makuha human sa subculture uban sa bug-at nga inoculum pagpalambo. Parehas kini nga motubo ubos sa microaerobic (7% v/v oxygen) ug atmospheric oxygen nga kondisyon, apan dili sa anaerobic atmosphere. Human sa 72 ka oras, ang diametro sa kolonya gamay kaayo, nga moabot sa 2 mm, ug kini beige, translucent, round, convex ug sinaw. Ang standard nga biochemical testing gibabagan tungod kay ang ASxL5T dili masaligon sa kultura sa liquid media, nga nagsugyot nga kini mahimong magsalig sa komplikadong siklo sa kinabuhi sa biofilm formation. Apan, ang plate suspension nagpakita nga ang ASxL5T kay aerobic, positibo sa oxidase ug catalase, ug makaagwanta sa 5% NaCl. Ang ASxL5T makasugakod sa 10 µg streptomycin, apan sensitibo sa tanang ubang antibiotic nga gisulayan. Ang ASxL5T bacterial cells gisusi sa TEM (Figure 1). Kung motubo nga walay mga selula nga biktima sa BA, ang mga selula sa ASxL5T gamay nga Campylobacter, nga adunay average nga gitas-on nga 1.63 μm (± 0.4), usa ka gilapdon nga 0.37 μm (± 0.08), ug usa ka taas (hangtod sa 5 μm) nga poste. Sekswal nga flagella. Gibana-bana nga 1.6% sa mga selula makita nga adunay gilapdon nga ubos pa sa 0.2 μm, nga magtugot sa pag-agi sa filter device. Usa ka talagsaon nga structural extension ang nakita sa ibabaw sa pipila ka mga selula, susama sa usa ka fairing (Latin cucullus) (tan-awa ang mga pana sa 1D, E, G). Kini daw gilangkuban sa sobra nga gawas nga lamad, nga mahimong tungod sa paspas nga pagkunhod sa gidak-on sa periplasmic nga sobre, samtang ang gawas nga lamad nagpabilin nga wala, nga nagpakita sa usa ka "luag" nga panagway. Ang pag-kultura sa ASxL5T sa pagkawala sa mga sustansya (sa PBS) sa dugay nga panahon sa 4 ° C miresulta sa kadaghanan (apan dili tanan) nga mga selula nga nagpakita sa coccal morphology (Figure 1C). Sa diha nga ang ASxL5T motubo uban sa Campylobacter jejuni ingon nga biktima sulod sa 48 ka oras, ang kasagaran nga gidak-on sa selula mas taas ug mas pig-ot kay sa mga selula nga mitubo nga walay host (Table 1 ug Figure 1E). Sa kasukwahi, sa dihang ang ASxL5T motubo uban sa E. coli ingong tukbonon sulod sa 48 ka oras, ang kasagarang gidak-on sa selula mas taas ug mas lapad kay sa dihang kini motubo nga walay tukbonon (Talahanayan 1), ug ang gitas-on sa selyula magkalainlain, kasagarang magpakita sa filamentous (Figure 1F). Sa dihang gilumlom sa Campylobacter jejuni o E. coli isip tukbonon sulod sa 48 ka oras, ang mga selula sa ASxL5T wala magpakitag flagella. Ang talaan 1 nagsumaryo sa mga obserbasyon sa mga kausaban sa gidak-on sa selula base sa presensya, pagkawala, ug matang sa biktima sa ASxL5T.
TEM display sa ASx5LT: (A) ASx5LT nagpakita taas nga latigo; (B) kasagaran nga ASx5LT nga baterya; (C) cocci ASx5LT nga mga selula human sa dugay nga paglumlum nga walay sustansya; (D) usa ka grupo sa mga ASx5LT nga mga selula nagpakita sa abnormalidad (E) ASx5LT nga grupo sa selula nga gilumlom sa Campylobacter nga biktima nagpakita sa dugang nga gitas-on sa selula kon itandi niadtong walay tukbonon nga pagtubo (D) nagpakita usab sa apical nga estraktura; (F) Dako nga Filamentous flagella, ASx5LT nga mga selula, human sa paglumlum sa E. coli nga biktima; (G) Usa ka ASx5LT cell human sa paglumlum sa E. coli, nga nagpakita sa usa ka talagsaon nga top structure. Ang bar nagrepresentar sa 1 μm.
Ang pagtino sa 16S rRNA gene sequence (accession number MT636545.1) makapahimo sa mga pagpangita sa database sa pag-establisar og mga han-ay nga susama niadtong anaa sa klase sa Gammaproteobacteria, ug labing duol sa marine bacteria sa marine spirillum family (Figure 2), ug mga miyembro sa Thalassolituus genus Ang labing duol nga paryente sa Marine Bacillus. Ang 16S rRNA gene sequence klaro nga lahi sa predatory bacteria nga sakop sa Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) nga pamilya. Ang pairwise nga pagtandi sa B. bacteriovorus HD100T (type strain, DSM 50701) ug B. bacteriovorus DM11A maoy 48.4% ug 47.7%, ug alang sa B. exovorus JSS kini 46.7%. Ang ASxL5T nga bakterya adunay 3 ka kopya sa 16S rRNA gene, ang duha niini managsama sa usag usa, ug ang ikatulo 3 ka base ang gilay-on. Duha pa ka manunukob nga bacterial isolate (ASx5S ug ASx5O; 16S rRNA gene accession numbers mao ang MT636546.1 ug MT636547.1, matag usa) nga adunay susama nga morphological ug phenotypic nga mga kinaiya gikan sa samang lokasyon dili pareho, apan lahi sila sa ASxL5T ug uncultured Bacterial Ang mga han-ay sa database gihugpong uban sa ubang mga genera sa Oceanospirillaceae (Figure 2). Ang tibuok genome sequence sa ASxL5T nadeterminar ug na-save sa NCBI database, ug ang accession number mao ang CP046056. Ang genome sa ASxL5T naglangkob sa usa ka circular chromosome nga 2,831,152 bp nga adunay G + C ratio nga 56.1%. Ang genome sequence naglangkob sa 2653 CDS (total), diin ang 2567 gitagna nga mag-encode sa mga protina, diin ang 1596 mahimong ma-assign isip putative functions (60.2%). Ang genome adunay 67 RNA-coding genes, lakip ang 9 rRNAs (3 matag usa alang sa 5S, 16S, ug 23S) ug 57 tRNAs. Ang genomic nga mga kinaiya sa ASxL5T gitandi sa mga magamit nga genome sa mga strain sa labing duol nga paryente nga tipo nga giila gikan sa 16S rRNA gene sequence (Table 2). Gamita ang amino acid identity (AAI) aron itandi ang tanang available nga Thalassolituus genome ngadto sa ASxL5T. Ang labing duol nga magamit (dili kompleto) genome sequence nga gitino sa AAI mao ang Thalassolituus sp. C2-1 (idugang ang NZ_VNIL01000001). Kini nga strain gilain gikan sa lawom nga dagat sediments sa Mariana Trench, apan sa pagkakaron walay phenotypic nga impormasyon mahitungod niini nga strain alang sa pagtandi. Kung itandi sa 2.82 Mb sa ASxL5T, mas dako ang genome sa organismo sa 4.36 Mb. Ang kasagaran nga gidak-on sa genome sa marine spirochetes maoy mga 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 kompletong reference genome nga gisusi gikan sa https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), busa ang genome sa ASxL5T nahisubay sa order Kung itandi sa ubang mga miyembro, kini gamay ra. Gamita ang GToTree 1.5.54 para makamugna ug genome-based nga gibana-bana nga maximum likelihood phylogenetic tree (Figure 3A), gamit ang aligned ug linked amino acid sequence sa 172 single-copy genes nga espesipiko sa Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Ang pag-analisa nagpakita nga kini suod nga nalangkit sa Thalassolituus, Bacterial Plane, ug Marine Bacterium. Bisan pa, kini nga mga datos nagpakita nga ang ASxL5T lahi sa mga paryente niini sa Marine Spirulina ug ang datos sa pagkasunod-sunod sa genome niini anaa.
Ang phylogenetic tree nga naggamit sa 16S rRNA gene sequence nagpasiugda sa posisyon sa ASxL5T, ASxO5, ug ASxS5 strains (uban ang guts) nga may kalabotan sa wala matikad ug marine bacteria strains sa Marine Spirulinaceae. Ang Genbank accession number nagsunod sa strain name sa parentheses. Gamita ang ClustalW aron ipahiangay ang mga han-ay, ug gamita ang labing taas nga posibilidad nga pamaagi ug modelo sa Tamura-Nei aron mahibal-an ang mga relasyon sa phylogenetic, ug paghimo og 1000 nga gigiyahan nga mga replikasyon sa programa sa MEGA X. Ang numero sa sanga nagpakita nga ang giniyahan nga kantidad sa kopya labaw pa sa 50%. Ang Escherichia coli U/541T gigamit isip outgroup.
(A) Usa ka phylogenetic nga kahoy nga gibase sa genome, nga nagpakita sa relasyon tali sa marine Spirospiraceae bacterium ASxL5T ug sa iyang mga suod nga paryente, E. coli U 5/41T isip outgroup. (B) Kon itandi sa T. oleivorans MIL-1T, ang functional category distribution sa mga gene gitagna base sa orthologous group (COG) cluster sa ASx5LT protein. Ang numero sa wala nagpakita sa gidaghanon sa mga gene sa matag functional COG nga kategoriya sa matag genome. Ang graph sa tuo nagpakita sa porsyento sa mga genome nga anaa sa matag functional COG nga grupo. (C) Kon itandi sa T. oleiverans MIL-1T, ang pagtuki sa kompletong KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modular pathway sa ASxL5T.
Ang paggamit sa database sa KEGG aron masusi ang mga component nga gene nga anaa sa ASxL5T genome nagpadayag sa tipikal nga metabolic pathway sa aerobic gamma Proteus. Ang ASxL5T adunay kinatibuk-an nga 75 nga mga gene nga gi-assign sa bacterial motor proteins, lakip ang mga gene nga nalambigit sa chemotaxis, flagella assembly, ug type IV fimbriae system. Sa kataposang kategorya, 9 sa 10 ka gene ang responsable sa pagkurog-kurog sa lain-laing mga organismo. Ang genome sa ASxL5T naglangkob sa usa ka kompleto nga tetrahydropyrimidine biosynthetic nga agianan nga nag-apil sa pagpanalipod nga tubag sa osmotic stress20, sama sa gipaabut alang sa mga halophile. Ang genome usab adunay daghang kompleto nga mga agianan alang sa mga cofactor ug bitamina, lakip ang mga agianan sa synthesis sa riboflavin. Bisan tuod ang alkane 1-monooxygenase (alkB2) gene anaa sa ASxL5T, ang hydrocarbon utilization pathway dili kompleto. Sa genome sequence sa ASxL5T, ang mga homologue sa mga gene nga giila nga nag-una nga responsable sa pagkadaot sa mga hydrocarbon sa T. oleiverans MIL-1T21, sama sa TOL_2658 (alkB) ug TOL_2772 (alcohol dehydrogenase) klaro nga wala. Ang Figure 3B nagpakita sa pagtandi sa gene distribution sa COG category tali sa ASxL5T ug Olive oil MIL-1T. Sa kinatibuk-an, ang mas gamay nga ASxL5T genome adunay proporsyonal nga mas gamay nga mga gene gikan sa matag COG nga kategorya kumpara sa mas dako nga may kalabutan nga genome. Kung ang gidaghanon sa mga gene sa matag functional nga kategorya gipahayag isip porsyento sa genome, ang mga kalainan makita sa porsyento sa mga gene sa paghubad, ribosomal nga istruktura ug mga kategorya sa biogenesis, ug ang produksyon sa enerhiya ug conversion function nga mga kategoriya, nga naglangkob sa mas dako nga ASxL5T genome Ang porsyento gitandi sa parehas nga grupo nga naa sa T. oleiverans MIL-1T genome. Sa kasukwahi, kon itandi sa ASxL5T genome, ang T. oleivorans MIL-1T adunay mas taas nga porsyento sa mga gene sa replication, recombination ug repair, ug transcription nga mga kategorya. Makapainteres, ang pinakadako nga kalainan sa sulod sa matag functional nga kategoriya sa duha ka genome mao ang gidaghanon sa wala mailhi nga mga gene nga anaa sa ASxL5T (Figure 3B). Ang usa ka pag-analisa sa pagpaayo sa mga module sa KEGG gihimo, diin ang matag module sa KEGG nagrepresentar sa usa ka hugpong sa mga mano-mano nga gihubit nga mga yunit sa pag-andar alang sa annotation ug biological nga paghubad sa datos sa pagkasunod-sunod sa genome. Ang pagtandi sa gene distribution sa kompletong KOG module pathway sa ASxL5T ug olive MIL-1T gipakita sa Figure 3C. Kini nga pag-analisa nagpakita nga bisan kung ang ASxL5T adunay kompleto nga sulfur ug nitrogen metabolic pathway, ang T. oleiverans MIL-1T wala. Sa kasukwahi, ang T. oleiverans MIL-1T adunay kompleto nga cysteine ​​​​ug methionine metabolic pathway, apan kini dili kompleto sa ASxL5T. Busa, ang ASxL5T adunay usa ka kinaiya nga module alang sa sulfate assimilation (gihubit isip usa ka set sa mga gene nga mahimong gamiton isip phenotypic marker, sama sa metabolic capacity o pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Sa T . Ang pagtandi sa sulod sa gene sa ASxL5T sa listahan sa mga gene nga nagsugyot sa usa ka manunukob nga estilo sa kinabuhi dili matino. Bisan tuod ang waaL gene nga nag-encode sa ligase nga nalangkit sa O antigen polysaccharide ngadto sa kinauyokan anaa sa ASxL5T genome (apan kini komon sa daghang Gram-negative bacteria), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) Genes mahimong maglakip sa 60 amino acid nga mga rehiyon nga sagad makita sa mga manunukob nga bakterya nga wala. Walay laing manunukob nga kinaiya nga mga gene sa ASxL5T genome, apil kadtong nag-encode sa mga enzyme nga nalambigit sa isoprenoid biosynthesis sa mevalonate nga agianan. Timan-i nga walay transcriptional regulatory gene gntR sa predator group nga gisusi, apan tulo ka gntR-like genes ang mailhan sa ASxL5T.
Ang phenotypic nga mga kinaiya sa ASxL5T gisumada sa Talaan 3 ug gitandi sa phenotypic nga mga kinaiya sa mga may kalabutan nga genera 23, 24, 25, 26, ug 27 nga gitaho sa literatura. Ang mga nahimulag gikan sa T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ug Oceanobacter kriegii mga aktibo, maagwanta sa asin, oxidase-positive rod-shaped nga mga lawas, apan halos walay laing phenotypic nga mga kinaiya nga adunay ASxL5T. Ang kasagarang pH sa kadagatan kay 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), nga makita sa T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ug O. kriegii. Ang ASxL5T angayan alang sa mas dako nga pH range (4-9) nga kasagaran sa dili marine species. Phenotypic nga mga kinaiya sa Thalassolituus sp. C2-1. Wala mailhi. Ang gidak-on sa temperatura sa pagtubo sa ASxL5T sa kasagaran mas lapad kay sa marine strains (4–42 °C), bisan tuod ang uban apan dili tanang T. marinus isolate kay maagwanta sa kainit. Ang kawalay katakus sa pagtubo sa ASxL5T sa sabaw nga media nakapugong sa dugang nga phenotypic nga kinaiya. Gamita ang API 20E aron sulayan ang mga materyales nga gikiskis gikan sa BA plate, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, ang resulta sa pagsulay tanan negatibo, apan walay indole, acetoin ug H2S giprodyus. Ang unfermented carbohydrates naglakip sa: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin ug arabinose. Kon itandi sa gipatik nga may kalabutan nga reference strains, ang cellular fatty acid profile sa ASxL5T strain gipakita sa Table 4. Ang nag-unang cellular fatty acids mao ang C16:1ω6c ug/o C16:1ω7c, C16:0 ug C18:1ω9. Ang hydroxy fatty acids C12:0 3-OH ug C10:0 3-OH anaa usab. Ang ratio sa C16:0 sa ASxL5T mas taas kay sa gikataho nga bili sa may kalabutan nga genera. Sa kasukwahi, kon itandi sa gitaho nga T. marinus IMCC1826TT, ang ratio sa C18: 1ω7c ug / o C18: 1ω6c sa ASxL5T gikunhoran. oleivorans MIL-1T ug O. kriegii DSM 6294T, apan dili mamatikdan sa B. sanyensis KCTC 32220T. Ang pagtandi sa mga profile sa fatty acid sa ASxL5T ug ASxLS nagpadayag sa maliputon nga mga kalainan sa gidaghanon sa indibidwal nga mga fatty acid tali sa duha ka mga strain, nga nahiuyon sa genomic DNA sequence sa samang espisye. Walay poly-3-hydroxybutyrate (PHB) nga mga partikulo ang nakita gamit ang Sudan black test.
Ang kalihokan sa predation sa ASxL5T nga bakterya gitun-an aron mahibal-an ang sakup sa tukbonon. Kini nga bakterya mahimong magporma og mga plake sa Campylobacter species, lakip ang: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ug C. upsaliensis NCTC 11541T. Gamita ang mga kultura nga nalista sa host range determination section sa pamaagi aron masulayan ang mas lapad nga range sa Gram-negative ug Gram-positive bacteria. Ang mga resulta nagpakita nga ang ASxL5T mahimo usab nga gamiton sa Escherichia coli NCTC 86 ug Citrobacter freundii NCTC 9750T. Ang mga plake nga naporma sa Klebsiella oxytoca 11466. Ang interaksyon sa TEM sa E. coli NCTC 86 gipakita sa Figure 4A-D, ug ang interaksyon sa Campylobacter jejuni PT14 ug Campylobacter suis S12 gipakita sa Figure 4E-H tunga-tunga. Ang mekanismo sa pag-atake morag lahi tali sa mga matang sa biktima nga gisulayan, nga adunay usa o daghan pang E. coli nga mga selula nga gilakip sa matag ASxL5T nga selula ug gipahiluna sa lateral ubay sa gipalapdan nga selula sa wala pa adsorption. Sa kasukwahi, ang ASxL5T mopatim-aw nga nag-attach sa Campylobacter pinaagi sa usa ka punto sa kontak, kasagaran sa kontak sa tumoy sa predator cell ug duol sa tumoy sa Campylobacter cell (Figure 4H).
TEM nga nagpakita sa interaksyon tali sa ASx5LT ug tukbonon: (AD) ug E. coli nga biktima; (EH) ug C. jejuni nga biktima. (A) Usa ka tipikal nga ASx5LT cell nga konektado sa usa ka E. coli (EC) cell; (B) Usa ka filamentous ASx5LT nga gilakip sa usa ka EC cell; (C) Usa ka filamentous nga ASx5LT cell nga konektado sa daghang EC cells; (D) Attachment Mas gamay nga ASx5LT nga mga selyula sa usa ka E. coli (EC) cell; (E) usa ka ASx5LT cell nga konektado sa usa ka Campylobacter jejuni (CJ) cell; (F) ASx5LT nag-atake sa C. hyointestinalis (CH) nga mga selula; (G) duha Usa ka ASx5LT cell ang miatake sa usa ka CJ cell; (H) Usa ka suod nga pagtan-aw sa ASx5LT attachment point, duol sa tumoy sa CJ cell (bar 0.2 μm). Ang bar nagrepresentar sa 1 μm sa (A–G).
Ang manunukob nga bakterya milambo aron mapahimuslan ang daghang tinubdan sa tukbonon. Dayag nga sila kaylap nga naa sa daghang lainlaing mga palibot. Tungod sa pig-ot nga gidak-on sa mga miyembro sa populasyon, posible nga ihimulag ang ASxL5T bacteria gikan sa slurry gamit ang phage separation method. Ang genomic nga kalambigitan sa ASxL5T sa mga miyembro sa oceanospirillaceae nga pamilya sa marine bacteria makapakurat, bisan pa nga ang organismo kay salt-tolerant ug mahimong motubo sa medium nga adunay 5% nga asin. Ang pag-analisa sa kalidad sa tubig sa slurry nagpakita nga ang sulud sa sodium chloride dili moubos sa 0.1%. Busa, ang lapok layo sa kalikopan sa dagat-sa geograpiya ug kemikal. Ang presensya sa tulo ka may kalabutan apan lain-laing mga isolates gikan sa sama nga tinubdan naghatag og ebidensya nga kini nga mga manunukob milambo niining dili dagat nga palibot. Dugang pa, ang pag-analisa sa microbiome (mga file sa datos nga makuha gikan sa https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) nagpakita nga ang parehas nga 16S rRNA gene sequence nahimutang sa top 50 nga labing daghan nga operational taxa (OTU). ) Sa pipila ka sampling interval sa lapok. Daghang dili-kultura nga bakterya ang nakit-an sa database sa Genbank, nga adunay 16S rRNA nga pagkasunud sa gene nga parehas sa bakterya sa ASxL5T. Kini nga mga han-ay, uban sa mga han-ay sa ASxL5T, ASxS5, ug ASxO5, daw nagrepresentar sa lain-laing mga clades nga nahimulag gikan sa Thalassolituus ug Oceanobacter (Figure 2). Tulo ka matang sa dili-kultura nga bakterya (GQ921362, GQ921357 ug GQ921396) ang nahimulag gikan sa fissure water sa giladmon nga 1.3 kilometros sa South Africa nga minahan sa bulawan niadtong 2009, ug ang laing duha (DQ256320 ug DQ337006) gikan sa South Africa (also) niadtong 2005). Ang 16S rRNA gene sequence nga labing suod nga nalangkit sa ASxL5T kabahin sa 16S rRNA gene sequence nga nakuha gikan sa enrichment culture sa sandy sediments nga nakuha gikan sa mga baybayon sa amihanang France niadtong 2006 (accession number AM29240828). Ang laing suod nga kalambigitan nga 16S rRNA gene sequence gikan sa uncultured bacterium HQ183822.1 nakuha gikan sa usa ka collection tank nga leached gikan sa municipal landfill sa China. Dayag nga, ang ASxL5T nga bakterya dili kaayo representatibo sa taxonomic databases, apan kini nga mga han-ay gikan sa wala-kultura nga bakterya lagmit nga nagrepresentar sa mga organismo nga susama sa ASxL5T, nga giapod-apod sa tibuok kalibutan, kasagaran sa mahagiton nga mga palibot. Gikan sa tibuok genome phylogenetic analysis, ang labing duol nga paryente sa ASxL5T mao ang Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ug O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Ang Thalassolituus kay sakop sa marine obligate hydrocarbon fragmentation bacteria (OHCB), nga kaylap sa marine ug terrestrial environment, ug kasagaran nahimong dominant human sa hydrocarbon pollution incidents30,31. Ang mga bakterya sa dagat dili mga miyembro sa grupo sa OHCB, apan nahimulag sa palibot sa dagat.
Ang datos sa phenotypic nagpakita nga ang ASxL5T usa ka bag-ong espisye ug miyembro sa usa ka wala pa mailhi nga genus sa pamilya sa marine spirospiraceae. Sa pagkakaron walay klaro nga sumbanan sa pagklasipikar sa bag-ong nahilit nga mga strain ngadto sa usa ka bag-ong genus. Ang mga pagsulay gihimo aron mahibal-an ang mga utlanan sa unibersal nga genera, pananglitan, base sa porsyento sa genome sa usa ka konserbatibo nga protina (POCP), girekomenda nga ang cut-off nga kantidad mao ang 50% nga parehas sa reference strain33. Ang uban nagsugyot sa paggamit sa mga kantidad sa AAI, nga adunay mga bentaha kaysa POCP tungod kay kini makuha gikan sa dili kompleto nga mga genome34. Nagtuo ang tagsulat nga kung ang kantidad sa AAI dili mubu sa 74% kung itandi sa modelo nga strain sa modelo nga espisye, ang strain usa ka representante sa usa ka lahi nga genera. Ang modelo nga henero sa marine spirillaceae mao ang marine spirillum, ug ang modelo nga strain mao ang O. linum ATCC 11336T. Ang AAI nga kantidad tali sa ASxL5T ug O. linum ATCC 11336T mao ang 54.34%, ug ang AAI nga kantidad tali sa ASxL5T ug T. oleivorans MIL-1T (genus type strains) mao ang 67.61%, nga nagpakita nga ang ASxL5T nagrepresentar sa usa ka bag-ong genus nga lahi sa Thalassolituus. Gamit ang 16S rRNA gene sequence isip klasipikasyon nga sukdanan, ang gisugyot nga utlanan sa delimitasyon sa genus mao ang 94.5%35. Ang ASxL5T mahimong ibutang sa Thalassolituus genus, nga nagpakita sa 95.03% 16S rRNA sequence identity sa T. oleivorans MIL-1T ug 96.17%. marinus IMCC1826T. Bisan pa, kini ibutang usab sa Bacteroides genus nga adunay 94.64% 16S rRNA gene identity nga adunay B. sanyensis NV9, nga nagpakita nga ang paggamit sa usa ka gene sama sa 16S rRNA gene mahimong mosangpot sa arbitraryong klasipikasyon ug assignment. Ang laing gisugyot nga pamaagi naggamit sa ANI ug Genome Alignment Score (AF) aron masusi ang paghugpong sa mga punto sa datos gikan sa tanang matang ug dili matang nga mga strain sa kasamtangan nga genera. Girekomenda sa tagsulat ang paghiusa sa utlanan sa genus uban ang punto sa pagbag-o sa gibanabana nga genus nga espesipiko sa taxa nga gisusi. Apan, kung walay igo nga kompleto nga mga han-ay sa genome gikan sa Thalassolituus isolates, imposible nga matino kung ang ASxL5T sakop ba sa Thalassolituus genus pinaagi niini nga pamaagi. Tungod sa limitado nga pagkabaton sa kompleto nga mga han-ay sa genome alang sa pagtuki, ang tibuok genome phylogenetic nga kahoy kinahanglan nga hubaron uban ang pag-amping. Ikaduha, ang tibuuk nga mga pamaagi sa pagtandi sa genome dili makaasoy sa daghang mga kalainan sa gidak-on sa gitandi nga mga genome. Gisukod nila ang pagkaparehas sa gikonserbar nga kinauyokan nga single-copy nga mga gene tali sa may kalabutan nga genera, apan wala gikonsiderar ang daghang gidaghanon sa mga gene nga wala diha sa mas gamay nga genome sa ASxL5T. Dayag nga, ang ASxL5T ug mga grupo lakip ang Thalassolituus, Oceanobacter, ug Bacterioplanes adunay usa ka komon nga katigulangan, apan ang ebolusyon mikuha sa usa ka lahi nga dalan, nga mitultol ngadto sa pagkunhod sa genome, nga mahimong ipahiangay sa usa ka manunukob nga estilo sa kinabuhi. Sukwahi kini sa T. oleivorans MIL-1T, nga 28% mas dako ug milambo ubos sa lain-laing mga pagpamugos sa kinaiyahan aron magamit ang hydrocarbons23,30. Ang usa ka makapaikag nga pagtandi mahimo nga mahimo sa obligado nga intracellular nga mga parasito ug mga simbolo, sama sa Rickettsia, Chlamydia, ug Buchnera. Ang ilang genome nga gidak-on mga 1 Mb. Ang abilidad sa paggamit sa host cell metabolites modala ngadto sa pagkawala sa gene, mao nga miagi sa mahinungdanon nga ebolusyon sa genomic degradation. Ang ebolusyonaryong mga kausaban gikan sa marine chemical nutrient organisms ngadto sa predatory lifestyles mahimong moresulta sa susamang pagkunhod sa genome size. Ang pag-analisar sa COG ug KEGG nagpasiugda sa gidaghanon sa mga gene nga gigamit alang sa piho nga mga gimbuhaton ug ang global nga mga kalainan sa genomic nga mga agianan tali sa ASxL5T ug T. oleivorans MIL-1T, nga dili tungod sa kaylap nga pagkaanaa sa mobile genetic nga mga elemento. Ang kalainan sa G + C ratio sa tibuok genome sa ASxL5T mao ang 56.1%, ug ang T. oleivorans MIL-1T mao ang 46.6%, nga nagpakita usab nga kini gilain.
Ang eksaminasyon sa coding content sa ASxL5T genome naghatag ug functional insights sa phenotypic nga mga kinaiya. Ang presensya sa mga gene nga nag-encode sa tipo nga IV fimbriae (Tfp) usa ka partikular nga interes tungod kay kini nagpasiugda sa paglihok sa selula, nga gitawag og social gliding o convulsions, nga walay flagella sa ibabaw. Sumala sa mga taho, ang Tfp adunay ubang mga gimbuhaton, lakip ang predation, pathogenesis, biofilm formation, natural nga DNA uptake, automatic cell aggregation ug development38. Ang ASxL5T genome adunay 18 ka gene nga nag-encode sa diguanylate cyclase (usa ka enzyme nga nag-catalyze sa pagkakabig sa 2 guanosine triphosphate ngadto sa guanosine 2 phosphate ug cyclic diGMP) ug 6 ka gene nga nag-encode sa katugbang nga diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Ang gene alang sa esterase (nga nag-catalyze sa pagkadaut sa cyclic di-GMP ngadto sa guanosine monophosphate) makapaikag tungod kay ang cycl-di-GMP usa ka importante nga ikaduha nga mensahero nga nalambigit sa biofilm development ug separation, kalihukan, cell attachment ug virulence 39, 40 sa proseso. Kinahanglan usab nga hinumdoman nga sa Bdellovibrio bacteriovorus, ang cyclic double GMP gipakita nga nagkontrol sa transisyon tali sa libre nga kinabuhi ug manunukob nga estilo sa kinabuhi41.
Kadaghanan sa panukiduki bahin sa manunukob nga bakterya nakapunting sa Bdelovibrio, Bdelovibrio nga sama sa mga organismo, ug Myxococcus species. Kini ug uban pang nahibal-an nga mga pananglitan sa mga manunukob nga bakterya naglangkob sa lainlaing grupo. Bisan pa sa kini nga pagkalainlain, usa ka hugpong sa mga kinaiya nga pamilya sa protina nga nagpakita sa mga phenotypes sa 11 nga nahibal-an nga manunukob nga bakterya naila3,22. Bisan pa, ang mga gene ra nga nag-encode sa O antigen ligase (waaL) ang nahibal-an, nga labi ka kasagaran sa Gram-negative nga bakterya. Kini nga porma sa pagtuki dili makatabang sa pagtudlo sa ASxL5T isip usa ka manunukob, tingali tungod kay kini naggamit sa usa ka bag-ong estratehiya sa pag-atake. Ang pagkaanaa sa daghang lainlain nga mga predatory nga bacterial genome makatabang sa pagpalambo sa mas maayo nga mga pagtuki sa resolusyon nga nagkonsiderar sa ebidensya sa mga kalainan sa functional ug sa kinaiyahan tali sa mga miyembro sa grupo. Ang mga pananglitan sa manunukob nga bakterya nga wala maapil niini nga pagtuki naglakip sa mga miyembro sa Cupriavidus necator42 ug Bradymonabacteria43, tungod kay samtang ang mga tigdukiduki nag-imbestigar sa lain-laing mga microbial nga komunidad, mas daghang predatory taxa ang natukod.
Ang labing inila nga bahin sa bakterya sa ASxL5T nga nakuha sa imahe sa TEM mao ang talagsaon ug flexible nga morpolohiya, nga makapauswag sa interaksyon sa bakterya nga biktima. Ang matang sa interaksyon nga naobserbahan lahi sa ubang manunukob nga bakterya ug wala pa nadiskobrehan o gitaho kaniadto. Ang gisugyot nga ASxL5T predatory life cycle gipakita sa Figure 5. Adunay pipila ka mga pananglitan sa literatura nga adunay susama nga apical nga mga istruktura sama sa among gitaho dinhi, apan kini nga mga pananglitan naglakip sa Terasakiispira kampanyaumokuakeensis, usa ka marine spirillum bacterium nga adunay panagsa nga apex enlargement 44, ug Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , kanhi sakop sa henero nga Oceanospirillum, nga nagpakita sa gitawag nga "polar film" 45. Ang mga porma sa cocci kanunay nga makita sa mga tigulang nga kultura, ilabi na sa mga bakterya nga adunay mga curved nga porma, sama sa Vibrio, Campylobacter, ug Helicobacter 46, 47, 48, nga mahimong nagrepresentar sa usa ka degraded nga kahimtang. Ang dugang nga trabaho gikinahanglan aron maklaro ang tukma nga siklo sa kinabuhi sa ASxL5T nga bakterya. Aron mahibal-an kung giunsa kini pagdakop ug pagpangayam, ug kung ang genome niini nag-encode sa mga biologically active compound nga magamit alang sa medikal o biotechnological nga katuyoan.
Deskripsyon sa Venatorbacter gen. Nobyembre Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. gilangkuban sa mga venator gikan sa L. n. venator, 'hunter' ug Gr. n. bacter, 'usa ka sungkod'. Venatorbacter, 'usa ka hunting Rod' . Ang mga selula usa ka aerobic, mapailubon nga asin, ang curved gramo nga adunay negatibo, ehersisyo nga gunitanan. Ang kalihokan sa Catalase ug Oxidase dili makolekta. Sa temperatura dili matipon. Sa temperatura dili range sa 4 ngadto sa 42 °C Ingrown Ang pH range nga 4-9 dili kasagaran Sa marine snails, ang kadaghanan dili makatugot sa acidic nga pH. :1ω9 ; C12:0 3-OH ug C10:0 3-OH makita nga hydroxy fatty Mga asido. Wala sila motubo sa sabaw nga media Ang sulod sa DNA G + C mao ang 56.1 mol%. .
Deskripsyon sa Venatorbacter cucullus sp. Nobyembre Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus nagpasabot fairing).
Dugang pa, ang deskriptibo nga bahin sa kini nga genus mao nga kung gipatubo sa BA o BHI, ang mga selula 1.63 µm ang gitas-on ug 0.37 µm ang gilapdon. Ang mga kolonya sa BHI agar gamay kaayo, nga moabot sa 2 mm ang diyametro pagkahuman sa 72 ka oras. Kini mga beige, translucent, round, convex ug sinaw. Ang mga sakop niini nga espisye mahimong mogamit sa Escherichia coli ug Klebsiella. Ang Campylobacter ug uban pang Gram-negative nga bakterya nagsilbing tukbonon.
Ang tipikal nga strain nga ASxL5T nahimulag gikan sa gatas sa baka sa Nottinghamshire, UK, ug gideposito sa National Type Culture Collection (UK): accession number NCTC 14397 ug Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) accession number NCCB 100775. Ang kompleto nga genome sequence sa ASxL5T nadeposito sa Genbank sumala sa pagdugang sa CP046056.
Ang ASxL5T bacteria gilain gikan sa beef milk gamit ang phage isolation technology9,49. Ang slurry lasaw 1: 9 (w / v) sa SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ug 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Unya incubate sa 4°C sulod sa 24 ka oras, hinayhinay nga nagtuyok aron madala ang mga manunukob ngadto sa buffer. Ang suspensyon gi-centrifuge sa 3000g sulod sa 3 ka minuto. Ang supernatant gikolekta ug gi-centrifuge sa 13,000g sa ikaduhang higayon sulod sa 5 minutos. Ang supernatant gipaagi sa usa ka 0.45 µm membrane filter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germany) ug usa ka 0.2 µm membrane filter (Minisart) aron makuha ang nahabilin nga bacterial cells. Ang ASxL5T makapasa niini nga mga pagsala. Usa ka soft agar lawn sa Campylobacter enterosus S12 (NCBI accession number CP040464) gikan sa samang slurry giandam gamit ang standard nga mga teknik. Ang sinala nga slurry giapod-apod sa matag usa niining mga host cell plate sa 10 µl droplets sa triplicate ug gitugotan nga mamala. Ang plato gilubog sa usa ka microaerophilic tank sa 37 ° C sulod sa 48 ka oras ubos sa microaerobic nga kondisyon (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ug 80% N2). Ang nakuha nga makita nga plake gikuha ngadto sa SM buffer ug gibalhin ngadto sa lab-as nga balilihan sa C. hyointestinalis S12 aron sa pagpadaghan sa mga lysed organisms. Kung matino nga ang bakterya mao ang hinungdan sa lytic plaque ug dili ang phage, paningkamuti nga motubo ang organismo nga independente sa host ug labi pa nga mailhan kini. Ang aerobic nga kultura gihimo sa 37 ° C nga adunay 5% v / v defibrinated nga dugo sa kabayo (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplemento). Sumala sa mga giya sa National Clinical Standards Committee, ang disc diffusion method gigamit alang sa antibacterial susceptibility testing. Ang BHI agar gi-culture sa 37 °C gamit ang disc nga adunay mga mosunod nga antibiotics (Oxoid) para sa aerobic culture: amoxicillin ug clavulanic acid 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 ug; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 ug; Chloramphenicol 30 ug; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg ; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 ug. Ang pagtugot sa asin natukod pinaagi sa aerobic incubation sa BHI agar plate sa 37 °C. Ang dugang nga NaCl gidugang sa BHI agar nga mga plato aron mahatagan ang konsentrasyon nga hangtod sa 10% w / v. Ang pH range gitino pinaagi sa aerobic culture sa BHI agar plates sa 37°C, diin ang pH range gi-adjust sa taliwala sa 4 ug 9 nga adunay sterile HCl o sterile NaOH, ug ang target pH value masusi sa dili pa ibubo ang plato. Alang sa pagtuki sa cellular fatty acid, ang ASxL5T gikultura sa BHI agar sulod sa 3 ka adlaw ug aerobic sa 37 °C. Sumala sa MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) standard protocol sa FERA Science Ltd, (York, UK), ang mga cell fatty acids gikuha, giandam ug gisusi.
Alang sa TEM, ang ASxL5T gikultura nga aerobic pinaagi sa pagsabwag nga parehas sa BA sa 37 ° C sulod sa 24 ka oras, ug dayon ani sa 1 ml nga 3% (v / v) glutaraldehyde sa 0.1 M cacodylate buffer sa temperatura sa kwarto Ayuhon sa 1 ka oras, dayon centrifuge. sa 10,000 g sulod sa 3 ka minuto. Dayon hinayhinay nga gisuspinde ang pellet sa 600 μl 0.1 M cacodylate buffer. Ibalhin ang fixed ASxL5T suspension sa Formvar/carbon film sa 200 mesh copper grid. Ang bakterya gimantsa sa 0.5% (w/v) uranyl acetate sulod sa 1 ka minuto ug gisusi sa TEM gamit ang TEI Tecnai G2 12 Biotwin microscope. Sama sa gihisgutan sa ibabaw, isagol ang parehas nga gidaghanon sa tukbonon ug manunukob sa NZCYM sabaw (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ug paglumlum sulod sa 48 ka oras ubos sa microaerobic nga kondisyon sa Campylobacter o Campylobacter sa 37°C , Ang interaksyon sa manunukob ug tukbonon gisusi usab sa TEM. Aerobic nga kondisyon alang sa Escherichia coli. Independyenteng susihon ang tukbonon ug manunukob nga bakterya aron mahibal-an ang bisan unsang mga pagbag-o sa morpolohiya sa selula tungod sa predation. Ang Sudan itom nga pamaagi gigamit alang sa optical microscopy sa PHB accumulation.
Ipatubo ang ASxL5T sa tibuok gabii nga mga kultura pinaagi sa pagpahid sa pagtubo sa BHI o BA nga mga plato gamit ang sterile swab. Kolektahon ang ASxL5T nga mga selula ug suspindihon kini sa MRD (CM0733, Oxoid), ug dayon ibutang kini sa 4°C sulod sa 7 ka adlaw aron gutomon ang mga selula. Ang NCTC reference o laboratory stock bacterial culture gisudlan sa BHI broth o No. 2 nutrient broth (CM007, Oxoid), gilumlum sa tibuok gabii, gisentro sa 13,000g ug gisuspinde pag-usab sa MRD hangtod ang OD600 maoy 0.4. Kultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca NCTC 11466, Klebsiella oxytoca 11466 Listeria Espesyal nga bakterya NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella intestinal bacteria Mondeville NCTC, 1 intestinal bacteria Mondeville NCTC, 1 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Ang host Campylobacter microaerobically incubated sa BA plates sa 37 ° C ug gisuspinde sa NZCYM sabaw. Ang gisulayan nga Campylobacter host mao ang: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NC8TC , C... Pagkolekta sa mga selula sa MRD, centrifuge sa 13,000g ug resuspinde sa MRD hangtod OD600 mao ang 0.4. Pagdugang usa ka aliquot nga 0.5 ml nga suspensyon sa 5 ml nga natunaw nga NZCYM top agar (0.6% agar) ug ibubo kini sa usa ka 1.2% nga plato sa ilawom sa NZCYM. Human sa pag-ayo ug pagpauga, ang serially diluted ASxL5T gipang-apod-apod isip 20 µl droplets sa matag lawn board sa triplicate. Ang temperatura sa kultura ug atmospera nagdepende sa mga kinahanglanon sa pagsulay nga bakterya.
Gamita ang GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) sa pag-andam sa DNA gikan sa bacterial isolate. Ang standard nga mga pamaagi gigamit para sa PCR amplification sa 16S rRNA gene ug product sequence determination gamit ang dye termination chemistry (Eurofins Value Read Service, Germany). Gamita ang BLAST-N nga programa aron itandi kini nga mga han-ay sa uban nga 16S rRNA gene sequence aron sa pag-ila ug pagkolekta og suod nga mga espisye. Gi-align kini gamit ang ClustalW sa MEGA X nga programa. Ang phylogenetic nga kahoy gi-reconstruct gamit ang MEGA X gamit ang maximum likelihood method base sa Tamura-Nei model, nga adunay 1000 guided copies54. Gamita ang PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) aron makuha ang DNA para sa whole-genome sequencing. Ang genome sequence sa ASxL5T gitino gamit ang Illumina MiSeq nga kombinasyon, nga naglangkob sa 250 bp double-ended reads nga gilangkuban sa usa ka library nga giandam gamit ang Nextera labeling kit ug 2 ngadto sa 20 kb ang gitas-on nga pagbasa gikan sa PacBio platform. Genomics DNA Sequencing Research Facility sa Sembia University. Ang genome gitigom gamit ang CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Ang mga kultura sa ASxL5T gideposito sa National Type Culture Collection (UK) ug Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). Ang mga genome sa may kalabutan nga mga organismo nga gigamit sa pagtandi mao ang: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (numero sa pag-access HF680312, kompleto); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (numero sa pag-access BMYY01000001, dili kompleto); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (numero sa pag-access NZ_AUGV00000000, dili kompleto); Ang komunidad sa Marinamonas DSM 5604T (gidugang ASM436330v1, dili kompleto), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (gidugang MTSD02000001, dili kompleto) ug Thalassolituus sp. C2-1 (idugang ang NZ_VNIL01000001, dili kompleto). Gamita ang JGI Genome Portal36 sa https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= para matino ang alignment score (AF) ug average nucleic acid identity (ANI). Nagtinagurha. Ang pamaagi sa Rodriguez-R & Konstantinidis55 gigamit sa pagtino sa amino acid identity (AAI). Gamita ang GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 aron makamugna og gibanabana nga labing taas nga posibilidad nga phylogenetic tree. Ang input genome nga nagrepresentar sa anaa nga reference genome gipili gikan sa reference genera nga giila nga may kalabutan sa ASxL5T gikan sa 16S rRNA phylogeny. Gi-annotate ang kahoy gamit ang interactive nga kahoy sa kinabuhi online tool (https://itol.embl.de/). Ang functional annotation ug analysis sa ASxL5T genome gihimo gamit ang BlastKOALA KEGG online tool gamit ang KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) module enrichment distribution. Ang pag-apod-apod sa mga kategorya sa COG (orthologous nga mga grupo) gitino gamit ang eggNOG-mapper online tool.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ug Muñoz-Dorado, J. Bacterial predation: 75 ka tuig ug kini nagpadayon! . palibot. mikroorganismo. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Diversity ug antibacterial potensyal sa predatory bacteria sa Peruvian coastline. Marso nga droga. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Pinaagi sa ilang mga gene, masabtan nimo sila: ang genomic nga mga kinaiya sa manunukob nga bakterya. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Ang manunukob nga estilo sa kinabuhi sa bacteriophage nga Bdellovibrio. instalar. Mga mikrobyo sa pastor. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotics gikan sa predatory bacteria. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ug susama nga mga organismo mao ang mga prediktor sa microbiome diversity sa lain-laing mga host populasyon. mikroorganismo. Ekolohiya. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ug Ballesté-Delpierre, C. Hibal-i ang kasamtangan nga kahimtang sa bag-ong mga ahente nga antibacterial. klinikal. mikroorganismo. Makatakod. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. ug uban pa. Ang doble nga predation sa phage ug phage makawagtang sa E. coli nga biktima nga walay bisan usa ka predation. J. Bakterya. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Ang ihap ug diversity sa Campylobacter ug bacteriophage nga nahimulag sa panahon sa feeding cycle sa free-range ug organic nga mga manok. Aplikasyon palibot. mikroorganismo. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA ug uban pa. I-update ang genomic taxonomy ug epidemiology sa Campylobacter swine. siyensya. Representante 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: User-friendly nga workflow alang sa mga sistema sa genomics. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Usa ka multiple sequence alignment method nga makapamenos sa time ug space complexity. BMC biolohikal nga impormasyon. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Usa ka himan alang sa awtomatik nga pag-align ug pag-trimming sa dako nga phylogenetic analysis. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gene ug metagenomic sequence translation pagsugod sa prediksyon sa site. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform ug episyente nga toolkit sa klasipikasyon sa NCBI. Bio Rxiv. (Na-access niadtong Hunyo 1, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Presyo, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-gibanabana nga labing taas nga posibilidad nga punoan nga adunay dako nga paglinya. PLoS Usa 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Na-access niadtong Hunyo 1, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Pagpanukiduki sa nucleic acid. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. etc. Ang papel sa extremolytes ectoine ug hydroxyectoine isip mga tigpanalipod sa stress ug mga sustansya: genetics, system genomics, biochemistry, ug structural analysis. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differential protein expression sa panahon sa pagtubo sa obligate marine hydrocarbon-degrading bacterium Thalassolituus oleivorans MIL-1 sa panahon sa pagtubo sa medium ug taas nga chain alkanes. atubangan. mikroorganismo. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., ug Jurkevitch, E. Usa ka bag-ong comparative genomics nga pamaagi alang sa pagtino sa phenotypic-specific indicators nagpadayag sa piho nga kabilin sa predatory bacteria mark. Public Science Library Usa. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ug uban pa Thalassolituus oleivorans gene. Nobyembre, sp. nob., usa ka bag-ong matang sa marine bacteria nga nag-espesyalisar sa paggamit sa mga hydrocarbon. internasyonalidad. J. Sistema. ebolusyon. mikroorganismo. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Nobyembre, sp. Niadtong Nobyembre, kini mibulag sa tubig sa dagat nga naglibot sa Habagatang Pasipiko. internasyonalidad. J. Sistema. ebolusyon. mikroorganismo. 66, 5010–5015 (2016).