Nova speco de Gramnegativa, aeroba, saltolerema, aktiva, bastonforma, kaj predantaj bakterioj ASxL5T estis izolita de bova sterklageto en Nottinghamshire, Anglio, kaj utiligis Campylobacter kiel sian predon. Poste, aliaj Campylobacter specioj kaj membroj de la Enterobacteriaceae familio estis malkovritaj kiel predo. Post subkulturo sen gastigaj ĉeloj, malforta asepsa kresko estis atingita sur Brain Heart Infusion Agar. La optimumaj kreskokondiĉoj estas 37 °C kaj pH estas 7-a dissenda elektrona mikroskopio rivelis kelkajn tre nekutimajn morfologiajn ecojn ligitajn al la havebleco de predo. Filogenetika analizo uzanta la 16S rRNA-gensekvencon indikis ke la izolitaĵo estas rilatita al membro de la Marine Spirulina familio, sed ne povas esti klare klasifikita kiel membro de iu konata genro. Tutgena sekvencado de ASxL5T konfirmis la rilaton kun membroj de la maraj spiroketoj. Datumbazserĉo rivelis ke pluraj ASxL5Ts partumas 16S rRNA-gensekvencojn kun pluraj nekulturitaj bakterioj de la oceano, tersurfaco kaj grundakvo. Ni sugestas, ke la trostreĉiĝo ASxL5T reprezentas novan specion en nova genro. Ni rekomendas la nomon Venatorbacter cucullus gen. novembro, sp. En novembro, ASxL5T estis utiligita kiel la tiptrostreĉiĝo.
Predbakterioj estas bakterioj kiuj elmontras la kapablon ĉasi kaj mortigi aliajn vivantajn bakteriojn por akiri biosintezajn materialojn kaj energion. Ĉi tio diferencas de la ĝenerala reakiro de nutraĵoj el mortintaj mikroorganismoj, kaj ĝi ankaŭ diferencas de parazitaj interagoj, en kiuj bakterioj formas proksiman rilaton kun sia gastiganto sen mortigi ilin. Predantaj bakterioj evoluis malsamajn vivociklojn por utiligi abundajn nutraĵfontojn en la niĉoj kie ili estas trovitaj (kiel ekzemple maraj vivejoj). Ili estas taksonomie diversa grupo, kiuj estas nur ligitaj per sia unika steriliga vivociklo1. Ekzemploj de rabaj bakterioj estis trovitaj en pluraj malsamaj filoj, inkluzive de: Proteobacteria, Bacteroides kaj Chlorella.3. Tamen, la plej bone studitaj predbakterioj estas la Bdellovibrio kaj Bdellovibrio-kaj-similaj organismoj (BALOs4). Predantaj bakterioj estas promesplena fonto de novaj biologie aktivaj komponaĵoj kaj kontraŭbakteriaj agentoj5.
Predantaj bakterioj verŝajne plibonigas mikroban diversecon kaj havas pozitivan efikon al ekosistemsano, produktiveco kaj stabileco6. Malgraŭ tiuj pozitivaj atributoj, ekzistas malmultaj studoj pri novaj predbakterioj pro la malfacileco de kulturado de bakterioj kaj la bezono singarde observi ĉelinteragojn por kompreni iliajn kompleksajn vivociklojn. Ĉi tiuj informoj ne estas facile akiri de komputila analizo.
En epoko de kreskanta kontraŭmikroba rezisto, novaj strategioj por celi bakteriajn patogenojn estas studataj, kiel ekzemple la uzo de bakteriofagoj kaj predbakterioj7,8. ASxL5T-bakterioj estis izolitaj en 2019 uzante fag-izolan teknologion de bovina sterko kolektita de la Laktaĵcentro de la Universitato de Nottingham, Nottinghamshire. La celo de la enketo estas izoli organismojn kun potencialo kiel biologiaj kontrolagentoj. Campylobacter hyointestinalis estas zoonoza patogeno, kiu estas ĉiam pli rilata al homaj intestaj malsanoj10. Ĝi estas ĉiea en serumo kaj uzata kiel celgastiganto.
La ASxL5T-bakterio estis izolita de bovaĵoĵeleo ĉar estis observite ke la plakoj kiujn ĝi formis sur la gazono de C. hyointestinalis estis similaj al tiuj produktitaj per bakteriofagoj. Ĉi tio estas neatendita trovo, ĉar parto de la faga izoliteco implikas filtri tra 0.2 µm filtrilo, kiu estas dizajnita por forigi bakteriajn ĉelojn. Mikroskopa ekzameno de la materialo eltirita de la plakedo rivelis ke la malgrandaj gramnegativaj kurbaj bastonformaj bakterioj ne akumulis polihidroksibutiraton (PHB). La asepta kulturo sendependa de predĉeloj estas realigita sur riĉa solida medio (kiel cerba korinfuza agaro (BHI) kaj sango-agaro (BA)), kaj ĝia kresko estas malforta. Ĝi estas akirita post subkulturo kun peza inokula plibonigo. Ĝi kreskas same bone sub mikroaeroba (7% v/v oksigeno) kaj atmosferaj oksigenkondiĉoj, sed ne en malaeroba atmosfero. Post 72 horoj, la diametro de la kolonio estis tre malgranda, atingante 2 mm, kaj ĝi estis flavgriza, diafana, ronda, konveksa kaj brila. Norma biokemia testado estas malhelpita ĉar ASxL5T ne povas esti kultivita fidinde en likva amaskomunikilaro, kio indikas ke ĝi povas fidi je la kompleksa vivociklo de biofilmformacio. Tamen, la platsuspendo montris ke ASxL5T estas aeroba, pozitiva por oksidazo kaj katalazo, kaj povas toleri 5% NaCl. ASxL5T estas rezistema al 10 µg de streptomicino, sed estas sentema al ĉiuj aliaj antibiotikoj testitaj. La ASxL5T bakteriaj ĉeloj estis ekzamenitaj de TEM (Figuro 1). Se kreskigite sen predĉeloj sur la BA, ASxL5T-ĉeloj estas malgrandaj Campylobacter, kun meza longo de 1.63 μm (± 0.4), larĝo de 0.37 μm (± 0.08), kaj ununura longa (ĝis 5 μm) polo. Seksaj flageloj. Proksimume 1.6% de la ĉeloj ŝajnas havi larĝon de malpli ol 0.2 μm, kio permesos trairejon tra la filtrila aparato. Nekutima struktura etendaĵo estis observita sur la supro de kelkaj ĉeloj, simila al carenado (latine cucullus) (vidu la sagojn en 1D, E, G). Tio ŝajnas esti kunmetita de troa ekstera membrano, kiu povas ŝuldiĝi al la rapida redukto en la grandeco de la periplasma koverto, dum la ekstera membrano restas sendifekta, montrante "lozan" aspekton. Kulturi ASxL5T en foresto de nutraĵoj (en PBS) dum longa tempo je 4 °C rezultigis plej multajn (sed ne ĉiujn) ĉelojn montrante kokan morfologion (Figuro 1C). Kiam ASxL5T kreskas kun Campylobacter jejuni kiel predo dum 48 horoj, la meza ĉelgrandeco estas signife pli longa kaj pli mallarĝa ol ĉeloj kreskigitaj sen gastiganto (Tablo 1 kaj Figuro 1E). En kontrasto, kiam ASxL5T kreskas kun E. coli kiel predo dum 48 horoj, la meza ĉelgrandeco estas pli longa kaj pli larĝa ol kiam ĝi kreskas sen predo (Tablo 1), kaj la ĉellongo estas varia, kutime montrante filamentoza (Figuro 1F). Se kovite kun Campylobacter jejuni aŭ E. coli kiel predo dum 48 horoj, ASxL5T-ĉeloj montris neniujn flagelojn entute. Tablo 1 resumas la observojn de ŝanĝoj en ĉela grandeco bazitaj sur la ĉeesto, foresto kaj predospeco de ASxL5T.
TEM-montro de ASx5LT: (A) ASx5LT montras longan vipon; (B) tipa ASx5LT-kuirilaro; (C) kokaj ASx5LT-ĉeloj post longa kovado sen nutraĵoj; (D) grupo de ASx5LT ĉeloj montras anomalion (E) ASx5LT ĉelgrupo kovita kun Campylobacter predo montris pliigitan ĉellongon kompare kun tiuj sen predokresko (D) ankaŭ montris apkikan strukturon; (F) Grandaj Filamentaj flageloj, ASx5LT-ĉeloj, post kovado kun E. coli predo; (G) Ununura ASx5LT-ĉelo post kovado kun E. coli, montrante nekutiman supran strukturon. La stango reprezentas 1 μm.
Determini la 16S rRNA-gensekvencon (surtroniĝnumero MT636545.1) ebligas datumbazserĉojn establi sekvencojn similajn al tiuj en la Gammaproteobacteria klaso, kaj estas plej proksimaj al maraj bakterioj en la mara spirillum familio (Figuro 2), kaj estas membroj de la Thalassolituus genro. La plej proksima parenco al Mara Bacillus. La 16S rRNA-gensekvenco estas klare diferenca de la predbakterioj apartenantaj al la Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) familio. La duopaj komparoj de B. bacteriovorus HD100T (tipa trostreĉiĝo, DSM 50701) kaj B. bacteriovorus DM11A estis 48.4% kaj 47.7%, kaj por B. exovorus JSS ĝi estis 46.7%. ASxL5T-bakterioj havas 3 kopiojn de la 16S rRNA-geno, du el kiuj estas identaj unu al la alia, kaj la tria estas 3 bazoj dise. Du aliaj predantaj bakteriaj izolitaĵoj (ASx5S kaj ASx5O; 16S rRNA-genaj surtroniĝnombroj estas MT636546.1 kaj MT636547.1, respektive) kun similaj morfologiaj kaj fenotipaj karakterizaĵoj de la sama loko ne estas la samaj, sed ili diferencas de ASxL5T kaj nekulturita Bakterio. datumbazsekvencoj estas buligitaj kune kun aliaj genroj en Oceanospirillacoj (Figuro 2). La tuta genarsekvenco de ASxL5T estis determinita kaj konservita en la NCBI-datumbazo, kaj la aliĝnumero estas CP046056. La genaro de ASxL5T konsistas el cirkla kromosomo de 2,831,152 bp kun G + C-proporcio de 56.1%. La genarsekvenco enhavas 2653 CDS (totalo), de kiuj 2567 estas antaŭdiritaj ĉifri proteinojn, de kiuj 1596 povas esti asignitaj kiel supozaj funkcioj (60.2%). La genaro enhavas 67 RNA-kodigajn genojn, inkluzive de 9 rRNA (po 3 por 5S, 16S, kaj 23S) kaj 57 tRNA. La genomaj trajtoj de ASxL5T estis komparitaj kun la haveblaj genaroj de trostreĉoj de la plej proksima relativa tipo identigita de la 16S rRNA-gensekvenco (Tablo 2). Uzu aminoacididentecon (AAI) por kompari ĉiujn disponeblajn genarojn de Thalassolituus al ASxL5T. La plej proksima havebla (nekompleta) genarsekvenco determinita fare de AAI estas Thalassolituus sp. C2-1 (aldonu NZ_VNIL01000001). Tiu trostreĉiĝo estis izolita de la altamaraj sedimentoj de la Mariana Fosejo, sed ekzistas nuntempe neniuj fenotipaj informoj pri tiu trostreĉiĝo por komparo. Kompare kun la 2.82 Mb de ASxL5T, la genaro de la organismo estas pli granda je 4.36 Mb. La meza genargrandeco de maraj spiroketoj estas proksimume 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 kompletaj referencgenaroj esploritaj de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), do la genaro de ASxL5T estas en linio kun la ordo Kompare kun la aliaj membroj, ĝi estas sufiĉe malgranda. Uzu GToTree 1.5.54 por generi genar-bazitan laŭtaksan maksimumverŝajnan filogenetikan arbon (Figuro 3A), uzante la vicigitajn kaj ligitajn aminoacidsekvencojn de 172 unu-kopiaj genoj specifaj por Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. La analizo montris ke ĝi estas proksime rilatita al Thalassolituus, Bacterial Plane, kaj Marine Bacterium. Tamen, tiuj datenoj indikas ke ASxL5T estas diferenca de ĝiaj parencoj en Mara Spirulina kaj ĝiaj genarsekvencodatenoj estas haveblaj.
La filogenetika arbo uzanta la 16S rRNA-gensekvencon elstarigas la pozicion de la ASxL5T, ASxO5, kaj ASxS5-trostreĉoj (kun la intestoj) relative al la nekultivitaj kaj maraj bakteriaj trostreĉoj en la Marsoldato Spirulinacoj. La surtroniĝnumero de Genbank sekvas la trostreĉnomon en krampoj. Uzu ClustalW por vicigi sekvencojn, kaj uzu maksimumverŝajnan metodon kaj Tamura-Nei-modelon por konkludi filogenetikajn rilatojn, kaj plenumi 1000 gviditajn reproduktaĵojn en la programo MEGA X. La nombro sur la branĉo indikas, ke la gvidita kopivaloro estas pli granda ol 50%. Escherichia coli U/541T estis utiligita kiel ekstergrupo.
(A) Filogenetika arbo bazita sur la genaro, montrante la rilaton inter la mara Spirospiraceae-bakterio ASxL5T kaj ĝiaj proksimaj parencoj, E. coli U 5/41T kiel ekstergrupo. (B) Kompare kun T. oleivorans MIL-1T, la funkcia kategorio-distribuo de genoj estas antaŭdirita surbaze de la ortologa grupo (COG) areto de ASx5LT-proteino. La figuro maldekstre montras la nombron da genoj en ĉiu funkcia COG-kategorio en ĉiu genaro. La grafikaĵo dekstre montras la procenton de genaroj enhavitaj en ĉiu funkcia COG-grupo. (C) Kompare kun T. oleiverans MIL-1T, la analizo de la kompleta KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modula vojo de ASxL5T.
Uzi la KEGG-datumbazon por ekzameni la komponentgenojn ĉeestantajn en la ASxL5T-genaro rivelis la tipan metabolan padon de aeroba gama Proteus. ASxL5T enhavas totalon de 75 genoj asignitaj al bakteriaj motorproteinoj, inkluzive de genoj implikitaj en kemiotaksio, flagela asembleo, kaj tipo IV-fimbriae sistemo. En la lasta kategorio, 9 el 10 genoj respondecas pri la svingiĝanta movado de gamo da aliaj organismoj. La genaro de ASxL5T enhavas kompletan tetrahidropirimidinan biosintezan padon kiu partoprenas la protektan respondon al osmoza streso20, kiel atendite por halofiloj. La genaro ankaŭ enhavas multajn kompletajn padojn por kofaktoroj kaj vitaminoj, inkluzive de riboflavin-sintezaj padoj. Kvankam la alkan 1-monooksigenazo (alkB2) geno ĉeestas en ASxL5T, la hidrokarbona utiliga vojo ne estas kompleta. En la genarsekvenco de ASxL5T, homologoj de genoj identigitaj kiel ĉefe respondecaj por la degenero de hidrokarbidoj en T. oleiverans MIL-1T21, kiel ekzemple TOL_2658 (alkB) kaj TOL_2772 (alkoholdehidrogenazo) estas evidente forestantaj. Figuro 3B montras la komparon de gena distribuo en la COG-kategorio inter ASxL5T kaj Oliva oleo MIL-1T. Entute, la pli malgranda ASxL5T-genaro enhavas proporcie pli malmultajn genojn de ĉiu COG-kategorio komparite kun la pli granda rilata genaro. Kiam la nombro da genoj en ĉiu funkcia kategorio estas esprimita kiel procento de la genaro, diferencoj notiĝas en la procento de genoj en la traduko, ribosoma strukturo kaj biogenezokategorioj, kaj la energiproduktado kaj konvertaj funkciokategorioj, kiuj konsistigas la pli grandan ASxL5T. genaro La procento estas komparata kun la sama grupo ĉeestanta en la T. oleiverans MIL-1T genaro. En kontrasto, kompare kun la ASxL5T-genaro, T. oleivorans MIL-1T havas pli altan procenton de genoj en la reproduktado, rekombinigo kaj riparo, kaj transskribaj kategorioj. Kurioze, la plej granda diferenco en la enhavo de ĉiu funkcia kategorio de la du genaroj estas la nombro da nekonataj genoj ĉeestantaj en ASxL5T (Figuro 3B). Riĉiga analizo de KEGG-moduloj estis farita, kie ĉiu KEGG-modulo reprezentas aron de mane difinitaj funkciaj unuoj por komentario kaj biologia interpreto de genarsekvencdatenoj. La komparo de gendistribuo en la kompleta KOG-modula vojo de ASxL5T kaj oliveca MIL-1T estas montrita en Figuro 3C. Tiu analizo montras ke kvankam ASxL5T havas kompletan sulfuron kaj nitrogenan metabolan vojon, T. oleiverans MIL-1T ne faras. Kontraste, T. oleiverans MIL-1T havas kompletan metabolan vojon de cisteino kaj metionino, sed ĝi estas nekompleta en ASxL5T. Tial, ASxL5T havas karakterizan modulon por sulfatasimilado (difinita kiel aro de genoj kiuj povas esti utiligitaj kiel fenotipaj signoj, kiel ekzemple metabola kapacito aŭ patogeneco; https://www.genome.jp/kegg/module.html) En T . oleiverans MIL-1T. Kompari la genenhavon de ASxL5T kun la listo de genoj kiuj indikas predan vivstilon estas nekonkludebla. Kvankam la waaL-geno ĉifranta la ligazon asociitan kun la O-antigena polisakarido al la kerno ĉeestas en la ASxL5T-genaro (sed ĝi estas ofta en multaj Gram-negativaj bakterioj), triptofan 2,3-dioksigenazo (TDO) Genoj povas inkludi la 60 amino. acidaj regionoj ofte trovitaj en predantaj bakterioj kiuj ne ĉeestas. Ekzistas neniuj aliaj predantaj karakterizaj genoj en la ASxL5T-genaro, inkluzive de tiuj ĉifradaj enzimoj implikitaj en isoprenoida biosintezo en la mevalonatpado. Notu ke ekzistas neniu transskriba reguliga geno gntR en la predantogrupo ekzamenita, sed tri gntR-similaj genoj povas esti identigitaj en ASxL5T.
La fenotipaj trajtoj de ASxL5T estas resumitaj en Tabelo 3 kaj komparitaj kun la fenotipaj trajtoj de rilataj genroj 23, 24, 25, 26 kaj 27 raportitaj en la literaturo. Izolaĵoj de T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, kaj Oceanobacter kriegii estas aktivaj, saltoleremaj, oksidaz-pozitivaj bastonformaj korpoj, sed havas preskaŭ neniujn aliajn fenotipajn karakterizaĵojn kun ASxL5T. La meza pH de la oceano estas 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), kiu estas reflektita en T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis kaj O. kriegii. ASxL5T taŭgas por la pli granda pH-intervalo (4-9) karakteriza por ne-maraj specioj. Fenotipaj karakterizaĵoj de Thalassolituus sp. C2-1. Nekonata. La kreskotemperaturintervalo de ASxL5T estas ĝenerale pli larĝa ol tiu de maraj trostreĉoj (4-42 °C), kvankam kelkaj sed ne ĉiuj T. marinus izolitaĵoj estas varmotoleremaj. La malkapablo kreskigi ASxL5T en buljonmedio malhelpis plian fenotipan karakterizadon. Uzu API 20E por testi la materialojn skrapitaj el la BA-plato, ONPG, arginina dihidrolazo, lisina dekarboksilazo, ornitina dekarboksilazo, citrat-uzo, ureazo, triptofana deaminazo, gelatina hidrolizo Enzimo, la testrezultoj estis ĉiuj negativaj, sed neniu indolo, acetoino kaj H2S. estis produktitaj. Nefermentitaj karbonhidratoj inkluzivas: glukozo, manozo, inositol, sorbitolo, ramnozo, sakarozo, melibiozo, amigdalino kaj arabinozo. Kompare kun la eldonitaj rilataj referencaj streĉoj, la ĉela grasacida profilo de la ASxL5T-trostreĉiĝo estas montrita en Tabelo 4. La ĉefaj ĉelaj grasacidoj estas C16:1ω6c kaj/aŭ C16:1ω7c, C16:0 kaj C18:1ω9. Hidroksigrasaj acidoj C12:0 3-OH kaj C10:0 3-OH ankaŭ ekzistas. La rilatumo de C16:0 en ASxL5T estas pli alta ol la raportita valoro de rilataj genroj. En kontrasto, kompare kun la raportita T. marinus IMCC1826TT, la rilatumo de C18:1ω7c kaj/aŭ C18:1ω6c en ASxL5T estas reduktita. oleivorans MIL-1T kaj O. kriegii DSM 6294T, sed ne detektita en B. sanyensis KCTC 32220T. Kompari la grasacidajn profilojn de ASxL5T kaj ASxLS rivelis subtilajn diferencojn en la kvanto de individuaj grasacidoj inter la du trostreĉoj, kiuj estas kongruaj kun la genoma DNA-sekvenco de la sama specio. Neniuj poli-3-hidroksibutirato (PHB) partikloj estis detektitaj per la Sudana nigra testo.
La predagado de ASxL5T-bakterioj estis studita por determini la intervalon de predo. Tiu bakterio povas formi plakojn sur Campylobacter-specioj, inkluzive de: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 kaj C. upsaliensis NCTC 11541T. Uzu la kulturojn listigitajn en la sekcio pri determino de gastiga gamo de la metodo por testi pli larĝan gamon de Gram-negativaj kaj Gram-pozitivaj bakterioj. La rezultoj montras, ke ASxL5T ankaŭ povas esti uzata en Escherichia coli NCTC 86 kaj Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plakoj formiĝis sur Klebsiella oxytoca 11466. La TEM-interagado kun E. coli NCTC 86 estas montrita en Figuro 4A-D, kaj la interago kun Campylobacter jejuni PT14 kaj Campylobacter suis S12 estas montrita en Figuro 4E-H mezo. La atakmekanismo ŝajnas esti malsama inter la predspecoj testitaj, kun unu aŭ pluraj E. coli ĉeloj alkroĉitaj al ĉiu ASxL5T-ĉelo kaj poziciigitaj laterale laŭ la plilongigita ĉelo antaŭ adsorbado. En kontrasto, ASxL5T ŝajnas alkroĉi al Campylobacter tra ununura punkto de kontakto, kutime en kontakto kun la apekso de la predanta ĉelo kaj proksime de la apekso de la Campylobacter-ĉelo (Figuro 4H).
TEM montranta la interagadon inter ASx5LT kaj predo: (AD) kaj E. coli predo; (EH) kaj C. jejuni predo. (A) Tipa ASx5LT-ĉelo konektita al ununura E. coli (EC) ĉelo; (B) Filamentoza ASx5LT ligita al ununura EC-ĉelo; (C) Filamentoza ASx5LT-ĉelo konektita al multoblaj EC-ĉeloj; (D) Aldono Pli malgrandaj ASx5LT-ĉeloj sur ununura E. coli (EC) ĉelo; (E) ununura ASx5LT-ĉelo ligita al Campylobacter jejuni (CJ) ĉelo; (F) ASx5LT atakas ĉelojn de C. hyointestinalis (CH); (G) du Unu ASx5LT-ĉelo atakis CJ-ĉelon; (H) Deproksima vido de la ligpunkto ASx5LT, proksime de la apekso de la CJ-ĉelo (stango 0.2 μm). La stango reprezentas 1 μm en (A-G).
Predantaj bakterioj evoluis por utiligi abundajn predfontojn. Evidente, ili ĉeestas vaste en multaj malsamaj medioj. Pro la mallarĝa grandeco de la populaciomembroj, estas eble izoli ASxL5T-bakteriojn de la suspensiaĵo uzante la fagan apartigmetodon. La genoma signifo de ASxL5T al membroj de la oceanospirilaceae familio de maraj bakterioj estas surpriza, kvankam la organismo estas saltolerema kaj povas kreski sur medio enhavanta 5% da salo. Akvokvalita analizo de la suspensiaĵo montris, ke la natria klorida enhavo estis malpli ol 0,1%. Tial, koto estas malproksime de la mara medio - kaj geografie kaj kemie. La ĉeesto de tri rilataj sed malsamaj izolitaĵoj de la sama fonto disponigas indicon ke tiuj predantoj prosperas en tiu ne-mara medio. Krome, mikrobiomanalizo (datumdosieroj haveblaj de https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) montris, ke la sama 16S rRNA-gensekvenco situas en la supraj 50 plej abundaj funkciaj taksonoj (OTU). ) En kelkaj specimenaj intervaloj de la koto. Pluraj nekulturitaj bakterioj estis trovitaj en la Genbank-datumbazo, kiuj havas 16S rRNA-gensekvencojn similajn al ASxL5T-bakterioj. Tiuj sekvencoj, kune kun la sekvencoj de ASxL5T, ASxS5, kaj ASxO5, ŝajnas reprezenti malsamajn kladojn apartigitajn de Thalassolituus kaj Oceanobacter (Figuro 2). Tri specoj de nekulturitaj bakterioj (GQ921362, GQ921357 kaj GQ921396) estis izolitaj de la fendetakvo je profundo de 1.3 kilometroj en la sudafrika orminejo en 2009, kaj la aliaj du (DQ256320 kaj DQ337006) estis en subtera akvo (ankaŭ en subtera akvo). en 2005). La 16S rRNA-gensekvenco plej proksime rilatita al ASxL5T estas parto de la 16S rRNA-gensekvenco akirita de la riĉigkulturo de sablaj sedimentoj akiritaj de la strandoj de norda Francio en 2006 (aliĝnumero AM29240828). Alia proksime rilatita 16S rRNA-gensekvenco de la nekulturita bakterio HQ183822.1 estis akirita de kolektotanko lesivita de municipa rubodeponejo en Ĉinio. Evidente, ASxL5T-bakterioj ne estas tre reprezentaj en taksonomiaj datumbazoj, sed ĉi tiuj sekvencoj de nekulturitaj bakterioj reprezentas supozeble organismojn similajn al ASxL5T, kiuj estas distribuitaj ĉie en la mondo, kutime en malfacilaj medioj. De la tuta genara filogenetika analizo, la plej proksima parenco al ASxL5T estas Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Kaj O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus estas membro de maraj devigaj hidrokarbidfragmentaj bakterioj (OHCB), kiu estas disvastigita en maraj kaj surteraj medioj, kaj kutime fariĝas la domina post incidentoj de hidrokarbona poluado30,31. Maraj bakterioj ne estas membroj de la OHCB-grupo, sed estas izolitaj de la mara medio.
Fenotipaj datenoj indikas ke ASxL5T estas nova specio kaj membro de antaŭe nerekonita genro en la mara spirospiraceae familio. Nuntempe ekzistas neniu klara normo por klasifiki lastatempe izolitajn trostreĉojn en novan genron. Provoj estis faritaj por determini universalajn genrajn limojn, ekzemple, surbaze de la procento de la genaro de konservativa proteino (POCP), estas rekomendite ke la detranĉa valoro estas 50% identa al la referenca trostreĉiĝo33. Aliaj sugestas uzi AAI-valorojn, kiuj havas avantaĝojn super POCP ĉar ili povas esti akiritaj de nekompletaj genaroj34. La verkinto kredas ke se la AAI-valoro estas malpli ol 74% kompare kun la modeltrostreĉiĝo de la modelspecio, la trostreĉiĝo estas reprezentanto de malsamaj genroj. La modelgenro en la maraj spirilaceae estas mara spirillum, kaj la modeltrostreĉiĝo estas O. linum ATCC 11336T. La AAI-valoro inter ASxL5T kaj O. linum ATCC 11336T estas 54.34%, kaj la AAI-valoro inter ASxL5T kaj T. oleivorans MIL-1T (genrotiptrostreĉoj) estas 67.61%, indikante ke ASxL5T reprezentas novan genron diferencan de Thalassolituus. Uzante la 16S rRNA-gensekvencon kiel la klasifiknormon, la proponita genra limlimo estas 94.5%35. ASxL5T povas esti metita en la Thalassolituus genron, montrante 95.03% 16S rRNA-sekvencoidentecon kun T. oleivorans MIL-1T kaj 96.17%. marinus IMCC1826T. Tamen, ĝi ankaŭ estos metita en la Bacteroides genron kiu havas 94.64% 16S rRNA genidentecon kun B. sanyensis NV9, indikante ke la uzo de ununura geno kiel ekzemple la 16S rRNA geno povas konduki al arbitra klasifiko kaj tasko. Alia proponita metodo uzas ANI kaj Genome Alignment Score (AF) por ekzameni la grupigon de datenpunktoj de ĉiuj tipoj kaj ne-tipaj trostreĉoj de ekzistantaj genroj. La verkinto rekomendas kombini la genran limon kun la fleksiopunkto de la laŭtaksa genro specifa por la taksonoj estanta analizitaj. Tamen, se ekzistas ne sufiĉe daj kompletaj genarsekvencoj de Thalassolituus izolitaĵoj, estas maleble determini ĉu ASxL5T apartenas al la Thalassolituus genro per tiu metodo. Pro la limigita havebleco de kompletaj genarsekvencoj por analizo, la tuta genarfilogenetika arbo devus esti interpretita kun singardo. Due, tutaj genarkomparmetodoj ne povas respondeci pri grandaj diferencoj en la grandeco de la komparitaj genaroj. Ili mezuris la similecon de konservitaj kernaj unu-kopiaj genoj inter rilataj genroj, sed ne enkalkulis la grandan nombron da genoj kiuj ne ĉeestas en la multe pli malgranda genaro de ASxL5T. Evidente, ASxL5T kaj grupoj inkluzive de Thalassolituus, Oceanobacter kaj Bacterioplanes havas komunan praulon, sed evoluado prenis malsaman vojon, kondukante al redukto de la genaro, kio eble devas adaptiĝi al preda vivstilo. Tio estas kontraste al T. oleivorans MIL-1T, kiu estas 28% pli granda kaj evoluis sub malsamaj mediaj premoj por utiligi hidrokarbidojn23,30. Interesa komparo povas esti farita kun devigaj intraĉelaj parazitoj kaj simbiontoj, kiel ekzemple Rickettsia, Chlamydia, kaj Buchnera. Ilia genargrandeco estas proksimume 1 Mb. La kapablo utiligi gastigajn ĉelmetabolitojn kondukas al genperdo, do Subis signifan evoluan genoman degeneron. Evoluaj ŝanĝoj de maraj kemiaj nutraj organismoj ĝis rabaj vivstiloj povas rezultigi similan redukton en genargrandeco. La COG- kaj KEGG-analizo elstarigas la nombron da genoj uzitaj por specifaj funkcioj kaj la tutmondaj diferencoj en la genomaj padoj inter ASxL5T kaj T. oleivorans MIL-1T, kiuj ne ŝuldiĝas al la ĝeneraligita havebleco de movaj genetikaj elementoj. La diferenco en la G + C-proporcio de la tuta genaro de ASxL5T estas 56.1%, kaj tiu de T. oleivorans MIL-1T estas 46.6%, kiu ankaŭ indikas ke ĝi estas apartigita.
Ekzameno de la kodenhavo de la ASxL5T-genaro disponigas funkciajn sciojn pri fenotipaj karakterizaĵoj. La ĉeesto de genoj ĉifrantaj tipo IV-fimbriae (Tfp) estas de speciala intereso ĉar ili antaŭenigas ĉelmovadon, nomitajn socia glitado aŭ konvulsioj, sen flageloj sur la surfaco. Laŭ raportoj, Tfp havas aliajn funkciojn, inkluzive de predado, patogenezo, biofilmformado, natura DNA-akcepto, aŭtomata ĉel-agregado kaj evoluo38. La ASxL5T-genaro enhavas 18 genojn ĉifrantajn diguanilatciklazon (enzimo kiu katalizas la konvertiĝon de 2 guanozintrifosfato en guanozinon 2 fosfaton kaj ciklan diGMP) kaj 6 genojn ĉifrantajn la ekvivalentan diguanylatciklazfosfatan diguanilaton. La geno por esterazo (katalizanta la degeneron de cikla di-GMP al guanosina monofosfato) estas interesa ĉar cycl-di-GMP estas grava dua mesaĝisto implikita en biofilmevoluo kaj apartigo, movado, ĉelligo kaj virulenco 39, 40 en la procezo. Oni devas ankaŭ rimarki, ke ĉe Bdellovibrio bacteriovorus, cikla duobla GMP pruviĝis kontroli la transiron inter libera vivo kaj preda vivstilo41.
Plej multe de la esplorado pri predbakterioj temigis Bdellovibrio, Bdellovibrio-similajn organismojn, kaj Myxococcus speciojn. Tiuj kaj aliaj konataj ekzemploj de predbakterioj formas varian grupon. Malgraŭ tiu diverseco, aro de karakterizaj proteinfamilioj kiuj reflektas la fenotipojn de 11 konataj predbakterioj estis identigita3,22. Tamen, nur genoj ĉifrantaj O-antigen ligase (waaL) estis identigitaj, kio estas precipe ofta en Gram-negativaj bakterioj. Ĉi tiu formo de analizo ne estas helpema en nomumado de ASxL5T kiel predanto, verŝajne ĉar ĝi uzas novan atakstrategion. La havebleco de pli diversaj predantaj bakteriaj genaroj helpos evoluigi pli bonajn rezoluciajn analizojn kiuj enkalkulas signojn de funkciaj kaj mediaj diferencoj inter grupanoj. Ekzemploj de predbakterioj ne inkluditaj en tiu analizo inkludas membrojn de Cupriavidus necator42 kaj Bradymonabacteria43, ĉar ĉar esploristoj esploras malsamajn mikrobajn komunumojn, pli da predgrupoj estas establitaj.
La plej rimarkinda trajto de ASxL5T-bakterioj kaptitaj per TEM-bildo estas sia unika kaj fleksebla morfologio, kiu povas antaŭenigi interagadon kun predbakterioj. La speco de interagado observita estas diferenca de aliaj predbakterioj kaj ne estis antaŭe malkovrita aŭ raportita. La proponita ASxL5T preda vivociklo estas montrita en Figuro 5. Estas malmultaj ekzemploj en la literaturo kun similaj apkikaj strukturoj kiel ni raportas ĉi tie, sed ĉi tiuj ekzemploj inkludas Terasakiispira papahanaumokuakeensis, maran spirillum-bakterion kun foja apeksa vastiĝo 44, kaj Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , antaŭe apartenanta al la genro Oceanospirillum, elmontranta La t.n "polusa filmo" 45. Kokformoj ofte estas observitaj en pli malnovaj kulturoj, precipe por bakterioj kun kurbaj formoj, kiel ekzemple Vibrio, Campylobacter kaj Helicobacter 46, 47, 48, kiuj povas reprezenti degraditan staton. Plia laboro estas necesa por klarigi la precizan vivociklon de ASxL5T-bakterioj. Determini kiel ĝi kaptas kaj predas, kaj ĉu ĝia genaro ĉifras biologie aktivajn kunmetaĵojn kiuj povas esti uzitaj por medicinaj aŭ bioteknologiaj celoj.
Priskribo de Venatorbacter gen. Novembro Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. estas kunmetita de venatoroj de L. n. venator,'ĉasisto' kaj Gr. n. bacter,'a bastono'. Venatorbacter,'a ĉasstango') Ĉeloj estas aerobiaj, salo-toleremaj, kurba Gram-makulo, katalazo kaj oksidasa aktiveco ne amasiĝas 42 °C Engrown La pH-intervalo de 4-9 estas nekutima En maraj helikoj, la plej multaj estas maltolerantaj al acidaj pH :0 3-OH kaj C10:0 3-OH troviĝas kiel hidroksigrasaj acidoj. Ili ne kreskas buljono-medio. La enhavo de ADN G + C estas 56,1 % mol %. Membroj de ĉi tiu genro montras reziston al Campylobacter Kaj la predado de membroj de la familio de Enterobacteriaceae estas en la familio.
Priskribo de Venatorbacter cucullus sp. Novembro Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus signifas carenadon).
Krome, la priskriba trajto de tiu genro estas ke kiam kreskigite sur BA aŭ BHI, la ĉeloj estas 1.63 µm longaj kaj 0.37 µm larĝaj. La kolonioj sur BHI-agaro estas tre malgrandaj, atingante 2 mm en diametro post 72 horoj. Ili estas flavgrizaj, diafanaj, rondaj, konveksaj kaj brilaj. La membroj de ĉi tiu specio povas uzi Escherichia coli kaj Klebsiella. Campylobacter kaj pluraj aliaj Gram-negativaj bakterioj funkcias kiel predo.
La tipa trostreĉiĝo ASxL5T estis izolita de bova lakto en Nottinghamshire, UK, kaj deponita en la National Type Culture Collection (UK): surtroniĝnumero NCTC 14397 kaj la Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) surtroniĝnumero NCCB 100775. La kompleta genarsekvenco de ASxL5T estis deponita en Genbank laŭ la aldono de CP046056.
ASxL5T-bakterioj estis izolitaj de bova lakto uzante fag-izolan teknologion9,49. La suspensiaĵo estis diluita 1:9 (w/v) en SM-bufro (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O kaj 0.01% gelateno; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Tiam kovu je 4 °C dum 24 horoj, turnante malrapide por eligi la predantojn en la bufron. La suspendo estis centrifugata je 3000 g dum 3 minutoj. La supernatante estis kolektita kaj centrifugata je 13,000 g por dua fojo dum 5 minutoj. La supernaĝanto tiam estis pasita tra 0.45 µm membranfiltrilo (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germanio) kaj 0.2 µm membranfiltrilo (Minisart) por forigi iujn ajn ceterajn bakteriajn ĉelojn. ASxL5T povas pasi ĉi tiujn filtrilojn. Mola agargazono de Campylobacter enterosus S12 (NCBI-surtroniĝnumero CP040464) de la sama suspensiaĵo estis preparita uzante normajn teknikojn. La filtrita suspensiaĵo estis distribuita sur ĉiu el ĉi tiuj gastigaj ĉelplatoj en 10 µl gutetoj triope kaj lasita sekiĝi. La plato estis kovita en mikroaerofila tanko je 37 °C dum 48 horoj sub mikroaerobaj kondiĉoj (5% O2, 5% H2, 10% CO2, kaj 80% N2). La akirita videbla plakedo estis ĉerpita en SM-bufron kaj translokigita al la freŝa gazono de C. hyointestinalis S12 por plue disvastigi la lizitajn organismojn. Post kiam ĝi estas determinita, ke la bakterioj estas la kaŭzo de la litika plako kaj ne la fago, provu kreskigi la organismon sendepende de la gastiganto kaj plu karakterizi ĝin. La aeroba kulturo estis farita je 37 °C kun 5% v/v defibrinita ĉevalsango (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplemento). Laŭ la gvidlinioj de la Nacia Klinika Normoj-Komitato, la disko-disvastigmetodo estas uzata por provoj pri kontraŭbakteria malsaniĝemeco. BHI-agaro estis kultivita je 37 °C uzante diskon enhavantan la sekvajn antibiotikojn (Oxoid) por aeroba kulturo: amoxicilino kaj klavulana acido 30 µg; cefotaksimo 30 µg; streptomicino 10 µg; ciprofloxacino 5 µg; Ceftazidimo 30 µg Nalidiksika acido 30 µg; Imipenem 10 µg; azitromicino 15 µg; Kloramfenikolo 30 µg; Cefoxitin 30 µg; tetraciclino 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicilino 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-Sulfametoxazole 25 µg. La saltoleremo estis establita per aeroba kovado sur BHI-agarplatoj je 37 °C. Plia NaCl estis aldonita al la BHI-agarplatoj por disponigi koncentriĝintervalon de ĝis 10% p/v. La pH-intervalo estas determinita per aeroba kulturo sur BHI-agarplatoj je 37 °C, kie la pH-intervalo estis alĝustigita al inter 4 kaj 9 kun sterila HCl aŭ sterila NaOH, kaj la cela pH-valoro estas kontrolita antaŭ verŝi la teleron. Por ĉela grasacida analizo, ASxL5T estis kultivita sur BHI-agaro dum 3 tagoj kaj aerobia je 37 °C. Laŭ la norma protokolo MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versio 6.10) de FERA Science Ltd, (Jorko, UK), ĉelaj grasacidoj estis ĉerpitaj, preparitaj kaj analizitaj.
Por TEM, ASxL5T estis kultivita aeroba disvastiĝante unuforme sur BA je 37 °C dum 24 horoj, kaj tiam rikoltita en 1 ml da 3% (v/v) glutaraldehido en 0.1 M kakodilatbufro ĉe ĉambra temperaturo Ripari dum 1 horo, tiam centrifugu. je 10.000 g dum 3 minutoj. Tiam milde resuspendi la buleton en 600 μl 0,1 M kakodilata bufro. Transloku la fiksan ASxL5T-pendadon al la Formvar/karbona filmo sur 200-mesh-kupra krado. La bakterioj estis makulitaj per 0.5% (w/v) uranilacetato dum 1 minuto kaj ekzamenitaj de TEM per mikroskopo TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Kiel menciite supre, kombini la saman nombron da predo kaj predanto en NZCYM-buljono (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) kaj kovu dum 48 horoj sub mikroaerobaj kondiĉoj de Campylobacter aŭ Campylobacter ĉe 37 °C, La interago de predanto kaj predo. estis ankaŭ ekzamenita de TEM. Aerobiaj kondiĉoj por Escherichia coli. Sendepende ekzamenu predon kaj predantajn bakteriojn por determini iujn ajn ŝanĝojn en ĉelmorfologio pro predado. La Sudana nigra metodo estis uzita por optika mikroskopio de PHB-amasiĝo.
Kresku ASxL5T dumnoktaj kulturoj ŝmirante kreskon sur BHI aŭ BA-platoj per sterila swab. Kolektu ASxL5T-ĉelojn kaj suspendu ilin en MRD (CM0733, Oxoid), kaj poste metu ilin je 4 °C dum 7 tagoj por malsati la ĉelojn. La NCTC-referenco aŭ laboratorio-akcia bakteria kulturo estis inokulita en BHI-buljonon aŭ n-ro 2-nutran buljonon (CM007, Oxoid), kovis dum la nokto, centrifugite je 13,000g kaj resuspendiita en MRD ĝis OD600 estis 0.4. Kulturo: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxyctoca, Lebsiella oxyctoca, NC18146ctoca Listeria Special bakterioj NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submara hamburgero NCTC 1621T, Salmonella-intesta bakterioj Mondeville NCTC 5786TC, Stalocophy 57867 aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. La Campylobacter-gastiganto estis mikroaerobe kovita sur BA-platoj je 37 °C kaj suspendita en NZCYM-buljono. La testitaj Campylobacter-gastigantoj estas: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.1145 NCTC 11458, C.1145 NCTC. PT14, C... Kolektu ĉelojn en MRD, centrifugu je 13,000g kaj resuspendu en MRD ĝis OD600 estas 0,4. Aldonu alikvoton de 0,5 ml suspendo al 5 ml fandita NZCYM supra agaro (0,6% agaro) kaj verŝu ĝin sur 1,2% NZCYM-malsupra telero. Post resanigo kaj sekiĝo, la serie diluita ASxL5T estis distribuita kiel 20 µl gutetoj sur ĉiu gazontabulo triope. La kulturtemperaturo kaj atmosfero dependas de la postuloj de la testaj bakterioj.
Uzu GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) por prepari DNA de bakteriaj izolitaĵoj. Normaj metodoj estis uzataj por PCR-plifortigo de 16S rRNA-geno kaj produkto-sekvenca determino uzante tinkturfaran finkemion (Eurofins Value Read Service, Germanio). Uzu la BLAST-N-programon por kompari ĉi tiujn sekvencojn kun aliaj 16S rRNA-gensekvencoj por identigi kaj kolekti proksime rilatajn speciojn. Tiuj estas vicigitaj uzante ClustalW en la MEGA X-programo. La filogenetika arbo estis rekonstruita uzante MEGA X uzante la maksimumverŝajnan metodon bazitan sur la Tamura-Nei-modelo, kun 1000 gviditaj kopioj54. Uzu PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) por ĉerpi DNA por tuta genoma sekvencado. La genarsekvenco de ASxL5T estis determinita per la kombinaĵo Illumina MiSeq, kiu konsistas el 250 bp-duobla legado kunmetita de biblioteko preparita per la Nextera etikedkompleto kaj 2 ĝis 20 kb longaj legadoj de la PacBio-platformo. Genomics DNA Sequencing Research Facility ĉe Sembia University. La genaro estis kunvenita uzante CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danio). ASxL5T-kulturoj estas deponitaj en la National Type Culture Collection (UK) kaj la Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). La genaroj de rilataj organismoj uzitaj por komparo estas: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (aliĝnumero HF680312, kompleta); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (aliĝnumero BMYY01000001, nekompleta); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (aliĝnumero NZ_AUGV00000000, nekompleta); Marinamonas-komunumo DSM 5604T (aldonita ASM436330v1, nekompleta), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (aldonita MTSD02000001, nekompleta) kaj Thalassolituus sp. C2-1 (aldonu NZ_VNIL01000001, nekompleta). Uzu JGI Genome Portal36 ĉe https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= por determini la vicigo-poentaron (AF) kaj mezan identecon de nuklea acido (ANI). En paroj. La metodo de Rodriguez-R & Konstantinidis55 estis uzita por determini aminoacididentecon (AAI). Uzu GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 por generi laŭtaksan maksimumverŝajnan filogenetikan arbon. La enirgenaro reprezentanta la haveblan referencgenaron estas selektita el referencgenroj identigitaj kiel estante rilatita al ASxL5T de la 16S rRNA-filogenio. Komentis la arbon per la interaktiva arbo de vivo interreta ilo (https://itol.embl.de/). La funkcia komentario kaj analizo de la ASxL5T-genaro estas efektivigitaj per la interreta ilo BlastKOALA KEGG uzante la modulan riĉigdistribuon KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). La distribuado de COG-kategorioj (ortologaj grupoj) estas determinita per la reta ilo eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ kaj Muñoz-Dorado, J. Bakteria predado: 75 jaroj kaj ĝi daŭras! . medio. mikroorganismo. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. ktp. Diverseco kaj kontraŭbakteria potencialo de predbakterioj sur la perua marbordo. Martaj drogoj. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Per iliaj genoj, vi komprenos ilin: la genomajn trajtojn de predantaj bakterioj. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE La rabema vivstilo de la bakteriofago Bdellovibrio. instali. Pastroj mikroboj. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotics de predantaj bakterioj. Beilstein J. Histokemio 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio kaj similaj organismoj estas prognoziloj de mikrobioma diverseco en malsamaj gastigaj populacioj. mikroorganismo. Ekologio. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. kaj Ballesté-Delpierre, C. Malkovru la nunan statuson de novaj kontraŭbakteriaj agentoj. klinika. mikroorganismo. Infekti. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. La duobla predado de fago kaj fago povas ekstermi E. coli predon sen ununura predado. J. Bakterioj. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF La kalkulo kaj diverseco de Campylobacter kaj bakteriofagoj izolitaj dum la nutra ciklo de liberaj kaj organikaj kokidoj. Aplika medio. mikroorganismo. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA ktp. Ĝisdatigu la genomic-taksonomion kaj epidemiologion de Campylobacter-porko. scienco. Reprezentanto 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Uzant-amika laborfluo por sistema genomiko. Bioinformadiko 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: multobla sekvenca paraleligmetodo kiu reduktas tempon kaj spackompleksecon. BMC-biologiaj informoj. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Ilo por aŭtomata paraleligo kaj tondado en grandskala filogenetika analizo. Bioinformadiko 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D. , LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC-geno kaj metagenomic-sekvenca traduko komencas ejprognozon. Bioinformadiko 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Transplatforma kaj efika NCBI-klasifika ilaro. Bio Rxiv. (Alirite la 1-an de junio 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Prezo, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-proksimuma maksimuma verŝajneca arbo kun granda vicigo. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralelo. (Alirite la 1-an de junio 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kioto Enciklopedio de Genoj kaj Genomoj. Esplorado de nukleaj acidoj. 28, 27-30 (2000).
Ĉeĥio, L. ktp. La rolo de ekstremolitoj ektoino kaj hidroksiektoino kiel stresprotektantoj kaj nutraĵoj: genetiko, sistema genomiko, biokemio, kaj struktura analizo. Geno (Bazelo). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferenciga proteinesprimo dum la kresko de la deviga mara hidrokarbid-degrada bakterio Thalassolituus oleivorans MIL-1 dum la kresko de mezaj kaj longaj ĉenaj alkanoj. fronto. mikroorganismo. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., kaj Jurkevitch, E. Nova kompara genomics metodo por difinado de fenotipaj specifaj indikiloj rivelas specifan heredon en predbakteriomarko. Publika Scienca Biblioteko Unu. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ktp. Thalassolituus oleivorans geno. novembro, sp. nov., nova speco de maraj bakterioj, kiu specialiĝas pri la uzo de hidrokarbidoj. internacieco. J. Sistemo. evoluo. mikroorganismo. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. novembro, sp. En novembro, ĝi apartiĝis de la marakvo cirkulanta en la Suda Pacifiko. internacieco. J. Sistemo. evoluo. mikroorganismo. 66, 5010-5015 (2016).