Inglismaal Nottinghamshire'is asuvast lehma sõnnikutiigist eraldati uut tüüpi gramnegatiivsed, aeroobsed, soolataluvad, aktiivsed, pulgakujulised ja röövbakterid ASxL5T, mille saagiks kasutati kampülobakterit. Seejärel avastati saagiks teised kampülobakteri liigid ja Enterobacteriaceae perekonna liikmed. Pärast peremeesrakkudeta subkultuuri saavutati Brain Heart Infusion Agaril nõrk aseptiline kasv. Optimaalsed kasvutingimused on 37 °C ja pH on 7. Transmissioonelektronmikroskoopiaga selgusid mõned väga ebatavalised saagi kättesaadavusega seotud morfoloogilised tunnused. Fülogeneetiline analüüs, kasutades 16S rRNA geenijärjestust, näitas, et isolaat on seotud Marine Spirulina perekonna liikmega, kuid seda ei saa selgelt klassifitseerida ühegi teadaoleva perekonna liikmeks. ASxL5T kogu genoomi järjestamine kinnitas suhet mere spiroheetide liikmetega. Andmebaasi otsing näitas, et mitmed ASxL5T-d jagavad 16S rRNA geenijärjestusi mitmete kultiveerimata bakteritega ookeanist, maapinnast ja põhjaveest. Soovitame, et tüvi ASxL5T esindaks uut liiki uues perekonnas. Soovitame nimetust Venatorbacter cucullus gen. november, sp. Novembris kasutati tüübitüvena ASxL5T.
Röövbakterid on bakterid, millel on biosünteetiliste materjalide ja energia saamiseks võime jahtida ja tappa teisi elusaid baktereid. See erineb üldisest toitainete taastumisest surnud mikroorganismidest, samuti erineb see parasiitide vastasmõjust, mille käigus bakterid loovad peremehega lähedased suhted neid tapmata. Röövbakterid on arenenud erinevate elutsüklitega, et kasutada ära rikkalikke toiduallikaid niššides, kus neid leidub (näiteks mereelupaigad). Nad on taksonoomiliselt mitmekesine rühm, mida ühendab ainult nende ainulaadne steriliseerimise elutsükkel1. Röövbakterite näiteid on leitud mitmest erinevast sugukonnast, sealhulgas: Proteobacteria, Bacteroides ja Chlorella.3. Kõige paremini uuritud röövbakterid on aga Bdellovibrio ja Bdellovibrio-ja sarnased organismid (BALOs4). Röövbakterid on paljulubav uute bioloogiliselt aktiivsete ühendite ja antibakteriaalsete ainete allikas5.
Arvatakse, et röövbakterid suurendavad mikroobide mitmekesisust ja avaldavad positiivset mõju ökosüsteemi tervisele, tootlikkusele ja stabiilsusele6. Vaatamata nendele positiivsetele omadustele on uute röövbakterite kohta vähe uuringuid, mis on tingitud bakterite kultiveerimise raskusest ja vajadusest hoolikalt jälgida rakkude koostoimeid, et mõista nende keerulisi elutsükleid. Seda teavet pole arvutianalüüsi abil lihtne hankida.
Antimikroobse resistentsuse suurenemise ajastul uuritakse uusi strateegiaid bakteriaalsete patogeenide sihtimiseks, näiteks bakteriofaagide ja röövbakterite kasutamine7,8. ASxL5T bakterid eraldati 2019. aastal Nottinghamshire'i osariigis Nottinghami ülikooli piimanduskeskusest kogutud lehmasõnnikust faagi eraldamise tehnoloogia abil. Uurimise eesmärk on isoleerida organismid, millel on potentsiaali bioloogilise tõrjevahendina. Campylobacter hyointestinalis on zoonootiline patogeen, mida seostatakse üha enam inimeste soolehaigustega10. See on seerumis üldlevinud ja seda kasutatakse sihtperemehena.
ASxL5T bakter eraldati veise tarretisest, kuna täheldati, et naastud, mida see C. hyointestinalis'e muruplatsil moodustas, olid sarnased bakteriofaagide tekitatud naastudega. See on ootamatu leid, sest osa faagi eraldamise protsessist hõlmab filtreerimist läbi 0,2 µm filtri, mis on mõeldud bakterirakkude eemaldamiseks. Naastust ekstraheeritud materjali mikroskoopiline uurimine näitas, et väikesed gramnegatiivsed kõverad pulgakujulised bakterid ei kogunenud polühüdroksübutüraati (PHB). Saagirakkudest sõltumatu aseptiline kultuur realiseeritakse rikkalikul tahkel söötmel (nagu aju südame infusiooniagar (BHI) ja vereagar (BA)) ja selle kasv on nõrk. See saadakse pärast subkultuuri koos raske inokulaadiga parandamist. Ta kasvab võrdselt hästi mikroaeroobsetes (7% hapnikku mahust) ja atmosfääri hapniku tingimustes, kuid mitte anaeroobses atmosfääris. 72 tunni pärast oli koloonia läbimõõt väga väike, ulatudes 2 mm-ni ning see oli beež, poolläbipaistev, ümmargune, kumer ja läikiv. Standardset biokeemilist testimist takistab, kuna ASxL5T ei saa vedelas söötmes usaldusväärselt kultiveerida, mis viitab sellele, et see võib tugineda biokile moodustumise keerulisele elutsüklile. Kuid plaadi suspensioon näitas, et ASxL5T on aeroobne, positiivne oksüdaasi ja katalaasi suhtes ning talub 5% NaCl. ASxL5T on resistentne 10 µg streptomütsiini suhtes, kuid on tundlik kõigi teiste testitud antibiootikumide suhtes. ASxL5T bakterirakke uuriti TEM-iga (joonis 1). Ilma saakrakkudeta BA-l kasvatatuna on ASxL5T rakud väikesed kampülobakterid, keskmise pikkusega 1,63 μm (± 0,4), laiusega 0,37 μm (± 0,08) ja ühe pika (kuni 5 μm) poolusega. Seksuaalne flagella. Umbes 1,6% rakkudest näib olevat alla 0,2 μm, mis võimaldab filtriseadmest läbi pääseda. Mõne raku ülaosas täheldati ebatavalist struktuurset pikendust, mis sarnaneb kattekihiga (ladina cucullus) (vt nooli 1D, E, G). Tundub, et see koosneb liigsest välismembraanist, mis võib olla tingitud periplasmaatilise ümbrise suuruse kiirest vähenemisest, samal ajal kui välimine membraan jääb puutumata, näidates "lahti". ASxL5T kultiveerimine toitainete puudumisel (PBS-is) pikka aega temperatuuril 4 °C põhjustas enamiku (kuid mitte kõigi) rakkude kooki morfoloogia (joonis 1C). Kui ASxL5T kasvab koos Campylobacter jejuni saagiks 48 tunni jooksul, on keskmine raku suurus oluliselt pikem ja kitsam kui ilma peremeheta kasvatatud rakud (tabel 1 ja joonis 1E). Seevastu kui ASxL5T kasvab koos E. coli saagiks 48 tunni jooksul, on keskmine raku suurus pikem ja laiem kui ilma saagita kasvades (tabel 1) ning raku pikkus on muutuv, näidates tavaliselt niitjat (joonis 1F). Kui inkubeeriti saagiks Campylobacter jejuni või E. coli-ga 48 tundi, ei ilmnenud ASxL5T rakkudel lippe üldse. Tabelis 1 on kokku võetud rakkude suuruse muutuste tähelepanekud, mis põhinevad ASxL5T olemasolul, puudumisel ja saagitüübil.
ASx5LT TEM-ekraan: (A) ASx5LT näitab pikka piitsa; (B) tüüpiline ASx5LT aku; (C) cocci ASx5LT rakud pärast pikka inkubeerimist ilma toitaineteta; (D) ASx5LT rakkude rühmal ilmnes ebanormaalsus (E) Kampülobakteri saagiga inkubeeritud ASx5LT rakurühmal oli raku pikkus suurenenud võrreldes nendega, kellel ei olnud saagikasvu (D), samuti oli apikaalne struktuur; (F) suured filamentsed flagellad, ASx5LT rakud, pärast inkubeerimist E. coli saagiga; (G) Üks ASx5LT rakk pärast inkubeerimist E. coli-ga, millel on ebatavaline pealisehitus. Riba tähistab 1 μm.
16S rRNA geenijärjestuse (juurdepääsunumber MT636545.1) määramine võimaldab andmebaasiotsingutega luua Gammaproteobacteria klassi järjestustega sarnaseid järjestusi, mis on kõige lähedasemad merebakterite perekonnast mere spirillum (joonis 2) ning kuuluvad perekonda Thalassolituus. Marine Bacilluse lähim sugulane. 16S rRNA geenijärjestus erineb selgelt Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) perekonda kuuluvatest röövbakteritest. B. bacteriovorus HD100T (tüüptüvi, DSM 50701) ja B. bacteriovorus DM11A paaridevahelised võrdlused olid 48,4% ja 47,7% ning B. exovorus JSS puhul 46,7%. ASxL5T bakteritel on 3 16S rRNA geeni koopiat, millest kaks on üksteisega identsed ja kolmas on üksteisest 3 aluse kaugusel. Kaks teist röövbakteri isolaati (ASx5S ja ASx5O; 16S rRNA geeni registreerimisnumbrid on vastavalt MT636546.1 ja MT636547.1), millel on samast asukohast pärit sarnased morfoloogilised ja fenotüübilised omadused, ei ole samad, kuid need erinevad ASxL5T-st ja kultiveerimata Bactist. andmebaasijärjestused on rühmitatud teistesse perekondadesse Oceanospirillaceae (joonis 2). Kogu ASxL5T genoomi järjestus on määratud ja salvestatud NCBI andmebaasi ning liitumisnumber on CP046056. ASxL5T genoom koosneb 2 831 152 aluspaari pikkusest ringikujulisest kromosoomist, mille G + C suhe on 56,1%. Genoomijärjestus sisaldab 2653 CDS-i (kokku), millest 2567 kodeerivad eeldatavasti valke, millest 1596 saab määrata oletatavate funktsioonidena (60,2%). Genoom sisaldab 67 RNA-d kodeerivat geeni, sealhulgas 9 rRNA-d (3 5S, 16S ja 23S jaoks) ja 57 tRNA-d. ASxL5T genoomilisi omadusi võrreldi 16S rRNA geenijärjestuse põhjal tuvastatud lähima sugulise tüübi tüvede saadaolevate genoomidega (tabel 2). Kasutage aminohappeidentiteeti (AAI), et võrrelda kõiki saadaolevaid Thalassolituse genoome ASxL5T-ga. Lähim saadaolev (mittetäielik) AAI poolt määratud genoomijärjestus on Thalassolituus sp. C2-1 (lisage NZ_VNIL01000001). See tüvi eraldati Mariaani süviku süvameresetetest, kuid praegu puudub selle tüve kohta võrdluseks fenotüüpne teave. Võrreldes ASxL5T 2,82 Mb-ga, on organismi genoom suurem, 4,36 Mb. Mere spiroheetide keskmine genoomi suurus on umbes 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 täielikku võrdlusgenoomi, mida uuriti saidilt https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), seega on ASxL5T genoom kooskõlas järjekord Võrreldes teiste liikmetega on see üsna väike. Kasutage GToTree 1.5.54, et luua genoomipõhine hinnanguline maksimaalse tõenäosusega fülogeneetiline puu (joonis 3A), kasutades 172 gammaproteobakterite 11, 12, 13, 14, 15, 16 spetsiifilise ühekoopialise geeni joondatud ja seotud aminohappejärjestusi. 17,18. Analüüs näitas, et see on tihedalt seotud bakteritega Thalassolituus, Bacterial Plane ja Marine Bacterium. Need andmed näitavad aga, et ASxL5T erineb oma Marine Spirulina sugulastest ja selle genoomi järjestuse andmed on saadaval.
Fülogeneetiline puu, mis kasutab 16S rRNA geenijärjestust, tõstab esile ASxL5T, ASxO5 ja ASxS5 tüvede asukoha (koos sooltega) Marine Spirulinaceae kultiveerimata ja merebakteritüvede suhtes. Genbanki liitumisnumber järgneb sulgudes olevale tüve nimele. Kasutage ClustalW-d järjestuste joondamiseks ning maksimaalse tõenäosuse meetodit ja Tamura-Nei mudelit fülogeneetiliste suhete järeldamiseks ning 1000 juhitud replikatsiooni sooritamiseks MEGA X programmis. Arv harul näitab, et juhitud koopia väärtus on suurem kui 50%. Välisrühmana kasutati Escherichia coli U/541T.
(A) Genoomil põhinev fülogeneetiline puu, mis näitab seost mere Spirospiraceae bakteri ASxL5T ja selle lähisugulaste, välisrühmana E. coli U 5/41T vahel. (B) Võrreldes T. oleivoransi MIL-1T-ga ennustatakse geenide funktsionaalse kategooria jaotust ASx5LT valgu ortoloogilise rühma (COG) klastri põhjal. Vasakpoolne joonis näitab geenide arvu igas funktsionaalses COG-kategoorias igas genoomis. Parempoolne graafik näitab igas funktsionaalses COG-rühmas sisalduvate genoomide protsenti. (C) Võrreldes T. oleiverans MIL-1T-ga, ASxL5T täieliku KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modulaarse raja analüüs.
KEGG andmebaasi kasutamine ASxL5T genoomis esinevate komponentgeenide uurimiseks näitas aeroobse gamma Proteuse tüüpilist metaboolset rada. ASxL5T sisaldab kokku 75 geeni, mis on määratud bakteriaalsetele motoorsetele valkudele, sealhulgas geene, mis on seotud kemotaksise, flagellade kokkupaneku ja IV tüüpi fimbriae süsteemiga. Viimases kategoorias vastutavad 9 geenist kümnest paljude teiste organismide tõmblemise eest. ASxL5T genoom sisaldab täielikku tetrahüdropürimidiini biosünteesi rada, mis osaleb kaitsvas vastuses osmootsele stressile20, nagu eeldatakse halofiilide puhul. Genoom sisaldab ka palju täielikke kofaktorite ja vitamiinide teid, sealhulgas riboflaviini sünteesi radu. Kuigi alkaan-1-monooksügenaasi (alkB2) geen on ASxL5T-s olemas, ei ole süsivesinike kasutamise rada täielik. ASxL5T genoomijärjestuses puuduvad ilmselgelt geenide homoloogid, mis on tuvastatud peamiselt T. oleiverans MIL-1T21 süsivesinike lagunemise eest, nagu TOL_2658 (alkB) ja TOL_2772 (alkoholdehüdrogenaas). Joonisel 3B on näidatud geenijaotuse võrdlus COG-kategoorias ASxL5T ja oliiviõli MIL-1T vahel. Üldiselt sisaldab väiksem ASxL5T genoom igast COG-kategooriast proportsionaalselt vähem geene kui suurem seotud genoom. Kui geenide arvu igas funktsionaalses kategoorias väljendatakse protsendina genoomist, märgitakse erinevusi geenide protsendimääras translatsiooni, ribosomaalse struktuuri ja biogeneesi kategooriates ning energiatootmise ja muundamise funktsioonikategooriates, mis moodustavad suurema ASxL5T. genoom Protsenti võrreldakse sama rühmaga, mis esines T. oleiveransi MIL-1T genoomis. Seevastu ASxL5T genoomiga võrreldes on T. oleivorans MIL-1T-l suurem protsent geene replikatsiooni, rekombinatsiooni ja parandamise ning transkriptsioonikategooriates. Huvitav on see, et suurim erinevus kahe genoomi iga funktsionaalse kategooria sisus on ASxL5T-s esinevate tundmatute geenide arv (joonis 3B). Viidi läbi KEGG moodulite rikastusanalüüs, kus iga KEGG moodul kujutab endast käsitsi määratletud funktsionaalsete üksuste komplekti genoomijärjestuse andmete annoteerimiseks ja bioloogiliseks tõlgendamiseks. Geenijaotuse võrdlus ASxL5T ja oliiviõli MIL-1T täielikus KOG-moodulite rajas on näidatud joonisel 3C. See analüüs näitab, et kuigi ASxL5T-l on täielik väävli ja lämmastiku metaboolne rada, ei ole T. oleiverans MIL-1T seda. Seevastu T. oleiverans MIL-1T-l on täielik tsüsteiini ja metioniini metaboolne rada, kuid see on ASxL5T-s puudulik. Seetõttu on ASxL5T-l iseloomulik moodul sulfaatide assimilatsiooniks (defineeritud kui geenide kogum, mida saab kasutada fenotüüpsete markeritena, nagu metaboolne võime või patogeensus; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T. oleiverans MIL-1T. ASxL5T geenisisalduse võrdlemine röövellikule elustiilile viitavate geenide loendiga on ebaselge. Kuigi O-antigeeni polüsahhariidiga seotud ligaasi kodeeriv waaL-geen on ASxL5T genoomis olemas (kuid see on levinud paljudes gramnegatiivsetes bakterites), võivad trüptofaan-2,3-dioksigenaasi (TDO) geenid sisaldada 60 aminorühma happelised piirkonnad, mida tavaliselt leidub röövbakterites, mida ei esine. ASxL5T genoomis pole muid röövloomadele iseloomulikke geene, sealhulgas neid, mis kodeerivad mevalonaadi rajal isoprenoidide biosünteesis osalevaid ensüüme. Pange tähele, et uuritud röövloomade rühmas puudub transkriptsiooni reguleeriv geen gntR, kuid ASxL5T-s saab tuvastada kolm gntR-sarnast geeni.
ASxL5T fenotüübilised omadused on kokku võetud tabelis 3 ja neid võrreldakse kirjanduses kirjeldatud sugulasperekondade 23, 24, 25, 26 ja 27 fenotüübiliste omadustega. T. marinuse, T. olevoransi, B. sanyensis'e ja Oceanobacter kriegii isolaadid on aktiivsed, soolataluvad, oksüdaaspositiivsed vardakujulised kehad, kuid neil pole ASxL5T puhul peaaegu mingeid muid fenotüüpseid tunnuseid. Ookeani keskmine pH on 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), mis kajastub T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ja O. kriegii. ASxL5T sobib suuremale pH-vahemikule (4-9), mis on tüüpiline mittemereliikidele. Thalassolituus sp. fenotüübilised omadused. C2-1. Tundmatu. ASxL5T kasvutemperatuuri vahemik on üldiselt laiem kui mereliinidel (4–42 °C), kuigi mõned, kuid mitte kõik T. marinuse isolaadid on kuumakindlad. Suutmatus kasvatada ASxL5T puljongisöötmes takistas edasist fenotüübilist iseloomustamist. Kasutage API 20E, et testida BA-plaadilt kraabitud materjale, ONPG-d, arginiini dihüdrolaasi, lüsiini dekarboksülaasi, ornitiindekarboksülaasi, tsitraadi kasutamist, ureaasi, trüptofaandeaminaasi, želatiini hüdrolüüsi ensüümi, testi tulemused olid kõik negatiivsed, kuid indooli ja H2S-i ei olnud. toodeti. Kääritamata süsivesikute hulka kuuluvad: glükoos, mannoos, inositool, sorbitool, ramnoos, sahharoos, melibioos, amügdaliin ja arabinoos. Võrreldes avaldatud seotud võrdlustüvedega on ASxL5T tüve rakuline rasvhapete profiil näidatud tabelis 4. Peamised rakulised rasvhapped on C16:1ω6c ja/või C16:1ω7c, C16:0 ja C18:1ω9. Hüdroksürasvhapped C12:0 3-OH ja C10:0 3-OH on samuti olemas. C16:0 suhe ASxL5T-s on kõrgem seotud perekondade teatatud väärtusest. Seevastu võrreldes teatatud T. marinus IMCC1826TT-ga on C18:1ω7c ja/või C18:1ω6c suhe ASxL5T-s vähenenud. oleivorans MIL-1T ja O. kriegii DSM 6294T, kuid ei leitud B. sanyensis KCTC 32220T puhul. ASxL5T ja ASxLS rasvhapete profiilide võrdlemisel ilmnes kahe tüve üksikute rasvhapete koguses väikesed erinevused, mis on kooskõlas sama liigi genoomse DNA järjestusega. Sudaani musta testiga ei tuvastatud polü-3-hüdroksübutüraadi (PHB) osakesi.
Saagi ulatuse määramiseks uuriti ASxL5T bakterite röövloomade aktiivsust. See bakter võib moodustada naastud Campylobacter liikidele, sealhulgas: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ja C. upsaliensis NCTC 11541T. Gram-negatiivsete ja grampositiivsete bakterite laiema valiku testimiseks kasutage meetodi peremeesorganismi vahemiku määramise osas loetletud kultuure. Tulemused näitavad, et ASxL5T saab kasutada ka Escherichia coli NCTC 86 ja Citrobacter freundii NCTC 9750T puhul. Klebsiella oxytoca 11466-le moodustuvad naastud. TEM-i interaktsioon E. coli NCTC 86-ga on näidatud joonistel 4A-D ning koostoime Campylobacter jejuni PT14 ja Campylobacter suis S12-ga on näidatud joonisel 4E-H keskel. Tundub, et ründemehhanism on testitud saagitüüpide vahel erinev, iga ASxL5T raku külge on kinnitatud üks või mitu E. coli rakku ja asetatud külgsuunas piki laiendatud rakku enne adsorptsiooni. Seevastu näib, et ASxL5T kinnitub kampülobakteriga ühe kontaktpunkti kaudu, tavaliselt kontaktis kiskjaraku tipuga ja kampülobakteri raku tipu lähedal (joonis 4H).
TEM, mis näitab koostoimet ASx5LT ja saagi vahel: (AD) ja E. coli saak; (EH) ja C. jejuni saagiks. (A) tüüpiline ASx5LT rakk, mis on ühendatud ühe E. coli (EC) rakuga; (B) filamentne ASx5LT, mis on kinnitatud ühe EÜ raku külge; (C) niitjas ASx5LT rakk, mis on ühendatud mitme EC rakuga; (D) Väiksemate ASx5LT rakkude kinnitamine ühele E. coli (EC) rakule; (E) üks ASx5LT rakk, mis on ühendatud Campylobacter jejuni (CJ) rakuga; (F) ASx5LT ründab C. hyointestinalis (CH) rakke; (G) kaks Üks ASx5LT rakk ründas CJ rakku; (H) Lähivaade ASx5LT kinnituspunktist CJ raku tipu lähedal (riba 0,2 μm). Riba tähistab 1 μm (A–G).
Röövbakterid on arenenud selleks, et kasutada ära rikkalikke röövallikaid. Ilmselgelt on need laialt levinud paljudes erinevates keskkondades. Populatsiooniliikmete kitsa suuruse tõttu on ASxL5T baktereid võimalik lägast eraldada faagieraldusmeetodil. ASxL5T genoomne tähtsus merebakterite perekonna oceanospirillaceae liikmetele on üllatav, kuigi organism on soolataluv ja võib kasvada 5% soola sisaldaval söötmel. Läga veekvaliteedi analüüs näitas, et naatriumkloriidi sisaldus oli alla 0,1%. Seetõttu on muda merekeskkonnast nii geograafiliselt kui ka keemiliselt kaugel. Kolme seotud, kuid samast allikast erineva isolaadi olemasolu annab tunnistust selle kohta, et need röövloomad õitsevad selles mittemerekeskkonnas. Lisaks näitas mikrobioomianalüüs (andmefailid on saadaval aadressil https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990), et sama 16S rRNA geenijärjestus paikneb 50 kõige arvukama operatiivse taksoni (OTU) hulgas. ) Mõne muda proovivõtu intervalliga. Genbanki andmebaasist leiti mitmeid kasvatamata baktereid, millel on ASxL5T bakteritele sarnased 16S rRNA geenijärjestused. Need järjestused koos ASxL5T, ASxS5 ja ASxO5 järjestustega näivad esindavat erinevaid klade, mis on eraldatud Thalassolituusest ja Oceanobacterist (joonis 2). Kolm liiki kasvatamata baktereid (GQ921362, GQ921357 ja GQ921396) eraldati 2009. aastal Lõuna-Aafrika kullakaevanduses lõheveest 1,3 kilomeetri sügavusel ning ülejäänud kaks (DQ256320 ja DQ337006) olid pärit Lõuna-Aafrika põhjaveest. aastal 2005). ASxL5T-ga kõige lähemalt seotud 16S rRNA geenijärjestus on osa 16S rRNA geenijärjestusest, mis on saadud 2006. aastal Põhja-Prantsusmaa randadest saadud liivasete setete rikastuskultuurist (registreerimisnumber AM29240828). Veel üks tihedalt seotud 16S rRNA geenijärjestus, mis pärineb kultiveerimata bakterist HQ183822.1, saadi Hiina munitsipaalprügilast leotatud kogumispaagist. Ilmselt ei ole ASxL5T bakterid taksonoomilistes andmebaasides eriti esindatud, kuid need kultiveerimata bakterite järjestused esindavad tõenäoliselt ASxL5T-ga sarnaseid organisme, mis on levinud üle kogu maailma, tavaliselt keerulises keskkonnas. Kogu genoomi fülogeneetilisest analüüsist on ASxL5T lähim sugulane Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ja O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus on mere- ja maismaakeskkonnas laialt levinud mere kohustuslike süsivesinike fragmentatsioonibakterite (OHCB) liige, mis tavaliselt muutub domineerivaks pärast süsivesinike reostusjuhtumeid30,31. Merebakterid ei kuulu OHCB rühma, vaid on isoleeritud merekeskkonnast.
Fenotüübilised andmed näitavad, et ASxL5T on uus liik ja merespirospiraceae perekonna varem tundmatu perekonna liige. Praegu puudub selge standard äsja eraldatud tüvede klassifitseerimiseks uude perekonda. Universaalseid perekonnapiire on püütud määrata, näiteks konservatiivse valgu (POCP) genoomi protsendi põhjal on soovitatav, et piirväärtus oleks 50% identne võrdlustüvega33. Teised soovitavad kasutada AAI väärtusi, millel on POCP ees eelised, kuna neid saab saada mittetäielikest genoomidest34. Autor usub, et kui AAI väärtus on mudelliigi mudeltüvega võrreldes väiksem kui 74%, on tüvi teistsuguse perekonna esindaja. Mereliste spirillaceae mudelperekond on mere spirillum ja mudeltüvi on O. linum ATCC 11336T. AAI väärtus ASxL5T ja O. linum ATCC 11336T vahel on 54,34% ja AAI väärtus ASxL5T ja T. oleivorans MIL-1T (perekonna tüüpi tüved) vahel on 67,61%, mis näitab, et ASxL5T esindab uut perekonda, mis erineb Thalassolituus'est. Kasutades klassifikatsioonistandardina 16S rRNA geenijärjestust, on soovitatud perekonna piiritlemise piir 94,5%35. ASxL5T võib paigutada perekonda Thalassolituus, mis näitab 95,03% 16S rRNA järjestuse identsust T. oleivorans MIL-1T-ga ja 96,17%. marinus IMCC1826T. Kuid see paigutatakse ka perekonda Bacteroides, millel on 94,64% 16S rRNA geeni identsus B. sanyensis NV9-ga, mis näitab, et ühe geeni, näiteks 16S rRNA geeni kasutamine võib viia suvalise klassifikatsiooni ja määramiseni. Teine soovitatud meetod kasutab ANI-d ja genoomi joondamise skoori (AF), et uurida olemasolevate perekondade igat tüüpi ja mittetüüpi tüvede andmepunktide rühmitamist. Autor soovitab kombineerida perekonnapiiri analüüsitavale taksonile omase hinnangulise perekonna käändepunktiga. Kui aga Thalassolituuse isolaatidest ei ole piisavalt terviklikke genoomijärjestusi, on selle meetodi abil võimatu kindlaks teha, kas ASxL5T kuulub perekonda Thalassolituus. Täielike genoomijärjestuste piiratud kättesaadavuse tõttu analüüsimiseks tuleks kogu genoomi fülogeneetilist puud tõlgendada ettevaatusega. Teiseks ei saa kogu genoomide võrdlusmeetodid võtta arvesse olulisi erinevusi võrreldavate genoomide suuruses. Nad mõõtsid konserveerunud tuumaliste ühekoopialiste geenide sarnasust seotud perekondade vahel, kuid ei võtnud arvesse suurt hulka geene, mida ASxL5T palju väiksemas genoomis ei esine. Ilmselgelt on ASxL5T-l ja rühmadel, sealhulgas Thalassolituus, Oceanobacter ja Bacterioplanes, ühine esivanem, kuid evolutsioon on läinud teist teed, mis viib genoomi vähenemiseni, mis võib olla röövelliku elustiiliga kohanemine. See on vastupidine T. oleivorans MIL-1T-le, mis on 28% suurem ja on arenenud erineva keskkonnasurve all süsivesinike kasutamiseks23,30. Huvitava võrdluse saab teha kohustuslike intratsellulaarsete parasiitide ja sümbiontidega, nagu Rickettsia, Chlamydia ja Buchnera. Nende genoomi suurus on umbes 1 Mb. Võime kasutada peremeesraku metaboliite põhjustab geenikadu, mistõttu toimus oluline genoomne evolutsiooniline lagunemine. Evolutsioonilised muutused mere keemilistest toitaineorganismidest röövloomade elustiilini võivad viia genoomi suuruse sarnase vähenemiseni. COG ja KEGG analüüs toob esile spetsiifiliste funktsioonide jaoks kasutatavate geenide arvu ning globaalsed erinevused ASxL5T ja T. oleivorans MIL-1T genoomsete radade vahel, mis ei ole tingitud mobiilsete geneetiliste elementide laialdasest kättesaadavusest. ASxL5T kogu genoomi G + C suhte erinevus on 56,1% ja T. oleivorans MIL-1T oma 46,6%, mis viitab ka segregatsioonile.
ASxL5T genoomi kodeeriva sisu uurimine annab funktsionaalse ülevaate fenotüüpsetest omadustest. IV tüüpi fimbriat (Tfp) kodeerivate geenide olemasolu pakub erilist huvi, kuna need soodustavad rakkude liikumist, mida nimetatakse sotsiaalseks libisemiseks või krampideks, ilma lipukateta pinnal. Aruannete kohaselt on Tfp-l muid funktsioone, sealhulgas röövloom, patogenees, biokile moodustumine, loomulik DNA omastamine, automaatne rakkude agregatsioon ja areng38. ASxL5T genoom sisaldab 18 geeni, mis kodeerivad diguanülaattsüklaasi (ensüüm, mis katalüüsib 2 guanosiintrifosfaadi muundamist guanosiin-2 fosfaadiks ja tsükliliseks diGMP-ks) ja 6 geeni, mis kodeerivad vastavat diguanülaattsüklaasfosfaatdiguanülaadi. Esteraasi geen (katalüüsib tsüklilise di-GMP lagunemist guanosiinmonofosfaadiks) on huvitav, kuna cycl-di-GMP on oluline teine ​​sõnumitooja, mis osaleb protsessis biokile arendamises ja eraldamises, liikumises, rakkude kinnitumises ja virulentsuses 39, 40. Samuti tuleb märkida, et Bdellovibrio bacteriovorus'e puhul on näidatud, et tsükliline topelt-GMP kontrollib üleminekut vaba elu ja röövelliku elustiili vahel41.
Enamik röövbakterite kohta tehtud uuringuid on keskendunud Bdellovibrio, Bdellovibrio-sarnaste organismide ja Myxococcus liikidele. Need ja teised teadaolevad röövbakterite näited moodustavad mitmekesise rühma. Hoolimata sellest mitmekesisusest on tuvastatud hulk iseloomulikke valgu perekondi, mis peegeldavad 11 teadaoleva röövbakteri fenotüüpe 3, 22. Siiski on tuvastatud ainult O antigeeni ligaasi (waaL) kodeerivad geenid, mis on eriti levinud gramnegatiivsete bakterite puhul. See analüüsivorm ei aita ASxL5T kiskjaks määramisel tõenäoliselt seetõttu, et see kasutab uudset rünnakustrateegiat. Mitmekesisemate röövbakterite genoomide kättesaadavus aitab välja töötada täpsema eraldusvõimega analüüse, mis võtavad arvesse tõendeid rühmaliikmete funktsionaalsete ja keskkonnaalaste erinevuste kohta. Sellesse analüüsi mittekuuluvate röövbakterite näidete hulka kuuluvad Cupriavidus necator42 ja Bradymonabacteria43 liikmed, sest kuna teadlased uurivad erinevaid mikroobikooslusi, tekib rohkem röövellikke taksoneid.
TEM-pildiga jäädvustatud ASxL5T bakterite kõige tähelepanuväärsem omadus on selle ainulaadne ja paindlik morfoloogia, mis võib soodustada koostoimet saakbakteritega. Täheldatud koostoime tüüp erineb teistest röövbakteritest ning seda ei ole varem avastatud ega teatatud. Kavandatav ASxL5T röövloomade elutsükkel on näidatud joonisel 5. Kirjanduses on vähe näiteid sarnaste apikaalsete struktuuridega, nagu me siin kirjeldame, kuid nende näidete hulka kuuluvad Terasakiispira papahanaumokuakeensis, mereline spirillumbakter, mille tipud on aeg-ajalt laienenud 44, ja Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , kuulus varem perekonda Oceanospirillum, 45. Vanemates kultuurides on sageli täheldatud kokkide vorme, eriti kõverate vormidega bakterite puhul, nagu Vibrio, Campylobacter ja Helicobacter 46, 47, 48, mis võivad kujutada endast lagunenud olekut. ASxL5T bakterite täpse elutsükli selgitamiseks on vaja teha täiendavat tööd. Et teha kindlaks, kuidas see kinni püüab ja saagib ning kas selle genoom kodeerib bioloogiliselt aktiivseid ühendeid, mida saab kasutada meditsiinilistel või biotehnoloogilistel eesmärkidel.
Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. koosneb venaatoritest L. n. venator, "kütt" ja Gr. n. bakter, "varras". Venatorbacter, "jahivarras" Rakud on aeroobsed, kõverad Gram-negatiivsed, katalaasi ja oksüdaasi aktiivsus ei akumuleeru 4 kuni 42 °C Sissekasvanud pH vahemik 4-9 on meretigude puhul ebatavaline. 1ω9; C12:0 3-OH ja C10:0 3-OH on leitud hüdroksürasvhapetena ei kasva puljongisöötmes DNA G + C sisaldus on 56,1 mol%. Selle perekonna esindajad näitavad resistentsust Enterobacteriaceae perekonnas.
Venatorbacter cucullus sp. novembril Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus tähendab iluravi).
Lisaks on selle perekonna kirjeldav omadus see, et BA-l või BHI-l kasvatamisel on rakud 1,63 µm pikad ja 0,37 µm laiad. BHI agari kolooniad on väga väikesed, ulatudes 72 tunni pärast 2 mm läbimõõduni. Need on beežid, poolläbipaistvad, ümarad, kumerad ja läikivad. Selle liigi esindajad võivad kasutada Escherichia coli ja Klebsiella. Kampülobakter ja mitmed teised gramnegatiivsed bakterid on saagiks.
Tüüpiline tüvi ASxL5T eraldati veisepiimast Nottinghamshire'is Ühendkuningriigis ja deponeeriti riiklikus tüüpkultuurikollektsioonis (UK): registreerimisnumber NCTC 14397 ja Hollandi bakterikultuuride kollektsiooni (NCCB) registreerimisnumber NCCB 100775. ASxL5T täielik genoomi järjestus on deponeeritud Genbanki vastavalt CP046056 lisamisele.
ASxL5T bakterid eraldati veisepiimast faagiisolatsioonitehnoloogia abil9,49. Suspensioon lahjendati 1:9 (mass/maht) SM puhvris (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ja 0,01% želatiin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), seejärel inkubeeriti temperatuuril 4 °C 24 tundi, pöörates aeglaselt kiskjate elueerimiseks puhvrisse. Suspensiooni tsentrifuugiti 3000 g juures 3 minutit. Supernatant koguti ja tsentrifuugiti 13 000 g juures teist korda 5 minutit. Seejärel juhiti supernatant läbi 0,45 µm membraanfiltri (Minisart; Sartorius, Gottingen, Saksamaa) ja 0,2 µm membraanfiltri (Minisart), et eemaldada kõik ülejäänud bakterirakud. ASxL5T suudab need filtrid läbida. Samast lägast valmistati standardtehnikaid kasutades Campylobacter enterosus S12 (NCBI registreerimisnumber CP040464) pehme agarmuru. Filtreeritud suspensioon jaotati igale peremeesraku plaadile 10 µl tilkadena kolmes korduses ja lasti kuivada. Plaati inkubeeriti mikroaerofiilses paagis temperatuuril 37 °C 48 tundi mikroaeroobsetes tingimustes (5% O2, 5% H2, 10% CO2 ja 80% N2). Saadud nähtav naast ekstraheeriti SM-puhvrisse ja viidi C. hyointestinalis S12 värskele murule, et lüüsitud organisme edasiseks paljundada. Kui on kindlaks tehtud, et lüütilise naastu põhjustajaks on bakterid, mitte faag, proovige organismi kasvatada peremeesorganismist sõltumatult ja iseloomustada seda täpsemalt. Aeroobne kultiveerimine viidi läbi temperatuuril 37 °C 5% (maht/maht) defibrineeritud hobuseverega (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, lisa). Vastavalt riikliku kliinilise standardi komitee juhistele kasutatakse antibakteriaalse tundlikkuse testimiseks ketaste difusioonimeetodit. BHI-agarit kultiveeriti 37 °C juures, kasutades aeroobse kultuuri jaoks plaati, mis sisaldas järgmisi antibiootikume (Oxoid): amoksitsilliin ja klavulaanhape 30 ug; tsefotaksiim 30 ug; streptomütsiin 10 ug; tsiprofloksatsiin 5 ug; Tseftasidiim 30 µg Nalidiksiinhape 30 µg; imipeneem 10 µg; asitromütsiin 15 ug; klooramfenikool 30 µg; tsefoksitiin 30 µg; Tetratsükliin 30 ug; nitrofurantoiin 300 µg; Aztreonaam 30 µg; ampitsilliin 10 µg; tsefpodoksiim 10 ug; Trimetoprim-sulfametoksasool 25 µg. Soolataluvus määrati aeroobse inkubeerimisega BHI agarplaatidel temperatuuril 37 ° C. BHI agariplaatidele lisati täiendavalt NaCl, et saada kontsentratsioonivahemik kuni 10% (mass/maht). PH vahemik määratakse aeroobse kultiveerimisega BHI agarplaatidel temperatuuril 37 °C, kus pH vahemik on steriilse HCl või steriilse NaOH abil reguleeritud vahemikku 4 kuni 9, ja pH sihtväärtust kontrollitakse enne plaadi valamist. Rakulise rasvhapete analüüsi jaoks kultiveeriti ASxL5T BHI agaril 3 päeva ja aeroobselt temperatuuril 37 ° C. Vastavalt ettevõtte FERA Science Ltd (York, UK) standardprotokollile MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versioon 6.10) ekstraheeriti, valmistati ja analüüsiti rakkude rasvhappeid.
TEM-i jaoks kasvatati ASxL5T aeroobselt, levitades ühtlaselt BA-l temperatuuril 37 °C 24 tundi, ja seejärel koguti 1 ml 3% (maht/maht) glutaaraldehüüdi 0,1 M kakodülaatpuhvris toatemperatuuril Fix 1 tund, seejärel tsentrifuugiti. 10 000 g juures 3 minutit. Seejärel resuspendeerige pellet ettevaatlikult 600 μl 0,1 M kakodülaatpuhvris. Viige fikseeritud ASxL5T suspensioon 200-meššilisele vaskvõrele Formvar/süsinikkilele. Baktereid värviti 0,5% (mass/maht) uranüülatsetaadiga 1 minut ja neid uuriti TEM-iga TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskoobi abil. Nagu eespool mainitud, kombineerige sama arv saaki ja kiskjaid NZCYM-i puljongis (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ja inkubeerige 48 tundi kampülobakteri või kampülobakteri mikroaeroobsetes tingimustes temperatuuril 37 °C. Kiskja ja saagi koostoime. seda uuris ka TEM. Aeroobsed tingimused Escherichia coli jaoks. Uurige sõltumatult saaklooma ja röövloomi baktereid, et teha kindlaks kõik röövloomadest tingitud muutused raku morfoloogias. PHB akumulatsiooni optilise mikroskoopia jaoks kasutati Sudaani musta meetodit.
Kasvatage ASxL5T kultuure üleöö, määrides kasvu BHI või BA plaatidele steriilse tampooniga. Koguge ASxL5T rakud ja suspendeerige need MRD-s (CM0733, Oxoid) ja asetage need seejärel 7 päevaks temperatuurile 4 °C, et rakud näljutada. NCTC võrdlus- või laboratoorsed bakterikultuurid inokuleeriti BHI puljongisse või nr 2 toitainepuljongisse (CM007, Oxoid), inkubeeriti üleöö, tsentrifuugiti 13 000 g juures ja resuspendeeriti MRD-s, kuni OD600 oli 0,4. Kultuur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 114661, NC Leuconostosteria 114668 bakterid NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella soolebakterid Mondeville NCTC, mu08474 NCTC, mu08471 NCTC Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter peremeesorganismi inkubeeriti mikroaeroobselt BA plaatidel 37 °C juures ja suspendeeriti NZCYM puljongis. Testitud kampülobakteri peremeesorganismid on: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.1 larije 5TC, C.1 larije 5TC. PT14, C... Koguge rakud MRD-sse, tsentrifuugige 13 000 g juures ja resuspendeerige MRD-s, kuni OD600 on 0,4. Lisage 0,5 ml suspensiooni alikvoot 5 ml sulatatud NZCYM pealisagarile (0,6% agar) ja valage see 1,2% NZCYM põhjaplaadile. Pärast kõvenemist ja kuivatamist jaotati seeriaviisiliselt lahjendatud ASxL5T 20 µl tilkadena igale muruplaadile kolmes eksemplaris. Kultuuri temperatuur ja atmosfäär sõltuvad testitavate bakterite vajadustest.
Kasutage bakteriisolaatidest DNA valmistamiseks GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge). Standardseid meetodeid kasutati 16S rRNA geeni PCR amplifikatsiooniks ja produkti järjestuse määramiseks, kasutades värviterminatsiooni keemiat (Eurofins Value Read Service, Saksamaa). Kasutage programmi BLAST-N, et võrrelda neid järjestusi teiste 16S rRNA geenijärjestustega, et tuvastada ja koguda lähedalt seotud liike. Need on joondatud MEGA X programmis ClustalW abil. Fülogeneetiline puu rekonstrueeriti MEGA X abil, kasutades Tamura-Nei mudelil põhinevat maksimaalse tõenäosuse meetodit, 1000 juhitud koopiaga54. Kasutage PureLink™ Genomic DNA komplekti (Fisher Scientific, Loughborough, UK), et eraldada DNA kogu genoomi järjestamiseks. ASxL5T genoomijärjestus määrati Illumina MiSeq kombinatsiooni abil, mis koosneb 250 bp kaheotsalistest lugemistest, mis koosnevad Nextera märgistuskomplekti kasutades valmistatud raamatukogust ja 2–20 kb pikkustest lugemistest PacBio platvormilt. Sembia ülikooli genoomika DNA järjestuse uurimisüksus. Genoom pandi kokku, kasutades CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Taani). ASxL5T kultuurid on deponeeritud National Type Culture Collection'i (Ühendkuningriik) ja Hollandi bakterikultuuride kollektsiooni (NCCB). Võrdluseks kasutatud sugulasorganismide genoomid on: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (juurdepääsunumber HF680312, täielik); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (juurdepääsunumber BMYY01000001, mittetäielik); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (juurdepääsunumber NZ_AUGV00000000, mittetäielik); Marinamonase kogukond DSM 5604T (lisatud ASM436330v1, mittetäielik), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (lisatud MTSD02000001, mittetäielik) ja Thalassolituus sp. C2-1 (lisage NZ_VNIL01000001, mittetäielik). Kasutage JGI Genome Portal36 aadressil https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= joondusskoori (AF) ja keskmise nukleiinhappeidentiteedi (ANI) määramiseks. Paarides. Aminohappe identsuse (AAI) määramiseks kasutati Rodriguez-R & Konstantinidis55 meetodit. Kasutage GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 hinnangulise maksimaalse tõenäosusega fülogeneetilise puu loomiseks. Sisendgenoom, mis esindab saadaolevat võrdlusgenoomi, valitakse võrdlusperekondade hulgast, mis on tuvastatud 16S rRNA fülogeneesist ASxL5T-ga seotud. Märkige puu interaktiivse elupuu veebitööriista (https://itol.embl.de/) abil. ASxL5T genoomi funktsionaalne annotatsioon ja analüüs viiakse läbi BlastKOALA KEGG veebitööriista abil, kasutades KEGG (Kyoto geenide ja genoomide entsüklopeedia) mooduli rikastamisjaotust. COG-kategooriate (ortoloogiliste rühmade) jaotus määratakse veebitööriista eggNOG-mapper abil.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ja Muñoz-Dorado, J. Bakterite röövimine: 75 aastat ja see jätkub! . keskkond. mikroorganism. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. jne. Röövbakterite mitmekesisus ja antibakteriaalne potentsiaal Peruu rannikul. märtsi narkootikumid. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Nende geenide kaudu saate neist aru: röövbakterite genoomsed omadused. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bakteriofaagi Bdellovibrio röövellik elustiil. installida. Pastor mikroobid. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiootikumid röövbakteritest. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ja sarnased organismid on mikrobioomi mitmekesisuse ennustajad erinevates peremeespopulatsioonides. mikroorganism. Ökoloogia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ja Ballesté-Delpierre, C. Avastage uute antibakteriaalsete ainete hetkeolukord. kliiniline. mikroorganism. Nakata. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Faagi ja faagi kahekordne röövloom võib hävitada E. coli saagi ilma ühegi kiskjata. J. Bakterid. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Vabapidamisel ja mahekanade söötmistsükli ajal eraldatud kampülobakterite ja bakteriofaagide arv ja mitmekesisus. Rakenduskeskkond. mikroorganism. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA jne. Uuendage Campylobacter sigade genoomset taksonoomiat ja epidemioloogiat. teadus. Esindaja 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: kasutajasõbralik töövoog süsteemide genoomika jaoks. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: mitme järjestuse joondamise meetod, mis vähendab aja ja ruumi keerukust. BMC bioloogiline teave. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: tööriist automaatseks joondamiseks ja trimmimiseks suuremahulises fülogeneetilises analüüsis. Bioinformaatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ ja Uberbacher, EC geeni ja metagenoomilise järjestuse translatsiooni alguskoha ennustamine. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: platvormideülene ja tõhus NCBI klassifitseerimise tööriistakomplekt. Bio Rxiv. (Kasutatud 1. juunil 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Hind, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-ligikaudne maksimaalse tõenäosuse puu suure joondusega. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralleel. (Kasutatud 1. juunil 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto geenide ja genoomide entsüklopeedia. Nukleiinhapete uurimine. 28, 27-30 (2000).
Tšehhi Vabariik, L. jne. Ekstremolüütide ektoiini ja hüdroksüektoiini roll stressi kaitsjate ja toitainetena: geneetika, süsteemi genoomika, biokeemia ja struktuurianalüüs. Geen (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferentsiaalne valgu ekspressioon kohustusliku mere süsivesinikku lagundava bakteri Thalassolituus oleivorans MIL-1 kasvu ajal keskmise ja pika ahelaga alkaanide kasvu ajal. ees. mikroorganism. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. ja Jurkevitš, E. Uus võrdlev genoomika meetod fenotüübispetsiifiliste näitajate määratlemiseks näitab spetsiifilist pärilikkust röövbakterite märgis. Avalik teadusraamatukogu üks. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM jne Thalassolituus oleivorans geen. november, sp. nov., uut tüüpi merebakterid, mis on spetsialiseerunud süsivesinike kasutamisele. rahvusvahelisus. J. Süsteem. evolutsioon. mikroorganism. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. november, sp. Novembris eraldus see Vaikse ookeani lõunaosas ringlevast mereveest. rahvusvahelisus. J. Süsteem. evolutsioon. mikroorganism. 66, 5010–5015 (2016).