ASxL5T bakterio Gram negatibo, aerobio, gatz tolerante, aktibo, haga itxurako eta harrapari mota berri bat isolatu zen Nottinghamshireko (Ingalaterra) behi gorotz putzu batetik, eta Campylobacter erabili zuen harrapakin gisa. Ondoren, beste Campylobacter espezie batzuk eta Enterobacteriaceae familiako kideak harrapakin gisa aurkitu ziren. Ostalari zelularik gabeko azpilaboren ostean, hazkuntza aseptiko ahula lortu zen Brain Heart Infusio Agar-ean. Hazkuntza-baldintza optimoak 37 °C dira eta pH-a 7. Transmisiozko mikroskopio elektronikoak harrapakinen erabilgarritasunari lotutako ezaugarri morfologiko oso ezohikoak agerian utzi zituen. Analisi filogenetikoak 16S rRNA gene-sekuentzia erabiliz adierazi zuen isolatua Marine Spirulina familiako kide batekin erlazionatuta dagoela, baina ezin dela argi eta garbi sailkatu inongo genero ezaguneko kide gisa. ASxL5T-ren genoma osoko sekuentziazioak itsas espiroketetako kideekin harremana baieztatu zuen. Datu-base baten bilaketak agerian utzi zuen hainbat ASxL5Tk 16S rRNA gene sekuentziak partekatzen dituztela ozeanoko, lur azaleko eta lurpeko uretako hainbat bakteriorekin. ASxL5T anduiak genero berri bateko espezie berri bat ordezkatzen duela iradokitzen dugu. Venatorbacter cucullus gen izena gomendatzen dugu. azaroa, sp. Azaroan, ASxL5T tentsio mota gisa erabili zen.
Bakterio harrapariak material biosintetikoak eta energia lortzeko beste bakterio bizidun batzuk ehizatu eta hiltzeko gaitasuna duten bakterioak dira. Hori desberdina da hildako mikroorganismoetatik mantenugaien berreskurapen orokorrarekin, eta elkarreragin parasitoetatik ere desberdina da, zeinetan bakterioek harreman estua osatzen baitute ostalariarekin hil gabe. Bakterio harrapariek bizi-ziklo desberdinak eboluzionatu dituzte aurkitzen diren nitxoetan (itsas habitatak, esaterako) elikagai-iturri ugariak aprobetxatzeko. Taxonomikoki anitza den talde bat dira, esterilizazio-bizi-ziklo bakarrarekin soilik lotuta daudenak1. Bakterio harraparien adibideak aurkitu dira hainbat filu ezberdinetan, besteak beste: Proteobacteria, Bacteroides eta Chlorella.3. Hala ere, ondoen aztertutako bakterio harrapariak Bdellovibrio eta Bdellovibrio eta antzeko organismoak (BALOs4) dira. Bakterio harrapariak konposatu biologiko aktiboak eta bakterioen aurkako agente berrien iturri itxaropentsuak dira5.
Bakterio harrapariek mikrobioen aniztasuna hobetzen dutela eta ekosistemen osasunean, produktibitatean eta egonkortasunean eragin positiboa dutela uste da. Atributu positibo hauek izan arren, bakterio harrapari berriei buruzko ikerketa gutxi daude, bakterioak hazteko zailtasunagatik eta zelulen elkarrekintzak arretaz behatzeko beharragatik, haien bizi-ziklo konplexuak ulertzeko. Informazio hori ez da erraza ordenagailuaren analisitik lortzen.
Mikrobioen aurkako erresistentzia areagotzen ari den garaian, bakterio patogenoak bideratzeko estrategia berriak aztertzen ari dira, hala nola, bakteriofagoen eta bakterio harraparien erabilera7,8. ASxL5T bakterioak 2019an isolatu ziren Nottinghameko Unibertsitateko Esne Zentroan (Nottinghamshire) bildutako behi gorotzetatik fagoak isolatzeko teknologia erabiliz. Ikerketaren helburua kontrol biologikoko agente gisa potentziala duten organismoak isolatzea da. Campylobacter hyointestinalis patogeno zoonotikoa da, eta gero eta gehiago lotzen da gizakien hesteetako gaixotasunekin10. Sueroan nonahikoa da eta helburu ostalari gisa erabiltzen da.
ASxL5T bakterioa behi-gelatinatik isolatu zen, ikusi baitzen C. hyointestinalis-en belardian sortzen zituen plakak bakteriofagoek sortutakoen antzekoak zirela. Hau ustekabeko aurkikuntza da, fagoen isolamendu-prozesuaren zati batek 0,2 µm-ko iragazki batetik iragaztea dakar, hau da, bakterio-zelulak kentzeko diseinatuta dagoena. Plakatik ateratako materialaren azterketa mikroskopikoak agerian utzi zuen gram-negatibozko makila itxurako bakterio txikiek ez zutela polihidroxibutiratorik (PHB) metatzen. Harrapari-zeluletatik independentea den kultura aseptikoa euskarri solido aberatsean gauzatzen da (adibidez, garun-bihotzaren infusio-agar (BHI) eta odol-agar (BA)), eta bere hazkuntza ahula da. Inoculo astunarekin hobetu ondoren lortzen da. Berdin hazten da mikroaerobikoetan (% 7 v/v oxigenoa) eta atmosferako oxigeno baldintzetan, baina ez atmosfera anaerobioan. 72 ordu igaro ondoren, koloniaren diametroa oso txikia zen, 2 mm-ra iristen zen, eta beixa, zeharrargia, biribila, ganbila eta distiratsua zen. Proba biokimiko estandarrak oztopatzen ditu ASxL5T ezin delako fidagarritasunez hazi medio likidoetan, eta horrek iradokitzen du biofilmen eraketaren bizi-ziklo konplexuan oinarritu daitekeela. Hala ere, plaken esekidurak erakutsi zuen ASxL5T aerobikoa dela, oxidasa eta katalasarentzat positiboa dela eta %5 NaCl jasan dezakeela. ASxL5T 10 µg estreptomizinarekiko erresistentea da, baina probatutako beste antibiotiko guztien aurrean sentikorra da. ASxL5T bakterio-zelulak TEM bidez aztertu ziren (1. irudia). BAn harrapakin zelularik gabe hazten direnean, ASxL5T zelulak Campylobacter txikiak dira, batez beste 1,63 μm (± 0,4) luzera, 0,37 μm (± 0,08) zabalera eta polo luze bakarra (5 μm arte). Flagelo sexualak. Zelulen % 1,6k 0,2 μm-tik beherako zabalera duela dirudi, eta horrek iragazki-gailutik igarotzea ahalbidetuko du. Ezohiko hedadura estruktural bat ikusi zen zelula batzuen goialdean, carenado baten antzekoa (latinez cucullus) (ikus 1D, E, G geziak). Hau kanpoko mintz gehiegizkoa dela dirudi, eta hori inguratzaile periplasmikoaren tamaina azkar murriztearen ondorioz izan daiteke, kanpoko mintza osorik mantentzen den bitartean, itxura "soltea" erakutsiz. ASxL5T mantenugairik ezean (PBSn) denbora luzez 4 °C-tan haziz gero, zelula gehienek (baina ez guztiek) kokal morfologia erakusten zuten (1C irudia). ASxL5T Campylobacter jejuni harrapakin gisa hazten denean 48 orduz, batez besteko zelulen tamaina ostalaririk gabe hazitako zelulak baino nabarmen luzeagoa eta estuagoa da (1. taula eta 1E irudia). Aitzitik, ASxL5T 48 orduz E. coli harrapakinarekin hazten denean, batez besteko zelula-tamaina luzeagoa eta zabalagoa da harrapakinik gabe hazten denean baino (1. taula), eta zelulen luzera aldakorra da, normalean harizpiak erakusten ditu (1F irudia). Campylobacter jejuni edo E. coli harrapakin gisa 48 orduz inkubatuta, ASxL5T zelulek ez zuten flagelorik erakutsi. 1. taulak zelula-tamainaren aldaketen behaketak laburbiltzen ditu ASxL5T-ren presentzia, eza eta harrapakin motaren arabera.
ASx5LT-ren TEM bistaratzea: (A) ASx5LT-k látigo luzea erakusten du; (B) ASx5LT bateria tipikoa; (C) cocci ASx5LT zelulak mantenugairik gabeko inkubazio luzearen ondoren; (D) ASx5LT zelula talde batek anomalia erakusten du (E) Campylobacter harrapakinarekin inkubatutako ASx5LT zelula-talde batek zelula-luzera handitu zuen harrapakinen hazkuntzarik gabekoekin alderatuta (D) egitura apikala ere erakutsi zuen; (F) Flagelo harizpiko handiak, ASx5LT zelulak, E. coli harrapakinekin inkubatu ondoren; (G) ASx5LT zelula bakar bat E. coli-rekin inkubatu ondoren, goi-egitura ezohikoa erakutsiz. Barrak 1 μm adierazten du.
16S rRNA gene-sekuentzia (MT636545.1 sarbide-zenbakia) zehazteak datu baseen bilaketak egiteko aukera ematen du Gammaproteobacteria klasekoen antzeko sekuentziak ezartzeko, eta itsas spirillum familiako itsas bakterioetatik hurbilen daude (2. irudia), eta Thalassolituus generoko kideak dira. Itsas baziloaren erlatiborik hurbilena. 16S rRNA genearen sekuentzia Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) familiako bakterio harrapariekiko ezberdina da. B. bacteriovorus HD100T (mota tentsioa, DSM 50701) eta B. bacteriovorus DM11A-ren binakako konparaketak %48,4 eta %47,7 izan ziren, eta B. exovorus JSSrentzat %46,7koa. ASxL5T bakterioek 16S rRNA genearen 3 kopia dituzte, horietako bi elkarren berdinak dira, eta hirugarrenak 3 base bereizten ditu. Beste bi bakterio isolatu harrapari (ASx5S eta ASx5O; 16S rRNA genearen sartze-zenbakiak MT636546.1 eta MT636547.1 dira, hurrenez hurren) antzeko ezaugarri morfologikoak eta fenotipikoak dituzten toki berekoak ez dira berdinak, baina desberdinak dira ASxL5T eta landu gabeko bakterioekiko. datu-baseen sekuentziak Oceanospirillazeoetako beste genero batzuekin biltzen dira (Irudia 2). ASxL5T-ren genoma sekuentzia osoa zehaztu eta gorde da NCBI datu-basean, eta sarbide-zenbakia CP046056 da. ASxL5T-ren genoma 2.831.152 bp-ko kromosoma zirkular batez osatuta dago, %56,1eko G + C erlazioarekin. Genomaren sekuentziak 2653 CDS ditu (guztira), eta horietatik 2567k proteinak kodetuko dituztela aurreikusten da, eta horietatik 1596 ustezko funtzio gisa esleitu daitezke (%60,2). Genomak RNA kodetzen duten 67 gene ditu, 9 rRNA barne (3 5S, 16S eta 23S) eta 57 tRNA. ASxL5T-ren ezaugarri genomikoak 16S rRNA gene-sekuentziatik identifikatutako erlatibo-mota hurbileneko anduien genomekin alderatu ziren (2. taula). Erabili aminoazidoen identitatea (AAI) eskuragarri dauden Thalassolituus genoma guztiak ASxL5T-ekin alderatzeko. AAIk zehazten duen genoma-sekuentzia eskuragarriena (osatu gabea) Thalassolituus sp da. C2-1 (gehitu NZ_VNIL01000001). Andui hau Mariana Lubakiko sakoneko sedimentuetatik isolatu zen, baina gaur egun ez dago andui honi buruzko informazio fenotipikorik alderatzeko. ASxL5T-ren 2,82 Mb-ekin alderatuta, organismoaren genoma handiagoa da 4,36 Mb-rekin. Itsas espiroketen batez besteko genomaren tamaina 4,16 Mb ingurukoa da (± 1,1; n = 92 erreferentziako genoma osoa https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly-tik ikertuta), beraz, ASxL5T-ren genoma bat dator. ordena Beste kideekin alderatuta, nahiko txikia da. Erabili GToTree 1.5.54 genoman oinarritutako gehieneko probabilitateko zuhaitz filogenetiko bat sortzeko (3A irudia), Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16 kopia bakarreko 172 geneen aminoazido sekuentzia lerrokatuak eta lotuak erabiliz. 17,18. Azterketak erakutsi zuen Thalassolituus, Bacterial Plane eta Itsas Bakterioarekin lotura estua duela. Hala ere, datu hauek adierazten dute ASxL5T Itsas Spirulinan bere ahaideekiko ezberdina dela eta bere genomaren sekuentziaren datuak eskuragarri daude.
16S rRNA gene-sekuentzia erabiliz zuhaitz filogenetikoak ASxL5T, ASxO5 eta ASxS5 anduien posizioa nabarmentzen du (erresiak dituztenak) Itsas Spirulinaceae-en landu gabeko eta itsas bakterio anduiekiko. Genbank-en atxikimendu-zenbakiak parentesi artean dagoen anduiaren izenari jarraitzen dio. Erabili ClustalW sekuentziak lerrokatzeko, eta gehieneko probabilitate-metodoa eta Tamura-Nei eredua erabili erlazio filogenetikoak ondorioztatzeko, eta 1000 erreplikazio gidatu egin MEGA X programan. Adarreko zenbakiak adierazten du gidatutako kopiaren balioa % 50 baino handiagoa dela. Escherichia coli U/541T kanpoko talde gisa erabili zen.
(A) Genoman oinarritutako zuhaitz filogenetiko bat, ASxL5T itsas Spirospiraceae bakterioaren eta bere hurbileko ahaideen arteko erlazioa erakusten duena, E. coli U 5/41T kanpoko talde gisa. (B) T. oleivorans MIL-1T-rekin alderatuta, geneen kategoria funtzionalaren banaketa ASx5LT proteinaren orthologous group (COG) multzoan oinarrituta aurreikusten da. Ezkerreko irudiak COG kategoria funtzional bakoitzean genoma bakoitzean dagoen gene kopurua erakusten du. Eskuineko grafikoak COG talde funtzional bakoitzean dauden genomaren ehunekoa erakusten du. (C) T. oleiverans MIL-1T-rekin alderatuta, ASxL5T-ren KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) bide modular osoaren analisia.
KEGG datu-basea ASxL5T genoman dauden osagai-geneak aztertzeko erabiltzeak gamma Proteus aerobikoaren bide metaboliko tipikoa agerian utzi zuen. ASxL5T-k 75 gene ditu guztira bakterioen proteina motorrei esleitutakoak, kimiotaxian, flageloen muntaian eta IV motako fimbriae sisteman parte hartzen duten geneak barne. Azken kategorian, 10 geneetatik 9 dira beste hainbat organismoren mugimenduaren erantzule. ASxL5T-ren genomak tetrahidropirimidinaren bide biosintetiko oso bat dauka, estres osmotikoaren babes-erantzunean parte hartzen duena20, halofiloentzat espero den moduan. Genomak kofaktore eta bitaminak lortzeko bide oso ugari ere baditu, erriboflabinaren sintesi bideak barne. Alkano 1-monooxigenasa (alkB2) genea ASxL5T-n dagoen arren, hidrokarburoen aprobetxamendu bidea ez dago osatua. ASxL5T-ren genomaren sekuentzian, T. oleiverans MIL-1T21-en hidrokarburoen degradazioaren erantzule nagusitzat identifikatutako geneen homologoak, hala nola, TOL_2658 (alkB) eta TOL_2772 (alkohol deshidrogenasa) ez daude. 3B irudiak COG kategorian ASxL5T eta Oliba-olioaren MIL-1T arteko gene-banaketaren konparazioa erakusten du. Oro har, ASxL5T genoma txikiagoak proportzionalki COG kategoria bakoitzeko gene gutxiago ditu erlazionatutako genoma handiagoarekin alderatuta. Kategoria funtzional bakoitzeko gene-kopurua genomaren ehuneko gisa adierazten denean, aldeak antzematen dira itzulpenaren, egitura erribosomikoen eta biogenesiaren kategorietan, eta energia-ekoizpen eta bihurtze-funtzioen kategorietan, ASxL5T handiagoa osatzen duten geneen ehunekoetan. genoma Ehunekoa T. oleiverans MIL-1T genometan dagoen talde berarekin alderatzen da. Aitzitik, ASxL5T genomarekin alderatuta, T. oleivorans MIL-1T-k geneen ehuneko handiagoa du erreplikazio, birkonbinazio eta konponketa eta transkripzio kategorietan. Interesgarria da bi genomaren kategoria funtzional bakoitzaren edukiaren alde handiena ASxL5T-n dauden gene ezezagunen kopurua da (3B irudia). KEGG moduluen aberaste-analisia egin da, non KEGG modulu bakoitzak eskuz definitutako unitate funtzional multzo bat adierazten duen genomaren sekuentziaren datuen oharpen eta interpretazio biologikorako. ASxL5T-ren eta oliba-MIL-1T-ren KOG moduluaren bide osoko gene-banaketaren konparazioa 3C irudian ageri da. Analisi honek erakusten du ASxL5Tk sufre eta nitrogenoaren bide metaboliko osoa duen arren, T. oleiverans MIL-1T-k ez duela. Aitzitik, T. oleiverans MIL-1T-k zisteina eta metioninaren bide metaboliko osoa du, baina osatugabea da ASxL5T-n. Beraz, ASxL5T-k sulfatoaren asimilaziorako modulu berezi bat du (markatzaile fenotipiko gisa erabil daitezkeen gene multzo gisa definitua, hala nola gaitasun metabolikoa edo patogenizitatea; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T-n . oleiverans MIL-1T. ASxL5T-ren gene-edukia harrapari-estiloa iradokitzen duten geneen zerrendarekin alderatzea ez da erabakigarria. O antigeno polisakaridoarekin muinean lotutako ligasa kodetzen duen waaL genea ASxL5T genoman dagoen arren (baina bakterio Gram-negatibo askotan ohikoa da), triptofano 2,3-dioxigenasa (TDO) geneek 60 aminoak izan ditzakete. ez dauden bakterio harraparietan aurkitu ohi diren eskualde azidoak. ASxL5T genoman ez dago beste gene harrapari-ezaugarririk, mevalonatoaren bideko isoprenoideen biosintesian parte hartzen duten entzimak barne. Kontuan izan aztertutako harrapari taldean transkripzio-gene erregulatzailerik ez dagoela gntR, baina ASxL5T-n gntR antzeko hiru gene identifikatu daitezke.
ASxL5T-ren ezaugarri fenotipikoak 3. taulan laburbiltzen dira eta literaturan jasotako 23, 24, 25, 26 eta 27 genero erlazionatutako ezaugarri fenotipikoekin alderatzen dira. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis eta Oceanobacter kriegii-ren isolatuak hagaxka-formako gorputz aktiboak, gatzarekiko toleranteak eta oxidasa positiboak dira, baina ASxL5T-rekin ia ez dute beste ezaugarri fenotipikorik. Ozeanoaren batez besteko pHa 8,1 da (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), eta hori T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis eta O-n islatzen da. kriegii. ASxL5T itsas-espezie ez diren espezieen ohiko pH-tarte handiagorako (4-9) egokia da. Thalassolituus sp-ren ezaugarri fenotipikoak. C2-1. Ezezaguna. ASxL5T-ren hazkuntza-tenperatura-tartea, oro har, itsas-tentsioena baino zabalagoa da (4-42 °C), nahiz eta T. marinus isolatu batzuk, baina ez guztiak, beroarekiko tolerantzia izan. Salda medioetan ASxL5T hazteko ezintasunak karakterizazio fenotipiko gehiago eragotzi zuen. Erabili API 20E BA plakatik ateratako materialak probatzeko, ONPG, arginina dihidrolasa, lisina dekarboxilasa, ornitina dekarboxilasa, zitratoaren erabilera, ureasa, triptofano desaminasa, gelatina hidrolisi entzima, probaren emaitzak negatiboak izan ziren, baina ez indola, azetoina eta H2S. ekoitzi ziren. Hartzitu gabeko karbohidratoak honako hauek dira: glukosa, manosa, inositol, sorbitol, rhamnose, sakarosa, melibiose, amigdalina eta arabinosa. Argitaratutako erreferentziazko anduiekin alderatuta, ASxL5T anduiaren gantz-azido zelularren profila 4. taulan ageri da. Gantz-azido zelular nagusiak C16:1ω6c eta/edo C16:1ω7c, C16:0 eta C18:1ω9 dira. C12:0 3-OH eta C10:0 3-OH gantz-azido hidroxiak ere existitzen dira. ASxL5T-n C16:0 erlazioa erlazionatutako generoen balioak baino handiagoa da. Aitzitik, jakinarazitako T. marinus IMCC1826TTrekin alderatuta, ASxL5T-n C18:1ω7c eta/edo C18:1ω6c ratioa murriztu egiten da. oleivorans MIL-1T eta O. kriegii DSM 6294T, baina ez dira detektatu B. sanyensis KCTC 32220T-n. ASxL5T eta ASxLS-en gantz-azidoen profilak alderatuz gero, bi anduien arteko gantz-azido indibidualen kantitatean desberdintasun sotilak agertu ziren, espezie bereko DNA genomikoaren sekuentziarekin bat datozenak. Ez da poli-3-hidroxibutirato (PHB) partikularik detektatu Sudan beltzaren proba erabiliz.
ASxL5T bakterioen harrapari-jarduera aztertu zen harrapakinen barrutia zehazteko. Bakterio honek Campylobacter espezieetan plakak sor ditzake, besteak beste: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 eta C. upsaliensis NCTC 11541T. Erabili metodoaren ostalari-barrutia zehazteko atalean zerrendatutako kulturak bakterio Gram-negatibo eta Gram-positiboen sorta zabalagoa probatzeko. Emaitzek erakusten dute ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 eta Citrobacter freundii NCTC 9750T-n ere erabil daitekeela. Klebsiella oxytoca 11466-n eratutako plakak. E. coli NCTC 86-rekin TEM elkarrekintza 4A-D irudian ageri da, eta Campylobacter jejuni PT14 eta Campylobacter suis S12-rekin 4E-H irudian erdialdean. Badirudi eraso-mekanismoa ezberdina dela probatutako harrapakin-moten artean, E. coli zelula bat edo gehiago ASxL5T zelula bakoitzari atxikita eta zelula hedatuaren alboan kokatuta adsorbitu aurretik. Aitzitik, ASxL5T Campylobacter-i ukipen-puntu bakar baten bidez lotzen dela dirudi, normalean harrapari-zelularen erpinarekin kontaktuan eta Campylobacter zelularen erpinetik gertu (4H irudia).
ASx5LT eta harrapakinen arteko elkarrekintza erakusten duen TEM: (AD) eta E. coli harrapakinak; (EH) eta C. jejuni harrapakinak. (A) E. coli (EC) zelula bakar bati konektatuta dagoen ASx5LT zelula tipikoa; (B) ASx5LT harizpitsu bat EC zelula bakar bati lotuta; (C) ASx5LT zelula haritsu bat EC zelula anitzekin konektatuta; (D) E. coli (EC) zelula bakarrean ASx5LT zelula txikiagoak eranstea; (E) ASx5LT zelula bakar bat Campylobacter jejuni (CJ) zelula bati konektatuta; (F) ASx5LTk C. hyointestinalis (CH) zelulak erasotzen ditu; (G) bi One ASx5LT zelula CJ zelula bati eraso zioten; (H) ASx5LT eranskin puntuaren hurbileko ikuspegia, CJ zelularen erpinetik gertu (0,2 μm barra). Barrak 1 μm adierazten du (A–G).
Bakterio harrapariak harrapakin iturri ugariak aprobetxatzeko eboluzionatu egin dira. Jakina, askotariko ingurune desberdinetan daude. Populazio-kideen tamaina estua dela eta, ASxL5T bakterioak mindatik isolatzea posible da fagoen bereizketa metodoa erabiliz. Harrigarria da ASxL5T-k itsas bakterioen ozeanospirillazeoen familiako kideentzat duen garrantzia genomikoa, nahiz eta organismoa gatzarekiko tolerantea den eta %5eko gatza duen euskarri batean hazi daitekeen. Mindaren uraren kalitatearen azterketak erakutsi zuen sodio kloruroaren edukia % 0,1 baino txikiagoa zela. Horregatik, lokatza itsas ingurunetik urrun dago, bai geografikoki, bai kimikoki. Iturri bereko hiru isolamendu erlazionatutako baina desberdinen presentziak harrapari hauek itsaso ez den ingurune honetan hazten ari direla frogatzen du. Gainera, mikrobiomaren analisiak (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 webgunean eskuragarri dauden datu-fitxategiak) erakutsi zuen 16S rRNA gene-sekuentzia bera 50 taxon operatibo ugarienetan (OTU) kokatzen dela. ) Lohiaren laginketa-tarte gutxi batzuetan. Landu gabeko hainbat bakterio aurkitu ziren Genbank datu-basean, ASxL5T bakterioen antzeko 16S rRNA gene sekuentziak dituztenak. Sekuentzia hauek, ASxL5T, ASxS5 eta ASxO5 sekuentziarekin batera, Thalassolituus eta Oceanobacter-etik bereizita dauden klado desberdinak irudikatzen omen dituzte (2. irudia). Landu gabeko hiru bakterio mota (GQ921362, GQ921357 eta GQ921396) 1,3 kilometroko sakoneran isolatu ziren Hegoafrikako urre meategian 2009an, eta beste biak (DQ256320 eta DQ337006) Hegoafrikako lurpeko uretatik (hori ere). 2005ean). 16S rRNA gene-sekuentzia ASxL5T-rekin gehien erlazionatuta dagoen 16S rRNA gene-sekuentzia 2006an Frantziako iparraldeko hondartzetan lortutako harea-sedimentuen aberaste-kulturatik lortutako 16S rRNA gene-sekuentziaren parte da (AM29240828 sarbide-zenbakia). Kultura gabeko HQ183822.1 bakterioaren 16S rRNA gene-sekuentzia estuki lotutako beste bat Txinako udal-zabortegi batetik lixibiatutako bilketa-tanga batetik lortu zen. Jakina, ASxL5T bakterioak ez dira oso adierazgarriak datu-base taxonomikoetan, baina litekeena da kultura gabeko bakterioen sekuentzia hauek ASxL5T-ren antzeko organismoak irudikatzea, mundu osoan banatuta daudenak, normalean ingurune zailetan. Genoma osoaren analisi filogenetikotik, ASxL5T-ren erlatiborik hurbilena Thalassolituus sp da. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Eta O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus itsasoko derrigorrezko hidrokarburoen zatiketa bakterioen (OHCB) kidea da, itsas eta lurreko inguruneetan oso hedatuta dagoena, eta hidrokarburoen kutsadura-gertakarien ondoren nagusi bihurtzen dena30,31. Itsas bakterioak ez dira OHCB taldeko kideak, baina itsas ingurunetik isolatuta daude.
Datu fenotipikoek adierazten dute ASxL5T espezie berria dela eta orain arte ezagutzen ez zen itsas spirospiraceae familiako genero bateko kidea dela. Gaur egun ez dago estandar argirik isolatu berri diren anduiak genero berri batean sailkatzeko. Generoen muga unibertsalak zehazten saiatu dira, adibidez, proteina kontserbatzaile baten genomaren portzentajearen arabera (POCP), gomendagarria da ebaki-balioa erreferentziako anduiaren %50 berdina izatea33. Beste batzuek AAI balioak erabiltzea proposatzen dute, POCPren aldean abantailak dituztenak genoma osatugabeetatik lor daitezkeelako34. Egilearen ustez, AAI balioa % 74 baino txikiagoa bada espezie ereduko tentsioarekin alderatuta, tentsioa beste genero baten ordezkaria da. Itsas spirillaceae-en genero eredua marine spirillum da, eta tentsio eredua O. linum ATCC 11336T. ASxL5T eta O. linum ATCC 11336T arteko AAI balioa % 54,34 da, eta ASxL5T eta T. oleivorans MIL-1T (genero motako anduiak) arteko AAI balioa % 67,61ekoa da, ASxL5T Thalassolituus-en desberdina den genero berri bat adierazten duela adieraziz. 16S rRNA gene-sekuentzia sailkapen estandar gisa erabiliz, iradokitako generoaren muga-muga %94,5 da35. ASxL5T Thalassolituus generoan jar daiteke, eta % 95,03ko 16S rRNA sekuentziaren identitatea erakusten du T. oleivorans MIL-1T eta % 96,17arekin. marinus IMCC1826T. Hala ere, Bacteroides generoko % 94,64ko 16S rRNA genearen identitatea duen B. sanyensis NV9rekin ere kokatuko da, 16S rRNA genea bezalako gene bakarra erabiltzeak sailkapen eta esleipen arbitrarioa ekar dezakeela adieraziz. Iradokitako beste metodo batek ANI eta Genome Alignment Score (AF) erabiltzen ditu lehendik dauden generoen mota guztietako eta mota gabeko anduietako datu-puntuen multzokatzea aztertzeko. Egileak gomendatzen du generoaren muga aztertzen ari diren taxonen berariazko estimatutako generoaren inflexio puntuarekin konbinatzea. Hala ere, Thalassolituus isolatuen genoma sekuentzia oso osorik ez badago, ezinezkoa da metodo honen bidez ASxL5T Thalassolituus generokoa den ala ez zehaztea. Analisirako genoma sekuentzia osoen erabilgarritasun mugatua denez, genoma zuhaitz filogenetiko osoa kontu handiz interpretatu behar da. Bigarrenik, genoma osoa konparatzeko metodoek ezin dute konparatutako genomaren tamainan desberdintasun handiak izan. Kopia bakarreko gene kontserbatuen antzekotasuna neurtu dute erlazionatutako generoen artean, baina ez dute kontuan hartu ASxL5T-ren genoma askoz txikiagoan dagoen gene kopuru handia. Jakina, ASxL5T eta Thalassolituus, Oceanobacter eta Bacterioplanes barne taldeek arbaso komun bat dute, baina eboluzioak beste bide bat hartu du, genomaren murrizketa ekarriz, bizimodu harrapari batera egokitzea izan daitekeena. Hau T. oleivorans MIL-1T-ren kontrakoa da, hau da, % 28 handiagoa da eta ingurumen-presio ezberdinetan eboluzionatu du hidrokarburoak erabiltzeko23,30. Konparaketa interesgarria egin daiteke zelula barneko parasito eta sinbionte derrigorrezkoekin, hala nola Rickettsia, Chlamydia eta Buchnera. Haien genomaren tamaina 1 Mb ingurukoa da. Ostalari-zelulen metabolitoak erabiltzeko gaitasunak gene-galera dakar, beraz, degradazio genomiko ebolutibo garrantzitsua jasan zuen. Itsasoko mantenugai kimikoko organismoetatik bizimodu harraparietara egindako aldaketa ebolutiboak genomaren tamainaren antzeko murrizketa ekar dezakete. COG eta KEGG analisiak funtzio espezifikoetarako erabiltzen diren gene kopurua eta ASxL5T eta T. oleivorans MIL-1T arteko bide genomikoen desberdintasun globalak nabarmentzen ditu, elementu genetiko mugikorren erabilgarritasun hedatuagatik ez direnak. ASxL5T-ren genoma osoaren G + C ratioaren aldea % 56,1ekoa da, eta T. oleivorans MIL-1T-ena % 46,6koa, eta horrek ere bereizita dagoela adierazten du.
ASxL5T genomaren kodetze-edukiaren azterketak ezaugarri fenotipikoei buruzko ikuspegi funtzionalak eskaintzen ditu. IV motako fimbriae (Tfp) kodetzen duten geneen presentzia bereziki interesgarria da, zelulen mugimendua sustatzen dutelako, deslizamendu soziala edo konbultsioa izenekoa, azalean flagelorik gabe. Txostenen arabera, Tfp-k beste funtzio batzuk ditu, besteak beste, harraparitzea, patogenia, biofilmen eraketa, DNAren hartze naturala, zelulen agregazio automatikoa eta garapena38. ASxL5T genomak diguanylato ziklasa kodetzen duten 18 gene ditu (2 guanosina trifosfatoa guanosina 2 fosfato eta diGMP zikliko bihurtzea katalizatzen duen entzima) eta dagokion diguanilato ziklasa fosfato diGMP kodetzen duten 6 gene ditu. Esterasaren genea (di-GMP ziklikoaren degradazioa guanosina monofosfatorako katalizatzen duena) interesgarria da, cycl-di-GMP biofilmaren garapenean eta bereizketan, mugimenduan, zelulen eranskinean eta birulentzian parte hartzen duen bigarren mezulari garrantzitsua delako 39, 40 prozesuan. Kontuan izan behar da, halaber, Bdellovibrio bacteriovorus-en, GMP bikoitz ziklikoak bizitza askearen eta bizimodu harrapariaren arteko trantsizioa kontrolatzen duela frogatu dela41.
Bakterio harrapariei buruzko ikerketa gehienak Bdellovibrio, Bdellovibrio antzeko organismoetan eta Myxococcus espezieetan oinarritu dira. Horiek eta bakterio harraparien adibide ezagun batzuek talde anitza osatzen dute. Aniztasun hori gorabehera, ezagutzen diren 11 bakterio harrapariren fenotipoak islatzen dituzten proteina-familia bereizgarrien multzoa identifikatu da3,22. Hala ere, O antigen ligase (waaL) kodetzen duten geneak soilik identifikatu dira, eta hori bereziki ohikoa da bakterio Gram-negatiboetan. Azterketa modu hau ez da lagungarria ASxL5T harrapari gisa izendatzeko, ziurrenik eraso estrategia berri bat erabiltzen duelako. Bakterioen genoma harrapari anitzen eskuragarritasunak taldekideen arteko desberdintasun funtzionalak eta ingurumenekoak kontuan hartzen dituzten bereizmen analisi finagoak garatzen lagunduko du. Azterketa honetan sartzen ez diren bakterio harraparien adibideak Cupriavidus necator42 eta Bradymonabacteria43 kideen artean daude, izan ere, ikertzaileek mikrobio-komunitate desberdinak ikertzen dituzten heinean, taxon harrapari gehiago ezartzen dira.
TEM irudiak harrapatutako ASxL5T bakterioen ezaugarririk aipagarriena bere morfologia berezia eta malgua da, bakterio harrapakinekin elkarrekintza susta dezakeena. Behatutako interakzio mota beste bakterio harrapari batzuen ezberdina da eta ez da aurrez aurkitu edo jakinarazi. Proposatutako ASxL5T harrapari-zikloa 5. irudian ageri da. Literaturan adibide gutxi daude hemen azaltzen dugun antzeko egitura apikala duten, baina adibide horien artean daude Terasakiispira papahanaumokuakeensis, spirillum bakterioa noizbehinka apex handitzen duena 44, eta Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , lehen Oceanospirillum generokoa, The deitutakoa erakusten duena "film polarra" 45. Kultura zaharretan maiz ikusten dira koka-formak, batez ere forma kurbatuak dituzten bakterioetan, hala nola Vibrio, Campylobacter eta Helicobacter 46, 47, 48, egoera degradatua irudika dezaketenak. Lan gehiago behar da ASxL5T bakterioen bizi-ziklo zehatza argitzeko. Nola harrapatzen eta harrapatzen duen zehazteko, eta bere genomak helburu mediko edo bioteknologikoetarako erabil daitezkeen konposatu biologikoki aktiboak kodetzen dituen zehazteko.
Venatorbacter gen deskribapena. Azaroa Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator,'ehiztari' eta Gr. n. bacter,'haxka bat') venators-ek osatzen dute. Venatorbacter,'ehiza-kanabera' Zelula aerobikoak, gatz-toleranteak, Gram orban negatiboak dira, ariketa-bastaka eta PHB-ko tenperatura-tartean ez dira metatzen 42 °C Ingrown 4-9 arteko pH-a ez da ohikoa, gehienak pH azidoarekiko intoleranteak dira C16:1ω6c eta/edo C16:1ω9 :0 3-OH eta C10:0 3-OH gantz-azido hidroxi gisa aurkitzen dira. Ez dira hazten salda media. ADN G + C % 56,1 molekoa da.
Venatorbacter cucullus sp.ren deskribapena. Azaroa Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus-ek carenadoa esan nahi du).
Gainera, genero honen ezaugarri deskribatzailea BA edo BHIn hazten direnean, zelulak 1,63 µm luze eta 0,37 µm zabal dira. BHI agar-aren koloniak oso txikiak dira, 2 mm-ko diametroa lortzen dute 72 orduren buruan. Beixa, zeharrargiak, biribilak, ganbilak eta distiratsuak dira. Espezie honetako kideek Escherichia coli eta Klebsiella erabil ditzakete. Campylobacter eta beste hainbat bakterio Gram negatibo harrapakin gisa balio dute.
ASxL5T andui tipikoa behi-esnetik isolatu zen Nottinghamshire-n, Erresuma Batuan, eta National Type Culture Collection-en (Erresuma Batua) metatu zen: NCTC 14397 izendepen-zenbakia eta NCCB 100775 Holandako Bacterial Culture Collection-en (NCCB) atxikipen-zenbakia. ASxL5T-ren genoma sekuentzia osoa. CP046056 gehitzearen arabera Genbank-en gordailatu da.
ASxL5T bakterioak behi-esnetik isolatu ziren fagoak isolatzeko teknologia erabiliz9,49. Minda 1:9 (w/v) diluitu zen SM tamponean (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O eta %0,01 gelatina; Sigma Aldrich, Gillingham, Erresuma Batua), Ondoren inkubatu 4 °C-tan 24 orduz, poliki-poliki biratuz harrapariak bufferera elutatzeko. Esekidura 3000g-tan zentrifugatu zen 3 minutuz. Gaingaia bildu eta 13.000 g-tan zentrifugatu zen bigarren aldiz 5 minutuz. Ondoren, gainditzailea 0,45 µm-ko mintz-iragazki batetik (Minisart; Sartorius, Gottingen, Alemania) eta 0,2 µm-ko mintz-iragazki batetik (Minisart) igaro zen gainerako bakterio-zelulak kentzeko. ASxL5T-k iragazki hauek pasa ditzake. Minda bereko Campylobacter enterosus S12 (NCBI atxikipen-zenbakia CP040464) agar belar leun bat prestatu zen teknika estandarrak erabiliz. Iragazitako minda ostalariaren plaka horietako bakoitzean banatu zen 10 µl-ko tantatan hirukoiztuta eta lehortzen utzi zen. Plaka depositu mikroaerofilo batean inkubatu zen 37 °C-tan 48 orduz baldintza mikroaerobikoetan (% 5 O2, % 5 H2, % 10 CO2 eta % 80 N2). Lortutako plaka ikusgaia SM bufferera erauzi eta C. hyointestinalis S12-ren belar freskora eraman zuten lisatutako organismoak gehiago hedatzeko. Behin bakterioak plaka litikoaren kausa direla eta ez fagoak zehazten denean, saiatu organismoa ostalariarengandik independentean hazten eta gehiago karakterizatzen. Kultura aerobikoa 37 °C-tan egin zen zaldi-odol desfibrinatuarekin %5 v/v (TCS Biosciences Lt, Buckingham, Erresuma Batua, osagarria). Estandar Kliniko Nazionalaren Batzordearen jarraibideen arabera, diskoaren difusio metodoa bakterioen aurkako suszeptibilitate probak egiteko erabiltzen da. BHI agar 37 °C-tan hazi zen, hazi aerobikorako antibiotiko hauek (Oxoid) zituen disko bat erabiliz: amoxizilina eta azido klavulanikoa 30 µg; cefotaxima 30 µg; estreptomizina 10 µg; ziprofloxacina 5 µg; Ceftazidima 30 µg Azido nalidixikoa 30 µg; Imipenem 10 µg; azitromizina 15 µg; Kloranfenikola 30 µg; Cefoxitina 30 µg; tetraziklina 30 µg; Nitrofurantoina 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampizilina 10 µg; Cefpodoxima 10 µg; Trimetoprim-Sulfametoxazol 25 µg. Gatzaren tolerantzia BHI agar plaketan inkubazio aerobikoaren bidez ezarri zen 37 °C-tan. NaCl gehigarria gehitu zen BHI agar-plaketan % 10 p/v arteko kontzentrazio tartea emateko. PH-a 37 °C-ko BHI agar-plaketako hazkuntza aerobikoaren bidez zehazten da, non pH-tartea 4 eta 9 artean egokitu den HCl antzuarekin edo NaOH antzuarekin, eta helburuko pH-balioa egiaztatzen da plaka isuri aurretik. Gantz-azido zelularrak aztertzeko, ASxL5T BHI agar-ean hazi zen 3 egunez eta aerobikoa 37 °C-tan. FERA Science Ltd-en (York, Erresuma Batua) MIDI (Sherlock Microbial Identification System, 6.10 bertsioa) protokolo estandarraren arabera, zelulen gantz-azidoak atera, prestatu eta aztertu ziren.
TEM-rako, ASxL5T aerobikoa landu zen 37 °C-tan BAn uniformeki zabalduz 24 orduz, eta gero %3 (v/v) glutaraldehidoko 1 mltan bildu 0,1 M kakodilato tamponean giro-tenperaturan. Konpondu ordubetez, ondoren zentrifugatu. 10.000 g-tan 3 minutuz. Ondoren, astiro-astiro ipini pelleta 600 μl 0,1 M kakodilato tamponean. Transferitu ASxL5T esekidura finkoa Formvar/karbono filmera 200 sareko kobre-sare batean. Bakterioak % 0,5 (w/v) uranil azetatoz tindatu ziren minutu 1 eta TEM-k aztertu zituen TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopioarekin. Goian esan bezala, konbinatu harrapakin eta harrapari kopuru bera NZCYM saldan (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) eta inkubatu 48 orduz Campylobacter edo Campylobacter baldintza mikroaerobikoetan 37 °C-tan, Harrapari eta harrapakinen elkarrekintza. TEMek ere aztertu zuen. Escherichia coli-ren baldintza aerobikoak. Aztertu harrapariak eta bakterio harrapariak modu independentean, harrapariaren ondorioz zelularen morfologian edozein aldaketa zehazteko. Sudan beltza metodoa PHB metaketaren mikroskopia optikorako erabili zen.
Hazi ASxL5T gaueko hazkuntzak BHI edo BA plaketan hazkuntza esteril batekin zikinduta. Bildu ASxL5T zelulak eta eseki itzazu MRDn (CM0733, Oxoid), eta, ondoren, jarri 4 °C-tan 7 egunez zelulak gosez hiltzeko. NCTC erreferentziako edo laborategiko stock bakterio-kultura BHI saldan edo 2. nutrienteen saldan (CM007, Oxoid) inokulatu zen, gauean inkubatu, 13.000 g-tan zentrifugatu eta MRDn berriro esekitu OD600 0,4 izan arte. Kultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxyctoca, Lebsiella oxyctoca, Lebsiella oxyctoca Listeria Bakterio bereziak NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus itsaspeko hanburgesa NCTC 1621T, Salmonella hesteetako bakterioak Mondeville NCTC 5786TC, 10. aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter ostalaria mikroaerobikoki inkubatu zen BA plaketan 37 °C-tan eta NZCYM saldan eseki zen. Probatutako Campylobacter ostalariak hauek dira: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C.1 lari NCTC . PT14, C... Bildu zelulak MRDn, zentrifugatu 13.000g-tan eta berriro suspentsatu MRDn OD600 0,4 izan arte. Gehitu 0,5 ml esekiduraren alikuota bat 5 ml urtutako NZCYM goiko agar-ari (% 0,6 agar) eta bota % 1,2ko NZCYM beheko plaka batean. Sendu eta lehortu ondoren, serieko diluitutako ASxL5T 20 µl-ko tanta gisa banatu zen belar-ohol bakoitzean hiru kopiatan. Kultura-tenperatura eta atmosfera probako bakterioen eskakizunen araberakoak dira.
Erabili GenElute™ Bakterioen DNA Genomic Kit (Sigma Aldridge) bakterio isolatuetatik DNA prestatzeko. Metodo estandarrak erabili ziren 16S rRNA genearen PCR anplifikaziorako eta produktuaren sekuentzia zehazteko koloratzaileen amaiera-kimika erabiliz (Eurofins Value Read Service, Alemania). Erabili BLAST-N programa sekuentzia hauek beste 16S rRNA gene sekuentzia batzuekin alderatzeko, estu lotutako espezieak identifikatzeko eta biltzeko. Hauek ClustalW erabiliz lerrokatzen dira MEGA X programan. Zuhaitz filogenetikoa MEGA X erabiliz berreraiki zen Tamura-Nei ereduan oinarritutako probabilitate maximoaren metodoa erabiliz, 1000 kopia gidaturekin54. Erabili PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, Erresuma Batua) DNA erauzteko genoma osoa sekuentziatzeko. ASxL5T-ren genomaren sekuentzia Illumina MiSeq konbinazioaren bidez zehaztu zen, 250 bp-ko mutur bikoitzeko irakurketez osatua, Nextera etiketatze-kitarekin prestatutako liburutegiz eta PacBio plataformatik 2 eta 20 kb bitarteko irakurketez osatua. Sembia Unibertsitateko Genomika DNA Sekuentziazio Ikerketa Instalazioa. Genoma CLC Genomics Workbench 12.0.3 erabiliz muntatu zen (Qiagen, Aarhus, Danimarka). ASxL5T kulturak National Type Culture Collectionn (Erresuma Batua) eta Netherlands Bacterial Culture Collectionn (NCCB) gordetzen dira. Konparatzeko erabiltzen diren organismo erlazionatuen genomak hauek dira: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (HF680312 atxikipen-zenbakia, osoa); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (atxikipen-zenbakia BMYY01000001, osatu gabea); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (atxikipen-zenbakia NZ_AUGV00000000, osatu gabea); Marinamonas komunitatea DSM 5604T (gehitua ASM436330v1, osatu gabea), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (gehitua MTSD02000001, osatu gabea) eta Thalassolituus sp. C2-1 (gehitu NZ_VNIL01000001, osatu gabe). Erabili JGI Genome Portal36 helbidean https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= lerrokatze puntuazioa (AF) eta azido nukleikoen batez besteko identitatea (ANI) zehazteko. Binaka. Rodriguez-R & Konstantinidis55 metodoa erabili zen aminoazidoen identitatea (AAI) zehazteko. Erabili GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 probabilitate maximoko zuhaitz filogenetiko bat sortzeko. Eskuragarri dagoen erreferentzia-genoma adierazten duen sarrera-genoma 16S rRNA filogenetik ASxL5T-rekin erlazionatuta dauden erreferentzia-generoetatik hautatzen da. Zuhaitza komentatu du bizitzaren zuhaitz interaktiboa lineako tresna erabiliz (https://itol.embl.de/). ASxL5T genomaren oharpen funtzionala eta analisia BlastKOALA KEGG lineako tresnaren bidez egiten da KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) moduluaren aberaste-banaketa erabiliz. COG kategorien (talde ortologoen) banaketa eggNOG-mapper lineako tresnaren bidez zehazten da.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ eta Muñoz-Dorado, J. Bacterial predation: 75 urte eta jarraitzen du! . ingurunea. mikroorganismoa. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etab. Peruko kostaldeko bakterio harraparien aniztasuna eta bakterioen aurkako ahalmena. Martxoko drogak. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Haien geneen bidez ulertuko dituzu: bakterio harraparien ezaugarri genomikoak. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bdellovibrio bakteriofagoaren bizimodu harrapatzailea. instalatu. Mikrobio artzainak. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Bakterio harraparien antibiotikoak. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio eta antzeko organismoak ostalari-populazio ezberdinetan mikrobiomaren aniztasunaren iragarleak dira. mikroorganismoa. Ekologia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. eta Ballesté-Delpierre, C. Ezagutu agente antibacteriano berrien egungo egoera. klinikoa. mikroorganismoa. Infektatu. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Fagoaren eta fagoen harrapakin bikoitzak E. coli harrapakinak desagerrarazi ditzake harrapari bakar bat egin gabe. J. Bakterioak. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Oilasko aske eta organikoen elikadura-zikloan isolatutako Campylobacter eta bakteriofagoen zenbaketa eta aniztasuna. Aplikazio-ingurunea. mikroorganismoa. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA, etab. Campylobacter txerrien taxonomia genomikoa eta epidemiologia eguneratzea. zientzia. Ordezkaria 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Sistemaren genomikarako lan-fluxua erabilerraza. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: denbora eta espazioaren konplexutasuna murrizten duen sekuentzia anitzeko lerrokadura metodoa. BMC informazio biologikoa. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Lerrokatze eta mozketa automatikorako tresna eskala handiko analisi filogenetikoan. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC genea eta sekuentzia metagenomikoaren itzulpena hasteko gunearen iragarpena. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Multiplataforma eta NCBI sailkapen tresna eraginkorra. Bio Rxiv. (2021eko ekainaren 1ean kontsultatua); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-gutxi gorabeherako gehieneko probabilitate zuhaitza lerrokadura handiarekin. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paraleloa. (2021eko ekainaren 1ean kontsultatua); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Azido nukleikoen ikerketa. 28, 27-30 (2000).
Txekiar Errepublika, L. eta abar. Ektoina eta hidroxiektoina extremolitoen papera estresaren babesle eta mantenugai gisa: genetika, sistema genomika, biokimika eta egitura-analisia. Gene (Basilea). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Proteinen adierazpen diferentziala Thalassolituus oleivorans MIL-1 kate ertain eta luzeko alkanoen hazkuntzan zehar hidrokarburoen degradazio derrigorrezko bakterioaren hazkuntzan. aurrean. mikroorganismoa. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. eta Jurkevitch, E. Fenotipiko espezifikoen adierazleak definitzeko genomika konparatiboko metodo berri batek herentzia espezifikoa erakusten du bakterio harraparien markan. Zientzia Liburutegi Publikoa Bat. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etab. Thalassolituus oleivorans genea. azaroa, sp. nov., hidrokarburoen erabileran espezializatutako itsas bakterio mota berri bat. nazioartekotasuna. J. Sistema. bilakaera. mikroorganismoa. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. azaroa, sp. Azaroan, Hego Pazifikoan zirkulatzen zuen itsasoko uretatik bereizi zen. nazioartekotasuna. J. Sistema. bilakaera. mikroorganismoa. 66, 5010–5015 (2016).