In nij soarte fan Gram-negative, aerobyske, sâlt-tolerante, aktive, staaffoarmige en rôfdierige baktearjes ASxL5T waard isolearre út in kij dongfiver yn Nottinghamshire, Ingelân, en brûkte Campylobacter as proai. Neitiid waarden oare Campylobacter-soarten en leden fan 'e famylje Enterobacteriaceae ûntdutsen as proai. Nei subkultuer sûnder hostsellen waard swak aseptyske groei berikt op Brain Heart Infusion Agar. De optimale groeibetingsten binne 37 °C en pH is 7. Transmission-elektroanenmikroskopie die bliken wat hiel ûngewoane morfologyske skaaimerken yn ferbân mei de beskikberens fan proai. Fylogenetyske analyze mei de 16S rRNA-gensekwinsje joech oan dat it isolaat besibbe is oan in lid fan 'e Marine Spirulina-famylje, mar kin net dúdlik klassifisearre wurde as lid fan in bekende skaai. Folsleine genoom-sekwinsje fan ASxL5T befêstige de relaasje mei leden fan 'e marine spirochetes. In databanksykjen die bliken dat ferskate ASxL5T's 16S rRNA-gensekwinsjes diele mei ferskate uncultured baktearjes út 'e oseaan, lân oerflak en grûnwetter. Wy suggerearje dat de stam ASxL5T in nije soarte fertsjintwurdiget yn in nije genus. Wy riede de namme Venatorbacter cucullus gen oan. novimber, sp. Yn novimber waard ASxL5T brûkt as de type stam.
Predatoryske baktearjes binne baktearjes dy't de mooglikheid hawwe om oare libbene baktearjes te jagen en te deadzjen om biosyntetyske materialen en enerzjy te krijen. Dit is oars as it algemiene herstel fan fiedingsstoffen út deade mikroorganismen, en it is ek oars as parasitêre ynteraksjes, wêrby't baktearjes in nauwe relaasje foarmje mei har gasthear sûnder se te deadzjen. Predatory baktearjes hawwe evoluearre ferskate libben syklussen te profitearjen fan oerfloedich fiedsel boarnen yn 'e nissen dêr't se wurde fûn (lykas marine habitats). Se binne in taksonomysk ferskaat groep, dy't allinich ferbûn binne troch har unike sterilisaasjelibbenssyklus1. Foarbylden fan predatory baktearjes binne fûn yn ferskate ferskillende phyla, ynklusyf: Proteobacteria, Bacteroides, en Chlorella.3. De meast goed ûndersochte rôfdierbaktearjes binne lykwols de Bdellovibrio en Bdellovibrio-en-like organismen (BALOs4). Predatory baktearjes binne in kânsrike boarne fan nije biologysk aktive ferbiningen en antibacteriële aginten5.
Predatory baktearjes wurde leaud te ferbetterjen mikrobieel ferskaat en hawwe in positive ynfloed op ekosysteem sûnens, produktiviteit en stabiliteit6. Nettsjinsteande dizze positive eigenskippen binne d'r in pear stúdzjes oer nije predatoryske baktearjes fanwegen de muoite om baktearjes te kultivearjen en de needsaak om sel-ynteraksjes soarchfâldich te observearjen om har komplekse libbenssyklusen te begripen. Dizze ynformaasje is net maklik te krijen fan komputeranalyse.
Yn in tiidrek fan tanimmend antimikrobiële ferset wurde nije strategyen foar it rjochtsjen fan baktearjende patogenen studearre, lykas it brûken fan bakteriofagen en rôfdierige baktearjes7,8. ASxL5T-baktearjes waarden yn 2019 isolearre mei faag-isolaasjetechnology út koedong sammele fan it Dairy Centre fan 'e Universiteit fan Nottingham, Nottinghamshire. It doel fan it ûndersyk is om organismen te isolearjen mei potinsjeel as biologyske kontrôle-aginten. Campylobacter hyointestinalis is in soönoatysk pathogen, dat hieltyd mear assosjearre wurdt mei minsklike intestinale sykten10. It is ubiquitous yn serum en wurdt brûkt as doelhost.
De ASxL5T-baktearje waard isolearre út beefjelly, om't konstatearre waard dat de plakken dy't it foarme op it gazon fan C. hyointestinalis fergelykber wie mei dy produsearre troch bakteriofagen. Dit is in ûnferwachte fynst, om't in part fan it faag-isolaasjeproses omfettet filterjen troch in 0.2 µm filter, dat is ûntworpen om baktearjele sellen te ferwiderjen. Mikroskopysk ûndersyk fan it materiaal dat út 'e plaque helle waard die bliken dat de lytse gram-negative kromme staaffoarmige baktearjes gjin polyhydroxybutyrate (PHB) sammelje. De aseptyske kultuer ûnôfhinklik fan proai sellen wurdt realisearre op rike bêst medium (lykas brain heart infusion agar (BHI) en bloed agar (BA)), en syn groei is swak. It wurdt krigen nei subculture mei swiere inoculum ferbetterje. It groeit like goed ûnder mikroaerobe (7% v/v soerstof) en atmosfearyske soerstofomstannichheden, mar net yn in anaerobe sfear. Nei 72 oeren wie de diameter fan 'e koloanje tige lyts, berikte 2 mm, en it wie beige, trochsichtich, rûn, konvex en glanzend. Standert biogemyske testen wurdt hindere om't ASxL5T net betrouber kin wurde kweekt yn floeibere media, wat suggerearret dat it kin fertrouwe op 'e komplekse libbenssyklus fan biofilmfoarming. De plaatsuspensje liet lykwols sjen dat ASxL5T aerobysk is, posityf foar oxidase en katalase, en kin 5% NaCl tolerearje. ASxL5T is resistint foar 10 µg streptomycin, mar is gefoelich foar alle oare testen antibiotika. De ASxL5T baktearjele sellen waarden ûndersocht troch TEM (figuer 1). As groeid sûnder proai-sellen op 'e BA, binne ASxL5T-sellen lytse Campylobacter, mei in gemiddelde lingte fan 1,63 μm (± 0,4), in breedte fan 0,37 μm (± 0,08), en in inkele lange (oant 5 μm) peal. Seksuele flagella. Likernôch 1,6% fan 'e sellen lykje in breedte fan minder dan 0,2 μm te hawwen, wat de passaazje troch it filterapparaat mooglik makket. In ûngewoane strukturele útwreiding waard waarnommen op 'e top fan guon sellen, fergelykber mei in fairing (Latynsk cucullus) (sjoch de pylken yn 1D, E, G). Dit liket te wêzen gearstald út oerstallige bûtenste membraan, dat kin wêze troch de flugge reduksje fan de grutte fan de periplasmic envelope, wylst de bûtenste membraan bliuwt yntakt, lit in "los" uterlik. It kultivearjen fan ASxL5T yn it ûntbrekken fan fiedingsstoffen (yn PBS) foar in lange tiid by 4 ° C resultearre yn 'e measte (mar net alle) sellen dy't in kokale morfology sjen litte (figuer 1C). As ASxL5T groeit mei Campylobacter jejuni as proai foar 48 oeren, is de gemiddelde selgrutte signifikant langer en smeller dan sellen groeid sûnder in host (tabel 1 en figuer 1E). Yn tsjinstelling, doe't ASxL5T groeit mei E. coli as proai foar 48 oeren, de gemiddelde sel grutte is langer en breder as wannear't it groeit sûnder proai (tabel 1), en de sel lingte is fariabele, meastal sjen litte filamentous (figuer 1F). As ynkubearre mei Campylobacter jejuni of E. coli as proai foar 48 oeren, lieten ASxL5T-sellen hielendal gjin flagella sjen. Tabel 1 gearfettet de waarnimmings fan feroaringen yn selgrutte basearre op de oanwêzigens, ôfwêzigens en proaitype fan ASxL5T.
TEM werjefte fan ASx5LT: (A) ASx5LT toant lange whip; (B) typyske ASx5LT batterij; (C) kokken ASx5LT-sellen nei lange ynkubaasje sûnder fiedingsstoffen; (D) in groep fan ASx5LT sellen litte abnormality (E) ASx5LT sel groep incubated mei Campylobacter proai toande ferhege sel lingte yn ferliking mei dy sûnder proai groei (D) ek toande apikale struktuer; (F) Large Filamentous flagella, ASx5LT sellen, nei incubation mei E. coli proai; (G) In inkele ASx5LT-sel nei ynkubaasje mei E. coli, mei in ûngewoane topstruktuer. De bar stiet foar 1 μm.
It bepalen fan 'e 16S rRNA-gensekwinsje (tagongsnûmer MT636545.1) makket it mooglik om databanksykingen te meitsjen om sekwinsjes te fêstigjen dy't fergelykber binne mei dy yn 'e Gammaproteobacteria-klasse, en binne it tichtst by marinebaktearjes yn 'e marine-spirillum-famylje (figuer 2), en binne leden fan 'e Thalassolituus-genus De neiste relatyf oan Marine Bacillus. De 16S rRNA-gensekwinsje is dúdlik oars as de predatoryske baktearjes dy't hearre ta de famylje Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). De pearwize fergelikingen fan B. bacteriovorus HD100T (type stam, DSM 50701) en B. bacteriovorus DM11A wiene 48,4% en 47,7%, en foar B. exovorus JSS wie it 46,7%. ASxL5T-baktearjes hawwe 3 kopyen fan it 16S rRNA-gen, wêrfan twa identyk binne oan elkoar, en de tredde is 3 basen apart. Twa oare rôfdierige baktearjele isolaten (ASx5S en ASx5O; 16S rRNA-gen-tagongsnûmers binne respektivelik MT636546.1 en MT636547.1) mei ferlykbere morfologyske en fenotypyske skaaimerken fan deselde lokaasje binne net itselde, mar se binne oars as ASxL5T en uncultured Bacterial databank sekwinsjes wurde klustere tegearre mei oare genera yn Oceanospirillaceae (figuer 2). De hiele genome-sekwinsje fan ASxL5T is bepaald en bewarre yn 'e NCBI-database, en it tagongsnûmer is CP046056. It genoom fan ASxL5T bestiet út in sirkulêr chromosoom fan 2.831.152 bp mei in G + C-ferhâlding fan 56,1%. De genoomsekwinsje befettet 2653 CDS (totaal), wêrfan 2567 wurde foarsein om aaiwiten te kodearjen, wêrfan 1596 kinne wurde tawiisd as putative funksjes (60,2%). It genoom befettet 67 RNA-kodearjende genen, ynklusyf 9 rRNA's (3 elk foar 5S, 16S, en 23S) en 57 tRNA's. De genomyske skaaimerken fan ASxL5T waarden fergelike mei de beskikbere genomen fan stammen fan it tichtste relatyf type identifisearre út 'e 16S rRNA-gensekwinsje (tabel 2). Brûk aminosoerenidentiteit (AAI) om alle beskikbere Thalassolituus-genomen te fergelykjen mei ASxL5T. De tichtst beskikbere (ûnfolsleine) genomsekwinsje bepaald troch AAI is Thalassolituus sp. C2-1 (taheakje NZ_VNIL01000001). Dizze stam waard isolearre út 'e djipsee-sediminten fan' e Mariana Trench, mar d'r is op it stuit gjin fenotypyske ynformaasje oer dizze stam foar fergeliking. Yn ferliking mei ASxL5T's 2,82 Mb, is it genoom fan it organisme grutter op 4,36 Mb. De gemiddelde genoomgrutte fan marine spirochetes is sawat 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 folsleine referinsjegenoom ûndersocht fan https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), sadat it genoom fan ASxL5T yn oerienstimming is mei de oarder Yn ferliking mei de oare leden, it is frij lyts. Brûk GToTree 1.5.54 om in genome-basearre rûsde fylogenetyske beam fan maksimale kâns te generearjen (figuer 3A), mei help fan de ôfstimd en keppele aminosûrsekwinsjes fan 172 genen mei ien kopy spesifyk foar Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. De analyze liet sjen dat it nau besibbe is oan Thalassolituus, Bacterial Plane, en Marine Bacterium. Dizze gegevens jouwe lykwols oan dat ASxL5T oars is fan har sibben yn Marine Spirulina en syn genome-sekwinsjegegevens binne beskikber.
De fylogenetyske beam mei de 16S rRNA-gensekwinsje markearret de posysje fan 'e ASxL5T-, ASxO5- en ASxS5-stammen (mei de guts) relatyf oan 'e net-kultivearre en marine baktearjestammen yn 'e Marine Spirulinaceae. It Genbank-tagongsnûmer folget de stamnamme tusken heakjes. Brûk ClustalW om sekwinsjes út te rjochtsjen, en brûk maksimale kâns metoade en Tamura-Nei-model om fylogenetyske relaasjes ôf te lieden, en útfiere 1000 begeliede replikaasjes yn it MEGA X-programma. It nûmer op 'e branch jout oan dat de begeliede kopywearde grutter is as 50%. Escherichia coli U/541T waard brûkt as útgroep.
(A) In fylogenetyske beam basearre op it genome, toant de relaasje tusken de marine Spirospiraceae baktearje ASxL5T en syn nauwe sibben, E. coli U 5/41T as in útgroep. (B) Yn ferliking mei T. oleivorans MIL-1T, wurdt de funksjonele kategoryferdieling fan genen foarsein basearre op it orthologous group (COG) kluster fan ASx5LT-protein. De figuer links toant it oantal genen yn elke funksjonele COG-kategory yn elk genom. De grafyk oan 'e rjochterkant toant it persintaazje genomen befette yn elke funksjonele COG-groep. (C) Yn ferliking mei T. oleiverans MIL-1T, de analyze fan 'e folsleine KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modulêre paad fan ASxL5T.
It brûken fan de KEGG-database om de komponintgenen te ûndersiikjen oanwêzich yn it ASxL5T-genoom iepenbiere it typyske metabolike paad fan aerobe gamma Proteus. ASxL5T befettet in totaal fan 75 genen tawiisd oan baktearjele motorproteinen, ynklusyf genen belutsen by chemotaxis, flagella-assemblage, en type IV fimbriae-systeem. Yn 'e lêste kategory binne 9 fan' e 10 genen ferantwurdlik foar de twitching beweging fan in ferskaat oan oare organismen. It genoom fan ASxL5T befettet in folslein tetrahydropyrimidine biosyntetyske paad dy't meidocht oan 'e beskermjende reaksje op osmotyske stress20, lykas ferwachte foar halophiles. It genoom befettet ek in protte folsleine paden foar kofaktoren en vitaminen, ynklusyf riboflavinsynthesepaden. Hoewol it alkaan 1-monooxygenase (alkB2) gen oanwêzich is yn ASxL5T, is it paad foar gebrûk fan koolwaterstoffen net folslein. Yn 'e genoomsekwinsje fan ASxL5T binne homologen fan genen identifisearre as benammen ferantwurdlik foar de ôfbraak fan koalwetterstoffen yn T. oleiverans MIL-1T21, lykas TOL_2658 (alkB) en TOL_2772 (alkoholdehydrogenase) fansels ôfwêzich. Figuer 3B toant de fergeliking fan geneferdieling yn 'e COG-kategory tusken ASxL5T en Olive oalje MIL-1T. Oer it algemien befettet it lytsere ASxL5T-genoom proporsjoneel minder genen út elke COG-kategory yn ferliking mei it gruttere relatearre genom. As it oantal genen yn elke funksjonele kategory útdrukt wurdt as in persintaazje fan it genom, wurde ferskillen opmurken yn it persintaazje genen yn 'e kategoryen oersetting, ribosomale struktuer en biogenese, en de kategoryen enerzjyproduksje en konverzjefunksje, dy't de gruttere ASxL5T foarmje. genome It persintaazje wurdt ferlike mei deselde groep oanwêzich yn it T. oleiverans MIL-1T genoom. Yn tsjinstelling, yn ferliking mei it ASxL5T-genoom, hat T. oleivorans MIL-1T in heger persintaazje genen yn 'e replikaasje, rekombinaasje en reparaasje, en transkripsjekategoryen. Ynteressant is it grutste ferskil yn 'e ynhâld fan elke funksjonele kategory fan' e twa genomen it oantal ûnbekende genen oanwêzich yn ASxL5T (figuer 3B). In ferrikingsanalyse fan KEGG-modules waard útfierd, wêrby't elke KEGG-module in set fan mei de hân definieare funksjonele ienheden fertsjintwurdiget foar annotaasje en biologyske ynterpretaasje fan genoomsekwinsjegegevens. De fergeliking fan genedistribúsje yn 'e folsleine KOG-modulpaad fan ASxL5T en olive MIL-1T wurdt werjûn yn figuer 3C. Dizze analyze lit sjen dat hoewol ASxL5T in folsleine swevel- en stikstofmetabolike paad hat, T. oleiverans MIL-1T net. Yn tsjinstelling, T. oleiverans MIL-1T hat in folsleine cysteine ​​en methionine metabolic paad, mar it is ûnfolslein yn ASxL5T. Dêrom hat ASxL5T in karakteristike module foar sulfat assimilaasje (definiearre as in set fan genen dy't brûkt wurde kinne as fenotypyske markers, lykas metabolike kapasiteit of patogenisiteit; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Yn T oleiverans MIL-1T. It fergelykjen fan de genynhâld fan ASxL5T mei de list fan genen dy't in rôfdierlike libbensstyl suggerearje, is net konklúzjend. Hoewol it waaL-gen dat kodearret foar de ligase ferbûn mei it O-antigen polysaccharide oan 'e kearn is oanwêzich yn it ASxL5T-genoom (mar it is gewoan yn in protte Gram-negative baktearjes), tryptofan 2,3-dioxygenase (TDO) Genen kinne de 60 amino-genen omfetsje. soere regio's gewoanlik fûn yn predatoryske baktearjes dy't net oanwêzich binne. D'r binne gjin oare predatoryske karakteristike genen yn it ASxL5T-genoom, ynklusyf dy kodearjende enzymen belutsen by isoprenoïde biosynteze yn 'e mevalonate-paad. Tink derom dat d'r gjin transkripsjoneel regulearjend gen gntR is yn 'e ûndersochte predatorgroep, mar trije gntR-like genen kinne wurde identifisearre yn ASxL5T.
De fenotypyske skaaimerken fan ASxL5T wurde gearfette yn Tabel 3 en fergelike mei de fenotypyske skaaimerken fan besibbe genera 23, 24, 25, 26, en 27 yn 'e literatuer. Isolaten fan T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en Oceanobacter kriegii binne aktive, sâlttolerante, oxidase-positive staaffoarmige lichems, mar hawwe hast gjin oare fenotypyske skaaimerken mei ASxL5T. De gemiddelde pH fan 'e oseaan is 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), wat reflektearre wurdt yn T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en O. kriegii. ASxL5T is geskikt foar it gruttere pH-berik (4-9) typysk foar net-marine soarten. Fenotypyske skaaimerken fan Thalassolituus sp. C2-1. Ûnbekend. It berik fan groeitemperatuer fan ASxL5T is oer it generaal breder as dat fan marinestammen (4-42 °C), hoewol't guon mar net alle T. marinus-isolaten waarmtetolerant binne. It ûnfermogen om ASxL5T te groeien yn bouillonmedia foarkommen fierdere fenotypyske karakterisaasje. Brûk API 20E om de materialen te testen dy't fan 'e BA-plaat, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate gebrûk, urease, tryptofan deaminase, gelatine hydrolyse Enzyme, de testresultaten wiene allegear negatyf, mar gjin indole, acetoin en H2S te testen waarden produsearre. Unfermentearre koalhydraten omfetsje: glukoaze, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrose, melibiose, amygdalin en arabinose. Yn ferliking mei de publisearre relatearre referinsjestammen is it sellulêre fatty acid profyl fan 'e ASxL5T-stamme te sjen yn Tabel 4. De wichtichste sellulêre fatty soeren binne C16: 1ω6c en / of C16: 1ω7c, C16: 0 en C18: 1ω9. Hydroxy fatty soeren C12: 0 3-OH en C10: 0 3-OH ek bestean. De ferhâlding fan C16:0 yn ASxL5T is heger dan de rapportearre wearde fan besibbe genera. Yn tsjinstelling, yn ferliking mei de rapportearre T. marinus IMCC1826TT, wurdt de ferhâlding fan C18: 1ω7c en / of C18: 1ω6c yn ASxL5T fermindere. oleivorans MIL-1T en O. kriegii DSM 6294T, mar net ûntdutsen yn B. sanyensis KCTC 32220T. It fergelykjen fan de fetsoerprofilen fan ASxL5T en ASxLS ûntbleate subtile ferskillen yn 'e hoemannichte yndividuele fatty soeren tusken de twa stammen, dy't oerienkomme mei de genomyske DNA-sekwinsje fan deselde soarte. Gjin poly-3-hydroxybutyrate (PHB) dieltsjes waarden ûntdutsen mei de Sudan swarte test.
De predaasjeaktiviteit fan ASxL5T-baktearjes waard ûndersocht om it berik fan proai te bepalen. Dizze baktearje kin plaques foarmje op Campylobacter soarten, ynklusyf: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 en C. upsaliensis NCTC 11541T. Brûk de kultueren neamd yn 'e seksje foar fêststelling fan hostberik fan' e metoade om in breder oanbod fan Gram-negative en Gram-positive baktearjes te testen. De resultaten litte sjen dat ASxL5T ek brûkt wurde kin yn Escherichia coli NCTC 86 en Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques foarme op Klebsiella oxytoca 11466. De TEM ynteraksje mei E. coli NCTC 86 wurdt werjûn yn figuer 4A-D, en de ynteraksje mei Campylobacter jejuni PT14 en Campylobacter suis S12 wurdt werjûn yn figuer 4E-H midden. De oanfal meganisme liket te wêzen oars tusken de proai soarten hifke, mei ien of mear E. coli sellen hechte oan eltse ASxL5T sel en gepositioneerd lateraal lâns de útwreide sel foar adsorption. Yn tsjinstelling, ASxL5T liket te hechtsje oan Campylobacter fia ien inkeld kontaktpunt, meastal yn kontakt mei de apex fan de predator sel en tichtby de apex fan de Campylobacter sel (figuer 4H).
TEM toant de ynteraksje tusken ASx5LT en proai: (AD) en E. coli proai; (EH) en C. jejuni proai. (A) In typyske ASx5LT sel ferbûn mei in inkele E. coli (EC) sel; (B) In filamentous ASx5LT taheakke oan in inkele EC sel; (C) In filamentous ASx5LT-sel ferbûn mei meardere EC-sellen; (D) Taheaksel Lytsere ASx5LT sellen op in inkele E. coli (EC) sel; (E) in inkele ASx5LT sel ferbûn oan in Campylobacter jejuni (CJ) sel; (F) ASx5LT oanfallen C. hyointestinalis (CH) sellen; (G) twa Ien ASx5LT sel oanfallen in CJ sel; (H) In close-up werjefte fan it ASx5LT taheakselpunt, tichtby de top fan 'e CJ-sel (bar 0.2 μm). De bar stiet foar 1 μm yn (A-G).
Predatory baktearjes hawwe evoluearre om te profitearjen fan oerfloedich boarnen fan proai. Fansels binne se breed oanwêzich yn in protte ferskillende omjouwings. Troch de smelle grutte fan de populaasjeleden is it mooglik om ASxL5T-baktearjes út de slym te isolearjen mei de faagskiedingsmetoade. De genomyske relevânsje fan ASxL5T foar leden fan 'e oceanospirillaceae-famylje fan marinebaktearjes is ferrassend, hoewol it organisme sâlttolerant is en kin groeie op in medium dat 5% sâlt befettet. Analyse fan wetterkwaliteit fan 'e slurry liet sjen dat de natriumchloride-ynhâld minder wie as 0,1%. Dêrom is modder fier fuort fan 'e marine omjouwing - sawol geografysk as gemysk. De oanwêzigens fan trije besibbe mar ferskillende isolaten út deselde boarne jout bewiis dat dizze rôfdieren bloeie yn dizze net-marine omjouwing. Derneist hat mikrobiomanalyse (gegevensbestannen beskikber fan https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) sjen litten dat deselde 16S rRNA-gensekwinsje leit yn 'e top 50 meast oerfloedige operasjonele taxa (OTU) ) Yn in pear sampling yntervallen fan de modder. Ferskate uncultured baktearjes waarden fûn yn de Genbank databank, dy't hawwe 16S rRNA gen sekwinsjes fergelykber mei ASxL5T baktearjes. Dizze sekwinsjes, tegearre mei de sekwinsjes fan ASxL5T, ASxS5, en ASxO5, lykje ferskate clades te fertsjintwurdigjen skieden fan Thalassolituus en Oceanobacter (figuer 2). Trije soarten ûnkultuerde baktearjes (GQ921362, GQ921357 en GQ921396) waarden isolearre út it spaltwetter op in djipte fan 1,3 kilometer yn 'e Súd-Afrikaanske goudmyn yn 2009, en de oare twa (DQ256320 en DQ337006 wiene ek yn Súd-Afrika) yn 2005). De 16S rRNA-gensekwinsje dy't it meast besibbe is oan ASxL5T is diel fan 'e 16S rRNA-gensekwinsje krigen fan 'e ferrikingskultuer fan sânige sediminten krigen fan 'e strannen fan Noard-Frankryk yn 2006 (tagongsnûmer AM29240828). In oare nau besibbe 16S rRNA-gensekwinsje fan 'e ûnkultuerde baktearje HQ183822.1 waard krigen fan in sammeltank dy't lutsen waard fan in gemeentlike stoartplak yn Sina. Fansels binne ASxL5T-baktearjes net heul represintatyf yn taksonomyske databases, mar dizze sekwinsjes fan uncultured baktearjes binne wierskynlik organismen te fertsjinwurdigjen lykas ASxL5T, dy't oer de hiele wrâld ferspraat binne, meast yn útdaagjende omjouwings. Fan 'e hiele genome fylogenetyske analyze is de tichtste relatyf oan ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. En O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus is lid fan marine obligate hydrocarbon fragmintaasje baktearjes (OHCB), dat is wiidferspraat yn marine en terrestryske omjouwings, en wurdt meastal de dominante nei hydrocarbon fersmoarging incidents30,31. Marine baktearjes binne gjin lid fan 'e OHCB groep, mar wurde isolearre út it marine omjouwing.
Fenotypyske gegevens jouwe oan dat ASxL5T in nije soart is en lid fan in earder net erkende skaai yn 'e marine spirospiraceae famylje. D'r is op it stuit gjin dúdlike standert om nij isolearre stammen te klassifisearjen yn in nije genus. Besocht is dien om universele genera-grinzen te bepalen, bygelyks, basearre op it persintaazje genoom fan in konservatyf proteïne (POCP), wurdt it oanrikkemandearre dat de cut-off-wearde 50% identyk is mei de referinsjestam33. Oaren suggerearje AAI-wearden te brûken, dy't foardielen hawwe boppe POCP, om't se kinne wurde krigen fan ûnfolsleine genomen34. De auteur is fan betinken dat as de AAI-wearde minder is as 74% yn ferliking mei de modelstamme fan 'e modelsoarten, de stam in fertsjintwurdiger is fan in oare genera. It model genus yn 'e marine spirillaceae is marine spirillum, en it model stam is O. linum ATCC 11336T. De AAI wearde tusken ASxL5T en O. linum ATCC 11336T is 54,34%, en de AAI wearde tusken ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T (genus type stammen) is 67,61%, wat oanjout dat ASxL5T stiet foar in nij skaai oars út Thalassolituus. Mei it brûken fan de 16S rRNA-gensekwinsje as de klassifikaasjestandert, is de foarstelde genus-ôfdielingsgrins 94,5% 35. ASxL5T kin pleatst wurde yn de Thalassolituus genus, showing 95,03% 16S rRNA folchoarder identiteit mei T. oleivorans MIL-1T en 96,17%. marinus IMCC1826T. It sil lykwols ek pleatst wurde yn 'e Bacteroides-genus dy't 94,64% 16S rRNA-gen-identiteit hat mei B. sanyensis NV9, wat oanjout dat it gebrûk fan in inkeld gen lykas it 16S rRNA-gen kin liede ta willekeurige klassifikaasje en tawizing. In oare foarstelde metoade brûkt ANI en Genome Alignment Score (AF) om de klustering fan gegevenspunten te ûndersykjen fan alle soarten en net-type stammen fan besteande genera. De skriuwer advisearret it kombinearjen fan de genusgrins mei it bûgingspunt fan 'e skatte skaai spesifyk foar de taxa dy't analysearre wurde. As der lykwols net genôch folsleine genoomsekwinsjes binne fan Thalassolituus-isolaten, is it ûnmooglik om troch dizze metoade te bepalen oft ASxL5T ta it Thalassolituus-geslacht heart. Fanwegen de beheinde beskikberens fan folsleine genoomsekwinsjes foar analyse, moat de hiele genome fylogenetyske beam mei foarsichtigens ynterpretearre wurde. Twads kinne metoaden foar fergeliking fan heule genomen gjin substansjele ferskillen yn 'e grutte fan' e fergelike genomen ferantwurdzje. Se mjitten de oerienkomst fan bewarre kearngenen mei ien kopy tusken besibbe genera, mar hawwe gjin rekken hâlden mei it grutte oantal genen dy't net oanwêzich binne yn it folle lytsere genoom fan ASxL5T. Fansels hawwe ASxL5T en groepen ynklusyf Thalassolituus, Oceanobacter en Bacterioplanes in mienskiplike foarfaar, mar evolúsje hat in oar paad nommen, wat liedt ta in reduksje fan it genoom, wat kin wêze om oan te passen oan in rôfdierlike libbensstyl. Dit is yn tsjinstelling ta T. oleivorans MIL-1T, dat is 28% grutter en hat him ûntwikkele ûnder ferskillende miljeu druk te benutten hydrocarbons23,30. In nijsgjirrige ferliking kin makke wurde mei ferplichte intracellulêre parasiten en symbionten, lykas Rickettsia, Chlamydia, en Buchnera. Harren genoomgrutte is sawat 1 Mb. De mooglikheid om metaboliten fan hostsel te brûken liedt ta genferlies, sadat in signifikante evolúsjonêre genomyske degradaasje ûndergie. Evolúsjonêre feroaringen fan marine gemyske fiedingsorganismen nei rôfdierige libbensstilen kinne resultearje yn in ferlykbere reduksje fan genoomgrutte. De COG- en KEGG-analyse markeart it oantal genen dat brûkt wurdt foar spesifike funksjes en de globale ferskillen yn 'e genomyske paden tusken ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T, dy't net troch de wiidferspraat beskikberens fan mobile genetyske eleminten binne. It ferskil yn 'e G + C-ferhâlding fan it hiele genom fan ASxL5T is 56,1%, en dat fan T. oleivorans MIL-1T is 46,6%, wat ek oanjout dat it segregearre is.
Undersyk fan 'e kodearjende ynhâld fan it ASxL5T-genoom leveret funksjonele ynsjoch yn fenotypyske skaaimerken. De oanwêzigens fan genen dy't kodearje foar type IV fimbriae (Tfp) is fan bysûnder belang om't se selbeweging befoarderje, sosjaal gliden of krampen neamd, sûnder flagella op it oerflak. Neffens rapporten hat Tfp oare funksjes, ynklusyf predaasje, patogenese, biofilmfoarming, natuerlike DNA-opname, automatyske selaggregation en ûntwikkeling38. It ASxL5T-genoom befettet 18 genen dy't kodearje foar diguanylate cyclase (in enzyme dat de konverzje fan 2 guanosinetrifosfaat yn guanosine 2 fosfaat en cyclysk diGMP katalysearret) en 6 genen dy't it korrespondearjende diguanylate cyclase fosfaat diguanylate kodearje. It gen foar esterase (katalysearje de degradaasje fan cyclic di-GMP nei guanosine monophosphate) is nijsgjirrich omdat cycl-di-GMP is in wichtige twadde boadskipper belutsen by biofilm ûntwikkeling en skieding, beweging, sel taheaksel en virulence 39, 40 yn it proses. It moat ek opmurken wurde dat yn Bdellovibrio bacteriovorus, cyclyske dûbele GMP is oantoand om de oergong te kontrolearjen tusken frije libben en rôfdierlike libbensstyl41.
It measte ûndersyk nei rôfdierbaktearjes hat rjochte op Bdellovibrio, Bdellovibrio-like organismen, en Myxococcus-soarten. Dizze en oare bekende foarbylden fan predatoryske baktearjes foarmje in ferskaat groep. Nettsjinsteande dit ferskaat is in set fan karakteristike proteïnefamyljes identifisearre dy't de fenotypen fan 11 bekende rôfdierbaktearjes reflektearje3,22. Allinich genen dy't kodearje foar O-antigen-ligase (waaL) binne lykwols identifisearre, wat benammen gewoan is yn Gram-negative baktearjes. Dizze foarm fan analyse is net nuttich by it oanwizen fan ASxL5T as in rôfdier, wierskynlik om't it in nije oanfalstrategy brûkt. De beskikberens fan mear ferskaat rôfdierige baktearjele genomen sil helpe by it ûntwikkeljen fan fynere resolúsje-analyzes dy't rekken hâlde mei bewiis fan funksjonele en miljeu-ferskillen tusken groepsleden. Foarbylden fan rôfdierige baktearjes dy't net opnommen binne yn dizze analyze omfetsje leden fan Cupriavidus necator42 en Bradymonabacteria43, om't as ûndersikers ferskate mikrobiële mienskippen ûndersiikje, wurde mear rôfdiertaksa fêststeld.
It meast opmerklike skaaimerk fan ASxL5T-baktearjes fongen troch TEM-ôfbylding is har unike en fleksibele morfology, dy't ynteraksje mei proaibaktearjes kin befoarderje. It waarnommen type ynteraksje is oars as oare predatoryske baktearjes en is net earder ûntdutsen of rapportearre. De foarstelde ASxL5T rôfdierige libbenssyklus wurdt werjûn yn figuer 5. D'r binne in pear foarbylden yn 'e literatuer mei ferlykbere apikale struktueren lykas wy hjir rapportearje, mar dizze foarbylden binne Terasakiispira papahanaumokuakeensis, in marine spirillum baktearje mei ynsidintele apex fergrutting 44, en Alphaproteobacteria, Terasakiella pusakiella. , eartiids hearde ta it skaai Oceanospirillum, eksposearje De saneamde "poalfilm" 45. Kokkenfoarmen wurde faak waarnommen yn âldere kultueren, benammen foar baktearjes mei bûgde foarmen, lykas Vibrio, Campylobacter en Helicobacter 46, 47, 48, dy't in degradearre steat foarstelle kinne. Fierder wurk is nedich om de krekte libbenssyklus fan ASxL5T-baktearjes te ferdúdlikjen. Om te bepalen hoe't it fangt en proai, en oft syn genome biologysk aktive ferbiningen kodearret dy't brûkt wurde kinne foar medyske of biotechnologyske doelen.
Beskriuwing fan Venatorbacter gen. Novimber Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. is gearstald út venators út L. n. venator,'hunter' en Gr. n. bacter,'in rod'. Venatorbacter,'in jachtroede' Sellen binne aerobic, sâlt-tolerant, bûgde Gram stain negatyf, oefening rod en oxidase aktiviteit binne posityf. Yn it temperatuerberik fan 4 oant 42 °C Yngroeid It pH-berik fan 4-9 is ûngewoan. 0 en C18:1ω9; C12:0 3-OH en C10:0 3-OH wurde fûn as hydroxyfet Soeren groeie net yn bouillon. De ynhâld fan DNA G + C is 56,1 mol%. .
Beskriuwing fan Venatorbacter cucullus sp. novimber Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus betsjut fairing).
Derneist is it beskriuwende skaaimerk fan dit skaai dat as groeid op BA of BHI, de sellen 1.63 µm lang en 0.37 µm breed binne. De koloanjes op BHI-agar binne tige lyts, en berikke nei 72 oeren 2 mm yn diameter. Se binne beige, trochsichtich, rûn, konvex en glanzend. De leden fan dizze soarte kinne Escherichia coli en Klebsiella brûke. Campylobacter en ferskate oare Gram-negative baktearjes tsjinje as proai.
De typyske stam ASxL5T waard isolearre út beef molke yn Nottinghamshire, UK, en deponearre yn de National Type Culture Collection (UK): tagongsnûmer NCTC 14397 en de Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) tagongsnûmer NCCB 100775. De folsleine genome folchoarder fan ASxL5T is dellein yn Genbank neffens de tafoeging fan CP046056.
ASxL5T-baktearjes waarden isolearre út beefmolke mei fage-isolaasjetechnology9,49. De slurry waard verdund 1:9 (w/v) yn SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O en 0.01% gelatine; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), dan incubate by 4 ° C foar 24 oeren, stadich draaiend om de rôfdieren yn 'e buffer te eluearjen. De suspensie waard foar 3 minuten sintrifuge by 3000g. De supernatant waard sammele en sintrifuge by 13.000g foar in twadde kear foar 5 minuten. De supernatant waard doe troch in 0.45 µm membraanfilter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Dútslân) en in 0.2 µm membraanfilter (Minisart) trochjûn om alle oerbleaune baktearjele sellen te ferwiderjen. ASxL5T kin dizze filters trochjaan. In sêft agar-gazon fan Campylobacter enterosus S12 (NCBI-tagongsnûmer CP040464) fan deselde slurry waard taret mei standerttechniken. De filtrearre slurry waard ferdield op elk fan dizze host-selplaten yn 10 µl druppels yn triplikaat en mocht droegje. De plaat waard ynkubeare yn in mikroaerofile tank by 37 ° C foar 48 oeren ûnder mikroaerobe omstannichheden (5% O2, 5% H2, 10% CO2, en 80% N2). De krigen sichtbere plaque waard ekstrahearre yn SM-buffer en oerbrocht nei it frisse gazon fan C. hyointestinalis S12 om de lysearre organismen fierder te fersprieden. Ienris wurdt bepaald dat de baktearjes de oarsaak binne fan 'e lytyske plaque en net de faag, besykje it organisme ûnôfhinklik fan' e gasthear te groeien en it fierder te karakterisearjen. De aerobyske kultuer waard útfierd by 37 ° C mei 5% v / v defibrinearre hynderbloed (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, oanfolling). Neffens de rjochtlinen fan it Nasjonaal Komitee foar Clinical Standards, wurdt de skiifdiffusjonsmetoade brûkt foar testen foar antybakteriële gefoelichheid. BHI agar waard yn kultuer brocht by 37 ° C mei help fan in disc mei de folgjende antibiotika (Oxoid) foar aerobic kultuer: amoxicillin en clavulanic acid 30 µg; cefotaxim 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicilline 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. De sâlttolerânsje waard fêststeld troch aerobyske ynkubaasje op BHI-agarplaten by 37 °C. Oanfoljende NaCl waard tafoege oan de BHI-agarplaten om in konsintraasjeberik fan maksimaal 10% w / v te leverjen. It pH-berik wurdt bepaald troch aerobyske kultuer op BHI-agarplaten by 37 ° C, wêrby't it pH-berik is oanpast oan tusken 4 en 9 mei sterile HCl of sterile NaOH, en de doel-pH-wearde wurdt ferifiearre foardat de plaat giet. Foar sellulêre fatty acid analyse waard ASxL5T yn kultuer brocht op BHI agar foar 3 dagen en aerobysk by 37 ° C. Neffens it MIDI (Sherlock Microbial Identification System, ferzje 6.10) standert protokol fan FERA Science Ltd, (York, UK), sel fatty soeren waarden ekstrahearre, taret en analysearre.
Foar TEM waard ASxL5T aerobysk yn kultuer brocht troch unifoarm te fersprieden op BA by 37 ° C foar 24 oeren, en dan rispe yn 1 ml fan 3% (v / v) glutaraldehyde yn 0,1 M cacodylate buffer by keamertemperatuer Fix foar 1 oere, dan centrifuge op 10.000 g foar 3 minuten. Resuspendearje dan de pellet foarsichtich yn 600 μl 0.1 M cacodylate buffer. Oerstapje de fêste ASxL5T-ophinging nei de Formvar / koalstoffilm op in 200 mesh koperen roaster. De baktearjes waarden kleurd mei 0,5% (w / v) uranylacetat foar 1 minút en ûndersocht troch TEM mei in TEI Tecnai G2 12 Biotwin-mikroskoop. Lykas hjirboppe neamd, kombinearje itselde oantal proai en predator yn NZCYM-bouillon (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) en ynkubearje foar 48 oeren ûnder mikroaerobe omstannichheden fan Campylobacter of Campylobacter by 37 ° C, De ynteraksje fan predator en proai waard ek ûndersocht troch TEM. Aerobyske betingsten foar Escherichia coli. Unôfhinklik ûndersykje proai en predatoryske baktearjes om alle feroaringen yn selmorfology te bepalen fanwege predaasje. De Sûdan swarte metoade waard brûkt foar optyske mikroskopy fan PHB-akkumulaasje.
Kweek ASxL5T oernachtkultueren troch groei op BHI- as BA-platen te smeren mei in sterile swab. Sammelje ASxL5T-sellen en suspend se yn MRD (CM0733, Oxoid), en pleats se dan 7 dagen op 4 ° C om de sellen úthongere. De NCTC referinsje of laboratoarium stock baktearjele kultuer waard inoculated yn BHI bouillon of No. Kultuer: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, LeNCiella 146 oxyto6 10817, Listeria Special bacteria NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella NCTC 10318 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. De Campylobacter host waard microaerobically ynkubearre op BA platen by 37 ° C NZ en CYM suspended broth. De hifke Campylobacter-hosts binne: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. PT14, C ... Sellen sammelje yn MRD, sintrifuge by 13.000g en resuspendearje yn MRD oant OD600 0,4 is. Foegje in aliquot fan 0,5 ml suspensie ta oan 5 ml smelte NZCYM topagar (0,6% agar) en gie it op in 1,2% NZCYM ûnderplaat. Nei it genêzen en droegjen waard de serieel verdunde ASxL5T ferdield as 20 µl druppels op elk gazonplanke yn triplikaat. De kweektemperatuer en atmosfear binne ôfhinklik fan de easken fan de testbaktearjes.
Brûk GenElute ™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) om DNA te meitsjen fan baktearjende isolaten. Standertmetoaden waarden brûkt foar PCR-amplifikaasje fan 16S rRNA-gen en bepaling fan produktsekwinsje mei kleurstofbeëinigingskemy (Eurofins Value Read Service, Dútslân). Brûk it programma BLAST-N om dizze sekwinsjes te fergelykjen mei oare 16S rRNA-gensekwinsjes om nau besibbe soarten te identifisearjen en te sammeljen. Dizze wurde ôfstimd mei ClustalW yn it MEGA X-programma. De fylogenetyske beam waard rekonstruearre mei MEGA X mei de maksimale kânsmetoade basearre op it Tamura-Nei-model, mei 1000 begeliede eksimplaren54. Brûk PureLink ™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) om DNA te ekstrahearjen foar folchoarder fan heule genomen. De genome-sekwinsje fan ASxL5T waard bepaald mei de Illumina MiSeq-kombinaasje, dy't bestiet út 250 bp dûbele einige lêzings gearstald út in bibleteek taret mei it Nextera-labeling kit en 2 oant 20 kb lange lêzings fan it PacBio-platfoarm. Genomics DNA Sequencing Research Facility by Sembia University. It genoom waard gearstald mei CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denemarken). ASxL5T-kultueren wurde dellein yn de National Type Culture Collection (UK) en de Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). De genomen fan besibbe organismen brûkt foar ferliking binne: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (tagongsnûmer HF680312, folslein); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (tagongsnûmer BMYY01000001, net kompleet); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (tagongsnûmer NZ_AUGV00000000, net kompleet); Marinamonas mienskip DSM 5604T (tafoege ASM436330v1, ûnfolslein), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (tafoege MTSD02000001, ûnfolslein) en Thalassolituus sp. C2-1 (taheakje NZ_VNIL01000001, net kompleet). Brûk JGI Genome Portal36 op https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= om de ôfstimmingsscore (AF) en gemiddelde nukleïnsûre identiteit (ANI) te bepalen. Yn pearen. De metoade fan Rodriguez-R & Konstantinidis55 waard brûkt om aminosoerenidentiteit (AAI) te bepalen. Brûk GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 om in skatte fylogenetyske beam fan maksimale kâns te generearjen. It ynfiergenoom dat it beskikbere referinsjegenoom fertsjintwurdiget, wurdt selektearre út referinsjegenera identifisearre as besibbe oan ASxL5T út 'e 16S rRNA fylogeny. Annotearre de beam mei it ynteraktive beam of life online ark (https://itol.embl.de/). De funksjonele annotaasje en analyse fan it ASxL5T-genoom wurdt útfierd mei it BlastKOALA KEGG-online-ark mei de KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) module ferrikingsdistribúsje. De ferdieling fan COG-kategoryen (ortologe groepen) wurdt bepaald mei it eggNOG-mapper online ark.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ en Muñoz-Dorado, J. Bakteriële predaasje: 75 jier en it giet troch! . miljeu. mikroorganisme. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. ensfh Ferskaat en antibakteriële mooglikheden fan rôfdieren baktearjes op de Peruaanske kustline. Maart drugs. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Troch har genen sille jo se begripe: de genomyske skaaimerken fan rôfdierbaktearjes. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE De rôfdierlike libbensstyl fan 'e bakteriofaag Bdellovibrio. ynstallearje. Pastor mikroben. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotika fan predatoryske baktearjes. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio en ferlykbere organismen binne foarsizzers fan mikrobiomferskaat yn ferskate hostpopulaasjes. mikroorganisme. Ekology. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. en Ballesté-Delpierre, C. Untdek de hjoeddeistige status fan nije antibakteriële aginten. klinysk. mikroorganisme. Infect. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. De dûbele predaasje fan faag en faag kin E. coli proai útroege sûnder ien inkelde predaasje. J. Baktearjes. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF. Applikaasje omjouwing. mikroorganisme. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA ensfh Update de genomyske taksonomy en epidemiology fan Campylobacter swine. wittenskip. Fertsjintwurdiger 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Brûkerfreonlike workflow foar systemgenomika. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: In metoade foar ôfstimming fan meardere folchoarder dy't tiid- en romtekompleksiteit ferminderet. BMC biologyske ynformaasje. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: In ark foar automatyske ôfstimming en trimmen yn grutskalige fylogenetyske analyze. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC-gen en metagenomyske sekwinsje-oersetting startside foarsizzing. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platfoarm en effisjinte NCBI klassifikaasje toolkit. Bio Rxiv. (Tagon op 1 juny 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Priis, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-approximate maksimale kânsbeam mei grutte ôfstimming. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Tagon op 1 juny 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic acid ûndersyk. 28, 27-30 (2000).
Tsjechyske Republyk, L. ensfh De rol fan extremolytes ectoine en hydroxyectoine as stressbeskermers en fiedingsstoffen: genetika, systeemgenomika, biogemy, en strukturele analyze. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA. front. mikroorganisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. In nije ferlykjende genomics metoade foar it definiearjen fan phenotypic-spesifike yndikatoaren docht bliken spesifike erfskip yn predatory baktearjes mark. Public Science Library One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ensfh. Thalassolituus oleivorans gen. novimber, sp. nov., In nij soarte fan marine baktearjes dy't spesjalisearre is yn it brûken fan koalwetterstoffen. ynternasjonaliteit. J. Systeem. evolúsje. mikroorganisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH. Bacterioplanoides pacificum gen. novimber, sp. Yn novimber is it skieden fan it seewetter dat sirkulearret yn 'e Súdlike Stille Oseaan. ynternasjonaliteit. J. Systeem. evolúsje. mikroorganisme. 66, 5010-5015 (2016).