Scaipeadh cineál nua baictéir Gram-diúltach, aeróbach, salann-fhulangach, gníomhach, slat-chruthach agus creiche ASxL5T ó lochán aoiligh bó i Nottinghamshire, agus d'úsáid sé Campylobacter mar chreiche. Ina dhiaidh sin, thángthas ar speicis Campylobacter eile agus baill den teaghlach Enterobacteriaceae mar chreiche. Tar éis subculture gan cealla óstach, baineadh amach fás aiseipteach lag ar Brain Heart Infusion Agar. Is iad na coinníollacha fáis barrmhaithe ná 37 °C agus pH 7. Nocht micreascópacht tarchuir leictreon roinnt gnéithe moirfeolaíocha an-neamhghnách a bhaineann le hinfhaighteacht chreiche. Léirigh anailís phylogenetic ag baint úsáide as seicheamh géine rRNA 16S go bhfuil an t-aonra gaolmhar le ball den teaghlach Marine Spirulina, ach nach féidir é a rangú go soiléir mar bhall d'aon ghéineas aitheanta. Dheimhnigh seicheamh iomlán-genome ASxL5T an caidreamh le baill de na spiréistéití muirí. Léirigh cuardach bunachar sonraí go roinneann roinnt ASxL5Ts seichimh ghéine 16S rRNA le roinnt baictéir neamhshaothraithe ón aigéan, ón talamh agus ón screamhuisce. Molaimid gurb ionann an brú ASxL5T agus speiceas nua i ngéineas nua. Molaimid an t-ainm Venatorbacter cucullus gen. Samhain, sp. I mí na Samhna, úsáideadh ASxL5T mar an brú cineál.
Is baictéir chreachacha iad baictéir a thaispeánann an cumas baictéir bheo eile a sheilg agus a mharú chun ábhair agus fuinneamh bithsintéiseach a fháil. Tá sé seo difriúil ó aisghabháil ginearálta cothaithigh ó mhiocrorgánaigh marbh, agus tá sé difriúil freisin ó idirghníomhaíochtaí seadánacha, ina ndéanann baictéir dlúthchaidreamh lena n-óstach gan iad a mharú. Tá saolréanna difriúla tagtha chun cinn ag baictéir chreiche chun leas a bhaint as foinsí flúirseach bia sna nideoga ina bhfaightear iad (cosúil le gnáthóga muirí). Is grúpa ilchineálach tacsanomaíoch iad, nach bhfuil nasctha ach amháin ag a saolré steiriliú uathúil1. Fuarthas samplaí de bhaictéir chreiche i roinnt fíola éagsúla, lena n-áirítear: Proteobacteria, Bacteroides, agus Chlorella.3. Mar sin féin, is iad na baictéir chreiche is mó a ndéantar staidéar orthu ná na horgánaigh Bdellovibrio agus Bdellovibrio-agus-cosúil (BALOs4). Is foinse geallta do chomhdhúile nua atá gníomhach ó thaobh na bitheolaíochta agus d’oibreáin antibacterial5 iad baictéir chreiche5.
Creidtear go gcuireann baictéir chreiche le héagsúlacht mhiocróbach agus go mbíonn tionchar dearfach acu ar shláinte, ar tháirgiúlacht agus ar chobhsaíocht éiceachórais6. In ainneoin na tréithe dearfacha seo, is beag staidéar a rinneadh ar bhaictéir chreiche nua mar gheall ar an deacracht a bhaineann le baictéir a shaothrú agus an gá atá le hidirghníomhaíochtaí cille a urramú go cúramach chun a saolréanna casta a thuiscint. Ní furasta an fhaisnéis seo a fháil ó anailís ríomhaire.
I ré ina bhfuil frithsheasmhacht in aghaidh ábhair fhrithmhiocróbaigh ag dul i méid, tá staidéar á dhéanamh ar straitéisí nua chun díriú ar phataiginí baictéaracha, mar úsáid baictéarafagáis agus baictéir chreiche7,8. Rinneadh baictéir ASxL5T a aonrú in 2019 ag baint úsáide as teicneolaíocht leithlisithe phage ó aoileach bó a bailíodh ó Ionad Déiríochta Ollscoil Nottingham, Nottinghamshire. Is é cuspóir an imscrúdaithe orgánaigh a d’fhéadfadh a bheith mar oibreáin rialaithe bhitheolaíocha a aonrú. Is pataigin zónóiseach é campylobacter hyointestinalis, a bhfuil baint níos mó aige le galair intestinal daonna10. Tá sé uileláithreach i serum agus úsáidtear é mar óstach sprice.
Rinneadh an baictéar ASxL5T a leithlisiú ó ghlóthach mairteola toisc gur tugadh faoi deara go raibh na plaiceanna a chruthaigh sé ar an bhfaiche C. hyointestinalis cosúil leis na cinn a tháirgtear ag baictéarophages. Is toradh gan choinne é seo, toisc go mbaineann cuid den phróiseas leithlisithe phage scagadh trí scagaire 0.2 µm, atá deartha chun cealla baictéaracha a bhaint. Léirigh scrúdú micreascópach ar an ábhar a bhaintear as an plaic nach raibh na baictéir bheaga gram-diúltach cuartha slat-chruthach polyhydroxybutyrate (PHB) a charnadh. Déantar an cultúr aiseipteach atá neamhspleách ar chealla creiche a bhaint amach ar mheán soladach saibhir (cosúil le agar insileadh croí inchinn (BHI) agus agar fola (BA)), agus tá a fhás lag. Faightear é tar éis subculture le feabhsú ionaculum trom. Fásann sé chomh maith faoi choinníollacha miocróbacha (7% v/v ocsaigin) agus faoi choinníollacha ocsaigine atmaisféaracha, ach ní in atmaisféar anaeróbach. Tar éis 72 uair an chloig, bhí trastomhas an choilíneachta an-bheag, ag teacht ar 2 mm, agus bhí sé beige, tréshoilseach, cruinn, dronnach agus lonracha. Cuirtear bac ar thástáil bithcheimiceach caighdeánach toisc nach féidir ASxL5T a chothú go hiontaofa i meáin leachtacha, rud a thugann le tuiscint go bhféadfadh sé a bheith ag brath ar shaolré casta foirmiú bithscannáin. Mar sin féin, léirigh an fionraí pláta go bhfuil ASxL5T aeróbach, dearfach le haghaidh oxidase agus catalase, agus is féidir leis 5% NaCl a fhulaingt. Tá ASxL5T frithsheasmhach do 10 µg streiptimícin, ach tá sé íogair do gach antaibheathach eile a tástáladh. Scrúdaigh TEM (Fíor 1) na cealla baictéaracha ASxL5T. Nuair a fhástar gan cealla creiche ar an BA, tá cealla ASxL5T Campylobacter beag, le meánfhad 1.63 μm (± 0.4), leithead 0.37 μm (± 0.08), agus cuaille amháin fada (suas le 5 μm). Bratella gnéis. Is cosúil go bhfuil leithead níos lú ná 0.2 μm ag thart ar 1.6% de na cealla, rud a cheadóidh pasáiste tríd an bhfeiste scagaire. Breathnaíodh síneadh struchtúrach neamhghnách ar bharr roinnt cealla, cosúil le fairing (cucullus Laidineach) (féach na saigheada i 1D, E, G). Is cosúil go bhfuil sé seo comhdhéanta de bhreis membrane seachtrach, rud a d'fhéadfadh a bheith mar gheall ar laghdú tapa ar mhéid an chlúdaigh periplasmic, agus an membrane seachtrach fós slán, rud a léiríonn cuma "scaoilte". Mar thoradh ar shaothrú ASxL5T in éagmais cothaithigh (i PBS) ar feadh i bhfad ag 4 ° C, léirigh formhór na gceall (ach ní léir) deilbhíocht chócúil (Fíor 1C). Nuair a fhásann ASxL5T le Campylobacter jejuni mar chreiche ar feadh 48 uair an chloig, tá an meánmhéid cille i bhfad níos faide agus níos cúinge ná cealla a fhástar gan óstach (Tábla 1 agus Fíor 1E). I gcodarsnacht leis sin, nuair a fhásann ASxL5T le E. coli mar chreiche ar feadh 48 uair an chloig, tá an meánmhéid cille níos faide agus níos leithne ná nuair a fhásann sé gan chreiche (Tábla 1), agus tá fad na cille athraitheach, ag taispeáint filamentous de ghnáth (Fíor 1F). Nuair a goradh iad le Campylobacter jejuni nó E. coli mar chreiche ar feadh 48 uair an chloig, níor léirigh cealla ASxL5T bratacha ar bith. Déanann Tábla 1 achoimre ar na breathnuithe ar athruithe ar mhéid na gceall bunaithe ar láithreacht, neamhláithreacht, agus cineál creiche ASxL5T.
Taispeántas TEM de ASx5LT: (A) Taispeánann ASx5LT fuip fhada; (B) ceallraí ASx5LT tipiciúil; (C) cealla cocci ASx5LT tar éis gor fada gan cothaithigh; (D) léirigh grúpa cealla ASx5LT mínormáltacht (E) léirigh grúpa cille ASx5LT atá gortha le creiche Campylobacter fad cille méadaithe i gcomparáid leo siúd gan fás creiche (D) léirigh struchtúr apical freisin; (F) flagella filiméadach mór, cealla ASx5LT, tar éis gor le creiche E. coli; (G) Cill ASx5LT amháin tar éis gortha le E. coli, ag taispeáint struchtúr barr neamhghnách. Seasann an barra do 1 μm.
Trí seicheamh géine rRNA 16S a chinneadh (uimhir aontachais MT636545.1) cuireann sé ar chumas cuardaigh bhunachar sonraí seichimh cosúil leo siúd sa rang Gammaproteobacteria a bhunú, agus is gaire do na baictéir mhara sa teaghlach spirillum mara (Fíor 2), agus is baill den ghéineas Thalassolituus iad. An gaol is gaire do Marine Bacillus. Is léir go bhfuil an seicheamh géine rRNA 16S difriúil ó na baictéir chreiche a bhaineann leis an teaghlach Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Ba iad na comparáidí pairwise de B. bacteriovorus HD100T (cineál brú, DSM 50701) agus B. bacteriovorus DM11A ná 48.4% agus 47.7%, agus do B. exovorus JSS bhí sé 46.7%. Tá 3 chóip den ghéine rRNA 16S ag baictéir ASxL5T, dhá cheann acu comhionann lena chéile, agus tá an tríú 3 bhonn óna chéile. Níl dhá aonrúchán baictéarach creiche eile (ASx5S agus ASx5O; uimhreacha aontachais géine 16S rRNA MT636546.1 agus MT636547.1, faoi seach) mar a chéile le tréithe moirfeolaíocha agus feinitíopacha comhchosúla ón suíomh céanna, ach tá siad difriúil ó ASxL5T agus Baictéar neamhshaothraithe. cnuasaítear seichimh bhunachar sonraí le chéile le gineacha eile in Oceanospirillaceae (Fíor 2). Tá an seicheamh genome iomlán ASxL5T socraithe agus sábháilte i mbunachar sonraí NCBI, agus is é an uimhir aontachais CP046056. Is éard atá sa genome ASxL5T ná crómasóim ciorclach de 2,831,152 bp le cóimheas G + C de 56.1%. Tá 2653 CDS (iomlán) sa seicheamh genome, a bhfuiltear ag tuar go ndéanfaidh 2567 próitéiní a ionchódú, ar féidir 1596 díobh a shannadh mar fheidhmeanna tuartha (60.2%). Tá 67 géinte códaithe RNA sa ghéanóm, lena n-áirítear 9 rRNA (3 an ceann do 5S, 16S, agus 23S) agus 57 tRNA. Cuireadh tréithe géanómacha ASxL5T i gcomparáid leis na géanóim atá ar fáil de thréanna den chineál coibhneasta is gaire a aithníodh ón seicheamh géine rRNA 16S (Tábla 2). Bain úsáid as féiniúlacht aimínaigéad (AAI) chun gach géanóm Thalassolituus atá ar fáil a chur i gcomparáid le ASxL5T. Is é an seicheamh genome is gaire atá ar fáil (neamhiomlán) arna chinneadh ag AAI ná Thalassolituus sp. C2-1 (cuir NZ_VNIL01000001 leis). Rinneadh an brú seo a leithlisiú ó dhríodair dhomhainfharraige na Trench Mariana, ach níl aon fhaisnéis feinitíopach faoin bprath seo le comparáid a dhéanamh faoi láthair. I gcomparáid le 2.82 Mb ASxL5T, tá genome an orgánaigh níos mó ag 4.36 Mb. Tá meánmhéid genome na spirochetes mara thart ar 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genomes tagartha iomlán a ndearnadh imscrúdú orthu ó https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), agus mar sin tá an genome ASxL5T ag teacht leis an ordú I gcomparáid leis na baill eile, tá sé beag go leor. Úsáid GToTree 1.5.54 chun crann fíolaigéiniteach dóchúlacht uasta measta-bhunaithe a ghiniúint (Fíor 3A), ag baint úsáide as na seichimh aimínaigéad ailínithe agus nasctha de 172 géin aonchóip a bhaineann go sonrach le Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Léirigh an anailís go bhfuil dlúthbhaint aige le Thalassolituus, Plána Baictéarach, agus Baictéir Mara. Mar sin féin, léiríonn na sonraí seo go bhfuil ASxL5T difriúil óna ghaolta i Marine Spirulina agus tá a sonraí seicheamh genome ar fáil.
Leagann an crann fylogenetic a úsáideann an seicheamh géine rRNA 16S béim ar shuíomh na dtréithchineálacha ASxL5T, ASxO5, agus ASxS5 (leis an inní) i gcoibhneas leis na tréithchineálacha baictéir neamhshaothraithe agus mara sa Marine Spirulinaceae. Leanann uimhir aontachais Genbank an t-ainm brú i lúibíní. Bain úsáid as ClustalW chun seichimh a ailíniú, agus bain úsáid as modh dóchúlachta uasta agus múnla Tamura-Nei chun tátal a bhaint as gaolmhaireachtaí fylogenetic, agus déan 1000 macasamhlú treoraithe i gclár MEGA X. Léiríonn an uimhir ar an mbrainse go bhfuil luach an chóip threoraithe níos mó ná 50%. Baineadh úsáid as Escherichia coli U/541T mar ghrúpa seach-ghrúpa.
(A) Crann phylogenetic bunaithe ar an genome, a thaispeánann an gaol idir an baictéar Spirospiraceae mara ASxL5T agus a gharghaolta, E. coli U 5/41T mar ghrúpa seach-ghrúpa. (B) I gcomparáid le T. oleivorans MIL-1T, tá dáileadh chatagóir feidhme na ngéinte tuartha bunaithe ar bhraisle an ghrúpa orthologous (COG) de phróitéin ASx5LT. Léiríonn an figiúr ar chlé líon na ngéinte i ngach catagóir COG feidhme i ngach genome. Taispeánann an graf ar dheis an céatadán de ghéanóim atá i ngach grúpa feidhme COG. (C) I gcomparáid le T. oleiverans MIL-1T, an anailís ar chonair iomlán modúlach KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ASxL5T.
Trí úsáid a bhaint as bunachar sonraí KEGG chun scrúdú a dhéanamh ar na géinte comhpháirte atá sa ghéanóm ASxL5T, léirigh sé an ghnáthchonair meitibileach de gháma aeróbach Proteus. Tá 75 géine san iomlán san ASxL5T a shanntar do phróitéiní mótair baictéaracha, lena n-áirítear géinte a bhfuil baint acu le chemotaxis, cóimeáil flagella, agus córas fimbriae cineál IV. Sa chatagóir dheireanach, tá 9 ngéin as 10 gcinn freagrach as gluaiseacht twitching raon orgánach eile. Tá cosán bithsintéiseach tetrahydropyrimidine iomlán sa genome ASxL5T a ghlacann páirt sa fhreagra cosanta ar strus osmotic20, mar a bhfuiltear ag súil leis i gcás halafilí. Tá go leor bealaí iomlána sa genome freisin le haghaidh comhfhachtóirí agus vitimíní, lena n-áirítear cosáin sintéise ribeaflaivin. Cé go bhfuil an ghéin alcán 1-monooxygenase (alkB2) i láthair in ASxL5T, níl an cosán úsáide hidreacarbóin iomlán. Sa seicheamh genome ASxL5T, is léir go bhfuil homalóga géinte a aithníodh mar phríomhchúiseanna le díghrádú hidreacarbóin i T. oleiverans MIL-1T21, mar TOL_2658 (alkB) agus TOL_2772 (díhidriginease alcóil) as láthair. Léiríonn Fíor 3B comparáid idir dáileadh géine sa chatagóir COG idir ASxL5T agus ola olóige MIL-1T. Tríd is tríd, tá an genome ASxL5T níos lú go comhréireach níos lú géinte ó gach catagóir COG i gcomparáid leis an genome gaolmhar níos mó. Nuair a chuirtear líon na ngéinte i ngach catagóir feidhme in iúl mar chéatadán den genome, tugtar faoi deara difríochtaí i gcéatadán na ngéinte sna catagóirí aistriúcháin, struchtúr ribosomal agus bithgenesis, agus sna catagóirí feidhm táirgthe agus comhshó fuinnimh, arb ionann iad agus ASxL5T níos mó. Géanóm Cuirtear an céatadán i gcomparáid leis an ngrúpa céanna atá i láthair sa ghéanóim T. oleiverans MIL-1T. I gcodarsnacht leis sin, i gcomparáid leis an genome ASxL5T, tá céatadán níos airde de ghéinte ag T. oleivorans MIL-1T sna catagóirí macasamhlaithe, athcheangail agus deisiúcháin, agus trascríobh. Suimiúil go leor, is é an difríocht is mó in ábhar gach catagóir feidhme den dá genomes líon na ngéinte anaithnid i láthair in ASxL5T (Fíor 3B). Rinneadh anailís saibhrithe ar mhodúil KEGG, áit a léiríonn gach modúl KEGG sraith aonad feidhme a shainítear de láimh le haghaidh nótaí agus léirmhíniú bitheolaíoch ar shonraí seicheamh géanóim. Léirítear an chomparáid idir dáileadh géine i gconair iomlán modúil KOG ASxL5T agus olóige MIL-1T i bhFíor 3C. Léiríonn an anailís seo, cé go bhfuil cosán iomlán meitibileach sulfair agus nítrigine ag ASxL5T, ní dhéanann T. oleiverans MIL-1T. I gcodarsnacht leis sin, tá cosán iomlán meitibileach cistéineach agus meitiainín ag T. oleiverans MIL-1T, ach tá sé neamhiomlán i ASxL5T. Mar sin, tá modúl sainiúil ag ASxL5T maidir le comhshamhlú sulfáit (a shainmhínítear mar thacar géinte is féidir a úsáid mar mharcóirí feinitíopacha, amhail cumas meitibileach nó pataigineacht; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T . olaiverans MIL-1T. Níl sé cinntitheach inneachar géine ASxL5T a chur i gcomparáid leis an liosta géinte a thugann le tuiscint go bhfuil stíl mhaireachtála creiche ann. Cé go bhfuil an géine waaL a ionchódaíonn an ligáis a bhaineann leis an polaisiúicríd antigen O go dtí an croí i láthair sa genome ASxL5T (ach tá sé coitianta i go leor baictéir Gram-diúltacha), féadfaidh géinte tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) an 60 aimín a áireamh. réigiúin aigéadacha a fhaightear go coitianta i mbaictéir chreiche nach bhfuil i láthair. Níl aon ghéinte tréithrithe creiche eile sa genome ASxL5T, lena n-áirítear na heinsímí ionchódaithe sin a bhfuil baint acu le bithsintéis isoprenoid sa chonair mevalonate. Tabhair faoi deara nach bhfuil aon gntR géine rialála tras-scríofa sa ghrúpa creachadóirí a scrúdaíodh, ach is féidir trí ghéinte cosúil le GntR a aithint in ASxL5T.
Déantar achoimre ar shaintréithe feinitíopacha ASxL5T i dTábla 3 agus cuirtear i gcomparáid iad leis na saintréithe feinitíopacha de na gineacha gaolmhara 23, 24, 25, 26, agus 27 a tuairiscíodh sa litríocht. Tá aonróga ó T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, agus Oceanobacter kriegii ina gcomhlachtaí gníomhacha, fulangach le salann, oxidase-dearfach i gcruth slat, ach níl beagnach aon tréithe feinitíopacha eile acu le ASxL5T. Is é 8.1 meán pH na farraige (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), rud a léirítear i T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis agus O. crígii. Tá ASxL5T oiriúnach don raon pH níos mó (4-9) atá tipiciúil de speicis neamh-mhara. Tréithe feinitíopacha Thalassolituus sp. C2-1. Anaithnid. Tá raon teochta fáis ASxL5T níos leithne go ginearálta ná an raon tréithchineálacha muirí (4-42 °C), cé go bhfuil roinnt aonráití T. marinus, ach ní go léir, teas-fhulangach. Chuir an neamhábaltacht ASxL5T a fhás i meáin brat cosc ​​ar thréithriú feinitíopach breise. Bain úsáid as API 20E chun tástáil a dhéanamh ar na hábhair a scríobtar as an pláta BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, úsáid chiotráite, urease, tryptophan deaminase, hidrealú geilitín Einsím, bhí na torthaí tástála ar fad diúltach, ach gan aon indole, acetoin agus H2S tháirgtear. I measc carbaihiodráití neamhchoipthe tá: glúcós, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin agus arabinose. I gcomparáid leis na tréithchineálacha tagartha gaolmhara foilsithe, taispeántar próifíl aigéid shailligh cheallacha an phéine ASxL5T i dTábla 4. Is iad na príomh-aigéid shailleacha cheallacha C16:1ω6c agus/nó C16:1ω7c, C16:0 agus C18:1ω9. Tá aigéid shailleacha hiodrocsa C12:0 3-OH agus C10:0 3-OH ann freisin. Tá an cóimheas C16:0 in ASxL5T níos airde ná luach tuairiscithe na ngéineas gaolmhar. I gcodarsnacht leis sin, i gcomparáid leis an T. marinus IMCC1826TT a tuairiscíodh, laghdaítear an cóimheas C18:1ω7c agus/nó C18:1ω6c in ASxL5T. oleivorans MIL-1T agus O. kriegii DSM 6294T, ach níor aimsíodh iad i B. sanyensis KCTC 32220T. Trí phróifílí aigéid shailligh ASxL5T agus ASxLS a chur i gcomparáid le chéile, léiríodh difríochtaí caolchúiseacha i méid na n-aigéad sailleacha aonair idir an dá tréithchineál, atá ag teacht le seicheamh DNA genomic an speicis chéanna. Níor aimsíodh aon cháithníní pola-3-hiodrocsaibutyrate (PHB) ag baint úsáide as tástáil dubh na Súdáine.
Rinneadh staidéar ar ghníomhaíocht creachadóireachta na mbaictéar ASxL5T chun an raon creiche a chinneadh. Is féidir leis an mbaictéar seo plaiceanna a dhéanamh ar speicis Campylobacter, lena n-áirítear: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; Clari NCTC 11458 agus C. upsaliensis NCTC 11541T. Bain úsáid as na cultúir atá liostaithe sa rannán cinnidh óstach den mhodh chun raon níos leithne de bhaictéir Gram-diúltach agus Gram-dearfach a thástáil. Léiríonn na torthaí gur féidir ASxL5T a úsáid freisin in Escherichia coli NCTC 86 agus Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaiceanna a foirmíodh ar Klebsiella oxytoca 11466. Léirítear an idirghníomhaíocht TEM le E. coli NCTC 86 i bhFíor 4A-D, agus taispeántar an idirghníomhaíocht le Campylobacter jejuni PT14 agus Campylobacter suis S12 i bhFíor 4E-H lár. Is cosúil go bhfuil an meicníocht ionsaithe difriúil idir na cineálacha creiche a ndearnadh tástáil orthu, le cealla E. coli amháin nó níos mó ceangailte le gach cill ASxL5T agus suite go cliathánach ar feadh na cille leathnaithe roimh asaithe. I gcodarsnacht leis sin, is cosúil go gceanglaíonn ASxL5T le Campylobacter trí phointe teagmhála amháin, go hiondúil i dteagmháil le huaig na cille creachadóir agus gar d’aiceann na cille Campylobacter (Fíor 4H).
TEM ag taispeáint an idirghníomhaíocht idir ASx5LT agus creiche: (AD) agus E. coli chreiche; (EH) agus C. jejuni chreiche. (A) Cill tipiciúil ASx5LT atá nasctha le cill E. coli (CE) amháin; (B) ASx5LT filiméadach atá ceangailte de chill CE amháin; (C) Ceall filamentous ASx5LT ceangailte le cealla CE iolracha; (D) Ceangaltán Cealla ASx5LT níos lú ar chill E. coli (CE) amháin; (E) cill amháin ASx5LT atá nasctha le cill Campylobacter jejuni (CJ); (F) ionsaíonn ASx5LT cealla C. hyointestinalis (CH); (G) rinne dhá chill ASx5LT amháin ionsaí ar chill CJ; (H) Radharc gar do phointe ceangail ASx5LT, in aice le APEX na cille CJ (barra 0.2 μm). Seasann an barra do 1 μm in (AG–G).
Tháinig baictéir chreiche chun cinn chun leas a bhaint as foinsí flúirseach creiche. Ar ndóigh, tá siad i láthair go forleathan i go leor timpeallachtaí éagsúla. Mar gheall ar mhéid cúng na mball daonra, is féidir baictéir ASxL5T a leithlisiú ón sciodar ag baint úsáide as an modh deighilte phage. Is ionadh é ábharthacht ghéanómach ASxL5T do bhaill den teaghlach oceanospirillaceae de bhaictéir mhara, cé go bhfuil an t-orgánach salann-fhulangach agus is féidir leis fás ar mheán ina bhfuil 5% salainn. Léirigh anailís ar cháilíocht uisce an sciodair go raibh an cion clóiríd sóidiam níos lú ná 0.1%. Mar sin, tá láib i bhfad ar shiúl ón timpeallacht mhuirí - go geografach agus go ceimiceach. Soláthraíonn láithreacht trí aonróg ghaolmhar ach éagsúil ón bhfoinse chéanna fianaise go bhfuil na creachadóirí seo faoi bhláth sa timpeallacht neamh-mhara seo. Ina theannta sin, léirigh anailís ar mhicribhithóim (comhaid sonraí atá ar fáil ó https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) go bhfuil an seicheamh géine 16S rRNA céanna suite sna 50 tacsa oibriúcháin is flúirseach (OTU). ) I gceann cúpla eatraimh samplála den láib. Fuarthas roinnt baictéir neamhshaothraithe i mbunachar sonraí Genbank, a bhfuil seichimh ghéinte 16S rRNA cosúil le baictéir ASxL5T. Is cosúil go léiríonn na seichimh seo, mar aon leis na seichimh ASxL5T, ASxS5, agus ASxO5, cladaí éagsúla atá scartha ó Thalassolituus agus Oceanobacter (Fíor 2). Rinneadh trí chineál baictéir neamhshaothraithe (GQ921362, GQ921357 agus GQ921396) a leithlisiú ón uisce scoilte ag doimhneacht 1.3 ciliméadar i mianach óir na hAfraice Theas i 2009, agus tháinig an dá cheann eile (DQ256320 agus DQ337006) ó screamhuisce (san Afraic Theas freisin). i 2005). Tá an seicheamh géine rRNA 16S is dlúithe le ASxL5T mar chuid den seicheamh géine rRNA 16S a fuarthas ó chultúr saibhrithe na ndríodar gainimh a fuarthas ó thránna thuaisceart na Fraince in 2006 (uimhir aontachais AM29240828). Fuarthas seicheamh géine rRNA 16S eile a bhfuil dlúthbhaint aige leis ón mbaictéar neamhshaothraithe HQ183822.1 ó umar bailiúcháin a láisteadh ó líonadh talún cathrach sa tSín. Ar ndóigh, níl baictéir ASxL5T an-ionadaíoch i mbunachair shonraí tacsanomacha, ach is dócha go léiríonn na sraitheanna seo ó bhaictéir neamhshaothraithe orgánaigh cosúil le ASxL5T, a dháiltear ar fud an domhain, de ghnáth i dtimpeallachtaí dúshlánacha. Ón anailís genome phylogenetic iomlán, is é an choibhneas is gaire do ASxL5T ná Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oilivorans. Agus O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Tá Thalassolituus ina bhall de bhaictéir ilroinnte hidreacarbóin faoi oibleagáid mhuirí (OHCB), atá forleathan i dtimpeallachtaí muirí agus talún, agus de ghnáth bíonn sé ceannasach tar éis teagmhais truaillithe hidreacarbóin30,31. Ní baill den ghrúpa OHCB iad na baictéir mhara, ach tá siad scoite amach ón timpeallacht mhuirí.
Léiríonn sonraí feinitíopacha gur speiceas nua é ASxL5T agus ball de ghéineas nár aithníodh roimhe seo sa teaghlach spirospireaceae mara. Níl aon chaighdeán soiléir ann faoi láthair chun tréithchineálacha nua-aonraithe a rangú i ngéineas nua. Rinneadh iarrachtaí teorainneacha giniúna uilíocha a chinneadh, mar shampla, bunaithe ar an gcéatadán den ghéanóm de phróitéin coimeádach (POCP), moltar go mbeadh an luach scoite 50% comhionann leis an bpéine tagartha33. Molann daoine eile go n-úsáidfí luachanna AAI, a bhfuil buntáistí acu thar POCP mar gur féidir iad a fháil ó ghéanóim neamhiomlán34. Creideann an t-údar, má tá luach an AAI níos lú ná 74% i gcomparáid le brú samhail an speicis mhúnla, go bhfuil an brú ionadaíoch ar ghéine éagsúla. Is é an ghéineas múnla sa spirillaceae mara ná spirillum mara, agus is é O. linum ATCC 11336T an brú samhail. Is é 54.34% an luach AAI idir ASxL5T agus O. linum ATCC 11336T, agus is é 67.61% an luach AAI idir ASxL5T agus T. oleivorans MIL-1T (géineas cineál géineas), rud a léiríonn gur ionann ASxL5T agus ghéineas nua difriúil ó Thalassolitius. Ag baint úsáide as an seicheamh géine rRNA 16S mar an caighdeán aicmithe, is é 94.5%35 teorainn teorannaithe ghéineas molta. Féadfar ASxL5T a chur sa ghéineas Thalassolituus, ag taispeáint 95.03% 16S céannacht seicheamh rRNA le T. oleivorans MIL-1T agus 96.17%. marinus IMCC1826T. Mar sin féin, cuirfear é freisin sa ghéineas Bacteroides a bhfuil céannacht ghéine rRNA 94.64% 16S aige le B. sanyensis NV9, rud a léiríonn gur féidir le haicmiú agus sannadh treallach a bheith mar thoradh ar úsáid géine amháin cosúil le géine rRNA 16S. Úsáideann modh molta eile ANI agus Scór Ailínithe Géanóm (AF) chun cnuasach pointí sonraí ó gach cineál agus cineálacha neamhchineálacha de ghéine reatha a scrúdú. Molann an t-údar teorainn an ghéineas a chomhcheangal le pointe infhillte an ghéineas measta a bhaineann go sonrach leis an tacsa atá á anailísiú. Mar sin féin, mura bhfuil go leor seichimh ghéanóim iomlána ó aonrúcháin Thalassolituus, ní féidir a chinneadh an mbaineann ASxL5T leis an ngéineas Thalassolituus tríd an modh seo. Mar gheall ar infhaighteacht teoranta seichimh ghéanóim iomlána le haghaidh anailíse, ba cheart an crann genome phylogenetic iomlán a léirmhíniú go cúramach. Ar an dara dul síos, ní féidir le modhanna comparáide géanóim iomláin difríochtaí suntasacha i méid na ngéanóim chomparáide a áireamh. Thomhais siad cosúlacht na ngéinte aonchóipe lárnacha caomhnaithe idir na géineas gaolmhar, ach níor chuir siad san áireamh an líon mór géinte nach bhfuil i láthair sa genome i bhfad níos lú de ASxL5T. Ar ndóigh, ASxL5T agus grúpaí lena n-áirítear Thalassolituus, Oceanobacter, agus Bacterioplanes tá sinsear coitianta, ach tá éabhlóid glactha cosán difriúil, as a dtiocfaidh laghdú ar an genome, d'fhéadfadh a bheith in oiriúint do stíl mhaireachtála chreiche. Tá sé seo i gcodarsnacht le T. oleivorans MIL-1T, atá 28% níos mó agus a tháinig chun cinn faoi bhrúnna comhshaoil ​​éagsúla chun hidreacarbóin23,30 a úsáid. Is féidir comparáid suimiúil a dhéanamh le paraisítí intracellular éigeantacha agus symbionts, mar shampla Rickettsia, Chlamydia, agus Buchnera. Tá a méid genome thart ar 1 Mb. Cailltear géin as cumas meitibilítí na gceall óstach a úsáid, agus mar sin chuaigh sé faoi dhíghrádú géanóm éabhlóideach suntasach. D’fhéadfadh laghdú comhchosúil ar mhéid an ghéanóim a bheith mar thoradh ar athruithe éabhlóideacha ó orgánaigh chothaitheacha cheimiceacha mhuirí go stíleanna maireachtála creiche. Leagann anailís COG agus KEGG béim ar líon na ngéinte a úsáidtear le haghaidh feidhmeanna sonracha agus na difríochtaí domhanda sna cosáin ghéanómacha idir ASxL5T agus T. oleivorans MIL-1T, nach bhfuil mar gheall ar infhaighteacht fhorleathan eilimintí géiniteacha soghluaiste. Is é an difríocht sa chóimheas G + C den genome iomlán ASxL5T ná 56.1%, agus is é T. oleivorans MIL-1T ná 46.6%, rud a léiríonn freisin go bhfuil sé deighilte.
Soláthraíonn scrúdú ar ábhar códaithe an ghéanóim ASxL5T léargais fheidhmiúla ar shaintréithe feinitíopacha. Is díol spéise ar leith é láithreacht géinte a ionchódaíonn cineál IV fimbriae (Tfp) toisc go gcuireann siad gluaiseacht cille chun cinn, ar a dtugtar gliding sóisialta nó trithí, gan flagella ar an dromchla. De réir tuairiscí, tá feidhmeanna eile ag Tfp, lena n-áirítear creachóireacht, pataigineas, foirmiú bithscannán, glacadh DNA nádúrtha, comhiomlánú agus forbairt uathoibríoch cille38. Tá 18 géin sa genome ASxL5T a ionchódaíonn diguanylate cyclase (einsím a chatalaíonn tiontú 2 guanóisín trífhosfáit go fosfáit guanóisín 2 agus diGMP timthriallach) agus 6 ghéin a ionchódaíonn an diguanylate fosfáit diguanylate cyclase comhfhreagrach. Tá an ghéin le haghaidh esterase (a chatalaíonn díghrádú di-GMP timthriallach go monafosfáit guanóisín) suimiúil toisc gur dara teachtaire tábhachtach é cyc-di-GMP a bhfuil baint aige le forbairt agus scaradh bithscannán, gluaiseacht, ceangal cille agus virulence 39, 40 sa phróiseas. Ba chóir a thabhairt faoi deara freisin, i Bdellovibrio bacteriovorus, go bhfuil sé léirithe go rialaíonn DCD dúbailte timthriallach an t-aistriú idir saol saor agus stíl mhaireachtála chreiche41.
Dhírigh an chuid is mó den taighde ar bhaictéir chreiche ar Bdellovibrio, orgánaigh cosúil le Bdellovibrio, agus speicis Myxococcus. Is grúpa éagsúil iad seo agus samplaí aitheanta eile de bhaictéir chreiche. In ainneoin na héagsúlachta seo, sainaithníodh sraith de theaghlaigh phróitéin arb iad is sainairíonna iad a léiríonn feinitíopaí 11 bhaictéir chreiche3,22. Mar sin féin, níor aithníodh ach géinte a ionchódaíonn O antigen ligase (waaL), atá coitianta go háirithe i mbaictéir Gram-diúltacha. Níl an cineál anailíse seo ina chuidiú le ASxL5T a ainmniú mar chreachadóir, is dócha toisc go n-úsáideann sé straitéis ionsaí nua. Cabhróidh infhaighteacht géanóim bhaictéar creiche níos éagsúla le forbairt anailísí réitigh níos míne a chuirfidh san áireamh fianaise ar dhifríochtaí feidhme agus comhshaoil ​​idir baill an ghrúpa. I measc samplaí de bhaictéir chreiche nach n-áirítear san anailís seo tá baill de Cupriavidus nectator42 agus Bradymonabacteria43, mar de réir mar a imscrúdaíonn taighdeoirí pobail mhiocróbacha éagsúla, bunaítear níos mó tacsaithe creiche.
Is í an ghné is suntasaí de bhaictéir ASxL5T a gabhadh ag íomhá TEM ná a mhoirfeolaíocht uathúil agus solúbtha, a fhéadfaidh idirghníomhú le baictéir chreiche a chur chun cinn. Tá an cineál idirghníomhaíochta a breathnaíodh difriúil ó bhaictéir chreiche eile agus níor aimsíodh nó níor tuairiscíodh roimhe seo. Taispeántar an saolré chreiche ASxL5T atá beartaithe i bhFíor 5. Níl mórán samplaí sa litríocht le struchtúir apical comhchosúla mar a thuairiscímid anseo, ach áirítear leis na samplaí seo Terasakiispira papahanaumokuakeensis, baictéar spirillum mara le méadú uaireanta APEX 44, agus Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , a bhain leis an Oceanospirillum ghéineas roimhe seo, ag taispeáint an mar a thugtar air "scannán polach" 45. Is minic a breathnaítear foirmeacha cocci i gcultúir níos sine, go háirithe i gcás baictéir le foirmeacha cuartha, mar Vibrio, Campylobacter, agus Helicobacter 46, 47, 48, a d'fhéadfadh a bheith ina stát díghrádaithe. Tá gá le tuilleadh oibre chun saolré beacht na mbaictéar ASxL5T a shoiléiriú. Chun a chinneadh conas a shealbhaíonn sé agus a chreiche, agus cibé an ionchódaíonn a ghéanóim comhdhúile atá gníomhach go bitheolaíoch ar féidir a úsáid chun críocha leighis nó biteicneolaíochta.
Cur síos ar Venatorbacter gen. Samhain Tá Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. comhdhéanta d'aerálaithe ó L. n. venator, 'hunter' agus Gr. n. bacter, 'a slat'. Venatorbacter, 'a hunting Rod' . Tá cealla aeróbach, salann-fhulangach, cuartha stain Gram diúltach, ní bhíonn an tslat aclaíochta agus an ghníomhaíocht oxidase PHB ag carnadh sa raon teochta de 4 go 42 °C Ingrown. Tá an raon pH de 4-9 neamhghnách. I seilidí mara, is iad na príomh-aigéid sailleacha C16:1ω6c agus/nó C16:1ω7c, C16:0 agus C18:1ω9; Faightear :0 3-OH agus C10:0 3-OH mar aigéid shailleacha hiodrocsa. Ní fhásann siad i meán brat. Is é an t-ábhar DNA G + C ná 56.1 mol%.
Cur síos ar Venatorbacter cucullus sp. Samhain Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus ciallaíonn fairing).
Ina theannta sin, is é an ghné thuairisciúil den ghéineas seo ná nuair a fhástar iad ar BA nó BHI, go bhfuil na cealla 1.63 µm ar fad agus 0.37 µm ar leithead. Tá na coilíneachtaí ar BHI agar an-bheag, ag teacht ar trastomhas 2 mm tar éis 72 uair an chloig. Tá siad beige, tréshoilseach, cruinn, dronnach agus lonracha. Is féidir le baill an speicis seo Escherichia coli agus Klebsiella a úsáid. Is creiche iad Campylobacter agus roinnt baictéir Gram-diúltacha eile.
Rinneadh an brú tipiciúil ASxL5T a leithlisiú ó bhainne mairteola i Nottinghamshire, an Ríocht Aontaithe, agus a thaisceadh sa Bhailiúchán Cultúir Cineál Náisiúnta (RA): uimhir aontachais NCTC 14397 agus uimhir aontachais Bhailiúchán Cultúir Baictéarach na hÍsiltíre (NCCB) NCCB 100775. Seicheamh iomlán genome ASxL5T curtha i dtaisce i Genbank de réir CP046056 a chur leis.
Rinneadh baictéir ASxL5T a leithlisiú ó bhainne mairteola ag baint úsáide as teicneolaíocht leithlisithe phage9,49. Caolaíodh an sciodar 1:9 (w/v) i maolán SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O agus 0.01% geilitín; Sigma Aldrich, Gillingham, RA), Goir ansin ag 4°C ar feadh 24 uair an chloig, ag rothlú go mall chun na creachadóirí a mhealladh isteach sa mhaolán. Rinneadh an fionraí a lártheifneoiriú ag 3000g ar feadh 3 nóiméad. Bailíodh an snámhán agus lártheifneoiríodh é ag 13,000g don dara huair ar feadh 5 nóiméad. Ansin cuireadh an súiteán trí scagaire membrane 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, an Ghearmáin) agus scagaire membrane 0.2 µm (Minisart) chun aon chealla baictéaracha a bhí fágtha a bhaint. Is féidir le ASxL5T pas a fháil sna scagairí seo. Ullmhaíodh faiche bog agair de Campylobacter enterosus S12 (uimhir aontachais NCBI CP040464) ón sciodar céanna ag baint úsáide as teicnící caighdeánacha. Dáileadh an sciodar scagtha ar gach ceann de na plátaí cille ósta seo i braoiníní 10 µl faoi thrí agus ligeadh dóibh triomú. Goradh an pláta in umar micrea-aerófaic ag 37°C ar feadh 48 uair an chloig faoi choinníollacha micrea-aeróbach (5% O2, 5% H2, 10% CO2, agus 80% N2). Baineadh an plaic infheicthe a fuarthas isteach i maolán SM agus aistríodh é chuig an bhfaiche úr C. hyointestinalis S12 chun na horgánaigh lysed a iomadú tuilleadh. Chomh luath agus a chinntear gurb iad na baictéir is cúis leis an plaic lytic agus ní an phage, déan iarracht an t-orgánach a fhás go neamhspleách ar an óstaigh agus é a thréithriú tuilleadh. Rinneadh an cultúr aeróbach ag 37 °C le fuil chapaill dífhibrínithe 5% v/v (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, forlíonadh). De réir threoirlínte an Choiste um Chaighdeáin Chliniciúil Náisiúnta, úsáidtear an modh idirleata diosca le haghaidh tástála so-ghabhálachta antibacterial. Saothraíodh agar BHI ag 37 °C ag baint úsáide as diosca ina raibh na antaibheathaigh seo a leanas (Oxoid) le haghaidh saothrú aeróbach: amoxicillin agus aigéad clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Aigéad Nalidixic 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromycin 15 µg; Clóramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Bunaíodh an lamháltas salainn trí gor aeróbach ar phlátaí agair BHI ag 37 °C. Cuireadh NaCl breise leis na plátaí agair BHI chun raon tiúchana suas le 10% w/v a sholáthar. Cinntear an raon pH de réir an chultúir aeróbach ar phlátaí agar BHI ag 37 ° C, áit a bhfuil an raon pH coigeartaithe go dtí idir 4 agus 9 le HCl steiriúil nó NaOH steiriúla, agus déantar an spriocluach pH a fhíorú sula ndéantar an pláta a dhoirteadh. Le haghaidh anailíse aigéid shailligh cheallacha, saothraíodh ASxL5T ar BHI agar ar feadh 3 lá agus aeróbach ag 37 °C. De réir phrótacal caighdeánach MIDI (Córas Aitheantais Mhiocróbach Sherlock, leagan 6.10) de FERA Science Ltd, (Eabhrac, an Ríocht Aontaithe), baineadh, ullmhaíodh agus anailísíodh aigéid shailleacha cille.
Le haghaidh TEM, saothraíodh ASxL5T aeróbach trí scaipeadh go haonfhoirmeach ar BA ag 37 ° C ar feadh 24 uair an chloig, agus ansin é a bhaint isteach i 1 ml de glutaraldehyde 3% (v/v) i maolán cacodailáit 0.1 M ag teocht an tseomra Deisigh ar feadh 1 uair an chloig, ansin lártheifneoir ag 10,000 g ar feadh 3 nóiméad. Ansin athshuiteáil an millíní go réidh i 600 μl 0.1 M maolán cacaidileat. Aistrigh an fionraí seasta ASxL5T go dtí an scannán Formvar/carbóin ar eangach copair 200 mogalra. Bhí na baictéir dhaite le 0.5% (w/v) aicéatáit úráinil ar feadh 1 nóiméad agus scrúdaigh TEM iad ag baint úsáide as micreascóp TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Mar a luadh thuas, cuir an líon céanna creiche agus creachadóir le chéile i brat NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) agus gor ar feadh 48 uair an chloig faoi choinníollacha micreaaeróbacha Campylobacter nó Campalabaictéar ag 37°C , Idirghníomhaíocht creachadóir agus creiche. scrúdaigh TEM freisin. Coinníollacha aeróbach le haghaidh Escherichia coli. Scrúdaigh baictéir chreiche agus creiche go neamhspleách chun aon athruithe ar mhoirfeolaíocht na gceall de bharr creachadóireachta a chinneadh. Baineadh úsáid as modh dubh na Súdáine le haghaidh micreascópachta optúla ar charnadh PHB.
Fás cultúir thar oíche ASxL5T trí fhás a smearadh ar phlátaí BHI nó BA le swab steiriúil. Bailigh cealla ASxL5T agus cuir ar fionraí iad in MRD (CM0733, Oxoid), agus ansin cuir iad ag 4°C ar feadh 7 lá chun na cealla a ocras. Rinneadh cultúr baictéarach stoc tagartha nó saotharlainne an NCTC a ionaclú isteach i brat BHI nó brat cothaitheach Uimh. 2 (CM007, Oxoid), gortha thar oíche, lártheifneoirithe ag 13,000g agus athchuireadh in MRD go dtí go raibh OD600 0.4. Cultúr: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11, TC 601, 11, 400, Klebsiella oxytoca 11 TC Baictéir speisialta Listeria NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, hamburger fomhuirí Rhodococcus NCTC 1621T, baictéir intestinal Salmonella NCTC 5747, Stamonella Mondeville NCTC 5747 NC, 5747 NC aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Goradh an t-óstach Campylobacter go micrea-aeróbach ar phlátaí BA ag 37°C agus é ar crochadh i brat NZCYM. Is iad na hóstach Campylobacter a ndearnadh tástáil orthu ná: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11445, C. NCTC 11458, C. PT14, C... Bailigh cealla in MRD, lártheifneoir ag 13,000g agus cuir ar fionraí arís in MRD go dtí go bhfuil OD600 0.4. Cuir slánchuid fionraí 0.5 ml le 5 ml agar barr NZCYM leáite (0.6% agar) agus doirt ar phláta bun NZCYM 1.2% é. Tar éis é a leigheas agus a thriomú, dáileadh an ASxL5T caolaithe sraitheach mar bhraoiníní 20 µl ar gach bord faiche i dtrí chóip. Braitheann teocht an chultúir agus an t-atmaisféar ar riachtanais na baictéir tástála.
Úsáid Trealamh DNA Géanóm Baictéarach GenElute™ (Sigma Aldridge) chun DNA a ullmhú ó aonráití baictéaracha. Baineadh úsáid as modhanna caighdeánacha chun PCR a aimpliú ar ghéinte rRNA 16S agus seicheamh táirgí a chinneadh ag baint úsáide as ceimic foirceannadh ruaime (Seirbhís Léamh Luach Eurofins, an Ghearmáin). Bain úsáid as an gclár BLAST-N chun na seichimh seo a chur i gcomparáid le seichimh ghéinte rRNA 16S eile chun speicis a bhfuil dlúthbhaint acu leo ​​a aithint agus a bhailiú. Déantar iad seo a ailíniú trí úsáid a bhaint as ClustalW sa chlár MEGA X. Athchruthaíodh an crann fylogenetic trí úsáid a bhaint as MEGA X ag baint úsáide as an modh uasta dóchúlachta bunaithe ar mhúnla Tamura-Nei, le 1000 cóip threoraithe54. Úsáid PureLink™ Géanóm DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, RA) chun DNA a bhaint as le haghaidh seicheamhú iomlán-ghéanóm. Socraíodh seicheamh genome ASxL5T ag baint úsáide as an teaglaim Illumina MiSeq, atá comhdhéanta de 250 bp léamh dúbailte comhdhéanta de leabharlann ullmhaithe ag baint úsáide as an trealamh lipéadaithe Nextera agus 2 go 20 kb léite fada ó ardán PacBio. Áis Taighde Seicheamhaithe DNA Géanómaíochta ag Ollscoil Sembia. Cuireadh an genome le chéile ag baint úsáide as CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, an Danmhairg). Tá cultúir ASxL5T i dtaisce sa Bhailiúchán Cultúir Náisiúnta (RA) agus i mBailiúchán Cultúir Baictéarach na hÍsiltíre (NCCB). Is iad seo a leanas géanóim na n-orgánach gaolmhar a úsáidtear chun comparáid a dhéanamh: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (uimhir aontachais HF680312, iomlán); Baicterioplanes sanyensis KCTC 32220T (uimhir aontachais BMYY01000001, neamhiomlán); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (uimhir aontachais NZ_AUGV00000000, neamhiomlán); pobal Marinamonas DSM 5604T (ASM436330v1 curtha leis, neamhiomlán), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (curtha MTSD02000001, neamhiomlán) agus Thalassolituus sp. C2-1 (cuir NZ_VNIL01000001 leis, neamhiomlán). Bain úsáid as Tairseach Géanóim JGI36 ag https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= chun an scór ailínithe (AF) agus meánaitheantas aigéad núicléach (ANI) a chinneadh. I mbeirteanna. Baineadh úsáid as an modh Rodriguez-R & Konstantinidis55 chun céannacht aimínaigéad (AAI) a chinneadh. Úsáid GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 chun crann phylogenetic dóchúlacht uasta a ghiniúint. Roghnaítear an genome ionchuir a ionadaíonn an genome tagartha atá ar fáil ó ghéinea tagartha a shainaithnítear go mbaineann siad le ASxL5T ón phylogeny rRNA 16S. An crann a anó ag baint úsáide as an uirlis idirghníomhach Chrann na Beatha ar líne (https://itol.embl.de/). Déantar anótáil fheidhmiúil agus anailís ar an genome ASxL5T ag baint úsáide as uirlis ar líne BlastKOALA KEGG ag baint úsáide as dáileadh saibhrithe modúl KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cinntear dáileadh na gcatagóirí COG (grúpaí orthoologous) ag baint úsáide as an uirlis ar líne eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ agus Muñoz-Dorado, J. Creachadóireacht baictéarach: 75 bliain agus leanann sé ar aghaidh! . timpeallacht. miocrorgánach. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Éagsúlacht agus poitéinseal antibacterial na mbaictéar creiche ar chósta Peiriú. Drugaí Márta. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Trína ngéinte, tuigfidh tú iad: tréithe géanómacha na mbaictéar creiche. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Stíl mhaireachtála chreiche an bhaictéarophage Bdellovibrio. shuiteáil. miocróib sagart. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antaibheathaigh ó bhaictéir chreiche. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Tá Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio agus orgánaigh den chineál céanna ina réamhaisnéiseoirí ar éagsúlacht microbiome i ndaonraí óstacha éagsúla. miocrorgánach. Éiceolaíocht. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. agus Ballesté-Delpierre, C. Faigh amach stádas reatha gníomhairí antibacterial nua. cliniciúil. miocrorgánach. Infect. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Is féidir le dé-chreachóireacht phage agus phage creach E. coli a dhíothú gan aon chreach amháin. J. Baictéir. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Comhaireamh agus éagsúlacht Campalabaictéar agus baictéarafagáis a leithlisíodh le linn timthriall beathaithe sicíní saor-raoin agus orgánacha. Timpeallacht iarratais. miocrorgánach. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. Tacsanomaíocht ghéanómach agus eipidéimeolaíocht na muc Campalabaictéar a thabhairt cothrom le dáta. eolaíocht. Ionadaí 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Sreabhadh oibre atá éasca le húsáid le haghaidh géanóm na gcóras. Bithfhaisnéisíocht 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Modh ailínithe seicheamh iolrach a laghdaíonn castacht ama agus spáis. BMC faisnéis bhitheolaíoch.... 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Uirlis le haghaidh ailíniú agus scamhadh uathoibríoch in anailís phylogenetic ar scála mór. Bithfhaisnéisíocht 25, 1972–1973 (2009).
Cuireann Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, géine CE agus aistriúcháin seicheamh metagenomic tús le tuar suímh. Bithfhaisnéisíocht 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Foireann uirlisí aicmithe tras-ardán agus éifeachtach NCBI. Bith Rxiv. (Arna rochtain an 1 Meitheamh, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Praghas, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree Crann dóchúlacht uasta 2-ghar le ailíniú mór. PLoS a hAon 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Comhthreomhar. (Arna rochtain an 1 Meitheamh, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Taighde aigéad núicléach. 28, 27-30 (2000).
Poblacht na Seice, L. srl. Ról extremolytes ectoine agus hidroxyectoine mar chosantóirí struis agus cothaithigh: géineolaíocht, géanóm an chórais, bithcheimic, agus anailís struchtúrach. Géin (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Léiriú próitéin difreálach le linn fás an bhaictéar díghrádaithe hidreacarbóin muirí éigeantach Thalassolituus oleivorans MIL-1 le linn fás na n-alcáin slabhra meánach agus fada. tosaigh. miocrorgánach. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., agus Jurkevitch, E. Nochtann modh géanóm comparáideach nua chun táscairí feinitíopacha-shonracha oidhreacht shonrach i marc baictéir chreiche a shainiú. Leabharlann Eolaíochta Poiblí a hAon. 10. uimhir 0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etc. géine Thalassolituus oleivorans. Samhain, sp. nov., cineál nua baictéir mhara a dhéanann speisialtóireacht ar úsáid hidreacarbóin. idirnáisiúntacht. J. Córas. éabhlóid. miocrorgánach. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacteroplanoides pacificum gen. Samhain, sp. I mí na Samhna, scar sé ón sáile a scaiptear san Aigéan Ciúin Theas. idirnáisiúntacht. J. Córas. éabhlóid. miocrorgánach. 66, 5010–5015 (2016).