Chaidh seòrsa ùr de bacteria Gram-àicheil, aerobic, fulangach le salann, gnìomhach, cumadh slat, agus creachadairean ASxL5T a sgaradh bho lòn innear bà ann an Siorrachd Nottingham, Sasainn, agus chleachd e Campylobacter mar chreach. Às deidh sin, chaidh gnèithean Campylobacter eile agus buill den teaghlach Enterobacteriaceae a lorg mar chreich. Às deidh fo-chultar às aonais ceallan aoigheachd, chaidh fàs lag aseptic a choileanadh air Brain Heart Infusion Agar. 'S e 37 °C na suidheachaidhean fàis as fheàrr agus pH 7. Nochd miocroscopan tar-chuir dealanach cuid de fheartan morf-eòlais a bha gu math annasach co-cheangailte ri cothrom air creach. Chomharraich mion-sgrùdadh phylogenetic a’ cleachdadh sreath gine 16S rRNA gu bheil an aonaranachd càirdeach do bhall den teaghlach Marine Spirulina, ach nach urrainnear a chomharrachadh gu soilleir mar bhall de sheòrsa sam bith aithnichte. Dhearbh sreath làn-genome de ASxL5T an dàimh le buill de na spirochetes mara. Sheall sgrùdadh stòr-dàta gu bheil grunn ASxL5Tn a’ roinn sreathan gine 16S rRNA le grunn bacteria gun chultar bhon chuan, uachdar na talmhainn agus uisge talmhainn. Tha sinn a’ moladh gu bheil an strain ASxL5T a’ riochdachadh gnè ùr ann an gnè ùr. Tha sinn a’ moladh an t-ainm Venatorbacter cucullus gen. Samhain, sp. San t-Samhain, chaidh ASxL5T a chleachdadh mar an seòrsa strain.
Is e bacteria a th’ ann am bacteria creachachaidh a tha a’ taisbeanadh comas bacteria beò eile a shealg agus a mharbhadh gus stuthan biosynthetic agus lùth fhaighinn. Tha seo eadar-dhealaichte bho bhith a’ faighinn air ais mathachadh san fharsaingeachd bho meanbh-fhàs-bheairtean marbh, agus tha e cuideachd eadar-dhealaichte bho eadar-obrachaidhean dìosganach, anns a bheil bacteria a’ cruthachadh dlùth dhàimh leis an òstair aca gun a bhith gam marbhadh. Tha bacteria creachaidh air diofar chuairtean beatha a leasachadh gus brath a ghabhail air pailteas stòran bìdh anns na raointean far a bheil iad rim faighinn (leithid àrainnean mara). Is e buidheann eadar-mheasgte tacsonomaigeach a th’ annta, nach eil ceangailte ach leis a’ chuairt-beatha sterilization sònraichte aca1. Chaidh eisimpleirean de lobhag creachaidh a lorg ann an grunn phyla eadar-dhealaichte, nam measg: Proteobacteria, Bacteroides, agus Chlorella.3. Ach, is e na bacteria creachaidh as motha a tha air an deagh sgrùdadh na fàs-bheairtean Bdellovibrio agus Bdellovibrio-agus-coltach (BALOs4). Tha bacteria creachaidh na stòr gealltanach de choimeasgaidhean ùra a tha gnìomhach gu bith-eòlasach agus riochdairean antibacterial5.
Thathar a’ creidsinn gu bheil bacteria creachaidh a’ cur ri iomadachd mhicrobach agus a’ toirt buaidh mhath air slàinte eag-shiostam, cinneasachd agus seasmhachd6. A dh’ aindeoin na buadhan adhartach sin, chan eil mòran sgrùdaidhean ann air bacteria creachaidh ùra air sgàth cho duilich ‘s a tha e bacteria a àiteachadh agus an fheum air eadar-obrachadh cealla a choimhead gu faiceallach gus na cuairtean beatha iom-fhillte aca a thuigsinn. Chan eil am fiosrachadh seo furasta fhaighinn bho mhion-sgrùdadh coimpiutair.
Ann an àm far a bheil barrachd strì an aghaidh antimicrobial, thathas a’ sgrùdadh ro-innleachdan ùra airson a bhith ag amas air pathogenan bactaraidh, leithid cleachdadh bacteriophages agus bacteria creachaidh7,8. Chaidh bacteria ASxL5T a chuir air leth ann an 2019 a’ cleachdadh teicneòlas aonaranachd phage bho innear bà a chaidh a chruinneachadh bho Ionad Bainne Oilthigh Nottingham, Siorrachd Nottingham. Is e adhbhar an sgrùdaidh fàs-bheairtean a sgaradh a dh’ fhaodadh a bhith nan riochdairean smachd bith-eòlasach. Tha Campylobacter hyointestinalis na pathogen zoonotic, a tha a’ sìor fhàs co-cheangailte ri galairean caolan daonna10. Tha e uile-làthaireach ann an serum agus air a chleachdadh mar aoigh targaid.
Chaidh am bacterium ASxL5T a sgaradh bho jelly feòil-mart oir chaidh fhaicinn gu robh na clàran a chruthaich e air faiche C. hyointestinalis coltach ris an fheadhainn a rinn bacteriophages. Is e lorg ris nach robh dùil a tha seo, leis gu bheil pàirt den phròiseas aonaranachd phage a’ toirt a-steach sìoladh tro chriathrag 0.2 µm, a tha air a dhealbhadh gus ceallan bacterial a thoirt air falbh. Sheall sgrùdadh microscopach air an stuth a chaidh a thoirt a-mach às a’ chlàr nach do chruinnich na bacteria beaga lùbte gram-àicheil ann an cumadh slat polyhydroxybutyrate (PHB). Tha an cultar aseptic neo-eisimeileach bho cheallan creiche air a thoirt gu buil air meadhan làidir beairteach (leithid agar infusion cridhe eanchainn (BHI) agus agar fala (BA)), agus tha am fàs aige lag. Gheibhear e às deidh subculture le leasachadh trom inoculum. Bidh e a’ fàs a cheart cho math fo chumhachan microaerobic (7% v/v ocsaidean) agus ocsaidean àile, ach chan ann ann an àile anaerobic. Às deidh 72 uair a thìde, bha trast-thomhas a ’choloinidh glè bheag, a’ ruighinn 2 mm, agus bha e beige, tar-shoilleir, cruinn, convex agus gleansach. Tha bacadh air deuchainn bith-cheimiceach àbhaisteach leis nach urrainn ASxL5T a bhith air a chultarachadh gu earbsach ann am meadhanan liùlach, a tha a’ nochdadh gum faodadh e a bhith an urra ri cearcall beatha iom-fhillte cruthachadh biofilm. Ach, sheall an casg truinnsear gu bheil ASxL5T aerobic, dearbhach airson oxidase agus catalase, agus gun urrainn dha 5% NaCl fhulang. Tha ASxL5T an aghaidh 10 µg streptomycin, ach tha e mothachail air a h-uile antibiotic eile a chaidh a dhearbhadh. Chaidh na ceallan bacterial ASxL5T a sgrùdadh le TEM (Figear 1). Nuair a thèid fàs gun cheallan creiche air a’ BA, tha ceallan ASxL5T nan Campylobacter beag, le fad cuibheasach de 1.63 μm (± 0.4), leud 0.37 μm (± 0.08), agus pòla singilte fada (suas ri 5 μm). Bratach gnèitheach. Tha coltas gu bheil leud nas lugha na 0.2 μm aig timcheall air 1.6% de na ceallan, a leigeas le gluasad tron ​​​​inneal sìoltachain. Chaidh leudachadh structarail neo-àbhaisteach fhaicinn air mullach cuid de cheallan, coltach ri fairing (cucullus Laideann) (faic na saighdean ann an 1D, E, G). Tha e coltach gu bheil seo air a dhèanamh suas de bharrachd membran a-muigh, a dh’ fhaodadh a bhith mar thoradh air lughdachadh luath ann am meud a ’chèis periplasmic, fhad‘ s a tha an membran a-muigh fhathast slàn, a ’nochdadh coltas“ sgaoilte. Mar thoradh air a bhith a’ fàs ASxL5T às aonais beathachadh (ann am PBS) airson ùine mhòr aig 4 ° C bha a’ mhòr-chuid (ach chan e a h-uile gin) de cheallan a’ nochdadh morf-eòlas coccal (Figear 1C). Nuair a dh’fhàsas ASxL5T le Campylobacter jejuni mar chobhartach airson 48 uairean, tha meud cuibheasach nan cealla gu math nas fhaide agus nas cumhainge na ceallan air am fàs às aonais òstair (Clàr 1 agus Figear 1E). An coimeas ri sin, nuair a dh’fhàsas ASxL5T le E. coli na chreiche airson 48 uairean, tha meud cuibheasach nan cealla nas fhaide agus nas fharsainge na nuair a dh’fhàsas e gun chreach (Clàr 1), agus tha fad na cealla caochlaideach, mar as trice a’ nochdadh filamentous (Figear 1F). Nuair a chaidh an goir le Campylobacter jejuni no E. coli mar chreich airson 48 uair a thìde, cha do sheall ceallan ASxL5T flagella idir. Tha Clàr 1 a’ toirt geàrr-chunntas air na h-atharrachaidhean ann am meud cealla stèidhichte air làthaireachd, neo-làthaireachd, agus seòrsa creiche ASxL5T.
Taisbeanadh TEM de ASx5LT: (A) Tha ASx5LT a’ sealltainn cuip fhada; (B) bataraidh ASx5LT àbhaisteach; (C) ceallan cocci ASx5LT às deidh goir fada gun bheathachadh; (D) tha buidheann de cheallan ASx5LT a’ nochdadh ana-cainnt (E) Sheall buidheann cealla ASx5LT air a bhrosnachadh le creach Campylobacter barrachd fad cealla an coimeas ris an fheadhainn gun fhàs creiche (D) cuideachd a’ nochdadh structar apical; (F) flagella filamentous mòr, ceallan ASx5LT, an dèidh a bhith air an goir le creach E. coli; (G) Aon chealla ASx5LT às deidh a bhith air a goir le E. coli, a’ sealltainn structar neo-àbhaisteach àrd. Tha am bàr a’ riochdachadh 1 μm.
Le bhith a’ dearbhadh an t-sreath gine rRNA 16S (àireamh aontachais MT636545.1) leigidh e le rannsachaidhean stòr-dàta sreathan coltach ris an fheadhainn sa chlas Gammaproteobacteria a stèidheachadh, agus tha iad nas fhaisge air bacteria mara anns an teaghlach spirillum mara (Figear 2), agus tha iad nam buill den genus Thalassolituus An càirdeas as fhaisge air Marine Bacillus. Tha an sreath gine rRNA 16S gu soilleir eadar-dhealaichte bho na bacteria creachaidh a bhuineas don teaghlach Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). B 'e an coimeas pairwise de B. bacteriovorus HD100T (seòrsa strain, DSM 50701) agus B. bacteriovorus DM11A 48.4% agus 47.7%, agus airson B. exovorus JSS bha e 46.7%. Tha 3 leth-bhreacan den ghine rRNA 16S aig bacteria ASxL5T, a dhà dhiubh co-ionann ri chèile, agus an treas fear 3 bunaitean bho chèile. Chan eil dà aonaranachd bacteriach creachaidh eile (ASx5S agus ASx5O; Is e àireamhan aontachaidh gine 16S rRNA MT636546.1 agus MT636547.1, fa leth) le feartan morphologach agus phenotypic co-ionann bhon aon àite, ach tha iad eadar-dhealaichte bho ASxL5T agus Bacterial neo-chultarach. tha sreathan stòr-dàta air an cruinneachadh còmhla ri ginean eile ann an Oceanospirillaceae (Figear 2). Chaidh an sreath genome gu lèir de ASxL5T a dhearbhadh agus a shàbhaladh ann an stòr-dàta NCBI, agus is e an àireamh aontachaidh CP046056. Tha an genome de ASxL5T air a dhèanamh suas de chromosome cruinn de 2,831,152 bp le co-mheas G + C de 56.1%. Anns an t-sreath genome tha 2653 CDS (iomlan), agus thathas an dùil gum bi 2567 dhiubh sin a’ còdachadh phròtainean, agus faodar 1596 dhiubh sin a shònrachadh mar ghnìomhan putative (60.2%). Anns an genoma tha 67 ginean còdaidh RNA, a’ toirt a-steach 9 rRNAn (3 gach fear airson 5S, 16S, agus 23S) agus 57 tRNAn. Chaidh feartan genomic ASxL5T a choimeas ris na genomes de sheòrsan den t-seòrsa càirdeas as fhaisge a chaidh a chomharrachadh bho shreath gine 16S rRNA (Clàr 2). Cleachd dearbh-aithne aminoideach (AAI) gus coimeas a dhèanamh eadar gach genome Thalassolituus a tha ri fhaighinn agus ASxL5T. Is e Thalassolituus sp. C2-1 (cuir NZ_VNIL01000001 ris). Chaidh an strain seo a sgaradh bho ghrùidean mara domhainn an Mariana Trench, ach an-dràsta chan eil fiosrachadh phenotypic ann mun t-srann seo airson coimeas a dhèanamh. An coimeas ri ASxL5T's 2.82 Mb, tha genoma an fhàs-bheairt nas motha aig 4.36 Mb. Tha meud genome cuibheasach spirochetes mara timcheall air 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genomes iomraidh iomlan a chaidh a sgrùdadh bho https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), agus mar sin tha genoma ASxL5T a rèir an òrdugh An coimeas ris na buill eile, tha e gu math beag. Cleachd GToTree 1.5.54 gus craobh phylogenetic as coltaiche stèidhichte air genome a ghineadh (Figear 3A), a’ cleachdadh na sreathan aminoideach co-cheangailte agus ceangailte de ghinean aon-lethbhreac 172 a tha sònraichte do Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Sheall an anailis gu bheil e dlùth cheangailte ri Thalassolituus, Bacterial Plane, agus Marine Bacterium. Ach, tha an dàta seo a 'sealltainn gu bheil ASxL5T eadar-dhealaichte bho a chàirdean ann an Marine Spirulina agus tha an dàta sreath genome aige ri fhaighinn.
Tha a’ chraobh phylogenetic a tha a’ cleachdadh an t-sreath gine 16S rRNA a’ cur cuideam air suidheachadh nan sreathan ASxL5T, ASxO5, agus ASxS5 (leis na gutagan) an coimeas ris na gathan bacteria neo-àiteach agus mara anns na Marine Spirulinaceae. Tha an àireamh aontachaidh Genbank a’ leantainn ainm an t-srann ann am brathan. Cleachd ClustalW gus sreathan a cho-thaobhadh, agus cleachd an dòigh as coltaiche agus modail Tamura-Nei gus dàimhean phylogenetic a thoirt a-steach, agus dèan ath-bhualaidhean treòraichte 1000 ann am prògram MEGA X. Tha an àireamh air a’ mheur a’ nochdadh gu bheil an luach leth-bhreac treòraichte nas àirde na 50%. Chaidh Escherichia coli U/541T a chleachdadh mar bhuidheann a-muigh.
(A) Craobh phylogenetic stèidhichte air an genoma, a 'sealltainn an dàimh eadar an Spirospiraceae mara bacterium ASxL5T agus a càirdean dlùth, E. coli U 5/41T mar bhuidheann a-muigh. (B) An coimeas ri T. oleivorans MIL-1T, thathar a' sùileachadh gum bi cuairteachadh gnè gnìomhach de ghinean stèidhichte air a' bhuidheann orthologous (COG) de phròtain ASx5LT. Tha am figear air an taobh chlì a’ sealltainn an àireamh de ghinean anns gach roinn COG gnìomh anns gach genoma. Tha an graf air an làimh dheis a’ sealltainn an àireamh sa cheud de genomes anns gach buidheann gnìomh COG. (C) An coimeas ri T. oleiverans MIL-1T, mion-sgrùdadh air slighe modular iomlan KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) de ASxL5T.
Le bhith a’ cleachdadh stòr-dàta KEGG gus sgrùdadh a dhèanamh air na ginean co-phàirteach a tha an làthair anns an genoma ASxL5T nochd an t-slighe metabolach àbhaisteach de gamma aerobic Proteus. Tha ASxL5T a’ toirt a-steach ginean 75 gu h-iomlan air an sònrachadh do phròtainean motair bacterial, a’ toirt a-steach ginean a tha an sàs ann an chemotaxis, co-chruinneachadh flagella, agus siostam fimbriae seòrsa IV. Anns an roinn mu dheireadh, tha 9 a-mach à 10 ginean an urra ri gluasad gluasad raon de fhàs-bheairtean eile. Tha an genome de ASxL5T a’ toirt a-steach slighe biosynthetic tetrahydropyrimidine iomlan a tha a’ gabhail pàirt anns an fhreagairt dìon do chuideam osmotic20, mar a bhiodh dùil airson halophiles. Tha mòran shlighean coileanta anns an genoma cuideachd airson cofactors agus vitamain, a’ toirt a-steach slighean synthesis riboflavin. Ged a tha an gine alkane 1-monooxygenase (alkB2) an làthair ann an ASxL5T, chan eil an t-slighe cleachdadh hydrocarbon coileanta. Anns an t-sreath genome de ASxL5T, tha e follaiseach gu bheil homologues de ghinean a tha air an comharrachadh mar phrìomh uallach airson truailleadh hydrocarbons ann an T. oleiverans MIL-1T21, leithid TOL_2658 (alkB) agus TOL_2772 (dehydrogenase deoch làidir) neo-làthaireach. Tha Figear 3B a’ sealltainn coimeas eadar cuairteachadh gine ann an roinn COG eadar ASxL5T agus ola ollaidh MIL-1T. Gu h-iomlan, tha an genoma ASxL5T nas lugha a’ toirt a-steach nas lugha de ghinean bho gach roinn COG an taca ris an genoma co-cheangailte nas motha. Nuair a tha an àireamh de ghinean anns gach roinn gnìomh air a chuir an cèill mar cheudad den genoma, tha eadar-dhealachaidhean air an toirt fa-near anns an àireamh sa cheud de ghinean anns na roinnean eadar-theangachadh, structar ribosomal agus biogenesis, agus na roinnean gnìomh cinneasachadh lùth agus tionndaidh, a tha mar an ASxL5T as motha. genoma Tha an àireamh sa cheud air a choimeas ris an aon bhuidheann a tha an làthair ann an genoma T. oleiverans MIL-1T. An coimeas ri sin, an taca ris an genoma ASxL5T, tha ceudad nas àirde de ghinean aig T. oleivorans MIL-1T anns na roinnean ath-riochdachadh, ath-thionndaidh agus càradh, agus tar-sgrìobhaidh. Gu inntinneach, is e an eadar-dhealachadh as motha ann an susbaint gach roinn gnìomh den dà genomes an àireamh de ghinean neo-aithnichte a tha an làthair ann an ASxL5T (Figear 3B). Chaidh mion-sgrùdadh beairteachaidh a dhèanamh air modalan KEGG, far a bheil gach modal KEGG a’ riochdachadh seata de dh’ aonadan gnìomh air an comharrachadh le làimh airson comharrachadh agus mìneachadh bith-eòlasach air dàta sreath genome. Tha an coimeas eadar cuairteachadh gine ann an slighe modal KOG iomlan ASxL5T agus olive MIL-1T ri fhaicinn ann am Figear 3C. Tha an sgrùdadh seo a 'sealltainn, ged a tha slighe iomlan metabolach sulfur agus nitrigin aig ASxL5T, chan eil T. oleiverans MIL-1T. An coimeas ri sin, tha slighe meatabileach iomlan de cysteine ​​agus methionine aig T. oleiverans MIL-1T, ach tha e neo-iomlan ann an ASxL5T. Mar sin, tha modal sònraichte aig ASxL5T airson co-chothromachadh sulfate (air a mhìneachadh mar sheata de ghinean a dh’ fhaodar a chleachdadh mar chomharran phenotypic, leithid comas metabollach no pathology; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Ann an T .Oleiverans MIL-1T. Tha e mì-chinnteach a bhith a’ dèanamh coimeas eadar susbaint gine ASxL5T agus an liosta de ghinean a tha a’ nochdadh dòigh-beatha creachaidh. Ged a tha an gine waaL a tha a’ còdachadh an ligase co-cheangailte ris an O antigen polysaccharide ris a’ chridhe an làthair anns an genoma ASxL5T (ach tha e cumanta ann am mòran bacteria Gram-àicheil), faodaidh ginean tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) a bhith a’ toirt a-steach an 60 amino. roinnean searbhagach a gheibhear gu cumanta ann am bacteria creachaidh nach eil an làthair. Chan eil ginean sònraichte creachaidh eile ann an genoma ASxL5T, a’ toirt a-steach an fheadhainn a tha a’ còdachadh enzyman a tha an sàs ann am biosynthesis isoprenoid anns an t-slighe mevalonate. Thoir an aire nach eil gntR gine riaghlaidh tar-sgrìobhaidh anns a’ bhuidheann creachadairean a chaidh a sgrùdadh, ach faodar trì ginean coltach ri gntR a chomharrachadh ann an ASxL5T.
Tha geàrr-chunntas air feartan phenotypic ASxL5T ann an Clàr 3 agus an coimeas ri feartan phenotypic ginean co-cheangailte 23, 24, 25, 26, agus 27 a chaidh aithris anns an litreachas. Tha aonaranachd bho T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, agus Oceanobacter kriegii nan cuirp gnìomhach, fulangach le salann, oxidase-deimhinneach ann an cumadh slat, ach cha mhòr nach eil feartan phenotypic eile aca le ASxL5T. Is e pH cuibheasach a’ chuain 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), a tha ri fhaicinn ann an T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis agus O. creag. Tha ASxL5T freagarrach airson an raon pH nas motha (4-9) a tha àbhaisteach do ghnèithean neo-mara. Feartan phenotypic de Thalassolituus sp. C2-1. Neo-aithnichte. Tha an raon teòthachd fàis ASxL5T sa chumantas nas fharsainge na an ìre de shreathan mara (4-42 °C), ged a tha cuid ach chan eil a h-uile h-aonaranach T. marinus a’ fulang teas. Chuir an neo-chomas fàs ASxL5T ann am meadhanan broth bacadh air tuilleadh charactaran phenotypic. Cleachd API 20E gus deuchainn a dhèanamh air na stuthan a chaidh a sgrìobadh bhon phlàta BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, cleachdadh citrate, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, bha toraidhean an deuchainn uile àicheil, ach cha robh indole, acetoin agus H2S air an dèanamh. Am measg nan gualaisgean neo-thorrach tha: glùcois, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin agus arabinose. An coimeas ris na sreathan iomraidh co-cheangailte ris a chaidh fhoillseachadh, tha ìomhaigh searbhag geireach ceallach an strain ASxL5T ri fhaicinn ann an Clàr 4. Is iad na prìomh aigéid shailleil ceallach C16:1ω6c agus/no C16:1ω7c, C16:0 agus C18:1ω9. Tha searbhagan geir hydroxy C12: 0 3-OH agus C10: 0 3-OH ann cuideachd. Tha an co-mheas de C16:0 ann an ASxL5T nas àirde na an luach a chaidh aithris airson ginean co-cheangailte. An coimeas ri sin, an taca ris an T. marinus IMCC1826TT a chaidh aithris, tha an co-mheas de C18:1ω7c agus/no C18:1ω6c ann an ASxL5T air a lùghdachadh. oleivorans MIL-1T agus O. kriegii DSM 6294T, ach cha deach a lorg ann am B. sanyensis KCTC 32220T. Le bhith a’ dèanamh coimeas eadar pròifilean searbhag geir ASxL5T agus ASxLS nochd eadar-dhealachaidhean beaga anns an ìre de dh’ aigéid shailleil fa leth eadar an dà sheòrsa, a tha co-chòrdail ri sreath genomic DNA den aon ghnè. Cha deach mìrean poly-3-hydroxybutyrate (PHB) a lorg a’ cleachdadh deuchainn dubh Sudan.
Chaidh gnìomhachd creachaidh bacteria ASxL5T a sgrùdadh gus faighinn a-mach an raon de chreach. Faodaidh am bacterium seo clàran a chruthachadh air gnèithean Campylobacter, nam measg: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; Clari NCTC 11458 agus C. upsaliensis NCTC 11541T. Cleachd na cultaran a tha air an liostadh anns an roinn de dhearbhadh raon aoigheachd den dòigh gus raon nas fharsainge de bacteria Gram-àicheil agus Gram-positive a dhearbhadh. Tha na toraidhean a’ sealltainn gum faodar ASxL5T a chleachdadh cuideachd ann an Escherichia coli NCTC 86 agus Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaicean air an cruthachadh air Klebsiella oxytoca 11466. Tha an eadar-obrachadh TEM le E. coli NCTC 86 air a shealltainn ann am Figear 4A-D, agus tha an eadar-obrachadh le Campylobacter jejuni PT14 agus Campylobacter suis S12 air a shealltainn ann am Figear 4E-H meadhan. Tha coltas gu bheil an dòigh ionnsaigh eadar-dhealaichte eadar na seòrsaichean creiche a chaidh a dhearbhadh, le aon no barrachd cheallan E. coli ceangailte ri gach cill ASxL5T agus air an suidheachadh taobh thall air a' chill leudaichte mus tèid a shìneadh. An coimeas ri sin, tha coltas gu bheil ASxL5T a’ ceangal ri Campylobacter tro aon àite conaltraidh, mar as trice ann an conaltradh ri mullach cealla creachadair agus faisg air mullach cealla Campylobacter (Figear 4H).
TEM a 'sealltainn an eadar-obrachadh eadar ASx5LT agus creach: (AD) agus E. coli creach; (EH) agus C. jejuni creiche. (A) Ceall àbhaisteach ASx5LT ceangailte ri aon chealla E. coli (EC); (B) ASx5LT filamentous ceangailte ri aon chealla EC; (C) Ceall filamentous ASx5LT ceangailte ri ioma cealla EC; (D) Ceangal Ceallan ASx5LT nas lugha air aon chealla E. coli (EC); (E) aon chealla ASx5LT ceangailte ri ceal Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT a 'toirt ionnsaigh air ceallan C. hyointestinalis (CH); (G) thug dà chill ASx5LT ionnsaigh air cealla CJ; (H) Sealladh dlùth air puing ceangail ASx5LT, faisg air mullach cealla CJ (bàr 0.2 μm). Tha am bàr a’ riochdachadh 1 μm ann an (AG-G).
Tha bacteria creachaidh air a thighinn air adhart gus brath a ghabhail air pailteas stòran creiche. Gu follaiseach, tha iad an làthair gu farsaing ann an iomadh àrainneachd eadar-dhealaichte. Air sgàth meud cumhang buill an t-sluaigh, tha e comasach bacteria ASxL5T a sgaradh bhon t-sioda le bhith a’ cleachdadh an dòigh dealachaidh phage. Tha e na iongnadh gu bheil buntainneas genomic ASxL5T do bhuill den teaghlach oceanospirillaceae de bacteria mara na iongnadh, ged a tha an organachadh fulangach le salann agus faodaidh e fàs air meadhan anns a bheil 5% salainn. Sheall mion-sgrùdadh càileachd uisge air an t-sileadh gu robh susbaint sodium chloride nas lugha na 0.1%. Mar sin, tha eabar fada air falbh bho àrainneachd na mara - an dà chuid gu cruinn-eòlasach agus gu ceimigeach. Tha làthaireachd trì aonaran co-cheangailte ach eadar-dhealaichte bhon aon stòr a’ toirt fianais gu bheil na creachadairean sin a’ soirbheachadh san àrainneachd neo-mara seo. A bharrachd air an sin, sheall mion-sgrùdadh microbiome (faidhlichean dàta rim faighinn bho https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) gu bheil an aon sreath gine 16S rRNA suidhichte anns na 50 cìsean obrachaidh as pailte (OTU). ) Ann am beagan amannan samplachaidh den eabar. Chaidh grunn bacteria neo-chultarach a lorg ann an stòr-dàta Genbank, aig a bheil sreathan gine 16S rRNA coltach ri bacteria ASxL5T. Tha e coltach gu bheil na sreathan sin, còmhla ris na sreathan ASxL5T, ASxS5, agus ASxO5, a’ riochdachadh diofar chladhan air an sgaradh bho Thalassolituus agus Oceanobacter (Figear 2). Chaidh trì seòrsaichean bacteria neo-chultarach (GQ921362, GQ921357 agus GQ921396) a sgaradh bhon uisge sgàinidh aig doimhneachd 1.3 cilemeatair ann am mèinn òir Afraga a-Deas ann an 2009, agus bha an dhà eile (DQ256320 agus DQ337006) bho uisge talmhainn (cuideachd ann an Afraga a Deas). ann an 2005). Tha an t-sreath gine rRNA 16S a tha nas dlùithe co-cheangailte ri ASxL5T mar phàirt den t-sreath gine 16S rRNA a fhuaireadh bho chultar beairteachaidh grùidean gainmhich a fhuaireadh bho thràighean ceann a tuath na Frainge ann an 2006 (àireamh aontaichte AM29240828). Chaidh sreath gine 16S rRNA eile a tha dlùth-cheangailte ris bhon bacterium neo-chultarach HQ183822.1 fhaighinn bho tanca cruinneachaidh a chaidh a leigeil a-mach à lìonadh-fearainn baile ann an Sìona. Gu dearbh, chan eil bacteria ASxL5T gu math riochdachail ann an stòran-dàta tacsonomaigeach, ach tha coltas ann gu bheil na sreathan sin bho bacteria neo-chultarach a’ riochdachadh fàs-bheairtean coltach ri ASxL5T, a tha air an sgaoileadh air feadh an t-saoghail, mar as trice ann an àrainneachdan dùbhlanach. Bhon sgrùdadh genome phylogenetic gu lèir, is e Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Agus O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Tha Thalassolituus na bhall de na mara obligate hydrocarbon criomag bacteria (OHCB), a tha farsaing ann an àrainneachdan mara agus talmhainn, agus mar as trice a 'fàs làmh an uachdair às dèidh tachartasan truailleadh hydrocarbon 30,31. Chan eil bacteria mara nam buill den bhuidheann OHCB, ach tha iad iomallach bho àrainneachd na mara.
Tha dàta phenotypic a’ nochdadh gur e gnè ùr a th’ ann an ASxL5T agus na bhall de sheòrsa nach deach aithneachadh roimhe seo anns an teaghlach mara spirospiraceae. Chan eil inbhe shoilleir ann an-dràsta airson gnèithean ùra a sheòrsachadh gu gnè ùr. Chaidh oidhirpean a dhèanamh gus crìochan ginealaichean uile-choitcheann a dhearbhadh, mar eisimpleir, stèidhichte air an àireamh sa cheud de genoma pròtain glèidhidh (POCP), thathas a’ moladh gum bi an luach gearraidh 50% co-ionann ris an t-sruth iomraidh33. Tha cuid eile a’ moladh a bhith a’ cleachdadh luachan AAI, aig a bheil buannachdan thairis air POCP leis gum faighear iad bho genomes neo-choileanta34. Tha an t-ùghdar den bheachd ma tha luach AAI nas ìsle na 74% an taca ri cuideam modail a’ ghnè mhodail, tha an strain a ’riochdachadh ginean eadar-dhealaichte. 'S e spirillum mara an gnè mhodail anns na spirillaceae mara, agus 's e O. linum ATCC 11336T an seòrsa modail. Is e luach AAI eadar ASxL5T agus O. linum ATCC 11336T 54.34%, agus is e luach AAI eadar ASxL5T agus T. oleivorans MIL-1T (gnèithean seòrsa gnè) 67.61%, a’ nochdadh gu bheil ASxL5T a’ riochdachadh gnè ùr eadar-dhealaichte bho Thalassolitius. A’ cleachdadh an t-sreath gine 16S rRNA mar an ìre seòrsachaidh, is e a’ chrìoch delimitation genus a chaidh a mholadh 94.5%35. Faodar ASxL5T a chur anns a 'ghnè Thalassolituus, a' sealltainn dearbh-aithne sreath 95.03% 16S rRNA le T. oleivorans MIL-1T agus 96.17%. marinus IMCC1826T. Ach, thèid a chuir cuideachd ann an gnè Bacteroides aig a bheil dearbh-aithne gine rRNA 94.64% 16S le B. sanyensis NV9, a’ nochdadh gum faod cleachdadh aon ghine leithid gine rRNA 16S leantainn gu seòrsachadh agus sònrachadh neo-riaghailteach. Bidh dòigh eile a chaidh a mholadh a’ cleachdadh ANI agus Sgòr Co-thaobhadh Genome (AF) gus sgrùdadh a dhèanamh air cruinneachadh phuingean dàta bho gach seòrsa agus gnè neo-sheòrsa de ghinean a tha ann mar-thà. Tha an t-ùghdar a’ moladh crìoch a’ ghnè a chur còmhla ri puing in-ghabhail a’ ghnè a thathar a’ meas a tha sònraichte don taxa a thathar a’ sgrùdadh. Ach, mura h-eil gu leòr sreathan genome iomlan ann bho Thalassolituus isolates, tha e do-dhèanta faighinn a-mach a bheil ASxL5T a’ buntainn don genus Thalassolituus leis an dòigh seo. Air sgàth cho beag ‘s a tha sreathan genome iomlan airson mion-sgrùdadh, bu chòir a’ chraobh genome phylogenetic gu lèir a mhìneachadh gu faiceallach. San dàrna h-àite, chan urrainn do dhòighean coimeas genome slàn cunntas a thoirt air eadar-dhealachaidhean mòra ann am meud nan genomes coimeasach. Thomhais iad an coltachd de ghinean aon-leth-bhreac glèidhte eadar ginean co-cheangailte, ach cha tug iad aire don àireamh mhòr de ghinean nach eil an làthair anns an genoma mòran nas lugha de ASxL5T. Gu dearbh, tha sinnsear cumanta aig ASxL5T agus buidhnean a ’toirt a-steach Thalassolituus, Oceanobacter, agus Bacterioplanes, ach tha mean-fhàs air slighe eadar-dhealaichte a ghabhail, a’ leantainn gu lùghdachadh anns an genoma, a dh ’fhaodadh a bhith freagarrach airson dòigh-beatha creachaidh. Tha seo an taca ri T. oleivorans MIL-1T, a tha 28% nas motha agus a tha air a thighinn air adhart fo chuideaman àrainneachd eadar-dhealaichte gus hydrocarbons23,30 a chleachdadh. Faodar coimeas inntinneach a dhèanamh le parasites intracellular èigneachail agus symbionts, leithid Rickettsia, Chlamydia, agus Buchnera. Tha meud an genome aca timcheall air 1 Mb. Tha an comas a bhith a’ cleachdadh metabolites cealla aoigheachd a’ leantainn gu call gine, agus mar sin air a dhol tro ìsleachadh genomic mean-fhàs mòr. Faodaidh atharrachaidhean mean-fhàs bho fhàs-bheairtean beathachaidh ceimigeach mara gu dòighean-beatha creachaidh leantainn gu lùghdachadh coltach ri meud genome. Tha mion-sgrùdadh COG agus KEGG a’ soilleireachadh an àireamh de ghinean a thathas a’ cleachdadh airson gnìomhan sònraichte agus na h-eadar-dhealachaidhean cruinneil anns na slighean genomic eadar ASxL5T agus T. oleivorans MIL-1T, nach eil mar thoradh air na tha ri fhaighinn de eileamaidean ginteil gluasadach. Is e an eadar-dhealachadh ann an co-mheas G + C den genoma gu lèir ASxL5T 56.1%, agus is e T. oleivorans MIL-1T 46.6%, a tha cuideachd a’ nochdadh gu bheil e dealaichte.
Tha sgrùdadh air susbaint còdaidh genoma ASxL5T a’ toirt seachad seallaidhean gnìomh air feartan phenotypic. Tha làthaireachd ghinean a’ còdachadh seòrsa IV fimbriae (Tfp) gu sònraichte inntinneach leis gu bheil iad a’ brosnachadh gluasad cealla, ris an canar gliding social no convulsions, gun flagella air an uachdar. A rèir aithisgean, tha gnìomhan eile aig Tfp, a’ gabhail a-steach creach, pathogenesis, cruthachadh biofilm, gabhail DNA nàdarrach, cruinneachadh cheallan fèin-ghluasadach agus leasachadh38. Anns an genoma ASxL5T tha 18 ginean a’ còdachadh diguanylate cyclase (einsím a bhios a’ catalachadh tionndadh 2 guanosine triphosphate gu guanosine 2 phosphate agus cearcallach diGMP) agus 6 ginean a’ còdachadh an diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Tha an gine airson esterase (a 'toirt a-steach truailleadh di-GMP cearcallach gu guanosine monophosphate) inntinneach oir tha cyc-di-GMP na dhàrna teachdaire cudromach a tha an sàs ann an leasachadh biofilm agus dealachadh, gluasad, ceangal cealla agus fòirneart 39,40 sa phròiseas. Bu chòir a thoirt fa-near cuideachd, ann am Bdellovibrio bacteriovorus, gu bheilear air sealltainn gu bheil GMP dùbailte cearcallach a’ cumail smachd air a’ ghluasad eadar beatha shaor agus dòigh-beatha chreachaidh41.
Tha a’ mhòr-chuid de rannsachadh air bacteria creachaidh air fòcas a chuir air Bdellovibrio, fàs-bheairtean coltach ri Bdellovibrio, agus gnèithean Myxococcus. Tha iad sin agus eisimpleirean aithnichte eile de bacteria creachaidh nam buidheann eadar-mheasgte. A dh 'aindeoin an iomadachd seo, chaidh seata de theaghlaichean pròtain sònraichte a tha a' nochdadh phenotypes de 11 bacteria creachaidh aithnichte a chomharrachadh3,22. Ach, cha deach ach ginean a tha a’ còdachadh O antigen ligase (waaL) a chomharrachadh, a tha gu sònraichte cumanta ann am bacteria Gram-àicheil. Chan eil an seòrsa anailis seo cuideachail ann a bhith ag ainmeachadh ASxL5T mar chreachadair, is dòcha air sgàth gu bheil e a’ cleachdadh ro-innleachd ionnsaigh ùr. Cuidichidh cothrom air genomes bacteriach creachaidh nas eadar-mheasgte le bhith a’ leasachadh mion-sgrùdaidhean fuasglaidh nas mionaidiche a bheir aire do dh’ fhianais air eadar-dhealachaidhean gnìomh agus àrainneachdail eadar buill den bhuidheann. Tha eisimpleirean de bacteria creachaidh nach eil air an gabhail a-steach san sgrùdadh seo a’ toirt a-steach buill de Cupriavidus necator42 agus Bradymonabacteria43, oir mar a bhios luchd-rannsachaidh a’ sgrùdadh diofar choimhearsnachdan microbial, tha barrachd chìsean creachaidh air an stèidheachadh.
Is e am feart as ainmeil de bacteria ASxL5T a chaidh a ghlacadh le ìomhaigh TEM am morf-eòlas sònraichte agus sùbailte aige, a dh’ fhaodadh eadar-obrachadh le bacteria creiche a bhrosnachadh. Tha an seòrsa eadar-obrachaidh a chaidh fhaicinn eadar-dhealaichte bho bacteria creachaidh eile agus cha deach a lorg no aithris roimhe. Tha an cearcall beatha creachaidh ASxL5T a thathar a 'moladh air a shealltainn ann am Figear 5. Chan eil mòran eisimpleirean anns an litreachas le structaran apical coltach ris mar a tha sinn ag aithris an seo, ach tha na h-eisimpleirean sin a 'gabhail a-steach Terasakiispira papahanaumokuakeensis, bacterium spirillum mara le leudachadh apex uaireannan 44, agus Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , a bhuineadh roimhe don genus Oceanospirillum, a’ taisbeanadh An t-ainm ris an canar "Film polar" 45. Gu tric thathas a 'coimhead air foirmean cocci ann an cultaran nas sine, gu h-àraid airson bacteria le foirmean lùbte, leithid Vibrio, Campylobacter, agus Helicobacter 46, 47, 48, a dh' fhaodadh a bhith a 'riochdachadh staid truaillidh. Tha feum air tuilleadh obrach gus cearcall-beatha mionaideach bacteria ASxL5T a shoilleireachadh. Gus faighinn a-mach mar a bhios e a’ glacadh agus a’ creachadh, agus a bheil an genoma aige a’ còdachadh choimeasgaidhean gnìomhach bith-eòlasach a ghabhas cleachdadh airson adhbharan meidigeach no bith-theicneòlas.
Tuairisgeul air Venatorbacter gen. Tha an t-Samhain Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. air a dhèanamh suas de fhionnairean bho L. n. venator, 'hunter' agus Gr. n. bacter, 'a rod'. Venatorbacter, 'a hunting Rod' . Tha ceallan nan salann-aerobic, suaicheantas lùbach, glaora lùbach, slat eacarsaich. Chan eil catalase agus gnìomhachd oxidase ann an raon teòthachd 4 gu 42 ° C Ingrown Tha an raon pH de 4-9 annasach Tha :0 3-OH agus C10:0 3-OH rim faighinn mar aigéid shailleil hydroxy Chan eil iad a’ fàs ann am meadhanan broth. Is e susbaint DNA G + C 56.1 mol%.
Tuairisgeul air Venatorbacter cucullus sp. Samhain Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus a 'ciallachadh fairing).
A bharrachd air an sin, is e feart tuairisgeulach a’ ghnè seo, nuair a thèid fhàs air BA no BHI, gu bheil na ceallan 1.63 µm fada agus 0.37 µm de leud. Tha na coloinidhean air BHI agar glè bheag, a’ ruighinn 2 mm ann an trast-thomhas às deidh 72 uairean. Tha iad beige, tar-shoilleir, cruinn, convex agus gleansach. Faodaidh buill den ghnè seo Escherichia coli agus Klebsiella a chleachdadh. Tha Campylobacter agus grunn bacteria Gram-àicheil eile nan creach.
Chaidh an strain àbhaisteach ASxL5T a sgaradh bho bhainne mairt ann an Siorrachd Nottingham, RA, agus a thasgadh anns a’ Chruinneachadh Seòrsa Cultar Nàiseanta (RA): àireamh aontachaidh NCTC 14397 agus àireamh aontachaidh Cruinneachadh Cultar Bacterial na h-Òlaind (NCCB) NCCB 100775. An sreath genome iomlan de ASxL5T air a thasgadh ann an Genbank a rèir cur-ris CP046056.
Chaidh bacteria ASxL5T a sgaradh bho bhainne mairt le bhith a’ cleachdadh teicneòlas aonaranachd phage9,49. Chaidh an sioda a lagachadh 1: 9 (w / v) ann am bufair SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O agus 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, RA), An uairsin goir aig 4 ° C airson 24 uairean, a 'tionndadh gu slaodach gus na creachadairean a thoirt a-steach don bhufair. Tha an crochadh air a centrifuged aig 3000g airson 3 mionaidean. Chaidh an supernatant a chruinneachadh agus a centrifuged aig 13,000g airson an dàrna turas airson 5 mionaidean. Chaidh an supernatant an uairsin tro chriathrag membran 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, a’ Ghearmailt) agus sìoltachan membran 0.2 µm (Minisart) gus ceallan bacterial sam bith a bha air fhàgail a thoirt air falbh. Faodaidh ASxL5T na sìoltachain sin a thoirt seachad. Chaidh faiche agar bog de Campylobacter enterosus S12 (àireamh aontachaidh NCBI CP040464) bhon aon sgiorta ullachadh a’ cleachdadh dhòighean àbhaisteach. Chaidh an sioda sìoltachaidh a sgaoileadh air gach aon de na truinnsearan cealla aoigheachd sin ann am boinneagan 10 µl ann an trì-fhillte agus leig leotha tiormachadh. Chaidh an truinnsear a ghluasad ann an tanca microaerophilic aig 37 ° C airson 48 uairean fo chumhachan microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, agus 80% N2). Chaidh a’ chlàr faicsinneach a fhuaireadh a thoirt a-mach gu bufair SM agus a ghluasad gu faiche ùr C. hyointestinalis S12 gus na fàs-bheairtean lusach a sgaoileadh tuilleadh. Aon uair ‘s gu bheil e air a dhearbhadh gur e na bacteria adhbhar a’ chlàr lytic agus chan e am phage, feuch ris an fhàs-bheairt fhàs gu neo-eisimeileach bhon òstair agus a chomharrachadh tuilleadh. Chaidh an cultar aerobic a dhèanamh aig 37 ° C le fuil each defibrinated 5% v / v (TCS Biosciences Lt, Buckingham, RA, supplement). A rèir stiùireadh Comataidh Inbhean Clionaigeach Nàiseanta, thathas a’ cleachdadh an dòigh sgaoileadh diosc airson deuchainn so-leòntachd antibacterial. Bha agar BHI air a àiteachadh aig 37 ° C a’ cleachdadh diosc anns an robh na antibiotaicean a leanas (Oxoid) airson cultar aerobic: amoxicillin agus searbhag clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Meud 10 µg; Azitromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Chaidh fulangas salainn a stèidheachadh le goir aerobic air lannan agar BHI aig 37 ° C. Chaidh NaCl a bharrachd a chur ris na truinnsearan agar BHI gus raon dùmhlachd suas ri 10% w / v. Tha an raon pH air a dhearbhadh le cultar aerobic air truinnsearan agar BHI aig 37 ° C, far a bheil an raon pH air atharrachadh gu eadar 4 agus 9 le HCl sterile no NaOH sterile, agus tha an luach pH targaid air a dhearbhadh mus dòrtadh e a’ phlàta. Airson mion-sgrùdadh searbhag geir ceallach, chaidh ASxL5T a chultarachadh air BHI agar airson 3 latha agus aerobic aig 37 ° C. A rèir protocol àbhaisteach MIDI (Siostam Aithneachaidh Microbial Sherlock, dreach 6.10) de FERA Science Ltd, (York, UK), chaidh searbhagan geir cealla a thoirt a-mach, ullachadh agus a sgrùdadh.
Airson TEM, bha ASxL5T air a chultarachadh aerobic le bhith a’ sgaoileadh gu èideadh air BA aig 37 ° C airson 24 uairean, agus an uairsin air a bhuain a-steach do 1 ml de 3% (v / v) glutaraldehyde ann am bufair cacodylate 0.1 M aig teòthachd an t-seòmair Fix airson 1 uair, an uairsin centrifuge aig 10,000 g airson 3 mionaidean. An uairsin cuir air ais am pellet gu socair ann am bufair cacodylate 600 μl 0.1 M. Cuir thairis an crochadh stèidhichte ASxL5T chun fhilm Formvar / carbon air cliath copair 200 mogal. Chaidh na bacteria a dhath le 0.5% (w / v) uranyl acetate airson 1 mionaid agus chaidh an sgrùdadh le TEM a’ cleachdadh miocroscop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Mar a chaidh ainmeachadh gu h-àrd, cuir còmhla an aon àireamh de chreachadairean agus creachadairean ann am broth NZCYM (BD Difco ™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) agus goir airson 48 uair fo chumhachan microaerobic Campylobacter no Campylobacter aig 37 ° C, Eadar-obrachadh creachadair agus creach. chaidh a sgrùdadh le TEM cuideachd. Suidheachadh aerobics airson Escherichia coli. Dèan sgrùdadh neo-eisimeileach air bacteria creiche agus creachaidh gus faighinn a-mach atharrachaidhean sam bith ann am morf-eòlas cealla mar thoradh air creachadh. Chaidh an dòigh dubh Sudan a chleachdadh airson microscopy optigeach de chruinneachadh PHB.
Fàs cultaran ASxL5T thar oidhche le bhith a’ smeuradh fàs air truinnsearan BHI no BA le swab sterile. Cruinnich ceallan ASxL5T agus cuir stad orra ann an MRD (CM0733, Oxoid), agus an uairsin cuir iad aig 4 ° C airson 7 latha gus na ceallan a ghlacadh. Chaidh iomradh NCTC no cultar bactaraidh stoc obair-lann a thoirt a-steach do bhroth BHI no broth beathachaidh Àireamh 2 (CM007, Oxoid), air a ghintinn thar oidhche, air a centrifuged aig 13,000g agus air ath-chuiridh ann an MRD gus an robh OD600 aig 0.4. Cultar: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11 TC, 11 TC Listeria bacteria sònraichte NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, bàta-tumaidh Rhodococcus hamburger NCTC 1621T, Salmonella bacteria dian Mondeville NCTC 5747 NC, Staphylococcus Mondeville NCTC 5747 NC aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Chaidh an aoigheachd Campylobacter a ghluasad gu microaerobically air truinnsearan BA aig 37 ° C agus crochte ann am broth NZCYM. Is iad na h-aoighean Campylobacter a chaidh a dhearbhadh: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. PT14, C... Cruinnich ceallan ann an MRD, centrifuge aig 13,000g agus ath-chuiridh ann an MRD gus am bi OD600 aig 0.4. Cuir aliquot de chrochadh 0.5 ml ri 5 ml agar mullach NZCYM leaghte (0.6% agar) agus dòirt e air truinnsear bun NZCYM 1.2%. Às deidh sìolachadh agus tiormachadh, chaidh an ASxL5T a chaidh a thiormachadh gu sreathach a sgaoileadh mar boinneagan 20 µl air gach bòrd faiche ann an trì-fhillte. Tha teòthachd agus faireachdainn cultar an urra ri riatanasan bacteria deuchainn.
Cleachd Kit DNA Genomic Bacterial GenElute (Sigma Aldridge) gus DNA ullachadh bho aonaranachd bacteriach. Chaidh dòighean àbhaisteach a chleachdadh airson leudachadh PCR air gine 16S rRNA agus co-dhùnadh sreath toraidh a’ cleachdadh ceimigeachd crìochnachaidh dath (Seirbheis Leughaidh Luach Eurofins, a’ Ghearmailt). Cleachd am prògram BLAST-N gus coimeas a dhèanamh eadar na sreathan sin agus sreathan gine 16S rRNA eile gus gnèithean dlùth-cheangailte a chomharrachadh agus a chruinneachadh. Tha iad sin air an co-thaobhadh le bhith a’ cleachdadh ClustalW ann am prògram MEGA X. Chaidh a’ chraobh phylogenetic ath-thogail le bhith a’ cleachdadh MEGA X a’ cleachdadh an dòigh as coltaiche stèidhichte air modal Tamura-Nei, le 1000 leth-bhreac treòraichte54. Cleachd PureLink ™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, RA) gus DNA a thoirt a-mach airson sreath làn-genome. Chaidh an t-sreath genome de ASxL5T a dhearbhadh le bhith a’ cleachdadh measgachadh Illumina MiSeq, anns a bheil leughaidhean dà-fhillte 250 bp air a dhèanamh suas de leabharlann a chaidh ullachadh a’ cleachdadh pasgan labeling Nextera agus leughaidhean fada 2 gu 20 kb bhon àrd-ùrlar PacBio. Goireas Rannsachaidh Seicheamh DNA Genomics aig Oilthigh Sembia. Chaidh an genoma a chruinneachadh a’ cleachdadh CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, an Danmhairg). Tha cultaran ASxL5T air an tasgadh anns a’ Chruinneachadh Cultar Seòrsa Nàiseanta (RA) agus Cruinneachadh Cultar Bacterial na h-Òlaind (NCCB). Is iad na genomes de fhàs-bheairtean co-cheangailte a thathar a’ cleachdadh airson coimeas: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (àireamh aonta HF680312, coileanta); Bacteroplanes sanyensis KCTC 32220T (àireamh inntrigidh BMYY01000001, neo-iomlan); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (àireamh aontachaidh NZ_AUGV00000000, neo-iomlan); Coimhearsnachd Marinamonas DSM 5604T (air a chur ris ASM436330v1, neo-choileanta), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (air a chur ris MTSD02000001, neo-choileanta) agus Thalassolituus sp. C2-1 (cuir NZ_VNIL01000001 ris, neo-choileanta). Cleachd JGI Genome Portal36 aig https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= gus an sgòr co-thaobhadh (AF) agus dearbh-aithne cuibheasach searbhag niuclasach (ANI) a dhearbhadh. Ann an càraidean. Chaidh an dòigh Rodriguez-R & Konstantinidis55 a chleachdadh gus dearbh-aithne aminoideach (AAI) a dhearbhadh. Cleachd GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 gus craobh phylogenetic as coltaiche a ghineadh. Tha an genoma cuir a-steach a tha a’ riochdachadh an genoma iomraidh a tha ri fhaighinn air a thaghadh bho ghinean iomraidh a tha air an comharrachadh mar cho-cheangailte ri ASxL5T bhon phylogeny rRNA 16S. A’ comharrachadh a’ chraobh a’ cleachdadh an inneal eadar-ghnìomhach craobh na beatha air-loidhne ( https://itol.embl.de/). Tha an comharrachadh gnìomh agus mion-sgrùdadh air genoma ASxL5T air a dhèanamh a’ cleachdadh inneal air-loidhne BlastKOALA KEGG a ’cleachdadh cuairteachadh beairteachaidh modal KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Tha cuairteachadh roinnean COG (buidhnean orthologous) air a dhearbhadh a’ cleachdadh an inneal air-loidhne eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ agus Muñoz-Dorado, J. creachadh bacteria: 75 bliadhna agus tha e a’ leantainn! . àrainneachd. meanbh-fhàs-bheairt. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. msaa Iomadachd agus comas antibacterial bacteria creachaidh air oirthir Peruvian. Drogaichean Màrt. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Tro na ginean aca, tuigidh tu iad: feartan genomic bacteria creachaidh. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Dòigh-beatha chreachaidh an bacteriophage Bdellovibrio. stàladh. Pastor microbes. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotics bho bacteria creachaidh. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Tha Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio agus fàs-bheairtean coltach riutha nan ro-innse air iomadachd microbiome ann an diofar àireamhan aoigheachd. meanbh-fhàs-bheairt. Eag-eòlas. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. agus Ballesté-Delpierre, C. Faigh a-mach inbhe làithreach riochdairean antibacterial ùra. clionaigeach. meanbh-fhàs-bheairt. Infect. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Faodaidh creachachadh dùbailte phage agus phage cur às do chreach E. coli gun aon chreachadair. J. Bacteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Cunntas agus iomadachd Campylobacter agus bacteriophages iomallach rè a’ chearcall beathachaidh de chearcan an-asgaidh agus organach. Àrainneachd tagraidh. meanbh-fhàs-bheairt. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA msaa. Ùraich tacsonamaidh genomic agus epidemio-eòlas muc Campylobacter. saidheans. Riochdaire 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Sruth-obrach furasta a chleachdadh airson genomics siostaman. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Modh co-thaobhadh ioma-sreath a lughdaicheas iom-fhillteachd ùine agus àite. BMC fiosrachadh bith-eòlasach. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Inneal airson co-thaobhadh fèin-ghluasadach agus bearradh ann am mion-sgrùdadh phylogenetic air sgèile mhòr. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Bidh Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, gine EC agus eadar-theangachadh sreath metagenomic a’ tòiseachadh ro-innse làraich. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Inneal seòrsachaidh NCBI tar-àrd-ùrlar agus èifeachdach. Bith Rxiv. (Ruigsinneachd air 1 Ògmhios, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Prìs, MN, Dehal, PSArkin, AP FastTree 2 - craobh coltachd as àirde le co-thaobhadh mòr. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Co-shìnte. (Ruigsinneachd air 1 Ògmhios, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Rannsachadh searbhag niuclasach. 28, 27-30 (2000).
Poblachd nan Seiceach, L. msaa. Dreuchd extremolytes ectoine agus hydroxyectoine mar luchd-dìon cuideam agus beathachadh: gintinneachd, genomics siostam, bith-cheimigeachd, agus mion-sgrùdadh structarail. Gine (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA abairt pròtain eadar-dhealaichte nuair a dh’ fhàsas bacterium truailleadh uisge-uisge mara èigneachail Thalassolituus oleivorans MIL-1 aig àm fàs alkan slabhraidh meadhanach agus fada. aghaidh. meanbh-fhàs-bheairt. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., agus Jurkevitch, E. Tha dòigh genomics coimeasach ùr airson comharran sònraichte phenotypic a mhìneachadh a’ nochdadh dìleab sònraichte ann an comharra bacteria creachaidh. Leabharlann Saidheans Poblach a h-Aon. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, msaa Thalassolituus oleivorans gine. Samhain, sp. nov., seòrsa ùr de bacteria mara a tha gu sònraichte a’ cleachdadh hydrocarbons. eadar-nàiseantachd. J. Siostam. mean-fhàs. meanbh-fhàs-bheairt. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacteroplanoides pacificum gen. Samhain, sp. San t-Samhain, dhealaich e bhon uisge mara a bha a’ cuairteachadh anns a’ Chuan Shèimh a Deas. eadar-nàiseantachd. J. Siostam. mean-fhàs. meanbh-fhàs-bheairt. 66, 5010–5015 (2016).