એક નવા પ્રકારના ગ્રામ-નેગેટિવ, એરોબિક, મીઠું-સહિષ્ણુ, સક્રિય, સળિયાના આકારના અને શિકારી બેક્ટેરિયા ASxL5T ને ઈંગ્લેન્ડના નોટિંગહામશાયરમાં ગાયના છાણના તળાવમાંથી અલગ કરવામાં આવ્યા હતા અને તેના શિકાર તરીકે કેમ્પીલોબેક્ટરનો ઉપયોગ કર્યો હતો. ત્યારબાદ, અન્ય કેમ્પીલોબેક્ટર પ્રજાતિઓ અને એન્ટરબેક્ટેરિયા પરિવારના સભ્યો શિકાર તરીકે મળી આવ્યા હતા. યજમાન કોષો વિના ઉપસંસ્કૃતિ પછી, બ્રેઇન હાર્ટ ઇન્ફ્યુઝન અગર પર નબળા એસેપ્ટિક વૃદ્ધિ પ્રાપ્ત થઈ હતી. શ્રેષ્ઠ વૃદ્ધિની સ્થિતિ 37 °C છે અને pH 7 છે. ટ્રાન્સમિશન ઇલેક્ટ્રોન માઇક્રોસ્કોપીએ શિકારની ઉપલબ્ધતા સંબંધિત કેટલીક ખૂબ જ અસામાન્ય મોર્ફોલોજિકલ લાક્ષણિકતાઓ જાહેર કરી છે. 16S rRNA જનીન ક્રમનો ઉપયોગ કરીને ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે આઇસોલેટ મરીન સ્પિરુલિના પરિવારના સભ્ય સાથે સંબંધિત છે, પરંતુ તેને કોઈપણ જાણીતી જાતિના સભ્ય તરીકે સ્પષ્ટ રીતે વર્ગીકૃત કરી શકાતું નથી. ASxL5T ના સંપૂર્ણ-જીનોમ સિક્વન્સિંગે દરિયાઈ સ્પિરોચેટ્સના સભ્યો સાથેના સંબંધની પુષ્ટિ કરી. ડેટાબેઝ શોધમાં જાણવા મળ્યું છે કે કેટલાક ASxL5Ts સમુદ્ર, જમીનની સપાટી અને ભૂગર્ભજળમાંથી ઘણા અસંસ્કૃત બેક્ટેરિયા સાથે 16S rRNA જીન સિક્વન્સ શેર કરે છે. અમે સૂચવીએ છીએ કે તાણ ASxL5T નવી જાતિમાં નવી પ્રજાતિનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. અમે Venatorbacter ccullus gen નામની ભલામણ કરીએ છીએ. નવેમ્બર, એસપી. નવેમ્બરમાં, ASxL5T નો ઉપયોગ પ્રકારના તાણ તરીકે કરવામાં આવ્યો હતો.
શિકારી બેક્ટેરિયા એ બેક્ટેરિયા છે જે જૈવસંશ્લેષણ સામગ્રી અને ઊર્જા મેળવવા માટે અન્ય જીવંત બેક્ટેરિયાનો શિકાર કરવાની અને મારી નાખવાની ક્ષમતા દર્શાવે છે. આ મૃત સુક્ષ્મસજીવોમાંથી પોષક તત્વોની સામાન્ય પુનઃપ્રાપ્તિથી અલગ છે, અને તે પરોપજીવી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓથી પણ અલગ છે, જેમાં બેક્ટેરિયા તેમને માર્યા વિના તેમના યજમાન સાથે ગાઢ સંબંધ બનાવે છે. શિકારી બેક્ટેરિયાએ જ્યાં તેઓ જોવા મળે છે (જેમ કે દરિયાઈ વસવાટ) માં વિપુલ પ્રમાણમાં ખોરાકના સ્ત્રોતોનો લાભ લેવા માટે વિવિધ જીવન ચક્રનો વિકાસ કર્યો છે. તેઓ વર્ગીકરણની રીતે વૈવિધ્યસભર જૂથ છે, જે ફક્ત તેમના અનન્ય વંધ્યીકરણ જીવન ચક્ર દ્વારા જોડાયેલા છે. હિંસક બેક્ટેરિયાના ઉદાહરણો વિવિધ ફાયલામાં મળી આવ્યા છે, જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છે: પ્રોટીઓબેક્ટેરિયા, બેક્ટેરોઇડ્સ અને ક્લોરેલા.3. જો કે, સૌથી વધુ સારી રીતે અભ્યાસ કરાયેલ શિકારી બેક્ટેરિયા Bdellovibrio અને Bdellovibrio-and-like જીવો (BALOs4) છે. શિકારી બેક્ટેરિયા નવા જૈવિક રીતે સક્રિય સંયોજનો અને એન્ટીબેક્ટેરિયલ એજન્ટો5નો આશાસ્પદ સ્ત્રોત છે.
શિકારી બેક્ટેરિયા માઇક્રોબાયલ વિવિધતામાં વધારો કરે છે અને ઇકોસિસ્ટમ આરોગ્ય, ઉત્પાદકતા અને સ્થિરતા પર હકારાત્મક અસર કરે છે. આ સકારાત્મક લક્ષણો હોવા છતાં, બેક્ટેરિયાને સંવર્ધન કરવામાં મુશ્કેલી અને તેમના જટિલ જીવન ચક્રને સમજવા માટે કોષની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું કાળજીપૂર્વક નિરીક્ષણ કરવાની જરૂરિયાતને કારણે નવા શિકારી બેક્ટેરિયા પર થોડા અભ્યાસો થયા છે. કમ્પ્યુટર વિશ્લેષણમાંથી આ માહિતી મેળવવી સરળ નથી.
એન્ટિમાઇક્રોબાયલ પ્રતિકારના વધતા યુગમાં, બેક્ટેરિયલ પેથોજેન્સને લક્ષ્ય બનાવવા માટેની નવી વ્યૂહરચનાઓનો અભ્યાસ કરવામાં આવી રહ્યો છે, જેમ કે બેક્ટેરિયોફેજ અને શિકારી બેક્ટેરિયા 7,8નો ઉપયોગ. ASxL5T બેક્ટેરિયાને 2019માં નોટિંગહામશાયરની યુનિવર્સિટી ઓફ નોટિંગહામના ડેરી સેન્ટરમાંથી એકત્ર કરાયેલ ગાયના છાણમાંથી ફેજ આઇસોલેશન ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરીને અલગ કરવામાં આવ્યા હતા. તપાસનો હેતુ જૈવિક નિયંત્રણ એજન્ટ તરીકે સંભવિત સજીવોને અલગ કરવાનો છે. કેમ્પીલોબેક્ટર હાયંટેસ્ટીનાલિસ એ ઝૂનોટિક પેથોજેન છે, જે માનવ આંતરડાના રોગો સાથે વધુને વધુ સંકળાયેલ છે. તે સીરમમાં સર્વવ્યાપક છે અને લક્ષ્ય હોસ્ટ તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે.
ASxL5T બેક્ટેરિયમ બીફ જેલીથી અલગ કરવામાં આવ્યું હતું કારણ કે તે જોવામાં આવ્યું હતું કે સી. હ્યોઈન્ટેસ્ટીનાલિસના લૉન પર જે તકતીઓ બનાવવામાં આવી હતી તે બેક્ટેરિયોફેજ દ્વારા ઉત્પાદિત થતી તકતીઓ જેવી જ હતી. આ એક અણધારી શોધ છે, કારણ કે ફેજ આઇસોલેશન પ્રક્રિયાના ભાગમાં 0.2 µm ફિલ્ટર દ્વારા ફિલ્ટરિંગનો સમાવેશ થાય છે, જે બેક્ટેરિયલ કોષોને દૂર કરવા માટે રચાયેલ છે. તકતીમાંથી કાઢવામાં આવેલી સામગ્રીની માઇક્રોસ્કોપિક તપાસમાં જાણવા મળ્યું કે નાના ગ્રામ-નેગેટિવ વળાંકવાળા સળિયા આકારના બેક્ટેરિયા પોલિહાઇડ્રોક્સીબ્યુટાઇરેટ (PHB) એકઠા કરતા નથી. શિકાર કોશિકાઓથી સ્વતંત્ર એસેપ્ટિક સંસ્કૃતિ સમૃદ્ધ નક્કર માધ્યમ (જેમ કે બ્રેઇન હાર્ટ ઇન્ફ્યુઝન અગર (BHI) અને બ્લડ અગર (BA)) પર અનુભવાય છે, અને તેની વૃદ્ધિ નબળી છે. તે ભારે ઇનોક્યુલમ સુધારણા સાથે સબકલ્ચર પછી મેળવવામાં આવે છે. તે માઇક્રોએરોબિક (7% v/v ઓક્સિજન) અને વાતાવરણીય ઓક્સિજનની સ્થિતિમાં સમાન રીતે સારી રીતે વધે છે, પરંતુ એનારોબિક વાતાવરણમાં નહીં. 72 કલાક પછી, વસાહતનો વ્યાસ ખૂબ જ નાનો હતો, 2 મીમી સુધી પહોંચ્યો હતો, અને તે ન રંગેલું ઊની કાપડ, અર્ધપારદર્શક, ગોળાકાર, બહિર્મુખ અને ચળકતું હતું. પ્રમાણભૂત બાયોકેમિકલ પરીક્ષણ અવરોધાય છે કારણ કે ASxL5T પ્રવાહી માધ્યમોમાં વિશ્વસનીય રીતે સંવર્ધન કરી શકાતું નથી, જે સૂચવે છે કે તે બાયોફિલ્મ રચનાના જટિલ જીવન ચક્ર પર આધાર રાખે છે. જો કે, પ્લેટ સસ્પેન્શન દર્શાવે છે કે ASxL5T એરોબિક છે, ઓક્સિડેઝ અને કેટાલેઝ માટે સકારાત્મક છે, અને 5% NaCl સહન કરી શકે છે. ASxL5T 10 µg સ્ટ્રેપ્ટોમાસીન માટે પ્રતિરોધક છે, પરંતુ પરીક્ષણ કરાયેલ અન્ય તમામ એન્ટિબાયોટિક્સ પ્રત્યે સંવેદનશીલ છે. ASxL5T બેક્ટેરિયલ કોષોની તપાસ TEM (આકૃતિ 1) દ્વારા કરવામાં આવી હતી. જ્યારે BA પર શિકાર કોષો વિના ઉગાડવામાં આવે છે, ત્યારે ASxL5T કોષો નાના કેમ્પીલોબેક્ટર હોય છે, જેની સરેરાશ લંબાઈ 1.63 μm (± 0.4), 0.37 μm (± 0.08) ની પહોળાઈ અને એક લાંબો (5 μm સુધી) ધ્રુવ હોય છે. જાતીય ફ્લેગેલા. આશરે 1.6% કોષોની પહોળાઈ 0.2 μm કરતાં ઓછી હોય છે, જે ફિલ્ટર ઉપકરણમાંથી પસાર થવા દે છે. કેટલાક કોષોની ટોચ પર એક અસામાન્ય માળખાકીય વિસ્તરણ જોવા મળ્યું હતું, જે ફેરીંગ (લેટિન ક્યુકુલસ) જેવું જ હતું (1D, E, G માં તીરો જુઓ). આ અધિક બાહ્ય પટલથી બનેલું હોય તેવું લાગે છે, જે પેરીપ્લાઝમિક પરબિડીયુંના કદમાં ઝડપી ઘટાડાનું કારણ હોઈ શકે છે, જ્યારે બાહ્ય પટલ અકબંધ રહે છે, જે "ઢીલું" દેખાવ દર્શાવે છે. 4°C તાપમાને લાંબા સમય સુધી પોષક તત્વોની ગેરહાજરીમાં (PBS માં) ASxL5Tનું સંવર્ધન કરવાથી મોટાભાગના (પરંતુ તમામ નહીં) કોશિકાઓ કોકલ મોર્ફોલોજી (આકૃતિ 1C) દર્શાવે છે. જ્યારે ASxL5T કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની સાથે 48 કલાક માટે શિકાર તરીકે વધે છે, ત્યારે સરેરાશ કોષનું કદ યજમાન વિના ઉગાડવામાં આવેલા કોષો કરતાં નોંધપાત્ર રીતે લાંબું અને સાંકડું હોય છે (કોષ્ટક 1 અને આકૃતિ 1E). તેનાથી વિપરિત, જ્યારે ASxL5T 48 કલાક માટે શિકાર તરીકે E. coli સાથે વધે છે, ત્યારે સરેરાશ કોષનું કદ જ્યારે તે શિકાર વિના વધે છે તેના કરતા લાંબું અને પહોળું હોય છે (કોષ્ટક 1), અને કોષની લંબાઈ વેરિયેબલ હોય છે, સામાન્ય રીતે ફિલામેન્ટસ (આકૃતિ 1F) દર્શાવે છે. જ્યારે કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની અથવા ઇ. કોલી સાથે 48 કલાક સુધી શિકાર તરીકે ઉકાળવામાં આવે છે, ત્યારે ASxL5T કોષોએ કોઈ ફ્લેગેલા દર્શાવ્યું નથી. કોષ્ટક 1 એ ASxL5T ની હાજરી, ગેરહાજરી અને શિકારના પ્રકાર પર આધારિત કોષના કદમાં ફેરફારોના અવલોકનોનો સારાંશ આપે છે.
ASx5LT નું TEM ડિસ્પ્લે: (A) ASx5LT લાંબી ચાબુક બતાવે છે; (બી) લાક્ષણિક ASx5LT બેટરી; (C) પોષક તત્ત્વો વિના લાંબા સેવન પછી કોકી ASx5LT કોષો; (D) ASx5LT કોષોનું જૂથ અસાધારણતા દર્શાવે છે (E) ASx5LT કોષ જૂથ કેમ્પીલોબેક્ટર શિકાર સાથે ઉકાળવામાં આવે છે, જેણે શિકારની વૃદ્ધિ વિનાની કોષોની તુલનામાં વધેલી કોષની લંબાઈ દર્શાવી હતી (D) એપીકલ માળખું પણ દર્શાવ્યું હતું; (F) મોટા ફિલામેન્ટસ ફ્લેગેલા, ASx5LT કોષો, ઇ. કોલી શિકાર સાથે સેવન પછી; (G) E. coli સાથે ઇન્ક્યુબેશન પછી એક ASx5LT સેલ, અસામાન્ય ટોચનું માળખું દર્શાવે છે. બાર 1 μm દર્શાવે છે.
16S rRNA જનીન ક્રમ (એક્સેશન નંબર MT636545.1) નક્કી કરવાથી ગામાપ્રોટીઓબેક્ટેરિયા વર્ગના સમાન ક્રમ સ્થાપિત કરવા માટે ડેટાબેઝ શોધને સક્ષમ કરે છે, અને દરિયાઈ સ્પિરિલમ કુટુંબ (આકૃતિ 2) માં દરિયાઈ બેક્ટેરિયાની સૌથી નજીક છે, અને થાસોલિટ્યુસસ્યુસ્યુલસના સભ્યો છે. મરીનનો સૌથી નજીકનો સંબંધી બેસિલસ. 16S rRNA જનીન ક્રમ Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) પરિવારના શિકારી બેક્ટેરિયાથી સ્પષ્ટપણે અલગ છે. B. બેક્ટેરિયોવોરસ HD100T (ટાઈપ સ્ટ્રેન, DSM 50701) અને B. બેક્ટેરિયોવોરસ DM11A ની જોડીમાં સરખામણી 48.4% અને 47.7% હતી, અને B. એક્સોવોરસ JSS માટે તે 46.7% હતી. ASxL5T બેક્ટેરિયામાં 16S rRNA જનીનની 3 નકલો હોય છે, જેમાંથી બે એકબીજા સાથે સરખા હોય છે, અને ત્રીજું 3 પાયાથી અલગ હોય છે. બે અન્ય શિકારી બેક્ટેરિયલ આઇસોલેટ્સ (ASx5S અને ASx5O; 16S rRNA જનીન જોડાણ નંબરો અનુક્રમે MT636546.1 અને MT636547.1 છે) સમાન સ્થાનેથી સમાન મોર્ફોલોજિકલ અને ફેનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓ સમાન નથી, પરંતુ તેઓ બેકટેરીયલ અને બેકટેરીયલ 5 એસીએસથી અલગ છે. ડેટાબેઝ સિક્વન્સ ઓશનોસ્પીરીલેસી (આકૃતિ 2) માં અન્ય જાતિઓ સાથે ક્લસ્ટર થયેલ છે. ASxL5T નો સંપૂર્ણ જિનોમ ક્રમ નક્કી કરવામાં આવ્યો છે અને NCBI ડેટાબેઝમાં સાચવવામાં આવ્યો છે, અને જોડાણ નંબર CP046056 છે. ASxL5T ના જિનોમમાં 56.1% ના G + C ગુણોત્તર સાથે 2,831,152 bp ના ગોળાકાર રંગસૂત્રનો સમાવેશ થાય છે. જીનોમ સિક્વન્સમાં 2653 સીડીએસ (કુલ) છે, જેમાંથી 2567 પ્રોટીનને એન્કોડ કરવા માટે અનુમાન છે, જેમાંથી 1596ને પુટેટિવ ​​ફંક્શન્સ (60.2%) તરીકે સોંપી શકાય છે. જીનોમમાં 67 આરએનએ-કોડિંગ જનીનોનો સમાવેશ થાય છે, જેમાં 9 આરઆરએનએ (5S, 16S અને 23S માટે પ્રત્યેક 3) અને 57 tRNAનો સમાવેશ થાય છે. ASxL5T ની જિનોમિક લાક્ષણિકતાઓની તુલના 16S rRNA જનીન ક્રમ (કોષ્ટક 2) થી ઓળખવામાં આવેલા નજીકના સંબંધિત પ્રકારનાં તાણના ઉપલબ્ધ જીનોમ સાથે કરવામાં આવી હતી. ASxL5T સાથે ઉપલબ્ધ તમામ થેલાસોલિટસ જીનોમની સરખામણી કરવા માટે એમિનો એસિડ ઓળખ (AAI) નો ઉપયોગ કરો. AAI દ્વારા નિર્ધારિત સૌથી નજીકનો ઉપલબ્ધ (અપૂર્ણ) જિનોમ સિક્વન્સ થેલાસોલિટિયસ એસપી છે. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ઉમેરો). આ તાણને મારિયાના ટ્રેન્ચના ઊંડા સમુદ્રના કાંપમાંથી અલગ કરવામાં આવ્યો હતો, પરંતુ હાલમાં સરખામણી માટે આ તાણ વિશે કોઈ ફિનોટાઇપિક માહિતી નથી. ASxL5T ના 2.82 Mb ની સરખામણીમાં, જીવતંત્રનો જીનોમ 4.36 Mb પર મોટો છે. દરિયાઈ સ્પિરોચેટ્સનું સરેરાશ જિનોમ કદ લગભગ 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 સંપૂર્ણ સંદર્ભ જિનોમ્સ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly પરથી તપાસવામાં આવ્યા છે), તેથી ASxL5T નું જિનોમ અનુરૂપ છે. ઓર્ડર અન્ય સભ્યોની તુલનામાં, તે ખૂબ નાનો છે. GToTree 1.5.54 નો ઉપયોગ કરીને GToTree 1.5.54 નો ઉપયોગ કરીને Gammaproteobacteria 11,12,13,165,172 સિંગલ-કોપી જનીનોના સંરેખિત અને લિંક્ડ એમિનો એસિડ સિક્વન્સનો ઉપયોગ કરીને જીનોમ આધારિત અંદાજિત મહત્તમ સંભાવના ફિલોજેનેટિક ટ્રી (આકૃતિ 3A) જનરેટ કરો. 17,18. વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે તે થેલાસોલિટસ, બેક્ટેરિયલ પ્લેન અને મરીન બેક્ટેરિયમ સાથે નજીકથી સંબંધિત છે. જો કે, આ ડેટા સૂચવે છે કે ASxL5T મરીન સ્પિરુલિનામાં તેના સંબંધીઓથી અલગ છે અને તેનો જીનોમ સિક્વન્સ ડેટા ઉપલબ્ધ છે.
16S rRNA જનીન ક્રમનો ઉપયોગ કરીને ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ દરિયાઈ સ્પિરુલિનેસીમાં બિનખેતી અને દરિયાઈ બેક્ટેરિયાના તાણની તુલનામાં ASxL5T, ASxO5 અને ASxS5 સ્ટ્રેઈન (આંમત સાથે) ની સ્થિતિને પ્રકાશિત કરે છે. Genbank જોડાણ નંબર કૌંસમાં તાણ નામને અનુસરે છે. સિક્વન્સને સંરેખિત કરવા માટે ClustalW નો ઉપયોગ કરો, અને ફાયલોજેનેટિક સંબંધોનું અનુમાન કરવા માટે મહત્તમ સંભાવના પદ્ધતિ અને Tamura-Nei મોડલનો ઉપયોગ કરો અને MEGA X પ્રોગ્રામમાં 1000 માર્ગદર્શિત પ્રતિકૃતિઓ કરો. શાખા પરની સંખ્યા સૂચવે છે કે માર્ગદર્શિત નકલ મૂલ્ય 50% કરતા વધારે છે. Escherichia coli U/541T નો ઉપયોગ આઉટગ્રુપ તરીકે થતો હતો.
(A) જીનોમ પર આધારિત એક ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ, દરિયાઈ સ્પાઇરોસ્પાઇરેસી બેક્ટેરિયમ ASxL5T અને તેના નજીકના સંબંધીઓ, E. coli U 5/41T વચ્ચેના સંબંધને આઉટગ્રુપ તરીકે દર્શાવે છે. (B) T. oleivorans MIL-1T ની સરખામણીમાં, ASx5LT પ્રોટીનના ઓર્થોલોગસ જૂથ (COG) ક્લસ્ટરના આધારે જનીનોની કાર્યાત્મક શ્રેણી વિતરણની આગાહી કરવામાં આવી છે. ડાબી બાજુની આકૃતિ દરેક જીનોમમાં દરેક કાર્યાત્મક COG શ્રેણીમાં જનીનોની સંખ્યા દર્શાવે છે. જમણી બાજુનો ગ્રાફ દરેક કાર્યાત્મક COG જૂથમાં સમાવિષ્ટ જીનોમની ટકાવારી દર્શાવે છે. (C) T. oleiverans MIL-1T ની સરખામણીમાં, ASxL5T ના સંપૂર્ણ KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) મોડ્યુલર પાથવેનું વિશ્લેષણ.
ASxL5T જીનોમમાં હાજર ઘટક જનીનોની તપાસ કરવા માટે KEGG ડેટાબેઝનો ઉપયોગ કરવાથી એરોબિક ગામા પ્રોટીયસનો લાક્ષણિક મેટાબોલિક માર્ગ જાહેર થયો. ASxL5T બેક્ટેરિયલ મોટર પ્રોટીનને સોંપેલ કુલ 75 જનીનો ધરાવે છે, જેમાં કીમોટેક્સિસ, ફ્લેગેલા એસેમ્બલી અને પ્રકાર IV ફિમ્બ્રીયા સિસ્ટમમાં સામેલ જનીનોનો સમાવેશ થાય છે. છેલ્લી કેટેગરીમાં, 10 માંથી 9 જનીનો અન્ય સજીવોની શ્રેણીના ત્રાંસી ચળવળ માટે જવાબદાર છે. ASxL5T ના જિનોમમાં સંપૂર્ણ ટેટ્રાહાઇડ્રોપાયરિમિડિન બાયોસિન્થેટિક પાથવે છે જે ઓસ્મોટિક સ્ટ્રેસ20ના રક્ષણાત્મક પ્રતિભાવમાં ભાગ લે છે, જેમ કે હેલોફિલ્સ માટે અપેક્ષિત છે. જીનોમમાં કોફેક્ટર્સ અને વિટામિન્સ માટેના ઘણા સંપૂર્ણ માર્ગો પણ છે, જેમાં રિબોફ્લેવિન સંશ્લેષણના માર્ગોનો સમાવેશ થાય છે. ASxL5T માં અલ્કેન 1-મોનોઓક્સિજેનેઝ (alkB2) જનીન હાજર હોવા છતાં, હાઇડ્રોકાર્બનનો ઉપયોગ કરવાનો માર્ગ પૂર્ણ નથી. ASxL5T ના જિનોમ ક્રમમાં, T. oleiverans MIL-1T21 માં હાઇડ્રોકાર્બનના અધોગતિ માટે મુખ્યત્વે જવાબદાર તરીકે ઓળખવામાં આવેલા જનીનોના હોમોલોગ્સ, જેમ કે TOL_2658 (alkB) અને TOL_2772 (આલ્કોહોલ ડિહાઇડ્રોજેનેઝ) દેખીતી રીતે જ છે. આકૃતિ 3B ASxL5T અને ઓલિવ તેલ MIL-1T વચ્ચે COG શ્રેણીમાં જનીન વિતરણની સરખામણી દર્શાવે છે. એકંદરે, નાના ASxL5T જીનોમમાં મોટા સંબંધિત જીનોમની સરખામણીમાં દરેક COG શ્રેણીમાંથી પ્રમાણસર ઓછા જનીનો હોય છે. જ્યારે દરેક કાર્યાત્મક શ્રેણીમાં જનીનોની સંખ્યાને જિનોમની ટકાવારી તરીકે દર્શાવવામાં આવે છે, ત્યારે અનુવાદમાં જનીનોની ટકાવારીમાં તફાવતો નોંધવામાં આવે છે, રિબોસોમલ માળખું અને બાયોજેનેસિસ કેટેગરીઝ અને ઉર્જા ઉત્પાદન અને રૂપાંતરણ કાર્ય શ્રેણીઓ, જે મોટા ASxL5T ની રચના કરે છે. જીનોમ ટકાવારીની સરખામણી T. oleiverans MIL-1T જીનોમમાં હાજર સમાન જૂથ સાથે કરવામાં આવે છે. તેનાથી વિપરીત, ASxL5T જિનોમની સરખામણીમાં, T. oleivorans MIL-1Tમાં પ્રતિકૃતિ, પુનઃસંયોજન અને સમારકામ અને ટ્રાન્સક્રિપ્શન શ્રેણીઓમાં જનીનોની ટકાવારી વધુ છે. રસપ્રદ રીતે, બે જિનોમની દરેક કાર્યાત્મક શ્રેણીની સામગ્રીમાં સૌથી મોટો તફાવત એ ASxL5T (આકૃતિ 3B) માં હાજર અજાણ્યા જનીનોની સંખ્યા છે. KEGG મોડ્યુલ્સનું સંવર્ધન વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું, જ્યાં દરેક KEGG મોડ્યુલ જીનોમ સિક્વન્સ ડેટાની ટીકા અને જૈવિક અર્થઘટન માટે મેન્યુઅલી વ્યાખ્યાયિત કાર્યાત્મક એકમોના સમૂહનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. ASxL5T અને ઓલિવ MIL-1T ના સંપૂર્ણ KOG મોડ્યુલ પાથવેમાં જનીન વિતરણની સરખામણી આકૃતિ 3C માં બતાવવામાં આવી છે. આ વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે ASxL5T પાસે સંપૂર્ણ સલ્ફર અને નાઇટ્રોજન મેટાબોલિક માર્ગ છે, તેમ છતાં T. oleiverans MIL-1T નથી. તેનાથી વિપરીત, T. oleiverans MIL-1T પાસે સંપૂર્ણ સિસ્ટીન અને મેથિઓનાઇન મેટાબોલિક પાથવે છે, પરંતુ તે ASxL5T માં અપૂર્ણ છે. તેથી, ASxL5T પાસે સલ્ફેટ એસિમિલેશન માટે લાક્ષણિક મોડ્યુલ છે (જે જનીનોના સમૂહ તરીકે વ્યાખ્યાયિત છે જેનો ઉપયોગ ફેનોટાઇપિક માર્કર્સ તરીકે થઈ શકે છે, જેમ કે મેટાબોલિક ક્ષમતા અથવા રોગકારકતા; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T માં ઓલિવેરેન્સ MIL-1T. ASxL5T ની જનીન સામગ્રીને જનીનોની સૂચિ સાથે સરખાવવી જે શિકારી જીવનશૈલી સૂચવે છે તે અનિર્ણિત છે. જો કે ઓ એન્ટિજેન પોલિસેકરાઇડ સાથે સંકળાયેલ લિગેઝને કોરમાં એન્કોડ કરતું waaL જનીન ASxL5T જીનોમમાં હાજર છે (પરંતુ તે ઘણા ગ્રામ-નેગેટિવ બેક્ટેરિયામાં સામાન્ય છે), ટ્રિપ્ટોફન 2,3-ડાયોક્સિજેનેઝ (TDO) જનીનોમાં 60 એમિનોનો સમાવેશ થઈ શકે છે. એસિડ પ્રદેશો સામાન્ય રીતે શિકારી બેક્ટેરિયામાં જોવા મળે છે જે હાજર નથી. ASxL5T જીનોમમાં અન્ય કોઈ હિંસક લાક્ષણિકતા જનીનો નથી, જેમાં મેવોલોનેટ ​​પાથવેમાં આઇસોપ્રેનોઇડ બાયોસિન્થેસિસમાં સામેલ એન્કોડિંગ એન્ઝાઇમનો સમાવેશ થાય છે. નોંધ કરો કે તપાસવામાં આવેલા શિકારી જૂથમાં કોઈ ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેટરી જનીન gntR નથી, પરંતુ ASxL5T માં ત્રણ gntR-જેવા જનીનો ઓળખી શકાય છે.
ASxL5T ની ફિનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓ કોષ્ટક 3 માં સારાંશ આપવામાં આવી છે અને સાહિત્યમાં નોંધાયેલ સંબંધિત પેઢી 23, 24, 25, 26 અને 27 ની ફિનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓ સાથે સરખામણી કરવામાં આવી છે. ટી. મરીનસ, ટી. ઓલેવોરેન્સ, બી. સેનેન્સીસ અને ઓશનોબેક્ટર ક્રેગીમાંથી અલગતા સક્રિય, ક્ષાર-સહિષ્ણુ, ઓક્સિડેઝ-પોઝિટિવ સળિયા આકારના શરીર છે, પરંતુ ASxL5T સાથે લગભગ કોઈ અન્ય ફિનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓ નથી. સમુદ્રનું સરેરાશ pH 8.1 છે (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), જે T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis અને O માં પ્રતિબિંબિત થાય છે. ક્રીગી ASxL5T મોટી pH શ્રેણી (4-9) નોન-મરીન પ્રજાતિઓ માટે યોગ્ય છે. થેલાસોલિટિયસ એસપીની ફેનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓ. C2-1. અજ્ઞાત. ASxL5T ની વૃદ્ધિ તાપમાન શ્રેણી સામાન્ય રીતે દરિયાઈ તાણ (4–42 °C) કરતા વધુ પહોળી હોય છે, જો કે કેટલાક પરંતુ તમામ T. મરીનસ આઇસોલેટ્સ ગરમી-સહિષ્ણુ હોય છે. બ્રોથ મીડિયામાં ASxL5T વધવાની અસમર્થતાએ વધુ ફેનોટાઇપિક લાક્ષણિકતા અટકાવી. BA પ્લેટ, ONPG, આર્જિનિન ડાયહાઇડ્રોલેઝ, લાયસિન ડેકાર્બોક્સિલેઝ, ઓર્નિથિન ડેકાર્બોક્સિલેઝ, સાઇટ્રેટ ઉપયોગ, યુરેસ, ટ્રિપ્ટોફેન ડીમિનેઝ, જિલેટીન હાઇડ્રોલિસિસ એન્ઝાઇમમાંથી સ્ક્રેપ કરેલી સામગ્રીને ચકાસવા માટે API 20E નો ઉપયોગ કરો, પરીક્ષણના પરિણામો બધા નકારાત્મક હતા, પરંતુ H202 માં કોઈ પણ પ્રકારનું પરિણામ ન હતું. ઉત્પાદન કરવામાં આવ્યું હતું. અનફિર્મન્ટેડ કાર્બોહાઇડ્રેટ્સમાં શામેલ છે: ગ્લુકોઝ, મેનોઝ, ઇનોસિટોલ, સોર્બિટોલ, રેમનોઝ, સુક્રોઝ, મેલિબાયોઝ, એમીગડાલિન અને એરાબીનોઝ. પ્રકાશિત સંબંધિત રેફરન્સ સ્ટ્રેઇનની સરખામણીમાં, ASxL5T સ્ટ્રેઇનની સેલ્યુલર ફેટી એસિડ પ્રોફાઇલ કોષ્ટક 4 માં બતાવવામાં આવી છે. મુખ્ય સેલ્યુલર ફેટી એસિડ્સ C16:1ω6c અને/અથવા C16:1ω7c, C16:0 અને C18:1ω9 છે. હાઇડ્રોક્સી ફેટી એસિડ્સ C12:0 3-OH અને C10:0 3-OH પણ અસ્તિત્વ ધરાવે છે. ASxL5T માં C16:0 નો ગુણોત્તર સંબંધિત જનરેશનના અહેવાલ મૂલ્ય કરતાં વધારે છે. તેનાથી વિપરીત, નોંધાયેલ T. મરીનસ IMCC1826TT સાથે સરખામણી, ASxL5T માં C18:1ω7c અને/અથવા C18:1ω6c નો ગુણોત્તર ઘટ્યો છે. ઓલિવોરન્સ MIL-1T અને O. kriegii DSM 6294T, પરંતુ B. sanyensis KCTC 32220T માં શોધાયેલ નથી. ASxL5T અને ASxLS ની ફેટી એસિડ પ્રોફાઇલ્સની સરખામણી કરવાથી બે જાતો વચ્ચેના વ્યક્તિગત ફેટી એસિડના જથ્થામાં સૂક્ષ્મ તફાવતો જોવા મળે છે, જે સમાન જાતિના જીનોમિક DNA ક્રમ સાથે સુસંગત છે. સુદાન બ્લેક ટેસ્ટનો ઉપયોગ કરીને કોઈ પોલી-3-હાઈડ્રોક્સીબ્યુટાયરેટ (PHB) કણો મળ્યા નથી.
શિકારની શ્રેણી નક્કી કરવા માટે ASxL5T બેક્ટેરિયાની શિકાર પ્રવૃત્તિનો અભ્યાસ કરવામાં આવ્યો હતો. આ બેક્ટેરિયમ કેમ્પીલોબેક્ટર પ્રજાતિઓ પર તકતીઓ બનાવી શકે છે, જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છે: કેમ્પીલોબેક્ટર સુઈસ 11608T, કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની PT14, કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની 12662, કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; સી. હેલ્વેટીકસ એનસીટીસી 12472; C lari NCTC 11458 અને C. upsaliensis NCTC 11541T. ગ્રામ-નેગેટિવ અને ગ્રામ-પોઝિટિવ બેક્ટેરિયાની વિશાળ શ્રેણીને ચકાસવા માટે પદ્ધતિના યજમાન શ્રેણીના નિર્ધારણ વિભાગમાં સૂચિબદ્ધ સંસ્કૃતિઓનો ઉપયોગ કરો. પરિણામો દર્શાવે છે કે ASxL5T નો ઉપયોગ Escherichia coli NCTC 86 અને Citrobacter freundii NCTC 9750T માં પણ થઈ શકે છે. Klebsiella oxytoca 11466 પર બનેલી તકતીઓ. E. coli NCTC 86 સાથે TEM ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આકૃતિ 4A-D માં બતાવવામાં આવી છે, અને Campylobacter jejuni PT14 અને Campylobacter suis S12 સાથેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આકૃતિ 4E-H મધ્યમાં બતાવવામાં આવી છે. હુમલાની પદ્ધતિ ચકાસવામાં આવેલા શિકારના પ્રકારો વચ્ચે અલગ હોવાનું જણાય છે, જેમાં દરેક ASxL5T કોષ સાથે એક અથવા વધુ E. કોલી કોષો જોડાયેલા હોય છે અને શોષણ પહેલા વિસ્તૃત કોષની બાજુમાં સ્થિત હોય છે. તેનાથી વિપરિત, ASxL5T એ કેમ્પીલોબેક્ટર સાથે સંપર્કના એક બિંદુ દ્વારા જોડાયેલું દેખાય છે, સામાન્ય રીતે શિકારી કોષના ટોચના સંપર્કમાં અને કેમ્પીલોબેક્ટર કોષની ટોચની નજીક (આકૃતિ 4H).
ASx5LT અને શિકાર વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા દર્શાવતું TEM: (AD) અને E. coli prey; (EH) અને C. જેજુની શિકાર. (A) એક E. coli (EC) સેલ સાથે જોડાયેલ એક લાક્ષણિક ASx5LT સેલ; (B) એક EC સેલ સાથે જોડાયેલ ફિલામેન્ટસ ASx5LT; (C) બહુવિધ EC કોષો સાથે જોડાયેલ ફિલામેન્ટસ ASx5LT સેલ; (D) એકલ E. coli (EC) કોષ પર જોડાણ નાના ASx5LT કોષો; (E) કેમ્પીલોબેક્ટર જેજુની (CJ) સેલ સાથે જોડાયેલ એક જ ASx5LT કોષ; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) કોષો પર હુમલો કરે છે; (G) બે એક ASx5LT કોષે CJ સેલ પર હુમલો કર્યો; (H) ASx5LT જોડાણ બિંદુનું ક્લોઝ-અપ દૃશ્ય, CJ સેલની ટોચની નજીક (બાર 0.2 μm). બાર 1 μm in (A-G) દર્શાવે છે.
શિકારી બેક્ટેરિયા શિકારના વિપુલ સ્ત્રોતોનો લાભ લેવા માટે વિકસિત થયા છે. દેખીતી રીતે, તેઓ ઘણા વિવિધ વાતાવરણમાં વ્યાપકપણે હાજર છે. વસ્તીના સભ્યોના સાંકડા કદને કારણે, ફેજ અલગ કરવાની પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરીને સ્લરીમાંથી ASxL5T બેક્ટેરિયાને અલગ પાડવાનું શક્ય છે. દરિયાઈ બેક્ટેરિયાના oceanospirillaceae પરિવારના સભ્યો માટે ASxL5T ની જીનોમિક સુસંગતતા આશ્ચર્યજનક છે, જો કે જીવતંત્ર મીઠું-સહિષ્ણુ છે અને 5% મીઠું ધરાવતા માધ્યમ પર વૃદ્ધિ કરી શકે છે. સ્લરીના પાણીની ગુણવત્તાના વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે સોડિયમ ક્લોરાઇડનું પ્રમાણ 0.1% કરતા ઓછું હતું. તેથી, કાદવ ભૌગોલિક અને રાસાયણિક બંને રીતે દરિયાઈ પર્યાવરણથી દૂર છે. એક જ સ્ત્રોતમાંથી ત્રણ સંબંધિત પરંતુ જુદા જુદા આઇસોલેટ્સની હાજરી એ પુરાવો પૂરો પાડે છે કે આ શિકારી આ બિન-દરિયાઈ વાતાવરણમાં સમૃદ્ધ છે. વધુમાં, માઇક્રોબાયોમ વિશ્લેષણ (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 પરથી ઉપલબ્ધ ડેટા ફાઇલો) દર્શાવે છે કે સમાન 16S rRNA જનીન ક્રમ ટોચના 50 સૌથી વધુ વિપુલ ઓપરેશનલ ટેક્સા (OTU) માં સ્થિત છે. ) કાદવના થોડા નમૂનાના અંતરાલોમાં. Genbank ડેટાબેઝમાં કેટલાક અસંસ્કૃત બેક્ટેરિયા મળી આવ્યા હતા, જેમાં ASxL5T બેક્ટેરિયા જેવા 16S rRNA જનીન સિક્વન્સ છે. આ સિક્વન્સ, ASxL5T, ASxS5 અને ASxO5 ની સિક્વન્સ સાથે મળીને, થૅલાસોલિટિયસ અને ઓશનોબેક્ટર (આકૃતિ 2) થી અલગ અલગ ક્લેડનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. 2009 માં દક્ષિણ આફ્રિકાની સોનાની ખાણમાં ત્રણ પ્રકારના અસંસ્કૃત બેક્ટેરિયા (GQ921362, GQ921357 અને GQ921396) ફિશર વોટરમાંથી 1.3 કિલોમીટરની ઊંડાઈએ અલગ કરવામાં આવ્યા હતા, અને અન્ય બે (DQ256320 અને DQ256320 અને DQ921396) દક્ષિણ આફ્રિકામાં જમીનમાંથી હતા. માં 2005). 16S rRNA જનીન ક્રમ એ ASxL5T સાથે સૌથી વધુ નજીકથી સંબંધિત છે તે 16S rRNA જનીન ક્રમનો એક ભાગ છે જે 2006માં ઉત્તર ફ્રાન્સના દરિયાકિનારા પરથી મેળવેલ રેતાળ કાંપના સંવર્ધન સંસ્કૃતિમાંથી મેળવે છે (એક્સેશન નંબર AM29240828). અસંસ્કૃત બેક્ટેરિયમ HQ183822.1 માંથી અન્ય નજીકથી સંબંધિત 16S rRNA જનીન ક્રમ ચીનમાં મ્યુનિસિપલ લેન્ડફિલમાંથી લીચ કરાયેલ સંગ્રહ ટાંકીમાંથી મેળવવામાં આવ્યો હતો. દેખીતી રીતે, ASxL5T બેક્ટેરિયા વર્ગીકરણ ડેટાબેઝમાં ઉચ્ચ પ્રતિનિધિત્વ કરતા નથી, પરંતુ અસંસ્કૃત બેક્ટેરિયાના આ ક્રમ ASxL5T જેવા સજીવોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે તેવી શક્યતા છે, જે સામાન્ય રીતે પડકારજનક વાતાવરણમાં સમગ્ર વિશ્વમાં વિતરિત થાય છે. સમગ્ર જીનોમ ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણમાંથી, ASxL5T ની સૌથી નજીકની સાપેક્ષ થેલાસોલિટ્યુસ એસપી છે. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. અને ઓ. ક્રીગી 23, 24, 25, 26, 27. થેલાસોલિટસ એ દરિયાઈ ફરજિયાત હાઈડ્રોકાર્બન ફ્રેગમેન્ટેશન બેક્ટેરિયા (OHCB) ના સભ્ય છે, જે દરિયાઈ અને પાર્થિવ વાતાવરણમાં વ્યાપક છે, અને સામાન્ય રીતે હાઈડ્રોકાર્બન પ્રદૂષણની ઘટનાઓ પછી પ્રબળ બને છે31. દરિયાઈ બેક્ટેરિયા OHCB જૂથના સભ્યો નથી, પરંતુ દરિયાઈ વાતાવરણથી અલગ છે.
ફેનોટાઇપિક ડેટા સૂચવે છે કે ASxL5T એ એક નવી પ્રજાતિ છે અને દરિયાઇ સ્પિરોસ્પાઇરેસી પરિવારમાં અગાઉ અજાણી જાતિનો સભ્ય છે. નવી જીનસમાં નવા અલગ થયેલા તાણને વર્ગીકૃત કરવા માટે હાલમાં કોઈ સ્પષ્ટ ધોરણ નથી. સાર્વત્રિક ઉત્પત્તિની સીમાઓ નક્કી કરવાના પ્રયાસો કરવામાં આવ્યા છે, ઉદાહરણ તરીકે, રૂઢિચુસ્ત પ્રોટીન (POCP) ના જીનોમની ટકાવારીના આધારે, એવી ભલામણ કરવામાં આવે છે કે કટ-ઓફ મૂલ્ય 50% સંદર્ભ તાણ 33 સમાન હોય. અન્ય લોકો AAI મૂલ્યોનો ઉપયોગ કરવાનું સૂચન કરે છે, જે POCP કરતાં ફાયદા ધરાવે છે કારણ કે તે અપૂર્ણ જીનોમમાંથી મેળવી શકાય છે34. લેખક માને છે કે જો AAI મૂલ્ય મોડેલ પ્રજાતિના મોડલ સ્ટ્રેઇનની તુલનામાં 74% કરતા ઓછું હોય, તો તે તાણ એક અલગ જનરેશનનો પ્રતિનિધિ છે. દરિયાઈ સ્પિરિલેસીમાં મોડેલ જીનસ દરિયાઈ સ્પિરીલમ છે, અને મોડેલ સ્ટ્રેઈન ઓ. લિનમ એટીસીસી 11336T છે. ASxL5T અને O. linum ATCC 11336T વચ્ચે AAI મૂલ્ય 54.34% છે, અને ASxL5T અને T. oleivorans MIL-1T (જીનસ પ્રકાર સ્ટ્રેન્સ) વચ્ચે AAI મૂલ્ય 67.61% છે, જે દર્શાવે છે કે ASxL5T થાલાસથી અલગ નવી જાતિનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. વર્ગીકરણ ધોરણ તરીકે 16S rRNA જનીન ક્રમનો ઉપયોગ કરીને, સૂચિત જીનસ સીમાંકન સીમા 94.5%35 છે. ASxL5T ને થાલાસોલિટસ જીનસમાં મૂકવામાં આવી શકે છે, જે T. oleivorans MIL-1T અને 96.17% સાથે 95.03% 16S rRNA ક્રમ ઓળખ દર્શાવે છે. મરીનસ IMCC1826T. જો કે, તે B. sanyensis NV9 સાથે 94.64% 16S rRNA જનીન ઓળખ ધરાવતા બેક્ટેરોઇડ્સ જીનસમાં પણ મૂકવામાં આવશે, જે દર્શાવે છે કે 16S rRNA જનીન જેવા એક જનીનનો ઉપયોગ મનસ્વી વર્ગીકરણ અને સોંપણી તરફ દોરી શકે છે. અન્ય સૂચવેલ પદ્ધતિ એએનઆઈ અને જીનોમ એલાઈનમેન્ટ સ્કોર (એએફ) નો ઉપયોગ તમામ પ્રકારના અને હાલના જનરેશનના બિન-ટાઈપ સ્ટ્રેઈનમાંથી ડેટા પોઈન્ટના ક્લસ્ટરિંગની તપાસ કરવા માટે કરે છે. લેખકે પૃથ્થકરણ કરવામાં આવી રહેલા ટેક્સા માટે વિશિષ્ટ અંદાજિત જીનસના ઇન્ફ્લેક્શન બિંદુ સાથે જીનસની સીમાને જોડવાની ભલામણ કરી છે. જો કે, જો થેલાસોલિટ્યુઅસ આઇસોલેટ્સમાંથી પૂરતા સંપૂર્ણ જીનોમ સિક્વન્સ ન હોય, તો આ પદ્ધતિ દ્વારા ASxL5T થૅલાસોલિટિયસ જીનસ સાથે સંબંધિત છે કે કેમ તે નક્કી કરવું અશક્ય છે. પૃથ્થકરણ માટે સંપૂર્ણ જિનોમ સિક્વન્સની મર્યાદિત ઉપલબ્ધતાને કારણે, સમગ્ર જિનોમ ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષનું સાવધાની સાથે અર્થઘટન કરવું જોઈએ. બીજું, સમગ્ર જિનોમ સરખામણી પદ્ધતિઓ તુલનાત્મક જિનોમના કદમાં નોંધપાત્ર તફાવત માટે જવાબદાર નથી. તેઓએ સંબંધિત જાતિઓ વચ્ચે સંરક્ષિત કોર સિંગલ-કોપી જનીનોની સમાનતાને માપી, પરંતુ ASxL5T ના ખૂબ નાના જીનોમમાં હાજર ન હોય તેવા જનીનોની મોટી સંખ્યાને ધ્યાનમાં લીધી ન હતી. દેખીતી રીતે, ASxL5T અને થેલાસોલિટ્યુસ, ઓશનોબેક્ટર અને બેક્ટેરિયોપ્લેન સહિતના જૂથો એક સામાન્ય પૂર્વજ ધરાવે છે, પરંતુ ઉત્ક્રાંતિએ એક અલગ રસ્તો અપનાવ્યો છે, જેના કારણે જીનોમમાં ઘટાડો થયો છે, જે શિકારી જીવનશૈલીને અનુકૂલન કરવા માટે હોઈ શકે છે. આ T. oleivorans MIL-1T થી વિપરીત છે, જે 28% મોટી છે અને હાઇડ્રોકાર્બન 23,30 નો ઉપયોગ કરવા માટે વિવિધ પર્યાવરણીય દબાણ હેઠળ વિકાસ થયો છે. અનિવાર્ય અંતઃકોશિક પરોપજીવીઓ અને સિમ્બિઓન્ટ્સ, જેમ કે રિકેટ્સિયા, ક્લેમીડિયા અને બુકનેરા સાથે રસપ્રદ સરખામણી કરી શકાય છે. તેમના જીનોમનું કદ લગભગ 1 Mb છે. યજમાન કોષ ચયાપચયનો ઉપયોગ કરવાની ક્ષમતા જનીન નુકશાન તરફ દોરી જાય છે, તેથી નોંધપાત્ર ઉત્ક્રાંતિ જીનોમિક અધોગતિમાંથી પસાર થાય છે. દરિયાઈ રાસાયણિક પોષક સજીવોમાંથી શિકારી જીવનશૈલીમાં ઉત્ક્રાંતિના ફેરફારો જીનોમના કદમાં સમાન ઘટાડો તરફ દોરી શકે છે. COG અને KEGG પૃથ્થકરણ ચોક્કસ કાર્યો માટે વપરાતા જનીનોની સંખ્યા અને ASxL5T અને T. oleivorans MIL-1T વચ્ચેના જિનોમિક પાથવેમાં વૈશ્વિક તફાવતો દર્શાવે છે, જે મોબાઇલ આનુવંશિક તત્વોની વ્યાપક ઉપલબ્ધતાને કારણે નથી. ASxL5T ના સમગ્ર જીનોમના G+C ગુણોત્તરમાં તફાવત 56.1% છે, અને T. oleivorans MIL-1T નો તફાવત 46.6% છે, જે એ પણ સૂચવે છે કે તે અલગ છે.
ASxL5T જીનોમની કોડિંગ સામગ્રીની તપાસ ફેનોટાઇપિક લાક્ષણિકતાઓમાં કાર્યાત્મક આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે. જીન્સ એન્કોડિંગ પ્રકાર IV ફિમ્બ્રીઆ (Tfp) ની હાજરી ખાસ રસ ધરાવે છે કારણ કે તેઓ કોષની હિલચાલને પ્રોત્સાહન આપે છે, જેને સોશિયલ ગ્લાઈડિંગ અથવા આંચકી કહેવાય છે, સપાટી પર ફ્લેગેલા વગર. અહેવાલો અનુસાર, Tfp અન્ય કાર્યો ધરાવે છે, જેમાં શિકાર, પેથોજેનેસિસ, બાયોફિલ્મ રચના, કુદરતી ડીએનએ અપટેક, સ્વયંસંચાલિત કોષ એકત્રીકરણ અને વિકાસ 38 નો સમાવેશ થાય છે. ASxL5T જીનોમમાં 18 જનીનો એન્કોડિંગ ડીગુઆનાયલેટ સાયકલેસ (એક એન્ઝાઇમ કે જે 2 ગુઆનોસિન ટ્રાઇફોસ્ફેટને ગુઆનોસીન 2 ફોસ્ફેટ અને સાયક્લિક ડીજીએમપીમાં રૂપાંતરિત કરે છે) અને 6 જનીનોને અનુરૂપ ડિગુઆનાયલેટ સાયકલેસ એન્કોડિંગ સમાવે છે. એસ્ટેરેઝ માટેનું જનીન (ચક્રીય ડી-જીએમપીના ગુઆનોસિન મોનોફોસ્ફેટમાં અધોગતિનું ઉત્પ્રેરક) રસપ્રદ છે કારણ કે સાયકલ-ડી-જીએમપી એ પ્રક્રિયામાં બાયોફિલ્મના વિકાસ અને વિભાજન, ચળવળ, કોષ જોડાણ અને વિર્યુલન્સ 39, 40 સાથે સંકળાયેલો મહત્વપૂર્ણ બીજો સંદેશવાહક છે. એ પણ નોંધવું જોઈએ કે Bdellovibrio બેક્ટેરિયોવોરસમાં, ચક્રીય ડબલ GMP મુક્ત જીવન અને શિકારી જીવનશૈલી 41 વચ્ચેના સંક્રમણને નિયંત્રિત કરવા માટે દર્શાવવામાં આવ્યું છે.
શિકારી બેક્ટેરિયા પરના મોટાભાગના સંશોધનો Bdellovibrio, Bdellovibrio-જેવા સજીવો અને Myxococcus પ્રજાતિઓ પર કેન્દ્રિત છે. શિકારી બેક્ટેરિયાના આ અને અન્ય જાણીતા ઉદાહરણો વિવિધ જૂથ બનાવે છે. આ વિવિધતા હોવા છતાં, 11 જાણીતા શિકારી બેક્ટેરિયાના ફેનોટાઇપ્સને પ્રતિબિંબિત કરતા લાક્ષણિક પ્રોટીન પરિવારોનો સમૂહ 3,22 ઓળખવામાં આવ્યો છે. જો કે, માત્ર ઓ એન્ટિજેન લિગેસ (waaL) એન્કોડિંગ જનીનો ઓળખવામાં આવ્યા છે, જે ખાસ કરીને ગ્રામ-નેગેટિવ બેક્ટેરિયામાં સામાન્ય છે. વિશ્લેષણનું આ સ્વરૂપ ASxL5T ને શિકારી તરીકે નિયુક્ત કરવામાં મદદરૂપ નથી, કદાચ કારણ કે તે નવલકથા હુમલાની વ્યૂહરચનાનો ઉપયોગ કરે છે. વધુ વૈવિધ્યસભર શિકારી બેક્ટેરિયલ જિનોમની ઉપલબ્ધતા ફાઇનર રિઝોલ્યુશન વિશ્લેષણ વિકસાવવામાં મદદ કરશે જે જૂથના સભ્યો વચ્ચે કાર્યાત્મક અને પર્યાવરણીય તફાવતોના પુરાવાને ધ્યાનમાં લે છે. આ પૃથ્થકરણમાં સામેલ ન હોય તેવા શિકારી બેક્ટેરિયાના ઉદાહરણોમાં ક્યુપ્રિયાવિડસ નેકેટર 42 અને બ્રેડીમોનાબેક્ટેરિયા 43 ના સભ્યોનો સમાવેશ થાય છે, કારણ કે જેમ જેમ સંશોધકો વિવિધ માઇક્રોબાયલ સમુદાયોની તપાસ કરે છે, તેમ તેમ વધુ શિકારી ટેક્સાની સ્થાપના કરવામાં આવે છે.
TEM ઈમેજ દ્વારા કેપ્ચર કરાયેલ ASxL5T બેક્ટેરિયાની સૌથી નોંધપાત્ર વિશેષતા તેની અનન્ય અને લવચીક મોર્ફોલોજી છે, જે શિકાર બેક્ટેરિયા સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયાને પ્રોત્સાહન આપી શકે છે. અવલોકન કરાયેલ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાનો પ્રકાર અન્ય શિકારી બેક્ટેરિયાથી અલગ છે અને અગાઉ તેની શોધ કે જાણ કરવામાં આવી નથી. સૂચિત ASxL5T શિકારી જીવનચક્ર આકૃતિ 5 માં બતાવવામાં આવ્યું છે. સાહિત્યમાં આપણે અહીં જાણ કરીએ છીએ તેમ સમાન apical સ્ટ્રક્ચરવાળા થોડા ઉદાહરણો છે, પરંતુ આ ઉદાહરણોમાં Terasakiispira papahanaumokuakeensis, પ્રસંગોપાત સર્વોચ્ચ વૃદ્ધિ 44 સાથે દરિયાઈ સ્પિરિલમ બેક્ટેરિયમ, અને આલ્ફાપ્રોટીલા, ટેરાસાકીસ્પીરા પાપાહાનૌમોકુકેન્સિસનો સમાવેશ થાય છે. , અગાઉ જીનસ સાથે જોડાયેલા હતા Oceanospirillum, પ્રદર્શિત કરે છે કહેવાતી "ધ્રુવીય ફિલ્મ" 45. જૂની સંસ્કૃતિઓમાં કોક્કી સ્વરૂપો ઘણીવાર જોવા મળે છે, ખાસ કરીને વિબ્રિઓ, કેમ્પીલોબેક્ટર અને હેલિકોબેક્ટર 46, 47, 48 જેવા વક્ર સ્વરૂપો ધરાવતા બેક્ટેરિયા માટે, જે અધોગતિની સ્થિતિનું પ્રતિનિધિત્વ કરી શકે છે. ASxL5T બેક્ટેરિયાના ચોક્કસ જીવન ચક્રને સ્પષ્ટ કરવા માટે વધુ કાર્યની જરૂર છે. તે નક્કી કરવા માટે કે તે કેવી રીતે પકડે છે અને શિકાર કરે છે, અને તેનો જીનોમ જૈવિક રીતે સક્રિય સંયોજનોને એન્કોડ કરે છે કે કેમ તેનો ઉપયોગ તબીબી અથવા બાયોટેકનોલોજીકલ હેતુઓ માટે થઈ શકે છે.
વેનેટરબેક્ટર જનના વર્ણન. નવેમ્બર વેનેટરબેક્ટર (વેનેટરબેક્ટર, એલ. એન. વેનેટર, 'હંટર' અને ગ્રા. એન. બેક્ટર, 'એક સળિયા'. વેનેટરબેક્ટર, 'એ હન્ટિંગ રોડ'ના વેનેટરથી બનેલું છે. કોષો એરોબિક, મીઠું-સહિષ્ણુ, વક્ર ગ્રામ ડાઘ નેગેટિવ છે, કેટાલેઝ અને ઓક્સિડેઝ પ્રવૃત્તિ હકારાત્મક છે. 4 થી 42 ડિગ્રી સેલ્સિયસની પીએચ રેન્જમાં PHB અસાધારણ છે :1ω7c, C16:0 અને C18:1ω9 ; C12:0 3-OH અને C10:0 3-OH એ બ્રોથ મીડિયામાં વૃદ્ધિ પામતા નથી. કુટુંબમાં આ જીનસની ફાયલોજેનેટિક સ્થિતિ છે.
વેનેટરબેક્ટર ક્યુક્યુલસ એસપીનું વર્ણન. નવેમ્બર વેનેટરબેક્ટર ક્યુક્યુલસ (cu'cull.us.; L. n. ક્યુક્યુલસ એટલે ફેરીંગ).
વધુમાં, આ જીનસની વર્ણનાત્મક વિશેષતા એ છે કે જ્યારે BA અથવા BHI પર ઉગાડવામાં આવે છે, ત્યારે કોષો 1.63 µm લાંબા અને 0.37 µm પહોળા હોય છે. BHI અગર પરની વસાહતો ઘણી નાની છે, જેનો વ્યાસ 72 કલાક પછી 2 મીમી સુધી પહોંચે છે. તેઓ ન રંગેલું ઊની કાપડ, અર્ધપારદર્શક, ગોળાકાર, બહિર્મુખ અને ચળકતા છે. આ પ્રજાતિના સભ્યો Escherichia coli અને Klebsiella નો ઉપયોગ કરી શકે છે. કેમ્પીલોબેક્ટર અને અન્ય કેટલાક ગ્રામ-નેગેટિવ બેક્ટેરિયા શિકાર તરીકે સેવા આપે છે.
લાક્ષણિક તાણ ASxL5T ને નોટિંગહામશાયર, યુકેમાં ગોમાંસના દૂધમાંથી અલગ કરવામાં આવ્યું હતું અને નેશનલ ટાઈપ કલ્ચર કલેક્શન (યુકે)માં જમા કરવામાં આવ્યું હતું: એક્સેસન નંબર NCTC 14397 અને નેધરલેન્ડ્સ બેક્ટેરિયલ કલ્ચર કલેક્શન (NCCB) એક્સેસન નંબર NCCB Theequome 1007 1007. રહી છે CP046056 ના ઉમેરા અનુસાર Genbank માં જમા.
ફેજ આઇસોલેશન ટેક્નોલોજીનો ઉપયોગ કરીને ASxL5T બેક્ટેરિયાને ગોમાંસના દૂધમાંથી અલગ કરવામાં આવ્યા હતા9,49. SM બફર (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O અને 0.01% જિલેટીન; સિગ્મા એલ્ડ્રિચ, ગિલિંગહામ, યુકે), પછી સ્લરીને 1:9 (w/v) પાતળું કરવામાં આવ્યું હતું. 24 કલાક માટે 4°C પર, એલ્યુટ કરવા માટે ધીમે ધીમે ફેરવો બફર માં શિકારી. સસ્પેન્શનને 3 મિનિટ માટે 3000 ગ્રામ પર સેન્ટ્રીફ્યુજ કરવામાં આવ્યું હતું. સુપરનેટન્ટને બીજી વખત 5 મિનિટ માટે 13,000 ગ્રામ પર એકત્રિત કરવામાં આવ્યું અને સેન્ટ્રીફ્યુજ કરવામાં આવ્યું. સુપરનેટન્ટને પછી 0.45 µm મેમ્બ્રેન ફિલ્ટર (મિનિસાર્ટ; સરટોરિયસ, ગોટીંગેન, જર્મની) અને 0.2 µm મેમ્બ્રેન ફિલ્ટર (મિનિસાર્ટ)માંથી કોઈપણ બાકી રહેલા બેક્ટેરિયલ કોષોને દૂર કરવા માટે પસાર કરવામાં આવ્યું હતું. ASxL5T આ ફિલ્ટર્સ પસાર કરી શકે છે. એ જ સ્લરીમાંથી કેમ્પીલોબેક્ટર એન્ટરસોસ S12 (NCBI એક્સેસન નંબર CP040464) નો સોફ્ટ અગર લૉન પ્રમાણભૂત તકનીકોનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરવામાં આવ્યો હતો. ફિલ્ટર કરેલ સ્લરી આ દરેક યજમાન સેલ પ્લેટ પર 10 µl ટીપાંમાં ત્રિપુટીમાં વિતરિત કરવામાં આવી હતી અને તેને સૂકવવા દેવામાં આવી હતી. પ્લેટને માઇક્રોએરોબિક પરિસ્થિતિઓ (5% O2, 5% H2, 10% CO2 અને 80% N2) હેઠળ 48 કલાક માટે 37°C તાપમાને માઇક્રોએરોફિલિક ટાંકીમાં ઉકાળવામાં આવી હતી. પ્રાપ્ત દૃશ્યમાન તકતીને SM બફરમાં કાઢવામાં આવી હતી અને lysed જીવોના વધુ પ્રચાર માટે C. hyointestinalis S12 ના તાજા લૉનમાં સ્થાનાંતરિત કરવામાં આવી હતી. એકવાર તે નિર્ધારિત થઈ જાય કે બેક્ટેરિયા એ લાઈટીક પ્લેકનું કારણ છે અને ફેજ નથી, જીવતંત્રને યજમાનથી સ્વતંત્ર રીતે વિકસાવવાનો પ્રયાસ કરો અને તેને વધુ લાક્ષણિકતા આપો. એરોબિક કલ્ચર 5% v/v ડિફિબ્રિનેટેડ હોર્સ બ્લડ (TCS બાયોસાયન્સ એલ.ટી., બકિંગહામ, યુકે, સપ્લિમેન્ટ) સાથે 37 °C પર કરવામાં આવ્યું હતું. નેશનલ ક્લિનિકલ સ્ટાન્ડર્ડ્સ કમિટીની માર્ગદર્શિકા અનુસાર, એન્ટિબેક્ટેરિયલ સંવેદનશીલતા પરીક્ષણ માટે ડિસ્ક પ્રસાર પદ્ધતિનો ઉપયોગ થાય છે. એરોબિક કલ્ચર માટે નીચેની એન્ટિબાયોટિક્સ (ઓક્સોઇડ) ધરાવતી ડિસ્કનો ઉપયોગ કરીને BHI અગરનું સંવર્ધન 37 °C પર કરવામાં આવ્યું હતું: એમોક્સિસિલિન અને ક્લેવ્યુલેનિક એસિડ 30 µg; cefotaxime 30 µg; સ્ટ્રેપ્ટોમાસીન 10 µg; સિપ્રોફ્લોક્સાસીન 5 µg; સેફ્ટાઝિડાઇમ 30 µg નાલિડિક્સિક એસિડ 30 µg; ઇમિપેનેમ 10 µg; એઝિથ્રોમાસીન 15 µg; ક્લોરામ્ફેનિકોલ 30 µg; સેફોક્સિટિન 30 µg; ટેટ્રાસાયક્લાઇન 30 µg; નાઈટ્રોફ્યુરાન્ટોઈન 300 µg; Aztreonam 30 µg; એમ્પીસિલિન 10 µg; સેફપોડોક્સાઈમ 10 µg; ટ્રાઇમેથોપ્રિમ-સલ્ફામેથોક્સાઝોલ 25 µg. BHI અગર પ્લેટો પર 37 °C તાપમાને એરોબિક ઇન્ક્યુબેશન દ્વારા મીઠું સહિષ્ણુતા સ્થાપિત કરવામાં આવી હતી. 10% w/v સુધીની સાંદ્રતા શ્રેણી પૂરી પાડવા BHI અગર પ્લેટોમાં વધારાના NaCl ઉમેરવામાં આવ્યા હતા. BHI અગર પ્લેટો પર એરોબિક કલ્ચર દ્વારા pH રેન્જ 37°C પર નક્કી કરવામાં આવે છે, જ્યાં pH રેન્જને જંતુરહિત HCl અથવા જંતુરહિત NaOH સાથે 4 અને 9 વચ્ચે ગોઠવવામાં આવી છે, અને પ્લેટ રેડતા પહેલા લક્ષ્ય pH મૂલ્યની ચકાસણી કરવામાં આવે છે. સેલ્યુલર ફેટી એસિડ પૃથ્થકરણ માટે, ASxL5T નું સંવર્ધન BHI અગર પર 3 દિવસ અને એરોબિક 37 °C પર કરવામાં આવ્યું હતું. FERA સાયન્સ લિમિટેડ, (યોર્ક, યુકે) ના MIDI (શેરલોક માઇક્રોબાયલ આઇડેન્ટિફિકેશન સિસ્ટમ, સંસ્કરણ 6.10) સ્ટાન્ડર્ડ પ્રોટોકોલ અનુસાર, સેલ ફેટી એસિડ્સ કાઢવામાં આવ્યા હતા, તૈયાર કરવામાં આવ્યા હતા અને તેનું વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું.
TEM માટે, ASxL5T એ 24 કલાક માટે 37°C પર BA પર એકસરખી રીતે ફેલાવીને એરોબિક સંવર્ધિત કરવામાં આવ્યું હતું, અને પછી ઓરડાના તાપમાને 0.1 M cacodylate બફરમાં 1 ml 3% (v/v) ગ્લુટારાલ્ડિહાઇડમાં કાપવામાં આવ્યું હતું, 1 કલાક માટે ફિક્સ કરો, પછી સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો. 3 મિનિટ માટે 10,000 ગ્રામ પર. પછી ધીમેધીમે 600 μl 0.1 M cacodylate બફરમાં પેલેટને ફરીથી સસ્પેન્ડ કરો. નિશ્ચિત ASxL5T સસ્પેન્શનને 200 મેશ કોપર ગ્રીડ પર ફોર્મવર/કાર્બન ફિલ્મમાં સ્થાનાંતરિત કરો. બેક્ટેરિયાને 1 મિનિટ માટે 0.5% (w/v) uranyl એસિટેટથી ડાઘવામાં આવ્યા હતા અને TEI Tecnai G2 12 Biotwin માઇક્રોસ્કોપનો ઉપયોગ કરીને TEM દ્વારા તપાસ કરવામાં આવી હતી. ઉપર જણાવ્યા મુજબ, NZCYM બ્રોથ (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) માં સમાન સંખ્યામાં શિકાર અને શિકારીને ભેગા કરો અને 48 કલાક માટે કેમ્પીલોબેક્ટર અથવા કેમ્પીલોબેક્ટરની માઇક્રોએરોબિક પરિસ્થિતિઓમાં 37°C તાપમાને 48 કલાક સુધી સેવન કરો, શિકારી અને શિકારીની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા. TEM દ્વારા પણ તપાસ કરવામાં આવી હતી. Escherichia coli માટે એરોબિક શરતો. શિકારને કારણે સેલ મોર્ફોલોજીમાં કોઈપણ ફેરફારો નક્કી કરવા માટે સ્વતંત્ર રીતે શિકાર અને શિકારી બેક્ટેરિયાની તપાસ કરો. સુદાન બ્લેક પદ્ધતિનો ઉપયોગ PHB સંચયની ઓપ્ટિકલ માઇક્રોસ્કોપી માટે કરવામાં આવ્યો હતો.
જંતુરહિત સ્વેબ વડે BHI અથવા BA પ્લેટો પર ગ્રોથ સ્મીયર કરીને રાતોરાત ASxL5T ઉગાડો. ASxL5T કોષો એકત્રિત કરો અને તેમને MRD (CM0733, Oxoid) માં સસ્પેન્ડ કરો, અને પછી કોષોને ભૂખે મરવા માટે તેમને 7 દિવસ માટે 4°C પર મૂકો. NCTC સંદર્ભ અથવા લેબોરેટરી સ્ટોક બેક્ટેરિયલ કલ્ચરને BHI બ્રોથ અથવા નંબર 2 પોષક સૂપ (CM007, Oxoid) માં ઇનોક્યુલેટ કરવામાં આવ્યું હતું, તેને રાતોરાત ઉકાળવામાં આવ્યું હતું, 13,000g પર સેન્ટ્રીફ્યુજ કરવામાં આવ્યું હતું અને OD600 0.4 ના થાય ત્યાં સુધી MRDમાં ફરીથી સસ્પેન્ડ કરવામાં આવ્યું હતું. સંસ્કૃતિ: બેસિલસ સબટિલિસ NCTC 3610T, સિટ્રોબેક્ટર ફ્રેન્ડી NCTC 9750T, એન્ટેરોબેક્ટર એરોજેનેસ NCTC 10006T, એન્ટરકોકસ ફેકલિસ NCTC 775T, એસ્ચેરીચિયા કોલી એનસીટીસી 86, ક્લેબ્સિઅલસ્યુ611 ટીસીસી, લેબ્સિઅલસ 10817, લિસ્ટેરિયા સ્પેશિયલ બેક્ટેરિયા NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus સબમરીન હેમબર્ગર NCTC 1621 મોનટેસ્ટિનલ 57ટીસીવિલે, સૅલ્મોનટેસ્ટિનલ, બી. મ્યુસીલેજ એનસીટીસી 10861, સ્ટેફાયલોકોકસ ઓરીયસ એનસીટીસી 8532ટી, સ્ટ્રેપ્ટોકોકસ ન્યુમોનિયા એનસીટીસી 7465T, યર્સિનિયા એન્ટરકોલિટીકા એનસીટીસી 10460. કેમ્પીલોબેક્ટર હોસ્ટ BA73એસપીએન્ડ 3એસપીસીએન્ડ પ્લેટ્સ અને એનસીએન્ડમાં એનસીટીસીમાં માઇક્રોએરોબિકલી ઇન્ક્યુબેટેડ હતું. પરીક્ષણ કરાયેલ કેમ્પીલોબેક્ટર યજમાનો આ છે: C. કોલી 12667 NCTC, C. જેજુની 12662, C. જેજુની PT14, C. જેજુની NCTC 11168T, C. હેલ્વેટિકસ NCTC 12472, C. લારી NCTC 11458, C.5NCTC 11458, C.5NCTC. PT14, C... MRD માં કોષો એકત્રિત કરો, 13,000g પર સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો અને OD600 0.4 થાય ત્યાં સુધી MRD માં ફરીથી સસ્પેન્ડ કરો. 5 મિલી ઓગળેલા NZCYM ટોપ અગર (0.6% અગર)માં 0.5 ml સસ્પેન્શનનું એલિક્વોટ ઉમેરો અને તેને 1.2% NZCYM બોટમ પ્લેટ પર રેડો. ક્યોરિંગ અને સૂકાયા પછી, ક્રમશઃ પાતળું ASxL5T દરેક લૉન બોર્ડ પર 20 μl ટીપાં તરીકે ત્રિપુટીમાં વિતરિત કરવામાં આવ્યું હતું. સંસ્કૃતિનું તાપમાન અને વાતાવરણ ટેસ્ટ બેક્ટેરિયાની જરૂરિયાતો પર આધારિત છે.
બેક્ટેરિયલ આઇસોલેટ્સમાંથી DNA તૈયાર કરવા માટે GenElute™ બેક્ટેરિયલ જીનોમિક DNA કિટ (સિગ્મા એલ્ડ્રિજ) નો ઉપયોગ કરો. 16S rRNA જનીનનું PCR એમ્પ્લીફિકેશન અને ડાઈ ટર્મિનેશન કેમિસ્ટ્રી (યુરોફિન્સ વેલ્યુ રીડ સર્વિસ, જર્મની) નો ઉપયોગ કરીને ઉત્પાદન ક્રમ નિર્ધારણ માટે માનક પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. નજીકથી સંબંધિત પ્રજાતિઓને ઓળખવા અને એકત્રિત કરવા માટે આ સિક્વન્સની અન્ય 16S rRNA જનીન સિક્વન્સ સાથે સરખામણી કરવા BLAST-N પ્રોગ્રામનો ઉપયોગ કરો. આ MEGA X પ્રોગ્રામમાં ClustalW નો ઉપયોગ કરીને ગોઠવાયેલ છે. ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષનું પુનઃનિર્માણ MEGA X નો ઉપયોગ કરીને તામુરા-નેઈ મોડેલ પર આધારિત મહત્તમ સંભાવના પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરીને 1000 માર્ગદર્શિત નકલો54 સાથે કરવામાં આવ્યું હતું. સંપૂર્ણ-જીનોમ સિક્વન્સિંગ માટે DNA કાઢવા માટે PureLink™ જીનોમિક ડીએનએ કિટ (ફિશર સાયન્ટિફિક, લોફબોરો, યુકે) નો ઉપયોગ કરો. ASxL5T નો જિનોમ ક્રમ Illumina MiSeq સંયોજનનો ઉપયોગ કરીને નક્કી કરવામાં આવ્યો હતો, જેમાં 250 bp ડબલ-એન્ડેડ રીડનો સમાવેશ થાય છે જે નેક્સ્ટેરા લેબલીંગ કીટનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરાયેલ લાઇબ્રેરી અને PacBio પ્લેટફોર્મ પરથી 2 થી 20 kb લાંબા રીડનો સમાવેશ કરે છે. સેમ્બિયા યુનિવર્સિટીમાં જીનોમિક્સ ડીએનએ સિક્વન્સિંગ સંશોધન સુવિધા. સીએલસી જીનોમિક્સ વર્કબેન્ચ 12.0.3 (કિયાજેન, આરહસ, ડેનમાર્ક) નો ઉપયોગ કરીને જીનોમ એસેમ્બલ કરવામાં આવ્યો હતો. ASxL5T સંસ્કૃતિઓ નેશનલ ટાઈપ કલ્ચર કલેક્શન (યુકે) અને નેધરલેન્ડ્સ બેક્ટેરિયલ કલ્ચર કલેક્શન (NCCB)માં જમા કરવામાં આવે છે. સરખામણી માટે વપરાતા સંબંધિત સજીવોના જીનોમ આ પ્રમાણે છે: થેલાસોલિટ્યુસ ઓલિવોરાન્સ MIL-1T (એક્સેશન નંબર HF680312, પૂર્ણ); બેક્ટેરિયોપ્લેન સેનેન્સિસ KCTC 32220T (એક્સેશન નંબર BMYY01000001, અપૂર્ણ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (એક્સેશન નંબર NZ_AUGV00000000, અપૂર્ણ); મેરિનામોનાસ કોમ્યુનિટી DSM 5604T (ASM436330v1 ઉમેરાયેલ, અપૂર્ણ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (ઉમેરાયેલ MTSD02000001, અપૂર્ણ) અને થેલાસોલિટસ sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ઉમેરો, અપૂર્ણ). સંરેખણ સ્કોર (AF) અને સરેરાશ ન્યુક્લીક એસિડ ઓળખ (ANI) નક્કી કરવા https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= પર JGI જેનોમ પોર્ટલ36 નો ઉપયોગ કરો. જોડીમાં. એમિનો એસિડ ઓળખ (AAI) નક્કી કરવા માટે Rodriguez-R & Konstantinidis55 ની પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. અંદાજિત મહત્તમ સંભાવના ફિલોજેનેટિક ટ્રી બનાવવા માટે GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 નો ઉપયોગ કરો. ઉપલબ્ધ સંદર્ભ જિનોમનું પ્રતિનિધિત્વ કરતું ઇનપુટ જિનોમ 16S rRNA ફાયલોજેનીમાંથી ASxL5T સાથે સંબંધિત તરીકે ઓળખાયેલ સંદર્ભ જનરામાંથી પસંદ કરવામાં આવે છે. ઇન્ટરેક્ટિવ ટ્રી ઓફ લાઈફ ઓનલાઈન ટૂલ (https://itol.embl.de/) નો ઉપયોગ કરીને વૃક્ષની ટીકા કરી. ASxL5T જીનોમનું કાર્યાત્મક એનોટેશન અને વિશ્લેષણ KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) મોડ્યુલ સંવર્ધન વિતરણનો ઉપયોગ કરીને BlastKOALA KEGG ઓનલાઈન ટૂલનો ઉપયોગ કરીને હાથ ધરવામાં આવે છે. COG શ્રેણીઓ (ઓર્થોલોગસ જૂથો) નું વિતરણ એગએનઓજી-મેપર ઓનલાઈન ટૂલનો ઉપયોગ કરીને નક્કી કરવામાં આવે છે.
પેરેઝ, જે., મોરાલેડા-મુનોઝ, એ., માર્કોસ-ટોરેસ, એફજે અને મુનોઝ-ડોરાડો, જે. બેક્ટેરિયલ શિકાર: 75 વર્ષ અને તે ચાલુ છે! . પર્યાવરણ સુક્ષ્મસજીવો 18, 766–779 (2016).
લિનારેસ-ઓટોયા, એલ. વગેરે. પેરુવિયન દરિયાકાંઠા પર શિકારી બેક્ટેરિયાની વિવિધતા અને જીવાણુનાશક ક્ષમતા. માર્ચ દવાઓ. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
પેસ્ટર્નક, ઝેડ. એટ અલ. તેમના જનીનો દ્વારા, તમે તેમને સમજી શકશો: શિકારી બેક્ટેરિયાની જીનોમિક લાક્ષણિકતાઓ. ISME J. 7, 756–769 (2013).
સોકેટ, RE બેક્ટેરિયોફેજ Bdellovibrio ની શિકારી જીવનશૈલી. સ્થાપિત કરો. પાદરી સૂક્ષ્મજીવાણુઓ. 63, 523–539 (2009).
કોર્પ, જે., વેલા ગુરોવિક, એમએસ અને નેટ, એમ. શિકારી બેક્ટેરિયામાંથી એન્ટિબાયોટિક્સ. બેઇલસ્ટીન જે. હિસ્ટોકેમિસ્ટ્રી 12, 594–607 (2016).
જોહ્નકે, જે., ફ્રાઉન, એસ., બોશ, ટીસીજી, હેન્ટશેલ, યુ. એન્ડ શુલેનબર્ગ, એચ. બડેલોવિબ્રિયો અને તેના જેવા સજીવો વિવિધ યજમાન વસ્તીમાં માઇક્રોબાયોમ વિવિધતાના અનુમાનો છે. સુક્ષ્મસજીવો ઇકોલોજી. 79, 252–257 (2020).
વિલા, જે., મોરેનો-મોરાલેસ, જે. અને બેલેસ્ટે-ડેલ્પિયર, સી. નવા એન્ટીબેક્ટેરિયલ એજન્ટોની વર્તમાન સ્થિતિ શોધો. ક્લિનિકલ સુક્ષ્મસજીવો સંક્રમિત કરો. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
હોબલી, એલ. એટ અલ. ફેજ અને ફેજની બેવડી શિકાર ઇ. કોલી શિકારને એક પણ શિકાર વિના નાબૂદ કરી શકે છે. જે. બેક્ટેરિયા. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
અલ-શિબિની, એ., કોનરટોન, પીએલ અને કોનરટન, IF ફ્રી-રેન્જ અને ઓર્ગેનિક ચિકનના ખોરાક ચક્ર દરમિયાન અલગ પડેલા કેમ્પીલોબેક્ટર અને બેક્ટેરિયોફેજની ગણતરી અને વિવિધતા. એપ્લિકેશન પર્યાવરણ. સુક્ષ્મસજીવો 71, 1259–1266 (2005).
વિલ્કિન્સન, ડીએ વગેરે. કેમ્પીલોબેક્ટર સ્વાઈનના જીનોમિક વર્ગીકરણ અને રોગશાસ્ત્રને અપડેટ કરો. વિજ્ઞાન પ્રતિનિધિ 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
લી, MD GToTree: સિસ્ટમ જીનોમિક્સ માટે વપરાશકર્તા મૈત્રીપૂર્ણ વર્કફ્લો. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ 35, 4162–4164 (2019).
એડગર, આરસી મસલ: બહુવિધ ક્રમ સંરેખણ પદ્ધતિ જે સમય અને જગ્યાની જટિલતાને ઘટાડે છે. BMC જૈવિક માહિતી. 5, 113 (2004).
કેપેલ્લા-ગુટીરેઝ, એસ., સિલા-માર્ટિનેઝ, જેએમ અને ગેબાલ્ડન, ટી. ટ્રિમલ: મોટા પાયે ફાયલોજેનેટિક વિશ્લેષણમાં સ્વચાલિત ગોઠવણી અને ટ્રિમિંગ માટેનું એક સાધન. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC જનીન અને મેટાજેનોમિક સિક્વન્સ ટ્રાન્સલેશન શરૂ સાઇટ આગાહી. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ 28, 2223-2230 (2012).
શેન, ડબલ્યુ. અને ઝિઓંગ, જે. ટેક્સનકિટ: ક્રોસ-પ્લેટફોર્મ અને કાર્યક્ષમ NCBI વર્ગીકરણ ટૂલકિટ. બાયો Rxiv. (1 જૂન, 2021ના રોજ એક્સેસ કરેલ); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
પ્રાઇસ, MN, દેહલ, પીએસ અને આર્કીન, એપી ફાસ્ટટ્રી 2-મોટા સંરેખણ સાથે અંદાજિત મહત્તમ સંભાવના વૃક્ષ. PLOS One 5, e9490 (2010).
ટેન્ગે, O. GNU સમાંતર. (1 જૂન, 2021ના રોજ એક્સેસ કરેલ); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
કનેહિસા, એમ. એન્ડ ગોટો, એસ. કેઇજીજી: ક્યોટો એનસાયક્લોપીડિયા ઓફ જીન્સ એન્ડ જીનોમ્સ. ન્યુક્લિક એસિડ સંશોધન. 28, 27-30 (2000).
ચેક રિપબ્લિક, એલ. વગેરે. તાણ રક્ષકો અને પોષક તત્ત્વો તરીકે એક્સ્ટ્રીમોલાઇટ્સ એક્ટોઇન અને હાઇડ્રોક્સાઇક્ટોઇનની ભૂમિકા: જીનેટિક્સ, સિસ્ટમ જીનોમિક્સ, બાયોકેમિસ્ટ્રી અને માળખાકીય વિશ્લેષણ. જીન (બેઝલ). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA ડિફરન્શિયલ પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ ફરજિયાત દરિયાઈ હાઇડ્રોકાર્બન-ડિગ્રેઝિંગ બેક્ટેરિયમ થેલાસોલિટ્યુસ ઓલિવોરાન્સ MIL-1 ની વૃદ્ધિ દરમિયાન મધ્યમ અને લાંબી સાંકળ આલ્કેનેસની વૃદ્ધિ દરમિયાન. આગળ સુક્ષ્મસજીવો 9, 3130 (2018).
પેસ્ટર્નક, ઝેડ., બેન સાસન, ટી., કોહેન, વાય., સેગેવ, ઇ., અને જર્કેવિચ, ઇ. ફિનોટાઇપિક-વિશિષ્ટ સૂચકાંકોને વ્યાખ્યાયિત કરવા માટે એક નવી તુલનાત્મક જીનોમિક્સ પદ્ધતિ શિકારી બેક્ટેરિયાના ચિહ્નમાં ચોક્કસ વારસો દર્શાવે છે. જાહેર વિજ્ઞાન પુસ્તકાલય એક. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
યાકીમોવ, એમએમ, વગેરે. થેલાસોલિટ્યુસ ઓલિવોરન્સ જનીન. નવેમ્બર, એસપી. nov., દરિયાઈ બેક્ટેરિયાનો એક નવો પ્રકાર જે હાઈડ્રોકાર્બનના ઉપયોગમાં નિષ્ણાત છે. આંતરરાષ્ટ્રીયતા જે. સિસ્ટમ. ઉત્ક્રાંતિ સુક્ષ્મસજીવો 54, 141–148 (2004).
વાંગ, વાય., યુ, એમ., લિયુ, વાય., યાંગ, એક્સ. અને ઝાંગ, એક્સએચ બેક્ટેરિયોપ્લાનોઇડ્સ પેસિફિકમ જેન. નવેમ્બર, એસપી. નવેમ્બરમાં, તે દક્ષિણ પેસિફિકમાં ફરતા દરિયાઈ પાણીથી અલગ થઈ ગયું. આંતરરાષ્ટ્રીયતા જે. સિસ્ટમ. ઉત્ક્રાંતિ સુક્ષ્મસજીવો 66, 5010–5015 (2016).