Yon nouvo kalite bakteri Gram-negatif, aerobic, toleran sèl, aktif, ki gen fòm baton, ak predatè ASxL5T te izole nan yon letan fimye bèf nan Nottinghamshire, Angletè, epi yo te itilize Campylobacter kòm bèt li yo. Apre sa, lòt espès Campylobacter ak manm fanmi Enterobacteriaceae yo te dekouvri kòm bèt. Apre subkilti san selil lame yo, yo te reyalize fèb kwasans aseptik sou Brain Heart Infusion Agar. Kondisyon kwasans optimal yo se 37 °C ak pH se 7. Mikwoskòp elèktron transmisyon revele kèk karakteristik mòfolojik trè etranj ki gen rapò ak disponiblite bèt yo. Analiz filogenetik lè l sèvi avèk sekans jèn rRNA 16S la endike ke izole a gen rapò ak yon manm nan fanmi Spirulina Marin, men li pa ka klase klèman kòm yon manm nan nenpòt genus li te ye. Sekans antye-genom nan ASxL5T konfime relasyon an ak manm nan spirochetes maren yo. Yon rechèch baz done revele ke plizyè ASxL5Ts pataje sekans jèn rRNA 16S ak plizyè bakteri ki pa kiltive ki soti nan oseyan an, sifas tè ak dlo anba tè. Nou sijere ke souch ASxL5T reprezante yon nouvo espès nan yon nouvo genus. Nou rekòmande non Venatorbacter cucullus gen. Novanm, sp. Nan Novanm nan, ASxL5T te itilize kòm souch nan kalite.
Bakteri predatè yo se bakteri ki montre kapasite pou chase ak touye lòt bakteri vivan pou jwenn materyèl biosentetik ak enèji. Sa a se diferan de rekiperasyon an jeneral nan eleman nitritif nan mikwo-òganis mouri, epi li se tou diferan de entèraksyon parazit, nan ki bakteri fòme yon relasyon sere ak lame yo san yo pa touye yo. Bakteri predatè yo te evolye sik lavi diferan pou pran avantaj de sous manje abondan nan nich kote yo jwenn yo (tankou abita maren). Yo se yon gwoup taksonomik divès, ki konekte sèlman pa sik lavi esterilizasyon inik yo1. Egzanp bakteri predatè yo te jwenn nan plizyè phyla diferan, tankou: Proteobacteria, Bacteroides, ak Chlorella.3. Sepandan, bakteri predatè ki pi byen etidye yo se òganis Bdellovibrio ak Bdellovibrio-ak-like (BALOs4). Bakteri predatè yo se yon sous pwomèt nouvo konpoze biyolojik aktif ak ajan anti-bakteri5.
Yo kwè bakteri predatè yo amelyore divèsite mikwòb epi yo gen yon enpak pozitif sou sante ekosistèm, pwodiktivite ak estabilite6. Malgre atribi pozitif sa yo, gen kèk etid sou nouvo bakteri predatè akòz difikilte pou kiltive bakteri ak bezwen ak anpil atansyon obsève entèraksyon selilè yo konprann sik lavi konplèks yo. Enfòmasyon sa a pa fasil pou jwenn nan analiz òdinatè.
Nan yon epòk nan ogmante rezistans antimikwòb, yo ap etidye nouvo estrateji pou vize patojèn bakteri, tankou itilizasyon bakteriofaj ak bakteri predatè7,8. Bakteri ASxL5T yo te izole an 2019 lè l sèvi avèk teknoloji izolasyon faj ki soti nan fimye bèf kolekte nan Dairy Center nan University of Nottingham, Nottinghamshire. Objektif ankèt la se izole òganis ki gen potansyèl kòm ajan kontwòl byolojik. Campylobacter hyointestinalis se yon patojèn zoonotik, ki de pli zan pli asosye ak maladi entesten imen10. Li se omniprésente nan serom epi li itilize kòm yon lame sib.
Bakteri ASxL5T te izole nan jele vyann bèf paske li te obsève ke plak li te fòme sou gazon C. hyointestinalis yo te sanble ak sa yo ki te pwodwi pa bakteriofaj. Sa a se yon rezilta inatandi, paske yon pati nan pwosesis izolasyon faj la enplike filtraj nan yon filtè 0.2 µm, ki fèt pou retire selil bakteri yo. Egzamen mikwoskopik nan materyèl la ekstrè soti nan plak la revele ke ti gram-negatif koube bakteri ki gen fòm baton yo pa t 'akimile polyhydroxybutyrate (PHB). Kilti aseptik endepandan de selil bèt yo reyalize sou mwayen solid rich (tankou agar perfusion kè sèvo (BHI) ak agar san (BA)), ak kwasans li fèb. Li se jwenn apre subculture ak lou inoculum amelyore. Li grandi egalman byen anba mikwo-aerobik (7% v / v oksijèn) ak kondisyon oksijèn atmosferik, men se pa nan yon atmosfè anaerobik. Apre 72 èdtan, dyamèt koloni a te piti anpil, rive nan 2 mm, epi li te bèlj, translusid, wonn, konvèks ak klere. Tès byochimik estanda yo anpeche paske ASxL5T pa ka kiltive seryezman nan medya likid, ki sijere ke li ka konte sou sik lavi konplèks nan fòmasyon biofilm. Sepandan, sispansyon plak la te montre ke ASxL5T se aerobic, pozitif pou oksidaz ak katalaz, epi li ka tolere 5% NaCl. ASxL5T rezistan a 10 µg streptomycin, men li sansib a tout lòt antibyotik yo teste. Selil bakteri ASxL5T yo te egzamine pa TEM (Figi 1). Lè yo grandi san yo pa selil bèt sou BA a, selil ASxL5T yo se ti Campylobacter, ak yon longè mwayèn 1.63 μm (± 0.4), yon lajè 0.37 μm (± 0.08), ak yon sèl poto long (jiska 5 μm). Flagèl seksyèl. Apeprè 1.6% nan selil yo parèt yo gen yon lajè ki mwens pase 0.2 μm, ki pral pèmèt pasaj nan aparèy la filtre. Yo te obsève yon ekstansyon estriktirèl etranj sou tèt kèk selil, menm jan ak yon karen (Latin cucullus) (gade flèch yo nan 1D, E, G). Sa a sanble yo konpoze de manbràn ekstèn ekstèn, ki ka akòz rediksyon an rapid nan gwosè a nan anvlòp la periplasmic, pandan y ap manbràn deyò a rete entak, ki montre yon aparans "ki lach". Kilti ASxL5T nan absans eleman nitritif (nan PBS) pou yon tan long nan 4 ° C lakòz pifò (men se pa tout) selil ki montre yon mòfoloji kokkal (Figi 1C). Lè ASxL5T grandi ak Campylobacter jejuni kòm bèt pou 48 èdtan, gwosè selil mwayèn siyifikativman pi long ak pi etwat pase selil ki grandi san yon lame (Tablo 1 ak Figi 1E). Kontrèman, lè ASxL5T grandi ak E. coli kòm bèt pou 48 èdtan, gwosè selil mwayèn pi long ak pi laj pase lè li grandi san bèt (Tablo 1), ak longè selil la varyab, anjeneral, ki montre filaman (Figi 1F). Lè yo enkube ak Campylobacter jejuni oswa E. coli kòm bèt pou 48 èdtan, selil ASxL5T pa montre okenn flagèl ditou. Tablo 1 rezime obsèvasyon chanjman nan gwosè selil ki baze sou prezans, absans, ak kalite bèt ASxL5T.
TEM ekspozisyon ASx5LT: (A) ASx5LT montre fwèt long; (B) tipik batri ASx5LT; (C) selil cocci ASx5LT apre enkubasyon long san eleman nitritif; (D) yon gwoup selil ASx5LT montre anòmal (E) Gwoup selil ASx5LT enkubasyon ak bèt Campylobacter te montre ogmante longè selil yo konpare ak moun ki pa kwasans bèt (D) te montre tou estrikti apical; (F) Gwo flagèl filaman, selil ASx5LT, apre enkubasyon ak bèt E. coli; (G) Yon sèl selil ASx5LT apre enkubasyon ak E. coli, ki montre yon estrikti ki pa nòmal. Ba a reprezante 1 μm.
Detèmine sekans jèn rRNA 16S la (nimewo aksè MT636545.1) pèmèt rechèch baz done etabli sekans ki sanble ak sa yo ki nan klas Gammaproteobacteria, epi yo pi pre bakteri maren nan fanmi spirillum maren (Figi 2), epi yo se manm genus Thalassolituus. Relatif ki pi pre a Marine Bacillus. Sekans jèn 16S rRNA a klèman diferan de bakteri predatè ki fè pati fanmi Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Konparezon par nan B. bacteriovorus HD100T (tip souch, DSM 50701) ak B. bacteriovorus DM11A te 48.4% ak ​​47.7%, ak pou B. exovorus JSS li te 46.7%. Bakteri ASxL5T gen 3 kopi jèn 16S rRNA, de nan yo ki idantik youn ak lòt, e twazyèm lan se 3 baz apa. De lòt izolasyon bakteri predatè (ASx5S ak ASx5O; nimewo asansyon jèn 16S rRNA yo se MT636546.1 ak MT636547.1, respektivman) ak karakteristik mòfolojik ak fenotipik ki sanble nan menm kote yo pa menm, men yo diferan de ASxL5T ak bakteri ki pa kiltive. sekans baz done yo gwoupe ansanm ak lòt jenere nan Oceanospirillaceae (Figi 2). Tout sekans genomic ASxL5T te detèmine epi sove nan baz done NCBI, epi nimewo asansyon an se CP046056. Genomic ASxL5T konsiste de yon kwomozòm sikilè 2,831,152 bp ak yon rapò G + C nan 56.1%. Sekans genòm nan gen 2653 CDS (total), nan yo ki 2567 yo prevwa yo kode pwoteyin, nan yo ki 1596 ka asiyen kòm fonksyon putatif (60.2%). Genòm nan gen 67 jèn ki kode RNA, ki gen ladan 9 rRNA (3 chak pou 5S, 16S, ak 23S) ak 57 tRNA. Karakteristik jenomik ASxL5T yo te konpare ak jenom ki disponib nan tansyon nan kalite relatif ki pi pre yo idantifye nan sekans jèn 16S rRNA (Tablo 2). Sèvi ak idantite asid amine (AAI) pou konpare tout jenòm Thalassolituus ki disponib ak ASxL5T. Ki pi pre disponib (enkonplè) sekans genomic detèmine pa AAI se Thalassolituus sp. C2-1 (ajoute NZ_VNIL01000001). Souch sa a te izole nan sediman fon lanmè yo nan Mariana Trench la, men kounye a pa gen okenn enfòmasyon fenotip sou souch sa a pou konparezon. Konpare ak 2.82 Mb ASxL5T a, genomic òganis lan pi gwo nan 4.36 Mb. Gwosè genòm mwayèn nan spirochèt maren se apeprè 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 jenom referans konplè envestige nan https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), kidonk genòm nan ASxL5T an liy ak la. lòd Konpare ak lòt manm yo, li se byen piti. Sèvi ak GToTree 1.5.54 pou jenere yon pye bwa filogenetik ki gen anpil chans ki baze sou genòm (Figi 3A), lè l sèvi avèk sekans asid amine ki aliye ak lye nan 172 jèn yon sèl kopi espesifik pou Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analiz la te montre ke li gen rapò ak Thalassolituus, Avyon Bakteri, ak Bakteri Marin. Sepandan, done sa yo endike ke ASxL5T diferan de fanmi li yo nan Marin Spirulina ak done sekans genòm li yo disponib.
Pyebwa filogenetik la ki itilize sekans jèn 16S rRNA a mete aksan sou pozisyon ASxL5T, ASxO5, ak ASxS5 (avèk zantray) parapò ak tansyon bakteri ki pa kiltive ak maren nan Spirulinaceae Marin yo. Nimewo asansyon Genbank swiv non souch la nan parantèz. Sèvi ak ClustalW pou fè aliman sekans, epi sèvi ak metòd maksimòm chans ak modèl Tamura-Nei pou dedwi relasyon filojenetik, epi fè 1000 replikasyon gide nan pwogram MEGA X. Nimewo a sou branch lan endike ke valè kopi gide a pi gran pase 50%. Escherichia coli U/541T te itilize kòm yon outgroup.
(A) Yon pye bwa filojenetik ki baze sou genòm nan, ki montre relasyon ki genyen ant bakteri marin Spirospiraceae ASxL5T ak fanmi pwòch li yo, E. coli U 5/41T kòm yon gwoup ekstèn. (B) Konpare ak T. oleivorans MIL-1T, distribisyon kategori fonksyonèl jèn yo prevwa ki baze sou gwoup orthologous (COG) pwoteyin ASx5LT. Figi ki sou bò gòch la montre kantite jèn nan chak kategori fonksyonèl COG nan chak genomic. Graf ki sou bò dwat la montre pousantaj jenom ki genyen nan chak gwoup fonksyonèl COG. (C) Konpare ak T. oleiverans MIL-1T, analiz konplè KEGG (Kyoto Ansiklopedi nan jèn ak genòm) chemen modilè ASxL5T.
Sèvi ak baz done KEGG pou egzamine jèn eleman ki prezan nan genomic ASxL5T a te revele chemen metabolik tipik nan gama aerobic Proteus. ASxL5T gen yon total de 75 jèn ki asiyen nan pwoteyin motè bakteri, ki gen ladan jèn ki enplike nan chemotaxis, asanble flagèl, ak sistèm fimbriae tip IV. Nan dènye kategori a, 9 sou 10 jèn yo responsab mouvman yon seri lòt òganis. Genomic ASxL5T gen yon chemen biosentetik tetrahydropyrimidine ki patisipe nan repons pwoteksyon nan estrès osmotik20, jan yo espere pou alofil yo. Genomic a tou gen anpil wout konplè pou kofaktè ak vitamin, ki gen ladan chemen sentèz riboflavin. Malgre ke jèn alkan 1-monooxygenase (alkB2) prezan nan ASxL5T, chemen itilizasyon idrokarbone a pa konplè. Nan sekans genomic ASxL5T, homologue jèn idantifye kòm prensipalman responsab pou degradasyon idrokarbur nan T. oleiverans MIL-1T21, tankou TOL_2658 (alkB) ak TOL_2772 (dehydrogenase alkòl) yo evidamman absan. Figi 3B montre konparezon distribisyon jèn nan kategori COG ant ASxL5T ak lwil oliv MIL-1T. An jeneral, pi piti genòm ASxL5T la gen pwopòsyonèl mwens jèn ki soti nan chak kategori COG konpare ak pi gwo genomic ki gen rapò. Lè kantite jèn nan chak kategori fonksyonèl eksprime kòm yon pousantaj nan genomic a, yo note diferans ki genyen nan pousantaj jèn nan tradiksyon an, estrikti ribozomal ak kategori byogenesis, ak pwodiksyon enèji ak kategori fonksyon konvèsyon, ki konstitye pi gwo ASxL5T. genome Pousantaj la konpare ak menm gwoup ki prezan nan genomic T. oleiverans MIL-1T. Kontrèman, konpare ak jenom ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T gen yon pi gwo pousantaj jèn nan kategori replikasyon, rekonbinasyon ak reparasyon, ak transkripsyon. Enteresan, pi gwo diferans nan kontni an nan chak kategori fonksyonèl nan de genòm yo se kantite jèn enkoni ki prezan nan ASxL5T (Figi 3B). Yo te fè yon analiz anrichisman nan modil KEGG, kote chak modil KEGG reprezante yon seri inite fonksyonèl defini manyèlman pou anotasyon ak entèpretasyon byolojik done sekans genomic. Konparezon distribisyon jèn nan chemen modil KOG konplè ASxL5T ak oliv MIL-1T montre nan Figi 3C. Analiz sa a montre ke byenke ASxL5T gen yon chemen metabolik konplè souf ak nitwojèn, T. oleiverans MIL-1T pa fè sa. Kontrèman, T. oleiverans MIL-1T gen yon chemen metabolik sistein ak methionine konplè, men li enkonplè nan ASxL5T. Se poutèt sa, ASxL5T gen yon modil karakteristik pou asimilasyon silfat (defini kòm yon seri jèn ki ka itilize kòm makè fenotipik, tankou kapasite metabolik oswa patojèn; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Nan T . olivirans MIL-1T. Konpare kontni jèn ASxL5T ak lis jèn ki sijere yon vi predatè se enkonklizyon. Malgre ke jèn waaL ki kode ligaz ki asosye ak polisakarid antijèn O nan nwayo a prezan nan genòm ASxL5T la (men li komen nan anpil bakteri Gram-negatif), jèn tryptofan 2,3-dioxygenase (TDO) ka gen ladan 60 amino. rejyon asid yo souvan jwenn nan bakteri predatè ki pa prezan. Pa gen okenn lòt jèn karakteristik predatè nan genòm ASxL5T la, ki gen ladan anzim kode ki enplike nan byosentèz isoprenoid nan chemen mevalonate la. Remake byen ke pa gen okenn jèn regilasyon transkripsyon gntR nan gwoup predatè yo egzamine, men twa jèn ki tankou gntR ka idantifye nan ASxL5T.
Karakteristik fenotip ASxL5T yo rezime nan Tablo 3 epi yo konpare ak karakteristik fenotip nan jenera ki gen rapò 23, 24, 25, 26, ak 27 rapòte nan literati a. Izola ki soti nan T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ak Oceanobacter kriegii yo aktif, sèl-toleran, oksidaz-pozitif kò ki gen fòm baton, men pa gen prèske pa gen okenn lòt karakteristik fenotip ak ASxL5T. pH mwayèn nan oseyan an se 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ki reflete nan T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ak O. kriegii. ASxL5T apwopriye pou pi gwo ranje pH (4-9) tipik nan espès ki pa maren. Karakteristik fenotip Thalassolituus sp. C2-1. Enkoni. Ranje tanperati kwasans ASxL5T jeneralman pi laj pase tansyon maren yo (4-42 °C), byenke kèk men se pa tout izole T. marinus yo toleran chalè. Enkapasite a grandi ASxL5T nan medya bouyon anpeche plis karakterizasyon fenotip. Sèvi ak API 20E pou teste materyèl yo grate nan plak BA a, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, itilizasyon sitrat, urease, tryptophan deaminase, jelatin idroliz anzim, rezilta tès yo tout te negatif, men pa gen indol, asetoin ak H2S. yo te pwodwi. Glusid san fèrmante yo enkli: glikoz, mannoz, inositol, sorbitol, ramnose, sikwoz, melibyose, amygdalin ak arabinoz. Konpare ak tansyon referans ki te pibliye yo, pwofil asid gra selilè souch ASxL5T la montre nan tablo 4. Prensipal asid gra selilè yo se C16:1ω6c ak/oswa C16:1ω7c, C16:0 ak C18:1ω9. Asid gra idroksi C12:0 3-OH ak C10:0 3-OH egziste tou. Rapò a nan C16: 0 nan ASxL5T pi wo pase valè rapòte nan jenera ki gen rapò. Kontrèman, konpare ak rapòte T. marinus IMCC1826TT, rapò C18:1ω7c ak/oswa C18:1ω6c nan ASxL5T redwi. oleivorans MIL-1T ak O. kriegii DSM 6294T, men yo pa detekte nan B. sanyensis KCTC 32220T. Konpare pwofil asid gra ASxL5T ak ASxLS revele diferans sibtil nan kantite asid gra endividyèl ant de tansyon yo, ki konsistan avèk sekans ADN jenomik nan menm espès yo. Pa gen okenn patikil poly-3-hydroxybutyrate (PHB) yo te detekte lè l sèvi avèk tès nwa Soudan an.
Yo te etidye aktivite predasyon bakteri ASxL5T pou detèmine seri bèt yo. Bakteri sa a ka fòme plak sou espès Campylobacter, tankou: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ak C. upsaliensis NCTC 11541T. Sèvi ak kilti yo ki nan lis nan seksyon detèminasyon seri lame metòd la pou teste yon seri pi laj de bakteri Gram-negatif ak Gram-pozitif. Rezilta yo montre ke ASxL5T ka itilize tou nan Escherichia coli NCTC 86 ak Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plak ki te fòme sou Klebsiella oxytoca 11466. Yo montre entèraksyon TEM ak E. coli NCTC 86 nan Figi 4A-D, epi yo montre entèraksyon ak Campylobacter jejuni PT14 ak Campylobacter suis S12 nan Figi 4E-H mitan. Mekanis atak la sanble yo diferan ant kalite bèt yo teste, ak youn oswa plis selil E. coli tache ak chak selil ASxL5T epi pozisyone lateralman ansanm selil la pwolonje anvan adsorption. Kontrèman, ASxL5T parèt kole ak Campylobacter atravè yon sèl pwen kontak, anjeneral an kontak ak apex selil predatè a ak tou pre apex selil Campylobacter (Figi 4H).
TEM ki montre entèraksyon ant ASx5LT ak bèt: (AD) ak bèt E. coli; (EH) ak C. jejuni proie. (A) Yon selil ASx5LT tipik ki konekte ak yon sèl selil E. coli (EC); (B) Yon ASx5LT filaman ki tache ak yon sèl selil EC; (C) Yon selil filaman ASx5LT ki konekte ak plizyè selil EC; (D) Atachman Pi piti selil ASx5LT sou yon sèl selil E. coli (EC); (E) yon sèl selil ASx5LT ki konekte ak yon selil Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT atake selil C. hyointestinalis (CH); (G) de selil One ASx5LT atake yon selil CJ; (H) Yon gade fèmen nan pwen atachman ASx5LT la, tou pre apex selil CJ la (ba 0.2 μm). Ba a reprezante 1 μm nan (A-G).
Bakteri predatè yo te evolye pou pran avantaj de sous abondan bèt yo. Li evidan, yo lajman prezan nan anpil anviwònman diferan. Akòz gwosè etwat manm popilasyon an, li posib pou izole bakteri ASxL5T nan sispansyon an lè l sèvi avèk metòd separasyon faj la. Enpòtans jenomik ASxL5T pou manm fanmi oceanospirillaceae nan bakteri maren se etone, byenke òganis la toleran sèl epi li ka grandi sou yon mwayen ki gen 5% sèl. Analiz kalite dlo nan sispansyon an te montre ke kontni an klori sodyòm te mwens pase 0.1%. Se poutèt sa, labou se byen lwen anviwònman an maren-tou de géographique ak chimik. Prezans twa izolasyon ki gen rapò men diferan ki soti nan menm sous la bay prèv ke predatè sa yo ap pwospere nan anviwònman ki pa marin sa a. Anplis de sa, analiz mikrobyom (fichye done ki disponib nan https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) te montre ke menm sekans jèn 16S rRNA a sitiye nan 50 pi gwo takso operasyonèl yo (OTU). ) Nan kèk entèval echantiyonaj nan labou a. Plizyè bakteri ki pa kiltive yo te jwenn nan baz done Genbank, ki gen sekans jèn rRNA 16S ki sanble ak bakteri ASxL5T. Sekans sa yo, ansanm ak sekans ASxL5T, ASxS5, ak ASxO5, sanble reprezante diferan clades separe de Thalassolituus ak Oceanobacter (Figi 2). Twa kalite bakteri ki pa kiltive (GQ921362, GQ921357 ak GQ921396) yo te izole nan dlo fizyon an nan yon pwofondè de 1.3 kilomèt nan min an lò Sid Afriken an 2009, ak de lòt yo (DQ256320 ak DQ337006) yo te nan dlo anba tè (tou. an 2005). Sekans jèn 16S rRNA ki pi pre ASxL5T se yon pati nan sekans jèn 16S rRNA ki te jwenn nan kilti anrichisman sediman sab yo te jwenn nan plaj nò Lafrans an 2006 (nimewo aksesyon AM29240828). Yo te jwenn yon lòt sekans jèn 16S rRNA ki gen rapò ak yon bakteri ki pa kiltive HQ183822.1 nan yon tank koleksyon ki soti nan yon dechaj minisipal nan Lachin. Li evidan, ASxL5T bakteri yo pa trè reprezantan nan baz done taksonomik, men sekans sa yo ki soti nan bakteri ki pa kiltive gen chans rive nan reprezante òganis ki sanble ak ASxL5T, ki distribye nan tout mond lan, anjeneral nan anviwònman difisil. Soti nan analiz filojenetik antye genomic, relatif ki pi pre ASxL5T se Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ak O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus se yon manm nan bakteri fragmantasyon idrokarbone obligatwa maren (OHCB), ki gaye toupatou nan anviwònman maren ak terès, epi anjeneral vin dominan apre ensidan polisyon idrokarbone30,31. Bakteri maren yo pa manm gwoup OHCB a, men yo izole nan anviwònman maren an.
Done fenotipik yo endike ke ASxL5T se yon nouvo espès ak yon manm nan yon genus ki pa te janm rekonèt nan fanmi spirospiraceae maren an. Kounye a pa gen okenn estanda klè pou klase souch ki fèk izole nan yon nouvo genus. Yo te fè tantativ pou detèmine fwontyè jenera inivèsèl, pou egzanp, ki baze sou pousantaj nan genòm nan yon pwoteyin konsèvatif (POCP), li rekòmande ke valè a koupe se 50% ki idantik ak souch referans la33. Gen lòt ki sijere itilize valè AAI, ki gen avantaj sou POCP paske yo ka jwenn yo nan genòm enkonplè34. Otè a kwè ke si valè AAI a se mwens pase 74% konpare ak souch modèl espès modèl yo, souch la se yon reprezantan yon jenera diferan. Genus modèl nan spirillaceae maren an se spirillum maren, ak souch modèl la se O. linum ATCC 11336T. Valè AAI ant ASxL5T ak O. linum ATCC 11336T se 54.34%, ak valè AAI ant ASxL5T ak T. oleivorans MIL-1T (tansyon kalite genus) se 67.61%, ki endike ke ASxL5T reprezante yon nouvo genus diferan de Thalassolituus. Sèvi ak sekans jèn 16S rRNA kòm estanda klasifikasyon, fwontyè delimitasyon genus sijere a se 94.5%35. ASxL5T ka mete nan genus Thalassolituus, ki montre 95.03% 16S rRNA sekans idantite ak T. oleivorans MIL-1T ak 96.17%. marinus IMCC1826T. Sepandan, li pral tou mete nan genus Bacteroides ki gen 94.64% 16S rRNA idantite jèn ak B. sanyensis NV9, ki endike ke itilizasyon yon jèn sèl tankou jèn nan 16S rRNA ka mennen nan klasifikasyon abitrè ak plasman. Yon lòt metòd sijere itilize ANI ak Genome Alignment Score (AF) pou egzamine gwoup pwen done ki soti nan tout kalite ak souch ki pa kalite jenera ki egziste deja. Otè a rekòmande pou konbine fwontyè genus la ak pwen enfleksyon genus estime espesifik pou taxon yo analize yo. Sepandan, si pa gen ase sekans genomic konplè ki soti nan izole Thalassolituus, li enposib detèmine si ASxL5T fè pati genus Thalassolituus pa metòd sa a. Akòz disponiblite limite nan sekans genomic konplè pou analiz, yo ta dwe entèprete tout pyebwa filogenetik genomic ak prekosyon. Dezyèmman, metòd konparezon antye genòm pa ka konte pou diferans sibstansyèl nan gwosè a nan jenom yo konpare. Yo te mezire resanblans nan nwayo konsève yon sèl kopi jèn ant jenera ki gen rapò, men yo pa t 'pran an kont gwo kantite jèn ki pa prezan nan genomic ki pi piti ASxL5T. Li evidan, ASxL5T ak gwoup ki gen ladan Thalassolituus, Oceanobacter, ak Bacterioplanes gen yon zansèt komen, men evolisyon te pran yon chemen diferan, ki mennen nan yon rediksyon nan genòm nan, ki ka adapte yo ak yon vi predatè. Sa a se kontrèman ak T. oleivorans MIL-1T, ki se 28% pi gwo e li te evolye anba presyon anviwònman diferan yo itilize idrokarbur23,30. Yon konparezon enteresan ka fè ak parazit obligatwa entraselilè ak senbyon, tankou Rickettsia, Klamidya, ak Buchnera. Gwosè genòm yo se apeprè 1 Mb. Kapasite nan itilize metabolit selil lame mennen nan pèt jèn, kidonk sibi degradasyon evolisyonè genomic enpòtan. Chanjman evolisyonè ki soti nan òganis nitritif chimik maren yo rive nan mòd vi predatè yo ka lakòz yon rediksyon menm jan an nan gwosè genòm. Analiz COG ak KEGG mete aksan sou kantite jèn yo itilize pou fonksyon espesifik ak diferans mondyal ki genyen nan chemen jenomik ant ASxL5T ak T. oleivorans MIL-1T, ki pa akòz disponiblite toupatou nan eleman jenetik mobil yo. Diferans nan rapò G + C nan tout genomic ASxL5T se 56.1%, ak T. oleivorans MIL-1T se 46.6%, ki endike tou ke li separe.
Egzamen nan kontni an kodaj nan genòm ASxL5T la bay apèsi fonksyonèl nan karakteristik fenotip. Prezans jèn ki kode kalite IV fimbriae (Tfp) se yon enterè patikilye paske yo ankouraje mouvman selilè yo, yo rele glisman sosyal oswa konvulsyon, san flagèl sou sifas la. Dapre rapò, Tfp gen lòt fonksyon, ki gen ladan predasyon, patojèn, fòmasyon biofilm, absòpsyon ADN natirèl, rasanbleman otomatik selil ak devlopman38. Genomic ASxL5T a gen 18 jèn ki kode diguanylate cyclase (yon anzim ki katalize konvèsyon 2 guanosine trifosfat nan guanosine 2 fosfat ak diGMP siklik) ak 6 jèn ki kode korespondan diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Jèn pou esterase (katalize degradasyon siklik di-GMP nan guanosine monofosfat) enteresan paske cycl-di-GMP se yon dezyèm mesaje enpòtan ki enplike nan devlopman biofilm ak separasyon, mouvman, atachman selil ak virulans 39, 40 nan pwosesis la. Li ta dwe tou remake ke nan Bdellovibrio bacteriovorus, yo te montre siklik doub GMP kontwole tranzisyon ki genyen ant lavi gratis ak vi predatè41.
Pifò rechèch sou bakteri predatè yo konsantre sou Bdellovibrio, òganis ki sanble ak Bdellovibrio, ak espès Myxococcus. Sa yo ak lòt egzanp li te ye nan bakteri predatè fòme yon gwoup divès. Malgre divèsite sa a, yo te idantifye yon seri fanmi pwoteyin karakteristik ki reflete fenotip 11 bakteri predatè li te ye3,22. Sepandan, sèlman jèn ki kode O antigen ligase (waaL) yo te idantifye, ki se patikilyèman komen nan bakteri Gram-negatif. Fòm analiz sa a pa itil nan deziyen ASxL5T kòm yon predatè, pwobableman paske li itilize yon estrateji atak roman. Disponibilite plis divès jenom bakteri predatè pral ede devlope pi rafine analiz rezolisyon ki pran an kont prèv diferans fonksyonèl ak anviwònman an ant manm gwoup la. Egzanp bakteri predatè ki pa enkli nan analiz sa a gen ladan manm Cupriavidus necator42 ak Bradymonabacteria43, paske kòm chèchè yo ap mennen ankèt sou diferan kominote mikwòb yo, plis taks predatè yo etabli.
Karakteristik ki pi remakab nan bakteri ASxL5T kaptire pa imaj TEM se mòfoloji inik ak fleksib li yo, ki ka ankouraje entèraksyon ak bakteri bèt. Kalite entèraksyon yo obsève diferan de lòt bakteri predatè epi yo pa te dekouvri oswa rapòte anvan. Sik lavi predatè ASxL5T pwopoze a montre nan Figi 5. Gen kèk egzanp nan literati ki gen estrikti apik menm jan nou rapòte isit la, men egzanp sa yo gen ladan Terasakiispira papahanaumokuakeensis, yon bakteri spirillum maren ak elajisman apex okazyonèl 44, ak Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , ansyen ki fè pati genus Oceanospirillum, ki montre sa yo rele an "polè fim" 45. Yo souvan obsève fòm Cocci nan kilti ki pi gran, espesyalman pou bakteri ki gen fòm koube, tankou Vibrio, Campylobacter, ak Helicobacter 46, 47, 48, ki ka reprezante yon eta degrade. Gen plis travay ki nesesè pou klarifye sik lavi egzak bakteri ASxL5T. Pou detèmine kijan li kaptire ak bèt, epi si genomic li kode konpoze byolojik aktif ki ka itilize pou rezon medikal oswa bioteknoloji.
Deskripsyon Venatorbacter gen. Novanm Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. konpoze de venators soti nan L. n. venator,'hunter' ak Gr. n. bacter,'yon rod'. Venatorbacter,'yon hunting Rod'). Selil yo se aerobic, sel-tolerans, koub tach Gram negatif, baton fè egzèsis ak PHB yo pa akimile 42 °C Ingrown Ranje pH 4-9 pa nòmal Nan kalmason marin yo, pifò asid gra yo se C16:1ω6c ak/oswa C16:1ω9 :0 3-OH ak C10:0 3-OH yo jwenn kòm asid gra idroksi yo pa grandi medya bouyon ADN G + C se 56.1% mol Manm sa a montre rezistans nan Campylobacter Ak konpòtman an predasyon nan fanmi an Enterobacteriaceae se nan fanmi an.
Deskripsyon Venatorbacter cucullus sp. Novanm Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus vle di fe).
Anplis de sa, karakteristik deskriptif genus sa a se ke lè yo grandi sou BA oswa BHI, selil yo gen 1.63 µm nan longè ak 0.37 µm nan lajè. Koloni yo sou BHI agar yo piti anpil, rive nan 2 mm an dyamèt apre 72 èdtan. Yo se bèlj, translusid, wonn, konvèks ak klere. Manm espès sa a ka itilize Escherichia coli ak Klebsiella. Campylobacter ak plizyè lòt bakteri Gram-negatif sèvi kòm bèt.
Souch tipik ASxL5T la izole nan lèt vyann bèf nan Nottinghamshire, UK, epi li depoze nan Koleksyon Nasyonal Kalite Kilti (UK): nimewo admisyon NCTC 14397 ak nimewo aksesyon Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) NCCB 100775. Sekans genòm konplè ASxL5T. te depoze nan Genbank dapre adisyon a nan CP046056.
Bakteri ASxL5T yo te izole nan lèt vyann bèf lè l sèvi avèk teknoloji izolasyon faj 9,49. Sispansyon an te dilye 1:9 (w/v) nan tanpon SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ak 0.01% jelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Lè sa a, enkube nan 4°C pou 24 èdtan, wotasyon tou dousman pou elimine predatè yo nan tanpon an. Sispansyon an te santrifuje nan 3000g pou 3 minit. Sipènatant la te kolekte epi santrifuje nan 13,000 g pou yon dezyèm fwa pou 5 minit. Lè sa a, supernatant la te pase nan yon filtè manbràn 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Almay) ak yon filtè manbràn 0.2 µm (Minisart) pou retire nenpòt ki rete selil bakteri. ASxL5T ka pase filtè sa yo. Yo te prepare yon gazon agar mou Campylobacter enterosus S12 (nimewo aksesyon NCBI CP040464) ki soti nan menm sispansyon an ak teknik estanda. Yo te distribye sispansyon an filtre sou chak nan plak selil lame sa yo nan 10 µl ti gout nan triple epi yo te pèmèt yo sèk. Plak la te enkube nan yon tank mikwo-aerofil nan 37 ° C pou 48 èdtan nan kondisyon mikwo-aerobik (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ak 80% N2). Plak vizib yo te jwenn yo te ekstrè nan tanpon SM epi yo te transfere nan gazon fre C. hyointestinalis S12 pou plis pwopaje òganis lysed yo. Yon fwa yo detèmine ke bakteri yo se kòz la nan plak litik la epi yo pa faj la, eseye grandi òganis lan poukont lame a ak plis karakterize li. Kilti aerobic la te fèt nan 37 °C ak 5% v / v defibrine chwal san (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, sipleman). Dapre direktiv Komite Estanda Klinik Nasyonal la, yo itilize metòd difizyon disk la pou tès sansiblite anti-bakteri. Agar BHI te kiltive nan 37 °C lè l sèvi avèk yon disk ki gen antibyotik sa yo (Oxoid) pou kilti aerobic: amoxicillin ak asid clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic asid 30 µg; Imipenem 10 µg; azitromisin 15 µg; Kloranfenikòl 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; anpisilin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Tolerans sèl la te etabli pa enkubasyon aerobic sou plak agar BHI nan 37 °C. Lòt NaCl te ajoute nan plak agar BHI yo pou bay yon seri konsantrasyon ki rive jiska 10% w/v. Ranje pH la detèmine pa kilti aerobic sou plak BHI agar nan 37 ° C, kote yo te ajiste ranje pH la ant 4 ak 9 ak HCl esteril oswa NaOH esteril, epi valè pH sib la verifye anvan vide plak la. Pou analiz selilè asid gra, ASxL5T te kiltive sou BHI agar pou 3 jou ak aerobic nan 37 °C. Dapre pwotokòl estanda MIDI (Sherlock Microbial Identification System, vèsyon 6.10) nan FERA Science Ltd, (York, UK), asid gra selil yo te ekstrè, prepare ak analize.
Pou TEM, ASxL5T te kiltive aerobic pa gaye inifòm sou BA nan 37 ° C pou 24 èdtan, ak Lè sa a, rekòlte nan 1 ml nan 3% (v / v) glutaraldehyde nan 0.1 M tanpon kakodilat nan tanperati chanm Ranje pou 1 èdtan, Lè sa a, santrifuje. nan 10,000 g pou 3 minit. Lè sa a, dousman resuspend granules a nan 600 μl 0.1 M tanpon kakodilat. Transfere sispansyon ASxL5T fiks la nan fim Formvar/kabòn sou yon griy kwiv 200 may. Bakteri yo te tache ak 0.5% (w/v) acetate uranyl pou 1 minit epi yo te egzamine pa TEM lè l sèvi avèk yon mikwoskòp TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Kòm mansyone pi wo a, konbine menm kantite bèt ak predatè nan bouyon NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) epi enkube pou 48 èdtan nan kondisyon mikwo-aerobik nan Campylobacter oswa Campylobacter nan 37 ° C, Entèraksyon an nan predatè ak bèt. te egzamine tou pa TEM. Kondisyon aerobic pou Escherichia coli. Endepandamman egzamine bèt ak predatè bakteri pou detèmine nenpòt chanjman nan mòfoloji selil akòz predasyon. Metòd nwa Soudan te itilize pou mikwoskòp optik akimilasyon PHB.
Fè kilti ASxL5T pou nwit lan lè w pase kwasans sou plak BHI oswa BA ak yon prelèvman esteril. Kolekte selil ASxL5T epi sispann yo nan MRD (CM0733, Oxoid), epi mete yo nan 4 ° C pou 7 jou pou mouri grangou selil yo. Referans NCTC oswa kilti bakteri stock laboratwa a te inokule nan bouyon BHI oswa bouyon nitritif No 2 (CM007, Oxoid), enkube lannwit lan, santrifuje nan 13,000g ak resuspended nan MRD jiskaske OD600 te 0.4. Kilti: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxyctoca, Lebsiella oxyctoca, Lebsiella oxyctoca Listeria Espesyal bakteri NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus soumaren anmbègè NCTC 1621T, Salmonella bakteri entesten Mondeville NCTC 5786TC, Stalocophy aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Lame Campylobacter la te enkube mikwo-aerobik sou plak BA nan 37 ° C epi yo te sispann nan bouyon NZCYM. Lame Campylobacter yo teste yo se: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C.11458, C. PT14, C... Kolekte selil yo nan MRD, santrifije nan 13,000g epi resispann nan MRD jiskaske OD600 se 0.4. Ajoute yon aliquot 0.5 ml sispansyon nan 5 ml fonn NZCYM tèt agar (0.6% agar) epi vide l sou yon plak anba NZCYM 1.2%. Apre geri ak siye, yo te distribye ASxL5T ki dilye an seri kòm ti gout 20 µl sou chak tablo gazon an twa fwa. Tanperati kilti a ak atmosfè depann sou kondisyon bakteri tès yo.
Sèvi ak GenElute™ Bakteri Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) pou prepare ADN ki soti nan izole bakteri. Metòd estanda yo te itilize pou anplifikasyon PCR nan jèn 16S rRNA ak detèminasyon sekans pwodwi lè l sèvi avèk chimi revokasyon lank (Eurofins Value Read Service, Almay). Sèvi ak pwogram BLAST-N pou konpare sekans sa yo ak lòt sekans jèn 16S rRNA pou idantifye ak kolekte espès ki gen rapò sere. Sa yo aliyen lè l sèvi avèk ClustalW nan pwogram MEGA X la. Pyebwa filojenetik la te rekonstwi lè l sèvi avèk MEGA X lè l sèvi avèk metòd maksimòm chans ki baze sou modèl Tamura-Nei, ak 1000 kopi gide54. Sèvi ak PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) pou ekstrè ADN pou sekans tout genòm. Sekans genòm ASxL5T te detèmine lè l sèvi avèk konbinezon Illumina MiSeq, ki gen ladann 250 bp lekti doub-ended ki konpoze de yon bibliyotèk ki prepare avèk twous etikèt Nextera ak 2 a 20 kb lekti long soti nan platfòm PacBio la. Genomics DNA Sequencing Research Facility nan Inivèsite Sembia. Genomic a te rasanble lè l sèvi avèk CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Kilti ASxL5T yo depoze nan National Type Culture Collection (UK) ak Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). Genòm òganis ki gen rapò yo itilize pou konparezon yo se: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nimewo aksesyon HF680312, konplè); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nimewo aksesyon BMYY01000001, enkonplè); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nimewo aksesyon NZ_AUGV00000000, enkonplè); Marinamonas kominote DSM 5604T (te ajoute ASM436330v1, enkonplè), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (te ajoute MTSD02000001, enkonplè) ak Thalassolituus sp. C2-1 (ajoute NZ_VNIL01000001, enkonplè). Sèvi ak JGI Genome Portal36 nan https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= pou detèmine nòt aliyman (AF) ak mwayèn idantite asid nikleyik (ANI). An pè. Metòd Rodriguez-R & Konstantinidis55 te itilize pou detèmine idantite asid amine (AAI). Sèvi ak GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 pou jenere yon pye bwa filogenetik ki gen anpil chans. Genòm nan opinyon ki reprezante genòm referans ki disponib la chwazi nan jener referans yo idantifye kòm yo te gen rapò ak ASxL5T nan filojeni 16S rRNA. Anote pye bwa a lè l sèvi avèk zouti entèaktif pye bwa lavi sou entènèt la (https://itol.embl.de/). Anotasyon fonksyonèl ak analiz jenom ASxL5T la fèt lè l sèvi avèk zouti sou entènèt BlastKOALA KEGG lè l sèvi avèk distribisyon anrichisman modil KEGG (Kyoto Ancyclopedia of Genes and Genomes). Distribisyon kategori COG (gwoup orthologous) detèmine lè l sèvi avèk zouti sou entènèt eggNOG-mapper la.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ak Muñoz-Dorado, J. Predasyon bakteri: 75 ane epi li kontinye! . anviwònman. mikwo-òganis. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. elatriye Divèsite ak potansyèl anti-bakteri nan bakteri predatè sou litoral Perouvyen an. Mas dwòg. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Atravè jèn yo, ou pral konprann yo: karakteristik jenomik bakteri predatè yo. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE vi predatè nan bakteriofaj Bdellovibrio la. enstale. Pastè mikwòb. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibyotik soti nan bakteri predatè. Beilstein J. Istochimi 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ak òganis menm jan an se prediktè divèsite mikrobyom nan diferan popilasyon lame. mikwo-òganis. Ekoloji. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ak Ballesté-Delpierre, C. Dekouvri sitiyasyon aktyèl nouvo ajan anti-bakteri. klinik. mikwo-òganis. Enfekte. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Doub predasyon phage ak phage ka elimine bèt E. coli san yon sèl predasyon. J. Bakteri. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Konte ak divèsite Campylobacter ak bakteriofaj izole pandan sik manje poul òganik ak gratis. Anviwònman aplikasyon an. mikwo-òganis. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA elatriye. Mete ajou taksonomi jenomik ak epidemyoloji kochon Campylobacter. syans. Reprezantan 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Flux travay fasil pou itilize pou sistèm jenomik. Bioinformatics 35, 4162-4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Yon metòd aliyman sekans miltip ki diminye tan ak konpleksite espas. BMC enfòmasyon byolojik. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Yon zouti pou aliyman otomatik ak taye nan analiz filogenetik gwo echèl. Bioinformatics 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC jèn ak tradiksyon sekans metagenomic kòmanse prediksyon sit. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Kit zouti klasifikasyon NCBI kwa-platfòm ak efikas. Bio Rxiv. (Aksè sou 1ye jen 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-apwoksimatif pyebwa maksimòm chans ak gwo aliyman. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralèl. (Aksè sou 1ye jen 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Ansiklopedi Kyoto nan jèn ak jenom. Rechèch asid nikleik. 28, 27-30 (2000).
Repiblik Tchekoslovaki, L. elatriye Wòl extremolytes ectoine ak hydroxyectoine kòm pwoteksyon estrès ak eleman nitritif: jenetik, sistèm jenomik, byochimik, ak analiz estriktirèl. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Ekspresyon pwoteyin diferansyèl pandan kwasans lan nan obligasyon marin idrokarbone-degradasyon bakteri Thalassolituus oleivorans MIL-1 pandan kwasans alkanes mwayen ak long chèn. devan. mikwo-òganis. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., ak Jurkevitch, E. Yon nouvo metòd genomik konparatif pou defini endikatè fenotip espesifik revele eritaj espesifik nan mak bakteri predatè. Bibliyotèk Syans Piblik Youn. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, elatriye Thalassolituus oleivorans jèn. Novanm, sp. nov., yon nouvo kalite bakteri maren ki espesyalize nan itilizasyon idrokarbur. entènasyonalite. J. Sistèm. evolisyon. mikwo-òganis. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Novanm, sp. Nan mwa Novanm, li separe ak dlo lanmè a ki ap sikile nan Sid Pasifik la. entènasyonalite. J. Sistèm. evolisyon. mikwo-òganis. 66, 5010–5015 (2016).