Egy új típusú Gram-negatív, aerob, sótűrő, aktív, rúd alakú és ragadozó baktériumot, az ASxL5T-t izolálták az angliai Nottinghamshire-ben egy tehéntrágya tavából, és Campylobactert használtak zsákmányul. Ezt követően más Campylobacter fajokat és az Enterobacteriaceae család tagjait fedezték fel zsákmányként. Gazdasejtek nélküli szubkultúra után gyenge aszeptikus növekedést értünk el Brain Heart Infusion Agar-on. Az optimális növekedési viszonyok 37 °C és pH 7. A transzmissziós elektronmikroszkópos vizsgálat néhány igen szokatlan morfológiai jellemzőt tárt fel a zsákmány elérhetőségével kapcsolatban. A 16S rRNS génszekvenciát használó filogenetikai analízis azt mutatta, hogy az izolátum rokonságban áll a Marine Spirulina család egyik tagjával, de nem sorolható egyértelműen egyetlen ismert nemzetséghez sem. Az ASxL5T teljes genom szekvenálása megerősítette a kapcsolatot a tengeri spirocheták tagjaival. Az adatbázisban végzett keresés feltárta, hogy több ASxL5T 16S rRNS génszekvenciát oszt meg számos tenyésztetlen baktériummal az óceánból, a föld felszínéről és a talajvízből. Azt javasoljuk, hogy az ASxL5T törzs egy új fajt képvisel egy új nemzetségben. Javasoljuk a Venatorbacter cucullus gen. november, sp. Novemberben az ASxL5T-t használták típustörzsként.
A ragadozó baktériumok olyan baktériumok, amelyek képesek levadászni és elpusztítani más élő baktériumokat, hogy bioszintetikus anyagokat és energiát nyerjenek. Ez különbözik az elhalt mikroorganizmusokból származó tápanyagok általános visszanyerésétől, és különbözik a parazita kölcsönhatásoktól is, amelyek során a baktériumok szoros kapcsolatot alakítanak ki gazdájukkal anélkül, hogy elpusztítanák őket. A ragadozó baktériumok különböző életciklusokat alakítottak ki, hogy kihasználják a bőséges táplálékforrást azokban a fülkékben, ahol megtalálhatók (például a tengeri élőhelyeken). Taxonómiailag változatos csoportot alkotnak, amelyeket csak egyedi sterilizációs életciklusuk köt össze1. Példákat ragadozó baktériumokra számos különböző törzsben találtak, többek között: Proteobacteria, Bacteroides és Chlorella.3. A leginkább tanulmányozott ragadozó baktériumok azonban a Bdellovibrio és a Bdellovibrio-and-like szervezetek (BALOs4). A ragadozó baktériumok ígéretes forrásai az új biológiailag aktív vegyületeknek és antibakteriális szereknek5.
Úgy gondolják, hogy a ragadozó baktériumok fokozzák a mikrobiális sokféleséget, és pozitív hatással vannak az ökoszisztéma egészségére, termelékenységére és stabilitására6. E pozitív tulajdonságok ellenére kevés tanulmány készült új ragadozó baktériumokról a baktériumok tenyésztésének nehézségei és a sejtkölcsönhatások gondos megfigyelésének szükségessége miatt, hogy megértsük összetett életciklusukat. Ezt az információt nem könnyű számítógépes elemzésből megszerezni.
A növekvő antimikrobiális rezisztencia korszakában új stratégiákat tanulmányoznak a bakteriális kórokozók megcélzására, például bakteriofágok és ragadozó baktériumok használatát7,8. Az ASxL5T baktériumokat 2019-ben fág-izolációs technológiával izolálták a Nottinghami Egyetem Tejipari Központjából, Nottinghamshire-ben gyűjtött tehéntrágyából. A vizsgálat célja olyan szervezetek izolálása, amelyek potenciálisan biológiai védekezésre alkalmasak. A Campylobacter hyointestinalis zoonózisos kórokozó, amely egyre inkább összefüggésbe hozható az emberi bélbetegségekkel10. A szérumban mindenütt jelen van, és célgazdaként használják.
Az ASxL5T baktériumot marhahús zseléből izolálták, mert megfigyelték, hogy a C. hyointestinalis gyepén kialakult plakkok hasonlóak a bakteriofágok által termelt plakkokokhoz. Ez egy váratlan eredmény, mivel a fág izolálási folyamat része egy 0,2 µm-es szűrőn való átszűrés, amely a baktériumsejtek eltávolítására szolgál. A plakkból kinyert anyag mikroszkópos vizsgálata során kiderült, hogy a kis Gram-negatív ívelt rúd alakú baktériumok nem halmoztak fel polihidroxibutirátot (PHB). A prédasejtektől független aszeptikus tenyésztés gazdag szilárd táptalajon (például agyszív infúziós agar (BHI) és véragar (BA)) valósul meg, növekedése gyenge. Erős oltóanyag-javítással végzett szubkultúra után nyerik. Egyformán jól növekszik mikroaerob (7% v/v oxigén) és légköri oxigén körülmények között, de nem anaerob atmoszférában. 72 óra elteltével a telep átmérője nagyon kicsi volt, elérte a 2 mm-t, és bézs, áttetsző, kerek, domború és fényes. A standard biokémiai tesztelést hátráltatja, mert az ASxL5T nem tenyészthető megbízhatóan folyékony tápközegben, ami arra utal, hogy a biofilm képződés összetett életciklusára támaszkodhat. A lemezszuszpenzió azonban azt mutatta, hogy az ASxL5T aerob, pozitív oxidázra és katalázra, és 5% NaCl-t is tolerál. Az ASxL5T 10 µg sztreptomicinnel szemben rezisztens, de érzékeny az összes többi vizsgált antibiotikumra. Az ASxL5T baktériumsejteket TEM-mel vizsgáltuk (1. ábra). Ha a BA-n prédasejtek nélkül termesztik, az ASxL5T sejtek kicsi Campylobacterek, átlagos hossza 1,63 μm (± 0,4), szélessége 0,37 μm (± 0,08), és egyetlen hosszú (legfeljebb 5 μm) pólusú. Szexuális flagella. Úgy tűnik, hogy a cellák körülbelül 1,6%-a 0,2 μm-nél kisebb szélességű, ami lehetővé teszi a szűrőeszközön való áthaladást. Néhány sejt tetején szokatlan szerkezeti kiterjedést figyeltek meg, amely hasonló a burkolathoz (latin cucullus) (lásd az 1D, E, G nyilakat). Úgy tűnik, hogy ez a felesleges külső membránból áll, ami a periplazmatikus burok méretének gyors csökkenésének köszönhető, miközben a külső membrán sértetlen marad, "laza" megjelenést mutatva. Az ASxL5T tápanyagok hiányában (PBS-ben) hosszú ideig 4 °C-on történő tenyésztése azt eredményezte, hogy a legtöbb (de nem mindegyik) sejt coccalis morfológiát mutatott (1C. ábra). Amikor az ASxL5T Campylobacter jejuni-val 48 órán keresztül növekszik, az átlagos sejtméret lényegesen hosszabb és keskenyebb, mint a gazda nélkül növesztett sejtek (1. táblázat és 1E. ábra). Ezzel szemben, ha az ASxL5T E. coli-val 48 órán keresztül növekszik, akkor az átlagos sejtméret hosszabb és szélesebb, mint amikor zsákmány nélkül nő (1. táblázat), és a sejthossz változó, általában fonalas (1F. ábra). Ha Campylobacter jejunival vagy E. coli-val inkubáltuk zsákmányként 48 órán keresztül, az ASxL5T sejtek egyáltalán nem mutattak flagellákat. Az 1. táblázat összefoglalja a sejtméret változásainak megfigyeléseit az ASxL5T jelenléte, hiánya és zsákmánytípusa alapján.
Az ASx5LT TEM kijelzője: (A) Az ASx5LT hosszú korbácsot mutat; (B) tipikus ASx5LT akkumulátor; (C) cocci ASx5LT sejtek hosszú, tápanyag nélküli inkubáció után; (D) az ASx5LT sejtek egy csoportja rendellenességet mutat (E) A Campylobacter prey-vel inkubált ASx5LT sejtcsoport megnövekedett sejthosszúságot mutatott a zsákmánynövekedés nélküli sejtekhez képest (D) szintén apikális szerkezetet mutatott; (F) nagy fonalas flagella, ASx5LT sejtek, E. coli prédával való inkubálás után; (G) Egyetlen ASx5LT sejt E. coli-val való inkubáció után, amely szokatlan felső szerkezetet mutat. A sáv 1 μm-t jelent.
A 16S rRNS génszekvenciájának meghatározása (hozzáférési szám: MT636545.1) lehetővé teszi az adatbázis-keresések során a Gammaproteobacteria osztályhoz hasonló szekvenciák megállapítását, amelyek a legközelebb állnak a tengeri spirillum családba tartozó tengeri baktériumokhoz (2. ábra), és a Thalassolituus nemzetség tagjai. A Marine Bacillus legközelebbi rokona. A 16S rRNS génszekvenciája egyértelműen eltér a Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) családba tartozó ragadozó baktériumoktól. A B. bacteriovorus HD100T (típustörzs, DSM 50701) és a B. bacteriovorus DM11A páronkénti összehasonlítása 48,4% és 47,7%, a B. exovorus JSS esetében pedig 46,7%. Az ASxL5T baktériumok 3 kópiával rendelkeznek a 16S rRNS génből, amelyek közül kettő azonos egymással, a harmadik pedig 3 bázisra van egymástól. Két másik ragadozó baktérium-izolátum (ASx5S és ASx5O; a 16S rRNS gén hozzáférési száma MT636546.1 és MT636547.1), amelyek azonos morfológiai és fenotípusos jellemzőkkel rendelkeznek ugyanarról a helyről, nem ugyanazok, de különböznek az ASxL5T-től és a kulturálatlan Bact-tól. Az adatbázisszekvenciák más nemzetségekkel csoportosítva vannak Oceanospirillaceae (2. ábra). Az ASxL5T teljes genomszekvenciáját meghatározták és elmentették az NCBI adatbázisba, a hozzáférési szám pedig CP046056. Az ASxL5T genomja egy 2 831 152 bp körkörös kromoszómából áll, 56,1%-os G + C aránnyal. A genomszekvencia 2653 CDS-t tartalmaz (összesen), amelyből 2567 fehérjét kódol, ebből 1596 feltételezhető funkcióként (60,2%). A genom 67 RNS-kódoló gént tartalmaz, köztük 9 rRNS-t (3-3 az 5S, 16S és 23S esetében) és 57 tRNS-t. Az ASxL5T genomikai jellemzőit összehasonlítottuk a 16S rRNS génszekvenciából azonosított legközelebbi relatív típusú törzsek elérhető genomjával (2. táblázat). Az aminosav-identitás (AAI) segítségével hasonlítsa össze az összes rendelkezésre álló Thalassolituus genomot az ASxL5T-vel. Az AAI által meghatározott legközelebbi elérhető (nem teljes) genomszekvencia a Thalassolituus sp. C2-1 (adja hozzá: NZ_VNIL01000001). Ezt a törzset a Mariana-árok mélytengeri üledékeiből izolálták, de jelenleg nincs fenotípusos információ erről a törzsről az összehasonlításhoz. Az ASxL5T 2,82 Mb-jéhez képest az organizmus genomja nagyobb, 4,36 Mb. A tengeri spirocheták átlagos genommérete körülbelül 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 teljes referenciagenom, a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly webhelyről vizsgálva), tehát az ASxL5T genomja összhangban van a sorrend A többi taghoz képest elég kicsi. Használja a GToTree 1.5.54-et egy genom alapú becsült maximális valószínűségű filogenetikai fa létrehozásához (3A ábra), 172, a Gammaproteobacteria 11, 12, 13, 14, 15, 16 specifikus egymásolatú gén egymáshoz illesztett és kapcsolt aminosavszekvenciáját használva. 17 ,18. Az elemzés kimutatta, hogy szoros rokonságban áll a Thalassolituus, a Bacterial Plane és a Marine Bacterium baktériumokkal. Ezek az adatok azonban azt mutatják, hogy az ASxL5T eltér a tengeri spirulinában élő rokonaitól, és genomszekvenciájára vonatkozó adatok állnak rendelkezésre.
A 16S rRNS génszekvenciát használó filogenetikai fa kiemeli az ASxL5T, ASxO5 és ASxS5 törzsek helyzetét (a belekkel együtt) a tengeri Spirulinaceae nem tenyésztett és tengeri baktériumtörzseihez képest. A Genbank csatlakozási szám a törzs nevét követi zárójelben. Használja a ClustalW-t a szekvenciák egymáshoz igazításához, a maximum likelihood módszert és a Tamura-Nei modellt pedig a filogenetikai kapcsolatok kikövetkeztetéséhez, és hajtson végre 1000 irányított replikációt a MEGA X programban. Az ágon lévő szám azt jelzi, hogy az irányított másolás értéke nagyobb, mint 50%. Escherichia coli U/541T-t használtunk külső csoportként.
(A) A genomon alapuló filogenetikai fa, amely a tengeri Spirospiraceae baktérium ASxL5T és közeli rokonai, az E. coli U 5/41T közötti kapcsolatot mutatja ki külső csoportként. (B) A T. oleivorans MIL-1T-hez képest a gének funkcionális kategória eloszlását az ASx5LT fehérje ortológ csoport (COG) klasztere alapján jósoljuk meg. A bal oldali ábra mutatja a gének számát az egyes funkcionális COG kategóriákban az egyes genomokban. A jobb oldali grafikon az egyes funkcionális COG-csoportokban található genomok százalékos arányát mutatja. (C) A T. oleiverans MIL-1T-vel összehasonlítva az ASxL5T teljes KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) moduláris útvonalának elemzése.
A KEGG adatbázis segítségével az ASxL5T genomban jelenlévő összetevő gének vizsgálatára feltártuk az aerob gamma Proteus tipikus metabolikus útvonalát. Az ASxL5T összesen 75 bakteriális motorfehérjékhez rendelt gént tartalmaz, beleértve a kemotaxisban, a flagella-összeállításban és a IV-es típusú fimbria rendszerben részt vevő géneket. Az utolsó kategóriában 10 génből 9 felelős számos más organizmus rángatózó mozgásáért. Az ASxL5T genomja egy teljes tetrahidropirimidin bioszintetikus útvonalat tartalmaz, amely részt vesz az ozmotikus stresszre adott védőválaszban20, amint az a halofilek esetében várható. A genom számos teljes útvonalat tartalmaz a kofaktorok és vitaminok számára, beleértve a riboflavin szintézis útvonalait. Bár az alkán-1-monooxigenáz (alkB2) gén jelen van az ASxL5T-ben, a szénhidrogén hasznosítási út nem teljes. Az ASxL5T genomszekvenciájában nyilvánvalóan hiányoznak a T. oleiverans MIL-1T21-ben a szénhidrogének lebontásáért főként felelős gének homológjai, mint például a TOL_2658 (alkB) és a TOL_2772 (alkohol-dehidrogenáz). A 3B. ábra a géneloszlás összehasonlítását mutatja a COG kategóriában az ASxL5T és az olívaolaj MIL-1T között. Összességében a kisebb ASxL5T genom arányosan kevesebb gént tartalmaz az egyes COG kategóriákból, mint a nagyobb rokon genom. Ha az egyes funkcionális kategóriákban lévő gének számát a genom százalékában fejezzük ki, különbségek figyelhetők meg a transzlációs, riboszómális szerkezet és biogenezis kategóriákban, valamint az energiatermelési és konverziós függvénykategóriákban, amelyek a nagyobb ASxL5T-t alkotják. genom A százalékos arányt a T. oleiverans MIL-1T genomjában lévő azonos csoporttal hasonlítjuk össze. Ezzel szemben az ASxL5T genommal összehasonlítva a T. oleivorans MIL-1T-ben a replikációs, rekombinációs és javítási, valamint transzkripciós kategóriákban magasabb a gének százalékos aránya. Érdekes módon a két genom funkcionális kategóriáinak tartalmában a legnagyobb különbség az ASxL5T-ben jelenlévő ismeretlen gének száma (3B. ábra). Elvégeztük a KEGG modulok dúsítási analízisét, ahol minden KEGG modul manuálisan definiált funkcionális egységek halmazát képviseli a genomszekvencia adatok annotálásához és biológiai értelmezéséhez. A géneloszlás összehasonlítása az ASxL5T és az olíva MIL-1T teljes KOG-modul útvonalában a 3C. ábrán látható. Ez az elemzés azt mutatja, hogy bár az ASxL5T teljes kén- és nitrogénanyagcsere-útvonallal rendelkezik, a T. oleiverans MIL-1T nem. Ezzel szemben a T. oleiverans MIL-1T teljes cisztein- és metionin-anyagcsereúttal rendelkezik, de az ASxL5T-ben nem teljes. Ezért az ASxL5T-nek van egy jellegzetes modulja a szulfát-asszimilációhoz (a definíció szerint fenotípusos markerekként használható gének, például metabolikus kapacitás vagy patogenitás; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T oleiverans MIL-1T. Az ASxL5T géntartalmának összehasonlítása a ragadozó életmódra utaló gének listájával nem meggyőző. Bár a waaL gén, amely az O-antigén poliszacharid magjához kapcsolódó ligázt kódolja, jelen van az ASxL5T genomban (de sok Gram-negatív baktériumban gyakori), a triptofán-2,3-dioxigenáz (TDO) gének tartalmazhatják a 60 aminosavat. ragadozó baktériumokban általában megtalálható savas régiók, amelyek nincsenek jelen. Az ASxL5T genomban nincs más ragadozóra jellemző gén, beleértve azokat is, amelyek a mevalonát útvonalon az izoprenoid bioszintézisben részt vevő enzimeket kódolnak. Megjegyzendő, hogy a vizsgált ragadozócsoportban nincs transzkripciót szabályozó gntR gén, de az ASxL5T-ben három gntR-szerű gén azonosítható.
Az ASxL5T fenotípusos jellemzőit a 3. táblázat foglalja össze, és összehasonlítja az irodalomban közölt rokon 23., 24., 25., 26. és 27. nemzetségek fenotípusos jellemzőivel. A T. marinus, a T. olevorans, a B. sanyensis és az Oceanobacter kriegii izolátumai aktív, sótűrő, oxidáz-pozitív pálca alakú testek, de az ASxL5T-vel szinte semmilyen egyéb fenotípusos tulajdonságuk nincs. Az óceán átlagos pH-ja 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ami a T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis és O. kriegii. Az ASxL5T a nem tengeri fajokra jellemző nagyobb pH-tartományhoz (4-9) alkalmas. A Thalassolituus sp. fenotípusos jellemzői. C2-1. Ismeretlen. Az ASxL5T növekedési hőmérsékleti tartománya általában szélesebb, mint a tengeri törzseké (4–42 °C), bár néhány, de nem minden T. marinus izolátum hőtűrő. Az ASxL5T növekedésének képtelensége húsleves tápközegben megakadályozta a további fenotípusos jellemzést. Az API 20E segítségével tesztelje a BA lemezről lekapart anyagokat, ONPG, arginin-dihidroláz, lizin-dekarboxiláz, ornitin-dekarboxiláz, citrát-hasznosítás, ureáz, triptofán-deamináz, zselatin hidrolízis enzim, a teszteredmények mindegyike negatív volt, de nem indol és H2S előállították. A nem fermentált szénhidrátok közé tartozik: glükóz, mannóz, inozitol, szorbit, ramnóz, szacharóz, melibióz, amigdalin és arabinóz. A publikált kapcsolódó referenciatörzsekkel összehasonlítva az ASxL5T törzs celluláris zsírsavprofilja a 4. táblázatban látható. A fő sejtes zsírsavak a C16:1ω6c és/vagy C16:1ω7c, C16:0 és C18:1ω9. Léteznek C12:0 3-OH és C10:0 3-OH hidroxi-zsírsavak is. A C16:0 arány az ASxL5T-ben magasabb, mint a kapcsolódó nemzetségek jelentett értéke. Ezzel szemben a jelentett T. marinus IMCC1826TT-hez képest a C18:1ω7c és/vagy C18:1ω6c aránya az ASxL5T-ben csökken. oleivoranok MIL-1T és O. kriegii DSM 6294T, de nem mutatták ki a B. sanyensis KCTC 32220T-ben. Az ASxL5T és az ASxLS zsírsavprofiljának összehasonlítása finom különbségeket mutatott ki a két törzs között az egyes zsírsavak mennyiségében, amelyek összhangban vannak ugyanazon faj genomiális DNS-szekvenciájával. A szudáni fekete teszttel nem mutattak ki poli-3-hidroxi-butirát (PHB) részecskéket.
Az ASxL5T baktériumok ragadozó aktivitását tanulmányozták a zsákmány tartományának meghatározására. Ez a baktérium plakkokat képezhet a Campylobacter fajokon, beleértve: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 és C. upsaliensis NCTC 11541T. A Gram-negatív és Gram-pozitív baktériumok szélesebb körének teszteléséhez használja a módszer gazdakör-meghatározási szakaszában felsorolt ​​tenyészeteket. Az eredmények azt mutatják, hogy az ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 és Citrobacter freundii NCTC 9750T esetén is használható. Plakkok képződtek Klebsiella oxytoca 11466-on. Az E. coli NCTC 86-tal való TEM-kölcsönhatás a 4A-D. ábrán, a Campylobacter jejuni PT14-gyel és a Campylobacter suis S12-vel való kölcsönhatás pedig a 4E-H ábra közepén látható. Úgy tűnik, hogy a támadási mechanizmus különbözik a vizsgált zsákmánytípusok között, minden ASxL5T sejthez egy vagy több E. coli sejt kapcsolódik, és az adszorpció előtt oldalirányban helyezkednek el a kiterjesztett sejt mentén. Ezzel szemben úgy tűnik, hogy az ASxL5T egyetlen érintkezési ponton keresztül kötődik a Campylobacterhez, általában a ragadozósejt csúcsával és a Campylobacter sejt csúcsának közelében (4H. ábra).
TEM, amely az ASx5LT és a zsákmány közötti kölcsönhatást mutatja: (AD) és E. coli zsákmány; (EH) és C. jejuni zsákmányt. (A) Egy tipikus ASx5LT sejt, amely egyetlen E. coli (EC) sejthez kapcsolódik; (B) egy fonalas ASx5LT, amely egyetlen EK-cellához kapcsolódik; (C) egy fonalas ASx5LT cella, amely több EC cellához van csatlakoztatva; (D) Kisebb ASx5LT sejtek csatolása egyetlen E. coli (EC) sejthez; (E) egyetlen ASx5LT sejt, amely Campylobacter jejuni (CJ) sejthez kapcsolódik; (F) Az ASx5LT megtámadja a C. hyointestinalis (CH) sejteket; (G) két Egy ASx5LT sejt támadt meg egy CJ sejtet; (H) Az ASx5LT rögzítési pont közeli képe, a CJ cella csúcsa közelében (0,2 μm sáv). A sáv 1 μm-t jelent (A–G).
A ragadozó baktériumok azért fejlődtek ki, hogy kihasználják a bőséges zsákmányforrásokat. Nyilvánvalóan széles körben jelen vannak számos különböző környezetben. A populáció tagjainak szűk mérete miatt lehetőség van az ASxL5T baktériumok fágleválasztási módszerrel történő izolálására a zagyból. Meglepő az ASxL5T genomikai jelentősége az oceanospirillaceae tengeri baktériumok családjának tagjai számára, bár a szervezet sótűrő, és 5% sót tartalmazó táptalajon is képes növekedni. A zagy vízminőség-elemzése azt mutatta, hogy a nátrium-klorid-tartalom kevesebb, mint 0,1%. Ezért az iszap földrajzilag és kémiailag is messze van a tengeri környezettől. Három rokon, de ugyanabból a forrásból származó izolátum jelenléte azt bizonyítja, hogy ezek a ragadozók virágoznak ebben a nem tengeri környezetben. Ezenkívül a mikrobiomelemzés (az adatfájlok a https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 címről érhetők el) kimutatta, hogy ugyanaz a 16S rRNS génszekvencia található az 50 leggyakrabban előforduló működő taxonban (OTU) ) Néhány mintavételi időközönként az iszapból. A Genbank adatbázisában számos nem tenyésztett baktériumot találtak, amelyek az ASxL5T baktériumokhoz hasonló 16S rRNS génszekvenciákkal rendelkeznek. Úgy tűnik, hogy ezek a szekvenciák az ASxL5T, ASxS5 és ASxO5 szekvenciákkal együtt a Thalassolituustól és az Oceanobactertől elválasztott kládokat képviselnek (2. ábra). Háromféle tenyésztetlen baktériumot (GQ921362, GQ921357 és GQ921396) izoláltak a hasadékvízből 1,3 kilométeres mélységben a dél-afrikai aranybányában 2009-ben, a másik kettő (DQ256320 és DQ337006) pedig a talajvízből származott. 2005-ben). Az ASxL5T-vel leginkább rokon 16S rRNS génszekvencia a 16S rRNS génszekvencia része, amelyet az észak-franciaországi strandokról 2006-ban nyert homokos üledékek dúsító tenyészetéből nyertek (AM29240828 hozzáférési szám). A tenyésztetlen HQ183822.1 baktériumból származó másik, szorosan rokon 16S rRNS génszekvenciát egy kínai városi hulladéklerakóból kimosott gyűjtőtartályból nyerték ki. Nyilvánvaló, hogy az ASxL5T baktériumok nem reprezentatívak a taxonómiai adatbázisokban, de ezek a nem tenyésztett baktériumokból származó szekvenciák valószínűleg az ASxL5T-hez hasonló organizmusokat képviselnek, amelyek a világ minden táján elterjedtek, általában kihívásokkal teli környezetben. A teljes genom filogenetikai elemzéséből az ASxL5T-hez legközelebbi rokon a Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. És O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. A Thalassolituus a tengeri kötelező szénhidrogén fragmentációs baktériumok (OHCB) tagja, amely széles körben elterjedt a tengeri és szárazföldi környezetben, és általában a szénhidrogén-szennyezés után válik uralkodóvá30,31. A tengeri baktériumok nem tagjai az OHCB csoportnak, de izolálják a tengeri környezetből.
A fenotípusos adatok azt mutatják, hogy az ASxL5T egy új faj, és egy korábban fel nem ismert nemzetség tagja a tengeri spirospiraceae családban. Jelenleg nincs egyértelmű szabvány az újonnan izolált törzsek új nemzetségbe történő besorolására. Kísérleteket tettek univerzális nemzetséghatárok meghatározására, például egy konzervatív fehérje (POCP) genomjának százalékos aránya alapján javasolt, hogy a küszöbérték 50%-ban azonos legyen a referenciatörzzsel33. Mások az AAI-értékek használatát javasolják, amelyek előnyökkel járnak a POCP-vel szemben, mivel nem teljes genomokból nyerhetők34. A szerző úgy véli, hogy ha az AAI-érték kisebb, mint 74% a modell faj modelltörzséhez képest, akkor a törzs egy másik nemzetség képviselője. A tengeri spirillaceae modell nemzetsége a tengeri spirillum, a modelltörzs pedig az O. linum ATCC 11336T. Az ASxL5T és az O. linum ATCC 11336T közötti AAI érték 54,34%, az ASxL5T és a T. oleivorans MIL-1T (genus típusú törzsek) közötti AAI érték pedig 67,61%, ami azt jelzi, hogy az ASxL5T a Thalassolituustól eltérő új nemzetséget képvisel. A 16S rRNS génszekvenciát osztályozási standardként használva a javasolt nemzetséghatár 94,5%35. Az ASxL5T a Thalassolituus nemzetségbe helyezhető, amely 95,03%-os 16S rRNS-szekvencia azonosságot mutat a T. oleivorans MIL-1T-vel és 96,17%-ot. marinus IMCC1826T. Ugyanakkor a Bacteroides nemzetségbe is bekerül, amely 94,64%-ban 16S rRNS gén azonosságot mutat a B. sanyensis NV9-cel, ami azt jelzi, hogy egyetlen gén, például a 16S rRNS gén használata tetszőleges osztályozáshoz és hozzárendeléshez vezethet. Egy másik javasolt módszer az ANI és a Genome Alignment Score (AF) segítségével vizsgálja a meglévő nemzetségek minden típusú és nem típusú törzséből származó adatpontok klaszterezését. A szerző azt javasolja, hogy a nemzetséghatárt kombinálják a vizsgált taxonokra jellemző becsült nemzetség inflexiós pontjával. Ha azonban nincs elegendő teljes genomszekvencia a Thalassolituus izolátumokból, akkor ezzel a módszerrel lehetetlen meghatározni, hogy az ASxL5T a Thalassolituus nemzetséghez tartozik-e. Mivel a teljes genomszekvenciák korlátozottan állnak rendelkezésre elemzésre, a teljes genom filogenetikai fát óvatosan kell értelmezni. Másodszor, a teljes genom-összehasonlítási módszerek nem számolhatnak lényeges különbségekkel az összehasonlított genomok méretében. Megmérték a konzervált mag egymásolatú gének hasonlóságát a rokon nemzetségek között, de nem vették figyelembe azon gének nagy számát, amelyek nincsenek jelen az ASxL5T sokkal kisebb genomjában. Nyilvánvaló, hogy az ASxL5T-nek és a Thalassolituus-nak, az Oceanobacter-nek és a Bacterioplanes-csoportoknak közös őse van, de az evolúció más utat járt be, ami a genom csökkenéséhez vezet, ami a ragadozó életmódhoz való alkalmazkodást jelentheti. Ez ellentétben áll a T. oleivorans MIL-1T-vel, amely 28%-kal nagyobb, és különböző környezeti nyomások hatására fejlődött ki szénhidrogének hasznosítására23,30. Érdekes összehasonlítás végezhető az obligát intracelluláris parazitákkal és szimbiontákkal, mint például a Rickettsia, a Chlamydia és a Buchnera. Genomméretük körülbelül 1 Mb. A gazdasejt metabolitjainak hasznosításának képessége génvesztéshez vezet, így jelentős evolúciós genomiális degradáción ment keresztül. Az evolúciós változások a tengeri kémiai tápanyag-szervezetektől a ragadozó életmódig a genom méretének hasonló csökkenését eredményezhetik. A COG és KEGG elemzés rávilágít a specifikus funkciókhoz használt gének számára, valamint az ASxL5T és a T. oleivorans MIL-1T közötti genomiális útvonalak globális különbségeire, amelyek nem a mobil genetikai elemek széles körű elérhetőségéből adódnak. Az ASxL5T teljes genomjának G + C arányában a különbség 56,1%, a T. oleivorans MIL-1T-é pedig 46,6%, ami szintén azt jelzi, hogy szegregált.
Az ASxL5T genom kódoló tartalmának vizsgálata funkcionális betekintést nyújt a fenotípusos jellemzőkbe. A IV-es típusú fimbriákat (Tfp) kódoló gének jelenléte különösen érdekes, mert elősegítik a sejtmozgást, az úgynevezett szociális siklást vagy görcsöket, anélkül, hogy flagellák jelennének meg a felszínen. A jelentések szerint a Tfp-nek más funkciói is vannak, beleértve a predációt, a patogenezist, a biofilm képződést, a természetes DNS felvételt, az automatikus sejtaggregációt és a fejlődést38. Az ASxL5T genom 18 diguanilát-ciklázt kódoló gént (egy enzim, amely katalizálja a 2 guanozin-trifoszfát átalakulását guanozin-2-foszfáttá és ciklikus diGMP-vé) és 6 gént tartalmaz, amelyek a megfelelő diguanilát-cikláz-foszfát-diguanilátot kódolják. Az észteráz génje (a ciklikus di-GMP guanozin-monofoszfáttá történő lebomlását katalizálja) azért érdekes, mert a cycl-di-GMP fontos másodlagos hírvivő, amely részt vesz a biofilm fejlődésében és elválasztásában, mozgásában, sejttapadásában és virulenciájában 39, 40 a folyamatban. Azt is meg kell jegyezni, hogy a Bdellovibrio bacteriovorus esetében a ciklikus kettős GMP szabályozza a szabad élet és a ragadozó életmód közötti átmenetet41.
A ragadozó baktériumokkal kapcsolatos legtöbb kutatás a Bdellovibrio-ra, a Bdellovibrio-szerű szervezetekre és a Myxococcus-fajokra összpontosított. Ezek és a ragadozó baktériumok más ismert példái változatos csoportot alkotnak. E sokféleség ellenére azonosítottak egy sor jellegzetes fehérjecsaládot, amelyek 11 ismert ragadozó baktérium fenotípusát tükrözik3,22. Azonban csak az O antigén ligázt (waaL) kódoló géneket azonosították, ami különösen gyakori a Gram-negatív baktériumokban. Ez az elemzési forma nem segít az ASxL5T ragadozóként való kijelölésében, valószínűleg azért, mert új támadási stratégiát használ. A változatosabb ragadozó bakteriális genomok elérhetősége segít finomabb felbontású elemzések kidolgozásában, amelyek figyelembe veszik a csoporttagok közötti funkcionális és környezeti különbségeket. Az elemzésben nem szereplő ragadozó baktériumok közé tartoznak például a Cupriavidus necator42 és a Bradymonabacteria43 tagjai, mivel a kutatók különböző mikrobiális közösségek vizsgálata során több ragadozó taxon jön létre.
A TEM képpel rögzített ASxL5T baktériumok legfigyelemreméltóbb tulajdonsága az egyedülálló és rugalmas morfológiája, amely elősegítheti a zsákmánybaktériumokkal való interakciót. A megfigyelt kölcsönhatás típusa eltér más ragadozó baktériumoktól, és korábban nem fedezték fel vagy nem számoltak be róla. A javasolt ASxL5T ragadozó életciklus az 5. ábrán látható. A szakirodalomban kevés példa található hasonló csúcsi szerkezettel, mint ahogy itt közöljük, de ezek közé tartozik a Terasakiispira papahanaumokuakeensis, egy tengeri spirillum baktérium, esetenként csúcsmegnagyobbodással 44, és az Alphaproteobacteria, a Terasakiella pusilla. , amely korábban az Oceanospirillum nemzetségbe tartozott, kiállító Az úgynevezett "poláris film" 45. Cocci formák gyakran megfigyelhetők régebbi tenyészetekben, különösen a görbült formájú baktériumok esetében, mint például a Vibrio, a Campylobacter és a Helicobacter 46, 47, 48, amelyek leromlott állapotot jelenthetnek. További munkára van szükség az ASxL5T baktériumok pontos életciklusának tisztázásához. Meghatározni, hogyan fog be, hogyan zsákmányol, és hogy genomja kódol-e biológiailag aktív vegyületeket, amelyek orvosi vagy biotechnológiai célokra használhatók.
A Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator, "vadász" és Gr. n. baktérium, "bot". Venatorbacter, "vadászbot" A sejtek aerob, sótűrő, görbült Gram-foltok, a kataláz és az oxidáz aktivitás nem halmozódik fel a hőmérsékleti tartományban 4-42 °C Benőtt A 4-9 közötti pH-tartomány szokatlan. A tengeri csigák többsége nem tolerálja a savas pH-t. Az 1ω9; C12:0 3-OH és C10:0 3-OH hidroxi-zsírsavak húsleves táptalajban nem nőnek A DNS G + C tartalma 56,1 mol% E nemzetség tagjai rezisztenciát mutatnak a Campylobacterek és az Enterobacteriaceae család tagjainak filogenetikai helyzete.
A Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus azt jelenti, hogy festés).
Ezenkívül ennek a nemzetségnek az a jellemzője, hogy BA-n vagy BHI-n termesztve a sejtek 1,63 µm hosszúak és 0,37 µm szélesek. A BHI agar telepei nagyon kicsik, átmérőjük 72 óra elteltével eléri a 2 mm-t. Bézs színűek, áttetszőek, kerekek, domborúak és fényesek. E faj tagjai használhatják az Escherichia colit és a Klebsiellát. A Campylobacter és számos más Gram-negatív baktérium zsákmányul szolgál.
A tipikus ASxL5T törzset marhatejből izolálták Nottinghamshire-ben (Egyesült Királyság), és letétbe helyezték a National Type Culture Collection-ben (UK): letéti szám: NCTC 14397 és a Holland Baktériumkultúra Gyűjtemény (NCCB) letéti száma: NCCB 100775. Az ASxL5T teljes genomszekvenciája letétbe helyezték a Genbankban a CP046056 kiegészítés szerint.
Az ASxL5T baktériumokat marhatejből fágizolációs technológiával izoláltuk9,49. A szuszpenziót SM pufferrel (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4,7H2O és 0,01% zselatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK) 1:9 arányban (w/v) hígítottuk, majd inkubáltuk. 4 °C-on 24 órán át, lassan forogva, hogy eluálják a ragadozókat a pufferbe. A szuszpenziót 3000 g-vel centrifugáltuk 3 percig. A felülúszót összegyűjtöttük, és 13 000 g-vel centrifugáltuk másodszor 5 percig. A felülúszót ezután egy 0,45 µm-es membránszűrőn (Minisart; Sartorius, Gottingen, Németország) és egy 0,2 µm-es membránszűrőn (Minisart) engedjük át, hogy eltávolítsuk a megmaradt baktériumsejteket. Az ASxL5T át tudja engedni ezeket a szűrőket. A Campylobacter enterosus S12 (NCBI letéti szám CP040464) lágy agar gyepét ugyanabból a hígtrágyából készítettük elő standard technikákkal. A szűrt szuszpenziót mindegyik gazdasejt-lemezen elosztottuk 10 µl-es cseppekben háromszor, és hagytuk megszáradni. A lemezt mikroaerofil tartályban 37 °C-on 48 órán át mikroaerob körülmények között (5% O2, 5% H2, 10% CO2 és 80% N2) inkubáltuk. A kapott látható plakkot SM pufferbe extraháltuk, és átvittük a C. hyointestinalis S12 friss gyepére, hogy tovább szaporítsuk a lizált organizmusokat. Miután megállapították, hogy a baktériumok okozzák a lítikus plakkot, nem pedig a fág, próbálja meg a szervezetet a gazdaszervezettől függetlenül tenyészteni, és tovább jellemezze azt. Az aerob tenyésztést 37 °C-on 5% v/v defibrinált lóvérrel végeztük (TCS Biosciences Lt, Buckingham, Egyesült Királyság, kiegészítés). A Nemzeti Klinikai Szabványügyi Bizottság irányelvei szerint a korongdiffúziós módszert alkalmazzák az antibakteriális érzékenység vizsgálatára. A BHI agart 37 °C-on tenyésztettük, az aerob tenyésztéshez a következő antibiotikumokat (Oxoid) tartalmazó korongot használva: amoxicillin és klavulánsav 30 µg; cefotaxim 30 ug; sztreptomicin 10 ug; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidixinsav 30 µg; imipenem 10 µg; Azitromicin 15 µg; kloramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; tetraciklin 30 ug; nitrofurantoin 300 µg; aztreonam 30 µg; ampicillin 10 µg; Cefpodoxim 10 µg; Trimetoprim-Szulfametoxazol 25 µg. A sótoleranciát BHI agarlemezeken 37 °C-on végzett aerob inkubálással állapítottuk meg. További NaCl-ot adtunk a BHI-agarlemezekhez, hogy a koncentrációtartomány elérje a 10 tömeg/térfogat%-ot. A pH-tartományt aerob tenyésztéssel határozzuk meg BHI agarlemezeken 37 °C-on, ahol a pH-tartományt steril HCl-lel vagy steril NaOH-val 4 és 9 közé állítottuk, és a cél pH-értéket a lemez kiöntése előtt ellenőrizzük. A sejtes zsírsav-analízishez az ASxL5T-t BHI agaron tenyésztettük 3 napig, és aerob módon 37 °C-on. A FERA Science Ltd (York, Egyesült Királyság) MIDI (Sherlock Microbial Identification System, 6.10-es verzió) szabványos protokollja szerint a sejtzsírsavakat extraháltuk, elkészítettük és elemeztük.
A TEM esetében az ASxL5T-t aerob módon tenyésztjük úgy, hogy egyenletesen eloszlatjuk BA-n 37 °C-on 24 órán át, majd 1 ml 3%-os (v/v) glutáraldehidbe gyűjtöttük 0,1 M kakodilát pufferben szobahőmérsékleten Fix 1 órán át, majd centrifugáltuk. 10 000 g-nál 3 percig. Ezután óvatosan szuszpendálja újra a pelletet 600 μl 0,1 M kakodilát pufferben. Vigye át a rögzített ASxL5T szuszpenziót a Formvar/karbon fóliára egy 200 mesh méretű rézrácson. A baktériumokat 0,5 tömeg/térfogat%-os uranil-acetáttal festettük 1 percig, és TEM-rel vizsgáltuk TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroszkóp segítségével. Ahogy fentebb említettük, keverjen össze ugyanannyi zsákmányt és ragadozót NZCYM húslevesben (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough), és inkubálja 48 órán át Campylobacter vagy Campylobacter mikroaerob körülmények között 37 °C-on. A ragadozó és a zsákmány kölcsönhatása a TEM is megvizsgálta. Aerob körülmények az Escherichia coli számára. Függetlenül vizsgálja meg a zsákmányt és a ragadozó baktériumokat, hogy meghatározza a sejtmorfológiában a ragadozás miatt bekövetkező változásokat. A PHB akkumulációjának optikai mikroszkópiájára a szudánfekete módszert alkalmazták.
Növelje az ASxL5T tenyészeteket egy éjszakán át úgy, hogy steril tamponnal bekeni a BHI vagy BA lemezeket. Gyűjtse össze az ASxL5T sejteket és szuszpendálja őket MRD-ben (CM0733, Oxoid), majd helyezze őket 4 °C-ra 7 napra, hogy a sejtek éhezzenek. Az NCTC referencia vagy laboratóriumi törzstenyészetet BHI táptalajba vagy No. 2 táplevesbe (CM007, Oxoid) oltottuk be, egy éjszakán át inkubáltuk, 13 000 g-vel centrifugáltuk, és újraszuszpendáltuk MRD-ben, amíg az OD600 0,4 nem lesz. Tenyésztés: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca Special 1141661, NC Leuconostosteria 1141068 baktériumok NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus tengeralattjáró hamburger NCTC 1621T, Salmonella bélbaktériumok Mondeville NCTC, mu08477 NCTC, mu08747 NCTC Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. A Campylobacter gazdaszervezetet BA lemezeken mikroaerob inkubációval inkubáltuk 37 °C-on, és NZCYM táptalajban szuszpendáltuk. A vizsgált Campylobacter gazdák a következők: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C.1 larije5TC, C. PT14, C... Gyűjtsük össze a sejteket MRD-ben, centrifugáljuk 13 000 g-vel, és szuszpendáljuk újra MRD-ben, amíg az OD600 értéke 0,4 lesz. Adjunk 0,5 ml szuszpenzió alikvot részét 5 ml olvasztott NZCYM felső agarhoz (0,6%-os agar), és öntsük egy 1,2%-os NZCYM fenéklemezre. Kikeményedés és szárítás után a sorozatban hígított ASxL5T-t 20 µl-es cseppek formájában oszlattuk el minden gyeptáblán három párhuzamos példányban. A tenyésztés hőmérséklete és atmoszférája a vizsgált baktériumok igényeitől függ.
Használja a GenElute™ bakteriális genomi DNS készletet (Sigma Aldridge) a DNS bakteriális izolátumokból történő előállításához. Standard módszereket alkalmaztunk a 16S rRNS gén PCR amplifikálására és a termék szekvencia meghatározására festékterminációs kémia segítségével (Eurofins Value Read Service, Németország). A BLAST-N programmal hasonlítsa össze ezeket a szekvenciákat más 16S rRNS génszekvenciákkal a szorosan rokon fajok azonosítása és összegyűjtése érdekében. Ezeket a MEGA X programban a ClustalW segítségével igazítjuk. A filogenetikai fát MEGA X segítségével rekonstruáltuk a Tamura-Nei modellen alapuló maximum likelihood módszerrel, 1000 irányított másolattal54. Használja a PureLink™ Genomic DNA Kit-et (Fisher Scientific, Loughborough, Egyesült Királyság) a DNS kinyeréséhez a teljes genom szekvenálásához. Az ASxL5T genomszekvenciáját az Illumina MiSeq kombinációval határoztuk meg, amely 250 bp kétvégű leolvasásokból áll, amelyek a Nextera címkézőkészlettel készített könyvtárból és a PacBio platform 2-20 kb hosszúságú leolvasásaiból állnak. Genomikai DNS-szekvenálási kutatóintézet a Sembia Egyetemen. A genomot CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dánia) segítségével állították össze. Az ASxL5T tenyészeteket a National Type Culture Collection (Egyesült Királyság) és a Holland Baktériumkultúra Gyűjtemény (NCCB) letétbe helyezik. Az összehasonlításhoz használt rokon élőlények genomjai a következők: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (letöltési szám: HF680312, teljes); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (bejegyzési szám: BMYY01000001, hiányos); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (hozzáférési szám: NZ_AUGV00000000, hiányos); Marinamonas közösség DSM 5604T (hozzáadott ASM436330v1, hiányos), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 hozzáadva, hiányos) és Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 hozzáadása, hiányos). Használja a JGI Genome Portal36-ot a https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= címen az igazítási pontszám (AF) és az átlagos nukleinsav-azonosság (ANI) meghatározásához. Párban. Az aminosav-azonosság (AAI) meghatározására Rodriguez-R és Konstantinidis55 módszerét alkalmaztuk. Használja a GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 becsült legnagyobb valószínűségű filogenetikai fát. A rendelkezésre álló referenciagenomot képviselő bemeneti genomot a 16S rRNS törzséből származó ASxL5T-vel rokonként azonosított referencianemzetségek közül választjuk ki. A fát az interaktív életfa online eszközzel (https://itol.embl.de/) jegyezte fel. Az ASxL5T genom funkcionális annotációja és elemzése a BlastKOALA KEGG online eszköz segítségével történik, a KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) moduldúsító eloszlás segítségével. A COG kategóriák (ortológ csoportok) eloszlását az eggNOG-mapper online eszköz segítségével határozzuk meg.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ és Muñoz-Dorado, J. Bakteriális ragadozás: 75 év, és ez folytatódik! . környezet. mikroorganizmus. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. stb. Ragadozó baktériumok sokfélesége és antibakteriális potenciálja a perui tengerparton. Március gyógyszerek. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. A génjeiken keresztül meg fogja érteni őket: a ragadozó baktériumok genomi jellemzőit. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE A Bdellovibrio bakteriofág ragadozó életmódja. telepíteni. Pásztor mikrobák. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotikumok ragadozó baktériumokból. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio és hasonló szervezetek a mikrobiom diverzitásának előrejelzői különböző gazdapopulációkban. mikroorganizmus. Ökológia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. és Ballesté-Delpierre, C. Fedezze fel az új antibakteriális szerek jelenlegi állapotát. klinikai. mikroorganizmus. Megfertőzni. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. A fág és a fág kettős ragadozása egyetlen ragadozás nélkül is kiirthatja az E. coli zsákmányt. J. Baktériumok. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF A szabadtartású és biocsirkék takarmányozási ciklusa során izolált Campylobacter és bakteriofágok száma és sokfélesége. Alkalmazási környezet. mikroorganizmus. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA stb. Frissítse a Campylobacter sertések genomiális taxonómiáját és epidemiológiáját. tudomány. 8. képviselő, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Felhasználóbarát munkafolyamat a rendszergenomikához. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Többszekvencia-illesztési módszer, amely csökkenti az idő és a tér bonyolultságát. BMC biológiai információk. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: A tool for automatic alignment and trimming in large-scale filogenetikai elemzés. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ és Uberbacher, EC gén és metagenomikus szekvencia transzláció kezdőhelyének előrejelzése. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Platformok közötti és hatékony NCBI osztályozási eszköztár. Bio Rxiv. (Hozzáférés: 2021. június 1.); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-közeli maximum likelihood fa nagy igazítással. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Párhuzamos. (Hozzáférés: 2021. június 1.); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nukleinsav kutatás. 28, 27-30 (2000).
Csehország, L. stb. Az extremolitok, az ektoin és a hidroxi-ektoin stresszvédő és tápanyag szerepe: genetika, rendszergenomika, biokémia és szerkezeti elemzés. Gene (Bázel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differenciális fehérjeexpresszió az obligát tengeri szénhidrogén-lebontó baktérium, a Thalassolituus oleivorans MIL-1 növekedése során közepes és hosszú szénláncú alkánok növekedése során. elülső. mikroorganizmus. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. A fenotípus-specifikus indikátorok meghatározására szolgáló új összehasonlító genomikai módszer specifikus öröklődést mutat a ragadozó baktériumok jelében. Public Science Library One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM stb. Thalassolituus oleivorans gén. november, sp. nov., egy új típusú tengeri baktérium, amely a szénhidrogének felhasználására specializálódott. nemzetköziség. J. System. evolúció. mikroorganizmus. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. november, sp. Novemberben elvált a Csendes-óceán déli részén keringő tengervíztől. nemzetköziség. J. System. evolúció. mikroorganizmus. 66, 5010–5015 (2016).