Jenis baru bakteri Gram-negatif, aerobik, toleran garam, aktif, berbentuk batang, dan predator ASxL5T diisolasi dari kolam kotoran sapi di Nottinghamshire, Inggris, dan menggunakan Campylobacter sebagai mangsanya. Selanjutnya, spesies Campylobacter lainnya dan anggota keluarga Enterobacteriaceae ditemukan sebagai mangsa. Setelah subkultur tanpa sel inang, pertumbuhan aseptik yang lemah dicapai pada Brain Heart Infusion Agar. Kondisi pertumbuhan optimal adalah 37 °C dan pH 7. Mikroskop elektron transmisi mengungkapkan beberapa ciri morfologi yang sangat tidak biasa terkait dengan ketersediaan mangsa. Analisis filogenetik menggunakan rangkaian gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat tersebut berkerabat dengan anggota keluarga Spirulina Laut, tetapi tidak dapat diklasifikasikan secara jelas sebagai anggota genus yang diketahui. Pengurutan seluruh genom ASxL5T mengkonfirmasi hubungan dengan anggota spirochetes laut. Pencarian database mengungkapkan bahwa beberapa ASxL5T berbagi urutan gen 16S rRNA dengan beberapa bakteri yang tidak dibudidayakan dari laut, permukaan tanah, dan air tanah. Kami berpendapat bahwa strain ASxL5T mewakili spesies baru dalam genus baru. Kami merekomendasikan nama Venatorbacter cucullus gen. November, hal. Pada bulan November, ASxL5T digunakan sebagai strain tipe.
Bakteri predator adalah bakteri yang menunjukkan kemampuan memburu dan membunuh bakteri hidup lainnya untuk memperoleh bahan biosintetik dan energi. Hal ini berbeda dengan pemulihan nutrisi secara umum dari mikroorganisme mati, dan juga berbeda dengan interaksi parasit, di mana bakteri membentuk hubungan dekat dengan inangnya tanpa membunuhnya. Bakteri predator telah mengembangkan siklus hidup yang berbeda untuk memanfaatkan sumber makanan yang melimpah di tempat mereka ditemukan (seperti habitat laut). Mereka adalah kelompok yang beragam secara taksonomi, yang hanya dihubungkan oleh siklus hidup sterilisasi mereka yang unik1. Contoh bakteri predator telah ditemukan di beberapa filum berbeda, antara lain: Proteobacteria, Bacteroides, dan Chlorella.3. Namun, bakteri predator yang paling banyak dipelajari adalah organisme Bdellovibrio dan Bdellovibrio-and-like (BALOs4). Bakteri predator adalah sumber senyawa aktif biologis dan agen antibakteri baru yang menjanjikan5.
Bakteri predator diyakini dapat meningkatkan keanekaragaman mikroba dan berdampak positif terhadap kesehatan, produktivitas, dan stabilitas ekosistem6. Terlepas dari sifat-sifat positif ini, hanya ada sedikit penelitian tentang bakteri predator baru karena sulitnya membiakkan bakteri dan kebutuhan untuk mengamati interaksi sel secara cermat untuk memahami siklus hidup mereka yang kompleks. Informasi ini tidak mudah diperoleh dari analisis komputer.
Di era peningkatan resistensi antimikroba, strategi baru untuk menargetkan bakteri patogen sedang dipelajari, seperti penggunaan bakteriofag dan bakteri predator7,8. Bakteri ASxL5T diisolasi pada tahun 2019 menggunakan teknologi isolasi fag dari kotoran sapi yang dikumpulkan dari Dairy Center Universitas Nottingham, Nottinghamshire. Tujuan penyelidikan adalah untuk mengisolasi organisme yang berpotensi sebagai agen pengendali hayati. Campylobacter hyointestinalis adalah patogen zoonosis yang semakin dikaitkan dengan penyakit usus manusia10. Ini ada di mana-mana dalam serum dan digunakan sebagai inang target.
Bakteri ASxL5T diisolasi dari jeli daging sapi karena diamati bahwa plak yang terbentuk pada halaman rumput C. hyointestinalis mirip dengan yang dihasilkan oleh bakteriofag. Ini merupakan temuan yang tidak terduga, karena bagian dari proses isolasi fag melibatkan penyaringan melalui filter 0,2 µm, yang dirancang untuk menghilangkan sel bakteri. Pemeriksaan mikroskopis terhadap bahan yang diekstraksi dari plak menunjukkan bahwa bakteri kecil gram negatif berbentuk batang melengkung tidak mengakumulasi polihidroksibutirat (PHB). Kultur aseptik yang tidak bergantung pada sel mangsa dilakukan pada media padat yang kaya (seperti agar infus jantung otak (BHI) dan agar darah (BA)), dan pertumbuhannya lemah. Hal ini diperoleh setelah subkultur dengan inokulum berat membaik. Ia tumbuh dengan baik di bawah kondisi mikroaerobik (7% v/v oksigen) dan oksigen atmosfer, tetapi tidak dalam atmosfer anaerobik. Setelah 72 jam, diameter koloni menjadi sangat kecil, mencapai 2 mm, berwarna krem, bening, bulat, cembung dan mengkilat. Pengujian biokimia standar terhambat karena ASxL5T tidak dapat dikultur secara andal dalam media cair, yang menunjukkan bahwa ASxL5T mungkin bergantung pada siklus hidup pembentukan biofilm yang kompleks. Namun suspensi pelat menunjukkan bahwa ASxL5T bersifat aerobik, positif mengandung oksidase dan katalase, serta dapat mentolerir NaCl 5%. ASxL5T resisten terhadap 10 µg streptomisin, namun sensitif terhadap semua antibiotik lain yang diuji. Sel bakteri ASxL5T diperiksa dengan TEM (Gambar 1). Ketika tumbuh tanpa sel mangsa di BA, sel ASxL5T adalah Campylobacter kecil, dengan panjang rata-rata 1,63 μm (± 0,4), lebar 0,37 μm (± 0,08), dan satu tiang panjang (hingga 5 μm). Flagela seksual. Sekitar 1,6% sel tampaknya memiliki lebar kurang dari 0,2 μm, yang memungkinkan lewatnya perangkat filter. Perpanjangan struktural yang tidak biasa diamati di bagian atas beberapa sel, mirip dengan fairing (Latin cucullus) (lihat panah di 1D, E, G). Hal ini tampaknya terdiri dari kelebihan membran luar, yang mungkin disebabkan oleh pengurangan cepat ukuran selubung periplasma, sedangkan membran luar tetap utuh, menunjukkan tampilan "longgar". Membudidayakan ASxL5T tanpa adanya nutrisi (dalam PBS) dalam waktu lama pada suhu 4°C menghasilkan sebagian besar (tetapi tidak semua) sel menunjukkan morfologi kokus (Gambar 1C). Ketika ASxL5T tumbuh dengan Campylobacter jejuni sebagai mangsa selama 48 jam, ukuran rata-rata sel secara signifikan lebih panjang dan sempit dibandingkan sel yang tumbuh tanpa inang (Tabel 1 dan Gambar 1E). Sebaliknya, ketika ASxL5T tumbuh dengan E. coli sebagai mangsa selama 48 jam, rata-rata ukuran sel lebih panjang dan lebar dibandingkan ketika tumbuh tanpa mangsa (Tabel 1), dan panjang sel bervariasi, biasanya menunjukkan filamen (Gambar 1F). Saat diinkubasi dengan Campylobacter jejuni atau E. coli sebagai mangsa selama 48 jam, sel ASxL5T tidak menunjukkan flagela sama sekali. Tabel 1 merangkum hasil pengamatan perubahan ukuran sel berdasarkan ada, tidak adanya, dan jenis mangsa ASxL5T.
Tampilan TEM ASx5LT: (A) ASx5LT menunjukkan cambuk panjang; (B) baterai ASx5LT tipikal; (C) sel cocci ASx5LT setelah inkubasi lama tanpa nutrisi; (D) kelompok sel ASx5LT menunjukkan kelainan (E) Kelompok sel ASx5LT yang diinkubasi dengan mangsa Campylobacter menunjukkan peningkatan panjang sel dibandingkan dengan tanpa pertumbuhan mangsa (D) juga menunjukkan struktur apikal; (F) Flagela berfilamen besar, sel ASx5LT, setelah inkubasi dengan mangsa E. coli; (G) Sel ASx5LT tunggal setelah inkubasi dengan E. coli, menunjukkan struktur atas yang tidak biasa. Bilah mewakili 1 μm.
Menentukan urutan gen 16S rRNA (nomor tambahan MT636545.1) memungkinkan pencarian database untuk menetapkan urutan yang mirip dengan kelas Gammaproteobacteria, dan paling dekat dengan bakteri laut dalam keluarga spirillum laut (Gambar 2), dan merupakan anggota dari genus Thalassolituus Kerabat terdekat dengan Marine Bacillus. Urutan gen 16S rRNA jelas berbeda dengan bakteri predator yang termasuk dalam famili Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Perbandingan berpasangan B. bacteriovorus HD100T (tipe strain, DSM 50701) dan B. bacteriovorus DM11A adalah 48,4% dan 47,7%, dan untuk B. exovorus JSS adalah 46,7%. Bakteri ASxL5T memiliki 3 salinan gen 16S rRNA, dua di antaranya identik satu sama lain, dan yang ketiga berjarak 3 basa. Dua isolat bakteri predator lainnya (ASx5S dan ASx5O; nomor aksesi gen 16S rRNA masing-masing adalah MT636546.1 dan MT636547.1) dengan ciri morfologi dan fenotipik yang serupa dari lokasi yang sama tidaklah sama, tetapi berbeda dengan ASxL5T dan Bakteri yang tidak dikultur. urutan database dikelompokkan bersama dengan genera lain di Oceanospirillaceae (Gambar 2). Seluruh urutan genom ASxL5T telah ditentukan dan disimpan dalam database NCBI, dan nomor tambahannya adalah CP046056. Genom ASxL5T terdiri dari kromosom sirkular berukuran 2.831.152 bp dengan rasio G+C sebesar 56,1%. Urutan genom mengandung 2653 CDS (total), dimana 2567 diperkirakan mengkode protein, dimana 1596 diantaranya dapat ditetapkan sebagai fungsi yang diduga (60,2%). Genomnya mengandung 67 gen penyandi RNA, termasuk 9 rRNA (masing-masing 3 untuk 5S, 16S, dan 23S) dan 57 tRNA. Karakteristik genom ASxL5T dibandingkan dengan genom strain tipe relatif terdekat yang tersedia yang diidentifikasi dari urutan gen 16S rRNA (Tabel 2). Gunakan identitas asam amino (AAI) untuk membandingkan semua genom Thalassolituus yang tersedia dengan ASxL5T. Urutan genom terdekat yang tersedia (tidak lengkap) yang ditentukan oleh AAI adalah Thalassolituus sp. C2-1 (tambahkan NZ_VNIL01000001). Strain ini diisolasi dari sedimen laut dalam Palung Mariana, namun saat ini tidak ada informasi fenotipik tentang strain ini untuk perbandingan. Dibandingkan dengan ASxL5T yang 2,82 Mb, genom organisme lebih besar yaitu 4,36 Mb. Ukuran genom rata-rata spirochetes laut adalah sekitar 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 genom referensi lengkap yang diselidiki dari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), sehingga genom ASxL5T sejalan dengan order Dibandingkan dengan anggota lain, itu cukup kecil. Gunakan GToTree 1.5.54 untuk menghasilkan perkiraan pohon filogenetik kemungkinan maksimum berbasis genom (Gambar 3A), menggunakan rangkaian asam amino yang selaras dan terkait dari 172 gen salinan tunggal yang spesifik untuk Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analisis menunjukkan bahwa ia berkerabat dekat dengan Thalassolituus, Bacterial Plane, dan Marine Bacterium. Namun, data ini menunjukkan bahwa ASxL5T berbeda dari kerabatnya di Marine Spirulina dan data urutan genomnya tersedia.
Pohon filogenetik yang menggunakan rangkaian gen 16S rRNA menyoroti posisi strain ASxL5T, ASxO5, dan ASxS5 (dengan nyali) relatif terhadap strain bakteri laut dan tidak dibudidayakan di Marine Spirulinaceae. Nomor aksesi Genbank mengikuti nama strain dalam tanda kurung. Gunakan ClustalW untuk menyelaraskan urutan, dan gunakan metode kemungkinan maksimum dan model Tamura-Nei untuk menyimpulkan hubungan filogenetik, dan lakukan 1000 replikasi terpandu dalam program MEGA X. Angka pada cabang menunjukkan bahwa nilai salinan terpandu lebih besar dari 50%. Escherichia coli U/541T digunakan sebagai outgroup.
(A) Pohon filogenetik berdasarkan genom, menunjukkan hubungan antara bakteri laut Spirospiraceae ASxL5T dan kerabat dekatnya, E. coli U 5/41T sebagai kelompok luar. (B) Dibandingkan dengan T. oleivorans MIL-1T, distribusi kategori fungsional gen diprediksi berdasarkan kelompok protein ASx5LT kelompok ortologis (COG). Gambar di sebelah kiri menunjukkan jumlah gen di setiap kategori COG fungsional di setiap genom. Grafik di sebelah kanan menunjukkan persentase genom yang terdapat di setiap kelompok COG fungsional. (C) Dibandingkan dengan T. oleiverans MIL-1T, analisis jalur modular KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) lengkap dari ASxL5T.
Menggunakan database KEGG untuk memeriksa gen komponen yang ada dalam genom ASxL5T mengungkapkan jalur metabolisme khas Proteus gamma aerobik. ASxL5T berisi total 75 gen yang ditugaskan pada protein motorik bakteri, termasuk gen yang terlibat dalam kemotaksis, perakitan flagela, dan sistem fimbriae tipe IV. Dalam kategori terakhir, 9 dari 10 gen bertanggung jawab atas pergerakan kedutan sejumlah organisme lain. Genom ASxL5T mengandung jalur biosintetik tetrahidropirimidin lengkap yang berpartisipasi dalam respons perlindungan terhadap tekanan osmotik, seperti yang diharapkan untuk halofil. Genomnya juga mengandung banyak jalur lengkap untuk kofaktor dan vitamin, termasuk jalur sintesis riboflavin. Meskipun gen alkana 1-monooksigenase (alkB2) terdapat pada ASxL5T, jalur pemanfaatan hidrokarbon belum lengkap. Dalam urutan genom ASxL5T, homolog gen yang diidentifikasi sebagai penyebab utama degradasi hidrokarbon pada T. oleiverans MIL-1T21, seperti TOL_2658 (alkB) dan TOL_2772 (alcohol dehydrogenase) jelas tidak ada. Gambar 3B menunjukkan perbandingan distribusi gen kategori COG antara ASxL5T dan minyak zaitun MIL-1T. Secara keseluruhan, genom ASxL5T yang lebih kecil mengandung lebih sedikit gen dari setiap kategori COG dibandingkan dengan genom terkait yang lebih besar. Ketika jumlah gen di setiap kategori fungsional dinyatakan sebagai persentase genom, perbedaan dicatat dalam persentase gen dalam kategori translasi, struktur ribosom dan biogenesis, serta kategori produksi energi dan fungsi konversi, yang merupakan ASxL5T yang lebih besar. genom Persentasenya dibandingkan dengan kelompok yang sama yang ada pada genom T. oleiverans MIL-1T. Sebaliknya, dibandingkan dengan genom ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T memiliki persentase gen yang lebih tinggi dalam kategori replikasi, rekombinasi dan perbaikan, serta transkripsi. Menariknya, perbedaan terbesar dalam konten setiap kategori fungsional dari kedua genom adalah jumlah gen yang tidak diketahui yang ada di ASxL5T (Gambar 3B). Analisis pengayaan modul KEGG dilakukan, di mana setiap modul KEGG mewakili sekumpulan unit fungsional yang ditentukan secara manual untuk anotasi dan interpretasi biologis data urutan genom. Perbandingan distribusi gen pada jalur modul KOG lengkap ASxL5T dan zaitun MIL-1T ditunjukkan pada Gambar 3C. Analisis ini menunjukkan bahwa meskipun ASxL5T memiliki jalur metabolisme sulfur dan nitrogen yang lengkap, T. oleiverans MIL-1T tidak. Sebaliknya, T. oleiverans MIL-1T memiliki jalur metabolisme sistein dan metionin yang lengkap, tetapi tidak lengkap pada ASxL5T. Oleh karena itu, ASxL5T memiliki modul karakteristik untuk asimilasi sulfat (didefinisikan sebagai sekumpulan gen yang dapat digunakan sebagai penanda fenotipik, seperti kapasitas metabolisme atau patogenisitas; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Dalam T . Membandingkan kandungan gen ASxL5T dengan daftar gen yang menunjukkan gaya hidup predator tidaklah meyakinkan. Meskipun gen waaL yang mengkode ligase yang terkait dengan polisakarida antigen O ke inti terdapat dalam genom ASxL5T (tetapi umum terjadi pada banyak bakteri Gram-negatif), triptofan 2,3-dioksigenase (TDO ) Gen mungkin termasuk 60 amino daerah asam yang biasa ditemukan pada bakteri predator yang tidak ada. Tidak ada gen karakteristik predator lain dalam genom ASxL5T, termasuk gen penyandi enzim yang terlibat dalam biosintesis isoprenoid di jalur mevalonat. Perhatikan bahwa tidak ada gen pengatur transkripsional gntR pada kelompok predator yang diperiksa, tetapi tiga gen mirip gntR dapat diidentifikasi di ASxL5T.
Karakteristik fenotipik ASxL5T dirangkum dalam Tabel 3 dan dibandingkan dengan karakteristik fenotipik genera terkait 23, 24, 25, 26, dan 27 yang dilaporkan dalam literatur. Isolat dari T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, dan Oceanobacter kriegii bersifat aktif, toleran terhadap garam, tubuh berbentuk batang positif oksidase, tetapi hampir tidak memiliki karakteristik fenotipik lain dengan ASxL5T. PH rata-rata lautan adalah 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), yang tercermin pada T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis dan O. kriegii. ASxL5T cocok untuk kisaran pH yang lebih besar (4-9) yang khas untuk spesies non-laut. Ciri-ciri fenotipik Thalassolituus sp. C2-1. Tidak dikenal. Kisaran suhu pertumbuhan ASxL5T umumnya lebih lebar dibandingkan dengan strain laut (4–42 °C), meskipun beberapa tetapi tidak semua isolat T. marinus tahan terhadap panas. Ketidakmampuan untuk menumbuhkan ASxL5T dalam media kaldu menghalangi karakterisasi fenotipik lebih lanjut. Gunakan API 20E untuk menguji bahan kerokan dari plat BA, ONPG, arginin dihidrolase, lisin dekarboksilase, ornitin dekarboksilase, pemanfaatan sitrat, urease, triptofan deaminase, hidrolisis gelatin Enzim, hasil pengujian semuanya negatif, tetapi tidak ada indole, asetoin dan H2S diproduksi. Karbohidrat yang tidak difermentasi meliputi: glukosa, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrosa, melibiose, amygdalin dan arabinose. Dibandingkan dengan strain referensi terkait yang dipublikasikan, profil asam lemak seluler dari strain ASxL5T ditunjukkan pada Tabel 4. Asam lemak seluler utama adalah C16:1ω6c dan/atau C16:1ω7c, C16:0 dan C18:1ω9. Asam lemak hidroksi C12:0 3-OH dan C10:0 3-OH juga ada. Rasio C16:0 pada ASxL5T lebih tinggi dari nilai yang dilaporkan pada genera terkait. Sebaliknya, dibandingkan dengan T. marinus IMCC1826TT yang dilaporkan, rasio C18:1ω7c dan/atau C18:1ω6c di ASxL5T berkurang. oleivorans MIL-1T dan O. kriegii DSM 6294T, tetapi tidak terdeteksi pada B. sanyensis KCTC 32220T. Membandingkan profil asam lemak ASxL5T dan ASxLS menunjukkan perbedaan halus dalam jumlah asam lemak individu antara kedua strain, yang konsisten dengan urutan DNA genom spesies yang sama. Tidak ada partikel poli-3-hidroksibutirat (PHB) yang terdeteksi menggunakan uji hitam Sudan.
Aktivitas predasi bakteri ASxL5T dipelajari untuk mengetahui kisaran mangsa. Bakteri ini dapat membentuk plak pada spesies Campylobacter, antara lain: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C.helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 dan C. upsaliensis NCTC 11541T. Gunakan kultur yang tercantum di bagian penentuan kisaran inang pada metode ini untuk menguji bakteri Gram-negatif dan Gram-positif yang lebih luas. Hasilnya menunjukkan bahwa ASxL5T juga dapat digunakan pada Escherichia coli NCTC 86 dan Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plak terbentuk pada Klebsiella oxytoca 11466. Interaksi TEM dengan E. coli NCTC 86 ditunjukkan pada Gambar 4A-D, dan interaksi dengan Campylobacter jejuni PT14 dan Campylobacter suis S12 ditunjukkan pada Gambar 4E-H tengah. Mekanisme serangan tampaknya berbeda antara jenis mangsa yang diuji, dengan satu atau lebih sel E. coli melekat pada setiap sel ASxL5T dan diposisikan secara lateral di sepanjang sel yang diperluas sebelum adsorpsi. Sebaliknya, ASxL5T tampaknya menempel pada Campylobacter melalui satu titik kontak, biasanya bersentuhan dengan puncak sel predator dan dekat puncak sel Campylobacter (Gambar 4H).
TEM menunjukkan interaksi antara ASx5LT dan mangsa: (AD) dan mangsa E. coli; (EH) dan mangsa C. jejuni. (A) Sel ASx5LT tipikal yang terhubung ke sel E. coli (EC) tunggal; (B) ASx5LT berfilamen yang melekat pada sel EC tunggal; (C) Sel ASx5LT berfilamen yang terhubung ke beberapa sel EC; (D) Melekatkan sel ASx5LT yang lebih kecil pada satu sel E. coli (EC); (E) sel ASx5LT tunggal yang terhubung ke sel Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT menyerang sel C. hyointestinalis (CH); (G) dua Satu sel ASx5LT menyerang sel CJ; (H) Tampilan jarak dekat dari titik perlekatan ASx5LT, dekat puncak sel CJ (batang 0,2 μm). Bilah mewakili 1 μm dalam (A – G).
Bakteri predator telah berevolusi untuk memanfaatkan sumber mangsa yang melimpah. Tentu saja, mereka banyak terdapat di berbagai lingkungan. Karena ukuran populasi yang sempit, bakteri ASxL5T dapat diisolasi dari bubur menggunakan metode pemisahan fag. Relevansi genom ASxL5T dengan anggota keluarga bakteri laut oceanospirillaceae mengejutkan, meskipun organisme ini toleran terhadap garam dan dapat tumbuh pada media yang mengandung 5% garam. Analisis kualitas air bubur menunjukkan bahwa kandungan natrium klorida kurang dari 0,1%. Oleh karena itu, lumpur berada jauh dari lingkungan laut baik secara geografis maupun kimia. Kehadiran tiga isolat yang berkerabat namun berbeda dari sumber yang sama memberikan bukti bahwa predator ini berkembang biak di lingkungan non-laut ini. Selain itu, analisis mikrobioma (file data tersedia dari https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) menunjukkan bahwa urutan gen 16S rRNA yang sama terletak di 50 taksa operasional paling melimpah (OTU ) Dalam beberapa interval pengambilan sampel lumpur. Beberapa bakteri yang tidak dikultur ditemukan di database Genbank, yang memiliki urutan gen 16S rRNA yang mirip dengan bakteri ASxL5T. Urutan ini, bersama dengan urutan ASxL5T, ASxS5, dan ASxO5, tampaknya mewakili kelompok berbeda yang terpisah dari Thalassolituus dan Oceanobacter (Gambar 2). Tiga jenis bakteri yang tidak dikultur (GQ921362, GQ921357 dan GQ921396) diisolasi dari air celah pada kedalaman 1,3 kilometer di tambang emas Afrika Selatan pada tahun 2009, dan dua lainnya (DQ256320 dan DQ337006) berasal dari air tanah (juga di Afrika Selatan pada tahun 2005). Urutan gen 16S rRNA yang paling dekat kekerabatannya dengan ASxL5T merupakan bagian dari urutan gen 16S rRNA yang diperoleh dari kultur pengayaan sedimen berpasir yang diperoleh dari pantai utara Perancis pada tahun 2006 (nomor tambahan AM29240828). Urutan gen 16S rRNA lain yang terkait erat dari bakteri yang tidak dikultur HQ183822.1 diperoleh dari tangki pengumpul yang dicuci dari tempat pembuangan sampah kota di Tiongkok. Jelasnya, bakteri ASxL5T tidak terlalu mewakili dalam basis data taksonomi, namun urutan dari bakteri yang tidak dikultur ini cenderung mewakili organisme yang mirip dengan ASxL5T, yang tersebar di seluruh dunia, biasanya di lingkungan yang menantang. Dari analisis filogenetik keseluruhan genom, kerabat terdekat ASxL5T adalah Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Dan O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus merupakan salah satu anggota bakteri fragmentasi hidrokarbon obligat laut (OHCB) yang tersebar luas di lingkungan laut dan darat, dan biasanya menjadi dominan setelah kejadian pencemaran hidrokarbon30,31. Bakteri laut bukan anggota kelompok OHCB, namun diisolasi dari lingkungan laut.
Data fenotipik menunjukkan bahwa ASxL5T merupakan spesies baru dan anggota genus yang sebelumnya tidak dikenal dalam keluarga spirospiraceae laut. Saat ini belum ada standar yang jelas untuk mengklasifikasikan strain yang baru diisolasi ke dalam genus baru. Upaya telah dilakukan untuk menentukan batas genera universal, misalnya berdasarkan persentase genom protein konservatif (POCP), direkomendasikan bahwa nilai batasnya adalah 50% identik dengan strain referensi33. Yang lain menyarankan penggunaan nilai AAI, yang memiliki keunggulan dibandingkan POCP karena dapat diperoleh dari genom yang tidak lengkap34. Penulis berpendapat bahwa jika nilai AAI kurang dari 74% dibandingkan dengan strain model dari spesies model, maka strain tersebut mewakili genera yang berbeda. Genus model pada spirillaceae laut adalah spirillum laut, dan strain modelnya adalah O. linum ATCC 11336T. Nilai AAI antara ASxL5T dan O. linum ATCC 11336T adalah 54,34%, dan nilai AAI antara ASxL5T dan T. oleivorans MIL-1T (strain tipe genus) adalah 67,61%, menunjukkan bahwa ASxL5T mewakili genus baru yang berbeda dari Thalassolituus. Dengan menggunakan urutan gen 16S rRNA sebagai standar klasifikasi, batas delimitasi genus yang disarankan adalah 94,5%35. ASxL5T dapat ditempatkan di genus Thalassolituus, menunjukkan 95,03% identitas urutan 16S rRNA dengan T. oleivorans MIL-1T dan 96,17%. marinus IMCC1826T. Namun, ia juga akan ditempatkan pada genus Bacteroides yang memiliki 94,64% identitas gen 16S rRNA dengan B. sanyensis NV9, yang menunjukkan bahwa penggunaan gen tunggal seperti gen 16S rRNA dapat menyebabkan klasifikasi dan penetapan yang sewenang-wenang. Metode lain yang disarankan adalah menggunakan ANI dan Genome Alignment Score (AF) untuk menguji pengelompokan titik data dari semua strain dan non-tipe dari genera yang ada. Penulis merekomendasikan untuk menggabungkan batas genus dengan titik belok perkiraan genus khusus untuk taksa yang dianalisis. Namun, jika urutan genom yang lengkap dari isolat Thalassolituus tidak mencukupi, maka tidak mungkin untuk menentukan apakah ASxL5T termasuk dalam genus Thalassolituus dengan metode ini. Karena terbatasnya ketersediaan sekuens genom lengkap untuk dianalisis, seluruh pohon filogenetik genom harus ditafsirkan dengan hati-hati. Kedua, metode perbandingan seluruh genom tidak dapat menjelaskan perbedaan substansial dalam ukuran genom yang dibandingkan. Mereka mengukur kesamaan gen salinan tunggal inti yang dilestarikan antara genera terkait, tetapi tidak memperhitungkan sejumlah besar gen yang tidak terdapat dalam genom ASxL5T yang jauh lebih kecil. Jelas, ASxL5T dan kelompok-kelompok termasuk Thalassolituus, Oceanobacter, dan Bacterioplanes memiliki nenek moyang yang sama, namun evolusi mengambil jalur yang berbeda, yang mengarah pada pengurangan genom, yang mungkin untuk beradaptasi dengan gaya hidup predator. Hal ini berbeda dengan T. oleivorans MIL-1T, yang berukuran 28% lebih besar dan telah berevolusi di bawah tekanan lingkungan yang berbeda untuk memanfaatkan hidrokarbon23,30. Perbandingan yang menarik dapat dibuat dengan parasit dan simbion intraseluler obligat, seperti Rickettsia, Chlamydia, dan Buchnera. Ukuran genom mereka sekitar 1 Mb. Kemampuan untuk memanfaatkan metabolit sel inang menyebabkan hilangnya gen, sehingga terjadi degradasi genom evolusioner yang signifikan. Perubahan evolusioner dari organisme nutrisi kimia laut menjadi gaya hidup predator dapat mengakibatkan penurunan ukuran genom yang serupa. Analisis COG dan KEGG menyoroti jumlah gen yang digunakan untuk fungsi tertentu dan perbedaan global dalam jalur genom antara ASxL5T dan T. oleivorans MIL-1T, yang bukan disebabkan oleh ketersediaan luas elemen genetik seluler. Perbedaan rasio G + C seluruh genom ASxL5T adalah 56,1%, dan T. oleivorans MIL-1T adalah 46,6%, yang juga menunjukkan bahwa ia terpisah.
Pemeriksaan konten pengkodean genom ASxL5T memberikan wawasan fungsional mengenai karakteristik fenotipik. Kehadiran gen yang mengkode fimbriae tipe IV (Tfp) menjadi perhatian khusus karena gen tersebut mendorong pergerakan sel, yang disebut luncuran sosial atau kejang, tanpa flagela di permukaan. Menurut laporan, Tfp memiliki fungsi lain, termasuk predasi, patogenesis, pembentukan biofilm, pengambilan DNA alami, agregasi dan pengembangan sel otomatis38. Genom ASxL5T mengandung 18 gen yang mengkode diguanylate cyclase (enzim yang mengkatalisis konversi 2 guanosin trifosfat menjadi guanosin 2 fosfat dan diGMP siklik) dan 6 gen yang mengkode diguanylate cyclase phosphate diguanylate yang sesuai. Gen untuk esterase (mengkatalisis degradasi siklik di-GMP menjadi guanosin monofosfat) menarik karena cycl-di-GMP merupakan pembawa pesan kedua yang penting yang terlibat dalam pengembangan dan pemisahan biofilm, pergerakan, perlekatan sel dan virulensi 39, 40 dalam proses tersebut. Perlu juga dicatat bahwa pada Bdellovibrio bacteriovorus, GMP ganda siklik telah terbukti mengendalikan transisi antara kehidupan bebas dan gaya hidup predator41.
Sebagian besar penelitian tentang bakteri predator berfokus pada Bdellovibrio, organisme mirip Bdellovibrio, dan spesies Myxococcus. Ini dan contoh bakteri predator lainnya yang diketahui membentuk kelompok yang beragam. Terlepas dari keragaman ini, serangkaian karakteristik keluarga protein yang mencerminkan fenotip dari 11 bakteri predator yang diketahui telah diidentifikasi3,22. Namun, hanya gen yang mengkode O antigen ligase (waaL) yang telah diidentifikasi, yang umum terjadi pada bakteri Gram-negatif. Bentuk analisis ini tidak membantu dalam menetapkan ASxL5T sebagai predator, mungkin karena ASxL5T menggunakan strategi serangan baru. Ketersediaan genom bakteri predator yang lebih beragam akan membantu mengembangkan analisis resolusi yang lebih baik yang memperhitungkan bukti perbedaan fungsional dan lingkungan antara anggota kelompok. Contoh bakteri predator yang tidak disertakan dalam analisis ini adalah anggota Cupriavidus necator42 dan Bradymonabacteria43, karena ketika peneliti menyelidiki komunitas mikroba yang berbeda, semakin banyak taksa predator yang terbentuk.
Ciri paling menonjol dari bakteri ASxL5T yang ditangkap oleh gambar TEM adalah morfologinya yang unik dan fleksibel, yang dapat mendorong interaksi dengan bakteri mangsa. Jenis interaksi yang diamati berbeda dengan bakteri predator lainnya dan belum pernah ditemukan atau dilaporkan sebelumnya. Siklus hidup predator ASxL5T yang diusulkan ditunjukkan pada Gambar 5. Ada beberapa contoh dalam literatur dengan struktur apikal serupa seperti yang kami laporkan di sini, namun contoh ini termasuk Terasakiispira papahanaumokuakeensis, bakteri spirillum laut dengan pembesaran puncak sesekali 44, dan Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , sebelumnya termasuk dalam genus Oceanospirillum, memamerkan apa yang disebut "film kutub" 45. Cocci bentuk sering diamati pada kultur yang lebih tua, terutama untuk bakteri dengan bentuk melengkung, seperti Vibrio, Campylobacter, dan Helicobacter 46, 47, 48, yang mungkin mewakili keadaan terdegradasi. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk memperjelas siklus hidup bakteri ASxL5T yang tepat. Untuk menentukan cara ia menangkap dan memangsa, dan apakah genomnya mengkode senyawa aktif biologis yang dapat digunakan untuk tujuan medis atau bioteknologi.
Deskripsi Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. terdiri dari venator dari L. n. venator,'hunter' dan Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunter Rod' . Sel bersifat aerobik, toleran terhadap garam, pewarnaan Gram melengkung negatif, aktivitas katalase dan oksidase positif 4-9 tidak biasa. Pada siput laut, sebagian besar tidak toleran terhadap pH asam. Asam lemak utama adalah C16:1ω6c dan/atau C16:1ω7c, C16:0 dan C18:1ω9 ; 3-OH ditemukan sebagai asam lemak hidroksi. Mereka tidak tumbuh di media kaldu. Kandungan DNA G + C adalah 56,1 mol%. resistensi terhadap Campylobacter Dan perilaku predasi anggota famili Enterobacteriaceae. Posisi filogenetik genus ini ada dalam famili.
Deskripsi Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus artinya fairing).
Selain itu, ciri deskriptif genus ini adalah bila ditumbuhkan pada BA atau BHI, panjang selnya 1,63 µm dan lebar 0,37 µm. Koloni pada agar BHI sangat kecil, diameternya mencapai 2 mm setelah 72 jam. Warnanya krem, tembus cahaya, bulat, cembung dan berkilau. Anggota spesies ini dapat menggunakan Escherichia coli dan Klebsiella. Campylobacter dan beberapa bakteri Gram-negatif lainnya berperan sebagai mangsa.
Strain khas ASxL5T diisolasi dari susu sapi di Nottinghamshire, Inggris, dan disimpan di National Type Culture Collection (UK): nomor tambahan NCTC 14397 dan nomor tambahan Koleksi Kultur Bakteri Belanda (NCCB) NCCB 100775. Urutan genom lengkap ASxL5T telah disimpan di Genbank sesuai penambahan CP046056.
Bakteri ASxL5T diisolasi dari susu sapi menggunakan teknologi isolasi fag9,49. Bubur diencerkan 1:9 (b/v) dalam buffer SM (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O dan 0,01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Kemudian diinkubasi pada suhu 4°C selama 24 jam, berputar perlahan untuk mengelusi predator ke dalam buffer. Suspensi disentrifugasi pada 3000g selama 3 menit. Supernatan dikumpulkan dan disentrifugasi pada 13.000 g untuk kedua kalinya selama 5 menit. Supernatan kemudian dilewatkan melalui filter membran 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Jerman) dan filter membran 0,2 µm (Minisart) untuk menghilangkan sel bakteri yang tersisa. ASxL5T dapat melewati filter ini. Rumput agar-agar lembut Campylobacter enterosus S12 (nomor tambahan NCBI CP040464) dari bubur yang sama dibuat menggunakan teknik standar. Bubur yang disaring didistribusikan pada masing-masing pelat sel inang dalam 10 μl tetesan dalam rangkap tiga dan dibiarkan kering. Pelat diinkubasi dalam tangki mikroaerofilik pada suhu 37°C selama 48 jam dalam kondisi mikroaerobik (5% O2, 5% H2, 10% CO2, dan 80% N2). Plak yang terlihat diperoleh diekstraksi ke dalam buffer SM dan dipindahkan ke rumput segar C. hyointestinalis S12 untuk selanjutnya menyebarkan organisme yang mengalami lisis. Setelah ditentukan bahwa bakteri adalah penyebab plak litik dan bukan fag, cobalah menumbuhkan organisme secara independen dari inangnya dan mengkarakterisasinya lebih lanjut. Kultur aerobik dilakukan pada suhu 37 °C dengan 5% v/v darah kuda yang didefibrinasi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplemen). Menurut pedoman Komite Standar Klinis Nasional, metode difusi cakram digunakan untuk pengujian kerentanan antibakteri. Agar BHI dikultur pada suhu 37 °C menggunakan cakram yang berisi antibiotik berikut (Oxoid) untuk kultur aerob: amoksisilin dan asam klavulanat 30 μg; sefotaksim 30 mcg; streptomisin 10 mg; ciprofloxacin 5 mg; Ceftazidime 30 µg Asam nalidiksat 30 µg; Imipenem 10 mcg; Azitromisin 15 mcg; Kloramfenikol 30 mcg; Cefoxitin 30 mcg; Tetrasiklin 30 mcg; Nitrofurantoin 300 mcg; Aztreonam 30 mcg; Ampisilin 10 μg; Cefpodoxime 10 mcg; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 µg. Toleransi garam ditentukan dengan inkubasi aerobik pada pelat agar BHI pada suhu 37 °C. NaCl tambahan ditambahkan ke pelat agar BHI untuk memberikan kisaran konsentrasi hingga 10% b/v. Kisaran pH ditentukan dengan kultur aerobik pada cawan agar BHI pada suhu 37°C, di mana kisaran pH telah disesuaikan antara 4 dan 9 dengan HCl steril atau NaOH steril, dan nilai pH target diverifikasi sebelum menuangkan cawan. Untuk analisis asam lemak seluler, ASxL5T dikultur pada agar BHI selama 3 hari dan aerobik pada suhu 37 °C. Menurut protokol standar MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versi 6.10) dari FERA Science Ltd, (York, UK), asam lemak sel diekstraksi, disiapkan dan dianalisis.
Untuk TEM, ASxL5T dibiakkan secara aerobik dengan cara disebar secara merata pada BA bersuhu 37°C selama 24 jam, kemudian dipanen ke dalam 1 ml glutaraldehid 3% (v/v) dalam buffer cacodylate 0,1 M pada suhu kamar. Fix selama 1 jam, kemudian disentrifugasi pada 10.000 g selama 3 menit. Kemudian suspensi kembali pelet secara perlahan dalam 600 μl 0,1 M buffer cacodylate. Pindahkan suspensi tetap ASxL5T ke Formvar/film karbon pada jaringan tembaga 200 mesh. Bakteri diwarnai dengan uranil asetat 0,5% (b/v) selama 1 menit dan diperiksa dengan TEM menggunakan mikroskop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Seperti disebutkan di atas, gabungkan jumlah mangsa dan predator yang sama dalam kaldu NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) dan inkubasi selama 48 jam dalam kondisi mikroaerobik Campylobacter atau Campylobacter pada suhu 37°C, Interaksi predator dan mangsa juga diperiksa oleh TEM. Kondisi aerobik untuk Escherichia coli. Periksa secara mandiri mangsa dan bakteri predator untuk menentukan perubahan morfologi sel akibat predasi. Metode hitam Sudan digunakan untuk mikroskop optik akumulasi PHB.
Tumbuhkan kultur ASxL5T semalaman dengan mengolesi pertumbuhan pada pelat BHI atau BA dengan kapas steril. Kumpulkan sel ASxL5T dan suspensikan dalam MRD (CM0733, Oxoid), lalu letakkan pada suhu 4°C selama 7 hari untuk membuat sel kelaparan. Referensi NCTC atau kultur bakteri stok laboratorium diinokulasi ke dalam kaldu BHI atau kaldu nutrisi No. 2 (CM007, Oxoid), diinkubasi semalaman, disentrifugasi pada 13.000g dan disuspensikan kembali dalam MRD hingga OD600 adalah 0,4. Kultur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Bakteri khusus NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus kapal selam hamburger NCTC 1621T, bakteri usus Salmonella Mondeville NCTC 5747, lendir NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Inang Campylobacter diinkubasi secara mikroaerobik pada pelat BA pada suhu 37°C dan disuspensikan dalam kaldu NZCYM. Inang Campylobacter yang diuji adalah: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Kumpulkan sel di dalamnya MRD, sentrifugasi pada 13.000g dan resuspensikan dalam MRD hingga OD600 menjadi 0,4. Tambahkan alikuot suspensi 0,5 ml ke dalam 5 ml agar atas NZCYM yang telah dicairkan (agar 0,6%) dan tuangkan ke dalam pelat bawah NZCYM 1,2%. Setelah proses pengawetan dan pengeringan, ASxL5T yang diencerkan secara serial didistribusikan sebagai 20 μl tetesan pada setiap papan rumput dalam rangkap tiga. Suhu dan atmosfer kultur bergantung pada persyaratan bakteri uji.
Gunakan GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) untuk menyiapkan DNA dari isolat bakteri. Metode standar digunakan untuk amplifikasi PCR gen 16S rRNA dan penentuan urutan produk menggunakan kimia terminasi pewarna (Eurofins Value Read Service, Jerman). Gunakan program BLAST-N untuk membandingkan sekuens ini dengan sekuens gen 16S rRNA lainnya untuk mengidentifikasi dan mengumpulkan spesies yang berkerabat dekat. Ini diselaraskan menggunakan ClustalW dalam program MEGA X. Pohon filogenetik direkonstruksi menggunakan MEGA X menggunakan metode kemungkinan maksimum berdasarkan model Tamura-Nei, dengan 1000 salinan terpandu54. Gunakan PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) untuk mengekstraksi DNA untuk pengurutan seluruh genom. Urutan genom ASxL5T ditentukan menggunakan kombinasi Illumina MiSeq, yang terdiri dari pembacaan ujung ganda 250 bp yang terdiri dari perpustakaan yang disiapkan menggunakan kit pelabelan Nextera dan pembacaan panjang 2 hingga 20 kb dari platform PacBio. Fasilitas Penelitian Pengurutan DNA Genomics di Universitas Sembia. Genom dirakit menggunakan CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Kultur ASxL5T disimpan di National Type Culture Collection (UK) dan Dutch Bacterial Culture Collection (NCCB). Genom organisme terkait yang digunakan untuk perbandingan adalah: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nomor tambahan HF680312, lengkap); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nomor tambahan BMYY01000001, tidak lengkap); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nomor tambahan NZ_AUGV00000000, tidak lengkap); Komunitas Marinamonas DSM 5604T (ditambahkan ASM436330v1, tidak lengkap), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (ditambahkan MTSD02000001, tidak lengkap) dan Thalassolituus sp. C2-1 (tambahkan NZ_VNIL01000001, tidak lengkap). Gunakan JGI Genome Portal36 di https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= untuk menentukan skor penyelarasan (AF) dan rata-rata identitas asam nukleat (ANI). Berpasangan. Metode Rodriguez-R & Konstantinidis55 digunakan untuk menentukan identitas asam amino (AAI). Gunakan GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 untuk menghasilkan perkiraan pohon filogenetik kemungkinan maksimum. Genom masukan yang mewakili genom referensi yang tersedia dipilih dari genera referensi yang diidentifikasi terkait dengan ASxL5T dari filogeni 16S rRNA. Memberi anotasi pada pohon menggunakan alat online pohon kehidupan interaktif (https://itol.embl.de/). Anotasi fungsional dan analisis genom ASxL5T dilakukan menggunakan alat online BlastKOALA KEGG menggunakan distribusi pengayaan modul KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Distribusi kategori COG (kelompok ortologis) ditentukan menggunakan alat online eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ dan Muñoz-Dorado, J. Predasi bakteri: 75 tahun dan terus berlanjut! . lingkungan. mikroorganisme. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. dll. Keanekaragaman dan potensi antibakteri bakteri predator di garis pantai Peru. obat bulan Maret. 15.E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. dkk. Melalui gennya, Anda akan memahaminya: karakteristik genom bakteri predator. ISME J.7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Gaya hidup predator bakteriofag Bdellovibrio. memasang. mikroba pendeta. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotik dari bakteri predator. Beilstein J. Histokimia 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio dan organisme serupa merupakan prediktor keanekaragaman mikrobioma pada populasi inang yang berbeda. mikroorganisme. Ekologi. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. dan Ballesté-Delpierre, C. Temukan status terkini agen antibakteri baru. klinis. mikroorganisme. Menulari. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. dkk. Predasi ganda fag dan fag dapat membasmi mangsa E. coli tanpa satu pun predasi. J.Bakteri. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Jumlah dan keanekaragaman Campylobacter dan bakteriofag yang diisolasi selama siklus pemberian makan ayam kampung dan ayam organik. Lingkungan aplikasi. mikroorganisme. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA dll. Perbarui taksonomi genom dan epidemiologi babi Campylobacter. sains. Perwakilan 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Alur kerja yang mudah digunakan untuk genomik sistem. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Metode penyelarasan beberapa urutan yang mengurangi kompleksitas ruang dan waktu. informasi biologis BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Alat untuk penyelarasan dan pemangkasan otomatis dalam analisis filogenetik skala besar. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, gen EC dan terjemahan urutan metagenomik memulai prediksi lokasi. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Perangkat klasifikasi NCBI lintas platform dan efisien. Bio RXiv. (Diakses pada 1 Juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-perkiraan pohon kemungkinan maksimum dengan keselarasan besar. PLoS Satu 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralel. (Diakses pada 1 Juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Ensiklopedia Gen dan Genom Kyoto. Penelitian asam nukleat. 28, 27-30 (2000).
Republik Ceko, L. dll. Peran ektoin dan hidroksiektoin ekstrem sebagai pelindung stres dan nutrisi: genetika, genom sistem, biokimia, dan analisis struktural. Gen (Basel). 9.E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Ekspresi protein diferensial selama pertumbuhan bakteri pendegradasi hidrokarbon laut obligat Thalassolituus oleivorans MIL-1 selama pertumbuhan alkana rantai menengah dan panjang. depan. mikroorganisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., dan Jurkevitch, E. Metode genomik komparatif baru untuk menentukan indikator spesifik fenotipik mengungkapkan pewarisan spesifik pada tanda bakteri predator. Perpustakaan Sains Umum Satu. 10.e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, dll. Gen Thalassolituus oleivorans. November, hal. nov., bakteri laut jenis baru yang berspesialisasi dalam penggunaan hidrokarbon. internasionalitas. J.Sistem. evolusi. mikroorganisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, hal. Pada bulan November, ia terpisah dari air laut yang beredar di Pasifik Selatan. internasionalitas. J.Sistem. evolusi. mikroorganisme. 66, 5010–5015 (2016).