Ný tegund af Gram-neikvæðum, loftháðum, saltþolnum, virkum, stangalaga og rándýrum bakteríum ASxL5T var einangruð úr kúamykjutjörn í Nottinghamshire á Englandi og notaði Campylobacter sem bráð. Í kjölfarið fundust aðrar Campylobacter tegundir og meðlimir Enterobacteriaceae fjölskyldunnar sem bráð. Eftir undirræktun án hýsilfrumna náðist veikur smitgátur á Brain Heart Infusion Agar. Ákjósanleg vaxtarskilyrði eru 37 °C og pH er 7. Smit rafeindasmásjár leiddi í ljós mjög óvenjuleg formfræðileg einkenni sem tengjast framboði bráð. Sýklafræðileg greining með því að nota 16S rRNA genaröðina gaf til kynna að einangrið væri skyld meðlimi Marine Spirulina fjölskyldunnar, en ekki er hægt að flokka það greinilega sem meðlim af þekktri ættkvísl. Raðgreining á heilar erfðamengi ASxL5T staðfesti tengslin við meðlimi sjávarspíróketanna. Gagnagrunnsleit leiddi í ljós að nokkrir ASxL5Ts deila 16S rRNA genaröðum með nokkrum óræktuðum bakteríum úr hafinu, yfirborði lands og grunnvatni. Við leggjum til að stofninn ASxL5T tákni nýja tegund í nýrri ættkvísl. Við mælum með nafninu Venatorbacter cucullus gen. nóvember, sp. Í nóvember var ASxL5T notað sem tegundarstofn.
Rándýrar bakteríur eru bakteríur sem sýna getu til að veiða og drepa aðrar lifandi bakteríur til að fá lífgerviefni og orku. Þetta er frábrugðið almennri endurheimt næringarefna úr dauðum örverum, og það er líka ólíkt sníkjuverkunum, þar sem bakteríur mynda náið samband við hýsil sinn án þess að drepa þær. Rándýrar bakteríur hafa þróað mismunandi lífsferil til að nýta sér ríkulega fæðuuppsprettur í veggskotunum þar sem þær finnast (eins og sjávarbúsvæði). Þeir eru flokkunarfræðilega fjölbreyttur hópur sem er aðeins tengdur með einstaka ófrjósemisferli sínum1. Dæmi um rándýrar bakteríur hafa fundist í nokkrum mismunandi flokkum, þar á meðal: Proteobacteria, Bacteroides og Chlorella.3. Hins vegar eru rándýra bakteríurnar Bdellovibrio og Bdellovibrio-og-líkar lífverur (BALOs4) sem eru mest rannsakaðar. Rándýrar bakteríur eru efnileg uppspretta nýrra lífvirkra efnasambanda og bakteríudrepandi efna5.
Rándýrar bakteríur eru taldar auka fjölbreytileika örvera og hafa jákvæð áhrif á heilsu vistkerfa, framleiðni og stöðugleika6. Þrátt fyrir þessa jákvæðu eiginleika eru fáar rannsóknir á nýjum rándýrum bakteríum vegna erfiðleika við að rækta bakteríur og nauðsyn þess að fylgjast vel með frumusamskiptum til að skilja flókna lífsferil þeirra. Þessar upplýsingar er ekki auðvelt að fá með tölvugreiningu.
Á tímum aukins sýklalyfjaónæmis er verið að rannsaka nýjar aðferðir til að miða á bakteríusýkla, svo sem notkun bakteríusveina og rándýra baktería7,8. ASxL5T bakteríur voru einangraðar árið 2019 með því að nota faga einangrunartækni úr kúamykju sem safnað var frá Dairy Center háskólans í Nottingham, Nottinghamshire. Tilgangur rannsóknarinnar er að einangra lífverur sem geta hugsanlega verið líffræðileg eftirlitsefni. Campylobacter hyointestinalis er dýrasjúkdómsvaldur, sem tengist í auknum mæli þarmasjúkdómum í mönnum10. Það er alls staðar nálægt í sermi og notað sem markhýsil.
ASxL5T bakterían var einangruð úr nautakjöti vegna þess að í ljós kom að veggskjöldur sem hún myndaði á grasflöt C. hyointestinalis voru svipaðar þeim sem bakteríufrumur mynduðu. Þetta er óvænt uppgötvun, vegna þess að hluti af einangrunarferli faga felur í sér síun í gegnum 0,2 µm síu, sem er hönnuð til að fjarlægja bakteríufrumur. Smásjárrannsókn á efninu sem dregið var úr veggskjöldunni leiddi í ljós að litlu gram-neikvæðu bogadregnu stangarlaga bakteríurnar safna ekki fjölhýdroxýbútýrati (PHB). Smitgát ræktun óháð bráðfrumum er að veruleika á ríku föstu miðli (svo sem heilahjartainnrennsli agar (BHI) og blóðagar (BA)), og vöxtur hennar er lítill. Það fæst eftir undirræktun með miklu sáðefni bæta. Það vex jafn vel við örloftháð (7% v/v súrefni) og súrefnisaðstæður í andrúmslofti, en ekki í loftfirrtu andrúmslofti. Eftir 72 klukkustundir var þvermál nýlendunnar mjög lítið, náði 2 mm, og hún var drapplituð, hálfgagnsær, kringlótt, kúpt og glansandi. Staðlaðar lífefnafræðilegar prófanir eru hindraðar vegna þess að ASxL5T er ekki hægt að rækta á áreiðanlegan hátt í fljótandi miðli, sem bendir til þess að það geti reitt sig á flókinn lífsferil líffilmumyndunar. Hins vegar sýndi plötusviflausnin að ASxL5T er loftháð, jákvætt fyrir oxidasa og katalasa og þolir 5% NaCl. ASxL5T er ónæmt fyrir 10 µg streptomycini, en er viðkvæmt fyrir öllum öðrum sýklalyfjum sem prófuð eru. ASxL5T bakteríufrumurnar voru skoðaðar með TEM (mynd 1). Þegar þær eru ræktaðar án bráðfrumna á BA, eru ASxL5T frumur litlar Campylobacter, með meðallengd 1,63 μm (± 0,4), breidd 0,37 μm (± 0,08) og einn langur (allt að 5 μm) stöng. Kynferðisleg flagella. Um það bil 1,6% frumanna virðast hafa minni breidd en 0,2 μm, sem gerir það kleift að fara í gegnum síubúnaðinn. Óvenjuleg byggingaframlenging sást á toppi sumra frumna, svipað og kápa (latneskt cucullus) (sjá örvarnar í 1D, E, G). Þetta virðist vera samsett af umfram ytri himnu, sem getur stafað af hraðri minnkun á stærð periplasmic hjúpsins, á meðan ytri himnan er ósnortinn og sýnir „laus“ útlit. Ræktun ASxL5T í fjarveru næringarefna (í PBS) í langan tíma við 4°C leiddi til þess að flestar (en ekki allar) frumur sýndu kokkaformgerð (mynd 1C). Þegar ASxL5T vex með Campylobacter jejuni sem bráð í 48 klukkustundir er meðalfrumustærð marktækt lengri og þrengri en frumur ræktaðar án hýsils (tafla 1 og mynd 1E). Aftur á móti, þegar ASxL5T vex með E. coli sem bráð í 48 klukkustundir, er meðalfrumustærð lengri og breiðari en þegar hún vex án bráðs (tafla 1), og frumulengdin er breytileg, oftast þráðlaga (mynd 1F). Þegar þær voru ræktaðar með Campylobacter jejuni eða E. coli sem bráð í 48 klukkustundir sýndu ASxL5T frumur alls engar flagellur. Tafla 1 tekur saman athuganir á breytingum á frumustærð byggt á nærveru, fjarveru og bráðategund ASxL5T.
TEM skjár á ASx5LT: (A) ASx5LT sýnir langa svipu; (B) dæmigerð ASx5LT rafhlaða; (C) kókka ASx5LT frumur eftir langa ræktun án næringarefna; (D) hópur af ASx5LT frumum sýnir óeðlilegt (E) ASx5LT frumuhópur ræktaður með Campylobacter bráð sýndi aukna frumulengd samanborið við þær sem voru án bráðvaxtar (D) sýndi einnig apical byggingu; (F) Stórar þráðlaga flagella, ASx5LT frumur, eftir ræktun með E. coli bráð; (G) Ein ASx5LT fruma eftir ræktun með E. coli, sem sýnir óvenjulega toppbyggingu. Stikurinn táknar 1 μm.
Ákvörðun 16S rRNA genaröðarinnar (aðgangsnúmer MT636545.1) gerir gagnagrunnsleit kleift að finna raðir svipaðar þeim sem eru í flokki Gammaproteobacteria og eru næst sjávarbakteríum í sjávarspirillum fjölskyldunni (Mynd 2), og eru meðlimir Thalassolituus ættkvíslarinnar. Næst ættingi Marine Bacillus. 16S rRNA gena röðin er greinilega frábrugðin rándýrum bakteríum sem tilheyra Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) fjölskyldunni. Pörsamanburður á B. bacteriovorus HD100T (tegund af stofni, DSM 50701) og B. bacteriovorus DM11A var 48,4% og 47,7% og fyrir B. exovorus JSS var hann 46,7%. ASxL5T bakteríur eru með 3 eintök af 16S rRNA geninu, þar af tvö eins og hvert annað og það þriðja er með 3 basa á milli. Tvö önnur rándýr bakteríueinangruð (ASx5S og ASx5O; 16S rRNA genaaðildarnúmer eru MT636546.1 og MT636547.1, í sömu röð) með svipuð formfræðileg og svipgerðareiginleika frá sama stað eru ekki þau sömu, en þau eru frábrugðin ASxL5T og óræktuð B. gagnagrunnsraðir eru settar í hóp með öðrum ættkvíslum í Oceanospirillaceae (mynd 2). Öll erfðamengisröð ASxL5T hefur verið ákvörðuð og vistuð í NCBI gagnagrunninum og inngöngunúmerið er CP046056. Erfðamengi ASxL5T samanstendur af hringlaga litningi 2.831.152 bp með G + C hlutfallið 56,1%. Erfðamengisröðin inniheldur 2653 CDS (samtals), þar af 2567 sem spáð er að kóði prótein, þar af 1596 sem hægt er að úthluta sem hugsanlegar aðgerðir (60,2%). Erfðamengið inniheldur 67 RNA kóða gen, þar á meðal 9 rRNA (3 hvert fyrir 5S, 16S og 23S) og 57 tRNA. Erfðafræðilegir eiginleikar ASxL5T voru bornir saman við tiltækt erfðamengi stofna af næstu ættinlegu gerð sem greind var úr 16S rRNA gena röðinni (tafla 2). Notaðu amínósýrueinkenni (AAI) til að bera saman öll tiltæk erfðamengi Thalassolituus við ASxL5T. Næsta tiltæka (ófullkomna) erfðamengisröð sem ákvarðast af AAI er Thalassolituus sp. C2-1 (bæta við NZ_VNIL01000001). Þessi stofn var einangraður úr djúpsjávarseti Mariana-skurðarins, en það eru engar svipgerðarupplýsingar um þennan stofn til samanburðar eins og er. Samanborið við ASxL5T 2,82 Mb er erfðamengi lífverunnar stærra eða 4,36 Mb. Meðaltal erfðamengisstærð sjávar spirochetes er um 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 heill viðmiðunarerfðamengi rannsökuð af https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), þannig að erfðamengi ASxL5T er í samræmi við röð Í samanburði við aðra meðlimi er það frekar lítið. Notaðu GToTree 1.5.54 til að búa til erfðamengisbundið áætlað hámarkslíkur á fylógenískt tré (Mynd 3A), með því að nota samræmdar og tengdar amínósýruraðir 172 eintaks gena sem eru sértækar fyrir Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Greiningin sýndi að það er náskylt Thalassolituus, Bakteríuplani og sjávarbakteríum. Hins vegar benda þessi gögn til þess að ASxL5T sé frábrugðið ættingjum sínum í Marine Spirulina og gögn um erfðamengi þess eru tiltæk.
Fræðslutréð sem notar 16S rRNA genaröðina undirstrikar stöðu ASxL5T, ASxO5 og ASxS5 stofnanna (með þörmunum) miðað við óræktaða og sjávarbakteríastofnana í Marine Spirulinaceae. Genbank-aðildarnúmerið kemur á eftir stofnheitinu innan sviga. Notaðu ClustalW til að samræma raðir og notaðu hámarkslíkindaaðferðina og Tamura-Nei líkanið til að álykta um tengslamyndun, og framkvæma 1000 leiddar endurtekningar í MEGA X forritinu. Talan á útibúinu gefur til kynna að leiðbeinandi afritunargildið sé meira en 50%. Escherichia coli U/541T var notað sem úthópur.
(A) Fræðslutré byggt á erfðamenginu, sem sýnir tengslin milli sjávar Spirospiraceae bakteríunnar ASxL5T og náinna ættingja hennar, E. coli U 5/41T sem utanhóps. (B) Samanborið við T. oleivorans MIL-1T er spáð um starfræna flokkadreifingu gena byggt á réttstöðuhópi (COG) þyrping ASx5LT próteins. Myndin til vinstri sýnir fjölda gena í hverjum virkum COG flokki í hverju erfðamengi. Línuritið til hægri sýnir hlutfall erfðamengis sem er í hverjum virkum COG hópi. (C) Samanborið við T. oleiverans MIL-1T, greining á heildar KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) mátferli ASxL5T.
Notkun KEGG gagnagrunnsins til að kanna íhlutagenin sem eru til staðar í ASxL5T erfðamenginu leiddi í ljós dæmigerða efnaskiptaferil loftháðs gamma Proteus. ASxL5T inniheldur alls 75 gen sem eru úthlutað til mótorpróteina baktería, þar á meðal gen sem taka þátt í krabbameinslyfjum, samsetningu flagella og tegund IV fimbriae kerfi. Í síðasta flokki eru 9 af hverjum 10 genum ábyrg fyrir kippuhreyfingum fjölda annarra lífvera. Erfðamengi ASxL5T inniheldur heila tetrahýdrópýrimídín lífmyndunarferil sem tekur þátt í verndandi svörun við osmósuálagi20, eins og búist er við fyrir halofíla. Erfðamengið inniheldur einnig margar fullkomnar leiðir fyrir cofactors og vítamín, þar á meðal ríbóflavín nýmyndunarleiðir. Þrátt fyrir að alkan 1-mónóoxýgenasa (alkB2) genið sé til staðar í ASxL5T er nýtingarferill kolvetnis ekki lokið. Í erfðamengi ASxL5T eru samstæður gena sem eru auðkenndar sem aðallega ábyrgir fyrir niðurbroti kolvetna í T. oleiverans MIL-1T21, eins og TOL_2658 (alkB) og TOL_2772 (alkóhól dehýdrógenasa), augljóslega fjarverandi. Mynd 3B sýnir samanburð á genadreifingu í COG flokki milli ASxL5T og Ólífuolíu MIL-1T. Á heildina litið inniheldur minna ASxL5T erfðamengi hlutfallslega færri gen úr hverjum COG flokki samanborið við stærra skylda erfðamengið. Þegar fjöldi gena í hverjum virkum flokki er gefinn upp sem hundraðshluti af erfðamenginu kemur fram munur á hlutfalli gena í flokkunum þýðingar, ríbósómabyggingu og lífmyndun, og orkuframleiðslu- og umbreytingarvirkniflokkunum, sem mynda stærri ASxL5T erfðamengi Hlutfallið er borið saman við sama hóp sem er til staðar í T. oleiverans MIL-1T erfðamengi. Aftur á móti, samanborið við ASxL5T erfðamengi, hefur T. oleivorans MIL-1T hærra hlutfall gena í afritunar-, endurröðunar- og viðgerðarflokkum og umritunarflokkum. Athyglisvert er að stærsti munurinn á innihaldi hvers virks flokks genamenganna tveggja er fjöldi óþekktra gena sem eru til staðar í ASxL5T (Mynd 3B). Framkvæmd var auðgunargreining á KEGG-einingum, þar sem hver KEGG-eining táknar mengi handvirkt skilgreindra starfrænna eininga til skýringar og líffræðilegrar túlkunar á gögnum um erfðamengi. Samanburður á genadreifingu í heildar KOG mát ferli ASxL5T og ólífu MIL-1T er sýndur á mynd 3C. Þessi greining sýnir að þrátt fyrir að ASxL5T hafi fullkomna brennisteins- og köfnunarefnisefnaskiptaferil, þá hefur T. oleiverans MIL-1T það ekki. Aftur á móti hefur T. oleiverans MIL-1T heilan cystein og metíónín efnaskiptaferil, en hann er ófullkominn í ASxL5T. Þess vegna hefur ASxL5T einkennandi einingu fyrir súlfataðlögun (skilgreint sem safn gena sem hægt er að nota sem svipgerðarmerki, svo sem efnaskiptagetu eða sjúkdómsvaldandi áhrif; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Í T oleiverans MIL-1T. Samanburður á genainnihaldi ASxL5T við listann yfir gena sem benda til rándýrs lífsstíls er ófullnægjandi. Þó að waaL genið sem kóðar lígasann sem tengist O mótefnavaka fjölsykrunni við kjarnann sé til staðar í ASxL5T erfðamenginu (en það er algengt í mörgum Gram-neikvæðum bakteríum), geta tryptófan 2,3-díoxýgenasa (TDO) gen innihaldið 60 amínó súr svæði sem almennt finnast í rándýrum bakteríum sem eru ekki til staðar. Það eru engin önnur rándýr einkennandi gen í ASxL5T erfðamenginu, þar á meðal þau sem kóða fyrir ensím sem taka þátt í ísóprenoid lífmyndun í mevalonat ferlinu. Athugaðu að það er ekkert umritunarstýrandi gen gntR í rándýrahópnum sem skoðaður var, en hægt er að greina þrjú gntR-lík gen í ASxL5T.
Svipgerðareiginleikar ASxL5T eru teknir saman í töflu 3 og bornir saman við svipgerðareiginleika skyldra ættkvísla 23, 24, 25, 26 og 27 sem greint er frá í bókmenntum. Einangraðir frá T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis og Oceanobacter kriegii eru virkir, saltþolnir, oxidasa-jákvæðir stangalaga líkamar, en hafa nánast engin önnur svipgerðareiginleika með ASxL5T. Meðal pH sjávar er 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), sem endurspeglast í T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis og O. kriegii. ASxL5T er hentugur fyrir stærra pH-svið (4-9) sem er dæmigert fyrir tegundir utan sjávar. Svipgerðareinkenni Thalassolituus sp. C2-1. Óþekkt. Vaxtarhitasvið ASxL5T er almennt breiðara en sjávarstofna (4–42 °C), þó að sum en ekki öll T. marinus einangruð séu hitaþolin. Vanhæfni til að rækta ASxL5T í seyðimiðlum kom í veg fyrir frekari svipgerðareinkenni. Notaðu API 20E til að prófa efnin sem eru skrapuð af BA plötunni, ONPG, arginín díhýdrólasa, lýsín dekarboxýlasa, ornítín dekarboxýlasa, sítratnýtingu, ureasa, tryptófan deamínasa, gelatín vatnsrof ensím, prófunarniðurstöðurnar voru allar neikvæðar, en ekkert indól, asetóín og H2S voru framleiddar. Ógerjuð kolvetni eru meðal annars: glúkósa, mannósi, inósítól, sorbitól, ramnósi, súkrósa, melibíósa, amygdalín og arabínósi. Í samanburði við birtu tengdu viðmiðunarstofnana er frumufitusýrusnið ASxL5T stofnsins sýnd í töflu 4. Helstu frumufitusýrurnar eru C16:1ω6c og/eða C16:1ω7c, C16:0 og C18:1ω9. Hýdroxýfitusýrur C12:0 3-OH og C10:0 3-OH eru einnig til. Hlutfallið C16:0 í ASxL5T er hærra en uppgefið gildi skyldra ættkvísla. Aftur á móti, samanborið við T. marinus IMCC1826TT, er hlutfallið C18:1ω7c og/eða C18:1ω6c í ASxL5T minnkað. oleivorans MIL-1T og O. kriegii DSM 6294T, en fannst ekki í B. sanyensis KCTC 32220T. Samanburður á fitusýrusniðum ASxL5T og ASxLS leiddi í ljós lúmskan mun á magni einstakra fitusýra milli stofnanna tveggja, sem er í samræmi við erfðafræðilega DNA röð sömu tegundar. Engar pólý-3-hýdroxýbútýrat (PHB) agnir greindust með því að nota Sudan black prófið.
Afránvirkni ASxL5T baktería var rannsökuð til að ákvarða svið bráða. Þessi baktería getur myndað skellur á Campylobacter tegundir, þar á meðal: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 og C. upsaliensis NCTC 11541T. Notaðu ræktirnar sem taldar eru upp í hýsilsviðsákvörðunarhluta aðferðarinnar til að prófa fjölbreyttari svið Gram-neikvæðar og Gram-jákvæðra baktería. Niðurstöðurnar sýna að ASxL5T er einnig hægt að nota í Escherichia coli NCTC 86 og Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques sem myndast á Klebsiella oxytoca 11466. TEM víxlverkunin við E. coli NCTC 86 er sýnd á mynd 4A-D og víxlverkunin við Campylobacter jejuni PT14 og Campylobacter suis S12 er sýnd á mynd 4E-H miðju. Árásaraðferðin virðist vera mismunandi milli bráðategunda sem prófaðar voru, þar sem ein eða fleiri E. coli frumur eru tengdar við hverja ASxL5T frumu og staðsettar hliðar meðfram útbreiddu frumunni fyrir aðsog. Aftur á móti virðist ASxL5T festast við Campylobacter í gegnum einn snertipunkt, venjulega í snertingu við topp rándýrafrumunnar og nálægt toppi Campylobacter frumunnar (Mynd 4H).
TEM sem sýnir samspil ASx5LT og bráð: (AD) og E. coli bráð; (EH) og C. jejuni bráð. (A) Dæmigerð ASx5LT fruma tengd einni E. coli (EC) frumu; (B) Þráðlaga ASx5LT fest við eina EC frumu; (C) Þráðlaga ASx5LT fruma tengd mörgum EC frumum; (D) Viðhengi Smærri ASx5LT frumur á einni E. coli (EC) frumu; (E) ein ASx5LT fruma tengd við Campylobacter jejuni (CJ) frumu; (F) ASx5LT ræðst á C. hyointestinalalis (CH) frumur; (G) tvær Ein ASx5LT fruma réðst á CJ frumu; (H) Nærmynd af ASx5LT viðhengispunkti, nálægt toppi CJ frumunnar (bar 0,2 μm). Stikurinn táknar 1 μm í (A–G).
Rándýrar bakteríur hafa þróast til að nýta sér ríkulega bráðauppsprettu. Augljóslega eru þeir víða til staðar í mörgum mismunandi umhverfi. Vegna þröngrar stærðar þýðismeðlima er hægt að einangra ASxL5T bakteríur úr gryfjunni með því að nota föguaðskilnaðaraðferðina. Erfðafræðileg þýðing ASxL5T fyrir meðlimi oceanospirillaceae fjölskyldu sjávarbaktería kemur á óvart, þó að lífveran sé saltþolin og geti vaxið á miðli sem inniheldur 5% salt. Vatnsgæðagreining á gróðurlausninni sýndi að natríumklóríðinnihald var minna en 0,1%. Því er leðja langt í burtu frá lífríki sjávar - bæði landfræðilega og efnafræðilega. Tilvist þriggja skyldra en ólíkra einangra frá sömu uppruna gefur vísbendingar um að þessi rándýr dafni vel í þessu umhverfi sem ekki er sjávar. Að auki sýndi örverugreining (gagnaskrár fáanlegar frá https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) að sama 16S rRNA gena röðin er staðsett í efstu 50 algengustu rekstrarflokkunum (OTU) ) Í nokkrum sýnatöku milli leðju. Nokkrar óræktaðar bakteríur fundust í Genbank gagnagrunninum, sem hafa 16S rRNA genaröð svipað og ASxL5T bakteríur. Þessar raðir, ásamt raðir ASxL5T, ASxS5 og ASxO5, virðast tákna mismunandi klæðar aðskildar frá Thalassolituus og Oceanobacter (Mynd 2). Þrjár tegundir óræktaðra baktería (GQ921362, GQ921357 og GQ921396) voru einangraðar úr sprunguvatninu á 1,3 kílómetra dýpi í Suður-Afríku gullnámunni árið 2009, og hinar tvær (DQ256320 og DQ337006) voru í Suður-Afríku (also) árið 2005). 16S rRNA genaröðin sem er náskyld ASxL5T er hluti af 16S rRNA genaröðinni sem fengin er úr auðgunarræktun sandseta sem fengust frá ströndum Norður-Frakklands árið 2006 (aðgangsnúmer AM29240828). Önnur náskyld 16S rRNA gena röð frá óræktuðu bakteríunni HQ183822.1 var fengin úr söfnunartanki sem skolaður var frá urðunarstað sveitarfélaga í Kína. Augljóslega eru ASxL5T bakteríur ekki mjög dæmigerðar í flokkunarfræðilegum gagnagrunnum, en þessar raðir úr óræktuðum bakteríum eru líklegar til að tákna lífverur svipaðar ASxL5T, sem eru dreifðar um allan heim, venjulega í krefjandi umhverfi. Frá allsherjargreiningu erfðamengisins er næst ættingi ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Og O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus er meðlimur sjávarskylda kolvetnisbrotsbaktería (OHCB), sem er útbreidd í sjávarumhverfi og á landi og verður venjulega ríkjandi eftir kolvetnismengun30,31. Sjávarbakteríur eru ekki meðlimir OHCB hópsins heldur eru þær einangraðar úr sjávarumhverfinu.
Svipgerðargögn benda til þess að ASxL5T sé ný tegund og meðlimur áður óþekktrar ættkvíslar í sjávar spirospiraceae fjölskyldunni. Sem stendur er enginn skýr staðall til að flokka nýeinangraða stofna í nýja ættkvísl. Reynt hefur verið að ákvarða alhliða ættkvíslamörk, til dæmis, miðað við hlutfall erfðamengis íhaldssams próteins (POCP), er mælt með því að skerðingargildið sé 50% eins og viðmiðunarstofninn33. Aðrir benda til þess að nota AAI gildi, sem hafa kosti fram yfir POCP vegna þess að hægt er að fá þau úr ófullnægjandi erfðamengi34. Höfundur telur að ef AAI gildið er minna en 74% miðað við líkanstofn líkantegundarinnar sé stofninn fulltrúi annarrar ættkvíslar. Fyrirmyndarættkvíslin í marine spirillaceae er marine spirillum og fyrirmyndarstofninn er O. linum ATCC 11336T. AAI gildið á milli ASxL5T og O. linum ATCC 11336T er 54,34% og AAI gildið milli ASxL5T og T. oleivorans MIL-1T (ættkvíslartegunda) er 67,61%, sem gefur til kynna að ASxL5T táknar nýja ættkvísl sem er ólík Thalassolituus. Með því að nota 16S rRNA genaröðina sem flokkunarstaðal eru ráðlögð ættkvíslarafmörkun 94,5%35. ASxL5T má setja í Thalassolituus ættkvíslinni, sem sýnir 95,03% 16S rRNA röð samsvörun með T. oleivorans MIL-1T og 96,17%. marinus IMCC1826T. Hins vegar verður það einnig sett í Bacteroides ættkvíslinni sem hefur 94,64% 16S rRNA gen samsvörun með B. sanyensis NV9, sem gefur til kynna að notkun eins gena eins og 16S rRNA gensins getur leitt til handahófskenndra flokkunar og úthlutunar. Önnur leiðbeinandi aðferð notar ANI og Genome Alignment Score (AF) til að skoða þyrping gagnapunkta úr öllum gerðum og ótegundastofnum núverandi ættkvísla. Höfundur mælir með því að sameina ættkvíslarmörkin við beygingarpunkt áætlaðrar ættkvíslar sem er sértækur fyrir flokkinn sem verið er að greina. Hins vegar, ef það eru ekki til nógu margar heilar erfðamengisraðir úr Thalassolituus einangrunum, er ómögulegt að ákvarða hvort ASxL5T tilheyri Thalassolituus ættkvíslinni með þessari aðferð. Vegna takmarkaðs framboðs á fullkomnum erfðamengisröðum til greiningar, ætti að túlka allt erfðamengistréð með varúð. Í öðru lagi geta samanburðaraðferðir í heilu erfðamengi ekki gert grein fyrir verulegum mun á stærð samanborinna erfðamengisins. Þeir mældu líkindi varðveittra kjarna einstaks gena milli skyldra ættkvísla, en tóku ekki tillit til fjölda gena sem eru ekki til staðar í miklu minna erfðamengi ASxL5T. Augljóslega eiga ASxL5T og hópar þar á meðal Thalassolituus, Oceanobacter og Bacterioplanes sameiginlegan forföður, en þróunin hefur farið aðra leið, sem hefur leitt til minnkunar á erfðamenginu, sem getur verið að laga sig að rándýrum lífsstíl. Þetta er öfugt við T. oleivorans MIL-1T, sem er 28% stærra og hefur þróast við mismunandi umhverfisþrýsting til að nýta kolvetni23,30. Áhugaverðan samanburð er hægt að gera með skyldum innanfrumu sníkjudýrum og sambýli, eins og Rickettsia, Chlamydia og Buchnera. Erfðamengi þeirra er um 1 Mb. Hæfni til að nýta umbrotsefni hýsilfrumna leiðir til genataps, svo Gekkst undir veruleg þróunarfræðileg erfðafræðileg niðurbrot. Þróunarbreytingar frá sjávarefnafræðilegum næringarefnum í rándýr lífsstíl geta leitt til svipaðrar minnkunar á stærð erfðamengisins. COG og KEGG greiningin undirstrikar fjölda gena sem notuð eru fyrir sérstakar aðgerðir og alþjóðlegan mun á erfðafræðilegum ferlum milli ASxL5T og T. oleivorans MIL-1T, sem stafar ekki af víðtæku framboði á hreyfanlegum erfðaþáttum. Munurinn á G + C hlutfalli alls erfðamengis ASxL5T er 56,1% og á T. oleivorans MIL-1T er 46,6%, sem bendir einnig til þess að það sé aðskilið.
Athugun á kóðunarinnihaldi ASxL5T erfðamengisins veitir hagnýta innsýn í svipgerðareiginleika. Tilvist gena sem kóða tegund IV fimbriae (Tfp) er sérstaklega áhugaverð vegna þess að þau stuðla að frumuhreyfingu, sem kallast félagsleg svifflug eða krampar, án flagella á yfirborðinu. Samkvæmt skýrslum hefur Tfp aðrar aðgerðir, þar á meðal afrán, meingerð, myndun líffilmu, náttúrulega upptöku DNA, sjálfvirka frumusamsöfnun og þróun38. ASxL5T erfðamengi inniheldur 18 gen sem kóða diguanylate cyclase (ensím sem hvetur umbreytingu 2 gúanósín þrífosfats í gúanósín 2 fosfat og hringlaga diGMP) og 6 gen sem kóða samsvarandi dígúanýlat sýklasa fosfat dígúan. Genið fyrir esterasa (hvatar niðurbrot hringlaga di-GMP í gúanósín mónófosfat) er áhugavert vegna þess að cycl-di-GMP er mikilvægur annar boðberi sem tekur þátt í þróun líffilmu og aðskilnað, hreyfingu, frumutengingu og meinvirkni 39, 40 í ferlinu. Það skal einnig tekið fram að í Bdellovibrio bacteriovorus hefur verið sýnt fram á að hringlaga tvöfaldur GMP stýrir umskiptum milli frjálss lífs og rándýrs lífsstíls41.
Flestar rannsóknir á rándýrum bakteríum hafa beinst að Bdellovibrio, Bdellovibrio-líkum lífverum og Myxococcus tegundum. Þessi og önnur þekkt dæmi um rándýrar bakteríur mynda fjölbreyttan hóp. Þrátt fyrir þennan fjölbreytileika hefur safn einkennandi próteinfjölskyldna sem endurspegla svipgerðir 11 þekktra rándýra baktería verið greind3,22. Hins vegar hafa aðeins gen sem kóða O antigen ligasa (waaL) verið auðkennd, sem er sérstaklega algengt í Gram-neikvæðum bakteríum. Þetta form greininga er ekki gagnlegt við að tilgreina ASxL5T sem rándýr, líklega vegna þess að það notar nýja árásarstefnu. Aðgengi að fjölbreyttari genamengi rándýra baktería mun hjálpa til við að þróa fínni greiningar á upplausn sem taka tillit til vísbendinga um virkni og umhverfismun milli hópmeðlima. Dæmi um rándýra bakteríur sem ekki eru teknar með í þessari greiningu eru meðlimir Cupriavidus necator42 og Bradymonabacteria43, vegna þess að þegar vísindamenn rannsaka mismunandi örverusamfélög, myndast fleiri rándýrar tegundir.
Mest áberandi eiginleiki ASxL5T baktería sem teknar er með TEM mynd er einstök og sveigjanleg formgerð þeirra, sem getur stuðlað að samskiptum við bráðbakteríur. Tegund milliverkana sem sést er frábrugðin öðrum rándýrum bakteríum og hefur ekki áður verið uppgötvað eða tilkynnt. Fyrirhugaður ASxL5T rándýr lífsferill er sýndur á mynd 5. Það eru fá dæmi í bókmenntum með svipaða apical uppbyggingu og við greinum hér, en þessi dæmi eru Terasakiispira papahanaumokuakeensis, sjávar spirillum baktería með einstaka toppstækkun 44, og Alphaproteobacteria, Teraakiella pusakiella. , sem áður tilheyrði ættkvíslinni Oceanospirillum, sýna Svokallaða „skautfilmu“ 45. Kokkamyndir sjást oft í eldri ræktun, sérstaklega fyrir bakteríur með bogadregið form, eins og Vibrio, Campylobacter og Helicobacter 46, 47, 48, sem geta táknað niðurbrot. Frekari vinnu er þörf til að skýra nákvæman lífsferil ASxL5T baktería. Til að ákvarða hvernig það fangar og bráð, og hvort erfðamengi þess kóðar líffræðilega virk efnasambönd sem hægt er að nota í læknisfræðilegum eða líftæknilegum tilgangi.
Lýsing á Venatorbacter gen. nóvember Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. er samsettur af venators frá L. n. venator,'hunter' og Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' Frumur eru loftháðar, saltþolnar, bognar Gram-blettur neikvæðar, hreyfistöng og oxidasavirkni safnast ekki upp. Á hitabilinu 4 til 42 °C Inngróið pH-sviðið 4-9 er óvenjulegt í sjávarsniglum. 0 og C18:1ω9; C12:0 3-OH og C10:0 3-OH finnast sem hýdroxýfita sýrur vaxa ekki í seyði. DNA G + C innihaldið. Meðlimir þessarar ættkvíslar sýna ónæmi fyrir Campylobacter .
Lýsing á Venatorbacter cucullus sp. nóvember Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus þýðir klæðning).
Að auki er lýsandi eiginleiki þessarar ættkvíslar að þegar þær eru ræktaðar á BA eða BHI eru frumurnar 1,63 µm langar og 0,37 µm breiðar. Nýlendurnar á BHI agar eru mjög litlar, ná 2 mm í þvermál eftir 72 klst. Þau eru drapplituð, hálfgagnsær, kringlótt, kúpt og glansandi. Meðlimir þessarar tegundar geta notað Escherichia coli og Klebsiella. Campylobacter og nokkrar aðrar Gram-neikvæðar bakteríur þjóna sem bráð.
Dæmigerður stofn ASxL5T var einangraður úr nautamjólk í Nottinghamshire, Bretlandi, og geymdur í National Type Culture Collection (UK): aðgangsnúmer NCTC 14397 og Holland Bacterial Culture Collection (NCCB) aðildarnúmer NCCB 100775. Heildar genamengi ASxL5T hefur verið lagt inn í Genbank samkvæmt viðbótinni CP046056.
ASxL5T bakteríur voru einangraðar úr nautamjólk með því að nota faga einangrunartækni9,49. Grugglausnin var þynnt 1:9 (w/v) í SM jafnalausn (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O og 0,01% gelatín; Sigma Aldrich, Gillingham, Bretlandi), síðan ræktað við 4°C í 24 klukkustundir, snúið hægt til að skola rándýrin inn í biðminni. Sviflausnin var skilin í skilvindu við 3000g í 3 mínútur. Fljótandi vökvanum var safnað saman og skilið í skilvindu við 13.000 g í annað sinn í 5 mínútur. Fljótandi vökvinn var síðan settur í gegnum 0,45 µm himnusíu (Minisart; Sartorius, Gottingen, Þýskalandi) og 0,2 µm himnusíu (Minisart) til að fjarlægja allar bakteríufrumur sem eftir eru. ASxL5T getur staðist þessar síur. Mjúk agar grasflöt af Campylobacter enterosus S12 (NCBI aðgangsnúmer CP040464) úr sömu gróðurlausn var útbúin með stöðluðum aðferðum. Síuðri grugglausninni var dreift á hverja af þessum hýsilfrumuplötum í 10 µl dropum í þríriti og látin þorna. Platan var ræktuð í örloftsæknum tanki við 37°C í 48 klukkustundir við örloftháðar aðstæður (5% O2, 5% H2, 10% CO2 og 80% N2). Sýnilegur veggskjöldur sem fékkst var dreginn út í SM jafnalausn og fluttur yfir á ferska grasflöt C. hyointestinalis S12 til að fjölga lýtu lífverunum frekar. Þegar búið er að ákveða að bakteríurnar séu orsök lytic plaque en ekki fagur, reyndu að rækta lífveruna óháð hýsilnum og einkenna hana frekar. Loftháð ræktunin var framkvæmd við 37 °C með 5% v/v tvíbreiðu hrossablóði (TCS Biosciences Lt, Buckingham, Bretlandi, viðbót). Samkvæmt leiðbeiningum National Clinical Standards Committee er diskadreifingaraðferðin notuð til að prófa sýklalyfjanæmi. BHI agar var ræktaður við 37 °C með því að nota disk sem innihélt eftirfarandi sýklalyf (Oxoid) fyrir loftháða ræktun: amoxicillin og clavulanic acid 30 µg; cefotaxím 30 µg; streptómýsín 10 µg; cíprófloxasín 5 µg; Ceftazidím 30 µg Nalidixinsýra 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Klóramfenikól 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracýklín 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxím 10 µg; Trímetóprím-súlfametoxazól 25 µg. Saltþolið var komið á með loftháðri ræktun á BHI agar plötum við 37 °C. Viðbótar NaCl var bætt við BHI agar plöturnar til að veita styrkleikabil allt að 10% w/v. pH-sviðið er ákvarðað með loftháðri ræktun á BHI agarplötum við 37°C, þar sem pH-sviðið hefur verið stillt á milli 4 og 9 með dauðhreinsuðu HCl eða dauðhreinsuðu NaOH, og pH-markgildið er staðfest áður en hellt er á plötuna. Fyrir frumufitusýrugreiningu var ASxL5T ræktað á BHI agar í 3 daga og loftháð við 37 °C. Samkvæmt MIDI (Sherlock Microbial Identification System, útgáfa 6.10) staðlaðri siðareglur FERA Science Ltd, (York, Bretlandi), voru frumufitusýrur dregnar út, útbúnar og greindar.
Fyrir TEM var ASxL5T ræktað loftháð með því að dreifa jafnt á BA við 37°C í 24 klukkustundir og síðan safnað í 1 ml af 3% (v/v) glútaraldehýði í 0,1 M kakódýlatbuffi við stofuhita Fixað í 1 klukkustund, síðan skilið í skilvindu. við 10.000 g í 3 mínútur. Blandið síðan kúlunni varlega aftur í 600 μl 0,1 M cacodylate jafnalausn. Flyttu fasta ASxL5T sviflausnina yfir í Formvar/kolefnisfilmuna á 200 möskva koparrist. Bakteríurnar voru litaðar með 0,5% (w/v) úranýl asetati í 1 mínútu og skoðaðar með TEM með TEI Tecnai G2 12 Biotwin smásjá. Eins og getið er hér að ofan, sameinaðu sama fjölda bráða og rándýra í NZCYM seyði (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) og ræktaðu í 48 klukkustundir við örþolnar aðstæður Campylobacter eða Campylobacter við 37°C, Samspil rándýrs og bráða var einnig skoðað af TEM. Loftháðar aðstæður fyrir Escherichia coli. Skoðaðu bráð og rándýrar bakteríur sjálfstætt til að ákvarða breytingar á frumugerð vegna rándýra. Sudan svarta aðferðin var notuð við sjónsmásjárskoðun á PHB uppsöfnun.
Ræktaðu ASxL5T ræktun yfir nótt með því að strjúka vexti á BHI eða BA plötur með dauðhreinsuðum þurrku. Safnaðu ASxL5T frumum og settu þær í MRD (CM0733, Oxoid) og settu þær síðan við 4°C í 7 daga til að svelta frumurnar. NCTC viðmiðunar- eða tilraunastofn bakteríuræktin var sáð inn í BHI seyði eða nr. 2 næringarefnissoð (CM007, Oxoid), ræktað yfir nótt, skilið í skilvindu við 13.000g og endurblandað í MRD þar til OD600 var 0,4. Ræktun: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, LeNCiella 4oxyto6, LeNCiella oxyto6. 10817, Listeria Special baktería NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus kafbátahamborgari NCTC 1621T, Salmonella bakteríur 47 sýklum, Salmonella bakteríur NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter hýsilinn var ræktaður með örveruþolnum hætti á BA plötum við 37°C NZ og CYM sviflausn. Prófuðu Campylobacter hýsarnir eru: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.i lari NCTC 11458, C.i lari PT14, C... Safnaðu frumum í MRD, skilið í skilvindu við 13.000g og endurblönduðu í MRD þar til OD600 er 0,4. Bætið skammti af 0,5 ml af sviflausn við 5 ml bræddan NZCYM toppagar (0,6% agar) og hellið honum á 1,2% NZCYM botnplötu. Eftir herðingu og þurrkun var raðþynntu ASxL5T dreift sem 20 µl dropum á hverja grasflöt í þríriti. Ræktunarhitastig og andrúmsloft fer eftir kröfum prófbakteríanna.
Notaðu GenElute™ baktería erfðafræðilegt DNA Kit (Sigma Aldridge) til að búa til DNA úr bakteríueinangrunum. Staðlaðar aðferðir voru notaðar til PCR mögnunar á 16S rRNA geni og ákvörðun afurðaröðunar með því að nota litarlokunarefnafræði (Eurofins Value Read Service, Þýskalandi). Notaðu BLAST-N forritið til að bera þessar raðir saman við aðrar 16S rRNA genaraðir til að bera kennsl á og safna náskyldum tegundum. Þetta er samræmt með því að nota ClustalW í MEGA X forritinu. Fræðslutréð var endurbyggt með MEGA X með því að nota hámarkslíkindaaðferðina byggða á Tamura-Nei líkaninu, með 1000 leiðsögnum54. Notaðu PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, Bretlandi) til að draga út DNA fyrir heilar erfðaefnisraðgreiningar. Erfðamengisröð ASxL5T var ákvörðuð með Illumina MiSeq samsetningunni, sem samanstendur af 250 bp tvíhliða lestri sem samanstendur af bókasafni sem er útbúið með Nextera merkingarsettinu og 2 til 20 kb löngum lestri frá PacBio pallinum. Genomics DNA Sequencing Research Facility við Sembia háskólann. Erfðamengið var sett saman með því að nota CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Árósum, Danmörku). ASxL5T ræktun er geymd í National Type Culture Collection (UK) og Holland Bacterial Culture Collection (NCCB). Erfðamengi skyldra lífvera sem notuð eru til samanburðar eru: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (aðgangsnúmer HF680312, heill); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (aðgangsnúmer BMYY01000001, ófullnægjandi); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (aðgangsnúmer NZ_AUGV00000000, ófullnægjandi); Marinamonas samfélagið DSM 5604T (bætt við ASM436330v1, ófullnægjandi), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (bætt við MTSD02000001, ófullnægjandi) og Thalassolituus sp. C2-1 (bæta við NZ_VNIL01000001, ófullnægjandi). Notaðu JGI Genome Portal36 á https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= til að ákvarða alignment score (AF) og meðalkjarnsýrueinkenni (ANI). Í pörum. Aðferð Rodriguez-R & Konstantinidis55 var notuð til að ákvarða amínósýrueinkenni (AAI). Notaðu GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 til að búa til áætlað hámarkslíkur á fylógenískt tré. Inntakserfðamengi sem táknar tiltæka viðmiðunarerfðamengi er valið úr tilvísunarættkvíslum sem auðkenndar eru tengdar ASxL5T úr 16S rRNA ættfræðinni. Skýrði tréð með því að nota gagnvirka lífsins tré á netinu (https://itol.embl.de/). Virka skýringin og greiningin á ASxL5T erfðamenginu er framkvæmd með því að nota BlastKOALA KEGG nettólið með því að nota KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) mát auðgunardreifingu. Dreifing COG flokka (orthologous hópa) er ákvörðuð með eggNOG-mapper nettólinu.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ og Muñoz-Dorado, J. Afrán baktería: 75 ár og það heldur áfram! . umhverfi. örvera. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. o.fl. Fjölbreytni og bakteríudrepandi möguleiki rándýra baktería á strandlengju Perú. mars lyf. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. o.fl. Í gegnum genin þeirra muntu skilja þau: erfðafræðileg einkenni rándýra baktería. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Rándýr lífsstíll bakteríuvefsins Bdellovibrio. setja upp. Pastor örverur. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Sýklalyf frá rándýrum bakteríum. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio og svipaðar lífverur spá fyrir um fjölbreytileika örvera í mismunandi hýsilþýðum. örvera. Vistfræði. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. og Ballesté-Delpierre, C. Uppgötvaðu núverandi stöðu nýrra bakteríudrepandi lyfja. klínískt. örvera. Smitast. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. o.fl. Tvöfalt afrán fögur og fögur getur útrýmt E. coli bráð án þess að vera eitt afrán. J. Bakteríur. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Fjöldi og fjölbreytileiki kampýlóbakters og bakteríufata sem einangruð eru á meðan á fóðrun stendur lausagöngu og lífrænna kjúklinga. Umsóknarumhverfi. örvera. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA o.fl. Uppfæra erfðafræðilega flokkun og faraldsfræði Campylobacter svína. vísindi. Fulltrúi 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, læknir GToTree: Notendavænt vinnuflæði fyrir erfðafræði kerfa. Lífupplýsingafræði 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Margfalda röðunaraðferð sem dregur úr tíma og rúmi. BMC líffræðilegar upplýsingar. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Verkfæri til sjálfvirkrar aðlögunar og klippingar í stórfelldri fylgjugreiningu. Lífupplýsingafræði 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gena og metagenomic röð þýðingar upphafsstaða spá. Lífupplýsingafræði 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Þverpalla og skilvirkt NCBI flokkunarverkfærasett. Bio Rxiv. (Sótt 1. júní 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Verð, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-áætlað hámarkslíkindatré með stórri röðun. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Sótt 1. júní 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Kjarnsýrurannsóknir. 28, 27-30 (2000).
Tékkland, L. o.fl. Hlutverk extremolytes ektóíns og hýdroxýektóíns sem streituverndar og næringarefna: erfðafræði, erfðafræði kerfisins, lífefnafræði og burðargreiningar. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Mismunandi próteintjáning við vöxt hinnar skyldubundnu sjávarkolvetnis-niðurbrotsbakteríunnar Thalassolituus oleivorans MIL-1 við vöxt miðlungs- og langkeðjualkana. framan. örvera. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. og Jurkevitch, E. Ný samanburðaraðferð erfðafræðinnar til að skilgreina svipgerðasértæka vísbendingar sýnir sérstaka arfleifð í rándýrum bakteríum. Almannavísindabókasafn eitt. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, o.fl. Thalassolituus oleivorans gen. nóvember, sp. nóv., ný tegund sjávarbaktería sem sérhæfir sig í notkun kolvetnis. alþjóðavæðing. J. Kerfi. þróun. örvera. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. nóvember, sp. Í nóvember skildi það sig frá sjónum sem streymdi í Suður-Kyrrahafi. alþjóðavæðing. J. Kerfi. þróun. örvera. 66, 5010–5015 (2016).