סוג חדש של חיידקים ASxL5T גראם שליליים, אירוביים, עמידים למלח, פעילים, בצורת מוט וטורפים, בודד מבריכת גללי פרות בנוטינגהמשייר, אנגליה, והשתמש בקמפילובקטר כטרף שלו. לאחר מכן, מינים אחרים של קמפילובקטר וחברים ממשפחת ה-Enterobacteriaceae התגלו כטרף. לאחר תת-תרבות ללא תאי מארח, הושגה צמיחה אספטית חלשה על אגר עירוי לב במוח. תנאי הגידול האופטימליים הם 37 מעלות צלזיוס וה-pH הוא 7. מיקרוסקופ אלקטרונים של העברה חשפה כמה מאפיינים מורפולוגיים חריגים מאוד הקשורים לזמינות של טרף. ניתוח פילוגנטי באמצעות רצף הגנים rRNA 16S הצביע על כך שהמבודד קשור לחבר ממשפחת הספירולינה הימית, אך לא ניתן לסווג אותו בבירור כחבר מכל סוג ידוע. רצף גנום שלם של ASxL5T אישר את הקשר עם חברי הספירושטים הימיים. חיפוש במסד הנתונים גילה שמספר ASxL5Ts חולקים רצפי גנים של 16S rRNA עם מספר חיידקים לא מתרבות מהאוקיינוס, פני הקרקע ומי התהום. אנו מציעים שהזן ASxL5T מייצג מין חדש בסוג חדש. אנו ממליצים על השם Venatorbacter cucullus gen. נובמבר, sp. בנובמבר, ASxL5T שימש כזן הטיפוס.
חיידקים טורפים הם חיידקים המפגינים את היכולת לצוד ולהרוג חיידקים חיים אחרים כדי להשיג חומרים ביו-סינתטיים ואנרגיה. זה שונה מההחלמה הכללית של חומרים מזינים ממיקרואורגניזמים מתים, וזה שונה גם מאינטראקציות טפיליות, שבהן חיידקים יוצרים קשר הדוק עם המארח שלהם מבלי להרוג אותם. חיידקים טורפים פיתחו מחזורי חיים שונים כדי לנצל מקורות מזון בשפע בגומחות שבהן הם נמצאים (כגון בתי גידול ימיים). הם קבוצה מגוונת מבחינה טקסונומית, המחוברים רק על ידי מחזור החיים הייחודי שלהם לעיקור1. דוגמאות לחיידקים טורפים נמצאו בכמה סוגים שונים, כולל: Proteobacteria, Bacteroides וכלורלה.3. עם זאת, החיידקים הטורפים שנחקרו היטב הם האורגניזמים Bdellovibrio ו-Bdellovibrio-and-like (BALOs4). חיידקים טורפים הם מקור מבטיח לתרכובות חדשות פעילות ביולוגית וחומרים אנטיבקטריאליים5.
מאמינים שחיידקים טורפים מגבירים את המגוון המיקרוביאלי ויש להם השפעה חיובית על בריאות המערכת האקולוגית, הפרודוקטיביות והיציבות6. למרות התכונות החיוביות הללו, ישנם מעט מחקרים על חיידקים טורפים חדשים בשל הקושי בתרבות חיידקים והצורך להתבונן בקפידה באינטראקציות בין תאים כדי להבין את מחזורי החיים המורכבים שלהם. מידע זה לא קל להשיג מניתוח ממוחשב.
בעידן של עמידות גוברת לאנטי-מיקרוביאלית, נחקרות אסטרטגיות חדשות למיקוד על פתוגנים חיידקיים, כגון שימוש בבקטריופאג'ים וחיידקים טורפים7,8. חיידקי ASxL5T בודדו בשנת 2019 באמצעות טכנולוגיית בידוד פגים מגללי פרות שנאספו ממרכז החלב של אוניברסיטת נוטינגהאם, נוטינגהמשייר. מטרת החקירה היא לבודד אורגניזמים בעלי פוטנציאל כסוכני בקרה ביולוגיים. Campylobacter hyointestinalis הוא פתוגן זואונוטי, אשר קשור יותר ויותר למחלות מעיים אנושיות10. הוא נמצא בכל מקום בסרום ומשמש כמארח מטרה.
חיידק ה-ASxL5T בודד מג'לי בקר מכיוון שנצפה שהפלאקים שהוא יצר על הדשא של C. hyointestinalis דומים לאלו המיוצרים על ידי בקטריופאג'ים. זהו ממצא בלתי צפוי, מכיוון שחלק מתהליך בידוד הפאג' כולל סינון דרך מסנן 0.2 מיקרומטר, שנועד להסיר תאי חיידקים. בדיקה מיקרוסקופית של החומר שהופק מהרובד גילתה שהחיידקים הקטנים המעוקלים בצורת מוט גרם-שלילי לא צברו פוליהידרוקסי-בוטיראט (PHB). התרבות האספטית שאינה תלויה בתאי טרף מתממשת במדיום מוצק עשיר (כגון אגר עירוי לב במוח (BHI) ואגר דם (BA)), והצמיחה שלו חלשה. זה מתקבל לאחר תת-תרבות עם חיסון כבד לשפר. הוא גדל באותה מידה בתנאי חמצן מיקרו-אירוביים (7% v/v חמצן) וחמצן אטמוספרי, אך לא באטמוספרה אנאירובית. לאחר 72 שעות, קוטר המושבה היה קטן מאוד, הגיע ל-2 מ"מ, והוא היה בז', שקוף, עגול, קמור ומבריק. בדיקות ביוכימיות סטנדרטיות נפגעות מכיוון שלא ניתן לגדל את ASxL5T בצורה מהימנה במדיה נוזלית, מה שמרמז שהיא עשויה להסתמך על מחזור החיים המורכב של יצירת ביופילם. עם זאת, ההשעיה של הצלחת הראתה ש-ASxL5T הוא אירובי, חיובי לאוקסידאז וקטלאז, ויכול לסבול 5% NaCl. ASxL5T עמיד ל-10 מיקרוגרם סטרפטומיצין, אך רגיש לכל שאר האנטיביוטיקה שנבדקה. תאי החיידק ASxL5T נבדקו על ידי TEM (איור 1). כאשר גדלים ללא תאי טרף על BA, תאי ASxL5T הם קמפילובקטר קטנים, עם אורך ממוצע של 1.63 מיקרומטר (± 0.4), רוחב של 0.37 מיקרומטר (± 0.08), וקוטב ארוך (עד 5 מיקרומטר) בודד. דגלים מיניים. נראה שלכ-1.6% מהתאים יש רוחב של פחות מ-0.2 מיקרומטר, מה שיאפשר מעבר דרך מכשיר המסנן. הרחבה מבנית יוצאת דופן נצפתה בחלק העליון של כמה תאים, בדומה ליריית (Latin cucullus) (ראה את החצים ב-1D, E, G). נראה שזה מורכב מעודף קרום חיצוני, אשר עשוי לנבוע מהירידה המהירה בגודל המעטפת הפריפלסמית, בעוד שהקרום החיצוני נותר שלם, מראה מראה "רופף". גידול ASxL5T בהיעדר חומרים מזינים (ב-PBS) במשך זמן רב ב-4 מעלות צלזיוס הביא לרוב (אך לא כל) התאים הראו מורפולוגיה קוקלית (איור 1C). כאשר ASxL5T גדל עם Campylobacter jejuni כטרף במשך 48 שעות, גודל התא הממוצע ארוך וצר משמעותית מאשר תאים שגדלו ללא מארח (טבלה 1 ואיור 1E). לעומת זאת, כאשר ASxL5T גדל עם E. coli כטרף במשך 48 שעות, גודל התא הממוצע ארוך ורחב יותר מאשר כאשר הוא גדל ללא טרף (טבלה 1), ואורך התא משתנה, בדרך כלל מראה חוטי (איור 1F). כאשר הדגירה עם Campylobacter jejuni או E. coli כטרף במשך 48 שעות, תאי ASxL5T לא הראו דגלים כלל. טבלה 1 מסכמת את התצפיות על שינויים בגודל התא בהתבסס על נוכחות, היעדרות וסוג הטרף של ASxL5T.
תצוגת TEM של ASx5LT: (א) ASx5LT מציגה שוט ארוך; (ב) סוללת ASx5LT טיפוסית; (ג) תאי קוקסי ASx5LT לאחר דגירה ארוכה ללא חומרים מזינים; (ד) קבוצה של תאי ASx5LT מראים חריגה (E) קבוצת תאי ASx5LT שהודגרה עם טרף קמפילובקטר הראתה אורך תא מוגבר בהשוואה לאלו ללא צמיחת טרף (D) הראתה גם מבנה אפיקלי; (ו) flagella חוטים גדולים, תאי ASx5LT, לאחר דגירה עם טרף E. coli; (ז) תא ASx5LT בודד לאחר דגירה עם E. coli, המראה מבנה עליון יוצא דופן. הפס מייצג 1 מיקרומטר.
קביעת רצף הגן 16S rRNA (מספר גישה MT636545.1) מאפשרת חיפושי מסד נתונים ליצור רצפים דומים לאלו שבמחלקת ה-Gammaproteobacteria, והם הקרובים ביותר לחיידקים ימיים במשפחת הספירילומים הימיים (איור 2), והם חברים בסוג Thalassolituus הקרוב ביותר לבצילוס הימי. רצף הגנים 16S rRNA שונה בבירור מהחיידקים הטורפים השייכים למשפחת ה-Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). ההשוואות הזוגיות של B. bacteriovorus HD100T (סוג זן, DSM 50701) ו-B. bacteriovorus DM11A היו 48.4% ו-47.7%, ועבור B. exovorus JSS זה היה 46.7%. לחיידקי ASxL5T יש 3 עותקים של הגן rRNA 16S, שניים מהם זהים זה לזה, והשלישי נמצא במרחק של 3 בסיסים זה מזה. שני בידודי חיידקים טורפים אחרים (ASx5S ו-ASx5O; מספרי ההצטרפות לגן 16S rRNA הם MT636546.1 ו-MT636547.1, בהתאמה) עם מאפיינים מורפולוגיים ופנוטיפיים דומים מאותו מיקום אינם זהים, אך הם שונים מ-ASxL5T ובלתי-תרבותי. רצפי מסד נתונים מקובצים יחד עם סוגים אחרים ב- Oceanospirillaceae (איור 2). כל רצף הגנום של ASxL5T נקבע ונשמר במסד הנתונים של NCBI, ומספר ההצטרפות הוא CP046056. הגנום של ASxL5T מורכב מכרומוזום עגול של 2,831,152 bp עם יחס G + C של 56.1%. רצף הגנום מכיל 2653 CDS (סה"כ), מתוכם 2567 צפויים לקודד חלבונים, מתוכם 1596 ניתן להקצות כפונקציות משוערות (60.2%). הגנום מכיל 67 גנים מקודדי RNA, כולל 9 rRNA (3 כל אחד עבור 5S, 16S ו-23S) ו-57 tRNAs. המאפיינים הגנומיים של ASxL5T הושוו עם הגנום הזמין של זנים מהסוג היחסי הקרוב ביותר שזוהו מרצף הגנים 16S rRNA (טבלה 2). השתמש בזהות חומצת אמינו (AAI) כדי להשוות את כל הגנום הזמין של Thalassolituus ל-ASxL5T. רצף הגנום הזמין (הלא שלם) הקרוב ביותר שנקבע על ידי AAI הוא Thalassolituus sp. C2-1 (הוסף NZ_VNIL01000001). זן זה בודד ממשקעי הים העמוקים של תעלת מריאנה, אך אין כיום מידע פנוטיפי על זן זה לשם השוואה. בהשוואה ל-2.82 מגה-ביט של ASxL5T, הגנום של האורגניזם גדול יותר ב-4.36 מגה-ביט. גודל הגנום הממוצע של ספירוצ'טים ימיים הוא כ-4.16 מגה-ביט (± 1.1; n = 92 גנומי ייחוס מלאים שנחקרו מ-https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), כך שהגנום של ASxL5T תואם את סדר בהשוואה לשאר החברים, הוא די קטן. השתמש ב-GToTree 1.5.54 כדי ליצור עץ פילוגנטי משוער מבוסס גנום (איור 3A), תוך שימוש ברצפי חומצות אמינו המיושרים והמקושרים של 172 גנים בעותק בודד ספציפיים ל-Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. הניתוח הראה שהוא קשור קשר הדוק ל-Thlassolituus, מטוס חיידקי וחיידק ימי. עם זאת, נתונים אלה מצביעים על כך ש-ASxL5T שונה מקרוביו בספירולינה ימית ונתוני רצף הגנום שלו זמינים.
העץ הפילוגנטי המשתמש ברצף הגנים rRNA 16S מדגיש את מיקומם של זני ASxL5T, ASxO5 ו-ASxS5 (עם הקרביים) ביחס לזני החיידקים הלא מעובדים והימיים ב-Marine Spirulinaceae. מספר ההצטרפות של Genbank עוקב אחר שם הזן בסוגריים. השתמש ב-ClustalW כדי ליישר רצפים, והשתמש בשיטת הסבירות המקסימלית ובמודל Tamura-Nei כדי להסיק קשרים פילוגנטיים, ולבצע 1000 שכפולים מונחים בתוכנית MEGA X. המספר על הסניף מציין שערך ההעתקה המודרך גדול מ-50%. Escherichia coli U/541T שימש כקבוצה חיצונית.
(א) עץ פילוגנטי המבוסס על הגנום, המראה את הקשר בין חיידק ה-Spirospiraceae הימי ASxL5T לבין קרוביו הקרובים, E. coli U 5/41T כקבוצת חוץ. (ב) בהשוואה ל-T. oleivorans MIL-1T, התפלגות הקטגוריה התפקודית של גנים צפויה על סמך מקבץ הקבוצה האורתולוגית (COG) של חלבון ASx5LT. האיור משמאל מציג את מספר הגנים בכל קטגוריית COG פונקציונלית בכל גנום. הגרף מימין מציג את אחוז הגנום הכלול בכל קבוצת COG פונקציונלית. (ג) בהשוואה ל-T. oleiverans MIL-1T, הניתוח של המסלול המודולרי המלא של KEGG (קיוטו של גנים וגנומים) של ASxL5T.
שימוש במסד הנתונים של KEGG כדי לבחון את הגנים המרכיבים הקיימים בגנום ASxL5T חשף את המסלול המטבולי הטיפוסי של פרוטאוס גמא אירובי. ASxL5T מכיל סך של 75 גנים המוקצים לחלבונים מוטוריים של חיידקים, כולל גנים המעורבים בכימוטקסיס, הרכבת דגלים ומערכת פימבריאה מסוג IV. בקטגוריה האחרונה, 9 מתוך 10 גנים אחראים לתנועת העוויתות של מגוון אורגניזמים אחרים. הגנום של ASxL5T מכיל מסלול ביו-סינתטי שלם של טטרהידרופירימידין המשתתף בתגובת ההגנה ללחץ אוסמוטי20, כצפוי להלופילים. הגנום מכיל גם מסלולים מלאים רבים לקופקטורים וויטמינים, כולל מסלולי סינתזה של ריבופלבין. למרות שהגן אלקן 1-מונואוקסיגנאז (alkB2) קיים ב-ASxL5T, מסלול ניצול הפחמימנים אינו שלם. ברצף הגנום של ASxL5T, הומולוגיות של גנים שזוהו כאחראים בעיקר לפירוק הפחמימנים ב-T. oleiverans MIL-1T21, כמו TOL_2658 (alkB) ו-TOL_2772 (אלכוהול דהידרוגנאז) ללא ספק נעדרים. איור 3B מציג את ההשוואה של התפלגות גנים בקטגוריית COG בין ASxL5T ושמן זית MIL-1T. בסך הכל, הגנום הקטן יותר של ASxL5T מכיל פחות גנים באופן יחסי מכל קטגוריית COG בהשוואה לגנום הקשור הגדול יותר. כאשר מספר הגנים בכל קטגוריה תפקודית מבוטא כאחוז מהגנום, מצוינים הבדלים באחוז הגנים בקטגוריות התרגום, המבנה הריבוזומי והביוגנזיס, ובקטגוריות פונקציית הפקת האנרגיה וההמרה, המהווים את ה-ASxL5T הגדול יותר. גנום האחוז מושווה לאותה קבוצה הקיימת בגנום T. oleiverans MIL-1T. לעומת זאת, בהשוואה לגנום ASxL5T, ל-T. oleivorans MIL-1T יש אחוז גבוה יותר של גנים בקטגוריות השכפול, הרקומבינציה והתיקון והתעתוק. מעניין שההבדל הגדול ביותר בתוכן של כל קטגוריה תפקודית של שני הגנומים הוא מספר הגנים הלא ידועים הקיימים ב-ASxL5T (איור 3B). בוצע ניתוח העשרה של מודולי KEGG, כאשר כל מודול KEGG מייצג קבוצה של יחידות פונקציונליות המוגדרות באופן ידני לביאור ופרשנות ביולוגית של נתוני רצף הגנום. ההשוואה של הפצת גנים במסלול המודול השלם של KOG של ASxL5T וזית MIL-1T מוצגת באיור 3C. ניתוח זה מראה שלמרות של-ASxL5T יש מסלול מטבולי מלא של גופרית וחנקן, ל-T. oleiverans MIL-1T אין. לעומת זאת, ל-T. oleiverans MIL-1T יש מסלול מטבולי מלא של ציסטאין ומתיונין, אך הוא לא שלם ב-ASxL5T. לכן, ל-ASxL5T יש מודול אופייני להטמעת סולפט (מוגדר כקבוצה של גנים שיכולים לשמש כסמנים פנוטיפיים, כגון יכולת מטבולית או פתוגניות; https://www.genome.jp/kegg/module.html) ב-T oleiverans MIL-1T. השוואת תוכן הגנים של ASxL5T עם רשימת הגנים המצביעים על אורח חיים טורף אינה חד משמעית. למרות שהגן waaL המקודד את הליגאז הקשור לפוליסכריד O אנטיגן לליבה קיים בגנום ASxL5T (אך הוא נפוץ בחיידקים גראם שליליים רבים), הגנים של טריפטופן 2,3-דיאוקסיגנאז (TDO) עשויים לכלול את 60 האמינו אזורים חומציים שנמצאים בדרך כלל בחיידקים טורפים שאינם קיימים. אין גנים אופייניים טורפים אחרים בגנום ASxL5T, כולל אלו המקודדים לאנזימים המעורבים בביוסינתזה של איזופרנואידים במסלול המבלונאט. שימו לב שאין גן רגולטורי שעתוק gntR בקבוצת הטורפים שנבדקה, אך ניתן לזהות שלושה גנים דמויי gntR ב-ASxL5T.
המאפיינים הפנוטיפיים של ASxL5T מסוכמים בטבלה 3 ומשוווים למאפיינים הפנוטיפיים של סוגים 23, 24, 25, 26 ו-27 הקשורים המדווחים בספרות. מבודדים מ-T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ו- Oceanobacter kriegii הם גופים פעילים, עמידים למלח, בצורת מוט אוקסידאז חיובי, אך כמעט ואין להם מאפיינים פנוטיפיים אחרים עם ASxL5T. ה-pH הממוצע של האוקיינוס ​​הוא 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), מה שבא לידי ביטוי ב-T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ו-O. קריegii. ASxL5T מתאים לטווח ה-pH הגדול יותר (4-9) האופייני למינים שאינם ימיים. מאפיינים פנוטיפיים של Thalassolituus sp. C2-1. לֹא יְדוּעַ. טווח טמפרטורת הגידול של ASxL5T רחב יותר מזה של זנים ימיים (4-42 מעלות צלזיוס), אם כי חלק מהבידודים של T. marinus עמידים בחום, אך לא כולם. חוסר היכולת לגדל ASxL5T באמצעי מרק מנע אפיון פנוטיפי נוסף. השתמש ב-API 20E כדי לבדוק את החומרים שנגרדו מצלחת BA, ONPG, ארגינין דיהידרולאז, ליזין דקרבוקסילאז, אורניתין דקרבוקסילאז, ניצול ציטראט, אוריאה, טריפטופן דמינאז, אנזים הידרוליזה של ג'לטין, תוצאות הבדיקה היו כולן שליליות, אך ללא אינדול, אצטואין ו-H2S הופקו. פחמימות לא מותססות כוללות: גלוקוז, מנוז, אינוזיטול, סורביטול, רמנוזה, סוכרוז, מלביוזה, אמיגדלין וארבינוז. בהשוואה לזני הייחוס הקשורים שפורסמו, פרופיל חומצות השומן התאיות של זן ASxL5T מוצג בטבלה 4. חומצות השומן התאיות העיקריות הן C16:1ω6c ו/או C16:1ω7c, C16:0 ו-C18:1ω9. קיימות גם חומצות שומן הידרוקסי C12:0 3-OH ו-C10:0 3-OH. היחס של C16:0 ב-ASxL5T גבוה מהערך המדווח של סוגים קשורים. לעומת זאת, בהשוואה ל-T. marinus IMCC1826TT המדווח, היחס בין C18:1ω7c ו/או C18:1ω6c ב-ASxL5T מופחת. oleivorans MIL-1T ו-O. kriegii DSM 6294T, אך לא זוהו ב-B. sanyensis KCTC 32220T. השוואת פרופילי חומצות השומן של ASxL5T ו-ASxLS גילתה הבדלים עדינים בכמות חומצות השומן הבודדות בין שני הזנים, התואמים את רצף ה-DNA הגנומי של אותו מין. לא זוהו חלקיקי פולי-3-הידרוקסי-בוטיראט (PHB) באמצעות מבחן השחור של סודן.
פעילות הטריפה של חיידקי ASxL5T נחקרה כדי לקבוע את טווח הטרף. חיידק זה יכול ליצור פלאקים על מיני קמפילובקטר, כולל: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ו-C. upsaliensis NCTC 11541T. השתמש בתרביות המפורטות בסעיף קביעת טווח המארח של השיטה כדי לבדוק מגוון רחב יותר של חיידקים גראם-שליליים ו-גראם-חיוביים. התוצאות מראות שניתן להשתמש ב-ASxL5T גם ב-Escherichia coli NCTC 86 ו-Citrobacter freundii NCTC 9750T. לוחות שנוצרו על Klebsiella oxytoca 11466. האינטראקציה של TEM עם E. coli NCTC 86 מוצגת באיור 4A-D, והאינטראקציה עם Campylobacter jejuni PT14 ו- Campylobacter suis S12 מוצגת באיור 4E-H באמצע. נראה כי מנגנון התקיפה שונה בין סוגי הטרף שנבדקו, כאשר תאי E. coli אחד או יותר מחוברים לכל תא ASxL5T וממוקמים לרוחב לאורך התא המורחב לפני הספיחה. לעומת זאת, נראה כי ASxL5T נצמד לקמפילובקטר דרך נקודת מגע אחת, בדרך כלל במגע עם הקודקוד של תא הטורף ובסמוך לקודקוד תא הקמפילובקטר (איור 4H).
TEM מראה את האינטראקציה בין ASx5LT לטרף: (AD) ו-E. coli טרף; (EH) ו-C. jejuni טרף. (א) תא ASx5LT טיפוסי המחובר לתא E. coli (EC) בודד; (ב) ASx5LT חוטי המחובר לתא EC בודד; (ג) תא ASx5LT חוטי המחובר למספר תאי EC; (ד) הצמדת תאי ASx5LT קטנים יותר על תא E. coli (EC) בודד; (ה) תא ASx5LT יחיד המחובר לתא קמפילובקטר ג'יוני (CJ); (ו) ASx5LT תוקף תאי C. hyointestinalis (CH); (ז) שני תא ASx5LT אחד תקף תא CJ; (H) מבט מקרוב של נקודת ההתקשרות ASx5LT, ליד הקודקוד של תא CJ (בר 0.2 מיקרומטר). הפס מייצג 1 מיקרומטר ב-(A–G).
חיידקים טורפים התפתחו כדי לנצל מקורות טרף בשפע. ברור שהם נוכחים באופן נרחב בסביבות רבות ושונות. בשל גודלם המצומצם של בני האוכלוסייה, ניתן לבודד חיידקי ASxL5T מהתרחיץ בשיטת הפרדת הפאג'. הרלוונטיות הגנומית של ASxL5T לבני משפחת החיידקים הימיים האוקיינוספירילציאה מפתיעה, למרות שהאורגניזם עמיד למלח ויכול לגדול על מצע המכיל 5% מלח. ניתוח איכות המים של התרחיץ הראה שתכולת הנתרן כלוריד הייתה פחות מ-0.1%. לכן, הבוץ רחוק מהסביבה הימית - הן מבחינה גיאוגרפית והן מבחינה כימית. נוכחותם של שלושה מבודדים קשורים אך שונים מאותו מקור מספקת עדות לכך שהטורפים הללו משגשגים בסביבה הלא ימית הזו. בנוסף, ניתוח מיקרוביום (קבצי נתונים זמינים מ-https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) הראה שאותו רצף גן 16S rRNA ממוקם ב-50 הטקסים התפעוליים הנפוצים ביותר (OTU) ) בכמה מרווחי דגימה של הבוץ. במסד הנתונים של Genbank נמצאו מספר חיידקים לא מתרבות, שיש להם רצפי גנים של 16S rRNA הדומים לחיידקי ASxL5T. נראה שהרצפים הללו, יחד עם הרצפים של ASxL5T, ASxS5 ו-ASxO5, מייצגים קלידים שונים המופרדים מ- Thalassolituus ו- Oceanobacter (איור 2). שלושה סוגים של חיידקים לא מתורבתים (GQ921362, GQ921357 ו-GQ921396) בודדו ממי הסדקים בעומק של 1.3 קילומטרים במכרה הזהב הדרום אפריקאי בשנת 2009, והשניים האחרים (DQ256320 ו-DQ337006 היו במי תהום בדרום אפריקה (also) בשנת 2005). רצף הגן 16S rRNA הקשור ביותר ל-ASxL5T הוא חלק מרצף הגנים 16S rRNA המתקבל מתרבות העשרה של משקעים חוליים שהתקבלו מחופי צפון צרפת בשנת 2006 (מספר גישה AM29240828). רצף גן נוסף של 16S rRNA קשור קשר הדוק מהחיידק הבלתי מתרבות HQ183822.1 התקבל ממיכל איסוף ששטף ממזבלה עירונית בסין. ברור שחיידקי ASxL5T אינם מייצגים במיוחד במסדי נתונים טקסונומיים, אך רצפים אלו מחיידקים לא מתרבות עשויים לייצג אורגניזמים דומים ל-ASxL5T, המופצים בכל העולם, בדרך כלל בסביבות מאתגרות. מהניתוח הפילוגנטי של הגנום כולו, קרוב משפחה הקרוב ביותר ל-ASxL5T הוא Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. ו-O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus הוא חבר בחיידקי פיצול פחמימנים חובה (OHCB), אשר נפוץ בסביבות ימיות ויבשתיות, ובדרך כלל הופך להיות הדומיננטי לאחר אירועי זיהום פחמימנים30,31. חיידקים ימיים אינם חברים בקבוצת OHCB, אלא מבודדים מהסביבה הימית.
נתונים פנוטיפיים מצביעים על כך ש-ASxL5T הוא מין חדש וחבר בסוג שלא הוכר בעבר במשפחת ה- Spirospiraceae הימית. אין כרגע תקן ברור לסיווג זנים מבודדים חדשים לסוג חדש. נעשו ניסיונות לקבוע את גבולות הדור האוניברסליים, לדוגמה, בהתבסס על אחוז הגנום של חלבון שמרני (POCP), מומלץ שערך החתך יהיה זהה ב-50% לזן הייחוס33. אחרים מציעים להשתמש בערכי AAI, שיש להם יתרונות על פני POCP מכיוון שניתן להשיגם מגנומים לא שלמים34. המחבר סבור שאם ערך ה-AAI נמוך מ-74% בהשוואה לזן המודל של זן הדגם, הזן הוא נציג של סוג אחר. סוג הדגם ב-marine spirillaceae הוא spirillum ימי, וזן הדגם הוא O. linum ATCC 11336T. ערך AAI בין ASxL5T ל-O. linum ATCC 11336T הוא 54.34%, וערך AAI בין ASxL5T ל-T. oleivorans MIL-1T (זנים מסוג סוג) הוא 67.61%, מה שמצביע על כך ש-ASxL5T מייצג סוג חדש השונה מ- Thalassolituus. באמצעות רצף הגנים 16S rRNA כתקן הסיווג, הגבול המוצע לתיחום הסוג הוא 94.5%35. ASxL5T עשוי להיות ממוקם בסוג Thalassolituus, מראה 95.03% זהות רצף 16S rRNA עם T. oleivorans MIL-1T ו-96.17%. מרינוס IMCC1826T. עם זאת, הוא ימוקם גם בסוג Bacteroides שיש לו 94.64% זהות גן 16S rRNA עם B. sanyensis NV9, מה שמעיד על כך שהשימוש בגן ​​בודד כמו הגן 16S rRNA יכול להוביל לסיווג והקצאה שרירותיים. שיטה נוספת המוצעת משתמשת ב-ANI וב-Genome Alignment Score (AF) כדי לבחון את צבירת נקודות הנתונים מכל הסוגים והזנים שאינם מסוגים של סוגים קיימים. המחבר ממליץ לשלב את גבול הסוג עם נקודת הפיתול של הסוג המשוער הספציפי לטקסה המנותחת. עם זאת, אם אין מספיק רצפי גנום מלאים מבודדי Thalassolituus, אי אפשר לקבוע אם ASxL5T שייך לסוג Thalassolituus בשיטה זו. בשל הזמינות המוגבלת של רצפי גנום מלאים לניתוח, יש לפרש את כל העץ הפילוגנטי של הגנום בזהירות. שנית, שיטות השוואת גנום שלם אינן יכולות להסביר הבדלים מהותיים בגודל הגנום המושווא. הם מדדו את הדמיון של גנים משומרים בעותק בודד בין סוגים קשורים, אך לא לקחו בחשבון את המספר הגדול של גנים שאינם קיימים בגנום הקטן בהרבה של ASxL5T. ברור של-ASxL5T ולקבוצות כולל Thalassolituus, Oceanobacter ו-Bacterioplanes יש אב קדמון משותף, אבל האבולוציה עשתה דרך אחרת, שהובילה להפחתה בגנום, שעשויה להיות הסתגלות לאורח חיים טורף. זאת בניגוד ל-T. oleivorans MIL-1T, שגדולה ב-28% והתפתחה תחת לחצים סביבתיים שונים לניצול פחמימנים23,30. ניתן לערוך השוואה מעניינת עם טפילים תוך תאיים וסימביונטים חובה, כמו ריקטסיה, כלמידיה ובוחנרה. גודל הגנום שלהם הוא בערך 1 Mb. היכולת להשתמש במטבוליטים של התא המארח מובילה לאובדן גנים, ולכן עברה השפלה גנומית אבולוציונית משמעותית. שינויים אבולוציוניים מאורגניזמים תזונתיים כימיים ימיים לאורח חיים טורף עשויים לגרום להפחתה דומה בגודל הגנום. ניתוח COG ו-KEGG מדגיש את מספר הגנים המשמשים לתפקודים ספציפיים ואת ההבדלים הגלובליים במסלולים הגנומיים בין ASxL5T ו- T. oleivorans MIL-1T, שאינם נובעים מהזמינות הנרחבת של אלמנטים גנטיים ניידים. ההבדל ביחס G + C של כל הגנום של ASxL5T הוא 56.1%, ושל T. oleivorans MIL-1T הוא 46.6%, מה שמצביע גם על כך שהוא מופרד.
בחינת תוכן הקידוד של הגנום ASxL5T מספקת תובנות פונקציונליות לגבי מאפיינים פנוטיפיים. נוכחותם של גנים המקודדים fimbriae מסוג IV (Tfp) מעוררת עניין במיוחד מכיוון שהם מקדמים תנועת תאים, הנקראת גלישה חברתית או עוויתות, ללא דגלים על פני השטח. על פי דיווחים, ל-Tfp יש פונקציות נוספות, כולל טרפה, פתוגנזה, היווצרות ביופילם, קליטת DNA טבעי, צבירה אוטומטית של תאים ופיתוח38. הגנום ASxL5T מכיל 18 גנים המקודדים לדיגואנילאט ציקלאז (אנזים המזרז את ההמרה של 2 גואנוזין טריפוספט לגואנוזין 2 פוספט ו-diGMP מחזורי) ו-6 גנים המקודדים לדיגואנילט ציקלאז פוספט דיגואנילט המקביל. הגן לאסטראז (מזרז הפירוק של di-GMP מחזורי לגואנוזין מונופוספט) מעניין מכיוון ש-cycl-di-GMP הוא שליח שני חשוב המעורב בפיתוח והפרדה של ביופילם, תנועה, התקשרות תאים וארסיות 39, 40 בתהליך. כמו כן, יש לציין שב-Bdellovibrio bacteriovorus, הוכח כי מחזורי GMP כפול שולט במעבר בין חיים חופשיים לאורח חיים טורף41.
רוב המחקרים על חיידקים טורפים התמקדו ב-Bdellovibrio, אורגניזמים דמויי Bdellovibrio ומינים של Myxococcus. דוגמאות אלו ואחרות ידועות של חיידקים טורפים מהווים קבוצה מגוונת. למרות המגוון הזה, זוהו קבוצה של משפחות חלבונים אופייניות המשקפות את הפנוטיפים של 11 חיידקים טורפים ידועים3,22. עם זאת, זוהו רק גנים המקודדים O antigen ligase (waaL), דבר שכיח במיוחד בחיידקים גראם שליליים. צורת ניתוח זו אינה מועילה בהגדרת ASxL5T כטורף, כנראה משום שהיא משתמשת באסטרטגיית תקיפה חדשה. הזמינות של גנומים חיידקיים טורפים מגוונים יותר תסייע בפיתוח ניתוחי רזולוציה עדינים יותר הלוקחים בחשבון עדויות להבדלים תפקודיים וסביבתיים בין חברי הקבוצה. דוגמאות לחיידקים טורפים שאינם נכללים בניתוח זה כוללות חברים של Cupriavidus necator42 ו- Bradymonabacteria43, מכיוון שככל שחוקרים חוקרים קהילות מיקרוביאליות שונות, נוצרות יותר מסות טורפות.
התכונה הבולטת ביותר של חיידקי ASxL5T שנלכדה על ידי תמונת TEM היא המורפולוגיה הייחודית והגמישה שלה, שיכולה לקדם אינטראקציה עם חיידקי טרף. סוג האינטראקציה שנצפה שונה מחיידקים טורפים אחרים ולא התגלה או דווח בעבר. מחזור החיים הטורף ASxL5T המוצע מוצג באיור 5. ישנן דוגמאות מעטות בספרות עם מבנים אפיקליים דומים כפי שאנו מדווחים כאן, אך דוגמאות אלה כוללות את Terasakiispira papahanaumokuakeensis, חיידק ספירילום ימי עם הגדלה מדי פעם בקודקוד 44, ו-Alphaproteobacteria, Terasakiella pussilia. , שייך בעבר לסוג Oceanospirillum, מציג את מה שמכונה "הסרט הקוטבי" 45. צורות קוקי נצפו לעתים קרובות בתרבויות ישנות יותר, במיוחד עבור חיידקים בעלי צורות מעוקלות, כגון Vibrio, Campylobacter והליקובקטר 46, 47, 48, אשר עשויים לייצג מצב מושפל. נדרשת עבודה נוספת כדי להבהיר את מחזור החיים המדויק של חיידקי ASxL5T. לקבוע כיצד הוא לוכד וטורף, והאם הגנום שלו מקודד תרכובות פעילות ביולוגית שניתן להשתמש בהן למטרות רפואיות או ביוטכנולוגיות.
תיאור של Venatorbacter gen. נובמבר Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. מורכב מאונטורים מ-L. n. venator,'hunter' ו-Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting rod' תאים הם אירוביים, סובלניים למלח, כתם גראם שלילי, פעילות גופנית של קטלאז ו-PHB אינה מצטברת. בטווח הטמפרטורות של 4 עד 42 מעלות צלזיוס טווח ה-pH של 4-9 הוא יוצא דופן אצל חלזונות ים, רובם אינם סובלים מ-pH חומציים. 0 ו-C18:1ω9; C12:0 3-OH ו-C10:0 3-OH נמצאים כשומן הידרוקסי חומצות הן אינן גדלות במרקם תוכן ה-DNA G + C הוא 56.1 מול%. .
תיאור של Venatorbacter cucullus sp. נובמבר Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus פירושו פייר).
בנוסף, התכונה התיאורית של סוג זה היא שכאשר גדלים על BA או BHI, התאים הם באורך 1.63 מיקרומטר ורוחב 0.37 מיקרון. המושבות על אגר BHI קטנות מאוד, ומגיעות לקוטר של 2 מ"מ לאחר 72 שעות. הם בז', שקופים, עגולים, קמורים ומבריקים. חברי המין הזה יכולים להשתמש ב-Escherichia coli וב-Klebsiella. קמפילובקטר ועוד כמה חיידקים גראם שליליים משמשים טרף.
הזן הטיפוסי ASxL5T בודד מחלב בקר בנוטינגהמשייר, בריטניה, והופקד באוסף התרבות הלאומית (בריטניה): מספר הרשאה NCTC 14397 ומספר ההצטרפות של אוסף החיידקים של הולנד (NCCB) NCCB 100775. רצף הגנום המלא של ASxL5T הופקד בגנבנק לפי תוספת CP046056.
חיידקי ASxL5T בודדו מחלב בקר באמצעות טכנולוגיית בידוד פאג'9,49. התרחיץ היה מדולל 1:9 (w/v) במאגר SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ו-0.01% ג'לטין; Sigma Aldrich, Gillingham, בריטניה), ואז דגירה ב-4 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות, מסתובב באיטיות כדי להעלים את הטורפים לתוך המאגר. התרחיף עבר צנטריפוגה ב-3000 גרם למשך 3 דקות. הסופרנטנט נאסף וצנטריפוגה ב-13,000 גרם בפעם השנייה למשך 5 דקות. לאחר מכן הועבר הסופרנטנט דרך מסנן ממברנה בגודל 0.45 מיקרומטר (Minisart; Sartorius, Gottingen, גרמניה) ומסנן ממברנה של 0.2 מיקרומטר (Minisart) כדי להסיר את כל תאי החיידקים שנותרו. ASxL5T יכול לעבור מסננים אלה. מדשאת אגר רכה של Campylobacter enterosus S12 (מספר כניסה של NCBI CP040464) מאותה תרחיץ הוכנה בטכניקות סטנדרטיות. התרחיץ המסונן הופץ על כל אחת מלוחות התא המארח הללו בטיפות של 10 מיקרוגל בשלושה עותקים והורשה להתייבש. הצלחת הודגרה במיכל מיקרו-אירופילי ב-37 מעלות צלזיוס למשך 48 שעות בתנאים מיקרו-אירוביים (5% O2, 5% H2, 10% CO2 ו-80% N2). הרובד הגלוי שהושג חולץ לתוך חיץ SM והועבר למדשאה הטרייה של C. hyointestinalis S12 כדי להפיץ עוד יותר את האורגניזמים המוליזים. לאחר שנקבע כי החיידקים הם הגורם לפלאק הליטי ולא הפאג', נסו לגדל את האורגניזם ללא תלות במארח ולאפיין אותו עוד יותר. התרבית האירובית בוצעה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס עם 5% v/v דם סוס דפיברינאט (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, תוסף). על פי הנחיות הוועדה הלאומית לסטנדרטים קליניים, שיטת דיפוזיית הדיסק משמשת לבדיקת רגישות אנטיבקטריאלית. BHI אגר התרבית ב-37 מעלות צלזיוס באמצעות דיסק המכיל את האנטיביוטיקה הבאה (Oxoid) לתרבית אירובית: אמוקסיצילין וחומצה קלבולנית 30 מיקרוגרם; cefotaxime 30 מיקרוגרם; סטרפטומיצין 10 מיקרוגרם; ציפרלקס 5 מיקרוגרם; Ceftazidime 30 מיקרוגרם חומצה נלידיקסית 30 מיקרוגרם; אימיפנם 10 מיקרוגרם; אזיתרומיצין 15 מיקרוגרם; כלורמפניקול 30 מיקרוגרם; Cefoxitin 30 מיקרוגרם; טטרציקלין 30 מיקרוגרם; ניטרופורנטואין 300 מיקרוגרם; Aztreonam 30 מיקרוגרם; אמפיצילין 10 מיקרוגרם; Cefpodoxime 10 מיקרוגרם; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 מיקרוגרם. סבילות המלח נקבעה על ידי דגירה אירובית על צלחות אגר BHI ב-37 מעלות צלזיוס. נוסף NaCl נוסף לצלחות האגר של BHI כדי לספק טווח ריכוז של עד 10% w/v. טווח ה-pH נקבע על ידי תרבית אירובית על צלחות אגר BHI ב-37 מעלות צלזיוס, כאשר טווח ה-pH הותאם בין 4 ל-9 עם HCl סטרילי או NaOH סטרילי, וערך ה-pH היעד מאומת לפני יציקת הצלחת. לניתוח חומצות שומן תאי, ASxL5T תורבת על אגר BHI למשך 3 ימים ואירובי ב-37 מעלות צלזיוס. על פי הפרוטוקול הסטנדרטי של MIDI (Sherlock Microbial Identification System, גרסה 6.10) של FERA Science Ltd, (יורק, בריטניה), חולצו, הוכנו ונותחו חומצות שומן בתאים.
עבור TEM, ASxL5T תורבה אירובי על ידי פיזור אחיד על BA ב-37 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות, ולאחר מכן נקצר לתוך 1 מ"ל של 3% (v/v) גלוטאראלדהיד במאגר 0.1 M cacodylate בטמפרטורת החדר Fix למשך שעה, ולאחר מכן צנטריפוגה ב-10,000 גרם למשך 3 דקות. ואז בעדינות resuspend את גלולה במאגר 600 μl 0.1 M cacodylate. העבירו את ההשעיה הקבועה ASxL5T לסרט Formvar/פחמן על רשת נחושת 200 רשת. החיידקים נצבעו ב-0.5% (w/v) אורניל אצטט למשך דקה ונבדקו על ידי TEM באמצעות מיקרוסקופ TEI Tecnai G2 12 Biotwin. כפי שהוזכר לעיל, שלבו את אותו מספר של טרף וטורף במרק NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ודגרו במשך 48 שעות בתנאים מיקרו-אירוביים של קמפילובקטר או קמפילובקטר ב-37°C, האינטראקציה של טורף וטרף. נבדק גם על ידי TEM. תנאים אירוביים עבור Escherichia coli. בחן באופן עצמאי טרף וחיידקים טורפים כדי לקבוע כל שינוי במורפולוגיה של התא עקב טרפה. שיטת סודן שחור שימשה למיקרוסקופיה אופטית של הצטברות PHB.
גדל תרביות ASxL5T בן לילה על ידי מריחת גידול על צלחות BHI או BA עם ספוגית סטרילית. אסוף תאי ASxL5T והשהה אותם ב-MRD (CM0733, Oxoid), ולאחר מכן הנח אותם ב-4 מעלות צלזיוס למשך 7 ימים כדי להרעיב את התאים. תרבית חיידקי ההתייחסות של NCTC או המעבדה נחסנה לתוך מרק BHI או מרק תזונתי מס' 2 (CM007, Oxoid), הודגרה למשך הלילה, בוצעה בצנטריפוגה ב-13,000 גרם והוספה מחדש ב-MRD עד שה-OD600 היה 0.4. תרבות: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Lebsiella oxyto6, Lebsiella oxyto6 10817, חיידקי ליסטריה מיוחדים NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, המבורגר צוללת Rhodococcus NCTC 1621T, Salmonella intestinale NCTC 1621T, Salmonella intestinage 7 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. מארח הקמפילובקטר הודגר מיקרו-אירובית על צלחות BA ב-37°C ב-NZM suspended. המארחים של קמפילובקטר שנבדקו הם: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.juni jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C.juni je. PT14, C... אסוף תאים ב-MRD, צנטריפוגה ב-13,000 גרם והשהה מחדש ב-MRD עד ש-OD600 הוא 0.4. הוסף מנה של תרחיף 0.5 מ"ל ל-5 מ"ל אגר עליון NZCYM מומס (0.6% אגר) ויוצקים אותו על צלחת תחתונה של 1.2% NZCYM. לאחר ריפוי וייבוש, ה-ASxL5T המדולל באופן סדרתי הופץ כטיפות של 20 µl על כל לוח דשא בשלושה עותקים. טמפרטורת התרבית והאווירה תלויים בדרישות של חיידקי הבדיקה.
השתמש ב-GenElute™Bacterial DNA Kit (Sigma Aldridge) להכנת DNA מבודדים של חיידקים. נעשה שימוש בשיטות סטנדרטיות להגברת PCR של גן 16S rRNA וקביעת רצף המוצר באמצעות כימיה של סיום צבע (Eurofins Value Read Service, גרמניה). השתמש בתוכנית BLAST-N כדי להשוות רצפים אלה עם רצפי גנים אחרים של 16S rRNA כדי לזהות ולאסוף מינים קרובים. אלה מיושרים באמצעות ClustalW בתוכנית MEGA X. העץ הפילוגנטי שוחזר באמצעות MEGA X בשיטת הסבירות המקסימלית המבוססת על מודל Tamura-Nei, עם 1000 עותקים מודרכים54. השתמש ב-PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, בריטניה) כדי לחלץ DNA עבור רצף גנום שלם. רצף הגנום של ASxL5T נקבע באמצעות השילוב של Illumina MiSeq, המורכב מקריאות דו-קצה של 250 bp המורכבות מספרייה שהוכנה באמצעות ערכת התיוג Nextera וקריאה באורך 2 עד 20 kb מפלטפורמת PacBio. מתקן מחקר לרצף DNA של Genomics באוניברסיטת סמביה. הגנום הורכב באמצעות CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, דנמרק). תרביות ASxL5T מופקדות באוסף תרבות הסוג הלאומי (בריטניה) ובאוסף תרבות החיידקים של הולנד (NCCB). הגנום של אורגניזמים קרובים המשמשים להשוואה הם: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (מספר גישה HF680312, מלא); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (מספר גישה BMYY01000001, לא שלם); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (מספר גישה NZ_AUGV00000000, לא שלם); קהילת Marinamonas DSM 5604T (נוסף ASM436330v1, לא שלם), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (נוסף MTSD02000001, לא שלם) ו- Thalassolituus sp. C2-1 (הוסף NZ_VNIL01000001, לא שלם). השתמש ב-JGI Genome Portal36 בכתובת https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= כדי לקבוע את ציון היישור (AF) ואת הזהות הממוצעת של חומצת גרעין (ANI). זוּגוֹת זוּגוֹת. השיטה של ​​Rodriguez-R & Konstantinidis55 שימשה לקביעת זהות חומצות אמינו (AAI). השתמש ב-GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 כדי ליצור עץ פילוגנטי משוער בסבירות מקסימלית. גנום הקלט המייצג את גנום הייחוס הזמין נבחר מתוך סוגים של התייחסות שזוהו כקשורים ל-ASxL5T מהפילוגניה של 16S rRNA. בישר את העץ באמצעות הכלי המקוון עץ החיים האינטראקטיבי (https://itol.embl.de/). הביאור הפונקציונלי וניתוח הגנום ASxL5T מתבצע באמצעות הכלי המקוון BlastKOALA KEGG תוך שימוש בהפצת מודול העשרה של KEGG (קיוטו אנציקלופדיה של גנים וגנומים). התפלגות קטגוריות COG (קבוצות אורתולוגיות) נקבעת באמצעות הכלי המקוון eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ and Muñoz-Dorado, J. טרפת חיידקים: 75 שנים וזה ממשיך! . סְבִיבָה. בַּקטֶרִיָה. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. וכו'. מגוון ופוטנציאל אנטיבקטריאלי של חיידקים טורפים על קו החוף של פרו. סמים מרץ. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
פסטרנק, ז' ואח'. דרך הגנים שלהם תבינו אותם: המאפיינים הגנומיים של חיידקים טורפים. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE אורח החיים הטורף של הבקטריופאג בדלוביבריו. לְהַתְקִין. חיידקים כומר. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. אנטיביוטיקה מחיידקים טורפים. ביילשטיין י' היסטוכימיה יב, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ואורגניזמים דומים הם מנבאים של מגוון מיקרוביום באוכלוסיות מארחות שונות. בַּקטֶרִיָה. אֵקוֹלוֹגִיָה. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. and Ballesté-Delpierre, C. גלה את המצב הנוכחי של סוכנים אנטיבקטריאליים חדשים. קלינית. בַּקטֶרִיָה. לְהַדבִּיק. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. הטריפה הכפולה של פאג' ופאג' יכולה לחסל את טרף ה-E. coli ללא טרפה אחת. ג'יי חיידקים. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF הספירה והמגוון של קמפילובקטר ובקטריופאג'ים המבודדים במהלך מחזור האכלה של תרנגולות מחופשות ואורגניות. סביבת אפליקציה. בַּקטֶרִיָה. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA וכו 'עדכן את הטקסונומיה הגנומית והאפידמיולוגיה של חזירי קמפילובקטר. מַדָע. נציג 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: זרימת עבודה ידידותית למשתמש עבור גנומיקת מערכות. ביואינפורמטיקה 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: שיטת יישור רצף מרובה המפחיתה את מורכבות הזמן והמרחב. מידע ביולוגי של BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: כלי ליישור וזיזום אוטומטיים בניתוח פילוגנטי בקנה מידה גדול. ביואינפורמטיקה 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, חיזוי אתר התחלה של גני EC ורצף מטאנומי. ביואינפורמטיקה 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: ערכת כלים לסיווג NCBI חוצה פלטפורמות ויעילות. ביו Rxiv. (נגישה ב-1 ביוני 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 עץ סבירות מקסימלית בקירוב עם יישור גדול. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (נגישה ב-1 ביוני 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: אנציקלופדיית קיוטו של גנים וגנומים. מחקר חומצות גרעין. 28, 27-30 (2000).
צ'כיה, L. וכו' תפקידם של אקטואין והידרוקסיאקטואין אקסטרמוליטים כמגני מתח וחומרי הזנה: גנטיקה, גנומיקת מערכת, ביוכימיה וניתוח מבני. ג'ין (באזל). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA ביטוי חלבון דיפרנציאלי במהלך צמיחת החיידק הימי המתפרק פחמימנים חובה Thalassolituus oleivorans MIL-1 במהלך גידול של אלקנים שרשרת בינונית וארוכה. חֲזִית. בַּקטֶרִיָה. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sesson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkvitch, E. שיטת גנומיקה השוואתית חדשה להגדרת אינדיקטורים פנוטיפיים ספציפיים חושפת תורשה ספציפית בסימן חיידקים טורפים. ספריית מדע ציבורית אחת. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM וכו'. Thalassolituus olivorans gene. נובמבר, sp. nov., סוג חדש של חיידקים ימיים המתמחה בשימוש בפחמימנים. בינלאומיות. J. System. הִתפַּתְחוּת. בַּקטֶרִיָה. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. נובמבר, sp. בנובמבר הוא נפרד ממי הים שהסתובבו בדרום האוקיינוס ​​השקט. בינלאומיות. J. System. הִתפַּתְחוּת. בַּקטֶרִיָה. 66, 5010–5015 (2016).