Bakteri Gram-negatif, aerobik, tahan uyah, aktif, rod-shaped, lan predator ASxL5T anyar diisolasi saka kolam kotoran sapi ing Nottinghamshire, Inggris, lan nggunakake Campylobacter minangka mangsa. Sabanjure, spesies Campylobacter liyane lan anggota kulawarga Enterobacteriaceae ditemokake minangka mangsa. Sawise subkultur tanpa sel inang, wutah aseptik sing lemah diraih ing Agar Infus Jantung Otak. Kondisi pertumbuhan optimal yaiku 37 °C lan pH 7. Mikroskopi elektron transmisi nuduhake sawetara fitur morfologi sing ora biasa sing ana gandhengane karo kasedhiyan mangsa. Analisis filogenetik nggunakake urutan gen 16S rRNA nuduhake yen isolat kasebut ana hubungane karo anggota kulawarga Spirulina Laut, nanging ora bisa diklasifikasikake kanthi jelas minangka anggota saka genus sing dikenal. Urutan genom kabeh ASxL5T dikonfirmasi hubungane karo anggota spirochetes laut. Panelusuran basis data nemokake manawa sawetara ASxL5T nuduhake urutan gen 16S rRNA karo sawetara bakteri sing ora dibudidaya saka segara, lumahing lemah lan banyu lemah. Disaranake yen galur ASxL5T nggambarake spesies anyar ing genus anyar. Disaranake jeneng Venatorbacter cucullus gen. November, sp. Ing wulan November, ASxL5T digunakake minangka galur jinis.
Bakteri predator yaiku bakteri sing nuduhake kemampuan kanggo mburu lan mateni bakteri urip liyane kanggo entuk bahan lan energi biosintetik. Iki beda karo pemulihan umum nutrisi saka mikroorganisme sing mati, lan uga beda karo interaksi parasit, ing ngendi bakteri nggawe hubungan sing cedhak karo inang tanpa mateni. Bakteri predator wis ngalami évolusi siklus urip sing béda-béda kanggo njupuk kauntungan saka sumber pangan sing akeh banget ing relung sing ditemokake (kayata habitat segara). Iki minangka klompok maneka warna taksonomi, sing mung disambungake kanthi siklus urip sterilisasi sing unik1. Conto bakteri predator wis ditemokake ing sawetara filum sing beda, kalebu: Proteobacteria, Bacteroides, lan Chlorella.3. Nanging, bakteri predator sing paling diteliti yaiku Bdelovibrio lan Bdelovibrio-and-like organisms (BALOs4). Bakteri predator minangka sumber senyawa aktif biologis anyar lan agen antibakteri5.
Bakteri predator dipercaya bisa ningkatake keragaman mikroba lan nduwe pengaruh positif marang kesehatan ekosistem, produktivitas lan stabilitas6. Senadyan sifat-sifat positif kasebut, ana sawetara studi babagan bakteri predator anyar amarga angel mbudidaya bakteri lan kudu ngati-ati interaksi sel kanggo mangerteni siklus urip sing kompleks. Informasi iki ora gampang dipikolehi saka analisis komputer.
Ing jaman nambah resistensi antimikroba, strategi anyar kanggo nargetake patogen bakteri lagi diteliti, kayata nggunakake bakteriofag lan bakteri predator7,8. Bakteri ASxL5T diisolasi ing taun 2019 nggunakake teknologi isolasi phage saka kotoran sapi sing diklumpukake saka Pusat Susu Universitas Nottingham, Nottinghamshire. Tujuan investigasi yaiku kanggo ngisolasi organisme sing potensial minangka agen kontrol biologis. Campylobacter hyoitestinalis minangka patogen zoonotik, sing tambah akeh digandhengake karo penyakit usus manungsa10. Iki ana ing endi-endi ing serum lan digunakake minangka host target.
Bakteri ASxL5T diisolasi saka jeli daging sapi amarga diamati plak sing dibentuk ing pekarangan C. hyointestinalis padha karo sing diprodhuksi dening bakteriofag. Iki minangka temuan sing ora dikarepke, amarga bagean saka proses isolasi fag kalebu nyaring liwat saringan 0,2 µm, sing dirancang kanggo mbusak sel bakteri. Pemeriksaa mikroskopis saka materi sing diekstrak saka plak kasebut nuduhake manawa bakteri berbentuk batang melengkung gram-negatif cilik ora nglumpukake polyhydroxybutyrate (PHB). Kultur aseptik bebas saka sel mangsa diwujudake ing medium padhet sing sugih (kayata agar infus jantung otak (BHI) lan agar getih (BA)), lan wutahe lemah. Dipikolehi sawise subkultur kanthi inokulum abot. Tanduran iki tuwuh kanthi apik ing mikroaerobik (7% v/v oksigen) lan kahanan oksigen ing atmosfer, nanging ora ana ing atmosfer anaerob. Sawise 72 jam, diameter koloni cilik banget, tekan 2 mm, lan wernane krem, tembus, bunder, cembung lan mengkilat. Tes biokimia standar diganggu amarga ASxL5T ora bisa dibudidaya kanthi dipercaya ing media cair, sing nuduhake manawa bisa gumantung ing siklus urip kompleks pembentukan biofilm. Nanging, suspensi piring nuduhake yen ASxL5T aerobik, positif kanggo oksidase lan katalase, lan bisa ngidinke 5% NaCl. ASxL5T tahan kanggo 10 µg streptomycin, nanging sensitif marang kabeh antibiotik liyane sing diuji. Sel bakteri ASxL5T diteliti dening TEM (Gambar 1). Nalika tuwuh tanpa sel mangsa ing BA, sel ASxL5T minangka Campylobacter cilik, kanthi dawa rata-rata 1,63 μm (± 0,4), jembaré 0,37 μm (± 0,08), lan siji kutub dawa (nganti 5 μm). Flagela seksual. Kira-kira 1,6% saka sel katon ambane kurang saka 0,2 μm, sing bakal ngidini liwat piranti panyaring. Ekstensi struktural sing ora biasa diamati ing ndhuwur sawetara sel, padha karo fairing (Latin cucullus) (pirsani panah ing 1D, E, G). Iki misale jek dumadi saka membran njaba sing berlebihan, sing bisa uga amarga ngurangi ukuran amplop periplasmik kanthi cepet, dene membran njaba tetep utuh, nuduhake tampilan "longgar". Kultur ASxL5T tanpa nutrisi (ing PBS) ing wektu sing suwe ing suhu 4 ° C nyebabake sebagian besar (nanging ora kabeh) sel nuduhake morfologi coccal (Gambar 1C). Nalika ASxL5T tuwuh kanthi Campylobacter jejuni minangka mangsa kanggo 48 jam, ukuran sel rata-rata luwih dawa lan luwih sempit tinimbang sel sing ditanam tanpa inang (Tabel 1 lan Gambar 1E). Ing kontras, nalika ASxL5T mundak akeh karo E. coli minangka mangsa kanggo 48 jam, ukuran sel rata-rata luwih dawa lan luwih amba saka nalika mundak akeh tanpa mangsa (Tabel 1), lan dawa sel iku variabel, biasane nuduhake filamentous (Figure 1F). Nalika diinkubasi karo Campylobacter jejuni utawa E. coli minangka mangsa kanggo 48 jam, sel ASxL5T ora nuduhake flagella. Tabel 1 ngringkes pengamatan owah-owahan ukuran sel adhedhasar anané, ora ana, lan jinis mangsa ASxL5T.
tampilan TEM saka ASx5LT: (A) ASx5LT nuduhake pecut dawa; (B) baterei ASx5LT khas; (C) sel cocci ASx5LT sawise inkubasi dawa tanpa nutrisi; (D) klompok sel ASx5LT nuduhake abnormalitas (E) klompok sel ASx5LT diinkubasi karo mangsa Campylobacter nuduhake dawa sel mundhak dibandhingake karo tanpa wutah mangsa (D) uga nuduhake struktur apikal; (F) Flagela Filamentous gedhe, sel ASx5LT, sawise inkubasi karo mangsa E. coli; (G) A sel ASx5LT siji sawise inkubasi karo E. coli, nuduhake struktur ndhuwur mboten umum. Bar kasebut nuduhake 1 μm.
Nemtokake urutan gen 16S rRNA (nomer aksesi MT636545.1) mbisakake telusuran basis data kanggo nemtokake urutan sing padha karo kelas Gammaproteobacteria, lan paling cedhak karo bakteri segara ing kulawarga spirillum laut (Gambar 2), lan minangka anggota saka genus Thalassolituus. Sing paling cedhak karo Marine Bacillus. Urutan gen 16S rRNA jelas beda karo bakteri predator sing kalebu kulawarga Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Perbandingan pasangan B. bacteriovorus HD100T (jenis galur, DSM 50701) lan B. bacteriovorus DM11A yaiku 48,4% lan 47,7%, lan kanggo B. exovorus JSS yaiku 46,7%. Bakteri ASxL5T duweni 3 salinan gen 16S rRNA, loro sing identik karo siji liyane, lan sing nomer telu ana 3 basa. Rong isolat bakteri predator liyane (ASx5S lan ASx5O; nomer aksesi gen 16S rRNA yaiku MT636546.1 lan MT636547.1, masing-masing) kanthi karakteristik morfologis lan fenotipik sing padha saka lokasi sing padha ora padha, nanging beda karo ASxL5T lan Bakteri sing ora dikultur. urutan database diklompokaké bebarengan karo genera liya ing Oceanospirillaceae (Gambar 2). Kabeh urutan genom ASxL5T wis ditemtokake lan disimpen ing database NCBI, lan nomer aksesi CP046056. Genom ASxL5T kasusun saka kromosom bunder 2.831.152 bp kanthi rasio G + C 56,1%. Urutan génom ngandhut 2653 CDS (total), sing 2567 diprediksi bisa encode protein, sing 1596 bisa ditugasake minangka fungsi putative (60,2%). Genom ngandhut 67 gen RNA-coding, kalebu 9 rRNAs (3 saben kanggo 5S, 16S, lan 23S) lan 57 tRNAs. Karakteristik genom ASxL5T dibandhingake karo genom galur sing kasedhiya saka jinis relatif paling cedhak sing diidentifikasi saka urutan gen 16S rRNA (Tabel 2). Gunakake identitas asam amino (AAI) kanggo mbandhingake kabeh genom Thalassolituus sing kasedhiya karo ASxL5T. Urutan genom sing paling cedhak (ora lengkap) sing ditemtokake dening AAI yaiku Thalassolituus sp. C2-1 (nambah NZ_VNIL01000001). Galur iki diisolasi saka sedimen segara jero saka Palung Mariana, nanging saiki ora ana informasi fenotipik babagan galur iki kanggo mbandhingake. Dibandhingake karo ASxL5T 2,82 Mb, genom organisme luwih gedhe yaiku 4,36 Mb. Ukuran genom rata-rata spirochetes laut kira-kira 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genom referensi lengkap sing diselidiki saka https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), saengga genom ASxL5T cocog karo pesenan Dibandhingake karo anggota liyane, iku cukup cilik. Gunakake GToTree 1.5.54 kanggo ngasilake wit filogenetik kemungkinan maksimum adhedhasar genom (Gambar 3A), nggunakake urutan asam amino sing didadekake siji lan disambung saka 172 gen salinan tunggal khusus kanggo Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Analisis kasebut nuduhake manawa ana hubungane karo Thalassolituus, Bidang Bakteri, lan Bakteri Laut. Nanging, data kasebut nuduhake yen ASxL5T beda karo sedulure ing Marine Spirulina lan data urutan genom kasedhiya.
Wit filogenetik nggunakake urutan gen 16S rRNA nyoroti posisi galur ASxL5T, ASxO5, lan ASxS5 (kanthi usus) relatif marang galur bakteri sing ora dibudidaya lan segara ing Spirulinaceae Laut. Nomer aksesi Genbank nderek jeneng galur ing kurung. Gunakake ClustalW kanggo nyelarasake urutan, lan nggunakake cara kamungkinan maksimum lan model Tamura-Nei kanggo infer hubungan filogenetik, lan nindakake 1000 réplikasi dipandu ing program MEGA X. Nomer ing cabang nuduhake yen nilai salinan sing dipandu luwih saka 50%. Escherichia coli U/541T digunakake minangka outgroup.
(A) Wit filogenetik adhedhasar genom, nuduhake hubungan antarane bakteri Spirospiraceae segara ASxL5T lan sanak keluarga cedhake, E. coli U 5/41T minangka outgroup. (B) Dibandhingake karo T. oleivorans MIL-1T, distribusi kategori fungsional gen diprediksi adhedhasar klompok orthologous (COG) protein ASx5LT. Gambar ing sisih kiwa nuduhake jumlah gen ing saben kategori COG fungsional ing saben genom. Grafik ing sisih tengen nuduhake persentase genom sing ana ing saben klompok COG fungsional. (C) Dibandhingake karo T. oleiverans MIL-1T, analisis lengkap KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) jalur modular ASxL5T.
Nggunakake basis data KEGG kanggo nliti gen komponen sing ana ing genom ASxL5T ngungkapake jalur metabolik khas gamma Proteus aerobik. ASxL5T ngemot total 75 gen sing ditugasake kanggo protein motor bakteri, kalebu gen sing melu chemotaxis, rakitan flagella, lan sistem fimbriae tipe IV. Ing kategori pungkasan, 9 saka 10 gen tanggung jawab kanggo gerakan twitching sawetara organisme liyane. Genom ASxL5T ngemot jalur biosintetik tetrahydropyrimidine lengkap sing melu respon protèktif kanggo stres osmotik20, kaya sing dikarepake kanggo halofil. Genom uga ngemot akeh jalur lengkap kanggo kofaktor lan vitamin, kalebu jalur sintesis riboflavin. Sanajan gen alkana 1-monooxygenase (alkB2) ana ing ASxL5T, jalur pemanfaatan hidrokarbon ora lengkap. Ing urutan genom ASxL5T, homolog saka gen sing diidentifikasi minangka tanggung jawab utamane kanggo degradasi hidrokarbon ing T. oleiverans MIL-1T21, kayata TOL_2658 (alkB) lan TOL_2772 (alkohol dehidrogenase) jelas ora ana. Gambar 3B nuduhake perbandingan distribusi gen ing kategori COG antarane ASxL5T lan minyak Zaitun MIL-1T. Sakabèhé, genom ASxL5T sing luwih cilik ngemot gen sing luwih sithik saka saben kategori COG dibandhingake karo genom sing gegandhengan karo luwih gedhe. Nalika jumlah gen ing saben kategori fungsional dituduhake minangka persentasi saka génom, prabédan kacathet ing persentase gen ing terjemahan, struktur ribosom lan kategori biogenesis, lan produksi energi lan kategori fungsi konversi, sing dadi ASxL5T sing luwih gedhe. génom Persentase dibandhingake karo klompok padha saiki ing T. oleiverans MIL-1T génom. Beda, dibandhingake karo genom ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T nduweni persentase gen sing luwih dhuwur ing kategori replikasi, rekombinasi lan perbaikan, lan transkripsi. Sing nggumunake, prabédan paling gedhe ing isi saben kategori fungsional saka rong génom yaiku jumlah gen sing ora dingerteni sing ana ing ASxL5T (Gambar 3B). Analisis pengayaan modul KEGG ditindakake, ing ngendi saben modul KEGG nggambarake sakumpulan unit fungsional sing ditetepake kanthi manual kanggo anotasi lan interpretasi biologis data urutan genom. Perbandingan distribusi gen ing jalur modul KOG lengkap ASxL5T lan zaitun MIL-1T ditampilake ing Gambar 3C. Analisis iki nuduhake yen sanajan ASxL5T nduweni jalur metabolisme belerang lan nitrogen sing lengkap, T. oleiverans MIL-1T ora. Ing kontras, T. oleiverans MIL-1T nduweni jalur metabolisme cysteine ​​​​lan methionine sing lengkap, nanging ora lengkap ing ASxL5T. Mulane, ASxL5T nduweni modul karakteristik kanggo asimilasi sulfat (ditetepake minangka set gen sing bisa digunakake minangka penanda fenotipik, kayata kapasitas metabolisme utawa patogenisitas; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Ing T oleivars MIL-1T. Mbandingake isi gen ASxL5T karo dhaptar gen sing nuduhake gaya urip predator ora mesthi. Sanajan gen waaL ngode ligase sing ana gandhengane karo polisakarida antigen O menyang inti ana ing genom ASxL5T (nanging umume ing akeh bakteri Gram-negatif), gen tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) bisa uga kalebu 60 amino. wilayah asam sing umum ditemokake ing bakteri predator sing ora ana. Ora ana gen karakteristik predator liyane ing genom ASxL5T, kalebu enzim enkoding sing melu biosintesis isoprenoid ing jalur mevalonat. Elinga yen ora ana gntR gen regulasi transkripsi ing klompok predator sing diteliti, nanging telung gen kaya gntR bisa diidentifikasi ing ASxL5T.
Karakteristik fenotipik ASxL5T dirangkum ing Tabel 3 lan dibandhingake karo karakteristik fenotipik saka genera 23, 24, 25, 26, lan 27 sing kacarita ing literatur. Isolat saka T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, lan Oceanobacter kriegii sing aktif, toleran uyah, oksidase-positif rod-shaped awak, nanging meh ora ana ciri fenotipik liyane karo ASxL5T. PH rata-rata segara yaiku 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), sing dibayangke ing T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis lan O. kriegii. ASxL5T cocok kanggo kisaran pH sing luwih gedhe (4-9) khas spesies non-laut. Karakteristik fenotipik Thalassolituus sp. C2-1. Ora dingerteni. Kisaran suhu pertumbuhan ASxL5T umume luwih amba tinimbang galur segara (4–42 °C), sanajan sawetara nanging ora kabeh isolat T. marinus tahan panas. Ketidakmampuan kanggo tuwuh ASxL5T ing media duduh kaldu nyegah karakterisasi fenotipik luwih lanjut. Gunakake API 20E kanggo nyoba bahan scraped saka piring BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, pemanfaatan sitrat, urease, triptofan deaminase, gelatin hidrolisis Enzim, asil test kabeh negatif, nanging ora indole, acetoin lan H2S. padha diprodhuksi. Karbohidrat sing ora difermentasi kalebu: glukosa, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrosa, melibiose, amygdalin lan arabinose. Dibandhingake karo galur referensi sing ana gandhengane, profil asam lemak seluler saka galur ASxL5T ditampilake ing Tabel 4. Asam lemak seluler utama yaiku C16:1ω6c lan/utawa C16:1ω7c, C16:0 lan C18:1ω9. Asam lemak hidroksi C12:0 3-OH lan C10:0 3-OH uga ana. Rasio C16:0 ing ASxL5T luwih dhuwur tinimbang nilai sing dilapurake saka genera sing gegandhengan. Ing kontras, dibandhingake karo T. marinus IMCC1826TT kacarita, rasio C18: 1ω7c lan / utawa C18: 1ω6c ing ASxL5T suda. oleivorans MIL-1T lan O. kriegii DSM 6294T, nanging ora dideteksi ing B. sanyensis KCTC 32220T. Mbandhingake profil asam lemak ASxL5T lan ASxLS nuduhake beda subtle ing jumlah asam lemak individu antarane loro galur, sing konsisten karo urutan DNA genomik saka spesies sing padha. Ora ana partikel poli-3-hidroksibutirat (PHB) sing dideteksi nggunakake tes ireng Sudan.
Aktivitas predasi bakteri ASxL5T diteliti kanggo nemtokake jangkauan mangsa. Bakteri iki bisa mbentuk plak ing spesies Campylobacter, kalebu: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 lan C. upsaliensis NCTC 11541T. Gunakake kultur sing kadhaptar ing bagean penentuan kisaran inang saka metode kasebut kanggo nguji luwih akeh bakteri Gram-negatif lan Gram-positif. Asil nuduhake yen ASxL5T uga bisa digunakake ing Escherichia coli NCTC 86 lan Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plak sing dibentuk ing Klebsiella oxytoca 11466. Interaksi TEM karo E. coli NCTC 86 ditampilake ing Figure 4A-D, lan interaksi karo Campylobacter jejuni PT14 lan Campylobacter suis S12 ditampilake ing Gambar 4E-H tengah. Mekanisme serangan katon beda ing antarane jinis mangsa sing diuji, kanthi siji utawa luwih sel E. coli ditempelake ing saben sel ASxL5T lan dipanggonke lateral ing sadawane sel sing ditambah sadurunge adsorpsi. Ing kontras, ASxL5T katon nempel ing Campylobacter liwat siji titik kontak, biasane kontak karo puncak sel predator lan cedhak puncak sel Campylobacter (Gambar 4H).
TEM nuduhake interaksi antarane ASx5LT lan mangsa: (AD) lan mangsa E. coli; (EH) lan C. jejuni mangsa. (A) Sel ASx5LT khas sing disambungake menyang sel E. coli (EC) siji; (B) ASx5LT filamen sing dipasang ing sel EC tunggal; (C) A sel ASx5LT filamentous disambungake menyang sawetara sel EC; (D) Lampiran sel ASx5LT sing luwih cilik ing sel E. coli (EC) tunggal; (E) sel ASx5LT tunggal sing disambungake menyang sel Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT nyerang sel C. hyoitestinalis (CH); (G) loro Siji sel ASx5LT nyerang sel CJ; (H) Tampilan cedhak titik lampiran ASx5LT, cedhak puncak sel CJ (bar 0.2 μm). Bar kasebut nuduhake 1 μm ing (A–G).
Bakteri predator wis berkembang kanggo njupuk kauntungan saka sumber mangsa sing akeh banget. Temenan, dheweke akeh ana ing macem-macem lingkungan. Amarga ukuran populasi sing sempit, bisa ngisolasi bakteri ASxL5T saka slurry nggunakake metode pamisahan phage. Relevansi genomik ASxL5T kanggo anggota saka kulawarga oceanospirillaceae bakteri segara kaget, sanajan organisme iku toleran uyah lan bisa tuwuh ing medium ngemot 5% uyah. Analisis kualitas banyu saka slurry nuduhake yen kandungan natrium klorida kurang saka 0,1%. Mulane, lendhut adoh saka lingkungan segara-sacara geografis lan kimia. Anane telung isolat sing gegandhengan nanging beda saka sumber sing padha menehi bukti yen predator iki berkembang ing lingkungan non-laut iki. Kajaba iku, analisis microbiome (file data kasedhiya saka https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) nuduhake yen urutan gen 16S rRNA padha dumunung ing ndhuwur 50 paling KALUBÈRAN taksa operasional (OTU). ) Ing sawetara interval sampling saka lendhut. Sawetara bakteri sing ora dibudidaya ditemokake ing database Genbank, sing duwe urutan gen 16S rRNA sing padha karo bakteri ASxL5T. Urutan kasebut, bebarengan karo urutan ASxL5T, ASxS5, lan ASxO5, katon minangka macem-macem clade sing dipisahake saka Thalassolituus lan Oceanobacter (Gambar 2). Telung jinis bakteri sing ora dibudidaya (GQ921362, GQ921357 lan GQ921396) diisolasi saka banyu fissure ing jerone 1,3 kilometer ing tambang emas Afrika Selatan ing taun 2009, lan loro liyane (DQ256320 lan DQ337006) ing Afrika Kidul. ing 2005). Urutan gen 16S rRNA sing paling cedhak karo ASxL5T minangka bagéan saka urutan gen 16S rRNA sing dipikolehi saka budaya pengayaan endapan pasir sing dipikolehi saka pesisir Prancis sisih lor ing taun 2006 (nomer aksesi AM29240828). Urutan gen 16S rRNA liyane sing raket saka bakteri sing ora dibudidaya HQ183822.1 dipikolehi saka tangki koleksi sing dilebur saka TPA kotamadya ing China. Temenan, bakteri ASxL5T ora banget perwakilan ing database taksonomi, nanging urutan saka bakteri uncultured iki kamungkinan kanggo makili organisme padha ASxL5T, kang disebarake ing saindhenging donya, biasane ing lingkungan tantangan. Saka analisis filogenetik genom kabeh, relatif paling cedhak karo ASxL5T yaiku Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Lan O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus minangka anggota bakteri fragmentasi hidrokarbon obligat laut (OHCB), sing nyebar ing lingkungan segara lan darat, lan biasane dadi dominan sawise kedadeyan polusi hidrokarbon30,31. Bakteri laut dudu anggota klompok OHCB, nanging diisolasi saka lingkungan segara.
Data fenotipik nuduhake yen ASxL5T minangka spesies anyar lan anggota saka genus sing sadurunge ora dikenal ing kulawarga spirospiraceae segara. Saiki ora ana standar sing jelas kanggo nggolongake galur sing mentas diisolasi dadi genus anyar. Upaya kanggo nemtokake wates genera universal, contone, adhedhasar persentase genome protein konservatif (POCP), disaranake nilai potong kasebut 50% padha karo galur referensi33. Liyane nyaranake nggunakake nilai AAI, sing duwe kaluwihan tinimbang POCP amarga bisa dipikolehi saka genom sing ora lengkap34. Penulis percaya yen nilai AAI kurang saka 74% dibandhingake karo galur model spesies model, galur kasebut minangka wakil saka genera sing beda. Genus model ing spirillaceae segara yaiku spirillum laut, lan galur model yaiku O. linum ATCC 11336T. Nilai AAI antarane ASxL5T lan O. linum ATCC 11336T yaiku 54,34%, lan nilai AAI antarane ASxL5T lan T. oleivorans MIL-1T (galur jinis genus) yaiku 67,61%, nuduhake yen ASxL5T nggambarake genus anyar sing beda karo Thalassolituus. Nggunakake urutan gen 16S rRNA minangka standar klasifikasi, wates delimitasi genus sing disaranake yaiku 94,5%35. ASxL5T bisa diselehake ing genus Thalassolituus, nuduhake 95,03% 16S rRNA urutan identitas karo T. oleivorans MIL-1T lan 96,17%. marinus IMCC1826T. Nanging, uga bakal diselehake ing genus Bacteroides sing nduweni 94,64% 16S rRNA identitas gen karo B. sanyensis NV9, nuduhake yen nggunakake gen siji kayata gen 16S rRNA bisa mimpin kanggo klasifikasi lan assignment sembarang. Cara liya sing disaranake nggunakake ANI lan Genome Alignment Score (AF) kanggo mriksa clustering titik data saka kabeh jinis lan galur non-jinis saka genera sing ana. Penulis nyaranake nggabungake wates genus karo titik infleksi saka genus sing dikira khusus kanggo takson sing dianalisis. Nanging, yen ora cukup urutan genom lengkap saka isolat Thalassolituus, ora mungkin kanggo nemtokake manawa ASxL5T kalebu genus Thalassolituus kanthi cara iki. Amarga kasedhiyan winates saka urutan genom lengkap kanggo analisis, kabeh wit filogenetik genom kudu diinterpretasi kanthi ati-ati. Kapindho, cara mbandhingake genom kabeh ora bisa nyatakake bedane gedhe ing ukuran genom sing dibandhingake. Padha ngukur persamaan gen salinan tunggal inti sing dikonservasi ing antarane genera sing gegandhengan, nanging ora nggatekake akeh gen sing ora ana ing genom ASxL5T sing luwih cilik. Temenan, ASxL5T lan klompok kalebu Thalassolituus, Oceanobacter, lan Bacterioplanes duwe leluhur sing padha, nanging evolusi wis njupuk dalan sing beda, sing nyebabake nyuda genom, sing bisa uga adaptasi karo gaya urip predator. Iki beda karo T. oleivorans MIL-1T, sing 28% luwih gedhe lan wis berkembang ing tekanan lingkungan sing beda kanggo nggunakake hidrokarbon23,30. Perbandhingan menarik bisa digawe karo parasit intraselular obligat lan symbionts, kayata Rickettsia, Chlamydia, lan Buchnera. Ukuran génomé kira-kira 1 Mb. Kemampuan kanggo nggunakke metabolit sel inang ndadékaké kanggo mundhut gen, supaya ngalami degradasi genomic évolusi sing signifikan. Owah-owahan evolusi saka organisme nutrisi kimia segara menyang gaya urip predator bisa nyebabake ukuran genom sing padha. Analisis COG lan KEGG nyoroti jumlah gen sing digunakake kanggo fungsi tartamtu lan beda global ing jalur genomik antarane ASxL5T lan T. oleivorans MIL-1T, sing ora amarga kasedhiyan unsur genetik seluler sing nyebar. Bentenipun ing rasio G + C saka kabèh génom ASxL5T punika 56,1%, lan T. oleivorans MIL-1T punika 46,6%, kang uga nuduhake yen wis dipisahake.
Pemeriksaan isi pengkodean genom ASxL5T menehi wawasan fungsional babagan karakteristik fenotipik. Anane gen enkoding tipe IV fimbriae (Tfp) menarik banget amarga bisa ningkatake gerakan sel, sing disebut sosial gliding utawa konvulsi, tanpa flagella ing permukaan. Miturut laporan, Tfp nduweni fungsi liyane, kalebu predasi, patogenesis, pembentukan biofilm, penyerapan DNA alami, agregasi sel otomatis lan pangembangan38. Genom ASxL5T ngandhut 18 gen sing ngode diguanylate cyclase (enzim sing ngowahi konversi 2 guanosine triphosphate dadi guanosine 2 phosphate lan cyclic diGMP) lan 6 gen sing ngode diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Gen kanggo esterase (catalyzing degradasi siklik di-GMP kanggo guanosine monofosfat) menarik amarga cycl-di-GMP minangka utusan kapindho penting sing melu pangembangan biofilm lan pamisahan, gerakan, lampiran sel lan virulensi 39, 40 ing proses kasebut. Sampeyan uga kudu dicathet yen ing Bdellovibrio bacteriovorus, GMP dobel siklik wis ditampilake kanggo ngontrol transisi antarane urip bebas lan gaya urip predator41.
Umume riset babagan bakteri predator wis fokus ing Bdelovibrio, organisme kaya Bdellovibrio, lan spesies Myxococcus. Iki lan conto bakteri predator liyane sing dikenal minangka klompok sing maneka warna. Senadyan macem-macem iki, sakumpulan kulawarga protein karakteristik sing nggambarake fenotipe 11 bakteri predator sing dikenal wis diidentifikasi3,22. Nanging, mung gen sing ngode O antigen ligase (waaL) sing wis diidentifikasi, sing umume umum ing bakteri Gram-negatif. Wangun analisis iki ora mbiyantu kanggo nemtokake ASxL5T minangka predator, bisa uga amarga nggunakake strategi serangan novel. Kasedhiyan génom bakteri predator sing luwih manéka warna bakal mbantu ngembangake analisis résolusi sing luwih apik sing nimbang bukti prabédan fungsional lan lingkungan antarane anggota klompok. Conto bakteri predator sing ora kalebu ing analisis iki kalebu anggota Cupriavidus necator42 lan Bradymonabacteria43, amarga nalika peneliti nyelidiki komunitas mikroba sing beda, luwih akeh takson predator ditetepake.
Fitur paling penting saka bakteri ASxL5T sing dijupuk dening gambar TEM yaiku morfologi unik lan fleksibel, sing bisa ningkatake interaksi karo bakteri mangsa. Jinis interaksi sing diamati beda karo bakteri predator liyane lan durung ditemokake utawa dilapurake sadurunge. Siklus urip predator ASxL5T sing diusulake ditampilake ing Gambar 5. Ana sawetara conto ing literatur kanthi struktur apikal sing padha kaya sing kita laporake ing kene, nanging conto kasebut kalebu Terasakiispira opsiumokuakeensis, bakteri spirillum segara kanthi puncak kadang-kadang enlargement 44, lan Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , Biyèné kagungane genus Oceanospirillum, mameraken Sing disebut "film polar" 45. Wangun cocci asring diamati ing budaya lawas, utamane kanggo bakteri kanthi bentuk sing mlengkung, kayata Vibrio, Campylobacter, lan Helicobacter 46, 47, 48, sing bisa makili negara sing rusak. Pakaryan luwih dibutuhake kanggo njlentrehake siklus urip bakteri ASxL5T sing tepat. Kanggo nemtokake cara nangkep lan mangsa, lan apa genome nyandi senyawa aktif biologi sing bisa digunakake kanggo tujuan medis utawa bioteknologi.
Deskripsi Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. dumadi saka venators saka L. n. venator, 'pamburu' lan Gr. n. bacter, 'rod'. Venatorbacter, 'rod mburu' .Sel aerobik, uyah-toleran, mlengkung Gram stain negatif, olahraga Catalase lan aktivitas oksidase ing suhu kisaran 4 nganti 42 °C Ingrown kisaran pH 4-9 ora biasa Ing bekicot laut, paling ora toleran karo pH asam. :1ω9 ; C12:0 3-OH lan C10:0 3-OH ditemokake minangka lemak hidroksi Asam. Ora tuwuh ing media duduh kaldu Isi DNA G + C yaiku 56,1 mol% Anggota genus iki nuduhake resistensi kanggo Campylobacter Lan prilaku predasi anggota kulawarga Enterobacteriaceae .
Deskripsi Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus tegese fairing).
Kajaba iku, fitur deskriptif genus iki yaiku yen ditanam ing BA utawa BHI, sel kasebut dawane 1,63 µm lan ambane 0,37 µm. Koloni ing agar BHI cilik banget, nganti diameter 2 mm sawise 72 jam. Padha beige, tembus, bunder, cembung lan mengkilat. Anggota spesies iki bisa nggunakake Escherichia coli lan Klebsiella. Campylobacter lan sawetara bakteri Gram-negatif liyane dadi mangsa.
Galur khas ASxL5T diisolasi saka susu sapi ing Nottinghamshire, UK, lan disimpen ing Koleksi Budaya Tipe Nasional (UK): nomer aksesi NCTC 14397 lan Koleksi Budaya Bakteri Walanda (NCCB) nomer aksesi NCCB 100775. Urutan genom lengkap ASxL5T wis disimpen ing Genbank miturut tambahan CP046056.
Bakteri ASxL5T diisolasi saka susu sapi nggunakake teknologi isolasi fag9,49. Slurry diencerke 1:9 (w/v) ing SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O lan 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Banjur inkubasi ing 4°C kanggo 24 jam, muter alon-alon kanggo elute predator menyang buffer. Suspensi kasebut disentrifugasi ing 3000g suwene 3 menit. Supernatan diklumpukake lan disentrifugasi ing 13.000g kaping pindho sajrone 5 menit. Supernatan kasebut banjur dilewati saringan membran 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Jerman) lan saringan membran 0,2 µm (Minisart) kanggo mbusak sel bakteri sing isih ana. ASxL5T bisa ngliwati saringan kasebut. Rumput agar lembut Campylobacter enterosus S12 (nomer aksesi NCBI CP040464) saka slurry sing padha disiapake nggunakake teknik standar. Slurry sing disaring disebarake ing saben piring sel inang kasebut ing tetesan 10 µl kanthi telung rangkap lan diidini garing. Piring kasebut diinkubasi ing tangki mikroaerofilik ing suhu 37 ° C suwene 48 jam ing kondisi mikroaerobik (5% O2, 5% H2, 10% CO2, lan 80% N2). Tondo pengeling eling sing dipikolehi diekstraksi menyang buffer SM lan ditransfer menyang pekarangan seger C. hyoitestinalis S12 kanggo luwih nyebarake organisme lysed. Sawise ditemtokake manawa bakteri minangka panyebab plak litik lan dudu phage, coba tuwuh organisme kasebut kanthi bebas saka inang lan luwih menehi ciri. Kultur aerobik ditindakake ing 37 ° C kanthi 5% v / v getih jaran defibrinated (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplemen). Miturut pedoman Komite Standar Klinis Nasional, metode difusi disk digunakake kanggo tes kerentanan antibakteri. BHI agar dikultur ing suhu 37 °C nggunakake disk sing ngemot antibiotik ing ngisor iki (Oxoid) kanggo kultur aerobik: amoxicillin lan asam klavulanat 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomisin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromisin 15 µg; Kloramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampisilin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-sulfametoksazol 25 µg. Toleransi uyah ditetepake kanthi inkubasi aerobik ing piring agar BHI ing suhu 37 ° C. NaCl tambahan ditambahake ing piring agar BHI kanggo nyedhiyakake kisaran konsentrasi nganti 10% w/v. Kisaran pH ditemtokake dening kultur aerobik ing piring agar BHI ing 37 ° C, ing ngendi kisaran pH wis disetel antarane 4 lan 9 kanthi HCl steril utawa NaOH steril, lan nilai pH target diverifikasi sadurunge tuangake piring. Kanggo analisis asam lemak seluler, ASxL5T dikultur ing agar BHI suwene 3 dina lan aerobik ing suhu 37 °C. Miturut protokol standar MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versi 6.10) saka FERA Science Ltd, (York, UK), asam lemak sel diekstraksi, disiapake lan dianalisis.
Kanggo TEM, ASxL5T dikultur aerobik kanthi nyebar seragam ing BA ing 37 ° C suwene 24 jam, banjur dipanen dadi 1 ml glutaraldehida 3% (v / v) ing buffer cacodylate 0,1 M ing suhu kamar Ndandani 1 jam, banjur sentrifugasi. ing 10.000 g kanggo 3 menit. Banjur alon-alon resuspend pelet ing 600 μl 0,1 M cacodylate buffer. Transfer suspensi ASxL5T tetep menyang Formvar/film karbon ing kothak tembaga 200 bolong. Bakteri kasebut diwarnai nganggo uranil asetat 0,5% (w / v) sajrone 1 menit lan diteliti dening TEM nggunakake mikroskop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Kaya kasebut ing ndhuwur, gabungke jumlah mangsa lan predator sing padha ing duduh kaldu NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) lan inkubasi nganti 48 jam ing kondisi mikroaerobik Campylobacter utawa Campylobacter ing 37 ° C, Interaksi predator lan mangsa. uga diteliti dening TEM. Kondisi aerobik kanggo Escherichia coli. Priksa kanthi bebas mangsa lan bakteri predator kanggo nemtokake owah-owahan ing morfologi sel amarga predasi. Cara ireng Sudan digunakake kanggo mikroskop optik akumulasi PHB.
Tuwuh kultur ASxL5T sewengi kanthi ngolesi wutah ing piring BHI utawa BA kanthi swab steril. Ngumpulake sel ASxL5T lan nundha ing MRD (CM0733, Oxoid), banjur lebokake ing suhu 4 ° C suwene 7 dina kanggo keluwen sel. Referensi NCTC utawa kultur bakteri stok laboratorium diinokulasi ing duduh kaldu BHI utawa kaldu nutrisi No. 2 (CM007, Oxoid), diinkubasi sewengi, disentrifugasi ing 13.000g lan disuspensi maneh ing MRD nganti OD600 0,4. Kultur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca NCTC 11466, Klebsiella oxytoca 11466 Listeria Bakteri khusus NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella usus bakteri Mondeville NC67, 1 bakteri usus Salmonella Mondeville NC67 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Tuan rumah Campylobacter diinkubasi mikroaerobik ing piring BA ing 37 ° C lan digantung ing duduh kaldu NZCYM. Tuan rumah Campylobacter sing dites yaiku: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NC8TC 11458, C. , C... Nglumpukake sel ing MRD, centrifuge ing 13.000g lan resuspend ing MRD nganti OD600 punika 0,4. Tambah aliquot saka 0,5 ml suspensi kanggo 5 ml leleh NZCYM ndhuwur agar (0,6% agar) lan pour menyang 1,2% NZCYM piring ngisor. Sawise ngobati lan garing, ASxL5T sing diencerake sacara serial disebarake minangka tetesan 20 µl ing saben papan pekarangan kanthi rangkap rangkap tiga. Suhu kultur lan atmosfer gumantung karo syarat bakteri uji.
Gunakake Kit DNA Genomik Bakteri GenElute™ (Sigma Aldridge) kanggo nyiapake DNA saka isolat bakteri. Cara standar digunakake kanggo amplifikasi PCR gen 16S rRNA lan penentuan urutan produk nggunakake kimia terminasi pewarna (Eurofins Value Read Service, Jerman). Gunakake program BLAST-N kanggo mbandhingake urutan kasebut karo urutan gen 16S rRNA liyane kanggo ngenali lan ngumpulake spesies sing ana hubungane. Iki didadekake siji nggunakake ClustalW ing program MEGA X. Wit filogenetik direkonstruksi nggunakake MEGA X nggunakake metode kemungkinan maksimum adhedhasar model Tamura-Nei, kanthi 1000 salinan dipandu54. Gunakake Kit DNA Genomik PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) kanggo ngekstrak DNA kanggo urutan genom kabèh. Urutan genom ASxL5T ditemtokake nggunakake kombinasi Illumina MiSeq, sing kasusun saka 250 bp dobel-ended maca sing kasusun saka perpustakaan sing disiapake nggunakake kit label Nextera lan maca dawa 2 nganti 20 kb saka platform PacBio. Fasilitas Riset Genomics DNA Sequencing ing Universitas Sembia. Genom kasebut dirakit nggunakake CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Kultur ASxL5T disimpen ing Koleksi Budaya Tipe Nasional (Inggris) lan Koleksi Kultur Bakteri Walanda (NCCB). Génom organisme sing ana gandhengane sing digunakake kanggo mbandhingake yaiku: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nomer aksesi HF680312, lengkap); Bakterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nomer aksesi BMYY01000001, ora lengkap); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nomer aksesi NZ_AUGV00000000, ora lengkap); Komunitas Marinamonas DSM 5604T (ditambahake ASM436330v1, ora lengkap), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (ditambahake MTSD02000001, ora lengkap) lan Thalassolituus sp. C2-1 (nambah NZ_VNIL01000001, ora lengkap). Gunakake JGI Genome Portal36 ing https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= kanggo nemtokake skor alignment (AF) lan identitas asam nukleat rata-rata (ANI). Ing pasangan. Cara Rodriguez-R & Konstantinidis55 digunakake kanggo nemtokake identitas asam amino (AAI). Gunakake GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 kanggo ngasilake wit filogenetik kemungkinan maksimal. Genome input sing makili génom referensi sing kasedhiya dipilih saka genera referensi sing diidentifikasi minangka hubungane karo ASxL5T saka filogeni 16S rRNA. Anotasi wit kasebut nggunakake alat online wit urip interaktif (https://itol.embl.de/). Anotasi fungsional lan analisis genom ASxL5T ditindakake nggunakake alat online BlastKOALA KEGG nggunakake distribusi pengayaan modul KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Distribusi kategori COG (grup orthologous) ditemtokake nggunakake alat online eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ lan Muñoz-Dorado, J. Predasi bakteri: 75 taun lan terus! . lingkungan. mikroorganisme. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Keragaman lan potensi antibakteri bakteri predator ing garis pantai Peru. Obat Maret. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Liwat gen kasebut, sampeyan bakal ngerti: karakteristik genom bakteri predator. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Gaya urip predator saka bacteriophage Bdellovibrio. nginstal. Mikroba pastor. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotik saka bakteri predator. Beilstein J. Histokimia 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio lan organisme sing padha minangka prediktor keragaman mikrobioma ing populasi inang sing beda. mikroorganisme. Ekologi. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. lan Ballesté-Delpierre, C. Temokake status saiki agen antibakteri anyar. klinis. mikroorganisme. Infèksi. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Predasi ganda saka phage lan phage bisa mbasmi mangsa E. coli tanpa predasi siji. J. Bakteri. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Jumlah lan keragaman Campylobacter lan bakteriofag sing diisolasi sajrone siklus pakan saka pitik jarak bebas lan organik. Lingkungan aplikasi. mikroorganisme. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA lan sapiturute Nganyari taksonomi genom lan epidemiologi babi Campylobacter. ngelmu. Perwakilan 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Alur kerja sing ramah pangguna kanggo genomik sistem. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Cara alignment urutan kaping sing nyuda kerumitan wektu lan papan. Informasi biologi BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Alat kanggo alignment otomatis lan trimming ing analisis filogenetik skala gedhe. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, gen EC lan terjemahan urutan metagenomik miwiti prediksi situs. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform lan efisien NCBI klasifikasi toolkit. Bio Rxiv. (Diakses tanggal 1 Juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-kira-kira wit kamungkinan maksimum karo Alignment gedhe. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralel. (Diakses tanggal 1 Juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Riset asam nukleat. 28, 27-30 (2000).
Republik Ceko, L. lsp. Peran extremolytes ectoine lan hydroxyectoine minangka pelindung stres lan nutrisi: genetika, genomik sistem, biokimia, lan analisis struktural. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Ekspresi protein diferensial sajrone pertumbuhan bakteri hidrokarbon-degradasi laut obligat Thalassolituus oleivorans MIL-1 sajrone pertumbuhan alkana rantai medium lan dawa. ngarep. mikroorganisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., lan Jurkevitch, E. Metode genomik komparatif anyar kanggo nemtokake indikator spesifik fenotipik ngungkapake warisan spesifik ing tandha bakteri predator. Perpustakaan Ilmu Umum 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etc. gen Thalassolituus oleivorans. November, sp. nov., jinis anyar saka bakteri segara sing spesialisasine ing nggunakake hidrokarbon. internasionalitas. J. Sistem. évolusi. mikroorganisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, sp. Ing Nopember, kapisah saka banyu segara sing sirkulasi ing Pasifik Kidul. internasionalitas. J. Sistem. évolusi. mikroorganisme. 66, 5010–5015 (2016).