Грам-теріс, аэробты, тұзға төзімді, белсенді, таяқша тәрізді және жыртқыш бактериялардың жаңа түрі ASxL5T Англияның Ноттингемширдегі сиыр тезегі тоғанынан бөлініп алынды және оның жемі ретінде Campylobacter пайдаланылды. Кейіннен басқа Campylobacter түрлері мен Enterobacteriaceae тұқымдасының өкілдері жем ретінде табылды. Хост жасушаларсыз субкультурадан кейін Brain Heart Infusion Agar-да әлсіз асептикалық өсуге қол жеткізілді. Оңтайлы өсу жағдайлары 37 °C және рН 7. Трансмиссиялық электронды микроскопия жыртқыштың болуымен байланысты өте ерекше морфологиялық белгілерді анықтады. 16S rRNA генінің тізбегін пайдалана отырып, филогенетикалық талдау изоляттың Marine Spirulina тұқымдасының мүшесіне қатысты екенін көрсетті, бірақ белгілі бір тұқымның мүшесі ретінде анық жіктелуі мүмкін емес. ASxL5T толық геномдық реттілігі теңіз спирохеталарының мүшелерімен қарым-қатынасты растады. Дерекқорды іздеу нәтижесінде бірнеше ASxL5T 16S рРНҚ гендерінің тізбегі мұхиттан, жер бетінен және жер асты суларынан алынған бірнеше дақылданбаған бактериялармен бөлісетіні анықталды. Біз ASxL5T штаммы жаңа тұқымда жаңа түрді білдіреді деп ұсынамыз. Venatorbacter cucullus gen атауын ұсынамыз. Қараша, сп. Қараша айында ASxL5T типті штамм ретінде пайдаланылды.
Жыртқыш бактериялар - биосинтетикалық материалдар мен энергия алу үшін басқа тірі бактерияларды аулау және өлтіру қабілетін көрсететін бактериялар. Бұл өлі микроорганизмдерден қоректік заттардың жалпы қалпына келуінен ерекшеленеді, сонымен қатар бактериялар иесімен оларды өлтірмей тығыз байланыста болатын паразиттік өзара әрекеттесулерден де ерекшеленеді. Жыртқыш бактериялар өздері орналасқан тауашалардағы (мысалы, теңіздегі мекендеу орталары) мол қоректік көздердің артықшылығын пайдалану үшін әртүрлі өмірлік циклдар жасады. Олар таксономиялық жағынан алуан түрлі топ болып табылады, олар тек бірегей стерилизацияның өмірлік циклімен байланысты1. Жыртқыш бактериялардың мысалдары бірнеше түрлі филалардан табылды, соның ішінде: Proteobacteria, Bacteroides және Chlorella.3. Дегенмен, ең жақсы зерттелген жыртқыш бактериялар - Bdellovibrio және Bdellovibrio-және ұқсас организмдер (BALOs4). Жыртқыш бактериялар жаңа биологиялық белсенді қосылыстар мен бактерияға қарсы агенттердің перспективалы көзі болып табылады5.
Жыртқыш бактериялар микробтардың әртүрлілігін арттырады және экожүйенің денсаулығына, өнімділігіне және тұрақтылығына оң әсер етеді6. Осы оң атрибуттарға қарамастан, бактерияларды өсіру қиындығына және олардың күрделі өмірлік циклдерін түсіну үшін жасушалардың өзара әрекеттесуін мұқият бақылау қажеттілігіне байланысты жаңа жыртқыш бактериялар бойынша зерттеулер аз. Бұл ақпаратты компьютерлік талдаудан алу оңай емес.
Микробқа қарсы төзімділіктің жоғарылауы дәуірінде бактериофагтарды және жыртқыш бактерияларды7,8 қолдану сияқты бактериялық патогендерге бағытталған жаңа стратегиялар зерттелуде. ASxL5T бактериялары 2019 жылы Ноттингемширдегі Ноттингем университетінің сүт орталығынан жиналған сиыр тезегінен фагтарды оқшаулау технологиясын қолдану арқылы оқшауланған. Зерттеудің мақсаты - биологиялық бақылау агенттері ретінде потенциалы бар организмдерді оқшаулау. Campylobacter hyointestinalis – зооноздық қоздырғыш, ол адамның ішек ауруларымен жиі байланысады10. Ол барлық жерде сарысуда болады және мақсатты хост ретінде пайдаланылады.
Сиыр желеінен ASxL5T бактериясы бөлініп алынды, өйткені оның C. hyointestinalis көгалында түзетін бляшкалары бактериофагтар түзетіндерге ұқсас екені байқалды. Бұл күтпеген нәтиже, себебі фагтарды оқшаулау процесінің бір бөлігі бактериялық жасушаларды жоюға арналған 0,2 мкм сүзгі арқылы сүзуді қамтиды. Бляшкадан алынған материалды микроскопиялық зерттеу шағын грамтеріс қисық таяқша тәрізді бактерияларда полигидроксибутират (PHB) жинақтамайтыны анықталды. Жыртқыш жасушалардан тәуелсіз асептикалық дақыл бай қатты ортада (мысалы, мидың жүрек инфузиялық агары (BHI) және қан агары (БА)) жүзеге асырылады және оның өсуі әлсіз. Ол күшті егілген субкультурадан кейін алынады. Ол микроаэробты (7% к/т оттегі) және атмосфералық оттегі жағдайында бірдей жақсы өседі, бірақ анаэробты атмосферада өспейді. 72 сағаттан кейін колонияның диаметрі өте кішкентай, 2 мм-ге жетті және ол бежевый, мөлдір, дөңгелек, дөңес және жылтыр болды. Стандартты биохимиялық тестілеуге кедергі келтіреді, себебі ASxL5T сұйық ортада сенімді түрде өсіру мүмкін емес, бұл оның биоқабықша түзілуінің күрделі өмірлік цикліне сүйенуі мүмкін екенін көрсетеді. Дегенмен, пластиналық суспензия ASxL5T аэробты, оксидаза мен каталаза үшін оң және 5% NaCl шыдай алатынын көрсетті. ASxL5T 10 мкг стрептомицинге төзімді, бірақ сыналған барлық басқа антибиотиктерге сезімтал. ASxL5T бактерия жасушалары TEM арқылы зерттелді (1-сурет). BA-да жыртқыш жасушаларсыз өсірілгенде, ASxL5T жасушалары орташа ұзындығы 1,63 мкм (± 0,4), ені 0,37 мкм (± 0,08) және бір ұзын (5 мкм-ге дейін) полюсі бар кішкентай Campylobacter болып табылады. Жыныстық жілік. Шамамен 1,6% ұяшықтардың ені 0,2 мкм-ден аз болып көрінеді, бұл сүзгі құрылғысы арқылы өтуге мүмкіндік береді. Кейбір ұяшықтардың үстіңгі жағында қаптамаға (латынша cucullus) ұқсас әдеттен тыс құрылымдық ұзару байқалды (1D, E, G көрсеткілерін қараңыз). Бұл артық сыртқы мембранадан тұратын сияқты, бұл периплазмалық қабықша мөлшерінің тез кішіреюіне байланысты болуы мүмкін, ал сыртқы мембрана бүтін болып қалады, «бос» көріністі көрсетеді. ASxL5T-ны қоректік заттарсыз (PBS-те) ұзақ уақыт бойы 4°C температурада өсіру көптеген жасушалардың (бірақ барлығы емес) кокк морфологиясын көрсететініне әкелді (1С-сурет). ASxL5T Campylobacter jejuni-мен 48 сағат бойы жем ретінде өскен кезде, орташа жасуша мөлшері иесіз өсірілген жасушаларға қарағанда айтарлықтай ұзағырақ және тар болады (1-кесте және 1Е сурет). Керісінше, ASxL5T E. coli-мен 48 сағат бойы жыртқыш ретінде өскенде, орташа жасуша мөлшері жыртқышсыз өскенге қарағанда ұзағырақ және кеңірек болады (1-кесте), ал жасуша ұзындығы өзгермелі, әдетте жіп тәрізді болады (1F-сурет). 48 сағат бойы жем ретінде Campylobacter jejuni немесе E. coli инкубациялағанда, ASxL5T жасушаларында флагелла мүлдем байқалмады. 1-кестеде ASxL5T болуы, болмауы және жемтік түріне негізделген жасуша өлшеміндегі өзгерістердің бақылаулары жинақталған.
ASx5LT TEM дисплейі: (A) ASx5LT ұзын қамшыны көрсетеді; (B) әдеттегі ASx5LT батареясы; (C) қоректік заттарсыз ұзақ инкубациядан кейінгі кокктар ASx5LT жасушалары; (D) ASx5LT жасушаларының тобы ауытқуды көрсетеді (E) Campylobacter жыртқышымен инкубацияланған ASx5LT жасушалар тобы жыртқыш өсімі жоқтармен салыстырғанда жасуша ұзындығының ұлғаюын көрсетті (D) сонымен қатар апикальды құрылымды көрсетті; (F) Ірі жіп тәрізді жілік, ASx5LT жасушалары, E. coli жыртқышымен инкубациядан кейін; (G) E. coli инкубациясынан кейін ерекше жоғарғы құрылымды көрсететін жалғыз ASx5LT жасушасы. Жолақ 1 мкм құрайды.
16S rRNA генінің тізбегін анықтау (тіркеу нөмірі MT636545.1) дерекқорды іздеуге Gammaproteobacteria класындағыларға ұқсас реттіліктерді орнатуға мүмкіндік береді және теңіз спирилумы отбасындағы теңіз бактерияларына ең жақын (2-сурет) және Thalassolituus тұқымының мүшелері болып табылады. Теңіз таяқшасының ең жақын туысы. 16S рРНҚ генінің тізбегі Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) тұқымдасына жататын жыртқыш бактериялардан анық ерекшеленеді. B. bacteriovorus HD100T (типі, DSM 50701) және B. bacteriovorus DM11A жұптық салыстырулары 48,4% және 47,7%, ал B. exovorus JSS үшін 46,7% құрады. ASxL5T бактерияларында 16S рРНҚ генінің 3 көшірмесі бар, олардың екеуі бір-біріне ұқсас, ал үшіншісі бір-бірінен 3 негіз қашықтықта орналасқан. Бір жерден морфологиялық және фенотиптік сипаттамалары ұқсас басқа екі жыртқыш бактерия изоляттары (ASx5S және ASx5O; 16S rRNA генінің қосылу нөмірлері сәйкесінше MT636546.1 және MT636547.1) бірдей емес, бірақ олар ASxL5T және культурасыз Bactant-дан ерекшеленеді. дерекқор тізбегі басқалармен бірге кластерленген Oceanospirillaceae тұқымдастары (2-сурет). ASxL5T геномының бүкіл тізбегі анықталып, NCBI дерекқорында сақталған, ал қосылу нөмірі CP046056. ASxL5T геномы G+C қатынасы 56,1% болатын 2 831 152 bp шеңберлі хромосомадан тұрады. Геном тізбегінде 2653 CDS (барлығы), оның 2567-і белоктарды кодтайды деп болжанған, оның 1596-сы болжамды функция ретінде тағайындалуы мүмкін (60,2%). Геномда 67 РНҚ кодтаушы ген бар, оның ішінде 9 рРНҚ (5S, 16S және 23S үшін әрқайсысы 3) және 57 тРНҚ. ASxL5T геномдық сипаттамалары 16S rRNA ген тізбегінен анықталған жақын салыстырмалы түрдегі штаммдардың қолжетімді геномдарымен салыстырылды (2-кесте). Барлық қолжетімді Thalassolituus геномдарын ASxL5T-мен салыстыру үшін аминқышқылдарының сәйкестігін (AAI) пайдаланыңыз. AAI анықтайтын ең жақын қол жетімді (толық емес) геном тізбегі Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 қосыңыз). Бұл штамм Мариана шұңқырының терең теңіз шөгінділерінен оқшауланған, бірақ қазіргі уақытта салыстыру үшін бұл штамм туралы фенотиптік ақпарат жоқ. ASxL5T 2,82 Мб салыстырғанда организмнің геномы 4,36 Мб үлкенірек. Теңіз спирохеталарының геномының орташа өлшемі шамамен 4,16 Мб (± 1,1; n = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly сайтынан зерттелген 92 толық анықтамалық геном), сондықтан ASxL5T геномы сәйкес келеді тәртібі Басқа мүшелермен салыстырғанда ол өте аз. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16-ға тән 172 бір көшірме геннің тураланған және байланыстырылған аминқышқылдарының тізбегін пайдалана отырып, геномға негізделген ең жоғары ықтималдықтың филогенетикалық ағашын (3А-сурет) жасау үшін GToTree 1.5.54 пайдаланыңыз. 17 ,18. Талдау оның Thalassolituus, Bacerial Plane және Marine Bacterium-мен тығыз байланысты екенін көрсетті. Дегенмен, бұл деректер ASxL5T өзінің Marine Spirulina-дағы туыстарынан ерекшеленетінін және оның геномының реттілігі туралы деректер бар екенін көрсетеді.
16S rRNA генінің тізбегін пайдаланатын филогенетикалық ағаш ASxL5T, ASxO5 және ASxS5 штаммдарының (ішегі бар) Marine Spirulinaceae өсірілмеген және теңіз бактерияларының штаммдарына қатысты орнын көрсетеді. Genbank қосылу нөмірі жақшадағы штамм атауынан кейін келеді. Тізбектерді туралау үшін ClustalW пайдаланыңыз және филогенетикалық қатынастарды қорытындылау үшін максималды ықтималдық әдісін және Tamura-Nei үлгісін пайдаланыңыз және MEGA X бағдарламасында 1000 басқарылатын репликацияны орындаңыз. Тармақтағы сан көшірменің нұсқау мәні 50%-дан жоғары екенін көрсетеді. Сыртқы топ ретінде ішек таяқшасы U/541T пайдаланылды.
(A) Төменгі топ ретінде теңіз Spirospiraceae бактериясы ASxL5T және оның жақын туыстары, E. coli U 5/41T арасындағы қатынасты көрсететін геномға негізделген филогенетикалық ағаш. (B) T. oleivorans MIL-1T-мен салыстырғанда, гендердің функционалдық категориясының таралуы ASx5LT протеинінің ортоологиялық топ (COG) кластеріне негізделген болжамды. Сол жақтағы сурет әрбір геномдағы әрбір функционалды COG санатындағы гендер санын көрсетеді. Оң жақтағы график әрбір функционалды COG тобында қамтылған геномдардың пайызын көрсетеді. (C) T. oleiverans MIL-1T-мен салыстырғанда, ASxL5T толық KEGG (Гендер мен геномдардың Киото энциклопедиясы) модульдік жолын талдау.
ASxL5T геномында бар құрамдас гендерді зерттеу үшін KEGG дерекқорын пайдалану аэробты гамма Proteus типтік метаболикалық жолын ашты. ASxL5T құрамында хемотаксиске, флагелла құрастыруға және IV типті фимбрия жүйесіне қатысатын гендерді қоса, бактериялық қозғалтқыш ақуыздарына тағайындалған барлығы 75 ген бар. Соңғы категорияда 10 геннің 9-ы басқа организмдердің бір қатарының жиырылуына жауап береді. ASxL5T геномында галофильдер үшін күтілгендей осмостық стресске20 қорғаныс реакциясына қатысатын толық тетрагидропиримидиндік биосинтетикалық жол бар. Геномда сонымен қатар рибофлавин синтезінің жолдарын қоса алғанда, кофакторлар мен витаминдер үшін көптеген толық жолдар бар. ASxL5T-де алкан 1-моноксигеназа (alkB2) гені болғанымен, көмірсутекті кәдеге жарату жолы толық емес. ASxL5T геномдық тізбегінде T. oleiverans MIL-1T21 көмірсутектерінің ыдырауына негізінен жауапты ретінде анықталған гендердің TOL_2658 (alkB) және TOL_2772 (алкогольдегидрогеназа) сияқты гомологтары анық жоқ. 3B суретінде ASxL5T және зәйтүн майы MIL-1T арасындағы COG санатындағы гендердің таралуының салыстырылуы көрсетілген. Жалпы алғанда, кішірек ASxL5T геномында үлкенірек байланысты геноммен салыстырғанда әрбір COG санатындағы пропорционалды түрде аз гендер бар. Әрбір функционалдық категориядағы гендердің саны геномның пайызымен көрсетілгенде, айырмашылықтар трансляциядағы, рибосомалық құрылымдағы және биогенез категорияларындағы гендердің пайызында, сондай-ақ үлкен ASxL5T құрайтын энергия өндіру және түрлендіру функциясы санаттарында белгіленеді. геномы Пайыз T. oleiverans MIL-1T геномында бар сол топпен салыстырылады. Керісінше, ASxL5T геномымен салыстырғанда, T. oleivorans MIL-1T репликация, рекомбинация және жөндеу және транскрипция санаттарында гендердің жоғары пайызына ие. Бір қызығы, екі геномның әрбір функционалдық категориясының мазмұнындағы ең үлкен айырмашылық ASxL5T құрамындағы белгісіз гендердің саны болып табылады (3В-сурет). KEGG модульдерін байыту талдауы жүргізілді, мұнда әрбір KEGG модулі геномдық реттілік деректерін аннотациялау және биологиялық интерпретациялау үшін қолмен анықталған функционалдық бірліктердің жиынтығын білдіреді. ASxL5T және оливалық MIL-1T толық KOG модуль жолындағы гендердің таралуын салыстыру 3С суретте көрсетілген. Бұл талдау ASxL5T толық күкірт пен азот алмасу жолына ие болғанымен, T. oleiverans MIL-1T жоқ екенін көрсетеді. Керісінше, T. oleiverans MIL-1T толық цистеин мен метионин алмасуының жолы бар, бірақ ASxL5T-де ол толық емес. Сондықтан, ASxL5T сульфатты ассимиляцияға арналған (метаболикалық қабілеттілік немесе патогенділік сияқты фенотиптік маркерлер ретінде пайдалануға болатын гендер жиынтығы ретінде анықталады; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Т. oleiverans MIL-1T. ASxL5T генінің мазмұнын жыртқыш өмір салтын ұсынатын гендер тізімімен салыстыру қорытынды емес. О антиген полисахаридімен байланысқан лигазаны ядроға кодтайтын waaL гені ASxL5T геномында болғанымен (бірақ ол көптеген грамтеріс бактерияларда жиі кездеседі), триптофан 2,3-диоксигеназа (TDO ) гендері 60 аминді қамтуы мүмкін. әдетте жоқ жыртқыш бактерияларда кездесетін қышқыл аймақтар. ASxL5T геномында мевалонат жолындағы изопреноидтық биосинтезге қатысатын кодтаушы ферменттерді қоса алғанда, басқа жыртқыш сипаттамалық гендер жоқ. Зерттелген жыртқыштар тобында gntR транскрипциялық реттеуші гені жоқ екенін ескеріңіз, бірақ ASxL5T-де үш гнтР тәрізді генді анықтауға болады.
ASxL5T фенотиптік сипаттамалары 3-кестеде жинақталған және әдебиетте көрсетілген 23, 24, 25, 26 және 27 туыстарының фенотиптік сипаттамаларымен салыстырылған. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis және Oceanobacter kriegii изоляттары белсенді, тұзға төзімді, оксидазаға оң таяқша тәрізді денелер болып табылады, бірақ ASxL5T басқа фенотиптік сипаттамалары дерлік жоқ. Мұхиттың орташа рН мәні 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ол T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis және O. kriegii. ASxL5T теңіздік емес түрлерге тән үлкенірек рН диапазонына (4-9) қолайлы. Thalassolituus sp. фенотиптік сипаттамалары. C2-1. Белгісіз. ASxL5T өсу температурасының диапазоны теңіз штаммдарынан (4–42 °C) кеңірек, бірақ кейбір T. marinus изоляттары ыстыққа төзімді. Сорпа орталарында ASxL5T өсіре алмау одан әрі фенотиптік сипаттамаға кедергі жасады. BA пластинасынан, ONPG, аргинин дигидролаза, лизиндекарбоксилаза, орнитин декарбоксилаза, цитрат утилизациясы, уреаза, триптофан деаминаза, желатин гидролизі ферментінен алынған материалдарды сынау үшін API 20E пайдаланыңыз, сынақ нәтижелері теріс болды, бірақ индол және H2S жоқ. өндірілді. Ашымаған көмірсуларға: глюкоза, манноза, инозит, сорбит, рамноза, сахароза, мелибиоза, амигдалин және арабиноза жатады. Жарияланған сәйкес сілтеме штаммдарымен салыстырғанда, ASxL5T штаммының жасушалық май қышқылы профилі 4-кестеде көрсетілген. Негізгі жасушалық май қышқылдары C16:1ω6c және/немесе C16:1ω7c, C16:0 және C18:1ω9 болып табылады. Гидрокси май қышқылдары C12:0 3-OH және C10:0 3-OH да бар. ASxL5T ішіндегі C16:0 қатынасы қатысты тектердің хабарланған мәнінен жоғары. Керісінше, хабарланған T. marinus IMCC1826TT салыстырғанда, ASxL5T ішіндегі C18:1ω7c және/немесе C18:1ω6c қатынасы төмендейді. oleivorans MIL-1T және O. kriegii DSM 6294T, бірақ B. sanyensis KCTC 32220T анықталмаған. ASxL5T және ASxLS май қышқылдарының профильдерін салыстыру бір түрдің геномдық ДНҚ тізбегіне сәйкес келетін екі штамм арасындағы жеке май қышқылдарының санындағы нәзік айырмашылықтарды анықтады. Судан қара сынағы арқылы поли-3-гидроксибутират (PHB) бөлшектері анықталмады.
Жыртқыштардың таралу аймағын анықтау үшін ASxL5T бактерияларының жыртқыштық белсенділігі зерттелді. Бұл бактерия Campylobacter түрлерінде бляшкалар түзе алады, соның ішінде: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 және C. upsaliensis NCTC 11541T. Грам-теріс және грам-оң бактериялардың кең ауқымын сынау үшін әдістің хост ауқымын анықтау бөлімінде тізімделген дақылдарды пайдаланыңыз. Нәтижелер ASxL5T-ді ішек таяқшасы NCTC 86 және Citrobacter freundii NCTC 9750T-де де қолдануға болатынын көрсетеді. Klebsiella oxytoca 11466-да пайда болған бляшкалар. E. coli NCTC 86-мен TEM әрекеттесуі 4A-D суретінде, ал Campylobacter jejuni PT14 және Campylobacter suis S12-мен әрекеттесу 4E-H ортасында көрсетілген. Шабуыл механизмі сыналған жыртқыш түрлерінің арасында әртүрлі болып көрінеді, бір немесе бірнеше E. coli жасушалары әрбір ASxL5T жасушасына бекітілген және адсорбцияға дейін ұзартылған жасуша бойымен бүйірлік орналасады. Керісінше, ASxL5T Campylobacter-ге бір жанасу нүктесі арқылы, әдетте жыртқыш жасушаның ұшымен байланыста және Campylobacter жасушасының шыңына жақын орналасқан сияқты (4Н-сурет).
ASx5LT мен жыртқыштың өзара әрекеттесуін көрсететін TEM: (AD) және E. coli жыртқышы; (EH) және C. jejuni олжасы. (A) бір E. coli (EC) жасушасына қосылған типтік ASx5LT ұяшығы; (B) Жалғыз EC ұяшығына бекітілген жіп тәрізді ASx5LT; (C) Бірнеше EC ұяшықтарына қосылған жіп тәрізді ASx5LT ұяшығы; (D) Жалғыз E. coli (EC) жасушасындағы кішірек ASx5LT жасушаларын бекіту; (E) Campylobacter jejuni (CJ) жасушасына қосылған жалғыз ASx5LT жасушасы; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) жасушаларына шабуыл жасайды; (G) екі Бір ASx5LT ұяшығы CJ ұяшығына шабуыл жасады; (H) CJ ұяшығының шыңына жақын орналасқан ASx5LT тіркеме нүктесінің жақыннан көрінісі (бар 0,2 мкм). Жолақ 1 мкм дюймді (A–G) білдіреді.
Жыртқыш бактериялар жыртқыштардың мол көздерін пайдалану үшін дамыды. Әлбетте, олар әртүрлі орталарда кең таралған. Популяция мүшелерінің көлемі тар болғандықтан, ASxL5T бактерияларын суспензиядан фагтарды бөлу әдісімен бөліп алуға болады. ASxL5T-нің теңіз бактерияларының oceanospirillaceae тұқымдасының өкілдеріне геномдық сәйкестігі таң қалдырады, дегенмен организм тұзға төзімді және құрамында 5% тұзы бар ортада өсе алады. Шламның су сапасын талдау натрий хлоридінің мөлшері 0,1%-дан аз екенін көрсетті. Сондықтан балшық географиялық және химиялық тұрғыдан теңіз ортасынан алыс. Бір көзден үш туысқан, бірақ әртүрлі изоляцияның болуы бұл жыртқыштардың теңізге жатпайтын ортада өсіп-өніп жатқанын дәлелдейді. Сонымен қатар, микробиома талдауы (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 сайтында қол жетімді деректер файлдары) бірдей 16S рРНҚ генінің тізбегі ең көп таралған 50 операциялық таксонда (OTU) орналасқанын көрсетті. ) Балшықтан сынама алудың бірнеше интервалында. Genbank дерекқорында ASxL5T бактерияларына ұқсас 16S рРНҚ ген тізбегі бар бірнеше дақылданбаған бактериялар табылды. Бұл тізбектер ASxL5T, ASxS5 және ASxO5 тізбегімен бірге Thalassolituus және Oceanobacter-тен бөлінген әртүрлі кластарды бейнелейтін сияқты (2-сурет). 2009 жылы Оңтүстік Африканың алтын кенішінде 1,3 шақырым тереңдіктегі жарықшақ суларынан өңделмеген бактериялардың үш түрі (GQ921362, GQ921357 және GQ921396), ал қалған екеуі (DQ256320 және DQ3370) Оңтүстік Африкадағы жер асты суларынан (DQ3370) бөлінген. жылы 2005). ASxL5T-мен ең тығыз байланысты 16S рРНҚ ген тізбегі 2006 жылы Францияның солтүстігіндегі жағажайлардан алынған құмды шөгінділерді байыту мәдениетінен алынған 16S rRNA ген тізбегінің бөлігі болып табылады (тіркеу нөмірі AM29240828). Өсірілмеген HQ183822.1 бактериясынан 16S рРНҚ генінің тағы бір тығыз байланысты тізбегі Қытайдағы муниципалды полигоннан шайылған жинау цистернасынан алынды. Әлбетте, ASxL5T бактериялары таксономиялық дерекқорларда жоғары дәрежеде репрезентативті емес, бірақ дақылданбаған бактериялардан алынған бұл тізбектер бүкіл әлемде, әдетте қиын орталарда таралған ASxL5T-ге ұқсас организмдерді білдіруі мүмкін. Бүкіл геномдық филогенетикалық талдаудан ASxL5T-ге ең жақын туысы Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ал O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus теңіз облигатты көмірсутекті фрагментациялау бактерияларының (OHCB) мүшесі болып табылады, ол теңіз және құрлық орталарында кең таралған және әдетте көмірсутектермен ластану оқиғаларынан кейін басымдыққа ие болады30,31. Теңіз бактериялары OHCB тобына жатпайды, бірақ теңіз ортасынан оқшауланған.
Фенотиптік деректер ASxL5T жаңа түр және теңіз спироспирасы тұқымдасының бұрын танылмаған тұқымдас мүшесі екенін көрсетеді. Қазіргі уақытта жаңадан оқшауланған штаммдарды жаңа тұқымға жіктеудің нақты стандарты жоқ. Әмбебап тектер шекараларын анықтау әрекеттері жасалды, мысалы, консервативті ақуыздың (POCP) геномының пайызына негізделген, шекті мәннің анықтамалық штамммен 50% бірдей болуы ұсынылады33. Басқалары POCP-тен артықшылығы бар AAI мәндерін пайдалануды ұсынады, себебі оларды толық емес геномдардан алуға болады34. Автордың пайымдауынша, егер AAI мәні модель түрінің үлгі штаммымен салыстырғанда 74% -дан төмен болса, штамм басқа тектің өкілі болып табылады. Теңіз спириллаларындағы үлгі тұқымдасы теңіз спириллумы, ал модельдік штамм - O. linum ATCC 11336T. ASxL5T және O. linum ATCC 11336T арасындағы AAI мәні 54,34% және ASxL5T және T. oleivorans MIL-1T (тектік типті штаммдар) арасындағы AAI мәні 67,61% құрайды, бұл ASxL5T Thalas солитустан өзгеше жаңа тұқымды білдіретінін көрсетеді. Жіктеу стандарты ретінде 16S rRNA генінің тізбегін пайдалану арқылы ұсынылатын текті делимитациялау шекарасы 94,5%35 құрайды. ASxL5T Thalassolituus тұқымдасына орналастырылуы мүмкін, ол T. oleivorans MIL-1T және 96,17% 95,03% 16S рРНҚ тізбегінің сәйкестігін көрсетеді. marinus IMCC1826T. Дегенмен, ол сондай-ақ B. sanyensis NV9 бар 94,64% 16S rRNA ген сәйкестігіне ие Bacteroides тұқымдастығына орналастырылады, бұл 16S rRNA гені сияқты бір генді пайдалану ерікті жіктеуге және тағайындауға әкелуі мүмкін екенін көрсетеді. Басқа ұсынылған әдіс бар тектердің барлық түрлерінен және типтік емес штаммдарынан деректер нүктелерінің кластерленуін тексеру үшін ANI және Genome Alignment Score (AF) пайдаланады. Автор тектес шекараны талданатын таксондарға тән болжалды тұқымның иілу нүктесімен біріктіруді ұсынады. Алайда, Thalassolituus изоляттарынан толық геномдық тізбектер жеткіліксіз болса, ASxL5T Thalassolituus тұқымдастығына жататынын осы әдіспен анықтау мүмкін емес. Талдау үшін толық геномдық тізбектердің қолжетімділігі шектеулі болғандықтан, бүкіл геномның филогенетикалық ағашын сақтықпен түсіндіру керек. Екіншіден, тұтас геномды салыстыру әдістері салыстырылған геномдардың өлшемдеріндегі елеулі айырмашылықтарды есепке алмайды. Олар туысқан тұқымдастар арасындағы сақталған негізгі бір көшірме гендердің ұқсастығын өлшеді, бірақ ASxL5T әлдеқайда аз геномында жоқ гендердің көп санын ескермеді. Әлбетте, ASxL5T және Thalassolituus, Oceanobacter және Bacterioplanes сияқты топтардың ортақ ата-бабалары бар, бірақ эволюция басқа жолмен жүріп, геномның қысқаруына әкелді, бұл жыртқыш өмір салтына бейімделуі мүмкін. Бұл T. oleivorans MIL-1T-тен айырмашылығы, ол 28% үлкен және көмірсутектерді кәдеге жарату үшін әртүрлі қоршаған орта қысымында дамыған23,30. Риккетсия, хламидиоз және бучнера сияқты міндетті жасушаішілік паразиттер мен симбионттармен қызықты салыстыруды жасауға болады. Олардың геномының өлшемі шамамен 1 Мб. Ие жасушасының метаболиттерін пайдалану қабілеті геннің жоғалуына әкеледі, сондықтан айтарлықтай эволюциялық геномдық деградацияға ұшырады. Теңіздегі химиялық қоректік организмдерден жыртқыш өмір салтына дейінгі эволюциялық өзгерістер геном мөлшерінің ұқсас төмендеуіне әкелуі мүмкін. COG және KEGG талдауы нақты функциялар үшін пайдаланылатын гендердің санын және ASxL5T және T. oleivorans MIL-1T арасындағы геномдық жолдардағы жаһандық айырмашылықтарды көрсетеді, бұл жылжымалы генетикалық элементтердің кең таралуына байланысты емес. ASxL5T бүкіл геномының G+C қатынасындағы айырмашылық 56,1%, ал T. oleivorans MIL-1T 46,6%, бұл да оның бөлінгенін көрсетеді.
ASxL5T геномының кодтау мазмұнын зерттеу фенотиптік сипаттамаларға функционалды түсінік береді. IV типті фимбрияларды (Tfp) кодтайтын гендердің болуы ерекше қызығушылық тудырады, өйткені олар бетінде флагелласыз, әлеуметтік сырғу немесе конвульсиялар деп аталатын жасуша қозғалысына ықпал етеді. Есептерге сәйкес, Tfp басқа да қызметтерге ие, соның ішінде жыртқыштық, патогенез, биофильмнің түзілуі, ДНҚ-ның табиғи сіңірілуі, жасушалардың автоматты агрегациясы және дамуы38. ASxL5T геномында дигуанилатциклазаны кодтайтын 18 ген (2 гуанозинтрифосфаттың гуанозин 2 фосфатқа және циклдік diGMP-ге айналуын катализдейтін фермент) және сәйкес дигуанилатциклазофитті кодтайтын 6 ген бар. Эстераза гені (циклдік ди-ГМП-ның гуанозин монофосфатқа дейін ыдырауын катализдейтін) қызықты, өйткені цикл-ди-GMP биофильмнің дамуы мен бөлінуіне, қозғалуына, жасушаның қосылуына және процесте вируленттілікке 39, 40 қатысатын маңызды екінші хабаршы болып табылады. Сондай-ақ, Bdellovibrio bacteriovorus-та циклдік қос GMP еркін өмір мен жыртқыш өмір салты арасындағы ауысуды бақылайтынын атап өткен жөн41.
Жыртқыш бактериялар бойынша зерттеулердің көпшілігі Bdellovibrio, Bdellovibrio тәрізді организмдер және Myxococcus түрлеріне бағытталған. Жыртқыш бактериялардың осы және басқа да белгілі мысалдары әртүрлі топты құрайды. Осы әртүрлілікке қарамастан, белгілі 11 жыртқыш бактериялардың фенотиптерін көрсететін тән белок тұқымдастарының жиынтығы анықталды3,22. Алайда, әсіресе грамтеріс бактерияларда жиі кездесетін O антиген лигазасын (waaL) кодтайтын гендер ғана анықталды. Талдаудың бұл түрі ASxL5T-ті жыртқыш ретінде белгілеуге көмектеспейді, себебі ол жаңа шабуыл стратегиясын қолданады. Әртүрлі жыртқыш бактериялардың геномдарының болуы топ мүшелері арасындағы функционалдық және қоршаған орта айырмашылықтарының дәлелдерін ескере отырып, жақсырақ ажыратымдылық талдауларын жасауға көмектеседі. Бұл талдауға қосылмаған жыртқыш бактериялардың мысалдары Cupriavidus necator42 және Bradymonabacteria43 мүшелерін қамтиды, өйткені зерттеушілер әртүрлі микробтық қауымдастықтарды зерттеген сайын көбірек жыртқыш таксондар анықталады.
TEM кескіні арқылы түсірілген ASxL5T бактерияларының ең көрнекті ерекшелігі оның бірегей және икемді морфологиясы болып табылады, ол жыртқыш бактериялармен өзара әрекеттесуге ықпал ете алады. Байқалған өзара әрекеттесу түрі басқа жыртқыш бактериялардан ерекшеленеді және бұрын ашылған немесе хабарланбаған. Ұсынылған ASxL5T жыртқыш тіршілік циклі 5-суретте көрсетілген. Әдебиетте біз осында хабарлағандай, ұқсас апикальды құрылымдары бар мысалдар аз, бірақ бұл мысалдарға Terasakiispira papahanaumokuakeensis, ұшы мезгіл-мезгіл ұлғаюы бар теңіз спириллум бактериясы 44 және Alphaproteobsakeria жатады. , бұрын тұқымдасқа жататын Oceanospirillum, экспонирлеуші ​​"полярлық қабықша" деп аталатын 45. Кокки формалары көбінесе ескі мәдениеттерде байқалады, әсіресе Vibrio, Campylobacter және Helicobacter 46, 47, 48 сияқты қисық пішіні бар бактериялар үшін, олар бұзылған күйді білдіруі мүмкін. ASxL5T бактерияларының нақты өмірлік циклін нақтылау үшін қосымша жұмыс қажет. Оның қалай ұстайтынын және аулайтынын және оның геномының медициналық немесе биотехнологиялық мақсаттарда қолдануға болатын биологиялық белсенді қосылыстарды кодтайтынын анықтау.
Venatorbacter генінің сипаттамасы. Қараша Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. венаторлардан тұрады L. n. venator,'hunter' және Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'ahting Rod'. Жасушалар аэробты, тұзға төзімді, иілген Грам бойынша теріс, жаттығу таяқшасы және оксидаза белсенділігі оң. PHB 4-42 °C температура диапазонында жиналмайды :1ω7c, C16:0 және C18:1ω9 C12:0 3-OH және C10:0 3-OH гидрокси май қышқылдары ретінде кездеседі, олар сорпа орталарында өспейді. Бұл тұқымның филогенетикалық орны отбасында.
Venatorbacter cucullus sp. сипаттамасы. Қараша Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus пішу дегенді білдіреді).
Сонымен қатар, бұл тұқымның сипаттамалық ерекшелігі BA немесе BHI-де өсірілген жасушалардың ұзындығы 1,63 мкм және ені 0,37 мкм болатындығы. BHI агарындағы колониялар өте кішкентай, 72 сағаттан кейін диаметрі 2 мм-ге жетеді. Олар бежевый, мөлдір, дөңгелек, дөңес және жылтыр. Бұл түрдің өкілдері ішек таяқшасы мен клебсиелланы пайдалана алады. Campylobacter және басқа да бірнеше грамтеріс бактериялар жем болады.
ASxL5T типтік штаммы Ноттингемширде, Ұлыбританияда сиыр сүтінен бөлініп алынды және Ұлттық Түр мәдениеті коллекциясында (Ұлыбритания): қосылу нөмірі NCTC 14397 және Нидерланды бактериялар мәдениеті жинағы (NCCB) қосылу нөмірі NCCB 100775. Толық геном тізбегі ASxL ASx5 қосымшасына сәйкес Генбанкке депозитке салынды CP046056.
ASxL5T бактериялары сиыр сүтінен фагты оқшаулау технологиясын қолдана отырып бөлініп алынды9,49. Қоспа SM буферінде (50 мМ Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 М NaCl, 8 мМ MgSO4,7H2O және 0,01% желатин; Сигма Олдрих, Гиллингем, Ұлыбритания), 1:9 (салм/көлем) сұйылтылған, содан кейін инкубата. 24 сағат бойы 4°C температурада, элюциялау үшін баяу айналады жыртқыштар буферге түседі. Суспензияны 3 минут бойы 3000 г центрифугалады. Супернатантты жинап, 13000 г-да 5 минут бойы екінші рет центрифугалады. Содан кейін үстіңгі зат қалған бактериялық жасушаларды жою үшін 0,45 мкм мембраналық сүзгіден (Минисарт; Сарториус, Геттинген, Германия) және 0,2 мкм мембраналық сүзгіден (Минисарт) өтті. ASxL5T бұл сүзгілерден өте алады. Бір суспензиядан Campylobacter enterosus S12 (NCBI қосылу нөмірі CP040464) жұмсақ агар көгалдары стандартты әдістерді қолдана отырып дайындалды. Сүзілген суспензия осы негізгі жасуша пластиналарының әрқайсысына 10 мкл тамшыларға үш данада таратылып, кептіруге рұқсат етілді. Пластина микроаэробты жағдайда (5% O2, 5% H2, 10% CO2 және 80% N2) 37°C температурада 48 сағат бойы микроаэрофильді цистернада инкубацияланды. Алынған көрінетін бляшка SM буферіне шығарылды және лизделген ағзаларды одан әрі көбейту үшін C. hyointestinalis S12 жаңа көгалына ауыстырылды. Фаг емес, литикалық бляшканың себебі бактериялар екендігі анықталғаннан кейін, ағзаны иесінен тәуелсіз өсіруге тырысыңыз және оны әрі қарай сипаттаңыз. Аэробты культура 37 °C температурада 5% к/т дефибринді жылқы қанымен орындалды (TCS Biosciences Lt, Buckingham, Ұлыбритания, қосымша). Ұлттық клиникалық стандарттар комитетінің нұсқауларына сәйкес, дискінің диффузиялық әдісі бактерияға қарсы сезімталдықты тексеру үшін қолданылады. BHI агары аэробты өсіру үшін келесі антибиотиктер (оксоид) бар дискіні пайдаланып 37 °C температурада өсірілді: амоксициллин және клавулан қышқылы 30 мкг; цефотаксим 30 мкг; стрептомицин 10 мкг; ципрофлоксацин 5 мкг; Цефтазидим 30 мкг Налидикс қышқылы 30 мкг; Имипенем 10 мкг; Азитромицин 15 мкг; Левомицетин 30 мкг; Цефокситин 30 мкг; тетрациклин 30 мкг; нитрофурантоин 300 мкг; Азтреонам 30 мкг; ампициллин 10 мкг; Цефподоксим 10 мкг; Триметоприм-сульфаметоксазол 25 мкг. Тұзға төзімділік 37 °C температурада BHI агар пластиналарында аэробты инкубациялау арқылы анықталды. BHI агар пластиналарына қосымша NaCl қосылды, ол 10% с/а дейінгі концентрация диапазонын қамтамасыз етеді. рН диапазоны стерильді HCl немесе стерильді NaOH көмегімен рН диапазоны 4 және 9 аралығында реттелетін 37°C температурада BHI агар пластиналарындағы аэробты культура арқылы анықталады және пластинаны құю алдында мақсатты рН мәні тексеріледі. Жасушалық май қышқылын талдау үшін ASxL5T BHI агарында 3 күн бойы және аэробты 37 °C температурада өсірілді. FERA Science Ltd компаниясының (Йорк, Ұлыбритания) MIDI (Sherlock Microbial Identification System, 6.10 нұсқасы) стандартты хаттамасына сәйкес жасуша май қышқылдары экстракцияланды, дайындалды және талданды.
TEM үшін ASxL5T 24 сағат бойы 37°C температурада BA бетіне біркелкі тарату арқылы аэробты түрде өсірілді, содан кейін бөлме температурасында 0,1 М какодилат буферіндегі 1 мл 3% (көлем/көлем) глутаральдегидке жиналды 1 сағат бойы бекітіңіз, содан кейін центрифугалаңыз. 3 минут ішінде 10 000 г. Содан кейін түйіршіктерді 600 мкл 0,1 М какодилат буферіне ақырын қайта суспензиялаңыз. Бекітілген ASxL5T суспензиясын 200 торлы мыс тордағы Formvar/көміртекті пленкаға тасымалдаңыз. Бактериялар 1 минут бойы 0,5% (салм/көлем) уранилацетатпен боялды және TEI Tecnai G2 12 Biotwin микроскопының көмегімен TEM арқылы зерттелді. Жоғарыда айтылғандай, NZCYM сорпасында (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) жыртқыш пен жыртқыштың бірдей санын біріктіріп, Campylobacter немесе Campylobacter микроаэробты жағдайында 37°C температурада 48 сағат бойы инкубациялаңыз , Жыртқыш пен жыртқыштың әрекеттесуі. Сондай-ақ TEM тексерді. Escherichia coli үшін аэробты жағдайлар. Жыртқыш және жыртқыш бактерияларды өз бетінше зерттеп, жыртқыштық салдарынан жасуша морфологиясының кез келген өзгерістерін анықтаңыз. PHB жинақтауының оптикалық микроскопиясы үшін Суданның қара әдісі қолданылды.
ASxL5T культураларын стерильді тампонмен BHI немесе BA тақталарына жағу арқылы түнде өсіріңіз. ASxL5T жасушаларын жинап, оларды MRD (CM0733, Оксоид) ішінде тоқтатыңыз, содан кейін жасушаларды аштыққа ұшырату үшін оларды 7 күн бойы 4°C температураға қойыңыз. NCTC анықтамасы немесе зертханалық қор бактерия культурасы BHI сорпасына немесе № 2 қоректік сорпаға (CM007, Оксоид) егілді, түні бойы инкубацияланды, 13 000 г центрифугада және OD600 0,4 болғанша MRD ішінде қайта суспензияланды. Мәдениет: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella, NC6nosty11 10817, Listeria Арнайы бактериялар NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus суасты қайық гамбургер NCTC 1621T, Salmonella NCTC747 in NCTCal mucilintest NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter қожайыны BA пластиналарында 37°C және суспензия NZC температурада микроаэробты инкубацияланды. Сынақтан өткен Campylobacter қожайындары: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C.81. PT14, C... MRD-де жасушаларды жинаңыз, 13000г-де центрифугалаңыз және OD600 0,4 болғанша MRD-де қайта суспензиялаңыз. 5 мл балқытылған NZCYM жоғарғы агарына (0,6% агар) 0,5 мл суспензияның аликвотын қосып, оны 1,2% NZCYM төменгі пластинасына құйыңыз. Кептіру және кептіруден кейін сериялық сұйылтылған ASxL5T үш данадан әр көгал тақтасына 20 мкл тамшылар түрінде таратылды. Дақылдық температура мен атмосфера зерттелетін бактериялардың талаптарына байланысты.
Бактериялық изоляттардан ДНҚ дайындау үшін GenElute™ бактериялық геномдық ДНҚ жинағын (Сигма Олдридж) пайдаланыңыз. Стандартты әдістер 16S рРНҚ генін ПТР күшейту және бояуды тоқтату химиясын (Eurofins Value Read Service, Германия) пайдалана отырып өнім ретін анықтау үшін пайдаланылды. Жақын түрлерді анықтау және жинау үшін осы тізбектерді басқа 16S рРНҚ ген тізбегімен салыстыру үшін BLAST-N бағдарламасын пайдаланыңыз. Олар MEGA X бағдарламасындағы ClustalW көмегімен тураланады. Филогенетикалық ағаш Тамура-Ней моделіне негізделген максималды ықтималдық әдісін пайдаланып, 1000 көшірмелері бар MEGA X көмегімен қайта құрылды54. Тұтас геномды секвенирлеу үшін ДНҚ алу үшін PureLink™ геномдық ДНҚ жинағын (Fisher Scientific, Loughborough, Ұлыбритания) пайдаланыңыз. ASxL5T геномының тізбегі Illumina MiSeq комбинациясы арқылы анықталды, ол Nextera таңбалау жинағы арқылы дайындалған кітапханадан және PacBio платформасынан 2-20 кб ұзындықтағы оқулардан тұратын 250 bp екі жақты оқулардан тұрады. Сембия университетіндегі ДНҚ секвенирлеуінің геномикалық зерттеу орталығы. Геном CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Орхус, Дания) көмегімен құрастырылды. ASxL5T дақылдары Ұлттық түр мәдениеті жинағында (Ұлыбритания) және Нидерланды бактериялар мәдениеті жинағында (NCCB) сақталады. Салыстыру үшін қолданылатын туыстас ағзалардың геномдары: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (кіру нөмірі HF680312, толық); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (тіркеу нөмірі BMYY01000001, толық емес); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (тіркеу нөмірі NZ_AUGV00000000, толық емес); Marinamonas қауымдастығы DSM 5604T (ASM436330v1 қосылды, толық емес), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 қосылды, толық емес) және Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 қосу, толық емес). JGI Genome Portal36 сайтын https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= арқылы туралау көрсеткішін (AF) және нуклеин қышқылының орташа сәйкестігін (ANI) анықтау үшін пайдаланыңыз. Жұпта. Родригес-Р және Константинидис55 әдісі аминқышқылдарының сәйкестігін (AAI) анықтау үшін пайдаланылды. Есептелген максималды ықтималдық филогенетикалық ағашын жасау үшін GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 пайдаланыңыз. Қол жетімді анықтамалық геномды білдіретін кіріс геномы 16S рРНҚ филогенезінен ASxL5T-ге қатысты ретінде анықталған анықтамалық ұрпақтардан таңдалады. Интерактивті өмір ағашы онлайн құралының (https://itol.embl.de/) көмегімен ағашқа түсініктеме берді. ASxL5T геномының функционалдық аннотациясы және талдауы KEGG (Киото энциклопедиясы гендер мен геномдар) модулін байыту дистрибуциясын пайдалана отырып, BlastKOALA KEGG онлайн құралы арқылы жүзеге асырылады. COG санаттарының (орфологиялық топтар) таралуы eggNOG-mapper онлайн құралы арқылы анықталады.
Перес, Дж., Мораледа-Муньоз, А., Маркос-Торрес, ФДж және Муноз-Дорадо, Дж. Бактериялық жыртқыштық: 75 жыл және ол жалғасуда! . орта. микроорганизм. 18, 766–779 (2016 ж.).
Линарес-Отойя, Л. т.б. Перу жағалауындағы жыртқыш бактериялардың әртүрлілігі мен бактерияға қарсы потенциалы. Наурыз дәрілері. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастернак, З. және т.б. Олардың гендері арқылы сіз оларды түсінесіз: жыртқыш бактериялардың геномдық сипаттамалары. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Сокетт, RE. Bdellovibrio бактериофагының жыртқыш өмір салты. орнату. Пастор микробтар. 63, 523–539 (2009).
Корп, Дж., Вела Гурович, MS & Nett, M. Жыртқыш бактериялардан антибиотиктер. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio және ұқсас организмдер әртүрлі хост популяцияларындағы микробиомалардың әртүрлілігін болжаушылар болып табылады. микроорганизм. Экология. 79, 252–257 (2020 ж.).
Вила, Дж., Морено-Моралес, Дж. және Баллесте-Дельпьер, С. Жаңа бактерияға қарсы агенттердің ағымдағы күйін ашыңыз. клиникалық. микроорганизм. Жұқтыру. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Хобли, Л. және т.б. Фаг пен фагтың қосарланған жыртқыштығы E. coli жемтігін бірде-бір жыртқышсыз жоюға болады. J. Бактериялар. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Еркін және органикалық тауықтардың қоректену циклі кезінде оқшауланған Campylobacter және бактериофагтардың саны мен әртүрлілігі. Қолданбалы орта. микроорганизм. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA, т.б. Campylobacter шошқасының геномдық таксономиясы мен эпидемиологиясын жаңарту. ғылым. Өкіл 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Ли, MD GToTree: Жүйе геномикасы үшін пайдаланушыға ыңғайлы жұмыс процесі. Биоинформатика 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: Уақыт пен кеңістіктің күрделілігін азайтатын бірнеше ретті туралау әдісі. BMC биологиялық ақпарат. 5, 113 (2004).
Капелла-Гутьеррес, С., Силла-Мартинес, Дж.М. және Габалдон, Т. ТримАл: Кең ауқымды филогенетикалық талдауда автоматты туралау және кесуге арналған құрал. Биоинформатика 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC гені және метагеномдық дәйектілік аудармасы бастапқы сайтты болжау. Биоинформатика 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: кросс-платформа және тиімді NCBI жіктеу құралдары. Bio Rxiv. (2021 жылдың 1 маусымында қол жетімді); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-үлкен туралауы бар шамамен максималды ықтималдық ағашы. PLoS One 5, e9490 (2010).
Танге, O. GNU параллель. (2021 жылдың 1 маусымында қол жетімді); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Киото гендер мен геномдар энциклопедиясы. Нуклеин қышқылын зерттеу. 28, 27-30 (2000 ж.).
Чехия, Л. т.б. Эктоин мен гидроксиэктоиннің экстремолиттерінің стресстен қорғайтын және қоректік заттар ретіндегі рөлі: генетика, жүйелік геномика, биохимия және құрылымдық талдау. Ген (Базель). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Грегсон, Б.Х., Методиева, Г., Методиев, М.В., Голышин, П.Н. & МакКью, Б.А. Орташа және ұзын тізбекті алкандардың өсуі кезіндегі теңіз көмірсутектерін ыдырататын Thalassolituus oleivorans MIL-1 облигатты бактериясының өсуі кезіндегі дифференциалды ақуыз экспрессиясы . алдыңғы. микроорганизм. 9, 3130 (2018 ж.).
Пастернак, З., Бен Сассон, Т., Коэн, Ю., Сегев, Е. және Юркевич, Е. Фенотиптік-спецификалық көрсеткіштерді анықтауға арналған жаңа салыстырмалы геномика әдісі жыртқыш бактериялар белгісінде ерекше тұқым қуалаушылықты көрсетеді. Қоғамдық ғылыми кітапхана 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якимов, М.М., т.б. Thalassolituus oleivorans гені. Қараша, сп. қараша, көмірсутектерді пайдалануға маманданған теңіз бактерияларының жаңа түрі. интернационалдық. J. Жүйе. эволюция. микроорганизм. 54, 141–148 (2004).
Ван, Ю., Ю, М., Лю, Ю., Ян, X. & Чжан, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Қараша, сп. Қараша айында ол Оңтүстік Тынық мұхитында айналатын теңіз суынан бөлініп шықты. интернационалдық. J. Жүйе. эволюция. микроорганизм. 66, 5010–5015 (2016).