ប្រភេទថ្មីនៃ Gram-negative, aerobic, ធន់នឹងអំបិល, សកម្ម, រាងជាដំបង, និងបាក់តេរី predatory ASxL5T ត្រូវបានញែកចេញពីស្រះលាមកគោនៅ Nottinghamshire ប្រទេសអង់គ្លេស ហើយបានប្រើ Campylobacter ជាចំណីរបស់វា។ ក្រោយមក ប្រភេទ Campylobacter ផ្សេងទៀត និងសមាជិកនៃគ្រួសារ Enterobacteriaceae ត្រូវបានគេរកឃើញថាជាសត្វព្រៃ។ បន្ទាប់ពី subculture ដោយគ្មានកោសិកាម៉ាស៊ីន ការលូតលាស់ aseptic ខ្សោយត្រូវបានសម្រេចនៅលើ Brain Heart Infusion Agar ។ លក្ខខណ្ឌលូតលាស់ល្អបំផុតគឺ 37 °C និង pH គឺ 7 ។ មីក្រូទស្សន៍អេឡិចត្រុងបញ្ជូនបានបង្ហាញពីលក្ខណៈសរីរវិទ្យាមិនធម្មតាមួយចំនួនដែលទាក់ទងនឹងភាពអាចរកបាននៃសត្វព្រៃ។ ការវិភាគ phylogenetic ដោយប្រើលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA បានបង្ហាញថា ភាពឯកោគឺទាក់ទងទៅនឹងសមាជិកនៃគ្រួសារ Marine Spirulina ប៉ុន្តែមិនអាចត្រូវបានគេចាត់ថ្នាក់យ៉ាងច្បាស់ថាជាសមាជិកនៃប្រភេទណាមួយដែលគេស្គាល់នោះទេ។ លំដាប់ហ្សែនទាំងមូលនៃ ASxL5T បានបញ្ជាក់ពីទំនាក់ទំនងជាមួយសមាជិកនៃ spirochetes សមុទ្រ។ ការស្វែងរកមូលដ្ឋានទិន្នន័យបានបង្ហាញថា ASxL5Ts ជាច្រើនចែករំលែកហ្សែន 16S rRNA ជាមួយនឹងបាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះជាច្រើនពីមហាសមុទ្រ ផ្ទៃដី និងទឹកក្រោមដី។ យើងស្នើថា ពូជ ASxL5T តំណាងឱ្យប្រភេទសត្វថ្មីនៅក្នុងប្រភេទថ្មី។ យើងសូមណែនាំឈ្មោះ Venatorbacter cucullus gen ។ ខែវិច្ឆិកា, sp ។ នៅក្នុងខែវិច្ឆិកា ASxL5T ត្រូវបានគេប្រើជាប្រភេទសំពាធ។
បាក់តេរី Predatory គឺជាបាក់តេរីដែលបង្ហាញពីសមត្ថភាពក្នុងការបរបាញ់ និងសម្លាប់បាក់តេរីដែលមានជីវិតផ្សេងទៀត ដើម្បីទទួលបានសម្ភារៈ និងថាមពលជីវសំយោគ។ នេះគឺខុសពីការស្ដារឡើងវិញទូទៅនៃសារធាតុចិញ្ចឹមពីអតិសុខុមប្រាណដែលងាប់ ហើយវាក៏ខុសពីអន្តរកម្មប៉ារ៉ាស៊ីតផងដែរ ដែលបាក់តេរីបង្កើតទំនាក់ទំនងជិតស្និទ្ធជាមួយម្ចាស់ផ្ទះដោយមិនសម្លាប់ពួកវា។ បាក់តេរី Predatory បានវិវឌ្ឍវដ្តជីវិតខុសៗគ្នា ដើម្បីទាញយកអត្ថប្រយោជន៍ពីប្រភពអាហារដ៏សម្បូរបែបនៅក្នុងកន្លែងពិសេសដែលពួកគេត្រូវបានរកឃើញ (ដូចជាជម្រកសត្វសមុទ្រ)។ ពួកវាជាក្រុមចម្រុះតាមបែបពន្ធុវិទ្យា ដែលត្រូវបានតភ្ជាប់ដោយវដ្តជីវិតនៃការក្រៀវតែមួយគត់របស់ពួកគេ។ ឧទាហរណ៏នៃបាក់តេរី predatory ត្រូវបានគេរកឃើញនៅក្នុង phyla ផ្សេងគ្នាជាច្រើន រួមមាន: Proteobacteria, Bacteroides និង Chlorella.3 ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ បាក់តេរីមំសាសីដែលត្រូវបានសិក្សាយ៉ាងល្អជាងគេគឺ Bdellovibrio និង Bdellovibrio និងសារពាង្គកាយដូច (BALOs4)។ បាក់តេរី Predatory គឺជាប្រភពដ៏ជោគជ័យនៃសមាសធាតុសកម្មជីវសាស្រ្តថ្មី និងភ្នាក់ងារប្រឆាំងនឹងបាក់តេរី 5.
បាក់តេរី Predatory ត្រូវបានគេជឿថាជួយបង្កើនភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ និងមានឥទ្ធិពលវិជ្ជមានទៅលើសុខភាពប្រព័ន្ធអេកូឡូស៊ី ផលិតភាព និងស្ថេរភាព6. ថ្វីបើមានលក្ខណៈវិជ្ជមានទាំងនេះក៏ដោយ មានការសិក្សាមួយចំនួនតូចលើបាក់តេរី predatory ថ្មីដោយសារតែការលំបាកក្នុងការបណ្តុះបាក់តេរី និងតម្រូវការក្នុងការសង្កេតដោយប្រុងប្រយ័ត្ននូវអន្តរកម្មកោសិកាដើម្បីយល់ពីវដ្តជីវិតដ៏ស្មុគស្មាញរបស់ពួកគេ។ ព័ត៌មាននេះមិនងាយទទួលបានពីការវិភាគតាមកុំព្យូទ័រទេ។
នៅក្នុងយុគសម័យនៃការបង្កើនភាពធន់ទ្រាំនឹងថ្នាំសំលាប់មេរោគ យុទ្ធសាស្រ្តថ្មីសម្រាប់កំណត់គោលដៅបាក់តេរីបង្កជំងឺកំពុងត្រូវបានសិក្សា ដូចជាការប្រើប្រាស់ bacteriophages និង predatory bacteria7,8 ។ បាក់តេរី ASxL5T ត្រូវបានញែកដាច់ពីគេក្នុងឆ្នាំ 2019 ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា phage ដាច់ដោយឡែកពីលាមកគោដែលប្រមូលបានពីមជ្ឈមណ្ឌលទឹកដោះគោនៃសាកលវិទ្យាល័យ Nottingham រដ្ឋ Nottinghamshire ។ គោលបំណងនៃការស៊ើបអង្កេតគឺដើម្បីញែកសារពាង្គកាយដែលមានសក្តានុពលជាភ្នាក់ងារគ្រប់គ្រងជីវសាស្រ្ត។ Campylobacter hyointestinalis គឺជាភ្នាក់ងារបង្កជំងឺ zoonotic ដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់កាន់តែខ្លាំងជាមួយនឹងជំងឺពោះវៀនរបស់មនុស្ស 10. វា​មាន​គ្រប់​ទីកន្លែង​ក្នុង​សេរ៉ូម និង​ប្រើ​ជា​ម៉ាស៊ីន​គោលដៅ។
បាក់តេរី ASxL5T ត្រូវបានញែកចេញពីចាហួយសាច់គោ ព្រោះវាត្រូវបានគេសង្កេតឃើញថា បន្ទះដែលវាបង្កើតឡើងនៅលើស្មៅនៃ C. hyointestinalis គឺស្រដៀងទៅនឹងសារធាតុដែលផលិតដោយ bacteriophages ។ នេះគឺជាការរកឃើញដែលមិននឹកស្មានដល់ ព្រោះផ្នែកនៃដំណើរការដាច់ដោយឡែក phage ពាក់ព័ន្ធនឹងការច្រោះតាមរយៈតម្រង 0.2 µm ដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីយកកោសិកាបាក់តេរីចេញ។ ការពិនិត្យមីក្រូទស្សន៍នៃសម្ភារៈដែលស្រង់ចេញពីបន្ទះបានបង្ហាញថា បាក់តេរីរាងកោងក្រាមអវិជ្ជមានតូចមិនកកកុញ polyhydroxybutyrate (PHB) ទេ។ វប្បធម៌ aseptic ឯករាជ្យនៃកោសិកាសត្វត្រូវបានដឹងនៅលើឧបករណ៍ផ្ទុកដ៏រឹងមាំ (ដូចជាខួរក្បាលបេះដូង infusion agar (BHI) និង agar ឈាម (BA)) ហើយការលូតលាស់របស់វាខ្សោយ។ វាត្រូវបានទទួលបន្ទាប់ពី subculture ជាមួយនឹង inoculum ធ្ងន់ធ្វើឱ្យប្រសើរឡើង។ វាលូតលាស់បានល្អស្មើៗគ្នានៅក្រោម microaerobic (7% v/v oxygen) និងលក្ខខណ្ឌអុកស៊ីសែនក្នុងបរិយាកាស ប៉ុន្តែមិនមែននៅក្នុងបរិយាកាស anaerobic ទេ។ បន្ទាប់ពី 72 ម៉ោងអង្កត់ផ្ចិតនៃអាណានិគមគឺតូចណាស់ឈានដល់ 2 មីលីម៉ែត្រហើយវាមានពណ៌បន៍ត្នោតខ្ចីប្រែពណ៌រាងមូលប៉ោងនិងភ្លឺចាំង។ ការធ្វើតេស្តជីវគីមីស្តង់ដារត្រូវបានរារាំង ដោយសារ ASxL5T មិនអាចត្រូវបានដាំដុះដោយភាពជឿជាក់នៅក្នុងប្រព័ន្ធផ្សព្វផ្សាយរាវ ដែលបង្ហាញថាវាអាចពឹងផ្អែកលើវដ្តជីវិតដ៏ស្មុគស្មាញនៃការបង្កើតជីវហ្វីលនេះ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ការព្យួរចានបានបង្ហាញថា ASxL5T មានលក្ខណៈ aerobic វិជ្ជមានសម្រាប់ oxidase និង catalase ហើយអាចទ្រាំទ្របាន 5% NaCl ។ ASxL5T មានភាពធន់នឹង 10 µg streptomycin ប៉ុន្តែមានភាពរសើបចំពោះថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិចផ្សេងទៀតទាំងអស់ដែលបានធ្វើតេស្ត។ កោសិកាបាក់តេរី ASxL5T ត្រូវបានពិនិត្យដោយ TEM (រូបភាពទី 1) ។ នៅពេលលូតលាស់ដោយគ្មានកោសិកាចាប់សត្វនៅលើ BA កោសិកា ASxL5T មានទំហំតូច Campylobacter មានប្រវែងជាមធ្យម 1.63 μm (± 0.4) ទទឹង 0.37 μm (± 0.08) និងបង្គោលវែងតែមួយ (រហូតដល់ 5 μm) ។ flagella ផ្លូវភេទ។ ប្រហែល 1.6% នៃក្រឡាហាក់ដូចជាមានទទឹងតិចជាង 0.2 μm ដែលនឹងអនុញ្ញាតឱ្យឆ្លងកាត់ឧបករណ៍ចម្រោះ។ ការពង្រីករចនាសម្ព័ន្ធមិនធម្មតាមួយត្រូវបានគេសង្កេតឃើញនៅលើកំពូលនៃកោសិកាមួយចំនួនដែលស្រដៀងទៅនឹងការកាត់ចេញ (ឡាតាំង cucullus) (សូមមើលព្រួញក្នុង 1D, E, G)។ នេះហាក់ដូចជាត្រូវបានផ្សំឡើងដោយភ្នាសខាងក្រៅលើសដែលអាចបណ្តាលមកពីការថយចុះយ៉ាងឆាប់រហ័សនៃទំហំនៃស្រោមសំបុត្រ periplasmic ខណៈពេលដែលភ្នាសខាងក្រៅនៅដដែលដែលបង្ហាញពីរូបរាង "រលុង" ។ ការចិញ្ចឹម ASxL5T ក្នុងអវត្ដមាននៃសារធាតុចិញ្ចឹម (ក្នុង PBS) អស់រយៈពេលជាយូរនៅសីតុណ្ហភាព 4 ° C បណ្តាលឱ្យកោសិកាភាគច្រើន (ប៉ុន្តែមិនមែនទាំងអស់) បង្ហាញរូបសញ្ញា coccal (រូបភាព 1C) ។ នៅពេលដែល ASxL5T លូតលាស់ជាមួយ Campylobacter jejuni ជាសត្វព្រៃរយៈពេល 48 ម៉ោង ទំហំកោសិកាជាមធ្យមគឺវែង និងតូចជាងកោសិកាដែលលូតលាស់ដោយគ្មានម៉ាស៊ីន (តារាងទី 1 និងរូបភាពទី 1E) ។ ផ្ទុយទៅវិញ នៅពេលដែល ASxL5T លូតលាស់ជាមួយ E. coli ជាសត្វព្រៃរយៈពេល 48 ម៉ោង ទំហំកោសិកាជាមធ្យមគឺវែង និងធំជាងពេលដែលវាលូតលាស់ដោយគ្មានសត្វព្រៃ (តារាងទី 1) ហើយប្រវែងកោសិកាគឺប្រែប្រួល ដែលជាធម្មតាបង្ហាញពីសរសៃ (រូបភាពទី 1F)។ នៅពេលភ្ញាស់ជាមួយ Campylobacter jejuni ឬ E. coli ជាសត្វព្រៃរយៈពេល 48 ម៉ោង កោសិកា ASxL5T មិនបានបង្ហាញ flagella ទាល់តែសោះ។ តារាងទី 1 សង្ខេបការសង្កេតនៃការផ្លាស់ប្តូរទំហំកោសិកាដោយផ្អែកលើវត្តមាន អវត្តមាន និងប្រភេទសត្វព្រៃ ASxL5T ។
ការបង្ហាញ TEM នៃ ASx5LT: (A) ASx5LT បង្ហាញរំពាត់វែង។ (ខ) ថ្ម ASx5LT ធម្មតា; (គ) កោសិកា cocci ASx5LT បន្ទាប់ពី incubation យូរដោយគ្មានសារធាតុចិញ្ចឹម; (D) ក្រុមនៃកោសិកា ASx5LT បង្ហាញពីភាពមិនធម្មតា (E) ក្រុមកោសិកា ASx5LT incubated with Campylobacter prey បានបង្ហាញពីការកើនឡើងនៃប្រវែងកោសិកាបើធៀបជាមួយនឹងកោសិកាដែលមិនលូតលាស់ (D) ក៏បង្ហាញពីរចនាសម្ព័ន្ធ apical; (F) Large Filamentous flagella, កោសិកា ASx5LT, បន្ទាប់ពី incubation ជាមួយ E. coli prey; (G) កោសិកា ASx5LT តែមួយបន្ទាប់ពី incubation ជាមួយ E. coli ដែលបង្ហាញពីរចនាសម្ព័ន្ធកំពូលមិនធម្មតា។ របារតំណាងឱ្យ 1 μm។
ការកំណត់លំដាប់ហ្សែន 16S rRNA (លេខចូលដំណើរការ MT636545.1) អនុញ្ញាតឱ្យការស្វែងរកមូលដ្ឋានទិន្នន័យបង្កើតលំដាប់ស្រដៀងគ្នាទៅនឹងក្រុមនៅក្នុងថ្នាក់ Gammaproteobacteria និងនៅជិតបំផុតទៅនឹងបាក់តេរីសមុទ្រនៅក្នុងគ្រួសារ spirillum សមុទ្រ (រូបភាពទី 2) និងជាសមាជិកនៃក្រុម Thalasussolituus សាច់ញាតិជិតស្និទ្ធបំផុតជាមួយ Marine Bacillus ។ លំដាប់ហ្សែន 16S rRNA គឺខុសគ្នាយ៉ាងច្បាស់ពីបាក់តេរី predatory ដែលជាកម្មសិទ្ធិរបស់ក្រុមគ្រួសារ Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) ។ ការប្រៀបធៀបជាគូនៃ B. bacteriovorus HD100T (ប្រភេទប្រភេទ DSM 50701) និង B. bacteriovorus DM11A គឺ 48.4% និង 47.7% ហើយសម្រាប់ B. exovorus JSS វាមាន 46.7% ។ បាក់តេរី ASxL5T មាន 3 ច្បាប់ចម្លងនៃហ្សែន 16S rRNA ដែលពីរគឺដូចគ្នាបេះបិទនឹងគ្នា ហើយទីបីគឺ 3 មូលដ្ឋានដាច់ពីគ្នា។ ភាពឯកោនៃបាក់តេរី predatory ពីរផ្សេងទៀត (ASx5S និង ASx5O; លេខចូលហ្សែន 16S rRNA គឺ MT636546.1 និង MT636547.1 រៀងគ្នា) ដែលមានលក្ខណៈសរីរវិទ្យា និង phenotypic ស្រដៀងគ្នាពីទីតាំងដូចគ្នាគឺមិនដូចគ្នាទេ ប៉ុន្តែពួកវាខុសគ្នាពី ASxtured និង unculture លំដាប់​មូលដ្ឋាន​ទិន្នន័យ​ត្រូវ​បាន​ចង្កោម​ជាមួយ​នឹង​ប្រភេទ​ផ្សេង​ទៀត។ នៅក្នុង Oceanospirillaceae (រូបភាពទី 2) ។ លំដាប់ហ្សែនទាំងមូលនៃ ASxL5T ត្រូវបានកំណត់ និងរក្សាទុកក្នុងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ NCBI ហើយលេខចូលគឺ CP046056។ ហ្សែននៃ ASxL5T មានក្រូម៉ូសូមរាងជារង្វង់នៃ 2,831,152 bp ជាមួយនឹងសមាមាត្រ G + C នៃ 56.1% ។ លំដាប់ហ្សែនមាន 2653 CDS (សរុប) ដែលក្នុងនោះ 2567 ត្រូវបានព្យាករណ៍ដើម្បីអ៊ិនកូដប្រូតេអ៊ីន ដែលក្នុងនោះ 1596 អាចត្រូវបានកំណត់ជាមុខងារដាក់ (60.2%) ។ ហ្សែននេះមាន 67 RNA-coding genes រួមទាំង 9 rRNAs (3 នីមួយៗសម្រាប់ 5S, 16S, និង 23S) និង 57 tRNAs ។ លក្ខណៈហ្សែននៃ ASxL5T ត្រូវបានប្រៀបធៀបជាមួយនឹងហ្សែនដែលមាននៃប្រភេទដែលទាក់ទងជិតបំផុតដែលបានកំណត់ពីលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA (តារាង 2) ។ ប្រើអត្តសញ្ញាណអាស៊ីតអាមីណូ (AAI) ដើម្បីប្រៀបធៀបហ្សែន Thalassolituus ដែលមានទាំងអស់ទៅ ASxL5T ។ លំដាប់ហ្សែនដែលនៅជិតបំផុត (មិនពេញលេញ) ដែលកំណត់ដោយ AAI គឺ Thalassolituus sp ។ C2-1 (បន្ថែម NZ_VNIL01000001) ។ សំពាធនេះត្រូវបានបំបែកចេញពីដីល្បាប់នៃសមុទ្រជ្រៅនៃ Mariana Trench ប៉ុន្តែបច្ចុប្បន្នមិនមានព័ត៌មានអំពីប្រភេទនេះសម្រាប់ប្រៀបធៀបទេ។ បើប្រៀបធៀបជាមួយនឹង 2.82 Mb របស់ ASxL5T ហ្សែនរបស់សារពាង្គកាយមានទំហំធំជាងនៅ 4.36 Mb ។ ទំហំហ្សែនជាមធ្យមនៃ spirochetes សមុទ្រគឺប្រហែល 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 ហ្សែនយោងពេញលេញដែលត្រូវបានស៊ើបអង្កេតពី https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly) ដូច្នេះហ្សែនរបស់ ASxL5T គឺស្របតាម បើប្រៀបធៀបទៅនឹងសមាជិកផ្សេងទៀត វាតូចណាស់។ ប្រើ GToTree 1.5.54 ដើម្បីបង្កើតលទ្ធភាពអតិបរិមានៃមែកធាង phylogenetic ប៉ាន់ស្មានដោយផ្អែកលើហ្សែន (រូបភាព 3A) ដោយប្រើលំដាប់អាស៊ីតអាមីណូដែលបានតម្រឹម និងភ្ជាប់នៃហ្សែនចម្លងតែមួយ 172 ជាក់លាក់ចំពោះ Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, ១៧ ,១៨. ការវិភាគបានបង្ហាញថាវាមានទំនាក់ទំនងយ៉ាងជិតស្និទ្ធទៅនឹង Thalassolituus, Bacterial Plane, និង Marine Bacterium។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ទិន្នន័យទាំងនេះបង្ហាញថា ASxL5T ខុសពីសាច់ញាតិរបស់វានៅក្នុង Marine Spirulina ហើយទិន្នន័យលំដាប់ហ្សែនរបស់វាអាចរកបាន។
មែកធាង phylogenetic ដោយប្រើលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA រំលេចទីតាំងនៃប្រភេទ ASxL5T, ASxO5 និង ASxS5 (ជាមួយពោះវៀន) ទាក់ទងទៅនឹងប្រភេទបាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះ និងសមុទ្រនៅក្នុង Marine Spirulinaceae ។ លេខចូលប្រើ Genbank ធ្វើតាមឈ្មោះ strain នៅក្នុងវង់ក្រចក។ ប្រើ ClustalW ដើម្បីតម្រឹមលំដាប់ ហើយប្រើវិធីសាស្រ្តលទ្ធភាពអតិបរមា និងគំរូ Tamura-Nei ដើម្បីសន្និដ្ឋានទំនាក់ទំនង phylogenetic និងអនុវត្តការចម្លងតាមការណែនាំ 1000 នៅក្នុងកម្មវិធី MEGA X ។ លេខនៅលើសាខាបង្ហាញថាតម្លៃច្បាប់ចម្លងដែលបានណែនាំគឺធំជាង 50% ។ Escherichia coli U/541T ត្រូវបានគេប្រើជាក្រុមក្រៅ។
(ក) មែកធាង phylogenetic ផ្អែកលើហ្សែន ដែលបង្ហាញពីទំនាក់ទំនងរវាងបាក់តេរី Spirospiraceae សមុទ្រ ASxL5T និងសាច់ញាតិជិតស្និទ្ធរបស់វា E. coli U 5/41T ជាក្រុមក្រៅ។ (ខ) បើប្រៀបធៀបជាមួយ T. oleivorans MIL-1T ការបែងចែកប្រភេទមុខងារនៃហ្សែនត្រូវបានព្យាករណ៍ដោយផ្អែកលើក្រុម orthologous (COG) នៃប្រូតេអ៊ីន ASx5LT ។ តួលេខនៅខាងឆ្វេងបង្ហាញពីចំនួនហ្សែននៅក្នុងប្រភេទ COG ដែលមានមុខងារនៅក្នុងហ្សែននីមួយៗ។ ក្រាហ្វនៅខាងស្តាំបង្ហាញពីភាគរយនៃហ្សែនដែលមាននៅក្នុងក្រុម COG ដែលមានមុខងារនីមួយៗ។ (C) បើប្រៀបធៀបជាមួយ T. oleiverans MIL-1T ការវិភាគនៃផ្លូវម៉ូឌុល KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ពេញលេញនៃ ASxL5T ។
ការប្រើប្រាស់មូលដ្ឋានទិន្នន័យ KEGG ដើម្បីពិនិត្យមើលហ្សែនសមាសភាគដែលមាននៅក្នុងហ្សែន ASxL5T បានបង្ហាញផ្លូវមេតាបូលីសធម្មតានៃហ្គាម៉ាប្រូតេយូស។ ASxL5T មានផ្ទុកហ្សែនសរុបចំនួន 75 ដែលត្រូវបានផ្តល់ទៅឱ្យប្រូតេអ៊ីនម៉ូទ័របាក់តេរី រួមទាំងហ្សែនដែលពាក់ព័ន្ធនឹង chemotaxis, flagella assembly និងប្រភេទ IV fimbriae system។ នៅក្នុងប្រភេទចុងក្រោយ ហ្សែន 9 ក្នុងចំណោម 10 ទទួលខុសត្រូវចំពោះចលនាកន្ត្រាក់នៃសរីរាង្គផ្សេងៗ។ ហ្សែននៃ ASxL5T មានផ្លូវជីវសំយោគ tetrahydropyrimidine ពេញលេញ ដែលចូលរួមក្នុងការឆ្លើយតបការពារចំពោះភាពតានតឹង osmotic 20 ដូចដែលបានរំពឹងទុកសម្រាប់ halophiles ។ ហ្សែនក៏មានផ្លូវពេញលេញជាច្រើនសម្រាប់ cofactors និងវីតាមីន រួមទាំងផ្លូវសំយោគ riboflavin ផងដែរ។ ទោះបីជាហ្សែន alkane 1-monooxygenase (alkB2) មានវត្តមាននៅក្នុង ASxL5T ក៏ដោយ ក៏ផ្លូវនៃការប្រើប្រាស់អ៊ីដ្រូកាបូនមិនពេញលេញដែរ។ នៅក្នុងលំដាប់ហ្សែននៃ ASxL5T ហ្សែនដូចគ្នាដែលត្រូវបានកំណត់ថាជាចម្បងទទួលខុសត្រូវចំពោះការរិចរិលនៃអ៊ីដ្រូកាបូននៅក្នុង T. oleiverans MIL-1T21 ដូចជា TOL_2658 (alkB) និង TOL_2772 (អាល់កុល dehydrogenase) គឺអវត្តមានជាក់ស្តែង។ រូបភាពទី 3B បង្ហាញពីការប្រៀបធៀបនៃការបែងចែកហ្សែននៅក្នុងប្រភេទ COG រវាង ASxL5T និងប្រេងអូលីវ MIL-1T ។ សរុបមក ហ្សែន ASxL5T តូចជាងមានហ្សែនតិចជាងសមាមាត្រពីប្រភេទ COG នីមួយៗ បើប្រៀបធៀបទៅនឹងហ្សែនដែលទាក់ទងធំជាង។ នៅពេលដែលចំនួនហ្សែននៅក្នុងប្រភេទមុខងារនីមួយៗត្រូវបានបង្ហាញជាភាគរយនៃហ្សែន ភាពខុសគ្នាត្រូវបានកត់សម្គាល់នៅក្នុងភាគរយនៃហ្សែនក្នុងការបកប្រែ រចនាសម្ព័ន្ធ ribosomal និងប្រភេទ biogenesis និងប្រភេទមុខងារផលិតថាមពល និងការបំប្លែង ដែលបង្កើតបានជា ASxL5T ធំជាង។ genome ភាគរយត្រូវបានប្រៀបធៀបជាមួយនឹងក្រុមដូចគ្នាដែលមាននៅក្នុងហ្សែន T. oleiverans MIL-1T ។ ផ្ទុយទៅវិញ បើប្រៀបធៀបជាមួយនឹងហ្សែន ASxL5T T. oleivorans MIL-1T មានភាគរយខ្ពស់នៃហ្សែនក្នុងការចម្លង ការផ្សំឡើងវិញ និងការជួសជុល និងប្រភេទប្រតិចារិក។ គួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ ភាពខុសគ្នាដ៏ធំបំផុតនៅក្នុងខ្លឹមសារនៃប្រភេទមុខងារនីមួយៗនៃហ្សែនទាំងពីរគឺចំនួនហ្សែនមិនស្គាល់ដែលមានវត្តមាននៅក្នុង ASxL5T (រូបភាពទី 3B)។ ការវិភាគពង្រឹងនៃម៉ូឌុល KEGG ត្រូវបានអនុវត្ត ដែលម៉ូឌុល KEGG នីមួយៗតំណាងឱ្យសំណុំនៃឯកតាមុខងារដែលបានកំណត់ដោយដៃសម្រាប់ចំណារពន្យល់ និងការបកស្រាយជីវសាស្រ្តនៃទិន្នន័យលំដាប់ហ្សែន។ ការប្រៀបធៀបនៃការចែកចាយហ្សែននៅក្នុងផ្លូវម៉ូឌុល KOG ពេញលេញនៃ ASxL5T និងអូលីវ MIL-1T ត្រូវបានបង្ហាញនៅក្នុងរូបភាពទី 3C ។ ការវិភាគនេះបង្ហាញថា ទោះបីជា ASxL5T មានផ្លូវមេតាបូលីសស្ពាន់ធ័រ និងអាសូតពេញលេញក៏ដោយ T. oleiverans MIL-1T មិនមានទេ។ ផ្ទុយទៅវិញ T. oleiverans MIL-1T មានផ្លូវរំលាយអាហារ cysteine ​​​​និង methionine ពេញលេញប៉ុន្តែវាមិនពេញលេញនៅក្នុង ASxL5T ។ ដូច្នេះ ASxL5T មានម៉ូឌុលលក្ខណៈសម្រាប់ការបង្រួមស៊ុលហ្វាត (កំណត់ជាសំណុំនៃហ្សែនដែលអាចត្រូវបានប្រើជាសញ្ញាសម្គាល់ phenotypic ដូចជាសមត្ថភាពមេតាបូលីស ឬសារធាតុបង្កជំងឺ។ https://www.genome.jp/kegg/module.html) នៅក្នុង T អូលីវ័រ MIL-1T ។ ការប្រៀបធៀបមាតិកាហ្សែនរបស់ ASxL5T ជាមួយនឹងបញ្ជីហ្សែនដែលបង្ហាញពីរបៀបរស់នៅដែលគួរឱ្យខ្លាចគឺមិនអាចសន្និដ្ឋានបានទេ។ ទោះបីជាហ្សែន waaL អ៊ិនកូដ ligase ដែលមានទំនាក់ទំនងជាមួយ O antigen polysaccharide ទៅស្នូលគឺមានវត្តមាននៅក្នុងហ្សែន ASxL5T (ប៉ុន្តែវាជារឿងធម្មតានៅក្នុងបាក់តេរី Gram-negative ជាច្រើន) tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) ហ្សែនអាចរួមបញ្ចូលអាមីណូ 60 តំបន់អាស៊ីតដែលត្រូវបានរកឃើញជាទូទៅនៅក្នុងបាក់តេរី predatory ដែលមិនមានវត្តមាន។ មិនមានហ្សែនលក្ខណៈ predatory ផ្សេងទៀតនៅក្នុងហ្សែន ASxL5T ទេ រួមទាំងអង់ស៊ីមបំប្លែងដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការសំយោគ isoprenoid នៅក្នុងផ្លូវ mevalonate ។ ចំណាំថាមិនមានហ្សែននិយតកម្ម gntR នៅក្នុងក្រុមសត្វមំសាសីដែលត្រូវបានពិនិត្យនោះទេ ប៉ុន្តែហ្សែនដូច gntR បីអាចត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណនៅក្នុង ASxL5T ។
លក្ខណៈ phenotypic នៃ ASxL5T ត្រូវបានសង្ខេបនៅក្នុងតារាងទី 3 ហើយប្រៀបធៀបជាមួយនឹងលក្ខណៈ phenotypic នៃប្រភេទដែលទាក់ទង 23, 24, 25, 26 និង 27 ដែលបានរាយការណ៍នៅក្នុងអក្សរសិល្ប៍។ ឯកោពី T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis និង Oceanobacter kriegii គឺសកម្ម ធន់នឹងអំបិល រាងជាដំបង oxidase-positive ប៉ុន្តែស្ទើរតែមិនមានលក្ខណៈ phenotypic ផ្សេងទៀតជាមួយ ASxL5T ។ pH ជាមធ្យមនៃមហាសមុទ្រគឺ 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) ដែលត្រូវបានឆ្លុះបញ្ចាំងនៅក្នុង T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis និង O. គ្រីហ្គី។ ASxL5T គឺសមរម្យសម្រាប់ជួរ pH ធំជាង (4-9) ធម្មតានៃប្រភេទសត្វមិនមែនសមុទ្រ។ លក្ខណៈ Phenotypic របស់ Thalassolituus sp. C2-1 ។ មិនស្គាល់។ ជួរសីតុណ្ហភាពលូតលាស់របស់ ASxL5T ជាទូទៅគឺធំជាងប្រភេទសត្វសមុទ្រ (4-42 °C) ទោះបីជាប្រភេទ T. marinus ដាច់ស្រយាលខ្លះ ប៉ុន្តែមិនមែនទាំងអស់សុទ្ធតែធន់នឹងកំដៅ។ អសមត្ថភាពក្នុងការរីកលូតលាស់ ASxL5T នៅក្នុងប្រព័ន្ធផ្សព្វផ្សាយទំពាំងបាយជូរបានរារាំងការកំណត់លក្ខណៈ phenotypic បន្ថែមទៀត។ ប្រើ API 20E ដើម្បីសាកល្បងសម្ភារដែលរើសចេញពីចាន BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme លទ្ធផលតេស្តគឺអវិជ្ជមានទាំងអស់ ប៉ុន្តែគ្មាន indole, H2Sacetoin ត្រូវបានផលិត។ កាបូអ៊ីដ្រាតដែលមិនមានជាតិគីមីរួមមានៈ គ្លុយកូស ម៉ាន់ណូស អ៊ីណូស៊ីតូល ស៊័រប៊ីតូល រ៉ាមណូស ស៊ូក្រូស មេលីប៊ីយ៉ូស អាមីហ្គាដាលីន និងអារ៉ាប៊ីណូស។ បើប្រៀបធៀបជាមួយនឹងប្រភេទឯកសារយោងដែលពាក់ព័ន្ធដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយ ទម្រង់អាស៊ីតខ្លាញ់កោសិកានៃប្រភេទ ASxL5T ត្រូវបានបង្ហាញក្នុងតារាងទី 4 ។ អាស៊ីតខ្លាញ់កោសិកាសំខាន់ៗគឺ C16:1ω6c និង/ឬ C16:1ω7c, C16:0 និង C18:1ω9។ អាស៊ីតខ្លាញ់អ៊ីដ្រូស៊ីស៊ី C12:0 3-OH និង C10:0 3-OH ក៏មានផងដែរ។ សមាមាត្រនៃ C16:0 នៅក្នុង ASxL5T គឺខ្ពស់ជាងតម្លៃដែលបានរាយការណ៍នៃប្រភេទដែលពាក់ព័ន្ធ។ ផ្ទុយទៅវិញ បើប្រៀបធៀបជាមួយ T. marinus IMCC1826TT ដែលបានរាយការណ៍ សមាមាត្រនៃ C18:1ω7c និង/ឬ C18:1ω6c ក្នុង ASxL5T ត្រូវបានកាត់បន្ថយ។ oleivorans MIL-1T និង O. kriegii DSM 6294T ប៉ុន្តែមិនត្រូវបានរកឃើញនៅក្នុង B. sanyensis KCTC 32220T ទេ។ ការប្រៀបធៀបទម្រង់អាស៊ីតខ្លាញ់នៃ ASxL5T និង ASxLS បានបង្ហាញឱ្យឃើញពីភាពខុសប្លែកគ្នាបន្តិចបន្តួចនៃបរិមាណអាស៊ីតខ្លាញ់នីមួយៗរវាងប្រភេទទាំងពីរ ដែលវាស៊ីគ្នានឹងលំដាប់ហ្សែនហ្សែននៃប្រភេទសត្វដូចគ្នា។ គ្មានភាគល្អិត poly-3-hydroxybutyrate (PHB) ត្រូវបានរកឃើញដោយប្រើការធ្វើតេស្តខ្មៅរបស់ប្រទេសស៊ូដង់ទេ។
សកម្មភាពចាប់សត្វរបស់បាក់តេរី ASxL5T ត្រូវបានសិក្សាដើម្បីកំណត់ជួរនៃសត្វព្រៃ។ បាក់តេរីនេះអាចបង្កើតជាបន្ទះនៅលើប្រភេទសត្វ Campylobacter រួមមានៈ Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 និង C. upsaliensis NCTC 11541T ។ ប្រើវប្បធម៌ដែលបានរាយបញ្ជីនៅក្នុងផ្នែកកំណត់ជួរម៉ាស៊ីននៃវិធីសាស្រ្តដើម្បីសាកល្បងជួរដ៏ធំទូលាយនៃបាក់តេរី Gram-negative និង Gram-positive។ លទ្ធផលបង្ហាញថា ASxL5T ក៏អាចប្រើក្នុង Escherichia coli NCTC 86 និង Citrobacter freundii NCTC 9750T ផងដែរ។ បន្ទះដែលបានបង្កើតឡើងនៅលើ Klebsiella oxytoca 11466 ។ អន្តរកម្ម TEM ជាមួយ E. coli NCTC 86 ត្រូវបានបង្ហាញក្នុងរូបភាព 4A-D ហើយអន្តរកម្មជាមួយ Campylobacter jejuni PT14 និង Campylobacter suis S12 ត្រូវបានបង្ហាញក្នុងរូបភាព 4E-H កណ្តាល។ យន្តការវាយប្រហារហាក់ដូចជាមានភាពខុសប្លែកគ្នារវាងប្រភេទសត្វព្រៃដែលត្រូវបានសាកល្បង ដោយកោសិកា E. coli មួយឬច្រើនភ្ជាប់ទៅនឹងកោសិកា ASxL5T នីមួយៗ ហើយដាក់នៅខាងក្រោយតាមក្រឡាដែលបានពង្រីកមុនពេលស្រូបយក។ ផ្ទុយទៅវិញ ASxL5T ហាក់ដូចជាភ្ជាប់ទៅនឹង Campylobacter តាមរយៈចំណុចទំនាក់ទំនងតែមួយ ដែលជាធម្មតាមានទំនាក់ទំនងជាមួយ apex នៃកោសិកា predator និងនៅជិត apex នៃកោសិកា Campylobacter (រូបភាព 4H) ។
TEM បង្ហាញពីអន្តរកម្មរវាង ASx5LT និង prey: (AD) និង E. coli prey; (EH) និង C. jejuni prey ។ (ក) កោសិកា ASx5LT ធម្មតាដែលភ្ជាប់ទៅនឹងកោសិកា E. coli (EC) តែមួយ; (ខ) ASx5LT filamentous ភ្ជាប់ទៅនឹងកោសិកា EC តែមួយ; (C) កោសិកា ASx5LT សរសៃចងភ្ជាប់ទៅនឹងកោសិកា EC ច្រើន; (ឃ) ឯកសារភ្ជាប់កោសិកា ASx5LT តូចជាងនៅលើក្រឡា E. coli (EC) តែមួយ; (ង) កោសិកា ASx5LT តែមួយដែលភ្ជាប់ទៅនឹងកោសិកា Campylobacter jejuni (CJ) ។ (F) ASx5LT វាយប្រហារកោសិកា C. hyointestinalis (CH); (G) កោសិកា One ASx5LT ពីរបានវាយប្រហារកោសិកា CJ; (H) ទិដ្ឋភាពជិតស្និទ្ធនៃចំណុចភ្ជាប់ ASx5LT នៅជិតកំពូលនៃក្រឡា CJ (របារ 0.2 μm) ។ របារតំណាងឱ្យ 1 μmក្នុង (A-G) ។
បាក់តេរី Predatory បានវិវឌ្ឍន៍ដើម្បីទាញយកអត្ថប្រយោជន៍ពីប្រភពសត្វព្រៃ។ ជាក់ស្តែងពួកវាមានវត្តមានយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងបរិយាកាសផ្សេងៗគ្នាជាច្រើន។ ដោយសារតែទំហំតូចចង្អៀតនៃចំនួនប្រជាជន វាអាចធ្វើទៅបានដើម្បីញែកបាក់តេរី ASxL5T ចេញពី slurry ដោយប្រើវិធីសាស្ត្របំបែក phage ។ ភាពពាក់ព័ន្ធហ្សែនរបស់ ASxL5T ចំពោះសមាជិកនៃក្រុមគ្រួសារ oceanospirillaceae នៃបាក់តេរីសមុទ្រគឺគួរឱ្យភ្ញាក់ផ្អើល ទោះបីជាសារពាង្គកាយមានភាពធន់នឹងអំបិល និងអាចលូតលាស់នៅលើឧបករណ៍ផ្ទុកដែលមានអំបិល 5% ក៏ដោយ។ ការវិភាគគុណភាពទឹកនៃដីល្បាប់បានបង្ហាញថាមាតិកាក្លរួសូដ្យូមមានតិចជាង 0.1% ។ ដូច្នេះ ភក់នៅឆ្ងាយពីបរិស្ថានសមុទ្រ ទាំងភូមិសាស្ត្រ និងគីមី។ វត្តមានរបស់សត្វចម្លែកចំនួនបីដែលពាក់ព័ន្ធ ប៉ុន្តែខុសគ្នាពីប្រភពតែមួយផ្តល់ភស្តុតាងថាសត្វមំសាសីទាំងនេះកំពុងលូតលាស់នៅក្នុងបរិយាកាសមិនមែនសមុទ្រនេះ។ លើសពីនេះទៀត ការវិភាគមីក្រូជីវ (ឯកសារទិន្នន័យដែលមានពី https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) បានបង្ហាញថា លំដាប់ហ្សែន 16S rRNA ដូចគ្នាមានទីតាំងនៅក្នុង 50 កំពូល ពន្ធប្រតិបត្តិការច្រើនបំផុត (OTU ) នៅចន្លោះពេលគំរូមួយចំនួននៃភក់។ បាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះជាច្រើនត្រូវបានរកឃើញនៅក្នុងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ Genbank ដែលមានហ្សែន 16S rRNA ស្រដៀងទៅនឹងបាក់តេរី ASxL5T។ លំដាប់ទាំងនេះ រួមជាមួយនឹងលំដាប់នៃ ASxL5T, ASxS5, និង ASxO5 ហាក់ដូចជាតំណាងឱ្យស្រទាប់ផ្សេងគ្នាដែលបំបែកចេញពី Thalassolituus និង Oceanobacter (រូបភាពទី 2)។ បាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះបីប្រភេទ (GQ921362, GQ921357 និង GQ921396) ត្រូវបានញែកចេញពីទឹកប្រេះនៅជម្រៅ 1.3 គីឡូម៉ែត្រនៅក្នុងអណ្តូងរ៉ែមាសអាហ្វ្រិកខាងត្បូងក្នុងឆ្នាំ 2009 និងពីរផ្សេងទៀត (DQ256320 និង DQ337006) មកពីអាហ្វ្រិកខាងត្បូង (ទឹកក្រោមដី)។ ក្នុងឆ្នាំ ២០០៥) ។ លំដាប់ហ្សែន 16S rRNA ដែលទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធបំផុតទៅនឹង ASxL5T គឺជាផ្នែកមួយនៃលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA ដែលទទួលបានពីវប្បធម៌ពង្រឹងនៃដីខ្សាច់ដែលទទួលបានពីឆ្នេរនៃភាគខាងជើងប្រទេសបារាំងក្នុងឆ្នាំ 2006 (លេខចូល AM29240828) ។ ហ្សែន 16S rRNA ដែលទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធមួយផ្សេងទៀតពីបាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះ HQ183822.1 ត្រូវបានគេទទួលបានពីធុងប្រមូលផ្តុំដែលលេចចេញពីកន្លែងចាក់សំរាមក្រុងក្នុងប្រទេសចិន។ ជាក់ស្តែង បាក់តេរី ASxL5T មិនមែនជាតំណាងខ្ពស់នៅក្នុងមូលដ្ឋានទិន្នន័យនិក្ខេបបទទេ ប៉ុន្តែបណ្តុំទាំងនេះពីបាក់តេរីដែលមិនបានដាំដុះទំនងជាតំណាងឱ្យសារពាង្គកាយស្រដៀងទៅនឹង ASxL5T ដែលត្រូវបានចែកចាយពាសពេញពិភពលោក ជាធម្មតានៅក្នុងបរិយាកាសដែលមានបញ្ហា។ ពីការវិភាគ phylogenetic ហ្សែនទាំងមូល ទំនាក់ទំនងជិតស្និទ្ធបំផុតទៅនឹង ASxL5T គឺ Thalassolituus sp ។ C2-1, T. marinus, T. oleivorans ។ និង O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus គឺជាសមាជិកនៃបាក់តេរីបំប្លែងអ៊ីដ្រូកាបូនកាតព្វកិច្ចសមុទ្រ (OHCB) ដែលរីករាលដាលនៅក្នុងបរិស្ថានសមុទ្រ និងដីគោក ហើយជាធម្មតាក្លាយជាលេចធ្លោបន្ទាប់ពីឧប្បត្តិហេតុបំពុលអ៊ីដ្រូកាបូន 30,31។ បាក់តេរីសមុទ្រមិនមែនជាសមាជិកនៃក្រុម OHCB ទេ ប៉ុន្តែត្រូវបានញែកចេញពីបរិស្ថានសមុទ្រ។
ទិន្នន័យ Phenotypic បង្ហាញថា ASxL5T គឺជាប្រភេទសត្វថ្មី និងជាសមាជិកនៃ genus ដែលមិនត្រូវបានគេទទួលស្គាល់ពីមុននៅក្នុងគ្រួសារ spirospiraceae សមុទ្រ។ បច្ចុប្បន្ននេះមិនមានស្តង់ដារច្បាស់លាស់ដើម្បីចាត់ថ្នាក់ពូជដែលដាច់ដោយឡែកពីគ្នាទៅជាប្រភេទថ្មីនោះទេ។ ការព្យាយាមត្រូវបានធ្វើឡើងដើម្បីកំណត់ព្រំដែននៃហ្សែនសកល ឧទាហរណ៍ ដោយផ្អែកលើភាគរយនៃហ្សែននៃប្រូតេអ៊ីនអភិរក្ស (POCP) វាត្រូវបានណែនាំថាតម្លៃកាត់គឺ 50% ដូចគ្នាទៅនឹងប្រភេទយោង 33 ។ អ្នកផ្សេងទៀតស្នើឱ្យប្រើតម្លៃ AAI ដែលមានគុណសម្បត្តិជាង POCP ព្រោះពួកគេអាចទទួលបានពីហ្សែនមិនពេញលេញ34។ អ្នកនិពន្ធជឿថាប្រសិនបើតម្លៃ AAI តិចជាង 74% បើប្រៀបធៀបជាមួយនឹងគំរូនៃប្រភេទគំរូនោះ ខ្សែគឺជាតំណាងនៃប្រភេទផ្សេងគ្នា។ ពូជគំរូនៅក្នុង spirillaceae សមុទ្រគឺ marine spirillum ហើយប្រភេទគំរូគឺ O. linum ATCC 11336T ។ តម្លៃ AAI រវាង ASxL5T និង O. linum ATCC 11336T គឺ 54.34% ហើយតម្លៃ AAI រវាង ASxL5T និង T. oleivorans MIL-1T (ប្រភេទហ្សែន) គឺ 67.61% ដែលបង្ហាញថា ASxL5T តំណាងឱ្យហ្សែនថ្មីខុសពី Thalassol ដោយប្រើលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA ជាស្តង់ដារចាត់ថ្នាក់ ព្រំដែនកំណត់ហ្សែនដែលបានស្នើគឺ 94.5% 35។ ASxL5T អាចត្រូវបានដាក់នៅក្នុង genus Thalassolituus ដែលបង្ហាញពីអត្តសញ្ញាណលំដាប់ 16S rRNA 95.03% ជាមួយ T. oleivorans MIL-1T និង 96.17% ។ marinus IMCC1826T ។ ទោះបីជាយ៉ាងណាក៏ដោយ វាក៏នឹងត្រូវបានដាក់នៅក្នុងហ្សែន Bacteroides ដែលមាន 94.64% 16S rRNA អត្តសញ្ញាណហ្សែនជាមួយ B. sanyensis NV9 ដែលបង្ហាញថាការប្រើប្រាស់ហ្សែនតែមួយដូចជាហ្សែន 16S rRNA អាចនាំទៅរកការចាត់ថ្នាក់ និងការចាត់តាំងដោយបំពាន។ វិធីសាស្ត្រដែលបានស្នើមួយផ្សេងទៀតប្រើប្រាស់ ANI និង Genome Alignment Score (AF) ដើម្បីពិនិត្យមើលការចង្កោមនៃចំណុចទិន្នន័យពីគ្រប់ប្រភេទ និងប្រភេទមិនមែនប្រភេទនៃហ្សែនដែលមានស្រាប់។ អ្នកនិពន្ធបានផ្តល់អនុសាសន៍ឱ្យរួមបញ្ចូលគ្នានូវព្រំដែននៃហ្សែនជាមួយនឹងចំណុច inflection នៃ genus ប៉ាន់ស្មានជាក់លាក់ចំពោះ taxa ដែលកំពុងត្រូវបានវិភាគ។ ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ ប្រសិនបើមិនមានលំដាប់ហ្សែនពេញលេញគ្រប់គ្រាន់ពីភាពឯកោ Thalassolituus ទេនោះ វាមិនអាចទៅរួចទេក្នុងការកំណត់ថាតើ ASxL5T ជាកម្មសិទ្ធិរបស់ហ្សែន Thalassolituus ដោយវិធីនេះទេ។ ដោយសារភាពមានកំណត់នៃលំដាប់ហ្សែនពេញលេញសម្រាប់ការវិភាគ មែកធាង phylogenetic ហ្សែនទាំងមូលគួរតែត្រូវបានបកស្រាយដោយប្រុងប្រយ័ត្ន។ ទីពីរ វិធីសាស្ត្រ​ប្រៀបធៀប​ហ្សែន​ទាំងមូល​មិន​អាច​គណនា​បាន​ពី​ភាព​ខុស​គ្នា​ច្រើន​ក្នុង​ទំហំ​នៃ​ហ្សែន​ដែល​ប្រៀបធៀប​នោះ​ទេ។ ពួកគេបានវាស់ស្ទង់ភាពស្រដៀងគ្នានៃហ្សែនចម្លងតែមួយស្នូលដែលបានអភិរក្សរវាងហ្សែនដែលពាក់ព័ន្ធ ប៉ុន្តែមិនបានគិតគូរពីចំនួនហ្សែនដ៏ច្រើនដែលមិនមាននៅក្នុងហ្សែនតូចជាងនៃ ASxL5T នោះទេ។ ជាក់ស្តែង ASxL5T និងក្រុមដែលរួមមាន Thalassolituus, Oceanobacter និង Bacterioplanes មានបុព្វបុរសធម្មតា ប៉ុន្តែការវិវត្តន៍បានដើរលើផ្លូវផ្សេង ដែលនាំទៅដល់ការកាត់បន្ថយហ្សែន ដែលអាចជាការសម្របខ្លួនទៅនឹងរបៀបរស់នៅបែបមំសាសី។ នេះគឺផ្ទុយទៅនឹង T. oleivorans MIL-1T ដែលមានទំហំធំជាង 28% ហើយបានវិវត្តនៅក្រោមសម្ពាធបរិស្ថានផ្សេងៗគ្នា ដើម្បីប្រើប្រាស់អ៊ីដ្រូកាបូន 23,30។ ការប្រៀបធៀបដ៏គួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍មួយអាចត្រូវបានធ្វើឡើងជាមួយនឹងប៉ារ៉ាស៊ីតក្នុងកោសិកា និង symbionts ដូចជា Rickettsia, Chlamydia និង Buchnera ។ ទំហំហ្សែនរបស់ពួកគេគឺប្រហែល 1 Mb ។ លទ្ធភាព​ក្នុង​ការ​ប្រើប្រាស់​សារធាតុ​រំលាយ​កោសិកា​ម៉ាស៊ីន​នាំ​ឱ្យ​មាន​ការ​បាត់​បង់​ហ្សែន ដូច្នេះ​បាន​ទទួល​រង​ការ​វិវឌ្ឍន៍​ហ្សែន​យ៉ាង​សំខាន់។ ការផ្លាស់ប្តូរការវិវត្តន៍ពីសារពាង្គកាយសារធាតុចិញ្ចឹមគីមីក្នុងសមុទ្រទៅជារបៀបរស់នៅដែលគួរឱ្យខ្លាចអាចបណ្តាលឱ្យមានការថយចុះស្រដៀងគ្នានៃទំហំហ្សែន។ ការវិភាគ COG និង KEGG បង្ហាញពីចំនួនហ្សែនដែលប្រើសម្រាប់មុខងារជាក់លាក់ និងភាពខុសគ្នាជាសកលនៅក្នុងផ្លូវហ្សែនរវាង ASxL5T និង T. oleivorans MIL-1T ដែលមិនមែនដោយសារតែភាពរីករាលដាលនៃធាតុហ្សែនចល័តនោះទេ។ ភាពខុសគ្នានៃសមាមាត្រ G + C នៃហ្សែនទាំងមូលនៃ ASxL5T គឺ 56.1% ហើយនៃ T. oleivorans MIL-1T គឺ 46.6% ដែលបង្ហាញផងដែរថាវាត្រូវបានបែងចែកដាច់ដោយឡែក។
ការពិនិត្យមើលខ្លឹមសារនៃការសរសេរកូដនៃហ្សែន ASxL5T ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីមុខងារទៅក្នុងលក្ខណៈ phenotypic ។ វត្តមាននៃការអ៊ិនកូដហ្សែនប្រភេទ IV fimbriae (Tfp) គឺជាការចាប់អារម្មណ៍ជាពិសេស ព្រោះវាជំរុញចលនាកោសិកា ដែលហៅថា ការរំកិលសង្គម ឬការប្រកាច់ ដោយគ្មាន flagella នៅលើផ្ទៃ។ យោងតាមរបាយការណ៍ Tfp មានមុខងារផ្សេងទៀត រួមទាំងការចាប់រំលោភ ការបង្ករោគ ការបង្កើត biofilm ការស្រូបយក DNA ធម្មជាតិ ការប្រមូលផ្តុំកោសិកាដោយស្វ័យប្រវត្តិ និងការអភិវឌ្ឍន៍38។ ហ្សែន ASxL5T មាន 18 ហ្សែនដែលអ៊ិនកូដ diguanylate cyclase (អង់ស៊ីមដែលជំរុញការបំប្លែង 2 guanosine triphosphate ទៅជា guanosine 2 phosphate និង cyclic diGMP) និង 6 ហ្សែនដែលអ៊ិនកូដ diguanylate cyclase phosphate diguanylate ដែលត្រូវគ្នា។ ហ្សែនសម្រាប់ esterase (ជំរុញការរិចរិលនៃ cyclic di-GMP ទៅ ​​guanosine monophosphate) គឺគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ព្រោះ cycl-di-GMP គឺជាអ្នកនាំសារទីពីរដ៏សំខាន់ដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការបង្កើត biofilm និងការបំបែក ចលនា ការភ្ជាប់កោសិកា និងមេរោគ 39, 40 នៅក្នុងដំណើរការ។ វាគួរតែត្រូវបានគេកត់សម្គាល់ផងដែរថានៅក្នុង Bdellovibrio bacteriovorus, cyclic double GMP ត្រូវបានបង្ហាញដើម្បីគ្រប់គ្រងការផ្លាស់ប្តូររវាងជីវិតដោយឥតគិតថ្លៃនិងរបៀបរស់នៅ predatory41 ។
ការស្រាវជ្រាវភាគច្រើនលើបាក់តេរី predatory បានផ្តោតទៅលើ Bdellovibrio, Bdellovibrio organisms និងប្រភេទ Myxococcus ។ ទាំងនេះ និងឧទាហរណ៍ដែលគេស្គាល់ផ្សេងទៀតនៃបាក់តេរី predatory បង្កើតជាក្រុមចម្រុះ។ ទោះបីជាមានភាពចម្រុះនេះក៏ដោយ សំណុំនៃក្រុមគ្រួសារប្រូតេអ៊ីនលក្ខណៈដែលឆ្លុះបញ្ចាំងពី phenotypes នៃបាក់តេរី predatory ដែលគេស្គាល់ចំនួន 11 ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ 3,22 ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ មានតែហ្សែនដែលអ៊ិនកូដ O antigen ligase (waaL) ប៉ុណ្ណោះដែលត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណ ដែលជាទូទៅជាពិសេសនៅក្នុងបាក់តេរីក្រាមអវិជ្ជមាន។ ទម្រង់នៃការវិភាគនេះមិនមានប្រយោជន៍ក្នុងការកំណត់ ASxL5T ថាជាឃាតករទេ ប្រហែលជាដោយសារតែវាប្រើយុទ្ធសាស្ត្រវាយប្រហារបែបប្រលោមលោក។ ភាពអាចរកបាននៃហ្សែនបាក់តេរី predatory ចម្រុះកាន់តែច្រើននឹងជួយបង្កើតការវិភាគដំណោះស្រាយល្អិតល្អន់ ដែលគិតគូរពីភាពខុសប្លែកគ្នានៃមុខងារ និងបរិស្ថានរវាងសមាជិកក្រុម។ ឧទាហរណ៏នៃបាក់តេរី predatory មិនរាប់បញ្ចូលក្នុងការវិភាគនេះរួមមានសមាជិកនៃ Cupriavidus necator42 និង Bradymonabacteria43 ពីព្រោះនៅពេលដែលអ្នកស្រាវជ្រាវស៊ើបអង្កេតសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណផ្សេងៗគ្នា ពន្ធុដែលគួរឱ្យខ្លាចកាន់តែច្រើនត្រូវបានបង្កើតឡើង។
លក្ខណៈពិសេសគួរឱ្យកត់សម្គាល់បំផុតនៃបាក់តេរី ASxL5T ដែលចាប់យកដោយរូបភាព TEM គឺជារូបវិទ្យាតែមួយគត់ និងអាចបត់បែនបាន ដែលអាចជំរុញឱ្យមានអន្តរកម្មជាមួយបាក់តេរីឈ្មោល។ ប្រភេទនៃអន្តរកម្មដែលត្រូវបានគេសង្កេតឃើញគឺខុសពីបាក់តេរី predatory ផ្សេងទៀត ហើយមិនត្រូវបានគេរកឃើញ ឬរាយការណ៍ពីមុនទេ។ វដ្តជីវិតមំសាសី ASxL5T ដែលត្រូវបានស្នើឡើងត្រូវបានបង្ហាញក្នុងរូបភាពទី 5 ។ មានឧទាហរណ៍មួយចំនួននៅក្នុងអក្សរសិល្ប៍ដែលមានរចនាសម្ព័ន្ធ apical ស្រដៀងគ្នាដូចដែលយើងរាយការណ៍នៅទីនេះ ប៉ុន្តែឧទាហរណ៍ទាំងនេះរួមមាន Terasakiispira papahanaumokuakeensis ដែលជាបាក់តេរី spirillum សមុទ្រជាមួយនឹងការរីកធំ apex ម្តងម្កាល 44 និង Alphaproteoellabacteria ពីមុនជាកម្មសិទ្ធិរបស់ genus Oceanospirillum ការតាំងបង្ហាញអ្វីដែលគេហៅថា "ខ្សែភាពយន្តប៉ូល" 45. ទម្រង់ Cocci ត្រូវបានគេសង្កេតឃើញជាញឹកញាប់នៅក្នុងវប្បធម៌ចាស់ៗ ជាពិសេសចំពោះបាក់តេរីដែលមានទម្រង់កោង ដូចជា Vibrio, Campylobacter និង Helicobacter 46, 47, 48 ដែលអាចតំណាងឱ្យស្ថានភាពដែលទ្រុឌទ្រោម។ ត្រូវការការងារបន្ថែមទៀតដើម្បីបញ្ជាក់អំពីវដ្តជីវិតច្បាស់លាស់នៃបាក់តេរី ASxL5T។ ដើម្បីកំណត់ពីរបៀបដែលវាចាប់យក និងចាប់សត្វ និងថាតើហ្សែនរបស់វាបានអ៊ិនកូដសមាសធាតុសកម្មជីវសាស្រ្ត ដែលអាចត្រូវបានប្រើសម្រាប់គោលបំណងវេជ្ជសាស្រ្ត ឬជីវបច្ចេកវិទ្យា។
ការពិពណ៌នាអំពី Venatorbacter gen. ខែវិច្ឆិកា Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ត្រូវបានផ្សំឡើងដោយ venators ពី L. n. venator,'hunter' និង Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' ។ កោសិកាមានរាងពងក្រពើអំបិលមានស្នាមប្រឡាក់មានស្នាមប្រឡាក់កោងអវិជ្ជមានអវិជ្ជមានធ្វើលំហាត់ប្រាណដំបង។ សកម្មភាពកាតាឡុកនិងអុកស៊ីតកម្មមានលក្ខណៈវិជ្ជមាន មិនកកកុញនៅក្នុងជួរសីតុណ្ហភាពពី 4 ទៅ 42 ° C Ingrown ជួរ pH នៃ 4-9 គឺមិនធម្មតានៅក្នុងខ្យងសមុទ្រភាគច្រើនមិនអត់ឱនចំពោះអាស៊ីតខ្លាញ់សំខាន់គឺ C16: 1ω6c និង / ឬ C16: 1ω7c , C16:0 និង C18:1ω9 ; C12:0 3-OH និង C10:0 3-OH គឺ បានរកឃើញថាជាអាស៊ីតខ្លាញ់ hydroxy ពួកវាមិនលូតលាស់នៅក្នុងប្រព័ន្ធផ្សព្វផ្សាយទំពាំងបាយជូរ មាតិកា DNA G + C គឺ 56.1 mol% សមាជិកនៃប្រភេទនេះបង្ហាញពីភាពធន់នឹង Campylobacter និងឥរិយាបថ predation នៃសមាជិកនៃគ្រួសារ Enterobacteriaceae ទីតាំង phylogenetic នៃ genus នេះ។ គឺនៅក្នុងគ្រួសារ។
ការពិពណ៌នាអំពីមេរោគ Venatorbacter cucullus sp. ខែវិច្ឆិកា Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus មានន័យថា fairing) ។
លើសពីនេះទៀតលក្ខណៈពិពណ៌នានៃពូជនេះគឺថានៅពេលដែលលូតលាស់នៅលើ BA ឬ BHI កោសិកាមានប្រវែង 1.63 µm និង 0.37 µm ទទឹង។ អាណានិគមនៅលើ agar BHI គឺតូចណាស់ដែលឈានដល់ 2 មីលីម៉ែត្រនៅក្នុងអង្កត់ផ្ចិតបន្ទាប់ពី 72 ម៉ោង។ ពួកវាមានពណ៌បន៍ត្នោតខ្ចី ប្រែពណ៌ មូល ប៉ោង និងភ្លឺចាំង។ សមាជិកនៃប្រភេទនេះអាចប្រើ Escherichia coli និង Klebsiella ។ Campylobacter និងបាក់តេរី Gram-negative មួយចំនួនទៀតដើរតួជាសត្វព្រៃ។
ពូជធម្មតា ASxL5T ត្រូវបានញែកចេញពីទឹកដោះគោសាច់គោក្នុងទីក្រុង Nottinghamshire ចក្រភពអង់គ្លេស ហើយត្រូវបានតំកល់នៅក្នុង National Type Culture Collection (UK)៖ លេខចូល NCTC 14397 និងលេខចូល Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) លេខ NCCB 100775។ លំដាប់ហ្សែនពេញលេញនៃ AEXL5T ត្រូវបានដាក់ក្នុង Genbank យោងតាមការបន្ថែម CP046056 ។
បាក់តេរី ASxL5T ត្រូវបានញែកចេញពីទឹកដោះគោសាច់គោដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា phage isolation 9,49 ។ សារធាតុរលាយត្រូវបានពនឺក្នុង 1:9 (w/v) ក្នុង SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O និង 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK) បន្ទាប់មកភ្ញាស់។ នៅសីតុណ្ហភាព 4°C រយៈពេល 24 ម៉ោង ដោយបង្វិលយឺតៗដើម្បីបន្លឺសំឡេង មំសាសីចូលទៅក្នុងបណ្តុំ។ ការព្យួរត្រូវបានផ្ចិតនៅកម្រិត 3000g រយៈពេល 3 នាទី។ supernatant ត្រូវបានប្រមូលនិង centrifuged នៅ 13,000g ជាលើកទីពីរសម្រាប់ 5 នាទី។ បន្ទាប់មក សារធាតុ supernatant ត្រូវបានឆ្លងកាត់តម្រងភ្នាស 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germany) និងតម្រងភ្នាស 0.2 µm (Minisart) ដើម្បីយកកោសិកាបាក់តេរីដែលនៅសល់ចេញ។ ASxL5T អាចឆ្លងកាត់តម្រងទាំងនេះ។ ស្មៅ agar ទន់នៃ Campylobacter enterosus S12 (លេខចូល NCBI CP040464) ពី slurry ដូចគ្នាត្រូវបានរៀបចំដោយប្រើបច្ចេកទេសស្តង់ដារ។ សារធាតុរំអិលដែលបានច្រោះត្រូវបានចែកចាយនៅលើចានកោសិកាម៉ាស៊ីននីមួយៗក្នុងដំណក់ទឹក 10 µl ក្នុងបីដង ហើយត្រូវបានអនុញ្ញាតឱ្យស្ងួត។ ចាននេះត្រូវបាន incubated នៅក្នុងធុង microaerophilic នៅ 37 ° C សម្រាប់រយៈពេល 48 ម៉ោងក្រោមលក្ខខណ្ឌ microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2 និង 80% N2) ។ បន្ទះដែលអាចមើលឃើញត្រូវបានស្រង់ចូលទៅក្នុងសតិបណ្ដោះអាសន្ន SM និងផ្ទេរទៅវាលស្មៅស្រស់នៃ C. hyointestinalis S12 ដើម្បីបន្តពូជភាវៈរស់។ នៅពេលដែលវាត្រូវបានគេកំណត់ថាបាក់តេរីគឺជាមូលហេតុនៃបន្ទះ lytic និងមិនមែនជា phage សូមព្យាយាមរីកលូតលាស់សារពាង្គកាយដោយឯករាជ្យពីម៉ាស៊ីន និងកំណត់លក្ខណៈបន្ថែមទៀត។ វប្បធម៌អេរ៉ូប៊ីកត្រូវបានអនុវត្តនៅសីតុណ្ហភាព 37 អង្សាសេជាមួយនឹងឈាមសេះ 5% v/v defibrinated (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, អាហារបំប៉ន) ។ យោងតាមការណែនាំរបស់គណៈកម្មាធិការស្តង់ដារគ្លីនិកជាតិ វិធីសាស្ត្រនៃការសាយភាយឌីសត្រូវបានប្រើសម្រាប់ការធ្វើតេស្តភាពងាយនឹងបាក់តេរី។ BHI agar ត្រូវបានដាំដុះនៅសីតុណ្ហភាព 37 អង្សារសេ ដោយប្រើឌីសដែលមានអង់ទីប៊ីយ៉ូទិកខាងក្រោម (អុកស៊ីដ) សម្រាប់វប្បធម៌អេរ៉ូប៊ីកៈ អាម៉ុកស៊ីលីន និងអាស៊ីត clavulanic 30 μg; cefotaxime 30 μg; streptomycin 10 μg; ciprofloxacin 5 μg; Ceftazidime 30 μg អាស៊ីត Nalidixic 30 μg; Imipenem 10 μg; Azithromycin 15 μg; Chloramphenicol 30 μg; Cefoxitin 30 μg; Tetracycline 30 μg; Nitrofurantoin 300 μg; Aztreonam 30 μg; អេមភីស៊ីលីន 10 μg; Cefpodoxime 10 μg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 μg។ ការអត់ធ្មត់អំបិលត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយការភ្ញាស់តាមអាកាសនៅលើចាន BHI agar នៅសីតុណ្ហភាព 37°C។ NaCl បន្ថែមត្រូវបានបន្ថែមទៅចាន BHI agar ដើម្បីផ្តល់នូវជួរកំហាប់រហូតដល់ 10% w/v ។ ជួរ pH ត្រូវបានកំណត់ដោយវប្បធម៌ aerobic នៅលើចាន BHI agar នៅសីតុណ្ហភាព 37 ° C ដែលជួរ pH ត្រូវបានលៃតម្រូវទៅចន្លោះពី 4 ទៅ 9 ជាមួយ HCl មាប់មគ ឬ NaOH មាប់មគ ហើយតម្លៃ pH គោលដៅត្រូវបានផ្ទៀងផ្ទាត់មុនពេលចាក់ចាន។ សម្រាប់ការវិភាគអាស៊ីតខ្លាញ់កោសិកា ASxL5T ត្រូវបានដាំដុះលើ BHI agar រយៈពេល 3 ថ្ងៃ និង aerobic នៅ 37 ° C ។ យោងតាម ​​MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) standard protocol of FERA Science Ltd, (York, UK) អាស៊ីតខ្លាញ់កោសិកាត្រូវបានស្រង់ចេញ រៀបចំ និងវិភាគ។
សម្រាប់ TEM, ASxL5T ត្រូវបានដាំដុះតាមបែប aerobic ដោយរីករាលដាលស្មើៗគ្នានៅលើ BA នៅសីតុណ្ហភាព 37°C រយៈពេល 24 ម៉ោង ហើយបន្ទាប់មកប្រមូលផលចូលទៅក្នុង 1 ml នៃ 3% (v/v) glutaraldehyde ក្នុង 0.1 M cacodylate buffer នៅសីតុណ្ហភាពបន្ទប់ ជួសជុលរយៈពេល 1 ម៉ោង បន្ទាប់មក centrifuge នៅ 10,000 ក្រាមសម្រាប់រយៈពេល 3 នាទី។ បន្ទាប់មកផ្អាកគ្រាប់ឡើងវិញដោយថ្នមៗក្នុង 600 μl 0.1 M cacodylate buffer ។ ផ្ទេរការព្យួរ ASxL5T ថេរទៅខ្សែភាពយន្ត Formvar/carbon នៅលើក្រឡាចត្រង្គទង់ដែង 200 mesh ។ បាក់តេរីត្រូវបានប្រឡាក់ដោយសារធាតុ uranyl acetate 0.5% (w/v) ក្នុងរយៈពេល 1 នាទី ហើយពិនិត្យដោយ TEM ដោយប្រើមីក្រូទស្សន៍ TEI Tecnai G2 12 Biotwin ។ ដូចដែលបានរៀបរាប់ខាងលើ ផ្សំចំនួនដូចគ្នានៃសត្វព្រៃ និងសត្វមំសាសីនៅក្នុងទំពាំងបាយជូរ NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) និង incubate រយៈពេល 48 ម៉ោងក្រោមលក្ខខណ្ឌ microaerobic នៃ Campylobacter ឬ Campylobacter នៅសីតុណ្ហភាព 37 ° C, អន្តរកម្មនៃមំសាសី និងសត្វព្រៃ។ ក៏ត្រូវបានពិនិត្យដោយ TEM ។ លក្ខខណ្ឌ Aerobic សម្រាប់ Escherichia coli ។ ពិនិត្យដោយឯករាជ្យ ពិនិត្យសត្វព្រៃ និងបាក់តេរី predatory ដើម្បីកំណត់ការផ្លាស់ប្តូរណាមួយនៅក្នុង morphology កោសិកាដោយសារតែការ predation ។ វិធីសាស្រ្តខ្មៅរបស់ស៊ូដង់ត្រូវបានប្រើសម្រាប់មីក្រូទស្សន៍អុបទិកនៃការប្រមូលផ្តុំ PHB ។
ដាំដុះ ASxL5T វប្បធម៌ពេញមួយយប់ដោយលាបថ្នាំការលូតលាស់នៅលើចាន BHI ឬ BA ជាមួយនឹង swab មាប់មគ។ ប្រមូលកោសិកា ASxL5T ហើយព្យួរពួកវាក្នុង MRD (CM0733, Oxoid) ហើយបន្ទាប់មកដាក់វានៅសីតុណ្ហភាព 4°C រយៈពេល 7 ថ្ងៃដើម្បីបង្អត់កោសិកា។ ឯកសារយោង NCTC ឬមន្ទីរពិសោធន៍ស្តុកបាក់តេរីត្រូវបានចាក់បញ្ចូលទៅក្នុងទំពាំងបាយជូរ BHI ឬទំពាំងបាយជូរសារធាតុចិញ្ចឹមលេខ 2 (CM007, Oxoid) ភ្ញាស់ពេញមួយយប់ ផ្ចិតនៅកម្រិត 13,000g និងបានបន្តនៅក្នុង MRD រហូតដល់ OD600 គឺ 0.4 ។ វប្បធម៌៖ Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTCu 86, Klebsiella 46ocostca, 10817, Listeria បាក់តេរីពិសេស NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621NC, Salmonella5TC7 intestinville NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. ម៉ាស៊ីន Campylobacter ត្រូវបាន incubated microaerobically នៅលើចាន BA នៅ pended 37°C ។ ម៉ាស៊ីន Campylobacter ដែលត្រូវបានសាកល្បងគឺ៖ C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC8, C. lari NCTC 11458, C. lari PT14, C... ប្រមូលកោសិកានៅក្នុង MRD, centrifuge នៅ 13,000g ហើយបន្តនៅក្នុង MRD រហូតដល់ OD600 គឺ 0.4។ បន្ថែម aliquot នៃការព្យួរ 0.5 មីលីលីត្រទៅ 5 មីលីលីត្រ រលាយ NZCYM agar កំពូល (0.6% agar) ហើយចាក់វាទៅលើចានខាងក្រោម 1.2% NZCYM ។ បន្ទាប់ពីការខាត់ និងសម្ងួត ASxL5T ដែលត្រូវបានពនឺតាមលំដាប់លំដោយត្រូវបានចែកចាយជាដំណក់ទឹក 20 µl នៅលើបន្ទះស្មៅនីមួយៗជាបីដង។ សីតុណ្ហភាពវប្បធម៌ និងបរិយាកាសអាស្រ័យលើតម្រូវការនៃបាក់តេរីសាកល្បង។
ប្រើ GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) ដើម្បីរៀបចំ DNA ពីបាក់តេរីដាច់ដោយឡែក។ វិធីសាស្រ្តស្ដង់ដារត្រូវបានប្រើសម្រាប់ការពង្រីក PCR នៃហ្សែន 16S rRNA និងការកំណត់លំដាប់ផលិតផលដោយប្រើគីមីសាស្ត្របញ្ចប់ការជ្រលក់ពណ៌ (Eurofins Value Read Service, Germany)។ ប្រើកម្មវិធី BLAST-N ដើម្បីប្រៀបធៀបលំដាប់ទាំងនេះជាមួយនឹងលំដាប់ហ្សែន 16S rRNA ផ្សេងទៀតដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងប្រមូលប្រភេទសត្វដែលទាក់ទងយ៉ាងជិតស្និទ្ធ។ ទាំងនេះត្រូវបានតម្រឹមដោយប្រើ ClustalW នៅក្នុងកម្មវិធី MEGA X ។ មែកធាង phylogenetic ត្រូវបានសាងសង់ឡើងវិញដោយប្រើ MEGA X ដោយប្រើវិធីសាស្រ្តលទ្ធភាពអតិបរមាដោយផ្អែកលើគំរូ Tamura-Nei ជាមួយនឹង 1000 ច្បាប់ចម្លង 54 ។ ប្រើ PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ដើម្បីទាញយក DNA សម្រាប់លំដាប់ហ្សែនទាំងមូល។ លំដាប់ហ្សែននៃ ASxL5T ត្រូវបានកំណត់ដោយប្រើការរួមបញ្ចូលគ្នា Illumina MiSeq ដែលមានការអានពីរជាន់ 250 bp ដែលផ្សំឡើងដោយបណ្ណាល័យដែលបានរៀបចំដោយប្រើឧបករណ៍ដាក់ស្លាក Nextera និងការអានវែងពី 2 ទៅ 20 kb ពីវេទិកា PacBio ។ កន្លែងស្រាវជ្រាវ DNA Sequencing Genomics នៅសាកលវិទ្យាល័យ Sembia ។ ហ្សែនត្រូវបានប្រមូលផ្តុំដោយប្រើ CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark) ។ វប្បធម៌ ASxL5T ត្រូវ​បាន​តម្កល់​នៅ​ក្នុង National Type Culture Collection (UK) និង Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB)។ ហ្សែននៃសារពាង្គកាយពាក់ព័ន្ធដែលប្រើសម្រាប់ការប្រៀបធៀបគឺ៖ Thalassolituus oleivorans MIL-1T (លេខចូលប្រើ HF680312, ពេញលេញ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (លេខចូល BMYY01000001, មិនពេញលេញ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (លេខចូលប្រើ NZ_AUGV00000000, មិនពេញលេញ); Marinamonas community DSM 5604T (បន្ថែម ASM436330v1, មិនពេញលេញ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (បន្ថែម MTSD02000001, មិនពេញលេញ) និង Thalassolituus sp. C2-1 (បន្ថែម NZ_VNIL01000001 មិនពេញលេញ)។ ប្រើ JGI Genome Portal36 នៅ https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ដើម្បីកំណត់ពិន្ទុតម្រឹម (AF) និងអត្តសញ្ញាណអាស៊ីត nucleic មធ្យម (ANI)។ ជាគូ។ វិធីសាស្រ្តរបស់ Rodriguez-R & Konstantinidis55 ត្រូវបានប្រើដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណអាស៊ីតអាមីណូ (AAI) ។ ប្រើ GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ដើម្បីបង្កើតមែកធាង phylogenetic ដែលអាចប៉ាន់ស្មានបានអតិបរមា។ ហ្សែនបញ្ចូលដែលតំណាងឱ្យហ្សែនយោងដែលមានត្រូវបានជ្រើសរើសពីប្រភេទឯកសារយោងដែលត្រូវបានកំណត់ថាទាក់ទងទៅនឹង ASxL5T ពី 16S rRNA phylogeny ។ កំណត់ចំណាំដើមឈើដោយប្រើឧបករណ៍អន្តរកម្មដើមឈើនៃជីវិត (https://itol.embl.de/) ។ ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការវិភាគនៃហ្សែន ASxL5T ត្រូវបានអនុវត្តដោយប្រើឧបករណ៍លើបណ្តាញ BlastKOALA KEGG ដោយប្រើការចែកចាយម៉ូឌុល KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ។ ការចែកចាយនៃប្រភេទ COG (ក្រុម orthologous) ត្រូវបានកំណត់ដោយប្រើឧបករណ៍អនឡាញ eggNOG-mapper ។
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ និង Muñoz-Dorado, J. ការសម្លាប់បាក់តេរី៖ 75 ឆ្នាំហើយវានៅតែបន្ត! . បរិស្ថាន។ មីក្រូសរីរាង្គ។ 18, 766–779 (2016) ។
Linares-Otoya, L. ជាដើម ភាពសម្បូរបែប និងសក្តានុពលប្រឆាំងនឹងបាក់តេរីនៃបាក់តេរី predatory នៅលើឆ្នេរសមុទ្រ Peruvian ។ ថ្នាំខែមីនា។ 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017) ។
Pasternak, Z. et al ។ តាមរយៈហ្សែនរបស់ពួកគេ អ្នកនឹងយល់អំពីពួកគេ៖ លក្ខណៈហ្សែននៃបាក់តេរី predatory ។ ISME J. 7, 756–769 (2013)។
Sockett, RE របៀបរស់នៅដ៏ឃោឃៅរបស់ bacteriophage Bdellovibrio ។ ដំឡើង។ អតិសុខុមប្រាណគ្រូគង្វាល។ ៦៣, ៥២៣–៥៣៩ (២០០៩)។
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. ថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិចពីបាក់តេរី predatory ។ Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016) ។
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio និងសារពាង្គកាយស្រដៀងគ្នា គឺជាអ្នកព្យាករណ៍ពីភាពចម្រុះនៃមីក្រូជីវសាស្រ្តនៅក្នុងចំនួនម៉ាស៊ីនផ្សេងៗគ្នា។ មីក្រូសរីរាង្គ។ បរិស្ថានវិទ្យា។ ៧៩, ២៥២–២៥៧ (ឆ្នាំ ២០២០)។
Vila, J., Moreno-Morales, J. និង Ballesté-Delpierre, C. ស្វែងយល់ពីស្ថានភាពបច្ចុប្បន្ននៃភ្នាក់ងារ antibacterial ថ្មី។ គ្លីនិក។ មីក្រូសរីរាង្គ។ ឆ្លង។ https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019) ។
Hobley, L. et al ។ ការ​ចាប់​យក​ពីរ​ដង​នៃ phage និង phage អាច​កម្ចាត់​មេរោគ E. coli ដោយ​មិន​ចាំបាច់​មាន​ការ​បរបាញ់​តែ​មួយ​ទេ។ J. បាក់តេរី។ 202, e00629-19 ។ https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020) ។
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF ការរាប់និងភាពចម្រុះនៃ Campylobacter និង bacteriophages ដាច់ដោយឡែកក្នុងអំឡុងពេលវដ្តនៃការផ្តល់អាហារដល់មាន់សេរី និងសរីរាង្គ។ បរិស្ថានកម្មវិធី។ មីក្រូសរីរាង្គ។ 71, 1259–1266 (2005)។
Wilkinson, DA ជាដើម។ ធ្វើបច្ចុប្បន្នភាពពន្ធុវិទ្យាហ្សែន និងរោគរាតត្បាតនៃជ្រូក Campylobacter ។ វិទ្យាសាស្ត្រ។ អ្នកតំណាង 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: ដំណើរការការងារដែលងាយស្រួលប្រើសម្រាប់ប្រព័ន្ធហ្សែន។ ជីវព័ត៌មានវិទ្យា 35, 4162–4164 (2019)។
Edgar, RC MUSCLE៖ វិធីសាស្ត្រតម្រឹមលំដាប់ច្រើនដែលកាត់បន្ថយភាពស្មុគស្មាញពេលវេលា និងលំហ។ ព័ត៌មានជីវសាស្រ្ត BMC ។ 5, 113 (2004) ។
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: ជាឧបករណ៍សម្រាប់ការតម្រឹម និងកាត់តម្រឹមដោយស្វ័យប្រវត្តិក្នុងការវិភាគ phylogenetic ទ្រង់ទ្រាយធំ។ ជីវព័ត៌មានវិទ្យា 25, 1972–1973 (2009) ។
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gene និង metagenomic ចាប់ផ្តើមការព្យាករណ៍គេហទំព័រ។ ជីវព័ត៌មានវិទ្យា 28, 2223-2230 (2012)។
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit៖ ប្រអប់ឧបករណ៍ចាត់ថ្នាក់ NCBI ឆ្លងវេទិកា និងមានប្រសិទ្ធភាព។ ជីវ Rxiv ។ (ចូលប្រើនៅថ្ងៃទី 1 ខែមិថុនា ឆ្នាំ 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019) ។
តម្លៃ, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2- មែកធាងលទ្ធភាពអតិបរមាប្រហាក់ប្រហែលជាមួយនឹងការតម្រឹមធំ។ PLoS One 5, e9490 (2010) ។
Tange, O. GNU ប៉ារ៉ាឡែល។ (ចូលប្រើនៅថ្ងៃទី 1 ខែមិថុនា ឆ្នាំ 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018) ។
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ។ ការស្រាវជ្រាវអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ែរ។ ២៨, ២៧-៣០ (២០០០)។
សាធារណរដ្ឋឆេក អិល។ល។ តួនាទីរបស់ extremolytes ectoine និង hydroxyectoine ជាអ្នកការពារភាពតានតឹង និងសារធាតុចិញ្ចឹម៖ ពន្ធុវិទ្យា ប្រព័ន្ធហ្សែន ជីវគីមី និងការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធ។ ហ្សែន (បាសែល) ។ 9. E177 ។ https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018) ។
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA ការបញ្ចេញប្រូតេអ៊ីនឌីផេរ៉ង់ស្យែល អំឡុងពេលលូតលាស់នៃបាក់តេរីដែលបំប្លែងអ៊ីដ្រូកាបូនក្នុងសមុទ្រកាតព្វកិច្ច Thalassolituus oleivorans MIL-1 កំឡុងពេលលូតលាស់នៃ alkanes ខ្សែសង្វាក់មធ្យម និងវែង។ ខាងមុខ។ មីក្រូសរីរាង្គ។ 9, 3130 (2018) ។
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. វិធីសាស្រ្តហ្សែនប្រៀបធៀបថ្មីសម្រាប់កំណត់សូចនាករជាក់លាក់នៃ phenotypic បង្ហាញពីមរតកជាក់លាក់នៅក្នុងសញ្ញាបាក់តេរី predatory ។ បណ្ណាល័យវិទ្យាសាស្ត្រសាធារណៈ ១. 10. e0142933 ។ https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015) ។
Yakimov, MM ជាដើម។ ហ្សែន Thalassolituus oleivorans ។ ខែវិច្ឆិកា, sp ។ nov. ដែលជាប្រភេទបាក់តេរីសមុទ្រថ្មីដែលមានជំនាញក្នុងការប្រើប្រាស់អ៊ីដ្រូកាបូន។ អន្តរជាតិ។ J. ប្រព័ន្ធ។ ការវិវត្តន៍។ មីក្រូសរីរាង្គ។ ៥៤, ១៤១–១៤៨ (២០០៤)។
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. ខែវិច្ឆិកា, sp ។ នៅក្នុងខែវិច្ឆិកា វាបានបំបែកចេញពីទឹកសមុទ្រដែលចរាចរនៅប៉ាស៊ីហ្វិកខាងត្បូង។ អន្តរជាតិ។ J. ប្រព័ន្ធ។ ការវិវត្តន៍។ មីក្រូសរីរាង្គ។ 66, 5010–5015 (2016) ។