Cûreyek nû ya bakteriya Gram-neyînî, aerobîk, toleransê xwê, çalak, şikilî û nêçîrvan ASxL5T ji gola gomê ya li Nottinghamshire, Îngilîstanê hate veqetandin û Campylobacter wekî nêçîra xwe bikar anî. Dûv re, cureyên din ên Campylobacter û endamên malbata Enterobacteriaceae wekî nêçîr hatin dîtin. Piştî binekultura bêyî hucreyên mêvandar, mezinbûna aseptîk a qels li ser Brain Heart Infusion Agar hate bidestxistin. Mercên mezinbûnê yên çêtirîn 37 °C û pH 7 e. Mîkroskopa elektronî ya veguheztinê hin taybetmendiyên morfolojîk ên pir neasayî yên girêdayî hebûna nêçîrê eşkere kir. Analîza fîlogenetîkî ya ku rêzika genê 16S rRNA bikar tîne destnîşan kir ku veqetandin bi endamek malbata Spirulina Marine ve girêdayî ye, lê bi zelalî nikare wekî endamek ji celebek naskirî were dabeş kirin. Rêzkirina tev-jenom a ASxL5T têkiliya bi endamên spiroketên deryayî re piştrast kir. Lêgerîna databasê eşkere kir ku gelek ASxL5T rêzikên genê 16S rRNA bi çend bakteriyên neçandî yên ji okyanûs, rûxara bejah û avên bin erdê re parve dikin. Em pêşniyar dikin ku çenga ASxL5T di cinsek nû de celebek nû temsîl dike. Em navê Venatorbacter cucullus gen pêşniyar dikin. Mijdar, sp. Di çiriya paşîn de, ASxL5T wekî celebek celeb hate bikar anîn.
Bakteriyên nêçîrvan bakterî ne ku şiyana nêçîrkirin û kuştina bakteriyên zindî yên din ji bo bidestxistina madeyên biosentetîkî û enerjiyê nîşan didin. Ev ji vegerandina giştî ya xurekên ji mîkroorganîzmayên mirî cuda ye, û ew jî ji danûstendinên parazît cuda ye, ku tê de bakterî bêyî kuştina wan têkiliyek nêzîk bi mêvandarê xwe re çêdike. Bakteriyên nêçîrvan çerxên jiyanê yên cihêreng pêş xistine da ku sûdê ji çavkaniyên xwarinê yên zêde yên li deverên ku lê têne dîtin (wek jîngehên deryayî) werbigirin. Ew ji hêla taksonomîkî ve komek cihêreng in, ku tenê bi çerxa jiyana xwe ya sterilîzasyona bêhempa ve girêdayî ne. Nimûneyên bakteriyên nêçîrvan di çend fîlên cuda de hatine dîtin, di nav de: Proteobacteria, Bacteroides û Chlorella.3. Lêbelê, bakteriyên nêçîrvan ên herî baş hatine lêkolîn kirin organîzmayên Bdellovibrio û Bdellovibrio-û-wek in (BALOs4). Bakteriyên nêçîrvan çavkaniyek hêvîdar a pêkhateyên nû yên biyolojîkî çalak û ajanên antîbakteriyal in5.
Tê bawer kirin ku bakteriyên nêçîrvan cihêrengiya mîkrobialî zêde dikin û bandorek erênî li ser tenduristiya ekosîstema, hilberandin û aramiyê dikin6. Tevî van taybetmendiyên erênî, ji ber dijwariya çandina bakteriyan û hewcedariya bi baldarî çavdêrîkirina danûstendinên hucreyê ji bo têgihîştina çerxên jiyana wan ên tevlihev, li ser bakteriyên nêçîrvanê nû hindik lêkolîn hene. Ev agahdarî ne hêsan e ku meriv ji analîzên komputerê bigire.
Di serdemek zêdebûna berxwedana antîmîkrobial de, stratejiyên nû yên ji bo hedefgirtina patojenên bakterî têne lêkolîn kirin, wekî karanîna bakteriofaj û bakteriyên nêçîrvan7,8. Bakteriyên ASxL5T di sala 2019-an de bi karanîna teknolojiya îzolekirina fagê ji çolê çêlekê ku ji Navenda Şîriyê ya Zanîngeha Nottingham, Nottinghamshire hatî berhev kirin, hate veqetandin. Armanca vekolînê îzolekirina zîndewerên xwedî potansiyel wekî ajanên kontrolkirina biyolojîk e. Campylobacter hyointestinalis pathogenek zoonotîk e, ku bi nexweşiyên rovî yên mirovan re her ku diçe zêde dibe. Ew di serumê de berbelav e û wekî mêvandarek armanc tê bikar anîn.
Bakteriya ASxL5T ji jelê goştê goşt hate veqetandin ji ber ku hate dîtin ku lewheyên ku ew li ser çîmena C. hyointestinalis çêdibin dişibihe yên ku ji hêla bakterîofajan ve têne hilberandin. Ev vedîtinek neçaverêkirî ye, ji ber ku beşek ji pêvajoya veqetandina fagê di nav parzûnek 0.2 μm de, ku ji bo rakirina hucreyên bakteriyan hatî çêkirin, tê fîltrekirin. Vekolîna mîkroskopî ya maddeya ku ji plaketê hatî derxistin eşkere kir ku bakteriyên piçûk ên gram-neyînî yên bi şiklê çopê çîpkirî polyhydroxybutyrate (PHB) kom nekirine. Çanda aseptîk a serbixwe ji hucreyên nêçîrê li ser navgînek zexm a dewlemend (wek agar înfuzyonê dilê mêjî (BHI) û agara xwînê (BA)) pêk tê, û mezinbûna wê qels e. Ew piştî başbûna binekultura bi înokûlasyona giran tê bidestxistin. Ew di bin şert û mercên mîkroaerobî (7% v/v oksîjen) û oksîjena atmosferê de wekhev baş mezin dibe, lê ne di atmosferek anaerobî de. Piştî 72 saetan, pîvaza koloniyê pir piçûk bû, digihîje 2 mm, û ew bej, şefaf, dor, gêj û biriqandî bû. Testkirina biyokîmyayî ya standard tê asteng kirin ji ber ku ASxL5T nikare bi pêbawerî di medyaya şilavê de were çandin, ku ev pêşniyar dike ku ew dikare xwe bispêre çerxa jiyanê ya tevlihev a avakirina biyofilmê. Lêbelê, sekinandina plakê destnîşan kir ku ASxL5T aerobîk e, ji bo oxidase û katalase erênî ye, û dikare 5% NaCl tehemûl bike. ASxL5T ji 10 μg streptomycin re berxwedêr e, lê ji hemî antîbiyotîkên din ên ku hatine ceribandin hesas e. Hucreyên bakterî yên ASxL5T ji hêla TEM ve hatin lêkolîn kirin (Wêne 1). Dema ku bêyî şaneyên nêçîrê li ser BA mezin dibin, şaneyên ASxL5T Campylobacter piçûk in, bi dirêjahiya navînî 1,63 μm (± 0,4), firehiya 0,37 μm (± 0,08), û stûnek dirêj a yekane (heta 5 μm). Flagella zayendî. Nêzîkî 1,6% ji hucreyan xwedan firehiyek kêmtir ji 0,2 μm xuya dikin, ku dê rê bide derbasbûna di nav cîhaza parzûnê de. Li ser serê hin şaneyan dirêjkirinek avahîsaziyek neasayî hate dîtin, dişibihe firingiyek (cucullus latînî) (li tîrên 1D, E, G binêre). Wusa dixuye ku ev ji membrana derveyî ya zêde pêk tê, ku dibe ku ji ber kêmbûna bilez a mezinahiya zerfa perîplazmîk be, dema ku perdeya derve saxlem dimîne, û xuyangek "lewaz" nîşan dide. Çandiniya ASxL5T di nebûna xurdeyan de (di PBS de) ji bo demek dirêj li 4 ° C di encamê de pir (lê ne hemî) hucreyan morfolojiya kok nîşan didin (Wêne 1C). Dema ku ASxL5T bi Campylobacter jejuni re wekî nêçîra 48 demjimêran mezin dibe, mezinahiya hucreyê ya navîn ji şaneyên ku bêyî mêvandar mezin dibin bi girîngî dirêjtir û tengtir e (Table 1 û Xiflteya 1E). Berevajî vê, dema ku ASxL5T bi E. coli re wekî nêçîrê 48 demjimêran mezin dibe, mezinahiya şaneyê ya navîn ji ya ku bêyî nêçîrê mezin dibe dirêjtir û firehtir e (Table 1), û dirêjahiya şaneyê guhêrbar e, bi gelemperî fîlamento nîşan dide (Wêne 1F). Dema ku bi Campylobacter jejuni an E. coli wek nêçîra 48 saetan înkuba kirin, şaneyên ASxL5T qet flagella nîşan nedan. Tablo 1 çavdêriyên guhertinên di mezinahiya hucreyê de li ser bingeha hebûn, tunebûn, û celebê nêçîra ASxL5T kurt dike.
Nîşandana TEM ya ASx5LT: (A) ASx5LT qamçiyek dirêj nîşan dide; (B) pîlê tîpîk ASx5LT; (C) hucreyên ASx5LT yên cocci piştî inkubasyona dirêj a bê xurdemeniyan; (D) komek şaneyên ASx5LT anormaliyê nîşan didin (E) Koma hucreya ASx5LT ya ku bi nêçîra Campylobacter ve hatî înkubakirin, dirêjahiya şaneyê li gorî yên bêyî mezinbûna nêçîrê zêde nîşan da (D) di heman demê de avahiya apîkî jî nîşan da; (F) Flagellayên Filamentous ên Mezin, şaneyên ASx5LT, piştî inkubasyonê bi nêçîra E. coli; (G) Yek hucreyek ASx5LT piştî inkubasyonê bi E. coli re, avahiyek jorîn a neasayî nîşan dide. Bar 1 μm temsîl dike.
Tesbîtkirina rêzika genê 16S rRNA (hejmara gihîştinê MT636545.1) lêgerînên databasê dihêle ku rêzikên mîna yên di çîna Gammaproteobacteria de saz bikin, û herî nêzîk ji bakteriyên deryayî yên di malbata spirillum marine de ne (Wêne 2), û endamên cinsê Thalassolituus in. Xizmê herî nêzîk ji Marine Bacillus. Rêzeya gena 16S rRNA eşkere ji bakteriyên nêçîrvan ên ji malbata Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) cuda ye. Berawirdkirina cot a B. bacteriovorus HD100T (çenga celeb, DSM 50701) û B. bacteriovorus DM11A %48,4 û 47,7% bû û ji bo B. exovorus JSS ew bû 46,7%. Bakteriya ASxL5T 3 kopiyên gena 16S rRNA hene, du ji wan wek hev in û ya sêyem jî 3 bingeh ji hev dûr in. Du îzolasyonên bakterî yên nêçîrvan ên din (ASx5S û ASx5O; 16S rRNA jimareyên tevlêbûna genê MT636546.1 û MT636547.1 in, bi rêzê ve) bi taybetmendiyên morfolojîk û fenotîpîk ên ji heman cîhî ne wek hev in, lê ew ji ASxL5T Bact û neçandî cuda ne. rêzikên databasê bi cinsên din re li hev têne kom kirin Oceanospirillaceae (Wêne 2). Tevahiya rêzeya genomê ya ASxL5T di databasa NCBI de hatîye destnîşankirin û tomarkirin, û jimareya tevlêbûnê CP046056 e. Genoma ASxL5T ji kromozomeke dorveger a 2,831,152 bp bi rêjeya G + C 56,1% pêk tê. Rêzeya genomê 2653 CDS (tevahî) dihewîne, ji wan 2567 têne pêşbînîkirin ku proteînan kod bikin, ji wan 1596 dikarin wekî fonksiyonên gumanbar (60,2%) bêne destnîşan kirin. Di genomê de 67 genên RNA-kodker hene, di nav de 9 rRNA (her 3 ji bo 5S, 16S û 23S) û 57 tRNA. Taybetmendiyên genomîk ên ASxL5T bi genomên berdest ên cureyên cûreyê nêzîktirîn ên ku ji rêzika genê 16S rRNA hatine nas kirin (Table 2) hatin berhev kirin. Nasnameya amino asîdê (AAI) bikar bînin da ku hemî genomên berdest ên Thalassolituus bi ASxL5T re berhev bikin. Rêzeya genomê ya herî nêzîk a berdest (ne temam) ku ji hêla AAI ve hatî destnîşankirin Thalassolituus sp e. C2-1 (NZ_VNIL01000001 zêde bike). Ev çeşîd ji şêniyên deryaya kûr ên Xendeka Mariana hate veqetandin, lê heya niha ji bo berhevdanê agahdariya fenotîpîkî li ser vê çelê tune. Li gorî ASxL5T ya 2,82 Mb, genoma organîzmê bi 4,36 Mb mezintir e. Mezinahiya genomê ya navînî ya spirochetes deryayî bi qasî 4,16 Mb e (± 1,1; n = 92 genomên referansa tevahî ku ji https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly hatine lêkolîn kirin), ji ber vê yekê genoma ASxL5T li gorî rêz Li gorî endamên din, ew pir piçûk e. GToTree 1.5.54 bikar bînin da ku dara fîlogenetîkî ya herî zêde ya îhtîmala texmînkirî ya li ser bingeha genomê biafirînin (Wêne 3A), bi karanîna rêzikên asîdên amînî yên lihevhatî û girêdayî yên 172 genên yek-kopî yên taybetî yên Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, bikar bînin, 17,18. Analîz destnîşan kir ku ew ji nêz ve bi Thalassolituus, Balafira Bakterî û Bakteriya Marine re têkildar e. Lêbelê, van daneyan destnîşan dikin ku ASxL5T ji xizmên xwe yên li Marine Spirulina cûda ye û daneyên rêza genomê ya wê heye.
Dara fîlogenetîkî ya ku rêzika genê 16S rRNA bikar tîne, pozîsyona tîrêjên ASxL5T, ASxO5, û ASxS5 (bi gûyan) li gorî cûreyên bakteriyên neçandî û deryayî yên di Marine Spirulinaceae de ronî dike. Hejmara tevlêbûnê ya Genbank li dû navê celebê di nav parantezê de ye. ClustalW bikar bînin da ku rêzan li hev bikin, û rêbaza îhtîmala herî zêde û modela Tamura-Nei bikar bînin da ku têkiliyên fîlogenetîkî derxînin, û di bernameya MEGA X de 1000 dubareyên rêberî pêk bînin. Hejmara li ser şaxê destnîşan dike ku nirxa kopiya rêberî ji% 50 mezintir e. Escherichia coli U/541T wekî komek derveyî hate bikar anîn.
(A) Darek fîlogenetîkî ya ku li ser bingeha genomê ye, ku têkiliya di navbera bakteriya marine Spirospiraceae ASxL5T û xizmên wê yên nêzîk, E. coli U 5/41T wekî komek derveyî nîşan dide. (B) Li gorî T. oleivorans MIL-1T, dabeşkirina kategoriya fonksiyonel a genan li ser bingeha koma orthologous (COG) ya proteîna ASx5LT tê pêşbînîkirin. Hêjmara li milê çepê di her genomê de di her kategoriya COG ya fonksiyonel de hejmara genan nîşan dide. Grafika li rastê rêjeya genomên ku di her koma COG ya fonksiyonel de hene nîşan dide. (C) Li gorî T. oleiverans MIL-1T, analîzkirina riya modular a ASxL5T ya tevahî KEGG (Ansîklopediya Gen û Genomên Kyoto).
Bikaranîna databasa KEGG-ê ji bo vekolîna genên pêkhateyê yên di genoma ASxL5T de hene rêça metabolîk a tîpîk a gama Proteus aerobîk eşkere kir. ASxL5T bi tevahî 75 genên ku ji proteînên motora bakterî re hatine veqetandin, di nav de genên ku di kemotaksîs, kombûna flagella, û pergala fimbrîyayê ya celebê IV de cih digirin, vedihewîne. Di kategoriya paşîn de, ji 10 genan 9 jê berpirsiyar in ji tevgera tîrêjê ya cûrbecûr organîzmayên din. Genoma ASxL5T rêgezek biyosentetîk a tetrahydropyrimidine ya bêkêmasî vedihewîne ku beşdarî bersiva parastinê ya stresa osmotîk20 dibe, wekî ku ji bo halofîlan tê hêvî kirin. Di genom de gelek rêyên bêkêmasî yên kofaktor û vîtamînan jî hene, di nav de rêyên senteza riboflavin. Tevî ku gena alkane 1-monooxygenase (alkB2) di ASxL5T de heye, riya karanîna hîdrokarbonê ne temam e. Di rêza genomê ya ASxL5T de, homologên genên ku bi bingehîn berpirsiyarê hilweşandina hîdrokarbonan di T. oleiverans MIL-1T21 de têne nas kirin, wekî TOL_2658 (alkB) û TOL_2772 (alkol dehîdrojenaz) eşkere ne. Figure 3B berhevdana belavkirina genê di kategoriya COG de di navbera ASxL5T û rûnê zeytûnê MIL-1T de nîşan dide. Bi tevayî, genoma ASxL5T ya piçûktir ji her kategoriya COG-ê li gorî genoma mezin a têkildar bi nîsbet kêmtir genan dihewîne. Dema ku hejmara genan di her kategoriya fonksiyonel de wekî ji sedî genomê tête diyar kirin, cûdahî di rêjeya genan de di werger, avahiya rîbozomî û kategoriyên biyojenê de, û kategoriyên fonksiyona hilberîn û veguherîna enerjiyê, ku ASxL5T mezintir pêk tînin, têne destnîşan kirin. genom Rêje bi heman koma ku di genoma MIL-1T ya T. oleiverans de heye re tê berhev kirin. Berevajî vê, li gorî genoma ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T di kategoriyên dubarekirin, ji nû ve kombînasyon û tamîrkirin, û transkrîpsiyonê de rêjeyek jêne zêde ye. Balkêş e, cûdahiya herî mezin di naveroka her kategoriya fonksiyonel a her du genoman de hejmara genên nenas ên di ASxL5T de hene (Wêne 3B). Analîzek dewlemendkirina modulên KEGG hate kirin, ku her modulek KEGG komek yekîneyên fonksiyonel ên bi destan diyarkirî ji bo şîrovekirin û şîrovekirina biyolojîkî ya daneyên rêza genomê temsîl dike. Berhevdana belavkirina genê di rêça modulê ya KOG ya tevahî ya ASxL5T û zeytûnê MIL-1T de di Figure 3C de tê xuyang kirin. Ev vekolîn nîşan dide ku her çend ASxL5T xwedan rêgezek metabolê ya kelûm û nîtrojenê ye, T. oleiverans MIL-1T tune. Berevajî vê, T. oleiverans MIL-1T xwedan rêyek metabolê ya bêkêmasî ya cysteine ​​û methionine ye, lê ew di ASxL5T de ne temam e. Ji ber vê yekê, ASxL5T ji bo asîmîlasyona sulfatê modulek taybetmendiyê heye (wekî komek genên ku dikarin wekî nîşankerên fenotîpîk werin bikar anîn, wekî kapasîteya metabolîk an pathogenîk tê pênase kirin; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Di T. oleiverans MIL-1T. Berawirdkirina naveroka genê ASxL5T bi navnîşa genên ku şêwazek jînek nêçîrvanî pêşniyar dikin re nebawer e. Her çend gena waaL ku lîgaza ku bi polysaccharide O antîgenê ve girêdayî ye kod dike di genoma ASxL5T de heye (lê ew di gelek bakteriyên Gram-neyînî de hevpar e), Genên trîptofan 2,3-dîoksîgenaz (TDO) dibe ku 60 amino hene. herêmên asîdê bi gelemperî di bakteriyên nêçîrvan ên ku ne de têne dîtin. Di genoma ASxL5T de genên din ên taybetmendiya nêçîrvanî tune, di nav de yên enzîmên ku beşdarî biosenteza isoprenoîdê di riya mevalonate de ne. Bala xwe bidinê ku di koma predatorê ya ku hatî lêkolîn kirin de genek birêkûpêk a transkrîpsiyonê gntR tune, lê sê genên mîna gntR dikarin di ASxL5T de bêne nas kirin.
Taybetmendiyên fenotîpîk ên ASxL5T di Tabloya 3 de têne kurt kirin û bi taybetmendiyên fenotîpîk ên nifşên têkildar 23, 24, 25, 26, û 27 di wêjeyê de hatine ragihandin. Veqetandinên ji T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, û Oceanobacter kriegii çalak, xwê-tolerans, oksîdaz-erênî bedenên rod-teşe ne, lê hema hema ti taybetmendiyên din ên fenotîp bi ASxL5T. PH-ya navîn a okyanûsê 8,1 e (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ku di T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis û O de tê xuyang kirin. kriegii. ASxL5T ji bo pH-ya mezin (4-9) ya celebên ne-deryayî minasib e. Taybetmendiyên fenotîp ên Thalassolituus sp. C2-1. Nenas. Rêjeya germahiya mezinbûnê ya ASxL5T bi gelemperî ji ya cûreyên deryayî (4-42 °C) berfirehtir e, her çend hin lê ne hemî îzolasyonên T. marinus li hember germê tolerans in. Nekarîna mezinbûna ASxL5T di medyaya şûşê de pêşî li karakterîzasyona fenotîpîkî ya din girt. API 20E bikar bînin ji bo ceribandina materyalên ku ji plakaya BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, bikaranîna citrate, urease, tryptophan deaminase, enzîma hîdrolîza gelatin, ONPG, arginine dihydrolase, hatin hilberandin. Karbohîdratên nefermandî ev in: glukoz, manoz, înositol, sorbitol, rhamnose, sukroz, melibiose, amygdalin û arabinose. Li gorî cûreyên referansê yên têkildar ên hatine weşandin, profîla asîda rûnê ya hucreyî ya tîrêjê ASxL5T di Tabloya 4 de tê xuyang kirin. Asîdên rûn ên xaneyê yên sereke C16:1ω6c û/an C16:1ω7c, C16:0 û C18:1ω9 in. Asîdên rûn ên hîdroksî C12:0 3-OH û C10:0 3-OH jî hene. Rêjeya C16: 0 di ASxL5T de ji nirxa raporkirî ya nifşên têkildar zêdetir e. Berevajî vê, li gorî raporta T. marinus IMCC1826TT, rêjeya C18:1ω7c û/an C18:1ω6c di ASxL5T de kêm dibe. oleivorans MIL-1T û O. kriegii DSM 6294T, lê di B. sanyensis KCTC 32220T de nehatine dîtin. Berawirdkirina profîlên asîda rûnê ya ASxL5T û ASxLS cûdahiyên nazik di mîqdara asîdên rûn ên kesane de di navbera her du celeban de, ku bi rêzika DNA ya genomîkî ya heman celebê re hevaheng in, eşkere kir. Di testa reş a Sûdanê de ti perçeyên polî-3-hîdroksîbutyrat (PHB) nehatin dîtin.
Çalakiya nêçîrê ya bakteriyên ASxL5T hate lêkolîn kirin ku rêza nêçîrê were destnîşankirin. Ev bakterî dikare li ser cureyên Campylobacter plakan çêbike, di nav de: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 û C. upsaliensis NCTC 11541T. Çandên ku di beşa diyarkirina rêza mêvandar a rêbazê de têne navnîş kirin bikar bînin da ku cûrbecûr cûrbecûr bakteriyên Gram-neyînî û Gram-erênî biceribînin. Encam destnîşan dikin ku ASxL5T dikare di Escherichia coli NCTC 86 û Citrobacter freundii NCTC 9750T de jî were bikar anîn. Plaqên ku li ser Klebsiella oxytoca 11466 hatine çêkirin. Têkiliya TEM ya bi E. coli NCTC 86 re di Figure 4A-D de, û têkiliya bi Campylobacter jejuni PT14 û Campylobacter suis S12 di Figure 4E-H navîn de tê xuyang kirin. Dixuye ku mekanîzmaya êrîşê di navbera celebên nêçîrê yên hatine ceribandin de cûda ye, bi yek an çend şaneyên E. coli ve bi her şaneyek ASxL5T ve hatî girêdan û berî adsorbasyonê li kêleka şaneya dirêjkirî bi cih kirin. Berevajî vê, ASxL5T dixuye ku bi yek xalek têkiliyê ve bi Campylobacter ve tê girêdan, bi gelemperî bi lûtkeya hucreya nêçîrê re û li nêzê lûtkeya hucreya Campylobacter re têkildar e (Wêne 4H).
TEM têkiliya navbera ASx5LT û nêçîrê nîşan dide: (AD) û E. coli nêçîra; (EH) û C. jejuni nêçîra. (A) Hucreyek tîpîk ASx5LT ku bi yek şaneyek E. coli (EC) ve girêdayî ye; (B) ASx5LT fîlamentous ku bi yek şaneyek EC ve girêdayî ye; (C) Hucreyek ASx5LT ya filamentous ku bi gelek hucreyên EC ve girêdayî ye; (D) Pêvekirina şaneyên piçûktir ên ASx5LT li ser yek şaneyek E. coli (EC); (E) şaneyek yekane ASx5LT ku bi şaneyek Campylobacter jejuni (CJ) ve girêdayî ye; (F) ASx5LT êrîşî şaneyên C. hyointestinalis (CH) dike; (G) du hucreyên Yek ASx5LT êrîşî hucreyek CJ kirin; (H) Nêrînek ji nêz ve ya xala girêdana ASx5LT, li nêzî lûtkeya hucreya CJ (bar 0,2 μm). Bar di (A-G) de 1 μm nîşan dide.
Bakteriyên nêçîrvan ji bo ku ji çavkaniyên pir nêçîrê sûd werbigirin pêş ketine. Eşkere ye, ew bi berfirehî li gelek hawîrdorên cihêreng hene. Ji ber qebareya teng a endamên nifûsê, bi karanîna rêbaza veqetandina fagê gengaz e ku bakteriyên ASxL5T ji sluryê werin veqetandin. Têkiliya genomîkî ya ASxL5T ji endamên malbata bakteriyên deryayî yên oceanospirillaceae re ecêb e, her çend organîzma toleransê xwê ye û dikare li ser navgînek ku %5 xwê heye mezin bibe. Analîzkirina kalîteya avê ya slurry destnîşan kir ku naveroka klorîdê sodyûm ji% 0.1 kêmtir bû. Ji ber vê yekê, çil ji hawîrdora deryayî-hem ji hêla erdnîgarî hem jî ji hêla kîmyewî ve dûr e. Hebûna sê îzolasyonên têkildar lê cûda ji heman çavkaniyê delîl peyda dike ku ev nêçîrvan di vê hawîrdora ne-deryayî de geş dibin. Wekî din, analîza mîkrobiomê (pelên daneyê ji https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 peyda dibin) destnîşan kir ku heman rêzika genê 16S rRNA di nav 50 bacên herî zêde yên xebatê de cih digire (OTU). ) Di çend navberên nimûneyê de ji heriyê. Di danegeha Genbank de çend bakteriyên neçandî hatin dîtin, ku rêzikên genê yên 16S rRNA yên mîna bakteriya ASxL5T hene. Van rêzan, bi rêzikên ASxL5T, ASxS5, û ASxO5 re, xuya dikin ku kelûpelên cihêreng ên ji Thalassolituus û Oceanobacter veqetandî temsîl dikin (Wêne 2). Sê cureyên bakteriyên neçandî (GQ921362, GQ921357 û GQ921396) ji ava şikestinê li kûrahiya 1,3 kîlometre li kana zêr ya Afrîkaya Başûr di sala 2009 de hatin veqetandin, û duyên din (DQ256320 û DQ337006 ji axa Afrîkaya Başûr bûn) di sala 2005 de). Rêzeya gena 16S rRNA ya ku herî nêzîk bi ASxL5T re têkildar e, beşek ji rêzika genê 16S rRNA ye ku ji çanda dewlemendkirina çîmentoyên qûmê yên ku ji peravên bakurê Fransa di sala 2006-an de hatine wergirtin (hejmara gihîştinê AM29240828) hatî wergirtin. Rêzek din a genê ya 16S rRNA ya ku ji nêz ve girêdayî ye ji bakteriya neçandî HQ183822.1 ji depoyek berhevokê ya ku ji depoyek şaredariyê ya li Chinaînê hatî şûştin, hate wergirtin. Eşkere ye, bakteriyên ASxL5T di databasên taksonomî de ne pir nûner in, lê ev rêzikên ji bakteriyên neçandî îhtîmal e ku organîzmayên mîna ASxL5T, ku li çaraliyê cîhanê têne belav kirin, bi gelemperî di hawîrdorên dijwar de temsîl bikin. Ji tevahiya analîza fîlogenetîkî ya genomê, ya herî nêzîk ji ASxL5T re Thalassolituus sp e. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Û O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus endamek bakteriya perçebûna hîdrokarbonê ya mecbûrî ya deryayî (OHCB) ye, ku li hawîrdorên deryayî û bejayî belav e, û bi gelemperî piştî bûyerên qirêjbûna hîdrokarbonê dibe serdest30,31. Bakteriyên marine endamên koma OHCB ne, lê ji hawîrdora deryayî veqetandî ne.
Daneyên fenotîp destnîşan dikin ku ASxL5T celebek nû ye û endamek celebek berê ya ku di malbata spirospiraceae marine de nehatiye nas kirin e. Heya nuha standardek zelal tune ku cûreyên nû yên veqetandî li celebek nû dabeş bike. Hewldan hatine kirin ku sînorên nifşên gerdûnî werin destnîşankirin, mînakî, li ser bingeha ji sedî genomê proteînek muhafezekar (POCP), tê pêşniyar kirin ku nirxa qutkirinê% 50 bi çenga referansê re wekhev be. Yên din pêşniyar dikin ku nirxên AAI bikar bînin, yên ku li ser POCP-ê xwedî avantaj in ji ber ku ew dikarin ji genomên netemam werin wergirtin34. Nivîskar bawer dike ku heke nirxa AAI ji% 74 kêmtir be li gorî modela modela celebê modelê, çewsandin nûnerê celebek cûda ye. Cinsê modela di spirillaceae marine spirillum marine, û cureyê model O. linum ATCC 11336T e. Nirxa AAI di navbera ASxL5T û O. linum ATCC 11336T de %54,34 e, û nirxa AAI di navbera ASxL5T û T. oleivorans MIL-1T (çelên cureyên cinsê) %67,61 e, ku nîşan dide ku ASxL5T celebek nû ji Thalas cuda cuda nîşan dide. Bi karanîna rêzika genê 16S rRNA wekî standarda dabeşkirinê, sînorê veqetandina cinsê 94,5%35 e. ASxL5T dibe ku di cinsê Thalassolituus de were danîn, 95,03% nasnameya rêzika 16S rRNA bi T. oleivorans MIL-1T û 96,17% nîşan dide. marinus IMCC1826T. Lêbelê, ew ê di cinsê Bacteroides de ku ji% 94,64 xwediyê nasnameya genê 16S rRNA ye bi B. sanyensis NV9 re jî were bicîh kirin, ku nîşan dide ku karanîna yek genek wekî gena 16S rRNA dikare bibe sedema dabeşkirin û veqetandina kêfî. Rêbazek din a pêşniyarkirî ANI û Nîşana Alignment Genome (AF) bikar tîne da ku berhevkirina xalên daneyê ji hemî celeb û celebên ne-cûre yên nifşên heyî vekolîne. Nivîskar pêşniyar dike ku tixûbê cinsê bi xala veqetandinê ya cinsê texmînkirî ya taybetî ya takseya ku tê analîz kirin were berhev kirin. Lêbelê, heke ji îzolasyonên Thalassolituus rêzikên genomê yên bêkêmasî nebin, ne gengaz e ku meriv bi vê rêbazê diyar bike ka ASxL5T ji cinsê Thalassolituus re ye. Ji ber hebûna tixûbdar a rêzikên genomê yên bêkêmasî yên ji bo analîzê, divê tevahiya dara fîlogenetîkî ya genomê bi hişyarî were şîrove kirin. Ya duyemîn, rêbazên berhevdana genomê ya tevahî nikare cûdahiyên girîng di mezinahiya genomên berhevkirî de hesab bike. Wan wekheviya genên bingehîn ên parastî yên yek-kopî di navbera cinsên têkildar de pîvandin, lê hejmarên mezin ên genên ku di genoma pir piçûktir a ASxL5T de tune ne hesibandin. Eşkere ye, ASxL5T û komên di nav de Thalassolituus, Oceanobacter, û Bacterioplanes xwedî bav û kalek hevpar in, lê pêşkeftin rêyek cûda girtiye, ku rê li ber kêmbûna genomê vedike, ku dibe ku li gorî şêwaza jiyanek nêçîrvanî were adaptekirin. Ev berevajî T. oleivorans MIL-1T ye, ku %28 mezintir e û di bin zextên hawîrdorê yên cihêreng de pêş ketiye ku hîdrokarbonan bikar tîne23,30. Berawirdkirinek balkêş dikare bi parazît û simbîontên hundurîn ên mecbûrî, yên wekî Rickettsia, Chlamydia, û Buchnera re were çêkirin. Mezinahiya genoma wan bi qasî 1 Mb e. Kapasîteya karanîna metabolîtên hucreya mêvandar dibe sedema windabûna genê, ji ber vê yekê Di bin hilweşîna genomîkî ya pêşveçûna girîng de derbas dibe. Guhertinên pêşkeftî yên ji organîzmayên xurekên kîmyewî yên deryayî berbi şêwazên jiyanê yên nêçîrvan dibe ku bibe sedema kêmbûna heman rengî di mezinahiya genomê de. Analîzên COG û KEGG hejmara genên ku ji bo fonksiyonên taybetî têne bikar anîn û cûdahiyên gerdûnî yên di rêyên genomîk ên di navbera ASxL5T û T. oleivorans MIL-1T de têne bikar anîn ronî dike, ku ne ji ber hebûna berbelavbûna hêmanên genetîkî yên mobîl in. Cûdahiya rêjeya G + C ya tevahiya genoma ASxL5T 56,1%, û ya T. oleivorans MIL-1T% 46,6 e, ev jî nîşan dide ku ew ji hev veqetandî ye.
Vekolîna naveroka kodkirinê ya genoma ASxL5T di derheqê taybetmendiyên fenotîpîk de têgihiştinên fonksiyonel peyda dike. Hebûna genên ku tîpa IV fimbrîa (Tfp) kod dikin, balkêş e ji ber ku ew tevgera hucreyê, ku jê re şemitîna civakî an jî konvulsîyon tê gotin, bêyî flagella li ser rûyê erdê pêşve dixe. Li gorî raporan, Tfp fonksiyonên din jî hene, di nav de nêçîrkirin, pathogenesis, damezrandina biyofilm, hilgirtina DNA ya xwezayî, kombûna hucreya otomatîk û pêşveçûn38. Di genoma ASxL5T de 18 genên ku diguanylate cyclase (enzîmek ku veguhertina 2 guanosine trifosphate bo guanosine 2 fosphate û diGMP cyclic katalize dike) û 6 genên ku diguanylate cyclase diguanylate diguanylate diguanylate diguanylate de kod dikin hene. Gena esterase (katalîzasyona hilweşandina di-GMP-ya cyclic berbi guanosine monophosphate) balkêş e ji ber ku cycl-di-GMP peyamnêrek duyemîn a girîng e ku di pêşveçûn û veqetandina biyofilmê de, tevger, girêdana hucreyê û vîrusa 39, 40 di pêvajoyê de ye. Di heman demê de divê were zanîn ku di Bdellovibrio bacteriovorus de, GMP-ya ducarî ya cyclic hate destnîşan kirin ku veguheztina di navbera jiyana azad û şêwaza jîyana talanker de kontrol dike41.
Piraniya lêkolînên li ser bakteriyên nêçîrvan li ser Bdellovibrio, organîzmayên mîna Bdellovibrio, û cureyên Myxococcus hûr bûne. Van û mînakên din ên naskirî yên bakteriyên nêçîrvan komek cihêreng ava dikin. Tevî vê cihêrengiyê, komek malbatên proteîn ên taybetmendî yên ku fenotîpên 11 bakteriyên nêçîrvan ên naskirî nîşan didin hatine tespît kirin3,22. Lêbelê, tenê genên ku O antigen ligase (waaL) kod dikin hatine nas kirin, ku bi taybetî di bakteriyên Gram-neyînî de hevpar e. Ev forma analîzê di binavkirina ASxL5T wekî nêçîrvanek ne arîkar e, dibe ku ji ber ku ew stratejiyek êrişek nû bikar tîne. Hebûna cûrbecûr jenomên bakterî yên nêçîrvan dê alîkariya pêşkeftina analîzên çareseriyê yên xweşik bike ku delîlên cûdahiyên fonksiyonel û hawîrdorê di navbera endamên komê de digirin ber çavan. Nimûneyên bakteriyên nêçîrvan ên ku di vê analîzê de ne di nav wan de endamên Cupriavidus necator42 û Bradymonabacteria43 hene, ji ber ku dema ku lêkolîner li civakên mîkrobîkî yên cihêreng lêkolîn dikin, bêtir bacên nêçîrvan têne damezrandin.
Taybetmendiya herî berbiçav a bakteriyên ASxL5T ku ji hêla wêneya TEM ve hatî girtin morfolojiya wê ya bêhempa û maqûl e, ku dikare pêwendiya bi bakteriyên nêçîrê re pêşve bibe. Cûreya pêwendiya ku tê dîtin ji bakteriyên din ên nêçîrvan cûda ye û berê nehatiye keşif kirin an ragihandin. Pêşniyara çerxa jiyanê ya ASxL5T ya nêçîrvanî di jimar 5 de tê nîşandan. Di wêjeyê de çend mînakên bi strukturên apîkî yên mîna ku em li vir radigihînin hene, lê van mînakan Terasakiispira papahanaumokuakeensis, bakteriya spirillumê ya deryayî bi carcaran mezinbûna lûtkeyê 44, û Alphabacteriapusillaaki, hene. , berê girêdayî ya cinsê Oceanospirillum, ku jê re tê gotin "fîlma polar" 45. Formên kokciyan bi gelemperî di çandên kevnar de têne dîtin, nemaze ji bo bakteriyên bi formên kelandî, yên wekî Vibrio, Campylobacter, û Helicobacter 46, 47, 48, ku dibe ku rewşek hilweşîner nîşan bide. . Ji bo zelalkirina çerxa jiyanê ya rastîn a bakteriyên ASxL5T xebatek din hewce ye. Ji bo destnîşankirina ka ew çawa digire û nêçîrê dike, û gelo genoma wê pêkhateyên biyolojîkî yên çalak ên ku dikarin ji bo armancên bijîjkî an biyoteknolojîkî werin bikar anîn kod dike.
Danasîna Venatorbacter gen. Mijdar Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ji venatorên L. n. venator, 'nêçîr' û Gr. n. bacter,' rod'. Venatorbacter, 'Rodek nêçîrê' pêk tê. Hucreyên aerobîk in, bi xwê re tolerant in, negatîfê Gram-ê negatîf in Di nav germahiya 4-42 °C de kom dibin. Di nav şemalokên behrê de, asîdên rûn ên sereke C16:1ω6c ne. C16:0 û C18:1ω9 C12:0 3-OH û C10:0 3-OH wekî têne dîtin Asîdên çewriyê yên hîdroksî di navgîniya biratiyê de 56,1% mezin dibin malbat.
Danasîna Venatorbacter cucullus sp. Sermawez Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus tê wateya fêkî).
Wekî din, taybetmendiya danasînê ya vê cinsê ev e ku dema ku li ser BA an BHI mezin dibin, hucre 1,63 μm dirêj û 0,37 μm fireh in. Koloniyên li ser BHI agar pir piçûk in, piştî 72 demjimêran digihîje 2 mm. Ew bej, şefaf, dor, gêj û biriqandî ne. Endamên vê cureyê dikarin Escherichia coli û Klebsiella bikar bînin. Campylobacter û çend bakteriyên Gram-neyînî yên din wek nêçîrê xizmetê dikin.
Şêweya tîpîk ASxL5T ji şîrê goştê li Nottinghamshire, UK hate veqetandin, û li Koleksiyona Çandî ya Neteweyî ya Tîpa Neteweyî (UK) hate razandin: jimareya tevlêbûnê NCTC 14397 û Koleksiyona Çandî ya Bakterî ya Hollandayê (NCCB) jimareya tevlêbûnê NCCB 100775. Rêzeya genom a tevahî ya ASxL li Genbankê hatiye razandin li gorî lêzêdekirina CP046056.
Bakteriya ASxL5T ji şîrê goştê bi karanîna teknolojiya îzolekirina fagê hate veqetandin9,49. Slurry di tampon SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O û 0.01% gelatîn de 1:9 (w/v) hate rijandin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Dûv re inkubat kirin. di 4°C de ji bo 24 saetan, hêdî hêdî dizivire da ku bişon nêçîrvan di nav tamponê de. Rawestandin di 3000g de ji bo 3 deqîqeyan hate santrîfuj kirin. Spernatant hat komkirin û ji bo 5 deqîqeyan cara duyemîn di 13,000g de santrîfuj kirin. Dûv re supernatant di parzûnek perdeya 0,45 μm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Almanya) û parzûnek perdeya 0,2 μm (Minisart) derbas kirin da ku şaneyên bakterî yên mayî ji holê rakin. ASxL5T dikare van parzûnan derbas bike. Zeviyek agarê ya nerm a Campylobacter enterosus S12 (numreya gihîştina NCBI CP040464) ji heman slury bi karanîna teknîkên standard hate amadekirin. Slurya parzûnkirî li ser her yek ji van lewheyên hucreya mêvandar di 10 μl dilop sê caran hate belavkirin û hişt ku hişk bibe. Plate di bin şert û mercên mîkroaerobî (5% O2, 5% H2, 10% CO2, û 80% N2) de di 37°C de 48 saetan di tankek mîkroaerofîlî de hate înkubakirin. Plaka dîtbar a ku hatî bidestxistin di nav tampon SM de hate derxistin û ji bo ku organîzmayên lîzkirî bêtir belav bike, hate veguheztin çîmena nû ya C. hyointestinalis S12. Piştî ku hate destnîşankirin ku bakterî sedema plakaya lîtîkê ne û ne fagê ne, hewl bidin ku organîzma ji mêvandar serbixwe mezin bikin û wê bêtir biweşînin. Çanda aerobîk di 37 °C de bi 5% v/v xwîna hespê defibrînkirî hate kirin (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, pêvek). Li gorî rêwerzên Komîteya Standardên Klînîkî ya Neteweyî, rêbaza belavkirina dîskê ji bo ceribandina hestiyariya antîbakterî tê bikar anîn. BHI agar di 37 °C de bi karanîna dîskê ku tê de antîbiyotîkên jêrîn (Oxoid) ji bo çanda aerobîk tê de hate çandin: amoxicillin û klavulanic acid 30 µg; cefotaxime 30 μg; streptomycin 10 μg; ciprofloxacin 5 μg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 μg; Azithromycin 15 μg; Chloramphenicol 30 μg; Cefoxitin 30 μg; Tetracycline 30 μg; Nitrofurantoin 300 μg; Aztreonam 30 μg; Ampicillin 10 μg; Cefpodoxime 10 μg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Tolerasyona xwê bi inkubasyona aerobîk li ser lewheyên BHI agar di 37 °C de hate saz kirin. NaCl-a zêde li lewheyên agar BHI hate zêdekirin da ku rêjeyek berhevdanê heya 10% w/v peyda bike. Rêjeya pH ji hêla çanda aerobîk ve li ser lewheyên BHI agar di 37 ° C de tê destnîşankirin, ku li wir rêza pH di navbera 4 û 9 de bi HCl-ya sterîl an NaOH-ê sterîl ve hatî verast kirin, û nirxa pH-a armanc berî rijandina plakê tê verast kirin. Ji bo analîzkirina asîda rûnê ya hucreyî, ASxL5T li ser BHI agar 3 rojan û aerobîk li 37 °C hate çandin. Li gorî protokola standard MIDI (Serlock Microbial Identification System, guhertoya 6.10) ya FERA Science Ltd, (York, UK), asîdên rûn ên hucreyê hatin derxistin, amade kirin û analîz kirin.
Ji bo TEM, ASxL5T bi aerobîk hate çandin bi belavkirina yekreng li ser BA li 37°C ji bo 24 demjimêran, û dûv re di 1 ml 3% (v/v) glutaraldehyde di tampon kakodîlat a 0,1 M de li germahiya odeyê 1 demjimêran safî kirin, dûv re santrîfuj kirin. li 10,000 g ji bo 3 deqîqeyan. Dûv re bi nermî pellet di 600 μl 0,1 M tampon kakodîlat de ji nû ve zuwa bikin. Rawestandina ASxL5T ya sabît veguhezînin fîlima Formvar/karbonê ya li ser tora sifir a 200 mesh. Bakterî 1 hûrdem bi 0,5% (w/v) uranyl acetate hatin xêzkirin û ji hêla TEM-ê ve bi karanîna mîkroskopa TEI Tecnai G2 12 Biotwin ve hate lêkolîn kirin. Wekî ku li jor hatî behs kirin, heman hejmara nêçîr û nêçîrê di şûşeya NZCYM de (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) bi hev re bikin û 48 saetan di bin şert û mercên mîkroaerobî yên Campylobacter an Campylobacter de di 37°C de bihêlin, Têkiliya nêçîrê û nêçîrê. TEM'ê jî lêkolîn kir. Şertên aerobic ji bo Escherichia coli. Serbixwe nêçîr û bakteriyên nêçîrvan bikolin da ku her guheztinek di morfolojiya hucreyê de ji ber nêçîrê diyar bikin. Rêbaza reş a Sûdanê ji bo mîkroskopiya optîkî ya berhevkirina PHB hate bikar anîn.
Di şevekê de çandên ASxL5T mezin bikin û mezinbûnê li ser lewheyên BHI an BA bi swabek sterîl bixin. Hucreyên ASxL5T berhev bikin û wan li MRD (CM0733, Oxoid) bidin sekinandin, û dûv re wan 7 rojan li 4°C bi cîh bikin da ku hucreyan birçî bihêlin. Referansa NCTC an çanda bakterî ya stokê ya laboratîfê di nav şûşeya BHI an şûşeya xurek a hejmar 2 (CM007, Oxoid) de hate vejandin, di şevekê de hate înkubakirin, di 13,000g de hate santrîfujkirin û heya ku OD600 bû 0.4 ji nû ve li MRD hate sekinandin. Çand: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella,TCu6toocy 10817, Listeria bakteriyên taybet NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus hamburgerê binê avê NCTC 1621T, NCTC 1621T, Salmonellade bacteriya4 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Mêvandarê Campylobacter bi mîkroaerobî li ser lewheyên BA-ê li 37°C-ya brossusYM-ê û ZC-yê broşkirî bi mîkroaerobî hate înkubakirin. Mêvanên Campylobacter ên ceribandin ev in: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11148, C. lari NCTC 11148, C. jejuni PT14, C... Di MRD-ê de şaneyan berhev bikin, 13,000g santrîfuj bikin û di MRD-ê de ji nû ve bidin sekinandin heya ku OD600 bibe 0,4. Li 5 ml agara jorîn a NZCYM ya helkirî (0,6% agar) 0,5 ml suspension zêde bikin û birijînin ser 1,2% NZCYM agarê jêrîn. Piştî saxkirin û zuwakirinê, ASxL5T-ya rêzikirî wekî 20 µl dilopên li ser her panelê çîmenê sê caran hate belav kirin. Germahiya çandê û atmosferê bi hewcedariyên bakteriya ceribandinê ve girêdayî ye.
GenElute™ Kiteya DNA ya Genomîk a Bakterî (Sigma Aldridge) bikar bînin da ku DNA ji îzole bakteriyan amade bikin. Rêbazên standard ji bo zêdekirina PCR-ya genê 16S rRNA û destnîşankirina rêza hilberan bi karanîna kîmya bidawîkirina rengê (Eurofins Value Read Service, Almanya) hatin bikar anîn. Bernameya BLAST-N bikar bînin da ku van rêzan bi rêzikên genê yên 16S rRNA yên din re bidin ber hev da ku celebên ji nêz ve têkildar nas bikin û berhev bikin. Vana bi karanîna ClustalW di bernameya MEGA X de têne rêz kirin. Dara fîlogenetîkî bi karanîna MEGA X-ê bi karanîna rêbaza îhtîmala herî zêde ya li ser bingeha modela Tamura-Nei, bi 1000 nusxeyên rêberî ve hatî nûve kirin54. PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) bikar bînin da ku DNA ji bo rêzgirtina tev-jenomê derxînin. Rêzeya genomê ya ASxL5T bi karanîna kombînasyona Illumina MiSeq hate destnîşankirin, ku ji 250 bp xwendina du-dawî pêk tê ku ji pirtûkxaneyek ku bi karanîna kîta nîşankirina Nextera hatî amadekirin û xwendina dirêj a 2 heta 20 kb ji platforma PacBio pêk tê. Saziya Lêkolînê ya Rêzkirina DNA ya Genomics li Zanîngeha Sembia. Genom bi karanîna CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danîmarka) hate berhev kirin. Çandên ASxL5T li Koleksiyona Çandî ya Tîpa Neteweyî (UK) û Koleksiyona Çandî ya Bakterî ya Hollanda (NCCB) têne razandin. Genomên organîzmayên têkildar ên ku ji bo berhevdanê têne bikar anîn ev in: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (hejmara gihîştina HF680312, temam); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (hejmara gihîştinê BMYY01000001, netemam); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (hejmara gihîştinê NZ_AUGV00000000, ne temam); Civaka Marinamonas DSM 5604T (ASM436330v1 lê zêde kir, netemam), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 lê zêde kir, netemam) û Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 zêde bike, ne temam). JGI Genome Portal36 li https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= bikar bînin da ku pîvana hevrêziyê (AF) û nasnameya asîdeya nukleîk a navîn (ANI) diyar bikin. Bi cot. Rêbaza Rodriguez-R & Konstantinidis55 ji bo destnîşankirina nasnameya amino asîdê (AAI) hate bikar anîn. GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 bikar bînin da ku dara fîlogenetîkî ya herî zêde ya îhtîmala texmînkirî çêbikin. Genoma têketina ku genoma referansê ya berdest temsîl dike, ji nifşên referansê yên ku wekî ASxL5T-ê ji felojeniya 16S rRNA ve girêdayî ye tê hilbijartin. Bi karanîna amûra serhêl a dara jiyanê ya înteraktîf (https://itol.embl.de/) dara şîrove kir. Annotasyon û analîzkirina fonksiyonel a genoma ASxL5T bi karanîna amûra serhêl BlastKOALA KEGG bi karanîna dabeşkirina dewlemendkirina modulê ya KEGG (Ansîklopediya Gen û Genomes ya Kyoto) tête kirin. Dabeşkirina kategoriyên COG (komên ortolog) bi karanîna amûra serhêl eggNOG-mapper tê destnîşankirin.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ û Muñoz-Dorado, J. Nêçîra bakterî: 75 sal û ew berdewam dike! . dor. mîkroorganîzma. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. hwd. Pirrengî û potansiyela antîbakteriyal a bakteriyên nêçîrvan ên li peravên Perûyê. dermanên Adarê. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Bi genên wan, hûn ê wan fêm bikin: taybetmendiyên genomîk ên bakteriyên nêçîrvan. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Şêweya jiyana nêçîrvanî ya bakteriofagê Bdellovibrio. lêkirin. Mîkrobên Pastor. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antîbiyotîkên ji bakteriyên nêçîrê. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio û zîndewerên mîna wan di nifûsên mêvandar ên cihêreng de pêşbînkerên cihêrengiya mîkrobiomê ne. mîkroorganîzma. Herêmparêzî. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. û Ballesté-Delpierre, C. Rewşa heyî ya ajanên antîbakteriyal ên nû kifş bikin. nexweşxaneyî. mîkroorganîzma. Derbaskirin. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Nêçîra dualî ya fagê û fagê dikare nêçîra E. coli bêyî yek nêçîrê ji holê rake. J. Bakterî. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Hejmar û cihêrengiya Campylobacter û bakteriofajên ku di dema çerxa xwarinê ya mirîşkên gemar û organîk de hatine veqetandin. hawirdora sepanê. mîkroorganîzma. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA hwd. Taksonomiya genomîk û epîdemîolojiya berazan Campylobacter nûve bikin. zanist. Nûnerê 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Ji bo jenomîka pergalên xebata-karker-heval. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Rêbazek hevrêzkirina rêzikên pirjimar ku tevliheviya dem û cîhê kêm dike. Agahdariya biyolojîkî ya BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Amûrek ji bo lihevkirin û qutkirina otomatîkî di analîza fîlogenetîkî ya mezin de. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gene û rêza metagenomîk ya wergera malperê pêşbîniya destpêkê. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Amûrên dabeşkirina NCBI-ê yên cross-platform û bikêrhatî. Bio Rxiv. (Di 1-ê Hezîrana 2021-an de gihîştî); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Biha, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-dara herî zêde ya îhtîmalê ya bi hevrêziya mezin. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Di 1-ê Hezîrana 2021-an de gihîştî); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Lêkolîna asîda nukleîk. 28, 27-30 (2000).
Komara Çek, L. hwd. Rola extremolytes ectoine û hydroxyectoine wekî parêzvan û xurekên stresê: genetîk, genomîka pergalê, biyokîmya û analîza avahî. Gen (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Daxuyaniya proteîna cihêreng di dema mezinbûna bakteriya mecbûrî ya hîdrokarbon-hilweşîna deryayî Thalassolituus oleivorans MIL-1 di dema mezinbûna alkanên zincîra navîn û dirêj de. pêşde. mîkroorganîzma. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. Rêbazek genomîk a berawirdî ya nû ji bo danasîna nîşanên fenotîp-taybetî mîrasiya taybetî di nîşana bakteriyên nêçîrvan de eşkere dike. Pirtûkxaneya Zanistî ya Giştî Yek. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, hwd Genê Thalassolituus oleivorans. Mijdar, sp. nov., celebek nû ya bakteriyên deryayî ku di karanîna hîdrokarbonan de pispor e. navneteweyîbûnê. J. System. pêşveçûnî. mîkroorganîzma. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Mijdar, sp. Di Mijdarê de, ew ji ava deryayê ya ku li Pasîfîkê ya Başûr digere veqetiya. navneteweyîbûnê. J. System. pêşveçûnî. mîkroorganîzma. 66, 5010–5015 (2016).