Грам-терс, аэробдук, тузга чыдамдуу, активдүү, таякча сымал жана жырткыч бактериялардын ASxL5T жаңы түрү Англиянын Ноттингемшир шаарындагы уйдун тезеги көлмөсүнөн бөлүнүп алынып, анын жеми катары Campylobacter колдонулган. Андан кийин, Campylobacter башка түрлөрү жана Enterobacteriaceae үй-бүлө мүчөлөрү олжо катары табылган. Кожоюн клеткалары жок субкультурадан кийин Brain Heart Infusion Агарында начар асептикалык өсүшкө жетишилди. Өсүү үчүн оптималдуу шарттар 37 °C жана рН 7. Трансмиссиялык электрондук микроскопия жырткычтын болушуна байланыштуу кээ бир адаттан тыш морфологиялык өзгөчөлүктөрдү аныктады. 16S рРНК ген ырааттуулугун колдонуу менен филогенетикалык талдоо изолят Marine Spirulina үй-бүлөсүнүн мүчөсү менен байланыштуу экенин көрсөттү, бирок белгилүү бир тукумдун мүчөсү катары так классификацияланышы мүмкүн эмес. ASxL5T бүт геномунун секвенирлөө деңиз спирохеталарынын мүчөлөрү менен болгон мамилени тастыктады. Маалыматтар базасын издөө көрсөткөндөй, бир нече ASxL5T 16S рРНК ген тизмегин океандан, жер бетинен жана жер астындагы суулардан келген бир нече маданиятсыз бактериялар менен бөлүшөт. Биз ASxL5T штаммы жаңы түрдөгү жаңы түрдү билдирет деп сунуштайбыз. Venatorbacter cucullus ген аталышын сунуштайбыз. Ноябрь, sp. Ноябрда ASxL5T түрү штамм катары колдонулган.
Жырткыч бактериялар - биосинтетикалык материалдарды жана энергияны алуу үчүн башка тирүү бактерияларды өлтүрүү жана өлтүрүү жөндөмдүүлүгүн көрсөткөн бактериялар. Бул өлүк микроорганизмдерден азык заттардын жалпы калыбына келтирилишинен айырмаланат, ошондой эле мителик өз ара аракеттенүүдөн да айырмаланат, мында бактериялар алардын ээси менен аларды өлтүрбөстөн тыгыз байланыш түзүшөт. Жырткыч бактериялар жашаган жерлеринде (мисалы, деңиз чөйрөлөрүндө) мол тамак-аш булактарынан пайдалануу үчүн ар кандай жашоо циклдерин өрчүтүшкөн. Алар таксономиялык жактан ар түрдүү топ болуп саналат, алар стерилизациянын уникалдуу жашоо цикли менен гана байланышкан1. Жырткыч бактериялардын мисалдары бир нече түрдүү филалардан табылган, анын ичинде: Proteobacteria, Bacteroides жана Chlorella.3. Бирок эң жакшы изилденген жырткыч бактериялар Bdellovibrio жана Bdellovibrio жана окшош организмдер (BALOs4). Жырткыч бактериялар жаңы биологиялык активдүү кошулмалардын жана антибактериалдык каражаттардын келечектүү булагы болуп саналат5.
Жырткыч бактериялар микробдордун ар түрдүүлүгүн жогорулатат жана экосистеманын ден соолугуна, өндүрүмдүүлүгүнө жана туруктуулугуна оң таасирин тийгизет деп эсептелет6. Бул позитивдүү атрибуттарга карабастан, бактерияларды өстүрүүнүн кыйындыгынан жана алардын татаал жашоо циклдерин түшүнүү үчүн клеткалардын өз ара аракеттенүүсүн кылдаттык менен байкоо зарылдыгынан улам жаңы жырткыч бактериялар боюнча изилдөөлөр аз. Бул маалыматты компьютердик анализден алуу оңой эмес.
Микробго каршы туруктуулукту жогорулатуу доорунда бактериофагдарды жана жырткыч бактерияларды7,8 колдонуу сыяктуу бактериялык козгогучтарга каршы жаңы стратегиялар изилденип жатат. ASxL5T бактериялары 2019-жылы Ноттингемширдеги Ноттингем университетинин сүт борборунан чогултулган уйдун кыгындан фаг изоляциялоо технологиясын колдонуу менен бөлүнүп алынган. Иликтөөнүн максаты - биологиялык контролдоо агенттери катары потенциалы бар организмдерди бөлүп алуу. Campylobacter hyointestinalis – зооноздук патоген, ал барган сайын адамдын ичеги-карын оорулары менен байланышкан10. Ал сыворотка бардык жерде жана максаттуу хост катары колдонулат.
ASxL5T бактериясы уйдун желеинен бөлүнүп алынган, анткени анын C. hyointestinalis газонунда пайда болгон бляшкалар бактериофагдар чыгарган бляшкаларга окшош экени байкалган. Бул күтүлбөгөн табылга, анткени фагды изоляциялоо процессинин бир бөлүгү бактериялык клеткаларды жок кылууга арналган 0,2 мкм чыпка аркылуу чыпкалоону камтыйт. Бляшкадан алынган материалды микроскопиялык изилдөөдө кичинекей грамм-терс ийри таякча түрүндөгү бактерияларда полигидроксибутират (PHB) топтолбогондугу аныкталган. Жырткыч клеткалардан көз карандысыз асептикалык маданият бай катуу чөйрөдө (мисалы, мээнин жүрөк инфузиялык агары (BHI) жана кан агары (БА)) ишке ашырылат жана анын өсүшү начар. Бул оор сепкич жакшыртуу менен субкультурадан кийин алынат. Ал микроаэробдук (7% к/к кычкылтек) жана атмосфералык кычкылтек шартында бирдей жакшы өсөт, бирок анаэробдук атмосферада эмес. 72 сааттан кийин колониянын диаметри өтө кичинекей болуп, 2 ммге жетип, ал беж, тунук, тегерек, томпок жана жалтырак болгон. Стандарттык биохимиялык тестирлөө тоскоолдук кылат, анткени ASxL5T суюк чөйрөдө ишенимдүү өстүрүлбөйт, бул биофильмдин пайда болушунун татаал жашоо циклине таянышы мүмкүн экенин көрсөтүп турат. Бирок, плитанын суспензиясы ASxL5T аэробдук, оксидаза жана каталаза үчүн оң жана 5% NaCl чыдай аларын көрсөттү. ASxL5T 10 мкг стрептомицинге туруктуу, бирок сыналган бардык башка антибиотиктерге сезгич. ASxL5T бактериялык клеткалар TEM тарабынан текшерилген (сүрөт 1). BA боюнча жырткыч клеткасыз өстүрүлгөндө, ASxL5T клеткалары кичинекей Campylobacter болуп саналат, орточо узундугу 1,63 мкм (± 0,4), туурасы 0,37 мкм (± 0,08) жана бир узун (5 мкмге чейин) уюл. Жыныстык флагелла. Клеткалардын болжол менен 1,6% туурасы 0,2 мкмден аз болуп көрүнөт, бул чыпкалоочу аппарат аркылуу өтүүгө мүмкүндүк берет. Кээ бир уячалардын үстүнкү бөлүгүндө фрезингге окшош (латынча cucullus) адаттан тыш структуралык узартуу байкалган (1D, E, G жебелерин караңыз). Бул ашыкча сырткы кабыкчадан турат окшойт, ал периплазмалык конверттин көлөмүнүн тез кыскарышынан улам болушу мүмкүн, ал эми сырткы мембрана бүтүн бойдон калып, "бос" көрүнүштү көрсөтөт. ASxL5Tди азыктандыруучу заттардын жоктугунда (PBS-жылы) 4°C узак убакыт бою өстүрүү көпчүлүк (бирок баары эмес) клеткалардын кокалдык морфологиясын көрсөтүүсүнө алып келди (Figure 1C). ASxL5T Campylobacter jejuni менен 48 саат жем катары өскөндө, клетканын орточо өлчөмү хосту жок өскөн клеткаларга караганда кыйла узун жана тар болот (таблица 1 жана 1E сүрөт). Ал эми, ASxL5T E. coli менен 48 саат бою олжо катары өскөндө, клетканын орточо өлчөмү алсыз өскөндөгүгө караганда узунураак жана кененирээк болот (1-таблица), ал эми клетканын узундугу өзгөрмөлүү, адатта жип сымал (1F-сүрөт). 48 саат жем катары Campylobacter jejuni же E. coli менен инкубацияланганда, ASxL5T клеткалары эч кандай флагелла көрсөткөн эмес. 1-таблицада ASxL5T бар, жок жана олжо түрүнө жараша клетка өлчөмүндөгү өзгөрүүлөргө байкоолор жалпыланган.
ASx5LTтин TEM дисплейи: (A) ASx5LT узун камчыны көрсөтөт; (B) типтүү ASx5LT батареясы; (C) азыксыз узак инкубациядан кийин кокки ASx5LT клеткалары; (D) ASx5LT клеткаларынын тобу аномалияны көрсөттү (E) Campylobacter олжосу менен инкубацияланган ASx5LT клетка тобу жырткычтын өсүшү жок адамдарга салыштырмалуу клетканын узундугун көрсөттү (D) ошондой эле апикалдык түзүлүштү көрсөттү; (F) Ири Filamentous желек, ASx5LT клеткалары, E. coli олжосу менен инкубациялангандан кийин; (G) E. coli менен инкубациялангандан кийин бир ASx5LT клеткасы, адаттан тыш жогорку түзүлүштү көрсөтүү. тилке 1 мкм билдирет.
16S рРНК генинин ырааттуулугун аныктоо (кошуу номери MT636545.1) маалымат базасын издөөгө Gammaproteobacteria классындагы ырааттуулуктарды түзүүгө мүмкүндүк берет жана деңиз spirillum үй-бүлөсүндө деңиз бактерияларына эң жакын (2-сүрөт) жана Thalassolituus тукумунун мүчөлөрү болуп саналат. Marine Bacillus менен эң жакын тууганы. 16S рРНК ген тизмеги Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) үй-бүлөсүнө таандык жырткыч бактериялардан ачык айырмаланат. B. bacteriovorus HD100T (тип штамм, DSM 50701) жана B. bacteriovorus DM11A 48,4% жана 47,7%, ал эми B. exovorus JSS үчүн 46,7% болгон. ASxL5T бактерияларында 16S рРНК генинин 3 көчүрмөсү бар, алардын экөө бири-бирине окшош, үчүнчүсү 3 базалык аралыкта жайгашкан. Бир эле жердеги окшош морфологиялык жана фенотиптик мүнөздөмөлөргө ээ болгон эки башка жырткыч бактерия изоляты (ASx5S жана ASx5O; 16S rRNA генинин кошулуу номерлери, тиешелүүлүгүнө жараша, MT636546.1 жана MT636547.1) бирдей эмес, бирок алар ASxL5T жана культураланбаган Bacterial дан айырмаланат. маалымат базасы ырааттуулугу башка менен бирге кластерленген тукуму Oceanospirillaceae (2-сүрөт). ASxL5T геномунун бүт ырааттуулугу аныкталган жана NCBI маалымат базасында сакталган жана кошулуу номери CP046056. ASxL5T геному 56,1% G + C катышы менен 2 831 152 bp тегерек хромосомадан турат. Геномдун ырааттуулугу 2653 CDS (бардыгы) камтыйт, анын ичинен 2567 протеиндерди коддоо үчүн болжолдонууда, анын ичинен 1596сы болжолдуу функциялар катары дайындалышы мүмкүн (60,2%). Геном 67 РНК коддоочу гендерди, анын ичинде 9 рРНКны (5S, 16S жана 23S үчүн 3төн) жана 57 тРНКны камтыйт. ASxL5T геномдук мүнөздөмөлөрү 16S rRNA ген ырааттуулугунан аныкталган жакынкы салыштырмалуу типтеги штаммдардын жеткиликтүү геномдору менен салыштырылган (2-таблица). Бардык жеткиликтүү Thalassolituus геномдорун ASxL5T менен салыштыруу үчүн аминокислота иденттүүлүгүн (AAI) колдонуңуз. AAI тарабынан аныкталган эң жакын жеткиликтүү (толук эмес) геном ырааттуулугу Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 кошуу). Бул штамм Мариана траншеясынын терең деңиз чөкмөлөрүнөн бөлүнүп алынган, бирок азыркы учурда салыштыруу үчүн бул штамм жөнүндө фенотиптик маалымат жок. ASxL5T 2,82 Мб менен салыштырганда, организмдин геному 4,36 Мб чоңураак. Деңиз спирохеталарынын орточо геномунун өлчөмү болжол менен 4,16 Мб (± 1,1; n = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly дарегинен изилденген 92 толук шилтеме геному), ошондуктан ASxL5T геному тартиби башка мүчөлөрүнө салыштырмалуу, ал абдан аз. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16 үчүн мүнөздүү 172 бир копиялуу гендердин тегизделген жана байланышкан аминокислота ырааттуулугун колдонуп, геномдун негизинде болжолдонгон максималдуу ыктымалдык филогенетикалык даракты (3A-сүрөт) түзүү үчүн GToTree 1.5.54 колдонуңуз, 17 ,18. Талдоо анын Thalassolituus, Bacerial Plane жана Marine Bacterium менен тыгыз байланышта экенин көрсөттү. Бирок, бул маалыматтар ASxL5T Marine Spirulina анын туугандары менен айырмаланат жана анын геном ырааттуулугу маалыматтар жеткиликтүү экенин көрсөтүп турат.
16S rRNA генинин ырааттуулугун колдонгон филогенетикалык дарак Marine Spirulinaceae-де өстүрүлбөгөн жана деңиз бактерияларынын штаммдарына салыштырмалуу ASxL5T, ASxO5 жана ASxS5 штаммдарынын (ичеги менен) абалын баса белгилейт. Генбанктын кошулуу номери кашаанын ичиндеги штаммдын аталышынан кийин келет. Тартипти тегиздөө үчүн ClustalW колдонуңуз жана филогенетикалык мамилелерди чыгаруу үчүн максималдуу ыктымалдуулук ыкмасын жана Тамура-Ней моделин колдонуңуз жана MEGA X программасында 1000 жетектелген репликацияны аткарыңыз. Бутактагы сан жетектелген көчүрмөнүн мааниси 50%дан жогору экенин көрсөтүп турат. Сырткы топ катары Escherichia coli U/541T колдонулган.
(A) Деңиз Spirospiraceae бактериясы ASxL5T менен анын жакын туугандарынын, E. coli U 5/41T сырткы группасынын ортосундагы байланышты көрсөткөн геномдун негизинде филогенетикалык дарак. (B) T. oleivorans MIL-1T менен салыштырганда, гендердин функционалдык категорияларынын бөлүштүрүлүшү ASx5LT протеининин ортоологиялык тобунун (COG) кластеринин негизинде болжолдонот. Сол жактагы сүрөт ар бир геномдогу ар бир функционалдык COG категориясындагы гендердин санын көрсөтөт. Оң жактагы график ар бир функционалдык COG тобунда камтылган геномдордун пайызын көрсөтөт. (C) T. oleiverans MIL-1T менен салыштырганда, ASxL5Tдин толук KEGG (Киото энциклопедиясы гендер жана геномдор) модулдук жолунун анализи.
ASxL5T геномунда бар компонент гендерди изилдөө үчүн KEGG маалымат базасын колдонуу аэробдук гамма Proteus типтүү метаболизм жолун ачып берди. ASxL5T бактериялык кыймылдаткыч белокторго дайындалган жалпы 75 генди камтыйт, анын ичинде химотаксис, флагелла жыйындысы жана IV фимбрия системасына катышкан гендер. Акыркы категорияда 10 гендин 9у башка организмдердин бир катар кыймылына жооптуу. ASxL5T геному галофилдер үчүн күтүлгөндөй, осмостук стресске20 коргоочу реакцияга катышкан толук тетрагидропиримидин биосинтетикалык жолун камтыйт. Геном ошондой эле рибофлавин синтезинин жолдорун кошкондо, кофакторлор жана витаминдер үчүн көптөгөн толук жолдорду камтыйт. ASxL5Tде алкан 1-моноксигеназа (alkB2) гени бар болсо да, углеводородду пайдалануу жолу толук эмес. ASxL5T геномунун ырааттуулугунда T. oleiverans MIL-1T21деги углеводороддордун бузулушуна негизинен жооптуу деп аныкталган гендердин гомологдору, мисалы, TOL_2658 (alkB) жана TOL_2772 (алкогол дегидрогеназа) ачыктан-ачык жок. Сүрөт 3B ASxL5T жана зайтун майы MIL-1T ортосундагы COG категориясында ген бөлүштүрүүнүн салыштыруусун көрсөтөт. Жалпысынан, кичинекей ASxL5T геному чоңураак геномго салыштырмалуу ар бир COG категориясынан пропорционалдуу азыраак гендерди камтыйт. Ар бир функционалдык категориядагы гендердин саны геномдун пайызында көрсөтүлгөндө, айырмачылыктар котормо, рибосомалык түзүлүш жана биогенез категорияларындагы гендердин пайызында жана чоңураак ASxL5T түзгөн энергияны өндүрүү жана конверсиялык функция категорияларында белгиленет. геном Процент T. oleiverans MIL-1T геномунда бар ошол эле топ менен салыштырылат. Ал эми, ASxL5T геному менен салыштырганда, T. oleivorans MIL-1T репликация, рекомбинация жана оңдоо жана транскрипция категорияларында гендердин көбүрөөк пайызына ээ. Кызыктуусу, эки геномдун ар бир функционалдык категориясынын мазмунундагы эң чоң айырма ASxL5Tде белгисиз гендердин саны болуп саналат (Figure 3B). KEGG модулдарын байытуу боюнча талдоо жүргүзүлдү, мында ар бир KEGG модулу геномдун ырааттуулугунун маалыматтарын аннотациялоо жана биологиялык интерпретациялоо үчүн кол менен аныкталган функционалдык бирдиктердин жыйындысын билдирет. ASxL5T жана зайтун MIL-1T толук KOG модулунун жолунда гендердин бөлүштүрүлүшүн салыштыруу 3C-сүрөттө көрсөтүлгөн. Бул талдоо көрсөткөндөй, ASxL5T толук күкүрт жана азот алмашуу жолуна ээ болсо да, T. oleiverans MIL-1T жок. Ал эми, T. oleiverans MIL-1T толук цистеин жана метионин алмашуу жолу бар, бирок ал ASxL5T толук эмес. Ошондуктан, ASxL5T сульфаттарды ассимиляциялоо үчүн мүнөздүү модулга ээ (мисалы, метаболизм жөндөмдүүлүгү же патогендүүлүк сыяктуу фенотиптик маркерлер катары колдонула турган гендердин жыйындысы катары аныкталган; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Т. oleiverans MIL-1T. ASxL5T генинин мазмунун жырткыч жашоо образын сунуш кылган гендердин тизмеси менен салыштыруу жыйынтыксыз. ASxL5T геномунда O антиген полисахариди менен байланышкан лигазды коддоочу waaL гени бар болсо да (бирок ал көптөгөн грамм-терс бактерияларда кездешет), триптофан 2,3-диоксигеназа (TDO) гендери 60 амино камтышы мүмкүн. кислота аймактары, адатта, жок жырткыч бактерияларда кездешет. ASxL5T геномунда башка жырткыч мүнөздүү гендер, анын ичинде mevalonate жолунда изопреноиддик биосинтезге катышкан коддоочу ферменттер жок. Каралган жырткычтар тобунда транскрипциялоочу жөнгө салуучу ген gntR жок экенине көңүл буруңуз, бирок ASxL5Tде үч gntR окшош генди аныктоого болот.
ASxL5T фенотиптик мүнөздөмөлөрү 3-таблицада жалпыланган жана адабиятта билдирилген тектеш 23, 24, 25, 26 жана 27 тукумдарынын фенотиптик мүнөздөмөлөрү менен салыштырылган. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis жана Oceanobacter kriegii изоляттары активдүү, тузга чыдамдуу, оксидаза-оң таякча сымал денелер, бирок ASxL5T менен башка фенотиптик мүнөздөмөлөр дээрлик жок. Океандын орточо рН 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), бул T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis жана О. kriegii. ASxL5T деңиздик эмес түрлөргө мүнөздүү чоңураак рН диапазону (4-9) үчүн ылайыктуу. Thalassolituus sp. фенотиптик мүнөздөмөлөрү. C2-1. Белгисиз. ASxL5T өсүү температурасынын диапазону негизинен деңиз штаммдарынан кененирээк (4–42 °C), бирок кээ бир T. marinus изоляттары ысыкка чыдамдуу эмес. сорпосу медиада ASxL5T өстүрө албоо, андан ары фенотиптик мүнөздөмө жол бербейт. BA пластинасынан, ONPG, аргинин дигидролаза, лизин декарбоксилаза, орнитин декарбоксилаза, цитраттарды пайдалануу, уреаза, триптофан деаминаза, желатин гидролиз ферментинен кыркылган материалдарды сыноо үчүн API 20E колдонуңуз, тесттин натыйжалары терс болду, бирок индол жана H2S жок. өндүрүлгөн. Ачытылбаган углеводдорго: глюкоза, манноза, инозитол, сорбитол, рамноза, сахароза, мелибиоза, амигдалин жана арабиноза кирет. Жарыяланган тиешелүү шилтеме штаммдары менен салыштырганда, ASxL5T штаммынын клеткалык май кислотасынын профили 4-таблицада көрсөтүлгөн. Негизги клеткалык май кислоталары C16:1ω6c жана/же C16:1ω7c, C16:0 жана C18:1ω9. С12:0 3-ОН жана С10:0 3-ОН гидрокси май кислоталары да бар. ASxL5Tдеги C16:0 катышы тиешелүү тукумдардын билдирилген маанисинен жогору. Ал эми, билдирилген T. marinus IMCC1826TT менен салыштырганда, ASxL5Tдеги C18:1ω7c жана/же C18:1ω6c катышы кыскарган. oleivorans MIL-1T жана O. kriegii DSM 6294T, бирок B. sanyensis KCTC 32220T табылган эмес. ASxL5T жана ASxLS май кислоталарынын профилдерин салыштыруу бир эле түрдүн геномдук ДНК ырааттуулугуна шайкеш келген эки штаммдын ортосундагы жеке май кислоталарынын санында тымызын айырмачылыктарды аныктады. Судандын кара тестин колдонуу менен поли-3-гидроксибутират (PHB) бөлүкчөлөрү табылган жок.
ASxL5T бактерияларынын жырткычтык активдүүлүгү, жырткычтын диапазонун аныктоо үчүн изилденген. Бул бактерия Campylobacter түрлөрүнө бляшкаларды түзө алат, анын ичинде: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 жана C. upsaliensis NCTC 11541T. Грам-терс жана грамм-оң бактериялардын кеңири диапазонун текшерүү үчүн методдун хост диапазонун аныктоо бөлүмүндө саналып өткөн культураларды колдонуңуз. Натыйжалар ASxL5Tди Escherichia coli NCTC 86 жана Citrobacter freundii NCTC 9750T да колдонсо болорун көрсөтүп турат. Klebsiella oxytoca 11466да пайда болгон бляшкалар. E. coli NCTC 86 менен TEM өз ара аракеттенүүсү 4A-D сүрөттө, ал эми Campylobacter jejuni PT14 жана Campylobacter suis S12 менен өз ара аракеттенүүсү 4E-H ортосунда көрсөтүлгөн. Чабуул механизми сыналган олжолордун түрлөрүнөн айырмаланып турат, ар бир ASxL5T клеткасына бир же бир нече E. coli клеткалары кошулуп, адсорбциядан мурун кеңейтилген клетканын боюнда капталда жайгашкан. Ал эми ASxL5T Campylobacter менен байланыштын бир чекити аркылуу, адатта, жырткыч клетканын чокусу менен байланышта жана Campylobacter клеткасынын чокусуна жакын жайгашкан көрүнөт (4H сүрөт).
ASx5LT менен олжонун ортосундагы өз ара аракеттенүүнү көрсөткөн TEM: (AD) жана E. coli олжосу; (EH) жана C. jejuni олжосу. (A) бир E. coli (EC) клетка менен байланышкан типтүү ASx5LT клетка; (B) бир EC клеткага тиркелген жип сымал ASx5LT; (C) бир нече EC клеткалары менен байланышкан жип сымал ASx5LT клетка; (D) Тиркеме кичинекей ASx5LT клеткалары бир E. coli (EC) клеткасына; (E) Campylobacter jejuni (CJ) клеткасына туташтырылган бир ASx5LT клеткасы; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) клеткаларына кол салат; (G) эки Бир ASx5LT клеткасы CJ клеткасына чабуул жасады; (H) CJ клеткасынын чокусуна жакын ASx5LT тиркеме чекитинин жакынкы көрүнүшү (бар 0,2 мкм). тилке 1 мкм (A–G) билдирет.
Жырткыч бактериялар жырткычтын мол булактарынан пайдалануу үчүн эволюциялашкан. Албетте, алар ар кандай чөйрөдө кеңири таралган. Популяция мүчөлөрүнүн көлөмү тар болгондуктан, фагдык бөлүү ыкмасын колдонуу менен ASxL5T бактерияларын шламдан бөлүп алууга болот. ASxL5T деңиз бактерияларынын oceanospirillaceae үй-бүлө мүчөлөрүнө геномдук актуалдуулугу таң калыштуу, бирок организм тузга чыдамдуу жана 5% туз камтыган чөйрөдө өсө алат. Шламдын суунун сапатын талдоо натрий хлоридинин курамы 0,1%дан аз экенин көрсөттү. Ошондуктан, баткак деңиз чөйрөсүнөн – географиялык жактан да, химиялык жактан да алыс. Бир булактан үч тектеш, бирок ар башка изоляциянын болушу бул жырткычтардын деңиздик эмес чөйрөдө өсүп жатканын далилдейт. Мындан тышкары, микробиома анализи (маалымат файлдары https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 дарегинен жеткиликтүү) ошол эле 16S рРНК ген ырааттуулугу эң көп 50 операциялык таксондо (OTU) жайгашканын көрсөттү. ) ылайдан бир нече үлгү алуу аралыкта. Genbank маалымат базасында ASxL5T бактерияларына окшош 16S рРНК ген тизмегине ээ болгон бир нече маданиятсыз бактериялар табылган. Бул ырааттуулуктар ASxL5T, ASxS5 жана ASxO5 ырааттуулугу менен бирге Thalassolituus жана Oceanobacterден бөлүнгөн ар кандай класстарды чагылдырат (2-сүрөт). 2009-жылы Түштүк Африканын алтын кенинде 1,3 километр тереңдиктеги жарака суусунан культураланбаган бактериянын үч түрү (GQ921362, GQ921357 жана GQ921396) бөлүнүп алынган, ал эми калган экөө (DQ256320 жана DQ3370) Түштүк Африкадагы жер астындагы суулардан бөлүнүп алынган. ичинде 2005). ASxL5T менен эң тыгыз байланышкан 16S rRNA ген ырааттуулугу 2006-жылы Франциянын түндүгүндөгү пляждардан алынган кумдуу чөкмөлөрдүн байытуу маданиятынан алынган 16S rRNA ген ырааттуулугунун бир бөлүгү болуп саналат (кошуу номери AM29240828). Маданиятсыз HQ183822.1 бактериясынан дагы бир тыгыз байланышкан 16S рРНК ген ырааттуулугу Кытайдагы муниципалдык полигондон сүзүлгөн чогултуучу резервуардан алынган. Албетте, ASxL5T бактериялары таксономикалык маалымат базаларында жогорку өкүл эмес, бирок маданиятсыз бактериялардан алынган бул ырааттуулуктар дүйнө жүзү боюнча, адатта, татаал чөйрөдө таралган ASxL5Tге окшош организмдерди билдириши мүмкүн. Бүткүл геномдун филогенетикалык анализинен ASxL5Tге эң жакыны Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Жана O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus деңиздик облигатты углеводороддун фрагментациялык бактерияларынын (OHCB) мүчөсү болуп саналат, ал деңиз жана кургактык чөйрөлөрүндө кеңири таралган жана көбүнчө углеводороддун булганышынан кийин басымдуулук кылат30,31. Деңиз бактериялары OHCB тобуна кирбейт, бирок деңиз чөйрөсүнөн обочолонгон.
Фенотиптик маалыматтар ASxL5T жаңы түр жана деңиз spirospiraceae үй-бүлөсүндө мурда таанылбаган тукумдун мүчөсү экенин көрсөтүп турат. Учурда жаңы обочолонгон штаммдарды жаңы түргө классификациялоонун так стандарты жок. Универсалдуу тукумдун чектерин аныктоо аракети жасалды, мисалы, консервативдик протеиндин (POCP) геномунун пайызынын негизинде, чектүү маанинин эталондук штаммга 50% окшош болушу сунушталат33. Башкалары AAI баалуулуктарын колдонууну сунушташат, алардын POCPге караганда артыкчылыктары бар, анткени аларды толук эмес геномдордон алууга болот34. Автордун ою боюнча, эгерде AAI мааниси моделдик түрдүн моделдик штаммына салыштырмалуу 74% дан аз болсо, штамм башка тукумдун өкүлү болуп саналат. Деңиз spirillaceae моделдик тукуму - деңиз спирилуму, ал эми штамм O. linum ATCC 11336T. ASxL5T жана O. linum ATCC 11336T ортосундагы AAI мааниси 54,34%, ал эми ASxL5T жана T. oleivorans MIL-1T (тукум түрү штаммдары) ортосундагы AAI мааниси 67,61%, ASxL5T Thalasдан айырмаланган жаңы тукумду көрсөтөт. Классификация стандарты катары 16S rRNA ген ырааттуулугун колдонуу менен, сунушталган тукумдун чек арасы 94,5%35. ASxL5T Thalassolituus тукумуна жайгаштырылышы мүмкүн, T. oleivorans MIL-1T жана 96,17% менен 95,03% 16S рРНК ырааттуулугун көрсөтөт. marinus IMCC1826T. Бирок, ал ошондой эле B. sanyensis NV9 менен 94,64% 16S rRNA ген окшоштугуна ээ Bacteroides тукумуна жайгаштырылат, бул 16S rRNA гени сыяктуу бир генди колдонуу ээнбаш классификацияга жана дайындоого алып келиши мүмкүн экенин көрсөтүп турат. Сунушталган дагы бир ыкма ANI жана Геномду тегиздөө упайын (AF) бардык типтеги жана учурдагы тукумдун типтүү эмес штаммдарынан маалымат чекиттеринин кластерлерин изилдөө үчүн колдонот. Автор талдап жаткан таксондорго мүнөздүү болжолдуу тукумдун бүгүү чекити менен тукумдун чегин айкалыштырууну сунуштайт. Бирок, Thalassolituus изоляттарынын толук геномдук тизмеги жетишсиз болсо, ASxL5T Thalassolituus тукумуна таандык экендигин бул ыкма менен аныктоо мүмкүн эмес. Талдоо үчүн толук геном тизмегинин чектелген болушуна байланыштуу, бүт геномдун филогенетикалык дарагын этияттык менен чечмелөө керек. Экинчиден, бүтүндөй геномду салыштыруу ыкмалары салыштырылган геномдордун өлчөмүндөгү олуттуу айырмачылыктарды эске албайт. Алар тектеш тукумдардын ортосундагы сакталган негизги бир копиялуу гендердин окшоштугун ченешкен, бирок ASxL5T геномунун бир топ кичинесинде жок көп сандагы гендерди эске алышкан эмес. Албетте, ASxL5T жана Thalassolituus, Oceanobacter жана Bacterioplanes сыяктуу топтордун жалпы ата-бабалары бар, бирок эволюция башка жолду басып, геномдун кыскарышына алып келди, бул жырткыч жашоо образына ыңгайлашууга алып келет. Бул T. oleivorans MIL-1T айырмаланып турат, ал 28% чоңураак жана углеводороддорду23,30 колдонуу үчүн ар кандай экологиялык басым астында эволюцияланган. Rickettsia, Chlamydia жана Buchnera сыяктуу милдеттүү клетка ичиндеги мителер жана симбионттор менен кызыктуу салыштыруу жасоого болот. Алардын геномунун көлөмү болжол менен 1 Мб. Алуучу клетканын метаболиттерин колдонуу жөндөмдүүлүгү гендин жоголушуна алып келет, андыктан олуттуу эволюциялык геномдук бузулууга дуушар болгон. Деңиздеги химиялык азыктануучу организмдерден жырткыч жашоо образына чейинки эволюциялык өзгөрүүлөр геномдун көлөмүнүн ушундай эле кыскарышына алып келиши мүмкүн. COG жана KEGG анализи белгилүү функциялар үчүн колдонулган гендердин санын жана ASxL5T жана T. oleivorans MIL-1T ортосундагы геномдук жолдордогу глобалдык айырмачылыктарды баса белгилейт, бул мобилдик генетикалык элементтердин кеңири жайылышына байланыштуу эмес. ASxL5T бүт геномунун G+C катышынын айырмасы 56,1%, ал эми T. oleivorans MIL-1T 46,6%ды түзөт, бул да анын бөлүнгөндүгүн көрсөтүп турат.
ASxL5T геномунун коддоо мазмунун изилдөө фенотиптик мүнөздөмөлөргө функционалдык түшүнүктөрдү берет. IV типтеги fimbriae (Tfp) коддоочу гендердин болушу өзгөчө кызыгууну туудурат, анткени алар бетинде флагелласыз, социалдык сейилдөө же конвульсия деп аталган клетканын кыймылына көмөктөшөт. Маалыматтарга ылайык, Tfp башка функцияларды аткарат, анын ичинде жырткычтык, патогенез, биофильмдин пайда болушу, ДНКнын табигый кабыл алынышы, клеткалардын автоматтык агрегациясы жана өнүгүшү38. ASxL5T геномунда дигуанилатциклазаны коддоочу 18 ген (2 гуанозин трифосфатты гуанозин 2 фосфатка жана циклдик diGMPга айландыруу катализдөөчү фермент) жана тиешелүү дигуанилатциклазаны коддоочу 6 ген бар. Эстеразанын гени (циклдик ди-GMPдин гуанозин монофосфатына бузулушун катализдөөчү) кызыктуу, анткени цикл-ди-GMP процессте биофильмдин өнүгүшүнө жана бөлүнүшүнө, кыймылга, клетканын кошулушуна жана вируленттүүлүгүнө 39, 40 катышкан маанилүү экинчи кабарчы. Ошондой эле Bdellovibrio bacteriovorusта циклдик кош GMP эркин жашоо менен жырткыч жашоо образынын ортосундагы өтүүнү көзөмөлдөй турганын белгилей кетүү керек41.
Жырткыч бактериялар боюнча изилдөөлөрдүн көбү Bdellovibrio, Bdellovibrio сыяктуу организмдер жана Myxococcus түрлөрүнө багытталган. Жырткыч бактериялардын ушул жана башка белгилүү мисалдары ар түрдүү топту түзөт. Бул ар түрдүүлүккө карабастан, 11 белгилүү жырткыч бактериялардын фенотиптерин чагылдырган мүнөздүү белок үй-бүлөлөрүнүн жыйындысы аныкталган3,22. Бирок О антиген лигазасын (waaL) коддоочу гендер гана аныкталган, бул өзгөчө грам-терс бактерияларда кеңири таралган. Анализдин бул түрү ASxL5Tди жырткыч катары белгилөөгө жардам бербейт, анткени ал жаңы чабуул стратегиясын колдонот. Ар түрдүү жырткыч бактериялардын геномдорунун болушу топтун мүчөлөрүнүн ортосундагы функционалдык жана экологиялык айырмачылыктарды эсепке алган жакшыраак чечүүчү анализдерди иштеп чыгууга жардам берет. Бул анализге кирбеген жырткыч бактериялардын мисалдарына Cupriavidus necator42 жана Bradymonabacteria43 мүчөлөрү кирет, анткени изилдөөчүлөр ар кандай микробдук жамааттарды изилдегендиктен, көбүрөөк жырткыч таксондор түзүлөт.
TEM сүрөтү менен тартылган ASxL5T бактерияларынын эң көрүнүктүү өзгөчөлүгү анын уникалдуу жана ийкемдүү морфологиясы болуп саналат, ал олжо бактериялар менен өз ара аракеттенүүгө көмөктөшөт. Байкоочу өз ара аракеттенүүнүн түрү башка жырткыч бактериялардан айырмаланып, мурда ачылган же билдирилген эмес. Сунушталган ASxL5T жырткыч жашоо цикли 5-сүрөттө көрсөтүлгөн. Адабиятта биз бул жерде баяндагандай окшош апикалдык түзүлүштөгү мисалдар аз, бирок бул мисалдарга Terasakiispira papahanaumokuakeensis, чокусу маал-маалы менен чоңоюп турган деңиз спириллуму бактериясы 44 жана Alphaproteobsakeria, Alphaproteobsakeria кирет. , мурда тукумга кирген Oceanospirillum, экспонат кылуучу "полярдык пленка" деп аталган нерсе 45. Кокктун түрлөрү көбүнчө эски маданияттарда байкалат, айрыкча Vibrio, Campylobacter жана Helicobacter 46, 47, 48 сыяктуу ийри формадагы бактериялар үчүн, алар бузулган абалды чагылдырышы мүмкүн. ASxL5T бактерияларынын так жашоо циклин тактоо үчүн мындан аркы иштер керек. Кантип кармап жана олжолорун, анын геному медициналык же биотехнологиялык максаттарда колдонулушу мүмкүн болгон биологиялык активдүү кошулмаларды коддойбу же жокпу аныктоо.
Venatorbacter генинин сүрөттөлүшү. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. венаторлордон турат L. n. venator,'hunter' жана Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a Hunting Rod' Клеткалар аэробдук, тузга чыдамдуу, ийри сызыкча терс, каталаза жана оксидаза активдүүлүгү оң. PHB 4-9 °C температура диапазонунда топтолбойт :1ω7c, C16:0 жана C18:1ω9 C12:0 3-OH жана C10:0 3-OH гидрокси май кислоталары катары табылган, алар ДНК G + C мазмуну 56,1 мол% Бул түрдүн мүчөлөрү Campylobacteriaceae үй-бүлө мүчөлөрүнүн жырткычтык мамилесин көрсөтөт. Бул тукумдун филогенетикалык абалы үй-бүлөдө.
Venatorbacter cucullus sp. Ноябрь Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus жармалоо дегенди билдирет).
Мындан тышкары, бул тукумдун сүрөттөмө өзгөчөлүгү BA же BHI боюнча өстүрүлгөн клеткалардын узундугу 1,63 мкм жана туурасы 0,37 мкм болот. BHI агарындагы колониялар өтө кичинекей, диаметри 72 сааттан кийин 2 ммге жетет. Алар беж, тунук, тегерек, томпок жана жалтырак. Бул түрдүн мүчөлөрү ичеги таякчасын жана Klebsiella колдоно алышат. Campylobacter жана башка бир нече грамм-терс бактериялар жем катары кызмат кылат.
ASxL5T типтүү штаммы Ноттингемширде, Улуу Британияда уйдун сүтүнөн бөлүнүп алынып, Улуттук типтеги маданият коллекциясында (Улуу Британия) сакталган: кошулуу номери NCTC 14397 жана Нидерландиянын Бактерия маданиятынын коллекциясы (NCCB) кошулуу номери NCCB 100775. Толук геном ырааттуулугу ASxL5 нын толуктоосу боюнча генбанкка салынган CP046056.
ASxL5T бактериялары уйдун сүтүнөн фаг изоляция технологиясын колдонуу менен бөлүнүп алынган9,49. Шлам SM буферинде (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 М NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O жана 0,01% желатинде; Сигма Олдрих, Гиллингем, Улуу Британия) 1:9 (салм/көлөм) суюлтулган. Андан кийин инкубата 4°C температурада 24 саат бою, акырындык менен айлануу үчүн жырткычтар буферге. Суспензия 3000г 3 мүнөткө центрифугаланган. Супернатантты чогултуп, 5 мүнөткө экинчи жолу 13 000 г центрифугалашты. Андан кийин үстүнкү зат 0,45 мкм мембраналык чыпкадан (Минисарт; Сарториус, Геттинген, Германия) жана 0,2 мкм мембраналык чыпкадан (Минисарт) калган бактериялык клеткаларды жок кылуу үчүн өттү. ASxL5T бул чыпкалардан өтө алат. Кампилобактер enterosus S12 (NCBI кошулуу номери CP040464) жумшак агар газону стандарттык ыкмаларды колдонуу менен даярдалган. Чыпкаланган суспензия бул кабыл алуучу клетка пластинкаларынын ар бирине үч нускада 10 мкл тамчыларга бөлүштүрүлдү жана кургатууга уруксат берилди. Пластина микроаэробдук шарттарда (5% O2, 5% H2, 10% CO2 жана 80% N2) 37°C микроаэрофилдик резервуарда 48 саатка инкубацияланган. Алынган көрүнүүчү такта SM буферине чыгарылып, лизденген организмдерди андан ары көбөйтүү үчүн C. hyointestinalis S12 жаңы газонуна өткөрүлүп берилди. Фаг эмес, литикалык бляшканын себеби бактериялар экени аныкталгандан кийин, организмди кожоюндан көз карандысыз өстүрүүгө аракет кылып, андан ары мүнөздөмө бериңиз. Аэробдук культура 37 °C температурада 5% v/v дефибринацияланган аттын каны (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, кошумча) менен аткарылган. Улуттук клиникалык стандарттар комитетинин көрсөтмөлөрүнө ылайык, дисктин диффузиялык ыкмасы антибактериалдык сезгичтикти текшерүү үчүн колдонулат. BHI агары аэробдук культура үчүн төмөнкү антибиотиктерди (Оксоид) камтыган дискти колдонуу менен 37 °C температурада өстүрүлдү: амоксициллин жана клавулан кислотасы 30 мкг; цефотаксим 30 мкг; стрептомицин 10 мкг; ципрофлоксацин 5 мкг; Цефтазидим 30 мкг Налидикс кислотасы 30 мкг; Имипенем 10 мкг; Азитромицин 15 мкг; Левомицетин 30 мкг; Цефокситин 30 мкг; тетрациклин 30 мкг; Нитрофурантоин 300 мкг; Aztreonam 30 мкг; Ампициллин 10 мкг; Цефподоксим 10 мкг; Триметоприм-Сульфаметоксазол 25 мкг. Тузга толеранттуулук 37 °C температурада BHI агар пластинкаларында аэробдук инкубациялоо аркылуу аныкталган. Кошумча NaCl BHI агар плиталарына 10% с/а чейин концентрация диапазонун камсыз кылуу үчүн кошулду. рН диапазону 37°C BHI агар пластиналарындагы аэробдук культура аркылуу аныкталат, мында рН диапазону стерилдүү HCl же стерилдүү NaOH менен 4 менен 9га чейин жөндөлгөн жана максаттуу рН мааниси пластинканы куюунун алдында текшерилет. Клеткалык май кислотасын анализдөө үчүн ASxL5T BHI агарында 3 күн жана аэробдук 37 °Cде өстүрүлгөн. FERA Science Ltd компаниясынын (Йорк, Улуу Британия) MIDI (Sherlock Microbial Identification System, версия 6.10) стандарттык протоколуна ылайык, клетканын май кислоталары алынган, даярдалган жана талданган.
TEM үчүн, ASxL5T 24 саат бою 37°C температурада BA боюнча бирдей жайылып аэробдук түрдө өстүрүлдү, андан кийин бөлмө температурасында 0,1 М какодилатты буфердеги 1 мл 3% (көлөм/көлөм) глутаральдегидге чогултулду 1 саатка бекитиңиз, андан кийин центрифугалаңыз. 10000 г 3 мүнөткө. Андан кийин акырын 600 мкл 0,1 М какодилат буферинде гранул кайра суспензия. Фиксалдуу ASxL5T суспензиясын Formvar/көмүртек пленкасына 200 жез торчосуна өткөрүңүз. Бактериялар 0,5% (w/v) уранилацетат менен 1 мүнөткө боёлуп, TEI Tecnai G2 12 Biotwin микроскопунун жардамы менен TEM тарабынан изилденген. Жогоруда айтылгандай, NZCYM сорпосуна (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) бирдей сандагы жырткычтар менен жырткычтарды бириктирип, Campylobacter же Campylobacter микроаэробдук шарттарында 37°Cде 48 саат инкубациялаңыз. Жырткыч менен жырткычтын өз ара аракети Ошондой эле TEM тарабынан текшерилген. Escherichia coli үчүн аэробдук шарттар. Жырткычтыктын натыйжасында клетканын морфологиясында кандайдыр бир өзгөрүүлөрдү аныктоо үчүн жырткыч жана жырткыч бактерияларды өз алдынча изилдеңиз. Судан кара ыкмасы PHB топтоо оптикалык микроскопия үчүн колдонулган.
Стерилдүү тампон менен BHI же BA пластинкаларына өстүрүү менен түн ичинде ASxL5T өстүрүңүз. ASxL5T клеткаларын чогултуп, аларды MRD (CM0733, Оксоид) менен токтотуп, андан кийин клеткаларды ачка калтыруу үчүн 7 күн бою 4 ° C температурада жайгаштырыңыз. NCTC маалымдамасы же лабораториялык запастагы бактериялык культура BHI сорпосуна же № 2 аш болумдуу сорпого (CM007, Оксоид) инкубацияланган, түнү бою инкубацияланган, 13 000 г центрифугада жана OD600 0,4 болгонго чейин MRDде кайра токтотулган. Маданият: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella NCTC 64411 10817, Listeria Атайын бактериялар NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus суу астындагы гамбургер NCTC 1621T, Salmonella NCTC747, бактериялар NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter ээси BA плиталарында микроаэробдук инкубацияланган 37°C жана NBYC температурасында. Сыналган Campylobacter хосттору: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C.81. PT14, C... MRD менен клеткаларды чогултуу, 13,000гда центрифугалоо жана OD600 0,4 болгонго чейин MRDде кайра токтотуу. 5 мл эриген NZCYM үстүңкү агарына (0,6% агар) 0,5 мл суспензиядан аликвот кошуп, аны 1,2% NZCYM астыңкы пластинкасына куюңуз. Айыктыруудан жана кургатуудан кийин сериялык суюлтулган ASxL5T үч нускада ар бир газон тактасына 20 мкл тамчы түрүндө таратылды. Маданият температурасы жана атмосфера сыноо бактериялардын талаптарына көз каранды.
Бактериялык изоляттардан ДНКны даярдоо үчүн GenElute™ бактериялык геномдук ДНК комплектин (Сигма Олдридж) колдонуңуз. Стандарттык методдор 16S рРНК генин ПТР күчөтүү жана боёкту токтотуу химиясын колдонуу менен продуктулардын ырааттуулугун аныктоо үчүн колдонулган (Eurofins Value Read Service, Германия). Бул тизмектерди башка 16S рРНК ген тизмеги менен салыштыруу үчүн BLAST-N программасын колдонуңуз жана бири-бирине жакын түрлөрдү аныктоо жана чогултуу. Булар MEGA X программасында ClustalW аркылуу тегизделген. Филогенетикалык дарак MEGA X аркылуу Тамура-Ней моделинин негизинде максималдуу ыктымалдуулук ыкмасын колдонуу менен реконструкцияланган, 1000 нускасы бар54. Толук геномду секвенирлөө үчүн ДНКны бөлүп алуу үчүн PureLink™ Геномдук ДНК комплектин (Fisher Scientific, Loughborough, UK) колдонуңуз. ASxL5T геномунун ырааттуулугу Illumina MiSeq комбинациясынын жардамы менен аныкталган, ал Nextera этикеткалоо комплекти менен даярдалган китепканадан жана PacBio платформасынан 2ден 20 кбга чейин узундуктагы окуулардан турган 250 bp эки тараптуу окуудан турат. Сембия университетинин геномика ДНК секвенирлөө изилдөө мекемеси. Геном CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Орхус, Дания) аркылуу чогултулган. ASxL5T маданияттары Улуттук типтеги маданият коллекциясында (Улуу Британия) жана Нидерландиянын Бактерия маданияты коллекциясында (NCCB) сакталат. Салыштыруу үчүн колдонулган тектеш организмдердин геномдору: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (кошулуунун номери HF680312, толук); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (кошулуунун номери BMYY01000001, толук эмес); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (кошуу номери NZ_AUGV00000000, толук эмес); Marinamonas коомчулугу DSM 5604T (кошулган ASM436330v1, толук эмес), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (кошулган MTSD02000001, толук эмес) жана Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 кошуу, толук эмес). JGI Genome Portal36ны https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= дарегиндеги тегиздөө баллын (AF) жана орточо нуклеиндик кислотанын иденттүүлүгүн (ANI) аныктоо үчүн колдонуңуз. Жупта. Родригес-R & Konstantinidis55 ыкмасы аминокислота иденттүүлүгүн (AAI) аныктоо үчүн колдонулган. Болжолдуу максималдуу филогенетикалык даракты түзүү үчүн GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 колдонуңуз. Жеткиликтүү маалымдама геномун билдирген киргизүү геному 16S рРНК филогенезинен ASxL5T менен байланышы бар деп аныкталган маалымдама тукумдарынан тандалып алынат. Интерактивдүү жашоо дарагынын онлайн куралы (https://itol.embl.de/) аркылуу даракка аннотацияланган. ASxL5T геномунун функционалдык аннотациясы жана анализи BlastKOALA KEGG онлайн куралы аркылуу KEGG (Киото энциклопедиясынын гендер жана геномдор) модулун байытуу бөлүштүрүүнүн жардамы менен жүргүзүлөт. COG категорияларынын бөлүштүрүлүшү (ортологиялык топтор) eggNOG-mapper онлайн куралы аркылуу аныкталат.
Перес, Дж., Мораледа-Муньоз, А., Маркос-Торрес, ФДж жана Муноз-Дорадо, Дж. Бактериялык жырткычтык: 75 жыл жана ал уланууда! . айлана-чөйрө. микроорганизм. 18, 766–779 (2016).
Линарес-Отойя, Л. ж.б. Перу жээгиндеги жырткыч бактериялардын көп түрдүүлүгү жана антибактериалдык потенциалы. Март дарылары. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастернак, З. жана башкалар. Алардын гендери аркылуу сиз аларды түшүнөсүз: жырткыч бактериялардын геномдук өзгөчөлүктөрү. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Сокетт, Р.Э. Бделловибрионун бактериофагынын жырткыч жашоо образы. орнотуу. Пастор микробдор. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Антибиотиктер жырткыч бактериялардан. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio жана ушул сыяктуу организмдер ар кандай кабыл алуучу популяциялардагы микробиомалардын ар түрдүүлүгүнүн алдын ала көрсөткүчтөрү болуп саналат. микроорганизм. Экология. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. and Balleste-Delpierre, C. Жаңы антибактериалдык агенттердин учурдагы абалын табыңыз. клиникалык. микроорганизм. Жугузуу. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Хобли, Л. Фаг менен фагдын кош жырткычтыгы E. coli олжосун бир да жырткычтыксыз жок кыла алат. J. Бактериялар. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Эркин жана органикалык тоокторду азыктандыруу циклинде бөлүнүп алынган Campylobacter жана бактериофагдардын саны жана көп түрдүүлүгү. Колдонмо чөйрөсү. микроорганизм. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA ж.б. Campylobacter чочконун геномдук таксономиясын жана эпидемиологиясын жаңыртуу. илим. Өкүл 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Ли, MD GToTree: Системалык геномика үчүн колдонуучуга ыңгайлуу иштөө процесси. Биоинформатика 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: Убакыттын жана мейкиндиктин татаалдыгын азайтуучу бир нече иреттүү тегиздөө ыкмасы. BMC биологиялык маалымат. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Ири масштабдуу филогенетикалык анализде автоматтык тегиздөө жана кыркуу үчүн курал. Биоинформатика 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ген жана metagenomic ырааттуулугу котормо баштоо сайт болжолдоо. Биоинформатика 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform жана натыйжалуу NCBI классификациясынын инструменттери. Bio Rxiv. (2021-жылдын 1-июнунда жеткиликтүү); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-болжолдуу максималдуу ыктымалдык дарагы чоң тегиздөө менен. PLoS One 5, e9490 (2010).
Танге, O. GNU параллелдүү. (2021-жылдын 1-июнунда жеткиликтүү); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Гендердин жана геномдордун Киото энциклопедиясы. Нуклеин кислотасын изилдөө. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. ж. Ген (Базель). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Грегсон, Б.Х., Методиева, Г., Методиев, М.В., Голышин, П.Н. & МакКью, Б.А. Орто жана узун чынжырлуу алкандардын өсүшү учурунда облигатты деңиздеги углеводородду бузуучу Thalassolituus oleivorans MIL-1 бактериясынын өсүшү учурундагы дифференциалдык белоктун экспрессиясы. алдыңкы. микроорганизм. 9, 3130 (2018).
Пастернак, З., Бен Сассон, Т., Коэн, Ю., Segev, E. жана Jurkevitch, E. фенотиптик-спецификалык көрсөткүчтөрдү аныктоо үчүн жаңы салыштырмалуу геномика ыкмасы жырткыч бактериялар белгисиндеги өзгөчө тукум куучулукту ачып берет. Коомдук илимий китепкана 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якимов, М.М., ж.б. Thalassolituus oleivorans ген. Ноябрь, sp. нов., углеводороддорду колдонууга адистешкен деңиз бактерияларынын жаңы түрү. интернационалдык. J. Система. эволюция. микроорганизм. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum ген. Ноябрь, sp. Ноябрда Тынч океандын түштүк бөлүгүндө айланып жүргөн деңиз суусунан бөлүнгөн. интернационалдык. J. Система. эволюция. микроорганизм. 66, 5010–5015 (2016).