Novum genus Gram-negativum, aerobicum, sal-patiosum, activum, rod-informatum, et bacteria praedatoria ASxL5T separata a stagno bovis in Nottinghamshire, Anglia, et Campylobacter in praeda usus est. Postmodum aliae Campylobacter species et membra familiae Enterobacteriaceae in praedam deprehensae sunt. Post subculturam sine cellulis hospes, incrementum asepticum infirmum consecutum est in Infusione Cordis Agar Cerebrum. Condiciones optimales incrementi sunt 37 °C et pH 7. Microscopia transmissio electronica microscopia quaedam morphologica admodum insolita revelata ad praedae disponibilitatem pertinentia sunt. Analysis phylogenetica utens serie 16S rRNA gene indicatur isolatum referri ad membrum familiae Spirulinae Marine, sed non potest clare indicari ut membrum cuiuslibet noti generis. Totum-genome sequentum ASxL5T confirmavit relationem cum spirochetis marinis membranis. Inquisitio database manifestavit plures ASxL5Ts 16S rRNA sequentias generum cum pluribus incultis bacteria ex oceano, superficie terrae et aquis. Proponimus contentionem ASxL5T novam speciem in novo genere repraesentare. nomen commendamus Venatorbacter cucullus gen. Nouembris, sp. Mense Novembri, ASxL5T adhibita est ratio pv.
Bacteria praedatoriae sunt bacteria quae facultatem praebent venandi et occidendi alias bacteria viventia ad materiae biosyntheticae industriam consequendam. Hoc differt a communi refectione nutrimentorum ex microorganismis mortuis, et etiam differt a interactionibus parasiticis, in quibus bacteria arctam necessitudinem cum suo exercitu sine caede faciunt. Bacteria praedatoriae varios cyclos vitae evolverunt ut abundantibus cibis uterentur in conclavibus ubi inventi sunt (qualia loca marina). Diversi sunt coetus taxonomice, quae solum cum unica sterilitate vitae cycli coniunguntur. Exempla bactriae praedatoriae in compluribus phyla diversis inventa sunt, inter quas: Proteobacteria, Bacteroides et Chlorella.3. Maxime autem bacteria praedatoriae praeparatae sunt organismi Bdellovibrio et Bdellovibrio et similia (BALOs4). Bacteria praedatoriae fons est spondeum novarum compositionum biologice activarum et agentium antibacterial.
Bacteria praedatoriae creduntur diversitatem microbialem augere et positivum ictum in ecosystematis sanitatis, ubertatis et stabilitatis habent. Quamvis haec attributa positiva, pauca sunt studia de bacteria nova praedatoriae propter difficultatem bacteria culturae et necessitatem ut cellulas interactiones diligenter observent ad eorum complexum vitae cyclos intelligendos. Haec notitia ex analysi computatrali non facile obtinetur.
In periodo antimicrobiali crescentis resistentiae, nova consilia nisum bacterial pathogenarum discuntur, sicut usus bacteriophagorum et bacteria praedatoria 7,8. ASxL5T bacteria separatae sunt in MMXIX phage technologiae solitariae utentes e stercore bove collecto e Dairy Centro Universitatis Nottinghamiae, Nottinghamiae. Propositum investigationis est organismos cum potentia tamquam biologicis agentibus potestatem segregare. Campylobacter hyointestinalis pathogen zoonoticum est, quod magis magisque cum morbis intestinis humanis coniungitur. Ubiquitous in Serum est, et ad scopum exercitum adhibetur.
Bacterium ab ASxL5T gelata bubula segregatum est, quod notatum est tabulae quae in gramina C. hyointestinalis formata erant similes illis bacteriophagis productis. Hoc inopinatum inventum est, quod pars phage processus solitudo involvit eliquare per 0.2 µm colum, quod ad cellulas bacteriales removendas destinatur. Examen Microscopicum materiae e plaque extractum revelatum est parvam bacteria gram-negativam curvam baculi informibus polyhydroxybutyratam non cumulare (PHB). Cultura aseptica a praeda cellis independentibus efficitur in medio solido solido (ut infusio cordis agar (BHI) et sanguinis agar (BA)), eiusque incrementum infirmum est. Inoculum grave obtinetur post subculturam meliorem. Aeque bene crescit sub oxygenio microaerobico (7% v/v oxygenii) et condiciones oxygeni atmosphaericas, non tamen in atmosphaera anaerobic. Post 72 horas, diameter coloniae erat valde parva, 2 mm attingens, et erat obliqua, translucens, rotunda, convexa et nitida. Vulgata probatio biochemical impeditur quod ASxL5T in liquidis instrumentis certo exculti non potest, quod suggerit ut in complexu vitae cycli formationis biofilm confidat. Attamen lamina suspensionis ostendit ASxL5T esse aerobicum, positivum pro oxidasi et catalasi, et tolerare 5% NaCl. ASxL5T 10 µg streptomycinm resistit, sed persentitur omnibus aliis antibioticis probatis. Cellae bacteriales ASxL5T ab TEM examinatae sunt (Figura 1). Ubi sine praeda cellae in BA creverunt, ASxL5T cellulae Campylobacter parvae sunt, cum mediocris longitudinis 1.63 µm (± 0.4), latitudo 0.37 µm (± 0.08), et una longa (usque ad 5 µm) polum. Sexus flagella. Proxime cellarum 1.6% latitudinem minus quam 0.2 µm habere videntur, quae transitum per colum fabricam dabunt. Extensio structurae insolitae in summitate aliquarum cellularum observata est, similis fairo (cucullo latino) (vide sagittas in 1D, E, G). Hoc videtur compositum esse excessus membranae exterioris, quae potest propter reductionem celeris in involucri periplasmici magnitudine, dum membrana exterior integra manet, speciem "solutam" ostendens. Cultura ASxL5T in absentia nutrimentorum (in PBS) diu in 4°C consecuta est in plerisque (sed non omnibus) cellulis morphologiam coccalam exhibens (Figura 1C). Cum ASxL5T cum Campylobactero ieiuno in praedam ad 48 horas crescit, cellula mediocris magnitudine insigniter longior et angustior est quam cellulae sine exercitu crevit (Tabula 1 et Figura 1E). E contra, cum ASxL5T cum E. coli in praedam ad 48 horas crescit, cellula mediocris amplitudo longior et latior est quam cum sine praeda (Tabula 1), et cellula longitudo variabilis, plerumque filamentosa exhibens (Figura 1F). Cum incubatis cum Campylobactero jejuni vel E. coli in praedam per 48 horas, ASxL5T cellulas nullas flagella omnino demonstraverunt. Tabula 1 compendiat observationes mutationum in magnitudine cellae innixas praesentia, absentia, et praedae genus ASxL5T.
TEM ostentationem ASx5LT: (A) ASx5LT ostendit longam flagellum; (b) ASx5LT typicam altilium; (c) cellulae cocci ASx5LT post longam incubationem sine nutrimentis; (D) coetus ASx5LT cellularum abnormitatem (E) ASx5LT globi cellae incubatae cum praeda Campylobacter auctam ostendit longitudinis cellae cum iis quae sine praeda incrementi (D) etiam structuram apicam demonstraverunt; (f) Filamentous flagella, ASx5LT cellula, incubatio cum E. coli praedam; (g) A una ASx5LT cellula post incubationem cum E. coli, structuram supremam insolitam exhibens. virgula 1 μm.
Determinans 16S rRNA serie gene (accessionis numeri MT636545.1) dat inquisitiones datorum ut sequentes condant similes illis in genere Gammaproteobacteria, et proximi sunt bacteria marina in spirillo familiae marinae (Figura II), et sunt membra generis Thalassolitui. Proximus affinis est Marine Bacillus. Series gene 16S rRNA plane differt a bacteria praedatoriae familiae ad Bdelvibrionaceas (Deltaproteobacteria) pertinentes. B. bacteriovorus HD100T, et B. bacteriovorus DM11A erant 48.4% et 47.7%, et pro B. exovorus JSS erat 46.7%. ASxL5T bacteria habent 3 exemplaria 16S rrnae generum, quarum duae inter se identicae sunt, tertia 3 bases inter se distantes. Duae aliae bacterial isolatae praedatoriae (ASx5S et ASx5O; 16S rRNA gene accessiones numeri sunt MT636546.1 et MT636547.1, respective) cum notis morphologicis et phenotypicis similes ex eodem loco non sunt eadem, sed differunt ab ASxL5T et incultis Bacterial sequentia datorum glomerantur cum aliis generibus in Oceanospirillaceae (Figura 2). Tota genoma seriei ASxL5T determinata et servata est in datorum NCBI, et numerus accessio CP046056. Genome ASxL5T constat chromosomatis circularis ex 2,831,152 bp cum ratione G + C 56.1%. Sequentia genome 2653 CDS continet, quarum 2567 praedicantur servo encode, quarum 1596 functiones putativae assignari possunt (60.2%). Genome 67 RNA-coding genes continet, inter 9 rRNAs (singulis 3 pro 5S, 16S, 23S) et 57 trnas. Notae genomicae ASxL5T comparatae sunt cum genomes cantum promptorum generis relativi proximi notati ex serie gene 16S rRNA (Tabula 2). Utere amino acidi identitatis (AAI) ad comparandum omnia praesto genoma Thalassolitui ad ASxL5T. Artissimum in promptu (incompletum) sequentia genome ab AAI determinata est Thalassolituus sp. C2-1 (adde NZ_VNIL01000001). Haec iactatio ab profundis fossae Marianae fossae sedimentis segregata est, sed nunc nulla est notitia phaenotypicae de hoc conamine ad comparationem. Comparatum cum ASxL5T's 2.82 Mb, organismi genome majus at 4.36 Mb. Medium genome magnitudo spirochetarum marinarum est circa 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genomas plenae referentiae ex https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly exploratae), sic genoma ASxL5T aequata est. ordo ceteris membris satis parvus comparatus est. Utere GToTree 1.5.54 generare genome fundatum aestimatur maximam probabilem arborem phylogeneticam (Figura 3A), utens sequentia amino acidi aligned et iuncta ex uno exemplari 172 Gammaproteobacteria specificata ad Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16; 17,18. Analysis ostendit eam propinquam esse Thalassolituo, Plano Bacteriali, et Marine Bacterio. Haec tamen notitia indicata ASxL5T diversam esse a propinquis in Marine Spirulina et eius seriei genoma notitia prompta est.
Arbor phylogenetica utens seriei gene 16S rRNA situm in ASxL5T, ASxO5, et ASxS5 modos (cum visceribus) ad bacteria inculta et marinos modos in Spirulinaceis Marine elucidat. Accessio Genbank numerus sequitur contentionem nominis in parenthesi. ClustalW utere ad sequentia align, et maxime probabilitatis methodo utere et exemplar Tamura-Nei ad relationes phylogeneticas colligendas et 1000 replicationes in MEGA X programmatis perficiendas. Numerus in ramo indicat valorem exemplum deductum maius quam 50% esse. Escherichia coli U/541T quasi Outgroup usus est.
(A) Arbor phylogenetica in genome fundata, relationem inter Spirospiraceas bacterium ASxL5T et propinquos marinos exhibens, E. coli U 5/41T velut globus. (B) Comparatus cum T. oleivorans MIL-1T, praedicatio functionis genesis distributio praedicatur ex globo orthologo (COG) botri dapibus ASx5LT. Figura in sinistra ostendit numerum generum in unaquaque categoria COG functionis in unaquaque genome. Aliquam lacinia purus in dextra ostendit recipis genomes quae in singulis coetus functionis COG continentur. (C) Comparatus cum T. oleiverans MIL-1T, analysi peractae KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modularis viae ASxL5T.
KEGG database utens ad examinandum genesis componentium praesentem in genoma ASxL5T viam metabolicam typicam gammae aerobicae Protei patefecit. ASxL5T summam continet 75 genes attributa servo bacterial cum motoriis, inclusa gena chemotaxis, flagella in conventu, et speciei systematis fimbriae IV. In ultimo categoria, 9 e 10 genesis responsabiles sunt vellicatio motus plurium aliorum organismi. Genome ASxL5T continet tramitem biosyntheticam integram tetrahydropyrimidinem quae responsionem tutelae osmoticae stress20 participat, sicut pro halophilis expectatur. Genome etiam plures vias integras continet pro cofactoribus et vitaminibus, in quibus riboflavin synthesin meatus. Etsi alkane 1-monooxygenas (alkB2) gene in ASxL5T adest, via hydrocarbon utendo via perfecta non est. In genome serie ASxL5T, homologus genesis notus est maxime author degradationis hydrocarbonum in T. oleiverans MIL-1T21, quales sunt TOL_2658 (alkB) et TOL_2772 (alcohol dehydrogenas) manifesto absentes sunt. Figura 3B ostendit comparationem distributionis generum in categoria COG inter ASxL5T et oleum olivae MIL-1T. Altiore, minor genoma ASxL5T continet gena COG proportionaliter pauciora inter categoria maiora cognata genoma comparata. Cum numerus generum in singulis categoriis functionis exprimitur sicut recipis genome, differentiae notantur in recipis genes in translatione, structura ribosomali et categoriis biogenesis, ac vis productionis et conversionis praedicamentorum, quae maiora ASxL5T constituunt. genome Recipis comparatur cum eadem caterva quae in T. oleiverans mil-1T genome. E contra cum genome ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T maiorem recipis genes habet in replicatione, recombinatione et reparatione, et categoriis transcriptionis. Interestingly, maxima differentia in argumento uniuscuiusque categoriae functionis duarum genomarum est numerus genesis ignoti in ASxL5T (Figura 3B). Analysis KEGG modulorum locupletatio facta est, ubi quisque modulus KEGG designatus unitatibus functionis manually definitae constituit pro annotatione et interpretatione biologica genome seriei data. Comparatio gene distributionis in moduli KOG integram tramitem ASxL5T et olivarum MIL-1T in Figura 3C ostenditur. Haec analysis ostendit, quamvis ASxL5T sulphur et nitrogenium metabolicum iter integrum habeat, T. oleiverans MIL-1T non. E contra, T. oleiverans MIL-1T iter cysteinum et methioninum metabolicum completam habet, sed in ASxL5T incompletum est. Ergo ASxL5T modulus proprius habet assimilationem sulfatis (sicut genesis definita quae uti potest ut phaenotypicum venalicium, ut metabolicae capacitatis vel pathogenicitatis; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T . Comparando gene contentum ASxL5T cum indice generum quae praedatorias vivendi rationes suggerunt concludunt. Quamvis gene waaL descriptam ligasse cum O antigeni polysaccharide ad nucleum associatum in genome ASxL5T (sed in multis bacteria gram-negativa communis est), tryptophan 2,3 dioxygenas (TDO) includere potest amino 60 regiones acidorum vulgariter inventae in bacteria praedatoriae non adsunt. Nullae aliae genes praedatoriae in genoma ASxL5T sunt, iis enzymis descriptae quae in biosynthesi isoprenoidali in via mevalonata. Nota quod in globus rapax examinatus non est generum regulatorium transumptum, sed tria gntR-similis gena in ASxL5T inveniuntur.
Characteres phenotypici ASxL5T in Tabula 3 perstringuntur et comparantur cum notis phenotypicis cognatorum generum 23, 24, 25, 26, et 27 in litteris relatis. A T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, et Oceanobacter kriegii sunt activorum, sal-tolerantium, oxydato-positivorum, corporum ferrugineorum, sed nullas fere alias notas phenotypicas cum ASxL5T. Mediocris pH oceani est 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), quae in T. marino, T. olevorans, B. sanyensi et O. kriegii. ASxL5T apta est pro amplioribus pH range (4-9) typicis specierum non-marinarum. Characteres phaenotypici Thalassolitui sp. C2-1. Ignotus. Incrementum temperaturae range ASxL5T fere latius est quam modos marinos (4-42 °C), etsi non omnes T. marinus isolatus est calor patiens. Impotentia crescendi ASxL5T in sorbitione instrumentorum communicationis ulterioris phaenotypicae characterisationi impedita est. Utere API 20E probare materias ex lamina BA derasas, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, utendo citrato, urease, tryptophano deaminasis, hydrolysi enzyme gelatinam, eventus probati omnes negativi, sed sine pigro, acetoin et H2S. prolatae sunt. Carbohydrata infermentata sunt: ​​glucose, mannosum, inositolum, sorbitolum, rhamnosum, sucrosum, melibiosum, amygdalinum et arabinosum. Comparatus cum relatis relationibus editis modos, acidum cellulosum pingue iactationis ASxL5T in Tabula ostenditur. 4. Acida principalia cellulosa sunt C16:1ω6c et/vel C16:1ω7c, C16:0 et C18:1ω9. Hydroxy acida pingue C12:0 3-OH et C10:0 3-OH etiam sunt. Proportio C16:0 in ASxL5T altior est quam valoris relativi generum relativi. E contra cum relata T. marinus IMCC1826TT, reducitur proportio C18:1ω7c et/vel C18:1ω6c in ASxL5T. oleivorans MIL-1T et O. kriegii DSM 6294T, sed non detectum in B. sanyensis KCTC 32220T. Comparando figuras acidorum pingues ASxL5T et ASxLS manifestatae differentiae subtilium in quantitate acidarum singulae pingues inter duos modos, qui cohaerent cum serie genomico DNA in eadem specie. Nullae particulae poly-3-hydroxybutyrate (PHB) detectae sunt utens experimento nigro Sudanorum.
Praedatio actio bacteria ASxL5T facultatem praedae determinare studuit. Hoc bacterium plaques in species Campylobacter formare potest, inter quas: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 et C. upsaliensis NCTC 11541T. Utere culturas quae in exercitu vagae sunt determinatio sectionis methodi ad probandum latius bacteria Gram-negativa et Gram-positiva. Eventus ostendunt ASxL5T etiam in Escherichia coli NTC 86 adhiberi posse et in Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques in Klebsiella oxytoca formata 11466. Commercium TEM cum E. coli NTC 86 ostenditur in Figura 4A-D, et commercium cum Campylobacter ieiuni PT14 et Campylobacter suis S12 ostenditur in Figura 4E-H medii. Oppugnatio mechanismi differre videtur inter praedae genera probata, una vel plures E. colorum cellulis singulis ASxL5T adnexis, et lateraliter per cellulam extensam ante adsorptionem positam. E contra, ASxL5T ad Campylobacter per punctum contactus affigere videtur, plerumque cum apice cellae rapax et prope apicem cellae Campylobacter (Figura 4H).
TEM commercium exhibens inter ASx5LT et praedam: (ad) et E. coli praedam; (EH) et C. jejuni praeda. (a) ASx5LT cellula typica coniuncta uni E. coli (EC) cellula; (b) Filamentum ASx5LT uni ec cellulae affixum; (C) Filamenta ASx5LT cellula pluribus ec cellulis connexa; (d) Adnexio ASx5LT cellularum minorum in una E. coli (EC) cellula; (e) una ASx5LT cellula ieiuno Campylobacteri annexa (CJ) cellula; (F) ASx5LT impetus C. hyointestinalis (CH) cellulas; (g) duos unus ASx5LT cellulam a CJ cellam aggressus est; (H) Prospectus propinquitatis ASx5LT punctum affixum, prope apicem cellae CJ (bar 0.2 µm). Virgula significat 1 μm in (A-G).
Bacteria praedatoriae effectae sunt ad utendum abundantibus praedae fontibus. Patet, in multis variis ambitibus multum versantur. Ob angustam magnitudinem membrorum incolarum, ASxL5T bacteria a slurry utens phage methodo separationis separari potest. De congruentia genomica ASxL5T ad membra familiae bacteria oceanospirillaceas marinae mirum est, cum organismus sal-patiens est et in medio 5% salis crescere potest. Aquae qualitas analysis slurry ostendit minus quam 0,1% esse contentum chloridum sodium. Itaque limus longe abest a ambitu marino tam geographico quam chemica. Praesentia trium affinium sed diversarum separatarum ab eodem fonte testantur illos predonum in hoc ambitu non marino vigere. Praeterea analysin microbioma (copia data e https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 praesto) ostendit eandem 16S rRNA serie generum in capite 50 taxat operationali taxae uberrimam positam esse (OTU. ) Paucis sampling intervallis luto. Plures bacteria inculta inventa sunt in datorum Genbank, quae 16S rRNA serie generum ASxL5T bacteria similes habent. Sequentiae hae, una cum sequentiarum ASxL5T, ASxS5 et ASxO5, varias clades a Thalassolituo et Oceanobactro separatas significare videntur (Figura II). Tria genera bacteria incultae (GQ921362, GQ921357 et GQ921396) ab aqua fissurae separatae erant in profundo 1.3 chiliometrorum in minera auri Africae Australis 2009, et alia duo (DQ256320 et DQ337006) erant ex aqua fundata (etiam in Africa Australi. in 2005). Sequentia gene 16S rRNA ad ASxL5T proxime cognata est pars 16S rRNA seriei gene consecuta ex opulentia culturae faeces harenosae ex litoribus Franciae septentrionalis anno 2006 consecutis (accession number AM29240828). Altera seriei gene 16S rRNA inculta ex bacterio rudi HQ183822.1 consecuta est ex collectione piscina colenda ex landfill municipali in China. Patet, ASxL5T bacteria non sunt valde repraesentativa in datorum taxonomicorum, sed sequentia bacteria inculta solent repraesentare organismos similes ASxL5T, quae toto orbe distribuuntur, plerumque in ambitus provocando. Ex toto analysi phylogeneticae genome, proximior cognatus ASxL5T est Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Kriegii et O. 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus membrum est hydrocarbon (OHCB), quod in ambitibus marinis et terrestribus late diffunditur, et plerumque post hydrocarbonae pollutionis incidentes dominatur. Bacteria marina non membra coetus OHCB sunt, sed a ambitu marino segregantur.
Notitia phaenotypica indicant ASxL5T novam speciem esse et membrum generis antea incogniti in familia spirospiraceae marinae. Vexillum in promptu non exstat, ad novos modos separatim in novum genus indicandum. Conatus ad genera universalia terminanda facta sunt, exempli gratia, ex recipis genome dapibus conservativi (POCP), suadetur valorem abscissorum esse 50% idem cum relatione content33. Alii suadent utentes AAI valores, qui in POCP commoda habent, quia ab incompletis genomes 34 haberi possunt. Auctor putat, si valorem AAI minus quam 74% cum exemplari speciei exemplaris comparatum esse, contentionem esse repraesentativum diversorum generum. Exemplar genus spirillaceae marinae in spirillum marinum est, et exemplar cantilena O. linum ATCC 11336T. Valor AAI inter ASxL5T et O. linum ATCC 11336T est 54.34%, et AAI valor inter ASxL5T et T. oleivorans MIL-1T (genus generis modos) est 67.61%, significans ASxL5T novum genus a Thalassolituo diversum repraesentat. Usus gene seriei 16S rRNA ut vexillum classificationis, genus limitationis limitatio propositae 94.5%35. ASxL5T collocari potest in genere Thalassolitui, ostendens 95.03% 16S rRNA sequentiam identitatem cum T. oleivorans MIL-1T et 96.17%. marinus IMCC1826T. Sed etiam collocabitur in genere Bacteroidis quod 94.64% 16S rRNA gene identitatis cum B. sanyensi NV9 habet, indicans usum generum unius generis ac 16S rRNA gene ad arbitrariam classificationem et assignationem ducere posse. Alia methodus indita utitur ANI et Genome Alignment Score (AF) ad examinandam conglobationem notitiarum punctorum ab omnibus generibus et modis non-genum generum existentium. Auctor genus limitis cum deflexione punctum generis aestimati specifici enucleationis taxae coniungendo suadet. Attamen si ex Thalassolituo separatis non satis integrae genomae secuntur, fieri potest, an ASxL5T ad Thalassolitui genus hoc modo pertineat. Ob limitata paratae plenae genomarum sequentiarum ad analysim, tota arbor genome phylogenetica caute interpretanda est. Secundo, totae genomae comparationis rationes non possunt reddere differentias substantiales in magnitudine genomerum comparatarum. Similitudinem nuclei conservati generum singularum generum inter genera relatarum similitudinem mensuraverunt, sed magnum numerum genesis quae non adsunt in multo minore genoma ASxL5T adsunt. Plane, ASxL5T et coetus in iis Thalassolituus, Oceanobacter et Bacterioplanes communem habent rationem, sed evolutio aliam viam sumpsit, quae reductionem in genoma ducens, quae ad vitam praedatoriam accommodare potest. Hoc est contra T. oleivorans MIL-1T, quod est 28% maius et evolvit sub diversis pressionibus environmental ut hydrocarbonum 23,30. Comparatio interesting fieri potest cum parasitis et symbiontis intracellulis obligatis, ut Rickettsia, Chlamydia et Buchnera. Magnitudo genome earum est de 1 Mb. Facultas utendi exercitus cellae metabolitae in gene iacturam ducit, ergo subiit notabile evolutionis genomicae degradationis. Mutationes evolutionis e organismis chemicis nutrientibus marinis ad vitaeque praedatorias simili diminutione in magnitudine genome provenire possunt. Analysis COG et KEGG elucidat numerum generum propter functiones specificas et differentias globalis in viis genomicis inter ASxL5T et T. OLEIVORANDI MIL-1T, quae non ob diffusam mobilium geneticorum mobilitatem. Differentia in G + C ratione totius genome ASxL5T est 56.1%, ac T. oleivorans MIL-1T est 46.6%, quod etiam segregari indicat.
Examen coding contentorum genome ASxL5T praebet perceptos functiones in notas phaenotypicae. Praesentia genesis modum translitterandi IV fimbriae (Tfp) peculiaris interest quod motum cellae promovent, sociales labentes vel convulsiones appellatae, sine flagella in superficie. Secundum relationes, Tfp alia munera habet, inclusa predation, pathogenesis, biofilm formatio, DNA upsumptio naturalis, cellularum automatice aggregatio et progressio38. Genome ASxL5T continet 18 genes descriptam cyclasem diguanylatum (enzyme quae catalyzat conversionem 2 guanosini triphosphatis in guanosinum 2 phosphatem et cyclicum diGMP) et 6 genes descriptam cyclasi diguanylati phosphatis diguanylati respondentis. Genus esterasum (catalyzing degradationem cycli di-GMP ad monophosphatem guanosinam) iucunda est quia cycl-di-GMP nuntius secundus maximus est qui in biofilm evolutionis et separationis, motus, cellae affectionis et virulentiae 39, 40 in processu est. Animadvertendum est etiam quod in Bdellovibrio bacteriovorus, duplex GMP cyclicus, monstratus est regere transitum inter vitam liberam et vivendi modum 41 praedatorias.
Pleraque investigatio de bacteria praedatoriae in Bdellovibrio, Bdellovibrio quasi organismos et Myxococcum species intendit. Haec et alia exempla bacteria praedatoriae notae diversos coetus formant. Quamvis haec diversitas, copia proprietatum familiarum interdum quae reflectunt phaenotypa bacteria notae 11 praedatoriae notae sunt idem3,22. Nihilominus tantum genes descriptam ligasis O antigen (waaL) notatae sunt, quae in bacteria Gram-negativam maxime usitata est. Haec forma analysi non prodest ad praedatorem ASxL5T designandam, probabiliter quia novo impetu belli utitur. Praeparatoriae bacterial genomorum diversorum promptitudo adiuvabit resolutiones explicandi subtiliores analyses quae rationem habent in testimonio differentiarum functionis et environmental inter membra coetus sodalium. Exempla bacteria praedatoriae in hac analysi non comprehenduntur membra Cupriavidus necator42 et Bradymonabacteria43, quia, cum investigatores varias communitates microbiales investigant, magis taxa praedatoriae constituuntur.
Praecipuum notabile bacteria ASxL5T a TEM imaginis captae est morphologia unica et flexibilis, quae cum praeda bacteria commercium promovere potest. Genus commercii observatum ab aliis bacteria praedatoria differt et antea non repertum vel nuntiatum est. Propositus ASxL5T cyclus vitae praedatoriae ostenditur in Figura 5. Pauca exempla sunt in litteris cum similibus structurarum apicalibus quas hic referimus, sed haec exempla includunt Terasakiispira papahanaumokuakeensis, spirillum marinum bacterium cum apice ampliationis occasionali 44, et Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. olim ad generis Oceanospirillum pertinens, sic dicta "cinematographica polaris" 45. Cocci formae saepe in culturis vetustioribus observantur; praesertim bacteria cum formis curvatis, ut Vibrio, Campylobacter, et Helicobacter 46, 47, 48, quae statum turpem repraesentare possunt. Praeterea opus est ut praecise vitae cycli ASxL5T bacteria explicanda sint. Decernere quomodo capiat et praedat, et an encodes eius genoma compositiones biologicae activae quae ad medicinae vel biotechnologicae fines adhiberi possunt.
Venatorbacter descriptio gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. componitur a venatoribus de L. n. venator,' venator' et Gr. n. bacter, 'a rod'. Venatorbacter, 'a venatio rod'. . Cellulae aerobicae, sal-patientes, curvae Gram maculae negativae, exercent virgam 4-9 inusitatum 3-OH ut hydroxy acida pinguia inveniuntur. In media sorbitione non crescunt. DNA G + C contentum 56.1 mol% Mores et praedatio sodalium familiae Enterobacteriaceae est.
Description of Venatorbacter cucullus sp. Novembris Venator cucullus (cu'cull.us. ; L. n. cucullus significat evectionem).
Praeterea genus descriptum est quod in BA vel BHI creverunt, cellae 1.63 µm longae et 0.37 µm latae sunt. Coloniae in BHI agar valde parvae sunt, 2 mm diametro post 72 horas attingentes. Sunt crassa, pellucida, rotunda, convexa, nitida. Huius speciei membra Escherichia coli et Klebsiella uti possunt. Campylobacter et nonnullae aliae bacteria gram-negativa praedae funguntur.
Colamentum typicum ASxL5T a lacte bubulo in Nottinghamshire, UK remotum est, et in National Type Culture Collectionis depositum (UK): accessio numeri NCTC 14397 et in Netherlands Bacterial Culture Collectionis (NCCB) accessio numeri NCCB 100775. Sequentia genoma plena ASxL5T in Genbank depositum est iuxta additionem CP046056.
ASxL5T bacteria separatim a lacte bubulo utens phage solitudo technology9,49. Slurry dilutum 1:9 (w/v) in SM quiddam (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O et 0.01% gelatinum, Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Deinde incubant. in 4°C per 24 horas lente gyratur ut predatores in quiddam eludant. Suspensio centrifuga est in 3000g pro 3 minutis. Supernatans ad 13,000g iterum pro 5 minutis collectus et centrifugit. Supernatans deinde per 0.45 µm membranam colum (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germania) et 0.2 µm membranam colum (Minisart) transivit ad cellulas bacteriales quaslibet removendas. Hos Filtra ASxL5T praeterire possunt. Agar mollis gramina Campylobacter enterosus S12 (NCBI numerus accessionis CP040464) ex eisdem slurryis technicis vexillum utens paratus est. Colcata slurria distributa in singulas has braccas cellularum hospitum in 10 µl guttulis triplicatis et arescere permissum est. Patella in piscina microaerophilica incubata 37°C pro 48 horis sub condicionibus microaerobicis (5% O2, 5% H2, 10% CO2, 80% N2). TABULA visibilis obtenta in SM quiddam extracta est et ad gramina recentia C. hyointestinalis S12 translata est ut organismos lysedos ulterius propagarent. Postquam definitum est bacteria esse causa TABULAe lyticae et non phage, organismum extra exercitum augere conantur et eam ulterius denotant. Cultura aerobica facta est in 37 °C cum 5% v/v sanguine equi defibrinatis (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplementum). Secundum normas Nationalis Fuscae Signa Committee, discus diffusionis modus adhibetur pro susceptibilitate antibacterial probationis. BHI agar excultus erat 37 °C discus usus antibioticos sequentes (Oxoid) continens pro cultura aerobica: amoxicillinum et acidum clavulanicum 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg acidum nalidicum 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracyclinus 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg ; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Sal tolerantia ab incubatione aerobic in laminas agaricae BHI constituta est ad 37 °C. Additional NaCl ad laminas BHI agar additas est, ut concentratio extensionis usque ad 10% w/v praeberet. Distinguitur pH ambitus a cultura aerobicis in laminas agaro BHI ad 37°C, ubi pH range adaequatum est inter 4 et 9 sterilibus HCl vel sterili NaOH, et scopum pH valorem verificatur ante laminam infundendam. Ad analysis acidum cellularum pingue, ASxL5T in BHI agar excultum per 3 dies et aerobic ad 37 °C. Secundum MIDI (Sherlock Microbial identificatio System, versio 6.10) norma protocollum FERA Scientiae Ltd, (York, UK), cellae pingues acida extracta, parata et enucleata sunt.
Nam TEM, ASxL5T excultus est aerobicus uniformiter in BA in 37°C diffundendo per 24 horas, et inde colligitur in 1 ml 3% (v/v) glutaraldehydum in 0.1 M quiddam cacodylatum in locus temperaturae fige horae 1, deinde centrifugium ad 10,000 g pro 3 minutis. Tum sensim resuspende globulum in 600 μl 0.1 M quiddam cacodylatum. Translatio fixa ASxL5T ad Formvar/carbon cinematographica in craticula aenea reticula CC. Bacteria maculata cum 0,5% (w/v) acetate uranyli pro 1 minutis et examinata TEM utendo TEI Tecnai G2 12 microscopii Biotwin. Ut supra memoravimus, totidem praedae et rapax in NZCYM sorbitionis (BD Difco™, Piscatoris Scientific UK Ltd, Loughborough) coniunge et incubare per 48 horas sub condicionibus microaerobicis Campylobacteri seu Campylobacteri ad 37°C , Praedatoris et praedae commercium examinatus est a TEM. Condiciones aerobic pro Escherichia coli. Independenter explorant praedam et bacteria praedatoria ut mutationes morphologiae cellae ob praedationem determinent. Methodus nigra Sudania adhibita est ad microscopiam opticam PHB cumulus.
Crescunt ASxL5T culturas pernoctare, incremento BHI vel BA in laminas sterili swab fovendo. Colligunt cellulas ASxL5T et eas suspendunt in MRD (CM0733, Oxoid), easque pone 4°C per 7 dies cellas esuriendi. NTC reference or laboratorium culturae bacterial inoculatum est in ius BHI vel N. 2 ius nutrientum (CM007, Oxoid), pernoctare incubatum, 13000g centrifugium et in MRD resusitatum usque ad OD600 erat 0.4. Cultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Bacteria NTC 4885 Praecipua BacillusT, Bacillus macerans NCTC 635T. , Pseudomonas fluorescens SMDL, rhodococcus subaquaneus assae NCTC 1621T, Salmonella bacteria intestinalis Mondeville NTC 5747, mucilago NTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter incubatus in bracteis microaicis BA. in NZCYM iusculum. Probati militia Campylobacter sunt: ​​C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Collectas cellulas in MRD, centrifugium ad 13,000g et resuscitandum in MRD usque ad OD600 0.4. Aliquot suspensionis 0.5 ml adde ad 5 ml NZCYM verticem agar liquefactum (0.6% agar) et fundes in laminam fundum 1.2% NZCYM. Postquam curata et siccata sunt, ASxL5T serially dilutum distributum est ut 20 µl guttulis in singulas tabulas gramina triplicata. Cultura temperies et atmosphaera ex requisitis bacteria testi pendent.
Utere GenElute™ Bacterial Genomic DNA Ornamentum (Sigma Aldridge) ad praeparandum DNA ab isolatis bacterial. Vexillae methodi ad PCR amplificationem adhibitae sunt 16S rRNA gene et producti sequentiae determinationis fuco chemiae terminationis usus (Eurofins Value Read Service, Germany). Utere programmate BLAST-N ad has sequentias comparandas cum aliis 16S rRNA seriebus gene ad cognoscendas et colligendas species propinqua affinis. Haec perpenduntur ClustalW in programmate MEGA X utentes. Arbor phylogenetica utens MEGA X restaurata est utens maximam probabilitatis methodum in Tamura-Nei exemplari fundatam, cum 1000 exemplaribus ducebat. Utere PureLink™ Genomic DNA Ornamentum (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ad extrahendum DNA ad totum genome sequencendum. Sequentia genoma ASxL5T definita est coniunctione Illumina MiSeq utens, quae consistit in 250 bp duplicato-finito composito ex bibliotheca bibliothecae paratae utens ornamentum pittacii Nextera et 2 ad 20 kb diu legit e suggestu PacBio. Genomics DNA Sequencing Research Facility in Sembia University. Genome usus convenerunt CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dania). Culturae ASxL5T in National Type Culture Collection (UK) et in Nederlandia Bacterial Culture Collectionis depositae sunt (NCCB). Genomes organismi affinis ad comparationem adhibitorum sunt: ​​Thalassolituus oleivorans MIL-1T (accessus numerus HF680312, completus); Bacterioplana sanyensis KCTC 32220T (accessus numerus BMYY01000001, incompletus); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (accessus numerus NZ_AUGV00000000, incompletus); Marinamonas communitatis DSM 5604T (addidit ASM436330v1, incompletum), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (addidit MTSD02000001, incompletum) et Thalassolituus sp. C2-1 (adde NZ_VNIL01000001, mutilus). Utere JGI Genome Portal36 in https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= determinare score (AF) et mediocris identitatis acidi nuclei (ANI). In binis. Modus Rodriguez-R & Konstantinidis55 adhibitus est ad identitatem amino acidi determinandam (AAI). Utere GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 generare extimationis arboris phylogeneticae maximam verisimilitudinem. Input genome repraesentans genome referentiae praesto eligitur ex relativis generibus quae ad ASxL5T ex 16S rRNA phylogenia referuntur. Annotavit lignum utens ligno vitae instrumenti interactive (https://itol.embl.de/). Ad munus annotationis et analysis genome ASxL5T exercetur utens BlastKOALA KEGG instrumentum online utens in KEGG (Kyoto Encyclopaedia Genes et Genomes) locupletationis moduli distributio. Distributio categoriae COG (orthologorum circulorum) determinatur utens instrumento electronico eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ et Muñoz-Dorado, J. Praedatio bacterial: 75 annos et pergit! . ambitus. microorganismus. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Diversitas et antibacterial potentia bacteria praedatoriae in ora maritima Peruviana. Martij medicinae. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Per gena eorum ea intelliges: indoles genomica bacteria praedatoriae. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE Vita praedatoriae bacteriophagi Bdellovibrio. instituere. Pastor microbes. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotica ab bacteria praedatoria. Beilstein J. Histochemia 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio, et similes organismi microbiomm diversitatis in diversis incolarum populis praedicatores sunt. microorganismus. Oecologia. 79, 252-257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. et Ballesté-Delpierre, C. Invenire statum hodiernum agentium novorum antibacterial. orci. microorganismus. Inficere. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Dualis predatio phage et phage extirpare potest E. coli praedam sine una predatione. J. Bacteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, I. I. Comes et diversitas Campylobacteri et bacteriophagorum solitaria in cyclo pullorum liberorum range et organicorum pascentium. Applicatio ambitus. microorganismus. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. Renova in genomica taxonomy et epidemiologiam porcorum Campylobacteri. scientia. Repraesentativa 8. 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: User-amica workflow pro systematibus genomicis. Bioinformatics 35, 4162-4164 (2019).
Edgar, RC MUSCULUS: Multiplex series dam methodus quae complexionem temporis et spatii minuit. BMC informationes biologicae. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Instrumentum ad liquamen latae sententiae et adornanda in magna analysi phylogenetica. Bioinformatics 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, E. series translationis gene et metagenomicae initium situs vaticinii. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: crucis suggestum et instrumentum efficientis NCBI classificationis. Bio Rxiv. (Apposuit die 1 Iunii 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Pretium, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-proximae maximam arborem verisimilitudinis cum magna alignment. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Apposuit die 1 Iunii 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Investigatio acidi nuclei. 28, 27-30 (2000).
Res publica Bohemica, L. etc. Munus extremolytorum ectoinarum et hydroxyectoinae quasi accentus praesidia et nutrimenta: genetica, systema genomica, biochemia et analysis structuralis. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differentialis interdum expressio in incremento hydrocarbono-dejecti bacterium thalassolitui oleivorans marini obligati, MIL-I in incremento mediae et longae catenae alkanes. frons. microorganismus. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., et Jurkevitch, E. Nova genomica comparativa methodus phenotypico-specificae definiendae indicibus specificam hereditatem in marca praedatoria bacteria manifestat. Publica Scientiarum Bibliotheca One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etc. Thalassolituus oleivorans gene. Nouembris, sp. nov., novum genus bacteria marinae quae speciale in usu hydrocarbonum. internationalitas. J. Ratio. evolutio. microorganismus. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Nouembris, sp. Mense Novembri, ab marinis marinis in Pacifico Australi dissociata est. internationalitas. J. Ratio. evolutio. microorganismus. 66, 5010–5015 (2016).