Eng nei Zort vu Gram-negativen, aerobe, Salz-tolerant, aktiven, staaffërmege, a predatoresche Bakterien ASxL5T gouf aus engem Kéi-Dung-Pond zu Nottinghamshire, England isoléiert, a benotzt Campylobacter als säi Viraus. Duerno goufen aner Campylobacter Arten a Membere vun der Enterobacteriaceae Famill als Prouf entdeckt. No Subkultur ouni Hostzellen gouf e schwaache aseptesche Wuesstum op Brain Heart Infusion Agar erreecht. Déi optimal Wuesstumsbedéngungen sinn 37 ° C an de pH ass 7. Transmissiounselektronenmikroskopie huet e puer ganz ongewéinlech morphologesch Features am Zesummenhang mat der Verfügbarkeet vu Beem opgedeckt. Phylogenetesch Analyse mat der 16S rRNA Gensequenz huet uginn datt d'Isolat mat engem Member vun der Marine Spirulina Famill verbonnen ass, awer kann net kloer als Member vun enger bekannter Gattung klasséiert ginn. Ganzgenom Sequenzéierung vun ASxL5T bestätegt d'Relatioun mat Membere vun de Marinespirocheten. Eng Datebank Sich huet opgedeckt datt verschidde ASxL5Ts 16S rRNA Gensequenze mat verschiddenen onkulturéierte Bakterien aus dem Ozean, Land Uewerfläch a Grondwaasser deelen. Mir proposéieren datt de Stamm ASxL5T eng nei Spezies an enger neier Gattung duerstellt. Mir recommandéieren den Numm Venatorbacter cucullus gen. November, Sp. Am November gouf ASxL5T als Typ Stamm benotzt.
Predatoresch Bakterien si Bakterien déi d'Fäegkeet weisen fir aner lieweg Bakterien ze jagen an ëmzebréngen fir biosynthetesch Materialien an Energie ze kréien. Dëst ass anescht wéi déi allgemeng Erhuelung vun Nährstoffer aus doudege Mikroorganismen, an et ass och anescht wéi parasitär Interaktiounen, an deenen Bakterien eng enk Relatioun mat hirem Host bilden ouni se ëmzebréngen. Raubbakterien hu verschidde Liewenszyklen evoluéiert fir vu villen Nahrungsquellen an den Nischen ze profitéieren, wou se fonnt ginn (wéi Marine Habitaten). Si sinn eng taxonomesch divers Grupp, déi nëmmen duerch hiren eenzegaartege Sterilisatiounsliewenszyklus verbonne sinn1. Beispiller vu predatoresche Bakterien goufen a verschiddene Phylen fonnt, dorënner: Proteobakterien, Bacteroides a Chlorella.3. Wéi och ëmmer, déi gutt studéiert Raubbakterien sinn d'Bdellovibrio a Bdellovibrio-a-ähnlech Organismen (BALOs4). Predatory Bakterien sinn eng villverspriechend Quell vun neie biologesch aktive Verbindungen an antibakteriell Agenten5.
Predatoresch Bakterien ginn ugeholl datt d'mikrobiell Diversitéit verbesseren an e positiven Impakt op d'Ökosystemgesondheet, Produktivitéit a Stabilitéit hunn6. Trotz dëse positiven Attributer ginn et wéineg Studien iwwer nei predatoresch Bakterien wéinst der Schwieregkeet fir Bakterien ze kultivéieren an d'Noutwendegkeet fir suergfälteg Zellinteraktiounen ze beobachten fir hir komplexe Liewenszyklus ze verstoen. Dës Informatioun ass net einfach aus Computeranalyse ze kréien.
An enger Ära vun der Erhéijung vun der antimikrobieller Resistenz ginn nei Strategien fir bakteriell Pathogenen ze zielen studéiert, sou wéi d'Benotzung vu Bakteriophagen a predatoresch Bakterien7,8. ASxL5T Bakterien goufen am Joer 2019 isoléiert mat der Phage Isolatioun Technologie aus Kéi Dung gesammelt vum Dairy Center vun der University of Nottingham, Nottinghamshire. Den Zweck vun der Enquête ass d'Isolatioun vun Organismen mat Potenzial als biologesch Kontrollmëttelen. Campylobacter hyointestinalis ass en zoonotesche Pathogen, deen ëmmer méi mat mënschlechen Darmkrankheeten assoziéiert10. Et ass ubiquitär am Serum a gëtt als Zilhost benotzt.
D'ASxL5T Bakterie gouf aus Rëndfleesch Jelly isoléiert, well et observéiert gouf datt d'Plaques déi se op der Wiss vu C. hyointestinalis geformt hunn ähnlech wéi déi vu Bakteriophagen produzéiert goufen. Dëst ass eng onerwaart Entdeckung, well en Deel vum Phage Isolatiounsprozess involvéiert Filteren duerch en 0,2 µm Filter, deen entwéckelt ass fir Bakterienzellen ze läschen. Mikroskopesch Untersuchung vum Material, dat aus der Plaque extrahéiert gouf, huet verroden datt déi kleng gram-negativ kromme Staang-förmlech Bakterien net polyhydroxybutyrate (PHB) accumuléieren. Déi aseptesch Kultur onofhängeg vu Proufzellen gëtt op räichem festen Medium realiséiert (wéi Gehir Häerzinfusioun Agar (BHI) a Bluttagar (BA)), a säi Wuesstum ass schwaach. Et gëtt nom Subkultur mat schwéierem Inokulum verbessert. Et wächst gläich gutt ënner mikroaerobe (7% v/v Sauerstoff) an atmosphäresche Sauerstoffbedéngungen, awer net an enger anaerobe Atmosphär. No 72 Stonnen war den Duerchmiesser vun der Kolonie ganz kleng, erreecht 2 mm, an et war beige, transluzent, ronn, konvex a glänzend. Standard biochemesch Tester gëtt behënnert well ASxL5T kann net zouverlässeg a flëssege Medien kultivéiert ginn, wat suggeréiert datt et op de komplexe Liewenszyklus vun der Biofilmbildung vertraue kann. Wéi och ëmmer, d'Placksuspension huet gewisen datt ASxL5T aerob ass, positiv fir Oxidase a Katalase, a kann 5% NaCl toleréieren. ASxL5T ass resistent géint 10 µg Streptomycin, awer ass empfindlech op all aner getest Antibiotike. D'ASxL5T bakteriell Zellen sech duerch TEM iwwerpréift (Dorënner 1). Wann ouni Kaméidi Zellen op der BA ugebaut, ASxL5T Zellen si kleng Campylobacter, mat enger Moyenne Längt vun 1,63 μm (± 0,4), enger Breet vun 0,37 μm (± 0,08), an engem eenzege laang (bis zu 5 μm) Pole. Sexuell Flagella. Ongeféier 1,6% vun den Zellen schéngen eng Breet vu manner wéi 0,2 μm ze hunn, wat de Passage duerch de Filterapparat erlaabt. Eng ongewéinlech strukturell Ausdehnung gouf op der Spëtzt vun e puer Zellen observéiert, ähnlech wéi e Foire (laténgesch cucullus) (kuckt d'Pfeiler an 1D, E, G). Dëst schéngt aus iwwerschësseg äusseren Membran ze komponéieren, wat wéinst der séierer Reduktioun vun der Gréisst vun der periplasmatescher Enveloppe kann sinn, während d'äusseren Membran intakt bleift, e "loose" Erscheinungsbild ze weisen. D'Kultur vun ASxL5T an der Verontreiung vun Nährstoffer (am PBS) fir eng laang Zäit bei 4 ° C huet zu de meeschten (awer net all) Zellen gefouert, déi eng Kockelmorphologie weisen (Dorënner 1C). Wann ASxL5T wächst mat Campylobacter jejuni als Viraus fir 48 Stonnen, ass déi duerchschnëttlech Zellgréisst wesentlech méi laang a méi enk wéi Zellen, déi ouni Host gewuess sinn (Table 1 an Figur 1E). Am Géigesaz, wann ASxL5T wächst mat E. coli als Viraus fir 48 Stonnen, ass d'Duerchschnëttszellgréisst méi laang a méi breet wéi wann et ouni Kaméidi wächst (Table 1), an d'Zelllängt ass variabel, normalerweis weist filamentös (Dorënner 1F). Wann incubated mat Campylobacter jejuni oder E. coli als Viruerteeler fir 48 Stonnen, ASxL5T Zellen weisen guer keng flagella. Table 1 resüméiert d'Observatioune vun Ännerungen an der Zellgréisst op Basis vun der Präsenz, der Verontreiung an der Preyart vun ASxL5T.
TEM Display vun ASx5LT: (A) ASx5LT weist laang Peitsche; (B) typesch ASx5LT Batterie; (C) Kocken ASx5LT Zellen no laanger Inkubatioun ouni Nährstoffer; (D) eng Grupp vun ASx5LT Zellen weisen Anomalie (E) ASx5LT Zell Grupp incubated mat Campylobacter Kaméidi zougedréckt Zell Längt am Verglach mat deenen ouni Kaméidi Wuesstem (D) huet och apical Struktur gewisen; (F) Grouss Filamentous Flagella, ASx5LT Zellen, no Inkubatioun mat E. coli Viraus; (G) Eng eenzeg ASx5LT Zell no Inkubatioun mat E. coli, weist eng ongewéinlech Top Struktur. D'Bar representéiert 1 μm.
D'Bestëmmung vun der 16S rRNA Gen Sequenz (Zougangsnummer MT636545.1) erméiglecht d'Datebanksiche fir Sequenzen ze etabléieren ähnlech wéi déi an der Gammaproteobacteria Klass, a sinn am nootste bei Marine Bakterien an der Marine Spirillum Famill (Figur 2), a si Member vun der Thalassolituus Gattung. Déi nootste Verwandt zum Marine Bacillus. D'16S rRNA Gen Sequenz ass kloer anescht wéi déi predatoresch Bakterien, déi zu der Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) Famill gehéieren. D'pairwise Vergläicher vun B. bacteriovorus HD100T (Typ Stamm, DSM 50701) an B. bacteriovorus DM11A waren 48,4% an 47,7%, a fir B. exovorus JSS war et 46,7%. ASxL5T Bakterien hunn 3 Exemplare vum 16S rRNA Gen, vun deenen zwee identesch matenee sinn, an déi drëtt ass 3 Basen ausser. Zwee aner predatoresch bakteriell Isolate (ASx5S an ASx5O; 16S rRNA Gen Bäitrëttsnummeren sinn MT636546.1 respektiv MT636547.1) mat ähnlechen morphologeschen a phänotypesche Charakteristiken aus der selwechter Plaz sinn net déiselwecht, awer si sinn anescht wéi ASxL5T an onkulturéiert Bakterien. Datebanksequenze gi mat anere Gattungen zesummegefaasst an Oceanospirillaceae (Figur 2). Déi ganz Genom Sequenz vun ASxL5T gouf festgeluecht a gespäichert an der NCBI Datebank, an d'Bäitrëttsnummer ass CP046056. De Genom vun ASxL5T besteet aus engem kreesfërmege Chromosom vun 2.831.152 bp mat engem G + C Verhältnis vu 56,1%. D'Genom Sequenz enthält 2653 CDS (total), vun deenen 2567 virausgesot gi fir Proteinen ze codéieren, vun deenen 1596 als putative Funktiounen zougewisen kënne ginn (60,2%). De Genom enthält 67 RNA-kodéierend Genen, dorënner 9 rRNAs (3 all fir 5S, 16S, an 23S) an 57 tRNAs. D'genomesch Charakteristiken vun ASxL5T sech mat der sinn genomes vun analyséieren vun der noosten relativ Typ identifizéiert aus der 16S rRNA Gensekvens (Table 2) Verglach. Benotzt Aminosaier Identitéit (AAI) fir all verfügbar Thalassolituus Genome mat ASxL5T ze vergläichen. Déi nootste verfügbar (onkomplett) Genom Sequenz bestëmmt vun AAI ass Thalassolituus sp. C2-1 (derbäisetzen NZ_VNIL01000001). Dëse Stamm gouf isoléiert vun den Tiefsee-Sedimenter vum Mariana Trench, awer et gëtt momentan keng phenotypesch Informatioun iwwer dës Stamm zum Verglach. Am Verglach mam ASxL5T's 2,82 Mb ass de Genom vum Organismus méi grouss bei 4,36 Mb. Déi duerchschnëttlech Genomgréisst vu Marinespirocheten ass ongeféier 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 komplette Referenzgenomen ënnersicht vun https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), sou datt de Genom vun ASxL5T am Aklang mat der Uerdnung Am Verglach mat den anere Memberen ass et relativ kleng. Benotzt GToTree 1.5.54 fir e Genom-baséiert geschätzte maximal Wahrscheinlechkeet phylogenetesch Bam ze generéieren (Figure 3A), mat der ausgeriicht a verlinkt Aminosaier Sequenzen vun 172 Single-Copy Genen spezifesch fir Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. D'Analyse huet gewisen datt et enk mat Thalassolituus, Bakterialplane a Marine Bakterium verbonnen ass. Wéi och ëmmer, dës Donnéeë weisen datt ASxL5T anescht ass vu senge Familljememberen an der Marine Spirulina a seng Genomsequenzdaten sinn verfügbar.
De phylogeneteschen Bam mat der 16S rRNA Gen Sequenz beliicht d'Positioun vun den ASxL5T, ASxO5, an ASxS5 Stämme (mat den Darm) relativ zu den onkultivéierten a Marine Bakterie Stämme an der Marine Spirulinaceae. D'Genbank Bäitrëttsnummer follegt de Stammnumm an parentheses. Benotzt ClustalW fir Sequenzen ze alignéieren, a benotzt maximal Wahrscheinlechkeetsmethod an Tamura-Nei Modell fir phylogenetesch Bezéiungen ofzeschléissen, an 1000 guidéiert Replikatiounen am MEGA X Programm auszeféieren. D'Zuel op der Branche weist datt de guidéierte Kopiewäert méi wéi 50% ass. Escherichia coli U/541T gouf als Outgroup benotzt.
(A) E phylogenetesch Bam baséiert op dem Genom, deen d'Relatioun tëscht der Marine Spirospiraceae Bakterie ASxL5T a seng enk Famill weist, E. coli U 5/41T als Outgroup. (B) Am Verglach mat T. oleivorans MIL-1T, ass déi funktionell Kategorie Verdeelung vun Genen virausgesot baséiert op der orthologous Grupp (COG) Stärekoup vun ASx5LT Protein. D'Figur op der lénker Säit weist d'Zuel vun Genen an all funktionell COG Kategorie an all Genom. D'Grafik op der rietser weist de Prozentsaz vun de Genomen an all funktionnelle COG Grupp. (C) Am Verglach mam T. oleiverans MIL-1T, d'Analyse vun der kompletter KEGG (Kyoto Enzyklopedie vu Genen a Genom) modulare Wee vun ASxL5T.
D'Benotzung vun der KEGG Datebank fir d'Komponentgenen, déi am ASxL5T Genom präsent sinn, z'ënnersichen, huet den typesche metabolesche Wee vum aerobe Gamma Proteus opgedeckt. ASxL5T enthält insgesamt 75 Genen, déi zu bakterielle Motorproteine ​​​​zougewisen sinn, dorënner Genen, déi an der Chemotaxis involvéiert sinn, Flagellaversammlung, an Typ IV Fimbriae System. An der leschter Kategorie sinn 9 vun 10 Genen verantwortlech fir d'Zréckbewegung vun enger Rei vun aneren Organismen. De Genom vun ASxL5T enthält e komplette tetrahydropyrimidin biosyntheteschen Wee deen un der Schutzreaktioun op osmotesche Stress20 deelhëlt, wéi erwaart fir Halophilen. De Genom enthält och vill komplett Weeër fir Kofaktoren a Vitamine, dorënner Riboflavin Syntheseweeër. Och wann den Alkan 1-Monooxygenase (alkB2) Gen an ASxL5T präsent ass, ass de Kuelewaasserstoffverbrauchswee net komplett. An der Genom Sequenz vun ASxL5T, Homologe vun Genen identifizéiert als haaptsächlech verantwortlech fir d'Degradatioun vu Kuelewaasserstoffer am T. oleiverans MIL-1T21, wéi TOL_2658 (alkB) an TOL_2772 (Alkoholdehydrogenase) offensichtlech fehlen. Figur 3B weist de Verglach vun Gentherapie Verdeelung an der COG Kategorie tëscht ASxL5T an Olivenueleg MIL-1T. Insgesamt enthält de méi klengen ASxL5T Genom proportional manner Genen aus all COG Kategorie am Verglach zum gréissere verwandte Genom. Wann d'Zuel vun Genen an all funktionell Kategorie als Prozentsaz vum Genom ausgedréckt gëtt, ginn Differenzen am Prozentsaz vun Genen an der Iwwersetzung, Ribosomal Struktur a Biogenese Kategorien bemierkt, an d'Energieproduktioun a Konversiounsfunktiounskategorien, déi méi grouss ASxL5T bilden. Genom De Prozentsaz gëtt mat der selwechter Grupp am T. oleiverans MIL-1T Genom verglach. Am Géigesaz, am Verglach mam ASxL5T Genom, huet T. oleivorans MIL-1T e méi héije Prozentsaz vun Genen an der Replikatioun, Rekombinatioun a Reparatur, an Transkriptiounskategorien. Interessanterweis ass de gréissten Ënnerscheed am Inhalt vun all funktionneller Kategorie vun den zwee Genomen d'Zuel vun onbekannte Genen, déi an ASxL5T präsent sinn (Dorënner 3B). Eng Beräicherungsanalyse vu KEGG Moduler gouf gemaach, wou all KEGG Modul eng Rei vu manuell definéierte funktionnelle Eenheeten duerstellt fir Annotatioun a biologesch Interpretatioun vu Genomsequenzdaten. De Verglach vun Gentherapie Verdeelung am komplett KOG Modul Passerelle vun ASxL5T an Olivenueleg MIL-1T ass an Dorënner 3C gewisen. Dës Analyse weist datt obwuel ASxL5T e komplette Schwefel- a Stickstoffmetabolesche Wee huet, T. oleiverans MIL-1T net. Am Géigesaz, huet T. oleiverans MIL-1T e komplette Cystein- a Methionin-metabolesche Wee, awer et ass onkomplett an ASxL5T. Dofir huet ASxL5T e charakteristesche Modul fir Sulfat Assimilatioun (definéiert als eng Rei vu Genen déi als phänotypesch Marker benotzt kënne ginn, sou wéi metabolesch Kapazitéit oder Pathogenizitéit; https://www.genome.jp/kegg/module.html) An T oleiverans MIL-1T. Vergläicht den Geninhalt vun ASxL5T mat der Lëscht vun Genen, déi e predatoresche Liewensstil suggeréieren, ass onkonklusiv. Och wann de waaL Gen, deen d'Ligase codéiert, déi mam O Antigen Polysaccharid zum Kär assoziéiert ass am ASxL5T Genom präsent ass (awer et ass heefeg a ville Gram-negativen Bakterien), Tryptophan 2,3-Dioxygenase (TDO) Genen kënnen déi 60 Amino enthalen. Sauerregiounen déi allgemeng a predatoresche Bakterien fonnt ginn, déi net präsent sinn. Et gi keng aner predatoresch charakteristesch Genen am ASxL5T Genom, inklusiv déi kodéierend Enzyme involvéiert an der isoprenoid Biosynthese am Mevalonatwee. Bedenkt datt et keen transkriptionalen reglementaresche Gen gntR an der iwwerpréifter Predatorgrupp ass, awer dräi gntR-ähnlech Genen kënnen an ASxL5T identifizéiert ginn.
D'phenotypic Charakteristiken vun ASxL5T sinn an Table 3 zesummegefaasst a Verglach mat der phenotypic Charakteristiken vun Zesummenhang Gattungen 23, 24, 25, 26, an 27 an der Literatur gemellt. Isolate vun T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, an Oceanobacter kriegii sinn aktiv, Salz-tolerant, oxidase-positiv stav-förmlech Kierper, mä hu bal keng aner phenotypeic Charakteristiken mat ASxL5T. Den duerchschnëttleche pH vum Ozean ass 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), wat sech an T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis an O. kriegii. ASxL5T ass gëeegent fir de gréissere pH Beräich (4-9) typesch vun Net-Marine Arten. Phenotypesch Charakteristiken vun Thalassolituus sp. C2-1. Onbekannt. D'Wuesstemperaturberäich vun ASxL5T ass allgemeng méi breet wéi déi vun Marine Stämme (4-42 ° C), obwuel e puer awer net all T. marinus Isolate Hëtzt-tolerant sinn. D'Onméiglechkeet ASxL5T a Bouillon Medien ze wuessen huet weider phänotypesch Charakteriséierung verhënnert. Benotzt API 20E fir d'Materialien aus der BA-Plack ze testen, ONPG, Arginin-Dihydrolase, Lysin-Decarboxylase, Ornithine-Decarboxylase, Zitratverbrauch, Urease, Tryptophan-Deaminase, Gelatinehydrolyse Enzym, d'Testresultater waren all negativ, awer keng Indole, Acetoin an H2S produzéiert goufen. Unfermentéiert Kuelenhydrater enthalen: Glukos, Mannose, Inositol, Sorbitol, Rhamnose, Saccharose, Melibiose, Amygdalin an Arabinose. Am Verglach mat de publizéierten Zesummenhang Referenzstämme gëtt de celluläre Fettsäureprofil vun der ASxL5T-Stamm an der Tabell 4 gewisen. Hydroxy Fettsäuren C12:0 3-OH an C10:0 3-OH existéieren och. D'Verhältnis vu C16:0 an ASxL5T ass méi héich wéi de gemellt Wäert vun de verwandte Gattungen. Am Géigesaz, am Verglach mam gemellten T. marinus IMCC1826TT, gëtt d'Verhältnis vu C18:1ω7c an/oder C18:1ω6c an ASxL5T reduzéiert. oleivorans MIL-1T an O. kriegii DSM 6294T, awer net am B. sanyensis KCTC 32220T entdeckt. D'Fettsäureprofile vun ASxL5T an ASxLS vergläichen huet subtile Differenzen an der Quantitéit vun eenzelne Fettsäuren tëscht den zwee Stämme opgedeckt, déi konsequent mat der genomescher DNA Sequenz vun der selwechter Spezies sinn. Kee Poly-3-Hydroxybutyrat (PHB) Partikel goufe mam Sudan schwaarze Test festgestallt.
D'Predatiounsaktivitéit vun ASxL5T Bakterien gouf studéiert fir d'Gamme vu Viraus ze bestëmmen. Dës Bakterie kann Placken op Campylobacter Arten bilden, dorënner: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 an C. upsaliensis NCTC 11541T. Benotzt d'Kulturen, déi an der Hostberäichbestëmmung Sektioun vun der Method opgezielt sinn, fir eng méi breet Palette vu Gram-negativen a Gram-positiven Bakterien ze testen. D'Resultater weisen datt ASxL5T och an Escherichia coli NCTC 86 an Citrobacter freundii NCTC 9750T benotzt ka ginn. Placke geformt op Klebsiella oxytoca 11466. D'TEM Interaktioun mat E. coli NCTC 86 ass an Dorënner 4A-D gewisen, an d'Interaktioun mat Campylobacter jejuni PT14 an Campylobacter suis S12 ass an Dorënner 4E-H Mëtt gewisen. Den Attackmechanismus schéngt anescht ze sinn tëscht de getestene Prouftypen, mat enger oder méi E. coli Zellen un all ASxL5T Zelle befestegt a lateral laanscht déi erweidert Zell virun der Adsorptioun positionéiert. Am Géigesaz, schéngt ASxL5T un Campylobacter duerch en eenzege Kontaktpunkt ze befestigen, normalerweis a Kontakt mat der Spëtzt vun der Predatorzelle an no bei der Spëtzt vun der Campylobacter Zell (Figur 4H).
TEM weist d'Interaktioun tëscht ASx5LT a Viraus: (AD) an E. coli Viraus; (EH) an C. jejuni Viraus. (A) Eng typesch ASx5LT Zell verbonne mat enger eenzeger E. coli (EC) Zell; (B) A filamentous ASx5LT un enger eenzeger EC Zell verbonnen; (C) Eng filamentös ASx5LT Zell verbonne mat multiple EC Zellen; (D) Unhang Kleng ASx5LT Zellen op enger eenzeger E. coli (EC) Zell; (E) eng eenzeg ASx5LT Zell verbonne mat enger Campylobacter jejuni (CJ) Zell; (F) ASx5LT attackéiert C. hyointestinalis (CH) Zellen; (G) zwee One ASx5LT Zell attackéiert eng CJ Zell; (H) Eng Noperschaft vum ASx5LT Befestigungspunkt, no bei der Spëtzt vun der CJ Zell (Bar 0,2 μm). D'Bar representéiert 1 μm an (A-G).
Raubbakterien hunn evoluéiert fir vu villen Quelle vu Réi ze profitéieren. Natierlech si se wäit a ville verschiddenen Ëmfeld präsent. Wéinst der schmueler Gréisst vun de Bevëlkerungsmemberen ass et méiglech ASxL5T Bakterien aus der Schlamm ze isoléieren mat der Phagesrennungsmethod. D'genomesch Relevanz vun ASxL5T fir Membere vun der Oceanospirillaceae Famill vu Marine Bakterien ass iwwerraschend, obwuel den Organismus Salztolerant ass a ka wuessen op engem Medium mat 5% Salz. D'Waasserqualitéitsanalyse vun der Schlamm huet gewisen datt den Natriumchloridgehalt manner wéi 0,1% war. Dofir ass de Schlamm wäit ewech vum Marineëmfeld - souwuel geographesch wéi och chemesch. D'Präsenz vun dräi verwandten awer verschiddenen Isolate vun der selwechter Quell liwwert Beweiser datt dës Raubdéieren an dësem net-mariene Ëmfeld floréieren. Zousätzlech huet d'Mikrobiomeanalyse (Datedateien verfügbar vun https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) gewisen datt déiselwecht 16S rRNA Gensequenz an den Top 50 am meeschte reichend operationell Taxa (OTU) läit ) An e puer Echantillon Intervalle vum Bulli. Verschidde onkulturéiert Bakterien goufen an der Genbank Datebank fonnt, déi 16S rRNA Gensequenzen ähnlech wéi ASxL5T Bakterien hunn. Dës Sequenzen, zesumme mat de Sequenzen vun ASxL5T, ASxS5, an ASxO5, schéngen verschidde Claden ze representéieren, getrennt vun Thalassolituus an Oceanobacter (Figur 2). Dräi Aarte vun onkulturéierte Bakterien (GQ921362, GQ921357 an GQ921396) goufen aus dem Spaltwaasser op enger Déift vun 1,3 Kilometer an der südafrikanescher Goldmine am Joer 2009 isoléiert, an déi aner zwee (DQ256320 an DQ337006 waren och a Südafrika) am Joer 2005). D'16S rRNA Gen Sequenz am enk verbonnen mat ASxL5T ass Deel vun der 16S rRNA Gen Sequenz, déi aus der Beräicherungskultur vu Sand Sedimenter kritt gouf, déi vun de Plagen vun Nordfrankräich am Joer 2006 kritt gouf (Zousatznummer AM29240828). Eng aner enk verbonne 16S rRNA Gensequenz vun der onkulturéierter Bakterie HQ183822.1 gouf aus engem Sammeltank kritt, deen aus enger kommunaler Deponie a China geliwwert gouf. Natierlech sinn ASxL5T Bakterien net héich representativ an taxonomeschen Datenbanken, awer dës Sequenzen vun onkulturéierte Bakterien representéieren méiglecherweis Organismen ähnlech wéi ASxL5T, déi iwwerall op der Welt verdeelt sinn, normalerweis an usprochsvollen Ëmfeld. Vun der ganzer Genom phylogenetesch Analyse ass déi nootste Relativ zu ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. An O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus is a member of marine obligate hydrocarbon fragmentation bacteria (OHCB), which is widespread in marine and terrestrial environments, and mostly becomes the dominant after hydrocarbon pollution incidents30,31. Marine Bakterien sinn net Member vun der OHCB Grupp, mä si isoléiert aus dem Marine Ëmfeld.
Phenotypesch Daten weisen datt ASxL5T eng nei Spezies ass an e Member vun enger virdru net unerkannter Gattung an der Marine Spirospiraceae Famill ass. Et gëtt de Moment kee kloere Standard fir nei isoléiert Stämme an eng nei Gattung ze klassifizéieren. Versuche goufen gemaach fir universell Genera Grenzen ze bestëmmen, zum Beispill, baséiert op de Prozentsaz vum Genom vun engem konservativen Protein (POCP), ass et recommandéiert datt de Cut-off Wäert 50% identesch ass mat der Referenzstamm33. Anerer proposéiere fir AAI Wäerter ze benotzen, déi Virdeeler iwwer POCP hunn well se aus onkomplett Genome kritt kënne ginn34. Den Auteur mengt datt wann den AAI Wäert manner wéi 74% ass am Verglach mam Modellstamm vun der Modellart, ass de Stamm e Vertrieder vun enger anerer Gattung. D'Modell Gattung an der Marine Spirillaceae ass Marine Spirillum, an de Model Stamm ass O. linum ATCC 11336T. D'AAI Wäert tëscht ASxL5T an O. linum ATCC 11336T ass 54,34%, an der AAI Wäert tëscht ASxL5T an T. oleivorans MIL-1T (Gattung Typ Stämme) ass 67,61%, wat beweist, datt ASxL5T eng nei Gattung anescht aus Thalassolituus duerstellt. Mat der 16S rRNA Gensequenz als Klassifikatiounsstandard ass déi proposéiert Gattung Ofgrenzungsgrenz 94,5% 35. ASxL5T kann an der Thalassolituus Gattung plazéiert ginn, weist 95,03% 16S rRNA Sequenz Identitéit mat T. oleivorans MIL-1T an 96,17%. marinus IMCC1826T. Wéi och ëmmer, et wäert och an der Bacteroides Gattung plazéiert ginn, déi 94,64% 16S rRNA Gen Identitéit mat B. sanyensis NV9 huet, wat beweist datt d'Benotzung vun engem eenzegen Gen wéi den 16S rRNA Gen zu arbiträr Klassifikatioun an Uerderung féieren kann. Eng aner proposéiert Method benotzt ANI a Genome Alignment Score (AF) fir de Clustering vun Datenpunkte vun allen Typen an net-Typ Stämme vun existente Gattungen z'ënnersichen. Den Auteur recommandéiert d'Genusgrenz mat dem Inflektiounspunkt vun der geschätzter Gattung spezifesch fir d'Taxa ze analyséieren. Wéi och ëmmer, wann et net genuch komplett Genom Sequenzen aus Thalassolituus Isolate gëtt, ass et onméiglech ze bestëmmen ob ASxL5T zu der Thalassolituus Gattung mat dëser Method gehéiert. Wéinst der limitéierter Disponibilitéit vu komplette Genom Sequenzen fir Analyse, sollt de ganze Genom phylogenetesch Bam mat Vorsicht interpretéiert ginn. Zweetens, ganz Genom Vergläichsmethoden kënnen net wesentlech Differenzen an der Gréisst vun de verglachte Genome berechnen. Si gemooss der Ähnlechkeet vun konservéiert Kär Single-Copy Genen tëscht Zesummenhang Gattungen, awer net Rechnung huelen déi grouss Zuel vun Genen, déi net am vill méi kleng Genom vun ASxL5T präsent sinn. Selbstverständlech hunn ASxL5T a Gruppen dorënner Thalassolituus, Oceanobacter a Bacterioplanes e gemeinsame Vorfahren, awer d'Evolutioun huet en anere Wee gemaach, wat zu enger Reduktioun vum Genom féiert, wat vläicht un e predatoresche Liewensstil adaptéiert ass. Dëst ass am Géigesaz zum T. oleivorans MIL-1T, deen 28% méi grouss ass an sech ënner verschiddenen Ëmweltdrock entwéckelt huet fir Kuelewaasserstoffer23,30 ze benotzen. En interessanten Verglach kann mat obligatoreschen intrazelluläre Parasiten a Symbionten gemaach ginn, wéi Rickettsia, Chlamydia a Buchnera. Hir Genomgréisst ass ongeféier 1 Mb. D'Kapazitéit fir Hostzellmetaboliten ze benotzen féiert zum Genverloscht, sou datt eng bedeitend evolutiv genomesch Degradatioun ënnerwee ass. Evolutiounsännerunge vu marinechemeschen Nährstofforganismen zu predatoresche Liewensstil kënnen zu enger ähnlecher Reduktioun vun der Genomgréisst féieren. D'COG a KEGG Analyse beliicht d'Zuel vun Genen, déi fir spezifesch Funktiounen benotzt ginn an déi global Differenzen an de genomesche Weeër tëscht ASxL5T an T. oleivorans MIL-1T, déi net wéinst der verbreeter Disponibilitéit vu mobilen geneteschen Elementer sinn. Den Ënnerscheed am G + C Verhältnis vum ganze Genom vun ASxL5T ass 56,1%, an dee vun T. oleivorans MIL-1T ass 46,6%, wat och beweist datt et getrennt ass.
D'Untersuchung vum Kodéierungsinhalt vum ASxL5T Genom liwwert funktionell Abléck an phenotypesch Charakteristiken. D'Präsenz vun Genen, déi den Typ IV fimbriae (Tfp) kodéieren ass besonnesch interessant well se d'Zellbewegung förderen, sougenannt sozial Gliding oder Konvulsiounen, ouni Flagella op der Uewerfläch. Laut Berichter huet Tfp aner Funktiounen, dorënner Predatioun, Pathogenese, Biofilmbildung, natierlech DNA Opnahm, automatesch Zellaggregatioun an Entwécklung38. Den ASxL5T Genom enthält 18 Genen, déi Diguanylat Cyclase kodéieren (en Enzym dat d'Konversioun vun 2 Guanosin Triphosphat a Guanosin 2 Phosphat a zyklesch DiGMP katalyséiert) a 6 Genen, déi dat entspriechend Diguanylat Cyclase Phosphat Diguanylat kodéieren. D'Gen fir Esterase (katalyséiert d'Degradatioun vu zyklesche Di-GMP zu Guanosin Monophosphat) ass interessant well Cycl-di-GMP e wichtegen zweete Messenger ass, deen an der Biofilmentwécklung an der Trennung involvéiert ass, Bewegung, Zellbefestegung a Virulenz 39, 40 am Prozess. Et sollt och bemierkt ginn datt am Bdellovibrio bacteriovorus zyklesch duebel GMP gewise gouf fir den Iwwergang tëscht fräiem Liewen a predatoresche Liewensstil ze kontrolléieren41.
Déi meescht Fuerschung iwwer Raubbakterien huet sech op Bdellovibrio, Bdellovibrio-ähnlech Organismen a Myxococcus Arten konzentréiert. Dës an aner bekannte Beispiller vu predatoresche Bakterien bilden eng divers Grupp. Trotz dëser Diversitéit ass eng Rei vu charakteristesche Proteinfamilljen, déi d'Phänotypen vun 11 bekannte Raubbakterien reflektéieren, identifizéiert3,22. Wéi och ëmmer, nëmmen Genen kodéieren O Antigen Ligase (waaL) goufen identifizéiert, wat besonnesch heefeg ass a Gram-negativ Bakterien. Dës Form vun Analyse ass net hëllefräich fir ASxL5T als Predator ze designéieren, wahrscheinlech well et eng nei Attackstrategie benotzt. D'Disponibilitéit vu méi divers predatoresche bakterielle Genome wäert hëllefen, méi fein Opléisungsanalysen z'entwéckelen, déi Beweiser vu funktionnellen an Ëmweltdifferenzen tëscht Gruppememberen berücksichtegen. Beispiller vu Raubbakterien, déi net an dëser Analyse abegraff sinn, enthalen Membere vu Cupriavidus necator42 a Bradymonabacteria43, well wéi d'Fuerscher verschidde mikrobielle Gemeinschaften ënnersichen, méi predatoresch Taxa ginn etabléiert.
Déi bemierkenswäert Feature vun ASxL5T Bakterien, déi vum TEM Bild gefaange sinn, ass seng eenzegaarteg a flexibel Morphologie, déi d'Interaktioun mat Proufbakterien förderen kann. D'Zort vun der Interaktioun observéiert ass anescht wéi aner predatoresch Bakterien a gouf net virdru entdeckt oder gemellt. De proposéierte ASxL5T predatoresche Liewenszyklus gëtt an der Figur 5 gewisen. Et gi wéineg Beispiller an der Literatur mat ähnlechen apical Strukturen wéi mir hei berichten, awer dës Beispiller enthalen Terasakiispira papahanaumokuakeensis, eng Marine Spirillum Bakterie mat heiansdo Spëtzvergréisserung 44, an Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , fréier zu der Gattung Oceanospirillum gehéiert, Ausstellung De sougenannte "Polarfilm" 45. Cocci-Forme ginn dacks an eelere Kulturen observéiert, besonnesch fir Bakterien mat gekrümmten Formen, wéi Vibrio, Campylobacter an Helicobacter 46, 47, 48, déi e degradéierte Staat representéieren. Weider Aarbecht ass gebraucht fir de genaue Liewenszyklus vun ASxL5T Bakterien ze klären. Fir ze bestëmmen wéi et erfaasst a preis, an ob säi Genom biologesch aktive Verbindungen codéiert, déi fir medizinesch oder biotechnologesch Zwecker benotzt kënne ginn.
Beschreiwung vun Venatorbacter Gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. besteet aus Venatoren aus L. n. Venator, 'Hunter' a Gr. n. Bacter, 'e Staang'. Venatorbacter, 'en Hunting Rod' Zellen sinn aerob, Salz-tolerant, kromme Gram Fleck negativ, Übung Staang an oxidase Aktivitéit sinn net akkumuléiert. Am Temperaturberäich vu 4 bis 42 ° C Ingrown De pH-Beräich vu 4-9 ass ongewéinlech. 0 an C18:1ω9; C12:0 3-OH an C10:0 3-OH ginn als Hydroxyfett fonnt Si wuessen net an Bouillon Medien. D'DNA G + C Inhalt ass 56,1 Mol%. Membere vun dëser Gattung weisen Resistenz géint Campylobacter .
Beschreiwung vu Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus heescht Fairing).
Zousätzlech ass déi beschreiwend Feature vun dëser Gattung datt wann se op BA oder BHI ugebaut ginn, d'Zellen 1,63 µm laang an 0,37 µm breet sinn. D'Kolonien op BHI Agar si ganz kleng, erreechen 2 mm Duerchmiesser no 72 Stonnen. Si sinn beige, transluzent, ronn, konvex a glänzend. D'Membere vun dëser Spezies kënnen Escherichia coli a Klebsiella benotzen. Campylobacter a verschidde aner Gram-negativ Bakterien déngen als Kaméidi.
Déi typesch Stamm ASxL5T gouf aus Rëndfleeschmëllech zu Nottinghamshire, UK isoléiert an an der National Type Culture Collection (UK) deposéiert: Bäitrëttsnummer NCTC 14397 an Holland Bacterial Culture Collection (NCCB) Bäitrëttsnummer NCCB 100775. Déi komplett Genom Sequenz vun ASxL5T gouf an Genbank deposéiert no der Zousatz vum CP046056.
ASxL5T Bakterien goufen aus Rëndfleesch Mëllech mat Phage Isolatioun Technologie isoléiert9,49. De Schlamm gouf 1:9 (w/v) an SM-Puffer verdünnt (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O an 0,01% Gelatine; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Dann inkubéieren bei 4 ° C fir 24 Stonnen, lues rotéierend fir d'Feinde an de Puffer ze elueren. D'Suspension gouf bei 3000g fir 3 Minutten centrifugéiert. De Supernatant gouf gesammelt an centrifugéiert bei 13.000g fir eng zweete Kéier fir 5 Minutten. De Supernatant gouf dunn duerch en 0,45 µm Membranfilter (Minisart; Sartorius, Göttingen, Däitschland) an en 0,2 µm Membranfilter (Minisart) gefouert fir all verbleiwen Bakterienzellen ze läschen. ASxL5T kann dës Filtere passéieren. A mëll Agar Wiss vun Campylobacter enterosus S12 (NCBI Bäitrëtt Nummer CP040464) aus der selwechter Schläimhait war mat Standard Techniken virbereet. De gefilterte Schlamm gouf op jiddereng vun dësen Hostzellplacke an 10 μl Drëpsen an Triplicate verdeelt an erlaabt ze dréchen. D'Plack gouf an engem microaerophilic Tank bei 37 ° C fir 48 Stonnen ënner microaerobic Konditiounen incubated (5% O2, 5% H2, 10% CO2, an 80% N2). Déi kritt siichtbar Plack gouf an SM Prellbock extrahéiert an an de frësche Wiss vum C. hyointestinalis S12 transferéiert fir d'lyséiert Organismen weider ze propagéieren. Wann et festgestallt gëtt datt d'Bakterien d'Ursaach vun der lytescher Plack sinn an net de Phage, probéiert den Organismus onofhängeg vum Host ze wuessen an et weider ze charakteriséieren. D'aerobic Kultur war bei 37 ° C mat 5% v /v defibrinated Päerd Blutt gesuergt (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, Zousaz). Geméiss de Richtlinnen vum National Clinical Standards Committee gëtt d'Disc Diffusiounsmethod fir antibakteriell Empfindlechkeetstest benotzt. BHI Agar gouf bei 37 ° C kultivéiert mat enger Disc déi folgend Antibiotike (Oxoid) fir aerobe Kultur enthält: Amoxicillin a Clavulansäure 30 µg; cefotaxim 30 µg; Streptomycin 10 µg; Ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidixinsäure 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracyclin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxim 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazol 25 µg. D'Salstoleranz gouf duerch aerobe Inkubatioun op BHI Agarplacke bei 37 °C etabléiert. Zousätzlech NaCl gouf op d'BHI Agarplacke bäigefüügt fir e Konzentratiounsberäich vu bis zu 10% w/v ze bidden. De pH-Beräich gëtt duerch aerobe Kultur op BHI-Agarplacke bei 37 ° C bestëmmt, wou de pH-Beräich tëscht 4 an 9 mat sterilem HCl oder sterilem NaOH ugepasst gouf, an den Zil-PH-Wäert gëtt verifizéiert ier d'Plack gegoss gëtt. Fir bewosst fatty Seier Analyse, ASxL5T war cultured op BHI Agar fir 3 Deeg an aerobic bei 37 ° C. Geméiss dem MIDI (Sherlock Microbial Identification System, Versioun 6.10) Standardprotokoll vun FERA Science Ltd, (York, UK), goufen Zellfettsäuren extrahéiert, virbereet an analyséiert.
Fir TEM gouf ASxL5T aerobic kultivéiert andeems se eenheetlech op BA bei 37 ° C fir 24 Stonnen verbreet hunn, an dann an 1 ml 3% (v/v) Glutaraldehyd an 0,1 M Cacodylate-Puffer bei Raumtemperatur Fix fir 1 Stonn gesammelt, dann centrifugéiert. bei 10.000 g fir 3 Minutten. Dann resuspendéiert de Pellet sanft an 600 μl 0,1 M Kakodylatbuffer. Transfert déi fix ASxL5T Suspension op de Formvar / Kuelestofffilm op engem 200 Mesh Kupfergitter. D'Bakterien goufen mat 0,5% (w /v) uranyl acetate fir 1 Minutt gefierft an vun TEM iwwerpréift mat engem TEI Tecnai G2 12 Biotwin Mikroskop. Wéi uewen erwähnt, kombinéieren déi selwecht Zuel vu Réi a Raubdéier an NZCYM Bouillon (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) a inkubéiert fir 48 Stonnen ënner mikroaerobe Bedéngungen vu Campylobacter oder Campylobacter bei 37 ° C, D'Interaktioun vu Raubdéier a Réi gouf och vun TEM iwwerpréift. Aerobe Konditioune fir Escherichia coli. Onofhängeg Ënnersich vu Réi a Raubbakterien fir all Ännerungen an der Zellmorphologie duerch Predatioun ze bestëmmen. D'Sudan schwaarz Method gouf fir optesch Mikroskopie vun der PHB Akkumulation benotzt.
Wuesse ASxL5T Iwwernuechtungskulturen andeems de Wuesstum op BHI oder BA Placke mat engem sterile Swab verschmiert gëtt. Sammelt ASxL5T Zellen a suspendéiert se an MRD (CM0733, Oxoid), a setzt se dann op 4 ° C fir 7 Deeg fir d'Zellen ze hongereg. D'NCTC Referenz oder Labo Stock bakteriell Kultur war an BHI Bouillon oder Nr 2 Nährstoff Bouillon inoculated (CM007, Oxoid), iwwer Nuecht incubated, centrifuged bei 13.000g an resuspended zu MRD bis OD600 war 0,4. Kultur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 146 oxyto6 10817, Listeria Special Bakterien NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus U-Booter Hamburger NCTC 1621T, Salmonella Bakterien 5 Mon7ville NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. De Campylobacter-Host war mikroaerobesch op BA Placke bei 37 ° C an CYM suspendéiert Brout inkubéiert. Déi getest Campylobacter Hosten sinn: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. PT14, C ... Sammelt Zellen am MRD, centrifuge bei 13.000g a resuspendéiert am MRD bis OD600 0,4 ass. Füügt en Aliquot vun 0,5 ml Suspensioun op 5 ml geschmoltenem NZCYM Top Agar (0,6% Agar) a gitt et op eng 1,2% NZCYM Bottomplack. Nom Aushärtung an der Trocknung gouf de seriell verdünnten ASxL5T als 20 µl Drëpsen op all Rasenplat an dräimol verdeelt. D'Kulturtemperatur an d'Atmosphär hänkt vun den Ufuerderunge vun den Testbakterien of.
Benotzt GenElute™ Bakteriell Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) fir DNA aus bakteriellen Isolate virzebereeden. Standard Methode goufen fir PCR amplification vun 16S rRNA Gentherapie a Produit Haaptrei Bestëmmung benotzt Dye Terminatioun Chimie (Eurofins Value Read Service, Däitschland). Benotzt de BLAST-N Programm fir dës Sequenzen mat anere 16S rRNA Gensequenzen ze vergläichen fir enk verbonne Arten ze identifizéieren an ze sammelen. Dës sinn ausgeriicht mat ClustalW am MEGA X Programm. De phylogenetesch Bam gouf mat MEGA X rekonstruéiert mat der maximaler Wahrscheinlechkeetsmethod baséiert op dem Tamura-Nei Modell, mat 1000 guidéierten Exemplare54. Benotzt PureLink ™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) fir DNA fir ganz Genom Sequenzéierung ze extrahieren. D'Genom Sequenz vun ASxL5T gouf mat der Illumina MiSeq Kombinatioun festgeluegt, déi aus 250 bp double-ended Lies besteet aus enger Bibliothéik virbereet mam Nextera Etikettéierungskit an 2 bis 20 kb laang Liesungen vun der PacBio Plattform. Genomics DNA Sequencing Research Facility op der Sembia University. De Genom gouf mat CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dänemark) zesummegesat. ASxL5T Kulturen ginn an der National Type Culture Collection (UK) an der Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) deposéiert. D'Genome vu verwandte Organismen, déi zum Verglach benotzt ginn, sinn: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (Zousatznummer HF680312, komplett); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (Zougangsnummer BMYY01000001, onkomplett); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (Zougangsnummer NZ_AUGV00000000, onkomplett); Marinamonas Gemeinschaft DSM 5604T (addéiert ASM436330v1, onkomplett), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (addéiert MTSD02000001, onkomplett) an Thalassolituus sp. C2-1 (derbäisetzen NZ_VNIL01000001, onkomplett). Benotzt JGI Genome Portal36 op https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= fir d'Ausrichtung Score (AF) an duerchschnëttlech Nukleinsäure Identitéit (ANI) ze bestëmmen. Zu Koppelen. D'Method vu Rodriguez-R & Konstantinidis55 gouf benotzt fir Aminosaier Identitéit (AAI) ze bestëmmen. Benotzt GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 fir eng geschätzte maximal Wahrscheinlechkeet phylogenetesch Bam ze generéieren. Den Inputgenom, deen de verfügbare Referenzgenom representéiert, gëtt aus Referenzgenera ausgewielt, identifizéiert als verbonne mat ASxL5T aus der 16S rRNA Phylogenie. Annotéiert de Bam mam interaktiven Bam vum Liewen Online-Tool (https://itol.embl.de/). Déi funktionell Annotatioun an Analyse vum ASxL5T Genom gëtt mat dem BlastKOALA KEGG Online-Tool mat der KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Modulberäicherungsverdeelung duerchgefouert. D'Verdeelung vu COG Kategorien (orthologe Gruppen) gëtt mat dem EggNOG-Mapper Online-Tool bestëmmt.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ a Muñoz-Dorado, J. Bakteriell Predatioun: 75 Joer an et geet weider! . Ëmwelt. Mikroorganismus. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Diversitéit an antibakteriell Potenzial vu Raubbakterien op der peruanescher Küst. Mäerz Drogen. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Duerch hir Genen wäert Dir se verstoen: déi genomesch Charakteristike vu Raubbakterien. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE De predatoresche Liewensstil vun der Bakteriophage Bdellovibrio. installéieren. Paschtouer Mikroben. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotike vu predatoresche Bakterien. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio an ähnlech Organismen si Prediktoren vun der Mikrobiom Diversitéit a verschiddene Hostpopulatiounen. Mikroorganismus. Ökologie. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. a Ballesté-Delpierre, C. Entdeckt den aktuellen Zoustand vun neien antibakteriellen Agenten. klinesch. Mikroorganismus. Infizéieren. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. D'duebel Predatioun vu Phage a Phage kann d'E. coli Prouf ouni eng eenzeg Predatioun ausrotten. J. Bakterien. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF. Applikatioun Ëmfeld. Mikroorganismus. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. Update d'genomesch Taxonomie an Epidemiologie vum Campylobacter Schwäin. Wëssenschaft. Vertrieder 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: User-frëndlech Workflow fir Systemgenomik. Bioinformatik 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Eng Multiple Sequenz Ausriichtungsmethod déi Zäit a Raum Komplexitéit reduzéiert. BMC biologesch Informatiounen. Eng., 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM, & Gabaldón, T. TrimAl: E Tool fir automatesch Ausriichtung an Trimmen an der grousser Skala phylogenetesch Analyse. Bioinformatik 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ, & Uberbacher, EC Gen an metagenomic Sequenz Iwwersetzung Start Site Viraussetzung. Bioinformatik 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-Plattform an effizient NCBI Klassifikatioun Toolkit. Bio Rxiv. (Zougänglech den 1. Juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Präis, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-ongeféier maximal Wahrscheinlechkeet Bam mat grousser Ausriichtung. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Zougänglech den 1. Juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Enzyklopedie vu Genen a Genom. Nukleinsäurefuerschung. 28, 27-30 (2000).
Tschechesch Republik, L. etc.. D'Roll vun Extremolyten Ectoin an Hydroxyectoin als Stressbeschützer an Nährstoffer: Genetik, Systemgenomik, Biochemie a Strukturanalyse. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differential Protein Ausdrock während dem Wuesstum vun der obligatorescher Marine Kuelewaasserstoff-degradéierend Bakterie Thalassolituus oleivorans MIL-1 wärend dem Wuesstum vu mëttel- a laangketten Alkanen. virun. Mikroorganismus. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., an Jurkevitch, E. Eng nei Comparativ Genomics Method fir definéieren phenotypic-spezifesch Indicateuren weist spezifesch Ierfschaft an predatory Bakterien Mark. Ëffentlech Science Bibliothéik One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etc. Thalassolituus oleivorans Gen. November, Sp. nov., eng nei Zort vu Marine Bakterien déi spezialiséiert ass op d'Benotzung vu Kuelewaasserstoffer. internationalitéit. J. System. Evolutioun. Mikroorganismus. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH. Bacterioplanoides pacificum gen. November, Sp. Am November huet et sech vum Mierwaasser getrennt, dat am Südpazifik zirkuléiert. internationalitéit. J. System. Evolutioun. Mikroorganismus. 66, 5010-5015 (2016).