ຊະນິດໃໝ່ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Gram-negative, aerobic, ທົນທານຕໍ່ເກືອ, ມີການເຄື່ອນໄຫວ, ມີຮູບຊົງ, ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣຍ ASxL5T ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກໜອງຂີ້ງົວໃນເມືອງ Nottinghamshire, ປະເທດອັງກິດ, ແລະໃຊ້ Campylobacter ເປັນຜູ້ຖືກລ້າຂອງມັນ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຊະນິດ Campylobacter ອື່ນໆແລະສະມາຊິກຂອງຄອບຄົວ Enterobacteriaceae ໄດ້ຖືກຄົ້ນພົບເປັນຜູ້ຖືກລ້າ. ຫຼັງຈາກ subculture ໂດຍບໍ່ມີຈຸລັງເຈົ້າພາບ, ການຂະຫຍາຍຕົວ aseptic ອ່ອນແອແມ່ນບັນລຸໄດ້ໃນນ້ໍາສະຫມອງຫົວໃຈ. ເງື່ອນໄຂການຂະຫຍາຍຕົວທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນ 37 °C ແລະ pH ແມ່ນ 7. ການສົ່ງຜ່ານກ້ອງຈຸລະທັດເອເລັກໂຕຣນິກໄດ້ເປີດເຜີຍບາງລັກສະນະທາງສະກຸນທີ່ຜິດປົກກະຕິທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການມີຜູ້ຖືກລ້າ. ການວິເຄາະທາງຟີໂລgenetic ໂດຍໃຊ້ 16S rRNA gene ລໍາດັບຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ isolate ແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບສະມາຊິກຂອງຄອບຄົວ Marine Spirulina, ແຕ່ບໍ່ສາມາດຖືກຈັດປະເພດຢ່າງຊັດເຈນວ່າເປັນສະມາຊິກຂອງສະກຸນໃດນຶ່ງທີ່ຮູ້ຈັກ. ການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດຂອງ ASxL5T ໄດ້ຢືນຢັນຄວາມສໍາພັນກັບສະມາຊິກຂອງ spirochetes ທະເລ. ການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນໄດ້ເປີດເຜີຍວ່າ ASxL5Ts ຫຼາຍໆຊະນິດແບ່ງປັນ 16S rRNA gene sequences ກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ uncultured ຫຼາຍຈາກມະຫາສະຫມຸດ, ຫນ້າດິນແລະນ້ໍາໃຕ້ດິນ. ພວກເຮົາແນະນຳວ່າສາຍພັນ ASxL5T ເປັນຕົວແທນຊະນິດພັນໃໝ່ໃນສະກຸນໃໝ່. ພວກເຮົາແນະນໍາຊື່ Venatorbacter cucullus gen. ເດືອນພະຈິກ, sp. ໃນເດືອນພະຈິກ, ASxL5T ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນປະເພດເມື່ອຍ.
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Predatory ແມ່ນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສະແດງຄວາມສາມາດໃນການລ່າສັດແລະຂ້າເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ມີຊີວິດອື່ນໆເພື່ອໃຫ້ໄດ້ວັດສະດຸແລະພະລັງງານ biosynthetic. ນີ້ແມ່ນແຕກຕ່າງຈາກການຟື້ນຕົວທົ່ວໄປຂອງສານອາຫານຈາກຈຸລິນຊີທີ່ຕາຍແລ້ວ, ແລະມັນຍັງແຕກຕ່າງຈາກການໂຕ້ຕອບຂອງແມ່ກາຝາກ, ເຊິ່ງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍສ້າງຄວາມສໍາພັນໃກ້ຊິດກັບເຈົ້າພາບຂອງພວກເຂົາໂດຍບໍ່ມີການຂ້າພວກມັນ. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຜູ້ລ້າໄດ້ພັດທະນາຮອບວຽນຊີວິດທີ່ແຕກຕ່າງກັນເພື່ອໃຊ້ປະໂຫຍດຈາກແຫຼ່ງອາຫານທີ່ອຸດົມສົມບູນໃນ niches ບ່ອນທີ່ພວກເຂົາພົບເຫັນ (ເຊັ່ນ: ທີ່ຢູ່ອາໄສໃນທະເລ). ພວກມັນເປັນກຸ່ມທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານ taxonomically, ເຊິ່ງເຊື່ອມຕໍ່ພຽງແຕ່ໂດຍວົງຈອນຊີວິດການເຮັດໝັນທີ່ເປັນເອກະລັກຂອງເຂົາເຈົ້າ. ຕົວຢ່າງຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຜູ້ລ້າໄດ້ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນ phyla ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ລວມທັງ: Proteobacteria, Bacteroides, ແລະ Chlorella.3. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ລ້າໄດ້ສຶກສາດີທີ່ສຸດແມ່ນ Bdellovibrio ແລະ Bdellovibrio ແລະສິ່ງມີຊີວິດທີ່ຄ້າຍຄື (BALOs4). ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Predatory ເປັນແຫຼ່ງທີ່ໂດດເດັ່ນຂອງສານປະກອບທາງຊີວະພາບໃຫມ່ແລະສານຕ້ານເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ5.
ເຊື່ອກັນວ່າເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Predatory ຈະເສີມຂະຫຍາຍຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີແລະມີຜົນກະທົບທາງບວກຕໍ່ສຸຂະພາບຂອງລະບົບນິເວດ, ຜົນຜະລິດແລະຄວາມຫມັ້ນຄົງ6. ເຖິງວ່າຈະມີຄຸນລັກສະນະໃນທາງບວກເຫຼົ່ານີ້, ມີການສຶກສາຈໍານວນຫນ້ອຍກ່ຽວກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຜູ້ລ້າໃຫມ່ເນື່ອງຈາກຄວາມຫຍຸ້ງຍາກໃນການປູກຝັງຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະຄວາມຕ້ອງການທີ່ຈະສັງເກດເບິ່ງການພົວພັນລະຫວ່າງເຊນຢ່າງລະມັດລະວັງເພື່ອເຂົ້າໃຈຮອບວຽນຊີວິດທີ່ສັບສົນ. ຂໍ້​ມູນ​ນີ້​ບໍ່​ແມ່ນ​ງ່າຍ​ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ຈາກ​ການ​ວິ​ເຄາະ​ຄອມ​ພິວ​ເຕີ​.
ໃນຍຸກຂອງການຕໍ່ຕ້ານເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນ, ຍຸດທະສາດໃຫມ່ສໍາລັບການກໍານົດເປົ້າຫມາຍຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແມ່ນໄດ້ຖືກສຶກສາ, ເຊັ່ນການນໍາໃຊ້ bacteriophages ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory7,8. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ຖືກແຍກອອກໃນປີ 2019 ໂດຍໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແຍກ phage ຈາກຂີ້ງົວທີ່ເກັບມາຈາກສູນນົມຂອງມະຫາວິທະຍາໄລ Nottingham, Nottinghamshire. ຈຸດປະສົງຂອງການສືບສວນແມ່ນເພື່ອແຍກສິ່ງມີຊີວິດທີ່ມີທ່າແຮງເປັນຕົວຄວບຄຸມທາງຊີວະພາບ. Campylobacter hyointestinalis ເປັນເຊື້ອພະຍາດ zoonotic, ເຊິ່ງກ່ຽວຂ້ອງກັບພະຍາດລໍາໄສ້ຂອງມະນຸດເພີ່ມຂຶ້ນ 10. ມັນແມ່ນຢູ່ທົ່ວທຸກແຫ່ງໃນ serum ແລະຖືກນໍາໃຊ້ເປັນເຈົ້າພາບເປົ້າຫມາຍ.
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກວຸ້ນຊີ້ນງົວ ເພາະວ່າມັນສັງເກດເຫັນວ່າ plaques ທີ່ມັນສ້າງຂຶ້ນໃນສະຫນາມຫຍ້າຂອງ C. hyointestinalis ແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບທີ່ຜະລິດໂດຍ bacteriophages. ນີ້ແມ່ນການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຄາດຄິດ, ເພາະວ່າສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຂະບວນການແຍກ phage ກ່ຽວຂ້ອງກັບການກັ່ນຕອງຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.2 µm, ເຊິ່ງຖືກອອກແບບມາເພື່ອເອົາຈຸລັງແບັກທີເລຍອອກ. ການກວດສອບກ້ອງຈຸລະທັດຂອງວັດສະດຸທີ່ສະກັດຈາກແຜ່ນແຜ່ນໄດ້ເປີດເຜີຍວ່າເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ມີຮູບຊົງໂຄ້ງທີ່ມີເສັ້ນໂຄ້ງທີ່ມີ Gram-negative ຂະຫນາດນ້ອຍບໍ່ໄດ້ສະສົມ polyhydroxybutyrate (PHB). ວັດທະນະທໍາ aseptic ທີ່ເປັນເອກະລາດຂອງຈຸລັງຜູ້ຖືກລ້າແມ່ນຮັບຮູ້ຢູ່ໃນຂະຫນາດກາງແຂງ (ເຊັ່ນ: agar infusion ຫົວໃຈສະຫມອງ (BHI) ແລະ agar ເລືອດ (BA)), ແລະການຂະຫຍາຍຕົວຂອງມັນອ່ອນແອ. ມັນໄດ້ຮັບຫຼັງຈາກ subculture ກັບ inoculum ຫນັກປັບປຸງ. ມັນຈະເລີນເຕີບໂຕໄດ້ດີເທົ່າທຽມກັນພາຍໃຕ້ microaerobic (7% v/v ອົກຊີເຈນ) ແລະສະພາບອົກຊີໃນບັນຍາກາດ, ແຕ່ບໍ່ແມ່ນຢູ່ໃນບັນຍາກາດ anaerobic. ຫຼັງຈາກ 72 ຊົ່ວໂມງ, ເສັ້ນຜ່າກາງຂອງອານານິຄົມມີຂະຫນາດນ້ອຍຫຼາຍ, ເຖິງ 2 ມມ, ແລະມັນເປັນສີ beige, translucent, ຮອບ, convex ແລະເຫຼື້ອມ. ການທົດສອບທາງຊີວະເຄມີມາດຕະຖານຖືກຂັດຂວາງເພາະວ່າ ASxL5T ບໍ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້ຢ່າງເຊື່ອຖືໄດ້ໃນສື່ຂອງແຫຼວ, ເຊິ່ງຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າມັນອາດຈະອີງໃສ່ວົງຈອນຊີວິດທີ່ສັບສົນຂອງການສ້າງ biofilm. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ການ suspension ແຜ່ນໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ ASxL5T ແມ່ນ aerobic, ໃນທາງບວກສໍາລັບການ oxidase ແລະ catalase, ແລະສາມາດທົນທານຕໍ່ 5% NaCl. ASxL5T ແມ່ນທົນທານຕໍ່ກັບ 10 µg streptomycin, ແຕ່ມີຄວາມອ່ອນໄຫວຕໍ່ກັບຢາຕ້ານເຊື້ອອື່ນໆທັງຫມົດທີ່ທົດສອບ. ຈຸລັງແບັກທີເລຍ ASxL5T ໄດ້ຖືກກວດສອບໂດຍ TEM (ຮູບ 1). ໃນເວລາທີ່ການຂະຫຍາຍຕົວໂດຍບໍ່ມີຈຸລັງຜູ້ຖືກລ້າໃນ BA, ຈຸລັງ ASxL5T ແມ່ນ Campylobacter ຂະຫນາດນ້ອຍ, ມີຄວາມຍາວສະເລ່ຍຂອງ 1.63 μm (± 0.4), ຄວາມກວ້າງຂອງ 0.37 μm (± 0.08), ແລະເສົາດຽວຍາວ (ເຖິງ 5 μm). flagella ທາງເພດ. ປະມານ 1.6% ຂອງຈຸລັງປະກົດວ່າມີຄວາມກວ້າງຫນ້ອຍກວ່າ 0.2 μm, ເຊິ່ງຈະຊ່ວຍໃຫ້ການຖ່າຍທອດຜ່ານອຸປະກອນການກັ່ນຕອງ. ການຂະຫຍາຍໂຄງສ້າງທີ່ຜິດປົກກະຕິໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນຢູ່ເທິງສຸດຂອງບາງຈຸລັງ, ຄ້າຍຄືກັບ fairing (Latin cucullus) (ເບິ່ງລູກສອນໃນ 1D, E, G). ນີ້ເບິ່ງຄືວ່າປະກອບດ້ວຍເຍື່ອຫຸ້ມນອກເກີນ, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນຍ້ອນການຫຼຸດລົງຢ່າງໄວວາຂອງຂະຫນາດຂອງຊອງ periplasmic, ໃນຂະນະທີ່ເຍື່ອຊັ້ນນອກຍັງຄົງຢູ່, ສະແດງໃຫ້ເຫັນຮູບລັກສະນະ "ວ່າງ". ການປູກຝັງ ASxL5T ໃນການຂາດສານອາຫານ (ໃນ PBS) ເປັນເວລາດົນຢູ່ທີ່ 4 ° C ສົ່ງຜົນໃຫ້ຈຸລັງສ່ວນໃຫຍ່ (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງຫມົດ) ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງ morphology coccal (ຮູບ 1C). ເມື່ອ ASxL5T ເຕີບໃຫຍ່ດ້ວຍ Campylobacter jejuni ເປັນຜູ້ຖືກລ້າເປັນເວລາ 48 ຊົ່ວໂມງ, ຂະຫນາດຂອງເຊນໂດຍສະເລ່ຍແມ່ນຍາວແລະແຄບກວ່າຈຸລັງທີ່ເຕີບໂຕໂດຍບໍ່ມີເຈົ້າພາບ (ຕາຕະລາງ 1 ແລະຮູບ 1E). ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ເມື່ອ ASxL5T ເຕີບໂຕກັບ E. coli ເປັນຜູ້ຖືກລ້າເປັນເວລາ 48 ຊົ່ວໂມງ, ຂະຫນາດຂອງເຊນໂດຍສະເລ່ຍແມ່ນຍາວແລະກວ້າງກວ່າເວລາທີ່ມັນເຕີບໂຕໂດຍບໍ່ມີຜູ້ຖືກລ້າ (ຕາຕະລາງ 1), ແລະຄວາມຍາວຂອງເຊນແມ່ນປ່ຽນແປງໄດ້, ປົກກະຕິແລ້ວສະແດງໃຫ້ເຫັນ filamentous (ຮູບ 1F). ເມື່ອຖືກອົບດ້ວຍ Campylobacter jejuni ຫຼື E. coli ເປັນຜູ້ຖືກລ້າເປັນເວລາ 48 ຊົ່ວໂມງ, ຈຸລັງ ASxL5T ບໍ່ມີ flagella ເລີຍ. ຕາຕະລາງ 1 ສະຫຼຸບການສັງເກດການປ່ຽນແປງຂອງຂະຫນາດຂອງເຊນໂດຍອີງໃສ່ການມີ, ບໍ່ມີ, ແລະປະເພດຜູ້ຖືກລ້າຂອງ ASxL5T.
ການສະແດງ TEM ຂອງ ASx5LT: (A) ASx5LT ສະແດງໃຫ້ເຫັນ whip ຍາວ; (B) ຫມໍ້ໄຟ ASx5LT ປົກກະຕິ; (C) cocci ASx5LT ຈຸລັງຫຼັງຈາກ incubation ຍາວໂດຍບໍ່ມີສານອາຫານ; (D) ກຸ່ມຂອງຈຸລັງ ASx5LT ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມຜິດປົກກະຕິ (E) ກຸ່ມຈຸລັງ ASx5LT incubated ກັບ Campylobacter ຜູ້ຖືກລ້າໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງຄວາມຍາວຂອງເຊນທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນເມື່ອທຽບກັບຜູ້ທີ່ບໍ່ມີການຂະຫຍາຍຕົວຂອງຜູ້ຖືກລ້າ (D) ຍັງສະແດງໃຫ້ເຫັນໂຄງສ້າງ apical; (F) ຈຸລັງ Filamentous flagella ຂະຫນາດໃຫຍ່, ASx5LT, ຫຼັງຈາກ incubation ກັບຜູ້ຖືກລ້າ E. coli; (G) ຈຸລັງ ASx5LT ດຽວຫຼັງຈາກ incubation ກັບ E. coli, ສະແດງໃຫ້ເຫັນໂຄງສ້າງເທິງຜິດປົກກະຕິ. ແຖບສະແດງເຖິງ 1 μm.
ການກໍານົດລໍາດັບຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ 16S rRNA (ຈໍານວນການເຂົ້າເຖິງ MT636545.1) ຊ່ວຍໃຫ້ການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນສາມາດສ້າງລໍາດັບທີ່ຄ້າຍຄືກັບກຸ່ມ Gammaproteobacteria, ແລະໃກ້ຊິດກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໃນທະເລທີ່ສຸດໃນຄອບຄົວ spirillum ທະເລ (ຮູບ 2), ແລະເປັນສະມາຊິກຂອງ Thalassolituus. ພີ່ນ້ອງທີ່ໃກ້ຊິດກັບ Marine Bacillus. ລໍາດັບຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ 16S rRNA ແມ່ນແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຊັດເຈນຈາກເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ຂຶ້ນກັບຄອບຄົວ Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). ການປຽບທຽບຄູ່ຂອງ B. bacteriovorus HD100T (ຊະນິດສາຍພັນ, DSM 50701) ແລະ B. bacteriovorus DM11A ແມ່ນ 48.4% ແລະ 47.7%, ແລະສໍາລັບ B. exovorus JSS ມັນແມ່ນ 46.7%. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ມີ 3 ສຳເນົາຂອງ 16S rRNA gene, ສອງອັນທີ່ຄືກັນ, ແລະອັນທີສາມແມ່ນ 3 ຖານຫ່າງກັນ. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ໂດດດ່ຽວອີກສອງຕົວ (ASx5S ແລະ ASx5O; 16S rRNA gene accession number is MT636546.1 ແລະ MT636547.1, ຕາມລໍາດັບ) ມີລັກສະນະທາງສະລີລະວິທະຍາ ແລະ phenotypic ທີ່ຄ້າຍຄືກັນຈາກສະຖານທີ່ດຽວກັນແມ່ນບໍ່ຄືກັນ, ແຕ່ພວກມັນແຕກຕ່າງຈາກ ASxturedact ແລະ unculate. ລຳດັບຖານຂໍ້ມູນຖືກຈັດກຸ່ມເຂົ້າກັນກັບປະເພດອື່ນໆ ໃນ Oceanospirillaceae (ຮູບ 2). ລຳດັບ genome ທັງໝົດຂອງ ASxL5T ໄດ້ຖືກກຳນົດ ແລະບັນທຶກໄວ້ໃນຖານຂໍ້ມູນ NCBI, ແລະໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ແມ່ນ CP046056. genome ຂອງ ASxL5T ປະກອບດ້ວຍໂຄໂມໂຊມວົງຂອງ 2,831,152 bp ກັບອັດຕາສ່ວນ G + C ຂອງ 56.1%. ລໍາດັບ genome ມີ 2653 CDS (ທັງຫມົດ), ເຊິ່ງ 2567 ຄາດຄະເນການເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນ, ເຊິ່ງ 1596 ສາມາດຖືກມອບຫມາຍເປັນຫນ້າທີ່ putative (60.2%). genome ມີ 67 RNA-coding genes, ລວມທັງ 9 rRNAs (3 ແຕ່ລະອັນສໍາລັບ 5S, 16S, ແລະ 23S) ແລະ 57 tRNAs. ຄຸນລັກສະນະທາງພັນທຸກໍາຂອງ ASxL5T ໄດ້ຖືກປຽບທຽບກັບ genomes ທີ່ມີຢູ່ຂອງສາຍພັນຂອງຊະນິດພີ່ນ້ອງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດທີ່ໄດ້ກໍານົດຈາກລໍາດັບ gene 16S rRNA (ຕາຕະລາງ 2). ໃຊ້ຕົວຕົນຂອງອາຊິດ amino (AAI) ເພື່ອປຽບທຽບ genomes Thalassolituus ທີ່ມີຢູ່ທັງໝົດກັບ ASxL5T. ລໍາດັບ genome ທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດ (ບໍ່ຄົບຖ້ວນ) ທີ່ກໍານົດໂດຍ AAI ແມ່ນ Thalassolituus sp. C2-1 (ເພີ່ມ NZ_VNIL01000001). ເຊື້ອສາຍນີ້ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກຕະກອນທະເລເລິກຂອງຮ່ອງຮອຍ Mariana, ແຕ່ປະຈຸບັນບໍ່ມີຂໍ້ມູນ phenotypic ກ່ຽວກັບສາຍພັນນີ້ສໍາລັບການປຽບທຽບ. ເມື່ອປຽບທຽບກັບ ASxL5T ຂອງ 2.82 Mb, genome ຂອງອົງການຈັດຕັ້ງແມ່ນໃຫຍ່ກວ່າຢູ່ທີ່ 4.36 Mb. ຂະຫນາດຂອງ genome ສະເລ່ຍຂອງ spirochetes ທະເລແມ່ນປະມານ 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genomes ອ້າງອີງຄົບຖ້ວນທີ່ສືບສວນຈາກ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), ດັ່ງນັ້ນ genome ຂອງ ASxL5T ແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ. ຄໍາສັ່ງປຽບທຽບກັບສະມາຊິກອື່ນໆ, ມັນແມ່ນຂ້ອນຂ້າງນ້ອຍ. ໃຊ້ GToTree 1.5.54 ເພື່ອສ້າງ genome-based ຄາດຄະເນຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດຂອງ phylogenetic tree (ຮູບ 3A), ໂດຍໃຊ້ລໍາດັບອາຊິດ amino ທີ່ສອດຄ່ອງແລະເຊື່ອມໂຍງຂອງ 172 genes ສໍາເນົາດຽວສະເພາະກັບ Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, ໑໗ ,໑໘. ການວິເຄາະໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າມັນມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບ Thalassolituus, ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຍົນ, ແລະແບັກທີເຣັຍທະເລ. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ຂໍ້ມູນເຫຼົ່ານີ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ ASxL5T ແຕກຕ່າງຈາກພີ່ນ້ອງຂອງມັນຢູ່ໃນ Marine Spirulina ແລະຂໍ້ມູນລໍາດັບ genome ຂອງມັນສາມາດໃຊ້ໄດ້.
ຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ໂດຍໃຊ້ 16S rRNA gene ລໍາດັບຊີ້ໃຫ້ເຫັນຕໍາແຫນ່ງຂອງສາຍພັນ ASxL5T, ASxO5, ແລະ ASxS5 (ກັບລໍາໄສ້) ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ບໍ່ມີການປູກຝັງແລະສາຍພັນໃນທະເລ Marine Spirulinaceae. ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ Genbank ປະຕິບັດຕາມຊື່ສາຍພັນໃນວົງເລັບ. ໃຊ້ ClustalW ເພື່ອຈັດລໍາດັບ, ແລະນໍາໃຊ້ວິທີການຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດແລະຕົວແບບ Tamura-Nei ເພື່ອ infer ຄວາມສໍາພັນ phylogenetic, ແລະປະຕິບັດ 1000 replications ນໍາພາໃນໂຄງການ MEGA X. ຕົວເລກຢູ່ໃນສາຂາຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າມູນຄ່າການສໍາເນົາຄູ່ມືແມ່ນຫຼາຍກວ່າ 50%. Escherichia coli U/541T ຖືກໃຊ້ເປັນກຸ່ມນອກ.
(A) ເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນ phylogenetic ໂດຍອີງໃສ່ genome, ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທະເລ Spirospiraceae ASxL5T ແລະພີ່ນ້ອງໃກ້ຊິດຂອງມັນ, E. coli U 5/41T ເປັນກຸ່ມນອກ. (B) ເມື່ອປຽບທຽບກັບ T. oleivorans MIL-1T, ການແຈກຢາຍປະເພດທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາແມ່ນຄາດຄະເນໂດຍອີງໃສ່ກຸ່ມ orthologous (COG) ກຸ່ມຂອງທາດໂປຼຕີນ ASx5LT. ຕົວເລກຢູ່ເບື້ອງຊ້າຍສະແດງໃຫ້ເຫັນຈໍານວນຂອງ genes ໃນແຕ່ລະປະເພດ COG ທີ່ເປັນປະໂຫຍດໃນແຕ່ລະ genome. ເສັ້ນສະແດງທາງດ້ານຂວາສະແດງໃຫ້ເຫັນອັດຕາສ່ວນຂອງ genomes ທີ່ມີຢູ່ໃນແຕ່ລະກຸ່ມ COG ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ. (C) ເມື່ອປຽບທຽບກັບ T. oleiverans MIL-1T, ການວິເຄາະຂອງ KEGG ຄົບຖ້ວນສົມບູນ (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ເສັ້ນທາງ modular ຂອງ ASxL5T.
ການນໍາໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນ KEGG ເພື່ອກວດກາເບິ່ງພັນທຸກໍາອົງປະກອບທີ່ມີຢູ່ໃນ genome ASxL5T ໄດ້ເປີດເຜີຍເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ gamma aerobic. ASxL5T ມີທັງໝົດ 75 genes ທີ່ຖືກມອບໝາຍໃຫ້ກັບໂປຣຕີນຂອງແບັກທີເລຍ, ລວມທັງພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ chemotaxis, flagella assembly, ແລະ type IV fimbriae system. ໃນປະເພດສຸດທ້າຍ, 9 ໃນ 10 genes ແມ່ນຮັບຜິດຊອບສໍາລັບການເຄື່ອນໄຫວ twitching ຂອງອົງການຈັດຕັ້ງອື່ນໆ. genome ຂອງ ASxL5T ມີເສັ້ນທາງຊີວະພາບສັງເຄາະ tetrahydropyrimidine ຄົບຖ້ວນສົມບູນທີ່ເຂົ້າຮ່ວມໃນການປ້ອງກັນການຕອບສະຫນອງຕໍ່ osmotic stress20, ຕາມທີ່ຄາດໄວ້ສໍາລັບ halophiles. genome ຍັງມີຫຼາຍເສັ້ນທາງທີ່ສົມບູນສໍາລັບ cofactors ແລະວິຕາມິນ, ລວມທັງເສັ້ນທາງການສັງເຄາະ riboflavin. ເຖິງແມ່ນວ່າ gene alkane 1-monooxygenase (alkB2) ແມ່ນມີຢູ່ໃນ ASxL5T, ເສັ້ນທາງການນໍາໃຊ້ໄຮໂດຄາບອນແມ່ນບໍ່ຄົບຖ້ວນ. ໃນ genome sequences ຂອງ ASxL5T, homologues ຂອງ genes ໄດ້ຖືກກໍານົດວ່າເປັນຕົ້ນຕໍຮັບຜິດຊອບສໍາລັບການເຊື່ອມໂຊມຂອງ hydrocarbons ໃນ T. oleiverans MIL-1T21, ເຊັ່ນ: TOL_2658 (alkB) ແລະ TOL_2772 (dehydrogenase ເຫຼົ້າ) ແມ່ນເຫັນໄດ້ຊັດເຈນ. ຮູບ 3B ສະແດງໃຫ້ເຫັນການປຽບທຽບການແຜ່ກະຈາຍພັນທຸກໍາໃນປະເພດ COG ລະຫວ່າງ ASxL5T ແລະນ້ໍາມັນມະກອກ MIL-1T. ໂດຍລວມແລ້ວ, genome ASxL5T ທີ່ມີຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າປະກອບດ້ວຍ genes ຫນ້ອຍລົງຈາກແຕ່ລະປະເພດ COG ເມື່ອທຽບກັບ genome ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ. ເມື່ອຈໍານວນຂອງ genes ໃນແຕ່ລະປະເພດການທໍາງານແມ່ນສະແດງອອກເປັນເປີເຊັນຂອງ genome, ຄວາມແຕກຕ່າງແມ່ນສັງເກດເຫັນໃນອັດຕາສ່ວນຂອງ genes ໃນການແປ, ໂຄງສ້າງ ribosomal ແລະ biogenesis, ແລະປະເພດການຜະລິດພະລັງງານແລະການແປງ, ເຊິ່ງປະກອບເປັນ ASxL5T ຂະຫນາດໃຫຍ່. genome ອັດຕາສ່ວນແມ່ນປຽບທຽບກັບກຸ່ມດຽວກັນທີ່ມີຢູ່ໃນ genome T. oleiverans MIL-1T. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ເມື່ອປຽບທຽບກັບ genome ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T ມີອັດຕາສ່ວນສູງກວ່າຂອງ genes ໃນການຈໍາລອງ, ການປະສົມແລະການສ້ອມແປງ, ແລະປະເພດ transcription. ຫນ້າສົນໃຈ, ຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ໃຫຍ່ທີ່ສຸດໃນເນື້ອຫາຂອງແຕ່ລະປະເພດທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງສອງ genomes ແມ່ນຈໍານວນຂອງ genes ທີ່ບໍ່ຮູ້ຈັກທີ່ມີຢູ່ໃນ ASxL5T (ຮູບ 3B). ການວິເຄາະການເສີມສ້າງຂອງໂມດູນ KEGG ໄດ້ຖືກປະຕິບັດ, ເຊິ່ງແຕ່ລະໂມດູນ KEGG ເປັນຕົວແທນຂອງຊຸດຂອງຫນ່ວຍງານທີ່ກໍານົດເອງສໍາລັບຄໍາບັນຍາຍແລະການຕີຄວາມຫມາຍທາງຊີວະພາບຂອງຂໍ້ມູນລໍາດັບ genome. ການປຽບທຽບການແຈກຢາຍ gene ໃນເສັ້ນທາງໂມດູນ KOG ທີ່ສົມບູນຂອງ ASxL5T ແລະ olive MIL-1T ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຮູບ 3C. ການວິເຄາະນີ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າເຖິງແມ່ນວ່າ ASxL5T ມີເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານຂອງຊູນຟູຣິກແລະໄນໂຕຣເຈນທີ່ສົມບູນ, T. oleiverans MIL-1T ບໍ່ໄດ້. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, T. oleiverans MIL-1T ມີເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານ cysteine ​​​​ແລະ methionine ທີ່ສົມບູນ, ແຕ່ມັນບໍ່ສົມບູນໃນ ASxL5T. ດັ່ງນັ້ນ, ASxL5T ມີໂມດູນລັກສະນະສໍາລັບການດູດຊຶມ sulfate (ກໍານົດເປັນຊຸດຂອງ genes ທີ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເປັນເຄື່ອງຫມາຍ phenotypic, ເຊັ່ນ: ຄວາມອາດສາມາດ metabolic ຫຼື pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) ໃນ T. . ການປຽບທຽບເນື້ອໃນຂອງພັນທຸກໍາຂອງ ASxL5T ກັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງວິຖີຊີວິດຂອງຜູ້ລ້າແມ່ນບໍ່ສາມາດສະຫຼຸບໄດ້. ເຖິງແມ່ນວ່າ gene waaL ທີ່ເຂົ້າລະຫັດ ligase ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ O antigen polysaccharide ກັບຫຼັກແມ່ນມີຢູ່ໃນ genome ASxL5T (ແຕ່ມັນພົບທົ່ວໄປໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Gram-negative ຫຼາຍ), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) Genes ອາດຈະປະກອບມີ 60 amino. ພາກພື້ນອາຊິດທີ່ພົບທົ່ວໄປໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ທີ່ບໍ່ມີຢູ່. ບໍ່ມີ genes ລັກສະນະ predatory ອື່ນໆໃນ genome ASxL5T, ລວມທັງ enzymes ການເຂົ້າລະຫັດທີ່ມີສ່ວນຮ່ວມໃນ isoprenoid biosynthesis ໃນເສັ້ນທາງ mevalonate. ໃຫ້ສັງເກດວ່າບໍ່ມີ gntR gene ລະບຽບການ transcriptional ໃນກຸ່ມຜູ້ລ້າທີ່ຖືກກວດສອບ, ແຕ່ສາມພັນທຸກໍາຄ້າຍຄື gntR ສາມາດຖືກກໍານົດໃນ ASxL5T.
ຄຸນລັກສະນະ phenotypic ຂອງ ASxL5T ໄດ້ຖືກສະຫຼຸບຢູ່ໃນຕາຕະລາງ 3 ແລະປຽບທຽບກັບຄຸນລັກສະນະ phenotypic ຂອງປະເພດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ 23, 24, 25, 26, ແລະ 27 ທີ່ລາຍງານໃນວັນນະຄະດີ. Isolates ຈາກ T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ແລະ Oceanobacter kriegii ມີການເຄື່ອນໄຫວ, ທົນທານຕໍ່ເກືອ, oxidase-positive rod-shaped rod-shaped, ແຕ່ເກືອບບໍ່ມີຄຸນສົມບັດ phenotypic ອື່ນໆທີ່ມີ ASxL5T. pH ສະເລ່ຍຂອງມະຫາສະຫມຸດແມ່ນ 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ເຊິ່ງສະທ້ອນໃຫ້ເຫັນໃນ T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ແລະ O. ຄຣີກີ. ASxL5T ແມ່ນເຫມາະສົມສໍາລັບລະດັບ pH ທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ (4-9) ປົກກະຕິຂອງຊະນິດທີ່ບໍ່ແມ່ນທະເລ. ຄຸນລັກສະນະທາງຟີໂນຂອງ Thalassolituus sp. C2-1. ບໍ່ຮູ້ຈັກ. ລະດັບອຸນຫະພູມການຂະຫຍາຍຕົວຂອງ ASxL5T ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວແມ່ນກວ້າງກວ່າສາຍພັນທາງທະເລ (4–42 °C), ເຖິງແມ່ນວ່າບາງຊະນິດແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງໝົດ T. marinus isolates ແມ່ນທົນທານຕໍ່ຄວາມຮ້ອນ. ຄວາມບໍ່ສາມາດຂະຫຍາຍຕົວ ASxL5T ໃນສື່ນ້ຳໄດ້ປ້ອງກັນການກຳນົດລັກສະນະ phenotypic ຕື່ມອີກ. ໃຊ້ API 20E ເພື່ອທົດສອບວັດສະດຸທີ່ຂູດຈາກແຜ່ນ BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, ການໃຊ້ citrate, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, ຜົນການທົດສອບທັງໝົດແມ່ນເປັນລົບ, ແຕ່ບໍ່ມີ indole, H2Sacetoin. ໄດ້ຖືກຜະລິດ. ຄາໂບໄຮເດຣດທີ່ບໍ່ມີທາດແປ້ງປະກອບມີ: ນໍ້າຕານ, ແມນໂນສ, ອິໂນຊິຕັນ, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin ແລະ arabinose. ເມື່ອປຽບທຽບກັບສາຍພັນອ້າງອີງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງທີ່ເຜີຍແຜ່ແລ້ວ, ໂປຣໄຟລ໌ອາຊິດໄຂມັນເຊວລູລາຂອງສາຍພັນ ASxL5T ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຕາຕະລາງ 4. ອາຊິດໄຂມັນຈຸລັງຫຼັກແມ່ນ C16:1ω6c ແລະ/ຫຼື C16:1ω7c, C16:0 ແລະ C18:1ω9. ອາຊິດໄຂມັນ Hydroxy C12:0 3-OH ແລະ C10:0 3-OH ຍັງມີຢູ່. ອັດຕາສ່ວນຂອງ C16:0 ໃນ ASxL5T ແມ່ນສູງກວ່າມູນຄ່າລາຍງານຂອງປະເພດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ເມື່ອປຽບທຽບກັບ T. marinus IMCC1826TT ທີ່ລາຍງານ, ອັດຕາສ່ວນຂອງ C18:1ω7c ແລະ/ຫຼື C18:1ω6c ໃນ ASxL5T ແມ່ນຫຼຸດລົງ. oleivorans MIL-1T ແລະ O. kriegii DSM 6294T, ແຕ່ບໍ່ໄດ້ກວດພົບໃນ B. sanyensis KCTC 32220T. ການປຽບທຽບໂປຣໄຟລ໌ອາຊິດໄຂມັນຂອງ ASxL5T ແລະ ASxLS ໄດ້ເປີດເຜີຍຄວາມແຕກຕ່າງເລັກນ້ອຍໃນປະລິມານອາຊິດໄຂມັນແຕ່ລະຊະນິດລະຫວ່າງສອງສາຍພັນ, ເຊິ່ງສອດຄ່ອງກັບລໍາດັບ DNA ຂອງສາຍພັນດຽວກັນ. ບໍ່ມີອະນຸພາກ poly-3-hydroxybutyrate (PHB) ໄດ້ຖືກກວດພົບໂດຍໃຊ້ການທົດສອບສີດໍາຂອງຊູດານ.
ກິດຈະກໍາການລ່າສັດຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ໄດ້ຖືກສຶກສາເພື່ອກໍານົດຂອບເຂດຂອງຜູ້ຖືກລ້າ. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍນີ້ສາມາດປະກອບເປັນ plaques ໃນຊະນິດ Campylobacter, ລວມທັງ: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ແລະ C. upsaliensis NCTC 11541T. ໃຊ້ວັດທະນະທໍາທີ່ລະບຸໄວ້ໃນພາກສ່ວນການກໍານົດຂອບເຂດຂອງເຈົ້າພາບຂອງວິທີການເພື່ອທົດສອບລະດັບຄວາມກວ້າງຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Gram-negative ແລະ Gram-positive. ຜົນໄດ້ຮັບສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ ASxL5T ຍັງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ໃນ Escherichia coli NCTC 86 ແລະ Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques ສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນໃນ Klebsiella oxytoca 11466. ການໂຕ້ຕອບ TEM ກັບ E. coli NCTC 86 ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຮູບ 4A-D, ແລະການພົວພັນກັບ Campylobacter jejuni PT14 ແລະ Campylobacter suis S12 ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຮູບ 4E-H ກາງ. ກົນໄກການໂຈມຕີເບິ່ງຄືວ່າມີຄວາມແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງປະເພດຜູ້ຖືກລ້າທີ່ທົດສອບ, ໂດຍມີຈຸລັງ E. coli ໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍຕົວຕິດກັບແຕ່ລະເຊນ ASxL5T ແລະວາງຢູ່ທາງຂ້າງຕາມຈຸລັງທີ່ຂະຫຍາຍກ່ອນທີ່ຈະດູດຊຶມ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ASxL5T ປະກົດວ່າຕິດກັບ Campylobacter ໂດຍຜ່ານຈຸດດຽວຂອງການຕິດຕໍ່, ມັກຈະຕິດຕໍ່ກັບປາຍຂອງເຊນຜູ້ລ້າແລະຢູ່ໃກ້ກັບປາຍຂອງເຊນ Campylobacter (ຮູບ 4H).
TEM ສະແດງໃຫ້ເຫັນການພົວພັນລະຫວ່າງ ASx5LT ແລະຜູ້ຖືກລ້າ: (AD) ແລະ E. coli ຜູ້ຖືກລ້າ; (EH) ແລະ C. jejuni ຜູ້ຖືກລ້າ. (A) ເຊນ ASx5LT ປົກກະຕິທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບເຊນ E. coli (EC) ດຽວ; (B) ASx5LT filamentous ຕິດກັບເຊນ EC ດຽວ; (C) ເຊລ ASx5LT filamentous ທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບຫຼາຍເຊລ EC; (D) Attachment ຈຸລັງ ASx5LT ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າຢູ່ໃນເຊນ E. coli (EC) ດຽວ; (E) ເຊລ ASx5LT ດຽວທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບຈຸລັງ Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT ໂຈມຕີ C. hyointestinalis (CH) ຈຸລັງ; (G) ສອງເຊນ One ASx5LT ໂຈມຕີເຊນ CJ; (H) ມຸມເບິ່ງໃກ້ຊິດຂອງຈຸດແນບ ASx5LT, ຢູ່ໃກ້ກັບປາຍຂອງເຊນ CJ (bar 0.2 μm). ແຖບສະແດງເຖິງ 1 μmໃນ (A–G).
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ຖືກລ້າໄດ້ພັດທະນາເພື່ອໃຊ້ປະໂຫຍດຈາກແຫຼ່ງທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງຜູ້ຖືກລ້າ. ແນ່ນອນ, ພວກມັນມີຢູ່ໃນສະພາບແວດລ້ອມທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼາຍ. ເນື່ອງຈາກຂະຫນາດຂອງປະຊາກອນທີ່ແຄບ, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະແຍກແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ອອກຈາກ slurry ໂດຍໃຊ້ວິທີການແຍກ phage. ຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຂອງ ASxL5T ກັບສະມາຊິກຂອງຄອບຄົວ oceanospirillaceae ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທະເລແມ່ນຫນ້າປະຫລາດໃຈ, ເຖິງແມ່ນວ່າສິ່ງມີຊີວິດມີຄວາມທົນທານຕໍ່ເກືອແລະສາມາດເຕີບໂຕໃນຂະຫນາດກາງທີ່ມີເກືອ 5%. ການວິເຄາະຄຸນນະພາບນ້ໍາຂອງ slurry ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າປະລິມານ sodium chloride ແມ່ນຫນ້ອຍກ່ວາ 0.1%. ດັ່ງນັ້ນ, ຂີ້ຕົມຢູ່ໄກຈາກສະພາບແວດລ້ອມທາງທະເລ - ທັງທາງພູມສາດແລະທາງເຄມີ. ການປະກົດຕົວຂອງສາມແຍກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງແຕ່ແຕກຕ່າງກັນຈາກແຫຼ່ງດຽວກັນໃຫ້ຫຼັກຖານວ່າຜູ້ລ້າເຫຼົ່ານີ້ຈະເລີນເຕີບໂຕໃນສະພາບແວດລ້ອມທີ່ບໍ່ແມ່ນທະເລນີ້. ນອກຈາກນັ້ນ, ການວິເຄາະ microbiome (ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ຈາກ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ 16S rRNA gene sequence ດຽວກັນຢູ່ໃນ 50 ອັນດັບທີ່ອຸດົມສົມບູນທີ່ສຸດປະຕິບັດການ taxa (OTU ) ໃນໄລຍະການເກັບຕົວຢ່າງບໍ່ຫຼາຍປານໃດຂອງຕົມ. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ບໍ່ໄດ້ປູກຝັງຫຼາຍຊະນິດໄດ້ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ Genbank, ເຊິ່ງມີ 16S rRNA gene ລໍາດັບຄ້າຍຄືກັນກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T. ລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້, ຮ່ວມກັນກັບລໍາດັບຂອງ ASxL5T, ASxS5, ແລະ ASxO5, ເບິ່ງຄືວ່າເປັນຕົວແທນຂອງ clades ທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ແຍກອອກຈາກ Thalassolituus ແລະ Oceanobacter (ຮູບ 2). ສາມຊະນິດຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ uncultured (GQ921362, GQ921357 ແລະ GQ921396) ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກນ້ໍາຮອຍແຕກຢູ່ທີ່ຄວາມເລິກ 1.3 ກິໂລແມັດໃນບໍ່ແຮ່ຄໍາຂອງອາຟຣິກາໃຕ້ໃນປີ 2009, ແລະອີກສອງຊະນິດ (DQ256320 ແລະ DQ337006) ຢູ່ໃນອາຟຣິກາໃຕ້ (ນ້ໍາໃຕ້ດິນ). ໃນປີ 2005). ລໍາດັບ gene 16S rRNA ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດທີ່ສຸດກັບ ASxL5T ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງລໍາດັບ 16S rRNA ທີ່ໄດ້ຮັບຈາກວັດທະນະທໍາການເສີມສ້າງຂອງຕະກອນດິນຊາຍທີ່ໄດ້ຮັບຈາກຫາດຊາຍຂອງພາກເຫນືອຂອງຝຣັ່ງໃນປີ 2006 (ຈໍານວນການເຂົ້າເຖິງ AM29240828). ລຳດັບ gene 16S rRNA ອີກອັນໜຶ່ງທີ່ກ່ຽວພັນກັນຢ່າງໃກ້ຊິດຈາກເຊື້ອແບັກທີເຣຍ HQ183822.1 ທີ່ບໍ່ໄດ້ປູກຝັງແມ່ນໄດ້ມາຈາກຖັງເກັບກຳທີ່ຮົ່ວຈາກບ່ອນຖິ້ມຂີ້ເຫຍື້ອຂອງເທດສະບານໃນປະເທດຈີນ. ແນ່ນອນ, ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ບໍ່ໄດ້ເປັນຕົວແທນສູງໃນຖານຂໍ້ມູນ taxonomic, ແຕ່ລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້ຈາກເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ບໍ່ໄດ້ປູກຝັງມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະເປັນຕົວແທນຂອງສິ່ງມີຊີວິດທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບ ASxL5T, ເຊິ່ງຖືກແຈກຢາຍໃນທົ່ວໂລກ, ປົກກະຕິແລ້ວໃນສະພາບແວດລ້ອມທີ່ທ້າທາຍ. ຈາກການວິເຄາະ phylogenetic genome ທັງຫມົດ, ພີ່ນ້ອງທີ່ໃກ້ຊິດກັບ ASxL5T ແມ່ນ Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. ແລະ O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus ແມ່ນສະມາຊິກຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍການແຕກແຍກ hydrocarbon obligate ທະເລ (OHCB), ເຊິ່ງແຜ່ຂະຫຍາຍຢູ່ໃນສະພາບແວດລ້ອມທາງທະເລແລະບົກ, ແລະປົກກະຕິແລ້ວຈະກາຍເປັນທີ່ເດັ່ນຊັດຫຼັງຈາກເຫດການມົນລະພິດໄຮໂດຄາບອນ30,31. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໃນທະເລບໍ່ແມ່ນສະມາຊິກຂອງກຸ່ມ OHCB, ແຕ່ຖືກແຍກອອກຈາກສະພາບແວດລ້ອມທາງທະເລ.
ຂໍ້ມູນ Phenotypic ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ ASxL5T ເປັນຊະນິດພັນໃຫມ່ແລະເປັນສະມາຊິກຂອງສະກຸນທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບການຮັບຮູ້ໃນເມື່ອກ່ອນໃນຄອບຄົວ spirospiraceae ທະເລ. ໃນປັດຈຸບັນບໍ່ມີມາດຕະຖານທີ່ຊັດເຈນທີ່ຈະຈັດປະເພດສາຍພັນທີ່ໂດດດ່ຽວໃຫມ່ເຂົ້າໄປໃນສະກຸນໃຫມ່. ມີຄວາມພະຍາຍາມທີ່ຈະກໍານົດຂອບເຂດຂອງທົ່ວໄປທົ່ວໄປ, ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ, ໂດຍອີງໃສ່ອັດຕາສ່ວນຂອງ genome ຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກອະນຸລັກ (POCP), ແນະນໍາວ່າຄ່າຕັດອອກແມ່ນ 50% ດຽວກັນກັບ strain33 ອ້າງອີງ. ຄົນອື່ນແນະນໍາການໃຊ້ຄ່າ AAI, ເຊິ່ງມີຂໍ້ໄດ້ປຽບຫຼາຍກວ່າ POCP ເພາະວ່າພວກມັນສາມາດໄດ້ຮັບຈາກ genomes34 ທີ່ບໍ່ຄົບຖ້ວນ. ຜູ້ຂຽນເຊື່ອວ່າຖ້າຄ່າ AAI ຕໍ່າກວ່າ 74% ເມື່ອປຽບທຽບກັບຕົວແບບຂອງສາຍພັນແບບຈໍາລອງ, ສາຍພັນແມ່ນຕົວແທນຂອງຊະນິດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ສະກຸນຕົວແບບໃນ spirillaceae ທະເລແມ່ນ spirillum ທະເລ, ແລະສາຍພັນຕົວແບບແມ່ນ O. linum ATCC 11336T. ຄ່າ AAI ລະຫວ່າງ ASxL5T ແລະ O. linum ATCC 11336T ແມ່ນ 54.34%, ແລະຄ່າ AAI ລະຫວ່າງ ASxL5T ແລະ T. oleivorans MIL-1T (ສາຍພັນປະເພດ) ແມ່ນ 67.61%, ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ ASxL5T ເປັນຕົວແທນຂອງສະກຸນໃໝ່ທີ່ແຕກຕ່າງຈາກ Thalassol. ການນໍາໃຊ້ລໍາດັບ 16S rRNA ເປັນມາດຕະຖານການຈັດປະເພດ, ຂອບເຂດກໍານົດຂອບເຂດຂອງສະກຸນທີ່ແນະນໍາແມ່ນ 94.5% 35. ASxL5T ອາດຈະຖືກຈັດໃສ່ຢູ່ໃນສະກຸນ Thalassolituus, ສະແດງໃຫ້ເຫັນ 95.03% 16S rRNA ລໍາດັບເອກະລັກກັບ T. oleivorans MIL-1T ແລະ 96.17%. marinus IMCC1826T. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມັນຍັງຈະຖືກຈັດໃສ່ໃນສະກຸນ Bacteroides ທີ່ມີຕົວຕົນຂອງ gene 16S rRNA 94.64% ກັບ B. sanyensis NV9, ເຊິ່ງຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າການໃຊ້ gene ດຽວເຊັ່ນ: gene 16S rRNA ສາມາດນໍາໄປສູ່ການຈັດປະເພດແລະການມອບຫມາຍໂດຍ arbitrary. ວິທີການທີ່ແນະນໍາອີກອັນຫນຶ່ງແມ່ນໃຊ້ ANI ແລະ Genome Alignment Score (AF) ເພື່ອກວດເບິ່ງກຸ່ມຂອງຈຸດຂໍ້ມູນຈາກທຸກປະເພດແລະສາຍພັນທີ່ບໍ່ແມ່ນປະເພດຂອງ genera ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ. ຜູ້ຂຽນແນະນໍາການສົມທົບຂອບເຂດຂອງສະກຸນກັບຈຸດ inflection ຂອງ genus ຄາດຄະເນສະເພາະກັບ taxa ທີ່ຖືກວິເຄາະ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຖ້າບໍ່ມີລໍາດັບ genome ຄົບຖ້ວນສົມບູນຈາກ Thalassolituus isolates, ມັນເປັນໄປບໍ່ໄດ້ທີ່ຈະກໍານົດວ່າ ASxL5T ເປັນຂອງ genus Thalassolituus ໂດຍວິທີນີ້. ເນື່ອງຈາກຄວາມພ້ອມຈໍາກັດຂອງລໍາດັບ genome ຄົບຖ້ວນສໍາລັບການວິເຄາະ, ຕົ້ນໄມ້ phylogenetic genome ທັງຫມົດຄວນໄດ້ຮັບການຕີຄວາມລະມັດລະວັງ. ອັນທີສອງ, ວິທີການປຽບທຽບ genome ທັງຫມົດບໍ່ສາມາດຄິດໄລ່ຄວາມແຕກຕ່າງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຂະຫນາດຂອງ genomes ປຽບທຽບ. ພວກເຂົາເຈົ້າໄດ້ວັດແທກຄວາມຄ້າຍຄືກັນຂອງ genes ສໍາເນົາດຽວຫຼັກທີ່ມີການອະນຸລັກລະຫວ່າງ genera ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ແຕ່ບໍ່ໄດ້ຄໍານຶງເຖິງຈໍານວນຂອງ genes ທີ່ບໍ່ມີຢູ່ໃນ genome ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າຫຼາຍຂອງ ASxL5T. ແນ່ນອນ, ASxL5T ແລະກຸ່ມລວມທັງ Thalassolituus, Oceanobacter, ແລະ Bacterioplanes ມີບັນພະບຸລຸດທົ່ວໄປ, ແຕ່ການວິວັດທະນາການໄດ້ດໍາເນີນໄປຕາມເສັ້ນທາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ນໍາໄປສູ່ການຫຼຸດລົງຂອງ genome, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນການປັບຕົວເຂົ້າກັບວິຖີຊີວິດຂອງຜູ້ລ້າ. ນີ້ແມ່ນກົງກັນຂ້າມກັບ T. oleivorans MIL-1T, ທີ່ມີຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ 28% ແລະໄດ້ພັດທະນາພາຍໃຕ້ຄວາມກົດດັນດ້ານສິ່ງແວດລ້ອມທີ່ແຕກຕ່າງກັນເພື່ອນໍາໃຊ້ hydrocarbons23,30. ການປຽບທຽບທີ່ຫນ້າສົນໃຈສາມາດເຮັດໄດ້ກັບແມ່ກາຝາກພາຍໃນຈຸລັງແລະ symbionts, ເຊັ່ນ Rickettsia, Chlamydia, ແລະ Buchnera. ຂະຫນາດ genome ຂອງເຂົາເຈົ້າແມ່ນປະມານ 1 Mb. ຄວາມ​ສາ​ມາດ​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້ metabolites ເຊ​ລ​ຂອງ​ເຈົ້າ​ພາບ​ນໍາ​ໄປ​ສູ່​ການ​ສູນ​ເສຍ gene​, ສະ​ນັ້ນ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ເສື່ອມ​ສະ​ພາບ genomic ວິ​ວັດ​ທະ​ນາ​ການ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​. ການປ່ຽນແປງວິວັດທະນາການຈາກສິ່ງມີຊີວິດທາງເຄມີທາງທະເລໄປສູ່ວິຖີຊີວິດທີ່ເປັນສັດຕູອາດສົ່ງຜົນໃຫ້ຂະໜາດຂອງ genome ຫຼຸດລົງ. ການວິເຄາະ COG ແລະ KEGG ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຈໍານວນພັນທຸກໍາທີ່ໃຊ້ສໍາລັບຫນ້າທີ່ສະເພາະແລະຄວາມແຕກຕ່າງທົ່ວໂລກໃນເສັ້ນທາງ genomic ລະຫວ່າງ ASxL5T ແລະ T. oleivorans MIL-1T, ເຊິ່ງບໍ່ແມ່ນຍ້ອນການແຜ່ກະຈາຍຂອງອົງປະກອບທາງພັນທຸກໍາມືຖື. ຄວາມແຕກຕ່າງໃນອັດຕາສ່ວນ G + C ຂອງ genome ທັງຫມົດຂອງ ASxL5T ແມ່ນ 56,1%, ແລະຂອງ T. oleivorans MIL-1T ແມ່ນ 46,6%, ເຊິ່ງຍັງຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າມັນຖືກແຍກອອກ.
ການກວດສອບເນື້ອໃນການຂຽນລະຫັດຂອງ genome ASxL5T ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ເປັນປະໂຫຍດໃນລັກສະນະ phenotypic. ການປະກົດຕົວຂອງ gene encoding type IV fimbriae (Tfp) ແມ່ນມີຄວາມສົນໃຈໂດຍສະເພາະຍ້ອນວ່າພວກມັນສົ່ງເສີມການເຄື່ອນໄຫວຂອງເຊນ, ເອີ້ນວ່າການເລື່ອນພາບທາງສັງຄົມຫຼືການຊັກ, ໂດຍບໍ່ມີ flagella ຢູ່ດ້ານ. ອີງຕາມບົດລາຍງານ, Tfp ມີຫນ້າທີ່ອື່ນໆ, ລວມທັງການລ່າສັດ, ການສ້າງເຊື້ອພະຍາດ, ການສ້າງ biofilm, ການດູດຊຶມ DNA ທໍາມະຊາດ, ການລວບລວມຈຸລັງອັດຕະໂນມັດແລະການພັດທະນາ38. genome ASxL5T ມີ 18 genes encoding diguanylate cyclase (ເອນໄຊທີ່ກະຕຸ້ນການປ່ຽນ 2 guanosine triphosphate ເປັນ guanosine 2 phosphate ແລະ cyclic diGMP) ແລະ 6 genes encoding the corresponding diguanylate cyclase phosphate diguanylate phosphate. gene for esterase (catalyzing the degradation of cyclic di-GMP to guanosine monophosphate) ແມ່ນຫນ້າສົນໃຈເພາະວ່າ cyclic-di-GMP ເປັນ messenger ທີສອງທີ່ສໍາຄັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການພັດທະນາ biofilm ແລະການແຍກ, ການເຄື່ອນໄຫວ, ການຕິດເຊນແລະ virulence 39, 40 ໃນຂະບວນການ. ມັນຄວນຈະໄດ້ຮັບການສັງເກດເຫັນວ່າໃນ Bdellovibrio bacteriovorus, cyclic double GMP ໄດ້ຖືກສະແດງໃຫ້ເຫັນເພື່ອຄວບຄຸມການຫັນປ່ຽນລະຫວ່າງຊີວິດທີ່ບໍ່ເສຍຄ່າແລະຊີວິດ predatory41.
ການຄົ້ນຄວ້າຫຼາຍທີ່ສຸດກ່ຽວກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ໄດ້ສຸມໃສ່ Bdellovibrio, ສິ່ງມີຊີວິດຄ້າຍຄື Bdellovibrio, ແລະຊະນິດ Myxococcus. ເຫຼົ່ານີ້ແລະຕົວຢ່າງທີ່ຮູ້ຈັກອື່ນໆຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ປະກອບເປັນກຸ່ມທີ່ຫຼາກຫຼາຍ. ເຖິງວ່າຈະມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍນີ້, ຊຸດຂອງຄອບຄົວທາດໂປຼຕີນທີ່ມີລັກສະນະທີ່ສະທ້ອນໃຫ້ເຫັນ phenotypes ຂອງ 11 ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ເປັນທີ່ຮູ້ຈັກໄດ້ຖືກລະບຸ3,22. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມີພຽງແຕ່ພັນທຸກໍາທີ່ເຂົ້າລະຫັດ O antigen ligase (waaL) ເທົ່ານັ້ນ, ເຊິ່ງແມ່ນທົ່ວໄປໂດຍສະເພາະໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Gram-negative. ຮູບແບບການວິເຄາະນີ້ບໍ່ເປັນປະໂຫຍດໃນການກໍານົດ ASxL5T ເປັນຜູ້ລ້າ, ອາດຈະເປັນຍ້ອນວ່າມັນໃຊ້ກົນລະຍຸດການໂຈມຕີແບບໃຫມ່. ການມີ genomes ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍຫຼາຍຂຶ້ນຈະຊ່ວຍພັດທະນາການວິເຄາະຄວາມລະອຽດທີ່ລະອຽດກວ່າທີ່ຄໍານຶງເຖິງຫຼັກຖານຂອງຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະສິ່ງແວດລ້ອມລະຫວ່າງສະມາຊິກໃນກຸ່ມ. ຕົວຢ່າງຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ລ້າລ້າບໍ່ໄດ້ລວມຢູ່ໃນການວິເຄາະນີ້ປະກອບມີສະມາຊິກຂອງ Cupriavidus necator42 ແລະ Bradymonabacteria43, ເພາະວ່າເມື່ອນັກຄົ້ນຄວ້າສືບສວນຊຸມຊົນ microbial ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, taxa predatory ໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນ.
ຄຸນລັກສະນະທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ສຸດຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ທີ່ຖືກຈັບໂດຍຮູບພາບ TEM ແມ່ນລັກສະນະທີ່ເປັນເອກະລັກແລະມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງມັນ, ເຊິ່ງສາມາດສົ່ງເສີມການພົວພັນກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຜູ້ຖືກລ້າ. ປະເພດຂອງປະຕິສໍາພັນທີ່ສັງເກດເຫັນແມ່ນແຕກຕ່າງຈາກເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory ອື່ນໆແລະຍັງບໍ່ໄດ້ຮັບການຄົ້ນພົບຫຼືລາຍງານກ່ອນຫນ້ານີ້. ວົງຈອນຊີວິດຂອງຜູ້ລ້າ ASxL5T ທີ່ສະເຫນີແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຮູບ 5. ມີຕົວຢ່າງຈໍານວນຫນ້ອຍໃນວັນນະຄະດີທີ່ມີໂຄງສ້າງ apical ຄ້າຍຄືກັນທີ່ພວກເຮົາລາຍງານຢູ່ທີ່ນີ້, ແຕ່ຕົວຢ່າງເຫຼົ່ານີ້ລວມມີ Terasakiispira papahanaumokuakeensis, ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ spirillum ທະເລທີ່ມີການຂະຫຍາຍ apex ບາງຄັ້ງຄາວ 44, ແລະ Alphaproteobacteria, Terasakiispira papahanaumokuakeensis. , ໃນເມື່ອກ່ອນເປັນຂອງສະກຸນ Oceanospirillum, ການສະແດງອັນທີ່ເອີ້ນວ່າ "ຮູບເງົາຂົ້ວໂລກ" 45. ຮູບແບບ Cocci ມັກຈະສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນວັດທະນະທໍາເກົ່າ, ໂດຍສະເພາະກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ມີຮູບແບບໂຄ້ງ, ເຊັ່ນ Vibrio, Campylobacter, ແລະ Helicobacter 46, 47, 48, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນຕົວແທນຂອງສະພາບທີ່ຊຸດໂຊມ. ຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ເຮັດວຽກຕື່ມອີກເພື່ອຊີ້ແຈງວົງຈອນຊີວິດທີ່ຊັດເຈນຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T. ເພື່ອກໍານົດວິທີການຈັບແລະລ່າ, ແລະບໍ່ວ່າຈະເປັນ genome ຂອງມັນເຂົ້າລະຫັດທາດປະສົມທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວທາງຊີວະພາບທີ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຈຸດປະສົງທາງການແພດຫຼືຊີວະພາບ.
ລາຍລະອຽດຂອງ Venatorbacter gen. ເດືອນພະຈິກ Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ແມ່ນປະກອບດ້ວຍ venators ຈາກ L. n. venator,'hunter' ແລະ Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' . ຈຸລັງແມ່ນອາກາດແອໂລບິກ, ເກືອທົນທານຕໍ່, ໂຄ້ງລົງ, ອອກກໍາລັງກາຍ, ອອກກໍາລັງກາຍ. ບໍ່​ສະ​ສົມ​ໃນ​ລະ​ດັບ​ອຸນ​ຫະ​ພູມ​ຂອງ 4 ຫາ 42 ° C Ingrown ລະ​ດັບ pH ຂອງ 4-9 ແມ່ນ​ຜິດ​ປົກ​ກະ​ຕິ​ໃນ​ຫອຍ​ທະ​ເລ​, ສ່ວນ​ຫຼາຍ​ແມ່ນ​ບໍ່​ທົນ​ທານ​ຕໍ່ pH ຂອງ​ອາ​ຊິດ​ໄຂ​ມັນ​ຕົ້ນ​ຕໍ​ແມ່ນ C16​: 1ω6c ແລະ / ຫຼື C16​: 1ω7c​ , C16:0 ແລະ C18:1ω9; C12:0 3-OH ແລະ C10:0 3-OH ແມ່ນ ພົບເປັນອາຊິດໄຂມັນ hydroxy ເຂົາເຈົ້າບໍ່ຂະຫຍາຍຕົວໃນ broth media ເນື້ອໃນຂອງ DNA G + C ແມ່ນ 56.1 mol%. ຢູ່ໃນຄອບຄົວ.
ລາຍລະອຽດຂອງ Venatorbacter cucullus sp. ເດືອນພະຈິກ Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus ຫມາຍຄວາມວ່າ fairing).
ນອກຈາກນັ້ນ, ລັກສະນະການອະທິບາຍຂອງສະກຸນນີ້ແມ່ນວ່າເມື່ອປູກໃນ BA ຫຼື BHI, ຈຸລັງມີຄວາມຍາວ 1.63 µm ແລະກວ້າງ 0.37 µm. ອານານິຄົມຂອງ BHI agar ມີຂະຫນາດນ້ອຍຫຼາຍ, ມີເສັ້ນຜ່າກາງເຖິງ 2 ມມຫຼັງຈາກ 72 ຊົ່ວໂມງ. ພວກເຂົາເຈົ້າແມ່ນ beige, translucent, ມົນ, convex ແລະເຫຼື້ອມ. ສະມາຊິກຂອງຊະນິດນີ້ສາມາດນໍາໃຊ້ Escherichia coli ແລະ Klebsiella. Campylobacter ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ Gram-negative ອື່ນໆຈຳນວນໜຶ່ງເຮັດໜ້າທີ່ເປັນຜູ້ຖືກລ້າ.
ເຊື້ອສາຍພັນປົກກະຕິ ASxL5T ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກນົມຊີ້ນງົວໃນເມືອງ Nottinghamshire, ອັງກິດ ແລະຖືກຝາກໄວ້ໃນຄັງເກັບວັດທະນະທໍາແຫ່ງຊາດ (ອັງກິດ): ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ NCTC 14397 ແລະໝາຍເລກເຂົ້າເປັນສະມາຊິກຂອງເນເທີແລນ Bacterial Culture Collection (NCCB) NCCB 100775. ລຳດັບ genome ຄົບຖ້ວນຂອງ AexL5T. ໄດ້ຖືກຝາກໄວ້ໃນ Genbank ອີງຕາມການເພີ່ມເຕີມຂອງ CP046056.
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ASxL5T ໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກນົມງົວໂດຍໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແຍກ phage9,49. ສານລະລາຍຖືກເຈືອຈາງ 1:9 (w/v) ໃນ SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ແລະ 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), ຫຼັງຈາກນັ້ນ incubate. ຢູ່ທີ່ 4°C ເປັນເວລາ 24 ຊົ່ວໂມງ, ໝຸນຊ້າໆເພື່ອຊີ້ບອກ ຜູ້ລ້າເຂົ້າໄປໃນ buffer ໄດ້. suspension ໄດ້ centrifuged ຢູ່ 3000g ສໍາລັບ 3 ນາທີ. supernatant ໄດ້ຖືກເກັບກໍາແລະ centrifuged ຢູ່ທີ່ 13,000g ເປັນຄັ້ງທີສອງສໍາລັບ 5 ນາທີ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, supernatant ໄດ້ຖືກຜ່ານການກັ່ນຕອງເຍື່ອ 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, ເຢຍລະມັນ) ແລະການກັ່ນຕອງເຍື່ອ 0.2 µm (Minisart) ເພື່ອເອົາຈຸລັງແບັກທີເລຍທີ່ຍັງເຫຼືອ. ASxL5T ສາມາດຜ່ານຕົວກອງເຫຼົ່ານີ້ໄດ້. ສະໜາມຫຍ້າອ່ອນໆຂອງ Campylobacter enterosus S12 (ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ NCBI CP040464) ຈາກສານລະລາຍດຽວກັນໄດ້ຖືກກະກຽມໂດຍໃຊ້ເຕັກນິກມາດຕະຖານ. ສານລະລາຍທີ່ຖືກກັ່ນຕອງໄດ້ຖືກແຈກຢາຍໃສ່ແຕ່ລະແຜ່ນຂອງຈຸລັງເຈົ້າພາບເຫຼົ່ານີ້ໃນ 10 µl droplets ໃນ triplicate ແລະອະນຸຍາດໃຫ້ແຫ້ງ. ແຜ່ນໄດ້ຖືກອົບຢູ່ໃນຖັງ microaerophilic ທີ່ 37 ° C ສໍາລັບ 48 ຊົ່ວໂມງພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂ microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ແລະ 80% N2). ແຜ່ນທີ່ເຫັນໄດ້ຊັດເຈນໄດ້ຖືກສະກັດເຂົ້າໄປໃນ SM buffer ແລະຖືກໂອນໄປສູ່ສະຫນາມຫຍ້າສົດຂອງ C. hyointestinalis S12 ເພື່ອຂະຫຍາຍພັນພືດທີ່ມີຊີວິດຊີວາຕື່ມອີກ. ເມື່ອມັນຖືກກໍານົດວ່າເຊື້ອແບັກທີເຣັຍເປັນສາເຫດຂອງ plaque lytic ແລະບໍ່ແມ່ນ phage, ພະຍາຍາມຂະຫຍາຍອົງການຈັດຕັ້ງເປັນເອກະລາດຂອງເຈົ້າພາບແລະມີລັກສະນະເພີ່ມເຕີມ. ວັດທະນະທໍາແອໂຣບິກໄດ້ຖືກປະຕິບັດຢູ່ທີ່ 37 ° C ດ້ວຍ 5% v/v defibrinated ເລືອດມ້າ (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, ເສີມ). ອີງຕາມຄໍາແນະນໍາຂອງຄະນະກໍາມະການມາດຕະຖານທາງດ້ານຄລີນິກແຫ່ງຊາດ, ວິທີການກະຈາຍແຜ່ນດິດຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການທົດສອບຄວາມອ່ອນໄຫວຕ້ານເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ. BHI agar ໄດ້ຖືກປູກຝັງຢູ່ທີ່ 37 ° C ໂດຍໃຊ້ແຜ່ນທີ່ມີຢາຕ້ານເຊື້ອຕໍ່ໄປນີ້ (Oxoid) ສໍາລັບວັດທະນະທໍາແອໂຣບິກ: amoxicillin ແລະກົດ clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg ອາຊິດ Nalidixic 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; ແອມປີຊີລິນ 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. ຄວາມທົນທານຂອງເກືອໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນໂດຍການ incubation aerobic ໃນແຜ່ນ BHI agar ຢູ່ທີ່ 37 ° C. NaCl ເພີ່ມເຕີມໄດ້ຖືກເພີ່ມໃສ່ແຜ່ນ agar BHI ເພື່ອໃຫ້ລະດັບຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນສູງເຖິງ 10% w/v. ຊ່ວງ pH ຖືກກໍານົດໂດຍວັດທະນະທໍາແອໂຣບິກໃນແຜ່ນ agar BHI ຢູ່ທີ່ 37 ° C, ບ່ອນທີ່ລະດັບ pH ໄດ້ຖືກປັບໃຫ້ຢູ່ລະຫວ່າງ 4 ແລະ 9 ດ້ວຍ HCl ທີ່ບໍ່ສະອາດຫຼື NaOH ທີ່ບໍ່ສະອາດ, ແລະຄ່າ pH ເປົ້າຫມາຍແມ່ນໄດ້ຖືກກວດສອບກ່ອນທີ່ຈະຖອກແຜ່ນ. ສໍາລັບການວິເຄາະອາຊິດໄຂມັນ cellular, ASxL5T ໄດ້ຖືກປູກຝັງໃສ່ BHI agar ເປັນເວລາ 3 ມື້ແລະ aerobic ທີ່ 37 ° C. ອີງຕາມ MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) standard protocol of FERA Science Ltd, (York, UK), ອາຊິດໄຂມັນໃນເຊນໄດ້ຖືກສະກັດ, ກະກຽມແລະວິເຄາະ.
ສໍາລັບ TEM, ASxL5T ໄດ້ຖືກປູກຝັງແບບແອໂຣບິກໂດຍການແຜ່ກະຈາຍຢ່າງເທົ່າທຽມກັນໃນ BA ຢູ່ທີ່ 37 ° C ເປັນເວລາ 24 ຊົ່ວໂມງ, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນເກັບກ່ຽວເຂົ້າໄປໃນ 1 ml ຂອງ 3% (v/v) glutaraldehyde ໃນ 0.1 M cacodylate buffer ຢູ່ທີ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງແກ້ໄຂສໍາລັບ 1 ຊົ່ວໂມງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ centrifuge. ຢູ່ທີ່ 10,000 g ສໍາລັບ 3 ນາທີ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຄ່ອຍໆ resuspend pellet ໃນ 600 μl 0.1 M cacodylate buffer. ໂອນ suspension ASxL5T ຄົງທີ່ໄປໃສ່ຟິມ Formvar/carbon ໃນຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ 200 mesh. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໄດ້ຖືກສີດດ້ວຍ uranyl acetate 0.5% (w/v) ເປັນເວລາ 1 ນາທີ ແລະກວດສອບໂດຍ TEM ໂດຍໃຊ້ກ້ອງຈຸລະທັດ TEI Tecnai G2 12 Biotwin. ດັ່ງທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ, ສົມທົບຈໍານວນຜູ້ຖືກລ້າແລະຜູ້ລ້າດຽວກັນໃນ NZCYM broth (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ແລະ incubate ສໍາລັບ 48 ຊົ່ວໂມງພາຍໃຕ້ສະພາບ microaerobic ຂອງ Campylobacter ຫຼື Campylobacter ທີ່ 37 ° C, ປະຕິສໍາພັນຂອງຜູ້ລ້າແລະຜູ້ລ້າ. ຍັງຖືກກວດສອບໂດຍ TEM. ເງື່ອນໄຂແອໂຣບິກສໍາລັບ Escherichia coli. ກວດກາເບິ່ງຜູ້ຖືກລ້າ ແລະເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ເປັນຕົວລ້າຢ່າງເປັນອິດສະຫຼະເພື່ອກຳນົດການປ່ຽນແປງໃດໆໃນສະພາວະຂອງເຊນເນື່ອງຈາກການລ່າສັດ. ວິທີການສີດໍາຂອງຊູດານໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການສະສົມ optical microscopy ຂອງ PHB.
ປູກຝັງວັດທະນະທໍາ ASxL5T ໃນເວລາກາງຄືນໂດຍການສີດການຂະຫຍາຍຕົວໃສ່ແຜ່ນ BHI ຫຼື BA ດ້ວຍຜ້າອະນາໄມ. ລວບລວມຈຸລັງ ASxL5T ແລະໂຈະຢູ່ໃນ MRD (CM0733, Oxoid), ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນໃຫ້ພວກເຂົາຢູ່ທີ່ 4 ° C ເປັນເວລາ 7 ມື້ເພື່ອໃຫ້ຈຸລັງຫິວ. ການອ້າງອິງ NCTC ຫຼືການເກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໃນຫ້ອງທົດລອງໄດ້ຖືກ inoculated ເຂົ້າໄປໃນນ້ໍາ BHI ຫຼືນ້ໍາທາດອາຫານ No. 2 (CM007, Oxoid), incubed ຄືນ, centrifuged ທີ່ 13,000g ແລະ resuspended ໃນ MRD ຈົນກ່ວາ OD600 ແມ່ນ 0.4. ວັດທະນະທໍາ: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 46ocostca, 10817, Listeria ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍພິເສດ NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621NC, Salmonella intestinage7, Salmonella intestinal bacteria. NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. ເຈົ້າພາບ Campylobacter ໄດ້ຖືກອົບດ້ວຍໄມໂຄຣແອໂຣບິກຢູ່ໃນແຜ່ນ BA ຢູ່ທີ່ pended M.C. ແລະ sucrose. ເຈົ້າພາບ Campylobacter ທີ່ໄດ້ຮັບການທົດສອບແມ່ນ: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC5TC, C. lari. PT14, C... ລວບລວມຈຸລັງໃນ MRD, centrifuge ຢູ່ 13,000g ແລະ resuspend ໃນ MRD ຈົນກ່ວາ OD600 ແມ່ນ 0.4. ຕື່ມ aliquot ຂອງ suspension 0.5 ml ກັບ 5 ml melted NZCYM agar ເທິງ (0.6% agar) ແລະຖອກໃສ່ແຜ່ນລຸ່ມ 1.2% NZCYM. ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ແລະ​ຕາກ​ແດດ​ໃຫ້​ແຫ້ງ​, ASxL5T ທີ່​ເຈືອ​ຈາງ​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ​ໄດ້​ຖືກ​ແຈກ​ຢາຍ​ເປັນ 20 µl droplets ໃນ​ສະ​ຫນາມ​ຫຍ້າ​ໃນ​ແຕ່​ລະ triplicate​. ອຸນຫະພູມວັດທະນະທໍາແລະບັນຍາກາດແມ່ນຂຶ້ນກັບຄວາມຕ້ອງການຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍການທົດສອບ.
ໃຊ້ GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) ເພື່ອກະກຽມ DNA ຈາກການແຍກແບັກທີເລຍ. ວິທີການມາດຕະຖານໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການຂະຫຍາຍ PCR ຂອງ 16S rRNA gene ແລະການກໍານົດລໍາດັບຜະລິດຕະພັນໂດຍໃຊ້ເຄມີການຢຸດເຊົາການຍ້ອມສີ (Eurofins Value Read Service, ເຢຍລະມັນ). ໃຊ້ໂປຣແກມ BLAST-N ເພື່ອປຽບທຽບລຳດັບເຫຼົ່ານີ້ກັບລຳດັບ gene 16S rRNA ອື່ນໆເພື່ອລະບຸ ແລະເກັບກຳຊະນິດພັນທີ່ໃກ້ຊິດ. ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນສອດຄ່ອງໂດຍໃຊ້ ClustalW ໃນໂຄງການ MEGA X. ຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ໄດ້ຖືກສ້າງຄືນໃຫມ່ໂດຍໃຊ້ MEGA X ໂດຍໃຊ້ວິທີຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດໂດຍອີງໃສ່ຕົວແບບ Tamura-Nei, ດ້ວຍ 1000 ສໍາເນົາຄູ່ມື 54. ໃຊ້ຊຸດ DNA Genomic PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ເພື່ອສະກັດ DNA ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ. ລໍາດັບ genome ຂອງ ASxL5T ໄດ້ຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້ການປະສົມປະສານຂອງ Illumina MiSeq, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍ 250 bp double-ended reads ປະກອບດ້ວຍຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ກະກຽມໂດຍໃຊ້ຊຸດການຕິດສະຫລາກ Nextera ແລະການອ່ານຍາວ 2 ຫາ 20 kb ຈາກເວທີ PacBio. ສະຖານທີ່ຄົ້ນຄ້ວາການສືບພັນ DNA Sequencing Genomics ຢູ່ມະຫາວິທະຍາໄລ Sembia. genome ໄດ້ຖືກປະກອບໂດຍໃຊ້ CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). ວັດທະນະທໍາ ASxL5T ຖືກຝາກໄວ້ໃນຄັງເກັບວັດທະນະທໍາປະເພດແຫ່ງຊາດ (ອັງກິດ) ແລະການເກັບກໍາວັດທະນະທໍາແບກທີເລຍເນເທີແລນ (NCCB). genomes ຂອງສິ່ງມີຊີວິດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງທີ່ໃຊ້ສໍາລັບການປຽບທຽບແມ່ນ: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ HF680312, ສົມບູນ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ BMYY01000001, ບໍ່ສົມບູນ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (ໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ NZ_AUGV00000000, ບໍ່ສົມບູນ); Marinamonas community DSM 5604T (ເພີ່ມ ASM436330v1, ບໍ່ສົມບູນ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (ເພີ່ມ MTSD02000001, ບໍ່ສົມບູນ) ແລະ Thalassolituus sp. C2-1 (ເພີ່ມ NZ_VNIL01000001, ບໍ່ຄົບຖ້ວນ). ໃຊ້ JGI Genome Portal36 ທີ່ https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ເພື່ອກໍານົດຄະແນນການຈັດລໍາດັບ (AF) ແລະຕົວຕົນຂອງອາຊິດນິວຄລີອິກສະເລ່ຍ (ANI). ໃນຄູ່. ວິທີການຂອງ Rodriguez-R & Konstantinidis55 ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດຕົວຕົນຂອງອາຊິດ amino (AAI). ໃຊ້ GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ເພື່ອສ້າງຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ຄາດຄະເນ. genome ວັດສະດຸປ້ອນທີ່ເປັນຕົວແທນຂອງ genome ອ້າງອິງທີ່ມີຢູ່ແມ່ນໄດ້ຖືກເລືອກຈາກຊະນິດອ້າງອີງທີ່ຖືກລະບຸວ່າມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງກັບ ASxL5T ຈາກ 16S rRNA phylogeny. ຂຽນອະທິບາຍຕົ້ນໄມ້ໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງມືທາງອິນເຕີເນັດແບບໂຕ້ຕອບຂອງຕົ້ນໄມ້ແຫ່ງຊີວິດ (https://itol.embl.de/). ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການວິເຄາະຂອງ genome ASxL5T ແມ່ນດໍາເນີນການໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງມືອອນໄລນ໌ BlastKOALA KEGG ໂດຍໃຊ້ KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) module enrichment. ການແຜ່ກະຈາຍຂອງປະເພດ COG (ກຸ່ມ orthologous) ຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງມືອອນໄລນ໌ eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ແລະ Muñoz-Dorado, J. ການລ່ວງລະເມີດເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ: 75 ປີແລະມັນຍັງສືບຕໍ່! . ສະພາບແວດລ້ອມ. ຈຸລິນຊີ. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. ແລະອື່ນໆ. ຄວາມຫຼາກຫຼາຍ ແລະທ່າແຮງຕ້ານເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຜູ້ລ້າຢູ່ແຄມຝັ່ງທະເລເປຣູ. ຢາເສບຕິດເດືອນມີນາ. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. ໂດຍຜ່ານພັນທຸກໍາຂອງພວກເຂົາ, ທ່ານຈະເຂົ້າໃຈພວກມັນ: ຄຸນລັກສະນະທາງພັນທຸກໍາຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE ຊີວິດຂອງຜູ້ລ້າຂອງ bacteriophage Bdellovibrio. ຕິດຕັ້ງ. Pastor microbes. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. ຢາຕ້ານເຊື້ອຈາກເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ predatory. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ແລະສິ່ງມີຊີວິດທີ່ຄ້າຍຄືກັນແມ່ນຜູ້ຄາດຄະເນຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີໃນປະຊາກອນເຈົ້າພາບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ຈຸລິນຊີ. ນິເວດວິທະຍາ. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ແລະ Ballesté-Delpierre, C. ຄົ້ນພົບສະຖານະປະຈຸບັນຂອງສານຕ້ານເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໃຫມ່. ທາງດ້ານຄລີນິກ. ຈຸລິນຊີ. ຕິດເຊື້ອ. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. ການລ່າສັດສອງເທົ່າຂອງ phage ແລະ phage ສາມາດກໍາຈັດຜູ້ຖືກລ້າ E. coli ໂດຍບໍ່ມີການ predation ດຽວ. J. ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF ການນັບແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Campylobacter ແລະ bacteriophages ທີ່ໂດດດ່ຽວໃນລະຫວ່າງວົງຈອນການໃຫ້ອາຫານຂອງໄກ່ທີ່ບໍ່ມີຂອບເຂດ ແລະອິນຊີ. ສະພາບແວດລ້ອມແອັບພລິເຄຊັນ. ຈຸລິນຊີ. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA ແລະອື່ນໆ. ປັບປຸງການເກັບກຳຂອງພັນທຸກໍາ ແລະການລະບາດຂອງ Campylobacter swine. ວິທະຍາສາດ. ຜູ້ຕາງຫນ້າ 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: ຂະບວນການເຮັດວຽກທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບ genomics ຂອງລະບົບ. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: ວິທີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບທີ່ຊ່ວຍຫຼຸດຜ່ອນຄວາມສັບສົນຂອງເວລາແລະພື້ນທີ່. BMC ຂໍ້​ມູນ​ຊີ​ວະ​ພາບ​. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: ເຄື່ອງມືສໍາລັບການຈັດລຽງອັດຕະໂນມັດແລະການຕັດແຕ່ງໃນການວິເຄາະ phylogenetic ຂະຫນາດໃຫຍ່. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gene ແລະການແປພາສາລໍາດັບ metagenomic ເລີ່ມການຄາດເດົາເວັບໄຊທ໌. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: ຊຸດເຄື່ອງມືການຈັດປະເພດ NCBI ຂ້າມເວທີ ແລະປະສິດທິພາບ. ຊີວະພາບ Rxiv. (ເຂົ້າໃຊ້ໃນວັນທີ 1 ມິຖຸນາ 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
ລາຄາ, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-approximate maximum likelihood tree with large alignment. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU ຂະໜານ. (ເຂົ້າໃຊ້ໃນວັນທີ 1 ມິຖຸນາ 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes ແລະ Genomes. ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວເຄຼຍ. 28, 27-30 (2000).
ສາທາລະນະລັດເຊັກ, L. ແລະອື່ນໆ ບົດບາດຂອງ extremolytes ectoine ແລະ hydroxyectoine ເປັນຜູ້ປົກປ້ອງຄວາມຄຽດແລະສານອາຫານ: ພັນທຸກໍາ, genomics ຂອງລະບົບ, ຊີວະເຄມີ, ແລະການວິເຄາະໂຄງສ້າງ. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differential protein expression ໃນລະຫວ່າງການຈະເລີນເຕີບໂຕຂອງ obligate marine hydrocarbon-degrading bacterium Thalassolituus oleivorans MIL-1 ໃນໄລຍະການຂະຫຍາຍຕົວຂອງ alkanes ຂະຫນາດກາງແລະຍາວ. ດ້ານໜ້າ. ຈຸລິນຊີ. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. A new compariative genomics method for defining phenotypic-specific indicators reveals specific inheritance in predatory bacteria mark. ຫໍສະໝຸດວິທະຍາສາດສາທາລະນະ ໜຶ່ງ. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ແລະອື່ນໆ gene Thalassolituus oleivorans. ເດືອນພະຈິກ, sp. Nov., ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທະເລຊະນິດໃໝ່ທີ່ມີຄວາມຊ່ຽວຊານໃນການນຳໃຊ້ທາດໄຮໂດຄາບອນ. ສາກົນ. J. ລະບົບ. ວິວັດທະນາການ. ຈຸລິນຊີ. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. ເດືອນພະຈິກ, sp. ໃນເດືອນພະຈິກ, ມັນແຍກອອກຈາກນ້ໍາທະເລທີ່ໄຫຼວຽນຢູ່ໃນປາຊີຟິກໃຕ້. ສາກົນ. J. ລະບົບ. ວິວັດທະນາການ. ຈຸລິນຊີ. 66, 5010–5015 (2016).