Naujo tipo gramneigiamos, aerobinės, druskai tolerantiškos, aktyvios, lazdelės formos ir plėšrios bakterijos ASxL5T buvo išskirtos iš karvių mėšlo tvenkinio Notingamšyre, Anglijoje, ir naudojo kampilobakteriją kaip grobį. Vėliau buvo aptiktos kitos Campylobacter rūšys ir Enterobacteriaceae šeimos nariai. Po subkultūros be šeimininkų ląstelių, smegenų širdies infuzijos agare buvo pasiektas silpnas aseptinis augimas. Optimalios augimo sąlygos yra 37 °C ir pH 7. Perdavimo elektronų mikroskopija atskleidė keletą labai neįprastų morfologinių ypatybių, susijusių su grobio prieinamumu. Filogenetinė analizė naudojant 16S rRNR genų seką parodė, kad izoliatas yra susijęs su Marine Spirulina šeimos nariu, tačiau negali būti aiškiai priskirtas jokios žinomos genties nariui. ASxL5T viso genomo sekos nustatymas patvirtino ryšį su jūrų spirochetų nariais. Duomenų bazės paieška atskleidė, kad keli ASxL5T dalijasi 16S rRNR genų sekomis su keliomis nekultūringomis bakterijomis iš vandenyno, žemės paviršiaus ir požeminio vandens. Siūlome, kad padermė ASxL5T yra nauja rūšis naujoje gentyje. Rekomenduojame pavadinimą Venatorbacter cucullus gen. lapkritis, sp. Lapkričio mėn. ASxL5T buvo naudojamas kaip tipo padermė.
Plėšriosios bakterijos yra bakterijos, kurios gali sumedžioti ir nužudyti kitas gyvas bakterijas, kad gautų biosintetinių medžiagų ir energijos. Tai skiriasi nuo bendro maistinių medžiagų atgavimo iš negyvų mikroorganizmų, taip pat nuo parazitinės sąveikos, kai bakterijos užmezga glaudų ryšį su savo šeimininku, jų nežudydamos. Plėšriosios bakterijos išsivystė skirtingais gyvenimo ciklais, kad galėtų pasinaudoti gausiais maisto šaltiniais tose nišose, kuriose jos randamos (pvz., jūros buveinėse). Tai taksonomiškai įvairi grupė, kurią jungia tik unikalus sterilizacijos gyvavimo ciklas1. Plėšriųjų bakterijų pavyzdžiai buvo rasti keliose skirtingose ​​filose, įskaitant: Proteobakterijas, Bacteroides ir Chlorella.3. Tačiau labiausiai ištirtos plėšriosios bakterijos yra Bdellovibrio ir Bdellovibrio ir panašūs organizmai (BALOs4). Plėšriosios bakterijos yra perspektyvus naujų biologiškai aktyvių junginių ir antibakterinių medžiagų šaltinis5.
Manoma, kad plėšriosios bakterijos didina mikrobų įvairovę ir daro teigiamą poveikį ekosistemos sveikatai, produktyvumui ir stabilumui6. Nepaisant šių teigiamų savybių, naujų plėšriųjų bakterijų tyrimų atlikta nedaug dėl bakterijų auginimo sunkumų ir būtinybės atidžiai stebėti ląstelių sąveiką, kad suprastų jų sudėtingus gyvavimo ciklus. Šią informaciją nėra lengva gauti iš kompiuterinės analizės.
Didėjančio atsparumo antimikrobinėms medžiagoms eroje tiriamos naujos strategijos, skirtos nukreipti į bakterinius patogenus, pavyzdžiui, bakteriofagų ir plėšriųjų bakterijų naudojimas7,8. ASxL5T bakterijos buvo išskirtos 2019 m., naudojant fagų išskyrimo technologiją iš karvių mėšlo, surinkto iš Notingemo universiteto Pieno centro, Notingamšyre. Tyrimo tikslas – išskirti organizmus, kurie gali būti biologinės kontrolės agentai. Campylobacter hyointestinalis yra zoonozinis patogenas, kuris vis dažniau siejamas su žmogaus žarnyno ligomis10. Jis yra visur serume ir naudojamas kaip tikslinis šeimininkas.
ASxL5T bakterija buvo išskirta iš jautienos želė, nes pastebėta, kad jos suformuotos apnašos ant C. hyointestinalis pievelės buvo panašios į tas, kurias gamina bakteriofagai. Tai netikėtas atradimas, nes dalis fago išskyrimo proceso apima filtravimą per 0,2 µm filtrą, kuris skirtas bakterijų ląstelėms pašalinti. Mikroskopu ištyrus iš apnašos išskirtą medžiagą, nustatyta, kad mažos gramneigiamos lenktos lazdelės formos bakterijos nekaupė polihidroksibutirato (PHB). Aseptinė kultūra, nepriklausoma nuo grobio ląstelių, realizuojama turtingoje kietoje terpėje (tokioje kaip smegenų širdies infuzinis agaras (BHI) ir kraujo agaras (BA)), o jos augimas yra silpnas. Jis gaunamas po subkultūros su sunkiu inokuliu pagerinti. Vienodai gerai auga mikroaerobinėmis (7 % tūrio deguonies) ir atmosferos deguonies sąlygomis, bet ne anaerobinėje atmosferoje. Po 72 valandų kolonijos skersmuo buvo labai mažas – siekė 2 mm, ji buvo smėlio spalvos, permatoma, apvali, išgaubta ir blizga. Standartiniai biocheminiai tyrimai yra apsunkinti, nes ASxL5T negalima patikimai kultivuoti skystoje terpėje, o tai rodo, kad jis gali priklausyti nuo sudėtingo bioplėvelės susidarymo gyvavimo ciklo. Tačiau plokštelės suspensija parodė, kad ASxL5T yra aerobinis, teigiamas oksidazei ir katalazei ir gali toleruoti 5% NaCl. ASxL5T yra atsparus 10 µg streptomicino, tačiau yra jautrus visiems kitiems tirtiems antibiotikams. ASxL5T bakterijų ląstelės buvo ištirtos TEM (1 pav.). Kai BA auga be grobio ląstelių, ASxL5T ląstelės yra mažos kampilobakterijos, kurių vidutinis ilgis yra 1,63 μm (± 0,4), plotis 0,37 μm (± 0,08) ir vienas ilgas (iki 5 μm) polius. Seksualinės žvyneliai. Atrodo, kad maždaug 1,6 % ląstelių yra mažesnio nei 0,2 μm pločio, o tai leis prasiskverbti per filtro įtaisą. Kai kurių ląstelių viršuje buvo pastebėtas neįprastas struktūrinis išplėtimas, panašus į apvalkalą (lot. cucullus) (žr. rodykles 1D, E, G). Atrodo, kad ją sudaro išorinės membranos perteklius, kuris gali būti dėl greito periplazminio apvalkalo dydžio sumažėjimo, o išorinė membrana lieka nepažeista ir atrodo „laisva“. Ilgą laiką auginant ASxL5T be maistinių medžiagų (PBS) 4 ° C temperatūroje, daugumoje (bet ne visų) ląstelių atsirado kokos morfologija (1C pav.). Kai ASxL5T auga su Campylobacter jejuni kaip grobiu 48 valandas, vidutinis ląstelių dydis yra žymiai ilgesnis ir siauresnis nei ląstelės, auginamos be šeimininko (1 lentelė ir 1E pav.). Priešingai, kai ASxL5T auga su E. coli kaip grobiu 48 valandas, vidutinis ląstelės dydis yra ilgesnis ir platesnis nei tada, kai ji auga be grobio (1 lentelė), o ląstelės ilgis yra įvairus, paprastai rodomas siūliškas (1F pav.). Inkubuojant su Campylobacter jejuni arba E. coli kaip grobiu 48 valandas, ASxL5T ląstelėse žiuželių visiškai nebuvo. 1 lentelėje apibendrinami ląstelių dydžio pokyčių stebėjimai, pagrįsti ASxL5T buvimu, nebuvimu ir grobio tipu.
ASx5LT TEM ekranas: (A) ASx5LT rodo ilgą plakimą; (B) tipinė ASx5LT baterija; (C) cocci ASx5LT ląstelės po ilgo inkubavimo be maistinių medžiagų; (D) ASx5LT ląstelių grupė turi anomalijų (E) ASx5LT ląstelių grupė, inkubuota su Campylobacter grobiu, padidino ląstelių ilgį, palyginti su tomis, kuriose grobis neaugo (D), taip pat parodė viršūninę struktūrą; (F) didelės siūlinės žvyneliai, ASx5LT ląstelės, po inkubacijos su E. coli grobiu; (G) Viena ASx5LT ląstelė po inkubacijos su E. coli, pasižyminti neįprasta viršutine struktūra. Juosta reiškia 1 μm.
Nustačius 16S rRNR geno seką (prijungimo numeris MT636545.1), duomenų bazėse galima nustatyti sekas, panašias į Gammaproteobacteria klasėje esančias sekas, kurios yra arčiausiai jūrinių spirilijų šeimos jūrinių bakterijų (2 pav.) ir yra Thalassolituus genties nariai. Artimiausias Marine Bacillus giminaitis. 16S rRNR geno seka aiškiai skiriasi nuo plėšriųjų bakterijų, priklausančių Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) šeimai. B. bacteriovorus HD100T (tipo padermė, DSM 50701) ir B. bacteriovorus DM11A palyginimai buvo 48,4 % ir 47,7 %, o B. exovorus JSS – 46,7 %. ASxL5T bakterijos turi 3 16S rRNR geno kopijas, iš kurių dvi yra identiškos viena kitai, o trečioji yra 3 bazių atstumu. Kiti du plėšrių bakterijų izoliatai (ASx5S ir ASx5O; 16S rRNR geno prisijungimo numeriai yra atitinkamai MT636546.1 ir MT636547.1), turintys panašias morfologines ir fenotipines charakteristikas iš tos pačios vietos, nėra vienodi, tačiau skiriasi nuo ASxL5T ir nekultūringų Bact. duomenų bazių sekos yra sugrupuotos kartu su kitomis gentimis Oceanospirillaceae (2 pav.). Visa ASxL5T genomo seka buvo nustatyta ir išsaugota NCBI duomenų bazėje, o prisijungimo numeris yra CP046056. ASxL5T genomą sudaro apskrita 2 831 152 bp chromosoma, kurios G + C santykis yra 56,1%. Genomo sekoje yra 2653 CDS (iš viso), iš kurių 2567, kaip prognozuojama, koduoja baltymus, iš kurių 1596 gali būti priskirtos numanomoms funkcijoms (60,2%). Genome yra 67 RNR koduojantys genai, įskaitant 9 rRNR (po 3 5S, 16S ir 23S) ir 57 tRNR. ASxL5T genominės charakteristikos buvo palygintos su turimais artimiausio giminaičio tipo padermių genomais, identifikuotais pagal 16S rRNR geno seką (2 lentelė). Naudokite aminorūgščių tapatybę (AAI), kad palygintumėte visus turimus Thalassolituus genomus su ASxL5T. Artimiausia turima (neišsami) genomo seka, nustatyta AAI, yra Thalassolituus sp. C2-1 (pridėkite NZ_VNIL01000001). Ši padermė buvo išskirta iš giliavandenių Marianos tranšėjos nuosėdų, tačiau šiuo metu fenotipinės informacijos apie šią atmainą palyginimui nėra. Palyginti su ASxL5T 2,82 Mb, organizmo genomas yra didesnis – 4,36 Mb. Vidutinis jūrinių spirochetų genomo dydis yra apie 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 pilni etaloniniai genomai, ištirti iš https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), taigi ASxL5T genomas atitinka užsakymas, palyginti su kitais nariais, yra gana mažas. Naudokite GToTree 1.5.54, kad sukurtumėte genomu pagrįstą apskaičiuotą didžiausios tikimybės filogenetinį medį (3A pav.), naudodami suderintas ir susietas 172 vienos kopijos genų, būdingų Gammaproteobacteria 11, 12, 13, 14, 15, 16, aminorūgščių sekas. 17,18. Analizė parodė, kad jis yra glaudžiai susijęs su Thalassolituus, bakterijų plokštuma ir jūrų bakterijomis. Tačiau šie duomenys rodo, kad ASxL5T skiriasi nuo savo giminaičių Marine Spirulina ir yra jo genomo sekos duomenų.
Filogenetinis medis, kuriame naudojama 16S rRNR geno seka, išryškina ASxL5T, ASxO5 ir ASxS5 padermių padėtį (su žarnomis), palyginti su nekultivuojamomis ir jūrinėmis bakterijų padermėmis Marine Spirulinaceae. „Genbank“ prisijungimo numeris pateikiamas po padermės pavadinimo skliausteliuose. Norėdami suderinti sekas, naudokite ClustalW ir naudokite didžiausios tikimybės metodą bei Tamura-Nei modelį filogenetiniams ryšiams nustatyti ir MEGA X programoje atlikite 1000 valdomų replikacijų. Skaičius ant šakos rodo, kad vadovaujamos kopijos vertė yra didesnė nei 50%. Escherichia coli U/541T buvo naudojama kaip išorinė grupė.
(A) Filogenetinis medis, pagrįstas genomu, parodantis ryšį tarp jūros Spirospiraceae bakterijos ASxL5T ir jos artimų giminaičių, E. coli U 5/41T kaip išorinės grupės. (B) Palyginti su T. oleivorans MIL-1T, genų funkcinės kategorijos pasiskirstymas yra prognozuojamas remiantis ASx5LT baltymo ortologinės grupės (COG) klasteriumi. Paveikslėlis kairėje rodo genų skaičių kiekvienoje funkcinėje COG kategorijoje kiekviename genome. Diagrama dešinėje rodo kiekvienoje funkcinėje COG grupėje esančių genomų procentą. (C) Palyginti su T. oleiverans MIL-1T, atlikta visa KEGG (Kioto genų ir genomų enciklopedijos) modulinė ASxL5T kelio analizė.
Naudojant KEGG duomenų bazę ASxL5T genome esančių komponentų genams ištirti, paaiškėjo tipiškas aerobinio gama Proteus metabolizmo kelias. ASxL5T iš viso yra 75 genai, priskirti bakterijų motoriniams baltymams, įskaitant genus, dalyvaujančius chemotaksyje, žvynelių surinkime ir IV tipo fimbriae sistemoje. Paskutinėje kategorijoje 9 iš 10 genų yra atsakingi už daugelio kitų organizmų trūkčiojimą. ASxL5T genome yra pilnas tetrahidropirimidino biosintezės kelias, kuris dalyvauja apsauginėje reakcijoje į osmosinį stresą20, kaip tikimasi halofilų atveju. Genome taip pat yra daug pilnų kofaktorių ir vitaminų būdų, įskaitant riboflavino sintezės kelius. Nors alkano 1-monooksigenazės (alkB2) genas yra ASxL5T, angliavandenilių panaudojimo kelias nėra baigtas. ASxL5T genomo sekoje akivaizdžiai nėra genų, kurie buvo nustatyti kaip daugiausia atsakingi už angliavandenilių skaidymą T. oleiverans MIL-1T21, homologų, tokių kaip TOL_2658 (alkB) ir TOL_2772 (alkoholio dehidrogenazė). 3B paveiksle parodytas genų pasiskirstymo palyginimas COG kategorijoje tarp ASxL5T ir alyvuogių aliejaus MIL-1T. Apskritai mažesniame ASxL5T genome yra proporcingai mažiau genų iš kiekvienos COG kategorijos, palyginti su didesniu susijusiu genomu. Kai kiekvienos funkcinės kategorijos genų skaičius išreiškiamas genomo procentais, pastebimi skirtumai tarp genų procentinės dalies transliacijos, ribosominės struktūros ir biogenezės kategorijose bei energijos gamybos ir konversijos funkcijų kategorijose, kurios sudaro didesnę ASxL5T. genomas Procentas lyginamas su ta pačia grupe, esančia T. oleiverans MIL-1T genome. Priešingai, palyginti su ASxL5T genomu, T. oleivorans MIL-1T turi didesnį genų procentą replikacijos, rekombinacijos ir taisymo bei transkripcijos kategorijose. Įdomu tai, kad didžiausias kiekvienos dviejų genomų funkcinės kategorijos turinio skirtumas yra nežinomų genų, esančių ASxL5T, skaičius (3B pav.). Buvo atlikta KEGG modulių praturtinimo analizė, kur kiekvienas KEGG modulis reprezentuoja rankiniu būdu apibrėžtų funkcinių vienetų rinkinį genomo sekos duomenų anotavimui ir biologiniam interpretavimui. Genų pasiskirstymo palyginimas visame ASxL5T ir alyvuogių MIL-1T KOG modulio kelyje parodytas 3C paveiksle. Ši analizė rodo, kad nors ASxL5T turi visišką sieros ir azoto metabolizmo kelią, T. oleiverans MIL-1T neturi. Priešingai, T. oleiverans MIL-1T turi pilną cisteino ir metionino metabolizmo kelią, tačiau ASxL5T jis yra neišsamus. Todėl ASxL5T turi būdingą sulfatų asimiliacijos modulį (apibrėžiamas kaip genų rinkinys, kuris gali būti naudojamas kaip fenotipiniai žymenys, pvz., metabolinis pajėgumas ar patogeniškumas; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T Oleiverans MIL-1T. Palyginti ASxL5T genų turinį su genų, kurie rodo grobuonišką gyvenimo būdą, sąrašu nėra įtikinamas. Nors waaL genas, koduojantis ligazę, susietą su O antigeno polisacharidu iki šerdies, yra ASxL5T genome (tačiau jis yra dažnas daugelyje gramneigiamų bakterijų), triptofano 2,3-dioksigenazės (TDO) genai gali apimti 60 amino. rūgščių regionų, dažniausiai aptinkamų plėšriose bakterijose, kurių nėra. ASxL5T genome nėra kitų plėšrūnams būdingų genų, įskaitant tuos, kurie koduoja fermentus, dalyvaujančius izoprenoidų biosintezėje mevalonato kelyje. Atkreipkite dėmesį, kad tirtoje plėšrūnų grupėje nėra transkripcijos reguliavimo geno gntR, tačiau ASxL5T galima nustatyti tris į gntR panašius genus.
ASxL5T fenotipinės charakteristikos apibendrintos 3 lentelėje ir palygintos su susijusių 23, 24, 25, 26 ir 27 genčių fenotipinėmis charakteristikomis, aprašytomis literatūroje. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ir Oceanobacter kriegii izoliatai yra aktyvūs, druskai tolerantiški, oksidazės teigiami lazdelės formos kūnai, tačiau beveik neturi kitų fenotipinių savybių su ASxL5T. Vidutinis vandenyno pH yra 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), tai atsispindi T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ir O. kriegii. ASxL5T tinka didesniam pH diapazonui (4-9), būdingam nejūrinėms rūšims. Thalassolituus sp. fenotipinės savybės. C2-1. Nežinoma. ASxL5T augimo temperatūrų diapazonas paprastai yra platesnis nei jūrinių padermių (4–42 °C), nors kai kurie, bet ne visi T. marinus izoliatai yra atsparūs karščiui. Nesugebėjimas auginti ASxL5T sultinio terpėje užkirto kelią tolesniam fenotipiniam apibūdinimui. Naudokite API 20E, kad ištirtumėte medžiagas, nubrauktas nuo BA plokštelės, ONPG, arginino dihidrolazę, lizino dekarboksilazę, ornitino dekarboksilazę, citrato panaudojimą, ureazę, triptofano deaminazę, želatinos hidrolizės fermentą, visi bandymo rezultatai buvo neigiami, bet nebuvo indolo ir H2S buvo gaminami. Nefermentuoti angliavandeniai yra: gliukozė, manozė, inozitolis, sorbitolis, ramnozė, sacharozė, melibiozė, amigdalinas ir arabinozė. Palyginti su paskelbtomis susijusiomis etaloninėmis padermėmis, ASxL5T padermės ląstelių riebalų rūgščių profilis parodytas 4 lentelėje. Pagrindinės ląstelių riebalų rūgštys yra C16:1ω6c ir (arba) C16:1ω7c, C16:0 ir C18:1ω9. Taip pat egzistuoja hidroksiriebalų rūgštys C12:0 3-OH ir C10:0 3-OH. C16:0 santykis ASxL5T yra didesnis nei nurodyta susijusių genčių vertė. Priešingai, palyginti su praneštu T. marinus IMCC1826TT, C18:1ω7c ir (arba) C18:1ω6c santykis ASxL5T yra sumažintas. oleivorans MIL-1T ir O. kriegii DSM 6294T, bet neaptikta B. sanyensis KCTC 32220T. Palyginus ASxL5T ir ASxLS riebalų rūgščių profilius, paaiškėjo subtilūs atskirų riebalų rūgščių kiekio skirtumai tarp dviejų padermių, kurie atitinka tos pačios rūšies genominę DNR seką. Naudojant Sudano juodųjų testą poli-3-hidroksibutirato (PHB) dalelių neaptikta.
Siekiant nustatyti grobio diapazoną, buvo tiriamas ASxL5T bakterijų grobuoniškas aktyvumas. Ši bakterija gali sudaryti apnašas ant Campylobacter rūšių, įskaitant: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ir C. upsaliensis NCTC 11541T. Norėdami ištirti platesnį gramneigiamų ir gramteigiamų bakterijų spektrą, naudokite kultūras, nurodytas metodo šeimininko diapazono nustatymo skyriuje. Rezultatai rodo, kad ASxL5T taip pat gali būti naudojamas Escherichia coli NCTC 86 ir Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plokštelės susidarė ant Klebsiella oxytoca 11466. TEM sąveika su E. coli NCTC 86 parodyta 4A-D paveiksle, o sąveika su Campylobacter jejuni PT14 ir Campylobacter suis S12 parodyta 4E-H paveikslo viduryje. Atrodo, kad ištirtų grobio tipų atakos mechanizmas skiriasi – viena ar kelios E. coli ląstelės yra pritvirtintos prie kiekvienos ASxL5T ląstelės ir prieš adsorbciją išdėstytos išilgai išplėstos ląstelės. Atrodo, kad ASxL5T prie Campylobacter prisitvirtina per vieną sąlyčio tašką, paprastai liečiantis su plėšrūno ląstelės viršūne ir šalia kampilobakterijos ląstelės viršūnės (4H pav.).
TEM, rodantis ASx5LT ir grobio sąveiką: (AD) ir E. coli grobį; (EH) ir C. jejuni grobis. (A) tipinė ASx5LT ląstelė, prijungta prie vienos E. coli (EC) ląstelės; (B) siūlinis ASx5LT, prijungtas prie vienos EB ląstelės; (C) gijinė ASx5LT ląstelė, prijungta prie kelių EB ląstelių; (D) Mažesnių ASx5LT ląstelių prijungimas prie vienos E. coli (EC) ląstelės; (E) viena ASx5LT ląstelė, prijungta prie Campylobacter jejuni (CJ) ląstelės; (F) ASx5LT atakuoja C. hyointestinalis (CH) ląsteles; (G) dvi Viena ASx5LT ląstelė užpuolė CJ ląstelę; (H) ASx5LT tvirtinimo taško vaizdas netoli CJ ląstelės viršūnės (0,2 μm juosta). Juosta žymi 1 μm (A–G).
Plėšriosios bakterijos išsivystė, kad galėtų pasinaudoti gausiais grobio šaltiniais. Akivaizdu, kad jie plačiai paplitę įvairiose aplinkose. Dėl siauro populiacijos narių dydžio ASxL5T bakterijas iš srutų galima išskirti fagų atskyrimo metodu. ASxL5T genominė reikšmė jūrinių bakterijų oceanospirillaceae šeimos nariams stebina, nors organizmas yra atsparus druskai ir gali augti terpėje, kurioje yra 5% druskos. Srutų vandens kokybės analizė parodė, kad natrio chlorido kiekis buvo mažesnis nei 0,1%. Todėl purvas yra toli nuo jūros aplinkos – tiek geografiškai, tiek chemiškai. Trys susiję, bet skirtingi izoliatai iš to paties šaltinio rodo, kad šie plėšrūnai klesti šioje nejūrinėje aplinkoje. Be to, mikrobiomų analizė (duomenų failus galima rasti adresu https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) parodė, kad ta pati 16S rRNR genų seka yra 50 gausiausių veikiančių taksonų (OTU). ) Keliais purvo mėginių ėmimo intervalais. Genbank duomenų bazėje buvo rasta keletas nekultūringų bakterijų, kurios turi 16S rRNR genų sekas, panašias į ASxL5T bakterijas. Atrodo, kad šios sekos kartu su ASxL5T, ASxS5 ir ASxO5 sekomis atspindi skirtingus kladus, atskirtus nuo Thalassolituus ir Oceanobacter (2 pav.). Trys nekultūringos bakterijos (GQ921362, GQ921357 ir GQ921396) buvo išskirtos iš plyšio vandens 1,3 kilometro gylyje Pietų Afrikos aukso kasykloje 2009 m., o kitos dvi (DQ256320 ir DQ337006) buvo iš Pietų Afrikos požeminio vandens. 2005 metais). 16S rRNR geno seka, labiausiai susijusi su ASxL5T, yra 16S rRNR geno sekos dalis, gauta iš smėlėtų nuosėdų sodrinimo kultūros, gautos iš šiaurės Prancūzijos paplūdimių 2006 m. (priėmimo numeris AM29240828). Kita glaudžiai susijusi 16S rRNR geno seka iš nekultūringos bakterijos HQ183822.1 buvo gauta iš surinkimo rezervuaro, išplauto iš miesto sąvartyno Kinijoje. Akivaizdu, kad ASxL5T bakterijos nėra labai reprezentatyvios taksonominėse duomenų bazėse, tačiau šios nekultūringų bakterijų sekos greičiausiai atstovauja organizmams, panašiems į ASxL5T, kurie yra paplitę visame pasaulyje, dažniausiai sudėtingoje aplinkoje. Iš viso genomo filogenetinės analizės artimiausias ASxL5T giminaitis yra Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ir O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus yra jūrinių angliavandenilių fragmentacijos bakterijų (OHCB) narys, plačiai paplitęs jūrinėje ir sausumos aplinkoje ir dažniausiai tampa dominuojančia po angliavandenilių taršos incidentų30,31. Jūrų bakterijos nepriklauso OHCB grupei, tačiau yra izoliuotos iš jūros aplinkos.
Fenotipiniai duomenys rodo, kad ASxL5T yra nauja rūšis ir anksčiau nepripažintos jūrinių spirospiraceae šeimos genties narys. Šiuo metu nėra aiškaus standarto, pagal kurį naujai išskirtos padermės būtų klasifikuojamos į naują gentį. Buvo bandoma nustatyti universalias genčių ribas, pavyzdžiui, remiantis konservatyvaus baltymo (POCP) genomo procentine dalimi, rekomenduojama, kad ribinė vertė būtų 50% identiška etaloninei padermei33. Kiti siūlo naudoti AAI reikšmes, kurios turi pranašumų prieš POCP, nes jas galima gauti iš neišsamių genomų34. Autorius mano, kad jei AAI vertė yra mažesnė nei 74%, palyginti su modelio rūšies paderme, tai yra kitos genties atstovas. Pavyzdinė jūrinių spirillaceae gentis yra marine spirillum, o pavyzdinė atmaina yra O. linum ATCC 11336T. AAI reikšmė tarp ASxL5T ir O. linum ATCC 11336T yra 54,34%, o AAI reikšmė tarp ASxL5T ir T. oleivorans MIL-1T (genties tipo padermės) yra 67,61%, o tai rodo, kad ASxL5T yra nauja gentis, kuri skiriasi nuo Thalassolituus. Naudojant 16S rRNR genų seką kaip klasifikavimo standartą, siūloma genties delimitacijos riba yra 94,5 %35. ASxL5T gali būti įtrauktas į Thalassolituus gentį, rodantis 95,03% 16S rRNR sekos tapatumą su T. oleivorans MIL-1T ir 96,17%. marinus IMCC1826T. Tačiau jis taip pat bus įtrauktas į Bacteroides gentį, kuri turi 94,64 % 16S rRNR geno tapatumo su B. sanyensis NV9, o tai rodo, kad naudojant vieną geną, pvz., 16S rRNR geną, gali būti klasifikuojama ir priskyrimas savavališkas. Kitas siūlomas metodas naudoja ANI ir Genome Alignment Score (AF), kad būtų galima ištirti visų tipų ir ne tipo esamų genčių duomenų taškų grupavimą. Autorius rekomenduoja derinti genties ribą su įvertintos genties vingio tašku, būdingu analizuojamiems taksonams. Tačiau jei iš Thalassolituus izoliatų nėra pakankamai pilnų genomo sekų, šiuo metodu neįmanoma nustatyti, ar ASxL5T priklauso Thalassolituus genčiai. Dėl ribotų galimybių analizei atlikti visas genomo sekas, visas genomo filogenetinis medis turėtų būti interpretuojamas atsargiai. Antra, viso genomo palyginimo metodai negali atsižvelgti į esminius palyginamų genomų dydžio skirtumus. Jie išmatavo konservuotų pagrindinių vienos kopijos genų panašumą tarp susijusių genčių, tačiau neatsižvelgė į daugybę genų, kurių nėra daug mažesniame ASxL5T genome. Akivaizdu, kad ASxL5T ir grupės, įskaitant Thalassolituus, Oceanobacter ir Bacterioplanes, turi bendrą protėvį, tačiau evoliucija pasuko kitu keliu, todėl genomas sumažėjo, o tai gali būti prisitaikymas prie grobuoniško gyvenimo būdo. Tai prieštarauja T. oleivorans MIL-1T, kuris yra 28 % didesnis ir išsivystė esant skirtingam aplinkos slėgiui, kad panaudotų angliavandenilius23,30. Įdomų palyginimą galima atlikti su privalomais tarpląsteliniais parazitais ir simbiontais, tokiais kaip Rickettsia, Chlamydia ir Buchnera. Jų genomo dydis yra apie 1 Mb. Gebėjimas panaudoti šeimininko ląstelių metabolitus sukelia genų praradimą, todėl įvyko reikšmingas evoliucinis genomo degradavimas. Evoliuciniai pokyčiai nuo jūros cheminių maistinių organizmų iki grobuoniško gyvenimo būdo gali lemti panašų genomo dydžio sumažėjimą. COG ir KEGG analizė išryškina specifinėms funkcijoms naudojamų genų skaičių ir visuotinius ASxL5T ir T. oleivorans MIL-1T genominių kelių skirtumus, kurie nėra susiję su plačiai paplitusiu mobiliųjų genetinių elementų prieinamumu. ASxL5T viso genomo G + C santykio skirtumas yra 56,1%, o T. oleivorans MIL-1T – 46,6%, kas taip pat rodo, kad jis yra atskirtas.
ASxL5T genomo kodavimo turinio tyrimas suteikia funkcinių įžvalgų apie fenotipines charakteristikas. Genų, koduojančių IV tipo fimbrijas (Tfp), buvimas yra ypač svarbus, nes jie skatina ląstelių judėjimą, vadinamą socialiniu slydimu arba traukuliais, be žvynelių ant paviršiaus. Remiantis ataskaitomis, Tfp atlieka ir kitas funkcijas, įskaitant grobuoniškumą, patogenezę, bioplėvelės formavimąsi, natūralų DNR įsisavinimą, automatinį ląstelių agregaciją ir vystymąsi38. ASxL5T genome yra 18 genų, koduojančių diguanilatciklazę (fermentą, kuris katalizuoja 2 guanozino trifosfato pavertimą guanozino 2 fosfatu ir cikliniu diGMP) ir 6 genų, koduojančių atitinkamą diguanilatciklazės fosfato diguanilatą. Esterazės genas (katalizuojantis ciklinio di-GMP skilimą iki guanozino monofosfato) yra įdomus, nes cikl-di-GMP yra svarbus antrasis pasiuntinys, dalyvaujantis bioplėvelės vystyme ir atskyrime, judėjime, ląstelių prijungime ir virulentiškumu 39, 40. Taip pat reikėtų pažymėti, kad Bdellovibrio bacteriovorus atveju buvo įrodyta, kad ciklinis dvigubas GMP kontroliuoja perėjimą nuo laisvo gyvenimo prie grobuoniško gyvenimo būdo41.
Dauguma plėšriųjų bakterijų tyrimų buvo sutelkti į Bdellovibrio, Bdellovibrio panašius organizmus ir Myxococcus rūšis. Šie ir kiti žinomi plėšriųjų bakterijų pavyzdžiai sudaro įvairią grupę. Nepaisant šios įvairovės, buvo nustatytas būdingų baltymų šeimų rinkinys, atspindintis 11 žinomų plėšriųjų bakterijų fenotipus3, 22. Tačiau buvo nustatyti tik genai, koduojantys O antigeno ligazę (waaL), kuri ypač būdinga gramneigiamoms bakterijoms. Ši analizės forma nėra naudinga nustatant ASxL5T kaip plėšrūną, tikriausiai todėl, kad ji naudoja naują atakos strategiją. Įvairesnių plėšriųjų bakterijų genomų prieinamumas padės sukurti tikslesnę raiškos analizę, kurioje būtų atsižvelgta į funkcinių ir aplinkos skirtumų tarp grupės narių įrodymus. Į šią analizę neįtrauktų plėšriųjų bakterijų pavyzdžiai yra Cupriavidus necator42 ir Bradymonabacteria43 nariai, nes mokslininkams tiriant skirtingas mikrobų bendruomenes, susidaro daugiau plėšriųjų taksonų.
Svarbiausias ASxL5T bakterijų, užfiksuotų TEM vaizdu, bruožas yra unikali ir lanksti morfologija, kuri gali skatinti sąveiką su grobio bakterijomis. Stebėta sąveika skiriasi nuo kitų plėšriųjų bakterijų ir anksčiau nebuvo aptikta ar pranešta. Siūlomas plėšrūno ASxL5T gyvavimo ciklas parodytas 5 paveiksle. Literatūroje yra keletas pavyzdžių su panašiomis viršūninėmis struktūromis, kaip čia pateikiame, tačiau šie pavyzdžiai apima Terasakiispira papahanaumokuakeensis, jūrinę spirilinę bakteriją, kurios viršūnė kartais padidėja 44, ir Alphaproteobacteria pusilla, Terasakiella pusilla. , anksčiau priklausęs Oceanospirillum genčiai, 45. Cocci formos dažnai stebimos senesnėse kultūrose, ypač bakterijų su kreivomis formomis, pvz., Vibrio, Campylobacter ir Helicobacter 46, 47, 48, kurios gali būti pablogėjusios būklės. Norint išsiaiškinti tikslų ASxL5T bakterijų gyvavimo ciklą, reikia toliau dirbti. Nustatyti, kaip jis gaudo ir grobia, ar jo genomas koduoja biologiškai aktyvius junginius, kurie gali būti naudojami medicinos ar biotechnologiniais tikslais.
Venatorbacter gen. Lapkričio mėn. Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. susideda iš venatorių iš L. n. venator, "medžiotojas" ir gr. n. bakterija, "lazdelė". Venatorbacter, "medžioklės lazdelė" Ląstelės yra aerobinės, atsparios druskai, neigiamos treniruotės, PHB nesikaupia Nuo 4 iki 42 °C Įaugę pH diapazonas nuo 4 iki 9 Jūrinių sraigių netoleruoja rūgštinės pH. Pagrindinės riebalų rūgštys yra C16:1ω6c, C16:0 ir C18. 1ω9; C12:0 3-OH ir C10:0 3-OH yra randamos kaip hidroksi riebalų rūgštys neauga sultinio terpėje DNR G + C kiekis yra 56,1 mol %. Šios genties atstovai pasižymi atsparumu Campylobacter ir enterobakterijų šeimos narių filogenetinė padėtis.
Venatorbacter cucullus sp. Lapkričio mėn. Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus reiškia giedrą).
Be to, šios genties aprašomoji ypatybė yra ta, kad kai jos auginamos ant BA arba BHI, ląstelės yra 1,63 µm ilgio ir 0,37 µm pločio. BHI agaro kolonijos yra labai mažos, po 72 valandų pasiekia 2 mm skersmens. Jie yra smėlio spalvos, permatomi, apvalūs, išgaubti ir blizgūs. Šios rūšies atstovai gali naudoti Escherichia coli ir Klebsiella. Kampilobakterijos ir keletas kitų gramneigiamų bakterijų yra grobis.
Tipinė padermė ASxL5T buvo išskirta iš jautienos pieno Notingamšyre, JK, ir deponuota Nacionalinėje tipinių kultūrų kolekcijoje (JK): registracijos numeris NCTC 14397 ir Nyderlandų bakterijų kultūrų kolekcijos (NCCB) registracijos numeris NCCB 100775. Visa ASxL5T genomo seka buvo deponuotas Genbank pagal papildymą CP046056.
ASxL5T bakterijos buvo išskirtos iš jautienos pieno naudojant fagų išskyrimo technologiją9,49. Suspensija buvo praskiedžiama santykiu 1:9 (m/v) SM buferiu (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4,7H2O ir 0,01 % želatinos; Sigma Aldrich, Gillingham, JK), tada inkubuojama. 4 °C temperatūroje 24 valandas, lėtai sukant, kad išsiskirtų plėšrūnai į buferį. Suspensija centrifuguojama 3000 g 3 minutes. Supernatantas buvo surinktas ir centrifuguojamas 13 000 g antrą kartą 5 minutes. Tada supernatantas buvo praleistas per 0,45 µm membraninį filtrą (Minisart; Sartorius, Gottingen, Vokietija) ir 0,2 µm membraninį filtrą (Minisart), kad būtų pašalintos likusios bakterinės ląstelės. ASxL5T gali praeiti šiuos filtrus. Minkšta Campylobacter enterosus S12 (NCBI registracijos numeris CP040464) veja iš tos pačios srutos buvo paruošta naudojant standartinius metodus. Filtruota suspensija buvo paskirstyta ant kiekvienos iš šių ląstelių šeimininkų plokštelių 10 µl lašeliais trimis egzemplioriais ir leista išdžiūti. Plokštelė buvo inkubuojama mikroaerofilinėje talpykloje 37°C temperatūroje 48 valandas mikroaerobinėmis sąlygomis (5 % O2, 5 % H2, 10 % CO2 ir 80 % N2). Gautos matomos apnašos buvo ekstrahuotos į SM buferį ir perkeltos į šviežią C. hyointestinalis S12 veją, kad toliau daugintų lizuotų organizmų. Nustačius, kad lizinės plokštelės priežastis yra bakterijos, o ne fagas, pabandykite auginti organizmą nepriklausomai nuo šeimininko ir toliau jį apibūdinti. Aerobinė kultūra buvo atlikta 37 °C temperatūroje su 5 % v/v defibrinuotu arklio krauju (TCS Biosciences Lt, Bekingemas, JK, priedas). Remiantis Nacionalinio klinikinių standartų komiteto gairėmis, antibakterinio jautrumo tyrimui naudojamas disko difuzijos metodas. BHI agaras buvo kultivuojamas 37 °C temperatūroje naudojant diską, kuriame yra šie antibiotikai (oksoidai) aerobinei kultūrai: amoksicilinas ir klavulano rūgštis 30 µg; cefotaksimas 30 µg; streptomicinas 10 µg; ciprofloksacinas 5 µg; Ceftazidimas 30 µg Nalidikso rūgštis 30 µg; Imipenemas 10 µg; Azitromicinas 15 µg; Chloramfenikolis 30 µg; Cefoksitinas 30 µg; Tetraciklinas 30 µg; nitrofurantoinas 300 µg; Aztreonamas 30 µg; Ampicilinas 10 µg; Cefpodoksimas 10 µg; Trimetoprimas-sulfametoksazolas 25 µg. Druskos tolerancija buvo nustatyta aerobiniu inkubavimu BHI agaro plokštelėse 37 ° C temperatūroje. Į BHI agaro plokšteles buvo pridėta papildomai NaCl, kad koncentracijos diapazonas būtų iki 10 % m/t. pH diapazonas nustatomas naudojant aerobinę kultūrą BHI agaro lėkštelėse 37 °C temperatūroje, kur pH diapazonas buvo sureguliuotas tarp 4 ir 9 steriliu HCl arba steriliu NaOH, o tikslinė pH vertė patikrinama prieš pilant lėkštelę. Ląstelių riebalų rūgščių analizei ASxL5T buvo kultivuojamas BHI agare 3 dienas ir aerobinis 37 ° C temperatūroje. Pagal standartinį FERA Science Ltd (Jorkas, JK) protokolą MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versija 6.10) ląstelių riebalų rūgštys buvo ekstrahuotos, paruoštos ir analizuojamos.
TEM atveju ASxL5T buvo kultivuojamas aerobiškai, tolygiai paskleidus ant BA 37 °C temperatūroje 24 valandas, tada surenkamas į 1 ml 3% (v/v) glutaraldehido 0,1 M kakodilato buferyje kambario temperatūroje Fix 1 valandą, tada centrifuguojamas. po 10 000 g 3 minutes. Tada švelniai resuspenduokite nuosėdas 600 μl 0,1 M kakodilato buferyje. Perkelkite fiksuotą ASxL5T suspensiją ant Formvar / anglies plėvelės ant 200 akių vario tinklelio. Bakterijos 1 minutę buvo nudažytos 0,5 % (m/v) uranilo acetatu ir tiriamos TEM, naudojant TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopą. Kaip minėta aukščiau, sumaišykite tą patį grobio ir plėšrūno skaičių NZCYM sultinyje (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ir inkubuokite 48 valandas kampilobakterijų arba kampilobakterijų mikroaerobinėmis sąlygomis 37 °C temperatūroje. Plėšrūno ir grobio sąveika taip pat ištyrė TEM. Aerobinės sąlygos Escherichia coli. Nepriklausomai ištirkite grobį ir plėšriąsias bakterijas, kad nustatytumėte bet kokius ląstelių morfologijos pokyčius dėl plėšrūnų. Sudano juodumo metodas buvo naudojamas optinei PHB kaupimosi mikroskopijai.
Auginkite ASxL5T kultūras per naktį, steriliu tamponu ištepdami augimą ant BHI arba BA plokštelių. Surinkite ASxL5T ląsteles ir suspenduokite jas MRD (CM0733, Oxoid), tada padėkite jas 4 °C temperatūroje 7 dienas, kad ląstelės badautų. NCTC etaloninė arba laboratorinė pradinė bakterijų kultūra buvo pasėta į BHI sultinį arba Nr. 2 maistinių medžiagų sultinį (CM007, Oxoid), inkubuojama per naktį, centrifuguojama 13 000 g ir resuspenduojama MRD, kol OD600 buvo 0,4. Kultūra: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca Specialist 1146618, NCTC 114668 bakterijos NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella žarnyno bakterijos Mondeville NCTC, mutagene NCTC 157471 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter šeimininkas mikroaerobiškai inkubuotas BA plokštelėse 37°C temperatūroje ir suspenduotas NZCYM sultinyje. Ištirti Campylobacter šeimininkai yra: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458 NCTC, C.1 larije 5TC, C.1 larije 5TC. PT14, C... Surinkite ląsteles MRD, centrifuguokite 13 000 g greičiu ir resuspenduokite MRD, kol OD600 bus 0,4. Įpilkite 0,5 ml suspensijos alikvotinę dalį į 5 ml ištirpinto NZCYM viršutinio agaro (0,6 % agaro) ir supilkite ant 1,2 % NZCYM apatinės plokštelės. Po sukietėjimo ir džiovinimo serijiniu būdu praskiestas ASxL5T buvo paskirstytas 20 µl lašeliais ant kiekvienos vejos lentos trimis egzemplioriais. Kultūros temperatūra ir atmosfera priklauso nuo tiriamųjų bakterijų reikalavimų.
Norėdami paruošti DNR iš bakterijų izoliatų, naudokite GenElute™ bakterijų genominės DNR rinkinį (Sigma Aldridge). Standartiniai metodai buvo naudojami 16S rRNR geno PGR amplifikacijai ir produkto sekos nustatymui naudojant dažų terminacijos chemiją (Eurofins Value Read Service, Vokietija). Naudokite BLAST-N programą, kad palygintumėte šias sekas su kitomis 16S rRNR genų sekomis, kad nustatytumėte ir surinktumėte glaudžiai susijusias rūšis. Jie sulygiuoti naudojant ClustalW MEGA X programoje. Filogenetinis medis buvo rekonstruotas naudojant MEGA X, naudojant didžiausios tikimybės metodą, pagrįstą Tamura-Nei modeliu, su 1000 vadovaujamų kopijų54. Naudokite PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, JK), kad išskirtumėte DNR viso genomo sekos nustatymui. ASxL5T genomo seka buvo nustatyta naudojant Illumina MiSeq derinį, kurį sudaro 250 bp dvipusiai skaitymai, sudaryti iš bibliotekos, paruoštos naudojant Nextera ženklinimo rinkinį, ir 2–20 kb ilgio skaitymus iš PacBio platformos. Genomikos DNR sekos tyrimų centras Sembijos universitete. Genomas buvo surinktas naudojant CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danija). ASxL5T kultūros yra saugomos Nacionalinėje tipo kultūrų kolekcijoje (JK) ir Nyderlandų bakterijų kultūrų kolekcijoje (NCCB). Palyginimui naudojami giminingų organizmų genomai: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (priėmimo numeris HF680312, pilnas); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (prijungimo numeris BMYY01000001, neužbaigtas); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (priėmimo numeris NZ_AUGV00000000, nebaigtas); Marinamono bendruomenė DSM 5604T (pridėta ASM436330v1, neužbaigta), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (pridėta MTSD02000001, nebaigta) ir Thalassolituus sp. C2-1 (pridėti NZ_VNIL01000001, neužbaigta). Naudokite JGI Genome Portal36 adresu https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page=, kad nustatytumėte derinimo balą (AF) ir vidutinį nukleorūgščių tapatumą (ANI). Poromis. Aminorūgščių tapatumui (AAI) nustatyti buvo naudojamas Rodriguez-R ir Konstantinidis55 metodas. Naudokite GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18, kad sukurtumėte apskaičiuotą didžiausios tikimybės filogenetinį medį. Įvesties genomas, reprezentuojantis turimą etaloninį genomą, parenkamas iš etaloninių genčių, nustatytų kaip susijusios su ASxL5T iš 16S rRNR filogenezės. Anotavo medį naudodami interaktyvų gyvenimo medžio internetinį įrankį (https://itol.embl.de/). Funkcinė ASxL5T genomo anotacija ir analizė atliekama naudojant BlastKOALA KEGG internetinį įrankį, naudojant KEGG (Kioto genų ir genomų enciklopedijos) modulio praturtinimo paskirstymą. COG kategorijų (ortologinių grupių) pasiskirstymas nustatomas naudojant internetinį įrankį eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ir Muñoz-Dorado, J. Bakterinis plėšrūnas: 75 metai ir tai tęsiasi! . aplinką. mikroorganizmas. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. ir kt. Plėšriųjų bakterijų įvairovė ir antibakterinis potencialas Peru pakrantėje. kovo narkotikai. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. ir kt. Per jų genus jūs juos suprasite: plėšriųjų bakterijų genomines savybes. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bakteriofago Bdellovibrio grobuoniškas gyvenimo būdas. įdiegti. Pastor mikrobai. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotikai iš plėšriųjų bakterijų. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ir panašūs organizmai yra mikrobiomų įvairovės prognozės įvairiose šeimininkų populiacijose. mikroorganizmas. Ekologija. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ir Ballesté-Delpierre, C. Atraskite dabartinę naujų antibakterinių medžiagų būklę. klinikinis. mikroorganizmas. Užkrėsti. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. ir kt. Dvigubas fago ir fago grobuonis gali išnaikinti E. coli grobį be vieno plėšrūno. J. Bakterijos. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Kampilobakterijų ir bakteriofagų, išskirtų laisvai laikomų ir ekologiškų viščiukų šėrimo ciklo metu, skaičius ir įvairovė. Taikymo aplinka. mikroorganizmas. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA ir kt. Atnaujinkite Campylobacter kiaulių genominę taksonomiją ir epidemiologiją. mokslas. Atstovas 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: patogi sistemų genomikos darbo eiga. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: kelių sekų derinimo metodas, kuris sumažina laiko ir erdvės sudėtingumą. BMC biologinė informacija. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM ir Gabaldón, T. TrimAl: automatinio derinimo ir apipjaustymo įrankis atliekant didelio masto filogenetinę analizę. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ ir Uberbacher, EC genų ir metagenominės sekos transliacijos pradžios vietos numatymas. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: kelių platformų ir efektyvus NCBI klasifikavimo įrankių rinkinys. Bio Rxiv. (Prieiga 2021 m. birželio 1 d.); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019 m.).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 apytikslis didžiausios tikimybės medis su dideliu lygiavimu. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Lygiagretus. (Prieiga 2021 m. birželio 1 d.); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kioto genų ir genomų enciklopedija. Nukleino rūgščių tyrimai. 28, 27-30 (2000).
Čekija, L. ir kt. Ekstremolitų ektoino ir hidroksiektoino, kaip streso apsauginių ir maistinių medžiagų, vaidmuo: genetika, sistemos genomika, biochemija ir struktūrinė analizė. Genas (Bazelis). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN ir McKew, BA Diferencinė baltymų ekspresija augant privalomai jūrinei angliavandenilius skaidančiai bakterijai Thalassolituus oleivorans MIL-1 augant vidutinės ir ilgos grandinės alkanams. priekyje. mikroorganizmas. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. ir Jurkevitch, E. Naujas lyginamasis genomikos metodas, skirtas fenotipiniams specifiniams rodikliams apibrėžti, atskleidžia specifinį plėšriųjų bakterijų žymens paveldėjimą. Viešoji mokslo biblioteka Pirmoji. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM ir tt Thalassolituus oleivorans genas. lapkritis, sp. nov., naujo tipo jūrų bakterijos, kurios specializuojasi angliavandenilių naudojime. tarptautiškumas. J. Sistema. evoliucija. mikroorganizmas. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. lapkritis, sp. Lapkričio mėnesį jis atsiskyrė nuo pietinėje Ramiojo vandenyno dalyje cirkuliuojančio jūros vandens. tarptautiškumas. J. Sistema. evoliucija. mikroorganizmas. 66, 5010–5015 (2016).