No govju mēslu dīķa Notingemšīrā, Anglijā, tika izolēts jauna veida gramnegatīvās, aerobās, sāli izturīgās, aktīvās, stieņveida un plēsīgās baktērijas ASxL5T, un par savu upuri izmantoja Campylobacter. Pēc tam kā laupījums tika atklātas citas Campylobacter sugas un Enterobacteriaceae dzimtas pārstāvji. Pēc subkultūras bez saimniekšūnām uz Brain Heart Infusion agara tika panākta vāja aseptiska augšana. Optimālie augšanas apstākļi ir 37 °C un pH ir 7. Transmisijas elektronu mikroskopija atklāja dažas ļoti neparastas morfoloģiskas pazīmes, kas saistītas ar medījuma pieejamību. Filoģenētiskā analīze, izmantojot 16S rRNS gēnu secību, liecināja, ka izolāts ir saistīts ar Marine Spirulina ģimenes locekli, taču to nevar skaidri klasificēt kā nevienas zināmas ģints locekli. ASxL5T visa genoma sekvencēšana apstiprināja attiecības ar jūras spirohetu locekļiem. Datu bāzes meklēšana atklāja, ka vairākiem ASxL5T ir kopīgas 16S rRNS gēnu sekvences ar vairākām nekulturētām baktērijām no okeāna, zemes virsmas un gruntsūdeņiem. Mēs iesakām, ka celms ASxL5T pārstāv jaunu sugu jaunā ģintī. Mēs iesakām nosaukumu Venatorbacter cucullus gen. novembris, sp. Novembrī ASxL5T tika izmantots kā tipa celms.
Plēsīgās baktērijas ir baktērijas, kurām piemīt spēja nomedīt un nogalināt citas dzīvas baktērijas, lai iegūtu biosintētiskos materiālus un enerģiju. Tas atšķiras no vispārējās barības vielu atgūšanas no mirušiem mikroorganismiem, un tas atšķiras arī no parazītu mijiedarbības, kad baktērijas veido ciešas attiecības ar savu saimniekorganismu, tās nenogalinot. Plēsīgās baktērijas ir attīstījušas dažādus dzīves ciklus, lai izmantotu bagātīgos pārtikas avotus nišās, kur tās atrodas (piemēram, jūras biotopos). Tās ir taksonomiski daudzveidīga grupa, ko saista tikai unikālais sterilizācijas dzīves cikls1. Plēsīgo baktēriju piemēri ir atrasti vairākās dažādās filālēs, tostarp: proteobaktērijas, Bacteroides un Chlorella.3. Tomēr visvairāk pētītās plēsīgās baktērijas ir Bdellovibrio un Bdellovibrio un līdzīgi organismi (BALOs4). Plēsīgās baktērijas ir daudzsološs jaunu bioloģiski aktīvo savienojumu un antibakteriālo līdzekļu avots5.
Tiek uzskatīts, ka plēsīgās baktērijas uzlabo mikrobu daudzveidību un pozitīvi ietekmē ekosistēmas veselību, produktivitāti un stabilitāti6. Neskatoties uz šīm pozitīvajām īpašībām, ir maz pētījumu par jaunām plēsīgajām baktērijām, jo ​​ir grūti kultivēt baktērijas un rūpīgi jānovēro šūnu mijiedarbība, lai izprastu to sarežģītos dzīves ciklus. Šo informāciju nav viegli iegūt no datora analīzes.
Laikā, kad pieaug antimikrobiālā rezistence, tiek pētītas jaunas stratēģijas baktēriju patogēnu noteikšanai, piemēram, bakteriofāgu un plēsīgo baktēriju izmantošana 7, 8 . ASxL5T baktērijas tika izolētas 2019. gadā, izmantojot fāgu izolācijas tehnoloģiju no govju mēsliem, kas savākti Notingemas Universitātes Piena centrā, Notingemšīrā. Izmeklēšanas mērķis ir izolēt organismus, kas ir potenciāli bioloģiskās kontroles aģenti. Campylobacter hyointestinalis ir zoonozes patogēns, kas arvien vairāk tiek saistīts ar cilvēka zarnu slimībām10. Tas ir visuresošs serumā un tiek izmantots kā mērķa saimnieks.
ASxL5T baktērija tika izolēta no liellopu gaļas želejas, jo tika novērots, ka plāksnes, ko tā veidoja uz C. hyointestinalis zāliena, bija līdzīgas tām, ko ražo bakteriofāgi. Tas ir negaidīts atklājums, jo daļa no fāgu izolācijas procesa ietver filtrēšanu caur 0,2 µm filtru, kas paredzēts baktēriju šūnu noņemšanai. No plāksnes iegūtā materiāla mikroskopiskā pārbaude atklāja, ka mazās gramnegatīvās izliektās stieņa formas baktērijas neuzkrāja polihidroksibutirātu (PHB). No laupījuma šūnām neatkarīgā aseptiskā kultūra tiek realizēta uz bagātīgas cietas barotnes (piemēram, smadzeņu sirds infūzijas agara (BHI) un asins agara (BA)), un tās augšana ir vāja. To iegūst pēc subkultūras ar smago inokulātu uzlabošanas. Tas aug vienlīdz labi mikroaerobos (7 % tilp. skābekļa) un atmosfēras skābekļa apstākļos, bet ne anaerobā atmosfērā. Pēc 72 stundām kolonijas diametrs bija ļoti mazs, sasniedzot 2 mm, un tā bija bēša, caurspīdīga, apaļa, izliekta un spīdīga. Standarta bioķīmiskā pārbaude ir apgrūtināta, jo ASxL5T nevar droši kultivēt šķidrā barotnē, kas liecina, ka tā var būt atkarīga no sarežģītā bioplēves veidošanās dzīves cikla. Tomēr plāksnes suspensija parādīja, ka ASxL5T ir aeroba, pozitīva oksidāzei un katalāzei un var panest 5% NaCl. ASxL5T ir izturīgs pret 10 µg streptomicīna, bet ir jutīgs pret visām pārējām pārbaudītajām antibiotikām. ASxL5T baktēriju šūnas tika pārbaudītas ar TEM (1. attēls). Audzējot bez laupījuma šūnām uz BA, ASxL5T šūnas ir mazas kampilobaktērijas ar vidējo garumu 1,63 μm (± 0,4), platumu 0,37 μm (± 0,08) un vienu garu (līdz 5 μm) stabu. Seksuālas flagellas. Šķiet, ka aptuveni 1,6% šūnu platums ir mazāks par 0,2 μm, kas ļaus iziet cauri filtra ierīcei. Dažu šūnu augšpusē tika novērots neparasts strukturāls paplašinājums, kas līdzīgs apvalkam (latīņu cucullus) (sk. bultiņas 1D, E, G). Šķiet, ka to veido ārējās membrānas pārpalikums, kas var būt saistīts ar strauju periplazmatiskā apvalka lieluma samazināšanos, savukārt ārējā membrāna paliek neskarta, parādot "brīvu" izskatu. Ilgstoši kultivējot ASxL5T bez barības vielu (PBS) 4 ° C temperatūrā, lielākajai daļai (bet ne visām) šūnām bija kokos morfoloģija (1. C attēls). Kad ASxL5T aug ar Campylobacter jejuni kā laupījumu 48 stundas, vidējais šūnu izmērs ir ievērojami garāks un šaurāks nekā šūnām, kas audzētas bez saimnieka (1. tabula un 1. E attēls). Turpretim, kad ASxL5T aug ar E. coli kā laupījumu 48 stundas, vidējais šūnu izmērs ir garāks un plašāks nekā tad, ja tā aug bez laupījuma (1. tabula), un šūnas garums ir mainīgs, parasti parāda pavedienu (1. F attēls). Inkubējot ar Campylobacter jejuni vai E. coli kā laupījumu 48 stundas, ASxL5T šūnās vispār nebija flagellas. 1. tabulā ir apkopoti novērojumi par šūnu lieluma izmaiņām, pamatojoties uz ASxL5T klātbūtni, neesamību un laupījuma veidu.
ASx5LT TEM displejs: (A) ASx5LT parāda garu pātagu; (B) tipisks ASx5LT akumulators; (C) cocci ASx5LT šūnas pēc ilgstošas ​​inkubācijas bez barības vielām; (D) ASx5LT šūnu grupai ir anomālijas (E) ASx5LT šūnu grupai, kas inkubēta ar Campylobacter upuri, bija palielināts šūnu garums, salīdzinot ar tām, kurām nebija upuru augšanas (D), arī apikāla struktūra; (F) lielas pavedienveida flagellas, ASx5LT šūnas, pēc inkubācijas ar E. coli laupījumu; (G) Viena ASx5LT šūna pēc inkubācijas ar E. coli, kas parāda neparastu augšējo struktūru. Stienis ir 1 μm.
16S rRNS gēna secības noteikšana (piekļuves numurs MT636545.1) ļauj veikt meklēšanu datu bāzē, lai izveidotu sekvences, kas līdzīgas Gammaproteobacteria klases sekvencēm, un tās ir vistuvākās jūras baktērijām jūras spirillum saimē (2. attēls), un tās ir Thalassolituus ģints pārstāvji. Marine Bacillus tuvākais radinieks. 16S rRNS gēnu secība skaidri atšķiras no plēsīgajām baktērijām, kas pieder Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) ģimenei. B. bacteriovorus HD100T (tipa celms, DSM 50701) un B. bacteriovorus DM11A salīdzinājumi pa pāriem bija 48,4% un 47,7%, bet B. exovorus JSS — 46,7%. ASxL5T baktērijām ir 3 16S rRNS gēna kopijas, no kurām divas ir identiskas viena otrai, bet trešā atrodas 3 bāzu attālumā. Divi citi plēsīgo baktēriju izolāti (ASx5S un ASx5O; 16S rRNS gēna pievienošanās numuri ir attiecīgi MT636546.1 un MT636547.1) ar līdzīgām morfoloģiskām un fenotipiskām īpašībām no vienas un tās pašas vietas nav vienādi, taču tie atšķiras no ASxL5T un nekulturētām baktērijām. datu bāzu sekvences ir sagrupētas kopā ar citām ģintīm Oceanospirillaceae (2. attēls). Visa ASxL5T genoma secība ir noteikta un saglabāta NCBI datu bāzē, un pievienošanās numurs ir CP046056. ASxL5T genoms sastāv no apļveida hromosomas ar 2 831 152 bp garumu ar G + C attiecību 56,1%. Genoma secība satur 2653 CDS (kopā), no kuriem 2567 tiek prognozēts, ka kodē proteīnus, no kuriem 1596 var piešķirt kā iespējamās funkcijas (60, 2%). Genoms satur 67 RNS kodējošus gēnus, tostarp 9 rRNS (3 katram 5S, 16S un 23S) un 57 tRNS. ASxL5T genoma īpašības tika salīdzinātas ar pieejamajiem tuvākā relatīvā tipa celmu genomiem, kas identificēti no 16S rRNS gēnu secības (2. tabula). Izmantojiet aminoskābju identitāti (AAI), lai salīdzinātu visus pieejamos Thalassolituus genomus ar ASxL5T. Tuvākā pieejamā (nepilnīgā) genoma secība, ko nosaka AAI, ir Thalassolituus sp. C2-1 (pievienot NZ_VNIL01000001). Šis celms tika izolēts no Marianas tranšejas dziļūdens nogulumiem, taču pašlaik nav fenotipiskas informācijas par šo celmu salīdzināšanai. Salīdzinot ar ASxL5T 2,82 Mb, organisma genoms ir lielāks - 4,36 Mb. Jūras spirohetu vidējais genoma izmērs ir aptuveni 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 pilni atsauces genomi, kas pētīti no https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), tāpēc ASxL5T genoms atbilst pasūtījums Salīdzinot ar pārējiem dalībniekiem, tas ir diezgan mazs. Izmantojiet GToTree 1.5.54, lai ģenerētu uz genomu balstītu aplēsto maksimālās iespējamības filoģenētisko koku (3.A attēls), izmantojot 172 vienas kopijas gēnu saskaņotās un saistītās aminoskābju sekvences, kas raksturīgas Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analīze parādīja, ka tas ir cieši saistīts ar Thalassolituus, baktēriju plakni un jūras baktērijām. Tomēr šie dati liecina, ka ASxL5T atšķiras no saviem radiniekiem jūras spirulīnā un ir pieejami dati par tā genoma secību.
Filoģenētiskais koks, kurā izmantota 16S rRNS gēnu secība, izceļ ASxL5T, ASxO5 un ASxS5 celmu stāvokli (ar zarnām) attiecībā pret nekultivētām un jūras baktēriju celmiem Marine Spirulinaceae. Genbank pievienošanās numurs seko celma nosaukumam iekavās. Izmantojiet ClustalW, lai saskaņotu sekvences, un izmantojiet maksimālās varbūtības metodi un Tamura-Nei modeli, lai secinātu filoģenētiskās attiecības, un veiktu 1000 vadītas replikācijas programmā MEGA X. Skaitlis uz zara norāda, ka vadītās kopijas vērtība ir lielāka par 50%. Escherichia coli U/541T tika izmantota kā ārējā grupa.
(A) Filoģenētisks koks, kura pamatā ir genoms un kas parāda saistību starp jūras Spirospiraceae baktēriju ASxL5T un tās tuviem radiniekiem E. coli U 5/41T kā ārējo grupu. (B) Salīdzinot ar T. oleivorans MIL-1T, gēnu funkcionālās kategorijas sadalījums tiek prognozēts, pamatojoties uz ASx5LT proteīna ortoloģiskās grupas (COG) kopu. Attēlā pa kreisi parādīts gēnu skaits katrā funkcionālajā COG kategorijā katrā genomā. Grafikā labajā pusē parādīts katrā funkcionālajā COG grupā esošo genomu procentuālais daudzums. (C) Salīdzinājumā ar T. oleiverans MIL-1T, visa ASxL5T KEGG (Kioto gēnu un genomu enciklopēdijas) modulārā ceļa analīze.
Izmantojot KEGG datubāzi, lai pārbaudītu ASxL5T genomā esošos komponentu gēnus, tika atklāts tipisks aerobās gamma Proteus vielmaiņas ceļš. ASxL5T satur kopā 75 gēnus, kas piešķirti baktēriju motora proteīniem, tostarp gēnus, kas iesaistīti ķīmijaksē, flagella montāžā un IV tipa fimbriju sistēmā. Pēdējā kategorijā 9 no 10 gēniem ir atbildīgi par virknes citu organismu raustīšanās kustību. ASxL5T genoms satur pilnīgu tetrahidropirimidīna biosintētisko ceļu, kas piedalās aizsardzības reakcijā uz osmotisko stresu20, kā paredzēts halofiliem. Genoms satur arī daudzus pilnīgus kofaktoru un vitamīnu ceļus, tostarp riboflavīna sintēzes ceļus. Lai gan alkāna 1-monooksigenāzes (alkB2) gēns atrodas ASxL5T, ogļūdeņražu izmantošanas ceļš nav pilnīgs. ASxL5T genoma secībā acīmredzami nav tādu gēnu homologu, kas identificēti kā galvenokārt atbildīgi par ogļūdeņražu noārdīšanos T. oleiverans MIL-1T21, piemēram, TOL_2658 (alkB) un TOL_2772 (alkohola dehidrogenāze). 3.B attēlā parādīts gēnu sadalījuma salīdzinājums COG kategorijā starp ASxL5T un olīveļļu MIL-1T. Kopumā mazākais ASxL5T genoms satur proporcionāli mazāk gēnu no katras COG kategorijas, salīdzinot ar lielāko saistīto genomu. Ja gēnu skaitu katrā funkcionālajā kategorijā izsaka procentos no genoma, tiek atzīmētas atšķirības gēnu procentuālajā daudzumā translācijas, ribosomu struktūras un bioģenēzes kategorijās, kā arī enerģijas ražošanas un konversijas funkciju kategorijās, kas veido lielāko ASxL5T. genoms Procentuālo vērtību salīdzina ar to pašu grupu, kas atrodas T. oleiverans MIL-1T genomā. Turpretim, salīdzinot ar ASxL5T genomu, T. oleivorans MIL-1T ir lielāks gēnu procentuālais daudzums replikācijas, rekombinācijas un labošanas, kā arī transkripcijas kategorijās. Interesanti, ka lielākā atšķirība abu genomu katras funkcionālās kategorijas saturā ir nezināmo gēnu skaits, kas atrodas ASxL5T (3.B attēls). Tika veikta KEGG moduļu bagātināšanas analīze, kur katrs KEGG modulis attēlo manuāli definētu funkcionālo vienību kopumu genoma secību datu anotācijai un bioloģiskai interpretācijai. Gēnu sadalījuma salīdzinājums ASxL5T un olīvu MIL-1T pilnajā KOG moduļa ceļā ir parādīts 3C attēlā. Šī analīze parāda, ka, lai gan ASxL5T ir pilnīgs sēra un slāpekļa metabolisma ceļš, T. oleiverans MIL-1T nav. Turpretim T. oleiverans MIL-1T ir pilnīgs cisteīna un metionīna metabolisma ceļš, bet ASxL5T tas ir nepilnīgs. Tāpēc ASxL5T ir raksturīgs sulfātu asimilācijas modulis (definēts kā gēnu kopums, ko var izmantot kā fenotipiskus marķierus, piemēram, vielmaiņas kapacitāti vai patogenitāti; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T. oleiverāns MIL-1T. ASxL5T gēnu satura salīdzināšana ar gēnu sarakstu, kas liecina par plēsonīgu dzīvesveidu, ir nepārliecinošs. Lai gan waaL gēns, kas kodē ligāzi, kas līdz kodolam ir saistīta ar O antigēna polisaharīdu, atrodas ASxL5T genomā (bet tas ir izplatīts daudzās gramnegatīvās baktērijās), triptofāna 2,3-dioksigenāzes (TDO) gēni var ietvert 60 aminoskābes. skābes reģioni, kas parasti sastopami plēsīgajās baktērijās, kuru nav. ASxL5T genomā nav citu plēsoņu raksturīgu gēnu, ieskaitot tos, kas kodē enzīmus, kas iesaistīti izoprenoīdu biosintēzē mevalonāta ceļā. Ņemiet vērā, ka pārbaudītajā plēsēju grupā nav transkripcijas regulējošā gēna gntR, bet ASxL5T var identificēt trīs gntR līdzīgus gēnus.
ASxL5T fenotipiskie raksturlielumi ir apkopoti 3. tabulā un salīdzināti ar saistīto ģinšu 23, 24, 25, 26 un 27 fenotipiskajiem raksturlielumiem, kas aprakstīti literatūrā. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis un Oceanobacter kriegii izolāti ir aktīvi, sāli izturīgi, oksidāzi pozitīvi nūjiņas formas ķermeņi, taču tiem gandrīz nav citu fenotipisku īpašību ar ASxL5T. Okeāna vidējais pH ir 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), kas atspoguļojas T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis un O. kriegii. ASxL5T ir piemērots lielākam pH diapazonam (4-9), kas raksturīgs nejūras sugām. Thalassolituus sp. fenotipiskās īpašības. C2-1. Nezināms. ASxL5T augšanas temperatūras diapazons parasti ir plašāks nekā jūras celmiem (4–42 °C), lai gan daži, bet ne visi T. marinus izolāti ir karstumizturīgi. Nespēja audzēt ASxL5T buljona barotnēs liedza turpmāku fenotipisko raksturojumu. Izmantojiet API 20E, lai pārbaudītu materiālus, kas nokasīti no BA plāksnes, ONPG, arginīna dihidrolāzi, lizīna dekarboksilāzi, ornitīna dekarboksilāzi, citrāta izmantošanu, ureāzi, triptofāna deamināzi, želatīna hidrolīzes enzīmu, visi testa rezultāti bija negatīvi, bet nebija indola un H2S tika ražoti. Nefermentētie ogļhidrāti ir: glikoze, mannoze, inozīts, sorbīts, ramnoze, saharoze, melibioze, amigdalīns un arabinoze. Salīdzinot ar publicētajiem saistītajiem atsauces celmiem, ASxL5T celma šūnu taukskābju profils ir parādīts 4. tabulā. Galvenās šūnu taukskābes ir C16:1ω6c un/vai C16:1ω7c, C16:0 un C18:1ω9. Pastāv arī hidroksitaukskābes C12:0 3-OH un C10:0 3-OH. C16:0 attiecība ASxL5T ir augstāka par saistīto ģinšu ziņoto vērtību. Turpretim, salīdzinot ar ziņoto T. marinus IMCC1826TT, attiecība C18:1ω7c un/vai C18:1ω6c ASxL5T ir samazināta. oleivorans MIL-1T un O. kriegii DSM 6294T, bet nav konstatēts B. sanyensis KCTC 32220T. Salīdzinot ASxL5T un ASxLS taukskābju profilus, atklājās smalkas atšķirības atsevišķu taukskābju daudzumā starp diviem celmiem, kas atbilst vienas un tās pašas sugas genoma DNS secībai. Izmantojot Sudānas melno testu, netika atklātas poli-3-hidroksibutirāta (PHB) daļiņas.
Lai noteiktu laupījuma diapazonu, tika pētīta ASxL5T baktēriju plēsēju aktivitāte. Šī baktērija var veidot plāksnes uz Campylobacter sugām, tostarp: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 un C. upsaliensis NCTC 11541T. Izmantojiet kultūras, kas norādītas metodes saimnieka diapazona noteikšanas sadaļā, lai pārbaudītu plašāku gramnegatīvo un grampozitīvo baktēriju klāstu. Rezultāti liecina, ka ASxL5T var izmantot arī Escherichia coli NCTC 86 un Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plāksnes, kas veidojas uz Klebsiella oxytoca 11466. TEM mijiedarbība ar E. coli NCTC 86 ir parādīta 4.A-D attēlā, un mijiedarbība ar Campylobacter jejuni PT14 un Campylobacter suis S12 ir parādīta 4E-H attēla vidū. Šķiet, ka uzbrukuma mehānisms starp pārbaudītajiem laupījuma veidiem ir atšķirīgs, viena vai vairākas E. coli šūnas ir pievienotas katrai ASxL5T šūnai un novietotas sāniski gar pagarināto šūnu pirms adsorbcijas. Turpretī ASxL5T, šķiet, pievienojas Campylobacter caur vienu kontaktpunktu, parasti saskaroties ar plēsoņa šūnas virsotni un netālu no Campylobacter šūnas virsotnes (4H attēls).
TEM, kas parāda mijiedarbību starp ASx5LT un upuri: (AD) un E. coli upuri; (EH) un C. jejuni upuri. (A) tipiska ASx5LT šūna, kas savienota ar vienu E. coli (EC) šūnu; (B) pavedienu ASx5LT, kas pievienots vienai EK šūnai; (C) pavedienu ASx5LT šūna, kas savienota ar vairākām EK šūnām; (D) Mazāku ASx5LT šūnu pievienošana vienai E. coli (EC) šūnai; (E) viena ASx5LT šūna, kas savienota ar Campylobacter jejuni (CJ) šūnu; (F) ASx5LT uzbrūk C. hyointestinalis (CH) šūnām; (G) divas Viena ASx5LT šūna uzbruka CJ šūnai; (H) ASx5LT stiprinājuma punkta tuvplāna skats netālu no CJ šūnas virsotnes (josla 0,2 μm). Josla ir 1 μm (A–G).
Plēsīgās baktērijas ir attīstījušās, lai izmantotu bagātīgos laupījuma avotus. Acīmredzot tie ir plaši sastopami daudzās dažādās vidēs. Tā kā populācijas locekļi ir šauri, ASxL5T baktērijas no vircas ir iespējams izolēt, izmantojot fāgu atdalīšanas metodi. ASxL5T genomiskā nozīme jūras baktēriju oceanospirillaceae ģimenes locekļiem ir pārsteidzoša, lai gan organisms ir izturīgs pret sāli un var augt uz barotnes, kas satur 5% sāls. Ūdens kvalitātes analīze vircā parādīja, ka nātrija hlorīda saturs bija mazāks par 0,1%. Tāpēc dubļi atrodas tālu no jūras vides gan ģeogrāfiski, gan ķīmiski. Trīs saistītu, bet atšķirīgu izolātu klātbūtne no viena un tā paša avota liecina, ka šie plēsēji plaukst šajā nejūras vidē. Turklāt mikrobiomu analīze (datu faili pieejami vietnē https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) parādīja, ka tā pati 16S rRNS gēnu secība atrodas 50 visbiežāk sastopamajos taksonos (OTU). ) Dažos dubļu paraugu ņemšanas intervālos. Genbank datubāzē tika atrastas vairākas nekultivētas baktērijas, kurām ir ASxL5T baktērijām līdzīgas 16S rRNS gēnu sekvences. Šķiet, ka šīs sekvences kopā ar ASxL5T, ASxS5 un ASxO5 sekvencēm attēlo dažādas klades, kas atdalītas no Thalassolituus un Oceanobacter (2. attēls). Trīs veidu nekulturētas baktērijas (GQ921362, GQ921357 un GQ921396) tika izolētas no plaisas ūdens 1,3 kilometru dziļumā Dienvidāfrikas zelta raktuvēs 2009. gadā, bet pārējās divas (DQ256320 un DQ337006) bija no Dienvidāfrikas gruntsūdeņiem. 2005. gadā). Ar ASxL5T visciešāk saistītā 16S rRNS gēnu secība ir daļa no 16S rRNS gēnu sekvences, kas iegūta no smilšainu nogulumu bagātināšanas kultūras, kas iegūta no Francijas ziemeļu pludmalēm 2006. gadā (piekļuves numurs AM29240828). Vēl viena cieši saistīta 16S rRNS gēnu sekvence no nekultivētas baktērijas HQ183822.1 tika iegūta no savākšanas tvertnes, kas izskalota no pašvaldības poligona Ķīnā. Acīmredzot ASxL5T baktērijas nav īpaši reprezentatīvas taksonomijas datu bāzēs, taču šīs nekulturēto baktēriju sekvences, iespējams, pārstāv organismus, kas līdzīgi ASxL5T, kas ir izplatīti visā pasaulē, parasti izaicinošā vidē. No visas genoma filoģenētiskās analīzes tuvākais ASxL5T radinieks ir Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Un O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus ir jūras obligāto ogļūdeņražu fragmentācijas baktēriju (OHCB) loceklis, kas ir plaši izplatīts jūras un sauszemes vidē un parasti kļūst par dominējošo pēc ogļūdeņraža piesārņojuma incidentiem30,31. Jūras baktērijas neietilpst OHCB grupā, bet ir izolētas no jūras vides.
Fenotipiskie dati liecina, ka ASxL5T ir jauna suga un iepriekš neatpazītas jūras spirospiraceae dzimtas ģints loceklis. Pašlaik nav skaidra standarta, lai klasificētu tikko izolētus celmus jaunā ģintī. Ir veikti mēģinājumi noteikt universālas ģinšu robežas, piemēram, pamatojoties uz konservatīvā proteīna (POCP) genoma procentuālo daudzumu, ir ieteicams, lai robežvērtība būtu par 50% identiska atsauces celmam33. Citi iesaka izmantot AAI vērtības, kurām ir priekšrocības salīdzinājumā ar POCP, jo tās var iegūt no nepilnīgiem genomiem34. Autore uzskata, ka, ja AAI vērtība ir mazāka par 74%, salīdzinot ar modeļa sugas modeļa celmu, celms ir citas ģints pārstāvis. Jūras spirillaceae paraugģints ir jūras spirillum, un modeļa celms ir O. linum ATCC 11336T. AAI vērtība starp ASxL5T un O. linum ATCC 11336T ir 54,34%, un AAI vērtība starp ASxL5T un T. oleivorans MIL-1T (ģints tipa celmiem) ir 67,61%, kas norāda, ka ASxL5T pārstāv jaunu ģints, kas atšķiras no Thalassolituus. Izmantojot 16S rRNS gēnu secību kā klasifikācijas standartu, ieteiktā ģints norobežošanas robeža ir 94,5%35. ASxL5T var ievietot Thalassolituus ģintī, uzrādot 95,03% 16S rRNS sekvences identitāti ar T. oleivorans MIL-1T un 96,17%. marinus IMCC1826T. Tomēr tas tiks ievietots arī Bacteroides ģintī, kurai ir 94,64% 16S rRNS gēna identitāte ar B. sanyensis NV9, norādot, ka viena gēna, piemēram, 16S rRNS gēna, izmantošana var izraisīt patvaļīgu klasifikāciju un piešķiršanu. Vēl viena ieteiktā metode izmanto ANI un Genome Alignment Score (AF), lai pārbaudītu datu punktu grupēšanu no visu veidu un netipa esošo ģinšu celmiem. Autore iesaka apvienot ģints robežu ar analizējamajiem taksoniem raksturīgās aprēķinātās ģints lēciena punktu. Tomēr, ja no Thalassolituus izolātiem nav pietiekami daudz pilnīgu genoma sekvenču, ar šo metodi nav iespējams noteikt, vai ASxL5T pieder pie Thalassolituus ģints. Tā kā analīzei ir ierobežotas pilnīgas genoma sekvences, viss genoma filoģenētiskais koks ir jāinterpretē piesardzīgi. Otrkārt, visa genoma salīdzināšanas metodes nevar ņemt vērā būtiskas atšķirības salīdzināto genomu izmērā. Viņi izmērīja konservēto vienas kopijas gēnu līdzību starp saistītajām ģintīm, bet neņēma vērā lielo gēnu skaitu, kas nav daudz mazākajā ASxL5T genomā. Acīmredzot ASxL5T un grupām, tostarp Thalassolituus, Oceanobacter un Bacterioplanes, ir kopīgs priekštecis, taču evolūcija ir izvēlējusies citu ceļu, kas noveda pie genoma samazināšanās, kas var būt pielāgošanās plēsonīgam dzīvesveidam. Tas ir pretstatā T. oleivorans MIL-1T, kas ir par 28% lielāks un ir attīstījies dažādos vides spiedienos, lai izmantotu ogļūdeņražus23,30. Interesantu salīdzinājumu var veikt ar obligātiem intracelulāriem parazītiem un simbiontiem, piemēram, riketiju, hlamīdiju un buchneru. Viņu genoma izmērs ir aptuveni 1 Mb. Spēja izmantot saimniekšūnu metabolītus izraisa gēnu zudumu, tāpēc tika veikta ievērojama evolucionāra genoma degradācija. Evolūcijas izmaiņas no jūras ķīmisko barības vielu organismiem uz plēsonīgu dzīvesveidu var izraisīt līdzīgu genoma lieluma samazināšanos. COG un KEGG analīze izceļ specifiskām funkcijām izmantoto gēnu skaitu un globālās atšķirības genoma ceļos starp ASxL5T un T. oleivorans MIL-1T, kuras nav saistītas ar mobilo ģenētisko elementu plašo pieejamību. Visa ASxL5T genoma G + C attiecības atšķirība ir 56,1%, bet T. oleivorans MIL-1T - 46,6%, kas arī norāda, ka tas ir segregēts.
ASxL5T genoma kodētā satura pārbaude sniedz funkcionālu ieskatu fenotipiskajās īpašībās. Gēnu klātbūtne, kas kodē IV tipa fimbrijas (Tfp), ir īpaši interesanta, jo tie veicina šūnu kustību, ko sauc par sociālo slīdēšanu vai krampjiem, bez flagellas uz virsmas. Saskaņā ar ziņojumiem Tfp ir citas funkcijas, tostarp plēsonība, patoģenēze, bioplēves veidošanās, dabiska DNS uzņemšana, automātiska šūnu agregācija un attīstība38. ASxL5T genoms satur 18 gēnus, kas kodē diguanilāta ciklazi (enzīmu, kas katalizē 2 guanozīna trifosfāta pārvēršanu guanozīna 2 fosfātā un cikliskā diGMP) un 6 gēnus, kas kodē atbilstošo diguanilāta ciklāzes fosfāta diguanilātu. Esterāzes gēns (katalizē cikliskā di-GMP sadalīšanos līdz guanozīna monofosfātam) ir interesants, jo cikl-di-GMP ir svarīgs otrs vēstnesis, kas iesaistīts bioplēves attīstībā un atdalīšanā, kustībā, šūnu piesaistē un virulenci 39, 40 procesā. Jāatzīmē arī, ka Bdellovibrio bacteriovorus gadījumā ir pierādīts, ka cikliskā dubultā GMP kontrolē pāreju no brīvas dzīves uz plēsīgo dzīvesveidu41.
Lielākā daļa pētījumu par plēsīgajām baktērijām ir vērsti uz Bdellovibrio, Bdellovibrio līdzīgiem organismiem un Myxococcus sugām. Šie un citi zināmie plēsīgo baktēriju piemēri veido daudzveidīgu grupu. Neskatoties uz šo daudzveidību, ir identificēts raksturīgu proteīnu ģimeņu kopums, kas atspoguļo 11 zināmo plēsīgo baktēriju fenotipus3, 22. Tomēr ir identificēti tikai gēni, kas kodē O antigēna ligāzi (waaL), kas ir īpaši izplatīta gramnegatīvās baktērijās. Šis analīzes veids nav noderīgs, lai ASxL5T identificētu kā plēsēju, iespējams, tāpēc, ka tā izmanto jaunu uzbrukuma stratēģiju. Daudzveidīgāku plēsīgo baktēriju genomu pieejamība palīdzēs izstrādāt precīzākas izšķirtspējas analīzes, kurās ņemti vērā pierādījumi par funkcionālajām un vides atšķirībām starp grupas locekļiem. Plēsīgo baktēriju piemēri, kas nav iekļauti šajā analīzē, ir Cupriavidus necator42 un Bradymonabacteria43 locekļi, jo, pētniekiem pētot dažādas mikrobu kopienas, tiek izveidoti vairāk plēsīgo taksonu.
Visievērojamākā ASxL5T baktēriju iezīme, kas uzņemta ar TEM attēlu, ir tās unikālā un elastīgā morfoloģija, kas var veicināt mijiedarbību ar upuru baktērijām. Novērotais mijiedarbības veids atšķiras no citām plēsīgajām baktērijām, un tas nav iepriekš atklāts vai ziņots. Ierosinātais ASxL5T plēsīgo dzīves cikls ir parādīts 5. attēlā. Literatūrā ir daži piemēri ar līdzīgām apikālām struktūrām, kā mēs šeit ziņojam, taču šie piemēri ietver Terasakiispira papahanaumokuakeensis, jūras spirillum baktēriju ar neregulāru virsotnes palielināšanos par 44, un Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , kas agrāk piederēja Oceanospirillum ģints, izstāda tā saukto "polāro plēvi" 45. Cocci formas bieži novēro vecākās kultūrās, īpaši baktērijām ar izliektām formām, piemēram, Vibrio, Campylobacter un Helicobacter 46, 47, 48, kas var attēlot degradētu stāvokli. Ir nepieciešams turpināt darbu, lai noskaidrotu precīzu ASxL5T baktēriju dzīves ciklu. Lai noteiktu, kā tas sagūst un medī, un vai tā genoms kodē bioloģiski aktīvus savienojumus, ko var izmantot medicīniskiem vai biotehnoloģijas mērķiem.
Apraksts Venatorbacter gen. Novembris Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. sastāv no venatoriem no L. n. venator,'mednieks' un Gr. n. baktērija,'stienis'. Venatorbacter,'medību stienis' Aerobā, sāls tolerance, izliekta grama traips, vingrošanas stienis. No 4 līdz 42 °C Ieauguši pH diapazons no 4 līdz 9. Lielākā daļa no tiem nepanes skābo pH līmeni: C16:1ω6c un/vai C16:0 un C18. 1ω9; C12:0 3-OH un C10:0 3-OH ir sastopamas kā hidroksitaukskābes neaug buljona barotnēs. DNS G + C saturs ir 56,1 mol%.
Apraksts Venatorbacter cucullus sp. Novembris Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus nozīmē aplikums).
Turklāt šīs ģints aprakstošā iezīme ir tāda, ka, audzējot uz BA vai BHI, šūnas ir 1,63 µm garas un 0,37 µm platas. Kolonijas uz BHI agara ir ļoti mazas, sasniedzot 2 mm diametru pēc 72 stundām. Tās ir smilškrāsas, caurspīdīgas, apaļas, izliektas un spīdīgas. Šīs sugas pārstāvji var izmantot Escherichia coli un Klebsiella. Kampilobaktērija un vairākas citas gramnegatīvas baktērijas kalpo par upuri.
Tipiskais celms ASxL5T tika izolēts no liellopu piena Notingemšīrā, Apvienotajā Karalistē, un deponēts Nacionālajā tipa kultūru kolekcijā (AK): reģistrācijas numurs NCTC 14397 un Nīderlandes baktēriju kultūru kolekcijas (NCCB) reģistrācijas numurs NCCB 100775. Visa ASxL5T genoma secība ir noguldīts Genbank saskaņā ar CP046056 papildinājumu.
ASxL5T baktērijas tika izolētas no liellopu piena, izmantojot fāgu izolācijas tehnoloģiju9,49. Suspensija tika atšķaidīta attiecībā 1:9 (w/v) SM buferšķīdumā (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4,7H2O un 0,01% želatīna; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), pēc tam inkubē. 4°C temperatūrā 24 stundas, lēnām rotējot, lai eluētu plēsējus buferī. Suspensiju centrifugēja pie 3000 g 3 minūtes. Supernatants tika savākts un centrifugēts ar ātrumu 13 000 g otro reizi 5 minūtes. Pēc tam supernatants tika izvadīts caur 0, 45 µm membrānas filtru (Minisart; Sartorius, Gottingena, Vācija) un 0, 2 µm membrānas filtru (Minisart), lai noņemtu visas atlikušās baktēriju šūnas. ASxL5T var izturēt šos filtrus. Mīksts Campylobacter enterosus S12 (NCBI reģistrācijas numurs CP040464) agara zāliens no tās pašas vircas tika sagatavots, izmantojot standarta metodes. Filtrētā virca tika sadalīta katrā no šīm saimniekšūnu plāksnēm 10 µl pilienos trīs eksemplāros un ļāva nožūt. Plāksne tika inkubēta mikroaerofilā tvertnē 37 °C temperatūrā 48 stundas mikroaerobos apstākļos (5% O2, 5% H2, 10% CO2 un 80% N2). Iegūtā redzamā plāksne tika ekstrahēta SM buferšķīdumā un pārnesta uz svaigu C. hyointestinalis S12 zālienu, lai tālāk izplatītu lizētos organismus. Kad ir noskaidrots, ka lītiskās plāksnes cēlonis ir baktērijas, nevis fāgs, mēģiniet audzēt organismu neatkarīgi no saimnieka un tālāk raksturojiet to. Aerobā kultūra tika veikta 37 ° C temperatūrā ar 5% v/v defibrinētām zirga asinīm (TCS Biosciences Lt, Bekingema, Apvienotā Karaliste, papildinājums). Saskaņā ar Nacionālās klīnisko standartu komitejas vadlīnijām antibakteriālās jutības pārbaudei tiek izmantota diska difūzijas metode. BHI agaru kultivēja 37 °C temperatūrā, izmantojot disku, kas satur šādas antibiotikas (oksoīdu) aerobajai kultūrai: amoksicilīns un klavulānskābe 30 µg; cefotaksīms 30 µg; streptomicīns 10 µg; ciprofloksacīns 5 µg; Ceftazidīms 30 µg Nalidiksīnskābe 30 µg; Imipenēms 10 µg; Azitromicīns 15 µg; hloramfenikols 30 µg; Cefoksitīns 30 µg; Tetraciklīns 30 µg; Nitrofurantoīns 300 µg; Aztreonāms 30 µg; Ampicilīns 10 µg; Cefpodoksīms 10 µg; Trimetoprims-sulfametoksazols 25 µg. Sāls tolerance tika noteikta ar aerobo inkubāciju uz BHI agara plāksnēm 37 ° C temperatūrā. BHI agara plāksnēm tika pievienots papildu NaCl, lai nodrošinātu koncentrācijas diapazonu līdz 10% w/v. pH diapazonu nosaka ar aerobo kultūru uz BHI agara plāksnēm 37 °C temperatūrā, kur pH diapazons ir noregulēts uz 4 un 9 ar sterilu HCl vai sterilu NaOH, un mērķa pH vērtība tiek pārbaudīta pirms plāksnes ieliešanas. Šūnu taukskābju analīzei ASxL5T tika kultivēts uz BHI agara 3 dienas un aerobs 37 ° C temperatūrā. Saskaņā ar FERA Science Ltd (Jorka, Apvienotā Karaliste) standarta protokolu MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versija 6.10) šūnu taukskābes tika ekstrahētas, sagatavotas un analizētas.
TEM gadījumā ASxL5T tika kultivēts aerobā veidā, vienmērīgi izkliedējot uz BA 37 °C temperatūrā 24 stundas, un pēc tam 1 ml 3% (v/v) glutaraldehīda 0,1 M kakodilāta buferšķīdumā Fix istabas temperatūrā 1 stundu, pēc tam centrifugējot. pie 10 000 g 3 minūtes. Pēc tam uzmanīgi suspendējiet granulu 600 μl 0,1 M kakodilāta buferšķīdumā. Pārnesiet fiksēto ASxL5T suspensiju uz Formvar/oglekļa plēvi uz 200 mesh vara režģa. Baktērijas 1 minūti iekrāsoja ar 0,5% (w/v) uranilacetātu un pārbaudīja ar TEM, izmantojot TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopu. Kā minēts iepriekš, apvienojiet vienādu skaitu upuru un plēsoņu NZCYM buljonā (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) un inkubējiet 48 stundas Campylobacter vai Campylobacter mikroaerobos apstākļos 37°C. Plēsoņa un laupījuma mijiedarbība tika pārbaudīts arī TEM. Aerobie apstākļi Escherichia coli. Neatkarīgi pārbaudiet laupījumu un plēsīgās baktērijas, lai noteiktu jebkādas izmaiņas šūnu morfoloģijā plēsonības dēļ. PHB uzkrāšanās optiskajai mikroskopijai tika izmantota Sudānas melnā metode.
Audzējiet ASxL5T kultūras uz nakti, uzsmērējot augšanu uz BHI vai BA plāksnēm ar sterilu tamponu. Savāc ASxL5T šūnas un suspendē tās MRD (CM0733, Oxoid) un pēc tam novietojiet tās 4°C uz 7 dienām, lai šūnas izsalktu. NCTC references vai laboratorijas izejvielu baktēriju kultūra tika inokulēta BHI buljonā vai Nr. 2 uzturvielu buljonā (CM007, Oxoid), inkubēja nakti, centrifugēja pie 13 000 g un atkārtoti suspendēja MRD, līdz OD600 bija 0,4. Kultūra: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca Special 1146618, NC Leuconostosteria 114668 baktērijas NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus zemūdens hamburgers NCTC 1621T, Salmonella zarnu baktērijas Mondeville NCTC, mu08474 NCTC, 15747 cil Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter saimnieks tika mikroaerobiski inkubēts uz BA plāksnēm 37 °C temperatūrā un suspendēts NZCYM buljonā. Pārbaudītie Campylobacter saimnieki ir: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C.1 larijeNC8, C.1 larijeNC. PT14, C... Savāc šūnas MRD, centrifugē pie 13 000 g un atkārtoti suspendē MRD, līdz OD600 ir 0,4. Pievienojiet 0,5 ml suspensijas alikvotu daļu 5 ml izkausētā NZCYM augšējā agara (0,6% agara) un izlejiet to uz 1,2% NZCYM apakšējās plāksnes. Pēc sacietēšanas un žāvēšanas sērijveidā atšķaidītais ASxL5T tika sadalīts 20 µl pilienu veidā uz katra zāliena dēļa trīs eksemplāros. Kultūras temperatūra un atmosfēra ir atkarīga no testa baktēriju prasībām.
Izmantojiet GenElute™ baktēriju genoma DNS komplektu (Sigma Aldridge), lai sagatavotu DNS no baktēriju izolātiem. Standarta metodes tika izmantotas 16S rRNS gēna PCR amplifikācijai un produktu secības noteikšanai, izmantojot krāsvielu terminācijas ķīmiju (Eurofins Value Read Service, Vācija). Izmantojiet programmu BLAST-N, lai salīdzinātu šīs sekvences ar citām 16S rRNS gēnu sekvencēm, lai identificētu un savāktu cieši saistītas sugas. Tie ir izlīdzināti, izmantojot ClustalW programmā MEGA X. Filoģenētiskais koks tika rekonstruēts, izmantojot MEGA X, izmantojot maksimālās varbūtības metodi, kuras pamatā ir Tamura-Nei modelis, ar 1000 vadītām kopijām54. Izmantojiet PureLink™ Genomic DNS komplektu (Fisher Scientific, Loughborough, UK), lai iegūtu DNS visa genoma sekvencēšanai. ASxL5T genoma secība tika noteikta, izmantojot Illumina MiSeq kombināciju, kas sastāv no 250 bp divgalu nolasījumiem, kas sastāv no bibliotēkas, kas sagatavota, izmantojot Nextera marķēšanas komplektu, un no 2 līdz 20 kb gariem nolasījumiem no PacBio platformas. Genomikas DNS sekvencēšanas pētniecības iestāde Sembijas universitātē. Genoms tika samontēts, izmantojot CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dānija). ASxL5T kultūras tiek deponētas Nacionālajā tipa kultūru kolekcijā (AK) un Nīderlandes baktēriju kultūru kolekcijā (NCCB). Salīdzināšanai izmantotie radniecīgo organismu genomi ir: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (piekļuves numurs HF680312, pilnīgs); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (piekļuves numurs BMYY01000001, nepilnīgs); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (pieejas numurs NZ_AUGV00000000, nepilnīgs); Marinamonas kopiena DSM 5604T (pievienota ASM436330v1, nepilnīga), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (pievienota MTSD02000001, nepilnīga) un Thalassolituus sp. C2-1 (pievienot NZ_VNIL01000001, nepilnīgs). Izmantojiet JGI Genome Portal36 vietnē https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page=, lai noteiktu izlīdzināšanas punktu skaitu (AF) un vidējo nukleīnskābes identitāti (ANI). Pa pāriem. Lai noteiktu aminoskābju identitāti (AAI), tika izmantota Rodriguez-R & Konstantinidis55 metode. Izmantojiet GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18, lai ģenerētu aplēsto maksimālās varbūtības filoģenētisko koku. Ievades genoms, kas pārstāv pieejamo atsauces genomu, ir izvēlēts no atsauces ģintīm, kas identificētas kā saistītas ar ASxL5T no 16S rRNS filoģenēzes. Anotēja koku, izmantojot interaktīvo dzīvības koka tiešsaistes rīku (https://itol.embl.de/). ASxL5T genoma funkcionālā anotācija un analīze tiek veikta, izmantojot tiešsaistes rīku BlastKOALA KEGG, izmantojot KEGG (Kioto gēnu un genomu enciklopēdijas) moduļa bagātināšanas sadalījumu. COG kategoriju (ortoloģisko grupu) sadalījums tiek noteikts, izmantojot tiešsaistes rīku eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ un Muñoz-Dorado, J. Baktēriju plēsonība: 75 gadi, un tas turpinās! . vidi. mikroorganisms. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. uc Plēsīgo baktēriju daudzveidība un antibakteriālais potenciāls Peru piekrastē. marta narkotikas. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Izmantojot viņu gēnus, jūs tos sapratīsit: plēsīgo baktēriju genoma īpašības. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bakteriofāga Bdellovibrio plēsīgais dzīvesveids. instalēt. Mācītāju mikrobi. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotikas no plēsīgām baktērijām. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio un līdzīgi organismi ir mikrobiomu daudzveidības prognozētāji dažādās saimnieku populācijās. mikroorganisms. Ekoloģija. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. un Ballesté-Delpierre, C. Atklājiet jauno antibakteriālo līdzekļu pašreizējo statusu. klīniski. mikroorganisms. Inficēt. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Fāga un fāga dubultā plēsonība var izskaust E. coli upuri bez viena plēsoņa. J. Baktērijas. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Kampilobaktēriju un bakteriofāgu skaits un daudzveidība, kas izolēti brīvās turēšanas un bioloģiski audzētu cāļu barošanas cikla laikā. Lietojumprogrammu vide. mikroorganisms. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA utt. Atjauniniet Campylobacter cūku genoma taksonomiju un epidemioloģiju. zinātne. Pārstāvis 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: lietotājam draudzīga darbplūsma sistēmu genomikai. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: vairāku secību izlīdzināšanas metode, kas samazina laika un telpas sarežģītību. BMC bioloģiskā informācija. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: rīks automātiskai izlīdzināšanai un apgriešanai liela mēroga filoģenētiskajā analīzē. Bioinformātika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gēnu un metagenomiskās secības translācijas sākuma vietas prognozēšana. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: starpplatformu un efektīva NCBI klasifikācijas rīku komplekts. Bio Rxiv. (Piekļuve 2021. gada 1. jūnijā); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 aptuvens maksimālās varbūtības koks ar lielu izlīdzinājumu. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralēli. (Piekļuve 2021. gada 1. jūnijā); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kioto gēnu un genomu enciklopēdija. Nukleīnskābju izpēte. 28, 27-30 (2000).
Čehija, L. uc Ekstremolītu ektoīna un hidroksiektoīna kā stresa aizsargu un barības vielu loma: ģenētika, sistēmas genomika, bioķīmija un strukturālā analīze. Gēns (Bāzele). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregsons, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferenciālā olbaltumvielu ekspresija obligātās jūras ogļūdeņražus noārdošās baktērijas Thalassolituus oleivorans MIL-1 augšanas laikā vidējas un garas ķēdes alkānu augšanas laikā. priekšā. mikroorganisms. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. Jauna salīdzinošā genomikas metode fenotipa specifisko indikatoru noteikšanai atklāj specifisko mantojumu plēsīgo baktēriju zīmē. Publiskā zinātnes bibliotēka One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Jakimovs, MM uc Thalassolituus oleivorans gēns. novembris, sp. nov., jauna veida jūras baktērijas, kas specializējas ogļūdeņražu izmantošanā. internacionalitāte. J. Sistēma. evolūcija. mikroorganisms. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. novembris, sp. Novembrī tas atdalījās no jūras ūdens, kas cirkulēja Klusā okeāna dienvidu daļā. internacionalitāte. J. Sistēma. evolūcija. mikroorganisms. 66, 5010–5015 (2016).