Karazana bakteria Gram-negatif, aerôbika, mahazaka sira, mavitrika, miendrika tsorakazo, ary bakteria mpiremby ASxL5T vaovao no natokana tamin'ny dobo tain'omby tany Nottinghamshire, Angletera, ary nampiasa Campylobacter ho rembiny. Taorian'izay dia hita ho remby ireo karazana Campylobacter hafa sy mpikambana ao amin'ny fianakaviana Enterobacteriaceae. Taorian'ny subculture tsy misy sela mpampiantrano, ny fitomboan'ny aseptika malemy dia tratra tamin'ny Agar Heart Infusion. Ny toetry ny fitomboana tsara indrindra dia 37 ° C ary ny pH dia 7. Ny mikraoskaopy elektrônika fampitaovana dia nanambara ireo endri-javatra morphologie tsy mahazatra mifandraika amin'ny fisian'ny remby. Ny famakafakana phylogenetika amin'ny fampiasana ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA dia manondro fa ny mitoka-monina dia mifandray amin'ny mpikambana ao amin'ny fianakaviana Spirulina Marine, saingy tsy azo sokajiana mazava ho mpikambana amin'ny karazana fantatra. Ny fizotry ny genome manontolo amin'ny ASxL5T dia nanamafy ny fifandraisana amin'ireo mpikambana ao amin'ny spirochetes an-dranomasina. Ny fikarohana momba ny angon-drakitra dia nanambara fa ny ASxL5Ts maromaro dia mizara ny fizotry ny fototarazo 16S rRNA miaraka amin'ny bakteria tsy kolontsaina maro avy amin'ny ranomasina, ny tany ary ny rano ambanin'ny tany. Manoro hevitra izahay fa ny tebiteby ASxL5T dia maneho karazana vaovao amin'ny karazana vaovao. Manoro hevitra ny anarana Venatorbacter cucullus gen izahay. Novambra, sp. Tamin'ny volana Novambra, ASxL5T no nampiasaina ho karazana strain.
Bakteria mpiremby dia bakteria izay mampiseho ny fahafahana mihaza sy mamono bakteria velona hafa mba hahazoana akora sy angovo biosynthetic. Izany dia tsy mitovy amin'ny famerenana amin'ny ankapobeny ny otrikaina avy amin'ny zavamiaina bitika maty, ary tsy mitovy amin'ny fifaneraserana amin'ny parasitika, izay mahatonga ny bakteria mifandray akaiky amin'ny mpampiantrano azy nefa tsy mamono azy ireo. Ny bakteria mpiremby dia namolavola tsingerim-piainana samihafa mba hanararaotra ny loharanon-tsakafo be dia be ao amin'ny akany misy azy (toy ny toeram-ponenana an-dranomasina). Vondrona isan-karazany izy ireo, izay mifamatotra amin'ny tsingerin'ny fiainan'izy ireo tsy manam-paharoa1. Ohatra amin'ny bakteria mpiremby dia hita ao amin'ny phyla maro samihafa, ao anatin'izany ny: Proteobacteria, Bacteroides, ary Chlorella.3. Na izany aza, ny bakteria mpiremby nodinihina tsara indrindra dia ny Bdelovibrio sy Bdelovibrio-and-like organisms (BALOs4). Ny bakteria mpiremby dia loharanom-pahombiazana amin'ny zavatra biolojika mavitrika vaovao sy antibaktera5.
Ny bakteria mpiremby dia inoana fa manatsara ny fahasamihafan'ny mikraoba ary misy fiantraikany tsara amin'ny fahasalaman'ny tontolo iainana, ny vokatra ary ny fahamarinan-toerana6. Na dia eo aza ireo toetra tsara ireo, dia misy fanadihadiana vitsivitsy momba ny bakteria mpiremby vaovao noho ny fahasarotan'ny kolontsaina bakteria sy ny filàna fanaraha-maso tsara ny fifandraisan'ny sela mba hahafantarana ny tsingerin'ny fiainany sarotra. Tsy mora azo avy amin'ny famakafakana solosaina izany fampahalalana izany.
Ao anatin'ny vanim-potoanan'ny fitomboan'ny fanoherana antimikrobia, ny paikady vaovao amin'ny fikajiana ny otrikaretina bakteria dia nodinihina, toy ny fampiasana bacteriophages sy bakteria mpihaza7,8. Ny bakteria ASxL5T dia natokana tamin'ny taona 2019 tamin'ny fampiasana teknolojia mitoka-monina phage avy amin'ny tain'omby nangonina avy amin'ny Foibe Dairy ao amin'ny Oniversiten'i Nottingham, Nottinghamshire. Ny tanjon'ny fanadihadiana dia ny hanokafana ireo zavamananaina mety ho fitaovana fanaraha-maso biolojika. Campylobacter hyointestinalis dia otrikaretina zoonotika, izay mifandray hatrany amin'ny aretin'ny tsinain'olombelona10. Izy io dia hita manerana ny serum ary ampiasaina ho mpampiantrano kendrena.
Ny bakteria ASxL5T dia notokanana tamin'ny jelly hen'omby satria tsikaritra fa mitovy amin'ny vokarin'ny bacteriophages ny takelaka miforona eo amin'ny bozaka C. hyointestinalis. Fikarohana tsy nampoizina izany, satria anisan'ny dingana mitokana ny phage ny sivana amin'ny alalan'ny sivana 0,2 µm, izay natao hanesorana ny sela bakteria. Ny fandinihana mikroskopika ny akora nalaina tamin'ny takela-pahatsiarovana dia nanambara fa ny bakteria bitika miendrika tsorakazo miendrika gram-negatif dia tsy manangona polyhydroxybutyrate (PHB). Ny kolontsaina aseptika tsy miankina amin'ny selan'ny remby dia tsapa amin'ny fitaovana matanjaka manankarena (toy ny agar (BHI) sy ny agar (BA) amin'ny ati-doha, ary malemy ny fitomboany. Izy io dia azo aorian'ny subculture miaraka amin'ny fanatsarana ny inoculum mavesatra. Mitombo tsara izy io eo ambanin'ny microaerobic (7% v/v oxygen) sy ny oksizenina amin'ny atmosfera, fa tsy amin'ny atmosfera anaerobic. Rehefa afaka 72 ora, dia tena kely ny savaivony ny zanatany, mahatratra 2 mm, ary beige, translucent, boribory, convex ary mamirapiratra. Voasakantsakana ny fitiliana biochemika mahazatra satria ny ASxL5T dia tsy azo kolokoloina amin'ny haino aman-jery ranon-javatra, izay milaza fa mety miantehitra amin'ny tsingerin'ny fiainana sarotra amin'ny fananganana biofilm. Na izany aza, ny fampiatoana takelaka dia naneho fa ny ASxL5T dia aerôbika, tsara ho an'ny oxidase sy catalase, ary afaka mandefitra NaCl 5%. Ny ASxL5T dia mahatohitra streptomycin 10 µg, saingy saro-pady amin'ny antibiotika hafa rehetra notsapaina. Ny sela bakteria ASxL5T dia nodinihin'ny TEM (sary 1). Rehefa mitombo tsy misy sela remby ao amin'ny BA, ny selan'ny ASxL5T dia Campylobacter kely, miaraka amin'ny halavany 1,63 μm (± 0,4), sakany 0,37 μm (± 0,08), ary tsato-kazo tokana lava (hatramin'ny 5 μm). Flagela ara-nofo. Manodidina ny 1,6% amin'ny sela no toa manana sakan'ny latsaky ny 0,2 μm, izay ahafahana mandalo amin'ny fitaovana sivana. Nisy fanitarana ara-drafitra tsy mahazatra hita teo an-tampon'ny sela sasany, mitovy amin'ny fairing (latina cucullus) (jereo ny zana-tsipìka amin'ny 1D, E, G). Toa miforona amin'ny membrane ivelany be loatra izany, izay mety ho noho ny fampihenana haingana ny haben'ny valopy periplasmika, fa ny fonon'ny ivelany kosa dia mijanona ho tsy misy dikany, mampiseho endrika "loza". Ny fambolena ASxL5T amin'ny tsy fisian'ny otrikaina (ao amin'ny PBS) mandritra ny fotoana maharitra amin'ny 4 ° C dia nahatonga ny ankamaroan'ny sela (fa tsy ny rehetra) mampiseho morphologie coccal (sary 1C). Rehefa mitombo ny ASxL5T miaraka amin'ny Campylobacter jejuni ho rembiny mandritra ny 48 ora, ny haben'ny sela eo ho eo dia lava kokoa sy tery kokoa noho ny sela mitombo tsy misy mpampiantrano (Table 1 sy Sary 1E). Mifanohitra amin'izany kosa, rehefa mitombo ny ASxL5T miaraka amin'ny E. coli ho rembiny mandritra ny 48 ora, ny haben'ny sela antonony dia lava kokoa sy midadasika kokoa noho ny rehefa mitombo tsy misy rembiny (Table 1), ary miovaova ny halavan'ny sela, izay matetika mampiseho filamentous (sary 1F). Rehefa nampidirina tamin'ny Campylobacter jejuni na E. coli ho rembiny mandritra ny 48 ora, dia tsy nahitana flagella mihitsy ny sela ASxL5T. Ny tabilao 1 dia mamintina ny fandinihana ny fiovan'ny haben'ny sela mifototra amin'ny fisiana, tsy fisiana ary karazana remby ASxL5T.
TEM fampisehoana ASx5LT: (A) ASx5LT mampiseho lava karavasy; (B) bateria ASx5LT mahazatra; (C) sela cocci ASx5LT taorian'ny incubation lava tsy misy otrikaina; (D) vondrona sela ASx5LT mampiseho tsy fahatomombanana (E). (F) Flagella Filamentous lehibe, sela ASx5LT, aorian'ny incubation miaraka amin'ny rembiny E. coli; (G) Ny sela ASx5LT tokana taorian'ny incubation miaraka amin'ny E. coli, mampiseho rafitra ambony tsy mahazatra. Ny bara dia maneho 1 μm.
Ny famaritana ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA (ny laharana fidirana MT636545.1) dia ahafahan'ny fikarohana amin'ny angon-drakitra mametraka filaharana mitovy amin'ireo ao amin'ny kilasy Gammaproteobacteria, ary akaiky indrindra amin'ny bakteria an-dranomasina ao amin'ny fianakaviana spirillum an-dranomasina (sary 2), ary mpikambana ao amin'ny genus Thalassolituus. Ny havany akaiky indrindra amin'ny Marine Bacillus. Ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA dia tsy mitovy amin'ny bakteria mpiremby an'ny fianakaviana Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Ny fampitahana tsiroaroa ny B. bacteriovorus HD100T (karazana strain, DSM 50701) sy B. bacteriovorus DM11A dia 48.4% sy 47.7%, ary ho an'ny B. exovorus JSS dia 46.7%. Ny bakteria ASxL5T dia manana dika 3 amin'ny fototarazo 16S rRNA, ny roa amin'izy ireo dia mitovy, ary ny fahatelo dia fototra 3 misaraka. Mitokana bakteria mpiremby roa hafa (ASx5S sy ASx5O; 16S rRNA ny isa fidirana amin'ny fototarazo dia MT636546.1 sy MT636547.1, tsirairay avy) manana toetra morphologique sy phenotypic mitovy amin'ny toerana iray dia tsy mitovy, fa tsy mitovy amin'ny ASxL5T sy Bakteria tsy kolontsaina. Ny filaharan'ny database dia mivondrona miaraka amin'ireo karazana hafa ao amin'ny Oceanospirillaceae (sary 2). Ny filaharan'ny genome manontolo amin'ny ASxL5T dia voafaritra sy voatahiry ao amin'ny tahiry NCBI, ary ny laharana fidirana dia CP046056. Ny genome an'ny ASxL5T dia misy krômôzôma boribory 2,831,152 bp miaraka amin'ny tahan'ny G + C amin'ny 56,1%. Ny filaharan'ny genome dia misy 2653 CDS (total), ka ny 2567 amin'ireo dia vinavinaina hametahana proteinina, ka ny 1596 amin'ireo dia azo omena ho asa putative (60.2%). Ny fototarazo dia misy fototarazo 67 RNA-kodiarana, anisan'izany ny 9 rRNAs (3 tsirairay ho an'ny 5S, 16S, ary 23S) ary 57 tRNAs. Ny toetran'ny genomika amin'ny ASxL5T dia nampitahaina tamin'ny génome misy ny tadin'ny karazana havana akaiky indrindra fantatra amin'ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA (Table 2). Mampiasà mari-pamantarana asidra amine (AAI) mba hampitahana ny génome Thalassolituus rehetra misy amin'ny ASxL5T. Ny filaharan'ny genome akaiky indrindra (tsy feno) voafaritry ny AAI dia Thalassolituus sp. C2-1 (ampio NZ_VNIL01000001). Io karazany io dia notokanana tamin'ny sedimentan'ny ranomasina lalina ao amin'ny Reniranon'i Mariana, saingy tsy misy vaovao momba ity karazana ity ho fampitahana amin'izao fotoana izao. Raha ampitahaina amin'ny 2.82 Mb an'ny ASxL5T, lehibe kokoa ny fototarazon'ny zavamananaina amin'ny 4.36 Mb. Ny salan'isan'ny spirochetes an-dranomasina dia eo amin'ny 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genome reference feno nohadihadiana avy amin'ny https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), noho izany ny genome of ASxL5T dia mifanaraka amin'ny baiko Raha oharina amin'ny mpikambana hafa dia kely. Mampiasà GToTree 1.5.54 mba hamoronana hazo phylogenetika mety indrindra mifototra amin'ny génométika (sary 3A), amin'ny fampiasana ny filaharan'ny asidra amine mifamatotra sy mifamatotra amin'ny fototarazo tokana 172 manokana ho an'ny Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Nasehon'ny fanadihadiana fa misy ifandraisany akaiky amin'ny Thalassolituus, Plane Bacterial, ary Bacterium Marine. Na izany aza, ireo angon-drakitra ireo dia manondro fa ny ASxL5T dia tsy mitovy amin'ny havany ao amin'ny Marine Spirulina ary misy ny angon-drakitra momba ny fizotry ny genome.
Ny hazo phylogenetic mampiasa ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA dia manasongadina ny toeran'ny ASxL5T, ASxO5, ary ASxS5 (miaraka amin'ny tsinay) mifandraika amin'ny karazana bakteria tsy voavoly sy an-dranomasina ao amin'ny Marine Spirulinaceae. Ny laharan'ny fidirana Genbank dia manaraka ny anaran'ny tsipika ao anaty fononteny. Ampiasao ny ClustalW hanitsiana ny filaharana, ary ampiasao ny fomba mety indrindra sy ny maodely Tamura-Nei mba hamaritana ny fifandraisan'ny filogenetika, ary manatanteraka replication 1000 amin'ny programa MEGA X. Ny isa eo amin'ny sampana dia manondro fa mihoatra ny 50% ny sandan'ny dika mitovy. Escherichia coli U/541T dia nampiasaina ho outgroup.
(A) Hazo phylogenetic mifototra amin'ny génome, mampiseho ny fifandraisana misy eo amin'ny bakteria Spirospiraceae an-dranomasina ASxL5T sy ny havany akaiky, E. coli U 5/41T ho vondrona ivelany. (B) Raha ampitahaina amin'ny T. oleivorans MIL-1T, ny fizarana sokajy miasa amin'ny fototarazo dia vinavinaina mifototra amin'ny vondrona orthologous (COG) ny proteinina ASx5LT. Ny tarehimarika eo ankavia dia mampiseho ny isan'ny fototarazo isaky ny sokajy COG miasa amin'ny fototarazo tsirairay. Ny tabilao eo ankavanana dia mampiseho ny isan-jaton'ny génome ao amin'ny vondrona COG miasa tsirairay. (C) Raha oharina amin'ny T. oleiverans MIL-1T, ny famakafakana ny lalana modular KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) feno ASxL5T.
Ny fampiasana ny angon-drakitra KEGG handinihana ireo fototarazo misy ao amin'ny genome ASxL5T dia nanambara ny lalan'ny metabolika mahazatra amin'ny gamma Proteus aerobic. Ny ASxL5T dia misy fototarazo 75 voatendry ho an'ny proteinina motera bakteria, anisan'izany ny fototarazo tafiditra amin'ny chemotaxis, ny fivorian'ny flagella, ary ny rafitra fimbriae karazana IV. Ao amin'ny sokajy farany, ny fototarazo 9 amin'ny 10 no tompon'andraikitra amin'ny fihetsehan'ny zavamananaina hafa. Ny génome an'ny ASxL5T dia misy lalana biosynthetic tetrahydropyrimidine feno izay mandray anjara amin'ny valin'ny fiarovana amin'ny adin-tsaina osmotika20, araka ny antenaina ho an'ny halophiles. Ny génome koa dia misy lalana feno maro ho an'ny cofactors sy vitaminina, ao anatin'izany ny lalan'ny synthesis riboflavin. Na dia misy aza ny fototarazo alkana 1-monooxygenase (alkB2) ao amin'ny ASxL5T, dia tsy feno ny lalan'ny fampiasana hydrocarbon. Ao amin'ny filaharan'ny genome ASxL5T, ny homologues ny fototarazo fantatra fa tompon'andraikitra indrindra amin'ny fanimbana ny hydrocarbons ao amin'ny T. oleiverans MIL-1T21, toy ny TOL_2658 (alkB) sy TOL_2772 (dehydrogenase alcohol) dia mazava ho azy fa tsy misy. Ny sary 3B dia mampiseho ny fampitahana ny fizarana fototarazo ao amin'ny sokajy COG eo anelanelan'ny ASxL5T sy ny menaka oliva MIL-1T. Amin'ny ankapobeny, ny genome ASxL5T kely kokoa dia misy fototarazo kely kokoa avy amin'ny sokajy COG tsirairay raha oharina amin'ny génome mifandraika lehibe kokoa. Rehefa aseho ho isan-jaton'ny genome ny isan'ny fototarazo ao amin'ny sokajy miasa tsirairay, dia voamarika ny fahasamihafana eo amin'ny isan-jaton'ny fototarazo ao amin'ny fandikan-teny, ny rafitry ny ribosom ary ny sokajy biogenesis, ary ny sokajy famokarana angovo sy fiovam-po, izay mahaforona ny ASxL5T lehibe kokoa. genome Ny isan-jato dia ampitahaina amin'ny vondrona mitovy amin'ny T. oleiverans MIL-1T genome. Mifanohitra amin'izany kosa, raha ampitahaina amin'ny genome ASxL5T, ny T. oleivorans MIL-1T dia manana isan-jaton'ny fototarazo avo kokoa amin'ny sokajy replication, recombination ary fanamboarana ary transcription. Mahavariana fa ny fahasamihafana lehibe indrindra amin'ny votoatin'ny sokajy miasa tsirairay amin'ireo génome roa dia ny isan'ny fototarazo tsy fantatra izay hita ao amin'ny ASxL5T (sary 3B). Nisy famakafakana fanatsarana ny maody KEGG natao, ka ny mody KEGG tsirairay dia maneho andian-tsarimihetsika voafaritra amin'ny tanana ho an'ny fanamarihana sy fandikana biolojika momba ny angon-drakitra fizotry ny genome. Ny fampitahana ny fizarana fototarazo amin'ny làlan'ny modely KOG feno ASxL5T sy oliva MIL-1T dia aseho amin'ny sary 3C. Ity famakafakana ity dia mampiseho fa na dia manana lalan'ny metabolika solifara sy azota feno aza ny ASxL5T, ny T. oleiverans MIL-1T dia tsy. Mifanohitra amin'izany kosa, ny T. oleiverans MIL-1T dia manana lalan'ny metabolika cystine sy methionine feno, saingy tsy feno ao amin'ny ASxL5T. Noho izany, ny ASxL5T dia manana mody miavaka amin'ny assimilation sulfate (faritana ho fitambaran'ny fototarazo azo ampiasaina ho marika phenotypic, toy ny fahafahan'ny metabolika na ny pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Ao amin'ny T olivarans MIL-1T Ny fampitahana ny votoatin'ny fototarazo amin'ny ASxL5T amin'ny lisitry ny fototarazo milaza ny fomba fiaina mpiremby dia tsy azo antoka. Na dia eo aza ny fototarazon'ny waaL manodinkodina ny ligase mifandray amin'ny polysaccharide antigène O mankany amin'ny fotony dia misy ao amin'ny genome ASxL5T (fa mahazatra amin'ny bakteria Gram-negatif maro), ny tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) dia mety ahitana ny 60 amino. faritra asidra matetika hita amin'ny bakteria mpiremby izay tsy misy. Tsy misy fototarazon'ny biby mpiremby hafa ao amin'ny genome ASxL5T, ao anatin'izany ireo anzima famandrihana tafiditra amin'ny biosynthesis isoprenoïde ao amin'ny lalan'ny mevalonate. Mariho fa tsy misy gntR mifehy ny transcriptional ao amin'ny vondrona mpiremby nodinihina, fa ny fototarazo telo mitovy amin'ny gntR dia azo fantarina ao amin'ny ASxL5T.
Ny toetra mampiavaka ny ASxL5T dia fintinina ao amin'ny tabilao 3 ary ampitahaina amin'ny toetra mampiavaka ny karazana 23, 24, 25, 26, ary 27 mifandraika amin'ny literatiora. Ny mitoka-monina avy amin'ny T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ary Oceanobacter kriegii dia vatana mavitrika, mahazaka sira, misy oxidase-positive vatana miendrika tsorakazo, saingy saika tsy manana toetra feno phenotypika hafa miaraka amin'ny ASxL5T. Ny pH salan'ny ranomasina dia 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), izay hita taratra ao amin'ny T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ary O. kriegii. ASxL5T dia mety amin'ny pH lehibe kokoa (4-9) mahazatra amin'ny karazana tsy an-dranomasina. Ny toetra mampiavaka ny Thalassolituus sp. C2-1. Tsy fantatra. Ny haavon'ny mari-pana amin'ny fitomboan'ny ASxL5T amin'ny ankapobeny dia midadasika kokoa noho ny an'ny an-dranomasina (4–42 °C), na dia tsy mahazaka hafanana aza ny sasany fa tsy ny T. marinus rehetra. Ny tsy fahafahana mitombo ASxL5T amin'ny haino aman-jery ron-kena dia nanakana ny famaritana ny phenotypic bebe kokoa. Ampiasao ny API 20E mba hitsapana ny fitaovana nokikisana tamin'ny takelaka BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, ny valin'ny fitsapana dia ratsy avokoa, fa tsy misy indole, acetoin ary H2S. novokarina. Ny gliosida tsy misy lalivay dia ahitana: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin ary arabinose. Raha ampitahaina amin'ireo karazana references mifandraika navoaka, dia aseho ao amin'ny tabilao 4 ny mombamomba ny asidra matavy selan'ny sela ASxL5T. Ny asidra matavy lehibe indrindra dia C16: 1ω6c sy / na C16: 1ω7c, C16: 0 ary C18: 1ω9. Misy ihany koa ny asidra matavy hydroxy C12: 0 3-OH sy C10: 0 3-OH. Ny tahan'ny C16: 0 ao amin'ny ASxL5T dia ambony noho ny sanda notaterina tamin'ireo karazana mifandraika. Mifanohitra amin'izany kosa, raha oharina amin'ny T. marinus IMCC1826TT voalaza, dia mihena ny tahan'ny C18: 1ω7c sy / na C18: 1ω6c amin'ny ASxL5T. oleivorans MIL-1T sy O. kriegii DSM 6294T, saingy tsy hita ao amin'ny B. sanyensis KCTC 32220T. Ny fampitahana ny mombamomba ny asidra matavy an'ny ASxL5T sy ny ASxLS dia nanambara ny tsy fitovian'ny habetsaky ny asidra matavy tsirairay eo amin'ireo karazany roa, izay mifanaraka amin'ny filaharan'ny ADN génomika mitovy karazana. Tsy nisy poti-poly-3-hydroxybutyrate (PHB) hita tamin'ny fampiasana ny fitsapana mainty Sodana.
Nodinihina ny asan'ny bakteria ASxL5T mba hamaritana ny isan'ny remby. Ity bakteria ity dia afaka mamorona takelaka amin'ny karazana Campylobacter, ao anatin'izany: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 sy C. upsaliensis NCTC 11541T. Ampiasao ireo kolontsaina voatanisa ao amin'ny fizarana famaritana isan-karazany amin'ny fomba hitsapana bakteria Gram-negative sy Gram-positive midadasika kokoa. Ny valiny dia mampiseho fa ny ASxL5T dia azo ampiasaina amin'ny Escherichia coli NCTC 86 sy Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques niforona tao amin'ny Klebsiella oxytoca 11466. Ny fifandraisan'ny TEM amin'ny E. coli NCTC 86 dia aseho ao amin'ny Figure 4A-D, ary ny fifandraisana amin'ny Campylobacter jejuni PT14 sy Campylobacter suis S12 dia aseho ao amin'ny Figure 4E-H afovoany. Ny fomba fanafihana dia toa tsy mitovy amin'ireo karazana remby notsapaina, miaraka amin'ny sela E. coli iray na maromaro miraikitra amin'ny sela ASxL5T tsirairay ary apetraka amin'ny sisiny manaraka ny sela miitatra alohan'ny adsorption. Mifanohitra amin'izany kosa, ny ASxL5T dia toa miraikitra amin'ny Campylobacter amin'ny alalan'ny teboka iray mifandray, matetika mifandray amin'ny tendron'ny sela mpiremby ary eo akaikin'ny tendron'ny sela Campylobacter (sary 4H).
TEM mampiseho ny fifandraisana misy eo amin'ny ASx5LT sy ny remby: (AD) sy ny E. coli remby; (EH) sy C. jejuni remby. (A) sela ASx5LT mahazatra mifandray amin'ny sela E. coli (EC) tokana; (B) Filamentous ASx5LT miraikitra amin'ny sela EC tokana; (C) sela ASx5LT filamentous mifandray amin'ny sela EC marobe; (D) Apetaho ny sela ASx5LT kely kokoa amin'ny sela E. coli (EC) tokana; (E) sela ASx5LT tokana mifandray amin'ny sela Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT dia manafika ny sela C. hyointestinalis (CH); (G) sela roa One ASx5LT nanafika sela CJ; (H) Fijerena akaiky ny teboka mipetaka ASx5LT, akaikin'ny tendron'ny sela CJ (bar 0.2 μm). Ny bara dia maneho 1 μm in (A–G).
Nivoatra ny bakteria mpiremby mba hanararaotra ireo loharanon-karena be dia be. Mazava ho azy fa hita any amin'ny tontolo maro samihafa izy ireo. Noho ny haben'ny mponina dia azo atao ny manasaraka ny bakteria ASxL5T amin'ny slurry amin'ny alàlan'ny fomba fanasarahana phage. Ny maha-zava-dehibe ny genomika an'ny ASxL5T amin'ireo mpikambana ao amin'ny fianakavian'ny bakteria an-dranomasina oceanospirillaceae dia mahagaga, na dia mahazaka sira aza ny zavamananaina ary afaka mitombo amin'ny fitaovana misy sira 5%. Ny famakafakana ny kalitaon'ny rano amin'ny slurry dia nampiseho fa ny votoatin'ny klôro sodium dia latsaky ny 0,1%. Noho izany, ny fotaka dia lavitra ny tontolo iainana an-dranomasina-na ara-jeografika na ara-tsimika. Ny fisian'ireo mitoka-monina telo mifandray nefa samy hafa avy amin'ny loharano iray ihany dia manaporofo fa miroborobo ao anatin'io tontolo tsy an-dranomasina io ireo biby mpiremby ireo. Ho fanampin'izay, ny famakafakana microbiome (rakitra data azo avy amin'ny https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) dia nampiseho fa ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA mitovy dia hita ao amin'ny 50 ambony indrindra amin'ny hetra miasa (OTU). ) Amin'ny elanelana santionany vitsivitsy amin'ny fotaka. Betsaka ny bakteria tsy kolontsaina hita tao amin'ny angon-drakitra Genbank, izay manana filaharan'ny fototarazo 16S rRNA mitovy amin'ny bakteria ASxL5T. Ireo filaharana ireo, miaraka amin'ny filaharan'ny ASxL5T, ASxS5, ary ASxO5, dia toa maneho karazana clades samihafa misaraka amin'ny Thalassolituus sy Oceanobacter (sary 2). Karazana bakteria telo tsy voavoly (GQ921362, GQ921357 ary GQ921396) no notokanana tamin'ny rano fissure tamin'ny halalin'ny 1,3 kilometatra tao amin'ny toeram-pitrandrahana volamena Afrikana Tatsimo tamin'ny taona 2009, ary ny roa hafa (DQ256320 sy DQ337006) dia avy any Afrika Atsimo (also) tamin'ny 2005). Ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA mifandray akaiky indrindra amin'ny ASxL5T dia ampahany amin'ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA azo avy amin'ny kolontsain'ny fanatsarana ny sedimenta fasika azo avy amin'ny tora-pasika any avaratr'i Frantsa tamin'ny 2006 (numero fidirana AM29240828). Ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA hafa mifandray akaiky avy amin'ny bakteria tsy voakolokolo HQ183822.1 dia azo avy amin'ny tanky fanangonam-bokatra nalaina avy amin'ny fanariam-pako monisipaly any Shina. Mazava ho azy fa ny bakteria ASxL5T dia tsy tena misolo tena ao amin'ny angon-drakitra taxonomic, fa ireo filaharan'ny bakteria tsy voavolavola ireo dia mety maneho zavamananaina mitovy amin'ny ASxL5T, izay miparitaka manerana an'izao tontolo izao, matetika amin'ny tontolo sarotra. Avy amin'ny famakafakana phylogenetic génétique manontolo, ny havany akaiky indrindra amin'ny ASxL5T dia Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ary O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus dia mpikambana ao amin'ny marine obligate hydrocarbon fragmentation bacteria (OHCB), izay miely patrana amin'ny tontolo an-dranomasina sy an-tanety, ary matetika no lasa manjaka indrindra taorian'ny trangan-javatra fandotoana hydrocarbon30,31. Ny bakteria an-dranomasina dia tsy mpikambana ao amin'ny vondrona OHCB, fa mitoka-monina amin'ny tontolo an-dranomasina.
Ny angon-drakitra phenotypic dia manondro fa ny ASxL5T dia karazana vaovao ary anisan'ny karazana tsy fantatra taloha tao amin'ny fianakaviana spirospiraceae an-dranomasina. Amin'izao fotoana izao dia tsy misy fenitra mazava hanasokajiana ireo karazany vao notokanana ho karazana vaovao. Nezahina hamaritana ny fetran'ny genera eran-tany, ohatra, mifototra amin'ny isan-jaton'ny genome amin'ny proteinina mpandala ny nentin-drazana (POCP), dia soso-kevitra fa ny sandan'ny fanapahana dia 50% mitovy amin'ny tebiteby reference33. Ny hafa dia manoro hevitra ny hampiasa ny soatoavina AAI, izay manana tombony amin'ny POCP satria azo alaina amin'ny génome tsy feno34. Mino ny mpanoratra fa raha latsaky ny 74% ny sandan'ny AAI raha ampitahaina amin'ny tadin'ny karazam-biby maodely, dia solontenan'ny genera hafa ny tebiteby. Ny karazana maodely ao amin'ny spirillaceae an-dranomasina dia spirillum an-dranomasina, ary ny tady modely dia O. linum ATCC 11336T. Ny sandan'ny AAI eo anelanelan'ny ASxL5T sy O. linum ATCC 11336T dia 54,34%, ary ny sanda AAI eo anelanelan'ny ASxL5T sy T. oleivorans MIL-1T (karazana karazana karazana) dia 67,61%, izay manondro fa ny ASxL5T dia maneho karazana vaovao tsy mitovy amin'ny Thalassolituus. Amin'ny fampiasana ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA ho fenitry ny fanasokajiana, dia 94.5%35 ny fetran'ny famaritana ny karazana. Ny ASxL5T dia azo apetraka ao amin'ny karazana Thalassolituus, mampiseho 95,03% 16S rRNA filaharana famantarana amin'ny T. oleivorans MIL-1T sy 96,17%. marinus IMCC1826T. Na izany aza, dia hapetraka ao amin'ny karazana Bacteroides izay manana 94,64% 16S rRNA ny maha-izy azy miaraka amin'ny B. sanyensis NV9, izay manondro fa ny fampiasana fototarazo tokana toy ny 16S rRNA dia mety hitarika amin'ny fanasokajiana sy fanendrena tsy misy dikany. Fomba iray hafa naroso dia mampiasa ny ANI sy Genome Alignment Score (AF) mba handinihana ny fanangonana ireo teboka angon-drakitra avy amin'ny karazana sy tsy karazana karazana amin'ny genera efa misy. Ny mpanoratra dia manoro hevitra ny hanambatra ny sisin-tanin'ny karazana amin'ny teboka fanodikodinan'ny karazana tombanana manokana amin'ny taxa hodinihina. Na izany aza, raha tsy ampy ny filaharan'ny genome feno avy amin'ny mitoka-monina Thalassolituus, dia tsy azo atao ny mamaritra raha anisan'ny karazana Thalassolituus ny ASxL5T amin'ny alalan'ity fomba ity. Noho ny tsy fisian'ny filaharan'ny genome feno ho an'ny famakafakana, dia tokony hadika amim-pitandremana ny hazo phylogenetic genome manontolo. Faharoa, ny fomba fampitahana genome manontolo dia tsy afaka milaza ny fahasamihafana lehibe amin'ny haben'ny génome ampitahaina. Norefesiny ny fitovizan'ny fototarazo tokana tokana voatahiry eo amin'ireo genera mifandray, saingy tsy nodinihina ireo fototarazo marobe izay tsy hita ao amin'ny genome kely kokoa an'ny ASxL5T. Mazava ho azy fa ny ASxL5T sy ny vondrona misy an'i Thalassolituus, Oceanobacter, ary Bacterioplanes dia manana razambe iraisana, saingy ny evolisiona dia nandeha tamin'ny lalana hafa, izay nitarika ny fihenan'ny génome, izay mety ho fampifanarahana amin'ny fomba fiaina mpiremby. Mifanohitra amin'ny T. oleivorans MIL-1T izany, izay 28% lehibe kokoa ary nivoatra teo ambanin'ny tsindry ara-tontolo iainana samihafa mba hampiasana hydrocarbons23,30. Ny fampitahana mahaliana dia azo atao amin'ny parasy obligate intracellular sy symbionts, toy ny Rickettsia, Chlamydia, ary Buchnera. Manodidina ny 1 Mb ny haben'izy ireo. Ny fahafahana mampiasa metabolites sela mpampiantrano dia mitarika ho amin'ny fahaverezan'ny fototarazo, noho izany dia niharan'ny fahasimban'ny génomika evolisiona lehibe. Ny fiovan'ny evolisiona avy amin'ny zavamananaina simika simika an-dranomasina mankany amin'ny fomba fiainan'ny biby mpiremby dia mety hiteraka fihenana mitovy amin'ny haben'ny génome. Ny famakafakana COG sy KEGG dia manasongadina ny isan'ny fototarazo ampiasaina amin'ny asa manokana sy ny fahasamihafan'ny eran'izao tontolo izao amin'ny lalan'ny génomika eo anelanelan'ny ASxL5T sy T. oleivorans MIL-1T, izay tsy noho ny fisian'ny singa genetika finday miely patrana. Ny fahasamihafana eo amin'ny tahan'ny G + C amin'ny genome manontolo amin'ny ASxL5T dia 56,1%, ary ny an'ny T. oleivorans MIL-1T dia 46,6%, izay manondro ihany koa fa misaraka.
Ny fandinihana ny votoatin'ny kaody ao amin'ny genome ASxL5T dia manome fomba fijery mahomby amin'ny toetran'ny phenotypic. Mahaliana manokana ny fisian'ny fototarazo karazany IV fimbriae (Tfp) satria mampirisika ny fihetsehan'ny sela izy ireo, antsoina hoe gliding social na convulsions, tsy misy flagella eny ambonin'ny tany. Araka ny tatitra, ny Tfp dia manana fiasa hafa, ao anatin'izany ny fihanaky ny aretina, ny pathogenesis, ny fananganana biofilm, ny fitrandrahana ADN voajanahary, ny fanangonana sela mandeha ho azy ary ny fampandrosoana38. Ny genome ASxL5T dia misy fototarazo 18 manodidin'ny diguanylate cyclase (anzima iray izay mandrindra ny fiovan'ny 2 guanosine triphosphate ho guanosine 2 phosphate sy cyclic diGMP) ary fototarazo 6 mandika ny diguanylate cyclase phosphate diguanylate mifanaraka amin'izany. Ny fototarazo ho an'ny esterase (mampihena ny fanimbana ny cyclic di-GMP amin'ny guanosine monophosphate) dia mahaliana satria ny cycl-di-GMP dia iraka faharoa manan-danja mandray anjara amin'ny fivoaran'ny biofilm sy ny fisarahana, ny hetsika, ny fametahana sela ary ny virulence 39, 40 amin'ny dingana. Tsara homarihina ihany koa fa ao amin'ny Bdellovibrio bacteriovorus, GMP cyclic double GMP dia naseho hifehy ny fifindrana eo amin'ny fiainana malalaka sy ny fomba fiaina mpiremby41.
Ny ankamaroan'ny fikarohana momba ny bakteria mpiremby dia nifantoka tamin'ny Bdelovibrio, ny zavamananaina mitovy amin'ny Bdelovibrio, ary ny karazana Myxococcus. Ireo sy ireo ohatra fantatra momba ny bakteria mpiremby dia mamorona vondrona isan-karazany. Na dia eo aza izany fahasamihafana izany, dia misy andiana fianakaviana proteinina mampiavaka izay maneho ny phenotypes 11 fantatra amin'ny bakteria mpiremby dia fantatra3,22. Na izany aza, ny fototarazo mamadika O antigène ligase (waaL) ihany no fantatra, izay mahazatra indrindra amin'ny bakteria Gram-negatif. Ity endrika famakafakana ity dia tsy manampy amin'ny fanondroana ny ASxL5T ho mpiremby, angamba noho izy mampiasa paikady fanafihana vaovao. Ny fisian'ny génome bakteria mpiremby isan-karazany dia hanampy amin'ny famolavolana famakafakana vahaolana tsara kokoa izay mandinika ny porofon'ny tsy fitovian'ny fiasa sy ny tontolo iainana eo amin'ny mpikambana ao amin'ny vondrona. Ohatra amin'ny bakteria mpiremby tsy tafiditra ao anatin'ity famakafakana ity ny mpikambana ao amin'ny Cupriavidus necator42 sy Bradymonabacteria43, satria rehefa manadihady ireo vondrom-piarahamonina mikraoba samihafa ny mpikaroka, dia miorina kokoa ny taxa mpiremby.
Ny endri-javatra miavaka indrindra amin'ny bakteria ASxL5T nalain'ny sarin'ny TEM dia ny morphologie miavaka sy malefaka, izay afaka mampiroborobo ny fifandraisana amin'ny bakteria haza. Ny karazana fifaneraserana hita dia tsy mitovy amin'ny bakteria mpiremby hafa ary tsy mbola hita na notaterina teo aloha. Ny tsingerin'ny fiainan'ny biby mpiremby ASxL5T natolotra dia aseho amin'ny sary 5. Misy ohatra vitsivitsy ao amin'ny literatiora miaraka amin'ny rafitra apical mitovy amin'ny tatitsika eto, fa ireo ohatra ireo dia ahitana ny Terasakiispira fiarovanaumokuakeensis, bakteria spirillum an-dranomasina miaraka amin'ny apex enlargement 44 indraindray, ary Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , anisan'ny karazana Oceanospirillum taloha, mampiseho Ilay antsoina hoe "film polar" 45. Ny endriky ny cocci dia hita matetika amin'ny kolontsaina tranainy, indrindra ho an'ny bakteria manana endrika miolikolika, toy ny Vibrio, Campylobacter, ary Helicobacter 46, 47, 48, izay mety maneho ny toetry ny fahasimbana. Ilaina ny asa fanampiny mba hanazavana ny tsingerin'ny fiainan'ny bakteria ASxL5T. Mba hamaritana ny fomba fisamborana sy fihazany, ary raha ny génome dia manambatra ny fitambaran-javatra biolojika izay azo ampiasaina amin'ny tanjona ara-pitsaboana na bioteknolojia.
Famaritana ny Venatorbacter gen. Novambra Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. dia ahitana venator avy amin'ny L. n. venator, 'mpihaza' ary Gr. n. bacter, 'tsorakazo'. Venatorbacter, 'Mihaza mihaza' . Ny sela dia aerobika, sira-mandefitra, sira, grain curved stain ratsy, rode. 4 ka hatramin'ny 42 °C Ny haavon'ny pH 4-9 dia tsy mahazatra amin'ny sifotra an-dranomasina, ny ankamaroany dia tsy mahazaka pH asidra. :1ω9 ; C12:0 3-OH sy C10:0 3-OH dia hita ho matavy hydroxy Tsy mitombo ao amin'ny mediam-boankazo ny votoatin'ny ADN G + C dia 56,1 mol%. .
Famaritana ny Venatorbacter cucullus sp. Novambra Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus dia midika hoe fairing).
Fanampin'izany, ny mampiavaka an'io karazana io dia rehefa mitombo amin'ny BA na BHI, ny sela dia 1,63 µm ny halavany ary 0.37 µm ny sakany. Ny zanatany amin'ny BHI agar dia tena kely, mahatratra 2 mm ny savaivony rehefa afaka 72 ora. Izy ireo dia beige, translucent, boribory, convex ary mamirapiratra. Ny mpikambana ao amin'io karazana io dia afaka mampiasa Escherichia coli sy Klebsiella. Campylobacter sy bakteria Gram-negatif maro hafa no remby.
Ny karazana ASxL5T mahazatra dia natokana tamin'ny rononon'omby tany Nottinghamshire, UK, ary napetraka tao amin'ny National Type Culture Collection (UK): laharana fidirana NCTC 14397 sy ny Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) laharana fidirana NCCB 100775. Ny filaharan'ny genome feno amin'ny ASxL5T dia napetraka ao amin'ny Genbank araka ny fanampim-panazavana CP046056.
Ny bakteria ASxL5T dia notokanana tamin'ny rononon'omby tamin'ny alalan'ny teknolojia fitokana-monina phage9,49. Ny slurry dia nopotehina 1: 9 (w / v) tao amin'ny SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ary 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Avy eo incubate amin'ny 4°C mandritra ny 24 ora, mihodinkodina moramora mba hanalana ireo biby mpiremby ao anaty buffer. Ny fampiatoana dia natao centrifuge tamin'ny 3000g nandritra ny 3 minitra. Ny supernatant dia nangonina ary natao centrifuge tamin'ny 13.000g fanindroany nandritra ny 5 minitra. Nalefa tamin'ny sivana membrane 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Alemaina) sy sivana membrane 0,2 µm (Minisart) ilay supernatant mba hanesorana ireo sela bakteria sisa tavela. ASxL5T dia afaka mandalo ireo sivana ireo. Ny bozaka malefaka avy amin'ny Campylobacter enterosus S12 (NCBI fidirana laharana CP040464) avy amin'ny slurry mitovy dia nomanina tamin'ny fampiasana teknika mahazatra. Ny slurry voasivana dia nozaraina teo amin'ny takelaka cellule tsirairay amin'ny 10 µl droplets ary navela ho maina. Ny takelaka dia nampidirina tao anaty tanky microaerophilic amin'ny 37 ° C mandritra ny 48 ora eo ambanin'ny fepetra microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ary 80% N2). Ny takelaka hita hita maso dia nalaina tao amin'ny SM buffer ary nafindra tany amin'ny bozaka vaovao C. hyointestinalis S12 mba hanaparitahana bebe kokoa ny zavamananaina lysed. Rehefa hita fa ny bakteria no antony mahatonga ny plaque lytika fa tsy ny phage, dia miezaha hampitombo ny zavamananaina tsy miankina amin'ny mpampiantrano ary hamaritana azy bebe kokoa. Ny kolontsaina aerôbika dia natao tamin'ny 37 ° C tamin'ny 5% v / v defibrinated ran-tsoavaly (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, fanampiny). Araka ny torolalan'ny Komitin'ny National Clinical Standards Committee, ny fomba fanaparitahana kapila dia ampiasaina amin'ny fitiliana ny fahatsapan'ny bakteria. Ny BHI agar dia nokolokoloina tamin'ny 37 ° C tamin'ny fampiasana kapila misy ireto antibiotika manaraka ireto (Oxoid) ho an'ny kolontsaina aerôbika: amoxicillin sy asidra clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Ny fandeferana sira dia naorina tamin'ny alàlan'ny incubation aerobic amin'ny takelaka BHI agar amin'ny 37 ° C. Ny NaCl fanampiny dia nampiana ny takelaka BHI agar mba hanomezana ny fifantohana hatramin'ny 10% w / v. Ny haavon'ny pH dia faritana amin'ny kolontsaina aerôbika amin'ny takelaka BHI agar amin'ny 37 ° C, izay ahitsy ny elanelana pH eo anelanelan'ny 4 sy 9 miaraka amin'ny HCl sterile na NaOH sterile, ary ny sanda pH kendrena dia voamarina alohan'ny handrarahana ny lovia. Ho an'ny famakafakana asidra matavy sela, ny ASxL5T dia nokolokoloina tamin'ny BHI agar nandritra ny 3 andro ary aerobic tamin'ny 37 ° C. Araka ny protocole fenitra MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) an'ny FERA Science Ltd, (York, UK), dia nalaina, nomanina ary nodinihina ny asidra matavy sela.
Ho an'ny TEM, ny ASxL5T dia kolontsaina aerôbika amin'ny fanaparitahana fanamiana amin'ny BA amin'ny 37 ° C mandritra ny 24 ora, ary avy eo dia voaangona ao anaty glutaraldehyde 3% (v / v) 1 ml amin'ny buffer cacodylate 0.1 M amin'ny mari-pana amin'ny efitrano Fix 1 ora, avy eo centrifuge. amin'ny 10.000 g mandritra ny 3 minitra. Avy eo dia avereno moramora ny pellet amin'ny buffer cacodylate 600 μl 0,1 M. Alefaso ny fampiatoana ASxL5T raikitra amin'ny sarimihetsika Formvar/karbonina amin'ny takelaka varahina 200 mesh. Nolokoina tamin'ny 0,5% (w/v) uranyl acetate nandritra ny 1 minitra ny bakteria ary nodinihin'ny TEM tamin'ny alalan'ny microscope TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Araka ny voalaza etsy ambony, manambatra ny isan'ny remby sy ny biby mpiremby ao amin'ny NZCYM ron-kena (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ary incubate mandritra ny 48 ora eo ambanin'ny toe-javatra microaerobic Campylobacter na Campylobacter amin'ny 37 ° C , Ny fifandraisan'ny biby mpiremby sy ny rembiny. nodinihin'ny TEM ihany koa. Ny fepetra aerobic ho an'ny Escherichia coli. Diniho tsy miankina amin'ny biby mpiremby sy ny bakteria mpiremby mba hamaritana izay fiovana eo amin'ny morphologie sela noho ny biby mpiremby. Ny fomba mainty Soudan dia nampiasaina tamin'ny mikroskopika optika amin'ny fanangonana PHB.
Ampitomboy ny kolontsaina ASxL5T mandritra ny alina amin'ny fanosorana ny fitomboana amin'ny takelaka BHI na BA miaraka amin'ny swab sterile. Angony ny sela ASxL5T ary ampiato ao amin'ny MRD (CM0733, Oxoid), ary apetraho amin'ny 4°C mandritra ny 7 andro izy ireo mba hanoanana ny sela. Ny fanondroana NCTC na ny kolontsaina bakteria ao amin'ny laboratoara dia natsipy tao amin'ny ron-kena BHI na ron-kena Nutrient No. 2 (CM007, Oxoid), natsofoka nandritra ny alina, nipoitra tamin'ny 13,000g ary naverina tamin'ny MRD mandra-pahatongan'ny OD600 dia 0.4. Kolontsaina: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, NCTC 11466, Klebsiella oxytoca 11466 Listeria Bakteria manokana NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella tsinainy bakteria Mondeville NC671, mundeville NC6TC1 bakteria tsinay. Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Ny mpampiantrano Campylobacter dia microaerobic incubated amin'ny takelaka BA amin'ny 37 ° C ary mihantona amin'ny ron-kena NZCYM. Ny mpampiantrano Campylobacter nosedraina dia: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni4NC8TC , C... Angony ny sela ao amin'ny MRD, centrifuge amin'ny 13,000g ary avereno ao amin'ny MRD hatramin'ny OD600 dia 0,4. Ampio aliquot 0,5 ml fampiatoana amin'ny 5 ml NZCYM ambony agar (0,6% agar) ary araraka eo amin'ny takelaka ambany 1,2% NZCYM. Taorian'ny fanasitranana sy ny fanamainana, ny ASxL5T nalevona serial dia nozaraina ho 20 µl droplets isaky ny bozaka amin'ny triplicate. Ny hafanan'ny kolontsaina sy ny atmosfera dia miankina amin'ny fepetra takian'ny bakteria fitsapana.
Ampiasao GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) hanomanana ADN avy amin'ny bakteria mitoka-monina. Ny fomba mahazatra dia nampiasaina tamin'ny fanamafisana PCR ny fototarazo 16S rRNA sy ny famaritana ny filaharan'ny vokatra amin'ny alàlan'ny simia famaranana ny loko (Eurofins Value Read Service, Germany). Ampiasao ny programa BLAST-N mba hampitahana ireo filaharana ireo amin'ny filaharan'ny fototarazo 16S rRNA hafa mba hamantarana sy hanangona ireo karazana mifandray akaiky. Ireo dia mifanaraka amin'ny ClustalW amin'ny programa MEGA X. Ny hazo filogenetika dia natsangana tamin'ny alàlan'ny MEGA X tamin'ny fampiasana ny fomba mety indrindra mifototra amin'ny maodely Tamura-Nei, miaraka amin'ny dika mitovy 100054. Mampiasà Kit ADN Genomic PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) hanesorana ny ADN ho an'ny filaharan'ny genome manontolo. Ny filaharan'ny genome an'ny ASxL5T dia nofaritana tamin'ny fampiasana ny fitambaran'ny Illumina MiSeq, izay misy vakiana 250 bp roa mifarana amin'ny tranomboky voaomana amin'ny alàlan'ny kitapo fametahana Nextera ary vakiana 2 hatramin'ny 20 kb lava avy amin'ny sehatra PacBio. Toeram-pikarohana momba ny sequencing DNA Genomics ao amin'ny Oniversiten'i Sembia. Namboarina tamin'ny CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danemark) ny génome. Ny kolontsaina ASxL5T dia napetraka ao amin'ny National Type Culture Collection (UK) sy ny Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). Ny fototarazon'ny zavamananaina mifandraika ampiasaina amin'ny fampitahana dia: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (laharan'ny fidirana HF680312, feno); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (ny laharana fidirana BMYY01000001, tsy feno); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (laharan'ny fidirana NZ_AUGV00000000, tsy feno); Ny vondrom-piarahamonina Marinamonas DSM 5604T (nampiana ASM436330v1, tsy feno), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (nampiana MTSD02000001, tsy feno) ary Thalassolituus sp. C2-1 (ampio NZ_VNIL01000001, tsy feno). Ampiasao ny JGI Genome Portal36 ao amin'ny https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= hamaritana ny isa fampifanarahana (AF) sy ny salan'isa asidra nokleika (ANI). tsiroaroa. Ny fomba Rodriguez-R & Konstantinidis55 dia nampiasaina hamaritana ny maha-izy azy amino asidra (AAI). Ampiasao ny GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 mba hamoronana hazo phylogenetika mety indrindra. Ny génome fampidirana maneho ny génome reference misy dia nofantenana avy amin'ny généra reference fantatra fa mifandray amin'ny ASxL5T avy amin'ny phylogeny 16S rRNA. Nosoratan'ilay hazo tamin'ny fampiasana ny fitaovana an-tserasera hazon'aina (https://itol.embl.de/). Ny fanamarihan'ny asa sy ny famakafakana ny genome ASxL5T dia atao amin'ny alàlan'ny fitaovana an-tserasera BlastKOALA KEGG amin'ny alàlan'ny fizarana fampivoarana mody KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Ny fizarana ny sokajy COG (vondrona orthologous) dia voafaritra amin'ny alàlan'ny fitaovana an-tserasera eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ary Muñoz-Dorado, J. Fandrobana bakteria: 75 taona ary mitohy izany! . tontolo iainana. microorganism. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. sns. Fahasamihafana sy mety antibaktera ny bakteria mpiremby amin'ny morontsiraka Peroviana. Martsa zava-mahadomelina. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Amin'ny alàlan'ny fototarazony dia ho azonao izy ireo: ny toetran'ny génomika amin'ny bakteria mpiremby. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Ny fomba fiaina mpiremby an'ny bacteriophage Bdellovibrio. mametraka. Mpitandrina mikraoba. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotika avy amin'ny bakteria mpiremby. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ary ireo zavamananaina mitovy amin'izany dia mpamantatra ny fahasamihafan'ny microbiome amin'ny mponina samihafa. microorganism. Ekolojia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ary Ballesté-Delpierre, C. Fantaro ny toetry ny antibaktera vaovao ankehitriny. klinika. microorganism. Infect. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Ny fihoaram-pefy roa ny phage sy ny phage dia afaka mamongotra ny rembiny E. coli tsy misy fika iray. J. Bakteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Ny isa sy ny fahasamihafan'ny Campylobacter sy ny bacteriophages mitoka-monina mandritra ny tsingerin'ny sakafon'ny akoho malalaka sy organika. tontolo iainana fampiharana. microorganism. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA sns. Fanavaozana ny taxonomy génomika sy ny epidemiolojian'ny kisoa Campylobacter. siansa. Solontena 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: workflow ho an'ny rafitra génomika. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Fomba fampifanarahana maromaro izay mampihena ny fahasarotan'ny fotoana sy ny habaka. Fampahalalana biolojika BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Fitaovana iray ho an'ny fampifanarahana mandeha ho azy sy ny trimming amin'ny famakafakana filogenetika lehibe. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC général sy metagenomic sequence translation manomboka faminaniana toerana. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Fitaovana fanasokajiana NCBI cross-platform sy mahomby. Bio Rxiv. (Nalaina tamin'ny 1 Jona 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Vidiny, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 - hazo mety ho ambony indrindra miaraka amin'ny fampifanarahana lehibe. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Nalaina tamin'ny 1 Jona 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Fikarohana momba ny asidra nukleika. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. etc. Ny anjara asan'ny extremolytes ectoine sy hydroxyectoine ho mpiaro ny adin-tsaina sy ny otrikaina: fototarazo, génomika rafitra, biochemistry, ary fanadihadiana ara-drafitra. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Fanehoan-kevitra proteinina tsy mitovy mandritra ny fitomboan'ny bakteria mandatsa-dranomaso hydrocarbon an-dranomasina Thalassolituus oleivorans MIL-1 mandritra ny fitomboan'ny alkana antonony sy lava. anoloana. microorganism. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., ary Jurkevitch, E. Ny fomba fampitahana génomika vaovao amin'ny famaritana ny mari-pamantarana manokana momba ny phenotypic dia manambara lova manokana amin'ny marika bakteria mpiremby. Public Science Library One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, sns. Thalassolituus oleivorans gene. Novambra, sp. Nov., karazana bakteria an-dranomasina vaovao izay manam-pahaizana manokana amin'ny fampiasana hydrocarbon. iraisam-pirenena. J. System. evolisiona. microorganism. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Novambra, sp. Tamin'ny Novambra, dia nisaraka tamin'ny ranomasina mivezivezy any Pasifika Atsimo izy io. iraisam-pirenena. J. System. evolisiona. microorganism. 66, 5010–5015 (2016).