He momo hou o te Gram-negative, aerobic, tote-tolerant, active, rod-shaped, and predatory bacteria ASxL5T i wehea mai i te harotoroto paru kau i Nottinghamshire, Ingarangi, a ka whakamahia a Campylobacter hei kai. I muri mai, ka kitea etahi atu momo Campylobacter me nga mema o te whanau Enterobacteriaceae hei kai. Whai muri i te whakatipuranga karekau he pūtau kaihautu, i tutuki te tipu aseptic ngoikore ki runga Brain Heart Infusion Agar. Ko nga tikanga tipu tino pai ko te 37 °C me te pH he 7. I kitea e te karu hiko tuku irahiko etahi ahuatanga ahua rerekee e pa ana ki te waatea o nga taonga. Ko te tātaritanga Phylogenetic e whakamahi ana i te raupapa ira ira 16S rRNA i tohu he hononga te wehe ki tetahi mema o te whanau Marine Spirulina, engari kaore e taea te wehewehe hei mema o tetahi puninga e mohiotia ana. Ko te raupapa ira-ira katoa o ASxL5T i whakapumau i te hononga ki nga mema o nga spirochetes moana. I kitea e te rapunga raraunga he maha nga ASxL5T e tiritiri ana i nga raupapa ira 16S rRNA me te maha o nga huakita karekau i whakatipuria mai i te moana, te mata whenua me te wai o raro. E whakaaro ana matou ko te riaka ASxL5T he momo hou i roto i te puninga hou. Ka tūtohu mātou ki te ingoa Venatorbacter cucullus gen. Noema, sp. I te marama o Noema, i whakamahia te ASxL5T hei momo riaka.
Ko nga huakita konihi he huakita e whakaatu ana i te kaha ki te whaiwhai me te patu i etahi atu huakita ora kia whiwhi rauemi koiora me te kaha. He rereke tenei ki te whakaora whanui o nga matūkai mai i nga moroiti mate, he rereke ano hoki i nga taunekeneke pirinoa, i roto i nga huakita ka hanga hononga tata ki to ratau kaihautu me te kore e mate. Ko nga huakita konihi kua whanake i nga huringa ora rereke hei whakamahi i te maha o nga puna kai i roto i nga waahi ka kitea (penei i nga waahi moana). He röpü kanorau te ähuatanga, he mea hono noa e tö rätou huringa ora whakahoromata motuhake1. Kua kitea nga tauira o te huakita konihi i roto i te maha o nga phyla, tae atu ki: Proteobacteria, Bacteroides, me Chlorella.3. Heoi, ko nga huakita konihi kua tino rangahaua ko te Bdellovibrio me te Bdelovibrio-and-like rauropi (BALOs4). Ko nga huakita konihi he puna whaihua o nga puhui hohe koiora hou me nga matū patu huakita5.
E whakaponohia ana ka whakanuia e te huakita konihi te kanorau moroiti, ka whai paanga pai ki te hauora o te rauwiringa kaiao, te hua me te pumau6. Ahakoa enei huanga pai, he iti noa nga rangahau e pa ana ki nga huakita konihi hou na te uaua o te whakatipu huakita me te hiahia ki te ata titiro ki nga taunekeneke o nga pūtau kia mohio ai ki o raatau huringa ora uaua. Ehara i te mea ngawari ki te tiki mai i enei korero mai i te tātari rorohiko.
I roto i te wa e piki haere ana te aukati antimicrobial, kei te rangahaua nga rautaki hou mo te aro ki nga tukumate huakita, penei i te whakamahi i nga huakita me nga huakita konihi7,8. I wehea te huakita ASxL5T i te tau 2019 ma te whakamahi i te hangarau wehe phage mai i te paru kau i kohia mai i te Whare Miraka o te Whare Wananga o Nottingham, Nottinghamshire. Ko te kaupapa o te whakatewhatewha he wehe i nga rauropi e kaha ana ki te whakahaere i te koiora. Ko te Campylobacter hyointestinalis he tukumate zoonotic, e hono ana ki nga mate whekau tangata10. Kei nga waahi katoa i roto i te serum ka whakamahia hei kaihautu whaainga.
I wehea te huakita ASxL5T mai i te tiēre mīti nā te mea i kitea ko ngā tohu i hanga ki runga i te pātītī o C. hyointestinalis he rite ki ērā i mahia e te bacteriophages. He kitenga ohorere tenei, na te mea ko tetahi waahanga o te mahi wehe phage ko te tātari ma te tātari 0.2 µm, i hangaia hei tango i nga pūtau huakita. Ko te tirotiro moroiti o nga rawa i tangohia mai i te tohu ka kitea ko nga huakita ahua-a-rakau iti-kino karekau i whakaemi te polyhydroxybutyrate (PHB). Ko te ahurea aseptic motuhake o nga pūtau kai ka kitea i runga i te reo totoka nui (pērā i te agar (BHI) me te agar toto (BA)), a he ngoikore tona tipu. Ka whiwhi i muri i te whakatipuranga me te pai ake o te inoculum. He rite tonu te tipu i raro i te microaerobic (7% v/v oxygen) me nga tikanga hāora hau, engari kaore i roto i te hau anaerobic. I muri i nga haora 72, he iti rawa te diameter o te koroni, ka tae ki te 2 mm, he beige, he maramara, he porotaka, he kopikopiko me te kanapa. Ka whakararu te whakamatautau matū koiora na te mea kaore e taea te whakatipu tika i te ASxL5T i roto i nga papaaho wai, e tohu ana tera pea ka whakawhirinaki ki te huringa ora uaua o te hanga kiriata koiora. Heoi ano, ko te whakatārewatanga o te pereti i whakaatu ko te ASxL5T he aerobic, he pai mo te oxidase me te catalase, a ka taea e ia te aro ki te 5% NaCl. Ko te ASxL5T he ātete ki te 10 µg streptomycin, engari he tairongo ki etahi atu paturopi kua whakamatauria. Ko nga pūtau huakita ASxL5T i tirotirohia e TEM (Whakaahua 1). I te tipu karekau he pūtau kai i runga i te BA, he Campylobacter iti nga pūtau ASxL5T, me te roa toharite o te 1.63 μm (± 0.4), te whanui o te 0.37 μm (± 0.08), me te kotahi te roa (tae atu ki te 5 μm) pou. haki moepuku. Tata ki te 1.6% o nga pūtau te ahua he iti iho i te 0.2 μm te whanui, ka taea te haere ma te taputapu tātari. I kitea he toronga hanga rerekee i runga ake o etahi o nga ruma, he rite ki te peera (Latin cucullus) (tirohia nga pere i te 1D, E, G). Ko te ahua nei he mea tito i te taikaha o te kiriuhi o waho, tera pea na te tere o te whakaheke i te rahi o te envelope periplasmic, i te wa e mau tonu ana te kirikiri o waho, e whakaatu ana i te ahua "mamao". Ko te whakatipu ASxL5T i te kore o nga matūkai (i roto i te PBS) mo te wa roa i te 4°C ka puta te nuinga (engari ehara i te katoa) nga pūtau e whakaatu ana i te ahua o te coccal (Whakaahua 1C). Ka tipu te ASxL5T me te Campylobacter jejuni hei kai mo te 48 haora, ka tino roa ake te rahi o te pūtau toharite me te whaiti atu i nga pūtau i tipuhia kaore he kaihautu (Ripanga 1 me te Whakaahua 1E). He rereke, ina tipu te ASxL5T me te E. coli hei kai mo te 48 haora, he roa ake, he whanui ake te rahi o te rahi o te pūtau i te wa e tipu kore ana (Ripanga 1), he rereke te roa o te pūtau, he kawa (Figure 1F). I te wa e whakakororiatia ana ki a Campylobacter jejuni, E. coli ranei hei kai mo te 48 haora, karekau he haki i kitea e nga pūtau ASxL5T. Ko te Ripanga 1 e whakapoto ana i nga kitenga o nga huringa o te rahi o nga pūtau i runga i te noho, te ngaro, me te momo taonga o ASxL5T.
Whakaaturanga TEM o ASx5LT: (A) Ka whakaatu a ASx5LT i te whiu roa; (B) pūhiko ASx5LT angamaheni; (C) nga pūtau cocci ASx5LT i muri i te roa o te hekitanga kaore he matūkai; (D) ko te roopu o nga pūtau ASx5LT he rerekee (E) Ko te roopu pūtau ASx5LT i whakawhaohia ki te taonga a Campylobacter i whakaatu i te roanga ake o te roa o te pūtau ka whakaritea ki te hunga karekau he tipu (D) i whakaatu hoki te hanganga apical; (F) Flaella Filamentous Nui, pūtau ASx5LT, i muri i te hekitanga ki te taonga E. coli; (G) He pūtau ASx5LT kotahi i muri i te hekitanga ki te E. coli, e whakaatu ana i te ahua rereke o runga. Ko te pae e tohu ana i te 1 μm.
Ma te whakatau i te raupapa ira ira 16S rRNA (tau whakauru MT636545.1) ka taea e nga rapunga paataka korero ki te whakatu i nga raupapa e rite ana ki era o te karaehe Gammaproteobacteria, ka tata ki nga huakita moana i roto i te whanau spirillum moana (Whakaahua 2), he mema hoki no te puninga Thalassolituus Ko te whanaunga tata ki a Marine Bacillus. He tino rereke te raupapa ira 16S rRNA i nga huakita konihi no te whanau Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Ko nga whakataurite takirua o B. bacteriovorus HD100T (momo riaka, DSM 50701) me B. bacteriovorus DM11A he 48.4% me te 47.7%, a mo B. exovorus JSS he 46.7%. Ko nga huakita ASxL5T e 3 nga kape o te ira 16S rRNA, e rua o enei he rite tahi ki tetahi, a ko te tuatoru he 3 nga turanga wehe. E rua etahi atu momo momo huakita konihi (ASx5S me ASx5O; 16S rRNA tau whakaurunga ira he MT636546.1 me MT636547.1) he rite te ahua o te ahua me te tohu tohu mai i te waahi kotahi kaore i te rite, engari he rereke mai i te ASxL5T me te Bacterial uncultured Ko nga raupapa papaa raraunga kua rapoi me etahi atu puninga o Oceanospirillaceae (Whakaahua 2). Ko te raupapa genome katoa o ASxL5T kua whakatauhia, kua tiakina i roto i te NCBI pātengi raraunga, a ko te nama whakauru ko CP046056. Ko te genome o ASxL5T he chromosome porohita o te 2,831,152 bp me te ōwehenga G + C o 56.1%. Kei roto i te raupapa genome te 2653 CDS (tapeke), e 2567 e tohuhia ana hei whakawaehere i nga pūmua, ko te 1596 ka taea te tohu hei mahi putative (60.2%). Kei roto i te genome nga ira RNA-coding 67, tae atu ki te 9 rRNAs (3 ia mo te 5S, 16S, me te 23S) me te 57 tRNA. Ko nga ahuatanga o te ira o ASxL5T i whakatauritea ki nga momo ira e waatea ana o nga riipene o te momo whanaunga tata i kitea mai i te raupapa ira 16S rRNA (Ripanga 2). Whakamahia te tuakiri waikawa amino (AAI) ki te whakatairite i nga momo ira tangata Thalassolituus katoa ki te ASxL5T. Ko te raupapa ira tangata tata e waatea ana (kaore i oti) i whakatauhia e AAI ko Thalassolituus sp. C2-1 (tāpirihia te NZ_VNIL01000001). I wehea tenei riaka mai i nga parataiao o te moana hohonu o te awa o Mariana, engari i tenei wa kaore he korero tohu mo tenei riaka hei whakataurite. Ka whakatauritea ki te ASxL5T 2.82 Mb, he nui ake te genome o te rauropi ki te 4.36 Mb. Ko te rahi o te rahi o te ira tangata o te spirochetes moana e tata ana ki te 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 nga momo tohutoro kua oti te tirotirohia mai i https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), no reira ko te genome o ASxL5T kei te rite ki te ota Ina whakaritea ki era atu mema, he iti rawa. Whakamahia te GToTree 1.5.54 ki te whakaputa i tetahi rakau phylogenetic pea i runga i te ira-ira (Whakaahua 3A), ma te whakamahi i nga raupapa waikawa amino hono me te hono o te 172 ira kape kotahi e pa ana ki te Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. I kitea e te tātaritanga he hononga tata ki a Thalassolituus, Bacterial Plane, me te Marine Bacterium. Heoi, ko enei raraunga e tohu ana he rereke te ASxL5T i ona whanaunga i roto i te Marine Spirulina, a kei te waatea ana raraunga raupapa ira.
Ko te rakau phylogenetic e whakamahi ana i te raupapa ira ira 16S rRNA e whakaatu ana i te waahi o nga riipene ASxL5T, ASxO5, me ASxS5 (me nga whekau) e pa ana ki nga momo huakita kaore i mahia me te moana i roto i te Marine Spirulinaceae. Ko te nama whakaurunga a Genbank e whai ana i te ingoa riaka i roto i nga reu. Whakamahia a ClustalW ki te whakahāngai i nga raupapa, me te whakamahi i te tikanga tino tupono me te tauira Tamura-Nei ki te whakatau i nga hononga phylogenetic, me te mahi i te 1000 nga tukurua i roto i te kaupapa MEGA X. Ko te nama kei te peka e tohu ana he nui ake te uara kape arataki i te 50%. I whakamahia te Escherichia coli U/541T hei roopu o waho.
(A) He rakau phylogenetic i runga i te genome, e whakaatu ana i te hononga i waenga i te huakita Spirospiraceae moana ASxL5T me ona whanaunga tata, E. coli U 5/41T hei roopu o waho. (B) Ka whakatauritea ki te T. oleivorans MIL-1T, ko te tohatoha waahanga mahi o nga ira ka tohuhia i runga i te roopu orthologous (COG) o te pūmua ASx5LT. Ko te ahua kei te taha maui e whakaatu ana i te maha o nga ira i ia waahanga COG mahi i ia ira. Ko te kauwhata kei te taha matau e whakaatu ana i te ōrau o ngā momo ira kei roto i ia roopu COG mahi. (C) Ka whakatauritea ki te T. oleiverans MIL-1T, ko te tātaritanga o te ara tino momo KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) o ASxL5T.
Ma te whakamahi i te patengi raraunga KEGG hei tirotiro i nga ira wae kei roto i te genome ASxL5T i kitea te ara metabolic angamaheni o te gamma aerobic Proteus. Kei roto i te ASxL5T te tapeke o nga ira 75 kua tohua ki nga pūmua motika kitakita, tae atu ki nga ira e uru ana ki te chemotaxis, te huihuinga hakihaki, me te punaha fimbriae momo IV. I te wahanga whakamutunga, e 9 i roto i te 10 nga ira he kawenga mo te korikoritanga o etahi atu rauropi. Kei roto i te genome o ASxL5T he huarahi koiora tetrahydropyrimidine biosynthetic katoa e uru ana ki te whakautu whakamarumaru ki te ahotea osmotic20, pera i te tumanako mo nga halophiles. He maha ano hoki nga huarahi katoa i roto i te genome mo nga cofactors me nga huaora, tae atu ki nga ara whakahiato riboflavin. Ahakoa kei roto te ira alkane 1-monooxygenase (alkB2) i te ASxL5T, kaore i te oti te ara whakamahi waiwaro. I roto i te raupapa ira o te ASxL5T, ko nga homologues o nga ira kua tohua ko te nuinga o te kawenga mo te whakahekenga o te waiwaro i roto i te T. oleiverans MIL-1T21, penei i te TOL_2658 (alkB) me te TOL_2772 (dehydrogenase waipiro). Ko te ahua 3B e whakaatu ana i te whakataurite o te tohatoha ira i roto i te waahanga COG i waenga i te ASxL5T me te hinu Olive MIL-1T. I roto i te katoa, he iti ake nga ira o te momo ira ASxL5T iti mai i ia waahanga COG ka whakaritea ki te ira nui e pa ana. I te wa e whakaatuhia ana te maha o nga ira o ia waahanga mahi hei paheketanga o te ira, ka kitea nga rereketanga i roto i te paheketanga o nga ira i roto i te whakamaoritanga, te hanganga ribosomal me nga waahanga biogenesis, me nga waahanga mahi whakaputa pūngao me te huringa, ko te ASxL5T nui ake. genome Ka whakatauritehia te paheketanga ki te roopu ano kei roto i te T. oleiverans MIL-1T genome. He rereke, ka whakaritea ki te ASxL5T genome, T. oleivorans MIL-1T he nui ake te paheketanga o nga ira i roto i te tukurua, te whakakotahitanga me te whakatikatika, me nga waahanga tuhi. Ko te mea whakamiharo, ko te rereketanga nui rawa atu i roto i nga ihirangi o ia waahanga mahi o nga ira e rua ko te maha o nga ira e kore e mohiotia kei roto i te ASxL5T (Whakaahua 3B). I mahia he tātaritanga whakarangatira o nga waahanga KEGG, kei ia waahanga KEGG he huinga o nga waeine mahi kua tautuhia a-ringa mo te whakamaarama me te whakamaoritanga koiora o nga raraunga raupapa ira. Ko te whakataurite o te tohatoha ira i roto i te ara kōwae katoa KOG o ASxL5T me te oriwa MIL-1T e whakaatuhia ana i te Whakaahua 3C. E whakaatu ana tenei tātaritanga ahakoa he tino whanariki me te arai hauota o te ASxL5T, karekau a T. oleiverans MIL-1T. He rereke, ko T. oleiverans MIL-1T he ara hikoi me te methionine, engari kaore i oti i te ASxL5T. Nō reira, he kōwae āhuatanga tā ASxL5T mō te whakakoi pūkawa (kua tautuhia hei huinga ira ka taea te whakamahi hei tohu tohu tohu, penei i te kaha o te tinana, te pathogenicity ranei; https://www.genome.jp/kegg/module.html) I T . Ko te whakatairite i te ihirangi ira o ASxL5T me te rarangi o nga ira e kii ana i te ahua o te noho kaipahua, he koretake. Ahakoa ko te ira waaL te whakawaehere i te ligase e hono ana ki te O antigen polysaccharide ki te matua kei roto i te genome ASxL5T (engari he mea noa i roto i te maha o nga huakita Gram-kino), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO ) Ka uru pea nga Genes i te 60 amino. nga rohe waikawa ka kitea i roto i nga huakita konihi karekau. Karekau he atu ira ahua konihi i roto i te ira ira ASxL5T, tae atu ki era whaamua whakawaehere e uru ana ki te koiora isoprenoid i te ara mevalonate. Kia mahara karekau he kupu ira ira gntR i roto i te roopu konihi i tirohia, engari e toru nga ira rite-gntR ka taea te tautuhi i te ASxL5T.
Ko nga ahuatanga tohutoro o ASxL5T kua whakarāpopotohia ki te Ripanga 3 me te whakataurite ki nga ahuatanga tohutoro o nga puninga 23, 24, 25, 26, me te 27 e whakaatuhia ana i roto i nga tuhinga. Ko nga momo wehe mai i T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, me Oceanobacter kriegii he tinana kaha, he pai te tote, he tinana te ahua o te tokotoko oxidase-positive, engari he tata karekau etahi atu tohu tohu me te ASxL5T. Ko te pH toharite o te moana he 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), e kitea ana i T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis me O. kriegii. He pai te ASxL5T mo te awhe pH nui ake (4-9) o nga momo kore-moana. Nga ahuatanga o Thalassolituus sp. C2-1. Kaore i te mohiotia. Ko te awhe pāmahana tipu o ASxL5T he whanui ake i tera o nga riaka moana (4–42 °C), ahakoa ko etahi engari ehara i te katoa o nga momo T. marinus he kawa-wera. Ko te kore kaha ki te whakatipu i te ASxL5T i roto i te papaaho hupa i aukati i te ahua o te tohu tohu. Whakamahia te API 20E ki te whakamatautau i nga rauemi i waruhia mai i te pereti BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, he kino nga hua whakamatautau, engari kaore he indole, acetoin me te H2S i whakaputaina. Ko nga warowaiwa kaore i rewenatia ko: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin me arabinose. Ka whakatauritea ki nga riipene tohutoro e pa ana ki te whakaputa, ka whakaatuhia te tohu waikawa ngako pūtau o te riaka ASxL5T i te Ripanga 4. Ko nga waikawa ngako pūtau matua ko C16:1ω6c me/ranei C16:1ω7c, C16:0 me C18:1ω9. Ko nga waikawa ngako hauwai C12:0 3-OH me C10:0 3-OH kei te noho ano. Ko te ōwehenga o C16:0 i ASxL5T he teitei ake i te uara o nga puninga e pa ana. Engari, ka whakatauritea ki te T. marinus IMCC1826TT kua whakaatuhia, ka whakahekehia te tauwehenga o C18: 1ω7c me / ranei C18: 1ω6c i ASxL5T. oleivorans MIL-1T me O. kriegii DSM 6294T, engari kaore i kitea i roto i te B. sanyensis KCTC 32220T. Ko te whakatairite i nga korero waikawa ngako o ASxL5T me ASxLS i kitea he rerekeetanga o te nui o nga waikawa ngako takitahi i waenga i nga riaka e rua, e rite ana ki te raupapa DNA genomic o taua momo. Kaore he matūriki poly-3-hydroxybutyrate (PHB) i kitea ma te whakamahi i te whakamatautau pango Sudan.
I akohia te mahi konihi o te huakita ASxL5T ki te whakatau i te awhe o te kai. Ka taea e tenei huakita te hanga tohu i runga i nga momo Campylobacter, tae atu ki: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 me C. upsaliensis NCTC 11541T. Whakamahia nga ahurea kua whakarārangihia i te wahanga whakatau awhe kaihautu o te tikanga ki te whakamatau i te whānuitanga whanui o te huakita Gram-negative me Gram-positive. Ko nga hua e whakaatu ana ka taea hoki te whakamahi i te ASxL5T i Escherichia coli NCTC 86 me Citrobacter freundii NCTC 9750T. Ko nga tohu i hangaia i runga i te Klebsiella oxytoca 11466. Ko te taunekeneke TEM me E. coli NCTC 86 e whakaatuhia ana i te Whakaahua 4A-D, me te taunekeneke ki a Campylobacter jejuni PT14 me Campylobacter suis S12 kei te Whakaatu 4E-H waenganui. He rereke te ahua o te mahi whakaeke i waenga i nga momo taonga kua whakamatauria, me te kotahi, neke atu ranei nga pūtau E. coli e piri ana ki ia pūtau ASxL5T, ka tuu ki te taha taha o te pūtau toroa i mua i te whakaurunga. He rereke, ko te ahua o te ASxL5T ka piri ki a Campylobacter na roto i te waahi whakapiri kotahi, i te nuinga o te waa ka pa atu ki te tihi o te pūtau konihi me te tata ki te tihi o te pūtau Campylobacter (Whakaahua 4H).
TEM e whakaatu ana i te taunekeneke i waenga i te ASx5LT me te taonga: (AD) me te taonga E. coli; (EH) me C. jejuni taonga. (A) He pūtau ASx5LT angamaheni e hono ana ki te pūtau E. coli (EC) kotahi; (B) He kakawaenga ASx5LT e piri ana ki tetahi pūtau EC kotahi; (C) He pūtau kakawaea ASx5LT e hono ana ki nga pūtau EC maha; (D) Āpitihanga Iti ake ngā pūtau ASx5LT i runga i te pūtau E. coli (EC) kotahi; (E) he pūtau ASx5LT kotahi e hono ana ki te pūtau Campylobacter jejuni (CJ); (F) ka whakaekea e te ASx5LT nga pūtau C. hyointestinalis (CH); (G) e rua Kotahi te pūtau ASx5LT i whakaeke i te pūtau CJ; (H) He tirohanga tata mo te waahi taapiri ASx5LT, tata ki te tihi o te pūtau CJ (paera 0.2 μm). Ko te pae e tohu ana i te 1 μm i roto (A–G).
Kua tipu nga huakita konihi ki te tango painga i te maha o nga puna kai. Ko te tikanga, kei te noho whanui i roto i te maha o nga taiao rereke. Na te whaiti o nga mema taupori, ka taea te wehe i te huakita ASxL5T mai i te slurry ma te whakamahi i te tikanga wehewehe phage. He mea miharo te whaitakenga ira o te ASxL5T ki nga mema o te whanau o te moanaospirillaceae o nga huakita moana, ahakoa he pai te tote o te rauropi ka taea te tipu ki runga i te reo e 5% te tote. Ko te tātaritanga o te kounga wai o te slurry he iti iho i te 0.1%. No reira, he matara atu te paru i te taiao o te moana-a-ahuwhenua me te matū. Ko te noho mai o nga momo momo rereke e toru mai i te puna kotahi e whakaatu ana kei te ora enei kaipahua i roto i tenei taiao kore moana. I tua atu, ko te tātaritanga microbiome (nga konae raraunga e waatea ana mai i https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) i whakaatu ko te raupapa ira 16S rRNA ano kei roto i te 50 tino nui o te taake whakahaere (OTU). ) I roto i etahi waahi whakatauira o te paru. He maha nga huakita karekau i kitea i roto i te putunga raraunga Genbank, he 16S rRNA raupapa ira e rite ana ki te huakita ASxL5T. Ko enei raupapa, me nga raupapa o ASxL5T, ASxS5, me ASxO5, te ahua nei he tohu i nga karaehe rereke kua wehea mai i Thalassolituus me Oceanobacter (Whakaahua 2). E toru nga momo huakita kare i whakatipuria (GQ921362, GQ921357 me GQ921396) i wehea mai i te wai kawa i te hohonutanga o te 1.3 kiromita i te kena koura o Awherika ki te Tonga i te tau 2009, me era atu e rua (DQ256320 me DQ337006) no Awherika ki te Tonga (also) i te tau 2005). Ko te raupapa ira 16S rRNA e tino hono ana ki te ASxL5T he wahanga o te raupapa ira 16S rRNA i riro mai i te ahurea whakarangatira o te parataiao kirikiri i riro mai i nga takutai o te raki o France i te tau 2006 (nama whakauru AM29240828). Ko tetahi atu raupapa ira ira 16S rRNA tata mai i te huakita karekau i maara HQ183822.1 i riro mai i te taika kohinga i reihitia mai i te ruku whenua i Haina. Ko te tikanga, ko nga huakita ASxL5T ehara i te tino tohu i roto i nga papaunga raraunga taake, engari ko enei raupapa mai i nga huakita karekau he tohu kaiao e rite ana ki te ASxL5T, ka tohatohahia puta noa i te ao, i te nuinga o te waa ki nga taiao wero. Mai i te tātaritanga phylogenetic genome katoa, ko te whanaunga tata ki te ASxL5T ko Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Me O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Ko Thalassolituus he mema o te huakita wehewehe waro waro o te moana (OHCB), ka horapa nui ki nga taiao moana me te whenua, a ka noho hei rangatira i muri i nga aitua parahanga waiwaro30,31. Ko nga huakita moana ehara i te mema o te roopu OHCB, engari he mea wehe mai i te taiao moana.
E tohu ana nga raraunga tohu ahua he momo hou a ASxL5T, he mema o te puninga kaore i mohiotia i mua i te whanau spirospiraceae moana. I tenei wa karekau he paerewa marama ki te whakarōpū i nga riaka katahi ano ka wehe ki roto i te puninga hou. Kua ngana ki te whakatau i nga rohe o nga puninga o te ao, hei tauira, i runga i te paheketanga o te ira o te pūmua conservative (POCP), e taunaki ana kia 50% te uara tapahi ki te riaka tohutoro33. Ko etahi e kii ana ki te whakamahi i nga uara AAI, he pai ake i te POCP na te mea ka taea te tiki mai i nga momo ira kaore i oti34. E whakapono ana te kaituhi, mena he iti iho te uara AAI i te 74% ki te whakatauritea ki te riaka tauira o nga momo tauira, he tohu te riaka no tetahi atu puninga. Ko te momo momo i roto i te spirillaceae moana he spirillum moana, ko te riaka tauira ko O. linum ATCC 11336T. Ko te uara AAI i waenga i te ASxL5T me te O. linum ATCC 11336T he 54.34%, me te uara AAI i waenga i te ASxL5T me te T. oleivorans MIL-1T (nga momo momo momo momo) he 67.61%, e tohu ana ko te ASxL5T he momo momo hou rereke mai i Thalassolituus. Ma te whakamahi i te raupapa ira ira 16S rRNA hei paerewa whakarōpūtanga, ko te 94.5%35 te rohenga whakataa momo momo. Ka taea te whakanoho i te ASxL5T ki te momo Thalassolituus, e whakaatu ana i te 95.03% 16S rRNA raupapa tuakiri me T. oleivorans MIL-1T me te 96.17%. marinus IMCC1826T. Heoi ano, ka whakaurua ano ki roto i te momo Bacteroides e 94.64% 16S rRNA te tuakiri ira me te B. sanyensis NV9, e tohu ana ko te whakamahi i te ira kotahi penei i te ira 16S rRNA ka arahi ki te whakarōpūtanga me te tuku mahi. Ko tetahi atu tikanga e whakaarohia ana ka whakamahi i te ANI me te Genome Alignment Score (AF) ki te tirotiro i te whakahiatotanga o nga tohu raraunga mai i nga momo momo me nga riipene kore-momo o nga puninga o naianei. E taunaki ana te kaituhi ki te whakakotahi i te rohenga puninga me te waahi kopikopiko o te puninga whakatau tata mo te taake e tātarihia ana. Heoi, ki te kore e ranea nga raupapa ira ira tangata mai i nga momo taratahi Thalassolituus, kaore e taea te whakatau mena no te puninga Thalassolituus te ASxL5T ma tenei tikanga. Na te iti o te waatea o nga raupapa ira ira katoa hei tātari, me ata whakamaori te rakau phylogenetic genome katoa. Tuarua, ko nga tikanga whakatairite ira katoa kaore e taea te whakaatu i nga rereketanga nui o te rahi o nga momo ira i whakaritea. I inehia e ratou te ahua o nga ira kape-kotahi matua i tiakina i waenga i nga puninga e pa ana, engari kaore i aro ki te maha o nga ira karekau i roto i te momo ira iti rawa atu o ASxL5T. Ko te tikanga, he tupuna kotahi te ASxL5T me nga roopu tae atu ki a Thalassolituus, Oceanobacter, me Bacterioplanes, engari he huarahi rerekee te kuwhatanga, ka heke te ira ira tangata, tera pea ko te urutau ki te ahua o te noho kino. He rereke tenei ki te T. oleivorans MIL-1T, he 28% te nui ake, kua tipu ake i raro i nga taumahatanga rereke o te taiao ki te whakamahi hydrocarbons23,30. Ka taea te whakataurite ki nga pirinoa intracellular obligate me nga tohu, penei i a Rickettsia, Chlamydia, me Buchnera. Ko te rahi o to ratou ira ira he 1 Mb. Ko te kaha ki te whakamahi metabolites pūtau kaihautū ka arai ki te ngaro o te ira, no reira i tino heke te kukunenga o te ira. Ko te whakarereketanga mai i nga rauropi matūkai matū moana ki te noho konihi ka hua pea te whakahekenga o te rahi o te ira. Ko te tātaritanga COG me te KEGG e whakaatu ana i te maha o nga ira e whakamahia ana mo nga mahi motuhake me nga rereketanga o te ao i roto i nga huarahi ira i waenga i te ASxL5T me te T. oleivorans MIL-1T, ehara i te mea na te whanui o te waatea o nga huānga ira pūkoro. Ko te rereketanga o te G + C ōwehenga o te genome katoa o ASxL5T he 56.1%, ko te T. oleivorans MIL-1T he 46.6%, e tohu ana hoki kua wehea.
Ko te tirotiro i nga ihirangi whakawaehere o te ASxL5T genome e whakarato ana i nga tirohanga mahi ki nga ahuatanga tohu. Ko te noho mai o nga ira e whakawaehere ana i te momo IV fimbriae (Tfp) he mea tino pai na te mea e whakatairanga ana i te nekehanga o nga pūtau, e kiia nei ko te heetere hapori, ko te wiri ranei, kaore he haki i runga i te mata. E ai ki nga purongo, kei a Tfp etahi atu mahi, tae atu ki te paopao, te pathogenesis, te hanga kiriata koiora, te tangohanga DNA maori, te whakahiato me te whakawhanaketanga o nga pūtau aunoa38. Kei roto i te genome ASxL5T 18 nga ira e whakawae ana i te diguanylate cyclase (he whākōkī e whakakōkī ana i te hurihanga o te 2 guanosine triphosphate ki te guanosine 2 phosphate me te cyclic diGMP) me te 6 ira e whakawaehere ana i te diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Ko te ira mo te esterase (te whakakorikori i te whakahekenga o te cyclic di-GMP ki te guanosine monophosphate) he mea whakamere na te mea ko te cycl-di-GMP he kaikawe tuarua nui e uru ana ki te whakawhanaketanga biofilm me te wehenga, te nekehanga, te taapiri pūtau me te kino 39, 40 i roto i te tukanga. Me tohu ano hoki i roto i te Bdellovibrio bacteriovorus, kua whakaatuhia te GMP takirua cyclic ki te whakahaere i te whakawhiti i waenga i te oranga kore utu me te oranga o te kaiwhai41.
Ko te nuinga o nga rangahau mo nga huakita konihi kua aro ki te Bdellovibrio, nga rauropi-rite ki te Bdellovibrio, me nga momo Myxococcus. Ko enei me etahi atu tauira e mohiotia ana o te huakita konihi he roopu kanorau. Ahakoa tenei kanorau, kua tautuhia he huinga o nga whanau pūmua e whakaata ana i nga tohu tohu o te 11 huakita konihi e mohiotia ana3,22. Heoi ano, ko nga ira anake e whakawae ana i te O antigen ligase (waaL) kua tautuhia, he mea tino kitea i roto i nga huakita Gram-negative. Ko tenei momo tātaritanga karekau he awhina ki te tohu i te ASxL5T hei kaipahua, na te mea kei te whakamahi i te rautaki whakaeke hou. Ko te waatea o nga momo momo ira huakita konihi ka awhina i te whakawhanake i nga tātaritanga whakatau pai ake e whai whakaaro ana ki nga taunakitanga o nga rereketanga mahi me te taiao i waenga i nga mema o te roopu. Ko nga tauira o te huakita konihi karekau i whakauruhia ki roto i tenei tātaritanga ko nga mema o Cupriavidus necator42 me Bradymonabacteria43, na te mea ka tirotirohia e nga kairangahau nga momo momo moroiti, he maha ake nga taake kaipahua.
Ko te ahuatanga tino rongonui o te huakita ASxL5T i mauhia e te ahua TEM ko tona ahua ahurei me te ngawari, ka taea te whakatairanga i te taunekeneke me nga huakita kai. He rereke te momo tauwhitinga e kitea ana i etahi atu huakita konihi, a, kaore ano kia kitea i mua atu, i panuitia ranei. Ko te huringa ora konihi ASxL5T e whakaarohia ana e whakaatuhia ana i te Whakaahua 5. He iti noa nga tauira i roto i nga tuhinga e rite ana nga hanganga apical rite ki ta matou e whakaatu ana i konei, engari ko enei tauira ko Terasakiispira whakatairangaumokuakeensis, he huakita spirillum moana me te apex enlargement 44, me Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , no mua no te puninga Oceanospirillum, e whakaatu ana i nga mea e kiia nei "kiriata polar" 45. He maha nga wa ka kitea nga momo Cocci i roto i nga ahurea tawhito, ina koa mo nga huakita whai ahua kopikopiko, penei i te Vibrio, Campylobacter, me Helicobacter 46, 47, 48, tera pea he ahua kino. Me mahi ano hei whakamarama i te huringa ora o te huakita ASxL5T. Hei whakatau me pehea tana hopu me te hopu, me te whakawaeherehia e tana ira ira i nga puhui hohe koiora ka taea te whakamahi mo nga kaupapa rongoa, hangarau koiora ranei.
Whakaahuatanga o Venatorbacter gen. Noema Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. is composed of venators from L. n. venator,'hunter' and Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'he hunting Rod' . He aerobic, he tote, he kopikopiko te paru Gram, he pai te mahi a Catalase me te oxidase awhe o 4 ki te 42 °C Ingrown Ko te awhe pH o 4-9 he rereke I roto i nga ngata moana, ko te nuinga o nga waikawa ngako ko C16:1ω6c me/ranei C16:1ω7c, C16:0 me C18. :1ω9 ;C12:0 3-OH me C10:0 3-OH he ngako wai karekau e tipu i roto i te hupa Ko te 56.1 mol% te ihirangi DNA o tenei puninga ki a Campylobacter Me te ahua o nga mema o te whanau Enterobacteriaceae .
Whakaahuatanga o Venatorbacter cucullus sp. Whiringa-a-rangi Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus te tikanga o te mahi pai).
I tua atu, ko te ahua whakamaarama o tenei puninga ko te whakatipu i runga i te BA, i te BHI ranei, he 1.63 µm te roa me te 0.37 µm te whanui o nga ruma. He iti rawa nga koroni i runga i te BHI agar, ka tae ki te 2 mm te whanui i muri i te 72 haora. He beige, he whakawhiti, he porowhita, he porowhita me te kanapa. Ka taea e nga mema o tenei momo te whakamahi Escherichia coli me Klebsiella. Ka noho te Campylobacter me etahi atu huakita Gram-kino hei kai.
Ko te riipene angamaheni ASxL5T i wehea mai i te miraka mīti i Nottinghamshire, UK, ka tukuna ki te National Type Culture Collection (UK): nama whakaurunga NCTC 14397 me te Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) nama whakaurunga NCCB 100775. Ko te raupapa ira katoa o ASxL5T kua tukuna ki Genbank kia rite ki te taapiri o CP046056.
I wehea te huakita ASxL5T mai i te mirakau mīti mā te hangarau whakawehe phage9,49. I diluted te slurry 1:9 (w/v) i roto i te SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O me te 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Katahi ka whakawhao. i te 4°C mo te 24 haora, ka takataka haere ki te whakakore i nga konihi ki roto i te parepare. Ko te whakatārewatanga i centrifuge i te 3000g mo te 3 meneti. I kohia te supernatant ka centrifuge i te 13,000g mo te wa tuarua mo te 5 meneti. Ka tukuna te supernatant i roto i te tātari membrane 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germany) me te tātari membrane 0.2 µm (Minisart) ki te tango i nga toenga huakita. Ka taea e ASxL5T te whakawhiti i enei whiriwhiringa. I whakaritea he papaaariki para ngohengohe o Campylobacter enterosus S12 (NCBI whakaurunga nama CP040464) mai i te slurry ano ma te whakamahi i nga tikanga paerewa. I tohatohahia te slurry kua tātarihia ki ia o enei pereti pūtau kaihautu i roto i te 10 µl rūrūtia kia toru, ka tukua kia maroke. I whakauruhia te pereti i roto i te tank microaerophilic i te 37 ° C mo nga haora 48 i raro i nga tikanga microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, me 80% N2). Ko te tohu kua kitea i tangohia ki roto i te parapara SM, ka whakawhitia ki te papaareti hou o C. hyointestinalis S12 hei whakawhänui ake i nga rauropi lysed. Kia whakatauhia ko te huakita te take o te tohu lytic, kaua ko te phage, me ngana ki te whakatipu i te rauropi motuhake mai i te kaihautu me te tohu ano. I mahia te ahurea aerobic i te 37 °C me te 5% v / v defibrinated toto hoiho (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, taapiri). E ai ki nga aratohu a te National Clinical Standards Committee, ka whakamahia te tikanga tohatoha kōpae mo te whakamatautau whakaraeraetanga antibacterial. Ko te BHI agar i whakatipuhia i te 37 °C ma te whakamahi i tetahi kōpae kei roto nga paturopi e whai ake nei (Oxoid) mo te ahurea aerobic: amoxicillin me te waikawa clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg ; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Ko te manawanui o te tote i whakapumauhia e te heki aerobic i runga i nga papaa BHI agar i te 37 °C. I taapirihia etahi atu NaCl ki nga papaa BHI agar hei whakarato i te awhe kukū ki te 10% w/v. Ko te awhe pH ka whakatauhia e te ahurea aerobic i runga i nga pereti BHI agar i te 37°C, i te mea kua whakatikahia te awhe pH ki waenga i te 4 me te 9 me te HCl horomata ranei NaOH horomata, a ka manatokohia te uara pH i mua i te ringihanga i te pereti . Mo te tātari waikawa ngako pūtau, i whakatipuhia te ASxL5T ki te BHI agar mo nga ra e 3 me te aerobic i te 37 °C. E ai ki te MIDI (Sherlock Microbial Identification System, putanga 6.10) kawa paerewa a FERA Science Ltd, (York, UK), i tangohia nga waikawa ngako pūtau, kua rite, kua tātarihia.
Mo TEM, i whakatipuhia te ASxL5T ma te horapa orite ki runga BA i te 37°C mo te 24 haora, ka hauhake ki te 1 ml o te 3% (v/v) glutaraldehyde i roto i te 0.1 M cacodylate buffer i te pāmahana rūma Whakatika mo te 1 haora, katahi ka centrifuge. i te 10,000 g mo te 3 meneti. Kātahi ka whakatārewahia te pire i roto i te 600 μl 0.1 M cacodylate buffer. Whakawhitihia te whakatārewatanga ASxL5T ki te kiriata Formvar/waro i runga i te matiti parahi 200 mata. I pania nga huakita ki te 0.5% (w/v) uranyl acetate mo te 1 meneti ka tirotirohia e TEM ma te whakamahi i te karuiti TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Ka rite ki te korero i runga ake nei, whakakotahihia te maha o nga kai me te kai konihi i roto i te hupa NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) me te whakawhao mo te 48 haora i raro i nga tikanga microaerobic o Campylobacter, Campylobacter ranei i te 37°C , Te taunekeneke a te konihi me te kai. i tirotirohia ano e TEM. Nga tikanga aerobic mo Escherichia coli. Te tirotiro takitahi i te kai me te huakita konihi ki te whakatau i nga huringa o te ahua o nga pūtau na te konihi. Ko te tikanga pango Sudan i whakamahia mo te moroiti mata o te whakaemi PHB.
Whakatipuhia nga ahurea ASxL5T mo te po ma te pania i te tipu ki runga i nga pereti BHI, BA ranei me te ūkui parakore. Kohia nga pūtau ASxL5T ka whakatārewatia ki te MRD (CM0733, Oxoid), ka waiho ki te 4°C mo nga ra e 7 kia matekai ai nga ruma. Ko te tohutoro a te NCTC, ko te ahurea huakita kararehe taiwhanga ranei i werohia ki te hupa BHI, te hupa matūkai Nama 2 ranei (CM007, Oxoid), ka whakakororia i te po, ka whakahiatohia ki te 13,000g ka whakamauhia ki te MRD kia 0.4 te OD600. Ahurea: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, NCTC1466, Klebsiella oxytoca NCTC 1146T Listeria He huakita motuhake NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella intestinal bacteria57477TC, 1 huakita intestinal Salmonella Mondeville NC68 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Ko te ope o Campylobacter i microaerobically incubated i runga i nga pereti BA i te 37°C ka whakatarewahia ki te hupa NZCYM. Ko nga kaihautu Campylobacter kua whakamatauria ko: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. , C... Kohikohia nga pūtau i roto i te MRD, te centrifuge ki te 13,000g ka whakatārewahia ki te MRD kia 0.4 te OD600. Tāpirihia he aliquot o te 0.5 ml whakatārewatanga ki te 5 ml NZCYM rewa runga agar (0.6% agar) ka ringihia ki runga i te 1.2% NZCYM pereti raro. Whai muri i te whakamaroketanga me te whakamaroke, ka tohatohahia te ASxL5T kua waimeha rangatū hei 20 µl rūrūtia i runga i ia papa papakuti kia takitoru. Ko te pāmahana ahurea me te hau ka whakawhirinaki ki nga whakaritenga o nga huakita whakamatautau.
Whakamahia a GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) ki te whakareri i te DNA mai i nga wehenga huakita. I whakamahia nga tikanga paerewa mo te whakanui PCR o te ira 16S rRNA me te whakatau raupapa hua ma te whakamahi i te matū whakamutu tae (Eurofins Value Read Service, Germany). Whakamahia te kaupapa BLAST-N hei whakatairite i enei raupapa ki etahi atu raupapa ira 16S rRNA hei tautuhi me te kohikohi i nga momo e tata ana. Ka whakahāngaitia enei ma te whakamahi ClustalW i te kaupapa MEGA X. I hanga ano te rakau phylogenetic ma te whakamahi i te MEGA X ma te whakamahi i te tikanga tino tupono i runga i te tauira Tamura-Nei, me te 1000 nga kape arahi54. Whakamahia te Kete DNA Genomic PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ki te tango i te DNA mo te raupapa ira-ira katoa. I whakatauhia te raupapa ira ira o ASxL5T ma te whakakotahitanga Illumina MiSeq, kei roto i te 250 bp nga panui mutunga-rua i tito mai i te whare pukapuka kua whakaritea ma te kete tapanga Nextera me nga panui 2 ki te 20 kb te roa mai i te papaaho PacBio. Genomics DNA Sequencing Research Facility i te Whare Wananga o Sembia. I whakaemihia te genome ma te whakamahi i te CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Ko nga ahurea ASxL5T ka tukuna ki roto i te Kohinga Ahurea Momo Momo Momo (UK) me te Kohinga Ahurea Bacterial Holani (NCCB). Ko nga genomes o nga rauropi whai hononga e whakamahia ana hei whakataurite ko: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nama whakauru HF680312, kua oti); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nama whakauru BMYY01000001, kaore i oti); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nama whakaurunga NZ_AUGV00000000, kaore i oti); Ko te hapori Marinamonas DSM 5604T (kua taapirihia te ASM436330v1, kaore i oti), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (kua taapirihia te MTSD02000001, kaore i oti) me Thalassolituus sp. C2-1 (tāpirihia te NZ_VNIL01000001, kāore i oti). Whakamahia te JGI Genome Portal36 i https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ki te whakatau i te tatauranga tirohanga (AF) me te tuakiri waikawa karihi toharite (ANI). Takirua. Ko te tikanga o Rodriguez-R & Konstantinidis55 i whakamahia hei whakatau i te tuakiri waikawa amino (AAI). Whakamahia te GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ki te whakaputa i tetahi rakau phylogenetic pea. Ko te ira whakauru e tohu ana i te ira tohutoro e waatea ana ka tohua mai i nga puninga tohutoro kua tohua he hononga ki te ASxL5T mai i te phylogeny 16S rRNA. I tohuhia te rakau ma te whakamahi i te rakau tauwhitiwhiti o te ora taputapu ipurangi (https://itol.embl.de/). Ko te tuhi korero me te tātaritanga o te ASxL5T genome ka mahia ma te whakamahi i te BlastKOALA KEGG taputapu ipurangi ma te whakamahi i te KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) tohatoha whakarangatira. Ko te tohatoha o nga waahanga COG (roopu orthologous) ka whakatauhia ma te whakamahi i te taputapu ipurangi eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ me Muñoz-Dorado, J. Te tukitukinga huakita: 75 tau ka haere tonu! . taiao. moroiti. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Te rereketanga me te kaha antibacterial o nga huakita konihi i te takutai o Peruvian. Maehe raau taero. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Ma o ratou ira, ka mohio koe ki a raatau: nga ahuatanga ira o te huakita konihi. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Ko te momo noho konihi o te bacteriophage Bdellovibrio. tāuta. Hepara moroiti. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Paturopi mai i te huakita konihi. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Ko Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio me nga rauropi rite he tohu mo te kanorau microbiome i roto i nga taupori ope rereke. moroiti. rauropi. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. me Ballesté-Delpierre, C. Tirohia te ahuatanga o naianei o nga raau taero hou. haumanu. moroiti. Te pangia. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Ka taea e te konihi rua o te phage me te phage te whakakore i nga taonga a E. coli me te kore he konihi kotahi. J. Huakita. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Ko te tatau me te kanorau o Campylobacter me nga bacteriophages i wehea i te huringa whangai o nga heihei awhe-kore me nga heihei waro. Te taiao tono. moroiti. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. Whakahoutia te taaketanga ira tangata me te mate urutaru o te poaka Campylobacter. pūtaiao. Māngai 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Reremahi ratarata-kaiwhakamahi mo nga punaha ira tangata. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: He tikanga whakatikatika raupapa maha hei whakaiti i te uaua o te waa me te waahi. BMC korero koiora. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: He taputapu mo te whakatikatika aunoa me te tarai i roto i te tātaritanga phylogenetic nui. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ira me te raupapa metagenomic whakamaoritanga timata te matapae pae. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Whakawhitiwhiti me te pai o te taputapu whakarōpūtanga NCBI. Koiora Rxiv. (I uru atu i te Pipiri 1, 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Utu, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-whakatata tata ki te rakau tupono nui me te tirohanga nui. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (I uru atu i te Pipiri 1, 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Te rangahau waikawa nucleic. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. etc. Ko te mahi a te extremolytes ectoine me te hydroxyectoine hei whakamarumaru ahotea me nga matūkai: te ira, te punaha ira, te matū koiora, me te tātari hanganga. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Te whakaputanga pūmua rereke i te wa o te tipu o te huakita hauwai-waiwai-whakaheke o te moana Thalassolituus oleivorans MIL-1 i te wa e tipu ana te reo me te roa o nga alkanes mekameka. mua. moroiti. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., me Jurkevitch, E. Ko te tikanga whakataurite hou mo te tautuhi i nga tohu tohu phenotypic-motuhake e whakaatu ana i nga taonga tuku iho i roto i te tohu huakita konihi. Public Science Library One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, me etahi atu ira Thalassolituus oleivorans. Noema, sp. Nov., he momo huakita moana hou e tohunga ana ki te whakamahi waiwaro. te ao. J. Pūnaha. whanaketanga. moroiti. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Noema, sp. I te marama o Whiringa-a-rangi, ka wehe atu i nga wai moana e rere ana i Te Moana-nui-a-Kiwa ki te Tonga. te ao. J. Pūnaha. whanaketanga. moroiti. 66, 5010–5015 (2016).