ഒരു പുതിയ തരം ഗ്രാം-നെഗറ്റീവ്, എയ്റോബിക്, ഉപ്പ്-സഹിഷ്ണുത, സജീവവും വടി ആകൃതിയിലുള്ളതും കൊള്ളയടിക്കുന്നതുമായ ബാക്ടീരിയകൾ ASxL5T ഇംഗ്ലണ്ടിലെ നോട്ടിംഗ്ഹാംഷെയറിലെ ഒരു ചാണക കുളത്തിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുക്കുകയും കാംപിലോബാക്റ്ററിനെ അതിൻ്റെ ഇരയായി ഉപയോഗിക്കുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന്, മറ്റ് കാമ്പിലോബാക്റ്റർ ഇനങ്ങളും എൻ്ററോബാക്ടീരിയേസി കുടുംബത്തിലെ അംഗങ്ങളും ഇരയായി കണ്ടെത്തി. ആതിഥേയ കോശങ്ങളില്ലാത്ത ഉപസംസ്കാരത്തിനു ശേഷം, ബ്രെയിൻ ഹാർട്ട് ഇൻഫ്യൂഷൻ അഗറിൽ ദുർബലമായ അസെപ്റ്റിക് വളർച്ച കൈവരിച്ചു. ഒപ്റ്റിമൽ വളർച്ചാ സാഹചര്യങ്ങൾ 37 °C ഉം pH 7 ഉം ആണ്. ട്രാൻസ്മിഷൻ ഇലക്ട്രോൺ മൈക്രോസ്കോപ്പി ഇരയുടെ ലഭ്യതയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട അസാധാരണമായ ചില രൂപഘടന സവിശേഷതകൾ വെളിപ്പെടുത്തി. 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനം സൂചിപ്പിക്കുന്നത് ഒറ്റപ്പെടൽ മറൈൻ സ്പിരുലിന കുടുംബത്തിലെ ഒരു അംഗവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെങ്കിലും അറിയപ്പെടുന്ന ഏതെങ്കിലും ജനുസ്സിലെ അംഗമായി വ്യക്തമായി വർഗ്ഗീകരിക്കാൻ കഴിയില്ല. ASxL5T-യുടെ മുഴുവൻ-ജീനോം സീക്വൻസിങ് സമുദ്ര സ്പൈറോചെറ്റുകളിലെ അംഗങ്ങളുമായുള്ള ബന്ധം സ്ഥിരീകരിച്ചു. നിരവധി ASxL5T-കൾ സമുദ്രം, കര, ഭൂഗർഭജലം എന്നിവയിൽ നിന്നുള്ള സംസ്ക്കാരമില്ലാത്ത നിരവധി ബാക്ടീരിയകളുമായി 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസുകൾ പങ്കിടുന്നതായി ഒരു ഡാറ്റാബേസ് തിരയൽ കണ്ടെത്തി. ASxL5T എന്ന സ്‌ട്രെയിൻ ഒരു പുതിയ ജനുസ്സിലെ ഒരു പുതിയ ഇനത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നുവെന്ന് ഞങ്ങൾ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു. വെനേറ്റർബാക്റ്റർ കുക്കുല്ലസ് ജെൻ എന്ന പേര് ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു. നവംബർ, sp. നവംബറിൽ, ASxL5T ടൈപ്പ് സ്‌ട്രെയിനായി ഉപയോഗിച്ചു.
ബയോസിന്തറ്റിക് വസ്തുക്കളും ഊർജ്ജവും ലഭിക്കുന്നതിന് മറ്റ് ജീവനുള്ള ബാക്ടീരിയകളെ വേട്ടയാടാനും കൊല്ലാനുമുള്ള കഴിവ് പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളാണ് പ്രെഡേറ്ററി ബാക്ടീരിയകൾ. ചത്ത സൂക്ഷ്മാണുക്കളിൽ നിന്നുള്ള പോഷകങ്ങളുടെ പൊതുവായ വീണ്ടെടുക്കലിൽ നിന്ന് ഇത് വ്യത്യസ്തമാണ്, കൂടാതെ ബാക്ടീരിയകൾ അവയുടെ ആതിഥേയനുമായി അവരെ കൊല്ലാതെ അടുത്ത ബന്ധം സ്ഥാപിക്കുന്ന പരാദ ഇടപെടലുകളിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തമാണ്. കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകൾ അവ കാണപ്പെടുന്ന സ്ഥലങ്ങളിലെ (സമുദ്ര ആവാസ വ്യവസ്ഥകൾ പോലെ) സമൃദ്ധമായ ഭക്ഷ്യ സ്രോതസ്സുകൾ പ്രയോജനപ്പെടുത്തുന്നതിന് വ്യത്യസ്ത ജീവിത ചക്രങ്ങൾ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തിട്ടുണ്ട്. വർഗ്ഗീകരണപരമായി വൈവിധ്യമാർന്ന ഒരു ഗ്രൂപ്പാണ് അവ, അവയുടെ അദ്വിതീയ വന്ധ്യംകരണ ജീവിത ചക്രം കൊണ്ട് മാത്രം ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു1. കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയയുടെ ഉദാഹരണങ്ങൾ വിവിധ ഫൈലകളിൽ കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്, അവയുൾപ്പെടെ: പ്രോട്ടിയോബാക്ടീരിയ, ബാക്ടീരിയോയിഡുകൾ, ക്ലോറെല്ല.3. എന്നിരുന്നാലും, നന്നായി പഠിക്കപ്പെട്ട കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകൾ Bdellovibrio, Bdellovibrio-and-like organisms (BALOs4) ആണ്. കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകൾ പുതിയ ജൈവശാസ്ത്രപരമായി സജീവമായ സംയുക്തങ്ങളുടെയും ആൻറി ബാക്ടീരിയൽ ഏജൻ്റുമാരുടെയും ഒരു നല്ല ഉറവിടമാണ്.
കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകൾ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വൈവിധ്യം വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ആവാസവ്യവസ്ഥയുടെ ആരോഗ്യം, ഉൽപ്പാദനക്ഷമത, സ്ഥിരത എന്നിവയിൽ നല്ല സ്വാധീനം ചെലുത്തുകയും ചെയ്യുമെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. ഈ പോസിറ്റീവ് ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ ഉണ്ടായിരുന്നിട്ടും, ബാക്ടീരിയകൾ വളർത്തുന്നതിലെ ബുദ്ധിമുട്ടും അവയുടെ സങ്കീർണ്ണമായ ജീവിത ചക്രങ്ങൾ മനസിലാക്കാൻ കോശങ്ങളുടെ ഇടപെടലുകൾ ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം നിരീക്ഷിക്കേണ്ടതിൻ്റെ ആവശ്യകതയും കാരണം പുതിയ കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളെക്കുറിച്ച് കുറച്ച് പഠനങ്ങളുണ്ട്. കമ്പ്യൂട്ടർ വിശകലനത്തിൽ നിന്ന് ഈ വിവരങ്ങൾ നേടുന്നത് എളുപ്പമല്ല.
ആൻ്റിമൈക്രോബയൽ പ്രതിരോധം വർധിച്ചുവരുന്ന ഒരു കാലഘട്ടത്തിൽ, ബാക്ടീരിയോഫേജുകളുടെയും കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളുടെയും ഉപയോഗം പോലുള്ള ബാക്ടീരിയൽ രോഗകാരികളെ ടാർഗെറ്റുചെയ്യുന്നതിനുള്ള പുതിയ തന്ത്രങ്ങൾ പഠിക്കുന്നു. നോട്ടിംഗ്ഹാംഷെയറിലെ നോട്ടിംഗ്ഹാം സർവകലാശാലയിലെ ഡയറി സെൻ്ററിൽ നിന്ന് ശേഖരിച്ച ചാണകത്തിൽ നിന്ന് ഫേജ് ഐസൊലേഷൻ സാങ്കേതികവിദ്യ ഉപയോഗിച്ച് 2019-ൽ ASxL5T ബാക്ടീരിയയെ വേർതിരിച്ചു. ബയോളജിക്കൽ കൺട്രോൾ ഏജൻ്റുകളായി സാധ്യതയുള്ള ജീവികളെ ഒറ്റപ്പെടുത്തുക എന്നതാണ് അന്വേഷണത്തിൻ്റെ ലക്ഷ്യം. കാംപിലോബാക്റ്റർ ഹയോൻ്റസ്റ്റൈനാലിസ് ഒരു സൂനോട്ടിക് രോഗകാരിയാണ്, ഇത് മനുഷ്യൻ്റെ കുടൽ രോഗങ്ങളുമായി കൂടുതലായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ഇത് സെറമിൽ സർവ്വവ്യാപിയായതിനാൽ ടാർഗെറ്റ് ഹോസ്റ്റായി ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ASxL5T ബാക്ടീരിയയെ ബീഫ് ജെല്ലിയിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചു, കാരണം അത് C. ഹയോൻ്റസ്റ്റൈനാലിസിൻ്റെ പുൽത്തകിടിയിൽ രൂപപ്പെട്ട ഫലകങ്ങൾ ബാക്ടീരിയോഫേജുകൾ ഉൽപാദിപ്പിക്കുന്നതിന് സമാനമാണെന്ന് നിരീക്ഷിച്ചു. ഇത് അപ്രതീക്ഷിതമായ ഒരു കണ്ടെത്തലാണ്, കാരണം ഫേജ് ഐസൊലേഷൻ പ്രക്രിയയുടെ ഭാഗമായി 0.2 µm ഫിൽട്ടറിലൂടെ ഫിൽട്ടറിംഗ് ഉൾപ്പെടുന്നു, ഇത് ബാക്ടീരിയ കോശങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിട്ടുള്ളതാണ്. ശിലാഫലകത്തിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്ത പദാർത്ഥത്തിൻ്റെ സൂക്ഷ്മപരിശോധനയിൽ ചെറിയ ഗ്രാം നെഗറ്റീവ് വളഞ്ഞ വടി ആകൃതിയിലുള്ള ബാക്ടീരിയകൾ പോളിഹൈഡ്രോക്സിബ്യൂട്ടൈറേറ്റ് (PHB) ശേഖരിക്കപ്പെടുന്നില്ലെന്ന് കണ്ടെത്തി. ഇര കോശങ്ങളിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രമായ അസെപ്റ്റിക് സംസ്കാരം സമ്പന്നമായ ഖര മാധ്യമത്തിൽ (മസ്തിഷ്ക ഹൃദയ ഇൻഫ്യൂഷൻ അഗർ (BHI), ബ്ലഡ് അഗർ (BA) എന്നിവയിൽ തിരിച്ചറിയപ്പെടുന്നു, അതിൻ്റെ വളർച്ച ദുർബലമാണ്. കനത്ത ഇനോക്കുലം മെച്ചപ്പെടുത്തിയ ഉപസംസ്കാരത്തിന് ശേഷമാണ് ഇത് ലഭിക്കുന്നത്. മൈക്രോ എയറോബിക് (7% v/v ഓക്സിജൻ), അന്തരീക്ഷ ഓക്സിജൻ അവസ്ഥകളിൽ ഇത് ഒരുപോലെ നന്നായി വളരുന്നു, പക്ഷേ വായുരഹിത അന്തരീക്ഷത്തിൽ അല്ല. 72 മണിക്കൂറിന് ശേഷം, കോളനിയുടെ വ്യാസം വളരെ ചെറുതായിരുന്നു, 2 മില്ലീമീറ്ററിലെത്തി, അത് ബീജ്, അർദ്ധസുതാര്യം, വൃത്താകൃതിയിലുള്ളതും കുത്തനെയുള്ളതും തിളക്കമുള്ളതും ആയിരുന്നു. ലിക്വിഡ് മീഡിയയിൽ ASxL5T വിശ്വസനീയമായി സംസ്കരിക്കാൻ കഴിയാത്തതിനാൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ബയോകെമിക്കൽ ടെസ്റ്റിംഗ് തടസ്സപ്പെട്ടു, ഇത് ബയോഫിലിം രൂപീകരണത്തിൻ്റെ സങ്കീർണ്ണമായ ജീവിത ചക്രത്തെ ആശ്രയിക്കാമെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, പ്ലേറ്റ് സസ്പെൻഷൻ ASxL5T എയ്റോബിക് ആണെന്നും ഓക്സിഡേസിനും കാറ്റലേസിനും പോസിറ്റീവ് ആണെന്നും 5% NaCl സഹിക്കാൻ കഴിയുമെന്നും കാണിച്ചു. ASxL5T 10 μg സ്ട്രെപ്റ്റോമൈസിനിനെ പ്രതിരോധിക്കും, പക്ഷേ പരീക്ഷിച്ച മറ്റെല്ലാ ആൻറിബയോട്ടിക്കുകൾക്കും സെൻസിറ്റീവ് ആണ്. ASxL5T ബാക്ടീരിയൽ കോശങ്ങൾ TEM പരിശോധിച്ചു (ചിത്രം 1). BA-യിൽ ഇരകളില്ലാതെ വളരുമ്പോൾ, ASxL5T സെല്ലുകൾ ചെറിയ കാംപിലോബാക്റ്ററാണ്, ശരാശരി നീളം 1.63 μm (± 0.4), വീതി 0.37 μm (± 0.08), ഒരു നീളമുള്ള (5 μm വരെ) ധ്രുവം. ലൈംഗിക ഫ്ലാഗെല്ല. ഏകദേശം 1.6% സെല്ലുകൾ 0.2 μm-ൽ താഴെ വീതിയുള്ളതായി കാണപ്പെടുന്നു, ഇത് ഫിൽട്ടർ ഉപകരണത്തിലൂടെ കടന്നുപോകാൻ അനുവദിക്കും. ഫെയറിംഗിന് (ലാറ്റിൻ കുക്കുല്ലസ്) സമാനമായ ചില സെല്ലുകളുടെ മുകളിൽ അസാധാരണമായ ഘടനാപരമായ വിപുലീകരണം നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടു (1D, E, G ലെ അമ്പടയാളങ്ങൾ കാണുക). ഇത് അധിക പുറം മെംബ്രൺ അടങ്ങിയതാണെന്ന് തോന്നുന്നു, ഇത് പെരിപ്ലസ്മിക് എൻവലപ്പിൻ്റെ വലിപ്പം പെട്ടെന്ന് കുറയുന്നത് മൂലമാകാം, അതേസമയം പുറം മെംബ്രൺ കേടുകൂടാതെ "അയഞ്ഞ" രൂപം കാണിക്കുന്നു. പോഷകങ്ങളുടെ അഭാവത്തിൽ (പിബിഎസിൽ) 4 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ ദീർഘനേരം ASxL5T സംസ്‌കരിക്കുന്നത് മിക്ക (എല്ലാം അല്ല) കോശങ്ങൾക്ക് ഒരു കോക്കൽ രൂപഘടന കാണിക്കുന്നതിന് കാരണമായി (ചിത്രം 1C). ASxL5T 48 മണിക്കൂർ ഇരയായി കാംപിലോബാക്റ്റർ ജെജൂനിയുമായി വളരുമ്പോൾ, ശരാശരി സെൽ വലുപ്പം ഒരു ഹോസ്റ്റ് ഇല്ലാതെ വളരുന്ന സെല്ലുകളേക്കാൾ വളരെ നീളവും ഇടുങ്ങിയതുമാണ് (പട്ടിക 1, ചിത്രം 1E). ഇതിനു വിപരീതമായി, ASxL5T 48 മണിക്കൂർ ഇരയായി E. coli വളരുമ്പോൾ, ശരാശരി സെൽ വലുപ്പം ഇരയില്ലാതെ വളരുന്നതിനേക്കാൾ നീളവും വിശാലവുമാണ് (പട്ടിക 1), കൂടാതെ സെല്ലിൻ്റെ നീളം വേരിയബിളാണ്, സാധാരണയായി ഫിലമെൻ്റസ് കാണിക്കുന്നു (ചിത്രം 1F). 48 മണിക്കൂർ ഇരയായി കാംപിലോബാക്‌റ്റർ ജെജൂനിയോ ഇ.കോളിയോ ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്‌തപ്പോൾ, ASxL5T സെല്ലുകൾ ഫ്ലാഗെല്ല ഒന്നും കാണിച്ചില്ല. ASxL5T യുടെ സാന്നിധ്യം, അഭാവം, ഇരയുടെ തരം എന്നിവയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി സെൽ വലുപ്പത്തിലുള്ള മാറ്റങ്ങളുടെ നിരീക്ഷണങ്ങൾ പട്ടിക 1 സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
ASx5LT-ൻ്റെ TEM ഡിസ്പ്ലേ: (A) ASx5LT നീളമുള്ള വിപ്പ് കാണിക്കുന്നു; (ബി) സാധാരണ ASx5LT ബാറ്ററി; (C) പോഷകങ്ങളില്ലാതെ നീണ്ട ഇൻകുബേഷനു ശേഷം cocci ASx5LT കോശങ്ങൾ; (D) ഒരു കൂട്ടം ASx5LT സെല്ലുകൾ അസാധാരണത്വം കാണിക്കുന്നു (E) കാംപിലോബാക്റ്റർ ഇരയുമായി ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്ത ASx5LT സെൽ ഗ്രൂപ്പ് ഇരയുടെ വളർച്ചയില്ലാത്തവയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ വർദ്ധിച്ച സെല്ലുകളുടെ നീളം കാണിച്ചു (D) അഗ്രഘടനയും കാണിച്ചു; (F) വലിയ ഫിലമെൻ്റസ് ഫ്ലാഗെല്ല, ASx5LT സെല്ലുകൾ, E. coli ഇരയോടൊപ്പം ഇൻകുബേഷനുശേഷം; (G) E. coli ഉപയോഗിച്ച് ഇൻകുബേഷനു ശേഷം ഒരൊറ്റ ASx5LT സെൽ, അസാധാരണമായ ഒരു ഘടന കാണിക്കുന്നു. ബാർ 1 μm പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് (ആക്സഷൻ നമ്പർ MT636545.1) നിർണ്ണയിക്കുന്നത്, Gammaproteobacteria ക്ലാസിലെ പോലെയുള്ള സീക്വൻസുകൾ സ്ഥാപിക്കാൻ ഡാറ്റാബേസ് തിരയലുകൾ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, കൂടാതെ മറൈൻ സ്പിരിലം കുടുംബത്തിലെ സമുദ്ര ബാക്ടീരിയകളോട് ഏറ്റവും അടുത്താണ് (ചിത്രം 2), തലസോലിറ്റസ് ജനുസ്സിലെ അംഗങ്ങളാണ്. മറൈൻ ബാസിലസിൻ്റെ ഏറ്റവും അടുത്ത ബന്ധു. Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) കുടുംബത്തിൽപ്പെട്ട കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളിൽ നിന്ന് 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് വ്യക്തമായി വ്യത്യസ്തമാണ്. B. bacteriovorus HD100T (ടൈപ്പ് സ്‌ട്രെയിൻ, DSM 50701), B. ബാക്ടീരിയോവോറസ് DM11A എന്നിവയുടെ ജോഡിവൈസ് താരതമ്യങ്ങൾ 48.4% ഉം 47.7% ഉം B. exovorus JSS ന് ഇത് 46.7% ഉം ആയിരുന്നു. ASxL5T ബാക്ടീരിയകൾക്ക് 16S rRNA ജീനിൻ്റെ 3 പകർപ്പുകൾ ഉണ്ട്, അവയിൽ രണ്ടെണ്ണം പരസ്പരം സമാനമാണ്, മൂന്നാമത്തേത് 3 ബേസ് അകലത്തിലാണ്. ഒരേ സ്ഥലത്ത് നിന്നുള്ള സമാന രൂപഘടനയും ഫിനോടൈപ്പിക് സ്വഭാവസവിശേഷതകളുമുള്ള മറ്റ് രണ്ട് കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയൽ ഐസൊലേറ്റുകൾ (ASx5S, ASx5O; 16S rRNA ജീൻ ആക്‌സഷൻ നമ്പറുകൾ യഥാക്രമം MT636546.1, MT636547.1 എന്നിവയാണ്). ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസുകൾ മറ്റുള്ളവയുമായി ഒരുമിച്ച് കൂട്ടിയിരിക്കുന്നു ഓഷ്യാനോസ്പിരിലേസിയിലെ ജനുസ്സുകൾ (ചിത്രം 2). ASxL5T-യുടെ മുഴുവൻ ജീനോം സീക്വൻസും NCBI ഡാറ്റാബേസിൽ നിർണ്ണയിച്ച് സംരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ പ്രവേശന നമ്പർ CP046056 ആണ്. ASxL5T യുടെ ജീനോം 2,831,152 bp വൃത്താകൃതിയിലുള്ള ക്രോമസോമും 56.1% G + C അനുപാതവും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. ജനിതക ശ്രേണിയിൽ 2653 CDS (ആകെ) അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, അതിൽ 2567 പ്രോട്ടീനുകൾ എൻകോഡ് ചെയ്യുമെന്ന് പ്രവചിക്കപ്പെടുന്നു, അതിൽ 1596 എണ്ണം പുട്ടേറ്റീവ് ഫംഗ്ഷനുകളായി നൽകാം (60.2%). 9 rRNA കളും (5S, 16S, 23S എന്നിവയ്‌ക്ക് 3 വീതം) 57 tRNAകളും ഉൾപ്പെടെ 67 RNA-കോഡിംഗ് ജീനുകൾ ജനിതകത്തിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. ASxL5T യുടെ ജനിതക സവിശേഷതകൾ 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് (പട്ടിക 2) ൽ നിന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള ആപേക്ഷിക തരത്തിലുള്ള സ്‌ട്രെയിനുകളുടെ ലഭ്യമായ ജീനോമുകളുമായി താരതമ്യം ചെയ്തു. ലഭ്യമായ എല്ലാ തലസ്സോലിറ്റസ് ജീനോമുകളും ASxL5T-യുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ അമിനോ ആസിഡ് ഐഡൻ്റിറ്റി (AAI) ഉപയോഗിക്കുക. AAI നിർണ്ണയിക്കുന്ന ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള (അപൂർണ്ണമായ) ജീനോം സീക്വൻസ് തലസ്സോലിറ്റ്യൂസ് sp ആണ്. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ചേർക്കുക). മരിയാന ട്രെഞ്ചിൻ്റെ ആഴക്കടൽ അവശിഷ്ടങ്ങളിൽ നിന്ന് ഈ സ്ട്രെയിൻ വേർതിരിച്ചെടുത്തതാണ്, എന്നാൽ താരതമ്യത്തിനായി നിലവിൽ ഈ സ്ട്രെയിനിനെക്കുറിച്ച് ഫിനോടൈപ്പിക് വിവരങ്ങളൊന്നുമില്ല. ASxL5T-യുടെ 2.82 Mb-യുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ജീവിയുടെ ജീനോം 4.36 Mb-ൽ വലുതാണ്. മറൈൻ സ്പൈറോകെറ്റുകളുടെ ശരാശരി ജീനോം വലുപ്പം ഏകദേശം 4.16 Mb ആണ് (± 1.1; n = 92 പൂർണ്ണമായ റഫറൻസ് ജീനോമുകൾ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly-ൽ നിന്ന് അന്വേഷിച്ചു), അതിനാൽ ASxL5T യുടെ ജീനോം യോജിപ്പിലാണ്. മറ്റ് അംഗങ്ങളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ഇത് വളരെ ചെറുതാണ്. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 172 ഒറ്റ-പകർപ്പ് ജീനുകളുടെ വിന്യസിച്ചതും ലിങ്ക് ചെയ്‌തതുമായ അമിനോ ആസിഡ് സീക്വൻസുകൾ ഉപയോഗിച്ച്, ജിനോം അടിസ്ഥാനമാക്കി കണക്കാക്കിയ പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ (ചിത്രം 3A) സൃഷ്ടിക്കാൻ GToTree 1.5.54 ഉപയോഗിക്കുക. 17,18. തലസോളിറ്റസ്, ബാക്ടീരിയൽ പ്ലെയിൻ, മറൈൻ ബാക്ടീരിയ എന്നിവയുമായി ഇതിന് അടുത്ത ബന്ധമുണ്ടെന്ന് വിശകലനം കാണിച്ചു. എന്നിരുന്നാലും, മറൈൻ സ്പിരുലിനയിലെ ബന്ധുക്കളിൽ നിന്ന് ASxL5T വ്യത്യസ്തമാണെന്നും അതിൻ്റെ ജീനോം സീക്വൻസ് ഡാറ്റ ലഭ്യമാണെന്നും ഈ ഡാറ്റ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ, മറൈൻ സ്പിരുലിനേസിയിലെ കൃഷി ചെയ്യാത്തതും സമുദ്രത്തിലെ ബാക്ടീരിയയുടെ സ്ട്രെയിനുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ASxL5T, ASxO5, ASxS5 സ്‌ട്രെയിനുകളുടെ (കുടലുകളോടെ) സ്ഥാനം എടുത്തുകാണിക്കുന്നു. ജെൻബാങ്ക് പ്രവേശന നമ്പർ പരാൻതീസിസിലെ സ്‌ട്രെയിൻ നെയിം പിന്തുടരുന്നു. സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കാൻ ClustalW ഉപയോഗിക്കുക, ഫൈലോജെനെറ്റിക് ബന്ധങ്ങൾ അനുമാനിക്കാൻ പരമാവധി സാധ്യതാ രീതിയും Tamura-Nei മോഡലും ഉപയോഗിക്കുക, കൂടാതെ MEGA X പ്രോഗ്രാമിൽ 1000 ഗൈഡഡ് റെപ്ലിക്കേഷനുകൾ നടത്തുക. ശാഖയിലെ നമ്പർ സൂചിപ്പിക്കുന്നത് ഗൈഡഡ് കോപ്പി മൂല്യം 50%-ൽ കൂടുതലാണ്. Escherichia coli U/541T ഒരു ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പായി ഉപയോഗിച്ചു.
(A) ജീനോമിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഒരു ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ, സമുദ്ര സ്പിറോസ്പിറേസി ബാക്ടീരിയ ASxL5T യും അതിൻ്റെ അടുത്ത ബന്ധുക്കളായ E. coli U 5/41T യും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം കാണിക്കുന്നു. (B) T. oleivorans MIL-1T യുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ASx5LT പ്രോട്ടീൻ്റെ ഓർത്തോലോഗസ് ഗ്രൂപ്പ് (COG) ക്ലസ്റ്ററിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വിഭാഗം വിതരണം പ്രവചിക്കപ്പെടുന്നു. ഇടതുവശത്തുള്ള ചിത്രം ഓരോ ജീനോമിലെയും ഓരോ ഫങ്ഷണൽ COG വിഭാഗത്തിലെയും ജീനുകളുടെ എണ്ണം കാണിക്കുന്നു. വലതുവശത്തുള്ള ഗ്രാഫ് ഓരോ ഫങ്ഷണൽ COG ഗ്രൂപ്പിലും അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ജീനോമുകളുടെ ശതമാനം കാണിക്കുന്നു. (C) T. oleiverans MIL-1T-യുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ASxL5T-യുടെ പൂർണ്ണമായ KEGG (ക്യോട്ടോ എൻസൈക്ലോപീഡിയ ഓഫ് ജീൻസ് ആൻഡ് ജിനോംസ്) മോഡുലാർ പാത്ത്‌വേയുടെ വിശകലനം.
ASxL5T ജീനോമിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ഘടക ജീനുകൾ പരിശോധിക്കാൻ KEGG ഡാറ്റാബേസ് ഉപയോഗിക്കുന്നത് എയറോബിക് ഗാമാ പ്രോട്ടിയസിൻ്റെ സാധാരണ ഉപാപചയ പാത വെളിപ്പെടുത്തി. കീമോടാക്സിസ്, ഫ്ലാഗെല്ല അസംബ്ലി, ടൈപ്പ് IV ഫിംബ്രിയേ സിസ്റ്റം എന്നിവയിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജീനുകൾ ഉൾപ്പെടെ, ബാക്ടീരിയൽ മോട്ടോർ പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് നൽകിയിട്ടുള്ള മൊത്തം 75 ജീനുകൾ ASxL5T-യിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. അവസാന വിഭാഗത്തിൽ, 10-ൽ 9 ജീനുകളും മറ്റ് ജീവികളുടെ ഒരു ശ്രേണിയുടെ ചലനത്തിന് കാരണമാകുന്നു. ASxL5T യുടെ ജീനോമിൽ ഹാലോഫൈലുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നത് പോലെ, ഓസ്മോട്ടിക് സ്ട്രെസ്20-നോടുള്ള സംരക്ഷിത പ്രതികരണത്തിൽ പങ്കെടുക്കുന്ന ഒരു സമ്പൂർണ്ണ ടെട്രാഹൈഡ്രോപൈറിമിഡിൻ ബയോസിന്തറ്റിക് പാത്ത്വേ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. റൈബോഫ്ലേവിൻ സിന്തസിസ് പാതകൾ ഉൾപ്പെടെ കോഫാക്ടറുകൾക്കും വിറ്റാമിനുകൾക്കുമുള്ള നിരവധി സമ്പൂർണ്ണ പാതകളും ജീനോമിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. ആൽക്കെയ്ൻ 1-മോണോ ഓക്‌സിജനേസ് (alkB2) ജീൻ ASxL5T യിൽ ഉണ്ടെങ്കിലും, ഹൈഡ്രോകാർബൺ ഉപയോഗ പാത പൂർണ്ണമല്ല. ASxL5T യുടെ ജീനോം ശ്രേണിയിൽ, T. oleiverans MIL-1T21-ലെ ഹൈഡ്രോകാർബണുകളുടെ അപചയത്തിന് മുഖ്യ കാരണക്കാരായി തിരിച്ചറിഞ്ഞ ജീനുകളുടെ ഹോമോലോഗുകൾ, TOL_2658 (alkB), TOL_2772 (ആൽക്കഹോൾ ഡീഹൈഡ്രജനേസ്) എന്നിവ വ്യക്തമായും ഇല്ല. ASxL5T, Olive oil MIL-1T എന്നിവയ്ക്കിടയിലുള്ള COG വിഭാഗത്തിലെ ജീൻ വിതരണത്തിൻ്റെ താരതമ്യം ചിത്രം 3B കാണിക്കുന്നു. മൊത്തത്തിൽ, ചെറിയ ASxL5T ജീനോമിൽ ഓരോ COG വിഭാഗത്തിൽ നിന്നും ആനുപാതികമായി കുറച്ച് ജീനുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, വലിയ അനുബന്ധ ജീനോമിനെ അപേക്ഷിച്ച്. ഓരോ ഫങ്ഷണൽ വിഭാഗത്തിലെയും ജീനുകളുടെ എണ്ണം ജീനോമിൻ്റെ ശതമാനമായി പ്രകടിപ്പിക്കുമ്പോൾ, വിവർത്തനം, റൈബോസോമൽ ഘടന, ബയോജെനിസിസ് വിഭാഗങ്ങൾ, വലിയ ASxL5T എന്നിവ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഊർജ്ജ ഉൽപ്പാദനം, പരിവർത്തന പ്രവർത്തന വിഭാഗങ്ങൾ എന്നിവയിലെ ജീനുകളുടെ ശതമാനത്തിൽ വ്യത്യാസങ്ങൾ രേഖപ്പെടുത്തുന്നു. ജീനോം T. oleiverans MIL-1T ജീനോമിലുള്ള അതേ ഗ്രൂപ്പുമായി ഈ ശതമാനത്തെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു. വിപരീതമായി, ASxL5T ജീനോമുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, T. oleivorans MIL-1T ന് റെപ്ലിക്കേഷൻ, റീകോമ്പിനേഷൻ, റിപ്പയർ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ വിഭാഗങ്ങളിൽ ഉയർന്ന ശതമാനം ജീനുകളാണുള്ളത്. രസകരമെന്നു പറയട്ടെ, രണ്ട് ജീനോമുകളുടെയും ഓരോ ഫങ്ഷണൽ വിഭാഗത്തിൻ്റെയും ഉള്ളടക്കത്തിലെ ഏറ്റവും വലിയ വ്യത്യാസം ASxL5T (ചിത്രം 3B)-ൽ ഉള്ള അജ്ഞാത ജീനുകളുടെ എണ്ണമാണ്. കെഇജിജി മൊഡ്യൂളുകളുടെ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം നടത്തി, അവിടെ ഓരോ കെഇജിജി മൊഡ്യൂളും ജീനോം സീക്വൻസ് ഡാറ്റയുടെ വ്യാഖ്യാനത്തിനും ബയോളജിക്കൽ വ്യാഖ്യാനത്തിനുമായി സ്വമേധയാ നിർവചിച്ച ഫംഗ്ഷണൽ യൂണിറ്റുകളുടെ ഒരു കൂട്ടത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു. ASxL5T, ഒലിവ് MIL-1T എന്നിവയുടെ സമ്പൂർണ്ണ KOG മൊഡ്യൂൾ പാതയിലെ ജീൻ വിതരണത്തിൻ്റെ താരതമ്യം ചിത്രം 3C-ൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. ഈ വിശകലനം കാണിക്കുന്നത് ASxL5T ന് സൾഫറിൻ്റെയും നൈട്രജൻ്റെയും ഉപാപചയ പാതയുണ്ടെങ്കിലും, T. oleiverans MIL-1T ന് ഇല്ല. വിപരീതമായി, T. oleiverans MIL-1T ന് പൂർണ്ണമായ സിസ്റ്റൈൻ, മെഥിയോണിൻ ഉപാപചയ പാതയുണ്ട്, എന്നാൽ ASxL5T-യിൽ ഇത് അപൂർണ്ണമാണ്. അതിനാൽ, ASxL5T ന് സൾഫേറ്റ് സ്വാംശീകരണത്തിനുള്ള ഒരു സ്വഭാവ സവിശേഷതയുണ്ട് (ഉദാഹരണത്തിന് ഉപാപചയ ശേഷി അല്ലെങ്കിൽ രോഗകാരിത്വം പോലെയുള്ള ഫിനോടൈപിക് മാർക്കറുകൾ ആയി ഉപയോഗിക്കാവുന്ന ജീനുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു; https://www.genome.jp/kegg/module.html) oleiverans MIL-1T. ASxL5T യുടെ ജീൻ ഉള്ളടക്കത്തെ കവർച്ച ജീവിതശൈലി നിർദ്ദേശിക്കുന്ന ജീനുകളുടെ പട്ടികയുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നത് അനിശ്ചിതത്വത്തിലാണ്. ഒ ആൻ്റിജൻ പോളിസാക്രറൈഡുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ലിഗേസിനെ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന waaL ജീൻ ASxL5T ജീനോമിൽ ഉണ്ടെങ്കിലും (പക്ഷേ പല ഗ്രാം നെഗറ്റീവ് ബാക്ടീരിയകളിലും ഇത് സാധാരണമാണ്), ട്രിപ്റ്റോഫാൻ 2,3-ഡയോക്‌സിജനേസ് (TDO) ജീനുകളിൽ 60 അമിനോ ഉൾപ്പെട്ടേക്കാം. കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളിൽ സാധാരണയായി കാണപ്പെടുന്ന ആസിഡ് പ്രദേശങ്ങൾ ഇല്ല. ASxL5T ജീനോമിൽ മറ്റ് കവർച്ച സ്വഭാവമുള്ള ജീനുകളൊന്നുമില്ല, മെവലോനേറ്റ് പാത്ത്‌വേയിലെ ഐസോപ്രിനോയിഡ് ബയോസിന്തസിസിൽ ഉൾപ്പെട്ട എൻകോഡിംഗ് എൻസൈമുകൾ ഉൾപ്പെടെ. പരിശോധിച്ച പ്രെഡേറ്റർ ഗ്രൂപ്പിൽ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌ഷണൽ റെഗുലേറ്ററി ജീൻ gntR ഇല്ല എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക, എന്നാൽ ASxL5T-യിൽ മൂന്ന് gntR പോലുള്ള ജീനുകൾ തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.
ASxL5T യുടെ ഫിനോടൈപ്പിക് സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ പട്ടിക 3-ൽ സംഗ്രഹിച്ചിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ സാഹിത്യത്തിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തിട്ടുള്ള 23, 24, 25, 26, 27 എന്നീ അനുബന്ധ ജനുസ്സുകളുടെ ഫിനോടൈപ്പിക് സവിശേഷതകളുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു. T. Marinus, T. olevorans, B. sanyensis, Oceanobacter kriegii എന്നിവയിൽ നിന്നുള്ള വേർതിരിക്കലുകൾ സജീവവും ഉപ്പ്-സഹിഷ്ണുതയുള്ളതും ഓക്സിഡേസ്-പോസിറ്റീവ് വടി ആകൃതിയിലുള്ളതുമായ ശരീരങ്ങളാണ്, എന്നാൽ ASxL5T യ്‌ക്കൊപ്പം മിക്കവാറും മറ്റ് സ്വഭാവ സവിശേഷതകളില്ല. സമുദ്രത്തിൻ്റെ ശരാശരി pH 8.1 ആണ് (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ഇത് T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, O എന്നിവയിൽ പ്രതിഫലിക്കുന്നു. ക്രീജി. ASxL5T, സമുദ്രേതര ഇനങ്ങളുടെ സാധാരണ വലിയ pH ശ്രേണിക്ക് (4-9) അനുയോജ്യമാണ്. തലസ്സോലിറ്റസ് എസ്പിയുടെ ഫിനോടൈപ്പിക് സവിശേഷതകൾ. C2-1. അജ്ഞാതം. ASxL5T യുടെ വളർച്ചാ താപനില പരിധി സാധാരണയായി കടൽ സമ്മർദ്ദങ്ങളേക്കാൾ (4-42 °C) വിശാലമാണ്, എന്നിരുന്നാലും ചിലത് പക്ഷേ എല്ലാ ടി.മാരിനസ് ഐസൊലേറ്റുകളും ചൂട്-സഹിഷ്ണുതയുള്ളവയല്ല. ചാറു മീഡിയയിൽ ASxL5T വളർത്താനുള്ള കഴിവില്ലായ്മ കൂടുതൽ ഫിനോടൈപ്പിക് സ്വഭാവരൂപീകരണത്തെ തടഞ്ഞു. BA പ്ലേറ്റ്, ONPG, അർജിനൈൻ ഡൈഹൈഡ്രോളേസ്, ലൈസിൻ ഡെകാർബോക്‌സിലേസ്, ഓർനിഥൈൻ ഡികാർബോക്‌സിലേസ്, സിട്രേറ്റ് ഉപയോഗം, യൂറിയസ്, ട്രിപ്റ്റോഫാൻ ഡീമിനേസ്, ജെലാറ്റിൻ ഹൈഡ്രോളിസിസ് എൻസൈം എന്നിവയിൽ നിന്ന് സ്‌ക്രാപ്പ് ചെയ്‌ത മെറ്റീരിയലുകൾ പരിശോധിക്കാൻ API 20E ഉപയോഗിക്കുക, പരിശോധനാ ഫലങ്ങൾ എല്ലാം നെഗറ്റീവ് ആയിരുന്നു, പക്ഷേ ഇൻഡോൾ ഇല്ല. ഉത്പാദിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. പുളിപ്പിക്കാത്ത കാർബോഹൈഡ്രേറ്റുകളിൽ ഇവ ഉൾപ്പെടുന്നു: ഗ്ലൂക്കോസ്, മാനോസ്, ഇനോസിറ്റോൾ, സോർബിറ്റോൾ, റാംനോസ്, സുക്രോസ്, മെലിബയോസ്, അമിഗ്ഡാലിൻ, അറബിനോസ്. പ്രസിദ്ധീകരിച്ച അനുബന്ധ റഫറൻസ് സ്‌ട്രെയിനുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ASxL5T സ്‌ട്രെയിനിൻ്റെ സെല്ലുലാർ ഫാറ്റി ആസിഡ് പ്രൊഫൈൽ പട്ടിക 4-ൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. C16:1ω6c കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ C16:1ω7c, C16:0, C18:1ω9 എന്നിവയാണ് പ്രധാന സെല്ലുലാർ ഫാറ്റി ആസിഡുകൾ. ഹൈഡ്രോക്സി ഫാറ്റി ആസിഡുകൾ C12:0 3-OH, C10:0 3-OH എന്നിവയും നിലവിലുണ്ട്. ASxL5T-യിലെ C16:0-ൻ്റെ അനുപാതം ബന്ധപ്പെട്ട ജനറുകളുടെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട മൂല്യത്തേക്കാൾ കൂടുതലാണ്. ഇതിനു വിപരീതമായി, റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട T. marinus IMCC1826TT യുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ASxL5T-യിലെ C18:1ω7c കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ C18:1ω6c യുടെ അനുപാതം കുറയുന്നു. oleivorans MIL-1T, O. kriegii DSM 6294T, എന്നാൽ B. sanyensis KCTC 32220T-യിൽ കണ്ടെത്തിയില്ല. ASxL5T, ASxLS എന്നിവയുടെ ഫാറ്റി ആസിഡ് പ്രൊഫൈലുകൾ താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ഒരേ സ്പീഷിസിൻ്റെ ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന രണ്ട് സ്‌ട്രെയിനുകൾക്കിടയിലുള്ള വ്യക്തിഗത ഫാറ്റി ആസിഡുകളുടെ അളവിൽ സൂക്ഷ്മമായ വ്യത്യാസങ്ങൾ കണ്ടെത്തി. സുഡാൻ ബ്ലാക്ക് ടെസ്റ്റ് ഉപയോഗിച്ച് പോളി-3-ഹൈഡ്രോക്സിബ്യൂട്ടൈറേറ്റ് (പിഎച്ച്ബി) കണങ്ങളൊന്നും കണ്ടെത്തിയില്ല.
ഇരയുടെ വ്യാപ്തി നിർണ്ണയിക്കാൻ ASxL5T ബാക്ടീരിയയുടെ ഇരപിടിക്കൽ പ്രവർത്തനം പഠിച്ചു. ഈ ബാക്ടീരിയയ്ക്ക് കാംപിലോബാക്റ്റർ സ്പീഷീസുകളിൽ ഫലകങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കാൻ കഴിയും, അവയുൾപ്പെടെ: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. ഹെൽവെറ്റിക്കസ് NCTC 12472; C lari NCTC 11458, C. upsaliensis NCTC 11541T. ഗ്രാം-നെഗറ്റീവ്, ഗ്രാം പോസിറ്റീവ് ബാക്ടീരിയകളുടെ വിശാലമായ ശ്രേണി പരിശോധിക്കുന്നതിന് രീതിയുടെ ഹോസ്റ്റ് ശ്രേണി നിർണ്ണയിക്കൽ വിഭാഗത്തിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്ന സംസ്കാരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക. Escherichia coli NCTC 86, Citrobacter freundii NCTC 9750T എന്നിവയിലും ASxL5T ഉപയോഗിക്കാമെന്ന് ഫലങ്ങൾ കാണിക്കുന്നു. Klebsiella oxytoca 11466-ൽ രൂപപ്പെട്ട ഫലകങ്ങൾ. E. coli NCTC 86-യുമായുള്ള TEM പ്രതിപ്രവർത്തനം ചിത്രം 4A-D-യിലും Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter suis S12 എന്നിവയുമായുള്ള പ്രതിപ്രവർത്തനം ചിത്രം 4E-H മധ്യത്തിലും കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. ഓരോ ASxL5T സെല്ലിലും ഒന്നോ അതിലധികമോ E. coli സെല്ലുകൾ ഘടിപ്പിച്ച്, ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെടുന്നതിന് മുമ്പായി വിപുലീകൃത സെല്ലിനൊപ്പം പാർശ്വസ്ഥമായി സ്ഥാപിച്ചുകൊണ്ട്, ഇരയുടെ തരങ്ങൾക്കിടയിൽ ആക്രമണ സംവിധാനം വ്യത്യസ്തമാണെന്ന് തോന്നുന്നു. ഇതിനു വിപരീതമായി, ASxL5T ഒരു കോൺടാക്റ്റ് പോയിൻ്റിലൂടെ കാംപിലോബാക്‌ടറുമായി അറ്റാച്ചുചെയ്യുന്നതായി കാണപ്പെടുന്നു, സാധാരണയായി വേട്ടക്കാരൻ്റെ കോശത്തിൻ്റെ അഗ്രവുമായും കാംപിലോബാക്‌റ്റർ സെല്ലിൻ്റെ അഗ്രവുമായും സമ്പർക്കം പുലർത്തുന്നു (ചിത്രം 4H).
ASx5LT യും ഇരയും തമ്മിലുള്ള പ്രതിപ്രവർത്തനം കാണിക്കുന്ന TEM: (AD), E. coli ഇര; (EH) കൂടാതെ C. ജെജുനി ഇരയും. (A) ഒരു E. coli (EC) സെല്ലുമായി ബന്ധിപ്പിച്ചിട്ടുള്ള ഒരു സാധാരണ ASx5LT സെൽ; (B) ഒരൊറ്റ EC സെല്ലിൽ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു ഫിലമെൻ്റസ് ASx5LT; (C) ഒന്നിലധികം EC സെല്ലുകളുമായി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു ഫിലമെൻ്റസ് ASx5LT സെൽ; (D) ഒരൊറ്റ E. coli (EC) സെല്ലിൽ ചെറിയ ASx5LT സെല്ലുകൾ അറ്റാച്ച്മെൻ്റ് ചെയ്യുക; (E) ഒരു കാംപിലോബാക്റ്റർ ജെജുനി (CJ) സെല്ലുമായി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരൊറ്റ ASx5LT സെൽ; (F) ASx5LT ആക്രമണം C. ഹൈയോൻ്റസ്റ്റൈനാലിസ് (CH) കോശങ്ങളെ; (ജി) രണ്ട് ഒരു ASx5LT സെൽ ഒരു CJ സെല്ലിനെ ആക്രമിച്ചു; (H) CJ സെല്ലിൻ്റെ അഗ്രത്തിന് സമീപമുള്ള ASx5LT അറ്റാച്ച്‌മെൻ്റ് പോയിൻ്റിൻ്റെ ക്ലോസപ്പ് വ്യൂ (ബാർ 0.2 μm). ബാർ 1 μm in (A-G) പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
ഇരയുടെ സമൃദ്ധമായ സ്രോതസ്സുകൾ പ്രയോജനപ്പെടുത്താൻ ഇരപിടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകൾ പരിണമിച്ചു. വ്യക്തമായും, അവ വിവിധ പരിതസ്ഥിതികളിൽ വ്യാപകമായി കാണപ്പെടുന്നു. ജനസംഖ്യാ അംഗങ്ങളുടെ ഇടുങ്ങിയ വലിപ്പം കാരണം, ഫാജ് വേർതിരിക്കൽ രീതി ഉപയോഗിച്ച് സ്ലറിയിൽ നിന്ന് ASxL5T ബാക്ടീരിയകളെ വേർതിരിച്ചെടുക്കാൻ കഴിയും. സമുദ്രത്തിലെ ബാക്ടീരിയയുടെ ഓഷ്യനോസ്പിരിലേസി കുടുംബത്തിലെ അംഗങ്ങൾക്ക് ASxL5T യുടെ ജനിതക പ്രസക്തി ആശ്ചര്യകരമാണ്, എന്നിരുന്നാലും ജീവി ഉപ്പ്-സഹിഷ്ണുതയുള്ളതും 5% ഉപ്പ് അടങ്ങിയ ഒരു മാധ്യമത്തിൽ വളരാനും കഴിയും. സ്ലറിയുടെ ജലഗുണനിലവാര വിശകലനത്തിൽ സോഡിയം ക്ലോറൈഡിൻ്റെ അളവ് 0.1% ൽ കുറവാണെന്ന് കാണിച്ചു. അതിനാൽ, ചെളി സമുദ്ര പരിസ്ഥിതിയിൽ നിന്ന് വളരെ അകലെയാണ് - ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായും രാസപരമായും. ഒരേ സ്രോതസ്സിൽ നിന്നുള്ള മൂന്ന് ബന്ധപ്പെട്ടതും എന്നാൽ വ്യത്യസ്തവുമായ ഒറ്റപ്പെടലുകളുടെ സാന്നിധ്യം ഈ വേട്ടക്കാർ ഈ സമുദ്രേതര അന്തരീക്ഷത്തിൽ തഴച്ചുവളരുന്നു എന്നതിന് തെളിവ് നൽകുന്നു. കൂടാതെ, മൈക്രോബയോം വിശകലനം (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 എന്നതിൽ നിന്ന് ലഭ്യമായ ഡാറ്റാ ഫയലുകൾ) അതേ 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് ഏറ്റവും സമൃദ്ധമായ 50 പ്രവർത്തന ടാക്‌സകളിൽ (OTU) സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നതായി കാണിച്ചു. ) ചെളിയുടെ ഏതാനും സാമ്പിൾ ഇടവേളകളിൽ. ASxL5T ബാക്ടീരിയയ്ക്ക് സമാനമായ 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസുകളുള്ള ജെൻബാങ്ക് ഡാറ്റാബേസിൽ സംസ്ക്കാരമില്ലാത്ത നിരവധി ബാക്ടീരിയകൾ കണ്ടെത്തി. ഈ സീക്വൻസുകൾ, ASxL5T, ASxS5, ASxO5 എന്നിവയുടെ സീക്വൻസുകൾക്കൊപ്പം തലസോലിറ്റസ്, ഓഷ്യാനോബാക്‌ടർ എന്നിവയിൽ നിന്ന് വേർതിരിക്കുന്ന വ്യത്യസ്ത ക്ലേഡുകളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നതായി തോന്നുന്നു (ചിത്രം 2). 2009-ൽ ദക്ഷിണാഫ്രിക്കൻ സ്വർണ്ണ ഖനിയിൽ 1.3 കിലോമീറ്റർ താഴ്ചയിൽ വിള്ളൽ ജലത്തിൽ നിന്ന് സംസ്ക്കരിക്കാത്ത മൂന്ന് തരം ബാക്ടീരിയകൾ (GQ921362, GQ921357, GQ921396) വേർതിരിച്ചെടുത്തു, മറ്റ് രണ്ടെണ്ണം (DQ256320, DQ337006 എന്നിവ ആഫ്രിക്കയിലെ ഭൂഗർഭജലത്തിൽ നിന്നുള്ളതാണ്). 2005 ൽ). ASxL5T യുമായി ഏറ്റവും അടുത്ത ബന്ധമുള്ള 16S rRNA ജീൻ ശ്രേണി 2006-ൽ വടക്കൻ ഫ്രാൻസിലെ ബീച്ചുകളിൽ നിന്ന് ലഭിച്ച മണൽ അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ സമ്പുഷ്ടീകരണ സംസ്കാരത്തിൽ നിന്ന് ലഭിച്ച 16S rRNA ജീൻ ശ്രേണിയുടെ ഭാഗമാണ് (ആക്സഷൻ നമ്പർ AM29240828). സംസ്ക്കരിക്കാത്ത ബാക്ടീരിയ HQ183822.1-ൽ നിന്ന് അടുത്ത ബന്ധമുള്ള മറ്റൊരു 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് ചൈനയിലെ ഒരു മുനിസിപ്പൽ ലാൻഡ്ഫില്ലിൽ നിന്ന് ചോർന്ന ഒരു ശേഖരണ ടാങ്കിൽ നിന്ന് ലഭിച്ചു. വ്യക്തമായും, ASxL5T ബാക്ടീരിയകൾ ടാക്സോണമിക് ഡാറ്റാബേസുകളിൽ ഉയർന്ന പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നില്ല, എന്നാൽ സംസ്കാരമില്ലാത്ത ബാക്ടീരിയകളിൽ നിന്നുള്ള ഈ ശ്രേണികൾ ASxL5T ന് സമാനമായ ജീവികളെ പ്രതിനിധീകരിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്, അവ ലോകമെമ്പാടും, സാധാരണയായി വെല്ലുവിളി നിറഞ്ഞ അന്തരീക്ഷത്തിൽ വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്നു. മുഴുവൻ ജീനോം ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനത്തിൽ നിന്നും, ASxL5T യുടെ ഏറ്റവും അടുത്ത ബന്ധു തലസ്സോലിറ്റസ് sp ആണ്. C2-1, T. മരിനസ്, T. ഒലിവോറൻസ്. കൂടാതെ O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. സമുദ്ര, ഭൗമ പരിതസ്ഥിതികളിൽ വ്യാപകമായ മറൈൻ ഒബ്ലിഗേറ്റ് ഹൈഡ്രോകാർബൺ ഫ്രാഗ്‌മെൻ്റേഷൻ ബാക്ടീരിയയുടെ (OHCB) അംഗമാണ് തലസോലിറ്റസ്, കൂടാതെ ഹൈഡ്രോകാർബൺ മലിനീകരണ സംഭവങ്ങൾക്ക് ശേഷം സാധാരണയായി പ്രബലമായി മാറുന്നു. സമുദ്ര ബാക്ടീരിയകൾ OHCB ഗ്രൂപ്പിലെ അംഗങ്ങളല്ല, മറിച്ച് സമുദ്ര പരിസ്ഥിതിയിൽ നിന്ന് ഒറ്റപ്പെട്ടവയാണ്.
ASxL5T ഒരു പുതിയ സ്പീഷീസാണെന്നും മറൈൻ സ്പൈറോസ്പിറേസി കുടുംബത്തിലെ മുമ്പ് തിരിച്ചറിയപ്പെടാത്ത ഒരു ജനുസ്സിലെ അംഗമാണെന്നും ഫിനോടൈപ്പിക് ഡാറ്റ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. പുതുതായി ഒറ്റപ്പെട്ട സ്ട്രെയിനുകളെ ഒരു പുതിയ ജനുസ്സായി തരംതിരിക്കാൻ നിലവിൽ വ്യക്തമായ മാനദണ്ഡമില്ല. സാർവത്രിക ജനിതക അതിരുകൾ നിർണ്ണയിക്കാൻ ശ്രമിച്ചിട്ടുണ്ട്, ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു യാഥാസ്ഥിതിക പ്രോട്ടീൻ്റെ (POCP) ജീനോമിൻ്റെ ശതമാനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, കട്ട്-ഓഫ് മൂല്യം റഫറൻസ് സ്‌ട്രെയിന് 50% സമാനമാണെന്ന് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു33. മറ്റുള്ളവർ AAI മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു, അവയ്ക്ക് POCP-യെക്കാൾ ഗുണങ്ങളുണ്ട്, കാരണം അവ അപൂർണ്ണമായ ജീനോമുകളിൽ നിന്ന് ലഭിക്കും34. മോഡൽ സ്പീഷിസിൻ്റെ മോഡൽ സ്‌ട്രെയിനുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ AAI മൂല്യം 74% ൽ കുറവാണെങ്കിൽ, സ്‌ട്രെയിൻ വ്യത്യസ്ത ജനുസ്സുകളുടെ പ്രതിനിധിയാണെന്ന് രചയിതാവ് വിശ്വസിക്കുന്നു. മറൈൻ സ്പിരിലേസിയിലെ മോഡൽ ജനുസ്സ് മറൈൻ സ്പിരിലം ആണ്, മോഡൽ സ്‌ട്രെയിൻ O. ലിനം എടിസിസി 11336T ആണ്. ASxL5T, O. ലിനം ATCC 11336T എന്നിവയ്‌ക്കിടയിലുള്ള AAI മൂല്യം 54.34% ആണ്, ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T (ജനുസ് ടൈപ്പ് സ്‌ട്രെയിൻസ്) എന്നിവയ്‌ക്കിടയിലുള്ള AAI മൂല്യം 67.61% ആണ്, ASxL5T ഒരു പുതിയ ജനുസ്സിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായ ഒരു ജനുസ്സിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു. 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസ് ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ സ്റ്റാൻഡേർഡായി ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, നിർദ്ദേശിക്കപ്പെടുന്ന ജനുസ് ഡിലിമിറ്റേഷൻ അതിർത്തി 94.5%35 ആണ്. T. oleivorans MIL-1T ഉം 96.17% ഉം ഉള്ള 95.03% 16S rRNA സീക്വൻസ് ഐഡൻ്റിറ്റി കാണിക്കുന്ന ASxL5T തലസ്സോലിറ്റസ് ജനുസ്സിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയേക്കാം. മരിനസ് IMCC1826T. എന്നിരുന്നാലും, B. sanyensis NV9 ഉള്ള 94.64% 16S rRNA ജീൻ ഐഡൻ്റിറ്റി ഉള്ള Bacteroides ജനുസ്സിലും ഇത് സ്ഥാപിക്കപ്പെടും, 16S rRNA ജീൻ പോലെയുള്ള ഒരു ജീനിൻ്റെ ഉപയോഗം ഏകപക്ഷീയമായ വർഗ്ഗീകരണത്തിനും നിയമനത്തിനും കാരണമാകുമെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. മറ്റൊരു നിർദ്ദേശിത രീതി എഎൻഐയും ജീനോം അലൈൻമെൻ്റ് സ്‌കോറും (എഎഫ്) ഉപയോഗിച്ച് എല്ലാ തരത്തിലുമുള്ള ഡാറ്റാ പോയിൻ്റുകളുടെയും നിലവിലുള്ള ജനുസ്സുകളുടെ നോൺ-ടൈപ്പ് സ്‌ട്രെയിനുകളുടെയും ക്ലസ്റ്ററിംഗ് പരിശോധിക്കുന്നു. വിശകലനം ചെയ്യുന്ന ടാക്‌സയ്‌ക്ക് പ്രത്യേകമായി കണക്കാക്കിയ ജനുസ്സിൻ്റെ ഇൻഫ്‌ളക്ഷൻ പോയിൻ്റുമായി ജനുസ് അതിർത്തി സംയോജിപ്പിക്കാൻ രചയിതാവ് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, തലസ്സോളിറ്റസ് ഐസൊലേറ്റുകളിൽ നിന്ന് മതിയായ പൂർണ്ണമായ ജീനോം സീക്വൻസുകൾ ഇല്ലെങ്കിൽ, ഈ രീതി ഉപയോഗിച്ച് ASxL5T തലസോലിറ്റസ് ജനുസ്സിൽ പെട്ടതാണോ എന്ന് നിർണ്ണയിക്കാൻ കഴിയില്ല. വിശകലനത്തിനായി സമ്പൂർണ്ണ ജീനോം സീക്വൻസുകളുടെ പരിമിതമായ ലഭ്യത കാരണം, മുഴുവൻ ജീനോം ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീയും ജാഗ്രതയോടെ വ്യാഖ്യാനിക്കണം. രണ്ടാമതായി, മുഴുവൻ ജീനോം താരതമ്യ രീതികൾക്കും താരതമ്യപ്പെടുത്തിയ ജീനോമുകളുടെ വലുപ്പത്തിൽ കാര്യമായ വ്യത്യാസങ്ങൾ കണക്കാക്കാൻ കഴിയില്ല. സംരക്ഷിത കോർ സിംഗിൾ കോപ്പി ജീനുകളുടെ സംരക്ഷിത ജനുസ്സുകളുടെ സമാനത അവർ അളന്നു, എന്നാൽ ASxL5T യുടെ വളരെ ചെറിയ ജീനോമിൽ ഇല്ലാത്ത ധാരാളം ജീനുകൾ കണക്കിലെടുത്തില്ല. വ്യക്തമായും, ASxL5T നും തലസോലിറ്റസ്, ഓഷ്യാനോബാക്റ്റർ, ബാക്ടീരിയോപ്ലെയ്‌നുകൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള ഗ്രൂപ്പുകൾക്കും ഒരു പൊതു പൂർവ്വികൻ ഉണ്ട്, എന്നാൽ പരിണാമം മറ്റൊരു വഴി സ്വീകരിച്ചു, ഇത് ജീനോമിൻ്റെ കുറവിലേക്ക് നയിക്കുന്നു, ഇത് കൊള്ളയടിക്കുന്ന ജീവിതശൈലിയുമായി പൊരുത്തപ്പെടാം. ഇത് T. oleivorans MIL-1T യിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്‌തമാണ്, ഇത് 28% വലുതാണ്, കൂടാതെ ഹൈഡ്രോകാർബണുകൾ 23,30 ഉപയോഗപ്പെടുത്തുന്നതിന് വിവിധ പാരിസ്ഥിതിക സമ്മർദ്ദങ്ങളിൽ പരിണമിച്ചു. Rickettsia, Chlamydia, Buchnera തുടങ്ങിയ നിർബന്ധിത ഇൻട്രാ സെല്ലുലാർ പരാന്നഭോജികളുമായും സഹജീവികളുമായും രസകരമായ ഒരു താരതമ്യം നടത്താം. അവയുടെ ജീനോം വലുപ്പം ഏകദേശം 1 Mb ആണ്. ഹോസ്റ്റ് സെൽ മെറ്റബോളിറ്റുകളെ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള കഴിവ് ജീൻ നഷ്ടത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു, അതിനാൽ കാര്യമായ പരിണാമ ജീനോമിക് ഡീഗ്രേഡേഷന് വിധേയമായി. സമുദ്രത്തിലെ രാസ പോഷക ജീവികളിൽ നിന്ന് കൊള്ളയടിക്കുന്ന ജീവിതരീതികളിലേക്കുള്ള പരിണാമപരമായ മാറ്റങ്ങൾ ജീനോം വലുപ്പത്തിൽ സമാനമായ കുറവിന് കാരണമായേക്കാം. COG, KEGG വിശകലനം നിർദ്ദിഷ്ട പ്രവർത്തനങ്ങൾക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ജീനുകളുടെ എണ്ണവും ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T എന്നിവയ്ക്കിടയിലുള്ള ജനിതക പാതകളിലെ ആഗോള വ്യത്യാസങ്ങളും എടുത്തുകാണിക്കുന്നു, അവ മൊബൈൽ ജനിതക മൂലകങ്ങളുടെ വ്യാപകമായ ലഭ്യത മൂലമല്ല. ASxL5T യുടെ മുഴുവൻ ജീനോമിൻ്റെയും G + C അനുപാതത്തിലെ വ്യത്യാസം 56.1% ആണ്, T. oleivorans MIL-1T യുടെത് 46.6% ആണ്, ഇത് വേർതിരിക്കപ്പെടുന്നുവെന്നും സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
ASxL5T ജീനോമിൻ്റെ കോഡിംഗ് ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുന്നത് ഫിനോടൈപ്പിക് സ്വഭാവസവിശേഷതകളിലേക്കുള്ള പ്രവർത്തനപരമായ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു. തരം IV fimbriae (Tfp) എൻകോഡിംഗ് ജീനുകളുടെ സാന്നിധ്യം പ്രത്യേക താൽപ്പര്യമുള്ളതാണ്, കാരണം അവ ഉപരിതലത്തിൽ ഫ്ലാഗെല്ല ഇല്ലാതെ സോഷ്യൽ ഗ്ലൈഡിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ കൺവൾഷൻസ് എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന കോശ ചലനത്തെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നു. റിപ്പോർട്ടുകൾ പ്രകാരം, ടിഎഫ്പിക്ക് വേട്ടയാടൽ, രോഗകാരികൾ, ബയോഫിലിം രൂപീകരണം, സ്വാഭാവിക ഡിഎൻഎ ഏറ്റെടുക്കൽ, ഓട്ടോമാറ്റിക് സെൽ അഗ്രഗേഷൻ, ഡെവലപ്‌മെൻ്റ് എന്നിവയുൾപ്പെടെ മറ്റ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഉണ്ട്. ASxL5T ജീനോമിൽ ഡിഗ്വാനൈലേറ്റ് സൈക്ലേസ് എൻകോഡിംഗ് ചെയ്യുന്ന 18 ജീനുകളും (2 ഗ്വാനോസിൻ ട്രൈഫോസ്ഫേറ്റിനെ ഗ്വാനോസിൻ 2 ഫോസ്ഫേറ്റിലേക്കും സൈക്ലിക് ഡിജിഎംപിയിലേക്കും പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്ന ഒരു എൻസൈം) അനുബന്ധ ഡിഗ്വാനൈലേറ്റ് സൈക്ലേസ് ഫോസ്ഫേറ്റിനെ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന 6 ജീനുകളും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. എസ്റ്ററേസിനായുള്ള ജീൻ (സൈക്ലിക് ഡി-ജിഎംപിയെ ഗ്വാനോസിൻ മോണോഫോസ്ഫേറ്റിലേക്കുള്ള തരംതാഴ്ത്തൽ ഉത്തേജിപ്പിക്കുന്നു) രസകരമാണ്, കാരണം സൈക്കിൾ-ഡി-ജിഎംപി ബയോഫിലിം വികസനത്തിലും വേർതിരിക്കൽ, ചലനം, സെൽ അറ്റാച്ച്മെൻ്റ്, ഈ പ്രക്രിയയിൽ വൈറൽസ് 39, 40 എന്നിവയിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ഒരു പ്രധാന രണ്ടാമത്തെ സന്ദേശവാഹകനാണ്. Bdellovibrio bacteriovorus-ൽ, ചാക്രികമായ ഇരട്ട GMP സ്വതന്ത്ര ജീവിതവും കൊള്ളയടിക്കുന്ന ജീവിതശൈലിയും തമ്മിലുള്ള പരിവർത്തനത്തെ നിയന്ത്രിക്കുന്നതായി കാണിക്കുന്നു എന്നതും ശ്രദ്ധിക്കേണ്ടതാണ്.
കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളെക്കുറിച്ചുള്ള മിക്ക ഗവേഷണങ്ങളും Bdellovibrio, Bdellovibrio പോലുള്ള ജീവികൾ, Myxococcus സ്പീഷീസ് എന്നിവയിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇവയും കവർച്ച ബാക്ടീരിയയുടെ അറിയപ്പെടുന്ന മറ്റ് ഉദാഹരണങ്ങളും ഒരു വൈവിധ്യമാർന്ന ഗ്രൂപ്പായി മാറുന്നു. ഈ വൈവിധ്യം ഉണ്ടായിരുന്നിട്ടും, അറിയപ്പെടുന്ന 11 കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളുടെ പ്രതിഭാസങ്ങളെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്ന സ്വഭാവ സവിശേഷതകളായ പ്രോട്ടീൻ കുടുംബങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം 3,22 തിരിച്ചറിഞ്ഞു. എന്നിരുന്നാലും, O antigen ligase (waaL) എൻകോഡിംഗ് ജീനുകൾ മാത്രമേ തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുള്ളൂ, ഇത് ഗ്രാം നെഗറ്റീവ് ബാക്ടീരിയകളിൽ പ്രത്യേകിച്ചും സാധാരണമാണ്. ASxL5T-യെ ഒരു വേട്ടക്കാരനായി നിയോഗിക്കുന്നതിന് ഈ രീതിയിലുള്ള വിശകലനം സഹായകരമല്ല, ഒരുപക്ഷേ അത് ഒരു പുതിയ ആക്രമണ തന്ത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നതിനാലാവാം. കൂടുതൽ വൈവിധ്യമാർന്ന കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമുകളുടെ ലഭ്യത, ഗ്രൂപ്പ് അംഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പ്രവർത്തനപരവും പാരിസ്ഥിതികവുമായ വ്യത്യാസങ്ങളുടെ തെളിവുകൾ കണക്കിലെടുക്കുന്ന മികച്ച റെസല്യൂഷൻ വിശകലനങ്ങൾ വികസിപ്പിക്കാൻ സഹായിക്കും. ഈ വിശകലനത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ലാത്ത കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളുടെ ഉദാഹരണങ്ങളിൽ കുപ്രിയാവിഡസ് നെകാറ്റർ 42, ബ്രാഡിമോണബാക്ടീരിയ 43 എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു, കാരണം ഗവേഷകർ വിവിധ സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹങ്ങളെക്കുറിച്ച് അന്വേഷിക്കുമ്പോൾ, കൂടുതൽ കൊള്ളയടിക്കുന്ന ടാക്സകൾ സ്ഥാപിക്കപ്പെടുന്നു.
TEM ഇമേജ് പകർത്തിയ ASxL5T ബാക്ടീരിയയുടെ ഏറ്റവും ശ്രദ്ധേയമായ സവിശേഷത അതിൻ്റെ സവിശേഷവും വഴക്കമുള്ളതുമായ രൂപഘടനയാണ്, ഇത് ഇര ബാക്ടീരിയകളുമായുള്ള ഇടപെടൽ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കാൻ കഴിയും. നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്ന ഇടപെടലിൻ്റെ തരം മറ്റ് കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമാണ്, ഇത് മുമ്പ് കണ്ടെത്തുകയോ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുകയോ ചെയ്തിട്ടില്ല. നിർദിഷ്ട ASxL5T കൊള്ളയടിക്കുന്ന ജീവിത ചക്രം ചിത്രം 5-ൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. ഞങ്ങൾ ഇവിടെ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നത് പോലെ സമാനമായ അഗ്രഘടനകളുള്ള സാഹിത്യത്തിൽ കുറച്ച് ഉദാഹരണങ്ങളുണ്ട്, എന്നാൽ ഈ ഉദാഹരണങ്ങളിൽ ടെറസാകിസ്പിറ പാപഹാനുമോകുക്കീൻസിസ്, ഇടയ്ക്കിടെയുള്ള അഗ്രം വലുതാക്കൽ 44 ഉള്ള ഒരു മറൈൻ സ്പിരില്ലം ബാക്ടീരിയയും ആൽഫപ്രോട്ടോകിയോബാക്ടീരിയ, ടെറസാകിയോബാക്ടീരിയയും ഉൾപ്പെടുന്നു. , മുമ്പ് ജനുസ്സിൽ പെട്ടതാണ് ഓഷ്യാനോസ്പൈറില്ലം, "പോളാർ ഫിലിം" എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്നവ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു 45. പഴയ സംസ്കാരങ്ങളിൽ, പ്രത്യേകിച്ച് വിബ്രിയോ, കാംപിലോബാക്റ്റർ, ഹെലിക്കോബാക്റ്റർ 46, 47, 48 എന്നിവ പോലുള്ള വളഞ്ഞ രൂപങ്ങളുള്ള ബാക്ടീരിയകളിൽ കോക്കി രൂപങ്ങൾ നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു. ASxL5T ബാക്ടീരിയയുടെ കൃത്യമായ ജീവിതചക്രം വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് കൂടുതൽ ജോലികൾ ആവശ്യമാണ്. അത് എങ്ങനെ പിടിച്ചെടുക്കുകയും ഇരപിടിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ അതിൻ്റെ ജീനോം മെഡിക്കൽ അല്ലെങ്കിൽ ബയോടെക്നോളജിക്കൽ ആവശ്യങ്ങൾക്കായി ഉപയോഗിക്കാവുന്ന ജൈവശാസ്ത്രപരമായി സജീവമായ സംയുക്തങ്ങളെ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്നുണ്ടോ എന്ന് നിർണ്ണയിക്കാൻ.
വെനേറ്റർബാക്റ്റർ ജനറിൻറെ വിവരണം. നവംബർ വെനറ്റർബാക്റ്റർ (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. venator,'hunter', Gr. n. bacter,'a rod' എന്നിവയിൽ നിന്നുള്ള വെനേറ്റർമാർ ചേർന്നതാണ്. Venatorbacter,'a hunting Rod' കോശങ്ങൾ എയറോബിക്, ഉപ്പ്-സഹിഷ്ണുത, വളഞ്ഞ ഗ്രാം കറ, വ്യായാമ വടി എന്നിവയാണ് PHB 4 മുതൽ 42 °C വരെയുള്ള താപനിലയിൽ അടിഞ്ഞുകൂടുന്നില്ല. അല്ലെങ്കിൽ C16:1ω7c, C16:0 ഒപ്പം C18:1ω9 ; C12:0 3-OH ഒപ്പം C10:0 3-OH ഹൈഡ്രോക്‌സി ഫാറ്റി ആസിഡുകളായി കാണപ്പെടുന്നു. ഈ ജനുസ്സിലെ ഫൈലോജെനെറ്റിക് സ്ഥാനം കുടുംബത്തിലാണ്.
വെനേറ്റർബാക്റ്റർ കുക്കുല്ലസ് എസ്പിയുടെ വിവരണം. നവംബർ വെനറ്റർബാക്റ്റർ കുക്കുല്ലസ് (cu'cull.us.; L. n. cucullus എന്നാൽ ഫെയറിംഗ് എന്നാണ് അർത്ഥം).
കൂടാതെ, ഈ ജനുസ്സിൻ്റെ വിവരണാത്മക സവിശേഷത, BA അല്ലെങ്കിൽ BHI-യിൽ വളരുമ്പോൾ, കോശങ്ങൾക്ക് 1.63 µm നീളവും 0.37 µm വീതിയും ഉണ്ടായിരിക്കും. BHI അഗറിലെ കോളനികൾ വളരെ ചെറുതാണ്, 72 മണിക്കൂറിന് ശേഷം 2 മില്ലീമീറ്റർ വ്യാസത്തിൽ എത്തുന്നു. അവ ബീജ്, അർദ്ധസുതാര്യം, വൃത്താകൃതിയിലുള്ളതും കുത്തനെയുള്ളതും തിളക്കമുള്ളതുമാണ്. ഈ ഇനത്തിലെ അംഗങ്ങൾക്ക് Escherichia coli, Klebsiella എന്നിവ ഉപയോഗിക്കാം. കാംപിലോബാക്ടറും മറ്റ് നിരവധി ഗ്രാം നെഗറ്റീവ് ബാക്ടീരിയകളും ഇരയായി വർത്തിക്കുന്നു.
യുകെയിലെ നോട്ടിംഗ്‌ഹാംഷെയറിലെ മാട്ടിറച്ചി പാലിൽ നിന്ന് സാധാരണ സ്‌ട്രെയിൻ ASxL5T വേർതിരിച്ച് നാഷണൽ ടൈപ്പ് കൾച്ചർ കളക്ഷനിൽ (യുകെ) നിക്ഷേപിച്ചു: പ്രവേശന നമ്പർ NCTC 14397, നെതർലാൻഡ്‌സ് ബാക്ടീരിയ കൾച്ചർ കളക്ഷൻ (NCCB) ആക്‌സസ് നമ്പർ NCCB 100775 ൻ്റെ സമ്പൂർണ്ണ ശ്രേണി. യിൽ നിക്ഷേപിച്ചിട്ടുണ്ട് CP046056 കൂട്ടിച്ചേർക്കൽ അനുസരിച്ച് ജെൻബാങ്ക്.
ASxL5T ബാക്ടീരിയയെ ബീഫ് പാലിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്തത് ഫാജ് ഐസൊലേഷൻ ടെക്നോളജി 9,49 ഉപയോഗിച്ചാണ്. സ്ലറി SM ബഫറിൽ 1:9 (w/v) നേർപ്പിച്ചു (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O, 0.01% ജെലാറ്റിൻ; സിഗ്മ ആൽഡ്രിച്ച്, ഗില്ലിംഗ്ഹാം, യുകെ), തുടർന്ന് ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്യുക 4 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ 24 മണിക്കൂർ, സാവധാനം ഭ്രമണം ചെയ്ത് വേട്ടക്കാരെ അകത്തേക്ക് കടത്തിവിടുന്നു ബഫർ. സസ്പെൻഷൻ 3 മിനിറ്റ് നേരത്തേക്ക് 3000 ഗ്രാം സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്തു. സൂപ്പർനാറ്റൻ്റ് ശേഖരിച്ച് 5 മിനിറ്റ് നേരത്തേക്ക് 13,000 ഗ്രാം സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്തു. സൂപ്പർനാറ്റൻ്റ് 0.45 µm മെംബ്രൻ ഫിൽട്ടറിലൂടെയും (മിനിസാർട്ട്; സാർട്ടോറിയസ്, ഗോട്ടിംഗൻ, ജർമ്മനി) ഒരു 0.2 µm മെംബ്രൻ ഫിൽട്ടറിലൂടെയും (മിനിസാർട്ട്) അവശേഷിച്ച ബാക്ടീരിയ കോശങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്തു. ASxL5T-ന് ഈ ഫിൽട്ടറുകൾ കൈമാറാൻ കഴിയും. അതേ സ്ലറിയിൽ നിന്ന് കാംപിലോബാക്റ്റർ എൻ്ററോസസ് എസ് 12 (എൻസിബിഐ ആക്‌ഷൻ നമ്പർ CP040464) ൻ്റെ മൃദുവായ അഗർ പുൽത്തകിടി സാധാരണ സാങ്കേതിക വിദ്യകൾ ഉപയോഗിച്ച് തയ്യാറാക്കി. ഫിൽട്ടർ ചെയ്ത സ്ലറി ഈ ഓരോ ഹോസ്റ്റ് സെൽ പ്ലേറ്റിലും 10 µl തുള്ളികളായി മൂന്നായി വിതരണം ചെയ്യുകയും ഉണങ്ങാൻ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു. മൈക്രോ എയറോബിക് അവസ്ഥയിൽ (5% O2, 5% H2, 10% CO2, 80% N2) 48 മണിക്കൂർ നേരത്തേക്ക് 37 ° C താപനിലയിൽ ഒരു മൈക്രോ എയറോഫിലിക് ടാങ്കിൽ പ്ലേറ്റ് ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്തു. ലഭിച്ച ദൃശ്യമായ ഫലകം എസ്എം ബഫറിലേക്ക് വേർതിരിച്ചെടുക്കുകയും സി.ഹയോഇൻ്റസ്റ്റൈനാലിസ് എസ് 12 ൻ്റെ പുതിയ പുൽത്തകിടിയിലേക്ക് മാറ്റി ലൈസ്ഡ് ജീവികളെ കൂടുതൽ പ്രചരിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. ലൈറ്റിക് ശിലാഫലകത്തിൻ്റെ കാരണം ബാക്ടീരിയകളാണെന്നും ഫെയ്ജ് അല്ലെന്നും നിർണ്ണയിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ, ആതിഥേയനിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രമായി ജീവിയെ വളർത്താനും അതിനെ കൂടുതൽ സ്വഭാവം കാണിക്കാനും ശ്രമിക്കുക. 5% v/v ഡീഫിബ്രിനേറ്റഡ് കുതിര രക്തം (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplement) ഉപയോഗിച്ച് 37 °C യിൽ എയ്റോബിക് സംസ്കാരം നടത്തി. നാഷണൽ ക്ലിനിക്കൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് കമ്മിറ്റിയുടെ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ അനുസരിച്ച്, ആൻറി ബാക്ടീരിയൽ സംവേദനക്ഷമത പരിശോധനയ്ക്കായി ഡിസ്ക് ഡിഫ്യൂഷൻ രീതി ഉപയോഗിക്കുന്നു. എയ്‌റോബിക് കൾച്ചറിനായി ഇനിപ്പറയുന്ന ആൻ്റിബയോട്ടിക്കുകൾ (ഓക്‌സോയിഡ്) അടങ്ങിയ ഒരു ഡിസ്‌ക് ഉപയോഗിച്ച് 37 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ ബിഎച്ച്ഐ അഗർ സംസ്‌കരിച്ചു: അമോക്സിസില്ലിൻ, ക്ലാവുലാനിക് ആസിഡ് 30 µg; സെഫോടാക്സൈം 30 µg; സ്ട്രെപ്റ്റോമൈസിൻ 10 µg; സിപ്രോഫ്ലോക്സാസിൻ 5 µg; സെഫ്താസിഡിം 30 µg നാലിഡിക്സിക് ആസിഡ് 30 µg; ഇമിപെനെം 10 µg; അസിത്രോമൈസിൻ 15 µg; ക്ലോറാംഫെനിക്കോൾ 30 µg; സെഫോക്സിറ്റിൻ 30 µg; ടെട്രാസൈക്ലിൻ 30 µg; നൈട്രോഫുറാൻ്റോയിൻ 300 μg; ആസ്ട്രിയോനം 30 µg; ആംപിസിലിൻ 10 μg; സെഫ്‌പോഡോക്സിം 10 µg; ട്രൈമെത്തോപ്രിം-സൾഫമെത്തോക്സാസോൾ 25 µg. 37 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ BHI അഗർ പ്ലേറ്റുകളിൽ എയ്റോബിക് ഇൻകുബേഷൻ നടത്തിയാണ് ഉപ്പ് സഹിഷ്ണുത സ്ഥാപിച്ചത്. 10% w/v വരെ കോൺസൺട്രേഷൻ പരിധി നൽകുന്നതിനായി BHI അഗർ പ്ലേറ്റുകളിലേക്ക് അധിക NaCl ചേർത്തു. 37 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിലുള്ള BHI അഗർ പ്ലേറ്റുകളിലെ എയറോബിക് കൾച്ചറാണ് pH ശ്രേണി നിർണ്ണയിക്കുന്നത്, ഇവിടെ pH ശ്രേണി 4 നും 9 നും ഇടയിൽ അണുവിമുക്തമായ HCl അല്ലെങ്കിൽ അണുവിമുക്തമായ NaOH ഉപയോഗിച്ച് ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ പ്ലേറ്റ് ഒഴിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ടാർഗെറ്റ് pH മൂല്യം പരിശോധിക്കപ്പെടുന്നു. സെല്ലുലാർ ഫാറ്റി ആസിഡ് വിശകലനത്തിനായി, ASxL5T BHI അഗറിൽ 3 ദിവസത്തേയ്ക്കും എയറോബിക് 37 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിലും സംസ്ക്കരിച്ചു. ഫെറ സയൻസ് ലിമിറ്റഡിൻ്റെ (യോർക്ക്, യുകെ) MIDI (ഷെർലക് മൈക്രോബയൽ ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ സിസ്റ്റം, പതിപ്പ് 6.10) സ്റ്റാൻഡേർഡ് പ്രോട്ടോക്കോൾ അനുസരിച്ച്, സെൽ ഫാറ്റി ആസിഡുകൾ വേർതിരിച്ചെടുക്കുകയും തയ്യാറാക്കുകയും വിശകലനം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.
TEM-ന് വേണ്ടി, 24 മണിക്കൂർ നേരത്തേക്ക് 37°C-ൽ BA-യിൽ ഒരേപോലെ വ്യാപിച്ചുകൊണ്ട് ASxL5T കൾച്ചർ ചെയ്‌തു, തുടർന്ന് 1 മില്ലി 3% (v/v) ഗ്ലൂട്ടറാൾഡിഹൈഡിലേക്ക് 0.1 M cacodylate ബഫറിൽ റൂം ടെമ്പറേച്ചറിൽ 1 മണിക്കൂർ ഫിക്സ് ചെയ്യുക, തുടർന്ന് സെൻട്രിഫ്യൂജ് 3 മിനിറ്റ് നേരത്തേക്ക് 10,000 ഗ്രാം. പിന്നീട് 600 μl 0.1 M cacodylate ബഫറിൽ പെല്ലറ്റ് പതുക്കെ വീണ്ടും സസ്പെൻഡ് ചെയ്യുക. 200 മെഷ് കോപ്പർ ഗ്രിഡിലുള്ള ഫോംവാർ/കാർബൺ ഫിലിമിലേക്ക് നിശ്ചിത ASxL5T സസ്പെൻഷൻ കൈമാറുക. ബാക്ടീരിയയെ 0.5% (w/v) യുറേനൈൽ അസറ്റേറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് 1 മിനിറ്റ് നേരം കളഞ്ഞു, TEI Tecnai G2 12 Biotwin മൈക്രോസ്കോപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് TEM പരിശോധിച്ചു. മുകളിൽ സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ, NZCYM ചാറിൽ (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) അതേ എണ്ണം ഇരകളെയും വേട്ടക്കാരെയും സംയോജിപ്പിച്ച് 37°C താപനിലയിൽ Campylobacter അല്ലെങ്കിൽ Campylobacter എന്ന മൈക്രോ എയറോബിക് അവസ്ഥയിൽ 48 മണിക്കൂർ ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്യുക, വേട്ടക്കാരൻ്റെ മുൻകരുതൽ ടിഇഎമ്മും പരിശോധിച്ചു. എസ്ഷെറിച്ചിയ കോളിയുടെ എയ്റോബിക് അവസ്ഥകൾ. ഇരകളേയും കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളേയും സ്വതന്ത്രമായി പരിശോധിച്ച് ഇരപിടിത്തം മൂലമുള്ള കോശ രൂപഘടനയിൽ എന്തെങ്കിലും മാറ്റമുണ്ടാകും. PHB ശേഖരണത്തിൻ്റെ ഒപ്റ്റിക്കൽ മൈക്രോസ്കോപ്പിക്കായി സുഡാൻ ബ്ലാക്ക് രീതി ഉപയോഗിച്ചു.
BHI അല്ലെങ്കിൽ BA പ്ലേറ്റുകളിൽ അണുവിമുക്തമായ സ്വാബ് ഉപയോഗിച്ച് വളർച്ച സ്മിയർ ചെയ്തുകൊണ്ട് ASxL5T ഓവർനൈറ്റ് കൾച്ചറുകൾ വളർത്തുക. ASxL5T സെല്ലുകൾ ശേഖരിച്ച് അവയെ MRD-ൽ (CM0733, Oxoid) സസ്പെൻഡ് ചെയ്യുക, തുടർന്ന് 4 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ 7 ദിവസത്തേക്ക് കോശങ്ങളെ പട്ടിണികിടക്കുക. NCTC റഫറൻസ് അല്ലെങ്കിൽ ലബോറട്ടറി സ്റ്റോക്ക് ബാക്ടീരിയൽ കൾച്ചർ BHI ചാറിലേക്കോ നമ്പർ 2 ന്യൂട്രിയൻ്റ് ചാറിലേക്കോ (CM007, ഓക്‌സോയിഡ്) കുത്തിവയ്‌പ്പിച്ചു, ഒറ്റരാത്രികൊണ്ട് ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്‌ത്, 13,000 ഗ്രാം സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്‌ത് OD600 0.4 ആകുന്നത് വരെ MRD-യിൽ പുനഃസ്ഥാപിച്ചു. സംസ്കാരം: ബാസിലസ് സബ്‌റ്റിലിസ് NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 811, Kleb66u NCTC 10817, Listeria പ്രത്യേക ബാക്ടീരിയ NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, സ്യൂഡോമോണസ് ഫ്ലൂറസെൻസ് SMDL, റോഡോകോക്കസ് അന്തർവാഹിനി ഹാംബർഗർ NCTC 5747, മ്യൂസിലേജ് NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter ഹോസ്റ്റ് പ്ലേറ്റ് 7C 7C യിൽ 3°C യിൽ മൈക്രോ എയറോബിക്കലായി സസ്പെൻഡ് ചെയ്തു. ചാറു. പരീക്ഷിച്ച ക്യാമ്പൈലോബാക്റ്റർ ഹോസ്റ്റുകൾ ഇവയാണ്: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. ഹെൽവെറ്റിക്കസ് NCTC 12472, C. lari NCTC, C.1 lari NCTC, C.1455 jejuni PT14, C... MRD-യിൽ സെല്ലുകൾ ശേഖരിക്കുക, 13,000g-ൽ സെൻട്രിഫ്യൂജ്, OD600 0.4 ആകുന്നത് വരെ MRD-ൽ വീണ്ടും സസ്പെൻഡ് ചെയ്യുക. 5 മില്ലി ഉരുകിയ NZCYM ടോപ്പ് അഗറിലേക്ക് (0.6% അഗർ) 0.5 മില്ലി സസ്പെൻഷൻ്റെ ഒരു അലിക്വോട്ട് ചേർത്ത് 1.2% NZCYM താഴത്തെ പ്ലേറ്റിലേക്ക് ഒഴിക്കുക. ക്യൂറിംഗ് ചെയ്ത് ഉണക്കിയ ശേഷം, തുടർച്ചയായി നേർപ്പിച്ച ASxL5T ഓരോ പുൽത്തകിടി ബോർഡിലും 20 µl തുള്ളികളായി മൂന്ന് തവണ വിതരണം ചെയ്തു. സംസ്കാരത്തിൻ്റെ താപനിലയും അന്തരീക്ഷവും ടെസ്റ്റ് ബാക്ടീരിയയുടെ ആവശ്യകതയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു.
ബാക്ടീരിയൽ ഐസൊലേറ്റുകളിൽ നിന്ന് ഡിഎൻഎ തയ്യാറാക്കാൻ GenElute™ ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ കിറ്റ് (സിഗ്മ ആൽഡ്രിഡ്ജ്) ഉപയോഗിക്കുക. 16S rRNA ജീനിൻ്റെ PCR ആംപ്ലിഫിക്കേഷനും ഡൈ ടെർമിനേഷൻ കെമിസ്ട്രി (യൂറോഫിൻസ് വാല്യൂ റീഡ് സർവീസ്, ജർമ്മനി) ഉപയോഗിച്ച് ഉൽപ്പന്ന ശ്രേണി നിർണയിക്കുന്നതിനും സ്റ്റാൻഡേർഡ് രീതികൾ ഉപയോഗിച്ചു. അടുത്ത ബന്ധമുള്ള സ്പീഷീസുകളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും ശേഖരിക്കുന്നതിനും ഈ സീക്വൻസുകളെ മറ്റ് 16S rRNA ജീൻ സീക്വൻസുകളുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ BLAST-N പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കുക. MEGA X പ്രോഗ്രാമിൽ ClustalW ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇവ വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നത്. 1000 ഗൈഡഡ് കോപ്പികൾ ഉപയോഗിച്ച് തമുറ-നെയ് മോഡലിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പരമാവധി സാധ്യത രീതി ഉപയോഗിച്ച് MEGA X ഉപയോഗിച്ച് ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ പുനർനിർമ്മിച്ചു. മുഴുവൻ-ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനായി ഡിഎൻഎ എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്യാൻ പ്യുവർ ലിങ്ക്™ ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ കിറ്റ് (ഫിഷർ സയൻ്റിഫിക്, ലോഫ്‌ബറോ, യുകെ) ഉപയോഗിക്കുക. ASxL5T യുടെ ജീനോം സീക്വൻസ് നിർണ്ണയിച്ചത് Illumina MiSeq കോമ്പിനേഷൻ ഉപയോഗിച്ചാണ്, അതിൽ Nextera ലേബലിംഗ് കിറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് തയ്യാറാക്കിയ ഒരു ലൈബ്രറിയും PacBio പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ നിന്ന് 2 മുതൽ 20 kb വരെ നീളമുള്ള റീഡുകളും അടങ്ങിയ 250 bp ഡബിൾ-എൻഡ് റീഡുകളും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. സെംബിയ സർവകലാശാലയിലെ ജീനോമിക്‌സ് ഡിഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് റിസർച്ച് ഫെസിലിറ്റി. CLC ജീനോമിക്സ് വർക്ക് ബെഞ്ച് 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark) ഉപയോഗിച്ചാണ് ജീനോം അസംബിൾ ചെയ്തത്. ASxL5T സംസ്കാരങ്ങൾ നാഷണൽ ടൈപ്പ് കൾച്ചർ കളക്ഷനിലും (യുകെ) നെതർലാൻഡ്സ് ബാക്ടീരിയ കൾച്ചർ കളക്ഷനിലും (NCCB) നിക്ഷേപിച്ചിരിക്കുന്നു. താരതമ്യത്തിനായി ഉപയോഗിക്കുന്ന അനുബന്ധ ജീവികളുടെ ജീനോമുകൾ ഇവയാണ്: തലസ്സോലിറ്റസ് ഒലിവോറൻസ് MIL-1T (ആക്സഷൻ നമ്പർ HF680312, പൂർണ്ണം); ബാക്‌ടീരിയോപ്ലെയ്‌നുകൾ സാനിയൻസിസ് KCTC 32220T (ആക്സഷൻ നമ്പർ BMYY01000001, അപൂർണ്ണം); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (ആക്സഷൻ നമ്പർ NZ_AUGV00000000, അപൂർണ്ണം); Marinamonas കമ്മ്യൂണിറ്റി DSM 5604T (ASM436330v1 ചേർത്തു, അപൂർണമായത്), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 ചേർത്തു, അപൂർണ്ണമായത്) കൂടാതെ Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 ചേർക്കുക, അപൂർണ്ണം). അലൈൻമെൻ്റ് സ്‌കോറും (AF) ശരാശരി ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഐഡൻ്റിറ്റിയും (ANI) നിർണ്ണയിക്കാൻ https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= എന്നതിൽ JGI Genome Portal36 ഉപയോഗിക്കുക. ജോഡികളായി. അമിനോ ആസിഡ് ഐഡൻ്റിറ്റി (AAI) നിർണ്ണയിക്കാൻ റോഡ്രിഗസ്-ആർ & കോൺസ്റ്റാൻ്റിനിഡിസ്55 രീതി ഉപയോഗിച്ചു. കണക്കാക്കിയ പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ സൃഷ്ടിക്കാൻ GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ഉപയോഗിക്കുക. ലഭ്യമായ റഫറൻസ് ജീനോമിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ഇൻപുട്ട് ജീനോം 16S rRNA ഫൈലോജെനിയിൽ നിന്ന് ASxL5T യുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതായി തിരിച്ചറിഞ്ഞ റഫറൻസ് ജനറുകളിൽ നിന്ന് തിരഞ്ഞെടുത്തു. ഇൻ്ററാക്റ്റീവ് ട്രീ ഓഫ് ലൈഫ് ഓൺലൈൻ ടൂൾ (https://itol.embl.de/) ഉപയോഗിച്ച് ട്രീ വ്യാഖ്യാനിച്ചു. ASxL5T ജീനോമിൻ്റെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും വിശകലനവും BlastKOALA KEGG ഓൺലൈൻ ടൂൾ ഉപയോഗിച്ച് KEGG (ക്യോട്ടോ എൻസൈക്ലോപീഡിയ ഓഫ് ജീൻസ് ആൻഡ് ജിനോംസ്) മൊഡ്യൂൾ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിതരണം ഉപയോഗിച്ചാണ് നടത്തുന്നത്. COG വിഭാഗങ്ങളുടെ (ഓർത്തോലോഗസ് ഗ്രൂപ്പുകളുടെ) വിതരണം എഗ്‌നോഗ്-മാപ്പർ ഓൺലൈൻ ടൂൾ ഉപയോഗിച്ച് നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ, Muñoz-Dorado, J. ബാക്ടീരിയ വേട്ട: 75 വർഷം, അത് തുടരുന്നു! . പരിസ്ഥിതി. സൂക്ഷ്മജീവി. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. തുടങ്ങിയവ. പെറുവിയൻ തീരപ്രദേശത്ത് ഇരപിടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയയുടെ വൈവിധ്യവും ആൻറി ബാക്ടീരിയൽ സാധ്യതയും. മാർച്ച് മരുന്നുകൾ. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
പാസ്റ്റെർനാക്ക്, Z. et al. അവരുടെ ജീനുകൾ വഴി, നിങ്ങൾ അവരെ മനസ്സിലാക്കും: കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയയുടെ ജനിതക സവിശേഷതകൾ. ISME J. 7, 756–769 (2013).
സോക്കറ്റ്, RE Bdellovibrio എന്ന ബാക്ടീരിയോഫേജിൻ്റെ കൊള്ളയടിക്കുന്ന ജീവിതശൈലി. ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക. പാസ്റ്റർ സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. കൊള്ളയടിക്കുന്ന ബാക്ടീരിയകളിൽ നിന്നുള്ള ആൻ്റിബയോട്ടിക്കുകൾ. ബെയിൽസ്റ്റീൻ ജെ. ഹിസ്റ്റോകെമിസ്ട്രി 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio എന്നിവയും സമാനമായ ജീവജാലങ്ങളും വിവിധ ഹോസ്റ്റ് പോപ്പുലേഷനുകളിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വൈവിധ്യത്തിൻ്റെ പ്രവചനങ്ങളാണ്. സൂക്ഷ്മജീവി. പരിസ്ഥിതി ശാസ്ത്രം. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. and Ballesté-Delpierre, C. പുതിയ ആൻറി ബാക്ടീരിയൽ ഏജൻ്റുകളുടെ നിലവിലെ അവസ്ഥ കണ്ടെത്തുക. ക്ലിനിക്കൽ. സൂക്ഷ്മജീവി. അണുബാധ. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
ഹോബ്ലി, എൽ. et al. ഫേജിൻ്റെയും ഫേജിൻ്റെയും ഇരട്ട വേട്ടയാടലിന് ഒരു വേട്ടയാടൽ പോലും കൂടാതെ E. coli ഇരയെ ഉന്മൂലനം ചെയ്യാൻ കഴിയും. ജെ. ബാക്ടീരിയ. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF ഫ്രീ-റേഞ്ച്, ഓർഗാനിക് കോഴികളുടെ തീറ്റ ചക്രത്തിൽ ഒറ്റപ്പെട്ട കാംപിലോബാക്റ്ററിൻ്റെയും ബാക്ടീരിയോഫേജുകളുടെയും എണ്ണവും വൈവിധ്യവും. ആപ്ലിക്കേഷൻ പരിസ്ഥിതി. സൂക്ഷ്മജീവി. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA തുടങ്ങിയവ. Campylobacter Swine-ൻ്റെ ജീനോമിക് ടാക്സോണമിയും എപ്പിഡെമിയോളജിയും അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക. ശാസ്ത്രം. പ്രതിനിധി 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
ലീ, MD GToTree: സിസ്റ്റം ജനിതകശാസ്ത്രത്തിനായുള്ള ഉപയോക്തൃ-സൗഹൃദ വർക്ക്ഫ്ലോ. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 35, 4162–4164 (2019).
എഡ്ഗർ, ആർസി മസിൽ: സമയവും സ്ഥല സങ്കീർണ്ണതയും കുറയ്ക്കുന്ന ഒരു മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെൻ്റ് രീതി. BMC ബയോളജിക്കൽ വിവരങ്ങൾ. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: വലിയ തോതിലുള്ള ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനത്തിൽ യാന്ത്രിക വിന്യാസത്തിനും ട്രിമ്മിംഗിനുമുള്ള ഒരു ഉപകരണം. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ജീൻ, മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസ് ട്രാൻസ്ലേഷൻ സ്റ്റാർട്ട് സൈറ്റ് പ്രവചനം. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 28, 2223-2230 (2012).
ഷെൻ, ഡബ്ലിയു ബയോ Rxiv. (ജൂൺ 1, 2021-ന് ആക്സസ് ചെയ്തത്); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
വില, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-ഏകദേശം പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള വൃക്ഷം വലിയ വിന്യാസം. PLoS One 5, e9490 (2010).
ടാംഗേ, ഒ. ഗ്നു പാരലൽ. (ജൂൺ 1, 2021-ന് ആക്സസ് ചെയ്തത്); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
കനേഹിസ, എം. & ഗോട്ടോ, എസ്. കെ.ഇ.ജി.ജി: ക്യോട്ടോ എൻസൈക്ലോപീഡിയ ഓഫ് ജീനുകളുടെയും ജീനോമുകളുടെയും. ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഗവേഷണം. 28, 27-30 (2000).
ചെക്ക് റിപ്പബ്ലിക്, എൽ. മുതലായവ. സ്ട്രെസ് സംരക്ഷകരും പോഷകങ്ങളും എന്ന നിലയിൽ എക്ടോയ്ൻ, ഹൈഡ്രോക്‌സെക്‌ടോയ്ൻ എന്നീ എക്‌സ്‌ട്രോലൈറ്റുകളുടെ പങ്ക്: ജനിതകശാസ്ത്രം, സിസ്റ്റം ജനിതകശാസ്ത്രം, ബയോകെമിസ്ട്രി, ഘടനാപരമായ വിശകലനം. ജീൻ (ബേസൽ). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA ഡിഫറൻഷ്യൽ പ്രോട്ടീൻ എക്സ്പ്രഷൻ, കടൽ ഹൈഡ്രോകാർബൺ-ഡീഗ്രേഡിംഗ് ബാക്റ്റീരിയം തലസോലിറ്റ്യൂസ് ഒലിവോറൻസ് MIL-1 ഇടത്തരം, നീണ്ട ചെയിൻ ആൽക്കെയ്നുകളുടെ വളർച്ചയുടെ സമയത്ത് . മുന്നിൽ. സൂക്ഷ്മജീവി. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., Jurkevitch, E. ഫിനോടൈപിക്-നിർദ്ദിഷ്ട സൂചകങ്ങൾ നിർവചിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പുതിയ താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് രീതി, കവർച്ച ബാക്ടീരിയ അടയാളത്തിൽ പ്രത്യേക പാരമ്പര്യം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു. പബ്ലിക് സയൻസ് ലൈബ്രറി ഒന്ന്. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, തുടങ്ങിയവ. തലസ്സോലിറ്റസ് ഒലിവോറൻസ് ജീൻ. നവംബർ, sp. നവം., ഹൈഡ്രോകാർബണുകളുടെ ഉപയോഗത്തിൽ പ്രത്യേകതയുള്ള ഒരു പുതിയ തരം സമുദ്ര ബാക്ടീരിയ. അന്തർദേശീയത. ജെ. സിസ്റ്റം. പരിണാമം. സൂക്ഷ്മജീവി. 54, 141–148 (2004).
വാങ്, വൈ., യു, എം., ലിയു, വൈ., യാങ്, എക്സ്. & ഷാങ്, എക്സ്എച്ച് ബാക്ടീരിയോപ്ലാനോയിഡ്സ് പസിഫിക്കം ജെൻ. നവംബർ, sp. നവംബറിൽ, ദക്ഷിണ പസഫിക്കിൽ ഒഴുകുന്ന സമുദ്രജലത്തിൽ നിന്ന് ഇത് വേർപിരിഞ്ഞു. അന്തർദേശീയത. ജെ. സിസ്റ്റം. പരിണാമം. സൂക്ഷ്മജീവി. 66, 5010–5015 (2016).