Английн Ноттингемшир дэх үхрийн аргалын цөөрмөөс Грам сөрөг, аэробик, давсанд тэсвэртэй, идэвхтэй, саваа хэлбэртэй, махчин амьтан болох шинэ төрлийн ASxL5T бактерийг ялган авч Кампилобактерийг олз болгожээ. Үүний дараа Campylobacter-ийн бусад зүйл, Enterobacteriaceae гэр бүлийн гишүүд олз болох нь тогтоогдсон. Эзэмшигч эсгүй дэд өсгөвөрлөсний дараа Тархины зүрхний дусаах агар дээр сул асептик өсөлт ажиглагдсан. Өсөлтийн оновчтой нөхцөл нь 37 ° C, рН нь 7. Дамжуулах электрон микроскоп нь олзны олдоцтой холбоотой маш ер бусын морфологийн шинж чанаруудыг илрүүлсэн. 16S рРНХ генийн дарааллыг ашиглан филогенетикийн шинжилгээ хийхдээ уг тусгаарлалт нь Marine Spirulina гэр бүлийн гишүүнтэй холбоотой болохыг харуулсан боловч мэдэгдэж буй аливаа төрлийн генийн гишүүн гэж тодорхой ангилах боломжгүй юм. ASxL5T-ийн бүх геномын дараалал нь далайн спирохетын гишүүдтэй холбоотой болохыг баталсан. Мэдээллийн сангаас хайлт хийхэд хэд хэдэн ASxL5T нь далай, газрын гадаргуу, гүний усны хэд хэдэн соёлгүй бактеритай 16S рРНХ генийн дарааллыг хуваалцдаг болохыг тогтоожээ. ASxL5T омог нь шинэ төрөлд багтах шинэ төрөл зүйл болохыг бид санал болгож байна. Бид Venatorbacter cucullus gen нэрийг санал болгож байна. Арваннэгдүгээр сар, sp. Арваннэгдүгээр сард ASxL5T-ийг төрлийн омог болгон ашигласан.
Махчин бактери нь биосинтетик материал, энерги олж авахын тулд бусад амьд бактерийг агнаж, устгах чадвартай бактери юм. Энэ нь үхсэн бичил биетнээс шим тэжээлийг ерөнхийд нь нөхөн сэргээхээс өөр бөгөөд нян нь эзэнтэйгээ үхэлгүйгээр ойр дотно харилцаа үүсгэдэг паразитуудын харилцан үйлчлэлээс ялгаатай юм. Махчин нянгууд нь өөр өөр амьдралын мөчлөгийг өөрчилсөн байдаг. Эдгээр нь зөвхөн өвөрмөц ариутгалын амьдралын мөчлөгөөр холбогддог ангилал зүйн хувьд олон янзын бүлэг юм. Махчин нянгийн жишээг хэд хэдэн өөр өөр бүлгээс олдсон бөгөөд үүнд: Proteobacteria, Bacteroides, болон Chlorella.3. Гэсэн хэдий ч хамгийн сайн судлагдсан махчин бактери нь Bdellovibrio болон Bdellovibrio-ба төст организмууд (BALOs4) юм. Махчин бактери нь шинэ биологийн идэвхт нэгдлүүд болон бактерийн эсрэг бодисуудын ирээдүйтэй эх үүсвэр юм5.
Махчин бактери нь бичил биетний олон янз байдлыг сайжруулж, экосистемийн эрүүл мэнд, бүтээмж, тогтвортой байдалд эерэг нөлөө үзүүлдэг гэж үздэг6. Эдгээр эерэг шинж чанаруудыг үл харгалзан бактерийг өсгөвөрлөхөд хүндрэлтэй, тэдгээрийн амьдралын нарийн төвөгтэй мөчлөгийг ойлгохын тулд эсийн харилцан үйлчлэлийг анхааралтай ажиглах шаардлагатай байдаг тул шинэ махчин нянгийн талаар цөөн тооны судалгаа байдаг. Энэ мэдээллийг компьютерийн шинжилгээнээс олж авах нь тийм ч хялбар биш юм.
Нянгийн эсрэг тэсвэртэй байдал нэмэгдэж байгаа эрин үед бактериофаг, махчин бактерийг ашиглах зэрэг нянгийн эмгэг төрүүлэгчдийг онилох шинэ стратегийг судалж байна7,8. ASxL5T бактерийг 2019 онд Ноттингемшир дэх Ноттингемийн их сургуулийн Сүүний төвөөс цуглуулсан үхрийн аргалаас фаг тусгаарлах технологийг ашиглан тусгаарласан. Судалгааны зорилго нь биологийн хяналтын бодис болох боломжтой организмуудыг тусгаарлах явдал юм. Campylobacter hyointestinalis нь зоонозын эмгэг төрүүлэгч бөгөөд хүний ​​гэдэсний өвчинтэй холбоотой байдаг10. Энэ нь ийлдэст хаа сайгүй байдаг бөгөөд зорилтот хост болгон ашигладаг.
C. hyointestinalis-ийн зүлгэн дээр үүссэн товруу нь бактериофагийн үүсгэсэн товруутай төстэй болох нь ажиглагдсан тул үхрийн вазелинаас ASxL5T нянг тусгаарласан. Фаг тусгаарлах үйл явцын нэг хэсэг нь бактерийн эсийг устгах зориулалттай 0.2 μм шүүлтүүрээр шүүдэг тул энэ нь гэнэтийн олдвор юм. Товруунаас гаргаж авсан материалыг микроскопоор шалгахад жижиг грамм сөрөг муруй саваа хэлбэртэй бактери нь полигидроксибутират (PHB) хуримтлуулдаггүй болохыг тогтоожээ. Олзны эсээс хамааралгүй асептик өсгөвөр нь баялаг хатуу орчинд (тархины зүрхний дусаах агар (BHI), цусны агар (BA) гэх мэт) явагддаг бөгөөд өсөлт нь сул байна. Хүнд тарилгатай сайжруулсан дэд өсгөвөрлөсний дараа олж авдаг. Энэ нь микроаэробик (7% х/х хүчилтөрөгч) болон агаар мандлын хүчилтөрөгчийн нөхцөлд адил сайн ургадаг боловч агааргүй орчинд биш юм. 72 цагийн дараа колонийн диаметр нь маш бага, 2 мм хүрч, шаргал, тунгалаг, дугуй, гүдгэр, гялалзсан байв. ASxL5T-ийг шингэн орчинд найдвартай өсгөвөрлөх боломжгүй учир стандарт биохимийн шинжилгээнд саад учруулдаг бөгөөд энэ нь био хальс үүсэх цогц амьдралын мөчлөгт тулгуурладаг болохыг харуулж байна. Гэсэн хэдий ч хавтангийн түдгэлзүүлэлт нь ASxL5T нь аэробик, оксидаза, каталазын эерэг нөлөөтэй, 5% NaCl-ийг тэсвэрлэх чадвартай болохыг харуулсан. ASxL5T нь 10 мкг стрептомицинд тэсвэртэй боловч бусад бүх антибиотикт мэдрэмтгий байдаг. ASxL5T бактерийн эсийг TEM-ээр шалгасан (Зураг 1). BA дээр махчин эсгүйгээр ургасан үед ASxL5T эсүүд нь жижиг кампилобактер бөгөөд дундаж урт нь 1.63 мкм (± 0.4), 0.37 мкм (± 0.08) өргөн, нэг урт (5 мкм хүртэл) туйлтай. Бэлгийн туг. Ойролцоогоор эсийн 1.6% нь 0.2 μм-ээс бага өргөнтэй байгаа нь шүүлтүүр төхөөрөмжөөр дамжин өнгөрөх боломжийг олгоно. Зарим эсийн дээд хэсэгт хаалт (Латин cucullus) шиг ер бусын бүтцийн өргөтгөл ажиглагдсан (1D, E, G дахь сумыг харна уу). Энэ нь илүүдэл гаднах мембранаас бүрдэх мэт санагддаг бөгөөд энэ нь перплазмын бүрхүүлийн хэмжээ хурдан багассантай холбоотой байж болох бөгөөд гаднах мембран нь бүрэн бүтэн хэвээр байгаа бөгөөд "сул" дүр төрхийг харуулдаг. ASxL5T-ийг шим тэжээлгүй (PBS-д) 4°С-т удаан хугацаагаар өсгөвөрлүүлснээр ихэнх эсүүд (гэхдээ бүгд биш) коккийн морфологийг харуулсан (Зураг 1С). ASxL5T нь Campylobacter jejuni-тэй хамт олзоор 48 цагийн турш ургахад эсийн дундаж хэмжээ нь эзэнгүй ургасан эсүүдээс хамаагүй урт бөгөөд нарийхан байдаг (Хүснэгт 1 ба Зураг 1E). Үүний эсрэгээр, ASxL5T нь E. coli-тэй хамт 48 цагийн турш олзлогдон ургах үед эсийн дундаж хэмжээ нь олзгүй ургах үеийнхээс урт, өргөн байдаг (Хүснэгт 1), эсийн урт нь хувьсах бөгөөд ихэвчлэн судалтай харагдана (Зураг 1F). Campylobacter jejuni эсвэл E. coli-ийг олз болгон 48 цагийн турш өсгөвөрлөхөд ASxL5T эсүүд нь ямар ч фгелла илрээгүй. Хүснэгт 1-д ASxL5T-ийн оршихуй, байхгүй, олзны төрлөөс хамааран эсийн хэмжээ өөрчлөгдсөний ажиглалтыг нэгтгэн харуулав.
ASx5LT-ийн TEM дэлгэц: (A) ASx5LT урт ташуурыг харуулж байна; (B) ердийн ASx5LT зай; (C) шим тэжээлгүй удаан инкубацийн дараа кокк ASx5LT эсүүд; (D) бүлэг ASx5LT эсүүд хэвийн бус байгааг харуулж байна (E) Campylobacter олзоор өсгөвөрлөсөн ASx5LT эсийн бүлэг нь олзны өсөлтгүй хүмүүстэй харьцуулахад эсийн урт нэмэгдсэн (D) мөн оройн бүтцийг харуулсан; (F) Их хэмжээний судалтай туг, ASx5LT эсүүд, E. coli олзтой инкубацийн дараа; (G) E. coli-тай инкубацийн дараа нэг ASx5LT эс, дээд талын ер бусын бүтэцтэй. Бар нь 1 мкм-ийг илэрхийлнэ.
16S rRNA генийн дарааллыг (нэвтрэх дугаар MT636545.1) тодорхойлох нь гаммапротеобактерийн ангиллынхтай төстэй дарааллыг тогтоох мэдээллийн сангаас хайлт хийх боломжийг олгодог бөгөөд далайн спириллумын гэр бүлийн далайн бактеритай хамгийн ойр байдаг (Зураг 2) ба Thalassolituus овгийн гишүүд. Marine Bacillus-ийн хамгийн ойрын хамаатан. 16S рРНХ генийн дараалал нь Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) овгийн махчин бактериас илт ялгаатай. B. bacteriovorus HD100T (төрөл омог, DSM 50701) болон B. bacteriovorus DM11A-ийн хосолсон харьцуулалт 48.4% ба 47.7%, B. exovorus JSS-ийн хувьд 46.7% байна. ASxL5T бактери нь 16S rRNA генийн 3 хуулбартай бөгөөд тэдгээрийн хоёр нь хоорондоо ижил, гурав дахь нь 3 суурьтай байдаг. Морфологи, фенотипийн шинж чанар нь ижил байрлалаас ижил төстэй хоёр махчин бактерийн тусгаарлалт (ASx5S ба ASx5O; 16S rRNA генийн нэгдлийн дугаар нь MT636546.1 ба MT636547.1 тус тус) нь ижил биш боловч тэдгээр нь ASxL5T ба таримал бус бактериас ялгаатай. өгөгдлийн сангийн дарааллыг бусадтай хамт нэгтгэдэг Oceanospirillaceae дахь төрөл (Зураг 2). ASxL5T-ийн геномын дарааллыг бүхэлд нь тодорхойлж, NCBI мэдээллийн санд хадгалсан бөгөөд элсэлтийн дугаар нь CP046056 юм. ASxL5T-ийн геном нь G+C харьцаа 56.1%, 2,831,152 bp дугуй хромосомоос бүрдэнэ. Геномын дараалал нь 2653 CDS (нийт) агуулдаг бөгөөд үүнээс 2567 нь уургийг кодлодог гэж таамаглаж байгаа бөгөөд үүнээс 1596 нь таамаглалын функцээр (60.2%) хуваарилагдаж болно. Геном нь РНХ кодлогч 67 ген, үүнд 9 рРНХ (5S, 16S, 23S тус бүр 3) ба 57 тРНХ агуулдаг. ASxL5T-ийн геномын шинж чанарыг 16S rRNA генийн дарааллаас тодорхойлсон хамгийн ойрын харьцангуй төрлийн омгийн геномуудтай харьцуулсан (Хүснэгт 2). Бүх боломжтой Thalassolituus геномуудыг ASxL5T-тэй харьцуулахын тулд амин хүчлийн таних (AAI) ашиглана уу. AAI-ийн тодорхойлсон хамгийн ойр (бүрэн бус) геномын дараалал бол Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 нэмнэ). Энэ омог Мариана шуудууны далайн гүний хурдасаас тусгаарлагдсан боловч одоогоор харьцуулах зорилгоор энэ омгийн талаар фенотипийн мэдээлэл байхгүй байна. ASxL5T-ийн 2.82 Mb-тай харьцуулахад организмын геном нь 4.36 Mb буюу илүү том байна. Далайн спирохетын геномын дундаж хэмжээ нь ойролцоогоор 4.16 Мб (± 1.1; n = 92 иж бүрэн лавлагаа геномыг https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly сайтаас судалсан) байдаг тул ASxL5T-ийн геном нь захиалга бусад гишүүдтэй харьцуулахад нэлээд бага. GToTree 1.5.54-ийг ашиглан гаммапротеобактери 11,12,13,14,15,16-д хамаарах 172 нэг хуулбар генийн зэрэгцүүлсэн болон холбогдсон амин хүчлийн дарааллыг ашиглан геномд суурилсан тооцоолсон хамгийн их магадлалтай филогенетик модыг (Зураг 3А) үүсгэнэ үү. 17, 18. Шинжилгээгээр энэ нь Thalassolituus, бактерийн хавтгай, далайн нянтай нягт холбоотой болохыг харуулсан. Гэсэн хэдий ч эдгээр өгөгдөл нь ASxL5T нь далайн спирулина дахь хамаатан саднаасаа ялгаатай бөгөөд геномын дарааллын мэдээлэл байгаа гэдгийг харуулж байна.
16S rRNA генийн дарааллыг ашигласан филогенетик мод нь Далайн Spirulinaceae-ийн тариалангүй болон далайн нянгийн омогтой харьцуулахад ASxL5T, ASxO5, ASxS5 омгийн (гэдэсний хамт) байрлалыг онцлон харуулж байна. Genbank элсэлтийн дугаар нь омгийн нэрийг хаалтанд оруулсан болно. ClustalW ашиглан дарааллыг тэгшитгэж, филогенетик хамаарлыг гаргахын тулд хамгийн их магадлалын арга болон Тамура-Ней загварыг ашиглан MEGA X программд 1000 удирдамжтай хуулбарыг гүйцэтгэнэ. Салбар дээрх тоо нь чиглүүлсэн хуулбарын утга 50% -иас их байгааг харуулж байна. Escherichia coli U/541T-ийг гадуур бүлэг болгон ашигласан.
(A) Далайн Spirospiraceae бактери ASxL5T болон түүний ойрын төрөл болох E. coli U 5/41T хоорондын хамаарлыг гадна бүлэг болгон харуулсан геном дээр суурилсан филогенетик мод. (B) T. oleivorans MIL-1T-тэй харьцуулахад генийн функциональ ангиллын тархалтыг ASx5LT уургийн ortologous бүлгийн (COG) кластерт үндэслэн таамаглаж байна. Зүүн талд байгаа зураг нь геном бүрийн функциональ COG ангилал тус бүрийн генийн тоог харуулж байна. Баруун талд байгаа график нь COG функциональ бүлэг тус бүрт агуулагдах геномын хувийг харуулж байна. (C) T. oleiverans MIL-1T-тэй харьцуулбал ASxL5T-ийн бүрэн KEGG (Киото нэвтэрхий толь бичиг, ген ба геном)-ийн модуль замын шинжилгээ.
KEGG мэдээллийн санг ашиглан ASxL5T геномд агуулагдах бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн генийг судлах нь аэробик гамма Proteus-ийн ердийн бодисын солилцооны замыг илрүүлсэн. ASxL5T нь нянгийн моторт уурагуудад хуваарилагдсан нийт 75 генийг агуулдаг бөгөөд үүнд химотаксис, тугны угсралт, IV төрлийн фимбриа системд оролцдог генүүд багтдаг. Сүүлчийн ангилалд 10 генийн 9 нь бусад олон организмын зангирах хөдөлгөөнийг хариуцдаг. ASxL5T-ийн геном нь галофилийн хүлээгдэж байгаачлан осмосын стрессээс хамгаалах хариу үйлдэл үзүүлэхэд оролцдог тетрагидропиримидины биосинтетик иж бүрэн замыг агуулдаг20. Геном нь рибофлавины нийлэгжилтийн зам зэрэг кофакторууд болон витаминуудын олон бүрэн замыг агуулдаг. Хэдийгээр ASxL5T-д алкан 1-моноксигеназа (alkB2) ген байдаг ч нүүрсустөрөгчийн ашиглалтын зам бүрэн биш байна. ASxL5T-ийн геномын дараалалд T. oleiverans MIL-1T21-ийн нүүрсустөрөгчийн задралыг голчлон хариуцдаг генийн гомологууд, тухайлбал TOL_2658 (alkB) болон TOL_2772 (архи дегидрогеназа) байхгүй нь тодорхой. Зураг 3В нь ASxL5T болон Оливийн тос MIL-1T хоёрын COG ангилал дахь генийн тархалтын харьцуулалтыг харуулав. Ерөнхийдөө жижиг ASxL5T геном нь том холбоотой геномтой харьцуулахад COG ангилал тус бүрээс харьцангуй цөөн ген агуулдаг. Функциональ ангилал тус бүрийн генийн тоог геномын хувиар илэрхийлбэл ASxL5T-ийн томоохон хэсгийг бүрдүүлдэг орчуулга, рибосомын бүтэц, биогенезийн категори, энерги үйлдвэрлэх, хувиргах функцийн ангилал дахь генийн хувь хэмжээгээр ялгааг тэмдэглэнэ. геном Энэ хувийг T. oleiverans MIL-1T геномд байгаа ижил бүлэгтэй харьцуулсан. Үүний эсрэгээр, ASxL5T геномтой харьцуулахад T. oleivorans MIL-1T нь репликаци, рекомбинац, засвар, транскрипцийн ангилалд генийн хувь өндөртэй байдаг. Сонирхолтой нь, хоёр геномын функциональ ангилал бүрийн агуулгын хамгийн том ялгаа нь ASxL5T-д байгаа үл мэдэгдэх генүүдийн тоо юм (Зураг 3B). KEGG модулиудын баяжуулалтын шинжилгээг хийсэн бөгөөд KEGG модул бүр нь геномын дарааллын өгөгдлийн тайлбар болон биологийн тайлбарт зориулж гараар тодорхойлсон функциональ нэгжийн багцыг төлөөлдөг. ASxL5T ба чидун MIL-1T-ийн KOG модулийн бүрэн зам дахь генийн тархалтын харьцуулалтыг Зураг 3C-д үзүүлэв. Энэхүү шинжилгээнээс харахад ASxL5T нь хүхэр, азотын солилцооны бүрэн замтай байдаг ч T. oleiverans MIL-1T байдаггүй. Үүний эсрэгээр, T. oleiverans MIL-1T нь цистеин ба метионины солилцооны бүрэн замтай боловч ASxL5T-д бүрэн бус байдаг. Тиймээс ASxL5T нь сульфатыг шингээх онцлог шинж чанартай модультай (бодисын солилцооны чадавхи, эмгэг төрүүлэгч гэх мэт фенотипийн маркер болгон ашиглаж болох генийн багц гэж тодорхойлсон; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T-д oleiverans MIL-1T. ASxL5T-ийн генийн агуулгыг махчин амьтдын амьдралын хэв маягийг илтгэдэг генийн жагсаалттай харьцуулах нь тодорхойгүй байна. Хэдийгээр ASxL5T геномд O антиген полисахаридтай холбоотой лигазыг кодлодог waaL ген байдаг ч (гэхдээ энэ нь олон грамм сөрөг бактериудад түгээмэл байдаг) триптофан 2,3-диоксигеназа (TDO) генүүд нь 60 аминыг агуулж болно. ихэвчлэн байдаггүй махчин бактериудад байдаг хүчиллэг бүсүүд. ASxL5T геномд өөр махчин шинж чанартай генүүд, түүний дотор мевалонатын зам дахь изопреноид биосинтезд оролцдог кодлогч ферментүүд байдаггүй. Шалгаж буй махчин амьтдын бүлэгт транскрипцийн зохицуулалтын ген gntR байхгүй боловч ASxL5T-д гурван gntR төстэй генийг тодорхойлж болохыг анхаарна уу.
ASxL5T-ийн фенотип шинж чанарыг 3-р хүснэгтэд нэгтгэн дүгнэж, уран зохиолд мэдээлэгдсэн холбогдох 23, 24, 25, 26, 27-р төрлийн фенотип шинж чанаруудтай харьцуулсан болно. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, Oceanobacter kriegii-ийн тусгаарлалтууд нь идэвхтэй, давсанд тэсвэртэй, оксидаза эерэг саваа хэлбэртэй биетүүд боловч ASxL5T-тэй өөр фенотип шинж чанар бараг байхгүй. Далайн дундаж рН нь 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) бөгөөд энэ нь T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, O-д тусгагдсан байдаг. криэгий. ASxL5T нь далайн бус төрөл зүйлийн рН-ийн илүү том мужид (4-9) тохиромжтой. Thalassolituus sp-ийн фенотип шинж чанар. C2-1. Тодорхойгүй. ASxL5T-ийн өсөлтийн температурын хүрээ нь далайн омгийнхоос (4-42 °C) илүү өргөн байдаг ч T. marinus-ийн бүх тусгаарлалт нь халуунд тэсвэртэй байдаг. Шөл орчинд ASxL5T ургуулах чадваргүй болсон нь цаашдын фенотип шинж чанарыг тодорхойлохоос сэргийлсэн. API 20E ашиглан BA хавтан, ONPG, аргинин дигидролаза, лизин декарбоксилаза, орнитин декарбоксилаза, цитрат ашиглалт, уреаза, триптофан деаминаза, желатин гидролизийн ферментээс хуссан материалыг туршиж үзэхэд шинжилгээний хариу бүгд сөрөг байсан ч индол, H2Aceto байхгүй байна. үйлдвэрлэсэн. Исгээгүй нүүрс ус нь глюкоз, манноз, инозитол, сорбитол, рамноз, сахароз, мелибиоз, амигдалин, арабиноз зэрэг орно. Нийтлэгдсэн холбогдох лавлагаа омгуудтай харьцуулахад ASxL5T омгийн эсийн өөхний хүчлийн профайлыг Хүснэгт 4-т үзүүлэв. Гол эсийн өөх тосны хүчлүүд нь C16:1ω6c ба/эсвэл C16:1ω7c, C16:0 ба C18:1ω9 юм. Гидрокси тосны хүчил C12:0 3-OH ба C10:0 3-OH бас байдаг. ASxL5T-д C16:0-ийн харьцаа нь холбогдох төрлийн мэдээлсэн утгаас өндөр байна. Үүний эсрэгээр, мэдээлэгдсэн T. marinus IMCC1826TT-тай харьцуулахад ASxL5T дахь C18:1ω7c ба/эсвэл C18:1ω6c-ийн харьцаа буурсан байна. oleivorans MIL-1T болон O. kriegii DSM 6294T, гэхдээ B. sanyensis KCTC 32220T-д илрээгүй. ASxL5T ба ASxLS-ийн өөх тосны хүчлийн профайлыг харьцуулах нь хоёр омгийн хоорондох өөх тосны хүчлүүдийн нарийн ялгааг илрүүлсэн бөгөөд энэ нь ижил зүйлийн геномын ДНХ-ийн дараалалтай нийцдэг. Суданы хар туршилтыг ашиглан поли-3-гидроксибутират (PHB) тоосонцор илрээгүй.
Олзны хүрээг тодорхойлохын тулд ASxL5T бактерийн идэш тэжээлийн идэвхийг судалсан. Энэ бактери нь Campylobacter төрлийн товруу үүсгэж болно, үүнд: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ба C. upsaliensis NCTC 11541T. Грам-сөрөг ба Грам-эерэг бактерийг илүү өргөн хүрээг шалгахын тулд аргын хостын хүрээг тодорхойлох хэсэгт жагсаасан өсгөвөрийг ашиглана. Үр дүн нь ASxL5T-ийг Escherichia coli NCTC 86 болон Citrobacter freundii NCTC 9750T-д мөн хэрэглэж болохыг харуулж байна. Klebsiella oxytoca 11466 дээр үүссэн товруу. E. coli NCTC 86-тай TEM-ийн харилцан үйлчлэлийг Зураг 4A-D, Campylobacter jejuni PT14 болон Campylobacter suis S12-тай харилцан үйлчлэлийг Зураг 4E-H дунд хэсэгт үзүүлэв. Довтолгооны механизм нь туршилтанд хамрагдсан олзны төрлүүдийн хооронд ялгаатай байх шиг байна, нэг буюу хэд хэдэн E. coli эсүүд ASxL5T эс бүрт наалдаж, шингээлтийн өмнө сунгасан эсийн дагуу хажуу тийшээ байрладаг. Үүний эсрэгээр, ASxL5T нь голдуу махчин амьтны эсийн оройд хүрч, Campylobacter эсийн оройд ойртсон нэг цэгээр дамжин Campylobacter-тэй холбогддог (Зураг 4H).
ASx5LT болон олзны хоорондох харилцан үйлчлэлийг харуулсан TEM: (AD) болон E. coli олз; (EH) болон C. jejuni олз. (A) Нэг E. coli (EC) эстэй холбогдсон ердийн ASx5LT эс; (B) Ганц EC эсэд хавсаргасан утаслаг ASx5LT; (C) Олон тооны EC эсүүдтэй холбогдсон судалтай ASx5LT эс; (D) Нэг E. coli (EC) эс дээрх жижиг ASx5LT эсүүд хавсаргах; (E) Campylobacter jejuni (CJ) эстэй холбогдсон нэг ASx5LT эс; (F) ASx5LT нь C. hyointestinalis (CH) эсүүдэд халддаг; (G) хоёр Нэг ASx5LT эс CJ эс рүү дайрсан; (H) CJ эсийн оройн ойролцоох ASx5LT бэхэлгээний цэгийг ойроос харах (бар 0.2 мкм). Бар нь 1 μм-ийг (A–G) илэрхийлнэ.
Махчин бактерууд олзны арвин их нөөцийг ашиглахын тулд хөгжиж ирсэн. Мэдээжийн хэрэг, тэдгээр нь янз бүрийн орчинд өргөн тархсан байдаг. Популяцийн гишүүдийн тоо нарийхан тул фаг ялгах аргыг ашиглан зутангаас ASxL5T бактерийг тусгаарлах боломжтой. ASxL5T-ийн далайн бактерийн oceanospirillaceae гэр бүлийн гишүүдийн геномын хамаарал нь гайхалтай боловч организм нь давсанд тэсвэртэй бөгөөд 5% давс агуулсан орчинд ургаж чаддаг. Энэ зутан дахь усны чанарын шинжилгээгээр натрийн хлоридын агууламж 0.1%-иас бага байна. Тиймээс шавар нь газарзүйн болон химийн хувьд далайн орчноос хол байдаг. Нэг эх сурвалжаас өөр хоорондоо холбоотой боловч өөр гурван тусгаарлалт байгаа нь эдгээр махчин амьтад далайн бус орчинд цэцэглэн хөгжиж байгааг нотолж байна. Нэмж дурдахад микробиомын шинжилгээ (өгөгдлийн файлуудыг https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 сайтаас авах боломжтой) нь ижил 16S рРНХ генийн дараалал нь хамгийн элбэг байдаг 50 үйлдлийн таксонд (OTU) багтдаг болохыг харуулсан. ) Шаврын дээж авах хэд хэдэн интервалд. Genbank мэдээллийн сангаас ASxL5T бактеритай төстэй 16S рРНХ генийн дараалалтай хэд хэдэн соёлгүй бактери олдсон. Эдгээр дараалал нь ASxL5T, ASxS5, ASxO5-ийн дараалалтай хамт Thalassolituus болон Oceanobacter-ээс тусгаарлагдсан өөр өөр бүлгүүдийг төлөөлдөг бололтой (Зураг 2). 2009 онд Өмнөд Африкийн алтны уурхайн 1.3 километрийн гүн дэх хагарлын уснаас гурван төрлийн соёлгүй бактери (GQ921362, GQ921357, GQ921396), нөгөө хоёр нь (DQ256320 ба DQ337) Өмнөд Африкийн гүний уснаас (Өмнөд Африкт) ялгарсан. in 2005). ASxL5T-тэй хамгийн ойр холбоотой 16S rRNA генийн дараалал нь 2006 онд Францын хойд хэсгийн далайн эргээс олж авсан элсэрхэг хурдсыг баяжуулах өсгөвөрөөс олж авсан 16S rRNA генийн дарааллын нэг хэсэг юм (нэвтрэх дугаар AM29240828). Соёлжуулаагүй HQ183822.1 нянгийн өөр нэг нягт холбоотой 16S рРНХ генийн дарааллыг Хятадын хотын хогийн цэгээс уусган цуглуулах савнаас гаргаж авсан. Мэдээжийн хэрэг, ASxL5T бактери нь ангилал зүйн мэдээллийн санд тийм ч өндөр төлөөлөлтэй байдаггүй боловч соёлгүй бактерийн эдгээр дараалал нь дэлхий даяар тархсан ASxL5T-тэй төстэй организмуудыг төлөөлөх магадлалтай бөгөөд ихэвчлэн хэцүү орчинд байдаг. Бүх геномын филогенетикийн шинжилгээнээс ASxL5T-тэй хамгийн ойрын хамаатан садан нь Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Мөн O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus нь далайн болон хуурай газрын орчинд өргөн тархсан, нүүрсустөрөгчийн бохирдлын дараа гол төлөв давамгайлсан далайн үүрэг бүхий нүүрсустөрөгчийн задралын бактери (OHCB)-ийн гишүүн юм30,31. Далайн бактери нь OHCB бүлгийн гишүүн биш боловч далайн орчноос тусгаарлагдсан байдаг.
Фенотипийн тоо баримтаас харахад ASxL5T нь шинэ зүйл бөгөөд далайн spirospiraceae овгийн өмнө нь танигдаагүй овгийн гишүүн болохыг харуулж байна. Шинээр тусгаарлагдсан омгийг шинэ төрөлд ангилах тодорхой стандарт одоогоор байхгүй байна. Бүх нийтийн генийн хил хязгаарыг тодорхойлох оролдлого хийсэн, жишээлбэл, консерватив уургийн (POCP) геномын хувь дээр үндэслэн захын утгыг лавлагаа омогтой 50% ижил байхыг зөвлөж байна33. Бусад нь AAI утгуудыг ашиглахыг санал болгож байна, учир нь тэдгээрийг бүрэн бус геномоос авах боломжтой тул POCP-ээс давуу талтай34. Зохиогчийн үзэж байгаагаар AAI-ийн утга нь загвар зүйлийн загвар омогтой харьцуулахад 74% -иас бага байвал омог нь өөр генийн төлөөлөгч болно. Далайн spirillaceae-ийн загвар төрөл нь далайн spirillum, загвар омог нь O. linum ATCC 11336T юм. ASxL5T болон O. linum ATCC 11336T-ийн хоорондох AAI утга 54.34%, ASxL5T ба T. oleivorans MIL-1T (төрөл төрлийн омгууд)-ын хоорондох AAI утга 67.61% байгаа нь ASxL5T нь Thalassolitu-ээс өөр шинэ овгийг төлөөлж байгааг харуулж байна. Ангиллын стандарт болгон 16S rRNA генийн дарааллыг ашигласнаар генийн хязгаарлах зааг 94.5%35 байна. ASxL5T-ийг Thalassolituus төрөлд байрлуулж болох ба T. oleivorans MIL-1T-тэй 95.03% 16S рРНХ-ийн дараалал, 96.17% ижил байгааг харуулж байна. marinus IMCC1826T. Гэсэн хэдий ч үүнийг B. sanyensis NV9-тэй 94.64% 16S rRNA гентэй Bacteroides төрөлд байрлуулах бөгөөд энэ нь 16S rRNA ген гэх мэт нэг генийг ашиглах нь дур зоргоороо ангилж, хуваарилахад хүргэдэг болохыг харуулж байна. Санал болгож буй өөр нэг арга нь одоо байгаа генийн бүх төрлийн болон төрлийн бус омгийн өгөгдлийн цэгүүдийн кластерийг шалгахын тулд ANI болон Genome Alignment Score (AF) ашигладаг. Зохиогч нь төрөл зүйлийн хил хязгаарыг шинжилж буй таксонд хамаарах тооцоолсон овгийн гулзайлтын цэгтэй хослуулахыг зөвлөж байна. Харин Thalassolituus-ийн тусгаарлалтаас геномын бүрэн дараалал хангалттай байхгүй бол ASxL5T нь Thalassolituus төрөлд хамаарах эсэхийг энэ аргаар тодорхойлох боломжгүй юм. Шинжилгээнд геномын бүрэн дарааллыг ашиглах боломж хязгаарлагдмал тул геномын филогенетикийн модыг бүхэлд нь болгоомжтой тайлбарлах хэрэгтэй. Хоёрдугаарт, геномыг бүхэлд нь харьцуулах аргууд нь харьцуулсан геномын хэмжээн дэх мэдэгдэхүйц ялгааг харгалзан үзэх боломжгүй юм. Тэд холбогдох генийн хооронд хадгалагдсан үндсэн нэг хуулбар генүүдийн ижил төстэй байдлыг хэмжсэн боловч ASxL5T-ийн хамаагүй бага геномд байдаггүй олон тооны генийг тооцоогүй. Мэдээжийн хэрэг, ASxL5T болон Thalassolituus, Oceanobacter, Bacterioplanes зэрэг бүлгүүд нийтлэг өвөг дээдэстэй боловч хувьсал нь өөр замаар явж, геномыг багасгахад хүргэсэн бөгөөд энэ нь махчин амьдралын хэв маягт дасан зохицож магадгүй юм. Энэ нь T. oleivorans MIL-1T-ээс ялгаатай бөгөөд 28%-иар том бөгөөд хүрээлэн буй орчны янз бүрийн дарамтын нөлөөн дор нүүрсустөрөгчийг ашиглахын тулд хөгжсөн байна23,30. Rickettsia, Chlamydia, Buchnera зэрэг зайлшгүй шаардлагатай эсийн доторх шимэгч ба симбионтуудтай сонирхолтой харьцуулалт хийж болно. Тэдний геномын хэмжээ ойролцоогоор 1 Mb байна. Эзэмшигч эсийн метаболитыг ашиглах чадвар нь генийн алдагдалд хүргэдэг тул хувьслын геномын задралд ихээхэн өртсөн. Далайн химийн шим тэжээлт организмаас махчин амьтдын амьдралын хэв маяг хүртэлх хувьслын өөрчлөлт нь геномын хэмжээ ижил хэмжээгээр буурахад хүргэж болзошгүй юм. COG болон KEGG шинжилгээ нь тодорхой функцэд ашиглагддаг генийн тоо болон ASxL5T болон T. oleivorans MIL-1T-ийн хоорондох геномын замын дэлхийн ялгааг онцлон харуулсан бөгөөд энэ нь хөдөлгөөнт генетикийн элементүүд өргөн тархсантай холбоотой биш юм. ASxL5T-ийн бүх геномын G+C харьцааны зөрүү 56.1%, T. oleivorans MIL-1T-ийнх 46.6% байгаа нь мөн тусгаарлагдсан болохыг харуулж байна.
ASxL5T геномын кодлох агуулгыг судлах нь фенотип шинж чанаруудын талаархи функциональ ойлголтыг өгдөг. IV төрлийн fimbriae (Tfp)-ийг кодлодог генүүд гадаргуу дээр туггүй, нийгмийн гулсалт эсвэл таталт гэж нэрлэгддэг эсийн хөдөлгөөнийг дэмждэг тул онцгой анхаарал татдаг. Мэдээллийн дагуу Tfp нь махчин амьтан, эмгэг жам, био хальс үүсгэх, байгалийн ДНХ-ийн шингээлт, эсийн автомат нэгдэл, хөгжил гэх мэт бусад үүргийг гүйцэтгэдэг38. ASxL5T геном нь дигуанилат циклаза (2 гуанозин трифосфатыг гуанозин 2 фосфат болон циклийн diGMP болгон хувиргах фермент) кодлодог 18 ген ба харгалзах дигуанилат циклазийг кодлодог 6 генийг агуулдаг. Эстеразагийн ген (цикл ди-GMP-ийг гуанозин монофосфат болгон задалдаг) нь сонирхолтой юм, учир нь цикл-ди-GMP нь био хальсыг хөгжүүлэх, салгах, хөдөлгөөн, эсийн хавсралт, хоруу чанар 39, 40 зэрэгт оролцдог чухал хоёр дахь элч юм. Мөн Bdellovibrio bacteriovorus-д мөчлөгийн давхар GMP нь чөлөөт амьдрал ба махчин амьтдын амьдралын хэв маягийн хоорондох шилжилтийг хянадаг болохыг тэмдэглэх нь зүйтэй41.
Махчин нянгийн талаархи ихэнх судалгаанууд нь Bdellovibrio, Bdellovibrio төст организмууд болон Myxococcus төрөл зүйлүүдэд төвлөрдөг. Эдгээр болон махчин нянгийн бусад мэдэгдэж буй жишээнүүд нь янз бүрийн бүлгийг бүрдүүлдэг. Ийм олон янз байдлыг үл харгалзан мэдэгдэж байгаа 11 махчин бактерийн фенотипийг тусгасан уургийн гэр бүлийн багцыг тодорхойлсон байна3,22. Гэсэн хэдий ч зөвхөн O антиген лигазыг (waaL) кодлодог генийг тодорхойлсон бөгөөд энэ нь ялангуяа грам сөрөг бактериудад түгээмэл байдаг. Шинжилгээний энэ хэлбэр нь ASxL5T-ийг махчин амьтан гэж тодорхойлоход тус болохгүй, учир нь энэ нь довтолгооны шинэ стратеги ашигладаг. Илүү олон төрлийн махчин бактерийн геномууд байгаа нь бүлгийн гишүүдийн хоорондын үйл ажиллагааны болон хүрээлэн буй орчны ялгааг харгалзан үздэг нарийн нарийвчлалын шинжилгээг боловсруулахад тусална. Энэ шинжилгээнд ороогүй махчин нянгийн жишээнд Cupriavidus necator42 болон Bradymonabacteria43-ийн гишүүд багтана, учир нь судлаачид өөр өөр бичил биетний бүлгүүдийг судлах явцад илүү махчин таксон бий болдог.
TEM дүрсээр авсан ASxL5T бактерийн хамгийн онцлох шинж чанар нь түүний өвөрмөц уян хатан морфологи бөгөөд энэ нь олзны бактеритай харилцан үйлчлэлцэх боломжийг олгодог. Ажиглагдсан харилцан үйлчлэлийн төрөл нь бусад махчин бактериас ялгаатай бөгөөд урьд өмнө нь илрүүлж, мэдээлээгүй байна. Санал болгож буй ASxL5T махчин амьтдын амьдралын мөчлөгийг Зураг 5-д үзүүлэв. Бидний энд мэдээлсэн шиг оройн бүтэцтэй уран зохиолд цөөн хэдэн жишээ байдаг боловч эдгээр жишээнд Terasakiispira papahanaumokuakeensis, орой нь хааяа томордог далайн spirillum нян 44, Alphaproteobsakeria, Alphaproteobsakeria зэрэг орно. , өмнө нь уг төрөлд хамаарах Oceanospirillum, exhibiting "Туйлын хальс" гэж нэрлэгддэг 45. Коккийн хэлбэрүүд нь ихэвчлэн хуучны соёлуудад ажиглагддаг, ялангуяа Vibrio, Campylobacter, Helicobacter 46, 47, 48 зэрэг муруй хэлбэртэй бактериуд нь доройтсон төлөвийг илэрхийлж болно. ASxL5T бактерийн нарийн амьдралын мөчлөгийг тодруулахын тулд нэмэлт ажил хийх шаардлагатай байна. Энэ нь хэрхэн барьж, агнадаг, геном нь анагаах ухаан, биотехнологийн зориулалтаар ашиглаж болох биологийн идэвхт нэгдлүүдийг кодлодог эсэхийг тодорхойлох.
Venatorbacter gen-ийн тодорхойлолт. Арваннэгдүгээр сарын Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. нь L. n. venator,'hunter' болон Gr. n. bacter,'a саваа'-аас бүрддэг. Venatorbacter,'anting Rod'. Эсүүд нь аэробик, давсанд тэсвэртэй, муруй Грам толбо, дасгалын саваа, оксидазын идэвхжил эерэг байдаг. PHB нь 4-42 ° C-ийн температурт хуримтлагддаггүй. Далайн дунгийн хувьд рН-ийн хэмжээ нь ер бусын байдаг :1ω7c, C16:0 ба C18:1ω9 C12:0 3-OH ба C10:0 3-OH нь шөлтэй орчинд ургадаггүй. G+C-ийн агууламж 56.1 моль%. Энэ төрлийн филогенетик байрлал нь гэр бүлд байдаг.
Venatorbacter cucullus sp-ийн тодорхойлолт. Арваннэгдүгээр сар Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus нь ганга гэсэн утгатай).
Нэмж дурдахад, энэ овгийн шинж чанар нь BA эсвэл BHI дээр ургах үед эсүүд нь 1.63 мкм урт, 0.37 мкм өргөнтэй байдаг. BHI агар дээрх колони нь маш жижиг бөгөөд 72 цагийн дараа диаметр нь 2 мм хүрдэг. Тэдгээр нь шаргал, тунгалаг, дугуй, гүдгэр, гялалзсан байдаг. Энэ зүйлийн гишүүд Escherichia coli болон Klebsiella-г хэрэглэж болно. Campylobacter болон бусад хэд хэдэн грамм сөрөг бактери нь идэш тэжээл болдог.
ASxL5T-ийн ердийн омгийг Их Британийн Ноттингемшир дэх үхрийн сүүнээс тусгаарлаж, Үндэсний Соёлын цуглуулгад (Их Британи) хадгалсан: элсэлтийн дугаар NCTC 14397 ба Нидерландын бактерийн соёлын цуглуулга (NCCB) нэгдлийн дугаар NCCB 100775. геномын бүрэн дараалал ASxL5. -ийн дагуу Гэн банкинд байршуулсан байна CP046056.
ASxL5T бактерийг үхрийн сүүнээс фаг тусгаарлах технологи ашиглан тусгаарлав9,49. Булавчийг SM буферт (50 мМ Tris-HCl [рН 7.5], 0.1 М NaCl, 8 мМ MgSO4.7H2O ба 0.01% желатин; Сигма Олдрих, Гиллингхэм, Их Британи) 1:9 (w/v) харьцаагаар шингэлнэ. 4°С-т 24 цагийн турш, аажмаар эргүүлж ялгаруулна буфер руу махчин амьтад. Суспензийг 3 минутын турш 3000 г-т центрифуг хийсэн. Супернатантыг цуглуулж, 13,000 граммаар хоёр дахь удаагаа 5 минутын турш центрифуг хийв. Дараа нь дээд давхаргыг 0.45 μм мембран шүүлтүүр (Минисарт; Сарториус, Гёттинген, Герман) болон 0.2 μм мембран шүүлтүүрээр (Минисарт) дамжуулж, үлдсэн бактерийн эсийг устгасан. ASxL5T нь эдгээр шүүлтүүрийг дамжуулж чаддаг. Ижил зутангаас Campylobacter enterosus S12 (NCBI элсэлтийн дугаар CP040464) зөөлөн агар зүлгийг стандарт техник ашиглан бэлтгэсэн. Шүүгдсэн зутанг эдгээр эсийн ялтсууд дээр 10 мкл дусал хэлбэрээр гурав дахин тарааж, хатаана. Хавтанг микроаэробикийн нөхцөлд (5% O2, 5% H2, 10% CO2, 80% N2) 37 ° C температурт 48 цагийн турш микроаэрофилийн саванд өсгөвөрлөсөн. Олж авсан харагдахуйц товрууг SM буферт гаргаж аваад задарсан организмуудыг цаашид үржүүлэхийн тулд C. hyointestinalis S12-ийн шинэхэн зүлгэн дээр шилжүүлэв. Бактери нь фаг биш харин литик товрууны шалтгаан болохыг тогтоосны дараа тухайн организмыг эзэнээс хамааралгүйгээр өсгөж, цаашдын шинж чанарыг тодорхойлохыг хичээ. Аэробик өсгөвөрийг 37 ° C-т 5% v/v дефибринжүүлсэн адууны цусаар хийсэн (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplement). Үндэсний клиник стандартын хорооны удирдамжийн дагуу дискний тархалтын аргыг бактерийн эсрэг мэдрэмтгий байдлын сорилд ашигладаг. BHI агарыг аэробик өсгөвөрлөхөд дараах антибиотик (Oxoid) агуулсан дискийг ашиглан 37 ° C температурт өсгөвөрлөв: амоксициллин ба клавуланийн хүчил 30 мкг; цефотаксим 30 мкг; стрептомицин 10 мкг; ципрофлоксацин 5 мкг; Цефтазидим 30 мкг Налидиксины хүчил 30 мкг; Имипенем 10 мкг; Азитромицин 15 мкг; хлорамфеникол 30 мкг; цефокситин 30 мкг; тетрациклин 30 мкг; Нитрофурантоин 300 мкг; Азтреонам 30 мкг; ампициллин 10 мкг; Цефподоксим 10 мкг; триметоприм-сульфаметоксазол 25 мкг. Давсны тэсвэрлэх чадварыг BHI агар хавтан дээр 37 ° C температурт аэробикийн инкубацийн аргаар тогтоосон. BHI агарын ялтсуудад нэмэлт NaCl нэмсэн. рН-ийн хүрээг 37°C температурт BHI агар хавтан дээрх аэробик өсгөвөрлөх замаар тодорхойлох ба рН-ийн хүрээг ариутгасан HCl эсвэл ариутгасан NaOH-аар 4-9 хооронд тохируулж, хавтанг цутгахаас өмнө зорилтот рН-ийн утгыг баталгаажуулна. Өөх тосны хүчлийн эсийн шинжилгээнд ASxL5T-ийг BHI агар дээр 3 хоногийн турш өсгөвөрлөж, 37 ° C-т аэробикийн аргаар өсгөвөрлөсөн. FERA Science Ltd, (Йорк, Их Британи) компанийн MIDI (Sherlock Microbial Identification System, хувилбар 6.10) стандарт протоколын дагуу эсийн тосны хүчлийг гаргаж авч, бэлтгэж, шинжилсэн.
TEM-ийн хувьд ASxL5T-ийг 24 цагийн турш BA дээр 37 ° C-т жигд тарааж аэробикийн аргаар өсгөвөрлөж, дараа нь тасалгааны температурт 0.1 М какодилатын буферт 1 мл 3% (v/v) глутаральдегид болгон цуглуулж, 1 цагийн турш тогтоосны дараа центрифуг хийнэ. 10,000 граммаар 3 минутын турш. Дараа нь үрлэнг 600 мкл 0.1 М какодилатын буферт зөөлөн түрхэнэ. Тогтсон ASxL5T суспензийг 200 торон зэс торонд Formvar/нүүрстөрөгчийн хальс руу шилжүүлнэ. Бактерийг 0.5% (w/v) уранил ацетатаар 1 минутын турш будаж, TEI Tecnai G2 12 Biotwin микроскопоор TEM-д шинжлэв. Дээр дурьдсанчлан ижил тооны олз, махчин амьтдыг NZCYM шөлөнд (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) нэгтгэж, Campylobacter эсвэл Campylobacter-ийн микроаэробик нөхцөлд 37°C-т 48 цагийн турш өсгөвөрлөнө. Мөн TEM-д шалгалт хийсэн. Escherichia coli-ийн аэробик нөхцөл. Махчин ба махчин бактерийг бие даан судалж, махчин амьтдын улмаас эсийн хэлбэрт гарсан өөрчлөлтийг тогтооно. PHB хуримтлалын оптик микроскопод Суданы хар аргыг ашигласан.
ASxL5T өсгөвөрийг BHI эсвэл BA хавтан дээр ариутгасан арчдасаар түрхэж нэг шөнийн дотор ургуулна. ASxL5T эсийг цуглуулж, MRD (CM0733, Oxoid) -д түдгэлзүүлж, дараа нь эсийг өлсгөлөнд оруулахын тулд 7 хоногийн турш 4 ° C-т байрлуулна. NCTC-ийн лавлагаа буюу лабораторийн нянгийн өсгөвөрийг BHI шөл буюу №2 шим тэжээлийн шөл (CM007, Oxoid) -д тарьж, нэг шөнийн дотор өсгөвөрлөж, 13,000 г-т центрифуг хийж, OD600 0.4 болтол MRD-д дахин түдгэлзүүлэв. Соёл: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella NCTC 141 10817, Listeria Special бактери NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus шумбагч гамбургер NCTC 1621T, Salmonella moncillade NCTC747 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter-ийн эзэнийг BA хавтан дээр 37°C, 37°C температурт түдгэлзүүлсэн. Туршилтанд хамрагдсан Campylobacter хостууд нь: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC, C. jejuni, C. PT14, C... MRD-д эсүүдийг цуглуулж, 13,000г-т центрифуг хийж, OD600 0.4 болтол MRD-д дахин түдгэлзүүлнэ. 5 мл хайлсан NZCYM дээд агар (0.6% агар) дээр 0.5 мл суспензийн аликвот нэмээд 1.2% NZCYM-ийн доод хавтан дээр хийнэ. Хатаах, хатаасны дараа цуваа шингэлсэн ASxL5T-ийг зүлгэн дээрх хавтан бүр дээр 20 мкл дусал хэлбэрээр гурав дахин тараав. Өсгөвөрлөх температур ба уур амьсгал нь туршилтын бактерийн шаардлагаас хамаарна.
Бактерийн тусгаарлалтаас ДНХ бэлтгэхийн тулд GenElute™ бактерийн геномын ДНХ-ийн хэрэгсэл (Сигма Олдридж) ашиглана уу. Стандарт аргуудыг 16S rRNA генийн ПГУ-ын олшруулалт, бүтээгдэхүүний дарааллыг будгийн төгсгөлийн химийн аргаар тодорхойлоход ашигласан (Eurofins Value Read Service, Герман). BLAST-N программыг ашиглан эдгээр дарааллыг бусад 16S рРНХ генийн дараалалтай харьцуулан нягт холбоотой зүйлүүдийг тодорхойлж цуглуулна. Эдгээрийг MEGA X программд ClustalW ашиглан тохируулсан. Филогенетик модыг MEGA X ашиглан Тамура-Ней загварт суурилсан хамгийн их магадлалын аргыг ашиглан 1000 чиглүүлсэн хуулбараар сэргээн босгов54. PureLink™ Геномын ДНХ-ийн хэрэгсэл (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ашиглан бүхэл геномын дараалалд зориулж ДНХ-г гарган авна уу. ASxL5T-ийн геномын дарааллыг Illumina MiSeq хослолыг ашиглан тодорхойлсон бөгөөд энэ нь Nextera шошгоны иж бүрдэл ашиглан бэлтгэсэн номын сангаас бүрдэх 250 bp хоёр талт уншлага, PacBio платформоос 2-20 кб урт уншихаас бүрддэг. Сембиа их сургуулийн геномикийн ДНХ-ийн дараалал тогтоох судалгааны байгууламж. Геномыг CLC Genomics Workbench 12.0.3 ашиглан угсарсан (Qiagen, Aarhus, Дани). ASxL5T өсгөвөрийг Үндэсний төрлийн соёлын цуглуулга (Их Британи) болон Нидерландын бактерийн соёлын цуглуулгад (NCCB) хадгалдаг. Харьцуулахад ашигласан холбогдох организмын геномууд нь: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (нэвтрэх дугаар HF680312, бүрэн); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (нэвтрэх дугаар BMYY01000001, бүрэн бус); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (нэвтрэх дугаар NZ_AUGV00000000, бүрэн бус); Marinamonas нийгэмлэгийн DSM 5604T (ASM436330v1 нэмсэн, бүрэн бус), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 нэмсэн, бүрэн бус) болон Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 нэмэх, бүрэн бус). JGI Genome Portal36-г https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ашиглан тохируулгын оноо (AF) болон нуклейн хүчлийн дундаж үзүүлэлтийг (ANI) тодорхойлно. Хосоороо. Родригес-Р ба Константинидис55-ийн аргыг амин хүчлийн шинж чанарыг (AAI) тодорхойлоход ашигласан. GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18-г ашиглан хамгийн их магадлалтай филогенетик модыг үүсгэнэ үү. Боломжтой лавлагаа геномыг төлөөлөх оролтын геномыг 16S рРНХ филогенезийн ASxL5T-тай холбоотой гэж тодорхойлсон лавлагаа төрлөөс сонгоно. Амьдралын интерактив мод онлайн хэрэглүүрийг (https://itol.embl.de/) ашиглан модыг тэмдэглэв. ASxL5T геномын функциональ тайлбар, шинжилгээг BlastKOALA KEGG онлайн хэрэглүүрийг ашиглан KEGG (Киотогийн ген ба геномын нэвтэрхий толь) модулийн баяжуулалтын тархалтыг ашиглан хийдэг. COG ангиллын (ортологийн бүлгүүдийн) тархалтыг eggNOG-mapper онлайн хэрэгслийг ашиглан тодорхойлно.
Перез, Ж., Мораледа-Муноз, А., Маркос-Торрес, ФЖ болон Муноз-Дорадо, Ж. Бактерийн махчин: 75 жил, энэ нь үргэлжилсээр байна! . орчин. бичил биетэн. 18, 766–779 (2016).
Линарес-Отойа, Л. гэх мэт Перугийн эрэг дээрх махчин бактерийн олон янз байдал, бактерийн эсрэг чадавхи. Гуравдугаар сарын эм. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастернак, З. Тэдний генээр дамжуулан та тэдгээрийг ойлгох болно: махчин бактерийн геномын шинж чанарууд. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Сокетт, Р.Э. Бактериофаг Бделловибриогийн махчин амьдралын хэв маяг. суулгах. Пастор микробууд. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Махчин нянгийн антибиотик. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio болон ижил төстэй организмууд нь янз бүрийн хост популяцид микробиомын олон янз байдлыг урьдчилан таамагладаг. бичил биетэн. Экологи. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. and Balleste-Delpierre, C. Шинэ бактерийн эсрэг бодисуудын өнөөгийн байдлыг олж мэдээрэй. клиник. бичил биетэн. Халдварлах. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Хобли, Л. Фаг ба фагийн хос махчин нь E. coli-ийн олзыг нэг ч идэшгүйгээр устгаж чадна. J. Бактери. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Чөлөөт болон органик тахиа тэжээх мөчлөгийн үеэр тусгаарлагдсан кампилобактер ба бактериофагийн тоо, олон янз байдал. Хэрэглээний орчин. бичил биетэн. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA гэх мэт. Campylobacter гахайн геномын ангилал зүй, эпидемиологийг шинэчлэх. шинжлэх ухаан. Төлөөлөгч 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Ли, MD GToTree: Системийн геномикийн хувьд хэрэглэгчдэд ээлтэй ажлын урсгал. Биоинформатик 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: Цаг хугацаа, орон зайн нарийн төвөгтэй байдлыг багасгадаг олон дарааллаар тохируулах арга. BMC биологийн мэдээлэл. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Том хэмжээний филогенетик шинжилгээнд автоматаар тэгшлэх, шүргэх хэрэгсэл. Биоинформатик 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ген ба метагеномын дарааллын орчуулга сайтын таамаглалыг эхлүүлэх. Биоинформатик 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Хөндлөн платформ, үр ашигтай NCBI ангиллын хэрэгсэл. Bio Rxiv. (2021 оны 6-р сарын 1-нд хандсан); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-ойролцоогоор хамгийн их магадлалтай мод. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (2021 оны 6-р сарын 1-нд хандсан); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Киотогийн ген ба геномын нэвтэрхий толь бичиг. Нуклейн хүчлийн судалгаа. 28, 27-30 (2000).
Чех, Л. гэх мэт. Эктоин ба гидроксиэктоины экстремолитуудын стресс хамгаалагч, шим тэжээл болох үүрэг: генетик, системийн геномик, биохими, бүтцийн шинжилгээ. Ген (Базель). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA. Дунд болон урт гинжин хэлхээний алкануудын өсөлтийн явцад далайн нүүрсустөрөгчийг задлах үүрэг гүйцэтгэдэг Thalassolituus oleivorans MIL-1 бактерийн өсөлтийн үед уургийн ялгавартай илэрхийлэл. урд. бичил биетэн. 9, 3130 (2018).
Пастернак, З., Бен Сассон, Т., Коэн, Ю., Сегев, Е., Журкевич, Е. Фенотипийн өвөрмөц үзүүлэлтүүдийг тодорхойлох шинэ харьцуулсан геномикийн арга нь махчин бактерийн тэмдгийн өвөрмөц удамшлыг илрүүлдэг. Нийтийн шинжлэх ухааны номын сан Нэг. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якимов, ММ гэх мэт Thalassolituus oleivorans ген. Арваннэгдүгээр сар, sp. 11-р сард, нүүрсустөрөгчийн хэрэглээнд мэргэшсэн далайн шинэ төрлийн бактери. олон улсын байдал. J. Систем. хувьсал. бичил биетэн. 54, 141–148 (2004).
Ван, Ю., Ю, М., Лю, Ю., Ян, X. & Жан, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Арваннэгдүгээр сар, sp. 11-р сард Номхон далайн өмнөд хэсэгт эргэлдэж буй далайн уснаас салсан. олон улсын байдал. J. Систем. хувьсал. бичил биетэн. 66, 5010–5015 (2016).