Bakteria Gram-negatif, aerobik, tahan garam, aktif, berbentuk rod dan pemangsa ASxL5T baharu telah diasingkan daripada kolam tahi lembu di Nottinghamshire, England, dan menggunakan Campylobacter sebagai mangsanya. Selepas itu, spesies Campylobacter lain dan ahli keluarga Enterobacteriaceae ditemui sebagai mangsa. Selepas subkultur tanpa sel perumah, pertumbuhan aseptik yang lemah telah dicapai pada Agar Infus Jantung Otak. Keadaan pertumbuhan optimum ialah 37 °C dan pH ialah 7. Mikroskopi elektron penghantaran mendedahkan beberapa ciri morfologi yang sangat luar biasa berkaitan dengan ketersediaan mangsa. Analisis filogenetik menggunakan jujukan gen 16S rRNA menunjukkan bahawa pengasingan berkaitan dengan ahli keluarga Spirulina Marin, tetapi tidak boleh diklasifikasikan dengan jelas sebagai ahli mana-mana genus yang diketahui. Penjujukan genom keseluruhan ASxL5T mengesahkan hubungan dengan ahli spirochetes marin. Carian pangkalan data mendedahkan bahawa beberapa ASxL5T berkongsi urutan gen rRNA 16S dengan beberapa bakteria yang tidak dibiakkan dari lautan, permukaan tanah dan air bawah tanah. Kami mencadangkan bahawa strain ASxL5T mewakili spesies baru dalam genus baru. Kami mengesyorkan nama Venatorbacter cucullus gen. November, sp. Pada bulan November, ASxL5T digunakan sebagai strain jenis.
Bakteria pemangsa ialah bakteria yang mempamerkan keupayaan untuk memburu dan membunuh bakteria hidup lain untuk mendapatkan bahan dan tenaga biosintetik. Ini berbeza daripada pemulihan umum nutrien daripada mikroorganisma mati, dan ia juga berbeza daripada interaksi parasit, di mana bakteria membentuk hubungan rapat dengan perumah mereka tanpa membunuh mereka. Bakteria pemangsa telah mengembangkan kitaran hidup yang berbeza untuk memanfaatkan sumber makanan yang banyak di ceruk tempat ia ditemui (seperti habitat marin). Mereka ialah kumpulan yang pelbagai taksonomi, yang hanya disambungkan oleh kitaran hayat pensterilan unik mereka1. Contoh bakteria pemangsa telah ditemui dalam beberapa filum yang berbeza, termasuk: Proteobacteria, Bacteroides, dan Chlorella.3. Walau bagaimanapun, bakteria pemangsa yang paling banyak dikaji ialah organisma Bdelovibrio dan Bdelovibrio-and-like (BALOs4). Bakteria pemangsa ialah sumber yang menjanjikan bagi sebatian aktif biologi baharu dan agen antibakteria5.
Bakteria pemangsa dipercayai meningkatkan kepelbagaian mikrob dan memberi kesan positif kepada kesihatan ekosistem, produktiviti dan kestabilan6. Walaupun sifat-sifat positif ini, terdapat beberapa kajian mengenai bakteria pemangsa baru kerana kesukaran membiak bakteria dan keperluan untuk memerhatikan interaksi sel dengan teliti untuk memahami kitaran hayat kompleks mereka. Maklumat ini tidak mudah diperoleh daripada analisis komputer.
Dalam era peningkatan rintangan antimikrob, strategi baharu untuk menyasarkan patogen bakteria sedang dikaji, seperti penggunaan bakteriofaj dan bakteria pemangsa7,8. Bakteria ASxL5T telah diasingkan pada 2019 menggunakan teknologi pengasingan phage daripada tahi lembu yang dikumpulkan dari Pusat Tenusu Universiti Nottingham, Nottinghamshire. Tujuan penyiasatan adalah untuk mengasingkan organisma yang berpotensi sebagai agen kawalan biologi. Campylobacter hyointestinalis ialah patogen zoonotik, yang semakin dikaitkan dengan penyakit usus manusia10. Ia ada di mana-mana dalam serum dan digunakan sebagai hos sasaran.
Bakteria ASxL5T diasingkan daripada jeli daging lembu kerana diperhatikan bahawa plak yang terbentuk pada rumput C. hyointestinalis adalah serupa dengan yang dihasilkan oleh bakteriofaj. Ini adalah penemuan yang tidak dijangka, kerana sebahagian daripada proses pengasingan fag melibatkan penapisan melalui penapis 0.2 µm, yang direka untuk membuang sel bakteria. Pemeriksaan mikroskopik bahan yang diekstrak daripada plak mendedahkan bahawa bakteria kecil berbentuk batang melengkung gram negatif tidak terkumpul polihidroksibutirat (PHB). Kultur aseptik bebas daripada sel mangsa direalisasikan pada medium pepejal yang kaya (seperti agar infusi jantung otak (BHI) dan agar darah (BA)), dan pertumbuhannya lemah. Ia diperoleh selepas subkultur dengan inokulum berat bertambah baik. Ia tumbuh dengan baik di bawah mikroaerobik (7% v/v oksigen) dan keadaan oksigen atmosfera, tetapi tidak dalam suasana anaerobik. Selepas 72 jam, diameter koloni adalah sangat kecil, mencapai 2 mm, dan ia berwarna kuning air, lut sinar, bulat, cembung dan berkilat. Ujian biokimia standard terhalang kerana ASxL5T tidak boleh dikultur dengan pasti dalam media cecair, yang menunjukkan bahawa ia mungkin bergantung pada kitaran hayat kompleks pembentukan biofilm. Walau bagaimanapun, penggantungan plat menunjukkan bahawa ASxL5T adalah aerobik, positif untuk oksidase dan katalase, dan boleh bertolak ansur dengan 5% NaCl. ASxL5T tahan terhadap 10 µg streptomycin, tetapi sensitif kepada semua antibiotik lain yang diuji. Sel bakteria ASxL5T telah diperiksa oleh TEM (Rajah 1). Apabila ditanam tanpa sel mangsa pada BA, sel ASxL5T adalah Campylobacter kecil, dengan panjang purata 1.63 μm (± 0.4), lebar 0.37 μm (± 0.08), dan satu tiang panjang (sehingga 5 μm). Flagela seksual. Kira-kira 1.6% daripada sel kelihatan mempunyai lebar kurang daripada 0.2 μm, yang akan membolehkan laluan melalui peranti penapis. Sambungan struktur yang luar biasa diperhatikan pada bahagian atas beberapa sel, serupa dengan fairing (Latin cucullus) (lihat anak panah dalam 1D, E, G). Ini nampaknya terdiri daripada membran luar yang berlebihan, yang mungkin disebabkan oleh pengurangan pesat dalam saiz sampul periplasmik, manakala membran luar kekal utuh, menunjukkan penampilan "longgar". Mengkultur ASxL5T tanpa ketiadaan nutrien (dalam PBS) untuk masa yang lama pada suhu 4°C menyebabkan kebanyakan (tetapi tidak semua) sel menunjukkan morfologi coccal (Rajah 1C). Apabila ASxL5T tumbuh dengan Campylobacter jejuni sebagai mangsa selama 48 jam, saiz sel purata jauh lebih panjang dan lebih sempit daripada sel yang ditanam tanpa perumah (Jadual 1 dan Rajah 1E). Sebaliknya, apabila ASxL5T tumbuh dengan E. coli sebagai mangsa selama 48 jam, saiz sel purata lebih panjang dan lebih luas berbanding apabila ia tumbuh tanpa mangsa (Jadual 1), dan panjang sel berubah-ubah, biasanya menunjukkan berfilamen (Rajah 1F). Apabila diinkubasi dengan Campylobacter jejuni atau E. coli sebagai mangsa selama 48 jam, sel ASxL5T tidak menunjukkan flagella sama sekali. Jadual 1 meringkaskan pemerhatian perubahan saiz sel berdasarkan kehadiran, ketiadaan dan jenis mangsa ASxL5T.
Paparan TEM ASx5LT: (A) ASx5LT menunjukkan cambuk panjang; (B) bateri ASx5LT biasa; (C) sel cocci ASx5LT selepas pengeraman lama tanpa nutrien; (D) sekumpulan sel ASx5LT menunjukkan keabnormalan (E) Kumpulan sel ASx5LT yang diinkubasi dengan mangsa Campylobacter menunjukkan peningkatan panjang sel berbanding dengan yang tanpa pertumbuhan mangsa (D) juga menunjukkan struktur apikal; (F) Flagela Filamen Besar, sel ASx5LT, selepas pengeraman dengan mangsa E. coli; (G) Sel ASx5LT tunggal selepas pengeraman dengan E. coli, menunjukkan struktur atas yang luar biasa. Bar mewakili 1 μm.
Menentukan jujukan gen 16S rRNA (nombor penyertaan MT636545.1) membolehkan carian pangkalan data untuk mewujudkan jujukan yang serupa dengan yang terdapat dalam kelas Gammaproteobacteria, dan paling hampir dengan bakteria marin dalam keluarga spirillum marin (Rajah 2), dan merupakan ahli genus Thalassolituus Saudara terdekat dengan Marine Bacillus. Urutan gen 16S rRNA jelas berbeza daripada bakteria pemangsa yang tergolong dalam keluarga Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Perbandingan berpasangan B. bacteriovorus HD100T (tekanan jenis, DSM 50701) dan B. bacteriovorus DM11A ialah 48.4% dan 47.7%, dan untuk B. exovorus JSS ialah 46.7%. Bakteria ASxL5T mempunyai 3 salinan gen 16S rRNA, dua daripadanya adalah sama antara satu sama lain, dan yang ketiga ialah 3 bes. Dua pengasingan bakteria pemangsa lain (ASx5S dan ASx5O; nombor kesertaan gen 16S rRNA masing-masing ialah MT636546.1 dan MT636547.1) dengan ciri morfologi dan fenotip yang sama dari lokasi yang sama adalah tidak sama, tetapi ia berbeza daripada ASxL5T dan Bakteria yang tidak dikultur. jujukan pangkalan data dikelompokkan bersama dengan genera lain dalam Oceanospirillaceae (Rajah 2). Seluruh jujukan genom ASxL5T telah ditentukan dan disimpan dalam pangkalan data NCBI, dan nombor penyertaan ialah CP046056. Genom ASxL5T terdiri daripada kromosom bulat 2,831,152 bp dengan nisbah G + C 56.1%. Urutan genom mengandungi 2653 CDS (jumlah), di mana 2567 diramalkan untuk mengekod protein, di mana 1596 boleh ditetapkan sebagai fungsi putatif (60.2%). Genom mengandungi 67 gen pengekodan RNA, termasuk 9 rRNA (3 setiap satu untuk 5S, 16S, dan 23S) dan 57 tRNA. Ciri-ciri genom ASxL5T dibandingkan dengan genom yang tersedia bagi strain jenis relatif terdekat yang dikenal pasti daripada jujukan gen 16S rRNA (Jadual 2). Gunakan identiti asid amino (AAI) untuk membandingkan semua genom Thalassolituus yang tersedia kepada ASxL5T. Urutan genom tersedia (tidak lengkap) terdekat yang ditentukan oleh AAI ialah Thalassolituus sp. C2-1 (tambah NZ_VNIL01000001). Strain ini telah diasingkan daripada sedimen laut dalam Parit Mariana, tetapi pada masa ini tiada maklumat fenotip mengenai strain ini untuk perbandingan. Berbanding dengan 2.82 Mb ASxL5T, genom organisma lebih besar pada 4.36 Mb. Saiz genom purata spirochetes marin ialah kira-kira 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 genom rujukan lengkap yang disiasat dari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), jadi genom ASxL5T adalah selaras dengan pesanan Berbanding dengan ahli lain, ia agak kecil. Gunakan GToTree 1.5.54 untuk menjana pokok filogenetik kemungkinan maksimum yang dianggarkan berasaskan genom (Rajah 3A), menggunakan jujukan asid amino yang diselaraskan dan dipautkan bagi 172 gen salinan tunggal khusus untuk Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Analisis menunjukkan bahawa ia berkait rapat dengan Thalassolituus, Satah Bakteria, dan Bakteria Marin. Walau bagaimanapun, data ini menunjukkan bahawa ASxL5T berbeza daripada saudaranya dalam Spirulina Marin dan data jujukan genomnya tersedia.
Pokok filogenetik yang menggunakan jujukan gen 16S rRNA menyerlahkan kedudukan strain ASxL5T, ASxO5, dan ASxS5 (dengan keberanian) berbanding dengan strain bakteria yang tidak ditanam dan marin dalam Spirulinaceae Marin. Nombor penyertaan Genbank mengikut nama terikan dalam kurungan. Gunakan ClustalW untuk menjajarkan jujukan, dan gunakan kaedah kemungkinan maksimum dan model Tamura-Nei untuk membuat kesimpulan hubungan filogenetik, dan melakukan 1000 replikasi berpandu dalam program MEGA X. Nombor pada cawangan menunjukkan bahawa nilai salinan berpandu lebih besar daripada 50%. Escherichia coli U/541T digunakan sebagai kumpulan luar.
(A) Pokok filogenetik berdasarkan genom, menunjukkan hubungan antara bakteria Spirospiraceae marin ASxL5T dan saudara terdekatnya, E. coli U 5/41T sebagai kumpulan luar. (B) Berbanding dengan T. oleivorans MIL-1T, taburan kategori fungsi gen diramalkan berdasarkan kumpulan orthologous group (COG) protein ASx5LT. Angka di sebelah kiri menunjukkan bilangan gen dalam setiap kategori COG berfungsi dalam setiap genom. Graf di sebelah kanan menunjukkan peratusan genom yang terkandung dalam setiap kumpulan COG berfungsi. (C) Berbanding dengan T. oleiverans MIL-1T, analisis laluan modular KEGG (Ensiklopedia Gen dan Genom Kyoto) lengkap ASxL5T.
Menggunakan pangkalan data KEGG untuk memeriksa gen komponen yang terdapat dalam genom ASxL5T mendedahkan laluan metabolik tipikal gamma Proteus aerobik. ASxL5T mengandungi sejumlah 75 gen yang diberikan kepada protein motor bakteria, termasuk gen yang terlibat dalam kemotaksis, pemasangan flagella dan sistem fimbriae jenis IV. Dalam kategori terakhir, 9 daripada 10 gen bertanggungjawab untuk pergerakan berkedut pelbagai organisma lain. Genom ASxL5T mengandungi laluan biosintetik tetrahydropyrimidine lengkap yang mengambil bahagian dalam tindak balas perlindungan kepada tekanan osmotik20, seperti yang dijangkakan untuk halofil. Genom juga mengandungi banyak laluan lengkap untuk kofaktor dan vitamin, termasuk laluan sintesis riboflavin. Walaupun gen alkana 1-monooxygenase (alkB2) terdapat dalam ASxL5T, laluan penggunaan hidrokarbon tidak lengkap. Dalam jujukan genom ASxL5T, homolog gen yang dikenal pasti sebagai bertanggungjawab terutamanya terhadap degradasi hidrokarbon dalam T. oleiverans MIL-1T21, seperti TOL_2658 (alkB) dan TOL_2772 (alkohol dehidrogenase) jelas tiada. Rajah 3B menunjukkan perbandingan taburan gen dalam kategori COG antara ASxL5T dan minyak Zaitun MIL-1T. Secara keseluruhannya, genom ASxL5T yang lebih kecil mengandungi gen yang lebih sedikit daripada setiap kategori COG berbanding dengan genom berkaitan yang lebih besar. Apabila bilangan gen dalam setiap kategori berfungsi dinyatakan sebagai peratusan genom, perbezaan dicatat dalam peratusan gen dalam terjemahan, struktur ribosom dan kategori biogenesis, dan kategori fungsi pengeluaran dan penukaran tenaga, yang membentuk ASxL5T yang lebih besar. genom Peratusan dibandingkan dengan kumpulan yang sama yang terdapat dalam genom T. oleiverans MIL-1T. Sebaliknya, berbanding dengan genom ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T mempunyai peratusan gen yang lebih tinggi dalam replikasi, penggabungan semula dan pembaikan, dan kategori transkripsi. Menariknya, perbezaan terbesar dalam kandungan setiap kategori berfungsi kedua-dua genom ialah bilangan gen yang tidak diketahui yang terdapat dalam ASxL5T (Rajah 3B). Analisis pengayaan modul KEGG telah dilakukan, di mana setiap modul KEGG mewakili satu set unit fungsi yang ditakrifkan secara manual untuk anotasi dan tafsiran biologi data jujukan genom. Perbandingan pengedaran gen dalam laluan modul KOG lengkap ASxL5T dan zaitun MIL-1T ditunjukkan dalam Rajah 3C. Analisis ini menunjukkan bahawa walaupun ASxL5T mempunyai laluan metabolik sulfur dan nitrogen yang lengkap, T. oleiverans MIL-1T tidak. Sebaliknya, T. oleiverans MIL-1T mempunyai laluan metabolik sistein dan metionin yang lengkap, tetapi ia tidak lengkap dalam ASxL5T. Oleh itu, ASxL5T mempunyai modul ciri untuk asimilasi sulfat (ditakrifkan sebagai satu set gen yang boleh digunakan sebagai penanda fenotip, seperti kapasiti metabolik atau patogenik; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Dalam T . Membandingkan kandungan gen ASxL5T dengan senarai gen yang mencadangkan gaya hidup pemangsa tidak dapat disimpulkan. Walaupun gen waaL mengekod ligase yang dikaitkan dengan polisakarida antigen O kepada teras terdapat dalam genom ASxL5T (tetapi ia biasa berlaku dalam kebanyakan bakteria Gram-negatif), Gen tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO ) mungkin termasuk 60 amino. kawasan asid yang biasa ditemui dalam bakteria pemangsa yang tidak ada. Tiada gen ciri pemangsa lain dalam genom ASxL5T, termasuk enzim pengekodan yang terlibat dalam biosintesis isoprenoid dalam laluan mevalonat. Ambil perhatian bahawa tiada gen pengawalseliaan transkrip gntR dalam kumpulan pemangsa yang diperiksa, tetapi tiga gen seperti gntR boleh dikenal pasti dalam ASxL5T.
Ciri fenotip ASxL5T diringkaskan dalam Jadual 3 dan dibandingkan dengan ciri fenotip genera 23, 24, 25, 26, dan 27 yang berkaitan yang dilaporkan dalam literatur. Pengasingan daripada T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, dan Oceanobacter kriegii adalah badan berbentuk rod yang aktif, tahan garam, positif oksidase, tetapi hampir tiada ciri fenotip lain dengan ASxL5T. Purata pH lautan ialah 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), yang dicerminkan dalam T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis dan O. kriegii. ASxL5T sesuai untuk julat pH yang lebih besar (4-9) tipikal spesies bukan marin. Ciri fenotip Thalassolituus sp. C2-1. Tidak diketahui. Julat suhu pertumbuhan ASxL5T secara amnya lebih luas daripada strain marin (4–42 °C), walaupun beberapa tetapi tidak semua pencilan T. marinus adalah tahan haba. Ketidakupayaan untuk mengembangkan ASxL5T dalam media sup menghalang pencirian fenotip selanjutnya. Gunakan API 20E untuk menguji bahan yang dikikis daripada plat BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, penggunaan sitrat, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, keputusan ujian semuanya negatif, tetapi tiada indole, acetoin dan H2S telah dihasilkan. Karbohidrat yang tidak ditapai termasuk: glukosa, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrosa, melibiose, amygdalin dan arabinosa. Berbanding dengan strain rujukan berkaitan yang diterbitkan, profil asid lemak selular bagi strain ASxL5T ditunjukkan dalam Jadual 4. Asid lemak selular utama ialah C16:1ω6c dan/atau C16:1ω7c, C16:0 dan C18:1ω9. Asid lemak hidroksi C12:0 3-OH dan C10:0 3-OH juga wujud. Nisbah C16:0 dalam ASxL5T adalah lebih tinggi daripada nilai yang dilaporkan bagi genera berkaitan. Sebaliknya, berbanding dengan T. marinus IMCC1826TT yang dilaporkan, nisbah C18:1ω7c dan/atau C18:1ω6c dalam ASxL5T dikurangkan. oleivorans MIL-1T dan O. kriegii DSM 6294T, tetapi tidak dikesan dalam B. sanyensis KCTC 32220T. Membandingkan profil asid lemak ASxL5T dan ASxLS mendedahkan perbezaan halus dalam jumlah asid lemak individu antara kedua-dua strain, yang konsisten dengan jujukan DNA genomik spesies yang sama. Tiada zarah poli-3-hidroksibutirat (PHB) dikesan menggunakan ujian hitam Sudan.
Aktiviti pemangsaan bakteria ASxL5T dikaji untuk menentukan julat mangsa. Bakteria ini boleh membentuk plak pada spesies Campylobacter, termasuk: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 dan C. upsaliensis NCTC 11541T. Gunakan kultur yang disenaraikan dalam bahagian penentuan julat perumah kaedah untuk menguji julat bakteria Gram-negatif dan Gram-positif yang lebih luas. Keputusan menunjukkan bahawa ASxL5T juga boleh digunakan dalam Escherichia coli NCTC 86 dan Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plak terbentuk pada Klebsiella oxytoca 11466. Interaksi TEM dengan E. coli NCTC 86 ditunjukkan dalam Rajah 4A-D, dan interaksi dengan Campylobacter jejuni PT14 dan Campylobacter suis S12 ditunjukkan dalam Rajah 4E-H tengah. Mekanisme serangan nampaknya berbeza antara jenis mangsa yang diuji, dengan satu atau lebih sel E. coli dilekatkan pada setiap sel ASxL5T dan diletakkan secara sisi di sepanjang sel lanjutan sebelum penjerapan. Sebaliknya, ASxL5T nampaknya melekat pada Campylobacter melalui satu titik sentuhan, biasanya bersentuhan dengan puncak sel pemangsa dan berhampiran puncak sel Campylobacter (Rajah 4H).
TEM menunjukkan interaksi antara ASx5LT dan mangsa: (AD) dan mangsa E. coli; (EH) dan C. jejuni mangsa. (A) Sel ASx5LT biasa disambungkan kepada sel E. coli (EC) tunggal; (B) ASx5LT berfilamen yang dilekatkan pada sel EC tunggal; (C) Sel ASx5LT berfilamen disambungkan kepada berbilang sel EC; (D) Lampiran sel ASx5LT yang lebih kecil pada sel E. coli (EC) tunggal; (E) sel ASx5LT tunggal disambungkan kepada sel Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT menyerang sel C. hyoitestinalis (CH); (G) dua Satu sel ASx5LT menyerang sel CJ; (H) Pandangan dekat titik lampiran ASx5LT, berhampiran puncak sel CJ (bar 0.2 μm). Bar mewakili 1 μm dalam (A–G).
Bakteria pemangsa telah berkembang untuk memanfaatkan sumber mangsa yang banyak. Jelas sekali, mereka hadir secara meluas dalam pelbagai persekitaran yang berbeza. Oleh kerana saiz ahli populasi yang sempit, adalah mungkin untuk mengasingkan bakteria ASxL5T daripada buburan menggunakan kaedah pemisahan phage. Perkaitan genomik ASxL5T kepada ahli keluarga bakteria marin oceanospirillaceae adalah mengejutkan, walaupun organisma itu tahan garam dan boleh tumbuh pada medium yang mengandungi 5% garam. Analisis kualiti air buburan menunjukkan bahawa kandungan natrium klorida adalah kurang daripada 0.1%. Oleh itu, lumpur jauh dari persekitaran marin-baik secara geografi dan kimia. Kehadiran tiga pencilan yang berkaitan tetapi berbeza dari sumber yang sama memberikan bukti bahawa pemangsa ini berkembang maju dalam persekitaran bukan marin ini. Di samping itu, analisis mikrobiom (fail data boleh didapati daripada https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) menunjukkan bahawa jujukan gen 16S rRNA yang sama terletak dalam 50 takson operasi yang paling banyak (OTU). ) Dalam beberapa selang persampelan lumpur. Beberapa bakteria yang tidak dikultur ditemui dalam pangkalan data Genbank, yang mempunyai jujukan gen 16S rRNA serupa dengan bakteria ASxL5T. Jujukan ini, bersama-sama dengan jujukan ASxL5T, ASxS5, dan ASxO5, nampaknya mewakili klad berbeza yang dipisahkan daripada Thalassolituus dan Oceanobacter (Rajah 2). Tiga jenis bakteria yang tidak dikultur (GQ921362, GQ921357 dan GQ921396) telah diasingkan daripada air rekahan pada kedalaman 1.3 kilometer di lombong emas Afrika Selatan pada tahun 2009, dan dua yang lain (DQ256320 dan DQ337006) adalah dari air bawah tanah (also) di Afrika Selatan pada tahun 2005). Urutan gen 16S rRNA yang paling berkait rapat dengan ASxL5T adalah sebahagian daripada jujukan gen 16S rRNA yang diperoleh daripada budaya pengayaan sedimen berpasir yang diperoleh dari pantai utara Perancis pada tahun 2006 (nombor penyertaan AM29240828). Satu lagi jujukan gen 16S rRNA yang berkait rapat daripada bakteria HQ183822.1 yang tidak dikultur diperolehi daripada tangki pengumpulan yang dilarutkan dari tapak pelupusan perbandaran di China. Jelas sekali, bakteria ASxL5T tidak begitu mewakili dalam pangkalan data taksonomi, tetapi jujukan daripada bakteria yang tidak dikultur ini berkemungkinan mewakili organisma yang serupa dengan ASxL5T, yang diedarkan di seluruh dunia, biasanya dalam persekitaran yang mencabar. Daripada keseluruhan analisis filogenetik genom, relatif terdekat kepada ASxL5T ialah Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Dan O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus ialah ahli bakteria pemecahan hidrokarbon obligat marin (OHCB), yang tersebar luas dalam persekitaran marin dan daratan, dan biasanya menjadi dominan selepas kejadian pencemaran hidrokarbon30,31. Bakteria marin bukan ahli kumpulan OHCB, tetapi diasingkan daripada persekitaran marin.
Data fenotip menunjukkan bahawa ASxL5T ialah spesies baharu dan ahli genus yang tidak dikenali sebelum ini dalam keluarga spirospiraceae marin. Pada masa ini tiada piawaian yang jelas untuk mengklasifikasikan strain yang baru diasingkan ke dalam genus baru. Percubaan telah dibuat untuk menentukan sempadan genera sejagat, contohnya, berdasarkan peratusan genom protein konservatif (POCP), adalah disyorkan bahawa nilai cut-off adalah 50% sama dengan strain rujukan33. Yang lain mencadangkan menggunakan nilai AAI, yang mempunyai kelebihan berbanding POCP kerana ia boleh diperoleh daripada genom yang tidak lengkap34. Penulis percaya bahawa jika nilai AAI adalah kurang daripada 74% berbanding dengan strain model spesies model, strain tersebut adalah mewakili genera yang berbeza. Genus model dalam spirillaceae marin ialah spirillum marin, dan strain model ialah O. linum ATCC 11336T. Nilai AAI antara ASxL5T dan O. linum ATCC 11336T ialah 54.34%, dan nilai AAI antara ASxL5T dan T. oleivorans MIL-1T (strain jenis genus) ialah 67.61%, menunjukkan bahawa ASxL5T mewakili genus baharu yang berbeza daripada Thalassolituus. Menggunakan jujukan gen 16S rRNA sebagai piawai klasifikasi, sempadan persempadanan genus yang dicadangkan ialah 94.5%35. ASxL5T boleh diletakkan dalam genus Thalassolituus, menunjukkan 95.03% identiti jujukan rRNA 16S dengan T. oleivorans MIL-1T dan 96.17%. marinus IMCC1826T. Walau bagaimanapun, ia juga akan diletakkan dalam genus Bacteroides yang mempunyai identiti gen 16S rRNA 94.64% dengan B. sanyensis NV9, menunjukkan bahawa penggunaan gen tunggal seperti gen 16S rRNA boleh membawa kepada pengelasan dan penugasan sewenang-wenangnya. Kaedah lain yang dicadangkan menggunakan ANI dan Skor Penjajaran Genom (AF) untuk memeriksa pengelompokan titik data daripada semua jenis dan strain bukan jenis genera sedia ada. Penulis mengesyorkan untuk menggabungkan sempadan genus dengan titik lengkuk anggaran genus khusus untuk taksa yang dianalisis. Walau bagaimanapun, jika tidak terdapat jujukan genom lengkap daripada pencilan Thalassolituus, adalah mustahil untuk menentukan sama ada ASxL5T tergolong dalam genus Thalassolituus dengan kaedah ini. Oleh kerana ketersediaan jujukan genom lengkap yang terhad untuk dianalisis, keseluruhan pokok filogenetik genom harus ditafsirkan dengan berhati-hati. Kedua, kaedah perbandingan genom keseluruhan tidak boleh mengambil kira perbezaan besar dalam saiz genom yang dibandingkan. Mereka mengukur persamaan gen salinan tunggal teras yang dipelihara antara genera yang berkaitan, tetapi tidak mengambil kira bilangan gen yang besar yang tidak terdapat dalam genom ASxL5T yang lebih kecil. Jelas sekali, ASxL5T dan kumpulan termasuk Thalassolituus, Oceanobacter dan Bacterioplanes mempunyai nenek moyang yang sama, tetapi evolusi telah mengambil jalan yang berbeza, membawa kepada pengurangan genom, yang mungkin menyesuaikan diri dengan gaya hidup pemangsa. Ini berbeza dengan T. oleivorans MIL-1T, yang 28% lebih besar dan telah berkembang di bawah tekanan persekitaran yang berbeza untuk menggunakan hidrokarbon23,30. Perbandingan yang menarik boleh dibuat dengan parasit dan simbion intrasel obligat, seperti Rickettsia, Chlamydia, dan Buchnera. Saiz genom mereka adalah kira-kira 1 Mb. Keupayaan untuk menggunakan metabolit sel perumah membawa kepada kehilangan gen, jadi Mengalami degradasi genom evolusi yang ketara. Perubahan evolusi daripada organisma nutrien kimia marin kepada gaya hidup pemangsa boleh mengakibatkan pengurangan yang sama dalam saiz genom. Analisis COG dan KEGG menyerlahkan bilangan gen yang digunakan untuk fungsi tertentu dan perbezaan global dalam laluan genomik antara ASxL5T dan T. oleivorans MIL-1T, yang bukan disebabkan oleh ketersediaan unsur genetik mudah alih yang meluas. Perbezaan dalam nisbah G + C bagi keseluruhan genom ASxL5T ialah 56.1%, dan T. oleivorans MIL-1T ialah 46.6%, yang juga menunjukkan bahawa ia diasingkan.
Pemeriksaan kandungan pengekodan genom ASxL5T memberikan cerapan berfungsi ke dalam ciri fenotip. Kehadiran gen pengekodan jenis IV fimbriae (Tfp) amat menarik kerana ia menggalakkan pergerakan sel, dipanggil luncuran sosial atau sawan, tanpa flagela pada permukaan. Menurut laporan, Tfp mempunyai fungsi lain, termasuk pemangsaan, patogenesis, pembentukan biofilm, pengambilan DNA semula jadi, pengagregatan dan pembangunan sel automatik38. Genom ASxL5T mengandungi 18 gen pengekodan diguanylate cyclase (enzim yang memangkinkan penukaran 2 guanosine triphosphate kepada guanosine 2 fosfat dan diGMP kitaran) dan 6 gen yang mengekodkan diguanylate cyclase phosphate diguanylate yang sepadan. Gen untuk esterase (memangkinkan degradasi kitaran di-GMP kepada guanosine monofosfat) adalah menarik kerana cycl-di-GMP ialah utusan kedua yang penting yang terlibat dalam pembangunan dan pemisahan biofilem, pergerakan, lampiran sel dan virulensi 39, 40 dalam proses. Ia juga harus diperhatikan bahawa dalam Bdellovibrio bacteriovorus, GMP berganda kitaran telah ditunjukkan untuk mengawal peralihan antara kehidupan bebas dan gaya hidup pemangsa41.
Kebanyakan penyelidikan mengenai bakteria pemangsa telah menumpukan pada Bdelovibrio, organisma seperti Bdellovibrio, dan spesies Myxococcus. Ini dan contoh lain bakteria pemangsa yang diketahui membentuk kumpulan yang pelbagai. Walaupun kepelbagaian ini, satu set keluarga protein ciri yang mencerminkan fenotip 11 bakteria pemangsa yang diketahui telah dikenalpasti3,22. Walau bagaimanapun, hanya gen pengekodan O antigen ligase (waaL) telah dikenal pasti, yang sangat biasa dalam bakteria Gram-negatif. Bentuk analisis ini tidak membantu dalam menetapkan ASxL5T sebagai pemangsa, mungkin kerana ia menggunakan strategi serangan baru. Ketersediaan genom bakteria pemangsa yang lebih pelbagai akan membantu membangunkan analisis resolusi yang lebih baik yang mengambil kira bukti perbezaan fungsi dan persekitaran antara ahli kumpulan. Contoh bakteria pemangsa yang tidak termasuk dalam analisis ini termasuk ahli Cupriavidus necator42 dan Bradymonabacteria43, kerana semasa penyelidik menyiasat komuniti mikrob yang berbeza, lebih banyak takson pemangsa ditubuhkan.
Ciri bakteria ASxL5T yang paling ketara yang ditangkap oleh imej TEM ialah morfologinya yang unik dan fleksibel, yang boleh menggalakkan interaksi dengan bakteria mangsa. Jenis interaksi yang diperhatikan adalah berbeza daripada bakteria pemangsa lain dan belum pernah ditemui atau dilaporkan sebelum ini. Kitaran hayat pemangsa ASxL5T yang dicadangkan ditunjukkan dalam Rajah 5. Terdapat beberapa contoh dalam kesusasteraan dengan struktur apikal yang serupa seperti yang kami laporkan di sini, tetapi contoh ini termasuk Terasakiispira promosiumokuakeensis, bakteria spirillum marin dengan apex enlargement 44 sekali-sekala, dan Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , dahulunya tergolong dalam genus Oceanospirillum, mempamerkan Apa yang dipanggil "filem kutub" 45. Bentuk Cocci sering diperhatikan dalam budaya yang lebih tua, terutamanya untuk bakteria dengan bentuk melengkung, seperti Vibrio, Campylobacter, dan Helicobacter 46, 47, 48, yang mungkin mewakili keadaan terdegradasi. Kerja lanjut diperlukan untuk menjelaskan kitaran hayat bakteria ASxL5T yang tepat. Untuk menentukan cara ia menangkap dan memangsa, dan sama ada genomnya mengekod sebatian aktif biologi yang boleh digunakan untuk tujuan perubatan atau bioteknologi.
Penerangan mengenai Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. terdiri daripada venator daripada L. n. venator,'hunter' dan Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' . Sel bersifat aerobik, tahan garam, pewarnaan Gram melengkung negatif, batang senaman dan aktiviti oksidase tidak terkumpul dalam suhu julat 4 hingga 42 °C Julat pH 4-9 adalah luar biasa Dalam siput laut, kebanyakannya tidak bertoleransi terhadap pH berasid. :1ω9 ; C12:0 3-OH dan C10:0 3-OH didapati sebagai lemak hidroksi asid. Mereka tidak tumbuh dalam media rebusan Kandungan DNA G + C adalah 56.1 mol%. .
Penerangan mengenai Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus bermaksud fairing).
Di samping itu, ciri deskriptif genus ini ialah apabila ditanam pada BA atau BHI, sel-sel adalah 1.63 µm panjang dan 0.37 µm lebar. Koloni pada agar BHI sangat kecil, mencapai diameter 2 mm selepas 72 jam. Mereka berwarna kuning air, lut sinar, bulat, cembung dan berkilat. Ahli spesies ini boleh menggunakan Escherichia coli dan Klebsiella. Campylobacter dan beberapa bakteria Gram-negatif lain berfungsi sebagai mangsa.
Strain biasa ASxL5T telah diasingkan daripada susu lembu di Nottinghamshire, UK, dan didepositkan dalam National Type Culture Collection (UK): nombor penyertaan NCTC 14397 dan nombor penyertaan Koleksi Kultur Bakteria Belanda (NCCB) NCCB 100775. Urutan genom lengkap ASxL5T telah didepositkan dalam Genbank mengikut tambahan CP046056.
Bakteria ASxL5T diasingkan daripada susu lembu menggunakan teknologi pengasingan fag9,49. Buburan telah dicairkan 1:9 (w/v) dalam penimbal SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O dan 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Kemudian eramkan pada 4°C selama 24 jam, berputar perlahan-lahan untuk mengeluskan pemangsa ke dalam penimbal. Suspensi diempar pada 3000g selama 3 minit. Supernatan dikumpul dan disentrifugasi pada 13,000g untuk kali kedua selama 5 minit. Supernatan itu kemudiannya disalurkan melalui penapis membran 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Jerman) dan penapis membran 0.2 µm (Minisart) untuk membuang sebarang sel bakteria yang tinggal. ASxL5T boleh melepasi penapis ini. Rumput agar lembut Campylobacter enterosus S12 (nombor penyertaan NCBI CP040464) daripada buburan yang sama telah disediakan menggunakan teknik standard. Buburan yang ditapis telah diedarkan pada setiap plat sel perumah ini dalam titisan 10 µl dalam tiga kali ganda dan dibiarkan kering. Plat tersebut diinkubasi dalam tangki mikroaerofilik pada suhu 37°C selama 48 jam di bawah keadaan mikroaerobik (5% O2, 5% H2, 10% CO2, dan 80% N2). Plak yang boleh dilihat telah diekstrak ke dalam penimbal SM dan dipindahkan ke rumput segar C. hyointestinalis S12 untuk membiak lagi organisma terlisis. Sebaik sahaja ditentukan bahawa bakteria adalah punca plak litik dan bukan faj, cuba kembangkan organisma secara bebas daripada perumah dan seterusnya mencirikannya. Kultur aerobik dilakukan pada suhu 37 ° C dengan 5% v/v darah kuda defibrinasi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, tambahan). Menurut garis panduan Jawatankuasa Standard Klinikal Kebangsaan, kaedah penyebaran cakera digunakan untuk ujian kerentanan antibakteria. Agar BHI dikultur pada suhu 37 °C menggunakan cakera yang mengandungi antibiotik berikut (Oxoid) untuk kultur aerobik: amoksisilin dan asid klavulanat 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Asid nalidixic 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromisin 15 µg; Kloramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg ; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Toleransi garam telah ditubuhkan oleh pengeraman aerobik pada plat agar BHI pada 37 ° C. NaCl tambahan telah ditambahkan pada plat agar BHI untuk memberikan julat kepekatan sehingga 10% w/v. Julat pH ditentukan oleh kultur aerobik pada plat agar BHI pada 37°C, di mana julat pH telah dilaraskan kepada antara 4 dan 9 dengan HCl steril atau NaOH steril, dan nilai pH sasaran disahkan sebelum menuang plat . Untuk analisis asid lemak selular, ASxL5T dibiakkan pada agar BHI selama 3 hari dan aerobik pada 37 ° C. Menurut protokol standard MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versi 6.10) FERA Science Ltd, (York, UK), asid lemak sel telah diekstrak, disediakan dan dianalisis.
Untuk TEM, ASxL5T dibiakkan secara aerobik dengan merebak secara seragam pada BA pada suhu 37°C selama 24 jam, dan kemudian dituai ke dalam 1 ml glutaraldehid 3% (v/v) dalam penimbal cacodylate 0.1 M pada suhu bilik Betulkan selama 1 jam, kemudian sentrifuge pada 10,000 g selama 3 minit. Kemudian perlahan-lahan menggantung semula pelet dalam penimbal cacodylate 600 μl 0.1 M. Pindahkan penggantungan ASxL5T tetap ke filem Formvar/karbon pada grid kuprum 200 mesh. Bakteria telah diwarnakan dengan 0.5% (w/v) uranil asetat selama 1 minit dan diperiksa oleh TEM menggunakan mikroskop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Seperti yang dinyatakan di atas, gabungkan bilangan mangsa dan pemangsa yang sama dalam sup NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) dan eramkan selama 48 jam di bawah keadaan mikroaerobik Campylobacter atau Campylobacter pada 37°C , Interaksi pemangsa dan mangsa juga telah diperiksa oleh TEM. Keadaan aerobik untuk Escherichia coli. Periksa secara bebas mangsa dan bakteria pemangsa untuk menentukan sebarang perubahan dalam morfologi sel akibat pemangsa. Kaedah hitam Sudan digunakan untuk mikroskop optik pengumpulan PHB.
Tumbuh kultur semalaman ASxL5T dengan menyapu pertumbuhan pada plat BHI atau BA dengan swab steril. Kumpulkan sel ASxL5T dan gantungkannya dalam MRD (CM0733, Oxoid), kemudian letakkannya pada suhu 4°C selama 7 hari untuk menyebabkan sel kelaparan. Rujukan NCTC atau kultur bakteria stok makmal telah diinokulasi ke dalam sup BHI atau sup nutrien No. 2 (CM007, Oxoid), diinkubasi semalaman, disentrifugasi pada 13,000g dan digantung semula dalam MRD sehingga OD600 adalah 0.4. Budaya: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca NCTC 11466, Klebsiella oxytoca 1140 Bakteria khas Listeria NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, hamburger kapal selam Rhodococcus NCTC 1621T, bakteria usus Salmonella Mondeville NC6, 1 bakteria usus Salmonella Mondeville NC67 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Hos Campylobacter diinkubasi secara mikroaerobik pada plat BA pada suhu 37°C dan digantung dalam sup NZCYM. Hos Campylobacter yang diuji ialah: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NC8TC1 , C... Kumpulkan sel dalam MRD, sentrifuge pada 13,000g dan gantung semula dalam MRD sehingga OD600 ialah 0.4. Tambahkan aliquot 0.5 ml penggantungan kepada 5 ml agar atas NZCYM cair (0.6% agar) dan tuangkannya ke atas plat bawah NZCYM 1.2%. Selepas pengawetan dan pengeringan, ASxL5T yang dicairkan secara bersiri diedarkan sebagai titisan 20 µl pada setiap papan rumput dalam tiga kali ganda. Suhu kultur dan suasana bergantung kepada keperluan bakteria ujian.
Gunakan Kit DNA Genomik Bakteria GenElute™ (Sigma Aldridge) untuk menyediakan DNA daripada pengasingan bakteria. Kaedah standard digunakan untuk penguatan PCR gen 16S rRNA dan penentuan jujukan produk menggunakan kimia penamatan pewarna (Perkhidmatan Baca Nilai Eurofins, Jerman). Gunakan program BLAST-N untuk membandingkan jujukan ini dengan jujukan gen rRNA 16S yang lain untuk mengenal pasti dan mengumpul spesies yang berkait rapat. Ini diselaraskan menggunakan ClustalW dalam program MEGA X. Pokok filogenetik telah dibina semula menggunakan MEGA X menggunakan kaedah kemungkinan maksimum berdasarkan model Tamura-Nei, dengan 1000 salinan berpandu54. Gunakan Kit DNA Genomik PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) untuk mengekstrak DNA bagi penjujukan genom keseluruhan. Urutan genom ASxL5T ditentukan menggunakan gabungan Illumina MiSeq, yang terdiri daripada bacaan dua hujung 250 bp yang terdiri daripada perpustakaan yang disediakan menggunakan kit pelabelan Nextera dan bacaan sepanjang 2 hingga 20 kb daripada platform PacBio. Kemudahan Penyelidikan Penjujukan DNA Genomics di Universiti Sembia. Genom telah dipasang menggunakan CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Kultur ASxL5T disimpan dalam Koleksi Budaya Jenis Kebangsaan (UK) dan Koleksi Budaya Bakteria Belanda (NCCB). Genom organisma berkaitan yang digunakan untuk perbandingan ialah: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nombor penyertaan HF680312, lengkap); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nombor penyertaan BMYY01000001, tidak lengkap); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nombor penyertaan NZ_AUGV00000000, tidak lengkap); Komuniti Marinamonas DSM 5604T (tambah ASM436330v1, tidak lengkap), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (tambah MTSD02000001, tidak lengkap) dan Thalassolituus sp. C2-1 (tambah NZ_VNIL01000001, tidak lengkap). Gunakan JGI Genome Portal36 di https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= untuk menentukan skor penjajaran (AF) dan purata identiti asid nukleik (ANI). Berpasangan. Kaedah Rodriguez-R & Konstantinidis55 digunakan untuk menentukan identiti asid amino (AAI). Gunakan GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 untuk menjana anggaran pokok filogenetik kemungkinan maksimum. Genom input yang mewakili genom rujukan yang tersedia dipilih daripada genera rujukan yang dikenal pasti sebagai berkaitan dengan ASxL5T daripada filogeni rRNA 16S. Menganotasi pokok itu menggunakan alat dalam talian pokok kehidupan interaktif (https://itol.embl.de/). Anotasi fungsi dan analisis genom ASxL5T dijalankan menggunakan alat dalam talian BlastKOALA KEGG menggunakan pengedaran pengayaan modul KEGG (Ensiklopedia Gen dan Genom Kyoto). Taburan kategori COG (kumpulan orthologous) ditentukan menggunakan alat dalam talian eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ dan Muñoz-Dorado, J. Pemangsaan bakteria: 75 tahun dan ia berterusan! . persekitaran. mikroorganisma. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. dsb. Kepelbagaian dan potensi antibakteria bakteria pemangsa di pantai Peru. dadah Mac. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Melalui gen mereka, anda akan memahami mereka: ciri genomik bakteria pemangsa. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Gaya hidup pemangsa bakteria Bdellovibrio. pasang. Mikrob pastor. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotik daripada bakteria pemangsa. Beilstein J. Histokimia 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio dan organisma serupa adalah peramal kepelbagaian mikrobiom dalam populasi perumah yang berbeza. mikroorganisma. Ekologi. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. dan Ballesté-Delpierre, C. Temui status semasa ejen antibakteria baharu. klinikal. mikroorganisma. Jangkitan. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Pemangsaan dwi fag dan fag boleh membasmi mangsa E. coli tanpa satu pemangsa. J. Bakteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Kiraan dan kepelbagaian Campylobacter dan bacteriophages yang diasingkan semasa kitaran pemakanan ayam jarak bebas dan organik. Persekitaran aplikasi. mikroorganisma. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA dll. Kemas kini taksonomi genom dan epidemiologi babi Campylobacter. sains. Wakil 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Aliran kerja mesra pengguna untuk genomik sistem. Bioinformatik 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Kaedah penjajaran jujukan berbilang yang mengurangkan kerumitan masa dan ruang. Maklumat biologi BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Alat untuk penjajaran automatik dan pemangkasan dalam analisis filogenetik berskala besar. Bioinformatik 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, gen EC dan ramalan tapak permulaan terjemahan jujukan metagenomik. Bioinformatik 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Kit alat pengelasan NCBI merentas platform dan cekap. Bio Rxiv. (Diakses pada 1 Jun 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Harga, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-anggaran pokok kemungkinan maksimum dengan penjajaran besar. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Selari. (Diakses pada 1 Jun 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Ensiklopedia Gen dan Genom Kyoto. Penyelidikan asid nukleik. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. dsb. Peranan extremolytes ectoine dan hydroxyectoine sebagai pelindung tekanan dan nutrien: genetik, genomik sistem, biokimia, dan analisis struktur. Gen (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Ekspresi protein yang berbeza semasa pertumbuhan bakteria obligat hidrokarbon merendahkan marin Thalassolituus oleivorans MIL-1 semasa pertumbuhan alkana rantai sederhana dan panjang . depan. mikroorganisma. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., dan Jurkevitch, E. Kaedah genomik perbandingan baharu untuk menentukan penunjuk khusus fenotip mendedahkan pewarisan khusus dalam tanda bakteria pemangsa. Perpustakaan Sains Awam Satu. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, dll. Gen Thalassolituus oleivorans. November, sp. nov., sejenis bakteria marin baharu yang pakar dalam penggunaan hidrokarbon. antarabangsa. J. Sistem. evolusi. mikroorganisma. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, sp. Pada bulan November, ia terpisah daripada air laut yang beredar di Pasifik Selatan. antarabangsa. J. Sistem. evolusi. mikroorganisma. 66, 5010–5015 (2016).