Een nieuw type gramnegatieve, aerobe, zouttolerante, actieve, staafvormige en roofzuchtige bacterie ASxL5T werd geïsoleerd uit een koeienmestvijver in Nottinghamshire, Engeland, en gebruikte Campylobacter als prooi. Vervolgens werden andere Campylobacter-soorten en leden van de Enterobacteriaceae-familie als prooi ontdekt. Na subcultuur zonder gastheercellen werd een zwakke aseptische groei bereikt op Brain Heart Infusion Agar. De optimale groeiomstandigheden zijn 37 °C en de pH is 7. Transmissie-elektronenmicroscopie onthulde enkele zeer ongebruikelijke morfologische kenmerken die verband houden met de beschikbaarheid van prooien. Fylogenetische analyse met behulp van de 16S-rRNA-gensequentie gaf aan dat het isolaat verwant is aan een lid van de Marine Spirulina-familie, maar niet duidelijk kan worden geclassificeerd als een lid van een bekend geslacht. Whole-genome sequencing van ASxL5T bevestigde de relatie met leden van de mariene spirocheten. Uit een databaseonderzoek bleek dat verschillende ASxL5T's 16S rRNA-gensequenties delen met verschillende niet-gekweekte bacteriën uit de oceaan, het landoppervlak en het grondwater. We suggereren dat de stam ASxL5T een nieuwe soort in een nieuw geslacht vertegenwoordigt. Wij adviseren de naam Venatorbacter cucullus gen. November, sp. In november werd ASxL5T als typesoort gebruikt.
Roofzuchtige bacteriën zijn bacteriën die het vermogen vertonen om andere levende bacteriën op te sporen en te doden om biosynthetische materialen en energie te verkrijgen. Dit verschilt van de algemene terugwinning van voedingsstoffen uit dode micro-organismen, en ook van parasitaire interacties, waarbij bacteriën een nauwe relatie met hun gastheer aangaan zonder ze te doden. Roofzuchtige bacteriën hebben verschillende levenscycli ontwikkeld om te profiteren van overvloedige voedselbronnen in de niches waar ze voorkomen (zoals mariene habitats). Ze vormen een taxonomisch diverse groep, die alleen met elkaar verbonden zijn door hun unieke sterilisatielevenscyclus1. Voorbeelden van roofzuchtige bacteriën zijn gevonden in verschillende phyla, waaronder: Proteobacteria, Bacteroides en Chlorella.3. De best bestudeerde roofbacteriën zijn echter de Bdellovibrio en Bdellovibrio-en-achtige organismen (BALOs4). Roofzuchtige bacteriën zijn een veelbelovende bron van nieuwe biologisch actieve stoffen en antibacteriële middelen5.
Er wordt aangenomen dat roofzuchtige bacteriën de microbiële diversiteit vergroten en een positieve invloed hebben op de gezondheid, productiviteit en stabiliteit van ecosystemen6. Ondanks deze positieve eigenschappen zijn er weinig onderzoeken naar nieuwe roofzuchtige bacteriën vanwege de moeilijkheid om bacteriën te kweken en de noodzaak om celinteracties zorgvuldig te observeren om hun complexe levenscycli te begrijpen. Deze informatie is niet eenvoudig te verkrijgen via computeranalyse.
In een tijdperk van toenemende antimicrobiële resistentie worden nieuwe strategieën bestudeerd om bacteriële pathogenen te bestrijden, zoals het gebruik van bacteriofagen en roofbacteriën7,8. ASxL5T-bacteriën werden in 2019 geïsoleerd met behulp van faagisolatietechnologie uit koeienmest verzameld bij het Dairy Centre van de Universiteit van Nottingham, Nottinghamshire. Het doel van het onderzoek is het isoleren van organismen met potentieel als biologische bestrijdingsmiddelen. Campylobacter hyointestinalis is een zoönotische ziekteverwekker, die steeds vaker in verband wordt gebracht met darmziekten bij de mens10. Het is alomtegenwoordig in serum en wordt gebruikt als doelgastheer.
De ASxL5T-bacterie werd geïsoleerd uit rundergelei omdat werd waargenomen dat de plaques die deze vormde op het gazon van C. hyointestinalis vergelijkbaar waren met die geproduceerd door bacteriofagen. Dit is een onverwachte bevinding, omdat een deel van het faagisolatieproces het filteren door een 0,2 µm filter omvat, dat is ontworpen om bacteriële cellen te verwijderen. Microscopisch onderzoek van het uit de plaque geëxtraheerde materiaal onthulde dat de kleine gramnegatieve, gebogen staafvormige bacteriën geen polyhydroxybutyraat (PHB) accumuleerden. De aseptische cultuur, onafhankelijk van prooicellen, wordt gerealiseerd op rijk vast medium (zoals hersen-hart-infusie-agar (BHI) en bloed-agar (BA)), en de groei ervan is zwak. Het wordt verkregen na subcultuur met een zware inoculumverbetering. Het groeit even goed onder micro-aerobe (7% v/v zuurstof) en atmosferische zuurstofomstandigheden, maar niet in een anaerobe atmosfeer. Na 72 uur was de diameter van de kolonie erg klein, namelijk 2 mm, en was beige, doorschijnend, rond, convex en glanzend. Standaard biochemische tests worden belemmerd omdat ASxL5T niet op betrouwbare wijze in vloeibare media kan worden gekweekt, wat erop wijst dat het afhankelijk kan zijn van de complexe levenscyclus van biofilmvorming. Uit de plaatsuspensie bleek echter dat ASxL5T aëroob is, positief voor oxidase en catalase, en 5% NaCl kan verdragen. ASxL5T is resistent tegen 10 µg streptomycine, maar is gevoelig voor alle andere geteste antibiotica. De ASxL5T-bacteriecellen werden onderzocht met TEM (Figuur 1). Wanneer ze zonder prooicellen op de BA worden gekweekt, zijn ASxL5T-cellen kleine Campylobacter, met een gemiddelde lengte van 1,63 μm (± 0,4), een breedte van 0,37 μm (± 0,08) en een enkele lange (tot 5 μm) pool. Seksuele flagella. Ongeveer 1,6% van de cellen blijkt een breedte te hebben van minder dan 0,2 μm, waardoor doorgang door het filterapparaat mogelijk is. Er werd een ongebruikelijke structurele uitbreiding waargenomen aan de bovenkant van sommige cellen, vergelijkbaar met een stroomlijnkap (Latijnse cucullus) (zie de pijlen in 1D, E, G). Dit lijkt te zijn samengesteld uit een overmaat aan buitenmembraan, wat te wijten kan zijn aan de snelle vermindering van de grootte van de periplasmatische omhulling, terwijl het buitenmembraan intact blijft en een "los" uiterlijk vertoont. Het kweken van ASxL5T in afwezigheid van voedingsstoffen (in PBS) gedurende een lange tijd bij 4°C resulteerde erin dat de meeste (maar niet alle) cellen een coccale morfologie vertoonden (Figuur 1C). Wanneer ASxL5T 48 uur lang met Campylobacter jejuni als prooi groeit, is de gemiddelde celgrootte aanzienlijk langer en smaller dan die van cellen die zonder gastheer zijn gekweekt (Tabel 1 en Figuur 1E). Wanneer ASxL5T daarentegen 48 uur lang met E. coli als prooi groeit, is de gemiddelde celgrootte langer en breder dan wanneer deze zonder prooi groeit (Tabel 1), en is de cellengte variabel en vertoont deze meestal draadvormig (Figuur 1F). Bij incubatie met Campylobacter jejuni of E. coli als prooi gedurende 48 uur vertoonden ASxL5T-cellen helemaal geen flagellen. Tabel 1 vat de waarnemingen samen van veranderingen in celgrootte op basis van de aanwezigheid, afwezigheid en prooitype van ASxL5T.
TEM-weergave van ASx5LT: (A) ASx5LT toont lange zweep; (B) typische ASx5LT-batterij; (C) kokken ASx5LT-cellen na lange incubatie zonder voedingsstoffen; (D) een groep ASx5LT-cellen vertoont een afwijking (E) De ASx5LT-celgroep geïncubeerd met Campylobacter-prooi vertoonde een toegenomen cellengte vergeleken met die zonder prooigroei (D) vertoonde ook een apicale structuur; (F) Grote filamenteuze flagellen, ASx5LT-cellen, na incubatie met E. coli-prooi; (G) Een enkele ASx5LT-cel na incubatie met E. coli, die een ongebruikelijke topstructuur vertoont. De balk vertegenwoordigt 1 μm.
Het bepalen van de 16S rRNA-gensequentie (toegangsnummer MT636545.1) maakt het doorzoeken van databases mogelijk om sequenties vast te stellen die vergelijkbaar zijn met die in de Gammaproteobacteria-klasse, en die het dichtst bij mariene bacteriën in de mariene spirillum-familie staan ​​(Figuur 2), en lid zijn van het Thalassolituus-geslacht Het dichtst verwant aan Marine Bacillus. De 16S rRNA-gensequentie verschilt duidelijk van de roofzuchtige bacteriën die behoren tot de familie Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). De paarsgewijze vergelijkingen van B. bacteriovorus HD100T (type stam, DSM 50701) en B. bacteriovorus DM11A waren 48,4% en 47,7%, en voor B. exovorus JSS was dit 46,7%. ASxL5T-bacteriën hebben 3 kopieën van het 16S-rRNA-gen, waarvan er twee identiek zijn aan elkaar, en de derde drie basen uit elkaar ligt. Twee andere roofzuchtige bacteriële isolaten (ASx5S en ASx5O; 16S rRNA-gentoegangsnummers zijn respectievelijk MT636546.1 en MT636547.1) met vergelijkbare morfologische en fenotypische kenmerken van dezelfde locatie zijn niet hetzelfde, maar ze verschillen van ASxL5T en niet-gekweekte bacteriële isolaten. databasesequenties zijn geclusterd met andere geslachten in Oceanospirillaceae (Figuur 2). De volledige genoomsequentie van ASxL5T is bepaald en opgeslagen in de NCBI-database, en het toegangsnummer is CP046056. Het genoom van ASxL5T bestaat uit een circulair chromosoom van 2.831.152 bp met een G + C-ratio van 56,1%. De genoomsequentie bevat 2653 CDS (totaal), waarvan wordt voorspeld dat 2567 voor eiwitten coderen, waarvan 1596 kunnen worden toegewezen als vermeende functies (60,2%). Het genoom bevat 67 RNA-coderende genen, waaronder 9 rRNA's (elk 3 voor 5S, 16S en 23S) en 57 tRNA's. De genomische kenmerken van ASxL5T werden vergeleken met de beschikbare genomen van stammen van het dichtstbijzijnde relatieve type geïdentificeerd uit de 16S rRNA-gensequentie (Tabel 2). Gebruik aminozuuridentiteit (AAI) om alle beschikbare Thalassolituus-genomen te vergelijken met ASxL5T. De dichtstbijzijnde beschikbare (onvolledige) genoomsequentie bepaald door AAI is Thalassolituus sp. C2-1 (voeg NZ_VNIL01000001 toe). Deze stam werd geïsoleerd uit de diepzeesedimenten van de Marianentrog, maar er is momenteel geen fenotypische informatie over deze stam ter vergelijking. Vergeleken met de 2,82 Mb van ASxL5T is het genoom van het organisme groter: 4,36 Mb. De gemiddelde genoomgrootte van mariene spirocheten is ongeveer 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 volledige referentiegenomen onderzocht op https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), dus het genoom van ASxL5T komt overeen met de bestelling Vergeleken met de andere leden is deze vrij klein. Gebruik GToTree 1.5.54 om een ​​op het genoom gebaseerde geschatte fylogenetische boom met maximale waarschijnlijkheid te genereren (Figuur 3A), met behulp van de uitgelijnde en gekoppelde aminozuursequenties van 172 genen met één kopie die specifiek zijn voor Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Uit de analyse bleek dat het nauw verwant is aan Thalassolituus, Bacterial Plane en Marine Bacterium. Deze gegevens geven echter aan dat ASxL5T verschilt van zijn verwanten in Marine Spirulina en dat er gegevens over de genoomsequentie beschikbaar zijn.
De fylogenetische boom die de 16S rRNA-gensequentie gebruikt, benadrukt de positie van de ASxL5T-, ASxO5- en ASxS5-stammen (met de ingewanden) ten opzichte van de niet-gecultiveerde en mariene bacteriestammen in de Marine Spirulinaceae. Het Genbank-inschrijvingsnummer volgt de stamnaam tussen haakjes. Gebruik ClustalW om sequenties uit te lijnen, en gebruik de maximale waarschijnlijkheidsmethode en het Tamura-Nei-model om fylogenetische relaties af te leiden, en voer 1000 begeleide replicaties uit in het MEGA X-programma. Het getal op de tak geeft aan dat de begeleide kopieerwaarde groter is dan 50%. Escherichia coli U/541T werd als outgroup gebruikt.
(A) Een fylogenetische boom gebaseerd op het genoom, die de relatie toont tussen de mariene Spirospiraceae-bacterie ASxL5T en zijn naaste verwanten, E. coli U 5/41T als een outgroup. (B) Vergeleken met T. oleivorans MIL-1T wordt de functionele categorieverdeling van genen voorspeld op basis van de orthologe groep (COG) cluster van ASx5LT-eiwit. De figuur links toont het aantal genen in elke functionele COG-categorie in elk genoom. De grafiek rechts toont het percentage genomen in elke functionele COG-groep. (C) Vergeleken met T. oleiverans MIL-1T, de analyse van de volledige KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modulaire route van ASxL5T.
Het gebruik van de KEGG-database om de componentgenen te onderzoeken die aanwezig zijn in het ASxL5T-genoom onthulde de typische metabolische route van aërobe gamma-Proteus. ASxL5T bevat in totaal 75 genen die zijn toegewezen aan bacteriële motoreiwitten, waaronder genen die betrokken zijn bij chemotaxis, flagella-assemblage en type IV fimbriae-systeem. In de laatste categorie zijn 9 van de 10 genen verantwoordelijk voor de schokkende bewegingen van een reeks andere organismen. Het genoom van ASxL5T bevat een volledige biosyntheseroute van tetrahydropyrimidine die deelneemt aan de beschermende reactie op osmotische stress, zoals verwacht voor halofielen. Het genoom bevat ook veel complete routes voor cofactoren en vitamines, waaronder riboflavinesyntheseroutes. Hoewel het alkaan-1-mono-oxygenase (alkB2)-gen aanwezig is in ASxL5T, is de route voor het gebruik van koolwaterstoffen niet volledig. In de genoomsequentie van ASxL5T zijn homologen van genen waarvan is vastgesteld dat ze voornamelijk verantwoordelijk zijn voor de afbraak van koolwaterstoffen in T. oleiverans MIL-1T21, zoals TOL_2658 (alkB) en TOL_2772 (alcoholdehydrogenase), duidelijk afwezig. Figuur 3B toont de vergelijking van genverdeling in de COG-categorie tussen ASxL5T en olijfolie MIL-1T. Over het geheel genomen bevat het kleinere ASxL5T-genoom proportioneel minder genen uit elke COG-categorie vergeleken met het grotere gerelateerde genoom. Wanneer het aantal genen in elke functionele categorie wordt uitgedrukt als een percentage van het genoom, worden er verschillen opgemerkt in het percentage genen in de categorieën translatie, ribosomale structuur en biogenese, en de categorieën energieproductie en conversiefunctie, die de grotere ASxL5T vormen. genoom Het percentage wordt vergeleken met dezelfde groep die aanwezig is in het MIL-1T-genoom van T. oleiverans. Daarentegen heeft T. oleivorans MIL-1T, vergeleken met het ASxL5T-genoom, een hoger percentage genen in de categorieën replicatie, recombinatie en reparatie en transcriptie. Interessant genoeg is het grootste verschil in de inhoud van elke functionele categorie van de twee genomen het aantal onbekende genen dat aanwezig is in ASxL5T (Figuur 3B). Er werd een verrijkingsanalyse van KEGG-modules uitgevoerd, waarbij elke KEGG-module een reeks handmatig gedefinieerde functionele eenheden vertegenwoordigt voor annotatie en biologische interpretatie van genoomsequentiegegevens. De vergelijking van genverdeling in de volledige KOG-moduleroute van ASxL5T en olijf-MIL-1T wordt getoond in Figuur 3C. Deze analyse toont aan dat hoewel ASxL5T een volledige zwavel- en stikstofmetabolische route heeft, T. oleiverans MIL-1T dat niet doet. Daarentegen heeft T. oleiverans MIL-1T een volledige metabolische route van cysteïne en methionine, maar deze is onvolledig in ASxL5T. Daarom heeft ASxL5T een karakteristieke module voor sulfaatassimilatie (gedefinieerd als een reeks genen die kunnen worden gebruikt als fenotypische markers, zoals metabolische capaciteit of pathogeniciteit; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T oleiverans MIL-1T. Het vergelijken van de geninhoud van ASxL5T met de lijst met genen die een roofzuchtige levensstijl suggereren, is niet doorslaggevend. Hoewel het waaL-gen dat codeert voor de ligase die in de kern is geassocieerd met het O-antigeenpolysacharide aanwezig is in het ASxL5T-genoom (maar het is gebruikelijk bij veel Gram-negatieve bacteriën), kunnen tryptofaan-2,3-dioxygenase (TDO) genen de 60 aminozuurgenen omvatten zure gebieden die vaak worden aangetroffen in roofzuchtige bacteriën die niet aanwezig zijn. Er zijn geen andere roofzuchtige karakteristieke genen in het ASxL5T-genoom, inclusief de genen die coderen voor enzymen die betrokken zijn bij de isoprenoïde biosynthese in de mevalonaatroute. Merk op dat er geen transcriptioneel regulerend gen gntR is in de onderzochte roofdiergroep, maar dat er drie gntR-achtige genen kunnen worden geïdentificeerd in ASxL5T.
De fenotypische kenmerken van ASxL5T zijn samengevat in Tabel 3 en vergeleken met de fenotypische kenmerken van verwante geslachten 23, 24, 25, 26 en 27 die in de literatuur worden vermeld. Isolaten van T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en Oceanobacter kriegii zijn actieve, zouttolerante, oxidase-positieve staafvormige lichamen, maar hebben vrijwel geen andere fenotypische kenmerken met ASxL5T. De gemiddelde pH van de oceaan is 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), wat wordt weerspiegeld in T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis en O. kriegii. ASxL5T is geschikt voor het grotere pH-bereik (4-9) dat typisch is voor niet-mariene soorten. Fenotypische kenmerken van Thalassolituus sp. C2-1. Onbekend. Het groeitemperatuurbereik van ASxL5T is over het algemeen breder dan dat van mariene stammen (4–42 ° C), hoewel sommige, maar niet alle T. marinus- isolaten hittetolerant zijn. Het onvermogen om ASxL5T in bouillonmedia te laten groeien verhinderde verdere fenotypische karakterisering. Gebruik API 20E om de materialen te testen die van de BA-plaat zijn geschraapt, ONPG, argininedihydrolase, lysinedecarboxylase, ornithinedecarboxylase, citraatgebruik, urease, tryptofaandeaminase, gelatinehydrolyse-enzym, de testresultaten waren allemaal negatief, maar geen indool, acetoïne en H2S werden geproduceerd. Ongefermenteerde koolhydraten omvatten: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdaline en arabinose. Vergeleken met de gepubliceerde verwante referentiestammen wordt het cellulaire vetzuurprofiel van de ASxL5T-stam weergegeven in Tabel 4. De belangrijkste cellulaire vetzuren zijn C16:1ω6c en/of C16:1ω7c, C16:0 en C18:1ω9. Er bestaan ​​ook hydroxyvetzuren C12:0 3-OH en C10:0 3-OH. De verhouding van C16:0 in ASxL5T is hoger dan de gerapporteerde waarde van verwante geslachten. In tegenstelling hiermee is, vergeleken met de gerapporteerde T. marinus IMCC1826TT, de verhouding van C18:1ω7c en/of C18:1ω6c in ASxL5T verminderd. oleivorans MIL-1T en O. kriegii DSM 6294T, maar niet gedetecteerd in B. sanyensis KCTC 32220T. Het vergelijken van de vetzuurprofielen van ASxL5T en ASxLS onthulde subtiele verschillen in de hoeveelheid individuele vetzuren tussen de twee stammen, die consistent zijn met de genomische DNA-sequentie van dezelfde soort. Er werden geen poly-3-hydroxybutyraat (PHB)-deeltjes gedetecteerd met behulp van de Sudan Black-test.
De predatieactiviteit van ASxL5T-bacteriën werd bestudeerd om het prooibereik te bepalen. Deze bacterie kan plaques vormen op Campylobacter-soorten, waaronder: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; Clari NCTC 11458 en C. upsaliensis NCTC 11541T. Gebruik de culturen die worden vermeld in het gedeelte over het bepalen van het gastheerbereik van de methode om een ​​breder scala aan Gram-negatieve en Gram-positieve bacteriën te testen. De resultaten laten zien dat ASxL5T ook kan worden gebruikt in Escherichia coli NCTC 86 en Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques gevormd op Klebsiella oxytoca 11466. De TEM-interactie met E. coli NCTC 86 wordt getoond in Figuur 4A-D, en de interactie met Campylobacter jejuni PT14 en Campylobacter suis S12 wordt getoond in Figuur 4E-H midden. Het aanvalsmechanisme lijkt te verschillen tussen de geteste prooitypen, waarbij een of meer E. coli-cellen aan elke ASxL5T-cel zijn bevestigd en vóór adsorptie lateraal langs de verlengde cel zijn gepositioneerd. Daarentegen lijkt ASxL5T zich aan Campylobacter te hechten via een enkel contactpunt, meestal in contact met de top van de roofdiercel en nabij de top van de Campylobacter-cel (Figuur 4H).
TEM die de interactie toont tussen ASx5LT en prooi: (AD) en E. coli-prooi; (EH) en C. jejuni-prooi. (A) Een typische ASx5LT-cel verbonden met een enkele E. coli (EC)-cel; (B) Een filamenteuze ASx5LT bevestigd aan een enkele EC-cel; (C) Een filamenteuze ASx5LT-cel verbonden met meerdere EC-cellen; (D) Bevestiging van kleinere ASx5LT-cellen op een enkele E. coli (EC)-cel; (E) een enkele ASx5LT-cel verbonden met een Campylobacter jejuni (CJ) -cel; (F) ASx5LT valt C. hyointestinalis (CH) -cellen aan; (G) twee One ASx5LT-cellen vielen een CJ-cel aan; (H) Een close-up van het ASx5LT-bevestigingspunt, nabij de top van de CJ-cel (bar 0,2 μm). De balk vertegenwoordigt 1 μm in (A – G).
Roofzuchtige bacteriën zijn geëvolueerd om te profiteren van overvloedige prooibronnen. Het is duidelijk dat ze wijdverbreid aanwezig zijn in veel verschillende omgevingen. Vanwege de beperkte omvang van de populatieleden is het mogelijk om ASxL5T-bacteriën uit de slurry te isoleren met behulp van de faagscheidingsmethode. De genomische relevantie van ASxL5T voor leden van de oceanopirillaceae-familie van mariene bacteriën is verrassend, hoewel het organisme zouttolerant is en kan groeien op een medium dat 5% zout bevat. Analyse van de waterkwaliteit van de slurry toonde aan dat het natriumchloridegehalte minder dan 0,1% bedroeg. Daarom bevindt modder zich ver weg van het mariene milieu, zowel geografisch als chemisch. De aanwezigheid van drie verwante maar verschillende isolaten uit dezelfde bron levert bewijs dat deze roofdieren gedijen in dit niet-mariene milieu. Bovendien toonde microbioomanalyse (gegevensbestanden beschikbaar op https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) aan dat dezelfde 16S rRNA-gensequentie zich bevindt in de top 50 van meest voorkomende operationele taxa (OTU ) In enkele bemonsteringsintervallen van de modder. In de Genbank-database zijn verschillende niet-gekweekte bacteriën gevonden, die 16S-rRNA-gensequenties hebben die vergelijkbaar zijn met ASxL5T-bacteriën. Deze sequenties lijken, samen met de sequenties van ASxL5T, ASxS5 en ASxO5, verschillende clades te vertegenwoordigen, gescheiden van Thalassolituus en Oceanobacter (Figuur 2). Drie soorten niet-gekweekte bacteriën (GQ921362, GQ921357 en GQ921396) werden in 2009 geïsoleerd uit het spleetwater op een diepte van 1,3 kilometer in de Zuid-Afrikaanse goudmijn, en de andere twee (DQ256320 en DQ337006) kwamen uit grondwater (ook in Zuid-Afrika). 2005). De 16S rRNA-gensequentie die het nauwst verwant is aan ASxL5T maakt deel uit van de 16S rRNA-gensequentie die is verkregen uit de verrijkingscultuur van zandsedimenten verkregen van de stranden van Noord-Frankrijk in 2006 (toegangsnummer AM29240828). Een andere nauw verwante 16S-rRNA-gensequentie van de niet-gekweekte bacterie HQ183822.1 werd verkregen uit een verzameltank die was uitgeloogd uit een gemeentelijke stortplaats in China. Het is duidelijk dat ASxL5T-bacteriën niet erg representatief zijn in taxonomische databases, maar deze sequenties van niet-gekweekte bacteriën vertegenwoordigen waarschijnlijk organismen die vergelijkbaar zijn met ASxL5T, die over de hele wereld worden verspreid, meestal in uitdagende omgevingen. Uit de fylogenetische analyse van het hele genoom blijkt dat Thalassolituus sp. het dichtst verwant is aan ASxL5T. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. En O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus is een lid van de mariene obligate koolwaterstoffragmentatiebacterie (OHCB), die wijdverspreid is in mariene en terrestrische omgevingen, en meestal de dominante wordt na incidenten met koolwaterstofverontreiniging. Mariene bacteriën zijn geen lid van de OHCB-groep, maar zijn geïsoleerd uit het mariene milieu.
Fenotypische gegevens geven aan dat ASxL5T een nieuwe soort is en lid van een voorheen niet-herkend geslacht in de mariene spirospiraceae-familie. Er bestaat momenteel geen duidelijke standaard om nieuw geïsoleerde stammen in een nieuw geslacht te classificeren. Er zijn pogingen gedaan om universele geslachtsgrenzen te bepalen, op basis van het percentage van het genoom van een conservatief eiwit (POCP). Het wordt aanbevolen dat de grenswaarde 50% identiek is aan die van de referentiestam33. Anderen stellen voor om AAI-waarden te gebruiken, die voordelen hebben ten opzichte van POCP omdat ze kunnen worden verkregen uit onvolledige genomen34. De auteur is van mening dat als de AAI-waarde minder dan 74% bedraagt ​​vergeleken met de modelstam van de modelsoort, de stam representatief is voor een ander geslacht. Het modelgeslacht in de mariene spirillaceae is mariene spirillum, en de modelsoort is O. linum ATCC 11336T. De AAI-waarde tussen ASxL5T en O. linum ATCC 11336T is 54,34%, en de AAI-waarde tussen ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T (soort stammen) is 67,61%, wat aangeeft dat ASxL5T een nieuw geslacht vertegenwoordigt dat verschilt van Thalassolituus. Gebruikmakend van de 16S rRNA-gensequentie als classificatiestandaard, is de voorgestelde geslachtsafbakeningsgrens 94,5%35. ASxL5T kan in het geslacht Thalassolituus worden geplaatst en vertoont 95,03% 16S rRNA-sequentie-identiteit met T. oleivorans MIL-1T en 96,17%. marinus IMCC1826T. Het zal echter ook worden geplaatst in het Bacteroides-geslacht dat 94,64% 16S-rRNA-genidentiteit heeft met B. sanyensis NV9, wat aangeeft dat het gebruik van een enkel gen zoals het 16S-rRNA-gen kan leiden tot willekeurige classificatie en toewijzing. Een andere voorgestelde methode maakt gebruik van ANI en Genome Alignment Score (AF) om de clustering van datapunten van alle typen en niet-type stammen van bestaande geslachten te onderzoeken. De auteur raadt aan om de geslachtsgrens te combineren met het buigpunt van het geschatte geslacht dat specifiek is voor de taxa die wordt geanalyseerd. Als er echter niet voldoende volledige genoomsequenties van Thalassolituus-isolaten zijn, is het onmogelijk om met deze methode te bepalen of ASxL5T tot het geslacht Thalassolituus behoort. Vanwege de beperkte beschikbaarheid van volledige genoomsequenties voor analyse, moet de fylogenetische boom van het gehele genoom met voorzichtigheid worden geïnterpreteerd. Ten tweede kunnen methoden voor het vergelijken van het hele genoom geen rekening houden met substantiële verschillen in de grootte van de vergeleken genomen. Ze maten de gelijkenis van geconserveerde kerngenen met één kopie tussen verwante geslachten, maar hielden geen rekening met het grote aantal genen dat niet aanwezig is in het veel kleinere genoom van ASxL5T. Het is duidelijk dat ASxL5T en groepen zoals Thalassolituus, Oceanobacter en Bacterioplanes een gemeenschappelijke voorouder hebben, maar de evolutie heeft een ander pad gevolgd, wat heeft geleid tot een reductie van het genoom, wat mogelijk een aanpassing aan een roofzuchtige levensstijl zou kunnen zijn. Dit staat in contrast met T. oleivorans MIL-1T, die 28% groter is en onder verschillende omgevingsdruk is geëvolueerd om koolwaterstoffen te gebruiken23,30. Er kan een interessante vergelijking worden gemaakt met obligate intracellulaire parasieten en symbionten, zoals Rickettsia, Chlamydia en Buchnera. Hun genoomgrootte is ongeveer 1 Mb. Het vermogen om metabolieten van de gastheercel te gebruiken leidt tot genverlies en onderging dus een significante evolutionaire genomische afbraak. Evolutionaire veranderingen van mariene chemische voedingsorganismen naar een roofzuchtige levensstijl kunnen resulteren in een vergelijkbare verkleining van de genoomgrootte. De COG- en KEGG-analyse benadrukt het aantal genen dat voor specifieke functies wordt gebruikt en de globale verschillen in de genomische routes tussen ASxL5T en T. oleivorans MIL-1T, die niet te wijten zijn aan de wijdverbreide beschikbaarheid van mobiele genetische elementen. Het verschil in de G + C-verhouding van het gehele genoom van ASxL5T is 56,1%, en dat van T. oleivorans MIL-1T is 46,6%, wat ook aangeeft dat het gescheiden is.
Onderzoek van de coderende inhoud van het ASxL5T-genoom biedt functionele inzichten in fenotypische kenmerken. De aanwezigheid van genen die coderen voor type IV fimbriae (Tfp) is van bijzonder belang omdat ze celbeweging bevorderen, sociaal glijden of convulsies genoemd, zonder flagella op het oppervlak. Volgens rapporten heeft Tfp andere functies, waaronder predatie, pathogenese, biofilmvorming, natuurlijke DNA-opname, automatische celaggregatie en ontwikkeling38. Het ASxL5T-genoom bevat 18 genen die coderen voor diguanylaatcyclase (een enzym dat de omzetting van 2-guanosinetrifosfaat in guanosine 2-fosfaat en cyclisch diGMP katalyseert) en 6 genen die coderen voor het overeenkomstige diguanylaatcyclasefosfaatdiguanylaat. Het gen voor esterase (dat de afbraak van cyclisch di-GMP naar guanosinemonofosfaat katalyseert) is interessant omdat cycl-di-GMP een belangrijke tweede boodschapper is die betrokken is bij de ontwikkeling en scheiding van biofilms, beweging, celhechting en virulentie 39, 40 in het proces. Er moet ook worden opgemerkt dat bij Bdellovibrio bacteriovorus is aangetoond dat cyclische dubbele GMP de overgang tussen vrij leven en roofzuchtige levensstijl controleert41.
Het meeste onderzoek naar roofzuchtige bacteriën heeft zich geconcentreerd op Bdellovibrio, Bdellovibrio-achtige organismen en Myxococcus-soorten. Deze en andere bekende voorbeelden van roofbacteriën vormen een diverse groep. Ondanks deze diversiteit is er een reeks karakteristieke eiwitfamilies geïdentificeerd die de fenotypes van 11 bekende roofzuchtige bacteriën weerspiegelen3,22. Er zijn echter alleen genen geïdentificeerd die coderen voor O-antigeenligase (waaL), wat vooral veel voorkomt bij Gram-negatieve bacteriën. Deze vorm van analyse helpt niet bij het aanwijzen van ASxL5T als roofdier, waarschijnlijk omdat het een nieuwe aanvalsstrategie gebruikt. De beschikbaarheid van meer diverse roofzuchtige bacteriële genomen zal helpen bij het ontwikkelen van fijnere resolutieanalyses die rekening houden met bewijs van functionele en ecologische verschillen tussen groepsleden. Voorbeelden van roofzuchtige bacteriën die niet in deze analyse zijn opgenomen, zijn onder meer leden van Cupriavidus necator en Bradymonabacteria, omdat naarmate onderzoekers verschillende microbiële gemeenschappen onderzoeken, er meer roofzuchtige taxa worden vastgesteld.
Het meest opvallende kenmerk van de ASxL5T-bacteriën die door het TEM-beeld zijn vastgelegd, is de unieke en flexibele morfologie, die de interactie met prooibacteriën kan bevorderen. Het waargenomen type interactie verschilt van dat van andere roofbacteriën en is nog niet eerder ontdekt of gerapporteerd. De voorgestelde roofzuchtige levenscyclus van ASxL5T wordt weergegeven in figuur 5. Er zijn weinig voorbeelden in de literatuur met vergelijkbare apicale structuren als we hier rapporteren, maar deze voorbeelden omvatten Terasakiispira papahanaumokuakeensis, een mariene spirillumbacterie met af en toe een topvergroting 44, en Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , voorheen behorend tot het geslacht Oceanospirillum, vertoont de zogenaamde "polaire film" 45. Cocci Vormen worden vaak waargenomen in oudere culturen, vooral bij bacteriën met gebogen vormen, zoals Vibrio, Campylobacter en Helicobacter 46, 47, 48, die mogelijk een gedegradeerde toestand vertegenwoordigen. Verder werk is nodig om de precieze levenscyclus van ASxL5T-bacteriën te verduidelijken. Om te bepalen hoe het vangt en prooien, en of het genoom codeert voor biologisch actieve verbindingen die kunnen worden gebruikt voor medische of biotechnologische doeleinden.
Beschrijving van Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. is samengesteld uit venators van L. n. venator, 'hunter' en Gr. n. bacter, 'een staaf'. Venatorbacter, 'een jachtstaaf' Cellen zijn aërobe, zouttolerante, gebogen Gram-kleuringsnegatieve, oefenstaaf- en oxidase-activiteit accumuleert niet in het temperatuurbereik van 4 tot 42 °C bereik van 4-9 is ongebruikelijk. Bij zeeslakken zijn de meeste intolerant voor zure pH. De belangrijkste vetzuren zijn C16:1ω6c en/of C16:1ω7c, C16:0 en C12:0 3-OH en C10 :0 3-OH wordt aangetroffen als hydroxyvetzuren in bouillonmedia. Leden van dit geslacht vertonen resistentie tegen Campylobacter. En het predatiegedrag van leden van de Enterobacteriaceae-familie. De fylogenetische positie van dit geslacht ligt in de familie.
Beschrijving van Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus betekent stroomlijnkap).
Bovendien is het beschrijvende kenmerk van dit geslacht dat, wanneer gekweekt op BA of BHI, de cellen 1,63 µm lang en 0,37 µm breed zijn. De kolonies op BHI-agar zijn erg klein en bereiken na 72 uur een diameter van 2 mm. Ze zijn beige, doorschijnend, rond, bol en glanzend. De leden van deze soort kunnen Escherichia coli en Klebsiella gebruiken. Campylobacter en verschillende andere Gram-negatieve bacteriën dienen als prooi.
De typische stam ASxL5T werd geïsoleerd uit rundvleesmelk in Nottinghamshire, VK, en gedeponeerd in de National Type Culture Collection (VK): toegangsnummer NCTC 14397 en de Nederlandse Bacterial Culture Collection (NCCB) toegangsnummer NCCB 100775. De volledige genoomsequentie van ASxL5T is gedeponeerd bij Genbank volgens de toevoeging van CP046056.
ASxL5T-bacteriën werden geïsoleerd uit rundermelk met behulp van faagisolatietechnologie9,49. De slurry werd 1:9 (w/v) verdund in SM-buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O en 0,01% gelatine; Sigma Aldrich, Gillingham, VK), en vervolgens geïncubeerd. bij 4°C gedurende 24 uur, langzaam ronddraaiend om de roofdieren in de buffer te elueren. De suspensie werd 3 minuten bij 3000 g gecentrifugeerd. Het supernatant werd verzameld en voor de tweede keer gedurende 5 minuten bij 13.000 g gecentrifugeerd. Het supernatant werd vervolgens door een membraanfilter van 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Göttingen, Duitsland) en een membraanfilter van 0,2 µm (Minisart) geleid om eventuele resterende bacteriële cellen te verwijderen. ASxL5T kan deze filters doorstaan. Een zachte agargazon van Campylobacter enterosus S12 (NCBI-toegangsnummer CP040464) uit dezelfde slurry werd bereid met behulp van standaardtechnieken. De gefilterde slurry werd in drievoud over elk van deze gastheercelplaten verdeeld in druppeltjes van 10 µl en liet men drogen. De plaat werd 48 uur bij 37°C onder micro-aerobe omstandigheden (5% O2, 5% H2, 10% CO2 en 80% N2) geïncubeerd in een micro-aërofiele tank. De verkregen zichtbare plaque werd geëxtraheerd in SM-buffer en overgebracht naar het verse gazon van C. hyointestinalis S12 om de gelyseerde organismen verder te vermeerderen. Als eenmaal is vastgesteld dat de bacteriën de oorzaak zijn van de lytische plaque en niet de faag, probeer dan het organisme onafhankelijk van de gastheer te laten groeien en het verder te karakteriseren. De aërobe kweek werd uitgevoerd bij 37 °C met 5% v/v gedefibrineerd paardenbloed (TCS Biosciences Lt, Buckingham, VK, supplement). Volgens de richtlijnen van de National Clinical Standards Committee wordt de schijfdiffusiemethode gebruikt voor het testen van antibacteriële gevoeligheid. BHI-agar werd gekweekt bij 37 ° C met behulp van een schijf die de volgende antibiotica (Oxoid) bevatte voor aërobe kweek: amoxicilline en clavulaanzuur 30 µg; cefotaxim 30 µg; streptomycine 10 µg; ciprofloxacine 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidixinezuur 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromycine 15 µg; Chlooramfenicol 30 µg; Cefoxitine 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoïne 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicilline 10 µg; Cefpodoxim 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazol 25 µg. De zouttolerantie werd vastgesteld door aërobe incubatie op BHI-agarplaten bij 37 °C. Er werd extra NaCl aan de BHI-agarplaten toegevoegd om een ​​concentratiebereik van maximaal 10% w/v te verkrijgen. Het pH-bereik wordt bepaald door aërobe kweek op BHI-agarplaten bij 37°C, waarbij het pH-bereik met steriele HCl of steriele NaOH is ingesteld tussen 4 en 9, en de beoogde pH-waarde wordt geverifieerd voordat de plaat wordt uitgegoten. Voor cellulaire vetzuuranalyse werd ASxL5T gedurende 3 dagen op BHI-agar gekweekt en aëroob bij 37 ° C. Volgens het MIDI-standaardprotocol (Sherlock Mbiotic Identification System, versie 6.10) van FERA Science Ltd, (York, VK) werden celvetzuren geëxtraheerd, bereid en geanalyseerd.
Voor TEM werd ASxL5T aëroob gekweekt door uniform te verspreiden op BA bij 37°C gedurende 24 uur, en vervolgens geoogst in 1 ml 3% (v/v) glutaaraldehyde in 0,1 M cacodylaatbuffer bij kamertemperatuur Fix gedurende 1 uur, en vervolgens gecentrifugeerd. bij 10.000 g gedurende 3 minuten. Resuspendeer de pellet vervolgens voorzichtig in 600 μl 0,1 M cacodylaatbuffer. Breng de vaste ASxL5T-ophanging over naar de Formvar/koolstoffilm op een koperen rooster van 200 mesh. De bacteriën werden gedurende 1 minuut gekleurd met 0,5% (w/v) uranylacetaat en onderzocht met TEM met behulp van een TEI Tecnai G2 12 Biotwin-microscoop. Zoals hierboven vermeld, combineer hetzelfde aantal prooien en roofdieren in NZCYM-bouillon (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) en incubeer gedurende 48 uur onder micro-aerobe omstandigheden van Campylobacter of Campylobacter bij 37°C. De interactie van roofdier en prooi werd ook onderzocht door TEM. Aërobe omstandigheden voor Escherichia coli. Onderzoek prooi- en roofzuchtige bacteriën onafhankelijk om eventuele veranderingen in de celmorfologie als gevolg van predatie te bepalen. De Sudan Black-methode werd gebruikt voor optische microscopie van PHB-accumulatie.
Laat ASxL5T-culturen gedurende de nacht groeien door de groei op BHI- of BA-platen uit te smeren met een steriel wattenstaafje. Verzamel ASxL5T-cellen en suspendeer ze in MRD (CM0733, Oxoid) en plaats ze vervolgens gedurende 7 dagen bij 4 °C om de cellen uit te hongeren. De NCTC-referentie- of laboratoriumvoorraadbacteriecultuur werd geïnoculeerd in BHI-bouillon of nr. 2 voedingsbouillon (CM007, Oxoid), overnacht geïncubeerd, gecentrifugeerd bij 13.000 g en opnieuw gesuspendeerd in MRD totdat de OD600 0,4 was. Cultuur: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Special bacteriën NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus onderzeese hamburger NCTC 1621T, Salmonella darmbacteriën Mondeville NCTC 5747, slijm NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. De Campylobacter-gastheer werd micro-aëroob geïncubeerd op BA-platen bij 37°C en gesuspendeerd in NZCYM-bouillon. De geteste Campylobacter-gastheren zijn: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Verzamel cellen erin MRD, centrifugeer bij 13.000 g en resuspendeer in MRD totdat de OD600 0,4 is. Voeg een hoeveelheid van 0,5 ml suspensie toe aan 5 ml gesmolten NZCYM-topagar (0,6% agar) en giet het op een 1,2% NZCYM-bodemplaat. Na uitharden en drogen werd het serieel verdunde ASxL5T in drievoud als druppels van 20 µl op elke gazonplank verdeeld. De kweektemperatuur en atmosfeer zijn afhankelijk van de eisen van de testbacteriën.
Gebruik de GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) om DNA uit bacteriële isolaten te bereiden. Standaardmethoden werden gebruikt voor PCR-amplificatie van het 16S-rRNA-gen en bepaling van de productsequentie met behulp van kleurstofterminatiechemie (Eurofins Value Read Service, Duitsland). Gebruik het BLAST-N-programma om deze sequenties te vergelijken met andere 16S rRNA-gensequenties om nauw verwante soorten te identificeren en te verzamelen. Deze worden uitgelijnd met behulp van ClustalW in het MEGA X-programma. De fylogenetische boom werd gereconstrueerd met behulp van MEGA X met behulp van de maximale waarschijnlijkheidsmethode gebaseerd op het Tamura-Nei-model, met 1000 begeleide kopieën . Gebruik PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, VK) om DNA te extraheren voor sequencing van het hele genoom. De genoomsequentie van ASxL5T werd bepaald met behulp van de Illumina MiSeq-combinatie, die bestaat uit dubbelzijdige lezingen van 250 bp, samengesteld uit een bibliotheek bereid met behulp van de Nextera-labelingskit en 2 tot 20 kb lange lezingen van het PacBio-platform. Genomics DNA-sequencing-onderzoeksfaciliteit aan de Sembia Universiteit. Het genoom werd samengesteld met behulp van CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denemarken). ASxL5T-culturen zijn gedeponeerd in de National Type Culture Collection (VK) en de Nederlandse Bacterial Culture Collection (NCCB). De genomen van verwante organismen die ter vergelijking worden gebruikt, zijn: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (toegangsnummer HF680312, compleet); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (toegangsnummer BMYY01000001, onvolledig); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (toegangsnummer NZ_AUGV00000000, onvolledig); Marinamonas-gemeenschap DSM 5604T (toegevoegd ASM436330v1, onvolledig), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (toegevoegd MTSD02000001, onvolledig) en Thalassolituus sp. C2-1 (voeg NZ_VNIL01000001 toe, onvolledig). Gebruik JGI Genome Portal36 op https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= om de uitlijningsscore (AF) en de gemiddelde nucleïnezuuridentiteit (ANI) te bepalen. In paren. De methode van Rodriguez-R & Konstantinidis55 werd gebruikt om de aminozuuridentiteit (AAI) te bepalen. Gebruik GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 om een ​​fylogenetische boom met de maximale waarschijnlijkheid te genereren. Het invoergenoom dat het beschikbare referentiegenoom vertegenwoordigt, wordt geselecteerd uit referentiegeslachten waarvan is geïdentificeerd dat ze gerelateerd zijn aan ASxL5T uit de 16S rRNA-fylogenie. Annoteerde de boom met behulp van de interactieve online tool Tree of Life (https://itol.embl.de/). De functionele annotatie en analyse van het ASxL5T-genoom wordt uitgevoerd met behulp van de BlastKOALA KEGG online tool met behulp van de KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) moduleverrijkingsdistributie. De verdeling van COG-categorieën (orthologische groepen) wordt bepaald met behulp van de online tool eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ en Muñoz-Dorado, J. Bacteriële predatie: 75 jaar en het gaat door! . omgeving. micro-organisme. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. Diversiteit en antibacterieel potentieel van roofzuchtige bacteriën aan de Peruaanse kustlijn. Maart medicijnen. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Via hun genen zul je ze begrijpen: de genomische kenmerken van roofzuchtige bacteriën. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE De roofzuchtige levensstijl van de bacteriofaag Bdellovibrio. installeren. Pastor microben. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotica van roofzuchtige bacteriën. Beilstein J. Histochemie 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio en soortgelijke organismen zijn voorspellers van de diversiteit van het microbioom in verschillende gastheerpopulaties. micro-organisme. Ecologie. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. en Ballesté-Delpierre, C. Ontdek de huidige status van nieuwe antibacteriële middelen. klinisch. micro-organisme. Infecteren. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. De dubbele predatie van faag en faag kan E. coli-prooien uitroeien zonder een enkele predatie. J. Bacteriën. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Het aantal en de diversiteit van Campylobacter en bacteriofagen geïsoleerd tijdens de voedingscyclus van vrije uitloop- en biologische kippen. Applicatieomgeving. micro-organisme. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. Update de genomische taxonomie en epidemiologie van Campylobacter-varkens. wetenschap. Vertegenwoordiger 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Gebruiksvriendelijke workflow voor systeemgenomica. Bio-informatica 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Een methode voor het uitlijnen van meerdere sequenties die de complexiteit van tijd en ruimte vermindert. Biologische informatie van BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: een hulpmiddel voor automatische uitlijning en trimmen bij grootschalige fylogenetische analyse. Bio-informatica 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC-gen- en metagenomische sequentievertaling starten de voorspelling van de locatie. Bio-informatica 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: platformonafhankelijke en efficiënte NCBI-classificatietoolkit. Bio Rxiv. (Betreden op 1 juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-geschatte maximale waarschijnlijkheidsboom met grote uitlijning. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Betreden op 1 juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto-encyclopedie van genen en genomen. Nucleïnezuuronderzoek. 28, 27-30 (2000).
Tsjechië, L. enz. De rol van extremolyten ectoïne en hydroxyectoïne als stressbeschermers en voedingsstoffen: genetica, systeemgenomica, biochemie en structurele analyse. Gene (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Differentiële eiwitexpressie tijdens de groei van de obligate mariene koolwaterstofafbrekende bacterie Thalassolituus oleivorans MIL-1 tijdens de groei van alkanen met middellange en lange keten. voorkant. micro-organisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., en Jurkevitch, E. Een nieuwe vergelijkende genomica-methode voor het definiëren van fenotypisch-specifieke indicatoren onthult specifieke overerving in roofzuchtige bacteriën. Openbare Wetenschapsbibliotheek Eén. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, enz. Thalassolituus oleivorans-gen. November, sp. nov., een nieuw type mariene bacterie die gespecialiseerd is in het gebruik van koolwaterstoffen. internationaliteit. J. Systeem. evolutie. micro-organisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, sp. In november scheidde het zich af van het zeewater dat in de Stille Zuidzee circuleerde. internationaliteit. J. Systeem. evolutie. micro-organisme. 66, 5010-5015 (2016).