Ze stawu z krowim łajnem w Nottinghamshire w Anglii wyizolowano nowy typ bakterii Gram-ujemnych, tlenowych, tolerujących sól, aktywnych, pałeczkowatych i drapieżnych bakterii ASxL5T, których ofiarą był Campylobacter. Następnie odkryto, że ofiary stanowią inne gatunki Campylobacter i członkowie rodziny Enterobacteriaceae. Po hodowli subkulturowej bez komórek gospodarza uzyskano słaby aseptyczny wzrost na agarze Brain Heart Infusion Agar. Optymalne warunki wzrostu to 37 °C, a pH wynosi 7. Transmisyjna mikroskopia elektronowa ujawniła pewne bardzo niezwykłe cechy morfologiczne związane z dostępnością ofiary. Analiza filogenetyczna z wykorzystaniem sekwencji genu 16S rRNA wykazała, że ​​izolat jest spokrewniony z członkiem rodziny Marine Spirulina, ale nie można go jednoznacznie sklasyfikować jako członka żadnego znanego rodzaju. Sekwencjonowanie całego genomu ASxL5T potwierdziło związek z przedstawicielami krętków morskich. Przeszukanie bazy danych ujawniło, że kilka ASxL5T ma takie same sekwencje genów 16S rRNA jak kilka niehodowanych bakterii z oceanów, powierzchni lądów i wód gruntowych. Sugerujemy, że szczep ASxL5T reprezentuje nowy gatunek w nowym rodzaju. Polecamy nazwę Venatorbacter cucullus gen. Listopad, sp. W listopadzie jako szczep typu użyto ASxL5T.
Bakterie drapieżne to bakterie wykazujące zdolność polowania i zabijania innych żywych bakterii w celu uzyskania materiałów biosyntetycznych i energii. Różni się to od ogólnego odzyskiwania składników odżywczych z martwych mikroorganizmów, a także różni się od interakcji pasożytniczych, w których bakterie tworzą bliski związek z żywicielem, nie zabijając go. Bakterie drapieżne wyewoluowały różne cykle życiowe, aby wykorzystać obfite źródła pożywienia w niszach, w których występują (takich jak siedliska morskie). Stanowią one grupę zróżnicowaną taksonomicznie, którą łączy jedynie unikalny cykl życia sterylizacji1. Przykłady bakterii drapieżnych znaleziono w kilku różnych gromadach, w tym: Proteobacteria, Bacteroides i Chlorella.3. Jednakże najlepiej zbadanymi bakteriami drapieżnymi są organizmy Bdellovibrio oraz organizmy Bdellovibrio i podobne (BALOs4). Bakterie drapieżne są obiecującym źródłem nowych związków biologicznie aktywnych i środków przeciwbakteryjnych5.
Uważa się, że bakterie drapieżne zwiększają różnorodność drobnoustrojów i mają pozytywny wpływ na zdrowie, produktywność i stabilność ekosystemu6. Pomimo tych pozytywnych cech istnieje niewiele badań nad nowymi bakteriami drapieżnymi ze względu na trudności w hodowli bakterii i potrzebę uważnej obserwacji interakcji komórkowych w celu zrozumienia ich złożonych cykli życiowych. Informacje te nie są łatwe do uzyskania na podstawie analizy komputerowej.
W dobie rosnącej oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe badane są nowe strategie zwalczania patogenów bakteryjnych, takie jak wykorzystanie bakteriofagów i bakterii drapieżnych7,8. Bakterie ASxL5T wyizolowano w 2019 roku przy użyciu technologii izolacji fagowej z krowiego łajna zebranego z Dairy Center of the University of Nottingham w Nottinghamshire. Celem badania jest wyizolowanie organizmów o potencjale jako czynniki biologicznej kontroli. Campylobacter hyointestinalis jest patogenem odzwierzęcym, który coraz częściej wiąże się z chorobami jelit człowieka10. Jest wszechobecny w surowicy i stosowany jako żywiciel docelowy.
Bakterię ASxL5T wyizolowano z galaretki wołowej, ponieważ zaobserwowano, że płytki utworzone przez nią na trawniku C. hyointestinalis były podobne do tych wytwarzanych przez bakteriofagi. Jest to nieoczekiwane odkrycie, ponieważ część procesu izolacji fagów obejmuje filtrowanie przez filtr 0,2 µm, który jest przeznaczony do usuwania komórek bakteryjnych. Badanie mikroskopowe materiału wyekstrahowanego z płytki ujawniło, że małe bakterie Gram-ujemne o zakrzywionym kształcie pałeczki nie akumulowały polihydroksymaślanu (PHB). Aseptyczną hodowlę niezależną od komórek ofiary prowadzi się na bogatym podłożu stałym (takim jak agar z naparem mózgowo-sercowym (BHI) i agar z krwią (BA)), a jej wzrost jest słaby. Otrzymuje się go po podhodowli z dodatkiem ciężkiego inokulum. Rośnie równie dobrze w warunkach mikroaerobowych (7% v/v tlenu) i tlenu atmosferycznego, ale nie w atmosferze beztlenowej. Po 72 godzinach średnica kolonii była bardzo mała, sięgała 2 mm, była beżowa, półprzezroczysta, okrągła, wypukła i błyszcząca. Standardowe badania biochemiczne są utrudnione, ponieważ nie można wiarygodnie hodować ASxL5T w płynnych pożywkach, co sugeruje, że może to zależeć od złożonego cyklu życiowego tworzenia biofilmu. Jednakże zawiesina płytek wykazała, że ​​ASxL5T jest tlenowcem, dodatnim pod względem oksydazy i katalazy oraz toleruje 5% NaCl. ASxL5T jest oporny na 10 µg streptomycyny, ale jest wrażliwy na wszystkie inne testowane antybiotyki. Komórki bakteryjne ASxL5T zbadano za pomocą TEM (ryc. 1). Hodowane bez komórek zdobyczy na BA, komórki ASxL5T są małymi Campylobacter, o średniej długości 1,63 μm (± 0,4), szerokości 0,37 μm (± 0,08) i pojedynczym długim (do 5 μm) biegunem. Wici płciowe. Wydaje się, że około 1,6% komórek ma szerokość mniejszą niż 0,2 µm, co umożliwia przejście przez urządzenie filtrujące. Zaobserwowano niezwykłe przedłużenie strukturalne na górze niektórych komórek, podobne do owiewki (łac. cucullus) (patrz strzałki w 1D, E, G). Wydaje się, że składa się ona z nadmiaru błony zewnętrznej, co może wynikać z szybkiego zmniejszenia rozmiaru otoczki peryplazmatycznej, podczas gdy błona zewnętrzna pozostaje nienaruszona, wykazując „luźny” wygląd. Hodowla ASxL5T przy braku składników odżywczych (w PBS) przez długi czas w temperaturze 4°C spowodowała, że ​​większość (ale nie wszystkie) komórek wykazywała morfologię kokosową (Figura 1C). Gdy ASxL5T rośnie z Campylobacter jejuni jako ofiarą przez 48 godzin, średni rozmiar komórki jest znacznie dłuższy i węższy niż w przypadku komórek hodowanych bez żywiciela (Tabela 1 i Figura 1E). Natomiast gdy ASxL5T rośnie z E. coli jako ofiarą przez 48 godzin, średni rozmiar komórek jest dłuższy i szerszy niż w przypadku wzrostu bez ofiary (Tabela 1), a długość komórek jest zmienna i zwykle wykazuje włókna nitkowate (Rysunek 1F). Po inkubacji z Campylobacter jejuni lub E. coli jako ofiarą przez 48 godzin komórki ASxL5T nie wykazywały w ogóle wici. Tabela 1 podsumowuje obserwacje zmian w wielkości komórek w oparciu o obecność, brak i rodzaj ofiary ASxL5T.
Wyświetlacz TEM ASx5LT: (A) ASx5LT pokazuje długi bicz; (B) typowy akumulator ASx5LT; (C) komórki ziarniaków ASx5LT po długiej inkubacji bez składników odżywczych; (D) grupa komórek ASx5LT wykazuje nieprawidłowości. (E) Grupa komórek ASx5LT inkubowana z ofiarą Campylobacter wykazała zwiększoną długość komórek w porównaniu z komórkami bez wzrostu ofiary (D) również wykazywała strukturę wierzchołkową; (F) Duża wici nitkowata, komórki ASx5LT, po inkubacji z ofiarą E. coli; (G) Pojedyncza komórka ASx5LT po inkubacji z E. coli, wykazująca niezwykłą strukturę górną. Pasek oznacza 1 μm.
Określenie sekwencji genu 16S rRNA (numer dostępu MT636545.1) umożliwia przeszukiwanie baz danych w celu ustalenia sekwencji podobnych do tych z klasy Gammaproteobacteria, najbliższych bakteriom morskim z rodziny spirillum morskich (ryc. 2) i należących do rodzaju Thalassolituus Najbliższy krewny Marine Bacillus. Sekwencja genu 16S rRNA wyraźnie różni się od sekwencji genu bakterii drapieżnych z rodziny Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Porównania parami B. bacteriovorus HD100T (szczep typu DSM 50701) i B. bacteriovorus DM11A wyniosły 48,4% i 47,7%, a dla B. exovorus JSS było to 46,7%. Bakterie ASxL5T mają 3 kopie genu 16S rRNA, z czego dwie są identyczne, a trzecia jest odległa o 3 zasady. Dwa inne izolaty bakterii drapieżnych (ASx5S i ASx5O; numery dostępu genu 16S rRNA to odpowiednio MT636546.1 i MT636547.1) o podobnych cechach morfologicznych i fenotypowych z tego samego miejsca nie są takie same, ale różnią się od ASxL5T i niehodowanych bakterii sekwencje bazy danych są zgrupowane razem z innymi rodzajami Oceanospirillaceae (ryc. 2). Ustalono i zapisano w bazie danych NCBI całą sekwencję genomu ASxL5T, a numer dostępu to CP046056. Genom ASxL5T składa się z okrągłego chromosomu o długości 2 831 152 bp i stosunku G + C wynoszącym 56,1%. Sekwencja genomu zawiera 2653 CDS (ogółem), z których przewiduje się, że 2567 koduje białka, z czego 1596 można przypisać jako domniemane funkcje (60,2%). Genom zawiera 67 genów kodujących RNA, w tym 9 rRNA (po 3 dla 5S, 16S i 23S) oraz 57 tRNA. Charakterystykę genomową ASxL5T porównano z dostępnymi genomami szczepów najbliższego względnego typu zidentyfikowanego na podstawie sekwencji genu 16S rRNA (Tabela 2). Użyj tożsamości aminokwasów (AAI), aby porównać wszystkie dostępne genomy Thalassolituus z ASxL5T. Najbliższą dostępną (niekompletną) sekwencją genomu określoną metodą AAI jest Thalassolituus sp. C2-1 (dodaj NZ_VNIL01000001). Szczep ten wyizolowano z osadów głębinowych rowu Mariana, ale obecnie nie ma informacji fenotypowych na temat tego szczepu do porównania. W porównaniu z ASxL5T o wielkości 2,82 Mb, genom organizmu jest większy i wynosi 4,36 Mb. Średni rozmiar genomu krętków morskich wynosi około 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 kompletne genomy referencyjne zbadane na stronie https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), zatem genom ASxL5T jest zgodny z porządek W porównaniu z innymi członkami jest dość mały. Użyj GToTree 1.5.54 do wygenerowania opartego na genomie drzewa filogenetycznego o maksymalnym prawdopodobieństwie (Rysunek 3A), używając dopasowanych i połączonych sekwencji aminokwasów 172 pojedynczych kopii genów specyficznych dla Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analiza wykazała, że ​​jest on blisko spokrewniony z Thalassolituus, Bacterial Plane i Marine Bacterium. Jednakże dane te wskazują, że ASxL5T różni się od swoich krewnych w morskiej spirulinie i dostępne są dane dotyczące sekwencji genomu.
Drzewo filogenetyczne wykorzystujące sekwencję genu 16S rRNA podkreśla pozycję szczepów ASxL5T, ASxO5 i ASxS5 (z wnętrznościami) w stosunku do nieuprawianych i morskich szczepów bakterii w Marine Spirulinaceae. Numer dostępu Genbank następuje po nazwie szczepu w nawiasach. Użyj ClustalW do dopasowania sekwencji i użyj metody największej wiarygodności oraz modelu Tamury-Nei do wnioskowania o powiązaniach filogenetycznych i wykonaj 1000 replikacji z przewodnikiem w programie MEGA X. Liczba na gałęzi wskazuje, że wartość kopiowania z przewodnikiem jest większa niż 50%. Jako grupę zewnętrzną zastosowano Escherichia coli U/541T.
(A) Drzewo filogenetyczne oparte na genomie, pokazujące pokrewieństwo pomiędzy morską bakterią Spirospiraceae ASxL5T i jej bliskimi krewnymi, E. coli U 5/41T jako grupą zewnętrzną. (B) W porównaniu z T. oleivorans MIL-1T, rozkład kategorii funkcjonalnych genów przewiduje się w oparciu o klaster grup ortologicznych (COG) białka ASx5LT. Rysunek po lewej stronie pokazuje liczbę genów w każdej funkcjonalnej kategorii COG w każdym genomie. Wykres po prawej stronie pokazuje procent genomów zawartych w każdej funkcjonalnej grupie COG. (C) W porównaniu z T. oleiverans MIL-1T, analiza kompletnego szlaku modułowego KEGG (Encyklopedia genów i genomów z Kioto) ASxL5T.
Wykorzystanie bazy danych KEGG do zbadania genów składowych obecnych w genomie ASxL5T ujawniło typowy szlak metaboliczny tlenowej gamma Proteus. ASxL5T zawiera łącznie 75 genów przypisanych do bakteryjnych białek motorycznych, w tym geny zaangażowane w chemotaksję, tworzenie wici i system fimbrii typu IV. W ostatniej kategorii 9 na 10 genów odpowiada za ruch drgający szeregu innych organizmów. Genom ASxL5T zawiera kompletny szlak biosyntezy tetrahydropirymidyny, który uczestniczy w odpowiedzi ochronnej na stres osmotyczny20, zgodnie z oczekiwaniami dla halofilów. Genom zawiera również wiele kompletnych szlaków dla kofaktorów i witamin, w tym szlaki syntezy ryboflawiny. Chociaż gen 1-monooksygenazy alkanowej (alkB2) jest obecny w ASxL5T, szlak wykorzystania węglowodorów nie jest kompletny. W sekwencji genomu ASxL5T ewidentnie nie ma homologów genów zidentyfikowanych jako główne odpowiedzialne za degradację węglowodorów u T. oleiverans MIL-1T21, takich jak TOL_2658 (alkB) i TOL_2772 (dehydrogenaza alkoholowa). Rycina 3B przedstawia porównanie rozkładu genów w kategorii COG pomiędzy ASxL5T i oliwą z oliwek MIL-1T. Ogólnie rzecz biorąc, mniejszy genom ASxL5T zawiera proporcjonalnie mniej genów z każdej kategorii COG w porównaniu z większym pokrewnym genomem. Gdy liczbę genów w każdej kategorii funkcjonalnej wyraża się jako procent genomu, zauważa się różnice w odsetku genów w kategoriach translacji, struktury rybosomów i biogenezy oraz kategoriach funkcji wytwarzania i konwersji energii, które stanowią większą ASxL5T genom Odsetek porównuje się z tą samą grupą obecną w genomie MIL-1T T. oleiverans. Natomiast w porównaniu z genomem ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T ma wyższy procent genów w kategoriach replikacji, rekombinacji i naprawy oraz transkrypcji. Co ciekawe, największą różnicą w zawartości każdej kategorii funkcjonalnej dwóch genomów jest liczba nieznanych genów obecnych w ASxL5T (ryc. 3B). Przeprowadzono analizę wzbogacania modułów KEGG, gdzie każdy moduł KEGG reprezentuje zestaw ręcznie zdefiniowanych jednostek funkcjonalnych do adnotacji i biologicznej interpretacji danych dotyczących sekwencji genomu. Porównanie dystrybucji genów w kompletnym szlaku modułu KOG ASxL5T i oliwkowego MIL-1T pokazano na Figurze 3C. Analiza ta pokazuje, że chociaż ASxL5T ma kompletny szlak metabolizmu siarki i azotu, T. oleiverans MIL-1T nie. Natomiast T. oleiverans MIL-1T ma kompletny szlak metaboliczny cysteiny i metioniny, ale jest niekompletny w ASxL5T. Dlatego ASxL5T posiada charakterystyczny moduł asymilacji siarczanów (definiowany jako zestaw genów, które można wykorzystać jako markery fenotypowe, takie jak zdolność metaboliczna czy patogeniczność; https://www.genome.jp/kegg/module.html) In T , oliwkowe MIL-1T. Porównanie zawartości genów ASxL5T z listą genów sugerujących drapieżny tryb życia nie jest jednoznaczne. Chociaż gen waaL kodujący ligazę związaną z polisacharydem antygenu O do rdzenia jest obecny w genomie ASxL5T (ale jest powszechny u wielu bakterii Gram-ujemnych), geny 2,3-dioksygenazy tryptofanu (TDO) mogą obejmować 60 aminokwasów regiony kwasowe powszechnie występujące u bakterii drapieżnych, które nie są obecne. W genomie ASxL5T nie ma innych charakterystycznych genów drapieżnych, w tym kodujących enzymy biorące udział w biosyntezie izoprenoidów w szlaku mewalonianu. Należy zauważyć, że w badanej grupie drapieżników nie ma genu regulującego transkrypcję gntR, ale w ASxL5T można zidentyfikować trzy geny podobne do gntR.
Charakterystykę fenotypową ASxL5T podsumowano w Tabeli 3 i porównano z charakterystyką fenotypową pokrewnych rodzajów 23, 24, 25, 26 i 27 opisanych w literaturze. Izolaty T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis i Oceanobacter kriegii są aktywnymi, tolerującymi sól, oksydazododatnimi ciałkami w kształcie pałeczek, ale nie mają prawie żadnych innych cech fenotypowych w przypadku ASxL5T. Średnie pH oceanu wynosi 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), co znajduje odzwierciedlenie w T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis i O. kriegi. ASxL5T nadaje się do większego zakresu pH (4-9) typowego dla gatunków innych niż morskie. Charakterystyka fenotypowa Thalassolituus sp. C2-1. Nieznany. Zakres temperatur wzrostu ASxL5T jest generalnie szerszy niż w przypadku szczepów morskich (4–42 °C), chociaż niektóre, choć nie wszystkie, izolaty T. marinus są odporne na ciepło. Niemożność hodowli ASxL5T w pożywce bulionowej uniemożliwiła dalszą charakterystykę fenotypową. Użyj API 20E do przetestowania materiałów zeskrobanych z płytki BA, ONPG, dihydrolazy argininy, dekarboksylazy lizyny, dekarboksylazy ornityny, wykorzystania cytrynianu, ureazy, deaminazy tryptofanu, enzymu hydrolizy żelatyny, wszystkie wyniki testu były negatywne, ale nie stwierdzono indolu, acetoiny i H2S zostały wyprodukowane. Do węglowodanów niesfermentowanych zalicza się: glukozę, mannozę, inozytol, sorbitol, ramnozę, sacharozę, melibiozę, amigdalinę i arabinozę. W porównaniu z opublikowanymi pokrewnymi szczepami referencyjnymi, profil komórkowych kwasów tłuszczowych szczepu ASxL5T przedstawiono w Tabeli 4. Główne komórkowe kwasy tłuszczowe to C16:1ω6c i/lub C16:1ω7c, C16:0 i C18:1ω9. Istnieją również hydroksykwasy tłuszczowe C12:0 3-OH i C10:0 3-OH. Stosunek C16:0 w ASxL5T jest wyższy niż podana wartość dla pokrewnych rodzajów. Natomiast w porównaniu z raportowanym T. marinus IMCC1826TT, stosunek C18:1ω7c i/lub C18:1ω6c w ASxL5T jest zmniejszony. oleivorans MIL-1T i O. kriegii DSM 6294T, ale nie wykryto ich u B. sanyensis KCTC 32220T. Porównanie profili kwasów tłuszczowych ASxL5T i ASxLS ujawniło subtelne różnice w ilości poszczególnych kwasów tłuszczowych pomiędzy dwoma szczepami, które są zgodne z sekwencją genomowego DNA tego samego gatunku. Za pomocą testu czerni sudańskiej nie wykryto żadnych cząstek poli-3-hydroksymaślanu (PHB).
Zbadano aktywność drapieżniczą bakterii ASxL5T w celu określenia zasięgu ofiary. Bakteria ta może tworzyć łysinki na gatunkach Campylobacter, w tym: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; Clari NCTC 11458 i C. upsaliensis NCTC 11541T. Aby przetestować szerszy zakres bakterii Gram-ujemnych i Gram-dodatnich, należy użyć kultur wymienionych w części metody dotyczącej określania zakresu żywicieli. Wyniki pokazują, że ASxL5T można również stosować w przypadku Escherichia coli NCTC 86 i Citrobacter freundii NCTC 9750T. Płytki utworzyły się na Klebsiella oxytoca 11466. Oddziaływanie TEM z E. coli NCTC 86 pokazano na Rycinie 4A-D, a oddziaływanie z Campylobacter jejuni PT14 i Campylobacter suis S12 pokazano na Rycinie 4E-H w środku. Wydaje się, że mechanizm ataku różni się w przypadku badanych typów ofiar, przy czym jedna lub więcej komórek E. coli jest przyczepionych do każdej komórki ASxL5T i umieszczonych z boku wzdłuż wydłużonej komórki przed adsorpcją. W przeciwieństwie do tego, wydaje się, że ASxL5T przyłącza się do Campylobacter poprzez pojedynczy punkt kontaktu, zwykle w kontakcie z wierzchołkiem komórki drapieżnej i w pobliżu wierzchołka komórki Campylobacter (Rysunek 4H).
TEM pokazujący interakcję między ASx5LT a ofiarą: (AD) i ofiarą E. coli; (EH) i ofiarą C. jejuni. (A) Typowa komórka ASx5LT połączona z pojedynczą komórką E. coli (EC); (B) Włóknisty ASx5LT przymocowany do pojedynczej komórki EC; (C) Włóknista komórka ASx5LT połączona z wieloma komórkami EC; (D) Przyłączenie Mniejszych komórek ASx5LT do pojedynczej komórki E. coli (EC); (E) pojedyncza komórka ASx5LT połączona z komórką Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT atakuje komórki C. hyointestinalis (CH); (G) dwie komórki One ASx5LT zaatakowały komórkę CJ; (H) Zbliżenie punktu mocowania ASx5LT w pobliżu wierzchołka ogniwa CJ (pasek 0,2 μm). Pasek oznacza 1 μm w (A – G).
Drapieżne bakterie ewoluowały, aby wykorzystywać obfite źródła zdobyczy. Oczywiście są one szeroko obecne w wielu różnych środowiskach. Ze względu na małą wielkość populacji istnieje możliwość izolacji bakterii ASxL5T z zawiesiny metodą separacji fagów. Znaczenie genomowe ASxL5T dla członków rodziny bakterii morskich oceanospirillaceae jest zaskakujące, chociaż organizm ten jest tolerancyjny na sól i może rosnąć na podłożu zawierającym 5% soli. Analiza jakości wody w zawiesinie wykazała, że ​​zawartość chlorku sodu była mniejsza niż 0,1%. Dlatego błoto jest daleko od środowiska morskiego – zarówno pod względem geograficznym, jak i chemicznym. Obecność trzech spokrewnionych, ale różnych izolatów z tego samego źródła stanowi dowód na to, że drapieżniki te dobrze radzą sobie w środowisku innym niż morskie. Ponadto analiza mikrobiomu (pliki danych dostępne na stronie https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) wykazała, że ​​ta sama sekwencja genu 16S rRNA znajduje się w 50 najliczniejszych taksonach operacyjnych (OTU ) W kilku odstępach czasu próbkowania błota. W bazie danych Genbank znaleziono kilka niewyhodowanych bakterii, które mają sekwencję genu 16S rRNA podobną do bakterii ASxL5T. Sekwencje te, wraz z sekwencjami ASxL5T, ASxS5 i ASxO5, wydają się reprezentować różne klady oddzielone od Thalassolituus i Oceanobacter (ryc. 2). Trzy rodzaje niehodowlanych bakterii (GQ921362, GQ921357 i GQ921396) wyizolowano z wody szczelinowej na głębokości 1,3 km w południowoafrykańskiej kopalni złota w 2009 r., a pozostałe dwa (DQ256320 i DQ337006) pochodziły z wód gruntowych (również w Republice Południowej Afryki) w 2005 roku). Sekwencja genu 16S rRNA najściślej spokrewniona z ASxL5T jest częścią sekwencji genu 16S rRNA uzyskanej z kultury wzbogacającej osadów piaszczystych uzyskanych z plaż północnej Francji w 2006 roku (numer dostępu AM29240828). Inną blisko spokrewnioną sekwencję genu 16S rRNA z niehodowanej bakterii HQ183822.1 uzyskano ze zbiornika zbiorczego wypłukanego z miejskiego wysypiska śmieci w Chinach. Oczywiście bakterie ASxL5T nie są wysoce reprezentatywne w taksonomicznych bazach danych, ale te sekwencje bakterii niehodowanych prawdopodobnie reprezentują organizmy podobne do ASxL5T, które są rozmieszczone na całym świecie, zwykle w trudnych środowiskach. Z analizy filogenetycznej całego genomu najbliższym krewnym ASxL5T jest Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Oraz O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus należy do morskich bakterii obligatoryjnej fragmentacji węglowodorów (OHCB), które są szeroko rozpowszechnione w środowiskach morskich i lądowych i zwykle stają się dominujące po incydentach zanieczyszczenia węglowodorami30,31. Bakterie morskie nie należą do grupy OHCB, ale są izolowane od środowiska morskiego.
Dane fenotypowe wskazują, że ASxL5T jest nowym gatunkiem i członkiem nierozpoznanego wcześniej rodzaju z morskiej rodziny spirospiraceae. Obecnie nie ma jasnego standardu klasyfikacji nowo wyizolowanych szczepów do nowego rodzaju. Podejmowano próby określenia uniwersalnych granic rodzajów, np. na podstawie procentowej zawartości genomu białka konserwatywnego (POCP) zaleca się, aby wartość odcięcia była w 50% identyczna ze szczepem referencyjnym33. Inni sugerują stosowanie wartości AAI, które mają przewagę nad POCP, ponieważ można je uzyskać z niekompletnych genomów34. Autor uważa, że ​​jeśli wartość AAI jest mniejsza niż 74% w porównaniu ze szczepem modelowym gatunku modelowego, to szczep jest reprezentatywny dla innego rodzaju. Rodzajem modelowym morskich spirillaceae jest spirillum morskie, a szczepem modelowym jest O. linum ATCC 11336T. Wartość AAI między ASxL5T i O. linum ATCC 11336T wynosi 54,34%, a wartość AAI między ASxL5T i T. oleivorans MIL-1T (szczepy rodzaju) wynosi 67,61%, co wskazuje, że ASxL5T reprezentuje nowy rodzaj inny niż Thalassolituus. Stosując sekwencję genu 16S rRNA jako standard klasyfikacji, sugerowana granica delimitacji rodzaju wynosi 94,5%35. ASxL5T można umieścić w rodzaju Thalassolituus, wykazując 95,03% identyczności sekwencji 16S rRNA z T. oleivorans MIL-1T i 96,17%. marinusa IMCC1826T. Jednakże zostanie on również umieszczony w rodzaju Bacteroides, który ma 94,64% identyczności genu 16S rRNA z B. sanyensis NV9, co wskazuje, że użycie pojedynczego genu, takiego jak gen 16S rRNA, może prowadzić do arbitralnej klasyfikacji i przypisania. Inna sugerowana metoda wykorzystuje ANI i Genome Alignment Score (AF) do badania grupowania punktów danych ze wszystkich typów i nietypowych szczepów istniejących rodzajów. Autor zaleca połączenie granicy rodzaju z punktem przegięcia oszacowanego rodzaju specyficznego dla analizowanego taksonu. Jeżeli jednak nie ma wystarczającej liczby kompletnych sekwencji genomu izolatów Thalassolituus, nie da się za pomocą tej metody określić, czy ASxL5T należy do rodzaju Thalassolituus. Ze względu na ograniczoną dostępność kompletnych sekwencji genomu do analizy, całe drzewo filogenetyczne genomu należy interpretować ostrożnie. Po drugie, metody porównywania całych genomów nie mogą uwzględniać znaczących różnic w wielkości porównywanych genomów. Zmierzyli podobieństwo konserwatywnych pojedynczych genów rdzenia między pokrewnymi rodzajami, ale nie wzięli pod uwagę dużej liczby genów, które nie są obecne w znacznie mniejszym genomie ASxL5T. Oczywiście ASxL5T i grupy obejmujące Thalassolituus, Oceanobacter i Bacterioplanes mają wspólnego przodka, ale ewolucja poszła inną drogą, prowadząc do redukcji genomu, co może oznaczać przystosowanie się do drapieżnego stylu życia. Kontrastuje to z T. oleivorans MIL-1T, który jest o 28% większy i ewoluował pod różnymi naciskami środowiskowymi w celu wykorzystania węglowodorów23,30. Ciekawego porównania można dokonać z bezwzględnymi pasożytami wewnątrzkomórkowymi i symbiontami, takimi jak Rickettsia, Chlamydia i Buchnera. Rozmiar ich genomu wynosi około 1 Mb. Zdolność do wykorzystania metabolitów komórek gospodarza prowadzi do utraty genów, dlatego uległa znacznej ewolucyjnej degradacji genomu. Zmiany ewolucyjne polegające na przejściu z morskich organizmów odżywczych na drapieżny styl życia mogą skutkować podobnym zmniejszeniem wielkości genomu. Analiza COG i KEGG podkreśla liczbę genów wykorzystywanych do określonych funkcji oraz globalne różnice w szlakach genomowych między ASxL5T i T. oleivorans MIL-1T, które nie wynikają z powszechnej dostępności ruchomych elementów genetycznych. Różnica w stosunku G + C całego genomu ASxL5T wynosi 56,1%, a T. oleivorans MIL-1T wynosi 46,6%, co również wskazuje na jego segregację.
Badanie zawartości kodującej genomu ASxL5T zapewnia funkcjonalny wgląd w cechy fenotypowe. Obecność genów kodujących fimbrie typu IV (Tfp) jest szczególnie interesująca, ponieważ promują one ruch komórek, zwany szybowaniem społecznym lub drgawkami, bez wici na powierzchni. Według doniesień Tfp pełni inne funkcje, w tym drapieżnictwo, patogenezę, tworzenie biofilmu, naturalne pobieranie DNA, automatyczną agregację i rozwój komórek38. Genom ASxL5T zawiera 18 genów kodujących cyklazę diguanylanową (enzym katalizujący konwersję 2-trifosforanu guanozyny do fosforanu guanozyny-2 i cyklicznego diGMP) oraz 6 genów kodujących odpowiedni diguanylan fosforanu cyklazy diguanylanowej. Gen esterazy (katalizujący degradację cyklicznego di-GMP do monofosforanu guanozyny) jest interesujący, ponieważ cyklo-di-GMP jest ważnym przekaźnikiem wtórnym zaangażowanym w rozwój i separację biofilmu, ruch, przyłączanie komórek i zjadliwość w tym procesie 39, 40. Należy również zauważyć, że u Bdellovibrio bacteriovorus wykazano, że cykliczny podwójny GMP kontroluje przejście między wolnym życiem a drapieżnym stylem życia41.
Większość badań nad bakteriami drapieżnymi skupiała się na Bdellovibrio, organizmach Bdellovibriopodobnych i gatunkach Myxococcus. Te i inne znane przykłady bakterii drapieżnych tworzą zróżnicowaną grupę. Pomimo tej różnorodności zidentyfikowano zestaw charakterystycznych rodzin białek, które odzwierciedlają fenotypy 11 znanych bakterii drapieżnych3,22. Jednakże zidentyfikowano jedynie geny kodujące ligazę antygenu O (waaL), co jest szczególnie powszechne w przypadku bakterii Gram-ujemnych. Ta forma analizy nie jest pomocna w określeniu ASxL5T jako drapieżnika, prawdopodobnie dlatego, że wykorzystuje nowatorską strategię ataku. Dostępność bardziej zróżnicowanych genomów bakterii drapieżnych pomoże w opracowaniu dokładniejszych analiz, które uwzględniają dowody na różnice funkcjonalne i środowiskowe między członkami grupy. Przykłady bakterii drapieżnych nieuwzględnionych w tej analizie obejmują przedstawicieli Cupriavidus necator42 i Bradymonabacteria43, ponieważ w miarę badania przez badaczy różnych zbiorowisk drobnoustrojów ustala się więcej taksonów drapieżnych.
Najbardziej zauważalną cechą bakterii ASxL5T uchwyconych na obrazie TEM jest jej wyjątkowa i elastyczna morfologia, która może sprzyjać interakcji z bakteriami będącymi ofiarami. Rodzaj obserwowanej interakcji różni się od innych bakterii drapieżnych i nie został wcześniej odkryty ani zgłoszony. Proponowany cykl życiowy drapieżnika ASxL5T pokazano na rycinie 5. W literaturze istnieje kilka przykładów o podobnych strukturach wierzchołkowych, jak tutaj opisujemy, ale przykłady te obejmują Terasakiispira papahanaumokuakeensis, morską bakterię Spirillum ze sporadycznym powiększeniem wierzchołka 44 oraz Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , dawniej należący do rodzaju Oceanospirillum, prezentujący tzw. „film polarny” 45. Formy ziarniaków często obserwuje się w starszych kulturach, zwłaszcza w przypadku bakterii o postaciach zakrzywionych, takich jak Vibrio, Campylobacter i Helicobacter 46, 47, 48, które mogą reprezentować stan zdegradowany. Konieczne są dalsze prace, aby wyjaśnić dokładny cykl życia bakterii ASxL5T. Ustalenie, w jaki sposób łapie i żeruje oraz czy w jego genomie kodowane są związki biologicznie czynne, które można wykorzystać do celów medycznych lub biotechnologicznych.
Opis Venatorbacter gen. Listopad Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. składa się z venatorów z L. n. venator, „hunter” i Gr. n. bacter, „rózga”. Venatorbacter, „laska myśliwska” Komórki są tlenowe, tolerują sól, zakrzywione barwią się metodą Grama, aktywność katalazy i oksydazy jest dodatnia. W zakresie temperatur od 4 do 42 °C Wrastający Zakres pH 4-9 jest nietypowy. Większość ślimaków morskich nie toleruje kwaśnego pH. Główne kwasy tłuszczowe to C16:1ω6c i/lub C16:1ω7c, C16:0 i C18:1ω9; :0 3-OH i C10:0 3-OH występują jako hydroksykwasy tłuszczowe. Nie rosną w pożywce bulionowej Zawartość C wynosi 56,1% molowych. Członkowie tego rodzaju wykazują oporność na Campylobacter. A zachowania drapieżne członków rodziny Enterobacteriaceae zajmują pozycję filogenetyczną tego rodzaju w rodzinie.
Opis Venatorbacter cucullus sp. Listopad Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus oznacza owiewkę).
Ponadto cechą opisową tego rodzaju jest to, że komórki hodowane na BA lub BHI mają 1,63 µm długości i 0,37 µm szerokości. Kolonie na agarze BHI są bardzo małe, osiągają średnicę 2 mm po 72 godzinach. Są beżowe, półprzezroczyste, okrągłe, wypukłe i błyszczące. Przedstawiciele tego gatunku mogą stosować Escherichia coli i Klebsiella. Ofiarą są Campylobacter i kilka innych bakterii Gram-ujemnych.
Typowy szczep ASxL5T wyizolowano z mleka wołowego w Nottinghamshire w Wielkiej Brytanii i zdeponowano w National Type Culture Collection (Wielka Brytania): numer dostępu NCTC 14397 i numer dostępu Holenderskiej Kolekcji Kultury Bakteryjnej (NCCB) NCCB 100775. Pełna sekwencja genomu ASxL5T został zdeponowany w Genbank zgodnie z dodatkiem CP046056.
Bakterie ASxL5T wyizolowano z mleka wołowego przy użyciu technologii izolacji fagowej9,49. Zawiesinę rozcieńczono 1:9 (w/v) w buforze SM (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4,7H2O i 0,01% żelatyny; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), następnie inkubowano w temperaturze 4°C przez 24 godziny, obracając powoli, aby wymyć drapieżniki do buforu. Zawiesinę odwirowano przy 3000 g przez 3 minuty. Supernatant zebrano i odwirowano przy 13 000 g po raz drugi przez 5 minut. Następnie supernatant przepuszczono przez filtr membranowy 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Getynga, Niemcy) i filtr membranowy 0,2 µm (Minisart) w celu usunięcia wszelkich pozostałych komórek bakteryjnych. ASxL5T może przejść przez te filtry. Miękki trawnik agarowy Campylobacter enterosus S12 (numer dostępu NCBI CP040464) z tej samej zawiesiny przygotowano przy użyciu standardowych technik. Przefiltrowaną zawiesinę rozprowadzono na każdej z płytek z komórkami gospodarza w postaci 10 µl kropelek w trzech powtórzeniach i pozostawiono do wyschnięcia. Płytkę inkubowano w zbiorniku mikroaerofilowym w temperaturze 37°C przez 48 godzin w warunkach mikroaerobowych (5% O2, 5% H2, 10% CO2 i 80% N2). Otrzymaną widoczną łysinkę ekstrahowano do buforu SM i przeniesiono na świeży trawnik C. hyointestinalis S12 w celu dalszego namnażania zlizowanych organizmów. Po ustaleniu, że przyczyną płytki litycznej są bakterie, a nie fagi, należy spróbować wyhodować organizm niezależnie od żywiciela i dokładniej go scharakteryzować. Hodowlę tlenową prowadzono w temperaturze 37°C z 5% obj./obj. odwłóknioną krwią końską (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, dodatek). Zgodnie z wytycznymi Krajowego Komitetu ds. Standardów Klinicznych w badaniu wrażliwości na środki przeciwbakteryjne stosuje się metodę krążkowo-dyfuzyjną. Agar BHI prowadzono w temperaturze 37°C przy użyciu krążka zawierającego następujące antybiotyki (Oxoid) do hodowli tlenowych: amoksycylina i kwas klawulanowy 30 µg; cefotaksym 30 µg; streptomycyna 10 µg; cyprofloksacyna 5 µg; Ceftazydym 30 µg Kwas nalidyksowy 30 µg; Imipenem 10 µg; Azytromycyna 15 µg; Chloramfenikol 30 µg; Cefoksytyna 30 µg; Tetracyklina 30 µg; Nitrofurantoina 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicylina 10 µg; Cefpodoksym 10 µg; Trimetoprim-sulfametoksazol 25 µg. Tolerancję na sól ustalono poprzez inkubację tlenową na płytkach agarowych BHI w temperaturze 37°C. Do płytek agarowych BHI dodano dodatkową ilość NaCl, aby zapewnić zakres stężeń do 10% wag./obj. Zakres pH określa się poprzez hodowlę tlenową na płytkach agarowych BHI w temperaturze 37°C, gdzie zakres pH ustawiono w zakresie od 4 do 9 za pomocą sterylnego HCl lub sterylnego NaOH, a docelową wartość pH sprawdza się przed wylaniem płytki. Do analizy komórkowych kwasów tłuszczowych ASxL5T hodowano na agarze BHI przez 3 dni w atmosferze tlenowej w temperaturze 37°C. Zgodnie ze standardowym protokołem MIDI (Sherlock Microbial Identification System, wersja 6.10) firmy FERA Science Ltd, (York, UK), ekstrahowano, przygotowywano i analizowano komórkowe kwasy tłuszczowe.
Do TEM, ASxL5T hodowano w warunkach tlenowych poprzez równomierne rozprowadzenie na BA w temperaturze 37°C przez 24 godziny, a następnie zebrano do 1 ml 3% (v/v) aldehydu glutarowego w 0,1 M buforze kakodylanowym w temperaturze pokojowej. Utrwalić na 1 godzinę, następnie odwirować przy 10 000 g przez 3 minuty. Następnie delikatnie zawiesić osad w 600 µl 0,1 M buforu kakodylanowego. Przenieść stałą zawiesinę ASxL5T na folię Formvar/węglową na miedzianej siatce o oczkach 200. Bakterie barwiono 0,5% (w/v) octanem uranylu przez 1 minutę i badano metodą TEM przy użyciu mikroskopu TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Jak wspomniano powyżej, połączyć tę samą liczbę ofiar i drapieżników w bulionie NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) i inkubować przez 48 godzin w warunkach mikroaerobowych Campylobacter lub Campylobacter w temperaturze 37°C. Interakcja drapieżnika i ofiary został również zbadany przez TEM. Warunki tlenowe dla Escherichia coli. Niezależnie zbadaj bakterie będące ofiarami i drapieżnikami, aby określić wszelkie zmiany w morfologii komórek spowodowane drapieżnictwem. Do mikroskopii optycznej akumulacji PHB zastosowano metodę czerni sudańskiej.
Hoduj hodowle ASxL5T przez noc poprzez rozmazanie wzrostu na płytkach BHI lub BA sterylnym wacikiem. Zbierz komórki ASxL5T i zawieś je w MRD (CM0733, Oxoid), a następnie umieść je w temperaturze 4°C na 7 dni, aby zagłodzić komórki. Referencyjną lub laboratoryjną hodowlę bakterii inokulowano do bulionu BHI lub bulionu odżywczego nr 2 (CM007, Oxoid), inkubowano przez noc, odwirowano przy 13 000 g i ponownie zawieszano w MRD aż do uzyskania OD600 wynoszącego 0,4. Kultury: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Special bakterie NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella bakterie jelitowe Mondeville NCTC 5747, śluz NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Gospodarza Campylobacter inkubowano w warunkach mikrotlenowych na płytkach BA w temperaturze 37°C i zawieszano w bulionie NZCYM. Badanymi gospodarzami Campylobacter są: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Zbierz komórki w MRD, odwirować przy 13 000 g i ponownie zawiesić w MRD, aż OD600 wyniesie 0,4. Dodać porcję 0,5 ml zawiesiny do 5 ml stopionego górnego agaru NZCYM (0,6% agar) i wylać na dolną płytkę 1,2% NZCYM. Po utwardzeniu i wysuszeniu seryjnie rozcieńczony ASxL5T rozprowadzono w postaci 20 µl kropelek na każdej desce trawnikowej w trzech powtórzeniach. Temperatura i atmosfera hodowli zależą od wymagań bakterii testowych.
Do przygotowania DNA z izolatów bakteryjnych należy użyć zestawu GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge). Do amplifikacji PCR genu 16S rRNA i określenia sekwencji produktu zastosowano standardowe metody przy użyciu chemii terminacji barwnikiem (Eurofins Value Read Service, Niemcy). Użyj programu BLAST-N, aby porównać te sekwencje z innymi sekwencjami genu 16S rRNA w celu identyfikacji i zebrania blisko spokrewnionych gatunków. Są one dopasowywane za pomocą ClustalW w programie MEGA X. Drzewo filogenetyczne zrekonstruowano przy użyciu MEGA X, stosując metodę największej wiarygodności w oparciu o model Tamury-Nei, z 1000 kopiami kierowanymi54. Użyj zestawu PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, Wielka Brytania) do ekstrakcji DNA w celu sekwencjonowania całego genomu. Sekwencję genomu ASxL5T określono przy użyciu kombinacji Illumina MiSeq, która składa się z dwustronnych odczytów o wielkości 250 bp, składających się z biblioteki przygotowanej przy użyciu zestawu do znakowania Nextera i odczytów o długości od 2 do 20 kb z platformy PacBio. Ośrodek badawczy zajmujący się genomicznym sekwencjonowaniem DNA na Uniwersytecie w Sembii. Genom złożono przy użyciu CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dania). Hodowle ASxL5T są zdeponowane w National Type Culture Collection (Wielka Brytania) i Dutch Bacterial Culture Collection (NCCB). Genomy pokrewnych organizmów użyte do porównania to: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (numer dostępu HF680312, kompletny); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (numer dostępu BMYY01000001, niekompletny); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (numer dostępu NZ_AUGV00000000, niekompletny); Społeczność Marinamonas DSM 5604T (dodano ASM436330v1, niekompletny), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (dodano MTSD02000001, niekompletny) i Thalassolituus sp. C2-1 (dodaj NZ_VNIL01000001, niekompletny). Skorzystaj z JGI ​​Genome Portal36 pod adresem https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page=, aby określić wynik dopasowania (AF) i średnią tożsamość kwasu nukleinowego (ANI). W parach. Do określenia tożsamości aminokwasów (AAI) wykorzystano metodę Rodrigueza-R i Konstantinidisa55. Użyj GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18, aby wygenerować szacowane drzewo filogenetyczne o największym prawdopodobieństwie. Genom wejściowy reprezentujący dostępny genom referencyjny wybiera się z rodzajów referencyjnych zidentyfikowanych jako spokrewnione z ASxL5T z filogenezy 16S rRNA. Dodano adnotacje do drzewa za pomocą interaktywnego narzędzia online „Drzewo życia” (https://itol.embl.de/). Adnotację funkcjonalną i analizę genomu ASxL5T przeprowadza się za pomocą narzędzia internetowego BlastKOALA KEGG z wykorzystaniem modułu dystrybucji wzbogacania KEGG (Kyoto Encyklopedia genów i genomów). Rozkład kategorii COG (grup ortologicznych) określa się za pomocą narzędzia online EggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ i Muñoz-Dorado, J. Drapieżnictwo bakteryjne: 75 lat i trwa! . środowisko. mikroorganizm. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. itd. Różnorodność i potencjał antybakteryjny bakterii drapieżnych na peruwiańskim wybrzeżu. Marcowe narkotyki. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. i in. Dzięki ich genom zrozumiesz je: charakterystykę genomową bakterii drapieżnych. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Drapieżny tryb życia bakteriofaga Bdellovibrio. zainstalować. Mikroby pastorskie. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS i Nett, M. Antybiotyki z bakterii drapieżnych. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. i Schulenburg, H. Bdellovibrio i podobne organizmy są predyktorami różnorodności mikrobiomu w różnych populacjach żywicieli. mikroorganizm. Ekologia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. i Ballesté-Delpierre, C. Odkryj aktualny stan nowych środków przeciwbakteryjnych. kliniczny. mikroorganizm. Infekować. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. i in. Podwójne drapieżnictwo faga i faga może wyeliminować ofiarę E. coli bez pojedynczego drapieżnictwa. J. Bakterie. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL i Connerton, IF Liczba i różnorodność Campylobacter i bakteriofagów wyizolowanych podczas cyklu karmienia kurcząt z wolnego wybiegu i kurcząt ekologicznych. Środowisko aplikacji. mikroorganizm. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA itp. Aktualizacja taksonomii genomu i epidemiologii świń Campylobacter. nauka. Przedstawiciel 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Przyjazny dla użytkownika przepływ pracy w genomice systemów. Bioinformatyka 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Metoda dopasowywania wielu sekwencji, która zmniejsza złożoność czasu i przestrzeni. Informacje biologiczne BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM i Gabaldón, T. TrimAl: Narzędzie do automatycznego wyrównywania i przycinania w analizie filogenetycznej na dużą skalę. Bioinformatyka 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ i Uberbacher, przewidywanie miejsca rozpoczęcia translacji genu EC i sekwencji metagenomicznej. Bioinformatyka 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. i Xiong, J. TaxonKit: Wieloplatformowy i wydajny zestaw narzędzi do klasyfikacji NCBI. Bio Rxiv. (Dostęp: 1 czerwca 2021 r.); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS i Arkin, AP FastTree 2 – przybliżone drzewo maksymalnego prawdopodobieństwa z dużym wyrównaniem. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Równolegle. (Dostęp: 1 czerwca 2021 r.); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. i Goto, S. KEGG: Encyklopedia genów i genomów z Kioto. Badania kwasów nukleinowych. 28, 27-30 (2000).
Czech Republic, L. itd. Rola ekstremolitów ektoiny i hydroksyektoiny jako środków chroniących przed stresem i składników odżywczych: genetyka, genomika systemowa, biochemia i analiza strukturalna. Gene (Bazylea). 9.E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN i McKew, BA Różnicowa ekspresja białek podczas wzrostu obligatoryjnej morskiej bakterii rozkładającej węglowodory Thalassolituus oleivorans MIL-1 podczas wzrostu alkanów o średnim i długim łańcuchu. przód. mikroorganizm. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. i Jurkevitch, E. Nowa porównawcza metoda genomiki do definiowania wskaźników specyficznych dla fenotypu ujawnia specyficzne dziedziczenie znaku bakterii drapieżnych. Publiczna Biblioteka Naukowa nr 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM itp. Gen Thalassolituus oleivorans. Listopad, sp. nov., nowy typ bakterii morskich specjalizujący się w wykorzystaniu węglowodorów. międzynarodowość. J.System. ewolucja. mikroorganizm. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. i Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Listopad, sp. W listopadzie oddzielił się od wody morskiej krążącej na południowym Pacyfiku. międzynarodowość. J.System. ewolucja. mikroorganizm. 66, 5010–5015 (2016).