یو نوی ډول ګرام منفي، ایروبیک، مالګې زغمونکی، فعال، د راډ په شکل، او ښکار باکتریا ASxL5T د انګلستان په ناټینګمشایر کې د غوا د ګودر له حوض څخه جلا شوی، او کیمپیلوباکټر یې د ښکار په توګه کارولی. ورپسې د کمپیلوباکتر نور ډولونه او د Enterobacteriaceae کورنۍ غړي د ښکار په توګه وموندل شول. د کوربه حجرو پرته د فرعي کلتور وروسته، د دماغ زړه انفیوژن اګر کې ضعیف ایسپټیک وده ترلاسه شوه. د ودې غوره شرایط 37 سانتي ګراد دي او pH 7 دی. د لیږد بریښنایی مایکروسکوپي ځینې خورا غیر معمولي مورفولوژیکي ځانګړتیاوې د ښکار شتون پورې اړه لري. د 16S rRNA جین ترتیب په کارولو سره Phylogenetic تحلیل ښودلې چې جلا کول د سمندري سپیرولینا کورنۍ غړي پورې اړه لري، مګر په روښانه توګه د کوم پیژندل شوي جینس غړي په توګه طبقه بندي نشي کیدی. د ASxL5T بشپړ جینوم ترتیب د سمندري سپیروچیټس غړو سره اړیکه تایید کړه. د ډیټابیس لټون څرګنده کړه چې ډیری ASxL5Ts د 16S rRNA جین ترتیبونه د سمندر، د ځمکې سطحې او د ځمکې لاندې اوبو څخه ډیری غیر کرل شوي باکتریا سره شریکوي. موږ وړاندیز کوو چې فشار ASxL5T په نوي نسل کې د نوي ډولونو استازیتوب کوي. موږ د Venatorbacter cucullus gen نوم وړاندیز کوو. نومبر، سپ. په نومبر کې، ASxL5T د ډول فشار په توګه کارول کیده.
ښکار باکتریا هغه باکتریاوې دي چې د بایو سینتیټیک موادو او انرژي ترلاسه کولو لپاره د نورو ژوندیو باکتریاو د ښکار کولو او وژلو وړتیا څرګندوي. دا د مړو مایکرو ارګانیزمونو څخه د غذايي موادو د عمومي رغیدو څخه توپیر لري، او دا د پرازیتي تعاملاتو څخه هم توپیر لري، په کوم کې چې باکتریا د دوی له وژلو پرته د خپل کوربه سره نږدې اړیکه جوړوي. ښکار باکتریا د ژوند مختلف پړاوونه رامینځته کړي ترڅو په طاقونو کې د خورا خورا خوراکي سرچینو څخه ګټه پورته کړي چیرې چې دوی موندل کیږي (لکه سمندري استوګنځایونه). دوی د ټیکونومیک پلوه متنوع ګروپ دي، کوم چې یوازې د دوی د ځانګړي نسب کولو ژوند دورې سره تړلي دي. د ښکار باکتریا مثالونه په مختلفو فیلا کې موندل شوي، په شمول: پروټوباکټریا، باکتریاوې، او کلوریلا.3. په هرصورت، ترټولو ښه مطالعه شوي ښکار باکتریا Bdellovibrio او Bdellovibrio-and-like organisms (BALOs4) دي. ښکار باکتریا د نوو بیولوژیکي پلوه فعال مرکباتو او انټي باکتریایی اجنټانو یوه امید لرونکې سرچینه ده.
داسې انګیرل کیږي چې ښکار باکتریا د مایکروبیل تنوع ته وده ورکوي او د ایکوسیستم روغتیا، تولید او ثبات مثبت اغیزه لري. د دې مثبتو ځانګړتیاوو سره سره، د نوي ښکار باکتریا په اړه لږې مطالعې شتون لري چې د بکتیریا د کښت کولو ستونزې او د دوی د پیچلي ژوند دوره د پوهیدو لپاره د حجرو تعاملات په دقت سره مشاهده کولو اړتیا لري. دا معلومات د کمپیوټر تحلیل څخه ترلاسه کول اسانه ندي.
د انټي مایکروبیل مقاومت د زیاتوالي په دوره کې، د باکتریایي رنځونو په نښه کولو لپاره نوې ستراتیژۍ مطالعه کیږي، لکه د باکتریوفیجونو او ښکار باکتریا کارول 7,8. ASxL5T باکتریا په 2019 کې د ناټینګمشایر پوهنتون د لبنیاتو له مرکز څخه راټول شوي د غوا د غوښې څخه د فیز جلا کولو ټیکنالوژۍ په کارولو سره جلا شوي. د څیړنې موخه د بیولوژیکي کنټرول اجنټانو په توګه د احتمالي ژوندی موجوداتو جلا کول دي. Campylobacter hyointestinalis یو زوونوټیک رنځجن دی، چې په زیاتیدونکي توګه د انسان د کولمو ناروغیو سره تړاو لري. دا په سیروم کې هر اړخیز دی او د هدف کوربه په توګه کارول کیږي.
ASxL5T باکتریا د غوښې له جیلی څخه جلا شوې وه ځکه چې لیدل شوي چې هغه تختې چې دا د C. hyointestinalis په لان کې رامینځته شوي د باکتریوفیجز لخوا تولید شوي سره ورته دي. دا یوه غیر متوقع موندنه ده، ځکه چې د فیز د جلا کولو پروسې یوه برخه د 0.2 µm فلټر له لارې فلټر کول شامل دي، کوم چې د باکتریا حجرو لرې کولو لپاره ډیزاین شوی. د تختې څخه د ایستل شوي موادو مایکروسکوپیک ازموینې څرګنده کړه چې کوچني ګرام - منفي منحل شوي راډ په شکل باکتریا پولی هایدروکسایبوټریټ (PHB) نه جمع کوي. د شکاري حجرو څخه خپلواک اسپټیک کلتور په بډایه جامد منځني (لکه د دماغ د زړه انفیوژن اګر (BHI) او د وینې اګر (BA)) کې احساس کیږي، او وده یې کمزورې ده. دا د فرعي کلتور وروسته د درنو انوکولم ښه والی سره ترلاسه کیږي. دا د مایکرو ایروبیک (7٪ v/v اکسیجن) او د اتموسفیر اکسیجن شرایطو لاندې مساوي وده کوي ، مګر په انیروبیک اتموسفیر کې نه. د 72 ساعتونو وروسته، د کالونۍ قطر خورا کوچنی و، 2 ملي میترو ته رسېده، او دا خاکی، شفاف، ګردی، محدب او چمکیلی و. معیاري بایو کیمیکل ازموینه له خنډ سره مخ ده ځکه چې ASxL5T نشي کولی په معتبر ډول په مایع میډیا کې کلتور شي، کوم چې وړاندیز کوي چې دا ممکن د بایوفیلم جوړښت پیچلي ژوند دوره باندې تکیه وکړي. په هرصورت، د پلیټ تعلیق وښودله چې ASxL5T ایروبیک دی، د اکسیډیز او کیتالیس لپاره مثبت دی، او کولی شي 5٪ NaCl برداشت کړي. ASxL5T د 10 µg streptomycin په وړاندې مقاومت لري، مګر د نورو ټولو انټي بیوټیکونو سره حساس دی. د ASxL5T باکتریا حجرې د TEM لخوا معاینه شوي (شکل 1). کله چې په BA کې د ښکار حجرو پرته وده وکړي، د ASxL5T حجرې کوچني کیمپیلوباکټر دي، د اوسط اوږدوالی 1.63 μm (± 0.4)، عرض 0.37 μm (± 0.08)، او یو واحد اوږد (تر 5 μm پورې) قطب. جنسي فلګیلا. نږدې 1.6٪ حجرې داسې ښکاري چې د 0.2 μm څخه کم پلنوالی لري، کوم چې د فلټر وسیلې له لارې تیریدو ته اجازه ورکوي. د ځینو حجرو په پورتنۍ برخه کې یو غیر معمولي ساختماني غزول لیدل شوي، د فیئرینګ (لاتین کوکولس) په څیر (په 1D، E، G کې تیر وګورئ). داسې ښکاري چې دا د اضافي خارجي غشا څخه جوړ شوی وي، کوم چې کیدای شي د پیریپلاسمیک لفافې د اندازې د چټک کمښت له امله وي، پداسې حال کې چې بهرنۍ غشا پاتې کیږي، یو "سست" بڼه ښیي. د ASxL5T کلتور د غذايي موادو په نشتوالي کې (په PBS کې) د اوږدې مودې لپاره په 4 درجې سانتي ګراد کې په پایله کې ډیری (مګر ټولې نه) حجرې د کوکل مورفولوژي (شکل 1C) ښیې. کله چې ASxL5T د کمپیلوباکتر جیجوني سره د 48 ساعتونو لپاره د ښکار په توګه وده کوي، د اوسط حجرو اندازه د هغه حجرو په پرتله چې د کوربه پرته وده کوي د پام وړ اوږده او تنګ وي (جدول 1 او شکل 1E). برعکس، کله چې ASxL5T د E. coli سره د 48 ساعتونو لپاره د ښکار په توګه وده کوي، د منځنۍ حجرې اندازه د هغه وخت په پرتله اوږده او پراخه ده کله چې دا د ښکار پرته وده کوي (جدول 1)، او د حجرو اوږدوالی متغیر دی، معمولا د فیلامینټ ښکارندوی کوي (شکل 1F). کله چې د کمپیلوباکتر جیجوني یا ای کولی سره د 48 ساعتونو لپاره د ښکار په توګه وخوړل شي، د ASxL5T حجرې هیڅ فلجیلا نه ښیې. جدول 1 د ASxL5T شتون، نشتوالي او د ښکار ډول پر بنسټ د حجرو په اندازې کې د بدلونونو مشاهدې لنډیز کوي.
د ASx5LT TEM ښودنه: (A) ASx5LT اوږد څپې ښیې؛ (ب) عادي ASx5LT بیټرۍ؛ (C) cocci ASx5LT حجرې پرته له غذايي موادو څخه د اوږدې انکیوبیشن وروسته؛ (D) د ASx5LT حجرو یوه ډله غیر معمولي ښیي (E) د ASx5LT حجرو ګروپ چې د کیمپیلوباکټر ښکار سره مینځل شوي د حجرو اوږدوالی د هغو کسانو په پرتله چې د ښکار وده نه کوي (D) هم apical جوړښت ښودلی؛ (F) لوی فلامینټس فلاجیلا، ASx5LT حجرې، د E. coli ښکار سره انکیوبیشن وروسته؛ (G) یو واحد ASx5LT حجره د E. coli سره د انکیوبیشن وروسته، یو غیر معمولي لوړ جوړښت ښیي. بار د 1 μm استازیتوب کوي.
د 16S rRNA جین ترتیب معلومول (د لاسرسي شمیره MT636545.1) د ډیټابیس لټونونو ته وړتیا ورکوي ترڅو د ګاماپروټوباکټریا ټولګي کې ورته ترتیبونه رامینځته کړي ، او د سمندري سپیریلم کورنۍ (شکل 2) کې سمندري باکتریا ته نږدې دي ، او د Thalasolituusgen غړي دي. مارین ته ترټولو نږدې خپلوان Bacillus. د 16S rRNA جین ترتیب په ښکاره ډول د ښکار باکتریا څخه توپیر لري چې د Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) کورنۍ پورې اړه لري. د B. bacteriovorus HD100T (ډول ډول فشار، DSM 50701) او B. باکتریاووروس DM11A د 48.4٪ او 47.7٪، او د B. exovorus JSS لپاره دا 46.7٪ و. ASxL5T باکتریا د 16S rRNA جین 3 نقلونه لري، چې دوه یې یو بل ته ورته دي، او دریم یې د 3 اډې جلا دی. دوه نور ښکار باکتریا جلا کول (ASx5S او ASx5O؛ د 16S rRNA جین د لاسرسي شمیرې په ترتیب سره MT636546.1 او MT636547.1 دي) د ورته ځای څخه د ورته مورفولوژیکي او فینوټایپیک ځانګړتیاو سره یو شان نه دي، مګر دوی د یو بل څخه توپیر لري. ډیټابیس ترتیبونه په Oceanospirillaceae (شکل 2) کې د نورو نسلونو سره یوځای کلستر شوي. د ASxL5T ټوله جینوم ترتیب د NCBI ډیټابیس کې ټاکل شوی او خوندي شوی ، او د لاسرسي شمیره CP046056 ده. د ASxL5T جینوم د 2,831,152 bp ګردي کروموزوم څخه جوړ دی چې د 56.1٪ د G + C تناسب سره. د جینوم ترتیب 2653 CDS (مجموعه) لري، چې له دې څخه 2567 د پروټینونو د کوډ کولو لپاره وړاندوینه کیږي، چې 1596 یې د اصلي دندو په توګه ټاکل کیدی شي (60.2٪). جینوم 67 RNA-کوډینګ جینونه لري، په شمول 9 rRNAs (3 هر یو د 5S، 16S، او 23S لپاره) او 57 tRNAs. د ASxL5T جینومیک ځانګړتیاوې د 16S rRNA جین ترتیب (جدول 2) څخه پیژندل شوي د نږدې نسبي ډول ډول فشارونو موجود جینومونو سره پرتله شوي. د امینو اسید پیژندنه (AAI) وکاروئ ترڅو ټول موجود Thalassolituus جینومونه د ASxL5T سره پرتله کړئ. د AAI لخوا ټاکل شوی تر ټولو نږدې موجود (نامکمل) جینوم ترتیب دی Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 اضافه کړئ). دا فشار د ماریانا خندق له ژورو سمندري خاورو څخه جلا شوی و، مګر اوس مهال د پرتله کولو لپاره د دې فشار په اړه هیڅ فینوټایپیک معلومات شتون نلري. د ASxL5T د 2.82 Mb په پرتله، د ژوندیزم جینوم په 4.36 Mb کې لوی دی. د سمندري سپیروچیټس د جینوم اوسط اندازه شاوخوا 4.16 Mb ده (± 1.1؛ n = 92 بشپړ حواله جینومونه چې د https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly څخه څیړل شوي)، نو د ASxL5T جینوم سره سمون لري. امر د نورو غړو په پرتله خورا کوچنی دی. د GToTree 1.5.54 څخه کار واخلئ ترڅو د جینوم پراساس اټکل شوي اعظمي احتمال phylogenetic ونې (3A شکل) رامینځته کړي ، د 172 واحد کاپي جینونو ترتیب شوي او تړل شوي امینو اسید سلسلې په کارولو سره د ګماپروټوباکټریا 11,12,13,16,14,15 ۱۷،۱۸. تحلیل ښودلې چې دا د تلاسولیټیوس ، باکتریایی الوتکې او سمندري باکتریا سره نږدې تړاو لري. په هرصورت، دا ډاټا ښیي چې ASxL5T په سمندري سپیرولینا کې د خپلو خپلوانو څخه توپیر لري او د جینوم ترتیب ډاټا شتون لري.
phylogenetic ونه د 16S rRNA جین ترتیب په کارولو سره د ASxL5T، ASxO5، او ASxS5 فشارونو (د ګیټس سره) موقعیت په سمندري Spirulinaceae کې د غیر کرل شوي او سمندري بکتیریا فشارونو په پرتله روښانه کوي. د Genbank لاسرسي شمیره په قوسونو کې د فشار نوم تعقیبوي. د سلسلې ترتیب کولو لپاره ClustalW وکاروئ، او د phylogenetic اړیکو د تحلیل لپاره د اعظمي احتمال میتود او Tamura-Nei ماډل وکاروئ، او د MEGA X پروګرام کې 1000 لارښود نقلونه ترسره کړئ. په څانګه کې شمیره په ګوته کوي چې د لارښود کاپي ارزښت له 50٪ څخه ډیر دی. Escherichia coli U/541T د یوې ډلې په توګه کارول کیده.
(A) د جینوم پر بنسټ یوه فایلوجینیټیک ونه چې د سمندري سپیروسپیرایسی باکتریا ASxL5T او د هغه نږدې خپلوانو ترمنځ اړیکه ښیي، E. coli U 5/41T د یوې ډلې په توګه. (B) د T. oleivorans MIL-1T سره په پرتله، د جینونو فعاله کټګوري ویش د ASx5LT پروتین د اورتوولوژس ګروپ (COG) کلستر پر بنسټ اټکل شوی. په چپ اړخ کې انځور په هر جینوم کې د هر فعال COG کټګورۍ کې د جینونو شمیر ښیي. ښي خوا ته ګراف په هر فعال COG ګروپ کې د جینومونو سلنه ښیي. (C) د T. oleiverans MIL-1T سره پرتله کول، د ASxL5T بشپړ KEGG (کیوټو انسایکلوپیډیا د جینونو او جینومونو) ماډلر لارې تحلیل.
د ASxL5T جینوم کې موجود اجزاو جینونو معاینه کولو لپاره د KEGG ډیټابیس کارول د ایروبیک ګاما پروټیوس عادي میټابولیک لاره په ګوته کړه. ASxL5T ټولټال 75 جینونه لري چې د باکتریا موټرو پروټینونو ته ګمارل شوي، پشمول هغه جینونه چې په کیموټیکسس، فلاجیلا مجلس، او ډول IV فیمبری سیسټم کې شامل دي. په وروستۍ کټګورۍ کې، له 10 جینونو څخه 9 د نورو ژوندی موجوداتو د لړزیدو حرکت لپاره مسؤل دي. د ASxL5T جینوم یو بشپړ tetrahydropyrimidine biosynthetic لاره لري چې د osmotic stress20 په وړاندې په محافظتي غبرګون کې برخه اخلي، لکه څنګه چې د هیلوفیل لپاره تمه کیږي. په جینوم کې د کوفکتورونو او ویټامینونو لپاره ډیری بشپړې لارې هم شاملې دي، په شمول د ریبوفلاوین ترکیب لارې. که څه هم alkane 1-monooxygenase (alkB2) جین په ASxL5T کې شتون لري، د هایدروکاربن کارولو لاره بشپړه نه ده. د ASxL5T د جینوم په ترتیب کې، د جینونو هومولوګونه چې په عمده توګه په T. oleiverans MIL-1T21 کې د هایدروکاربنونو د تخریب لپاره مسؤل پیژندل شوي، لکه TOL_2658 (alkB) او TOL_2772 (الکول ډیهایډروجنیز) په ښکاره ډول دي. شکل 3B د ASxL5T او زیتون غوړ MIL-1T ترمنځ د COG کټګورۍ کې د جین ویش پرتله کول ښیې. په ټولیز ډول، کوچنی ASxL5T جینوم د لوی اړوند جینوم په پرتله د هر COG کټګورۍ څخه متناسب لږ جینونه لري. کله چې په هره فعاله کټګورۍ کې د جینونو شمیر د جینوم د فیصدي په توګه څرګند شي، توپیرونه د جینونو په سلو کې په ژباړه کې، د ریبوسومال جوړښت او بایوجینسیس کټګوریو، او د انرژي تولید او تبادلې فعالیت کټګوریو کې، چې لوی ASxL5T تشکیلوي. جینوم فیصدي د ورته ګروپ سره پرتله کیږي چې په T. oleiverans MIL-1T جینوم کې شتون لري. په مقابل کې، د ASxL5T جینوم په پرتله، T. oleivorans MIL-1T په نقل، بیا ترکیب او ترمیم، او د لیږد کټګوریو کې د جینونو لوړه سلنه لري. په زړه پورې خبره دا ده چې د دوو جینومونو د هرې فعالې کټګورۍ مینځپانګې کې ترټولو لوی توپیر د نامعلومو جینونو شمیر دی چې په ASxL5T (شکل 3B) کې شتون لري. د KEGG ماډلونو بډایه کولو تحلیل ترسره شو، چیرته چې د KEGG هر ماډل د جینوم ترتیب ډاټا د تشریح او بیولوژیکي تفسیر لپاره په لاسي ډول تعریف شوي فعال واحدونه استازیتوب کوي. د ASxL5T او زیتون MIL-1T بشپړ KOG ماډل لارې کې د جین ویش پرتله کول په 3C شکل کې ښودل شوي. دا تحلیل ښیې چې که څه هم ASxL5T بشپړ سلفر او نایتروجن میتابولیک لاره لري، T. oleiverans MIL-1T نه لري. په مقابل کې، T. oleiverans MIL-1T بشپړ سیستین او میتیونین میټابولیک لاره لري، مګر دا په ASxL5T کې نیمګړتیا لري. له همدې امله، ASxL5T د سلفیټ انضمام لپاره یو ځانګړتیا ماډل لري (د جینونو د یوې ټولګې په توګه تعریف شوی چې د فینوټائپیک مارکرونو په توګه کارول کیدی شي، لکه میټابولیک ظرفیت یا رنځپوهنه؛ https://www.genome.jp/kegg/module.html) په T کې oleiverans MIL-1T. د ASxL5T د جین مینځپانګې د جینونو لیست سره پرتله کول چې وړاندیز کوي د ښکار ژوند طرزالعمل بې پایلې دی. که څه هم د waaL جین په کور کې د O antigen polysaccharide سره تړلي لیګیس کوډ کوي د ASxL5T جینوم کې شتون لري (مګر دا په ډیری ګرام منفي باکتریا کې عام دی)، د ټریپټوفان 2,3-ډای آکسیجنز (TDO) جین ممکن د 60 امینو شامل وي. تیزابي سیمې معمولا په ښکار باکتریا کې موندل کیږي چې شتون نلري. په ASxL5T جینوم کې نور د ښکار ځانګړنې جینونه شتون نلري، په شمول هغه انکوډینګ انزایمونه چې د mevalonate pathway کې isoprenoid biosynthesis کې ښکیل دي. په یاد ولرئ چې د څارویو په ډله کې د لیږدونکي تنظیمي جین gntR شتون نلري، مګر په ASxL5T کې درې gntR په څیر جین پیژندل کیدی شي.
د ASxL5T فینوټائپیک ځانګړتیاوې په 3 جدول کې لنډیز شوي او د اړونده نسل 23، 24، 25، 26، او 27 په ادبياتو کې راپور شوي د فینوټایپیک ځانګړتیاوو سره پرتله شوي. له T. marinus، T. olevorans، B. sanyensis او Oceanobacter kriegii څخه جلا شوي فعال، د مالګې زغمونکي، د اکسیډیز مثبت راډ شکل لرونکي بدنونه دي، مګر د ASxL5T سره تقریبا هیڅ نور فینوټائپیک ځانګړتیاوې نلري. د سمندر اوسط pH 8.1 دی (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) چې په T. marinus، T. olevorans، B. sanyensis او O کې منعکس کیږي. kriegii ASxL5T د لوی pH سلسلې (4-9) د غیر سمندري ډولونو لپاره مناسب دی. د Thalassolituus sp phenotypic ځانګړتیاوې C2-1. نامعلوم د ASxL5T د ودې د تودوخې سلسله عموما د سمندري فشارونو (4-42 °C) په پرتله پراخه ده، که څه هم ځینې مګر ټول T. marinus جلا کول د تودوخې زغمونکي ندي. په بروتھ میډیا کې د ASxL5T وده کولو نشتوالي د نور فینوټایپیک ځانګړتیا مخه ونیوله. API 20E وکاروئ د BA پلیټ څخه سکریپ شوي توکي معاینه کړئ، ONPG، arginine dihydrolase، lysine decarboxylase، ornithine decarboxylase، citrate استعمال، urease، Tryptophan deaminase، gelatin hydrolysis enzyme، د ازموینې پایلې ټولې منفي وې، مګر د H2S2 څخه منفي وې. تولید شوي وو. غیر منحل شوي کاربوهایډریټ عبارت دي له: ګلوکوز، مانینوز، انوسیتول، سوربیټول، رمانوز، سوکروز، میلیبوز، امیګدالین او عربینوز. د خپرو شویو اړوندو حوالو سره پرتله کول، د ASxL5T فشار سیلولر فیټي اسید پروفایل په 4 جدول کې ښودل شوي. اصلي سیلولر شحمي اسیدونه C16:1ω6c او/یا C16:1ω7c، C16:0 او C18:1ω9 دي. هایډروکسي شحمي اسیدونه C12:0 3-OH او C10:0 3-OH هم شتون لري. په ASxL5T کې د C16:0 نسبت د اړونده جنرا له راپور شوي ارزښت څخه لوړ دی. په مقابل کې، د راپور شوي T. marinus IMCC1826TT په پرتله، په ASxL5T کې د C18:1ω7c او/یا C18:1ω6c نسبت کم شوی دی. oleivorans MIL-1T او O. kriegii DSM 6294T، مګر په B. sanyensis KCTC 32220T کې ندی موندل شوی. د ASxL5T او ASxLS د شحمي اسید پروفایلونو پرتله کول د دوه ډولونو ترمینځ د انفرادي شحمي اسیدونو مقدار کې فرعي توپیرونه په ګوته کړل چې د ورته ډولونو جینومیک DNA ترتیب سره مطابقت لري. د سوډان تور ټیسټ په کارولو سره هیڅ پولی-3-هایډروکسایبوټریټ (PHB) ذرې ونه موندل شوې.
د ASxL5T باکتریا د وړاندوینې فعالیت مطالعه شوی ترڅو د ښکار لړۍ وټاکي. دا باکتریا کولی شي د کیمپیلوباکټر په نوعو باندې تختې رامینځته کړي ، پشمول د: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C لاري NCTC 11458 او C. upsaliensis NCTC 11541T. د ګرام منفي او ګرام مثبت باکتریا پراخه لړۍ ازموینې لپاره د میتود په کوربه توب ټاکلو برخه کې لیست شوي کلتورونه وکاروئ. پایلې ښیې چې ASxL5T په Escherichia coli NCTC 86 او Citrobacter freundii NCTC 9750T کې هم کارول کیدی شي. په کلیبسیلا آکسیټوکا 11466 کې جوړ شوي تختې. د E. coli NCTC 86 سره د TEM تعامل په شکل 4A-D کې ښودل شوی، او د Campylobacter jejuni PT14 او Campylobacter suis S12 سره تعامل په شکل 4E-H منځ کې ښودل شوی. د برید میکانیزم د ازمویل شوي ښکار ډولونو تر منځ توپیر ښکاري، د هر ASxL5T حجرې سره یو یا څو E. coli حجرې تړل شوي او د جذب څخه مخکې د پراخ شوي حجرې په څنګ کې موقعیت لري. په مقابل کې، ASxL5T داسې ښکاري چې د تماس د یوې نقطې له لارې د کیمپیلوباکټر سره وصل وي، معمولا د شکار کونکي حجرې سره په تماس کې او د کیمپیلوباکټر حجرې سر ته نږدې وي (شکل 4H).
TEM د ASx5LT او ښکار ترمنځ تعامل ښیې: (AD) او E. coli ښکار؛ (EH) او C. jejuni prey. (الف) یو ځانګړی ASx5LT حجره چې د E. coli (EC) حجرې سره وصل وي؛ (ب) یو فلامینټس ASx5LT چې د یو واحد EC حجرې سره وصل دی؛ (C) یو فلامینټس ASx5LT حجره چې د څو EC حجرو سره وصل وي؛ (D) په یو واحد E. coli (EC) حجره کې د ASx5LT کوچنۍ حجرې ضمیمه؛ (E) یو واحد ASx5LT حجره چې د Campylobacter jejuni (CJ) حجرې سره وصل وي؛ (F) ASx5LT د C. hyointestinalis (CH) حجرو برید کوي؛ (G) دوه یو ASx5LT حجرې په CJ حجره برید وکړ؛ (H) د ASx5LT ضمیمه نقطه نږدې لید، د CJ حجرې (bar 0.2 μm) ته نږدې. بار په (A-G) کې 1 μm استازیتوب کوي.
ښکار باکتریا د ښکار د ډیری سرچینو څخه د ګټې اخیستنې لپاره وده کړې. په ښکاره ډول، دوی په پراخه کچه په مختلفو چاپیریالونو کې شتون لري. د نفوسو د غړو د محدودې اندازې له امله، دا ممکنه ده چې د ASxL5T باکتریا د فیز جلا کولو طریقې په کارولو سره له سلری څخه جلا کړئ. د سمندري باکتریا د oceanospirillaceae کورنۍ غړو ته د ASxL5T جینومیک تړاو حیرانوونکی دی، که څه هم ژوندی موجودات د مالګې مقاومت لري او کولی شي په منځني ډول وده وکړي چې 5٪ مالګه لري. د سلری د اوبو کیفیت تحلیل وښودله چې د سوډیم کلورایډ مینځپانګه له 0.1٪ څخه کمه وه. له همدې امله، خټې د سمندري چاپیریال څخه لیرې دي - دواړه په جغرافیه او کیمیاوي لحاظ. د ورته سرچینې څخه د دریو اړونده مګر مختلف جلا جلا شتون شواهد وړاندې کوي چې دا ښکارونکي په دې غیر سمندري چاپیریال کې وده کوي. سربیره پردې، د مایکروبیوم تحلیل (د معلوماتو فایلونه چې د https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 څخه شتون لري) ښودلې چې ورته 16S rRNA جین ترتیب په 50 خورا پراخه عملیاتي ټیکا (OTU) کې موقعیت لري. ) د خټو د څو نمونو وقفو کې. د جینبینک ډیټابیس کې ډیری غیر کلتوري باکتریاوې وموندل شوې، چې د ASxL5T باکتریا سره ورته د 16S rRNA جین ترتیبونه لري. دا سلسلې، د ASxL5T، ASxS5، او ASxO5 د ترتیبونو سره یوځای، داسې ښکاري چې د مختلف کلاډونو استازیتوب کوي چې د Thalassolituus او Oceanobacter څخه جلا شوي (شکل 2). درې ډوله غیر کرل شوي باکتریاوې (GQ921362, GQ921357 او GQ921396) په 2009 کې د سویلي افریقا د سرو زرو په کان کې د 1.3 کیلومترو په ژوروالي کې د فشري اوبو څخه جلا شوي، او نور دوه (DQ256320 او DQ256320) په سویلي افریقا کې (DQ370) وو. په ۲۰۰۵). د 16S rRNA جین ترتیب د ASxL5T سره خورا نږدې تړاو لري د 16S rRNA جین ترتیب برخه ده چې په 2006 کې د شمالي فرانسې له ساحلونو څخه ترلاسه شوي د شګو خاورو د بډایه کولو کلتور څخه ترلاسه شوي (د لاسرسي شمیره AM29240828). د غیر کرل شوي باکتریا HQ183822.1 څخه د 16S rRNA جین سلسله یو بل نږدې تړاو د چین کې د ښاروالۍ د ځمکې له ډکولو څخه د راټولولو ټانک څخه ترلاسه شوی. په ښکاره ډول، د ASxL5T باکتریا په ټیکونومیک ډیټابیسونو کې خورا نمایندګي نه ده، مګر د غیر کلتوري بکتیریا څخه دا ترتیبونه احتمال لري چې د ASxL5T په څیر د ژوندی موجوداتو استازیتوب وکړي، چې په ټوله نړۍ کې ویشل شوي، معمولا په ننګونکي چاپیریال کې. د ټول جینوم phylogenetic شننې څخه، د ASxL5T سره نږدې نسب د Thalassolituus sp دی. C2-1، T. marinus، T. oleivorans. او O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus د سمندري مکلف هایدروکاربن ټوټې کولو باکتریا (OHCB) غړی دی، کوم چې په سمندري او ځمکني چاپیریال کې پراخ دي، او معمولا د هایدروکاربن د ککړتیا پیښو وروسته غالب کیږي،313. سمندري باکتریا د OHCB ګروپ غړي ندي، مګر د سمندري چاپیریال څخه جلا شوي دي.
د فینوټائپیک ډاټا ښیي چې ASxL5T یو نوی ډول دی او د سمندري سپیروسپیرایسی کورنۍ کې د پخوا نه پیژندل شوي جینس غړی دی. اوس مهال کوم روښانه معیار شتون نلري چې نوي جلا شوي فشارونه په نوي نسل کې طبقه بندي کړي. د نړیوال جنرا حدود ټاکلو لپاره هڅې شوي، د بیلګې په توګه، د محافظه کار پروټین (POCP) د جینوم فیصدي پر بنسټ، دا سپارښتنه کیږي چې د کټ آف ارزښت 50٪ د حوالې فشار سره ورته وي. نور د AAI ارزښتونو کارولو وړاندیز کوي ، کوم چې د POCP په پرتله ګټې لري ځکه چې دوی د نامکمل جینومونو څخه ترلاسه کیدی شي 34. لیکوال په دې باور دی چې که د AAI ارزښت د ماډل ډولونو د ماډل فشار په پرتله له 74٪ څخه کم وي، فشار د مختلف نسل استازی دی. په سمندري سپیریلاسي کې د ماډل جینس سمندري سپیریلم دی، او د ماډل فشار یې O. linum ATCC 11336T دی. د ASxL5T او O. linum ATCC 11336T ترمنځ د AAI ارزښت 54.34٪ دی، او د ASxL5T او T. oleivorans MIL-1T (genus type strains) تر منځ د AAI ارزښت 67.61٪ دی، دا په ګوته کوي چې ASxL5T د تالیسس ssoltuus نوي نسل استازیتوب کوي. د 16S rRNA جین ترتیب د طبقه بندي معیار په توګه کارول، د وړاندیز شوي جینس محدودیت حد 94.5٪ 35 دی. ASxL5T کیدای شي په Thalassolituus genus کې ځای پر ځای شي، د T. oleivorans MIL-1T او 96.17٪ سره 95.03% 16S rRNA ترتیب پیژندنه ښیي. مارینس IMCC1826T. په هرصورت، دا به د باکتریایډز جینس کې هم ځای په ځای شي چې د B. sanyensis NV9 سره 94.64٪ 16S rRNA جین پیژندنه لري، دا په ګوته کوي چې د یو واحد جین لکه 16S rRNA جین کارول کیدای شي د خپل سري طبقه بندي او تعیین لامل شي. بله وړاندیز شوی میتود د ANI او جینوم الینمینټ سکور (AF) څخه کار اخلي ترڅو د موجوده نسل ټولو ډولونو او غیر ډول ډول فشارونو څخه د ډیټا پوائنټونو کلستر کولو معاینه کړي. لیکوال وړاندیز کوي چې د جینس حد د اټکل شوي جینس د انفلیکشن نقطې سره یوځای کړي چې ټیکسا ته ځانګړي شوي. په هرصورت، که چیرې د Thalassolituus isolates څخه کافي بشپړ جینوم ترتیبونه شتون ونلري، نو دا ناشونې ده چې معلومه شي چې آیا ASxL5T د دې طریقې په واسطه د Thalassolituus genus پورې اړه لري. د تحلیل لپاره د بشپړ جینوم ترتیب محدود شتون له امله، ټول جینوم فیلوجینیک ونې باید په احتیاط سره تشریح شي. دوهم، د ټول جینوم پرتله کولو میتودونه نشي کولی د پرتله شوي جینومونو په اندازې کې د پام وړ توپیر حساب کړي. دوی د اړونده جنرا تر مینځ د محافظت شوي اصلي واحد کاپي جینونو ورته والی اندازه کړ، مګر د جینونو لوی شمیر یې په پام کې ونه نیول چې د ASxL5T په خورا کوچني جینوم کې شتون نلري. په ښکاره ډول، ASxL5T او د Thalassolituus، Oceanobacter، او Bacterioplanes په شمول ګروپونه یو مشترک پلرونه لري، مګر تکامل یو بل لاره نیولې ده، چې د جینوم کمښت المل کیږي، کوم چې ممکن د ښکار ژوندانه طرزالعمل سره سمون ولري. دا د T. oleivorans MIL-1T سره په تضاد کې دی، کوم چې 28٪ لوی دی او د هایدروکاربن 23,30 کارولو لپاره د مختلف چاپیریال فشارونو لاندې وده کړې. یو په زړه پوری پرتله کول د مکلف انټرا سیلولر پرازیتونو او سمبیونټونو سره کیدی شي لکه ریکیټسیا، کلیمیډیا او بوچنیرا. د دوی د جینوم اندازه شاوخوا 1 Mb ده. د کوربه حجرو میټابولیټ کارولو وړتیا د جین له لاسه ورکولو لامل کیږي ، نو د پام وړ ارتقايي جینومیک تخریب سره مخ شو. د سمندري کیمیاوي غذایی توکیو ژوندی موجوداتو څخه د ښکاری ژوند طرزالعمل ته ارتقایی بدلونونه کیدای شی د جینوم په اندازه کی ورته کمښت سبب شی. د COG او KEGG تحلیل د ځانګړو دندو لپاره کارول شوي جینونو شمیر او د ASxL5T او T. oleivorans MIL-1T ترمنځ د جینومیک لارو کې نړیوال توپیرونه روښانه کوي، کوم چې د ګرځنده جینیکیک عناصرو د پراخ شتون له امله ندي. د ASxL5T د ټول جینوم د G + C تناسب کې توپیر 56.1٪ دی، او د T. oleivorans MIL-1T 46.6٪ دی، چې دا هم په ډاګه کوي چې دا جلا شوی.
د ASxL5T جینوم د کوډ کولو مینځپانګې معاینه د فینوټایپیک ځانګړتیاو لپاره فعال لید وړاندې کوي. د جینونو د کوډ کولو ډول IV fimbriae (Tfp) شتون د ځانګړې علاقې وړ دی ځکه چې دوی د حجرو حرکت ته وده ورکوي چې د ټولنیز ګلیډینګ یا اختلاط په نوم یادیږي ، پرته له دې چې په سطحه فلجیلا شتون ولري. د راپورونو له مخې، Tfp نورې دندې لري، پشمول د پریډیشن، رنځجنیسس، بایوفیلم جوړونه، د طبیعي DNA پورته کول، د اتوماتیک حجرو راټولول او پراختیا38. د ASxL5T جینوم 18 جینونه لري چې د diguanylate cyclase encoding کوي (یو انزایم چې د 2 guanosine triphosphate guanosine 2 phosphate او cyclic diGMP ته بدلون ورکوي) او 6 جینونه چې اړونده diguanylate cyclase encoding کوي. د ایسټریس لپاره جین (ګوانوسین مونوفاسفیټ ته د سایکلیک ډی-جی ایم پی تخریب کول) په زړه پوری دی ځکه چې سایکل-ډی-جی ایم پی یو مهم دوهم میسینجر دی چې د بایوفیلم پراختیا او جلا کولو ، حرکت ، حجرو ضمیمه او ویروس 39,40 په پروسه کې دخیل دی. دا هم باید په پام کې ونیول شي چې په Bdellovibrio bacteriovorus کې، cyclic double GMP د وړیا ژوند او د ښکار ژوند طرزالعمل تر منځ د لیږد کنټرول لپاره ښودل شوي.
د ښکار باکتریا په اړه ډیری څیړنې د Bdellovibrio، Bdellovibrio په څیر ژوندی موجوداتو، او د مایکسوکوکس ډولونو باندې تمرکز کوي. دا او د ښکار باکتریا نور پیژندل شوي مثالونه یو متنوع ګروپ جوړوي. د دې تنوع سره سره، د ځانګړو پروټین کورنیو یوه ټولګه چې د 11 پیژندل شوي ښکار باکتریا فینوټایپ منعکس کوي 3,22 پیژندل شوي. په هرصورت، یوازې د O antigen ligase (waaL) کوډ کولو جینونه پیژندل شوي، چې په ځانګړې توګه په ګرام منفي باکتریا کې عام دي. د تحلیل دا بڼه د ASxL5T د ښکار په توګه په ټاکلو کې ګټوره نه ده، شاید ځکه چې دا د نوي برید ستراتیژي کاروي. د ډیر متنوع ښکار باکتریایی جینومونو شتون به د غوره حل تحلیلونو رامینځته کولو کې مرسته وکړي چې د ګروپ غړو ترمینځ د فعالیت او چاپیریال توپیرونو شواهد په پام کې نیسي. د ښکار باکتریا په مثالونو کې چې په دې تحلیل کې شامل نه دي د Cupriavidus necator42 او Bradymonabacteria43 غړي شامل دي، ځکه چې څیړونکي د مختلفو مایکروبیال ټولنو په اړه پلټنه کوي، ډیر ښکار ټیکا رامینځته کیږي.
د ASxL5T باکتریا ترټولو د پام وړ ځانګړتیا چې د TEM عکس لخوا نیول شوي د هغې ځانګړې او انعطاف وړ مورفولوژي ده، کوم چې کولی شي د ښکار باکتریا سره تعامل ته وده ورکړي. د لیدل شوي تعامل ډول د نورو ښکار باکتریا څخه توپیر لري او مخکې نه موندل شوي یا راپور شوي. د ASxL5T وړاندیز شوی د ژوند دوره په 5 شکل کې ښودل شوې. په ادبیاتو کې د ورته apical جوړښتونو سره لږ مثالونه شتون لري لکه څنګه چې موږ دلته راپور ورکوو، مګر په دې مثالونو کې شامل دي Terasakiispira papahanaumokuakeensis، یو سمندري سپیریلم باکتریا چې کله ناکله د 44 لوړوالی سره، او الفاپروټیلاوساکټیریا، ټیراساکیسپیر ، پخوا د نسل پورې اړه لري Oceanospirillum، نندارې ته چې تش په نامه "پولر فلم" 45. د Cocci شکلونه اکثرا په زړو کلتورونو کې لیدل کیږي، په ځانګړې توګه د باکتریا لپاره چې منحل بڼه لري، لکه Vibrio، Campylobacter، او Helicobacter 46, 47, 48 چې کیدای شي د خراب حالت استازیتوب وکړي. د ASxL5T باکتریا د دقیق ژوند دوره روښانه کولو لپاره نور کار ته اړتیا ده. د دې معلومولو لپاره چې دا څنګه نیسي او ښکار کوي، او ایا د دې جینوم د بیولوژیکي پلوه فعال مرکبات کوډ کوي چې د طبي یا بایو ټیکنالوژیکي موخو لپاره کارول کیدی شي.
د وینټرباکتر جین توضیحات. د نومبر Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. د L. n. venator, 'hunter' او Gr. n. bacter, 'a rod' څخه جوړ شوی دی. Venatorbacter, 'a Hunting Rod' حجرات ایروبیک دي، د مالګې مقاومت لري، منحل شوي ګرام داغ منفي دي، د تمرین راډ او اکسیډیز مثبت دي. PHB د 4 څخه تر 42 °C پورې د پی ایچ رینج غیر معمولي دی، ډیری یې د اسیدیک پی ایچ او / یا C16 دي :1ω7c، C16:0 او C18:1ω9 ؛ C12:0 3-OH او C10:0 3-OH د هایډروکسي فایټ اسیدونو په توګه موندل کیږي چې د DNA G + C منځپانګه 56.1 mol د دې ژانر غړي د انټروباکټریا په وړاندې مقاومت څرګندوي. د دې نسل فایلوجینیټیک موقعیت په کورنۍ کې دی.
د Venatorbacter cucullus sp تفصیل. نومبر Venatorbacter cucullus (cu'cull.us. ; L. n. cucullus معنی د عادلانه کول).
برسېره پر دې، د دې جینس توضیحي ځانګړتیا دا ده چې کله چې په BA یا BHI کې وده وکړي، حجرې 1.63 µm اوږد او 0.37 µm پراخې وي. په BHI اګر کې استعمارونه خورا کوچني دي، د 72 ساعتونو وروسته 2 ملي مترو ته رسیږي. دوی خاکستری، شفاف، ګردی، محدب او چمکیلی دی. د دې ډول غړي کولی شي د Escherichia coli او Klebsiella څخه کار واخلي. کیمپیلوباکټر او یو شمیر نور ګرام منفي باکتریا د ښکار په توګه کار کوي.
عادي فشار ASxL5T د انګلستان په ناټینګمشایر کې د غوښې له شیدو څخه جلا شوی او د ملي ډول کلتور ټولګه (UK) کې زیرمه شوی: د لاسرسي شمیره NCTC 14397 او د هالنډ د باکتریایی کلتور ټولګه (NCCB) د لاسرسي شمیره NCCB 1007 Theequence 1007. شوې ده د CP046056 اضافه کولو سره سم په جینبینک کې زیرمه شوي.
ASxL5T باکتریا د غوښې له شیدو څخه د فیز جلا کولو ټیکنالوژۍ په کارولو سره جلا شوي 9,49. سلری په SM بفر (50 mM Tris-HCl [pH 7.5]، 0.1 M NaCl، 8 mM MgSO4.7H2O او 0.01٪ جیلاتین؛ سیګما الډریچ، ګیلنګهم، انګلستان) کې په 1:9 (w/v) کې کم شوی. د 24 ساعتونو لپاره په 4 درجو سانتي ګراد کې، په ورو ورو حرکت کول ترڅو د روښانه کولو لپاره په بفر کې ښکار کوونکي تعلیق د 3 دقیقو لپاره په 3000 ګرامه سینټرفیوج شوی. سوپرناټینټ د 5 دقیقو لپاره د دوهم ځل لپاره په 13,000 ګرامه کې راټول شوی او سینټرفیوج شوی. سوپرناټینټ بیا د 0.45 µm جھلی فلټر (Minisart؛ Sartorius, Gottingen, Germany) او د 0.2 µm جھلی فلټر (Minisart) څخه تیر شو ترڅو د باکتریا پاتې حجرې لرې کړي. ASxL5T کولی شي دا فلټرونه تیر کړي. د کمپیلوباکتر انټروسس S12 نرم اګر لان (NCBI د لاسرسي شمیره CP040464) له ورته سلری څخه د معیاري تخنیکونو په کارولو سره چمتو شوی. فلټر شوي سلیري د دې کوربه سیل پلیټونو څخه په 10 µl څاڅکو کې په درې اړخیزه توګه ویشل شوي او وچولو ته اجازه ورکړل شوې. پلیټ د مایکرو ایروبیک شرایطو لاندې د 48 ساعتونو لپاره په 37 ° C تودوخې کې د مایکرو ایروفیلیک ټانک کې کیښودل شو (5% O2, 5% H2, 10% CO2, او 80% N2). ترلاسه شوي لیدل شوي تختې په SM بفر کې را ایستل شوي او د C. hyointestinalis S12 تازه لان ته لیږدول شوي ترڅو د لیز شوي ارګانیزم نور تبلیغ وکړي. یوځل چې دا معلومه شي چې باکتریا د لیټیک پلاک لامل دی نه فاج، هڅه وکړئ ژوندیزم د کوربه څخه په خپلواکه توګه وده وکړي او نور مشخص کړي. د ایروبیک کلتور په 37 ° C کې د 5٪ v/v defibrinated د آس وینې سره ترسره شوی (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK، ضمیمه). د ملي کلینیکي معیارونو کمیټې د لارښوونو سره سم، د ډیسک توزیع میتود د انټي باکتریا حساسیت ازموینې لپاره کارول کیږي. BHI اګر د ایروبیک کلتور لپاره د لاندې انټي بیوټیکونو (Oxoid) د ډیسک په کارولو سره په 37 °C کې کرل شوی و: اموکسیلین او کلاوولینک اسید 30 µg؛ cefotaxime 30 µg؛ streptomycin 10 µg؛ ciprofloxacin 5 µg؛ Ceftazidime 30 µg نالیډیکسیک اسید 30 µg؛ امپینیم 10 µg؛ Azithromycin 15 µg؛ کلورامفینیکول 30 µg؛ Cefoxitin 30 µg؛ Tetracycline 30 µg؛ نایټروفورانټوین 300 μg؛ Aztreonam 30 µg؛ امپیسیلین 10 μg؛ Cefpodoxime 10 µg؛ Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. د مالګې زغم په 37 ° C کې د BHI اګر پلیټونو کې د ایروبیک انکیوبیشن لخوا رامینځته شوی. اضافي NaCl د BHI اګر پلیټونو کې اضافه شوي ترڅو تر 10٪ w/v پورې د غلظت حد چمتو کړي. د pH سلسله د BHI اګر پلیټونو کې د ایروبیک کلتور لخوا په 37 ° C کې ټاکل کیږي، چیرې چې د pH رینج د 4 او 9 ترمنځ د جراثیمي HCl یا جراثیمي NaOH سره تنظیم شوی، او د هدف pH ارزښت د پلیټ اچولو دمخه تایید شوی. د سیلولر فیټي اسید تحلیل لپاره، ASxL5T په BHI اګر کې د 3 ورځو لپاره او ایروبیک په 37 °C کې کښت شوی. د MIDI (شیرلاک مایکروبیل پیژندنې سیسټم، نسخه 6.10) د FERA Science Ltd، (یارک، انګلستان) معیاري پروتوکول له مخې، د حجرو غوړ اسیدونه استخراج، چمتو او تحلیل شوي.
د TEM لپاره، ASxL5T د 24 ساعتونو لپاره په BA کې په 37 درجې سانتي ګراد کې په مساوي ډول خپریدو سره ایروبیک کرل شوی و، او بیا د 1 ملی لیتر 3٪ (v/v) ګلوټرالډیهایډ کې په 0.1 M cacodylate بفر کې د خونې د حرارت درجه کې د 1 ساعت لپاره تنظیم شوی، بیا سینټریفیوج. په 10,000 g کې د 3 دقیقو لپاره. بیا په نرمۍ سره ګولۍ په 600 μl 0.1 M cacodylate بفر کې بیا ځای پرځای کړئ. ثابت ASxL5T تعلیق د 200 میش مسو گرډ کې فورموار/کاربن فلم ته انتقال کړئ. باکتریا د 0.5% (w/v) یورانیل اسټیټ سره د 1 دقیقو لپاره داغ شوي او د TEI Tecnai G2 12 Biotwin مایکروسکوپ په کارولو سره د TEM لخوا معاینه شوي. لکه څنګه چې پورته یادونه وشوه، په NZCYM بروت (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) کې د ورته شمیر ښکار او ښکار سره یوځای کړئ او د 48 ساعتونو لپاره د کمپیلوباکټر یا کیمپیلوباکټر د مایکرو ایروبیک شرایطو لاندې په 37 درجې سانتي ګراد کې وخورئ، د ښکار او ښکار تعامل. د TEM لخوا هم معاینه شوي. د Escherichia coli لپاره ایروبیک شرایط. په خپلواکه توګه د ښکار او ښکار باکتریا معاینه کړئ ترڅو د ښکار له امله د حجرو په مورفولوژي کې کوم بدلون وټاکي. د سوډان تور میتود د PHB جمع کولو نظری مایکروسکوپي لپاره کارول شوی و.
ASxL5T د شپې په اوږدو کې په BHI یا BA پلیټونو کې د جراثیمي سویب سره وده کولو سره وده وکړئ. د ASxL5T حجرې راټول کړئ او په MRD (CM0733، Oxoid) کې یې تعلیق کړئ، او بیا یې د 7 ورځو لپاره په 4°C کې وساتئ ترڅو حجرې وږي شي. د NCTC حواله یا د لابراتوار ذخیره بکتیریال کلتور د BHI بروت یا نمبر 2 غذایی توکی (CM007، Oxoid) کې داخل شوی، په شپه کې کیښودل شوی، په 13,000 ګرامه سینټرفیوګ شوی او په MRD کې بیا ځای پرځای شوی تر OD600 0.4 پورې. کلتور: Bacillus subtilis NCTC 3610T، Citrobacter freundii NCTC 9750T، Enterobacter aerogenes NCTC 10006T، Enterococcus faecalis NCTC 775T، Escherichia coli NCTC 86، Klebnostoccoxy16TC4NCTC 10817، Listeria ځانګړې باکتریا NCTC 4885، Bacillus macerans NCTC 6355T، Providencia stuartsii NCTC 10318، Pseudomonas fluorescens SMDL، Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621 Montemonteville TC747T.C. mucilage NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. د کیمپیلوباکټر کوربه په مایکرو ایروبیک ډول په BA 7C ° C 3 سپوډ پلاټس کې د BA او 3 سپوږمکۍ په سوري کې انکیوب شوی. د ازمویل شوي کیمپیلوباکټر کوربه دا دي: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. 1458, C. Jejuni. PT14، C... په MRD کې حجرې راټول کړئ، په 13,000 ګرامه سینټرفیوج کړئ او په MRD کې بیا وځنډول شي تر هغه چې OD600 0.4 وي. د 0.5 ملی لیتر تعلیق الیکوټ په 5 ملی لیتره خټکی شوي NZCYM ټاپ اګر (0.6٪ اګر) کې اضافه کړئ او په 1.2٪ NZCYM لاندې پلیټ کې یې واچوئ. د درملنې او وچولو وروسته، په ترتیب سره ASxL5T د 20 μl څاڅکو په هر لان بورډ کې په درې اړخیزه توګه ویشل شوي. د کلتور تودوخې او فضا د ازموینې باکتریا اړتیاو پورې اړه لري.
GenElute™ د باکتریا جینومیک DNA کټ (Sigma Aldridge) وکاروئ ترڅو د باکتریا جلا کولو څخه DNA چمتو کړئ. معیاري میتودونه د 16S rRNA جین د PCR پراخولو او د رنګ پای کیمیا په کارولو سره د محصول ترتیب ټاکلو لپاره کارول شوي (د یوروفین ارزښت لوستلو خدمت، آلمان). د BLAST-N پروګرام څخه کار واخلئ ترڅو دا ترتیبونه د نورو 16S rRNA جین ترتیبونو سره پرتله کړئ ترڅو نږدې اړوند ډولونه وپیژني او راټول کړي. دا د MEGA X برنامه کې د ClustalW په کارولو سره تنظیم شوي. د فایلوجینیټیک ونه د MEGA X په کارولو سره د 1000 لارښود نقلونو سره د Tamura-Nei ماډل پراساس د اعظمي احتمال میتود په کارولو سره بیارغول شوې. د بشپړ جینوم ترتیب لپاره د DNA استخراج لپاره PureLink™ جینومیک DNA کټ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) وکاروئ. د ASxL5T د جینوم ترتیب د Illumina MiSeq ترکیب په کارولو سره ټاکل شوی و، کوم چې د 250 bp ډبل پای ریډز لري چې د کتابتون څخه جوړ شوی د Nextera لیبلینګ کټ په کارولو سره چمتو شوی او د PacBio پلیټ فارم څخه د 2 څخه تر 20 kb اوږد لوستل. په سیمبیا پوهنتون کې د جینومکس DNA ترتیب کولو څیړنې اسانتیا. جینوم د CLC جینومکس ورک بینچ 12.0.3 (کیجین، آرهوس، ډنمارک) په کارولو سره راټول شوی و. د ASxL5T کلتورونه د ملي ډول کلتور ټولګه (UK) او د هالنډ د باکتریا کلتور ټولګه (NCCB) کې زیرمه شوي. د اړوندو اورګانیزمونو جینومونه چې د پرتله کولو لپاره کارول کیږي عبارت دي له: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (د الحاق شمیره HF680312، بشپړ)؛ باکتریوپیلاین سنینسیس KCTC 32220T (د لاسرسي شمیره BMYY01000001، نیمګړی)؛ Oceanobacter kriegii DSM 6294T (د لاسرسي شمیره NZ_AUGV00000000، نامکمل)؛ Marinamonas community DSM 5604T (ASM436330v1 اضافه شوی، نیمګړی)، Oceanospirullum linum ATCC 11336T (اضافه شوی MTSD02000001، نامکمل) او Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 اضافه کړئ، نیمګړتیا). د JGI جینوم پورټل 36 څخه په https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= د ترتیب نمرې (AF) او اوسط نیوکلیک اسید شناخت (ANI) ټاکلو لپاره وکاروئ. په جوړه. د Rodriguez-R & Konstantinidis55 میتود د امینو اسید شناخت (AAI) د ټاکلو لپاره کارول شوی و. د GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 څخه د اټکل شوي اعظمي احتمالي phylogenetic ونې د تولید لپاره وکاروئ. د ان پټ جینوم چې د موجود حواله جینوم استازیتوب کوي د حوالې جینرا څخه غوره شوی چې د 16S rRNA phylogeny څخه ASxL5T پورې تړاو لري. د ژوند د متقابل ونې آنلاین وسیلې (https://itol.embl.de/) په کارولو سره ونه تشریح شوې. د ASxL5T جینوم فعال تشریح او تحلیل د BlastKOALA KEGG آنلاین وسیلې په کارولو سره د KEGG (د جینونو او جینومونو کیوټو انسایکلوپیډیا) ماډل غني کولو توزیع په کارولو سره ترسره کیږي. د COG کټګوریو ویش (اورتوولوژس ګروپونه) د EggNOG-mapper آنلاین وسیلې په کارولو سره ټاکل کیږي.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ and Muñoz-Dorado, J. د باکتریا ښکار: 75 کاله او دا دوام لري! . چاپیریال مایکرو ارګانیزم 18، 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etc. د پیرو په ساحل کې د ښکار باکتریا تنوع او د باکتریا ضد احتمال. د مارچ درمل. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak، Z. et al. د دوی د جینونو له لارې، تاسو به دوی پوه شئ: د ښکار باکتریا جینومیک ځانګړتیاوې. ISME J. 7، 756-769 (2013).
ساکټ، RE د باکتریوفاج د ښکار ژوند طرزالعمل Bdellovibrio. نصب پادری میکروبونه. 63، 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Net, M. د ښکار باکتریا څخه انټي بیوټیکونه. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio او ورته ژوندي موجودات په مختلفو کوربه نفوس کې د مایکروبیوم تنوع وړاندوینه کونکي دي. مایکرو ارګانیزم ایکولوژي. 79، 252-257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. او Balesté-Delpierre, C. د نوي انټي باکتریایي اجنټانو اوسنی حالت کشف کړئ. کلینیکي مایکرو ارګانیزم اخته کول. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley، L. et al. د فیج او فیج دوه ګونی وړاندوینه کولی شي د E. coli ښکار له یو واحد پیشنهاد پرته له منځه یوسي. J. باکتریا. 202، e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF د کمپیلوباکتر او باکتریوفیجونو شمیر او تنوع د آزادې اندازې او عضوي چرګانو د تغذیې دورې په جریان کې جلا شوي. د غوښتنلیک چاپیریال. مایکرو ارګانیزم 71، 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA etc. د کمپیلوباکتر سوین جینومیک ټیکونومي او ایپیډیمولوژي تازه کړئ. ساینس استازی 8، 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
لی، MD GToTree: د سیسټم جینومیکونو لپاره د کاروونکي دوستانه کاري فلو. بایو انفارماتیک ۳۵، ۴۱۶۲–۴۱۶۴ (۲۰۱۹).
اډګر، RC عضلات: د څو ترتیب ترتیب کولو طریقه چې د وخت او ځای پیچلتیا کموي. د BMC بیولوژیکي معلومات. ۵، ۱۱۳ (۲۰۰۴).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: په لویه پیمانه فایلوجینیټیک تحلیل کې د اتوماتیک سمون او تراشلو یوه وسیله. بایو انفارماتیک ۲۵، ۱۹۷۲–۱۹۷۳ (۲۰۰۹).
Hyatt, D. LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC جین او میټاګینومیک ترتیب ژباړه د سایټ وړاندوینې پیل کوي. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
شین، W. او Xiong، J. TaxonKit: کراس پلیټ فارم او د NCBI د ډلبندۍ موثره وسیله. Bio Rxiv. (د جون په 1، 2021 کې لاسرسی شوی) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
قیمت، MN، دهل، PS او آرکین، AP FastTree 2-تقریبا اعظمي احتمال ونې د لوی ترتیب سره. PLOS One 5, e9490 (2010).
ټانګ، O. GNU موازي. (د جون په 1، 2021 کې لاسرسی شوی) https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa، M. & Goto، S. KEGG: د جینونو او جینومونو کیوټو انسایکلوپیډیا. د نیوکلیک اسید څیړنه. 28، 27-30 (2000).
چک جمهوریت، L. او داسې نور. د فشار ساتونکو او غذايي موادو په توګه د Extremolytes ectoine او hydroxyectoine رول: جینیات، سیسټم جینومکس، بایو کیمیا، او ساختماني تحلیل. جین (بیزل). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA د متفرق پروټین څرګندونه د متوسط ​​​​او اوږده زنځیر الکانز د ودې په جریان کې د سمندري هایدروکاربن تخریب کونکي باکتریا Thalassolituus oleivorans MIL-1 د ودې په جریان کې. مخ مایکرو ارګانیزم 9، 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. د فینوټایپیک مشخص شاخصونو تعریف کولو لپاره د نسبي جینومیک نوی میتود د ښکار باکتریا نښه کې مشخص میراث څرګندوي. د عامه علومو کتابتون یو. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etc. Thalassolituus oleivorans gene. نومبر، سپ. nov.، د سمندري باکتریا یو نوی ډول دی چې د هایدروکاربن په کارولو کې تخصص لري. نړیوالتوب J. سیسټم. تکامل مایکرو ارګانیزم 54، 141-148 (2004).
وانګ، Y.، Yu، M.، Liu، Y.، Yang، X. & Zhang، XH Bacterioplanoides pacificum gen. نومبر، سپ. په نومبر کې، دا په جنوبي آرام سمندر کې د سمندري اوبو څخه جلا شو. نړیوالتوب J. سیسټم. تکامل مایکرو ارګانیزم 66، 5010-5015 (2016).