ASxL5T නව ග්‍රෑම්-ඍණ, වායුගෝලීය, ලුණු වලට ඔරොත්තු දෙන, ක්‍රියාකාරී, සැරයටි හැඩැති සහ කොල්ලකාරී බැක්ටීරියාවක් එංගලන්තයේ නොටින්හැම්ෂයර් හි ගව පොකුණකින් හුදකලා කරන ලද අතර එහි ගොදුර ලෙස Campylobacter භාවිතා කරන ලදී. පසුව, අනෙකුත් Campylobacter විශේෂ සහ Enterobacteriaceae පවුලේ සාමාජිකයන් ගොදුරු ලෙස සොයා ගන්නා ලදී. ධාරක සෛල නොමැතිව උප සංස්කෘතියෙන් පසුව, මොළයේ හෘද ඉන්ෆියුෂන් Agar මත දුර්වල aseptic වර්ධනයක් ලබා ගන්නා ලදී. ප්‍රශස්ත වර්ධන තත්ත්‍වය 37 °C වන අතර pH අගය 7. සම්ප්‍රේෂණ ඉලෙක්ට්‍රෝන අන්වීක්ෂය මගින් ගොදුරේ පැවැත්මට අදාළ ඉතා අසාමාන්‍ය රූප විද්‍යාත්මක ලක්ෂණ කිහිපයක් අනාවරණය විය. 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය භාවිතා කරන Phylogenetic විශ්ලේෂණයෙන් පෙන්නුම් කළේ හුදකලා වීම සමුද්‍ර ස්පිරුලිනා පවුලේ සාමාජිකයෙකුට සම්බන්ධ වන නමුත් දන්නා ඕනෑම කුලයක සාමාජිකයෙකු ලෙස පැහැදිලිව වර්ගීකරණය කළ නොහැකි බවයි. ASxL5T හි සම්පූර්ණ-ප්‍රවේණි අනුක්‍රමය මගින් සමුද්‍ර ස්පිරෝචේට් සාමාජිකයන් සමඟ ඇති සම්බන්ධය තහවුරු විය. දත්ත සමුදා සෙවුමකින් හෙළි වූයේ ASxL5T කිහිපයක් සාගරයේ, ගොඩබිමේ සහ භූගත ජලයේ ඇති නොසංස්කෘතික බැක්ටීරියා කිහිපයක් සමඟ 16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙල බෙදා ගන්නා බවයි. ASxL5T ප්‍රභේදය නව කුලයක නව විශේෂයක් නියෝජනය කරන බව අපි යෝජනා කරමු. අපි නිර්දේශ කරන්නේ Venatorbacter cucullus gen යන නමයි. නොවැම්බර්, sp. නොවැම්බරයේදී, ASxL5T වර්ගයේ වික්‍රියාව ලෙස භාවිතා කරන ලදී.
කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා යනු ජෛව සංස්ලේෂක ද්‍රව්‍ය සහ ශක්තිය ලබා ගැනීම සඳහා අනෙකුත් ජීවී බැක්ටීරියා දඩයම් කිරීමේ සහ මරා දැමීමේ හැකියාව ප්‍රදර්ශනය කරන බැක්ටීරියා වේ. මෙය මියගිය ක්ෂුද්‍ර ජීවීන්ගෙන් පෝෂ්‍ය පදාර්ථ සාමාන්‍ය ප්‍රකෘතියට වඩා වෙනස් වන අතර එය පරපෝෂිත අන්තර්ක්‍රියා වලින් ද වෙනස් වේ, බැක්ටීරියා ඔවුන් මරා නොදමා ඔවුන්ගේ ධාරකය සමඟ සමීප සබඳතාවක් ඇති කරයි. කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා ඔවුන් සිටින ස්ථානවල (සාගර වාසස්ථාන වැනි) බහුල ආහාර ප්‍රභවයන්ගෙන් ප්‍රයෝජන ගැනීමට විවිධ ජීවන චක්‍ර පරිණාමය කර ඇත. ඔවුන් වර්ගීකරණමය වශයෙන් විවිධ වූ කණ්ඩායමක් වන අතර, ඔවුන්ගේ අද්විතීය වන්ධ්‍යාකරණ ජීවන චක්‍රය මගින් පමණක් සම්බන්ධ වේ1. කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා සඳහා උදාහරණ විවිධ ෆයිලා කිහිපයකින් සොයාගෙන ඇත, ඒවා ඇතුළුව: Proteobacteria, Bacteroides සහ Chlorella.3. කෙසේ වෙතත්, වඩාත් හොඳින් අධ්‍යයනය කරන ලද කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වන්නේ Bdellovibrio සහ Bdellovibrio-සහ-සමාන ජීවීන් (BALOs4) ය. කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා යනු නව ජීව විද්‍යාත්මකව ක්‍රියාකාරී සංයෝග සහ ප්‍රතිබැක්ටීරීය කාරක වල ප්‍රබල ප්‍රභවයකි.
කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා ක්ෂුද්‍රජීවී විවිධත්වය වැඩි දියුණු කරන අතර පරිසර පද්ධතියේ සෞඛ්‍යය, ඵලදායිතාව සහ ස්ථාවරත්වය කෙරෙහි ධනාත්මක බලපෑමක් ඇති කරයි. මෙම ධනාත්මක ගුණාංග තිබියදීත්, බැක්ටීරියා වගා කිරීමේ දුෂ්කරතාවය සහ ඒවායේ සංකීර්ණ ජීවන චක්‍ර අවබෝධ කර ගැනීම සඳහා සෛල අන්තර්ක්‍රියා හොඳින් නිරීක්ෂණය කිරීමේ අවශ්‍යතාවය හේතුවෙන් නව කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා පිළිබඳ අධ්‍යයනයන් ස්වල්පයක් ඇත. පරිගණක විශ්ලේෂණයෙන් මෙම තොරතුරු ලබා ගැනීම පහසු නැත.
ප්‍රති-ක්ෂුද්‍ර ජීවී ප්‍රතිරෝධය වැඩි වන යුගයක, බැක්ටීරියා භක්ෂක සහ කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා භාවිතය වැනි බැක්ටීරියා රෝග කාරක ඉලක්ක කර ගැනීමේ නව උපාය මාර්ග අධ්‍යයනය කෙරේ. නොටින්හැම්ෂයර් හි නොටින්හැම් විශ්ව විද්‍යාලයේ කිරි මධ්‍යස්ථානයෙන් එකතු කරන ලද ගව ගොම වලින් ෆේජ් හුදකලා තාක්‍ෂණය භාවිතයෙන් ASxL5T බැක්ටීරියාව 2019 දී හුදකලා කරන ලදී. විමර්ශනයේ පරමාර්ථය වන්නේ ජීව විද්‍යාත්මක පාලන නියෝජිතයන් ලෙස විභවයක් ඇති ජීවීන් හුදකලා කිරීමයි. Campylobacter hyointestinalis යනු zoonotic රෝග කාරකයක් වන අතර එය වැඩි වැඩියෙන් මිනිසුන්ගේ බඩවැල් රෝග සමඟ සම්බන්ධ වේ. එය සෙරුමය තුළ සර්වසම්පූර්ණ වන අතර ඉලක්ක සත්කාරකයක් ලෙස භාවිතා කරයි.
ASxL5T බැක්ටීරියාව හරක් මස් ජෙලි වලින් හුදකලා කරන ලද්දේ එය C. hyointestinalis තණකොළ මත සාදන ලද සමරු ඵලක බැක්ටීරියාභක්ෂක මගින් නිපදවන ලද ඒවාට සමාන බව නිරීක්ෂණය වූ බැවිනි. මෙය අනපේක්ෂිත සොයා ගැනීමකි, මන්ද ෆේජ් හුදකලා ක්‍රියාවලියේ කොටසක් බැක්ටීරියා සෛල ඉවත් කිරීමට නිර්මාණය කර ඇති 0.2 µm පෙරහනක් හරහා පෙරීම ඇතුළත් වේ. සමරු ඵලකයෙන් ලබාගත් ද්‍රව්‍ය අන්වීක්ෂීය පරීක්‍ෂාවෙන් හෙළි වූයේ කුඩා ග්‍රෑම්-ඍණ වක්‍ර සැරයටිය හැඩැති බැක්ටීරියා බහුහයිඩ්‍රොක්සිබියුටයිරේට් (PHB) සමුච්චය නොවන බවයි. ගොදුරු සෛල වලින් ස්වාධීන අසප්ටික් සංස්කෘතිය පොහොසත් ඝන මාධ්‍යයක් (මොළයේ හෘද ඉන්ෆියුෂන් ඒගාර් (BHI) සහ රුධිර ඒගාර් (BA) වැනි) සාක්ෂාත් කර ගන්නා අතර එහි වර්ධනය දුර්වල වේ. අධික එන්නත් වැඩි දියුණු කිරීම සමඟ උප සංස්කෘතියෙන් පසුව එය ලබා ගනී. එය ක්ෂුද්‍ර වායුගෝලීය (7% v/v ඔක්සිජන්) සහ වායුගෝලීය ඔක්සිජන් තත්වයන් යටතේ සමානව හොඳින් වර්ධනය වන නමුත් නිර්වායු වායුගෝලය තුළ නොවේ. පැය 72 කට පසු, යටත් විජිතයේ විෂ්කම්භය ඉතා කුඩා වූ අතර එය 2 mm දක්වා ළඟා වූ අතර එය බීජ්, පාරභාසක, රවුම්, උත්තල සහ දිලිසෙන විය. ASxL5T ද්‍රව මාධ්‍ය තුළ විශ්වාසනීය ලෙස වගා කළ නොහැකි නිසා සම්මත ජෛව රසායනික පරීක්‍ෂණයට බාධා ඇති වේ, එයින් ඇඟවෙන්නේ එය ජෛව පටල සෑදීමේ සංකීර්ණ ජීවන චක්‍රය මත විශ්වාසය තැබිය හැකි බවයි. කෙසේ වෙතත්, තහඩු අත්හිටුවීම පෙන්නුම් කළේ ASxL5T වායුගෝලීය, ඔක්සිඩේස් සහ කැටලේස් සඳහා ධනාත්මක වන අතර 5% NaCl ඉවසාගත හැකි බවයි. ASxL5T ස්ට්‍රෙප්ටොමයිසින් 10 µg වලට ප්‍රතිරෝධී වන නමුත් පරීක්ෂා කරන ලද අනෙකුත් සියලුම ප්‍රතිජීවක වලට සංවේදී වේ. ASxL5T බැක්ටීරියා සෛල TEM මගින් පරීක්ෂා කරන ලදී (රූපය 1). BA මත ගොදුරු සෛල නොමැතිව වර්ධනය වන විට, ASxL5T සෛල කුඩා Campylobacter වේ, සාමාන්‍ය දිග 1.63 μm (± 0.4), පළල 0.37 μm (± 0.08) සහ තනි දිගු (5 μm දක්වා) කණුවක් වේ. ලිංගික ධජය. සෛල වලින් ආසන්න වශයෙන් 1.6% ක් පමණ පළල 0.2 μm ට වඩා අඩු බව පෙනේ, එය පෙරහන් උපාංගය හරහා ගමන් කිරීමට ඉඩ සලසයි. සමහර සෛලවල මුදුනේ අසාමාන්‍ය ව්‍යුහාත්මක දිගුවක් නිරීක්ෂණය කරන ලදී, එය ෆෙරිං (ලතින් කුකුලස්) හා සමාන වේ (1D, E, G හි ඊතල බලන්න). මෙය අතිරික්ත පිටත පටලයකින් සමන්විත වන බව පෙනේ, එය පෙරිප්ලාස්මික් ලියුම් කවරයේ ප්‍රමාණය සීඝ්‍රයෙන් අඩුවීම නිසා විය හැකි අතර, පිටත පටලය නොවෙනස්ව පවතින අතර, "ලිහිල්" පෙනුමක් පෙන්වයි. පෝෂ්‍ය පදාර්ථ නොමැති විට (PBS හි) 4°C දී දීර්ඝ කාලයක් ASxL5T වගා කිරීමේ ප්‍රතිඵලයක් ලෙස බොහෝ සෛල (නමුත් සියල්ලම නොවේ) කොකල් රූප විද්‍යාව පෙන්වයි (රූපය 1C). ASxL5T පැය 48ක් ගොදුරක් ලෙස Campylobacter jejuni සමඟ වර්ධනය වන විට, සාමාන්‍ය සෛල ප්‍රමාණය ධාරකයක් නොමැතිව වැඩෙන සෛල වලට වඩා සැලකිය යුතු ලෙස දිගු සහ පටු වේ (වගුව 1 සහ රූප සටහන 1E). ඊට ප්‍රතිවිරුද්ධව, ASxL5T E. coli සමඟ පැය 48ක් ගොදුරක් ලෙස වර්ධනය වන විට, සාමාන්‍ය සෛල ප්‍රමාණය ගොදුරක් නොමැතිව වර්ධනය වන විට වඩා දිගු හා පුළුල් වේ (වගුව 1), සහ සෛල දිග විචල්‍ය වේ, සාමාන්‍යයෙන් සූතිකාමය (Figure 1F). පැය 48ක් ගොදුරක් ලෙස Campylobacter jejuni හෝ E. coli සමඟ පුර්ව ලියාපදිංචි කළ විට, ASxL5T සෛල කිසිසේත්ම කොඩියක් නොපෙන්වයි. වගුව 1 ASxL5T හි පැවැත්ම, නොපැමිණීම සහ ගොදුරු වර්ගය මත පදනම්ව සෛල ප්‍රමාණයේ වෙනස්කම් පිළිබඳ නිරීක්ෂණ සාරාංශ කරයි.
ASx5LT හි TEM සංදර්ශකය: (A) ASx5LT දිගු කස පෙන්වයි; (B) සාමාන්‍ය ASx5LT බැටරිය; (C) පෝෂ්‍ය පදාර්ථ නොමැතිව දිගු ඉන්කියුබේෂන් කිරීමෙන් පසු cocci ASx5LT සෛල; (D) ASx5LT සෛල සමූහයක් අසාමාන්‍යතාවයක් පෙන්වයි (E) Campylobacter ගොදුර සමඟ පුර්වීකරණය කරන ලද ASx5LT සෛල සමූහය ගොදුරු වර්ධනයක් නොමැති ඒවා හා සසඳන විට වැඩි සෛල දිගක් පෙන්නුම් කරයි (D) අග්‍ර ව්‍යුහය ද පෙන්නුම් කරයි; (F) E. coli ගොදුරු සමඟ පුර්ව ලියාපදිංචි තක්සේරු කිරීමෙන් පසු විශාල සූතිකාමය ධජය, ASx5LT සෛල; (G) E. coli සමඟ පුර්ව ලියාපදිංචි තක්සේරු කිරීමෙන් පසු තනි ASx5LT සෛලයක්, අසාමාන්‍ය ඉහළ ව්‍යුහයක් පෙන්වයි. තීරුව 1 μm නියෝජනය කරයි.
16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය (ප්‍රවේශ අංකය MT636545.1) නිර්ණය කිරීම මගින් Gammaproteobacteria පන්තියට සමාන අනුපිළිවෙලක් ස්ථාපිත කිරීමට දත්ත සමුදා සෙවුම් සක්‍රීය කරයි, සහ සමුද්‍ර ස්පිරිලම් පවුලේ සාගර බැක්ටීරියා වලට සමීප වේ (රූපය 2), සහ Thalassolituus gen හි සාමාජිකයින් වේ. Marine Bacillus ගේ සමීපතම ඥාතියා. 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) පවුලට අයත් කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වලින් පැහැදිලිවම වෙනස් වේ. B. bacteriovorus HD100T (type strain, DSM 50701) සහ B. bacteriovorus DM11A යුගල වශයෙන් සැසඳීම් 48.4% සහ 47.7% වූ අතර B. exovorus JSS සඳහා එය 46.7% විය. ASxL5T බැක්ටීරියාව සතුව 16S rRNA ජානයේ පිටපත් 3ක් ඇති අතර, ඒවායින් දෙකක් එකිනෙකට සමාන වන අතර තෙවනුව භෂ්ම 3ක් වෙන්ව පවතී. වෙනත් කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා හුදකලා දෙකක් (ASx5S සහ ASx5O; 16S rRNA ජාන ප්‍රවේශ අංක පිළිවෙලින් MT636546.1 සහ MT636547.1 වේ) එකම ස්ථානයේ සිට සමාන රූප විද්‍යාත්මක සහ ෆීනෝටයිපික් ලක්ෂණ සමාන නොවේ, නමුත් ඒවා ASxL5T සහ අසංස්කෘතික වලින් වෙනස් වේ. දත්ත සමුදා අනුපිළිවෙලවල් අනෙකුත් ඒවා සමඟ එකට එකතු වී ඇත Oceanospirillaceae හි ජනක (රූපය 2). ASxL5T හි සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙල නිර්ණය කර NCBI දත්ත ගබඩාවේ සුරකින ලද අතර ප්‍රවේශ අංකය CP046056 වේ. ASxL5T හි ජෙනෝමය 56.1% ක G + C අනුපාතයක් සහිත 2,831,152 bp ක වෘත්තාකාර වර්ණදේහයකින් සමන්විත වේ. ප්‍රවේණි අනුක්‍රමයේ CDS (මුළු) 2653ක් අඩංගු වේ, ඉන් 2567ක් ප්‍රෝටීන කේතනය කිරීමට පුරෝකථනය කර ඇති අතර, ඉන් 1596ක් ප්‍රකෘති ශ්‍රිත (60.2%) ලෙස පැවරිය හැක. ජෙනෝමය තුළ rRNA 9 (5S, 16S, සහ 23S සඳහා 3 බැගින්) සහ tRNA 57ක් ඇතුළුව RNA-කේතීකරණ ජාන 67ක් අඩංගු වේ. ASxL5T හි ප්‍රවේණික ලක්ෂණ 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය (වගුව 2) වෙතින් හඳුනාගෙන ඇති ආසන්නතම සාපේක්ෂ වර්ගයේ වික්‍රියා වල පවතින ප්‍රවේණි සමඟ සංසන්දනය කරන ලදී. පවතින සියලුම Thalassolituus ජෙනෝම ASxL5T වෙත සංසන්දනය කිරීමට ඇමයිනෝ අම්ල අනන්‍යතාවය (AAI) භාවිතා කරන්න. AAI විසින් තීරණය කරන ලද ආසන්නතම (අසම්පූර්ණ) ජාන අනුක්‍රමය Thalassolituus sp වේ. C2-1 (NZ_VNIL01000001 එකතු කරන්න). මෙම වික්‍රියාව මරියානා ආගාධයේ ගැඹුරු මුහුදේ අවසාදිත වලින් හුදකලා වී ඇත, නමුත් සංසන්දනය කිරීම සඳහා මෙම වික්‍රියාව පිළිබඳ ෆීනෝටයිපික් තොරතුරු දැනට නොමැත. ASxL5T හි 2.82 Mb සමඟ සසඳන විට, ජීවියාගේ ජෙනෝමය 4.36 Mb හි විශාල වේ. සාගර ස්පයිරෝචේට් වල සාමාන්‍ය ජෙනෝම ප්‍රමාණය 4.16 Mb පමණ වේ (± 1.1; n = 92 සම්පූර්ණ යොමු ප්‍රවේණි https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly වෙතින් විමර්ශනය කරන ලදී), එබැවින් ASxL5T හි ජෙනෝමය අනුරූප වේ. අනුපිළිවෙල අනෙකුත් සාමාජිකයින් හා සසඳන විට එය තරමක් කුඩා වේ. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16 ට විශේෂිත වූ තනි පිටපත් ජාන 172 ක පෙළගැස්වූ සහ සම්බන්ධිත ඇමයිනෝ අම්ල අනුපිළිවෙල භාවිතා කරමින්, ජාන මත පදනම් වූ ඇස්තමේන්තුගත උපරිම සම්භාවිතාව phylogenetic ගසක් (Figure 3A) උත්පාදනය කිරීමට GToTree 1.5.54 භාවිතා කරන්න. 17,18. විශ්ලේෂණයෙන් පෙන්නුම් කළේ එය තලසොලිටස්, බැක්ටීරියා තලය සහ සමුද්‍ර බැක්ටීරියාව සමඟ සමීපව සම්බන්ධ වන බවයි. කෙසේ වෙතත්, මෙම දත්ත පෙන්නුම් කරන්නේ ASxL5T Marine Spirulina හි එහි ඥාතීන්ට වඩා වෙනස් වන අතර එහි ජාන අනුක්‍රමික දත්ත ලබා ගත හැකි බවයි.
16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙල භාවිතා කරන ෆයිලොජෙනටික් ගස, සාගර ස්පිරුලිනේසියේ වගා නොකළ සහ සමුද්‍ර බැක්ටීරියා වික්‍රියාවලට සාපේක්ෂව ASxL5T, ASxO5 සහ ASxS5 වික්‍රියා (බඩවැල් සහිත) වල පිහිටීම ඉස්මතු කරයි. Genbank ප්‍රවේශ අංකය වරහන් තුළ ඇති වික්‍රියා නාමය අනුගමනය කරයි. අනුපිළිවෙලවල් පෙළගැස්වීමට ClustalW භාවිතා කරන්න, සහ ෆයිලොජෙනටික් සම්බන්ධතා අනුමාන කිරීමට උපරිම සම්භාවිතා ක්‍රමය සහ Tamura-Nei ආකෘතිය භාවිතා කරන්න, සහ MEGA X වැඩසටහනේ මාර්ගෝපදේශන අනුරූ 1000ක් සිදු කරන්න. ශාඛාවේ ඇති අංකය පෙන්නුම් කරන්නේ මාර්ගෝපදේශක පිටපත් අගය 50% ට වඩා වැඩි බවයි. Escherichia coli U/541T බාහිර කණ්ඩායමක් ලෙස භාවිතා කරන ලදී.
(A) සාගර Spirospiraceae බැක්ටීරියාව ASxL5T සහ එහි සමීප ඥාතීන් වන E. coli U 5/41T අතර සම්බන්ධය පෙන්නුම් කරමින්, ජෙනෝමය මත පදනම් වූ ශාක ජානමය ගසක්. (B) T. oleivorans MIL-1T සමඟ සසඳන විට, ASx5LT ප්‍රෝටීනයේ විකලාංග කාණ්ඩය (COG) පොකුර මත පදනම්ව ජානවල ක්‍රියාකාරී කාණ්ඩයේ ව්‍යාප්තිය පුරෝකථනය කෙරේ. වම්පස ඇති රූපයේ දැක්වෙන්නේ එක් එක් ජෙනෝමයේ එක් එක් ක්‍රියාකාරී COG කාණ්ඩයේ ජාන ගණනයි. දකුණු පස ඇති ප්‍රස්ථාරය එක් එක් ක්‍රියාකාරී COG කාණ්ඩයේ අඩංගු ජෙනෝම ප්‍රතිශතය පෙන්වයි. (C) T. oleiverans MIL-1T හා සසඳන විට, ASxL5T හි සම්පූර්ණ KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) මොඩියුලර් මාර්ගය විශ්ලේෂණය කිරීම.
ASxL5T ජෙනෝමය තුළ ඇති සංඝටක ජාන පරීක්ෂා කිරීම සඳහා KEGG දත්ත සමුදාය භාවිතා කිරීමෙන් aerobic gamma Proteus හි සාමාන්‍ය පරිවෘත්තීය මාර්ගය අනාවරණය විය. ASxL5T හි බැක්ටීරියා මෝටර් ප්‍රෝටීන සඳහා පවරා ඇති මුළු ජාන 75 ක් අඩංගු වන අතර, chemotaxis, flagella එකලස් කිරීම සහ IV වර්ගයේ fimbriae පද්ධතියට සම්බන්ධ ජාන ඇතුළත් වේ. අවසාන කාණ්ඩයේ, අනෙකුත් ජීවීන් පරාසයක චලනය වන චලනය සඳහා ජාන 10 න් 9 ක්ම වගකිව යුතුය. ASxL5T හි ජෙනෝමය තුළ halophiles සඳහා අපේක්ෂා කරන පරිදි, ඔස්මොටික් ආතතියට ආරක්ෂිත ප්‍රතිචාරයට සහභාගී වන සම්පූර්ණ ටෙට්‍රාහයිඩ්‍රොපිරිමිඩීන් ජෛව සංස්ලේෂක මාර්ගයක් අඩංගු වේ. රයිබොෆ්ලැවින් සංශ්ලේෂණ මාර්ග ඇතුළුව කොෆැක්ටර් සහ විටමින් සඳහා සම්පූර්ණ මාර්ග රාශියක් ද ජෙනෝමයේ අඩංගු වේ. ASxL5T හි ඇල්කේන් 1-monooxygenase (alkB2) ජානය ඇතත්, හයිඩ්‍රොකාබන් භාවිත මාර්ගය සම්පූර්ණ නොවේ. ASxL5T හි ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙලෙහි, T. oleiverans MIL-1T21 හි හයිඩ්‍රොකාබන පිරිහීමට ප්‍රධාන වශයෙන් වගකිව යුතු බවට හඳුනාගෙන ඇති ජානවල සමජාතීය TOL_2658 (alkB) සහ TOL_2772 (ඇල්කොහොල් ඩිහයිඩ්‍රොජිනේස්) පැහැදිලිවම නොමැත. ASxL5T සහ Olive oil MIL-1T අතර COG කාණ්ඩයේ ජාන ව්‍යාප්තිය සංසන්දනය කිරීම රූප සටහන 3B පෙන්වයි. සමස්තයක් වශයෙන්, කුඩා ASxL5T ජෙනෝමය විශාල සම්බන්ධිත ජෙනෝමයට සාපේක්ෂව එක් එක් COG කාණ්ඩයෙන් සමානුපාතිකව අඩු ජාන අඩංගු වේ. එක් එක් ක්‍රියාකාරී කාණ්ඩයේ ජාන සංඛ්‍යාව ජෙනෝමයේ ප්‍රතිශතයක් ලෙස ප්‍රකාශ කළ විට, පරිවර්තන, රයිබසෝම ව්‍යුහය සහ ජෛව උත්පාදන කාණ්ඩවල සහ විශාල ASxL5T සමන්විත වන බලශක්ති නිෂ්පාදන සහ පරිවර්තන ශ්‍රිත කාණ්ඩවල ජාන ප්‍රතිශතයේ වෙනස්කම් සටහන් වේ. genome ප්‍රතිශතය T. oleiverans MIL-1T genome හි ඇති එකම කාණ්ඩය සමඟ සංසන්දනය කෙරේ. ඊට ප්‍රතිවිරුද්ධව, ASxL5T ජෙනෝමය හා සසඳන විට, T. oleivorans MIL-1T හි ප්‍රතිනිර්මාණය, ප්‍රතිසංයෝජනය සහ අලුත්වැඩියාව සහ පිටපත් කිරීමේ ප්‍රවර්ගවල ජානවල ඉහළ ප්‍රතිශතයක් ඇත. සිත්ගන්නා කරුණ නම්, ජෙනෝම දෙකෙහි එක් එක් ක්‍රියාකාරී කාණ්ඩයේ අන්තර්ගතයේ විශාලතම වෙනස වන්නේ ASxL5T හි ඇති නොදන්නා ජාන සංඛ්‍යාවයි (රූපය 3B). KEGG මොඩියුලවල සාරවත් විශ්ලේෂණයක් සිදු කරන ලද අතර, එක් එක් KEGG මොඩියුලය ජාන අනුක්‍රමික දත්තවල විවරණ සහ ජීව විද්‍යාත්මක අර්ථකථනය සඳහා අතින් නිර්වචනය කරන ලද ක්‍රියාකාරී ඒකක සමූහයක් නියෝජනය කරයි. ASxL5T සහ olive MIL-1T හි සම්පූර්ණ KOG මොඩියුල මාර්ගයේ ජාන ව්‍යාප්තිය සංසන්දනය කිරීම රූප සටහන 3C හි දැක්වේ. මෙම විශ්ලේෂණයෙන් පෙන්නුම් කරන්නේ ASxL5T සම්පූර්ණ සල්ෆර් සහ නයිට්‍රජන් පරිවෘත්තීය මාර්ගයක් ඇති නමුත් T. oleiverans MIL-1T සතුව නොමැති බවයි. ඊට වෙනස්ව, T. oleiverans MIL-1T සතුව සම්පූර්ණ සිස්ටීන් සහ මෙතියොනීන් පරිවෘත්තීය මාර්ගයක් ඇත, නමුත් එය ASxL5T හි අසම්පූර්ණයි. එබැවින්, ASxL5T සතුව සල්ෆේට් උකහා ගැනීම සඳහා ලාක්ෂණික මොඩියුලයක් ඇත (පරිවෘත්තීය ධාරිතාව හෝ ව්‍යාධිජනක බව වැනි ෆීනෝටයිපික් සලකුණු ලෙස භාවිතා කළ හැකි ජාන කට්ටලයක් ලෙස අර්ථ දක්වා ඇත; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T හි oleiverans MIL-1T. ASxL5T හි ජාන අන්තර්ගතය කොල්ලකාරී ජීවන රටාවක් යෝජනා කරන ජාන ලැයිස්තුව සමඟ සංසන්දනය කිරීම අවිනිශ්චිතය. හරයට O ප්‍රතිදේහජනක පොලිසැකරයිඩ හා සම්බන්ධ ligase කේතනය කරන waaL ජානය ASxL5T ජෙනෝමයේ ඇතත් (නමුත් එය බොහෝ ග්‍රෑම්-සෘණ බැක්ටීරියා වල බහුලව දක්නට ලැබේ), ට්‍රිප්ටෝෆාන් 2,3-ඩයොක්සිජනේස් (TDO ) ජානවලට ඇමයිනෝ 60 ඇතුළත් විය හැක. අම්ල කලාප බහුලව දක්නට නොලැබෙන කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වල දක්නට ලැබේ. ASxL5T ජෙනෝමය තුළ වෙනත් කොල්ලකාරී ලාක්ෂණික ජාන නොමැත, මෙවලෝනේට් මාර්ගයෙහි අයිසොප්‍රෙනොයිඩ් ජෛව සංස්ලේෂණයට සම්බන්ධ එන්සයිම ඇතුළත් වේ. පරීක්‍ෂා කරන ලද විලෝපික කාණ්ඩයේ පිටපත් කිරීමේ නියාමක ජාන gntR නොමැති බව සලකන්න, නමුත් ASxL5T හි gntR වැනි ජාන තුනක් හඳුනාගත හැකිය.
ASxL5T හි ෆීනෝටයිපික් ලක්ෂණ 3 වගුවේ සාරාංශ කර ඇති අතර සාහිත්‍යයේ වාර්තා කර ඇති 23, 24, 25, 26 සහ 27 ආශ්‍රිත ප්‍රවර්ගවල සංකල්පීය ලක්ෂණ සමඟ සසඳා ඇත. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis සහ Oceanobacter kriegii වලින් හුදකලා වූ ඒවා සක්‍රීය, ලවණ-ඉවසිය හැකි, ඔක්සිඩේස්-ධනාත්මක සැරයටිය හැඩැති ශරීර වන නමුත්, ASxL5T සමඟ වෙනත් ෆීනෝටයිපික් ලක්ෂණ නොමැති තරම්ය. සාගරයේ සාමාන්‍ය pH අගය 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), එය T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis සහ O වලින් පිළිබිඹු වේ. kriegii. සාගර නොවන විශේෂවල සාමාන්‍ය විශාල pH පරාසය (4-9) සඳහා ASxL5T සුදුසු වේ. Thalassolituus sp හි ෆීනෝටයිපික් ලක්ෂණ. C2-1. නොදන්නා. ASxL5T හි වර්ධන උෂ්ණත්ව පරාසය සාමාන්‍යයෙන් සමුද්‍ර වික්‍රියා (4-42 °C) ට වඩා පුළුල් වේ, නමුත් සමහරක් නමුත් සියලුම T. marinus හුදකලා තාපයට ඔරොත්තු දෙනවා. සුප් හොද්ද මාධ්ය තුළ ASxL5T වර්ධනය කිරීමට නොහැකි වීම තවදුරටත් ෆීනෝටයිපික් ගුනාංගීකරනය වැලැක්වීය. BA තහඩුව, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, triptophan deaminase, jelatin hydrolysis Enzyme වලින් සූරන ලද ද්‍රව්‍ය පරීක්ෂා කිරීමට API 20E භාවිතා කරන්න, පරීක්ෂණ ප්‍රතිඵල සියල්ල සෘණ, නමුත් acetoindole නොවේ. නිෂ්පාදනය කරන ලදී. නොපැසුණු කාබෝහයිඩ්රේට ඇතුළත් වේ: ග්ලූකෝස්, මන්නෝස්, ඉනොසිටෝල්, සෝබිටෝල්, රම්නෝස්, සුක්රෝස්, මෙලිබියෝස්, ඇමිග්ඩලින් සහ ඇරබිනෝස්. ප්‍රකාශිත ආශ්‍රිත විමර්ශන වික්‍රියා හා සසඳන විට, ASxL5T වික්‍රියාවේ සෛලීය මේද අම්ල පැතිකඩ වගුව 4 හි පෙන්වා ඇත. ප්‍රධාන සෛලීය මේද අම්ල C16:1ω6c සහ/හෝ C16:1ω7c, C16:0 සහ C18:1ω9 වේ. හයිඩ්‍රොක්සි මේද අම්ල C12:0 3-OH සහ C10:0 3-OH ද පවතී. ASxL5T හි C16:0 හි අනුපාතය අදාළ ජනකවල වාර්තා කළ අගයට වඩා වැඩිය. ඊට ප්‍රතිවිරුද්ධව, වාර්තා කරන ලද T. marinus IMCC1826TT සමඟ සසඳන විට, ASxL5T හි C18:1ω7c සහ/හෝ C18:1ω6c අනුපාතය අඩු වේ. oleivorans MIL-1T සහ O. kriegii DSM 6294T, නමුත් B. sanyensis KCTC 32220T හි අනාවරණය කර නොමැත. ASxL5T සහ ASxLS හි මේද අම්ල පැතිකඩයන් සංසන්දනය කිරීමේදී එකම විශේෂයේ ප්‍රවේණික DNA අනුපිළිවෙලට අනුකූල වන වික්‍රියා දෙක අතර තනි මේද අම්ල ප්‍රමාණයේ සියුම් වෙනස්කම් අනාවරණය විය. සුඩාන කළු පරීක්ෂණය භාවිතයෙන් පොලි-3-හයිඩ්‍රොක්සිබියුටේට් (PHB) අංශු අනාවරණය වී නොමැත.
ASxL5T බැක්ටීරියාවේ විලෝපික ක්‍රියාකාරකම් ගොදුරේ පරාසය තීරණය කිරීම සඳහා අධ්‍යයනය කරන ලදී. මෙම බැක්ටීරියාවට Campylobacter විශේෂ මත සමරු ඵලක සෑදිය හැක, ඒවා ඇතුළුව: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 සහ C. upsaliensis NCTC 11541T. ග්‍රෑම්-ඍණ සහ ග්‍රෑම්-ධනාත්මක බැක්ටීරියා පුළුල් පරාසයක් පරීක්ෂා කිරීමට ක්‍රමයේ ධාරක පරාසය නිර්ණය කිරීමේ කොටසේ ලැයිස්තුගත කර ඇති සංස්කෘතීන් භාවිතා කරන්න. ASxL5T Escherichia coli NCTC 86 සහ Citrobacter freundii NCTC 9750T හි ද භාවිතා කළ හැකි බව ප්‍රතිඵල පෙන්වයි. Klebsiella oxytoca 11466 මත සාදන ලද සමරු ඵලක. E. coli NCTC 86 සමඟ TEM අන්තර්ක්‍රියා රූප සටහන 4A-D හි පෙන්වා ඇති අතර Campylobacter jejuni PT14 සහ Campylobacter suis S12 සමඟ අන්තර්ක්‍රියා රූප සටහන 4E-H මැද දක්වා ඇත. එක් එක් ASxL5T සෛලයකට E. coli සෛල එකක් හෝ කිහිපයක් සම්බන්ධ කර ඇති අතර adsorption වීමට පෙර විස්තීර්ණ සෛලය දිගේ පාර්ශ්වීයව ස්ථානගත කර ඇති අතර, පරීක්ෂා කරන ලද ගොදුරු වර්ග අතර ප්‍රහාරක යාන්ත්‍රණය වෙනස් බව පෙනේ. ඊට ප්‍රතිවිරුද්ධව, ASxL5T තනි ස්පර්ශක ලක්ෂ්‍යයක් හරහා Campylobacter වෙත සම්බන්ධ වන බව පෙනේ, සාමාන්‍යයෙන් විලෝපික සෛලයේ අග්‍රය හා Campylobacter සෛලයේ අග්‍රය අසල ස්පර්ශ වේ (Figure 4H).
ASx5LT සහ ගොදුරු අතර අන්තර්ක්‍රියා පෙන්වන TEM: (AD) සහ E. coli ගොදුරු; (EH) සහ C. ජෙජුනි ගොදුරු. (A) තනි E. coli (EC) සෛලයකට සම්බන්ධ සාමාන්‍ය ASx5LT සෛලයක්; (B) තනි EC සෛලයකට අමුණා ඇති සූතිකාමය ASx5LT; (C) බහු EC සෛල වලට සම්බන්ධ සූතිකාමය ASx5LT සෛලයක්; (D) තනි E. coli (EC) සෛලයක් මත කුඩා ASx5LT සෛල ඇමුණුම; (E) Campylobacter jejuni (CJ) සෛලයකට සම්බන්ධ තනි ASx5LT සෛලයක්; (F) ASx5LT ප්‍රහාර C. hyointestinalis (CH) සෛල; (G) One ASx5LT සෛල දෙකක් CJ සෛලයකට පහර දුන්නේය; (H) CJ සෛලයේ අග්‍රය ආසන්නයේ (බාර් 0.2 μm) ASx5LT ඇමුණුම් ලක්ෂ්‍යයේ සමීප දසුනක්. තීරුව 1 μm in (A-G) නියෝජනය කරයි.
කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා පරිණාමය වී ඇත්තේ ගොදුරේ බහුල මූලාශ්‍රවලින් ප්‍රයෝජන ගැනීමට ය. පැහැදිලිවම, ඒවා විවිධ පරිසරවල බහුලව දක්නට ලැබේ. ජනගහන සාමාජිකයින්ගේ පටු ප්‍රමාණය හේතුවෙන්, ෆේජ් වෙන් කිරීමේ ක්‍රමය භාවිතයෙන් ASxL5T බැක්ටීරියා පොහොර වලින් හුදකලා කළ හැකිය. සාගර බැක්ටීරියා වල සාගර බැක්ටීරියා පවුලේ සාමාජිකයින්ට ASxL5T හි ප්‍රවේණික අදාළත්වය පුදුමයට කරුණකි, නමුත් ජීවියා ලුණු වලට ඔරොත්තු දෙන අතර 5% ලුණු අඩංගු මාධ්‍යයක් මත වර්ධනය විය හැක. පොහොරවල ජල තත්ත්ව විශ්ලේෂණය පෙන්නුම් කළේ සෝඩියම් ක්ලෝරයිඩ් අන්තර්ගතය 0.1% ට වඩා අඩු බවයි. එබැවින්, මඩ සාගර පරිසරයෙන් බොහෝ දුරස් වේ - භූගෝලීය හා රසායනික වශයෙන්. එකම මූලාශ්‍රයකින් එකිනෙකට සම්බන්ධ නමුත් වෙනස් හුදකලා තුනක් පැවතීම මෙම සාගර නොවන පරිසරය තුළ මෙම විලෝපිකයන් වර්ධනය වන බවට සාක්ෂි සපයයි. මීට අමතරව, ක්ෂුද්‍ර ජීව විද්‍යාත්මක විශ්ලේෂණය (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 වෙතින් ලබා ගත හැකි දත්ත ගොනු) පෙන්නුම් කළේ එම 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය වඩාත්ම බහුල ක්‍රියාකාරී ටැක්සා (OTU) 50 තුළ පිහිටා ඇති බවයි. ) මඩේ නියැදි කාලාන්තර කිහිපයක. ASxL5T බැක්ටීරියාවට සමාන 16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙලක් ඇති Genbank දත්ත ගබඩාවේ අසංස්කෘතික බැක්ටීරියා කිහිපයක් සොයා ගන්නා ලදී. මෙම අනුපිළිවෙල, ASxL5T, ASxS5 සහ ASxO5 අනුපිළිවෙල සමඟින්, Thalassolituus සහ Oceanobacter වලින් වෙන් වූ විවිධ ක්ලේඩ් නියෝජනය කරන බව පෙනේ (රූපය 2). 2009 දී දකුණු අප්‍රිකානු රන් ආකරයේ කිලෝමීටර් 1.3ක් ගැඹුරේ ඇති විඛණ්ඩන ජලයෙන් නොසංස්කෘතික බැක්ටීරියා වර්ග තුනක් (GQ921362, GQ921357 සහ GQ921396) හුදකලා කරන ලද අතර අනෙක් දෙක (DQ256320 සහ DQ337006) දකුණු අප්‍රිකාවේ භූගත ජලයෙන් විය. 2005 දී). ASxL5T හා සම්බන්ධ 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය 2006 දී උතුරු ප්‍රංශයේ වෙරළ තීරයෙන් ලබාගත් වැලි සහිත අවසාදිතවල පොහොසත් සංස්කෘතියෙන් ලබාගත් 16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙලෙහි කොටසකි (ප්‍රවේශ අංකය AM29240828). සංස්කෘතිය නොකළ බැක්ටීරියා HQ183822.1 හි තවත් සමීපව සම්බන්ධ 16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙලක් චීනයේ නාගරික කසළ රඳවනයකින් කාන්දු වූ එකතු කිරීමේ ටැංකියකින් ලබා ගන්නා ලදී. පැහැදිලිවම, ASxL5T බැක්ටීරියා වර්ගීකරණ දත්ත සමුදායන් තුළ ඉහළ ලෙස නියෝජනය නොවේ, නමුත් අසංස්කෘතික බැක්ටීරියා වලින් ලැබෙන මෙම අනුපිළිවෙලවල් ASxL5T වලට සමාන ජීවීන් නියෝජනය කිරීමට ඉඩ ඇත, ඒවා සාමාන්‍යයෙන් අභියෝගාත්මක පරිසරයක ලොව පුරා බෙදා හරිනු ලැබේ. සමස්ත ජෙනෝම ෆයිලොජෙනටික් විශ්ලේෂණයෙන්, ASxL5T ට ආසන්නතම සාපේක්ෂ වන්නේ Thalassolituus sp වේ. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. සහ O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus යනු සමුද්‍ර අනිවාර්ය හයිඩ්‍රොකාබන් ඛණ්ඩනය කිරීමේ බැක්ටීරියාවේ (OHCB) සාමාජිකයෙකි, එය සාගර සහ ගොඩබිම් පරිසරයන්හි බහුලව පැතිරී ඇති අතර සාමාන්‍යයෙන් හයිඩ්‍රොකාබන් දූෂණ සිදුවීම් 30,31 ට පසුව ප්‍රමුඛ වේ. සමුද්‍ර බැක්ටීරියා OHCB කාණ්ඩයේ සාමාජිකයන් නොවන නමුත් සමුද්‍ර පරිසරයෙන් හුදකලා වේ.
ෆීනෝටයිපික් දත්ත පෙන්නුම් කරන්නේ ASxL5T යනු නව විශේෂයක් වන අතර සමුද්‍ර ස්පිරොස්පිරේසී පවුල තුළ කලින් හඳුනා නොගත් කුලයක සාමාජිකයෙකි. අලුතින් හුදකලා වූ වික්‍රියා නව ගණයකට වර්ග කිරීමට දැනට පැහැදිලි ප්‍රමිතියක් නොමැත. විශ්වීය ජනක මායිම් තීරණය කිරීමට උත්සාහ කර ඇත, උදාහරණයක් ලෙස, ගතානුගතික ප්‍රෝටීනයක (POCP) ජෙනෝමයේ ප්‍රතිශතය මත පදනම්ව, කැපුම් අගය යොමු වික්‍රියාවට 50% සමාන වීම නිර්දේශ කෙරේ33. තවත් අය AAI අගයන් භාවිතා කිරීමට යෝජනා කරයි, ඒවා අසම්පූර්ණ ජෙනෝම වලින් ලබා ගත හැකි නිසා POCP වලට වඩා වාසි ඇත. කතුවරයා විශ්වාස කරන්නේ ආදර්ශ විශේෂයේ ආදර්ශ වික්‍රියාව හා සසඳන විට AAI අගය 74% ට වඩා අඩු නම්, වික්‍රියාව වෙනස් ගණයක නියෝජිතයෙකු බවයි. සමුද්‍ර ස්පිරිලේසියේ ආදර්ශ ප්‍රභේදය සමුද්‍ර ස්පිරිල්ලම් වන අතර ආදර්ශ වික්‍රියාව O. linum ATCC 11336T වේ. ASxL5T සහ O. linum ATCC 11336T අතර AAI අගය 54.34% වන අතර, ASxL5T සහ T. oleivorans MIL-1T (genus type strains) අතර AAI අගය 67.61% වන අතර, ASxL5T නව කුලයට වඩා වෙනස් බව පෙන්නුම් කරයි. වර්ගීකරණ ප්‍රමිතිය ලෙස 16S rRNA ජාන අනුක්‍රමය භාවිතා කරමින්, යෝජිත ගණ සීමා නිර්ණ සීමාව 94.5%35 වේ. T. oleivorans MIL-1T සහ 96.17% සමඟින් 95.03% 16S rRNA අනුක්‍රමික අනන්‍යතාවයක් පෙන්නුම් කරමින් ASxL5T තැලසොලිටූස් ගණයේ තැන්පත් කළ හැක. marinus IMCC1826T. කෙසේ වෙතත්, එය B. sanyensis NV9 සමඟ 94.64% 16S rRNA ජාන අනන්‍යතාවයක් ඇති Bacteroides ගණයේ ද තැන්පත් කරනු ඇත, 16S rRNA ජානය වැනි තනි ජානයක් භාවිතා කිරීම හිතුවක්කාර වර්ගීකරණයට සහ පැවරීමට හේතු විය හැකි බව පෙන්නුම් කරයි. තවත් යෝජිත ක්‍රමයක් ANI සහ Genome Alignment Score (AF) භාවිතා කරමින් පවතින ජනකවල සියලු වර්ගවල සහ වර්ග නොවන වික්‍රියා වලින් දත්ත ලක්ෂ්‍ය පොකුරු කිරීම පරීක්ෂා කරයි. කතුවරයා නිර්දේශ කරන්නේ ගණයේ මායිම විශ්ලේෂණය කෙරෙන ටැක්සාවට විශේෂිත වූ ඇස්තමේන්තුගත ගණයේ විභේදන ලක්ෂ්‍යය සමඟ ඒකාබද්ධ කිරීමයි. කෙසේ වෙතත්, Thalassolituus හුදකලා වලින් ප්‍රමාණවත් සම්පූර්ණ ජෙනෝම අනුපිළිවෙලක් නොමැති නම්, ASxL5T මෙම ක්‍රමය මගින් Thalassolituus ගණයට අයත් වේද යන්න තීරණය කළ නොහැක. විශ්ලේෂණය සඳහා සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙල සීමිත බැවින්, සම්පූර්ණ ජෙනෝම ෆයිලොජෙනටික් ගස ප්‍රවේශමෙන් අර්ථ දැක්විය යුතුය. දෙවනුව, සම්පූර්ණ ජෙනෝම සංසන්දනය කිරීමේ ක්‍රමවලට සංසන්දනය කරන ලද ජෙනෝමවල ප්‍රමාණයේ සැලකිය යුතු වෙනස්කම් ඇති කළ නොහැක. ඔවුන් ආශ්‍රිත ගණ අතර සංරක්‍ෂිත මූලික තනි පිටපත් ජානවල සමානත්වය මැන බැලූ නමුත් ASxL5T හි ඉතා කුඩා ප්‍රවේණිකයේ නොමැති ජාන විශාල සංඛ්‍යාවක් සැලකිල්ලට නොගත්තේය. පැහැදිලිවම, ASxL5T සහ Thalassolituus, Oceanobacter සහ Bacterioplanes ඇතුළු කණ්ඩායම්වලට පොදු මුතුන් මිත්තන් සිටින නමුත්, පරිණාමය වෙනස් මාවතක් ගෙන ඇති අතර, එය කොල්ලකාරී ජීවන රටාවකට අනුවර්තනය වීමට හේතු විය හැකි ජෙනෝමය අඩු කිරීමට හේතු වේ. මෙය T. oleivorans MIL-1T ට වඩා වෙනස් වන අතර එය 28% විශාල වන අතර විවිධ පාරිසරික පීඩනයන් යටතේ හයිඩ්‍රොකාබන23,30 භාවිතා කිරීමට පරිණාමය වී ඇත. Rickettsia, Chlamydia සහ Buchnera වැනි අනිවාර්ය අන්තර් සෛලීය පරපෝෂිතයන් සහ සහජීවීන් සමඟ රසවත් සංසන්දනයක් කළ හැකිය. ඔවුන්ගේ ජෙනෝම ප්‍රමාණය 1 Mb පමණ වේ. ධාරක සෛල පරිවෘත්තීය භාවිතා කිරීමේ හැකියාව ජාන අලාභයට මග පාදයි, එබැවින් සැලකිය යුතු පරිණාමීය ජානමය පරිහානියකට ලක් විය. සාගර රසායනික පෝෂක ජීවීන්ගේ සිට කොල්ලකාරී ජීවන රටාව දක්වා පරිණාමීය වෙනස්කම් ජානමය ප්‍රමාණයේ සමාන අඩු වීමක් ඇති කරයි. COG සහ KEGG විශ්ලේෂණය මගින් විශේෂිත කාර්යයන් සඳහා භාවිතා කරන ජාන සංඛ්‍යාව සහ ASxL5T සහ T. oleivorans MIL-1T අතර ප්‍රවේණි මාර්ගවල ගෝලීය වෙනස්කම් ඉස්මතු කරයි, ඒවා ජංගම ප්‍රවේණික මූලද්‍රව්‍ය බහුලව තිබීම නිසා නොවේ. ASxL5T හි සම්පූර්ණ ජෙනෝමයේ G + C අනුපාතයෙහි වෙනස 56.1% වන අතර T. oleivorans MIL-1T හි වෙනස 46.6% වන අතර එය වෙන් කර ඇති බව ද පෙන්නුම් කරයි.
ASxL5T ජෙනෝමයේ කේතීකරණ අන්තර්ගතය පරීක්ෂා කිරීම ෆීනෝටයිපික් ලක්ෂණ පිළිබඳ ක්‍රියාකාරී අවබෝධයක් සපයයි. IV fimbriae (Tfp) වර්ගයේ ජාන කේතනය කිරීම විශේෂ අවධානයක් යොමු කරයි, මන්ද ඒවා මතුපිටින් ෆ්ලැජෙල්ලා නොමැතිව සමාජ ග්ලයිඩින් හෝ කම්පන ලෙස හඳුන්වන සෛල චලනය ප්‍රවර්ධනය කරන බැවිනි. වාර්තා වලට අනුව, Tfp හි විලෝපිකත්වය, ව්‍යාධිජනකය, ජෛව පටල සෑදීම, ස්වාභාවික DNA අවශෝෂණය, ස්වයංක්‍රීය සෛල එකතු කිරීම සහ සංවර්ධනය ඇතුළු අනෙකුත් කාර්යයන් ඇත. ASxL5T ජෙනෝමයේ ඩිගුවානයිලේට් සයික්ලේස් කේතනය කරන ජාන 18 ක් (ගුවානොසීන් ට්‍රයිපොස්පේට් 2 ක් ගුවානොසීන් 2 ෆොස්ෆේට් සහ චක්‍රීය ඩිජීඑම්පී බවට පරිවර්තනය කිරීම උත්ප්‍රේරණය කරන එන්සයිමයක්) සහ ඊට අනුරූප ඩිගුවානයිලේට් සයික්ලේස් පොස්පේට් කේතනය කරන ජාන 6 ක් අඩංගු වේ. එස්ටරේස් සඳහා ජානය (චක්‍රීය ඩයි-ජීඑම්පී ග්වානොසීන් මොනොෆොස්පේට් දක්වා දිරාපත් වීම උත්ප්‍රේරණය කිරීම) සිත්ගන්නාසුළු වන්නේ සයික්-ඩි-ජීඑම්පී යනු ජෛව පටල සංවර්ධනය සහ වෙන් කිරීම, චලනය, සෛල ඇමිණීම සහ ක්‍රියාවලියේදී වයිරසය 39, 40 සම්බන්ධ වැදගත් දෙවන පණිවිඩකරුවෙකු වන බැවිනි. Bdellovibrio bacteriovorus හි චක්‍රීය ද්විත්ව GMP මගින් නිදහස් ජීවිතය සහ කොල්ලකාරී ජීවන රටාව අතර සංක්‍රාන්තිය පාලනය කරන බව පෙන්වා දී ඇති බව ද සඳහන් කළ යුතුය.
කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා පිළිබඳ බොහෝ පර්යේෂණ Bdellovibrio, Bdellovibrio වැනි ජීවීන් සහ Myxococcus විශේෂ කෙරෙහි අවධානය යොමු කර ඇත. මෙම සහ කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා පිළිබඳ වෙනත් දන්නා උදාහරණ විවිධාකාර කණ්ඩායමක් සාදයි. මෙම විවිධත්වය තිබියදීත්, දන්නා කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා 11 ක සංසිද්ධි පිළිබිඹු කරන ලාක්ෂණික ප්‍රෝටීන් පවුල් සමූහයක් 3,22 හඳුනාගෙන ඇත. කෙසේ වෙතත්, O antigen ligase (waaL) කේතනය කරන ජාන පමණක් හඳුනාගෙන ඇති අතර, එය විශේෂයෙන් ග්‍රෑම්-ඍණ බැක්ටීරියා වල බහුලව දක්නට ලැබේ. මෙම විශ්ලේෂණ ආකාරය ASxL5T විලෝපිකයෙකු ලෙස නම් කිරීමට උපකාරී නොවේ, එය නව ප්‍රහාරක උපාය මාර්ගයක් භාවිතා කරන නිසා විය හැක. වඩාත් විවිධාකාර කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා ජෙනෝම තිබීම කණ්ඩායම් සාමාජිකයින් අතර ක්‍රියාකාරී සහ පාරිසරික වෙනස්කම් පිළිබඳ සාක්ෂි සැලකිල්ලට ගනිමින් සියුම් විභේදන විශ්ලේෂණයන් වර්ධනය කිරීමට උපකාරී වේ. පර්යේෂකයන් විවිධ ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රජාවන් විමර්ශනය කරන විට, වැඩි කොල්ලකාරී ටැක්සා පිහිටුවා ඇති නිසා, මෙම විශ්ලේෂණයට ඇතුළත් නොවන කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා සඳහා උදාහරණ ලෙස Cupriavidus necator42 සහ Bradymonabacteria43 සාමාජිකයන් ඇතුළත් වේ.
TEM රූපය මගින් ග්‍රහණය කර ගන්නා ASxL5T බැක්ටීරියාවේ වඩාත් කැපී පෙනෙන ලක්ෂණය වන්නේ ගොදුරු බැක්ටීරියා සමඟ අන්තර්ක්‍රියා ප්‍රවර්ධනය කළ හැකි එහි අද්විතීය සහ නම්‍යශීලී රූප විද්‍යාවයි. නිරීක්ෂණය කරන ලද අන්තර්ක්‍රියා වර්ගය අනෙකුත් කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වලට වඩා වෙනස් වන අතර මීට පෙර අනාවරණය කර හෝ වාර්තා කර නොමැත. යෝජිත ASxL5T කොල්ලකාරී ජීවන චක්‍රය රූප සටහන 5 හි පෙන්වා ඇත. අප මෙහි වාර්තා කරන පරිදි සමාන අග්‍ර ව්‍යුහයන් සහිත සාහිත්‍යයේ උදාහරණ කිහිපයක් ඇත, නමුත් මෙම උදාහරණ අතරට Terasakiispira papahanaumokuakeensis, ඉඳහිට අග්‍ර විශාල වීම 44 සහිත සමුද්‍ර ස්පිරිලම් බැක්ටීරියාවක් සහ Alphaprotekiobacteria, Terasakiobacteria ඇතුළත් වේ. , කලින් ගණයට අයත් විය Oceanospirillum, ඊනියා "ධ්‍රැවීය පටලය" ප්‍රදර්ශනය කිරීම 45. කොක්සි ආකෘති බොහෝ විට පැරණි සංස්කෘතීන් තුළ නිරීක්ෂණය කරනු ලැබේ, විශේෂයෙන් Vibrio, Campylobacter සහ Helicobacter 46, 47, 48 වැනි වක්‍ර ආකාර සහිත බැක්ටීරියා සඳහා, පිරිහුණු තත්වයක් නියෝජනය කළ හැකිය. ASxL5T බැක්ටීරියාවේ නිශ්චිත ජීවන චක්‍රය පැහැදිලි කිරීම සඳහා තවදුරටත් වැඩ කිරීම අවශ්‍ය වේ. එය ග්‍රහණය කර ගන්නේ කෙසේද සහ ගොදුරු වන්නේ කෙසේද යන්න සහ එහි ජෙනෝමය වෛද්‍ය හෝ ජෛව තාක්‍ෂණික අරමුණු සඳහා භාවිතා කළ හැකි ජීව විද්‍යාත්මකව ක්‍රියාකාරී සංයෝග සංකේතවත් කරන්නේද යන්න තීරණය කිරීමට.
Venatorbacter gen හි විස්තරය. නොවැම්බර් Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. සමන්විත වන්නේ L. n. venator,'hunter' සහ Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' යන අයගෙන් වේටර්වරුන්ගෙනි. සෛල වායුගෝලීය, ලුණු වලට ඔරොත්තු දෙන, වක්‍රාකාර ග්‍රෑම් පැල්ලම, ව්‍යායාම සැරයටිය සහ ඔක්සිඩේස් ක්‍රියාකාරකම් වේ PHB 4 සිට 42 °C දක්වා වූ උෂ්ණත්වයේ සමුච්චය නොවේ. හෝ C16:1ω7c, C16:0 සහ C18:1ω9 ; C12:0 3-OH සහ C10:0 3-OH හයිඩ්‍රොක්සි මේද අම්ල ලෙස දක්නට ලැබේ, ඒවා සුප් හොද්ද තුළ වර්ධනය නොවේ. මෙම කුලයේ ෆයිලොජෙනටික් පිහිටීම පවුල තුළ වේ.
Venatorbacter cucullus sp පිළිබඳ විස්තරය. නොවැම්බර් Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus යන්නෙන් අදහස් වන්නේ ෆෙයාරිං යන්නයි).
මීට අමතරව, මෙම කුලයේ විස්තරාත්මක ලක්ෂණය වන්නේ BA හෝ BHI මත වැඩෙන විට, සෛල 1.63 µm දිග ​​සහ 0.37 µm පළල වේ. BHI agar හි ජනපද ඉතා කුඩා වන අතර පැය 72 කට පසු විෂ්කම්භය 2 mm දක්වා ළඟා වේ. ඒවා ලා දුඹුරු, පාරභාසක, රවුම්, උත්තල සහ දිලිසෙන වේ. මෙම විශේෂයේ සාමාජිකයින්ට Escherichia coli සහ Klebsiella භාවිතා කළ හැකිය. Campylobacter සහ තවත් ග්රෑම්-ඍණ බැක්ටීරියා කිහිපයක් ගොදුරු ලෙස සේවය කරයි.
සාමාන්‍ය ප්‍රභේදය ASxL5T එක්සත් රාජධානියේ නොටින්හැම්ෂයර් හි හරක් මස් කිරිවලින් හුදකලා කර ජාතික වර්ග සංස්කෘතික එකතුවෙහි (එක්සත් රාජධානිය): ප්‍රවේශ අංකය NCTC 14397 සහ නෙදර්ලන්තයේ බැක්ටීරියා සංස්කෘතික එකතුව (NCCB) ප්‍රවේශ අංකය NCCB 100775 සම්පූර්ණ genome sequence. තුළ තැන්පත් කර ඇත CP046056 එකතු කිරීම අනුව Genbank.
ASxL5T බැක්ටීරියා ෆේජ් හුදකලා තාක්ෂණය භාවිතයෙන් හරක් මස් කිරි වලින් හුදකලා කරන ලදී9,49. පොහොර 1:9 (w/v) SM බෆරයේ තනුක කර ඇත (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O සහ 0.01% ජෙලටින්; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), පසුව ඉන්කියුබේට් 4°C දී පැය 24ක් පුරාවට, විලෝපිකයන් එලවා ගැනීම සඳහා සෙමින් භ්‍රමණය වේ බෆරය. අත්හිටුවීම විනාඩි 3 ක් සඳහා ග්රෑම් 3000 ට කේන්ද්රාපසාරී කර ඇත. සුපිරි ප්‍රවාහය එකතු කර ග්‍රෑම් 13,000 ට දෙවන වරට මිනිත්තු 5 ක් සඳහා කේන්ද්‍රාපසාරී කරන ලදී. පසුව ඉතිරි බැක්ටීරියා සෛල ඉවත් කිරීම සඳහා 0.45 µm පටල පෙරහන (මිනිසාර්ට්; සර්ටෝරියස්, ගොටින්ගන්, ජර්මනිය) සහ 0.2 µm පටල පෙරහන (මිනිසාර්ට්) හරහා අධි ප්‍රනාටකය සම්මත කරන ලදී. ASxL5T හට මෙම පෙරහන් පසුකර යා හැක. Campylobacter enterosus S12 (NCBI ප්‍රවේශ අංකය CP040464) හි මෘදු ආගාර් තණකොළ එකම පොහොරමය ක්‍රම භාවිතයෙන් සකස් කරන ලදී. පෙරන ලද පොහොර මෙම එක් එක් ධාරක සෛල තහඩු මත 10 µl බිංදු වශයෙන් තුන් ගුණයකින් බෙදා හැර වියළීමට ඉඩ දෙන ලදී. මෙම තහඩුව ක්ෂුද්‍ර වායුගෝලීය තත්ව යටතේ පැය 48ක් සඳහා 37°C උෂ්ණත්වයේ ක්ෂුද්‍ර වායුගෝලීය ටැංකියක තැන්පත් කරන ලදී (5% O2, 5% H2, 10% CO2 සහ 80% N2). ලබාගත් දෘශ්‍ය සමරු ඵලකය SM බෆරයට නිස්සාරණය කර ලයිස්ඩ් ජීවීන් තවදුරටත් ප්‍රචාරණය කිරීම සඳහා C. hyointestinalis S12 හි නැවුම් තණකොළ වෙත මාරු කරන ලදී. ලයිටික් සමරු ඵලකයට හේතුව බැක්ටීරියාව මිස ෆේජ් නොවන බව තීරණය කළ පසු, ජීවියා ධාරකයෙන් ස්වාධීනව වර්ධනය කර එය තවදුරටත් සංලක්ෂිත කිරීමට උත්සාහ කරන්න. aerobic සංස්කෘතිය 5% v/v defibrinated අශ්ව රුධිරය (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplement) සමඟ 37 °C දී සිදු කරන ලදී. ජාතික සායනික ප්‍රමිති කමිටුවේ මාර්ගෝපදේශයන්ට අනුව, ප්‍රතිබැක්ටීරීය සංවේදීතාව පරීක්ෂා කිරීම සඳහා තැටි විසරණ ක්‍රමය භාවිතා කරයි. Aerobic සංස්කෘතිය සඳහා පහත සඳහන් ප්‍රතිජීවක (Oxoid) අඩංගු තැටියක් භාවිතයෙන් BHI agar 37 °C දී වගා කරන ලදී: ඇමොක්සිසිලින් සහ ක්ලවුලානික් අම්ලය 30 µg; cefotaxime 30 µg; ස්ට්‍රෙප්ටොමයිසින් 10 µg; සිප්රොෆ්ලොක්සැසින් 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic අම්ලය 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; ක්ලෝරම්ෆෙනිකෝල් 30 µg; සෙෆොක්සිටින් 30 μg; ටෙට්රාසයික්ලයින් 30 µg; නයිට්‍රොෆුරන්ටොයින් 300 μg; Aztreonam 30 µg; ඇම්පිසිලින් 10 μg; Cefpodoxime 10 µg; ට්‍රයිමෙතොප්‍රිම්-සල්ෆමෙතොක්සසෝල් 25 µg. 37 °C දී BHI agar තහඩු මත aerobic incubation මගින් ලුණු ඉවසීම ස්ථාපිත කරන ලදී. 10% w/v දක්වා සාන්ද්‍රණ පරාසයක් සැපයීම සඳහා අතිරේක NaCl BHI agar තහඩුවලට එකතු කරන ලදී. pH පරාසය 37°C හි BHI agar තහඩු මත aerobic සංස්කෘතිය මගින් තීරණය කරනු ලැබේ, එහිදී pH පරාසය 4 සහ 9 අතර වඳ HCl හෝ වඳ NaOH සමඟ සකස් කර ඇති අතර, පිඟාන වත් කිරීමට පෙර ඉලක්කගත pH අගය සත්‍යාපනය කරනු ලැබේ. සෛලීය මේද අම්ල විශ්ලේෂණය සඳහා, ASxL5T BHI agar මත දින 3 ක් සහ aerobic 37 °C දී වගා කරන ලදී. FERA Science Ltd, (York, UK) හි MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) සම්මත ප්‍රොටෝකෝලය අනුව, සෛල මේද අම්ල නිස්සාරණය කර, සකස් කර විශ්ලේෂණය කරන ලදී.
TEM සඳහා, ASxL5T BA මත 37°C දී පැය 24ක් පුරා ඒකාකාරව ව්‍යාප්ත කිරීමෙන් aerobic වගා කරන ලද අතර, පසුව කාමර උෂ්ණත්වයේ දී 0.1 M cacodylate බෆරයක 3% (v/v) ග්ලූටරල්ඩිහයිඩ් මිලිලීටර් 1කට නෙලා ගත් අතර පැය 1ක් සවි කර පසුව කේන්ද්‍රාපසාරී කරන්න. විනාඩි 3 ක් සඳහා ග්රෑම් 10,000 කින්. ඉන්පසු 600 μl 0.1 M cacodylate බෆරය තුළ පෙති මෘදු ලෙස නැවත සවි කරන්න. ස්ථාවර ASxL5T අත්හිටුවීම දැල් 200 තඹ ජාලයක් මත Formvar/carbon film වෙත මාරු කරන්න. බැක්ටීරියාව විනාඩි 1 ක් සඳහා 0.5% (w/v) යුරේනයිල් ඇසිටේට් සමඟ පැල්ලම් කර ඇති අතර TEI Tecnai G2 12 Biotwin අන්වීක්ෂයක් භාවිතයෙන් TEM විසින් පරීක්ෂා කරන ලදී. ඉහත සඳහන් කළ පරිදි, NZCYM සුප් හොද්දෙහි (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) සමාන ගොදුරු සහ විලෝපිකයින් සංඛ්‍යාවක් ඒකාබද්ධ කර Campylobacter හෝ Campylobacter හි ක්ෂුද්‍ර වායු තත්ත්‍වයන් යටතේ 37°C උෂ්ණත්වයකදී පැය 48ක් පුර්වාංජනය කරන්න, විලෝපිකයාගේ පූර්ව අන්තර්ක්‍රියා TEM විසින් ද පරීක්ෂා කරන ලදී. Escherichia coli සඳහා Aerobic තත්වයන්. විලෝපනය හේතුවෙන් සෛල රූප විද්‍යාවේ යම් වෙනසක් තීරණය කිරීම සඳහා ගොදුරු සහ කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා ස්වාධීනව පරීක්ෂා කරන්න. PHB සමුච්චනය පිළිබඳ දෘශ්‍ය අන්වීක්ෂය සඳහා සුඩාන කළු ක්‍රමය භාවිතා කරන ලදී.
BHI හෝ BA තහඩු මත වන්ධ්‍ය ස්පුබ් එකකින් වර්ධනය ආලේප කිරීමෙන් ASxL5T එක රැයකින් සංස්කෘතීන් වර්ධනය කරන්න. ASxL5T සෛල එකතු කර MRD (CM0733, Oxoid) තුළ අත්හිටුවන්න, ඉන්පසු සෛල සාගින්නෙන් පෙළීම සඳහා දින 7 ක් සඳහා 4 ° C දී තබන්න. NCTC යොමු හෝ රසායනාගාර තොග බැක්ටීරියා සංස්කෘතිය BHI සුප් හොද්ද හෝ අංක 2 පෝෂක සුප් හොද්ද (CM007, Oxoid) තුළට එන්නත් කරන ලදී, එක රැයකින් පුර්වීකරණය කර, 13,000g ට කේන්ද්‍රාපසාරී කර OD600 0.4 දක්වා MRD හි නැවත ලබා දෙන ලදී. සංස්කෘතිය: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 811, Kleb66u NCTC 10817, Listeria විශේෂ බැක්ටීරියා NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1620 5747, mucilage NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter ධාරකය ප්ලේට් 7C හි මයික්‍රොඒරෝබික් ලෙස 7C හි BAZ හි අත්හිටුවන ලදී සුප් හොද්ද. පරීක්ෂා කරන ලද Campylobacter ධාරක නම්: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC, C.1450ri48CTC jejuni PT14, C... MRD හි සෛල එකතු කරන්න, 13,000g දී කේන්ද්‍රාපසාරී සහ OD600 0.4 වන තෙක් MRD හි නැවත ආරම්භ කරන්න. උණු කළ NZCYM ටොප් ඒගාර් (0.6% agar) ට මිලි ලීටර් 0.5 අත්හිටුවීමේ ඇල්කොට් එකක් එකතු කර 1.2% NZCYM පහළ තහඩුවකට වත් කරන්න. සුව කර වියළීමෙන් පසු, අනුක්‍රමිකව තනුක කරන ලද ASxL5T සෑම තණකොළ පුවරුවකටම 20 µl ජල බිඳිති ලෙස තුන් ගුණයකින් බෙදා හරින ලදී. සංස්කෘතියේ උෂ්ණත්වය සහ වායුගෝලය පරීක්ෂණ බැක්ටීරියා වල අවශ්යතා මත රඳා පවතී.
බැක්ටීරියා හුදකලා වලින් DNA සකස් කිරීමට GenElute™ Bacterial Genomic DNA කට්ටලය (Sigma Aldridge) භාවිතා කරන්න. 16S rRNA ජානයේ PCR විස්තාරණය සහ ඩයි ටර්මිනේෂන් රසායන විද්‍යාව භාවිතයෙන් නිෂ්පාදන අනුපිළිවෙල නිර්ණය කිරීම සඳහා සම්මත ක්‍රම භාවිතා කරන ලදී (Eurofins Value Read Service, Germany). සමීපව සම්බන්ධ විශේෂ හඳුනා ගැනීමට සහ එකතු කිරීමට අනෙකුත් 16S rRNA ජාන අනුපිළිවෙල සමඟ මෙම අනුපිළිවෙල සංසන්දනය කිරීමට BLAST-N වැඩසටහන භාවිතා කරන්න. මේවා MEGA X වැඩසටහනේ ClustalW භාවිතයෙන් පෙළගස්වා ඇත. තමුරා-නෙයි ආකෘතිය මත පදනම් වූ උපරිම සම්භාවිතා ක්‍රමය භාවිතා කරමින් MEGA X භාවිතා කරමින් ෆයිලොජෙනටික් ගස ප්‍රතිනිර්මාණය කරන ලද අතර, මඟ පෙන්වන පිටපත් 1000 කින්54. සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි අනුක්‍රමණය සඳහා DNA නිස්සාරණය කිරීමට PureLink™ Genomic DNA කට්ටලය (Fisher Scientific, Loughborough, UK) භාවිත කරන්න. ASxL5T හි ප්‍රවේණි අනුක්‍රමය Illumina MiSeq සංයෝජනය භාවිතයෙන් නිර්ණය කරන ලදී, එය Nextera ලේබල් කිරීමේ කට්ටලය භාවිතයෙන් සකස් කරන ලද පුස්තකාලයකින් සහ PacBio වේදිකාවෙන් 2 සිට 20 kb දක්වා දිගු කියවීම් වලින් සමන්විත 250 bp ද්විත්ව-අවසන් කියවීම් වලින් සමන්විත වේ. සෙම්බියා විශ්ව විද්‍යාලයේ ජාන විද්‍යාව DNA අනුක්‍රමික පර්යේෂණ පහසුකම. CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark) භාවිතයෙන් ජෙනෝමය එකලස් කරන ලදී. ASxL5T සංස්කෘතීන් ජාතික ආකාරයේ සංස්කෘතික එකතුව (UK) සහ නෙදර්ලන්ත බැක්ටීරියා සංස්කෘතික එකතුව (NCCB) තුළ තැන්පත් කර ඇත. සංසන්දනය සඳහා භාවිතා කරන ආශ්‍රිත ජීවීන්ගේ ජෙනෝම නම්: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (ප්‍රවේශ අංකය HF680312, සම්පූර්ණ); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (ප්‍රවේශ අංකය BMYY01000001, අසම්පූර්ණ); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (ප්රවේශ අංකය NZ_AUGV00000000, අසම්පූර්ණ); Marinamonas ප්‍රජාව DSM 5604T (ASM436330v1 එකතු කරන ලදී, අසම්පූර්ණ), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 එකතු කරන ලදි, අසම්පූර්ණ) සහ Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 එකතු කරන්න, අසම්පූර්ණ). පෙළගැස්වීමේ ලකුණු (AF) සහ සාමාන්‍ය න්‍යෂ්ටික අම්ල අනන්‍යතාවය (ANI) තීරණය කිරීමට https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= හි JGI Genome Portal36 භාවිතා කරන්න. යුගල වශයෙන්. ඇමයිනෝ අම්ල අනන්‍යතාවය (AAI) තීරණය කිරීම සඳහා Rodriguez-R & Konstantinidis55 ක්‍රමය භාවිතා කරන ලදී. GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 භාවිතා කර ඇස්තමේන්තුගත උපරිම සම්භාවිතාව ෆයිලොජෙනටික් ගසක් උත්පාදනය කරන්න. පවතින යොමු ජෙනෝමය නියෝජනය කරන ආදාන ජෙනෝමය 16S rRNA phylogeny වෙතින් ASxL5T හා සම්බන්ධ බවට හඳුනාගෙන ඇති විමර්ශන ජනක වලින් තෝරා ගනු ලැබේ. අන්තර්ක්‍රියාකාරී ජීවන ගස ඔන්ලයින් මෙවලම (https://itol.embl.de/) භාවිතයෙන් ගස විවරණය කරන ලදී. ASxL5T ජෙනෝමයේ ක්‍රියාකාරී විවරණ සහ විශ්ලේෂණය BlastKOALA KEGG ඔන්ලයින් මෙවලම භාවිතයෙන් KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) මොඩියුල සුපෝෂණය බෙදා හැරීම සිදු කරයි. COG කාණ්ඩ (විකලාංග කණ්ඩායම්) බෙදා හැරීම තීරණය කරනු ලබන්නේ eggNOG-mapper ඔන්ලයින් මෙවලම භාවිතා කරමිනි.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ සහ Muñoz-Dorado, J. බැක්ටීරියා කොල්ලය: අවුරුදු 75ක් සහ එය දිගටම පවතී! . පරිසරය. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. ආදිය පේරු වෙරළ තීරයේ කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වල විවිධත්වය සහ ප්රතිබැක්ටීරීය විභවය. මාර්තු ඖෂධ. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. ඔවුන්ගේ ජාන හරහා, ඔබ ඒවා තේරුම් ගනු ඇත: කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වල ජානමය ලක්ෂණ. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bdellovibrio බැක්ටීරියා භක්ෂකයේ කොල්ලකාරී ජීවන රටාව. ස්ථාපනය කරන්න. පාස්ටර් ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා වලින් ප්රතිජීවක. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio සහ ඒ හා සමාන ජීවීන් විවිධ ධාරක ජනගහනය තුළ ක්ෂුද්‍ර ජීවී විවිධත්වය පුරෝකථනය කරන්නන් වේ. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. පරිසර විද්යාව. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. සහ Ballesté-Delpierre, C. නව ප්‍රතිබැක්ටීරීය කාරක වල වර්තමාන තත්ත්වය සොයා ගන්න. සායනික. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. ආසාදනය කරන්න. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
හොබ්ලි, එල්. සහ අල්. Phage සහ phage යන ද්විත්ව විලෝපනය මගින් E. coli ගොදුරු තනි විලෝපනයකින් තොරව තුරන් කළ හැකිය. J. බැක්ටීරියා. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF නිදහස් පරාසයක සහ කාබනික කුකුළන් පෝෂණය කිරීමේ චක්‍රය තුළ හුදකලා වූ Campylobacter සහ bacteriophages ගණන සහ විවිධත්වය. යෙදුම් පරිසරය. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 71, 1259-1266 (2005).
විල්කින්සන්, ඩීඒ ආදිය. Campylobacter swine හි ප්‍රවේණි වර්ගීකරණය සහ වසංගතවේදය යාවත්කාලීන කරන්න. විද්යාව. නියෝජිත 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: පද්ධති ප්‍රවේණි විද්‍යාව සඳහා පරිශීලක-හිතකාමී කාර්ය ප්‍රවාහය. ජෛව තොරතුරු 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: කාලය සහ අවකාශය සංකීර්ණත්වය අඩු කරන බහු අනුක්‍රමික පෙළගැස්වීමේ ක්‍රමයක්. BMC ජීව විද්‍යාත්මක තොරතුරු. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: මහා පරිමාණ ෆයිලොජෙනටික් විශ්ලේෂණයේදී ස්වයංක්‍රීයව පෙළගැස්වීම සහ කප්පාදු කිරීම සඳහා මෙවලමකි. Bioinformatics 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC ජාන සහ metagenomic අනුක්‍රමික පරිවර්තන ආරම්භක අඩවි අනාවැකි. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: හරස් වේදිකා සහ කාර්යක්ෂම NCBI වර්ගීකරණ මෙවලම් කට්ටලය. Bio Rxiv. (2021 ජූනි 1 දින ප්‍රවේශ විය); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
මිල, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-විශාල පෙළගැස්මක් සහිත ආසන්න උපරිම සම්භාවිතා ගස. PLoS One 5, e9490 (2010).
ටැංගේ, O. GNU සමාන්තර. (2021 ජූනි 1 දින ප්‍රවේශ විය); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. න්යෂ්ටික අම්ල පර්යේෂණ. 28, 27-30 (2000).
චෙක් ජනරජය, L. ආදිය ආතති ආරක්ෂකයින් සහ පෝෂක ලෙස Extremolytes ectoine සහ hydroxyectoine වල භූමිකාව: ජාන විද්‍යාව, පද්ධති ප්‍රවේණි විද්‍යාව, ජෛව රසායනය සහ ව්‍යුහාත්මක විශ්ලේෂණය. ජාන (බාසල්). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA මධ්‍යම හා දිගු දාම ඇල්කේන වර්ධනයේදී අනිවාර්ය සමුද්‍ර හයිඩ්‍රොකාබන්-හායන බැක්ටීරියා Thalassolituus oleivorans MIL-1 වර්ධනය අතරතුර අවකල ප්‍රෝටීන් ප්‍රකාශනය . ඉදිරිපස. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. ෆීනෝටයිපික් විශේෂිත දර්ශක නිර්වචනය කිරීම සඳහා නව සංසන්දනාත්මක ජාන විද්‍යා ක්‍රමයක් කොල්ලකාරී බැක්ටීරියා සලකුණෙහි නිශ්චිත උරුමය හෙළි කරයි. මහජන විද්‍යා පුස්තකාලය එක. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, ආදිය Thalassolituus oleivorans ජානය. නොවැම්බර්, sp. nov., හයිඩ්‍රොකාබන භාවිතය පිළිබඳ විශේෂීකරණය වූ නව සාගර බැක්ටීරියා වර්ගයකි. ජාත්යන්තරත්වය. J. පද්ධතිය. පරිණාමය. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. නොවැම්බර්, sp. නොවැම්බර් මාසයේදී එය දකුණු පැසිෆික් සාගරයේ සංසරණය වන මුහුදු ජලයෙන් වෙන් විය. ජාත්යන්තරත්වය. J. පද්ධතිය. පරිණාමය. ක්ෂුද්ර ජීවීන්. 66, 5010-5015 (2016).