Nový typ gramnegatívnych, aeróbnych, soľ tolerantných, aktívnych, tyčinkovitých a dravých baktérií ASxL5T bol izolovaný z jazierka s kravským hnojom v Nottinghamshire v Anglicku a ako svoju korisť použil Campylobacter. Následne boli ako korisť objavené ďalšie druhy Campylobacter a členovia čeľade Enterobacteriaceae. Po subkultivácii bez hostiteľských buniek sa na agare Brain Heart Infusion Agar dosiahol slabý aseptický rast. Optimálne podmienky rastu sú 37 °C a pH 7. Transmisná elektrónová mikroskopia odhalila niektoré veľmi nezvyčajné morfologické znaky súvisiace s dostupnosťou koristi. Fylogenetická analýza s použitím sekvencie génu 16S rRNA ukázala, že izolát súvisí s členom rodiny morskej spiruliny, ale nemožno ho jednoznačne klasifikovať ako člena žiadneho známeho rodu. Celogenómové sekvenovanie ASxL5T potvrdilo vzťah s členmi morských spirochét. Vyhľadávanie v databáze odhalilo, že niekoľko ASxL5T zdieľa génové sekvencie 16S rRNA s niekoľkými nekultivovanými baktériami z oceánu, zemského povrchu a podzemnej vody. Navrhujeme, aby kmeň ASxL5T predstavoval nový druh v novom rode. Odporúčame názov Venatorbacter cucullus gen. November, sp. V novembri bol ako typový kmeň použitý ASxL5T.
Dravé baktérie sú baktérie, ktoré vykazujú schopnosť loviť a zabíjať iné živé baktérie, aby získali biosyntetické materiály a energiu. Toto sa líši od všeobecného získavania živín z mŕtvych mikroorganizmov a tiež sa líši od parazitických interakcií, pri ktorých si baktérie vytvárajú blízky vzťah so svojím hostiteľom bez toho, aby ich zabili. Dravé baktérie si vyvinuli rôzne životné cykly, aby využili bohaté zdroje potravy vo výklenkoch, kde sa nachádzajú (ako sú morské biotopy). Ide o taxonomicky rôznorodú skupinu, ktorú spája len jedinečný životný cyklus sterilizácie1. Príklady predátorských baktérií boli nájdené v niekoľkých rôznych kmeňoch, vrátane: Proteobaktérií, Bacteroides a Chlorella.3. Najviac dobre preštudovanými predátorskými baktériami sú však organizmy Bdellovibrio a Bdellovibrio-and-like (BALOs4). Dravé baktérie sú sľubným zdrojom nových biologicky aktívnych zlúčenín a antibakteriálnych látok5.
Predpokladá sa, že dravé baktérie zvyšujú mikrobiálnu diverzitu a majú pozitívny vplyv na zdravie, produktivitu a stabilitu ekosystému6. Napriek týmto pozitívnym vlastnostiam existuje len málo štúdií o nových predátorských baktériách kvôli obtiažnosti kultivácie baktérií a potrebe pozorne sledovať bunkové interakcie, aby sme pochopili ich zložité životné cykly. Tieto informácie nie je ľahké získať počítačovou analýzou.
V ére zvyšujúcej sa antimikrobiálnej rezistencie sa študujú nové stratégie zamerania sa na bakteriálne patogény, ako je použitie bakteriofágov a predátorských baktérií7,8. Baktérie ASxL5T boli izolované v roku 2019 pomocou technológie fágovej izolácie z kravského trusu zozbieraného z Dairy Center na University of Nottingham, Nottinghamshire. Účelom výskumu je izolovať organizmy s potenciálom ako látky biologickej kontroly. Campylobacter hyointetinalis je zoonotický patogén, ktorý sa čoraz viac spája s črevnými ochoreniami človeka10. Je všadeprítomný v sére a používa sa ako cieľový hostiteľ.
Baktéria ASxL5T bola izolovaná z hovädzieho želé, pretože sa pozorovalo, že plaky, ktoré vytvorila na trávniku C. hyointestinalis, boli podobné tým, ktoré produkujú bakteriofágy. Toto je neočakávané zistenie, pretože časť procesu izolácie fágov zahŕňa filtráciu cez 0,2 µm filter, ktorý je určený na odstránenie bakteriálnych buniek. Mikroskopické vyšetrenie materiálu extrahovaného z plaku odhalilo, že malé gramnegatívne zakrivené tyčinkovité baktérie neakumulovali polyhydroxybutyrát (PHB). Aseptická kultúra nezávislá od buniek koristi sa realizuje na bohatom pevnom médiu (ako je mozgovo-srdcový infúzny agar (BHI) a krvný agar (BA)) a jej rast je slabý. Získava sa po zlepšení subkultúry s ťažkým inokulom. Rastie rovnako dobre za mikroaeróbnych (7 % obj. kyslíka) a atmosférického kyslíka, ale nie v anaeróbnej atmosfére. Po 72 hodinách bol priemer kolónie veľmi malý, dosahoval 2 mm, a bol béžový, priesvitný, okrúhly, vypuklý a lesklý. Štandardné biochemické testovanie je brzdené, pretože ASxL5T nemožno spoľahlivo kultivovať v tekutom médiu, čo naznačuje, že sa môže spoliehať na zložitý životný cyklus tvorby biofilmu. Suspenzia doštičiek však ukázala, že ASxL5T je aeróbny, pozitívny na oxidázu a katalázu a môže tolerovať 5 % NaCl. ASxL5T je odolný voči 10 µg streptomycínu, ale je citlivý na všetky ostatné testované antibiotiká. Bakteriálne bunky ASxL5T sa skúmali pomocou TEM (obrázok 1). Pri pestovaní bez buniek koristi na BA sú bunky ASxL5T malé Campylobacter s priemernou dĺžkou 1, 63 μm (± 0, 4), šírkou 0, 37 μm (± 0, 08) a jedným dlhým (až 5 μm) pólom. Sexuálne bičíky. Zdá sa, že približne 1,6 % buniek má šírku menšiu ako 0,2 μm, čo umožní prechod cez filtračné zariadenie. Na vrchu niektorých buniek bolo pozorované nezvyčajné štrukturálne rozšírenie, podobné kapotáži (latinsky cucullus) (pozri šípky na 1D, E, G). Zdá sa, že sa skladá z prebytočnej vonkajšej membrány, čo môže byť spôsobené rýchlym zmenšením veľkosti periplazmatického obalu, zatiaľ čo vonkajšia membrána zostáva nedotknutá a má „voľný“ vzhľad. Kultivácia ASxL5T v neprítomnosti živín (v PBS) po dlhú dobu pri 4 ° C viedla k tomu, že väčšina (ale nie všetky) bunky vykazovala kokálnu morfológiu (obrázok 1C). Keď ASxL5T rastie s Campylobacter jejuni ako korisťou počas 48 hodín, priemerná veľkosť buniek je výrazne dlhšia a užšia ako pri bunkách pestovaných bez hostiteľa (tabuľka 1 a obrázok 1E). Na rozdiel od toho, keď ASxL5T rastie s E. coli ako korisťou počas 48 hodín, priemerná veľkosť buniek je dlhšia a širšia, ako keď rastú bez koristi (tabuľka 1) a dĺžka buniek je variabilná, zvyčajne vláknitá (obrázok 1F). Pri inkubácii s Campylobacter jejuni alebo E. coli ako korisťou počas 48 hodín nevykazovali bunky ASxL5T žiadne bičíky. Tabuľka 1 sumarizuje pozorovania zmien veľkosti buniek na základe prítomnosti, neprítomnosti a typu koristi ASxL5T.
TEM zobrazenie ASx5LT: (A) ASx5LT ukazuje dlhý bič; (B) typická batéria ASx5LT; (C) bunky ASx5LT kokov po dlhej inkubácii bez živín; (D) skupina buniek ASx5LT vykazuje abnormalitu (E) Bunková skupina ASx5LT inkubovaná s korisťou Campylobacter vykazovala zvýšenú dĺžku buniek v porovnaní s bunkami bez rastu koristi (D) tiež vykazovala apikálnu štruktúru; (F) Veľké vláknité bičíky, bunky ASx5LT, po inkubácii s korisťou E. coli; (G) Jedna bunka ASx5LT po inkubácii s E. coli, ktorá vykazuje nezvyčajnú vrchnú štruktúru. Stĺpec predstavuje 1 μm.
Určenie sekvencie génu 16S rRNA (prístupové číslo MT636545.1) umožňuje vyhľadávanie v databáze s cieľom vytvoriť sekvencie podobné sekvenciám v triede Gammaproteobacteria a sú najbližšie k morským baktériám z rodiny morských spirillum (obrázok 2) a sú členmi rodu Thalassolituus Najbližší príbuzný morského Bacillus. Sekvencia génu 16S rRNA je jasne odlišná od predátorských baktérií patriacich do čeľade Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Párové porovnania B. bacteriovorus HD100T (typ kmeňa, DSM 50701) a B. bacteriovorus DM11A boli 48,4 % a 47,7 % a pre B. exovorus JSS to bolo 46,7 %. Baktérie ASxL5T majú 3 kópie génu 16S rRNA, z ktorých dve sú navzájom identické a tretia je od seba vzdialená 3 bázy. Dva ďalšie predátorské bakteriálne izoláty (ASx5S a ASx5O; prírastkové čísla génu 16S rRNA sú MT636546.1 a MT636547.1, v tomto poradí) s podobnými morfologickými a fenotypovými charakteristikami z rovnakého miesta nie sú rovnaké, ale líšia sa od ASxL5T a nekultivovaných baktérií databázové sekvencie sú zoskupené spolu s inými rodmi v Oceanospirillaceae (Obrázok 2). Celá genómová sekvencia ASxL5T bola určená a uložená v databáze NCBI a prístupové číslo je CP046056. Genóm ASxL5T pozostáva z kruhového chromozómu s veľkosťou 2 831 152 bp s pomerom G + C 56,1 %. Sekvencia genómu obsahuje 2653 CDS (celkom), z ktorých sa predpokladá, že 2567 kóduje proteíny, z ktorých 1596 možno priradiť ako domnelé funkcie (60,2 %). Genóm obsahuje 67 génov kódujúcich RNA, vrátane 9 rRNA (3 pre 5S, 16S a 23S) a 57 tRNA. Genomické charakteristiky ASxL5T boli porovnané s dostupnými genómami kmeňov najbližšieho relatívneho typu identifikovaných z génovej sekvencie 16S rRNA (tabuľka 2). Použite aminokyselinovú identitu (AAI) na porovnanie všetkých dostupných genómov Thalassolituus s ASxL5T. Najbližšia dostupná (nekompletná) genómová sekvencia určená AAI je Thalassolituus sp. C2-1 (pridať NZ_VNIL01000001). Tento kmeň bol izolovaný z hlbokomorských sedimentov Mariánskej priekopy, ale v súčasnosti neexistujú žiadne fenotypové informácie o tomto kmeni na porovnanie. V porovnaní s ASxL5T je 2,82 Mb, genóm organizmu je väčší na 4,36 Mb. Priemerná veľkosť genómu morských spirochét je približne 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 kompletných referenčných genómov skúmaných z https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), takže genóm ASxL5T je v súlade s objednávka V porovnaní s ostatnými členmi je dosť malá. Použite GToTree 1.5.54 na vytvorenie odhadovaného fylogenetického stromu maximálnej pravdepodobnosti založeného na genóme (obrázok 3A) pomocou zoradených a spojených aminokyselinových sekvencií 172 génov s jednou kópiou špecifických pre Gammaproteobaktérie 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analýza ukázala, že úzko súvisí s Thalassolituus, Bacterial Plane a Marine Bacterium. Tieto údaje však naznačujú, že ASxL5T sa líši od svojich príbuzných v morskej Spiruline a sú k dispozícii údaje o jeho genómovej sekvencii.
Fylogenetický strom využívajúci sekvenciu génu 16S rRNA zvýrazňuje polohu kmeňov ASxL5T, ASxO5 a ASxS5 (s črevami) v porovnaní s nekultivovanými a morskými kmeňmi baktérií v morských spirulinaceae. Prírastkové číslo Genbank nasleduje za názvom kmeňa v zátvorkách. Použite ClustalW na zarovnanie sekvencií a použite metódu maximálnej pravdepodobnosti a model Tamura-Nei na odvodenie fylogenetických vzťahov a vykonajte 1000 riadených replikácií v programe MEGA X. Číslo na vetve označuje, že hodnota riadenej kópie je väčšia ako 50 %. Ako vedľajšia skupina bola použitá Escherichia coli U/541T.
(A) Fylogenetický strom založený na genóme, ktorý ukazuje vzťah medzi morskou baktériou Spirospiraceae ASxL5T a jej blízkymi príbuznými, E. coli U 5/41T ako mimoskupinou. (B) V porovnaní s T. oleivorans MIL-1T je distribúcia funkčnej kategórie génov predpovedaná na základe ortologického zoskupenia (COG) proteínu ASx5LT. Obrázok vľavo ukazuje počet génov v každej funkčnej kategórii COG v každom genóme. Graf vpravo ukazuje percento genómov obsiahnutých v každej funkčnej skupine COG. (C) V porovnaní s T. oleiverans MIL-1T, analýza kompletnej KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) modulárnej dráhy ASxL5T.
Použitie databázy KEGG na preskúmanie komponentov génov prítomných v genóme ASxL5T odhalilo typickú metabolickú dráhu aeróbneho gama Proteus. ASxL5T obsahuje celkovo 75 génov priradených bakteriálnym motorickým proteínom, vrátane génov zapojených do chemotaxie, zostavovania bičíkov a systému fimbrií typu IV. V poslednej kategórii je 9 z 10 génov zodpovedných za trhavé pohyby radu iných organizmov. Genóm ASxL5T obsahuje kompletnú tetrahydropyrimidínovú biosyntetickú dráhu, ktorá sa podieľa na ochrannej odpovedi na osmotický stres20, ako sa očakáva u halofilov. Genóm tiež obsahuje mnoho kompletných dráh pre kofaktory a vitamíny, vrátane dráh syntézy riboflavínu. Hoci gén alkán 1-monooxygenázy (alkB2) je prítomný v ASxL5T, cesta využitia uhľovodíkov nie je úplná. V sekvencii genómu ASxL5T zjavne chýbajú homológy génov identifikovaných ako hlavné zodpovedné za degradáciu uhľovodíkov v T. oleiverans MIL-1T21, ako napríklad TOL_2658 (alkB) a TOL_2772 (alkoholdehydrogenáza). Obrázok 3B ukazuje porovnanie distribúcie génov v kategórii COG medzi ASxL5T a olivovým olejom MIL-1T. Celkovo menší genóm ASxL5T obsahuje proporcionálne menej génov z každej kategórie COG v porovnaní s väčším príbuzným genómom. Keď sa počet génov v každej funkčnej kategórii vyjadrí ako percento genómu, zaznamenajú sa rozdiely v percentách génov v kategóriách translácie, ribozomálnej štruktúry a biogenézy a v kategóriách produkcie energie a konverzie, ktoré tvoria väčšiu ASxL5T. genóm Percento sa porovnáva s rovnakou skupinou prítomnou v T. oleiverans MIL-1T genóme. Na rozdiel od toho má T. oleivorans MIL-1T v porovnaní s genómom ASxL5T vyššie percento génov v kategóriách replikácie, rekombinácie a opravy a transkripcie. Je zaujímavé, že najväčším rozdielom v obsahu každej funkčnej kategórie týchto dvoch genómov je počet neznámych génov prítomných v ASxL5T (obrázok 3B). Bola vykonaná analýza obohatenia modulov KEGG, kde každý modul KEGG predstavuje súbor manuálne definovaných funkčných jednotiek na anotáciu a biologickú interpretáciu údajov o sekvencii genómu. Porovnanie distribúcie génov v kompletnej KOG modulovej dráhe ASxL5T a olivového MIL-1T je znázornené na obrázku 3C. Táto analýza ukazuje, že hoci ASxL5T má úplnú metabolickú dráhu síry a dusíka, T. oleiverans MIL-1T ju nemá. Naproti tomu T. oleiverans MIL-1T má kompletnú cysteínovú a metionínovú metabolickú dráhu, ale v ASxL5T je neúplná. Preto má ASxL5T charakteristický modul na asimiláciu sulfátov (definovaný ako súbor génov, ktoré možno použiť ako fenotypové markery, ako je metabolická kapacita alebo patogenita; https://www.genome.jp/kegg/module.html) V T oleiverans MIL-1T. Porovnanie génového obsahu ASxL5T so zoznamom génov, ktoré naznačujú predátorský životný štýl, je nepresvedčivé. Hoci gén waaL kódujúci ligázu asociovanú s polysacharidom O antigénu do jadra je prítomný v genóme ASxL5T (ale je bežný u mnohých gramnegatívnych baktérií), gény pre tryptofán 2,3-dioxygenázu (TDO ) môžu zahŕňať 60 aminokyselín. kyslé oblasti bežne sa vyskytujúce v predátorských baktériách, ktoré nie sú prítomné. V genóme ASxL5T nie sú žiadne iné predátorské charakteristické gény, vrátane tých, ktoré kódujú enzýmy zapojené do biosyntézy izoprenoidu v mevalonátovej dráhe. Všimnite si, že v skúmanej skupine predátorov nie je žiadny transkripčný regulačný gén gntR, ale v ASxL5T možno identifikovať tri gény podobné gntR.
Fenotypové charakteristiky ASxL5T sú zhrnuté v tabuľke 3 a porovnané s fenotypovými charakteristikami príbuzných rodov 23, 24, 25, 26 a 27 uvedenými v literatúre. Izoláty z T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis a Oceanobacter kriegii sú aktívne, soli tolerantné, oxidázu-pozitívne tyčinkovité telá, ale nemajú takmer žiadne iné fenotypové charakteristiky s ASxL5T. Priemerné pH oceánu je 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), čo sa odráža u T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis a O. kriegii. ASxL5T je vhodný pre väčší rozsah pH (4-9) typický pre nemorské druhy. Fenotypové charakteristiky Thalassolituus sp. C2-1. Neznámy. Teplotný rozsah rastu ASxL5T je vo všeobecnosti širší ako rozsah morských kmeňov (4–42 °C), hoci niektoré, ale nie všetky izoláty T. marinus sú odolné voči teplu. Neschopnosť pestovať ASxL5T v živnom médiu zabránila ďalšej fenotypovej charakterizácii. Použite API 20E na testovanie materiálov zoškrabaných z BA platne, ONPG, arginín dihydrolázu, lyzín dekarboxylázu, ornitín dekarboxylázu, využitie citrátu, ureázu, tryptofán deaminázu, enzým hydrolýzy želatíny, výsledky testu boli všetky negatívne, ale žiadny indol, acetoín a H2 boli vyrobené. Medzi nefermentované sacharidy patria: glukóza, manóza, inozitol, sorbitol, ramnóza, sacharóza, melibióza, amygdalín a arabinóza. V porovnaní s publikovanými príbuznými referenčnými kmeňmi je profil bunkových mastných kyselín kmeňa ASxL5T uvedený v tabuľke 4. Hlavné bunkové mastné kyseliny sú C16:1co6c a/alebo C16:1co7c, C16:0 a C18:1co9. Existujú aj hydroxymastné kyseliny C12:0 3-OH a C10:0 3-OH. Pomer C16:0 v ASxL5T je vyšší ako uvádzaná hodnota príbuzných rodov. Na rozdiel od toho v porovnaní s hláseným T. marinus IMCC1826TT je pomer C18:1ω7c a/alebo C18:1ω6c v ASxL5T znížený. oleivorans MIL-1T a O. kriegii DSM 6294T, ale nezistili sa v B. sanyensis KCTC 32220T. Porovnanie profilov mastných kyselín ASxL5T a ASxLS odhalilo jemné rozdiely v množstve jednotlivých mastných kyselín medzi týmito dvoma kmeňmi, ktoré sú v súlade so sekvenciou genómovej DNA toho istého druhu. Pomocou testu Sudan black neboli zistené žiadne častice poly-3-hydroxybutyrátu (PHB).
Študovala sa predačná aktivita baktérií ASxL5T, aby sa určil rozsah koristi. Táto baktéria môže tvoriť plaky na druhoch Campylobacter, vrátane: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; Clari NCTC 11458 a C. uppsaliensis NCTC 11541T. Na testovanie širšieho rozsahu Gram-negatívnych a Gram-pozitívnych baktérií použite kultúry uvedené v časti určenia hostiteľského rozsahu metódy. Výsledky ukazujú, že ASxL5T možno použiť aj v Escherichia coli NCTC 86 a Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaky vytvorené na Klebsiella oxytoca 11466. Interakcia TEM s E. coli NCTC 86 je znázornená na obrázku 4A-D a interakcia s Campylobacter jejuni PT14 a Campylobacter suis S12 je znázornená na obrázku 4E-H uprostred. Zdá sa, že mechanizmus útoku sa medzi testovanými typmi koristi líši, pričom jedna alebo viacero buniek E. coli je pripojených ku každej bunke ASxL5T a je umiestnených laterálne pozdĺž rozšírenej bunky pred adsorpciou. Na rozdiel od toho sa zdá, že ASxL5T sa viaže na Campylobacter prostredníctvom jediného bodu kontaktu, zvyčajne v kontakte s vrcholom bunky predátora a blízko vrcholu bunky Campylobacter (obrázok 4H).
TEM ukazujúci interakciu medzi ASx5LT a korisťou: (AD) a E. coli korisťou; (EH) a C. jejuni korisť. (A) Typická bunka ASx5LT spojená s jednou bunkou E. coli (EC); (B) Vláknitý ASx5LT pripojený k jednej EC bunke; (C) Vláknitá bunka ASx5LT spojená s viacerými bunkami EC; (D) Pripojenie menších buniek ASx5LT na jednu bunku E. coli (EC); (E) jedna bunka ASx5LT spojená s bunkou Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT napáda bunky C. hyointestinalis (CH); (G) dve Jedna bunka ASx5LT napadla CJ bunku; (H) Detailný pohľad na bod pripojenia ASx5LT v blízkosti vrcholu bunky CJ (stĺpec 0,2 μm). Stĺpec predstavuje 1 μm in (A–G).
Dravé baktérie sa vyvinuli, aby využili bohaté zdroje koristi. Je zrejmé, že sú široko prítomné v mnohých rôznych prostrediach. Vzhľadom na úzku veľkosť členov populácie je možné izolovať baktérie ASxL5T z kaše pomocou metódy fágovej separácie. Genomický význam ASxL5T pre členov rodiny morských baktérií oceanospirillaceae je prekvapivý, hoci organizmus je odolný voči soli a môže rásť na médiu obsahujúcom 5 % soli. Analýza kvality vody v suspenzii ukázala, že obsah chloridu sodného bol nižší ako 0,1 %. Preto je bahno ďaleko od morského prostredia – geograficky aj chemicky. Prítomnosť troch príbuzných, ale odlišných izolátov z rovnakého zdroja poskytuje dôkaz, že týmto predátorom sa v tomto mimomorskom prostredí darí. Okrem toho analýza mikrobiómu (súbory s údajmi sú k dispozícii na https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) ukázala, že rovnaká sekvencia génu 16S rRNA sa nachádza v top 50 najhojnejších operačných taxónoch (OTU ) V niekoľkých intervaloch odberu bahna. V databáze Genbank sa našlo niekoľko nekultivovaných baktérií, ktoré majú génové sekvencie 16S rRNA podobné baktériám ASxL5T. Zdá sa, že tieto sekvencie spolu so sekvenciami ASxL5T, ASxS5 a ASxO5 predstavujú rôzne klady oddelené od Thalassolituus a Oceanobacter (obrázok 2). Tri druhy nekultivovaných baktérií (GQ921362, GQ921357 a GQ921396) boli izolované z puklinovej vody v hĺbke 1,3 kilometra v juhoafrickej zlatej bani v roku 2009 a ďalšie dva (DQ256320 a DQ337006) boli z podzemnej vody v Južnej Afrike (tiež v roku 2005). Sekvencia génu 16S rRNA, ktorá je najbližšie k ASxL5T, je súčasťou génovej sekvencie 16S rRNA získanej z obohatenej kultúry piesočnatých sedimentov získaných z pláží severného Francúzska v roku 2006 (prístupové číslo AM29240828). Ďalšia úzko súvisiaca génová sekvencia 16S rRNA z nekultivovanej baktérie HQ183822.1 sa získala zo zbernej nádrže vylúhovanej z komunálnej skládky v Číne. Je zrejmé, že baktérie ASxL5T nie sú vysoko reprezentatívne v taxonomických databázach, ale tieto sekvencie z nekultivovaných baktérií pravdepodobne predstavujú organizmy podobné ASxL5T, ktoré sú distribuované po celom svete, zvyčajne v náročných prostrediach. Z celej genómovej fylogenetickej analýzy je najbližší príbuzný ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. A O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus je členom morskej obligátnej baktérie fragmentácie uhľovodíkov (OHCB), ktorá je rozšírená v morskom a suchozemskom prostredí a zvyčajne sa stáva dominantnou po nehodách so znečistením uhľovodíkmi30,31. Morské baktérie nie sú členmi skupiny OHCB, ale sú izolované z morského prostredia.
Fenotypové údaje naznačujú, že ASxL5T je nový druh a člen predtým nerozpoznaného rodu z čeľade morských spirospiraceae. V súčasnosti neexistuje jasný štandard na klasifikáciu novo izolovaných kmeňov do nového rodu. Uskutočnili sa pokusy určiť hranice univerzálnych rodov, napríklad na základe percenta genómu konzervatívneho proteínu (POCP) sa odporúča, aby bola hraničná hodnota na 50 % identická s referenčným kmeňom33. Iní navrhujú použiť hodnoty AAI, ktoré majú výhody oproti POCP, pretože ich možno získať z neúplných genómov34. Autor sa domnieva, že ak je hodnota AAI nižšia ako 74 % v porovnaní s modelovým kmeňom modelového druhu, kmeň je zástupcom iných rodov. Modelový rod v morských spirillaceae je morský spirillum a modelový kmeň je O. linum ATCC 11336T. Hodnota AAI medzi ASxL5T a O. linum ATCC 11336T je 54,34 % a hodnota AAI medzi ASxL5T a T. oleivorans MIL-1T (kmene rodového typu) je 67,61 %, čo naznačuje, že ASxL5T predstavuje nový rod odlišný od Thalassolituus. Pri použití génovej sekvencie 16S rRNA ako klasifikačného štandardu je navrhovaná hranica vymedzenia rodu 94,5 %35. ASxL5T možno umiestniť do rodu Thalassolituus, pričom vykazuje 95,03 % identitu sekvencie 16S rRNA s T. oleivorans MIL-1T a 96,17 %. marinus IMCC1826T. Bude však tiež zaradený do rodu Bacteroides, ktorý má 94,64 % identitu génu 16S rRNA s B. sanyensis NV9, čo naznačuje, že použitie jediného génu, ako je gén 16S rRNA, môže viesť k ľubovoľnej klasifikácii a priradeniu. Ďalšia navrhovaná metóda využíva ANI a skóre zarovnania genómu (AF) na preskúmanie zoskupovania údajových bodov zo všetkých typov a netypových kmeňov existujúcich rodov. Autor odporúča skombinovať hranicu rodu s inflexným bodom odhadovaného rodu špecifického pre analyzované taxóny. Ak však nie je dostatok úplných sekvencií genómu z izolátov Thalassolituus, nie je možné touto metódou určiť, či ASxL5T patrí do rodu Thalassolituus. Vzhľadom na obmedzenú dostupnosť úplných sekvencií genómu na analýzu by sa celý fylogenetický strom genómu mal interpretovať opatrne. Po druhé, metódy porovnávania celého genómu nemôžu zodpovedať za podstatné rozdiely vo veľkosti porovnávaných genómov. Merali podobnosť konzervovaných základných génov s jednou kópiou medzi príbuznými rodmi, ale nezohľadnili veľký počet génov, ktoré nie sú prítomné v oveľa menšom genóme ASxL5T. Je zrejmé, že ASxL5T a skupiny vrátane Thalassolituus, Oceanobacter a Bacterioplanes majú spoločného predka, ale evolúcia sa vydala inou cestou, čo vedie k zníženiu genómu, čo môže byť prispôsobenie sa predátorskému životnému štýlu. To je na rozdiel od T. oleivorans MIL-1T, ktorý je o 28 % väčší a vyvinul sa pod rôznymi environmentálnymi tlakmi na využitie uhľovodíkov23,30. Zaujímavé porovnanie možno urobiť s obligátnymi intracelulárnymi parazitmi a symbiontmi, ako sú Rickettsia, Chlamydia a Buchnera. Veľkosť ich genómu je asi 1 Mb. Schopnosť využívať metabolity hostiteľskej bunky vedie k strate génu, takže došlo k významnej evolučnej genómovej degradácii. Evolučné zmeny od morských chemických živných organizmov k predátorskému životnému štýlu môžu viesť k podobnému zníženiu veľkosti genómu. Analýza COG a KEGG poukazuje na počet génov používaných pre špecifické funkcie a globálne rozdiely v genómových dráhach medzi ASxL5T a T. oleivorans MIL-1T, ktoré nie sú spôsobené rozšírenou dostupnosťou mobilných genetických prvkov. Rozdiel v pomere G + C v celom genóme ASxL5T je 56,1 % a v T. oleivorans MIL-1T je 46,6 %, čo tiež naznačuje, že je segregovaný.
Skúmanie obsahu kódovania genómu ASxL5T poskytuje funkčný pohľad na fenotypové charakteristiky. Prítomnosť génov kódujúcich fimbrie typu IV (Tfp) je obzvlášť zaujímavá, pretože podporujú pohyb buniek, nazývaný sociálne kĺzanie alebo kŕče, bez bičíkov na povrchu. Podľa správ má Tfp ďalšie funkcie vrátane predácie, patogenézy, tvorby biofilmu, prirodzeného vychytávania DNA, automatickej agregácie a vývoja buniek38. Genóm ASxL5T obsahuje 18 génov kódujúcich diguanylátcyklázu (enzým, ktorý katalyzuje premenu 2 guanozíntrifosfátu na guanozín 2 fosfát a cyklický diGMP) a 6 génov kódujúcich zodpovedajúci diguanylát cykláza fosfát diguanylát. Gén pre esterázu (katalyzujúci degradáciu cyklického di-GMP na guanozínmonofosfát) je zaujímavý, pretože cykl-di-GMP je dôležitý druhý posol zapojený do vývoja a separácie biofilmu, pohybu, prichytenia buniek a virulencie 39, 40 v tomto procese. Treba tiež poznamenať, že u Bdellovibrio bacteriovorus sa ukázalo, že cyklický dvojitý GMP kontroluje prechod medzi voľným životom a predátorským životným štýlom41.
Väčšina výskumu predátorských baktérií sa zamerala na Bdellovibrio, organizmy podobné Bdellovibriu a druhy Myxococcus. Tieto a ďalšie známe príklady predátorských baktérií tvoria rôznorodú skupinu. Napriek tejto rozmanitosti bol identifikovaný súbor charakteristických proteínových rodín, ktoré odrážajú fenotypy 11 známych predátorských baktérií3,22. Boli však identifikované iba gény kódujúce O antigén ligázu (waaL), čo je obzvlášť bežné u gramnegatívnych baktérií. Táto forma analýzy nie je užitočná pri označovaní ASxL5T ako predátora, pravdepodobne preto, že používa novú stratégiu útoku. Dostupnosť rozmanitejších predátorských bakteriálnych genómov pomôže vyvinúť jemnejšie analýzy rozlíšenia, ktoré zohľadnia dôkazy o funkčných a environmentálnych rozdieloch medzi členmi skupiny. Príklady predátorských baktérií, ktoré nie sú zahrnuté v tejto analýze, zahŕňajú členov Cupriavidus necator42 a Bradymonabacteria43, pretože keď výskumníci skúmajú rôzne mikrobiálne spoločenstvá, vzniká viac dravých taxónov.
Najpozoruhodnejšou vlastnosťou baktérií ASxL5T zachytených obrázkom TEM je jej jedinečná a flexibilná morfológia, ktorá môže podporovať interakciu s baktériami koristi. Typ pozorovanej interakcie sa líši od iných predátorských baktérií a nebol predtým objavený ani hlásený. Navrhovaný predátorský životný cyklus ASxL5T je znázornený na obrázku 5. V literatúre je niekoľko príkladov s podobnými apikálnymi štruktúrami, ako uvádzame tu, ale tieto príklady zahŕňajú Terasakiispira papahanaumokuakeensis, morskú baktériu spirillum s občasným zväčšením vrcholu 44 a Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , predtým patriaci do rodu Oceanospirillum, vystavujúci tzv „polárny film“ 45. Formy kokov sa často pozorujú v starších kultúrach, najmä u baktérií so zakrivenými formami, ako sú Vibrio, Campylobacter a Helicobacter 46, 47, 48, ktoré môžu predstavovať degradovaný stav. Na objasnenie presného životného cyklu baktérií ASxL5T je potrebná ďalšia práca. Zistiť, ako zachytáva a loví a či jeho genóm kóduje biologicky aktívne zlúčeniny, ktoré možno použiť na lekárske alebo biotechnologické účely.
Popis Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. sa skladá z venatorov z L. n. venator, 'hunter' a Gr. n. bacter, 'a prut'. Venatorbacter, 'a love Rod' . Rozmedzie pH 4-9 je nezvyčajné, väčšina z nich netoleruje kyslé pH -OH a C10:0 3-OH sa nachádzajú ako hydroxymastné kyseliny Nerastú v živnom médiu. Obsah DNA G + C je 56,1 mol %. Členovia tohto rodu vykazujú rezistenciu voči Campylobacter A predačné správanie členov čeľade Enterobacteriaceae Fylogenetické postavenie tohto rodu je v čeľade.
Opis Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus znamená kapotáž).
Okrem toho, opisným znakom tohto rodu je, že keď rastú na BA alebo BHI, bunky sú 1,63 um dlhé a 0,37 um široké. Kolónie na BHI agare sú veľmi malé, po 72 hodinách dosahujú priemer 2 mm. Sú béžové, priesvitné, okrúhle, vypuklé a lesklé. Zástupcovia tohto druhu môžu používať Escherichia coli a Klebsiella. Ako korisť slúži Campylobacter a niekoľko ďalších gramnegatívnych baktérií.
Typický kmeň ASxL5T bol izolovaný z hovädzieho mlieka v Nottinghamshire, Spojené kráľovstvo a uložený v National Type Culture Collection (UK): prístupové číslo NCTC 14397 a holandská zbierka bakteriálnych kultúr (NCCB) prístupové číslo NCCB 100775. Kompletná sekvencia genómu ASxL5T bol uložený v Genbank podľa pridania CP046056.
Baktérie ASxL5T boli izolované z hovädzieho mlieka pomocou technológie fágovej izolácie9,49. Kaša sa zriedila v pomere 1:9 (hmotn./obj.) v SM pufri (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgS04.7H20 a 0,01 % želatína; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), potom inkubujte pri 4 °C počas 24 hodín, pričom sa pomaly otáčali, aby sa predátori eluovali do pufra. Suspenzia sa centrifugovala pri 3000 g počas 3 minút. Supernatant sa zozbieral a centrifugoval pri 13 000 g druhýkrát počas 5 minút. Supernatant potom prešiel cez 0,45 um membránový filter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Nemecko) a 0,2 um membránový filter (Minisart), aby sa odstránili všetky zostávajúce bakteriálne bunky. ASxL5T môže prejsť týmito filtrami. Mäkký agarový trávnik Campylobacter enterosus S12 (prírastkové číslo NCBI CP040464) z rovnakej kaše sa pripravil použitím štandardných techník. Prefiltrovaná kaša sa rozdelila na každú z týchto doštičiek s hostiteľskými bunkami v 10 ul kvapkách v troch vyhotoveniach a nechala sa vysušiť. Platňa sa inkubovala v mikroaerofilnej nádrži pri 37 °C počas 48 hodín za mikroaeróbnych podmienok (5 % 02, 5 % H2, 10 % C02 a 80 % N2). Získaný viditeľný plak bol extrahovaný do SM pufra a prenesený na čerstvý trávnik C. hyointestinalis S12, aby sa ďalej rozmnožovali lyzované organizmy. Keď sa zistí, že pôvodcom lytického plaku sú baktérie a nie fág, pokúste sa pestovať organizmus nezávisle od hostiteľa a ďalej ho charakterizovať. Aeróbna kultúra sa uskutočnila pri 37 °C s 5 % obj./obj. defibrinovanej konskej krvi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, doplnok). Podľa smerníc Národného výboru pre klinické štandardy sa metóda diskovej difúzie používa na testovanie antibakteriálnej citlivosti. BHI agar sa kultivoval pri 37 °C s použitím disku obsahujúceho nasledujúce antibiotiká (Oxoid) pre aeróbnu kultiváciu: amoxicilín a kyselina klavulanová 30 ug; cefotaxím 30 ug; streptomycín 10 ug; ciprofloxacín 5 ug; ceftazidím 30 ug Kyselina nalidixová 30 ug; Imipeném 10 ug; azitromycín 15 ug; chloramfenikol 30 ug; Cefoxitín 30 ug; tetracyklín 30 ug; nitrofurantoín 300 ug; Aztreonam 30 ug; ampicilín 10 ug; cefpodoxím 10 ug; Trimetoprim-sulfametoxazol 25 µg. Tolerancia soli bola stanovená aeróbnou inkubáciou na BHI agarových platniach pri 37 °C. Na BHI agarové platne sa pridal ďalší NaCl, aby sa dosiahol koncentračný rozsah až 10 % w/v. Rozsah pH je určený aeróbnou kultiváciou na BHI agarových platniach pri 37 °C, kde bol rozsah pH upravený na 4 až 9 pomocou sterilnej HCl alebo sterilného NaOH a cieľová hodnota pH je overená pred naliatím platne. Na analýzu bunkových mastných kyselín sa ASxL5T kultivoval na BHI agare počas 3 dní a aeróbne pri 37 °C. Podľa štandardného protokolu MIDI (Sherlock Microbial Identification System, verzia 6.10) od FERA Science Ltd, (York, UK) boli extrahované, pripravené a analyzované bunkové mastné kyseliny.
Pre TEM sa ASxL5T kultivoval aeróbne nanesením rovnomerne na BA pri 37 °C počas 24 hodín a potom sa zozbieral do 1 ml 3% (objem/objem) glutaraldehydu v 0,1 M kakodylátovom pufri pri teplote miestnosti fixoval 1 hodinu, potom odstredil pri 10 000 g počas 3 minút. Potom jemne resuspendujte pelet v 600 μl 0,1 M kakodylátového pufra. Preneste fixovanú suspenziu ASxL5T na Formvar/uhlíkový film na medenú mriežku s veľkosťou 200 mesh. Baktérie sa farbili s 0,5 % (w/v) uranylacetátom počas 1 minúty a skúmali sa pomocou TEM s použitím mikroskopu TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Ako je uvedené vyššie, skombinujte rovnaký počet koristi a predátora v bujóne NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) a inkubujte 48 hodín v mikroaeróbnych podmienkach Campylobacter alebo Campylobacter pri 37 °C. Interakcia predátora a koristi bol tiež skúmaný TEM. Aeróbne podmienky pre Escherichia coli. Nezávisle skúmajte korisť a predátorské baktérie, aby ste určili akékoľvek zmeny v morfológii buniek v dôsledku predácie. Na optickú mikroskopiu akumulácie PHB bola použitá metóda Sudan black.
Pestujte kultúry ASxL5T cez noc rozmazaním rastu na BHI alebo BA platne sterilným tampónom. Odoberte bunky ASxL5T a suspendujte ich v MRD (CM0733, Oxoid) a potom ich umiestnite do 4 °C na 7 dní, aby sa bunky vyhladovali. Referenčná NCTC alebo laboratórna zásobná bakteriálna kultúra bola naočkovaná do BHI bujónu alebo živnej pôdy č. 2 (CM007, Oxoid), inkubovaná cez noc, centrifugovaná pri 13 000 g a resuspendovaná v MRD, kým OD600 nebolo 0,4. Kultúra: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca, 8ocost oxytoca, 17TC 144 Listeria Special baktérie NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus ponorkový hamburger NCTC 1621T, Salmonella črevné baktérie Mondeville NCTC, mucilage10oc8cus 50oc6cus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Hostiteľ Campylobacter bol mikroaeróbne inkubovaný na BA platniach pri 37 °C a suspendovaný v NZCYM bujóne. Testovanými hostiteľmi Campylobacter sú: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458.1TC58, C. PT14, C... Odoberte bunky v MRD, centrifugujte pri 13 000 g a resuspendujte v MRD, kým OD600 nie je 0,4. Pridajte alikvotnú časť 0,5 ml suspenzie do 5 ml roztopeného horného agaru NZCYM (0,6 % agar) a nalejte na spodnú misku s 1,2 % NZCYM. Po vytvrdnutí a vysušení sa sériovo zriedený ASxL5T rozdelil ako 20 ul kvapôčky na každú dosku trávnika v troch vyhotoveniach. Teplota a atmosféra kultivácie závisia od požiadaviek testovaných baktérií.
Na prípravu DNA z bakteriálnych izolátov použite súpravu GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge). Na PCR amplifikáciu génu 16S rRNA a určenie sekvencie produktu sa použili štandardné metódy pomocou chémie ukončenia farbiva (Eurofins Value Read Service, Nemecko). Použite program BLAST-N na porovnanie týchto sekvencií s inými 16S rRNA génovými sekvenciami na identifikáciu a zber blízko príbuzných druhov. Tieto sú zarovnané pomocou ClustalW v programe MEGA X. Fylogenetický strom bol rekonštruovaný pomocou MEGA X s použitím metódy maximálnej pravdepodobnosti založenej na modeli Tamura-Nei s 1000 riadenými kópiami54. Použite súpravu PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) na extrakciu DNA na sekvenovanie celého genómu. Sekvencia genómu ASxL5T bola určená pomocou kombinácie Illumina MiSeq, ktorá pozostáva z 250 bp obojstranných čítaní zložených z knižnice pripravenej pomocou súpravy Nextera labelling kit a 2 až 20 kb dlhých čítaní z platformy PacBio. Výskumné zariadenie na sekvenovanie genomickej DNA na univerzite v Sembii. Genóm bol zostavený pomocou CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dánsko). Kultúry ASxL5T sú uložené v National Type Culture Collection (Spojené kráľovstvo) a v holandskej zbierke bakteriálnych kultúr (NCCB). Genómy príbuzných organizmov použité na porovnanie sú: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (prístupové číslo HF680312, kompletné); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (prístupové číslo BMYY01000001, neúplné); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (prístupové číslo NZ_AUGV00000000, neúplné); Marinamonas community DSM 5604T (pridané ASM436330v1, neúplné), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (pridané MTSD02000001, neúplné) a Thalassolituus sp. C2-1 (pridať NZ_VNIL01000001, neúplné). Použite JGI Genome Portal36 na https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= na určenie skóre zarovnania (AF) a priemernej identity nukleovej kyseliny (ANI). Vo dvojiciach. Na stanovenie identity aminokyselín (AAI) sa použila metóda Rodriguez-R & Konstantinidis55. Použite GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 na vytvorenie odhadovaného fylogenetického stromu maximálnej pravdepodobnosti. Vstupný genóm predstavujúci dostupný referenčný genóm je vybraný z referenčných rodov identifikovaných ako súvisiace s ASxL5T z fylogenézy 16S rRNA. Anotoval strom pomocou interaktívneho online nástroja strom života (https://itol.embl.de/). Funkčná anotácia a analýza genómu ASxL5T sa vykonáva pomocou online nástroja BlastKOALA KEGG s použitím distribúcie obohatenia modulom KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Rozdelenie kategórií COG (ortologických skupín) sa určuje pomocou online nástroja eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ a Muñoz-Dorado, J. Bakteriálna predácia: 75 rokov a pokračuje! . životné prostredie. mikroorganizmus. 18, 766 – 779 (2016).
Linares-Otoya, L. atď. Diverzita a antibakteriálny potenciál predátorských baktérií na peruánskom pobreží. Marcové drogy. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. a kol. Cez ich gény im porozumiete: genómové vlastnosti predátorských baktérií. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE Predátorský životný štýl bakteriofága Bdellovibrio. nainštalovať. Pastorovské mikróby. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotiká z predátorských baktérií. Beilstein J. Histochemistry 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio a podobné organizmy sú prediktormi diverzity mikrobiómov v rôznych hostiteľských populáciách. mikroorganizmus. Ekológia. 79, 252 – 257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. a Ballesté-Delpierre, C. Objavte súčasný stav nových antibakteriálnych látok. klinický. mikroorganizmus. Infikovať. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. a kol. Dvojitá predácia fága a fága môže vyhubiť korisť E. coli bez jedinej predácie. J. Baktérie. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Počet a diverzita Campylobacter a bakteriofágov izolovaných počas kŕmneho cyklu voľne chovaných a ekologických kurčiat. Prostredie aplikácie. mikroorganizmus. 71, 1259-1266 (2005).
Wilkinson, DA atď. Aktualizujte genómovú taxonómiu a epidemiológiu ošípaných Campylobacter. veda. Zástupca 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Užívateľsky prívetivý pracovný postup pre systémovú genomiku. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Metóda zarovnania viacerých sekvencií, ktorá znižuje časovú a priestorovú zložitosť. BMC biologické informácie. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Nástroj na automatické zarovnávanie a orezávanie vo veľkom meradle fylogenetickej analýzy. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, predikcia miesta začiatku translácie génu EC a metagenomickej sekvencie. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Medziplatformový a efektívny nástroj na klasifikáciu NCBI. Bio Rxiv. (Prístup 1. júna 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Cena, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 - približný strom maximálnej pravdepodobnosti s veľkým zarovnaním. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Prístup 1. júna 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Výskum nukleových kyselín. 28, 27-30 (2000).
Česká republika, L. atď. Úloha extremolytov ektoínu a hydroxyektoínu ako ochrancov stresu a živín: genetika, systémová genomika, biochémia a štrukturálna analýza. Gene (Bazilej). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferenciálna expresia proteínov počas rastu obligátnej baktérie Thalassolituus oleivorans MIL-1 degradujúcej morské uhľovodíky počas rastu alkánov so stredným a dlhým reťazcom. vpredu. mikroorganizmus. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. a Jurkevitch, E. Nová komparatívna genomická metóda na definovanie fenotypovo špecifických ukazovateľov odhaľuje špecifickú dedičnosť v značke predátorských baktérií. Verejná vedecká knižnica 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM atď. gén Thalassolituus oleivorans. November, sp. nov., nový druh morských baktérií, ktorý sa špecializuje na používanie uhľovodíkov. medzinárodnosť. J. System. evolúcie. mikroorganizmus. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. November, sp. V novembri sa oddelila od morskej vody cirkulujúcej v južnom Pacifiku. medzinárodnosť. J. System. evolúcie. mikroorganizmus. 66, 5010 – 5015 (2016).