Novo vrsto po Gramu negativnih, aerobnih, na sol tolerantnih, aktivnih, paličastih in plenilskih bakterij ASxL5T so izolirali iz ribnika s kravjimi gnoji v Nottinghamshiru v Angliji in za svoj plen uporabili Campylobacter. Pozneje so bile kot plen odkrite druge vrste Campylobacter in člani družine Enterobacteriaceae. Po subkulturi brez gostiteljskih celic je bila na agarju Brain Heart Infusion Agar dosežena šibka aseptična rast. Optimalni pogoji za rast so 37 °C in pH 7. Transmisijska elektronska mikroskopija je razkrila nekaj zelo nenavadnih morfoloških značilnosti, povezanih z razpoložljivostjo plena. Filogenetska analiza z uporabo zaporedja gena 16S rRNA je pokazala, da je izolat povezan s članom družine Marine Spirulina, vendar ga ni mogoče jasno razvrstiti kot člana katerega koli znanega rodu. Sekvenciranje celotnega genoma ASxL5T je potrdilo razmerje s člani morskih spirohet. Iskanje po bazi podatkov je razkrilo, da si več ASxL5T deli genske sekvence 16S rRNA z več nekulturnimi bakterijami iz oceana, kopenske površine in podtalnice. Predlagamo, da sev ASxL5T predstavlja novo vrsto v novem rodu. Priporočamo ime Venatorbacter cucullus gen. november, sp. Novembra je bil kot tipski sev uporabljen ASxL5T.
Plenilske bakterije so bakterije, ki kažejo sposobnost lovljenja in ubijanja drugih živih bakterij za pridobivanje biosintetičnih materialov in energije. To se razlikuje od splošnega pridobivanja hranil iz mrtvih mikroorganizmov in se razlikuje tudi od parazitskih interakcij, pri katerih bakterije vzpostavijo tesen odnos s svojim gostiteljem, ne da bi ga ubile. Plenilske bakterije so razvile različne življenjske cikle, da bi izkoristile obilne vire hrane v nišah, kjer jih najdemo (kot so morski habitati). So taksonomsko raznolika skupina, ki jo povezuje le njihov edinstven življenjski cikel sterilizacije1. Primeri plenilskih bakterij so bili najdeni v več različnih vrstah, vključno z: Proteobacteria, Bacteroides in Chlorella.3. Vendar pa so najbolj dobro raziskane plenilske bakterije Bdellovibrio in Bdellovibrio in podobni organizmi (BALOs4). Predatorske bakterije so obetaven vir novih biološko aktivnih spojin in protibakterijskih učinkovin5.
Predatorske bakterije naj bi povečale mikrobno raznolikost in pozitivno vplivale na zdravje, produktivnost in stabilnost ekosistema6. Kljub tem pozitivnim lastnostim je malo študij o novih plenilskih bakterijah zaradi težav pri gojenju bakterij in potrebe po skrbnem opazovanju celičnih interakcij, da bi razumeli njihove kompleksne življenjske cikle. Te informacije ni lahko pridobiti z računalniško analizo.
V dobi vse večje protimikrobne odpornosti se preučujejo nove strategije za ciljanje na bakterijske patogene, kot je uporaba bakteriofagov in plenilskih bakterij7,8. Bakterije ASxL5T so bile izolirane leta 2019 s tehnologijo izolacije fagov iz kravjih iztrebkov, zbranih v Mlečnem centru Univerze v Nottinghamu v Nottinghamshiru. Namen preiskave je izolacija organizmov, ki bi lahko bili biološki zatiralci. Campylobacter hyointestinalis je zoonotski patogen, ki ga vse pogosteje povezujejo s črevesnimi boleznimi človeka10. V serumu je vseprisoten in se uporablja kot ciljni gostitelj.
Bakterijo ASxL5T so izolirali iz govejega želeja, ker so opazili, da so plaki, ki jih tvori na travniku C. hyointestinalis, podobni tistim, ki jih proizvajajo bakteriofagi. To je nepričakovana ugotovitev, saj del procesa izolacije faga vključuje filtriranje skozi 0,2 µm filter, ki je namenjen odstranjevanju bakterijskih celic. Mikroskopski pregled materiala, ekstrahiranega iz plaka, je pokazal, da majhne gramnegativne ukrivljene paličaste bakterije niso kopičile polihidroksibutirata (PHB). Aseptična kultura, neodvisna od plenskih celic, se realizira na bogatem trdnem mediju (kot je agar za možgansko srčno infuzijo (BHI) in krvni agar (BA)), njena rast pa je šibka. Pridobiva se po subkulturi s težkim izboljšanjem inokuluma. Enako dobro raste v mikroaerobnih (7% v/v kisika) in atmosferskih kisikovih pogojih, vendar ne v anaerobni atmosferi. Po 72 urah je bil premer kolonije zelo majhen, dosegel je 2 mm, in je bila bež, prosojna, okrogla, konveksna in sijoča. Standardno biokemično testiranje je oteženo, ker ASxL5T ni mogoče zanesljivo gojiti v tekočem mediju, kar nakazuje, da se lahko zanaša na zapleten življenjski cikel tvorbe biofilma. Vendar pa je suspenzija plošče pokazala, da je ASxL5T aeroben, pozitiven na oksidazo in katalazo ter lahko prenaša 5 % NaCl. ASxL5T je odporen na 10 µg streptomicina, vendar je občutljiv na vse druge testirane antibiotike. Bakterijske celice ASxL5T smo pregledali s TEM (slika 1). Ko gojijo brez celic plena na BA, so celice ASxL5T majhne bakterije Campylobacter, s povprečno dolžino 1,63 μm (± 0,4), širino 0,37 μm (± 0,08) in enim dolgim ​​(do 5 μm) polom. Spolni bički. Zdi se, da ima približno 1,6 % celic širino manjšo od 0,2 μm, kar bo omogočilo prehod skozi filtrirno napravo. Na vrhu nekaterih celic so opazili nenavaden strukturni podaljšek, podoben oklepu (latinsko cucullus) (glej puščice v 1D, E, G). Zdi se, da je sestavljena iz odvečne zunanje membrane, kar je lahko posledica hitrega zmanjšanja velikosti periplazmatske ovojnice, medtem ko zunanja membrana ostane nedotaknjena in kaže "ohlapen" videz. Gojenje ASxL5T v odsotnosti hranil (v PBS) dolgo časa pri 4 °C je povzročilo, da je večina (vendar ne vse) celic pokazala kokalno morfologijo (slika 1C). Ko ASxL5T raste s Campylobacter jejuni kot plenom 48 ur, je povprečna velikost celice bistveno daljša in ožja od celic, ki rastejo brez gostitelja (tabela 1 in slika 1E). V nasprotju s tem, ko ASxL5T raste z E. coli kot plenom 48 ur, je povprečna velikost celice daljša in širša kot če raste brez plena (tabela 1), dolžina celice pa je spremenljiva, običajno kaže nitasto (slika 1F). Ko so bile 48 ur inkubirane s Campylobacter jejuni ali E. coli kot plenom, celice ASxL5T sploh niso pokazale bičkov. Tabela 1 povzema opazovanja sprememb velikosti celic na podlagi prisotnosti, odsotnosti in vrste plena ASxL5T.
TEM prikaz ASx5LT: (A) ASx5LT prikazuje dolg bič; (B) tipična baterija ASx5LT; (C) celice kokijev ASx5LT po dolgi inkubaciji brez hranil; (D) skupina celic ASx5LT kaže nenormalnost (E) Skupina celic ASx5LT, inkubirana s plenom Campylobacter, je pokazala povečano dolžino celic v primerjavi s tistimi brez rasti plena (D) je pokazala tudi apikalno strukturo; (F) Veliki nitasti bički, celice ASx5LT, po inkubaciji s plenom E. coli; (G) Ena celica ASx5LT po inkubaciji z E. coli, ki kaže nenavadno zgornjo strukturo. Stolpec predstavlja 1 μm.
Določanje zaporedja gena 16S rRNA (pristopna številka MT636545.1) omogoča iskanja v bazi podatkov, da se ugotovijo zaporedja, podobna tistim v razredu Gammaproteobacteria, in so najbližje morskim bakterijam iz družine morskih spiril (slika 2) in so člani rodu Thalassolituus Najbližji sorodnik morskega bacila. Zaporedje gena 16S rRNA se jasno razlikuje od plenilskih bakterij, ki pripadajo družini Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Parne primerjave B. bacteriovorus HD100T (tipski sev, DSM 50701) in B. bacteriovorus DM11A so bile 48,4 % in 47,7 %, za B. exovorus JSS pa 46,7 %. Bakterije ASxL5T imajo 3 kopije gena 16S rRNA, od katerih sta dve med seboj enaki, tretja pa je oddaljena 3 baze. Dva druga plenilska bakterijska izolata (ASx5S in ASx5O; pristopni številki gena 16S rRNA sta MT636546.1 oziroma MT636547.1) s podobnimi morfološkimi in fenotipskimi značilnostmi z iste lokacije nista enaka, vendar se razlikujeta od ASxL5T in nekultivirane bakterije zaporedja baze podatkov so združena skupaj z drugimi rodovi v Oceanospirillaceae (slika 2). Celotno zaporedje genoma ASxL5T je bilo določeno in shranjeno v bazi podatkov NCBI, pristopna številka pa je CP046056. Genom ASxL5T je sestavljen iz krožnega kromosoma 2.831.152 bp z razmerjem G + C 56,1 %. Zaporedje genoma vsebuje 2653 CDS (skupaj), od katerih naj bi 2567 kodiralo proteine, od katerih jih je 1596 mogoče dodeliti domnevnim funkcijam (60,2 %). Genom vsebuje 67 genov, ki kodirajo RNA, vključno z 9 rRNA (po 3 za 5S, 16S in 23S) in 57 tRNA. Genomske značilnosti ASxL5T smo primerjali z razpoložljivimi genomi sevov najbližjega sorodnega tipa, identificiranega iz zaporedja gena 16S rRNA (tabela 2). Uporabite identifikacijo aminokislin (AAI), da primerjate vse razpoložljive genome Thalassolituus z ASxL5T. Najbližje razpoložljivo (nepopolno) zaporedje genoma, ki ga je določil AAI, je Thalassolituus sp. C2-1 (dodaj NZ_VNIL01000001). Ta sev je bil izoliran iz globokomorskih sedimentov Marianskega jarka, vendar trenutno ni nobenih fenotipskih podatkov o tem sevu za primerjavo. V primerjavi z 2,82 Mb ASxL5T je genom organizma večji s 4,36 Mb. Povprečna velikost genoma morskih spirohet je približno 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 popolnih referenčnih genomov, raziskanih na https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), tako da je genom ASxL5T v skladu z vrstni red V primerjavi z drugimi člani je precej majhen. Uporabite GToTree 1.5.54 za ustvarjanje ocenjenega filogenetskega drevesa največje verjetnosti, ki temelji na genomu (slika 3A), z uporabo poravnanih in povezanih aminokislinskih zaporedij 172 genov z eno kopijo, specifičnih za gamaproteobakterije 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Analiza je pokazala, da je tesno povezan s Thalassolituusom, Bacterial Plane in Marine Bacterium. Vendar pa ti podatki kažejo, da je ASxL5T drugačen od svojih sorodnikov v morski spirulini in da so na voljo podatki o zaporedju njegovega genoma.
Filogenetsko drevo, ki uporablja gensko zaporedje 16S rRNA, poudarja položaj sevov ASxL5T, ASxO5 in ASxS5 (z drobovjem) glede na nekultivirane in morske bakterijske seve v morskih Spirulinaceae. Imenu seva v oklepaju sledi pristopna številka Genbank. Uporabite ClustalW za poravnavo zaporedij in uporabite metodo največje verjetnosti in model Tamura-Nei za sklepanje o filogenetskih odnosih ter izvedite 1000 vodenih replikacij v programu MEGA X. Številka na veji pomeni, da je vrednost vodene kopije večja od 50 %. Escherichia coli U/541T je bila uporabljena kot zunanja skupina.
(A) Filogenetsko drevo na podlagi genoma, ki prikazuje odnos med morsko bakterijo Spirospiraceae ASxL5T in njenimi bližnjimi sorodniki, E. coli U 5/41T kot stransko skupino. (B) V primerjavi s T. oleivorans MIL-1T je porazdelitev genov po funkcionalni kategoriji predvidena na podlagi skupine ortologne skupine (COG) proteina ASx5LT. Slika na levi prikazuje število genov v vsaki funkcionalni kategoriji COG v vsakem genomu. Graf na desni prikazuje odstotek genomov v vsaki funkcionalni skupini COG. (C) V primerjavi s T. oleiverans MIL-1T, analiza celotne modularne poti KEGG (Kjotska enciklopedija genov in genomov) ASxL5T.
Uporaba podatkovne baze KEGG za preučevanje komponent genov, prisotnih v genomu ASxL5T, je razkrila tipično presnovno pot aerobnega gama Proteusa. ASxL5T vsebuje skupaj 75 genov, dodeljenih bakterijskim motoričnim proteinom, vključno z geni, ki sodelujejo pri kemotaksiji, sestavljanju bičkov in sistemu fimbrij tipa IV. V zadnji kategoriji je 9 od 10 genov odgovornih za trzanje gibanja vrste drugih organizmov. Genom ASxL5T vsebuje popolno biosintetično pot tetrahidropirimidina, ki sodeluje pri zaščitnem odzivu na osmotski stres20, kot je pričakovano za halofile. Genom vsebuje tudi veliko popolnih poti za kofaktorje in vitamine, vključno s potmi sinteze riboflavina. Čeprav je gen alkan 1-monooksigenaze (alkB2) prisoten v ASxL5T, pot izkoriščanja ogljikovodikov ni dokončana. V zaporedju genoma ASxL5T so očitno odsotni homologi genov, ki so bili identificirani kot glavni odgovorni za razgradnjo ogljikovodikov v T. oleiverans MIL-1T21, kot sta TOL_2658 (alkB) in TOL_2772 (alkohol dehidrogenaza). Slika 3B prikazuje primerjavo porazdelitve genov v kategoriji COG med ASxL5T in oljčnim oljem MIL-1T. Na splošno manjši genom ASxL5T vsebuje sorazmerno manj genov iz vsake kategorije COG v primerjavi z večjim sorodnim genomom. Ko je število genov v vsaki funkcionalni kategoriji izraženo kot odstotek genoma, se opazijo razlike v odstotku genov v kategorijah prevajanja, ribosomske strukture in biogeneze ter v kategorijah funkcij proizvodnje in pretvorbe energije, ki sestavljajo večji ASxL5T genom Odstotek se primerja z isto skupino, prisotno v genomu T. oleiverans MIL-1T. Nasprotno pa ima T. oleivorans MIL-1T v primerjavi z genomom ASxL5T višji odstotek genov v kategorijah replikacije, rekombinacije in popravljanja ter transkripcije. Zanimivo je, da je največja razlika v vsebini vsake funkcionalne kategorije obeh genomov število neznanih genov, prisotnih v ASxL5T (slika 3B). Izvedena je bila obogatitvena analiza modulov KEGG, kjer vsak modul KEGG predstavlja nabor ročno določenih funkcionalnih enot za označevanje in biološko interpretacijo podatkov zaporedja genoma. Primerjava porazdelitve genov v celotni poti modula KOG ASxL5T in olivnega MIL-1T je prikazana na sliki 3C. Ta analiza kaže, da čeprav ima ASxL5T popolno presnovno pot žvepla in dušika, T. oleiverans MIL-1T nima. V nasprotju s tem ima T. oleiverans MIL-1T popolno presnovno pot cisteina in metionina, vendar je pri ASxL5T nepopolna. Zato ima ASxL5T značilen modul za asimilacijo sulfata (opredeljen kot niz genov, ki se lahko uporabljajo kot fenotipski označevalci, kot je presnovna zmogljivost ali patogenost; https://www.genome.jp/kegg/module.html) v T oleiveran MIL-1T. Primerjava vsebnosti genov ASxL5T s seznamom genov, ki kažejo na plenilski način življenja, ni prepričljiva. Čeprav je gen waaL, ki kodira ligazo, povezano s polisaharidom antigena O do jedra, prisoten v genomu ASxL5T (vendar je pogost pri mnogih po Gramu negativnih bakterijah), lahko geni triptofan 2,3-dioksigenaze (TDO) vključujejo 60 amino kisle regije, ki jih običajno najdemo v plenilskih bakterijah, ki niso prisotne. V genomu ASxL5T ni drugih plenilskih značilnih genov, vključno s tistimi, ki kodirajo encime, vključene v biosintezo izoprenoida v mevalonatni poti. Upoštevajte, da v pregledani skupini plenilcev ni regulacijskega gena za transkripcijo gntR, vendar je mogoče v ASxL5T prepoznati tri gene, podobne gntR.
Fenotipske značilnosti ASxL5T so povzete v tabeli 3 in primerjane s fenotipskimi značilnostmi sorodnih rodov 23, 24, 25, 26 in 27, ki so navedeni v literaturi. Izolati T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis in Oceanobacter kriegii so aktivna, na sol tolerantna, na oksidazo pozitivna paličasta telesa, vendar nimajo skoraj nobenih drugih fenotipskih značilnosti z ASxL5T. Povprečni pH oceana je 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), kar se odraža pri T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis in O. kriegii. ASxL5T je primeren za širše območje pH (4-9), značilno za nemorske vrste. Fenotipske značilnosti Thalassolituus sp. C2-1. Neznano. Temperaturno območje rasti ASxL5T je na splošno širše kot pri morskih sevih (4–42 °C), čeprav so nekateri, a ne vsi izolati T. marinus, odporni na vročino. Nezmožnost gojenja ASxL5T v gojiščih za juho je preprečila nadaljnjo fenotipsko karakterizacijo. Uporabite API 20E za testiranje materialov, postrganih s plošče BA, ONPG, arginin dihidrolaze, lizin dekarboksilaze, ornitin dekarboksilaze, uporabe citrata, ureaze, triptofan deaminaze, encima za hidrolizo želatine, vsi rezultati testa so bili negativni, vendar brez indola, acetoina in H2S so bili proizvedeni. Nefermentirani ogljikovi hidrati so: glukoza, manoza, inozitol, sorbitol, ramnoza, saharoza, melibioza, amigdalin in arabinoza. V primerjavi z objavljenimi sorodnimi referenčnimi sevi je profil celičnih maščobnih kislin seva ASxL5T prikazan v tabeli 4. Glavne celične maščobne kisline so C16:1ω6c in/ali C16:1ω7c, C16:0 in C18:1ω9. Obstajata tudi hidroksi maščobni kislini C12:0 3-OH in C10:0 3-OH. Razmerje C16:0 v ASxL5T je višje od navedene vrednosti sorodnih rodov. Nasprotno pa je v primerjavi s prijavljenim T. marinus IMCC1826TT razmerje C18:1ω7c in/ali C18:1ω6c v ASxL5T zmanjšano. oleivorans MIL-1T in O. kriegii DSM 6294T, vendar ni bilo odkrito pri B. sanyensis KCTC 32220T. Primerjava profilov maščobnih kislin ASxL5T in ASxLS je pokazala subtilne razlike v količini posameznih maščobnih kislin med obema sevoma, ki so skladne z zaporedjem genomske DNA iste vrste. S sudanskim črnim testom niso bili odkriti nobeni delci poli-3-hidroksibutirata (PHB).
Plenilsko aktivnost bakterij ASxL5T so preučevali, da bi določili obseg plena. Ta bakterija lahko tvori plake na vrstah Campylobacter, vključno z: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 in C. upsaliensis NCTC 11541T. Uporabite kulture, navedene v razdelku metode za določanje obsega gostiteljev, da testirate širši nabor gram-negativnih in gram-pozitivnih bakterij. Rezultati kažejo, da se ASxL5T lahko uporablja tudi pri Escherichia coli NCTC 86 in Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaki so nastali na Klebsiella oxytoca 11466. Interakcija TEM z E. coli NCTC 86 je prikazana na sliki 4A-D, interakcija s Campylobacter jejuni PT14 in Campylobacter suis S12 pa je prikazana na sliki 4E-H na sredini. Zdi se, da se mehanizem napada razlikuje med testiranimi vrstami plena, pri čemer je ena ali več celic E. coli pritrjenih na vsako celico ASxL5T in nameščenih bočno vzdolž razširjene celice pred adsorpcijo. V nasprotju s tem se zdi, da se ASxL5T veže na Campylobacter prek ene same kontaktne točke, običajno v stiku z vrhom celice plenilca in blizu vrha celice Campylobacter (slika 4H).
TEM, ki prikazuje interakcijo med ASx5LT in plenom: (AD) in plenom E. coli; (EH) in plen C. jejuni. (A) Tipična celica ASx5LT, povezana z eno celico E. coli (EC); (B) nitasti ASx5LT, pritrjen na eno celico EC; (C) nitasta celica ASx5LT, povezana z več celicami EC; (D) Pritrditev manjših celic ASx5LT na posamezno celico E. coli (EC); (E) ena sama celica ASx5LT, povezana s celico Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT napade celice C. hyointestinalis (CH); (G) dve Ena celica ASx5LT je napadla celico CJ; (H) Pogled od blizu na pritrdilno točko ASx5LT, blizu vrha celice CJ (bar 0,2 μm). Vrstica predstavlja 1 μm v (A–G).
Plenilske bakterije so se razvile tako, da izkoriščajo bogate vire plena. Očitno so široko prisotni v številnih različnih okoljih. Zaradi majhne velikosti članov populacije je možno bakterijo ASxL5T izolirati iz gnojevke z metodo ločevanja fagov. Genomski pomen ASxL5T za člane družine oceanospirillaceae morskih bakterij je presenetljiv, čeprav je organizem toleranten na sol in lahko raste na mediju, ki vsebuje 5% soli. Analiza kakovosti vode v gnojevki je pokazala, da je vsebnost natrijevega klorida nižja od 0,1 %. Zato je blato daleč stran od morskega okolja – tako geografsko kot kemično. Prisotnost treh povezanih, a različnih izolatov iz istega vira dokazuje, da ti plenilci uspevajo v tem nemorskem okolju. Poleg tega je analiza mikrobioma (datoteke s podatki, ki so na voljo na https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) pokazala, da se isto zaporedje genov 16S rRNA nahaja v top 50 najpogostejših operativnih taksonih (OTU ) V nekaj intervalih vzorčenja blata. V podatkovni bazi Genbank je bilo najdenih več nekultiviranih bakterij, ki imajo genske sekvence 16S rRNA, podobne bakterijam ASxL5T. Zdi se, da ta zaporedja skupaj z zaporedji ASxL5T, ASxS5 in ASxO5 predstavljajo različne klade, ločene od Thalassolituus in Oceanobacter (slika 2). Tri vrste nekulturnih bakterij (GQ921362, GQ921357 in GQ921396) so bile leta 2009 izolirane iz razpokane vode na globini 1,3 kilometra v južnoafriškem rudniku zlata, drugi dve (DQ256320 in DQ337006) pa iz podtalnice (prav tako v Južni Afriki). leta 2005). Gensko zaporedje 16S rRNA, ki je najbolj povezano z ASxL5T, je del genskega zaporedja 16S rRNA, pridobljenega iz obogatitvene kulture peščenih usedlin, pridobljenih s plaž severne Francije leta 2006 (pristopna številka AM29240828). Drugo tesno povezano gensko zaporedje 16S rRNA iz nekultivirane bakterije HQ183822.1 je bilo pridobljeno iz zbirne posode, ki je bila izlužena z mestnega odlagališča na Kitajskem. Očitno je, da bakterije ASxL5T niso zelo reprezentativne v taksonomskih bazah podatkov, vendar ta zaporedja iz nekultiviranih bakterij verjetno predstavljajo organizme, podobne ASxL5T, ki so razširjeni po vsem svetu, običajno v zahtevnih okoljih. Iz filogenetske analize celotnega genoma je najbližji sorodnik ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. In O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus je član morskih obveznih bakterij za fragmentacijo ogljikovodikov (OHCB), ki je zelo razširjena v morskih in kopenskih okoljih in običajno postane prevladujoča po incidentih z onesnaženjem z ogljikovodiki 30,31. Morske bakterije niso članice skupine OHCB, ampak so izolirane iz morskega okolja.
Fenotipski podatki kažejo, da je ASxL5T nova vrsta in član prej nepriznanega rodu v družini morskih spirospiraceae. Trenutno ni jasnega standarda za razvrščanje na novo izoliranih sevov v nov rod. Poskusili so določiti univerzalne meje rodov, na primer glede na odstotek genoma konzervativnega proteina (POCP) je priporočljivo, da je mejna vrednost 50 % enaka referenčnemu sevu33. Drugi predlagajo uporabo vrednosti AAI, ki imajo prednosti pred POCP, ker jih je mogoče pridobiti iz nepopolnih genomov34. Avtor meni, da če je vrednost AAI manjša od 74 % v primerjavi z modelnim sevom modelne vrste, je sev predstavnik drugega rodu. Modelni rod v morskih spirillaceae je marine spirillum, modelni sev pa je O. linum ATCC 11336T. Vrednost AAI med ASxL5T in O. linum ATCC 11336T je 54,34 %, vrednost AAI med ASxL5T in T. oleivorans MIL-1T (sevi vrste rodu) pa 67,61 %, kar kaže, da ASxL5T predstavlja nov rod, ki se razlikuje od Thalassolituus. Z uporabo zaporedja gena 16S rRNA kot klasifikacijskega standarda je predlagana meja rodovne razmejitve 94,5 %35. ASxL5T lahko uvrstimo v rod Thalassolituus, ki kaže 95,03 % identičnost zaporedja 16S rRNA s T. oleivorans MIL-1T in 96,17 %. marinus IMCC1826T. Vendar pa bo uvrščen tudi v rod Bacteroides, ki ima 94,64-odstotno identičnost gena 16S rRNA z B. sanyensis NV9, kar kaže, da lahko uporaba enega samega gena, kot je gen 16S rRNA, povzroči poljubno razvrščanje in dodelitev. Druga predlagana metoda uporablja ANI in rezultat poravnave genoma (AF) za preučevanje združevanja podatkovnih točk iz vseh tipov in netipskih sevov obstoječih rodov. Avtor priporoča kombinacijo rodovne meje z prevojno točko ocenjenega rodu, ki je značilen za analizirane taksone. Če pa ni dovolj popolnih zaporedij genoma iz izolatov Thalassolituus, je s to metodo nemogoče ugotoviti, ali ASxL5T pripada rodu Thalassolituus. Zaradi omejene razpoložljivosti popolnih zaporedij genoma za analizo je treba celotno filogenetsko drevo genoma razlagati previdno. Drugič, metode primerjave celotnega genoma ne morejo pojasniti bistvenih razlik v velikosti primerjanih genomov. Izmerili so podobnost ohranjenih jedrnih genov z eno kopijo med sorodnimi rodovi, vendar niso upoštevali velikega števila genov, ki niso prisotni v veliko manjšem genomu ASxL5T. Očitno imajo ASxL5T in skupine, vključno s Thalassolituus, Oceanobacter in Bacterioplanes, skupnega prednika, vendar je evolucija ubrala drugačno pot, kar je vodilo do zmanjšanja genoma, kar je morda prilagoditev na plenilski način življenja. To je v nasprotju s T. oleivorans MIL-1T, ki je 28 % večji in se je razvil pod različnimi okoljskimi pritiski za uporabo ogljikovodikov 23,30. Zanimivo primerjavo lahko naredimo z obligatnimi intracelularnimi paraziti in simbionti, kot so Rickettsia, Chlamydia in Buchnera. Njihov genom je velik približno 1 Mb. Sposobnost uporabe metabolitov gostiteljskih celic vodi do izgube genov, zato je bil podvržen pomembni evolucijski genomski degradaciji. Evolucijske spremembe od morskih kemičnih hranilnih organizmov do plenilskega načina življenja lahko povzročijo podobno zmanjšanje velikosti genoma. Analiza COG in KEGG poudarjata število genov, ki se uporabljajo za posebne funkcije, in globalne razlike v genomskih poteh med ASxL5T in T. oleivorans MIL-1T, ki niso posledica široke razpoložljivosti mobilnih genetskih elementov. Razlika v razmerju G + C celotnega genoma ASxL5T je 56,1 %, T. oleivorans MIL-1T pa 46,6 %, kar prav tako kaže, da je segregiran.
Preiskava kodirne vsebine genoma ASxL5T zagotavlja funkcionalne vpoglede v fenotipske značilnosti. Prisotnost genov, ki kodirajo fimbrije tipa IV (Tfp), je še posebej zanimiva, ker spodbujajo gibanje celic, imenovano socialno drsenje ali konvulzije, brez bičkov na površini. Glede na poročila ima Tfp druge funkcije, vključno s plenjenjem, patogenezo, tvorbo biofilma, naravnim prevzemom DNA, samodejnim združevanjem in razvojem celic38. Genom ASxL5T vsebuje 18 genov, ki kodirajo digvanilat ciklazo (encim, ki katalizira pretvorbo 2-gvanozin trifosfata v gvanozin 2 fosfat in ciklični diGMP), in 6 genov, ki kodirajo ustrezen diguanilat ciklazo fosfat digvanilat. Gen za esterazo (ki katalizira razgradnjo cikličnega di-GMP v gvanozin monofosfat) je zanimiv, ker je cikl-di-GMP pomemben sekundarni posrednik, ki sodeluje pri razvoju in ločevanju biofilma, gibanju, pritrjevanju celic in virulenci 39, 40 v procesu. Opozoriti je treba tudi, da se je pri Bdellovibrio bacteriovorus pokazalo, da ciklični dvojni GMP nadzira prehod med prostim življenjem in plenilskim načinom življenja41.
Večina raziskav plenilskih bakterij se je osredotočila na Bdellovibrio, Bdellovibrio podobne organizme in vrste Myxococcus. Ti in drugi znani primeri plenilskih bakterij tvorijo raznoliko skupino. Kljub tej raznolikosti je bil identificiran niz značilnih beljakovinskih družin, ki odražajo fenotipe 11 znanih plenilskih bakterij3,22. Vendar so bili identificirani le geni, ki kodirajo O antigen ligazo (waaL), kar je še posebej pogosto pri gramnegativnih bakterijah. Ta oblika analize ni v pomoč pri označevanju ASxL5T kot plenilca, verjetno zato, ker uporablja novo strategijo napada. Razpoložljivost bolj raznolikih plenilskih bakterijskih genomov bo pomagala razviti analize natančnejše ločljivosti, ki bodo upoštevale dokaze o funkcionalnih in okoljskih razlikah med člani skupine. Primeri plenilskih bakterij, ki niso vključene v to analizo, vključujejo člane Cupriavidus necator42 in Bradymonabacteria43, ker raziskovalci preiskujejo različne mikrobne skupnosti, ugotavljajo več plenilskih taksonov.
Najpomembnejša značilnost bakterij ASxL5T, posnetih s sliko TEM, je njena edinstvena in prilagodljiva morfologija, ki lahko spodbuja interakcijo z bakterijami plena. Opažena vrsta interakcije se razlikuje od drugih plenilskih bakterij in ni bila prej odkrita ali o njej poročali. Predlagani plenilski življenjski cikel ASxL5T je prikazan na sliki 5. V literaturi je malo primerov s podobnimi apikalnimi strukturami, kot jih poročamo tukaj, vendar ti primeri vključujejo Terasakiispira papahanaumokuakeensis, morsko bakterijo spirillum z občasnim povečanjem vrha 44, in Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , ki je prej pripadal rodu Oceanospirillum, ki prikazuje tako imenovani "polarni film" 45. V starejših kulturah so pogosto opažene oblike kokijev, zlasti pri bakterijah z ukrivljenimi oblikami, kot so Vibrio, Campylobacter in Helicobacter 46, 47, 48, ki lahko predstavljajo degradirano stanje. Za razjasnitev natančnega življenjskega cikla bakterij ASxL5T je potrebno nadaljnje delo. Ugotoviti, kako lovi in ​​pleni ter ali njegov genom kodira biološko aktivne spojine, ki se lahko uporabljajo v medicinske ali biotehnološke namene.
Opis Venatorbacter gen. november Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. je sestavljen iz venatorjev iz L. n. venator, 'lovec' in gr. n. bacter, 'palica'. Venatorbacter, 'lovska palica' Celice so aerobne, ukrivljene po Gramu, aktivnost katalaze in oksidaze se ne kopiči Temperaturno območje od 4 do 42 °C. Razpon pH od 4 do 9 je nenavaden za kisle maščobne kisline C16:1ω7c. C18:1ω9; C12:0 3-OH in C10:0 3-OH najdemo kot hidroksi maščobne kisline ne rastejo v gojiščih.. Vsebnost DNA G + C je odporna na Campylobacter. Filogenetski položaj tega rodu je v družini.
Opis Venatorbacter cucullus sp. november Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus pomeni plašč).
Poleg tega je opisna značilnost tega rodu, da so celice pri gojenju na BA ali BHI dolge 1,63 µm in široke 0,37 µm. Kolonije na agarju BHI so zelo majhne in po 72 urah dosežejo premer 2 mm. So bež, prosojni, okrogli, izbočeni in sijoči. Pripadniki te vrste lahko uporabljajo Escherichia coli in Klebsiella. Campylobacter in številne druge gramnegativne bakterije služijo kot plen.
Tipičen sev ASxL5T je bil izoliran iz govejega mleka v Nottinghamshiru v Združenem kraljestvu in deponiran v nacionalni zbirki tipskih kultur (UK): pristopna številka NCTC 14397 in nizozemska zbirka bakterijskih kultur (NCCB) pristopna številka NCCB 100775. Celotno zaporedje genoma ASxL5T je deponiran v Genbank po dodatku CP046056.
Bakterije ASxL5T so bile izolirane iz govejega mleka s tehnologijo izolacije fagov9,49. Zmes smo razredčili 1:9 (m/v) v pufru SM (50 mM Tris-HCl [pH 7,5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O in 0,01 % želatine; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), nato inkubiramo pri 4 °C 24 ur, počasi vrtite, da eluirate plenilci v tampon. Suspenzijo centrifugiramo pri 3000 g 3 minute. Supernatant smo zbrali in centrifugirali pri 13.000 g drugič 5 minut. Supernatant smo nato spustili skozi 0,45 µm membranski filter (Minisart; Sartorius, Gottingen, Nemčija) in 0,2 µm membranski filter (Minisart), da smo odstranili vse preostale bakterijske celice. ASxL5T lahko prenese te filtre. Z uporabo standardnih tehnik smo pripravili mehko agarsko trato Campylobacter enterosus S12 (pristopna številka NCBI CP040464) iz iste gnojevke. Filtrirano brozgo smo porazdelili na vsako od teh plošč gostiteljskih celic v kapljicah po 10 µl v treh izvodih in pustili, da se posuši. Ploščo smo inkubirali v mikroaerofilnem rezervoarju pri 37 °C 48 ur v mikroaerobnih pogojih (5 % O2, 5 % H2, 10 % CO2 in 80 % N2). Dobljeni vidni plak smo ekstrahirali v pufer SM in prenesli na svežo trato C. hyointestinalis S12 za nadaljnje razmnoževanje liziranih organizmov. Ko je ugotovljeno, da so bakterije vzrok za litični plak in ne fag, poskusite vzgojiti organizem neodvisno od gostitelja in ga dodatno karakterizirati. Aerobno kulturo smo izvedli pri 37 °C s 5 % v/v defibrinirane konjske krvi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, dodatek). V skladu s smernicami Nacionalnega odbora za klinične standarde se za testiranje občutljivosti proti bakterijam uporablja metoda disk difuzije. BHI agar smo gojili pri 37 °C z uporabo diska, ki je vseboval naslednje antibiotike (Oxoid) za aerobno kulturo: amoksicilin in klavulanska kislina 30 µg; cefotaksim 30 µg; streptomicin 10 µg; ciprofloksacin 5 µg; Ceftazidim 30 µg Nalidiksična kislina 30 µg; Imipenem 10 µg; azitromicin 15 µg; kloramfenikol 30 µg; cefoksitin 30 µg; Tetraciklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; aztreonam 30 µg; ampicilin 10 µg; cefpodoksim 10 µg; Trimetoprim-sulfametoksazol 25 µg. Toleranco na sol smo ugotovili z aerobno inkubacijo na BHI agar ploščah pri 37 °C. Dodaten NaCl je bil dodan BHI agar ploščam, da se zagotovi območje koncentracije do 10 % w/v. Razpon pH se določi z aerobno kulturo na ploščah z agarjem BHI pri 37 °C, kjer je bilo območje pH nastavljeno na med 4 in 9 s sterilno HCl ali sterilno NaOH, ciljna vrednost pH pa se preveri pred prelivanjem plošče. Za analizo celične maščobne kisline smo ASxL5T gojili na agarju BHI 3 dni in aerobno pri 37 °C. V skladu s standardnim protokolom MIDI (Sherlock Microbial Identification System, različica 6.10) FERA Science Ltd, (York, Združeno kraljestvo) smo ekstrahirali, pripravili in analizirali celične maščobne kisline.
Za TEM smo ASxL5T gojili aerobno z enakomernim širjenjem na BA pri 37 °C 24 ur in nato pobrali v 1 ml 3 % (v/v) glutaraldehida v 0,1 M kakodilatnem pufru pri sobni temperaturi. Fiksirajte 1 uro, nato centrifugirajte pri 10.000 g 3 minute. Nato peleto nežno resuspendirajte v 600 μl 0,1 M kakodilatnega pufra. Fiksno suspenzijo ASxL5T prenesite na Formvar/karbonsko folijo na bakreni mreži 200 mesh. Bakterije smo 1 minuto obarvali z 0,5 % (m/v) uranil acetatom in pregledali s TEM z uporabo mikroskopa TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Kot je navedeno zgoraj, združite enako število plena in plenilca v brozgi NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) in inkubirajte 48 ur v mikroaerobnih pogojih Campylobacter ali Campylobacter pri 37 °C, Interakcija plenilca in plena je bil pregledan tudi s TEM. Aerobni pogoji za Escherichia coli. Neodvisno preglejte plen in plenilske bakterije, da ugotovite morebitne spremembe morfologije celic zaradi plenjenja. Sudanska črna metoda je bila uporabljena za optično mikroskopijo kopičenja PHB.
Gojite kulture ASxL5T čez noč tako, da s sterilnim tamponom razmažete rast na ploščah BHI ali BA. Zberite celice ASxL5T in jih suspendirajte v MRD (CM0733, Oxoid), nato pa jih postavite na 4 °C za 7 dni, da celice izstradate. Referenčno kulturo NCTC ali laboratorijsko osnovno bakterijsko kulturo smo cepili v juho BHI ali hranilno juho št. 2 (CM007, Oxoid), inkubirali čez noč, centrifugirali pri 13.000 g in resuspendirali v MRD, dokler OD600 ni bil 0,4. Kultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Posebne bakterije Listeria NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, črevesne bakterije Salmonella Mondeville NCTC 5747, sluz NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Gostitelj Campylobacter je bil mikroaerobno inkubiran na ploščah BA pri 37 °C in suspendiran v brozgi NZCYM. Testirani gostitelji bakterije Campylobacter so: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14, C... Zberite celice v MRD, centrifugirajte pri 13.000 g in resuspendirajte v MRD, dokler OD600 ni 0,4. Dodajte alikvot 0,5 ml suspenzije v 5 ml stopljenega zgornjega agarja NZCYM (0,6 % agar) in ga prelijte na spodnjo ploščo z 1,2 % NZCYM. Po strjevanju in sušenju je bil serijsko razredčen ASxL5T porazdeljen kot 20 µl kapljic na vsako travno desko v treh izvodih. Temperatura kulture in atmosfera sta odvisni od potreb preskusnih bakterij.
Za pripravo DNK iz bakterijskih izolatov uporabite GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge). Standardne metode so bile uporabljene za PCR pomnoževanje gena 16S rRNA in določanje zaporedja produkta z uporabo kemije terminacije barvila (Eurofins Value Read Service, Nemčija). Uporabite program BLAST-N za primerjavo teh zaporedij z drugimi zaporedji genov 16S rRNA za identifikacijo in zbiranje tesno povezanih vrst. Ti so poravnani s ClustalW v programu MEGA X. Filogenetsko drevo je bilo rekonstruirano z uporabo MEGA X z uporabo metode največje verjetnosti, ki temelji na modelu Tamura-Nei, s 1000 vodenimi kopijami54. Uporabite PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) za ekstrahiranje DNK za sekvenciranje celotnega genoma. Zaporedje genoma ASxL5T je bilo določeno s kombinacijo Illumina MiSeq, ki je sestavljena iz 250 bp dvosmernih branj, sestavljenih iz knjižnice, pripravljene z uporabo kompleta za označevanje Nextera, in 2 do 20 kb dolgih branj s platforme PacBio. Genomics DNA Sequencing Research Facility na Univerzi Sembia. Genom je bil sestavljen z uporabo CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danska). Kulture ASxL5T so deponirane v nacionalni zbirki tipskih kultur (UK) in nizozemski zbirki bakterijskih kultur (NCCB). Genomi sorodnih organizmov, uporabljeni za primerjavo, so: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (pristopna številka HF680312, popolna); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (pristopna številka BMYY01000001, nepopolna); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (pristopna številka NZ_AUGV00000000, nepopolno); Skupnost Marinamonas DSM 5604T (dodan ASM436330v1, nepopolno), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (dodan MTSD02000001, nepopolno) in Thalassolituus sp. C2-1 (dodati NZ_VNIL01000001, nepopolno). Uporabite JGI Genome Portal36 na https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= za določitev rezultata poravnave (AF) in povprečne identitete nukleinske kisline (ANI). V parih. Za določitev identitete aminokislin (AAI) je bila uporabljena metoda Rodriguez-R & Konstantinidis55. Uporabite GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 za ustvarjanje ocenjenega filogenetskega drevesa največje verjetnosti. Vhodni genom, ki predstavlja razpoložljivi referenčni genom, je izbran izmed referenčnih rodov, za katere je bilo ugotovljeno, da so povezani z ASxL5T iz filogenije 16S rRNA. Drevo je označil s spletnim orodjem za interaktivno drevo življenja (https://itol.embl.de/). Funkcionalna opomba in analiza genoma ASxL5T se izvede s spletnim orodjem BlastKOALA KEGG z uporabo distribucije obogatitve modula KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Porazdelitev kategorij COG (ortolognih skupin) se določi s spletnim orodjem eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ in Muñoz-Dorado, J. Bakterijsko plenjenje: 75 let in se nadaljuje! . okolju. mikroorganizem. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. itd. Raznolikost in antibakterijski potencial plenilskih bakterij na perujski obali. marčevske droge. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Preko njihovih genov jih boste razumeli: genomske značilnosti plenilskih bakterij. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Plenilski življenjski slog bakteriofaga Bdellovibrio. namestite. Pastor mikrobi. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotiki iz plenilskih bakterij. Beilstein J. Histokemija 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio in podobni organizmi so napovedovalci raznolikosti mikrobiomov v različnih populacijah gostiteljev. mikroorganizem. Ekologija. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. in Ballesté-Delpierre, C. Odkrijte trenutni status novih protibakterijskih sredstev. klinični. mikroorganizem. Okužiti. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Dvojno plenjenje faga in faga lahko izkorenini plen E. coli brez enega samega plenjenja. J. Bakterije. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Število in raznolikost Campylobacter in bakteriofagov, izoliranih med ciklom hranjenja piščancev iz proste reje in organskih piščancev. Aplikacijsko okolje. mikroorganizem. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA itd. Posodobite genomsko taksonomijo in epidemiologijo Campylobacter prašičev. znanost. Predstavnik 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Uporabniku prijazen potek dela za sistemsko genomiko. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Metoda poravnave več zaporedij, ki zmanjša kompleksnost časa in prostora. BMC biološke informacije. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Orodje za samodejno poravnavo in obrezovanje v obsežni filogenetski analizi. Bioinformatika 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, napoved začetnega mesta prevajanja gena EC in metagenomskega zaporedja. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: večplatformsko in učinkovito orodje za klasifikacijo NCBI. Bio Rxiv. (Dostopano 1. junija 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-približno drevo največje verjetnosti z veliko poravnavo. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Parallel. (Dostopano 1. junija 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kjotska enciklopedija genov in genomov. Raziskave nukleinskih kislin. 28, 27-30 (2000).
Češka republika, L. itd. Vloga ekstremolitov ektoina in hidroksiektoina kot zaščitnikov stresa in hranil: genetika, sistemska genomika, biokemija in strukturna analiza. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Diferencialna ekspresija beljakovin med rastjo obvezne morske bakterije Thalassolituus oleivorans MIL-1, ki razgrajuje ogljikovodike, med rastjo srednje- in dolgoverižnih alkanov. spredaj. mikroorganizem. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., in Jurkevitch, E. Nova primerjalna genomska metoda za definiranje fenotipsko specifičnih indikatorjev razkriva specifično dedovanje pri znamki plenilskih bakterij. Javna znanstvena knjižnica ena. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, itd. Gen Thalassolituus oleivorans. november, sp. nov., nova vrsta morskih bakterij, ki so specializirane za uporabo ogljikovodikov. mednarodnost. J. Sistem. evolucija. mikroorganizem. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. november, sp. Novembra se je ločil od morske vode, ki kroži v južnem Pacifiku. mednarodnost. J. Sistem. evolucija. mikroorganizem. 66, 5010–5015 (2016).