O se ituaiga fou o le Gram-negative, aerobic, salt-tolerant, active, rod-shaped, and predatory bacteria ASxL5T na vavae ese mai se vaituloto o povi i Nottinghamshire, Egelani, ma faʻaaogaina Campylobacter e fai ma ana manu. Mulimuli ane, na maua isi ituaiga o Campylobacter ma tagata o le aiga Enterobacteriaceae e fai ma vete. Ina ua maeʻa le subculture e aunoa ma sela talimalo, na maua le tuputupu aʻe vaivai aseptic ile Brain Heart Infusion Agar. O tulaga sili ona lelei o le tuputupu aʻe o le 37 °C ma le pH o le 7. Transmission electron microscopy na faʻaalia ai nisi o foliga faʻapitoa e le masani ai e fesoʻotaʻi ma le maua o meaʻai. O su'esu'ega o le Phylogenetic e fa'aaoga ai le fa'asologa o gene 16S rRNA na fa'ailoa mai ai o le tu'u'ese'ese e feso'ota'i ma se sui o le aiga o le Marine Spirulina, ae e le mafai ona fa'avasegaina manino o se sui o so'o se ituaiga e iloa. O le faasologa atoa-genome o le ASxL5T na faʻamaonia ai le mafutaga ma sui o le gataifale spirochetes. O se su'esu'ega fa'amaumauga na fa'aalia ai e tele ASxL5T e fa'asoa fa'asologa o kenera 16S rRNA ma le tele o siama e le'i fa'atupuina mai le sami, lau'ele'ele ma vai o le eleele. Matou te fautua atu o le galu ASxL5T e fai ma sui o se ituaiga fou i se ituaiga fou. Matou te fautuaina le igoa Venatorbacter cucullus gen. Novema, sp. Ia Novema, ASxL5T na faʻaaogaina e avea ma ituaiga faʻalavelave.
O siama faʻamaʻi o siama ia e faʻaalia le malosi e tuli ai ma faʻaumatia isi siama ola e maua ai mea faʻaola ma le malosi. E ese lenei mea mai le toe faʻaleleia lautele o meaʻai mai meaola ninii ua mate, ma e ese foʻi mai fegalegaleaiga faʻamaʻi, lea e fausia ai e siama se mafutaga vavalalata ma le latou talimalo e aunoa ma le fasiotia oi latou. O siama fa'ama'i ua fa'atupuina ni ta'amilosaga eseese o le olaga e fa'aoga lelei ai le tele o mea'ai i nofoaga e maua ai (e pei o nofoaga o le gataifale). O i latou o se vaega fa'aletupe e 'ese'ese, e na'o le feso'ota'iga e ala i la latou fa'ata'otoga tulaga ese o le ola1. O fa'ata'ita'iga o siama fa'ato'aga na maua i le tele o filo, e aofia ai: Proteobacteria, Bacteroides, ma Chlorella.3. Ae ui i lea, o siama faʻamaʻi sili ona suʻesuʻeina o Bdellovibrio ma Bdellovibrio-ma-pei o meaola (BALOs4). O siama fa'ato'aga ose puna fa'amoemoeina o mea fa'aolaola fou ma vaila'au fa'ama'i5.
O siama fa'ato'aga e talitonuina e fa'aleleia ai le tele o meaola ninii ma e iai sona aafiaga lelei i le soifua maloloina o le fa'anatura, gaosiga ma le mautu6. E ui lava i nei uiga lelei, e itiiti lava suʻesuʻega i siama fou faʻamaʻi ona o le faigata o le faʻatupuina o siama ma le manaʻoga e mataʻituina ma le totoa fegalegaleaiga o le sela e malamalama ai i o latou olaga faigata. O nei faʻamatalaga e le faigofie ona maua mai suʻesuʻega komepiuta.
I se vaitau o le faʻateleina o le tetee atu i le antimicrobial, o loʻo suʻesuʻeina ni taʻiala fou mo le tulimataʻiina o siama siama, e pei o le faʻaogaina o bacteriophages ma siama faʻamaʻi7,8. O siama ASxL5T na fa'aesea i le 2019 i le fa'aogaina o le fa'aogaina o le phage isolation technology mai otaota povi na aoina mai le Dairy Center o le Iunivesite o Nottingham, Nottinghamshire. O le fa'amoemoega o le su'esu'ega o le fa'aesea o meaola e mafai ona avea ma mea e fa'atonutonu ai meaola. O le Campylobacter hyointestinalis ose fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i, lea e fa'ateleina ona feso'ota'i ma fa'ama'i o le intestinal o tagata10. E so'o se mea i le serum ma fa'aaogaina e fai ma fa'amoemoe.
O le siama ASxL5T na vavae ese mai le suʻe pipi aua na matauina o papa na faia i luga o le mutia o le C. hyointestinalis e tutusa ma mea na gaosia e bacteriophages. O se su'esu'ega fa'afuase'i lea, ona o se vaega o le fa'agasologa o le fa'aesea o le phage e aofia ai le fa'amama e ala i le 0.2 µm faamama, lea ua mamanuina e aveese ai sela siama. O le su'esu'ega fa'ata'oto o mea na maua mai i le ma'a na fa'ailoa mai ai e le'i fa'aputuina le polyhydroxybutyrate (PHB) o siama fa'a'a'ai fa'a'o'o fa'a'au'au laiti kalama leaga. Ole aganu'u aseptic e tuto'atasi mai sela fa'ato'aga e iloa i luga ole auala mauoa (pei o le fai'ai fatu infusion agar (BHI) ma le toto agar (BA)), ma o lona tuputupu a'e e vaivai. E maua pe a mae'a ona fa'ato'a fa'alelei ma fa'aleleia le inoculum mamafa. E tupu tutusa lelei i lalo ole microaerobic (7% v/v okesene) ma tulaga ole okesene ile atmospheric, ae le o se atemosifia anaerobic. A maeʻa le 72 itula, o le lautele o le kolone e matua laʻititi lava, e oʻo atu i le 2 mm, ma o le beige, translucent, lapotopoto, convex ma susulu. Ua fa'alavelaveina su'esu'ega fa'asao fa'asao ona o le ASxL5T e le mafai ona fa'atuatuaina i fa'asalalauga fa'asuavai, lea e fa'ailoa mai e ono fa'alagolago i le lavelave o le olaga o le fa'atupuina o le biofilm. Ae ui i lea, o le faʻamalolo o le ipu na faʻaalia ai o le ASxL5T o le aerobic, lelei mo le oxidase ma le catalase, ma e mafai ona talia le 5% NaCl. ASxL5T e tete'e i le 10 µg streptomycin, ae e ma'ale'ale i isi vaila'au uma na su'eina. O sela siama ASxL5T na suʻesuʻeina e TEM (Ata 1). Pe a tupu ae e aunoa ma sela vete i luga o le BA, ASxL5T sela laiti Campylobacter, ma le umi averesi o le 1.63 μm (± 0.4), o le lautele o le 0.37 μm (± 0.08), ma se tasi umi (e oo atu i le 5 μm) pou. Fu'a fa'afeusuaiga. E tusa ma le 1.6% o sela e foliga mai o loʻo i ai le lautele e itiiti ifo i le 0.2 μm, lea o le a mafai ai ona ui atu i le masini faamama. O se faʻaopoopoga faʻapitoa na matauina i le pito i luga o nisi sela, e pei o se fairing (Latin cucullus) (silasila i aū i le 1D, E, G). E foliga mai e aofia ai le tele o le membrane i fafo, atonu e mafua ona o le faʻaitiitia vave o le tele o le teutusi periplasmic, aʻo tumau pea le paʻu i fafo, e faʻaalia ai se foliga "talatala". O le fa'atupuina o le ASxL5T i le leai o ni mea'ai (i le PBS) mo se taimi umi i le 4°C na i'u ai i le tele (ae le'o uma) sela o lo'o fa'aalia ai le morphology coccal (Ata 1C). Pe a tupu le ASxL5T ma Campylobacter jejuni e pei o vete mo le 48 itula, o le averesi o le tele o sela e matua umi ma vaapiapi nai lo sela e ola e aunoa ma se talimalo (Laulau 1 ma le Ata 1E). I se eseesega, pe a tupu aʻe le ASxL5T ma le E. coli e faʻatau mo le 48 itula, o le averesi o le tele o le sela e umi ma lautele nai lo le taimi e ola ai e aunoa ma se meaʻai (Laulau 1), ma o le umi o le sela e fesuisuiaʻi, e masani ona faʻaalia filamentous (Ata 1F). Ina ua fa'a'ofuina i le Campylobacter jejuni po'o le E. coli e fai ma manu mo le 48 itula, o sela ASxL5T e leai se fu'a na fa'aalia. O le laulau 1 o lo'o aoteleina ai fa'amatalaga o suiga i le tele o sela e fa'atatau i le iai, leai, ma le ituaiga manu'a o le ASxL5T.
TEM fa'aaliga o le ASx5LT: (A) ASx5LT fa'aalia le sasa umi; (B) maa masani ASx5LT; (C) sela ASx5LT cocci pe a uma ona fa'a'umi umi e aunoa ma ni mea'ai; (D) o se vaega o le ASx5LT sela o loʻo faʻaalia ai le faʻalavelave (E) ASx5LT cell group incubated with Campylobacter vete na faʻaalia ai le siʻitia o le umi o sela pe a faʻatusatusa i latou e leai se faʻatupuina o manu (D) na faʻaalia foi le fausaga apical; (F) Fu'a Filamentous Tele, sela ASx5LT, pe a uma ona fa'ao'o i manu'ai a le E. coli; (G) Se tasi ASx5LT sela ina ua uma ona incubation ma E. coli, faʻaalia se fausaga pito i luga e le masani ai. O le pa e fai ma sui o le 1 μm.
O le fuafuaina o le 16S rRNA gene sequence (numera avanoa MT636545.1) e mafai ai e suʻesuʻega faʻamaumauga ona faʻavae faʻasologa e tutusa ma i latou o loʻo i le vasega Gammaproteobacteria, ma e sili ona latalata i siama o le gataifale i totonu o le aiga spirillum o le gataifale (Ata 2), ma o ni sui o le ituaiga Thalassolituus. Le aiga vavalalata ia Marine Bacillus. O le fa'asologa o gene 16S rRNA e manino lava le ese'ese mai siama fa'ato'aga o le aiga Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). O faʻatusatusaga faʻalua o B. bacteriovorus HD100T (ituaiga strain, DSM 50701) ma B. bacteriovorus DM11A e 48.4% ma 47.7%, ma mo B. exovorus JSS o le 46.7%. O siama ASxL5T e 3 kopi o le gene 16S rRNA, e lua e tutusa le tasi ma le isi, ma le lona tolu e 3 fa'avae e va ai. E lua isi vaega fa'ama'i fa'ama'i (ASx5S ma le ASx5O; 16S rRNA gene fa'aopoopo numera o le MT636546.1 ma le MT636547.1, fa'asologa) fa'atasi ai ma uiga fa'apitoa ma uiga fa'apitoa mai le nofoaga e tasi e le tutusa, ae e ese mai le ASxL5T ma le fa'aleaganu'u Bacterial fa'asologa o fa'amaumauga o lo'o fa'apotopoto fa'atasi ma isi ituaiga i Oceanospirillaceae (Ata 2). O le genome sequence atoa o le ASxL5T ua uma ona fuafuaina ma fa'asaoina i le NCBI database, ma o le numera fa'aopoopo o le CP046056. O le genome o le ASxL5T e aofia ai se chromosome lapotopoto o le 2,831,152 bp ma le G + C ratio o le 56.1%. O le genome sequence o loʻo i ai le 2653 CDS (total), lea e 2567 o loʻo valoia e faʻapipiʻi polotini, lea e mafai ona tofia e 1596 o galuega faʻatatau (60.2%). O le genome e iai 67 RNA-coding genes, e aofia ai le 9 rRNAs (3 taʻitasi mo 5S, 16S, ma 23S) ma 57 tRNAs. O uiga genomic o le ASxL5T na faʻatusatusaina ma genomes o loʻo avanoa o faʻalavelave o le ituaiga vavalalata vavalalata na iloa mai le 16S rRNA gene sequence (Table 2). Fa'aaogā le fa'asinomaga amino acid (AAI) e fa'atusatusa uma genomes Thalassolituus avanoa ile ASxL5T. Ole fa'asologa o genome sili ona lata mai (e le'i atoatoa) fa'atulagaina e le AAI ole Thalassolituus sp. C2-1 (faaopoopo NZ_VNIL01000001). O lenei galu na vavae ese mai le loloto o le sami o le Mariana Trench, ae o le taimi nei e leai ni faʻamatalaga faʻapitoa e uiga i lenei galu mo le faʻatusatusaina. Pe a faatusatusa i le ASxL5T's 2.82 Mb, o le genome o le tino e sili atu i le 4.36 Mb. O le averesi o le genome tele o spirochetes o le gataifale e tusa ma le 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 faʻamatalaga atoa genomes suʻesuʻe mai https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), o lea o le genome o le ASxL5T e ogatasi ma le oka A faatusatusa i isi sui usufono, e fai lava si laititi. Fa'aaoga le GToTree 1.5.54 e fa'atupuina ai se genome e fa'atatau i le maualuga o le phylogenetic tree (Ata 3A), e fa'aaoga ai le fa'aogaina ma feso'ota'i fa'asologa o le amino acid o 172 tasi-kopi genes fa'apitoa i Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. O le suʻesuʻega na faʻaalia ai e vavalalata vavalalata ma Thalassolituus, Bacterial Plane, ma Marine Bacterium. Ae ui i lea, o nei faʻamatalaga e faʻaalia ai o le ASxL5T e ese mai ona aiga i le Marine Spirulina ma o loʻo maua ana faʻamaumauga faʻasologa o genome.
O le phylogenetic tree o loʻo faʻaaogaina le 16S rRNA gene sequence e faʻamaonia ai le tulaga o le ASxL5T, ASxO5, ma le ASxS5 strains (faatasi ai ma le guts) e faʻatatau i siama siama e leʻi faʻaaogaina ma le gataifale i le Marine Spirulinaceae. O le numera fa'aopoopo a Genbank e mulimuli i le igoa fa'amau i puipui. Fa'aaoga le ClustalW e fa'aoga ai fa'asologa, ma fa'aoga le auala aupito maualuga ma le fa'ata'ita'iga Tamura-Nei e fa'ailoa ai sootaga o filogene, ma fa'atino le 1000 fa'atonuga i le polokalame MEGA X. O le numera o loʻo i luga o le lala o loʻo faʻaalia ai o le tau o le kopi taiala e sili atu i le 50%. Escherichia coli U/541T na fa'aaogaina e avea o se vaega i fafo.
(A) O se laau phylogenetic e faʻavae i luga o le genome, faʻaalia le sootaga i le va o le gataifale Spirospiraceae siama ASxL5T ma ona aiga vavalalata, E. coli U 5 / 41T o se vaega i fafo. (B) Pe a faatusatusa i le T. oleivorans MIL-1T, o le vaega galue o le tufatufaina o kenera e valoia e faavae i luga o le vaega orthologous (COG) fuifui o le porotini ASx5LT. O le ata i le agavale o loʻo faʻaalia ai le numera o kenera i vaega taʻitasi COG galue i genome taʻitasi. O le kalafi i le itu taumatau o loʻo faʻaalia ai le pasene o genomes o loʻo i totonu o vaega taʻitasi COG galue. (C) Pe a faatusatusa i le T. oleiverans MIL-1T, o le auiliiliga o le KEGG atoa (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) auala modular o ASxL5T.
O le faʻaaogaina o le KEGG database e suʻesuʻe ai kenera vaega o loʻo i ai i le genome ASxL5T na faʻaalia ai le auala masani o le gamma Proteus aerobic. ASxL5T o lo'o iai le aofa'i o kenera e 75 e tu'uina atu i polotini afi siama, e aofia ai kenera o lo'o a'afia i chemotaxis, fu'a fa'apotopotoga, ma le ituaiga IV fimbriae system. I le vaega mulimuli, e 9 mai le 10 kenera e nafa ma le gaioi o le tele o isi meaola. O le genome o le ASxL5T o loʻo i ai se auala atoatoa biosynthetic tetrahydropyrimidine e auai i le tali puipuia i le osmotic stress20, e pei ona faʻamoemoeina mo halophiles. O lo'o i ai fo'i i le genome le tele o auala atoatoa mo cofactors ma vitamini, e aofia ai auala fa'atupuina o riboflavin. E ui lava o le alkane 1-monooxygenase (alkB2) gene o loʻo iai ile ASxL5T, e leʻi maeʻa le auala e faʻaogaina ai le hydrocarbon. I le genome sequence o le ASxL5T, homologues o kenera ua faailoa mai e sili ona nafa ma le faaleagaina o hydrocarbons i T. oleiverans MIL-1T21, e pei o le TOL_2658 (alkB) ma le TOL_2772 (alcohol dehydrogenase) e manino lava le leai. O le ata 3B o loʻo faʻaalia ai le faʻatusatusaga o le tufatufaina o kenera i le vaega COG i le va o le ASxL5T ma le suauu Olive MIL-1T. Aotelega, o le genome la'ititi ASxL5T o lo'o i ai le fa'atusatusaina o kenera mai vaega ta'itasi COG pe a fa'atusatusa i le genome lapopoa. Pe a faʻaalia le numera o kenera i vaega taʻitasi taʻitasi o loʻo faʻaalia o se pasene o le genome, o eseesega o loʻo matauina i le pasene o kenera i le faʻaliliuga, fausaga o le ribosomal ma vaega o le biogenesis, ma le gaosiga o le malosi ma le liua o vaega o galuega, lea e aofia ai le ASxL5T tele. genome O le pasene e fa'atusatusa i le vaega lava lea e tasi o lo'o iai i le T. oleiverans MIL-1T genome. I se faʻatusatusaga, pe a faʻatusatusa i le ASxL5T genome, T. oleivorans MIL-1T e maualuga atu le pasene o kene i le toe faia, toe tuʻufaʻatasia ma toe faʻaleleia, ma faʻasologa o tusitusiga. O le mea e malie ai, o le eseesega tele i mea o loʻo i totonu o vaega taʻitasi o le genomes e lua o le numera o kenera le iloa o loʻo i ai i le ASxL5T (Ata 3B). Na fa'atinoina se su'esu'ega fa'atamaoaigaina o modules KEGG, lea o lo'o fa'atusalia ai e vaega ta'itasi KEGG se seti o iunite fa'atino fa'amanino mo fa'amatalaga ma fa'amatalaga fa'aola o fa'amaumauga fa'asologa o genome. O le faʻatusatusaga o le tufatufaina o kenera i le auala atoa KOG module o ASxL5T ma olive MIL-1T o loʻo faʻaalia i le Ata 3C. O lenei au'ili'iliga o lo'o fa'aalia ai e ui o le ASxL5T o lo'o i ai le sulfur ma le nitrogen metabolic ala atoa, T. oleiverans MIL-1T e leai. I se fa'atusatusaga, o le T. oleiverans MIL-1T o lo'o i ai le auala atoa o le cysteine ​​​​ma le methionine metabolic, ae e le'i atoatoa ile ASxL5T. O le mea lea, o le ASxL5T o loʻo i ai se vaega faʻapitoa mo le faʻaogaina o le sulfate (faʻamatalaina o se seti o kenera e mafai ona faʻaaogaina e fai ma faʻailoga phenotypic, e pei o le metabolic capacity poʻo pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) I T . oleiverans MIL-1T. O le fa'atusatusaina o le kenera o lo'o i totonu o le ASxL5T ma le lisi o kenera o lo'o ta'u mai ai se olaga fa'ato'aga e le mautinoa. E ui lava o le waL gene o loʻo faʻapipiʻiina le ligase e fesoʻotaʻi ma le O antigen polysaccharide i le totonugalemu o loʻo i ai i le genome ASxL5T (ae e taatele i le tele o siama Gram-negative), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) Genes e mafai ona aofia ai le 60 amino. vaega oona e masani ona maua i siama fe'ai e le o iai. E leai se isi kenera uiga fa'aleaga i le genome ASxL5T, e aofia ai enzymes fa'avasegaina o lo'o a'afia i le biosynthesis isoprenoid i le ala mevalonate. Manatua e leai se transcriptional gntR genes gntR i le vaega fa'atauva'a su'esu'eina, ae tolu gntR-like genes e mafai ona iloa ile ASxL5T.
O uiga fa'apitoa o le ASxL5T o lo'o aoteleina i le Laulau 3 ma fa'atusatusa i uiga fa'apitoa o gafa 23, 24, 25, 26, ma le 27 o lo'o lipotia i tusitusiga. O mea'ese mai le T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, ma le Oceanobacter kriegii e malolosi, fa'apalepale masima, tino fa'atutu fa'a-oxidase, ae toetoe lava a leai se isi uiga fa'apitoa ma le ASxL5T. Ole averesi pH ole sami e 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), lea e atagia i le T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ma le O. kriegii. ASxL5T e fetaui lelei mo le lapo'a o le pH (4-9) e masani ai ituaiga e le o se sami. Uiga fa'apitoa ole Thalassolituus sp. C2-1. Le iloa. Ole fua ole vevela ole tuputupu a'e ole ASxL5T e masani ona lautele atu nai lo galu o le gataifale (4-42 °C), e ui lava o nisi ae le o T. marinus tu'u'ese'ese uma e fa'apalepale i le vevela. O le le mafai ona fa'atupuina le ASxL5T i le broth media na taofia ai le fa'aalia atili o uiga fa'apitoa. Fa'aaoga le API 20E e su'e ai mea e su'e mai le ipu BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, citrate utilization, urease, tryptophan deaminase, gelatin hydrolysis Enzyme, o le su'ega e le lelei uma, ae leai se indole, acetoin ma H2S. na gaosia. O ga'o ga'o e le fa'afefeteina e aofia ai: kulukose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin ma arabinose. Pe a fa'atusatusa i fa'asalalauga fa'asalalau fa'asalalau, o le fa'ailoga ga'o ga'o cellular o le ASxL5T strain o lo'o fa'aalia i le Laulau 4. O ga'o ga'o autu ole C16:1ω6c ma/po'o le C16:1ω7c, C16:0 ma le C18:1ω9. Hydroxy fatty acids C12: 0 3-OH ma C10: 0 3-OH o loʻo iai foʻi. Ole fua ole C16:0 ile ASxL5T e maualuga atu nai lo le tau o lo'o lipotia o genera e feso'ota'i. I se faʻatusatusaga, faʻatusatusa i le lipoti T. marinus IMCC1826TT, o le fua faatatau o le C18: 1ω7c ma / poʻo le C18: 1ω6c i le ASxL5T ua faʻaititia. oleivorans MIL-1T ma O. kriegii DSM 6294T, ae le iloa i B. sanyensis KCTC 32220T. O le fa'atusatusaina o fa'amatalaga ga'o o le ASxL5T ma le ASxLS na fa'aalia ai le eseesega ma'ale'ale i le aofa'i o ga'o ga'o ta'itasi i le va o galu e lua, lea e ogatasi ma le genomic DNA sequence o lea lava ituaiga. E leai ni vaega o le poly-3-hydroxybutyrate (PHB) na maua i le suʻega uliuli a Sudan.
Sa su'esu'eina le gaioiga fa'atosina a siama ASxL5T e fa'amautu ai le tele o mea'ai. O lenei siama e mafai ona fausia ni paʻu i luga o ituaiga Campylobacter, e aofia ai: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ma C. upsaliensis NCTC 11541T. Fa'aoga tu ma aga o lo'o lisiina i le vaega o le fa'avasegaina o le 'au talimalo o le metotia e su'e ai le lautele lautele o siama Gram-negative ma Gram-positive. O faʻaiʻuga e faʻaalia ai o le ASxL5T e mafai foi ona faʻaogaina i le Escherichia coli NCTC 86 ma le Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaques na faia i luga o Klebsiella oxytoca 11466. O le fegalegaleaiga TEM ma E. coli NCTC 86 o loʻo faʻaalia i le Ata 4A-D, ma o le fegalegaleaiga ma Campylobacter jejuni PT14 ma Campylobacter suis S12 o loʻo faʻaalia i le Ata 4E-H ogatotonu. O le osofaʻiga e foliga mai e ese i le va o ituaiga vete ua faʻataʻitaʻiina, ma le tasi pe sili atu sela E. coli faʻapipiʻi i cell ASxL5T taʻitasi ma faʻatulagaina i le pito i luga o le sela faʻalautele aʻo leʻi faʻapipiʻi. I se eseesega, e foliga mai o le ASxL5T o loʻo faʻapipiʻi i Campylobacter e ala i se mea e tasi e fesoʻotaʻi ai, e masani lava ona faʻafesoʻotaʻi ma le pito i luga o le cell predator ma latalata i le apex o le Campylobacter cell (Ata 4H).
TEM o loʻo faʻaalia le fegalegaleaiga i le va o le ASx5LT ma le vete: (AD) ma le E. coli vete; (EH) ma C. jejuni vete. (A) O se sela masani ASx5LT e fesoʻotaʻi i se tasi E. coli (EC) sela; (B) O se filamentous ASx5LT o lo'o fa'apipi'i i se sela EC tasi; (C) Se filamentous ASx5LT sela e fesoʻotaʻi i le tele o sela EC; (D) Fa'apipi'i sela laiti ASx5LT i luga ole sela E. coli (EC) e tasi; (E) se sela ASx5LT e tasi e feso'ota'i atu i le sela Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT osofaʻia sela C. hyointestinalis (CH); (G) lua One ASx5LT cell na osofaia se sela CJ; (H) O se vaʻaiga vavalalata o le ASx5LT faʻapipiʻi pito, latalata i le tumutumu o le CJ cell (bar 0.2 μm). O le pa e fai ma sui o le 1 μm i (A–G).
O siama fa'ato'aga ua fa'atupuina e fa'aoga lelei ai le tele o puna'oa o mea'ai. E manino lava, latou te maua lautele i le tele o siosiomaga eseese. Ona o le vaapiapi o le faitau aofaʻi o tagata, e mafai ona faʻaesea siama ASxL5T mai le slurry e faʻaaoga ai le phage separation method. O le taua tele o le ASxL5T i tagata o le aiga o le oceanospirillaceae o siama o le gataifale e ofo ai, e ui o le tino e faʻapalepale masima ma e mafai ona ola i luga o se ala e iai le 5% masima. O su'esu'ega lelei o le vai o le slurry na fa'aalia ai o le sodium chloride o lo'o i lalo ifo o le 0.1%. O le mea lea, e mamao ese le palapala mai le si'osi'omaga o le gataifale-i le fa'afanua ma le kemisi. O le iai o ni mea eseese e tolu e fesootaʻi ae eseese mai le puna e tasi e maua ai le faʻamaoniga o loʻo olaola nei meaola i totonu o lenei siosiomaga e le o se gataifale. E le gata i lea, o suʻesuʻega microbiome (faila faʻamatalaga e maua mai https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) na faʻaalia ai o le 16S rRNA gene sequence o loʻo i luga o le 50 pito i luga o lafoga faʻatinoina (OTU). ) I ni nai taimi fa'ata'ita'iga o le palapala. E tele siama e le'i fa'atupuina na maua i le Genbank database, o lo'o i ai 16S rRNA gene fa'asologa e tutusa ma siama ASxL5T. O nei fa'asologa, fa'atasi ai ma fa'asologa o le ASxL5T, ASxS5, ma le ASxO5, e foliga mai o lo'o fa'atusalia ai va'aiga eseese e vavae'ese mai Thalassolituus ma Oceanobacter (Ata 2). E tolu ituaiga o siama e le masani ai (GQ921362, GQ921357 ma le GQ921396) na vavae ese mai le vai mavaevae i le loloto o le 1.3 kilomita i le mina auro a Aferika i Saute i le 2009, ma le isi lua (DQ256320 ma DQ337006) mai Aferika i Saute. i le 2005). O le 16S rRNA gene sequence e sili ona vavalalata i le ASxL5T o se vaega o le 16S rRNA gene sequence na maua mai le aganuu faʻatamaoaigaina o palapala oneone na maua mai matafaga o Farani i matu i le 2006 (numera faʻaopoopo AM29240828). O le isi fa'asologa o kenera 16S rRNA e feso'ota'i vavalalata mai le siama e le'i fa'atupuina HQ183822.1 na maua mai i se tane fa'aputuina na fa'a'ele'elea mai se fa'atama'i a le taulaga i Saina. E manino lava, o siama ASxL5T e le'o fa'atusalia tele i fa'amaumauga o lafoga, ae o nei fa'asologa mai siama e le'i fa'aleagaina e foliga mai o lo'o fa'atusalia ai meaola e tutusa ma le ASxL5T, o lo'o tufatufaina i le lalolagi atoa, e masani lava i si'osi'omaga lu'itau. Mai le su'esu'ega atoa o le genome phylogenetic, o le aiga sili ona latalata ile ASxL5T ole Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ma O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. O Thalassolituus o se sui o le gataifale obligate hydrocarbon fragmentation bacteria (OHCB), lea e salalau i le gataifale ma le eleele, ma e masani ona avea ma puleʻaga pe a uma mea faʻaleagaina o le hydrocarbon30,31. O siama o le gataifale e le o ni sui ole vaega ole OHCB, ae e vavae ese mai le siosiomaga o le gataifale.
O fa'amaumauga fa'apitoa e fa'ailoa mai ai o le ASxL5T o se ituaiga fou ma o se sui o se ituaiga e le'i iloa muamua i le aiga spirospiraceae o le gataifale. Ole taimi nei e leai se fa'ata'ita'iga manino e fa'avasega ai galu fou fou ile ituaiga fou. Ua faia taumafaiga e fa'amautu tuaoi o genera lautele, mo se fa'ata'ita'iga, e fa'atatau i le pasene o le genome o se polotini fa'asao (POCP), e fautuaina e 50% le tau tipi e tutusa ma le reference strain33. O isi e fautuaina le faʻaaogaina o tulaga taua o le AAI, lea e sili atu nai lo le POCP aua e mafai ona maua mai genomes le atoatoa34. E talitonu le tusitala afai o le tau AAI e itiiti ifo i le 74% pe a faʻatusatusa i le faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga o ituaiga faʻataʻitaʻiga, o le galu o se sui o se ituaiga eseese. O le faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga i le gataifale spirillaceae o le gataifale spirillum, ma le faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga o le O. linum ATCC 11336T. O le tau AAI i le va o le ASxL5T ma le O. linum ATCC 11336T o le 54.34%, ma le tau AAI i le va o le ASxL5T ma le T. oleivorans MIL-1T (genus type strains) o le 67.61%, e faʻaalia ai o le ASxL5T o loʻo faʻatusalia se ituaiga fou e ese mai Thalassolituus. O le fa'aaogaina o le fa'asologa o kenera 16S rRNA e fai ma fa'avasegaga fa'avasegaina, o le tu'oi o le fa'avasegaina o le ituaiga e 94.5%35. ASxL5T e mafai ona tuʻuina i le Thalassolituus genus, faʻaalia 95.03% 16S rRNA faʻasologa faʻasologa ma T. oleivorans MIL-1T ma 96.17%. marinus IMCC1826T. Ae ui i lea, o le a tuʻuina foi i totonu o le Bacteroides genus o loʻo i ai le 94.64% 16S rRNA gene identity ma le B. sanyensis NV9, e faʻaalia ai o le faʻaaogaina o se gene e tasi e pei o le 16S rRNA gene e mafai ona taʻitaʻia ai le faʻavasegaina ma le tofiaina. O le isi metotia fautuaina e faʻaaoga ai le ANI ma le Genome Alignment Score (AF) e suʻesuʻe ai le faʻapipiʻiina o faʻamaumauga o faʻamaumauga mai ituaiga uma ma faʻalavelave e le o ni ituaiga o genera o loʻo iai. E fautuaina e le tusitala le tu'ufa'atasia o le tuā'oi o le ituaiga ma le fa'ailoga o le ituaiga fa'atatau e patino i le lafoga o lo'o su'esu'eina. Ae peita'i, afai e le lava le fa'asologa o genome atoa mai Thalassolituus isolates, e le mafai ona iloa pe o le ASxL5T o le ituaiga Thalassolituus e ala i lenei metotia. Ona o le fa'atapula'aina o fa'asologa o genome atoa mo su'esu'ega, e tatau ona fa'auiga ma le fa'aeteete le fa'auiga atoa o le genome phylogenetic tree. Lona lua, o metotia fa'atusatusaga atoa o le genome e le mafai ona fa'amauina le tele o eseesega i le tele o genome fa'atusatusa. Na latou fuaina le tutusa o genes kopi tasi faʻasao i le va o genera e fesoʻotaʻi, ae leʻi amanaia le tele o genes e le o iai i le genome laʻititi o ASxL5T. E manino lava, o le ASxL5T ma vaega e aofia ai Thalassolituus, Oceanobacter, ma Bacterioplanes o loʻo i ai se tuaa tutusa, ae o le evolusione na uia se auala ese, e oʻo atu ai i le faʻaitiitia o le genome, atonu e faʻafetaui i se olaga faʻafefe. O lenei mea e faʻatusatusa i le T. oleivorans MIL-1T, lea e 28% le tele ma ua faʻatupuina i lalo o faʻalavelave eseese o le siosiomaga e faʻaaoga ai hydrocarbons23,30. O se faʻatusatusaga manaia e mafai ona faia i parasites intracellular obligate ma symbionts, e pei o Rickettsia, Chlamydia, ma Buchnera. O latou genome tele e tusa ma le 1 Mb. O le mafai ona fa'aogaina metabolites cell host e o'o atu ai i le gau o le kenera, o lea na fa'aleagaina ai le genomic. O suiga fa'asolosolo mai meaola vaila'au vaila'au o le gataifale i olaga fa'aola e ono fa'aitiitiga tutusa i le genome. O le COG ma le KEGG suʻesuʻega o loʻo faʻamaonia ai le numera o kenera e faʻaaogaina mo galuega faʻapitoa ma le eseesega o le lalolagi i le genomic pathways i le va o le ASxL5T ma le T. oleivorans MIL-1T, lea e le mafua ona o le faʻalauteleina o le avanoa o elemene telefoni feaveaʻi. O le eseesega i le G + C ratio o le genome atoa o le ASxL5T o le 56.1%, ma o le T. oleivorans MIL-1T o le 46.6%, o loʻo faʻaalia ai foi ua vavaeeseina.
O le su'esu'ega o le fa'asologa o mea o le ASxL5T genome e maua ai fa'amatalaga fa'atino i uiga fa'apitoa. O le iai o kenera e fa'asolo ai le ituaiga IV fimbriae (Tfp) e sili ona fiafia i ai aua latou te fa'aolaina le fe'avea'i o sela, e ta'ua o le fa'ase'e fa'aagafesootai po'o le fa'alavelave, e aunoa ma se fu'a i luga. E tusa ai ma lipoti, o le Tfp o loʻo i ai isi galuega, e aofia ai le faʻataʻitaʻiina, pathogenesis, faʻavaeina o le biofilm, faʻapipiʻiina o le DNA faʻanatura, faʻapipiʻi otometi ma atinaʻe38. O le genome ASxL5T o lo'o i ai le 18 genes encoding diguanylate cyclase (se enzyme e fa'aosoina le liua o le 2 guanosine triphosphate i le guanosine 2 phosphate ma le cyclic diGMP) ma le 6 genes o lo'o fa'aogaina le diguanylate cyclase phosphate diguanylate. O le kenera mo le esterase (faʻamalosia le faʻaleagaina o le cyclic di-GMP i le guanosine monophosphate) e manaia ona o le cycl-di-GMP o se avefeau taua lona lua o loʻo aʻafia i le atinaʻeina o le biofilm ma le vavaeeseina, gaioiga, faʻapipiʻi cell ma virulence 39, 40 i le faagasologa. E tatau foi ona maitauina i le Bdellovibrio bacteriovorus, cyclic double GMP ua faʻaalia e pulea ai le suiga i le va o le ola saoloto ma le ola faʻaleagaina41.
O le tele o su'esu'ega i siama fa'ato'aga e fa'atatau i Bdellovibrio, Bdellovibrio-like organisms, ma Myxococcus species. O nei ma isi fa'ata'ita'iga ua iloa o siama fa'ato'aga e fausia ai se vaega 'ese'ese. E ui lava i lenei eseesega, o se seti o aiga porotini uiga e atagia ai le phenotypes o le 11 siama faʻamaʻi ua iloa ua faʻamaonia3,22. Peita'i, e na'o kenera e fa'ailoga O antigen ligase (waaL) ua fa'ailoa mai, lea e masani ai i siama Gram-negative. O lenei ituaiga o au'ili'iliga e le fesoasoani ile fa'ailogaina o le ASxL5T ose tagata fa'atau, masalo ona o lo'o fa'aogaina se ta'iala fou o osofa'iga. O le maua o le tele o genome fa'ama'i fa'ato'aga e fesoasoani i le atina'eina o su'esu'ega sili atu ona lelei e amana'ia ai fa'amaoniga o le fe'ese'esea'iga ma le si'osi'omaga i le va o tagata o le vaega. O faʻataʻitaʻiga o siama faʻamaʻi e le o aofia ai i lenei suʻesuʻega e aofia ai sui o le Cupriavidus necator42 ma Bradymonabacteria43, aua aʻo suʻesuʻeina e le au suʻesuʻe ni faʻalapotopotoga faʻapitonuʻu eseese, e tele atu lafoga faʻatau.
O le vaega sili ona iloga o siama ASxL5T na pu'eina e le ata TEM o lona uiga tulaga ese ma fetuutuuna'i, lea e mafai ona fa'alauteleina le fegalegaleai ma siama fa'ato'aga. O le ituaiga o fegalegaleaiga ua matauina e ese mai isi siama faʻamaʻi ma e leʻi maua muamua pe lipotia. O loʻo faʻaalia le taamilosaga a le ASxL5T predatory life cycle i le Ata 5. E i ai ni nai faʻataʻitaʻiga i tusitusiga e tutusa lelei fausaga apical e pei ona matou lipotia iinei, ae o nei faʻataʻitaʻiga e aofia ai Terasakiispira puipuigaumokuakeensis, se marine spirillum bacterium ma apex enlargement 44, ma Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla , sa iai muamua i le ituaiga Oceanospirillum, faʻaalia Le mea e taʻua "polar film" 45. Cocci fomu e masani ona matauina i aganuu matutua, aemaise lava mo siama o loʻo piʻo foliga, e pei o Vibrio, Campylobacter, ma Helicobacter 46, 47, 48, e ono faʻatusalia se tulaga faʻaleagaina. E mana'omia nisi galuega e fa'amanino ai le ta'amilosaga sa'o o le ola ole siama ASxL5T. Ia iloa pe fa'afefea ona pu'eina ma faoa, ma pe o lo'o fa'aogaina e lona genome mea fa'aola ola e mafai ona fa'aoga mo mea fa'afoma'i po'o le biotechnological.
Faʻamatalaga o Venatorbacter gen. Novema Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. e aofia ai venators mai L. n. venator, 'hunter' ma Gr. n. bacter, 'se rod'. Venatorbacter, 'se tulimanu tulimanu' . O sela e aerobic, fa'apalepale i le masima, fa'afefeteina le pisia o le Gram, e le fa'aputuina le PHB i le vevela va'aiga o le 4 i le 42 °C Ingrown O le maualuga o le pH o le 4-9 e le masani ai I gata o le gataifale, o le tele o le ga'o ga'o ole C16:1ω6c ma/po'o le C16:1ω7c, C16:0 ma C18. :1ω9 ; acids. E le tupu a'e i le broth media O le DNA G + C e 56.1 mol%. .
Fa'amatalaga o Venatorbacter cucullus sp. Novema Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus o lona uiga o fairing).
E le gata i lea, o le uiga faʻamatalaina o lenei ituaiga o le a tupu i luga o le BA poʻo le BHI, o sela e 1.63 µm umi ma 0.37 µm lautele. O kolone i luga ole BHI agar e la'ititi lava, e o'o ile 2 mm le lautele pe a uma le 72 itula. O latou beige, translucent, lapotopoto, convex ma susulu. O sui o lenei ituaiga e mafai ona faʻaaogaina Escherichia coli ma Klebsiella. Campylobacter ma isi siama Gram-negative e fai ma manu.
O le galu masani ASxL5T na vavae ese mai le susu o povi i Nottinghamshire, UK, ma teuina i le National Type Culture Collection (UK): numera faʻaopoopo NCTC 14397 ma le Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB) numera faʻaopoopo NCCB 100775. Le faʻasologa atoa o le genome o le ASxL5T ua teuina i Genbank e tusa ai ma le faʻaopoopoga o le CP046056.
O siama ASxL5T na fa'aesea mai le susu povi e fa'aaoga ai tekinolosi fa'aesea phage9,49. O le slurry na faʻafefeteina 1: 9 (w / v) i le SM buffer (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ma 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Ona faʻafefe ai lea. i le 4°C mo le 24 itula, feliuliua'i lemu e fa'alu'u ai manu fe'ai i totonu o le pa. O le taofiga na faʻamalo i le 3000g mo le 3 minute. O le supernatant na aoina ma faʻafefe i le 13,000g mo le taimi lona lua mo le 5 minute. Ona pasia lea o le supernatant i totonu o le 0.45 µm membrane faamama (Minisart; Sartorius, Gottingen, Siamani) ma le 0.2 μm membrane faamama (Minisart) e aveese ai soʻo se sela siama o totoe. ASxL5T e mafai ona pasi nei filiga. O se mutia agavaivai vaivai o Campylobacter enterosus S12 (NCBI fa'aopoopo numera CP040464) mai le slurry lava e tasi na saunia e fa'aaoga ai metotia masani. O le slurry ua fa'amama sa tufaina i luga o nei ipu ta'itasi o lo'o talimalo ile 10 µl matāua fa'atolu ma fa'ataga e mago. O le ipu na faʻapipiʻiina i totonu o se tane microaerophilic i le 37 ° C mo le 48 itula i lalo o tulaga microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, ma le 80% N2). O le ma'a va'aia na maua mai na aumai i totonu o le SM pa'u ma tu'u atu i le vao fou o le C. hyointestinalis S12 e fa'alautele atili ai meaola fa'amama. O le taimi lava e faʻamautinoa ai o le siama o le mafuaʻaga lea o le lytic plaque ae le o le phage, taumafai e faʻatupu le tino tutoatasi mai le tagata talimalo ma faʻaalia atili. O le aganuu aerobic na faia i le 37 ° C ma le 5% v / v defibrinated toto solofanua (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, faaopoopo). E tusa ai ma taʻiala a le National Clinical Standards Committee, o le faʻasalalauga faʻasalalauga e faʻaaogaina mo le suʻega a le antibacterial susceptibility. BHI agar na faʻatupuina ile 37 °C e faʻaaoga ai se tisiketi o loʻo i ai vailaʻau faʻamaʻi (Oxoid) mo le aerobic culture: amoxicillin ma clavulanic acid 30 μg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. O le fa'apalepale o le masima na fa'atūina e ala i le fa'aosoina i luga o ipu BHI agar i le 37 °C. Na fa'aopoopoina le NaCl fa'aopoopo ile BHI agar plates e tu'uina atu ai le fa'atonuga e o'o atu ile 10% w/v. Ole fua ole pH e fuafuaina ile aerobic culture ile BHI agar plates ile 37°C, lea ua fetuutuunai ai le pH i le va o le 4 ma le 9 ma le sterile HCl poʻo le sterile NaOH, ma faʻamaonia le tau o le pH aʻo leʻi sasaa le ipu. Mo su'esu'ega ga'o ga'o, ASxL5T sa fa'atupuina ile BHI agar mo le 3 aso ma le fa'aeletise ile 37 °C. E tusa ai ma le MIDI (Sherlock Microbial Identification System, version 6.10) standard protocol of FERA Science Ltd, (York, UK), cell fatty acids na maua mai, saunia ma suʻesuʻeina.
Mo TEM, ASxL5T na faʻatupuina aerobic e ala i le sosolo tutusa i luga o le BA i le 37 ° C mo le 24 itula, ona seleseleina lea i le 1 ml o le 3% (v / v) glutaraldehyde i le 0.1 M cacodylate buffer i le vevela o le potu Faʻamau mo le 1 itula, ona faʻapipiʻi ai lea o le centrifuge. i le 10,000 g mo le 3 minute. Ona toe taofi lemu le pellet i le 600 μl 0.1 M cacodylate buffer. Fa'afeiloa'i le fa'amautu ASxL5T i le ata Formvar/carbon i luga o le 200 mesh copper grid. O siama na pisia i le 0.5% (w/v) uranyl acetate mo le 1 minute ma suʻesuʻe e le TEM e faʻaaoga ai le TEI Tecnai G2 12 Biotwin microscope. E pei ona taʻua i luga, tuʻufaʻatasia le numera tutusa o manu ma manu faʻatau i le NZCYM broth (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) ma faʻaofuofu mo le 48 itula i lalo ole microaerobic tulaga o Campylobacter poʻo Campylobacter i le 37 ° C , Le fegalegaleaiga a le manu ma manu sa suesueina foi e TEM. Tulaga aerobic mo Escherichia coli. Su'esu'e tuto'atasi mea'ai ma siama fa'ato'aga e iloa ai so'o se suiga ile sela fa'asolo ona ole manu. O le auala uliuli a Sudan na faʻaaogaina mo microscopy mata o le faʻaputuga PHB.
Fa'atupu le ASxL5T tu ma aga i le po e ala i le fa'apipi'iina o le tuputupu a'e i luga o ipu BHI po'o le BA i se swab mama. Aoina sela ASxL5T ma taofi i le MRD (CM0733, Oxoid), ona tuu lea i le 4°C mo le 7 aso e matelaina ai sela. O le faʻamatalaga a le NCTC poʻo le fale suʻesuʻe aganuʻu siama faʻamaʻi na tui ile BHI broth poʻo le Nu. 2 nutrient broth (CM007, Oxoid), faʻapipiʻi i le po, centrifuged i le 13,000g ma toe tuʻu ile MRD seia oʻo ile OD600 0.4. Aganuu: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, NCTC7466, Klebsiella oxytoca NCTC1146 Listeria Fa'apitoa siama NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus submarine hamburger NCTC 1621T, Salmonella intestinal bacteria Mondeville NC6TC1, Salmonella intestinal bacteria Mondeville NC6TC, 1 bacteria intestinal Mondeville NC6 Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. O le Campylobacter host sa microaerobically incubated i luga o ipu BA i le 37 ° C ma taofia i le NZCYM broth. O 'au a Campylobacter na tofotofoina o: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NC8TC 11458, C. lari4 NC8TC , C... Aoina sela i le MRD, centrifuge i le 13,000g ma toe fa'agata ile MRD seia o'o ile OD600 ole 0.4. Fa'aopoopo se aliquot ole 0.5 ml fa'agata ile 5 ml fa'afefeteina NZCYM pito i luga agar (0.6% agar) ma sasaa i luga ole 1.2% NZCYM ipu pito i lalo. A mae'a ona fa'amamago ma fa'agogo, ona tufaina lea ole ASxL5T fa'asusu fa'asolosolo e pei ole 20 µl matāua i luga o laupapa mutia ta'i tolu. O le vevela o le aganuu ma le siosiomaga e faʻalagolago i manaʻoga o siama suʻega.
Fa'aaogā le GenElute™ Bacterial Genomic DNA Kit (Sigma Aldridge) e saunia ai le DNA mai fa'ama'i tu'ufua. Na fa'aogaina metotia fa'apitoa mo le fa'alauteleina o le PCR o le 16S rRNA gene ma le fa'asologa o oloa e fa'aaoga ai le kemisi fa'amuta (Eurofins Value Read Service, Siamani). Fa'aoga le polokalame BLAST-N e fa'atusatusa ai nei fa'asologa ma isi fa'asologa o kenera 16S rRNA e fa'ailoa ma aoina ai meaola vavalalata. O lo'o fa'aogaina i le fa'aogaina o le ClustalW ile polokalame MEGA X. O le phylogenetic tree na toe faʻaleleia e faʻaaoga ai le MEGA X e faʻaaoga ai le auala sili ona maualuga e faʻavae i luga o le Tamura-Nei faʻataʻitaʻiga, ma 1000 kopi taiala54. Fa'aaogā PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) e su'e mai ai le DNA mo le fa'asologa atoa-genome. O le genome sequence o le ASxL5T na fuafuaina e faʻaaoga ai le Illumina MiSeq tuʻufaʻatasia, lea e aofia ai le 250 bp faʻaiʻuga lua faitau e aofia ai se faletusi na saunia e faʻaaoga ai le pusa faʻailoga Nextera ma le 2 i le 20 kb umi faitau mai le PacBio platform. Genomics DNA Sequencing Research Facility i le Iunivesite o Sembia. O le genome na faʻapipiʻiina e faʻaaoga ai le CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Tenimaka). ASxL5T aganuu o loʻo teuina i le National Type Culture Collection (UK) ma Netherlands Bacterial Culture Collection (NCCB). O genomes o meaola fa'afeso'ota'i o lo'o fa'aaogaina mo fa'atusatusaga o: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (numera fa'aopoopo HF680312, mae'a); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (numera fa'aopoopo BMYY01000001, le atoatoa); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (numera fa'aopoopo NZ_AUGV00000000, le'o atoatoa); Marinamonas community DSM 5604T (faaopoopo ASM436330v1, le atoatoa), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (faaopoopo MTSD02000001, le atoatoa) ma Thalassolituus sp. C2-1 (faaopoopo NZ_VNIL01000001, le atoatoa). Fa'aaoga le JGI Genome Portal36 ile https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= e iloa ai le sikoa fa'aoga (AF) ma le averesi o le nucleic acid identity (ANI). Taitoalua. O le metotia a Rodriguez-R & Konstantinidis55 na faʻaaogaina e fuafua ai le faʻasinomaga amino acid (AAI). Fa'aaogā le GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 e fa'atupuina ai se la'au phylogenetic fua fa'atatau. O le genome o lo'o i totonu o lo'o fa'atusalia le genome o lo'o avanoa e filifilia mai le genera fa'asino ua iloa e feso'ota'i ma le ASxL5T mai le 16S rRNA phylogeny. Fa'ailoa le la'au e fa'aaoga ai le laau feso'ota'i o le ola i luga o le initaneti (https://itol.embl.de/). O le fa'amatalaga fa'atino ma le au'ili'iliga o le genome ASxL5T o lo'o fa'atinoina i le fa'aaogaina o le BlastKOALA KEGG meafaigaluega i luga ole laiga e fa'aaoga ai le KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) fa'asoa fa'atamaoaigaina module. O le tufatufaina atu o vaega COG (orthologous group) e faʻamoemoeina e faʻaaoga ai le eggNOG-mapper meafaigaluega i luga ole laiga.
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