Një lloj i ri i baktereve Gram-negative, aerobike, tolerante ndaj kripës, aktive, në formë shufre dhe grabitqare ASxL5T u izolua nga një pellg i plehrave të lopës në Nottinghamshire, Angli dhe përdori Campylobacter si pre e tij. Më pas, specie të tjera Campylobacter dhe anëtarë të familjes Enterobacteriaceae u zbuluan si pre. Pas subkulturës pa qeliza bujtëse, u arrit rritje e dobët aseptike në Brain Heart Infusion Agar. Kushtet optimale të rritjes janë 37 °C dhe pH është 7. Mikroskopi elektronik transmetues zbuloi disa tipare morfologjike shumë të pazakonta që lidhen me disponueshmërinë e gjahut. Analiza filogjenetike duke përdorur sekuencën e gjenit 16S rRNA tregoi se izolimi lidhet me një anëtar të familjes Spirulina Detare, por nuk mund të klasifikohet qartë si një anëtar i ndonjë gjinie të njohur. Sekuenca e gjenomit të plotë të ASxL5T konfirmoi marrëdhënien me anëtarët e spiroketave detare. Një kërkim i bazës së të dhënave zbuloi se disa ASxL5T ndajnë sekuencat e gjenit 16S rRNA me disa baktere të pakulturuara nga oqeani, sipërfaqja e tokës dhe ujërat nëntokësore. Ne sugjerojmë që soji ASxL5T përfaqëson një specie të re në një gjini të re. Ne rekomandojmë emrin Venatorbacter cucullus gen. Nëntor, sp. Në nëntor, ASxL5T u përdor si tendosje e tipit.
Bakteret grabitqare janë baktere që shfaqin aftësinë për të gjuajtur dhe vrarë baktere të tjera të gjalla për të marrë materiale dhe energji biosintetike. Kjo është e ndryshme nga rikuperimi i përgjithshëm i lëndëve ushqyese nga mikroorganizmat e vdekur, dhe është gjithashtu i ndryshëm nga ndërveprimet parazitare, në të cilat bakteret krijojnë një marrëdhënie të ngushtë me bujtësin e tyre pa i vrarë ato. Bakteret grabitqare kanë evoluar cikle të ndryshme jete për të përfituar nga burimet e bollshme ushqimore në zonat ku gjenden (si habitatet detare). Ata janë një grup i larmishëm taksonomik, të cilët janë të lidhur vetëm nga cikli i tyre unik i jetës së sterilizimit1. Shembuj të baktereve grabitqare janë gjetur në disa fila të ndryshëm, duke përfshirë: Proteobakteret, Bacteroides dhe Chlorella.3. Megjithatë, bakteret grabitqare më të studiuara mirë janë organizmat Bdellovibrio dhe Bdellovibrio dhe të ngjashme (BALOs4). Bakteret grabitqare janë një burim premtues i përbërjeve të reja biologjikisht aktive dhe agjentëve antibakterialë5.
Bakteret grabitqare besohet se rrisin diversitetin mikrobial dhe kanë një ndikim pozitiv në shëndetin, produktivitetin dhe stabilitetin e ekosistemit6. Pavarësisht këtyre atributeve pozitive, ka pak studime mbi bakteret e reja grabitqare për shkak të vështirësisë së kultivimit të baktereve dhe nevojës për të vëzhguar me kujdes ndërveprimet e qelizave për të kuptuar ciklet e tyre komplekse të jetës. Ky informacion nuk është i lehtë për t'u marrë nga analiza kompjuterike.
Në një epokë të rritjes së rezistencës antimikrobike, po studiohen strategji të reja për shënjestrimin e patogjenëve bakterialë, si përdorimi i bakteriofagëve dhe baktereve grabitqare7,8. Bakteret ASxL5T u izoluan në vitin 2019 duke përdorur teknologjinë e izolimit të fagut nga plehrat e lopës të mbledhura nga Qendra e Qumështit të Universitetit të Nottingham, Nottinghamshire. Qëllimi i hetimit është të izolojë organizmat me potencial si agjentë të kontrollit biologjik. Campylobacter hyointestinalis është një patogjen zoonotik, i cili shoqërohet gjithnjë e më shumë me sëmundjet e zorrëve të njeriut10. Është i kudondodhur në serum dhe përdoret si një pritës i synuar.
Bakteri ASxL5T u izolua nga pelte viçi sepse u vu re se pllakat që formonte në lëndinën e C. hyointestinalis ishin të ngjashme me ato të prodhuara nga bakteriofagët. Ky është një zbulim i papritur, sepse një pjesë e procesit të izolimit të fagut përfshin filtrimin përmes një filtri 0.2 μm, i cili është krijuar për të hequr qelizat bakteriale. Ekzaminimi mikroskopik i materialit të nxjerrë nga pllaka zbuloi se bakteret e vogla gram-negative të lakuar në formë shufre nuk grumbullonin polihidroksibutirat (PHB). Kultura aseptike e pavarur nga qelizat e gjahut realizohet në një mjedis të ngurtë të pasur (siç është agari me infuzion të zemrës së trurit (BHI) dhe agari i gjakut (BA)), dhe rritja e tij është e dobët. Përftohet pas përmirësimit të subkulturës me inokulum të rëndë. Ajo rritet po aq mirë në kushte mikroaerobike (7% v/v oksigjen) dhe në kushte të oksigjenit atmosferik, por jo në një atmosferë anaerobe. Pas 72 orësh, diametri i kolonisë ishte shumë i vogël, duke arritur 2 mm, dhe ishte ngjyrë bezhë, e tejdukshme, e rrumbullakët, konveks dhe me shkëlqim. Testimi standard biokimik pengohet sepse ASxL5T nuk mund të kultivohet në mënyrë të besueshme në mjedise të lëngshme, gjë që sugjeron se mund të mbështetet në ciklin kompleks të jetës së formimit të biofilmit. Sidoqoftë, pezullimi i pllakës tregoi se ASxL5T është aerobik, pozitiv për oksidazën dhe katalazën dhe mund të tolerojë 5% NaCl. ASxL5T është rezistent ndaj 10 µg streptomicinës, por është i ndjeshëm ndaj të gjithë antibiotikëve të tjerë të testuar. Qelizat bakteriale ASxL5T u ekzaminuan nga TEM (Figura 1). Kur rriten pa qeliza gjahu në BA, qelizat ASxL5T janë Campylobacter të vegjël, me një gjatësi mesatare prej 1,63 μm (± 0,4), një gjerësi prej 0,37 μm (± 0,08) dhe një shtyllë të vetme të gjatë (deri në 5 μm). Flagjela seksuale. Përafërsisht 1.6% e qelizave duket se kanë një gjerësi më të vogël se 0.2 μm, e cila do të lejojë kalimin përmes pajisjes së filtrit. Një shtrirje e pazakontë strukturore u vu re në majë të disa qelizave, e ngjashme me një fanerë (latin cucullus) (shih shigjetat në 1D, E, G). Kjo duket se përbëhet nga membrana e jashtme e tepërt, e cila mund të jetë për shkak të zvogëlimit të shpejtë të madhësisë së mbështjellësit periplazmatik, ndërsa membrana e jashtme mbetet e paprekur, duke shfaqur një pamje "të lirshme". Kultivimi i ASxL5T në mungesë të lëndëve ushqyese (në PBS) për një kohë të gjatë në 4°C rezultoi që shumica (por jo të gjitha) qelizat të shfaqnin një morfologji kokale (Figura 1C). Kur ASxL5T rritet me Campylobacter jejuni si pre për 48 orë, madhësia mesatare e qelizave është dukshëm më e gjatë dhe më e ngushtë se qelizat e rritura pa bujtës (Tabela 1 dhe Figura 1E). Në të kundërt, kur ASxL5T rritet me E. coli si pre për 48 orë, madhësia mesatare e qelizave është më e gjatë dhe më e gjerë se kur rritet pa pre (Tabela 1) dhe gjatësia e qelizës është e ndryshueshme, zakonisht duke treguar filamentoze (Figura 1F). Kur u inkubuan me Campylobacter jejuni ose E. coli si pre për 48 orë, qelizat ASxL5T nuk treguan fare flagjela. Tabela 1 përmbledh vëzhgimet e ndryshimeve në madhësinë e qelizës bazuar në praninë, mungesën dhe llojin e gjahut të ASxL5T.
Ekrani TEM i ASx5LT: (A) ASx5LT tregon kamxhik të gjatë; (B) bateri tipike ASx5LT; (C) qelizat cocci ASx5LT pas inkubacionit të gjatë pa lëndë ushqyese; (D) një grup qelizash ASx5LT shfaqin anomali (E) Grupi qelizor ASx5LT i inkubuar me gjahun Campylobacter tregoi gjatësi qelizore të rritur krahasuar me ato pa rritje të gjahut (D) gjithashtu tregoi strukturë apikale; (F) Flagjela filamentoze të mëdha, qeliza ASx5LT, pas inkubimit me pre e E. coli; (G) Një qelizë e vetme ASx5LT pas inkubimit me E. coli, që tregon një strukturë të pazakontë të sipërme. Shiriti përfaqëson 1 μm.
Përcaktimi i sekuencës së gjenit 16S rRNA (numri i hyrjes MT636545.1) mundëson kërkimet e bazës së të dhënave për të vendosur sekuenca të ngjashme me ato të klasës Gammaproteobacteria dhe janë më të afërta me bakteret detare në familjen spirillum detare (Figura 2) dhe janë anëtarë të gjinisë Thalassolituus I afërmi më i afërt me Marine Bacillus. Sekuenca e gjenit 16S rRNA është qartësisht e ndryshme nga bakteret grabitqare që i përkasin familjes Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Krahasimet në çift të B. bacteriovorus HD100T (shtamimi i tipit, DSM 50701) dhe B. bacteriovorus DM11A ishin 48.4% dhe 47.7%, dhe për B. exovorus JSS ishte 46.7%. Bakteret ASxL5T kanë 3 kopje të gjenit 16S rRNA, dy prej të cilave janë identike me njëra-tjetrën dhe e treta është 3 baza larg njëra-tjetrës. Dy izolime të tjera bakteriale grabitqare (ASx5S dhe ASx5O; numrat e aderimit të gjenit 16S rRNA janë përkatësisht MT636546.1 dhe MT636547.1) me karakteristika morfologjike dhe fenotipike të ngjashme nga i njëjti vend, nuk janë të njëjta, por janë të ndryshëm nga ASxL5T dhe jokulturor. sekuencat e bazës së të dhënave grumbullohen së bashku me gjinitë e tjera në Oceanospirillaceae (Figura 2). E gjithë sekuenca e gjenomit të ASxL5T është përcaktuar dhe ruajtur në bazën e të dhënave NCBI, dhe numri i hyrjes është CP046056. Gjenomi i ASxL5T përbëhet nga një kromozom rrethor prej 2,831,152 bp me një raport G + C prej 56,1%. Sekuenca e gjenomit përmban 2653 CDS (gjithsej), nga të cilat 2567 parashikohen të kodojnë proteinat, nga të cilat 1596 mund të caktohen si funksione të supozuara (60.2%). Gjenomi përmban 67 gjene që kodojnë ARN, duke përfshirë 9 rRNA (3 për 5S, 16S dhe 23S) dhe 57 tRNA. Karakteristikat gjenomike të ASxL5T u krahasuan me gjenomet e disponueshme të shtameve të llojit relativ më të afërt të identifikuar nga sekuenca e gjenit 16S rRNA (Tabela 2). Përdorni identitetin e aminoacideve (AAI) për të krahasuar të gjitha gjenomet e disponueshme të Thalassolituus me ASxL5T. Sekuenca gjenomike më e afërt e disponueshme (jo e plotë) e përcaktuar nga AAI është Thalassolituus sp. C2-1 (shtoni NZ_VNIL01000001). Ky lloj u izolua nga sedimentet në det të thellë të Hendekut Mariana, por aktualisht nuk ka asnjë informacion fenotipik për këtë lloj për krahasim. Krahasuar me 2.82 Mb të ASxL5T, gjenomi i organizmit është më i madh në 4.36 Mb. Madhësia mesatare e gjenomit të spiroketave detare është rreth 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 gjenome referente të plota të hulumtuara nga https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), kështu që gjenomi i ASxL5T është në përputhje me renditja Në krahasim me anëtarët e tjerë, është mjaft e vogël. Përdorni GToTree 1.5.54 për të gjeneruar një pemë filogjenetike të gjasave maksimale të vlerësuara të bazuara në gjenom (Figura 3A), duke përdorur sekuencat aminoacide të rreshtuara dhe të lidhura të 172 gjeneve me një kopje specifike për Gammaproteobakteret 11,12,13,14,15,16, 17,18. Analiza tregoi se është e lidhur ngushtë me Thalassolituus, Plane Bakterike dhe Bakterin Detar. Megjithatë, këto të dhëna tregojnë se ASxL5T është i ndryshëm nga të afërmit e tij në Spirulinën Detare dhe të dhënat e sekuencës së gjenomit të tij janë të disponueshme.
Pema filogjenetike që përdor sekuencën e gjenit 16S rRNA thekson pozicionin e shtameve ASxL5T, ASxO5 dhe ASxS5 (me zorrët) në lidhje me shtamet e baktereve të pakultivuara dhe detare në Spirulinaceae detare. Numri i hyrjes në Genbank ndjek emrin e llojit në kllapa. Përdorni ClustalW për të rreshtuar sekuencat dhe përdorni metodën e gjasave maksimale dhe modelin Tamura-Nei për të konkluduar marrëdhëniet filogjenetike dhe për të kryer 1000 përsëritje të drejtuara në programin MEGA X. Numri në degë tregon se vlera e kopjes së drejtuar është më e madhe se 50%. Escherichia coli U/541T u përdor si një grup jashtë.
(A) Një pemë filogjenetike e bazuar në gjenomin, që tregon lidhjen midis bakterit detar Spirospiraceae ASxL5T dhe të afërmve të tij të afërt, E. coli U 5/41T si një grup jashtë. (B) Krahasuar me T. oleivorans MIL-1T, shpërndarja e kategorisë funksionale të gjeneve parashikohet bazuar në grupin e grupit ortolog (COG) të proteinës ASx5LT. Figura në të majtë tregon numrin e gjeneve në secilën kategori funksionale COG në secilin gjenom. Grafiku në të djathtë tregon përqindjen e gjenomave të përfshira në secilin grup funksional COG. (C) Krahasuar me T. oleiverans MIL-1T, analiza e rrugës modulare të plotë KEGG (Enciklopedia e gjeneve dhe gjenomave të Kiotos) të ASxL5T.
Përdorimi i bazës së të dhënave KEGG për të ekzaminuar gjenet përbërëse të pranishme në gjenomën ASxL5T zbuloi rrugën tipike metabolike të gama aerobike Proteus. ASxL5T përmban gjithsej 75 gjene të caktuara për proteinat motorike bakteriale, duke përfshirë gjenet e përfshira në kemotaksën, montimin e flagjelave dhe sistemin e fimbries së tipit IV. Në kategorinë e fundit, 9 nga 10 gjene janë përgjegjës për lëvizjen shtrënguese të një sërë organizmash të tjerë. Gjenomi i ASxL5T përmban një rrugë të plotë biosintetike tetrahidropirimidine që merr pjesë në përgjigjen mbrojtëse ndaj stresit osmotik20, siç pritet për halofilet. Gjenomi përmban gjithashtu shumë rrugë të plota për kofaktorët dhe vitaminat, duke përfshirë rrugët e sintezës së riboflavinës. Megjithëse gjeni i alkan 1-monooksigjenazës (alkB2) është i pranishëm në ASxL5T, rruga e përdorimit të hidrokarbureve nuk është e plotë. Në sekuencën gjenomike të ASxL5T, homologët e gjeneve të identifikuara si përgjegjës kryesor për degradimin e hidrokarbureve në T. oleiverans MIL-1T21, si TOL_2658 (alkB) dhe TOL_2772 (dehidrogjenaza e alkoolit) mungojnë qartë. Figura 3B tregon krahasimin e shpërndarjes së gjeneve në kategorinë COG midis ASxL5T dhe vajit të ullirit MIL-1T. Në përgjithësi, gjenomi më i vogël ASxL5T përmban proporcionalisht më pak gjene nga secila kategori COG krahasuar me gjenomin më të madh të lidhur. Kur numri i gjeneve në secilën kategori funksionale shprehet si përqindje e gjenomit, vërehen ndryshime në përqindjen e gjeneve në kategoritë e përkthimit, strukturës ribozomale dhe biogjenezës, si dhe kategoritë e funksionit të prodhimit dhe konvertimit të energjisë, të cilat përbëjnë ASxL5T më të madh. gjenomi Përqindja krahasohet me të njëjtin grup të pranishëm në gjenomin MIL-1T të T. oleiverans. Në të kundërt, krahasuar me gjenomin ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T ka një përqindje më të lartë të gjeneve në kategoritë e replikimit, rikombinimit dhe riparimit dhe transkriptimit. Është interesante se ndryshimi më i madh në përmbajtjen e secilës kategori funksionale të dy gjenomave është numri i gjeneve të panjohura të pranishme në ASxL5T (Figura 3B). Është kryer një analizë pasurimi e moduleve KEGG, ku çdo modul KEGG përfaqëson një grup njësish funksionale të përcaktuara manualisht për shënimin dhe interpretimin biologjik të të dhënave të sekuencës gjenomike. Krahasimi i shpërndarjes së gjeneve në shtegun e plotë të modulit KOG të ASxL5T dhe MIL-1T të ullirit është paraqitur në Figurën 3C. Kjo analizë tregon se megjithëse ASxL5T ka një rrugë të plotë metabolike të squfurit dhe azotit, T. oleiverans MIL-1T nuk ka. Në të kundërt, T. oleiverans MIL-1T ka një rrugë të plotë metabolike të cisteinës dhe metioninës, por është e paplotë në ASxL5T. Prandaj, ASxL5T ka një modul karakteristik për asimilimin e sulfatit (të përcaktuar si një grup gjenesh që mund të përdoren si shënues fenotipikë, si kapaciteti metabolik ose patogjeniteti; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Në T oleiverans MIL-1T. Krahasimi i përmbajtjes së gjeneve të ASxL5T me listën e gjeneve që sugjerojnë një mënyrë jetese grabitqare nuk është përfundimtare. Megjithëse gjeni waaL që kodon ligazën e lidhur me polisaharidin e antigjenit O në thelb është i pranishëm në gjenomën ASxL5T (por është i zakonshëm në shumë baktere Gram-negative), gjenet e triptofanit 2,3-dioksigjenazë (TDO) mund të përfshijnë 60 amino rajone acide që gjenden zakonisht në bakteret grabitqare që nuk janë të pranishme. Nuk ka gjene të tjera karakteristike grabitqare në gjenomën ASxL5T, duke përfshirë ato që kodojnë enzimat e përfshira në biosintezën izoprenoide në rrugën e mevalonateve. Vini re se nuk ka gjen rregullator transkriptues gntR në grupin e grabitqarëve të ekzaminuar, por tre gjene të ngjashëm me gntR mund të identifikohen në ASxL5T.
Karakteristikat fenotipike të ASxL5T përmblidhen në Tabelën 3 dhe krahasohen me karakteristikat fenotipike të gjinive të lidhura 23, 24, 25, 26 dhe 27 të raportuara në literaturë. Izolimet nga T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis dhe Oceanobacter kriegii janë trupa aktivë, tolerantë ndaj kripës, oksidazë pozitivë në formë shufre, por pothuajse nuk kanë karakteristika të tjera fenotipike me ASxL5T. PH mesatar i oqeanit është 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), i cili reflektohet në T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis dhe O. kriegii. ASxL5T është i përshtatshëm për gamën më të madhe të pH (4-9) tipike për speciet jo detare. Karakteristikat fenotipike të Thalassolituus sp. C2-1. E panjohur. Gama e temperaturës së rritjes së ASxL5T është përgjithësisht më e gjerë se ajo e shtameve detare (4–42 °C), megjithëse disa, por jo të gjitha izolimet e T. marinus janë tolerante ndaj nxehtësisë. Paaftësia për të rritur ASxL5T në media supë parandaloi karakterizimin e mëtejshëm fenotipik. Përdorni API 20E për të testuar materialet e gërvishtura nga pllaka BA, ONPG, arginine dihidrolaza, lizina dekarboksilaza, ornitina dekarboksilaza, përdorimi i citrateve, ureaza, triptofan deaminaza, Enzima e hidrolizës së xhelatinës, rezultatet e testit ishin të gjitha negative, por jo indolin dhe H2S, . janë prodhuar. Karbohidratet e pafermentuara përfshijnë: glukozën, manozën, inozitolin, sorbitolin, ramnozën, saharozën, melibiozën, amigdalinën dhe arabinozën. Krahasuar me shtamet e publikuara të referencës, profili qelizor i acideve yndyrore të shtamit ASxL5T tregohet në tabelën 4. Acidet yndyrore kryesore qelizore janë C16:1ω6c dhe/ose C16:1ω7c, C16:0 dhe C18:1ω9. Ekzistojnë gjithashtu acide yndyrore hidroksi C12:0 3-OH dhe C10:0 3-OH. Raporti i C16:0 në ASxL5T është më i lartë se vlera e raportuar e gjinive përkatëse. Në të kundërt, krahasuar me T. marinus IMCC1826TT të raportuar, raporti i C18:1ω7c dhe/ose C18:1ω6c në ASxL5T është zvogëluar. oleivorans MIL-1T dhe O. kriegii DSM 6294T, por nuk janë zbuluar në B. sanyensis KCTC 32220T. Krahasimi i profileve të acideve yndyrore të ASxL5T dhe ASxLS zbuloi ndryshime delikate në sasinë e acideve yndyrore individuale midis dy shtameve, të cilat janë në përputhje me sekuencën gjenomike të ADN-së të së njëjtës specie. Asnjë grimcë poli-3-hidroksibutirat (PHB) nuk u zbulua duke përdorur testin e zi të Sudanit.
Aktiviteti grabitqar i baktereve ASxL5T u studiua për të përcaktuar gamën e gjahut. Ky bakter mund të formojë pllaka në speciet Campylobacter, duke përfshirë: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 dhe C. upsaliensis NCTC 11541T. Përdorni kulturat e listuara në seksionin e përcaktimit të diapazonit pritës të metodës për të testuar një gamë më të gjerë të baktereve Gram-negative dhe Gram-pozitive. Rezultatet tregojnë se ASxL5T mund të përdoret gjithashtu në Escherichia coli NCTC 86 dhe Citrobacter freundii NCTC 9750T. Pllakat e formuara në Klebsiella oxytoca 11466. Ndërveprimi TEM me E. coli NCTC 86 është paraqitur në Figurën 4A-D dhe ndërveprimi me Campylobacter jejuni PT14 dhe Campylobacter suis S12 është paraqitur në Figurën 4E-H në mes. Mekanizmi i sulmit duket të jetë i ndryshëm midis llojeve të gjahut të testuara, me një ose më shumë qeliza E. coli të bashkangjitura në secilën qelizë ASxL5T dhe të pozicionuara anash përgjatë qelizës së zgjatur përpara adsorbimit. Në të kundërt, ASxL5T duket se ngjitet me Campylobacter përmes një pike të vetme kontakti, zakonisht në kontakt me majën e qelizës grabitqare dhe pranë majës së qelizës Campylobacter (Figura 4H).
TEM që tregon ndërveprimin midis ASx5LT dhe gjahut: (AD) dhe E. coli pre; (EH) dhe C. jejuni pre. (A) Një qelizë tipike ASx5LT e lidhur me një qelizë të vetme E. coli (EC); (B) Një ASx5LT filamentoze e lidhur me një qelizë të vetme EC; (C) Një qelizë filamentoze ASx5LT e lidhur me qeliza të shumta EC; (D) Bashkangjitje Qeliza më të vogla ASx5LT në një qelizë të vetme E. coli (EC); (E) një qelizë e vetme ASx5LT e lidhur me një qelizë Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT sulmon qelizat C. hyointestinalis (CH); (G) dy një qelizë ASx5LT sulmuan një qelizë CJ; (H) Një pamje nga afër e pikës së lidhjes ASx5LT, pranë majës së qelizës CJ (bar 0,2 μm). Shiriti përfaqëson 1 μm në (A–G).
Bakteret grabitqare kanë evoluar për të përfituar nga burimet e bollshme të gjahut. Natyrisht, ato janë gjerësisht të pranishme në shumë mjedise të ndryshme. Për shkak të madhësisë së ngushtë të anëtarëve të popullatës, është e mundur të izolohen bakteret ASxL5T nga slurri duke përdorur metodën e ndarjes së fagut. Rëndësia gjenomike e ASxL5T për anëtarët e familjes së baktereve detare oceanospirillaceae është befasuese, megjithëse organizmi është tolerant ndaj kripës dhe mund të rritet në një mjedis që përmban 5% kripë. Analiza e cilësisë së ujit të llumit tregoi se përmbajtja e klorurit të natriumit ishte më pak se 0.1%. Prandaj, balta është shumë larg mjedisit detar - si gjeografikisht ashtu edhe kimikisht. Prania e tre izolimeve të lidhura, por të ndryshme nga i njëjti burim ofron dëshmi se këta grabitqarë po lulëzojnë në këtë mjedis jo detar. Për më tepër, analiza e mikrobiomit (skedarët e të dhënave të disponueshme nga https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) treguan se e njëjta sekuencë e gjenit 16S rRNA ndodhet në 50 takson më të bollshëm operacional (OTU). ) Në disa intervale të marrjes së mostrave të baltës. Në bazën e të dhënave Genbank u gjetën disa baktere të pakulturuara, të cilat kanë sekuenca të gjeneve 16S rRNA të ngjashme me bakteret ASxL5T. Këto sekuenca, së bashku me sekuencat e ASxL5T, ASxS5 dhe ASxO5, duket se përfaqësojnë klade të ndryshme të ndara nga Thalassolituus dhe Oceanobacter (Figura 2). Tre lloje të baktereve të pakulturuara (GQ921362, GQ921357 dhe GQ921396) u izoluan nga uji i çarjes në një thellësi prej 1.3 kilometrash në minierën e arit të Afrikës së Jugut në vitin 2009, dhe dy të tjerat (DQ256320 dhe DQ337006 ishin nga Afrika e Jugut (apo në tokë nëntokësore) në vitin 2005). Sekuenca e gjenit 16S rRNA që lidhet më së shumti me ASxL5T është pjesë e sekuencës së gjenit 16S rRNA e marrë nga kultura e pasurimit të sedimenteve ranore të marra nga plazhet e Francës veriore në 2006 (numri i hyrjes AM29240828). Një sekuencë tjetër e gjenit 16S rRNA e lidhur ngushtë nga bakteri i pakulturuar HQ183822.1 u mor nga një rezervuar grumbullimi i kulluar nga një deponi komunale në Kinë. Natyrisht, bakteret ASxL5T nuk janë shumë përfaqësuese në bazat e të dhënave taksonomike, por këto sekuenca nga bakteret e pakulturuara ka të ngjarë të përfaqësojnë organizma të ngjashëm me ASxL5T, të cilat shpërndahen në të gjithë botën, zakonisht në mjedise sfiduese. Nga e gjithë analiza filogjenetike e gjenomit, më i afërti me ASxL5T është Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Dhe O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus është një anëtar i baktereve detare të fragmentimit të detyrueshëm të hidrokarbureve (OHCB), i cili është i përhapur në mjediset detare dhe tokësore dhe zakonisht bëhet dominues pas incidenteve të ndotjes hidrokarbure30,31. Bakteret detare nuk janë anëtarë të grupit OHCB, por janë të izoluara nga mjedisi detar.
Të dhënat fenotipike tregojnë se ASxL5T është një specie e re dhe një anëtar i një gjinie të panjohur më parë në familjen detare spirospiraceae. Aktualisht nuk ka një standard të qartë për të klasifikuar shtamet e sapoizoluara në një gjini të re. Janë bërë përpjekje për të përcaktuar kufijtë universalë të gjinive, për shembull, bazuar në përqindjen e gjenomit të një proteine ​​konservative (POCP), rekomandohet që vlera e ndërprerjes të jetë 50% identike me shtamin e referencës33. Të tjerë sugjerojnë përdorimin e vlerave AAI, të cilat kanë përparësi ndaj POCP sepse ato mund të merren nga gjenomet jo të plota34. Autori beson se nëse vlera e AAI është më pak se 74% krahasuar me llojin model të specieve model, shtami është një përfaqësues i një gjinie të ndryshme. Gjinia model në spirillaceae detare është spirillum detar, dhe lloji model është O. linum ATCC 11336T. Vlera e AAI ndërmjet ASxL5T dhe O. linum ATCC 11336T është 54,34%, dhe vlera AAI midis ASxL5T dhe T. oleivorans MIL-1T (shtameve të llojit të gjinisë) është 67,61%, që tregon se ASxL5T përfaqëson një gjini të re të ndryshme nga Thalas.s. Duke përdorur sekuencën e gjenit 16S rRNA si standard klasifikimi, kufiri i sugjeruar i delimitimit të gjinisë është 94,5%35. ASxL5T mund të vendoset në gjininë Thalassolituus, duke treguar 95,03% identitet të sekuencës 16S rRNA me T. oleivorans MIL-1T dhe 96,17%. marinus IMCC1826T. Megjithatë, do të vendoset gjithashtu në gjininë Bacteroides që ka 94,64% identitet të gjenit 16S rRNA me B. sanyensis NV9, duke treguar se përdorimi i një gjeni të vetëm siç është gjeni 16S rRNA mund të çojë në klasifikim dhe caktim arbitrar. Një metodë tjetër e sugjeruar përdor ANI dhe rezultatin e shtrirjes së gjenomit (AF) për të ekzaminuar grumbullimin e pikave të të dhënave nga të gjitha llojet dhe shtamet jo tipike të gjinive ekzistuese. Autori rekomandon kombinimin e kufirit të gjinisë me pikën e lakimit të gjinisë së vlerësuar specifike për takson që analizohet. Megjithatë, nëse nuk ka mjaft sekuenca të plota gjenomike nga izolimet Thalassolituus, është e pamundur të përcaktohet nëse ASxL5T i përket gjinisë Thalassolituus me këtë metodë. Për shkak të disponueshmërisë së kufizuar të sekuencave të plota të gjenomit për analizë, e gjithë pema filogjenetike e gjenomit duhet të interpretohet me kujdes. Së dyti, metodat e krahasimit të gjenomit të plotë nuk mund të llogarisin ndryshime thelbësore në madhësinë e gjenomave të krahasuara. Ata matën ngjashmërinë e gjeneve me një kopje të vetme bërthamore të konservuar midis gjinive të lidhura, por nuk morën parasysh numrin e madh të gjeneve që nuk janë të pranishëm në gjenomin shumë më të vogël të ASxL5T. Natyrisht, ASxL5T dhe grupet duke përfshirë Thalassolituus, Oceanobacter dhe Bacterioplanes kanë një paraardhës të përbashkët, por evolucioni ka marrë një rrugë tjetër, duke çuar në një reduktim të gjenomit, që mund të jetë përshtatja me një stil jetese grabitqare. Kjo është në kontrast me T. oleivorans MIL-1T, i cili është 28% më i madh dhe ka evoluar nën presione të ndryshme mjedisore për të përdorur hidrokarburet23,30. Një krahasim interesant mund të bëhet me parazitët dhe simbionet e detyrueshme ndërqelizore, si Rickettsia, Chlamydia dhe Buchnera. Madhësia e gjenomit të tyre është rreth 1 Mb. Aftësia për të përdorur metabolitët e qelizave pritëse çon në humbje të gjeneve, kështu që iu nënshtrua degradimit gjenomik të rëndësishëm evolucionar. Ndryshimet evolucionare nga organizmat ushqyes kimikë detarë në stilet e jetesës grabitqare mund të rezultojnë në një reduktim të ngjashëm në madhësinë e gjenomit. Analiza COG dhe KEGG nxjerr në pah numrin e gjeneve të përdorura për funksione specifike dhe ndryshimet globale në rrugët gjenomike midis ASxL5T dhe T. oleivorans MIL-1T, të cilat nuk janë për shkak të disponueshmërisë së gjerë të elementeve gjenetikë të lëvizshëm. Dallimi në raportin G + C të të gjithë gjenomit të ASxL5T është 56,1%, dhe ai i T. oleivorans MIL-1T është 46,6%, që tregon gjithashtu se ai është i veçuar.
Ekzaminimi i përmbajtjes koduese të gjenomit ASxL5T ofron njohuri funksionale në karakteristikat fenotipike. Prania e gjeneve që kodojnë fimbriet e tipit IV (Tfp) është me interes të veçantë sepse ato nxisin lëvizjen e qelizave, të quajtura rrëshqitje sociale ose konvulsione, pa flagjela në sipërfaqe. Sipas raporteve, Tfp ka funksione të tjera, duke përfshirë grabitjen, patogjenezën, formimin e biofilmit, marrjen natyrale të ADN-së, grumbullimin dhe zhvillimin automatik të qelizave38. Gjenomi ASxL5T përmban 18 gjene që kodojnë ciklazën diguanilate (një enzimë që katalizon shndërrimin e 2 guanozinës trifosfat në guanozinë 2 fosfat dhe diGMP ciklike) dhe 6 gjene që kodojnë diguanilate ciklazë fosfatin përkatës. Gjeni për esterazën (që katalizon degradimin e di-GMP ciklike në guanozinë monofosfat) është interesant sepse cycl-di-GMP është një lajmëtar i dytë i rëndësishëm i përfshirë në zhvillimin dhe ndarjen e biofilmit, lëvizjen, lidhjen e qelizave dhe virulencën 39, 40 në proces. Duhet të theksohet gjithashtu se në Bdellovibrio bacteriovorus, GMP ciklike e dyfishtë është treguar se kontrollon kalimin midis jetës së lirë dhe stilit të jetesës grabitqare41.
Shumica e kërkimeve mbi bakteret grabitqare janë fokusuar në Bdellovibrio, organizma të ngjashëm me Bdellovibrio dhe speciet Myxococcus. Këta dhe shembuj të tjerë të njohur të baktereve grabitqare formojnë një grup të larmishëm. Pavarësisht nga ky diversitet, janë identifikuar një grup familjesh proteinike karakteristike që pasqyrojnë fenotipet e 11 baktereve të njohura grabitqare3,22. Megjithatë, janë identifikuar vetëm gjenet që kodojnë ligazën e antigjenit O (waaL), e cila është veçanërisht e zakonshme në bakteret gram-negative. Kjo formë analize nuk është e dobishme në përcaktimin e ASxL5T si një grabitqar, ndoshta sepse përdor një strategji të re sulmi. Disponueshmëria e gjenomave bakteriale grabitqare më të ndryshme do të ndihmojë në zhvillimin e analizave me rezolucion më të imët që marrin parasysh dëshmitë e dallimeve funksionale dhe mjedisore midis anëtarëve të grupit. Shembuj të baktereve grabitqare që nuk përfshihen në këtë analizë përfshijnë anëtarët e Cupriavidus necator42 dhe Bradymonabacteria43, sepse ndërsa studiuesit hetojnë komunitete të ndryshme mikrobike, krijohen më shumë takse grabitqare.
Tipari më i dukshëm i baktereve ASxL5T të kapur nga imazhi TEM është morfologjia e tij unike dhe fleksibël, e cila mund të nxisë ndërveprimin me bakteret e gjahut. Lloji i ndërveprimit të vëzhguar është i ndryshëm nga bakteret e tjera grabitqare dhe nuk është zbuluar apo raportuar më parë. Cikli i propozuar i jetës grabitqare ASxL5T është paraqitur në Figurën 5. Ka pak shembuj në literaturë me struktura të ngjashme apikale siç raportojmë këtu, por këta shembuj përfshijnë Terasakiispira papahanaumokuakeensis, një bakter detar spirillum me zmadhim të rastësishëm të majës 44, dhe Alphateriellapusillarateo , që më parë i përkiste gjini Oceanospillum, që shfaq të ashtuquajturin "film polar" 45. Format e kokëve vërehen shpesh në kulturat e vjetra, veçanërisht për bakteret me forma të lakuara, si Vibrio, Campylobacter dhe Helicobacter 46, 47, 48, të cilat mund të përfaqësojnë një gjendje të degraduar. . Nevojitet punë e mëtejshme për të sqaruar ciklin e saktë të jetës së baktereve ASxL5T. Për të përcaktuar se si kap dhe pre, dhe nëse gjenomi i tij kodon përbërje biologjikisht aktive që mund të përdoren për qëllime mjekësore ose bioteknologjike.
Përshkrimi i Venatorbacter gen. Nëntor Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. është i përbërë nga venatorë nga L. n. venator, 'hunter' dhe Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' Qelizat janë aerobike, rezistente ndaj kripës, njolla e lakuar ndaj grameve, katalaza dhe aktiviteti i oksidazës nuk janë pozitiv Grumbullohet në intervalin e temperaturës nga 4 deri në 42 °C Gama e pH-së prej 4-9 është e pazakontë në kërmijtë detarë, shumica e acideve yndyrore janë intolerante ndaj pH-së. C16:0 dhe C18:1ω9 ; Acidet yndyrore hidroksiale Ato nuk rriten në mjediset e supës. Përmbajtja e ADN-së G + C është 56,1 mol familjen.
Përshkrimi i Venatorbacter cucullus sp. Nëntor Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus do të thotë panair).
Përveç kësaj, veçoria përshkruese e kësaj gjinie është se kur rriten në BA ose BHI, qelizat janë 1.63 µm të gjata dhe 0.37 µm të gjera. Kolonitë në agarin BHI janë shumë të vogla, duke arritur 2 mm në diametër pas 72 orësh. Ato janë ngjyrë bezhë, të tejdukshme, të rrumbullakëta, konvekse dhe me shkëlqim. Anëtarët e kësaj specie mund të përdorin Escherichia coli dhe Klebsiella. Campylobacter dhe disa baktere të tjera gram-negative shërbejnë si pre.
Lloji tipik ASxL5T u izolua nga qumështi i viçit në Nottinghamshire, MB dhe u depozitua në Koleksionin Kombëtar të Llojit të Kulturës (MB): numri i hyrjes NCTC 14397 dhe numri i hyrjes në Koleksionin e Kulturës Bakterore Hollandeze (NCCB) NCCB 100775. Sekuenca e plotë e gjenomit të ASxL është depozituar në Genbank sipas shtimit të CP046056.
Bakteret ASxL5T u izoluan nga qumështi i viçit duke përdorur teknologjinë e izolimit të fagut9,49. Sllumi u hollua 1:9 (w/v) në tampon SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O dhe 0.01% xhelatinë; Sigma Aldrich, Gillingham, MB), më pas inkuboni në 4°C për 24 orë, duke u rrotulluar ngadalë për të elutur grabitqarët në tampon. Pezullimi u centrifugua në 3000 g për 3 minuta. Supernatanti u mblodh dhe u centrifugua në 13,000 g për herë të dytë për 5 minuta. Më pas, supernatanti kaloi përmes një filtri membranor 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Gjermani) dhe një filtri membranor 0.2 µm (Minisart) për të hequr çdo qelizë bakteriale të mbetur. ASxL5T mund t'i kalojë këto filtra. Një lëndinë e butë me agar të Campylobacter enterosus S12 (numri i hyrjes NCBI CP040464) nga i njëjti pluhur u përgatit duke përdorur teknika standarde. Lluri i filtruar u shpërnda në secilën prej këtyre pllakave të qelizave pritëse në 10 µl pika në tre kopje dhe u la të thahej. Pllaka u inkubua në një rezervuar mikroaerofil në 37°C për 48 orë në kushte mikroaerobike (5% O2, 5% H2, 10% CO2 dhe 80% N2). Pllaka e përftuar e dukshme u ekstraktua në tampon SM dhe u transferua në lëndinën e freskët të C. hyointestinalis S12 për të përhapur më tej organizmat e lizuar. Pasi të përcaktohet se bakteret janë shkaku i pllakës litike dhe jo fagu, përpiquni ta rritni organizmin në mënyrë të pavarur nga bujtësi dhe ta karakterizoni më tej. Kultura aerobike u krye në 37 °C me gjak kali të defibrinuar 5% v/v (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplement). Sipas udhëzimeve të Komitetit Kombëtar të Standardeve Klinike, metoda e difuzionit të diskut përdoret për testimin e ndjeshmërisë antibakteriale. Agari BHI u kultivua në 37 °C duke përdorur një disk që përmban antibiotikët e mëposhtëm (Oxoid) për kulturë aerobike: amoksicilinë dhe acid klavulanik 30 µg; cefotaksime 30 μg; streptomicinë 10 µg; ciprofloxacin 5 μg; Ceftazidime 30 µg Acid Nalidixic 30 µg; Imipenem 10 μg; Azitromicinë 15 μg; Kloramfenikol 30 μg; Cefoksitin 30 μg; Tetraciklinë 30 μg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 μg; Ampicilinë 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 µg. Toleranca ndaj kripës u vendos me inkubacion aerobik në pllaka agar BHI në 37 °C. NaCl shtesë u shtua në pllakat e agarit BHI për të siguruar një gamë përqendrimi deri në 10% w/v. Gama e pH përcaktohet nga kultura aerobike në pllaka agar BHI në 37°C, ku diapazoni i pH është rregulluar midis 4 dhe 9 me HCl steril ose NaOH steril dhe vlera e pH e synuar verifikohet përpara derdhjes së pllakës. Për analizën e acideve yndyrore qelizore, ASxL5T u kultivua në agar BHI për 3 ditë dhe aerobik në 37 °C. Sipas protokollit standard MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versioni 6.10) i FERA Science Ltd, (Jork, MB), acidet yndyrore të qelizave u nxorrën, përgatitën dhe analizuan.
Për TEM, ASxL5T u kultivua aerobe duke u përhapur në mënyrë të njëtrajtshme në BA në 37°C për 24 orë, dhe më pas u grumbullua në 1 ml glutaraldehid 3% (v/v) në tampon kakodilate 0.1 M në temperaturën e dhomës Fiksoni për 1 orë, pastaj centrifugoni në 10.000 g për 3 minuta. Më pas suspendoni butësisht peletin në tampon kakodilate 600 μl 0,1 M. Transferoni pezullimin fiks ASxL5T në filmin Formvar/karbon në një rrjetë bakri 200 mesh. Bakteret u ngjyrosën me 0.5% (w/v) acetat uranil për 1 minutë dhe u ekzaminuan nga TEM duke përdorur një mikroskop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Siç u përmend më lart, kombinoni të njëjtin numër gjahu dhe grabitqari në lëngun NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) dhe inkuboni për 48 orë në kushte mikroaerobike të Campylobacter ose Campylobacter në 37°C, Ndërveprimi i grabitqarit dhe gjahut u ekzaminua edhe nga TEM. Kushtet aerobike për Escherichia coli. Ekzaminoni në mënyrë të pavarur gjahun dhe bakteret grabitqare për të përcaktuar çdo ndryshim në morfologjinë e qelizave për shkak të grabitqarit. Metoda e zezë e Sudanit u përdor për mikroskopin optik të akumulimit të PHB.
Rritni kulturat ASxL5T gjatë natës duke lyer rritjen në pllaka BHI ose BA me një shtupë sterile. Mblidhni qelizat ASxL5T dhe suspendoni ato në MRD (CM0733, Oxoid), dhe më pas vendosini në 4°C për 7 ditë për të ngordhur qelizat. Kultura bakteriale e referencës NCTC ose e aksioneve laboratorike u inokulua në lëngun BHI ose në lëngun ushqyes nr. 2 (CM007, Oxoid), u inkubua gjatë natës, u centrifugua në 13,000 g dhe u risuspendua në MRD derisa OD600 të ishte 0.4. Kultura: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsciella,TCu6toocy 10817, Listeria Bakteret speciale NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus nëndetëse hamburger NCTC 1621T, Salmonellade bakteriet TCcil757 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Pritësi Campylobacter u inkubua në mënyrë mikroaerobike në pllaka BA dhe ZC në broshurë 37YMth. Pritësit e Campylobacter të testuar janë: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 1114ri jejuni PT14, C... Mblidhni qelizat në MRD, centrifugoni në 13,000g dhe risuspendoni në MRD derisa OD600 të jetë 0.4. Shtoni një sasi prej 0,5 ml suspension në 5 ml agar të sipërm NZCYM të shkrirë (0,6% agar) dhe hidheni në një pjatë të poshtme 1,2% NZCYM. Pas tharjes dhe tharjes, ASxL5T e holluar në mënyrë serike u shpërnda si pika 20 µl në çdo dërrasë lëndinë në tre kopje. Temperatura dhe atmosfera e kulturës varen nga kërkesat e baktereve testuese.
Përdorni GenElute™ Kompleti i ADN-së gjenomike bakteriale (Sigma Aldridge) për të përgatitur ADN-në nga izolimet bakteriale. Metodat standarde u përdorën për amplifikimin PCR të gjenit 16S rRNA dhe përcaktimin e sekuencës së produktit duke përdorur kiminë e përfundimit të ngjyrës (Eurofins Value Read Service, Gjermani). Përdorni programin BLAST-N për të krahasuar këto sekuenca me sekuencat e tjera të gjenit 16S rRNA për të identifikuar dhe mbledhur specie të lidhura ngushtë. Këto janë rreshtuar duke përdorur ClustalW në programin MEGA X. Pema filogjenetike u rindërtua duke përdorur MEGA X duke përdorur metodën e gjasave maksimale bazuar në modelin Tamura-Nei, me 1000 kopje të drejtuara54. Përdorni PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) për të nxjerrë ADN-në për renditjen e plotë të gjenomit. Sekuenca gjenomike e ASxL5T u përcaktua duke përdorur kombinimin Illumina MiSeq, i cili përbëhet nga lexime të dyfishta 250 bp të përbërë nga një bibliotekë e përgatitur duke përdorur kompletin e etiketimit Nextera dhe lexime të gjata 2 deri në 20 kb nga platforma PacBio. Objekti i Kërkimit të Sekuencës së ADN-së së Gjenomikës në Universitetin e Sembias. Gjenomi u grumbullua duke përdorur CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danimarkë). Kulturat ASxL5T depozitohen në Koleksionin Kombëtar të Kulturës së Tipit (MB) dhe në Koleksionin e Kulturës Bakterike të Holandës (NCCB). Gjenomet e organizmave të lidhur që përdoren për krahasim janë: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (numri i hyrjes HF680312, i plotë); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (numri i hyrjes BMYY01000001, i paplotë); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (numri i hyrjes NZ_AUGV00000000, jo i plotë); Komuniteti Marinamonas DSM 5604T (shtuar ASM436330v1, i paplotë), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (shtuar MTSD02000001, jo i plotë) dhe Thalassolituus sp. C2-1 (shtoni NZ_VNIL01000001, i paplotë). Përdorni JGI Genome Portal36 në https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= për të përcaktuar rezultatin e shtrirjes (AF) dhe identitetin mesatar të acidit nukleik (ANI). Në çifte. Metoda e Rodriguez-R & Konstantinidis55 është përdorur për të përcaktuar identitetin e aminoacideve (AAI). Përdorni GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 për të gjeneruar një pemë filogjenetike të gjasave maksimale të vlerësuara. Gjenomi hyrës që përfaqëson gjenomën e disponueshme të referencës zgjidhet nga gjinitë referuese të identifikuara si të lidhura me ASxL5T nga filogjenia 16S rRNA. Shënoi pemën duke përdorur mjetin interaktiv të pemës së jetës në internet (https://itol.embl.de/). Shënimi funksional dhe analiza e gjenomit ASxL5T kryhet duke përdorur mjetin online BlastKOALA KEGG duke përdorur shpërndarjen e modulit të pasurimit KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Shpërndarja e kategorive COG (grupet ortologjike) përcaktohet duke përdorur veglën online eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ dhe Muñoz-Dorado, J. Predacioni bakterial: 75 vjet dhe vazhdon! . mjedisi. mikroorganizëm. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. etj. Diversiteti dhe potenciali antibakterial i baktereve grabitqare në vijën bregdetare peruane. Droga e marsit. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Nëpërmjet gjeneve të tyre do t'i kuptoni: karakteristikat gjenomike të baktereve grabitqare. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Mënyra e jetesës grabitqare e bakteriofagut Bdellovibrio. instaloni. Mikrobet pastor. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotikët nga bakteret grabitqare. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio dhe organizma të ngjashëm janë parashikues të diversitetit të mikrobiomit në popullata të ndryshme pritëse. mikroorganizëm. Ekologjia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. dhe Ballesté-Delpierre, C. Zbuloni statusin aktual të agjentëve të rinj antibakterialë. klinike. mikroorganizëm. Infektojnë. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Predacioni i dyfishtë i fagut dhe fagut mund të çrrënjosë prenë e E. coli pa një grabitje të vetme. J. Bakteret. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Numri dhe diversiteti i Campylobacter dhe bakteriofagëve të izoluar gjatë ciklit të të ushqyerit të pulave me rreze të lirë dhe organike. Mjedisi i aplikimit. mikroorganizëm. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA etj. Përditësoni taksonominë gjenomike dhe epidemiologjinë e derrit Campylobacter. shkencës. Përfaqësuesi 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Rrjedha e punës miqësore për përdoruesit për gjenomikën e sistemeve. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Një metodë e shtrirjes me sekuencë të shumëfishtë që redukton kompleksitetin e kohës dhe hapësirës. Informacioni biologjik i BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Një mjet për shtrirjen dhe zvogëlimin automatik në analizën filogjenetike në shkallë të gjerë. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, parashikimi i faqes së fillimit të përkthimit të gjenit EC dhe sekuencës metagjenomike. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Pako e veglave të klasifikimit NCBI ndër-platformë dhe efikase. Bio Rxiv. (Qasur më 1 qershor 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Çmimi, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-pema e përafërt e gjasave maksimale me shtrirje të madhe. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. Paralel GNU. (Qasur më 1 qershor 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Enciklopedia e gjeneve dhe gjenomave të Kiotos. Hulumtimi i acidit nukleik. 28, 27-30 (2000).
Republika Çeke, L. etj. Roli i ekstremolitëve ektoinë dhe hidroksiektoinë si mbrojtës nga stresi dhe lëndë ushqyese: gjenetika, gjenomika e sistemit, biokimia dhe analiza strukturore. Geni (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Shprehja diferenciale e proteinave gjatë rritjes së bakterit të detyrueshëm detar degradues të hidrokarbureve Thalassolituus oleivorans MIL-1 gjatë rritjes së alkaneve me zinxhir të mesëm dhe të gjatë. përpara. mikroorganizëm. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., dhe Jurkevitch, E. Një metodë e re e gjenomikës krahasuese për përcaktimin e treguesve specifikë fenotipik zbulon trashëgiminë specifike në shenjën e baktereve grabitqare. Biblioteka e Shkencave Publike Një. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, etj Gjeni Thalassolituus oleivorans. Nëntor, sp. Nëntor, një lloj i ri bakteresh detare që specializohen në përdorimin e hidrokarbureve. ndërkombëtariteti. J. Sistemi. evolucionit. mikroorganizëm. 54, 141-148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Nëntor, sp. Në nëntor, ajo u nda nga uji i detit që qarkullonte në Paqësorin Jugor. ndërkombëtariteti. J. Sistemi. evolucionit. mikroorganizëm. 66, 5010–5015 (2016).