Baktéri Gram-négatip anyar, aérobik, toleran uyah, aktip, ngawangun rod, sareng predator ASxL5T diisolasi tina balong tai sapi di Nottinghamshire, Inggris, sareng nganggo Campylobacter salaku mangsana. Saterusna, spésiés Campylobacter séjén sarta anggota kulawarga Enterobacteriaceae kapanggih salaku mangsa. Saatos subkultur tanpa sél inang, pertumbuhan aseptic lemah kahontal dina Brain Heart Infusion Agar. Kaayaan pertumbuhan optimal nyaéta 37 °C jeung pH nyaéta 7. Transmisi mikroskop éléktron ngungkabkeun sababaraha fitur morfologis pisan mahiwal patali kasadiaan mangsa. Analisis filogenetik ngagunakeun sekuen gén 16S rRNA nunjukkeun yén isolat aya hubunganana sareng anggota kulawarga Spirulina Marine, tapi teu tiasa digolongkeun sacara jelas salaku anggota genus anu dipikanyaho. Urutan génom sakabéh ASxL5T dikonfirmasi hubungan jeung anggota spirochetes laut. Pamilarian pangkalan data ngungkabkeun yén sababaraha ASxL5T ngabagi sekuen gén rRNA 16S sareng sababaraha baktéri anu henteu dibudidayakeun ti sagara, permukaan darat sareng cai taneuh. Kami nyarankeun yén galur ASxL5T ngagambarkeun spésiés anyar dina genus anyar. Kami nyarankeun nami Venatorbacter cucullus gen. Nopémber, sp. Dina bulan Nopémber, ASxL5T dipaké salaku galur tipe.
Baktéri prédator nyaéta baktéri anu némbongkeun kamampuhan pikeun moro sarta maéhan baktéri hirup lianna pikeun ménta bahan biosintétik jeung énergi. Ieu béda ti recovery umum gizi tina mikroorganisme maot, sarta éta ogé béda ti interaksi parasit, nu baktéri ngawangun hubungan deukeut jeung host maranéhanana tanpa maéhan aranjeunna. Baktéri prédator parantos mekarkeun siklus kahirupan anu béda-béda pikeun ngamangpaatkeun sumber pangan anu loba pisan dina relung tempat aranjeunna kapanggih (sapertos habitat laut). Éta mangrupikeun grup anu rupa-rupa sacara taksonomi, anu ngan ukur dihubungkeun ku siklus kahirupan sterilisasi unikna1. Conto baktéri predator geus kapanggih dina sababaraha filum béda, diantarana: Proteobacteria, Bacteroides, jeung Chlorella.3. Tapi, baktéri predator anu paling ditaliti nyaéta Bdelovibrio sareng Bdelovibrio-and-like organisme (BALOs4). Baktéri predator mangrupikeun sumber sanyawa aktif biologis anyar sareng agén antibakteri5.
Baktéri predator dipercaya ningkatkeun karagaman mikroba sarta boga dampak positif kana kaséhatan ékosistem, produktivitas jeung stabilitas6. Sanajan ieu atribut positif, aya sababaraha studi ngeunaan baktéri predator anyar alatan kasusah culturing baktéri sarta kudu taliti niténan interaksi sél ngartos siklus kahirupan kompléks maranéhanana. Inpo ieu teu gampang pikeun ménta tina analisis komputer.
Dina jaman ngaronjatna résistansi antimikrobial, strategi anyar pikeun nargétkeun patogén baktéri keur ditalungtik, kayaning pamakéan baktériofag jeung baktéri predator7,8. Baktéri ASxL5T diisolasi dina taun 2019 nganggo téknologi isolasi phage tina tai sapi anu dikumpulkeun ti Dairy Center Universitas Nottingham, Nottinghamshire. Tujuan tina panalungtikan nyaéta pikeun ngasingkeun organisme anu poténsial salaku agén kontrol biologis. Campylobacter hyointestinalis nyaéta patogén zoonotik, nu beuki pakait jeung kasakit peujit manusa10. Éta ubiquitous dina sérum sareng dianggo salaku host target.
Baktéri ASxL5T diisolasi tina jeli daging sapi sabab dititénan yén plak anu dibentuk dina padang rumput hejo C. hyointestinalis sami sareng anu dihasilkeun ku bacteriophages. Ieu mangrupikeun temuan anu teu kaduga, sabab bagian tina prosés isolasi fag ngalibatkeun nyaring ngaliwatan saringan 0,2 µm, anu dirancang pikeun ngaleungitkeun sél baktéri. Pamariksaan mikroskopis bahan sasari tina piagam ngungkabkeun yén baktéri gram-négatip melengkung rod ngawangun leutik teu ngumpulkeun polyhydroxybutyrate (PHB). Budaya aseptik anu mandiri tina sél mangsa diwujudkeun dina médium padet anu beunghar (sapertos agar infusion jantung otak (BHI) sareng agar darah (BA)), sareng pertumbuhanana lemah. Éta dicandak saatos subkultur kalayan inokulum beurat ningkat. Tumuwuh ogé dina kaayaan mikroaérobik (7% v/v oksigén) jeung kaayaan oksigén atmosfir, tapi henteu dina atmosfir anaérobik. Saatos 72 jam, diaméter koloni leutik pisan, ngahontal 2 mm, sareng éta beige, tembus, buleud, gilig sareng ngagurilap. Uji biokimiawi standar dihambat sabab ASxL5T teu tiasa dibudidayakeun sacara dipercaya dina média cair, anu nunjukkeun yén éta tiasa ngandelkeun siklus kahirupan kompleks formasi biofilm. Sanajan kitu, gantung piring némbongkeun yén ASxL5T aérobik, positif pikeun oksidase jeung katalase, sarta bisa tolerate 5% NaCl. ASxL5T tahan ka 10 µg streptomycin, tapi sénsitip ka sadaya antibiotik anu diuji. Sél baktéri ASxL5T ditaliti ku TEM (Gambar 1). Nalika tumuwuh tanpa sél mangsa dina BA, sél ASxL5T nyaéta Campylobacter leutik, kalayan panjang rata-rata 1,63 μm (± 0,4), rubak 0,37 μm (± 0,08), sarta hiji kutub panjang (nepi ka 5 μm). Flagela séksual. Kira-kira 1,6% tina sél sigana boga rubak kirang ti 0,2 μm, nu bakal ngidinan petikan ngaliwatan alat filter. Ekstensi struktural anu teu biasa ditingali dina luhureun sababaraha sél, sami sareng fairing (Latin cucullus) (tingali panah dina 1D, E, G). Ieu sigana diwangun ku kaleuwihan mémbran luar, nu bisa jadi alatan pangurangan gancang dina ukuran amplop periplasmic, sedengkeun mémbran luar tetep gembleng, némbongkeun penampilan "leupas". Kultur ASxL5T dina henteuna gizi (dina PBS) kanggo waktos anu lami dina suhu 4 ° C nyababkeun kalolobaan (tapi henteu sadayana) sél nunjukkeun morfologi coccal (Gambar 1C). Nalika ASxL5T tumuwuh kalayan Campylobacter jejuni salaku mangsa pikeun 48 jam, ukuran sél rata nyata leuwih panjang sarta sempit ti sél tumuwuh tanpa host (Tabel 1 jeung Gambar 1E). Sabalikna, nalika ASxL5T tumuwuh kalayan E. coli salaku mangsana salila 48 jam, rata-rata ukuran sél leuwih panjang sarta lega ti nalika tumuwuh tanpa mangsa (Tabel 1), sarta panjang sél variabel, biasana némbongkeun filaménous (Gambar 1F). Nalika diinkubasi ku Campylobacter jejuni atanapi E. coli salaku mangsa 48 jam, sél ASxL5T henteu nunjukkeun flagella. Tabél 1 nyimpulkeun observasi parobahan ukuran sél dumasar kana ayana, henteuna, jeung tipe mangsa ASxL5T.
tampilan TEM of ASx5LT: (A) ASx5LT nembongkeun pecut panjang; (B) batré ASx5LT has; (C) sél cocci ASx5LT sanggeus inkubasi lila tanpa gizi; (D) grup sél ASx5LT némbongkeun Abnormalitas (E) Grup sél ASx5LT inkubasi kalawan mangsa Campylobacter némbongkeun ngaronjat panjang sél dibandingkeun jeung tanpa tumuwuh mangsa (D) ogé némbongkeun struktur apikal; (F) flagella Filamentous badag, sél ASx5LT, sanggeus inkubasi jeung mangsa E. coli; (G) Sél ASx5LT tunggal saatos inkubasi sareng E. coli, nunjukkeun struktur luhur anu teu biasa. Bar ngagambarkeun 1 μm.
Nangtukeun sekuen gén rRNA 16S (nomer aksés MT636545.1) ngamungkinkeun panyungsi database pikeun netepkeun sekuen anu sami sareng kelas Gammaproteobacteria, sareng paling caket sareng baktéri laut dina kulawarga spirillum laut (Gambar 2), sareng mangrupikeun anggota genus Thalassolituus. relatif pangdeukeutna ka Marine Bacillus. Runtuyan gén 16S rRNA jelas béda jeung baktéri predator milik kulawarga Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Babandingan pasangan B. bacteriovorus HD100T (tipe galur, DSM 50701) jeung B. bacteriovorus DM11A éta 48,4% jeung 47,7%, jeung B. exovorus JSS éta 46,7%. Baktéri ASxL5T gaduh 3 salinan gén 16S rRNA, dua di antarana idéntik, sareng anu katilu nyaéta 3 basa. Dua isolat baktéri predator séjén (ASx5S jeung ASx5O; angka digentos gén 16S rRNA nyaéta MT636546.1 jeung MT636547.1, masing-masing) mibanda ciri morfologis jeung phenotypic sarupa ti lokasi nu sarua teu sarua, tapi aranjeunna béda ti ASxL5T jeung Baktéri uncultured. runtuyan database dikelompokeun babarengan jeung genera séjén di Oceanospirillaceae (Gambar 2). Sakabeh runtuyan génom ASxL5T geus ditangtukeun sarta disimpen dina database NCBI, sarta nomer digentos nyaeta CP046056. Génom ASxL5T diwangun ku kromosom sirkular 2.831.152 bp kalawan rasio G + C 56,1%. Runtuyan génom ngandung 2653 CDS (total), nu 2567 diprediksi bakal encode protéin, nu 1596 bisa ditugaskeun salaku fungsi putative (60,2%). Génom ngandung 67 gén RNA-coding, kaasup 9 rRNAs (3 unggal pikeun 5S, 16S, jeung 23S) jeung 57 tRNAs. Karakteristik génomik ASxL5T dibandingkeun sareng génom anu sayogi tina galur jinis rélatif pangdeukeutna anu diidentifikasi tina sekuen gén 16S rRNA (Tabel 2). Anggo identitas asam amino (AAI) pikeun ngabandingkeun sadaya génom Thalassolituus anu sayogi sareng ASxL5T. Runtuyan génom anu pangdeukeutna (teu lengkep) anu ditangtukeun ku AAI nyaéta Thalassolituus sp. C2-1 (tambahkeun NZ_VNIL01000001). Galur ieu diisolasi tina sédimén laut jero tina Palung Mariana, tapi ayeuna teu aya inpormasi fenotip ngeunaan galur ieu pikeun babandingan. Dibandingkeun sareng ASxL5T 2,82 Mb, génom organisme langkung ageung 4,36 Mb. Ukuran génom rata-rata spirochetes laut kira-kira 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 génom rujukan lengkep ditalungtik tina https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), jadi génom ASxL5T saluyu jeung urutan Dibandingkeun jeung anggota lianna, éta rada leutik. Anggo GToTree 1.5.54 pikeun ngahasilkeun tangkal phylogenetic likelihood maksimum dumasar génom (Gambar 3A), ngagunakeun runtuyan asam amino aligned tur numbu tina 172 gén single-salinan husus pikeun Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Analisis némbongkeun yén éta téh raket patalina jeung Thalassolituus, Plane Baktéri, jeung Baktéri Laut. Nanging, data ieu nunjukkeun yén ASxL5T béda sareng barayana di Marine Spirulina sareng data sekuen génomna sayogi.
Tangkal filogenetik ngagunakeun runtuyan gén 16S rRNA highlights posisi galur ASxL5T, ASxO5, sarta ASxS5 (kalawan nyali) relatif ka galur baktéri uncultivated jeung laut dina Spirulinaceae Kelautan. Nomer digentos Genbank nuturkeun nami galur dina kurung. Paké ClustalW pikeun align runtuyan, sarta ngagunakeun métode likelihood maksimum sarta modél Tamura-Nei ka infer hubungan filogenetik, sarta ngalakukeun 1000 réplikasi dipandu dina program MEGA X. Jumlah dina cabang nunjukkeun yén nilai salinan dipandu leuwih gede ti 50%. Escherichia coli U/541T dipaké salaku outgroup.
(A) Tangkal filogenetik dumasar kana génom, némbongkeun hubungan antara baktéri Spirospiraceae laut ASxL5T jeung baraya deukeut na, E. coli U 5/41T salaku outgroup. (B) Dibandingkeun jeung T. oleivorans MIL-1T, distribusi kategori fungsional gén diprediksi dumasar kana grup orthologous (COG) klaster protéin ASx5LT. Angka di kénca nunjukkeun jumlah gén dina unggal kategori COG fungsional dina unggal génom. Grafik di beulah katuhu nunjukkeun persentase génom anu aya dina unggal gugus COG fungsional. (C) Dibandingkeun jeung T. oleiverans MIL-1T, analisis tina KEGG lengkep (Kyoto Encyclopedia of Gén sarta Génom) jalur modular ASxL5T.
Nganggo pangkalan data KEGG pikeun nguji gén komponén anu aya dina génom ASxL5T ngungkabkeun jalur métabolik has aérobik gamma Proteus. ASxL5T ngandung total 75 gén ditugaskeun ka protéin motor baktéri, kaasup gén aub dina chemotaxis, assembly flagella, sarta tipe IV sistem fimbriae. Dina kategori panungtungan, 9 ti 10 gén tanggung jawab gerakan twitching sauntuyan organisme séjén. Génom ASxL5T ngandung jalur biosintétik tetrahydropyrimidine lengkep anu ilubiung dina réspon pelindung pikeun stress osmotic20, sakumaha anu dipiharep pikeun halofil. Génom ogé ngandung seueur jalur lengkep pikeun kofaktor sareng vitamin, kalebet jalur sintésis riboflavin. Sanajan gén alkana 1-monooxygénase (alkB2) aya dina ASxL5T, jalur pamakéan hidrokarbon teu lengkep. Dina sekuen génom ASxL5T, homolog gén anu diidentifikasi minangka tanggung jawab utamina pikeun degradasi hidrokarbon dina T. oleiverans MIL-1T21, sapertos TOL_2658 (alkB) sareng TOL_2772 (alkohol dehidrogénase) écés henteu aya. Gambar 3B nunjukkeun perbandingan distribusi gén dina kategori COG antara ASxL5T sareng minyak zaitun MIL-1T. Gemblengna, génom ASxL5T anu langkung alit ngandung gén anu langkung saimbang tina unggal kategori COG dibandingkeun sareng génom anu langkung ageung. Nalika jumlah gén dina unggal kategori fungsional dinyatakeun salaku perséntase génom, bédana kacatet dina persentase gén dina tarjamahan, struktur ribosom sareng kategori biogenesis, sareng produksi énergi sareng kategori fungsi konvérsi, anu mangrupikeun ASxL5T anu langkung ageung. génom Persentase dibandingkeun jeung grup sarua hadir dina T. oleiverans MIL-1T génom. Sabalikna, dibandingkeun sareng génom ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T gaduh persentase gén anu langkung luhur dina réplikasi, rékombinasi sareng perbaikan, sareng kategori transkripsi. Narikna, bédana pangbadagna dina eusi unggal kategori fungsional dua génom nyaéta jumlah gén kanyahoan hadir dina ASxL5T (Gambar 3B). Analisis pengayaan modul KEGG dilaksanakeun, dimana unggal modul KEGG ngagambarkeun sakumpulan unit fungsional anu didefinisikeun sacara manual pikeun anotasi sareng interpretasi biologis data sekuen génom. Perbandingan distribusi gén dina jalur modul KOG lengkep ASxL5T sareng zaitun MIL-1T dipidangkeun dina Gambar 3C. Analisis ieu nunjukeun yen sanajan ASxL5T boga jalur métabolik walirang jeung nitrogén lengkep, T. oleiverans MIL-1T henteu. Sabalikna, T. oleiverans MIL-1T gaduh jalur métabolik sistein sareng metionin lengkep, tapi henteu lengkep dina ASxL5T. Ku alatan éta, ASxL5T boga modul ciri pikeun asimilasi sulfat (diartikeun sakumpulan gén nu bisa dipaké salaku spidol phenotypic, kayaning kapasitas métabolik atawa pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Dina T oleivars MIL-1T. Ngabandingkeun eusi gen ASxL5T sareng daptar gén anu nunjukkeun gaya hirup predator henteu ngayakinkeun. Sanajan gén waaL nangkodkeun ligase pakait jeung antigén O polisakarida kana inti aya dina génom ASxL5T (tapi ilahar dina loba baktéri Gram-négatip), triptofan 2,3-dioxygenase (TDO) Gén bisa ngawengku 60 amino. wewengkon asam ilahar kapanggih dina baktéri predator nu teu aya. Henteu aya gén ciri predator sanés dina génom ASxL5T, kalebet énzim panyandi anu aub dina biosintésis isoprenoid dina jalur mevalonat. Catet yén teu aya gén pangaturan transkripsi gntR dina grup predator anu ditaliti, tapi tilu gén sapertos gntR tiasa diidentifikasi dina ASxL5T.
Karakteristik fenotipik ASxL5T diringkeskeun dina Tabél 3 sareng dibandingkeun sareng karakteristik fenotip tina genera 23, 24, 25, 26, sareng 27 anu dilaporkeun dina literatur. Isolat tina T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, sarta Oceanobacter kriegii aktip, toleran uyah, awak ngawangun rod oksidase-positip, tapi ampir euweuh ciri phenotypic séjén kalawan ASxL5T. Rata-rata pH sagara nyaéta 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), nu katémbong dina T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis jeung O. kriegii. ASxL5T cocog pikeun rentang pH nu leuwih gede (4-9) has spésiés non-laut. Ciri fenotipik Thalassolituus sp. C2-1. Teu kanyahoan. Kisaran suhu pertumbuhan ASxL5T umumna langkung lega tibatan galur laut (4–42 °C), sanaos sababaraha tapi henteu sadayana isolat T. marinus tahan panas. Henteu mampuh tumuwuh ASxL5T dina média kaldu nyegah karakterisasi phenotypic salajengna. Paké API 20E pikeun nguji bahan scraped tina plat BA, ONPG, arginin dihydrolase, lisin decarboxylase, ornithine decarboxylase, utilization citrate, urease, triptofan deaminase, gelatin hidrolisis Énzim, hasil tés éta sakabéh négatip, tapi euweuh indole, acetoin jeung H2S. anu dihasilkeun. Karbohidrat anu teu diferméntasi kalebet: glukosa, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sukrosa, melibiose, amygdalin sareng arabinosa. Dibandingkeun jeung galur rujukan patali diterbitkeun, profil asam lemak sélular galur ASxL5T ditémbongkeun dina Table 4. Asam lemak sélular utama nyaéta C16:1ω6c jeung/atawa C16:1ω7c, C16:0 jeung C18:1ω9. Asam lemak hidroksi C12:0 3-OH jeung C10:0 3-OH ogé aya. Babandingan C16:0 dina ASxL5T leuwih luhur ti nilai dilaporkeun genera patali. Kontras, dibandingkeun jeung dilaporkeun T. marinus IMCC1826TT, rasio C18: 1ω7c jeung / atawa C18: 1ω6c di ASxL5T ngurangan. oleivorans MIL-1T jeung O. kriegii DSM 6294T, tapi teu kauninga dina B. sanyensis KCTC 32220T. Ngabandingkeun propil asam lemak ASxL5T sareng ASxLS ngungkabkeun bédana halus dina jumlah asam lemak individu antara dua galur, anu konsisten sareng sekuen DNA génomik spésiés anu sami. Henteu aya partikel poli-3-hidroksibutirat (PHB) anu dideteksi nganggo uji hideung Sudan.
Kagiatan prédasi baktéri ASxL5T ditalungtik pikeun nangtukeun rentang mangsana. Baktéri ieu bisa ngabentuk plak dina spésiés Campylobacter, kaasup: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 jeung C. upsaliensis NCTC 11541T. Anggo kultur anu didaptarkeun dina bagian penentuan rentang host tina metodeu pikeun nguji sajumlah ageung baktéri Gram-négatip sareng Gram-positip. Hasilna nunjukkeun yén ASxL5T ogé tiasa dianggo dina Escherichia coli NCTC 86 sareng Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plak kabentuk dina Klebsiella oxytoca 11466. Interaksi TEM sareng E. coli NCTC 86 dipidangkeun dina Gambar 4A-D, sareng interaksi sareng Campylobacter jejuni PT14 sareng Campylobacter suis S12 dipidangkeun dina Gambar 4E-H tengah. Mékanisme serangan sigana béda antara jenis mangsa diuji, kalawan hiji atawa leuwih sél E. coli napel unggal sél ASxL5T sarta diposisikan laterally sapanjang sél nambahan saméméh adsorption. Sabalikna, ASxL5T sigana ngagantelkeun kana Campylobacter ngaliwatan hiji titik kontak, biasana dina kontak sareng puncak sél prédator sareng caket puncak sél Campylobacter (Gambar 4H).
TEM némbongkeun interaksi antara ASx5LT jeung mangsa: (AD) jeung mangsa E. coli; (EH) jeung C. jejuni mangsana. (A) Sél ASx5LT has disambungkeun ka E. coli (EC) sél tunggal; (B) A ASx5LT filamén napel sél EC tunggal; (C) Sél ASx5LT filamén disambungkeun ka sababaraha sél EC; (D) Attachment sél ASx5LT leutik dina sél E. coli (EC) tunggal; (E) sél ASx5LT tunggal disambungkeun ka Campylobacter jejuni (CJ) sél; (F) ASx5LT nyerang sél C. hyointestinalis (CH); (G) dua Hiji sél ASx5LT narajang sél CJ; (H) Panempoan caket tina titik kantétan ASx5LT, caket puncak sél CJ (bar 0.2 μm). Bar ngagambarkeun 1 μm dina (A–G).
Baktéri predator geus mekar pikeun ngamangpaatkeun sumber mangsa nu loba pisan. Jelas, aranjeunna sacara lega hadir dina seueur lingkungan anu béda. Kusabab ukuran populasi anu sempit, kamungkinan pikeun ngasingkeun baktéri ASxL5T tina slurry nganggo metode pamisahan fag. Relevansi génomik ASxL5T ka anggota kulawarga oceanospirillaceae baktéri laut téh héran, sanajan organisme téh toleran uyah sarta bisa tumuwuh dina medium ngandung 5% uyah. Analisis kualitas cai slurry némbongkeun yén eusi natrium klorida kirang ti 0,1%. Ku alatan éta, leutak jauh ti lingkungan laut-boh geografis jeung kimiawi. Ayana tilu isolat patali tapi béda ti sumber anu sarua nyadiakeun bukti yén prédator ieu thriving di lingkungan non-laut ieu. Sajaba ti éta, analisis microbiome (file data sadia ti https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) némbongkeun yén runtuyan gén 16S rRNA sarua aya dina luhureun 50 taksa operasional paling loba pisan (OTU). ) Dina sababaraha interval sampling leutak. Sababaraha baktéri uncultured kapanggih dina database Genbank, nu boga 16S rRNA runtuyan gén sarupa jeung baktéri ASxL5T. Runtuyan ieu, babarengan jeung runtuyan ASxL5T, ASxS5, jeung ASxO5, sigana ngagambarkeun clades béda dipisahkeun tina Thalassolituus jeung Oceanobacter (Gambar 2). Tilu jinis baktéri anu henteu dibudidayakeun (GQ921362, GQ921357 sareng GQ921396) diisolasi tina cai fissure di jerona 1,3 kilométer di tambang emas Afrika Kidul taun 2009, sareng dua sanésna (DQ256320 sareng DQ337006) di Afrika Kidul. taun 2005). Runtuyan gén 16S rRNA paling raket patalina jeung ASxL5T mangrupa bagian tina runtuyan gén 16S rRNA dicandak tina budaya pengayaan sédimén keusik dicandak ti pantai Perancis kalér taun 2006 (nomer aksés AM29240828). Sékuen gén 16S rRNA séjén anu raket patalina tina baktéri anu teu dibudidaya HQ183822.1 dicandak tina tangki kempelan anu dilebur ti TPA kota di Cina. Jelas, baktéri ASxL5T henteu pisan ngawakilan dina pangkalan data taksonomi, tapi sekuen ieu tina baktéri anu henteu dibudidayakan sigana ngagambarkeun organisme anu sami sareng ASxL5T, anu disebarkeun ka sakumna dunya, biasana dina lingkungan anu nangtang. Tina sakabeh analisis filogenetik génom, relatif pangdeukeutna ka ASxL5T nyaéta Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Jeung O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus mangrupa anggota baktéri fragméntasi hidrokarbon obligat laut (OHCB), nu nyebar di lingkungan laut jeung terestrial, sarta biasana jadi dominan sanggeus kajadian polusi hidrokarbon30,31. Baktéri laut sanés anggota gugus OHCB, tapi diisolasi tina lingkungan laut.
Data phenotypic nunjukkeun yén ASxL5T mangrupikeun spésiés énggal sareng anggota genus anu henteu dikenal sateuacana dina kulawarga spirospiraceae laut. Ayeuna teu aya standar anu jelas pikeun ngagolongkeun galur anu anyar diisolasi kana genus anyar. Usaha pikeun nangtukeun wates genera universal, contona, dumasar kana persentase génom protéin konservatif (POCP), disarankeun yén nilai cut-off nyaéta 50% idéntik sareng galur rujukan33. Anu sanésna nyarankeun ngagunakeun nilai AAI, anu gaduh kaunggulan dibandingkeun POCP sabab tiasa didapet tina génom anu teu lengkep34. Nu nulis yakin yén lamun nilai AAI kurang ti 74% dibandingkeun jeung galur model spésiés model, galur mangrupa wawakil genera béda. Genus modél dina spirillaceae laut nyaéta spirillum laut, sareng galur modélna nyaéta O. linum ATCC 11336T. Nilai AAI antara ASxL5T jeung O. linum ATCC 11336T nyaeta 54,34%, sarta nilai AAI antara ASxL5T jeung T. oleivorans MIL-1T (genus galur tipe) nyaeta 67,61%, nunjukkeun yén ASxL5T ngagambarkeun genus anyar béda ti Thalassolituus. Ngagunakeun sekuen gén rRNA 16S salaku standar klasifikasi, wates delimitasi genus anu disarankeun nyaéta 94,5%35. ASxL5T bisa ditempatkeun dina genus Thalassolituus, némbongkeun 95,03% 16S rRNA urutan identitas kalawan T. oleivorans MIL-1T jeung 96,17%. marinus IMCC1826T. Sanajan kitu, eta oge bakal ditempatkeun dina genus Bacteroides nu boga 94,64% 16S rRNA identitas gén jeung B. sanyensis NV9, nunjukkeun yén pamakéan gén tunggal kayaning gén 16S rRNA bisa ngakibatkeun klasifikasi wenang jeung tugas. Métode séjén anu disarankeun ngagunakeun ANI sareng Génom Alignment Score (AF) pikeun nguji gugusan titik data tina sadaya jinis sareng galur non-tipe tina genera anu aya. Panulis nyarankeun ngagabungkeun wates genus sareng titik infleksi tina perkiraan genus khusus pikeun taksa anu dianalisis. Nanging, upami henteu cekap sekuen génom lengkep tina isolat Thalassolituus, mustahil pikeun nangtukeun naha ASxL5T kalebet kana genus Thalassolituus ku cara ieu. Alatan kasadiaan kawates runtuyan génom lengkep pikeun analisis, sakabéh tangkal phylogenetic génom kudu diinterpretasi kalawan caution. Bréh, métode ngabandingkeun génom sakabeh teu bisa akun pikeun béda badag dina ukuran génom dibandingkeun. Aranjeunna ngukur kasaruaan gén salinan tunggal inti anu dilestarikan antara genera anu aya hubunganana, tapi henteu merhatikeun sajumlah ageung gén anu henteu aya dina génom ASxL5T anu langkung alit. Jelas, ASxL5T sareng grup kalebet Thalassolituus, Oceanobacter, sareng Bacterioplanes gaduh karuhun anu sami, tapi évolusi parantos nyandak jalan anu béda, ngarah kana pangurangan génom, anu tiasa adaptasi kana gaya hirup prédator. Ieu kontras jeung T. oleivorans MIL-1T, nu 28% leuwih badag sarta geus mekar dina tekenan lingkungan béda pikeun ngamangpaatkeun hidrokarbon23,30. Perbandingan anu pikaresepeun tiasa dilakukeun sareng parasit intrasélular obligat sareng simbion, sapertos Rickettsia, Chlamydia, sareng Buchnera. Ukuran génomna kira-kira 1 Mb. Kamampuhan pikeun ngagunakeun métabolit sél host nyababkeun leungitna gén, ku kituna ngalaman degradasi génomik évolusionér anu signifikan. Parobahan évolusionér tina organisme gizi kimia laut ka gaya hirup prédator bisa ngakibatkeun pangurangan nu sarupa dina ukuran génom. Analisis COG na KEGG highlights jumlah gén dipaké pikeun fungsi husus sarta béda global dina jalur génomik antara ASxL5T na T. oleivorans MIL-1T, nu teu alatan kasadiaan nyebar unsur genetik mobile. Beda dina rasio G + C tina sakabeh génom ASxL5T nyaeta 56,1%, sarta T. oleivorans MIL-1T nyaeta 46,6%, nu ogé nunjukkeun yén éta segregated.
Pamariksaan eusi coding tina génom ASxL5T nyadiakeun wawasan fungsional kana ciri phenotypic. Ayana gén encoding tipe IV fimbriae (Tfp) dipikaresep hususna sabab ngamajukeun gerakan sél, disebut gliding sosial atawa konvulsi, tanpa flagella dina beungeut cai. Numutkeun laporan, Tfp boga fungsi séjén, kaasup predasi, pathogenesis, formasi biofilm, uptake DNA alam, aggregation sél otomatis tur ngembangkeun38. Génom ASxL5T ngandung 18 gén anu ngodekeun diguanylate cyclase (énzim anu ngatalisan konvérsi 2 guanosine triphosphate jadi guanosine 2 phosphate and cyclic diGMP) jeung 6 gén encoding diguanylate cyclase phosphate diguanylate. Gén pikeun ésterase (ngatalisan degradasi siklik di-GMP ka guanosin monofosfat) metot sabab cycl-di-GMP mangrupa utusan kadua penting aub dina ngembangkeun biofilm jeung separation, gerakan, kantétan sél jeung virulence 39, 40 dina prosés. Ogé kudu dicatet yén dina Bdellovibrio bacteriovorus, GMP ganda siklik geus ditémbongkeun ngadalikeun transisi antara hirup bébas jeung gaya hirup predatory41.
Paling panalungtikan ngeunaan baktéri predator geus fokus kana Bdellovibrio, Bdellovibrio-kawas organisme, jeung spésiés Myxococcus. Ieu sareng conto-conto baktéri prédator sanésna ngabentuk grup anu rupa-rupa. Sanajan diversity ieu, susunan kulawarga protéin ciri anu ngagambarkeun phenotypes 11 baktéri predator dipikawanoh geus dicirikeun3,22. Sanajan kitu, ngan gén encoding O antigen ligase (waaL) geus diidentifikasi, nu utamana umum dina baktéri Gram-négatip. Bentuk analisis ieu henteu ngabantosan dina nunjuk ASxL5T salaku prédator, sigana sabab ngagunakeun strategi serangan énggal. Kasadiaan génom baktéri prédator anu leuwih beragam bakal mantuan ngamekarkeun analisis résolusi anu leuwih alus anu merhatikeun bukti bédana fungsional jeung lingkungan antara anggota grup. Conto baktéri predator anu henteu kalebet dina analisis ieu kalebet anggota Cupriavidus necator42 sareng Bradymonabacteria43, sabab nalika panaliti nalungtik komunitas mikroba anu béda-béda, langkung seueur taksa predator dibentuk.
Fitur anu paling kasohor tina baktéri ASxL5T anu dicandak ku gambar TEM nyaéta morfologi anu unik sareng fleksibel, anu tiasa ngamajukeun interaksi sareng baktéri mangsa. Jenis interaksi anu dititénan béda ti baktéri prédator anu sanés sareng teu acan kapendak atanapi dilaporkeun sateuacana. Daur hirup predatory ASxL5T anu diusulkeun dipidangkeun dina Gambar 5. Aya sababaraha conto dina literatur sareng struktur apical anu sami sapertos anu urang laporkeun di dieu, tapi conto ieu kalebet Terasakiispira pilihanumokuakeensis, baktéri spirillum laut sareng kadang-kadang Apex enlargement 44, sareng Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla. , baheulana milik genus Oceanospirillum, exhibiting The disebut "film polar" 45. Bentuk cocci mindeng dititénan dina budaya heubeul, utamana pikeun baktéri jeung bentuk melengkung, kayaning Vibrio, Campylobacter, sarta Helicobacter 46, 47, 48, nu bisa ngagambarkeun kaayaan degradasi. Karya salajengna diperlukeun pikeun netelakeun daur hirup persis baktéri ASxL5T. Pikeun nangtukeun kumaha éta ngarebut sareng ngamangsa, sareng naha génomna ngodekeun sanyawa aktif sacara biologis anu tiasa dianggo pikeun tujuan médis atanapi biotéhnologi.
Katerangan ngeunaan Venatorbacter gen. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. diwangun ku venators ti L. n. venator, 'hunter' sarta Gr. n. bacter, 'a rod'. Venatorbacter, 'a rod moro' .Sél aérobik, toleran uyah, melengkung Gram staining, aktivitas katalase sarta oksidase positif dina suhu kisaran 4 nepi ka 42 °C Kisaran pH 4-9 teu biasa Dina snail laut, paling teu toleran pH asam Asam lemak utama nyaéta C16:1ω6c jeung/atawa C16:1ω7c, C16:0 jeung C18. :1ω9; C12:0 3-OH jeung C10:0 3-OH kapanggih salaku lemak hidroksi Asam teu tumuwuh dina media kaldu Kandungan DNA G + C nyaéta 56,1 mol .
Katerangan ngeunaan Venatorbacter cucullus sp. November Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus hartina fairing).
Salian ti éta, ciri déskriptif genus ieu nyaéta nalika tumuwuh dina BA atanapi BHI, sélna panjangna 1,63 µm sareng rubak 0.37 µm. Koloni dina agar BHI leutik pisan, diaméterna ngahontal 2 mm saatos 72 jam. Aranjeunna beige, tembus, buleud, gilig tur ngagurilap. Anggota spésiés ieu tiasa nganggo Escherichia coli sareng Klebsiella. Campylobacter sareng sababaraha baktéri Gram-négatip sanésna janten mangsa.
Galur has ASxL5T diisolasi tina susu sapi di Nottinghamshire, Inggris, sareng disimpen dina National Type Culture Collection (Inggris): nomer digentos NCTC 14397 sareng Koléksi Budaya Baktéri Walanda (NCCB) nomer digentos NCCB 100775. Urutan génom lengkep ASxL5T geus disimpen di Genbank nurutkeun tambahan CP046056.
Baktéri ASxL5T diisolasi tina susu sapi ngagunakeun téknologi isolasi fag9,49. slurry ieu éncér 1:9 (w/v) dina SM panyangga (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O jeung 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), Lajeng incubate dina 4°C salila 24 jam, muterkeun lalaunan pikeun elute prédator kana panyangga. Suspénsi ieu disentrifugasi dina 3000g salila 3 menit. Supernatan dikumpulkeun sarta disentrifugasi dina 13.000g pikeun kadua kalina salila 5 menit. Supernatan teras dialirkeun saringan mémbran 0,45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Jerman) sareng saringan mémbran 0,2 µm (Minisart) pikeun ngaleungitkeun sél baktéri anu sésa. ASxL5T tiasa ngalangkungan saringan ieu. A padang rumput hejo agar lembut Campylobacter enterosus S12 (nomer digentos NCBI CP040464) ti slurry sarua disiapkeun ngagunakeun téhnik baku. Bubur anu disaring disebarkeun dina unggal pelat sél inang ieu dina tetesan 10 µl dina rangkep tilu sareng diidinan garing. Piring ieu diinkubasi dina bak mikroaerofilik dina suhu 37 ° C salami 48 jam dina kaayaan mikroaérobik (5% O2, 5% H2, 10% CO2, sareng 80% N2). Plak katempo diala ieu sasari kana SM panyangga sarta dibikeun ka padang rumput hejo seger C. hyointestinalis S12 jang meberkeun propagate organisme lysed. Sakali geus ditangtukeun yén baktéri anu ngabalukarkeun piagam lytic teu fage, coba tumuwuh organisme bebas tina host sarta salajengna characterize eta. Budaya aérobik dipigawé dina 37 ° C kalawan 5% v / v getih kuda defibrinated (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, suplement). Nurutkeun kana tungtunan Panitia Standar Klinis Nasional, métode difusi disc dipaké pikeun nguji kerentanan antibakteri. BHI agar dikultur dina suhu 37 °C nganggo piringan anu ngandung antibiotik di handap ieu (Oxoid) pikeun kultur aérobik: amoxicillin sareng asam clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomisin 10 ug; ciprofloxacin 5 ug; Ceftazidime 30 µg Nalidixic acid 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromisin 15 ug; Kloramfenikol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampisilin 10 ug; Cefpodoxime 10 ug; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 ug. Toleransi uyah ditetepkeun ku inkubasi aérobik dina pelat agar BHI dina suhu 37 °C. NaCl tambahan ditambahkeun kana pelat agar BHI nyadiakeun rentang konsentrasi nepi ka 10% w/v. Rentang pH ditangtukeun ku kultur aérobik dina pelat BHI agar dina suhu 37°C, dimana rentang pH geus disaluyukeun antara 4 jeung 9 kalawan HCl steril atawa NaOH steril, sarta nilai pH target diverifikasi saméméh tuang piring. Pikeun analisis asam lemak sélular, ASxL5T dibudidayakan dina agar BHI salami 3 dinten sareng aérobik dina suhu 37 °C. Numutkeun kana protokol standar MIDI (Sherlock Microbial Identification System, versi 6.10) FERA Science Ltd, (York, UK), asam lemak sél sasari, disiapkeun sareng dianalisis.
Pikeun TEM, ASxL5T dibudidayakan aérobik ku nyebarkeun seragam dina BA dina 37 ° C salila 24 jam, lajeng dipanén kana 1 ml 3% (v / v) glutaraldehida dina 0,1 M cacodylate panyangga dina suhu kamar Fix pikeun 1 jam, lajeng centrifuge. dina 10.000 g salila 3 menit. Lajeng gently resuspend pellet dina 600 μl 0,1 M cacodylate panyangga. Mindahkeun suspénsi ASxL5T tetep ka film Formvar/karbon dina grid tambaga 200 bolong. Baktéri ieu diwarnaan ku 0,5% (w/v) uranyl asétat salila 1 menit sarta ditalungtik ku TEM maké mikroskop TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Sakumaha didadarkeun di luhur, ngagabungkeun jumlah mangsa jeung prédator nu sarua dina kaldu NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) jeung inkubasi salila 48 jam dina kaayaan mikroaérobik Campylobacter atawa Campylobacter dina 37°C, Interaksi prédator jeung mangsa. ieu ogé nalungtik ku TEM. Kaayaan aérobik pikeun Escherichia coli. Mariksa sacara mandiri ngamangsa jeung baktéri predator pikeun nangtukeun parobahan morfologi sél alatan predasi. Metoda hideung Sudan dipaké pikeun mikroskop optik akumulasi PHB.
Kembangkeun kultur sapeuting ASxL5T ku cara ngolesan pertumbuhan dina pelat BHI atanapi BA nganggo swab steril. Kumpulkeun sél ASxL5T jeung ditunda dina MRD (CM0733, Oxoid), lajeng nempatkeun aranjeunna dina 4 ° C salila 7 poé nepi ka kalaparan sél. Rujukan NCTC atanapi kultur baktéri stock laboratorium diinokulasikeun kana kaldu BHI atanapi kaldu gizi No. Kabudayaan: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Klebsiella oxytoca NCTC 1146 Listeria Baktéri husus NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus kapal selam Hamburger NCTC 1621T, Salmonella peujit baktéri Mondeville NC67, 1 baktéri peujit Mondeville NC6TC Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. The Campylobacter host ieu microaerobically incubated dina pelat BA dina 37 ° C sarta ditunda dina kaldu NZCYM. Host Campylobacter anu diuji nyaéta: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. jejuni NCTC 11458, C. jejuni NC8TC , C... Kumpulkeun sél dina MRD, centrifuge dina 13.000g sarta resuspend dina MRD dugi OD600 nyaeta 0,4. Tambahkeun aliquot 0,5 ml gantung ka 5 ml dilebur NZCYM luhur agar (0,6% agar) jeung tuang kana 1,2% NZCYM piring handap. Saatos curing sareng garing, ASxL5T anu éncér sacara séri disebarkeun salaku 20 µl tetes dina unggal papan padang rumput hejo dina rangkep tilu. Suhu budaya sareng atmosfir gumantung kana sarat baktéri tés.
Anggo Kit DNA Genomik Baktéri GenElute™ (Sigma Aldridge) pikeun nyiapkeun DNA tina isolat baktéri. Métode standar digunakeun pikeun amplifikasi PCR gén 16S rRNA jeung determinasi runtuyan produk ngagunakeun kimia terminasi dye (Eurofins Value Read Service, Jérman). Anggo program BLAST-N pikeun ngabandingkeun sekuen ieu sareng sekuen gén 16S rRNA séjén pikeun ngaidentipikasi sareng ngumpulkeun spésiés anu raket. Ieu dijajarkeun nganggo ClustalW dina program MEGA X. Tangkal filogenetik direkonstruksi maké MEGA X ngagunakeun métode likelihood maksimum dumasar kana modél Tamura-Nei, kalawan 1000 salinan dipandu54. Anggo Kit DNA Génomik PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, Inggris) pikeun ékstrak DNA pikeun urutan génom sakabeh. Runtuyan génom ASxL5T ditangtukeun ngagunakeun kombinasi Illumina MiSeq, nu diwangun ku 250 bp bacaan ganda-réngsé diwangun ku perpustakaan disusun ngagunakeun kit panyiri Nextera jeung 2 nepi ka 20 kb dibaca panjang ti platform PacBio. Fasilitas Panalungtikan Sequencing DNA Genomics di Universitas Sembia. Génom ieu dirakit maké CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Dénmark). Budaya ASxL5T disimpen dina Koléksi Budaya Tipe Nasional (Inggris) sareng Koléksi Budaya Baktéri Walanda (NCCB). Génom organisme nu patali dipaké pikeun babandingan nyaéta: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nomer digentos HF680312, lengkep); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (nomer digentos BMYY01000001, teu lengkep); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nomer digentos NZ_AUGV00000000, teu lengkep); Komunitas Marinamonas DSM 5604T (ditambahkeun ASM436330v1, teu lengkep), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (ditambahkeun MTSD02000001, teu lengkep) sareng Thalassolituus sp. C2-1 (tambahkeun NZ_VNIL01000001, teu lengkep). Anggo JGI Genome Portal36 di https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= pikeun nangtukeun skor alignment (AF) sareng identitas asam nukléat rata-rata (ANI). Sapasang. Métode Rodriguez-R & Konstantinidis55 digunakeun pikeun nangtukeun identitas asam amino (AAI). Anggo GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 pikeun ngahasilkeun estimasi tangkal filogenetik kamungkinan maksimum. Génom input ngalambangkeun génom rujukan nu sadia dipilih tina genera rujukan nu diidentifikasi minangka patali jeung ASxL5T tina filogéni 16S rRNA. Annotated tangkal ngagunakeun tangkal interaktif alat online hirup (https://itol.embl.de/). Anotasi fungsional sareng analisa génom ASxL5T dilaksanakeun nganggo alat online BlastKOALA KEGG nganggo distribusi pengayaan modul KEGG (Kyoto Encyclopedia of Gén sareng Génom). Sebaran kategori COG (grup orthologous) ditangtukeun ngagunakeun alat online eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ na Muñoz-Dorado, J. predation baktéri: 75 taun sarta terus! . lingkungan. mikroorganisme. 18, 766-779 (2016).
Linares-Otoya, L. jsb Diversity sarta poténsi antibakteri baktéri predatory on basisir Peruvian. ubar Maret. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Ngaliwatan gén maranéhanana, anjeun bakal ngarti aranjeunna: ciri génomik baktéri predator. ISME J. 7, 756-769 (2013).
Sockett, RE Gaya hirup predatory tina bacteriophage Bdellovibrio. masang. Mikroba pastor. 63, 523-539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotik ti baktéri predatory. Beilstein J. Histokimia 12, 594-607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio jeung organisme sarupa anu predictors of diversity microbiome dina populasi host béda. mikroorganisme. Ékologi. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. sarta Ballesté-Delpierre, C. Manggihan status kiwari agén antibakteri anyar. klinis. mikroorganisme. Inféksi. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Predasi ganda fag jeung fag bisa ngabasmi mangsa E. coli tanpa predasi tunggal. J. Baktéri. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF The count na diversity of Campylobacter jeung bacteriophages diisolasi salila siklus dahar jangjangan bébas jeung hayam organik. Lingkungan aplikasi. mikroorganisme. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA jsb Update taksonomi génomik jeung epidemiology babi Campylobacter. elmu pangaweruh. wawakil 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Alur kerja ramah-pamaké pikeun sistem génomics. Bioinformatika 35, 4162-4164 (2019).
Edgar, RC otot: A sababaraha métode alignment runtuyan nu ngurangan waktu jeung pajeulitna spasi. Inpo biologis BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Hiji alat pikeun alignment otomatis tur trimming dina analisis phylogenetic badag skala. Bioinformatika 25, 1972-1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, gén EC jeung metagénomic runtuyan panarjamahan Vérsi ngamimitian prediksi situs. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Cross-platform jeung efisien NCBI klasifikasi toolkit. Bio Rxiv. (Diaksés tanggal 1 Juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
harga, Bungbulang, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-kira-kira tangkal likelihood maksimum kalawan alignment badag. PLoS Hiji 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralel. (Diaksés tanggal 1 Juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Gén sarta Génom. Panalungtikan asam nukléat. 28, 27-30 (2000).
Céko, L. jsb Peran extremolytes ectoine na hydroxyectoine salaku protectors stress jeung gizi: genetik, sistem génomics, biokimia, jeung analisis struktural. Gene (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA éksprési protéin diferensial salila tumuwuhna baktéri hidrokarbon-degrading obligate laut Thalassolituus oleivorans MIL-1 salila tumuwuhna alkana ranté sedeng jeung panjang. hareup. mikroorganisme. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., sarta Jurkevitch, E. Métode génomics komparatif anyar pikeun nangtukeun indikator phenotypic-spésifik nembongkeun warisan husus dina tanda baktéri predatory. Perpustakaan Élmu Umum Hiji. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, jsb gén Thalassolituus oleivorans. Nopémber, sp. Nov., tipe anyar baktéri laut nu specializes dina pamakéan hidrokarbon. internasionalitas. J. Sistem. évolusi. mikroorganisme. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Nopémber, sp. Dina bulan Nopémber, éta dipisahkeun tina cai laut anu beredar di Pasifik Kidul. internasionalitas. J. Sistem. évolusi. mikroorganisme. 66, 5010-5015 (2016).