Aina mpya ya bakteria ya Gram-negative, aerobic, inayostahimili chumvi, hai, yenye umbo la fimbo na walaji ASxL5T ilitengwa kutoka kwenye kidimbwi cha samadi ya ng'ombe huko Nottinghamshire, Uingereza, na kutumika Campylobacter kama windo lake. Baadaye, spishi zingine za Campylobacter na washiriki wa familia ya Enterobacteriaceae waligunduliwa kama mawindo. Baada ya kilimo kidogo bila seli za mwenyeji, ukuaji dhaifu wa aseptic ulipatikana kwenye Agar ya Uingizaji wa Moyo wa Ubongo. Hali bora zaidi za ukuaji ni 37 °C na pH ni 7. Maikroskopu ya elektroni ya uhamishaji ilifichua baadhi ya vipengele vya kimofolojia visivyo vya kawaida vinavyohusiana na upatikanaji wa mawindo. Uchanganuzi wa filojenetiki kwa kutumia mfuatano wa jeni 16S rRNA ulionyesha kuwa kujitenga kunahusiana na mwanachama wa familia ya Spirulina ya Marine, lakini haiwezi kuainishwa kwa uwazi kuwa mwanachama wa jenasi yoyote inayojulikana. Mpangilio wa jenomu zima la ASxL5T ulithibitisha uhusiano na washiriki wa spirocheti za baharini. Utafutaji wa hifadhidata ulifunua kuwa ASxL5T kadhaa hushiriki mfuatano wa jeni 16S rRNA na bakteria kadhaa ambazo hazijakuzwa kutoka kwa bahari, ardhi na maji ya ardhini. Tunapendekeza kwamba aina ya ASxL5T iwakilishe spishi mpya katika jenasi mpya. Tunapendekeza jina Venatorbacter cucullus gen. Novemba, sp. Mnamo Novemba, ASxL5T ilitumika kama aina ya aina.
Bakteria waharibifu ni bakteria wanaoonyesha uwezo wa kuwinda na kuua bakteria hai ili kupata nyenzo na nishati ya biosynthetic. Hii ni tofauti na urejesho wa jumla wa virutubisho kutoka kwa microorganisms zilizokufa, na pia ni tofauti na mwingiliano wa vimelea, ambayo bakteria huunda uhusiano wa karibu na mwenyeji wao bila kuwaua. Bakteria waharibifu wameunda mizunguko tofauti ya maisha ili kuchukua fursa ya vyanzo vingi vya chakula katika maeneo ambayo hupatikana (kama vile makazi ya baharini). Wao ni kundi tofauti tofauti la kijadi, ambalo limeunganishwa tu na mzunguko wao wa kipekee wa maisha ya kufunga uzazi1. Mifano ya bakteria waharibifu imepatikana katika phyla kadhaa tofauti, ikiwa ni pamoja na: Proteobacteria, Bacteroides, na Chlorella.3. Hata hivyo, bakteria wawindaji waliosomwa vyema zaidi ni Bdellovibrio na Bdellovibrio-na-kama viumbe (BALOs4). Bakteria waharibifu ni chanzo cha matumaini cha misombo mipya ya kibiolojia na mawakala wa antibacteria5.
Bakteria waharibifu wanaaminika kuongeza anuwai ya vijidudu na kuwa na athari chanya kwa afya ya mfumo ikolojia, tija na uthabiti6. Licha ya sifa hizi chanya, kuna tafiti chache juu ya bakteria wapya waharibifu kwa sababu ya ugumu wa kukuza bakteria na hitaji la kutazama kwa uangalifu mwingiliano wa seli ili kuelewa mizunguko yao ya maisha tata. Habari hii si rahisi kupata kutoka kwa uchambuzi wa kompyuta.
Katika enzi ya kuongezeka upinzani wa viuavijidudu, mikakati mipya ya kulenga vimelea vya bakteria inachunguzwa, kama vile matumizi ya bakteria na bakteria waharibifu7,8. Bakteria ya ASxL5T ilitengwa mwaka wa 2019 kwa kutumia teknolojia ya kutenga fagio kutoka kwa kinyesi cha ng'ombe kilichokusanywa kutoka Kituo cha Maziwa cha Chuo Kikuu cha Nottingham, Nottinghamshire. Madhumuni ya uchunguzi ni kutenga viumbe vyenye uwezo wa kudhibiti kibayolojia. Campylobacter hyointestinal ni pathogen ya zoonotic, ambayo inazidi kuhusishwa na magonjwa ya matumbo ya binadamu10. Inapatikana kila mahali katika seramu na hutumiwa kama kipangishi kinacholengwa.
Bakteria ya ASxL5T ilitengwa kutoka kwa jeli ya nyama ya ng'ombe kwa sababu ilionekana kuwa plaques ilitengeneza kwenye lawn ya C. hyointestinalis ilikuwa sawa na yale yaliyotolewa na bacteriophages. Hili ni tafuta lisilotarajiwa, kwa sababu sehemu ya mchakato wa kutengwa kwa fagio huhusisha kuchuja kupitia kichujio cha 0.2 µm, ambacho kimeundwa ili kuondoa seli za bakteria. Uchunguzi wa hadubini wa nyenzo zilizotolewa kutoka kwenye ubao huo ulifunua kwamba bakteria ndogo ya umbo la fimbo iliyopindana yenye umbo la gram-hasi haikujilimbikiza polyhydroxybutyrate (PHB). Utamaduni wa aseptic usiotegemea seli za mawindo hugunduliwa kwenye nyenzo dhabiti (kama vile agar ya moyo wa ubongo (BHI) na agar ya damu (BA)), na ukuaji wake ni dhaifu. Inapatikana baada ya kilimo kidogo na uboreshaji wa inoculum nzito. Inakua vizuri chini ya microaerobic (7% v/v oksijeni) na hali ya oksijeni ya anga, lakini si katika angahewa ya anaerobic. Baada ya masaa 72, kipenyo cha koloni kilikuwa kidogo sana, kufikia 2 mm, na ilikuwa beige, translucent, pande zote, convex na shiny. Upimaji wa kawaida wa kemikali ya kibayolojia umetatizwa kwa sababu ASxL5T haiwezi kukuzwa kwa kutegemewa katika maudhui ya kioevu, ambayo yanapendekeza kuwa inaweza kutegemea mzunguko changamano wa maisha ya uundaji wa biofilm. Hata hivyo, kusimamishwa kwa sahani kulionyesha kuwa ASxL5T ni aerobic, chanya kwa oxidase na catalase, na inaweza kuvumilia 5% NaCl. ASxL5T ni sugu kwa 10 µg streptomycin, lakini ni nyeti kwa viua vijasumu vingine vyote vilivyojaribiwa. Seli za bakteria za ASxL5T zilichunguzwa na TEM (Mchoro 1). Inapokua bila seli za mawindo kwenye BA, seli za ASxL5T ni Campylobacter ndogo, na urefu wa wastani wa 1.63 μm (± 0.4), upana wa 0.37 μm (± 0.08), na pole moja ndefu (hadi 5 μm). Bendera ya ngono. Takriban 1.6% ya seli zinaonekana kuwa na upana wa chini ya 0.2 μm, ambayo itaruhusu kupita kwenye kifaa cha chujio. Upanuzi usio wa kawaida wa muundo ulionekana juu ya seli zingine, sawa na urembo (Kilatini cuculus) (angalia mishale katika 1D, E, G). Hii inaonekana kuwa inajumuisha utando wa nje wa ziada, ambayo inaweza kuwa kutokana na kupunguzwa kwa kasi kwa ukubwa wa bahasha ya periplasmic, wakati membrane ya nje inabakia intact, kuonyesha kuonekana "huru". Kukuza ASxL5T kwa kukosekana kwa virutubishi (katika PBS) kwa muda mrefu kwa 4°C kulisababisha seli nyingi (lakini si zote) kuonyesha mofolojia ya kokasi (Mchoro 1C). Wakati ASxL5T inakua na Campylobacter jejuni kama windo kwa saa 48, saizi ya wastani ya seli ni ndefu zaidi na nyembamba kuliko seli zinazokuzwa bila mwenyeji (Jedwali 1 na Mchoro 1E). Kinyume chake, wakati ASxL5T inakua na E. koli kama windo kwa saa 48, wastani wa saizi ya seli ni ndefu na pana kuliko inapokua bila mawindo (Jedwali 1), na urefu wa seli hubadilika, kwa kawaida huonyesha filamentous (Mchoro 1F). Ilipoamilishwa na Campylobacter jejuni au E. coli kama windo kwa saa 48, seli za ASxL5T hazikuonyesha flagella hata kidogo. Jedwali la 1 linatoa muhtasari wa uchunguzi wa mabadiliko katika saizi ya seli kulingana na uwepo, kutokuwepo na aina ya mawindo ya ASxL5T.
Onyesho la TEM la ASx5LT: (A) ASx5LT inaonyesha mjeledi mrefu; (B) betri ya kawaida ya ASx5LT; (C) cocci ASx5LT seli baada ya incubation muda mrefu bila virutubisho; (D) kundi la seli za ASx5LT zinaonyesha hali isiyo ya kawaida (E) Kikundi cha seli cha ASx5LT kilichoingizwa na mawindo ya Campylobacter kilionyesha urefu wa seli ikilinganishwa na wale wasio na ukuaji wa mawindo (D) pia ilionyesha muundo wa apical; (F) Kubwa Filamentous flagella, ASx5LT seli, baada ya incubation na E. coli mawindo; (G) Seli moja ya ASx5LT baada ya kuangukiwa na E. koli, inayoonyesha muundo wa juu usio wa kawaida. Baa inawakilisha 1 μm.
Kuamua mfuatano wa jeni 16S rRNA (nambari ya ufikiaji MT636545.1) huwezesha utafutaji wa hifadhidata kuanzisha mfuatano sawa na wale walio katika darasa la Gammaproteobacteria, na wako karibu zaidi na bakteria wa baharini katika familia ya spirillum ya baharini (Mchoro 2), na ni washiriki wa jenasi ya Thalassolituus. Jamaa wa karibu zaidi wa Bacillus ya Bahari. Mfuatano wa jeni 16S rRNA ni tofauti kabisa na bakteria waharibifu wa familia ya Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria). Ulinganisho wa jozi wa B. bacteriovorus HD100T (aina ya aina, DSM 50701) na B. bacteriovorus DM11A ulikuwa 48.4% na 47.7%, na kwa B. exovorus JSS ilikuwa 46.7%. Bakteria ya ASxL5T ina nakala 3 za jeni la 16S rRNA, mbili ambazo zinafanana kwa kila mmoja, na ya tatu ni besi 3 tofauti. Vitenga vingine viwili vya bakteria waharibifu (ASx5S na ASx5O; nambari za jeni za 16S rRNA ni MT636546.1 na MT636547.1, mtawalia) zenye sifa sawa za kimofolojia na phenotypic kutoka eneo moja hazifanani, lakini ni tofauti na ASxL5T na Bacterial uncultured. mlolongo wa hifadhidata umeunganishwa pamoja na jenasi zingine ndani Oceanospirillaceae (Kielelezo 2). Mfuatano mzima wa jenomu wa ASxL5T umebainishwa na kuhifadhiwa katika hifadhidata ya NCBI, na nambari ya kujiunga ni CP046056. Jenomu ya ASxL5T ina kromosomu ya mviringo ya 2,831,152 bp yenye uwiano wa G + C wa 56.1%. Mfuatano wa jenomu una CDS 2653 (jumla), ambapo 2567 zinatabiriwa kusimba protini, ambapo 1596 zinaweza kugawiwa kama kazi za kuweka (60.2%). Jenomu ina jeni 67 za kusimba za RNA, zikiwemo 9 rRNA (3 kila moja kwa 5S, 16S, na 23S) na tRNA 57. Sifa za kijenomu za ASxL5T zililinganishwa na jenomu zinazopatikana za aina ya jamaa ya karibu iliyotambuliwa kutoka kwa mfuatano wa jeni wa 16S rRNA (Jedwali 2). Tumia utambulisho wa asidi ya amino (AAI) kulinganisha jenomu zote zinazopatikana za Thalassolituus na ASxL5T. Mfuatano wa karibu zaidi wa jenomu unaopatikana (haujakamilika) ulioamuliwa na AAI ni Thalassolituus sp. C2-1 (ongeza NZ_VNIL01000001). Shida hii ilitengwa kutoka kwa mchanga wa kina cha bahari ya Mariana Trench, lakini kwa sasa hakuna habari ya phenotypic kuhusu aina hii kwa kulinganisha. Ikilinganishwa na ASxL5T ya 2.82 Mb, jenomu ya kiumbe huyo ni kubwa zaidi kwa 4.36 Mb. Ukubwa wa wastani wa jenomu ya spirocheti za baharini ni takriban 4.16 Mb (± 1.1; n = jenomu rejea 92 zilizochunguzwa kutoka https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly), kwa hivyo jenomu ya ASxL5T inaambatana na utaratibu Ikilinganishwa na wanachama wengine, ni ndogo sana. Tumia GToTree 1.5.54 kutengeneza mti wa filojenetiki unaokadiriwa kulingana na jenomu (Mchoro 3A), kwa kutumia mfuatano wa asidi ya amino uliounganishwa na jeni 172 za nakala moja maalum kwa Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17 ,18. Uchambuzi ulionyesha kuwa inahusiana kwa karibu na Thalassolituus, Ndege ya Bakteria, na Bakteria ya Baharini. Walakini, data hizi zinaonyesha kuwa ASxL5T ni tofauti na jamaa zake katika Marine Spirulina na data yake ya mlolongo wa genome inapatikana.
Mti wa filojenetiki unaotumia mfuatano wa jeni wa 16S rRNA huangazia nafasi ya aina za ASxL5T, ASxO5, na ASxS5 (pamoja na utumbo) kuhusiana na aina za bakteria ambazo hazijakuzwa na za baharini katika Spirulinaceae ya Marine. Nambari ya kujiunga na Genbank inafuata jina la matatizo kwenye mabano. Tumia ClustalW kupanga mfuatano, na utumie mbinu ya juu zaidi ya uwezekano na muundo wa Tamura-Nei kukisia uhusiano wa filojenetiki, na utekeleze majibu 1000 yanayoongozwa katika mpango wa MEGA X. Nambari kwenye tawi inaonyesha kwamba thamani ya nakala iliyoongozwa ni kubwa kuliko 50%. Escherichia coli U/541T ilitumika kama kikundi cha nje.
(A) Mti wa filojenetiki kulingana na jenomu, unaoonyesha uhusiano kati ya bakteria ya baharini Spirospiraceae ASxL5T na jamaa zake wa karibu, E. coli U 5/41T kama kundi la nje. (B) Ikilinganishwa na T. oleivorans MIL-1T, ugawaji wa kategoria ya utendaji kazi wa jeni hutabiriwa kulingana na kundi la orthologous (COG) la protini ya ASx5LT. Kielelezo kilicho upande wa kushoto kinaonyesha idadi ya jeni katika kila kategoria inayofanya kazi ya COG katika kila jenomu. Grafu iliyo upande wa kulia inaonyesha asilimia ya jenomu zilizo katika kila kikundi kinachofanya kazi cha COG. (C) Ikilinganishwa na T. oleiverans MIL-1T, uchanganuzi wa KEGG kamili (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) njia ya moduli ya ASxL5T.
Kutumia hifadhidata ya KEGG kuchunguza sehemu ya jeni iliyopo katika jenomu ya ASxL5T ilifichua njia ya kawaida ya kimetaboliki ya aerobic gamma Proteus. ASxL5T ina jumla ya jeni 75 zilizowekwa kwa protini za mwendo wa bakteria, ikijumuisha jeni zinazohusika katika kemotaksi, mkusanyiko wa bendera, na mfumo wa fimbriae wa aina ya IV. Katika kategoria ya mwisho, jeni 9 kati ya 10 zinawajibika kwa harakati za kutetemeka za anuwai ya viumbe vingine. Jenomu ya ASxL5T ina njia kamili ya tetrahydropyrimidine biosynthetic ambayo inashiriki katika mwitikio wa kinga kwa mkazo wa kiosmotiki20, kama inavyotarajiwa kwa halofili. Jenomu pia ina njia nyingi kamili za cofactors na vitamini, ikiwa ni pamoja na njia za awali za riboflauini. Ingawa jeni la alkane 1-monooxygenase (alkB2) lipo katika ASxL5T, njia ya matumizi ya hidrokaboni haijakamilika. Katika mfuatano wa jenomu wa ASxL5T, homologues za jeni zilizotambuliwa kuhusika zaidi na uharibifu wa hidrokaboni katika T. oleiverans MIL-1T21, kama vile TOL_2658 (alkB) na TOL_2772 (alcohol dehydrogenase) hazipo. Kielelezo cha 3B kinaonyesha ulinganisho wa usambazaji wa jeni katika kategoria ya COG kati ya ASxL5T na mafuta ya Olive MIL-1T. Kwa ujumla, jenomu ndogo ya ASxL5T ina jeni chache kutoka kwa kila aina ya COG ikilinganishwa na jenomu kubwa inayohusiana. Wakati idadi ya jeni katika kila kitengo cha utendaji inapoonyeshwa kama asilimia ya jenomu, tofauti hubainika katika asilimia ya jeni katika tafsiri, muundo wa ribosomal na kategoria za biogenesis, na kategoria za utendaji wa nishati na ubadilishaji, ambazo zinajumuisha ASxL5T kubwa. jenomu Asilimia inalinganishwa na kundi sawa lililopo katika jenomu ya T. oleiverans MIL-1T. Kinyume chake, ikilinganishwa na jenomu ya ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T ina asilimia kubwa ya jeni katika kategoria za urudufishaji, ujumuishaji na urekebishaji na unukuzi. Inashangaza, tofauti kubwa zaidi katika maudhui ya kila kategoria ya utendaji wa jenomu mbili ni idadi ya jeni zisizojulikana zilizopo katika ASxL5T (Mchoro 3B). Uchanganuzi wa uboreshaji wa moduli za KEGG ulifanywa, ambapo kila moduli ya KEGG inawakilisha seti ya vitengo vya utendaji vilivyobainishwa mwenyewe kwa ufafanuzi na ufafanuzi wa kibayolojia wa data ya mfuatano wa jenomu. Ulinganisho wa usambazaji wa jeni katika njia kamili ya moduli ya KOG ya ASxL5T na mizeituni MIL-1T imeonyeshwa kwenye Mchoro 3C. Uchanganuzi huu unaonyesha kuwa ingawa ASxL5T ina njia kamili ya kimetaboliki ya salfa na nitrojeni, T. oleiverans MIL-1T haina. Kinyume chake, T. oleiverans MIL-1T ina njia kamili ya kimetaboliki ya cysteine ​​​​na methionine, lakini haijakamilika katika ASxL5T. Kwa hivyo, ASxL5T ina moduli ya tabia ya unyambulishaji wa salfa (inafafanuliwa kama seti ya jeni inayoweza kutumika kama viashirio vya phenotypic, kama vile uwezo wa kimetaboliki au pathogenicity; https://www.genome.jp/kegg/module.html) Katika T. oleiverans MIL-1T. Kulinganisha maudhui ya jeni ya ASxL5T na orodha ya jeni zinazopendekeza mtindo wa maisha ya unyanyasaji haujumuishi. Ingawa jeni ya waaL inayosimba ligase inayohusishwa na polisakaridi ya antijeni ya O hadi msingi iko kwenye jenomu ya ASxL5T (lakini ni ya kawaida katika bakteria nyingi za Gram-negative), tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO ) Jeni zinaweza kujumuisha amino 60. maeneo ya asidi ambayo hupatikana kwa kawaida katika bakteria waharibifu ambao hawapo. Hakuna jeni bainishi zingine za uwindaji katika jenomu ya ASxL5T, ikijumuisha vimeng'enya vya usimbaji vinavyohusika katika usanisi wa isoprenoid kwenye njia ya mevalonate. Kumbuka kuwa hakuna jeni ya udhibiti wa unukuzi gntR katika kundi la wanyama wanaokula wanyama wengine lililochunguzwa, lakini jeni tatu zinazofanana na gntR zinaweza kutambuliwa katika ASxL5T.
Tabia za phenotypic za ASxL5T zimefupishwa katika Jedwali 3 na ikilinganishwa na sifa za phenotypic za genera zinazohusiana 23, 24, 25, 26, na 27 zilizoripotiwa katika fasihi. Vitenganishi kutoka kwa T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis, na Oceanobacter kriegii ni miili hai, inayostahimili chumvi, yenye umbo la fimbo ya oxidase-chanya, lakini haina karibu sifa nyingine za phenotypic na ASxL5T. pH ya wastani ya bahari ni 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ambayo inaonekana katika T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis na O. kriegii. ASxL5T inafaa kwa anuwai kubwa ya pH (4-9) ya kawaida ya spishi zisizo za baharini. Tabia za phenotypic za Thalassolituus sp. C2-1. Haijulikani. Aina ya halijoto ya ukuaji ya ASxL5T kwa ujumla ni pana zaidi kuliko ile ya aina za baharini (4–42 °C), ingawa baadhi ya vitenge vya T. marinus lakini si vyote vinavyostahimili joto. Kutokuwa na uwezo wa kukuza ASxL5T katika media ya mchuzi ilizuia tabia zaidi ya phenotypic. Tumia API 20E kujaribu nyenzo zilizokwaruzwa kutoka kwa sahani ya BA, ONPG, arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, matumizi ya citrate, urease, tryptophan deaminase, gelatin hidrolisisi Enzyme, matokeo ya mtihani yote yalikuwa hasi, lakini hakuna indole, asetoini na H2S. zilitolewa. Kabohaidreti zisizo na chachu ni pamoja na: glucose, mannose, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin na arabinose. Ikilinganishwa na matatizo ya kumbukumbu yanayohusiana, maelezo ya asidi ya mafuta ya seli ya aina ya ASxL5T yanaonyeshwa katika Jedwali 4. Asidi kuu za mafuta ya seli ni C16: 1ω6c na / au C16: 1ω7c, C16: 0 na C18: 1ω9. Asidi ya mafuta ya haidroksi C12:0 3-OH na C10:0 3-OH pia zipo. Uwiano wa C16:0 katika ASxL5T ni wa juu kuliko thamani iliyoripotiwa ya jenasi husika. Kwa kulinganisha, ikilinganishwa na taarifa ya T. marinus IMCC1826TT, uwiano wa C18:1ω7c na/au C18:1ω6c katika ASxL5T umepunguzwa. oleivorans MIL-1T na O. kriegii DSM 6294T, lakini haijatambuliwa katika B. sanyensis KCTC 32220T. Kulinganisha wasifu wa asidi ya mafuta ya ASxL5T na ASxLS ilifunua tofauti ndogo katika kiasi cha asidi ya mafuta ya mtu binafsi kati ya aina mbili, ambayo ni sawa na mlolongo wa DNA ya genomic ya aina moja. Hakuna chembe chembe za poly-3-hydroxybutyrate (PHB) zilizogunduliwa kwa kutumia jaribio la nyeusi la Sudan.
Shughuli ya uwindaji wa bakteria ya ASxL5T ilichunguzwa ili kubaini aina mbalimbali za mawindo. Bakteria hii inaweza kutengeneza plaques kwenye spishi za Campylobacter, ikijumuisha: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 na C. upsaliensis NCTC 11541T. Tumia tamaduni zilizoorodheshwa katika sehemu ya ubainishaji wa masafa ya seva pangishi ya mbinu ili kupima aina pana zaidi ya bakteria ya Gram-negative na Gram-positive. Matokeo yanaonyesha kuwa ASxL5T pia inaweza kutumika katika Escherichia coli NCTC 86 na Citrobacter freundii NCTC 9750T. Plaque zilizoundwa kwenye Klebsiella oxytoca 11466. Mwingiliano wa TEM na E. coli NCTC 86 umeonyeshwa kwenye Mchoro 4A-D, na mwingiliano na Campylobacter jejuni PT14 na Campylobacter suis S12 umeonyeshwa kwenye Mchoro 4E-H katikati. Utaratibu wa kushambulia unaonekana kuwa tofauti kati ya aina za mawindo zilizojaribiwa, na seli moja au zaidi za E. koli zikiwa zimeunganishwa kwa kila seli ya ASxL5T na zimewekwa kando kando ya seli iliyopanuliwa kabla ya kujitangaza. Kinyume chake, ASxL5T inaonekana kushikamana na Campylobacter kupitia sehemu moja ya mguso, kwa kawaida inapogusana na kilele cha seli ya wanyama wanaowinda wanyama wengine na karibu na kilele cha seli ya Campylobacter (Mchoro 4H).
TEM inayoonyesha mwingiliano kati ya ASx5LT na mawindo: (AD) na mawindo ya E. koli; (EH) na C. jejuni mawindo. (A) Seli ya kawaida ya ASx5LT iliyounganishwa na seli moja ya E. koli (EC); (B) ASx5LT yenye filamentous iliyounganishwa na seli moja ya EC; (C) Kiini cha filamentous ASx5LT kilichounganishwa na seli nyingi za EC; (D) Kiambatisho Seli Ndogo za ASx5LT kwenye seli moja ya E. koli (EC); (E) seli moja ya ASx5LT iliyounganishwa kwenye seli ya Campylobacter jejuni (CJ); (F) ASx5LT hushambulia seli za C. hyointestinalis (CH); (G) seli mbili Moja ya ASx5LT ilishambulia seli ya CJ; (H) Mwonekano wa karibu wa kiambatisho cha ASx5LT, karibu na kilele cha seli ya CJ (bar 0.2 μm). Upau unawakilisha 1 μm in (A–G).
Bakteria waharibifu wameibuka kuchukua fursa ya vyanzo vingi vya mawindo. Kwa wazi, zinapatikana sana katika mazingira mengi tofauti. Kwa sababu ya saizi nyembamba ya idadi ya watu, inawezekana kutenga bakteria ya ASxL5T kutoka kwa tope kwa kutumia njia ya kutenganisha fagio. Umuhimu wa genomic wa ASxL5T kwa wanachama wa familia ya oceanospirillaceae ya bakteria ya baharini unashangaza, ingawa kiumbe hiki kinastahimili chumvi na kinaweza kukua kwenye chumvi iliyo na 5%. Uchambuzi wa ubora wa maji wa tope hilo ulionyesha kuwa maudhui ya kloridi ya sodiamu yalikuwa chini ya 0.1%. Kwa hiyo, matope ni mbali na mazingira ya baharini - kijiografia na kemikali. Kuwepo kwa watenganishaji watatu wanaohusiana lakini tofauti kutoka kwa chanzo kimoja kunatoa ushahidi kwamba wadudu hawa wanastawi katika mazingira haya yasiyo ya baharini. Kwa kuongezea, uchanganuzi wa mikrobiome (faili za data zinazopatikana kutoka https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) ulionyesha kuwa mfuatano huo wa jeni 16S rRNA iko katika ushuru 50 wa juu zaidi wa utendaji kazi (OTU). ) Katika vipindi vichache vya sampuli za matope. Bakteria kadhaa ambazo hazijakuzwa zilipatikana katika hifadhidata ya Genbank, ambayo ina mifuatano ya jeni ya 16S rRNA sawa na bakteria ya ASxL5T. Mifuatano hii, pamoja na mfuatano wa ASxL5T, ASxS5, na ASxO5, inaonekana kuwakilisha makundi tofauti yaliyotenganishwa na Thalassolituus na Oceanobacter (Mchoro 2). Aina tatu za bakteria ambazo hazijakuzwa (GQ921362, GQ921357 na GQ921396) zilitengwa na maji yenye mpasuko kwa kina cha kilomita 1.3 katika mgodi wa dhahabu wa Afrika Kusini mwaka 2009, na nyingine mbili (DQ256320 na DQ337006) zilitoka Afrika Kusini. mwaka 2005). Mfuatano wa jeni wa 16S rRNA unaohusiana kwa karibu zaidi na ASxL5T ni sehemu ya mfuatano wa jeni wa 16S rRNA uliopatikana kutokana na utamaduni wa urutubishaji wa mchanga wa mchanga uliopatikana kutoka fukwe za kaskazini mwa Ufaransa mwaka wa 2006 (nambari ya upatikanaji AM29240828). Mfuatano mwingine wa jeni wa 16S rRNA unaohusiana kwa karibu kutoka kwa bakteria ambao hawajakuzwa HQ183822.1 ulipatikana kutoka kwa tanki la kukusanya lililovuja kutoka kwenye jaa la manispaa nchini Uchina. Ni wazi, bakteria wa ASxL5T si wawakilishi wa hali ya juu katika hifadhidata za taxonomic, lakini mfuatano huu kutoka kwa bakteria ambao hawajakuzwa kuna uwezekano wa kuwakilisha viumbe sawa na ASxL5T, ambavyo husambazwa ulimwenguni kote, kwa kawaida katika mazingira yenye changamoto. Kutokana na uchanganuzi mzima wa filojenetiki ya jenomu, jamaa wa karibu zaidi na ASxL5T ni Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Na O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus ni mwanachama wa baharini obligate hydrocarbon fragmentation bakteria (OHCB), ambayo imeenea katika mazingira ya baharini na nchi kavu, na kwa kawaida inakuwa kubwa baada ya matukio ya uchafuzi wa hidrokaboni30,31. Bakteria ya baharini sio wanachama wa kundi la OHCB, lakini wametengwa na mazingira ya baharini.
Data ya phenotypic inaonyesha kuwa ASxL5T ni spishi mpya na mwanachama wa jenasi isiyotambulika hapo awali katika familia ya marine spirospiraceae. Kwa sasa hakuna kiwango wazi cha kuainisha aina mpya zilizotengwa kuwa jenasi mpya. Majaribio yamefanywa ili kubainisha mipaka ya genera zima, kwa mfano, kulingana na asilimia ya jenomu ya protini ya kihafidhina (POCP), inashauriwa kuwa thamani iliyokatwa ni 50% sawa na aina ya kumbukumbu33. Wengine wanapendekeza kutumia thamani za AAI, ambazo zina faida zaidi ya POCP kwa sababu zinaweza kupatikana kutoka kwa genomes34 ambazo hazijakamilika. Mwandishi anaamini kwamba ikiwa thamani ya AAI ni chini ya 74% ikilinganishwa na aina ya mfano wa aina ya mfano, aina hiyo ni mwakilishi wa genera tofauti. Jenasi ya mfano katika spirillaceae ya baharini ni spirillum ya baharini, na aina ya mfano ni O. linum ATCC 11336T. Thamani ya AAI kati ya ASxL5T na O. linum ATCC 11336T ni 54.34%, na thamani ya AAI kati ya ASxL5T na T. oleivorans MIL-1T (aina ya aina ya jenasi) ni 67.61%, ikionyesha kuwa ASxL5T inawakilisha jenasi mpya tofauti na Thalassolitu. Kwa kutumia mfuatano wa jeni wa 16S rRNA kama kiwango cha uainishaji, mpaka wa uwekaji mipaka wa jenasi uliopendekezwa ni 94.5%35. ASxL5T inaweza kuwekwa katika jenasi ya Thalassolituus, ikionyesha utambulisho wa mfuatano wa 95.03% 16S rRNA na T. oleivorans MIL-1T na 96.17%. marinus IMCC1826T. Hata hivyo, itawekwa pia katika jenasi ya Bacteroides ambayo ina 94.64% ya utambulisho wa jeni 16S rRNA na B. sanyensis NV9, ikionyesha kuwa matumizi ya jeni moja kama vile 16S rRNA gene inaweza kusababisha uainishaji na ugawaji kiholela. Njia nyingine iliyopendekezwa hutumia ANI na Genome Alignment Score (AF) ili kuchunguza mkusanyiko wa pointi za data kutoka kwa aina zote na aina zisizo za aina za jenasi zilizopo. Mwandishi anapendekeza kuchanganya mpaka wa jenasi na sehemu ya inflection ya jenasi iliyokadiriwa mahususi kwa taxa inayochanganuliwa. Walakini, ikiwa hakuna mfuatano kamili wa jenomu kutoka kwa vitenga vya Thalassolituus, haiwezekani kubaini ikiwa ASxL5T ni ya jenasi ya Thalassolituus kwa njia hii. Kwa sababu ya upatikanaji mdogo wa mfuatano kamili wa jenomu kwa uchambuzi, mti mzima wa filojenetiki ya jenomu unapaswa kufasiriwa kwa tahadhari. Pili, mbinu nzima za ulinganishi wa jenomu haziwezi kuhesabu tofauti kubwa katika saizi ya genome zinazolinganishwa. Walipima ufanano wa jeni kuu za nakala moja kati ya jeni zinazohusiana, lakini hawakuzingatia idadi kubwa ya jeni ambazo hazipo katika genome ndogo zaidi ya ASxL5T. Ni wazi, ASxL5T na vikundi ikiwa ni pamoja na Thalassolituus, Oceanobacter, na Bacterioplanes vina babu mmoja, lakini mageuzi yamechukua njia tofauti, na kusababisha kupunguzwa kwa genome, ambayo inaweza kuwa kukabiliana na maisha ya uwindaji. Hii ni tofauti na T. oleivorans MIL-1T, ambayo ni 28% kubwa na imebadilika chini ya shinikizo tofauti za kimazingira ili kutumia hidrokaboni23,30. Ulinganisho wa kuvutia unaweza kufanywa na vimelea vya lazima ndani ya seli na viungo, kama vile Rickettsia, Klamidia, na Buchnera. Saizi yao ya jenomu ni kama Mb 1. Uwezo wa kutumia metabolite za seli za mwenyeji husababisha upotezaji wa jeni, kwa hivyo Ilipitia uharibifu mkubwa wa mageno ya jeni. Mabadiliko ya mageuzi kutoka kwa viumbe vya virutubishi vya kemikali ya baharini hadi maisha ya uwindaji yanaweza kusababisha kupunguzwa sawa kwa saizi ya jenomu. Uchambuzi wa COG na KEGG huangazia idadi ya jeni zinazotumiwa kwa utendaji maalum na tofauti za kimataifa katika njia za jeni kati ya ASxL5T na T. oleivorans MIL-1T, ambazo hazitokani na upatikanaji mkubwa wa vipengele vya urithi vya rununu. Tofauti katika uwiano wa G + C wa genome nzima ya ASxL5T ni 56.1%, na ile ya T. oleivorans MIL-1T ni 46.6%, ambayo pia inaonyesha kuwa imetengwa.
Uchunguzi wa maudhui ya usimbaji ya jenomu ya ASxL5T hutoa maarifa ya kiutendaji katika sifa za phenotypic. Uwepo wa jeni za usimbaji wa aina ya IV fimbriae (Tfp) ni wa manufaa mahususi kwa sababu zinakuza mwendo wa seli, unaoitwa kuruka kwa jamii au degedege, bila flagella juu ya uso. Kulingana na ripoti, Tfp ina kazi zingine, ikiwa ni pamoja na predation, pathogenesis, uundaji wa biofilm, uchukuaji wa DNA asilia, ukusanyaji wa seli kiotomatiki na ukuzaji38. Jenomu ya ASxL5T ina jeni 18 zinazosimba diguanylate cyclase (kimeng'enya ambacho huchochea ubadilishaji wa 2 guanosine trifosfati kuwa guanosine 2 fosfati na cyclic diGMP) na jeni 6 zinazosimba diguanylate cyclase fosfati diguanylate. Jeni ya esterase (inayochochea uharibifu wa cyclic di-GMP hadi guanosine monofosfati) inavutia kwa sababu cycl-di-GMP ni mjumbe wa pili muhimu anayehusika katika ukuzaji na utenganishaji wa biofilm, harakati, kushikamana kwa seli na virulence 39, 40 katika mchakato. Ikumbukwe pia kwamba katika Bdellovibrio bacteriovorus, cyclic double GMP imeonyeshwa kudhibiti mpito kati ya maisha ya bure na maisha ya uwindaji41.
Utafiti mwingi juu ya bakteria wawindaji umezingatia Bdellovibrio, viumbe vinavyofanana na Bdellovibrio, na spishi za Myxococcus. Hizi na mifano mingine inayojulikana ya bakteria waharibifu huunda kundi tofauti. Licha ya utofauti huu, seti ya familia za protini ambazo huakisi phenotypes za bakteria 11 zinazojulikana zimetambuliwa3,22. Hata hivyo, ni jeni zinazosimba O antijeni ligase (waaL) pekee ndizo zimetambuliwa, ambayo ni ya kawaida katika bakteria ya Gram-negative. Aina hii ya uchanganuzi haisaidii katika kuteua ASxL5T kama mwindaji, labda kwa sababu inatumia mbinu mpya ya kushambulia. Upatikanaji wa jenomu za bakteria waharibifu zaidi zitasaidia kutengeneza uchanganuzi bora zaidi unaozingatia ushahidi wa tofauti za kiutendaji na kimazingira kati ya washiriki wa kikundi. Mifano ya bakteria waharibifu ambao hawajajumuishwa katika uchanganuzi huu ni pamoja na washiriki wa Cupriavidus necator42 na Bradymonabacteria43, kwa sababu watafiti wanapochunguza jumuiya mbalimbali za vijidudu, taksi zaidi ya uwindaji huanzishwa.
Kipengele kinachojulikana zaidi cha bakteria ya ASxL5T iliyonaswa na picha ya TEM ni mofolojia yake ya kipekee na inayoweza kunyumbulika, ambayo inaweza kukuza mwingiliano na bakteria mawindo. Aina ya mwingiliano unaozingatiwa ni tofauti na bakteria wengine waharibifu na haujagunduliwa au kuripotiwa hapo awali. Mzunguko wa maisha ya uwindaji wa ASxL5T unaopendekezwa umeonyeshwa katika Mchoro 5. Kuna mifano michache katika fasihi iliyo na muundo wa apical sawa kama tunavyoripoti hapa, lakini mifano hii ni pamoja na Terasakiispira papahanaumokuakeensis, bakteria ya spirillum ya baharini yenye upanuzi wa kilele wa mara kwa mara 44, na Alphaproteobacteria, Teterasaki. , ambayo zamani ilikuwa ya jenasi Oceanospirillum, kuonyesha Kinachojulikana kama "filamu ya polar" 45. Aina za Cocci mara nyingi huzingatiwa katika tamaduni za zamani, haswa kwa bakteria walio na umbo lililopindika, kama vile Vibrio, Campylobacter, na Helicobacter 46, 47, 48, ambayo inaweza kuwakilisha hali iliyoharibika. Kazi zaidi inahitajika ili kufafanua mzunguko sahihi wa maisha ya bakteria ya ASxL5T. Kubainisha jinsi inavyonasa na kuwinda, na kama jenomu yake husimba misombo amilifu ya kibayolojia ambayo inaweza kutumika kwa madhumuni ya matibabu au kibayoteknolojia.
Maelezo ya Venatorbacter gen. Novemba Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. inaundwa na venators kutoka L. n. venator,'hunter' na Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' Seli ni aerobics, chumvi-kustahimili, curved Gram stain, zoezi fimbo na oxidase shughuli ni chanya hujilimbikiza Katika kiwango cha joto cha 4 hadi 42 °C Ingrown Kiwango cha pH cha 4-9 si cha kawaida Katika konokono za baharini, asidi nyingi za mafuta ni C16:1ω6c. C16:0 na C18:1ω9 ; 3-OH hupatikana kama asidi ya mafuta ya hydroxy. Hayakui kwenye vyombo vya habari vya DNA G + C ni 56.1 mol nafasi ya jenasi hii ni katika familia.
Maelezo ya Venatorbacter cuculus sp. Novemba Venatorbacter cuculus (cu'cull.us.; L. n. cuculus maana yake ni fairing).
Kwa kuongeza, sifa ya maelezo ya jenasi hii ni kwamba inapokuzwa kwenye BA au BHI, seli huwa na urefu wa 1.63 µm na upana wa 0.37 µm. Makoloni kwenye BHI agar ni ndogo sana, hufikia 2 mm kwa kipenyo baada ya masaa 72. Wao ni beige, translucent, pande zote, convex na shiny. Wanachama wa aina hii wanaweza kutumia Escherichia coli na Klebsiella. Campylobacter na bakteria wengine kadhaa wa Gram-negative hutumika kama mawindo.
Aina ya kawaida ya ASxL5T ilitengwa kutoka kwa maziwa ya nyama ya ng'ombe huko Nottinghamshire, Uingereza, na kuwekwa kwenye Mkusanyiko wa Kitaifa wa Utamaduni wa Aina (Uingereza): nambari ya upatanishi NCTC 14397 na Nambari ya Ukusanyaji wa Utamaduni wa Bakteria ya Uholanzi (NCCB) NCCB 100775. Mfuatano kamili wa genome wa ASxL5T imewekwa katika Genbank kulingana na nyongeza ya CP046056.
Bakteria ya ASxL5T ilitengwa kutoka kwa maziwa ya nyama kwa kutumia teknolojia ya kutengwa kwa fagio9,49. Tope liliyeyushwa 1:9 (w/v) katika bafa ya SM (50 mm Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mm MgSO4.7H2O na 0.01% gelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, Uingereza), Kisha inculated kwa 4°C kwa saa 24, ikizungusha polepole ili kuwatoa wanyama wanaokula wenzao kwenye bafa. Kusimamishwa kuliwekwa katikati kwa 3000g kwa dakika 3. Dawa ya juu ilikusanywa na kuwekwa katikati kwa 13,000g kwa mara ya pili kwa dakika 5. Kisha kichujio cha utando wa 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Ujerumani) na kichujio cha membrane ya 0.2 µm (Minisart) ili kuondoa seli zozote za bakteria zilizobaki. ASxL5T inaweza kupitisha vichujio hivi. Lawn laini ya agar ya Campylobacter enterosus S12 (nambari ya kujiunga na NCBI CP040464) kutoka kwa tope sawa ilitayarishwa kwa kutumia mbinu za kawaida. Tope lililochujwa lilisambazwa kwenye kila bati hizi za seli ya seva pangishi katika matone 10 µl kwa kujirudia mara tatu na kuruhusiwa kukauka. Sahani iliingizwa kwenye tank ya microaerophilic saa 37 ° C kwa saa 48 chini ya hali ya microaerobic (5% O2, 5% H2, 10% CO2, na 80% N2). Ubao unaoonekana uliopatikana ulitolewa kwenye bafa ya SM na kuhamishiwa kwenye nyasi safi ya C. hyointestinalis S12 ili kueneza viumbe vilivyo na lysed. Mara baada ya kuamua kuwa bakteria ni sababu ya plaque ya lytic na si phage, jaribu kukua viumbe bila kujitegemea na mwenyeji na zaidi sifa yake. Utamaduni wa aerobics ulifanyika kwa 37 °C na 5% ya damu ya farasi isiyo na nyuzi (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, nyongeza). Kulingana na miongozo ya Kamati ya Kitaifa ya Viwango vya Kliniki, mbinu ya uenezaji wa diski hutumiwa kwa ajili ya kupima uwezekano wa antibacterial. BHI agar ilikuzwa saa 37 °C kwa kutumia diski iliyo na viuavijasumu vifuatavyo (Oxoid) kwa utamaduni wa aerobic: amoksilini na asidi ya clavulanic 30 µg; cefotaxime 30 µg; streptomycin 10 µg; ciprofloxacin 5 µg; Ceftazidime 30 µg asidi ya Nalidixic 30 µg; Imipenem 10 µg; Azithromycin 15 µg; Chloramphenicol 30 µg; Cefoxitin 30 µg; Tetracycline 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampicillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimethoprim-Sulfamethoxazole 25 µg. Ustahimilivu wa chumvi ulianzishwa na incubation ya aerobic kwenye sahani za agar za BHI saa 37 °C. NaCl ya ziada iliongezwa kwenye bati za agar za BHI ili kutoa mkusanyiko wa hadi 10% w/v. Kiwango cha pH hubainishwa na utamaduni wa aerobic kwenye bati za agar za BHI katika 37°C, ambapo kiwango cha pH kimerekebishwa hadi kati ya 4 na 9 kwa HCl tasa au NaOH tasa, na thamani ya pH inayolengwa inathibitishwa kabla ya kumwaga sahani . Kwa uchanganuzi wa asidi ya mafuta ya seli, ASxL5T ilitengenezwa kwenye agari ya BHI kwa siku 3 na aerobiki saa 37 °C. Kulingana na itifaki ya kiwango cha MIDI (Sherlock Microbial Identification System, toleo la 6.10) ya FERA Science Ltd, (York, UK), asidi ya mafuta ya seli ilitolewa, kutayarishwa na kuchambuliwa.
Kwa TEM, ASxL5T ilikuzwa kwa aerobiki kwa kueneza sawasawa kwenye BA kwa 37°C kwa saa 24, na kisha kuvunwa kuwa 1 ml ya 3% (v/v) glutaraldehyde katika bafa ya cacodylate ya 0.1 M kwenye joto la kawaida Rekebisha kwa saa 1, kisha centrifuge. kwa 10,000 g kwa dakika 3. Kisha simamisha kwa upole pellet katika 600 μl 0.1 M cacodylate bafa. Hamisha kusimamishwa kwa ASxL5T isiyobadilika hadi kwa filamu ya Formvar/kaboni kwenye gridi ya shaba yenye matundu 200. Bakteria hao walikuwa na 0.5% (w/v) acetate ya uranyl kwa dakika 1 na kuchunguzwa na TEM kwa kutumia darubini ya TEI Tecnai G2 12 Biotwin. Kama ilivyoelezwa hapo juu, changanya idadi sawa ya mawindo na wanyama wanaowinda wanyama wengine katika mchuzi wa NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) na uanguke kwa saa 48 chini ya hali ya microaerobic ya Campylobacter au Campylobacter ifikapo 37°C, Mwingiliano wa wanyama wanaowinda wanyama wengine na mawindo. pia ilichunguzwa na TEM. Hali ya Aerobic kwa Escherichia coli. Chunguza kwa kujitegemea mawindo na bakteria wawindaji ili kubaini mabadiliko yoyote katika mofolojia ya seli kutokana na uwindaji. Mbinu nyeusi ya Sudan ilitumika kwa hadubini ya macho ya mkusanyiko wa PHB.
Kuza tamaduni za ASxL5T mara moja kwa kupaka ukuaji kwenye sahani za BHI au BA kwa usufi tasa. Kusanya seli za ASxL5T na uzisimamishe kwenye MRD (CM0733, Oxoid), na kisha uziweke kwenye 4°C kwa siku 7 ili kufa seli kwa njaa. Rejea ya NCTC au utamaduni wa bakteria wa hisa ya maabara uliingizwa kwenye mchuzi wa BHI au mchuzi wa virutubisho No. Utamaduni: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella 1uTC4 Oxysto6 10817, Listeria Bakteria maalum NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus nyambizi hamburger NCTC 1621T, Salmonella NC7 Monella 5 Monella inchi NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Kipangishi cha Campylobacter kiliwekwa kwa microaerobically kwenye sahani za BA katika 37°C na kusimamishwa kwa brooCYNZ. Wenyeji waliojaribiwa wa Campylobacter ni: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 114548, C. lari NCTC 11458, C. PT14, C... Kusanya seli katika MRD, centrifuge saa 13,000g na kusimamisha tena katika MRD hadi OD600 iwe 0.4. Ongeza aliquot ya kusimamishwa kwa 0.5 ml hadi 5 ml ya agari ya juu ya NZCYM iliyoyeyuka (asilimia 0.6 ya agari) na uimimine kwenye sahani ya chini ya NZCYM 1.2%. Baada ya kuponya na kukaushwa, ASxL5T iliyochanganywa mara kwa mara ilisambazwa kama matone 20 µl kwenye kila ubao wa lawn mara tatu. Joto la utamaduni na anga hutegemea mahitaji ya bakteria ya mtihani.
Tumia Seti ya DNA ya Bakteria ya GenElute™ (Sigma Aldridge) kuandaa DNA kutoka kwa vitenge vya bakteria. Mbinu za kawaida zilitumika kwa ukuzaji wa PCR wa jeni la 16S rRNA na uamuzi wa mfuatano wa bidhaa kwa kutumia kemia ya kumaliza rangi (Huduma ya Kusoma Thamani ya Eurofins, Ujerumani). Tumia programu ya BLAST-N kulinganisha mfuatano huu na mfuatano mwingine wa jeni wa 16S rRNA ili kutambua na kukusanya spishi zinazohusiana kwa karibu. Hizi zimepangwa kwa kutumia ClustalW katika programu ya MEGA X. Mti wa filojenetiki uliundwa upya kwa kutumia MEGA X kwa kutumia mbinu ya juu kabisa ya uwezekano kulingana na muundo wa Tamura-Nei, ukiwa na nakala 1000 zilizoongozwa54. Tumia PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ili kutoa DNA kwa mpangilio wa jenomu nzima. Mfuatano wa jenomu wa ASxL5T ulibainishwa kwa kutumia mchanganyiko wa Illumina MiSeq, unaojumuisha usomaji wa 250 bp unaokamilika mara mbili unaojumuisha maktaba iliyotayarishwa kwa kutumia kifaa cha kuweka lebo cha Nextera na usomaji wa urefu wa kb 2 hadi 20 kutoka kwa jukwaa la PacBio. Genomics DNA Sequencing Kituo cha Utafiti katika Chuo Kikuu cha Sembia. Jenomu hiyo ilikusanywa kwa kutumia CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Denmark). Tamaduni za ASxL5T zimewekwa katika Mkusanyiko wa Kitaifa wa Utamaduni wa Aina (Uingereza) na Mkusanyiko wa Utamaduni wa Bakteria wa Uholanzi (NCCB). Jenomu za viumbe vinavyohusiana vinavyotumika kwa kulinganisha ni: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (nambari ya ufikiaji HF680312, imekamilika); Ndege za bakteria sanyensis KCTC 32220T (nambari ya ufikiaji BMYY01000001, haijakamilika); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (nambari ya ufikiaji NZ_AUGV00000000, haijakamilika); Marinamonas community DSM 5604T (imeongezwa ASM436330v1, haijakamilika), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (imeongezwa MTSD02000001, haijakamilika) na Thalassolituus sp. C2-1 (ongeza NZ_VNIL01000001, haijakamilika). Tumia JGI Genome Portal36 katika https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= ili kubaini alama ya upatanishi (AF) na utambulisho wa wastani wa asidi ya nukleiki (ANI). Katika jozi. Njia ya Rodriguez-R & Konstantinidis55 ilitumiwa kuamua utambulisho wa amino asidi (AAI). Tumia GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 kutoa makadirio ya juu ya uwezekano wa mti wa filojenetiki. Jenomu ya ingizo inayowakilisha jenomu ya marejeleo inayopatikana imechaguliwa kutoka kwa jenasi ya marejeleo iliyotambuliwa kuwa inahusiana na ASxL5T kutoka kwa 16S rRNA phylogeny. Alibainisha mti kwa kutumia zana shirikishi ya mti wa maisha mtandaoni (https://itol.embl.de/). Ufafanuzi na uchanganuzi tendaji wa jenomu ya ASxL5T unafanywa kwa kutumia zana ya mtandaoni ya BlastKOALA KEGG kwa kutumia KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) usambazaji wa moduli ya uboreshaji. Usambazaji wa kategoria za COG (vikundi vya kawaida) huamuliwa kwa kutumia zana ya mtandaoni ya eggNOG-mapper.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ na Muñoz-Dorado, J. Uharibifu wa bakteria: Miaka 75 na inaendelea! . mazingira. microorganism. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. nk. Anuwai na uwezo wa antibacterial wa bakteria waharibifu kwenye ukanda wa pwani wa Peru. Machi dawa. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. et al. Kupitia jeni zao, utazielewa: sifa za genomic za bakteria wawindaji. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Mtindo wa maisha ya uwindaji wa bacteriophage Bdellovibrio. sakinisha. Mchungaji microbes. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Antibiotics kutoka kwa bakteria waharibifu. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio na viumbe vingine sawa ni vibashiri vya utofauti wa vijiumbe katika makundi mbalimbali ya waandaji. microorganism. Ikolojia. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. na Ballesté-Delpierre, C. Gundua hali ya sasa ya mawakala wapya wa antibacterial. kiafya. microorganism. Ambukiza. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. et al. Uwindaji maradufu wa fagio na fagio unaweza kutokomeza mawindo ya E. koli bila uwindaji hata mmoja. J. Bakteria. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Idadi na utofauti wa Campylobacter na bacteriophages zilizotengwa wakati wa mzunguko wa ulishaji wa kuku wa asili na wa kikaboni. Mazingira ya maombi. microorganism. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA n.k. Sasisha taksonomia ya jeni na epidemiolojia ya nguruwe wa Campylobacter. sayansi. Mwakilishi 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Mtiririko wa kazi unaofaa mtumiaji kwa mifumo ya jenomiki. Bioinformatics 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Mbinu ya upatanishi wa mfuatano mwingi ambayo hupunguza utata wa wakati na nafasi. Habari ya kibaolojia ya BMC. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Chombo cha kupanga na kupunguza kiotomatiki katika uchanganuzi mkubwa wa filojenetiki. Bioinformatics 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, utabiri wa jeni wa EC na mfuatano wa utafsiri wa tovuti. Bioinformatics 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Zana za uainishaji za NCBI za jukwaa mtambuka. Wasifu Rxiv. (Ilitumika tarehe 1 Juni 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-takriban mti wa uwezekano wa upeo wa juu wenye mpangilio mkubwa. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Sambamba. (Ilitumika tarehe 1 Juni 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Encyclopedia ya Kyoto ya Jeni na Jeni. Utafiti wa asidi ya nyuklia. 28, 27-30 (2000).
Jamhuri ya Cheki, L. n.k. Jukumu la ectoine ya extremoliti na hydroxyectoine kama vilinda mfadhaiko na virutubisho: jenetiki, jeni za mfumo, biokemi na uchanganuzi wa muundo. Jeni (Basel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Msemo tofauti wa protini wakati wa ukuaji wa bakteria inayoharibu haidrokaboni ya baharini Thalassolituus oleivorans MIL-1 wakati wa ukuaji wa alkanes za mnyororo wa kati na mrefu . mbele. microorganism. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., na Jurkevitch, E. Mbinu mpya ya kulinganisha ya jeni ya kufafanua viashirio mahususi vya phenotypic inaonyesha urithi mahususi katika alama ya bakteria waharibifu. Maktaba ya Sayansi ya Umma One. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, nk. Thalassolituus oleivorans gene. Novemba, sp. nov., aina mpya ya bakteria ya baharini ambayo ni mtaalamu wa matumizi ya hidrokaboni. kimataifa. Mfumo wa J. mageuzi. microorganism. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Novemba, sp. Mnamo Novemba, ilijitenga na maji ya bahari yanayozunguka katika Pasifiki ya Kusini. kimataifa. Mfumo wa J. mageuzi. microorganism. 66, 5010–5015 (2016).