ஒரு புதிய வகை கிராம்-நெகட்டிவ், ஏரோபிக், உப்பு-சகிப்புத்தன்மை, செயலில், தடி வடிவ மற்றும் கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா ASxL5T இங்கிலாந்தின் நாட்டிங்ஹாம்ஷையரில் உள்ள ஒரு மாட்டு சாணம் குளத்திலிருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டது, மேலும் அதன் இரையாக கேம்பிலோபாக்டரைப் பயன்படுத்தியது. பின்னர், மற்ற கேம்பிலோபாக்டர் இனங்கள் மற்றும் என்டோரோபாக்டீரியாசி குடும்பத்தின் உறுப்பினர்கள் இரையாக கண்டுபிடிக்கப்பட்டனர். புரவலன் செல்கள் இல்லாத துணைக் கலாச்சாரத்திற்குப் பிறகு, மூளை இதய உட்செலுத்துதல் அகாரில் பலவீனமான அசெப்டிக் வளர்ச்சி அடையப்பட்டது. உகந்த வளர்ச்சி நிலைகள் 37 °C மற்றும் pH 7. டிரான்ஸ்மிஷன் எலக்ட்ரான் நுண்ணோக்கி இரை கிடைப்பது தொடர்பான சில அசாதாரண உருவவியல் அம்சங்களை வெளிப்படுத்தியது. 16S rRNA மரபணு வரிசையைப் பயன்படுத்தி பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வு, தனிமைப்படுத்தப்பட்ட மரைன் ஸ்பைருலினா குடும்பத்தின் உறுப்பினருடன் தொடர்புடையது என்பதைக் குறிக்கிறது, ஆனால் அறியப்பட்ட எந்த இனத்தின் உறுப்பினராகவும் தெளிவாக வகைப்படுத்த முடியாது. ASxL5T இன் முழு-மரபணு வரிசைமுறை கடல் ஸ்பைரோசெட்டுகளின் உறுப்பினர்களுடனான உறவை உறுதிப்படுத்தியது. பல ASxL5Tகள் கடல், நிலப்பரப்பு மற்றும் நிலத்தடி நீரிலிருந்து பல கலாச்சாரமற்ற பாக்டீரியாக்களுடன் 16S rRNA மரபணு வரிசைகளைப் பகிர்ந்துகொள்வதை தரவுத்தளத் தேடலில் வெளிப்படுத்தியது. ASxL5T என்ற திரிபு புதிய இனத்தில் ஒரு புதிய இனத்தைக் குறிக்கிறது என்று நாங்கள் பரிந்துரைக்கிறோம். Venatorbacter cucullus gen என்ற பெயரைப் பரிந்துரைக்கிறோம். நவம்பர், எஸ்பி. நவம்பரில், ASxL5T வகை விகாரமாகப் பயன்படுத்தப்பட்டது.
கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா என்பது உயிரியக்கவியல் பொருட்கள் மற்றும் ஆற்றலைப் பெறுவதற்கு மற்ற உயிருள்ள பாக்டீரியாக்களை வேட்டையாடி கொல்லும் திறனை வெளிப்படுத்தும் பாக்டீரியாக்கள் ஆகும். இறந்த நுண்ணுயிரிகளில் இருந்து ஊட்டச்சத்துக்களை மீட்டெடுப்பதில் இருந்து இது வேறுபட்டது, மேலும் இது ஒட்டுண்ணி தொடர்புகளிலிருந்தும் வேறுபட்டது, இதில் பாக்டீரியாக்கள் அவற்றைக் கொல்லாமல் அவற்றின் புரவலருடன் நெருங்கிய உறவை உருவாக்குகின்றன. கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்கள் அவை காணப்படும் இடங்களில் (கடல் வாழ்விடங்கள் போன்றவை) ஏராளமான உணவு ஆதாரங்களைப் பயன்படுத்த வெவ்வேறு வாழ்க்கைச் சுழற்சிகளை உருவாக்கியுள்ளன. அவை வகைபிரித்தல் ரீதியாக வேறுபட்ட குழுவாகும், அவை அவற்றின் தனித்துவமான கருத்தடை வாழ்க்கைச் சுழற்சியால் மட்டுமே இணைக்கப்பட்டுள்ளன1. வேட்டையாடும் பாக்டீரியாவின் எடுத்துக்காட்டுகள் பல்வேறு பைலாவில் கண்டறியப்பட்டுள்ளன, அவற்றுள்: புரோட்டியோபாக்டீரியா, பாக்டீராய்டுகள் மற்றும் குளோரெல்லா.3. இருப்பினும், மிகவும் நன்கு ஆய்வு செய்யப்பட்ட கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்கள் Bdellovibrio மற்றும் Bdellovibrio மற்றும் போன்ற உயிரினங்கள் (BALOs4). கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்கள் புதிய உயிரியல் ரீதியாக செயல்படும் சேர்மங்கள் மற்றும் பாக்டீரியா எதிர்ப்பு முகவர்களின் நம்பிக்கைக்குரிய ஆதாரமாகும்.
கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையை மேம்படுத்துவதாக நம்பப்படுகிறது மற்றும் சுற்றுச்சூழல் ஆரோக்கியம், உற்பத்தித்திறன் மற்றும் ஸ்திரத்தன்மை ஆகியவற்றில் நேர்மறையான தாக்கத்தை ஏற்படுத்துகிறது. இந்த நேர்மறையான பண்புக்கூறுகள் இருந்தபோதிலும், பாக்டீரியாவை வளர்ப்பதில் உள்ள சிரமம் மற்றும் அவற்றின் சிக்கலான வாழ்க்கைச் சுழற்சிகளைப் புரிந்துகொள்ள உயிரணு தொடர்புகளை கவனமாகக் கவனிக்க வேண்டியதன் காரணமாக புதிய கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்கள் பற்றிய சில ஆய்வுகள் உள்ளன. கணினி பகுப்பாய்விலிருந்து இந்த தகவலைப் பெறுவது எளிதானது அல்ல.
ஆண்டிமைக்ரோபியல் எதிர்ப்பை அதிகரித்து வரும் சகாப்தத்தில், பாக்டீரியோபேஜ்கள் மற்றும் கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களின் பயன்பாடு போன்ற பாக்டீரியா நோய்க்கிருமிகளைக் குறிவைப்பதற்கான புதிய உத்திகள் ஆய்வு செய்யப்படுகின்றன. நாட்டிங்ஹாம்ஷயரில் உள்ள நாட்டிங்ஹாம் பல்கலைக்கழகத்தின் பால் மையத்தில் இருந்து சேகரிக்கப்பட்ட மாட்டு சாணத்தில் இருந்து பேஜ் தனிமைப்படுத்தும் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ASxL5T பாக்டீரியா 2019 இல் தனிமைப்படுத்தப்பட்டது. ஆய்வின் நோக்கம் உயிரியல் கட்டுப்பாட்டு முகவர்களாக சாத்தியமான உயிரினங்களை தனிமைப்படுத்துவதாகும். கேம்பிலோபாக்டர் ஹைன்டெஸ்டினலிஸ் என்பது ஒரு ஜூனோடிக் நோய்க்கிருமி ஆகும், இது மனித குடல் நோய்களுடன் அதிகளவில் தொடர்புடையது. இது சீரம் எங்கும் உள்ளது மற்றும் இலக்கு ஹோஸ்டாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது.
ASxL5T பாக்டீரியமானது மாட்டிறைச்சி ஜெல்லியில் இருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டது, ஏனெனில் அது C. ஹைன்டெஸ்டினாலிஸின் புல்வெளியில் உருவாக்கப்பட்ட பிளேக்குகள் பாக்டீரியோபேஜ்களால் உற்பத்தி செய்யப்படுவதைப் போலவே இருப்பதைக் காண முடிந்தது. இது எதிர்பாராத கண்டுபிடிப்பு, ஏனெனில் பேஜ் தனிமைப்படுத்தல் செயல்முறையின் ஒரு பகுதியாக 0.2 µm வடிகட்டி மூலம் வடிகட்டுதல் அடங்கும், இது பாக்டீரியா செல்களை அகற்ற வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. பிளேக்கிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட பொருளின் நுண்ணோக்கி பரிசோதனையில் சிறிய கிராம்-எதிர்மறை வளைந்த கம்பி வடிவ பாக்டீரியா பாலிஹைட்ராக்ஸிபியூட்ரேட்டை (PHB) குவிக்கவில்லை என்பது தெரியவந்தது. இரையின் உயிரணுக்களிலிருந்து சுயாதீனமான அசெப்டிக் கலாச்சாரம் பணக்கார திட ஊடகத்தில் (மூளை இதய உட்செலுத்துதல் அகார் (BHI) மற்றும் இரத்த அகார் (BA) போன்றவை) உணரப்படுகிறது, மேலும் அதன் வளர்ச்சி பலவீனமாக உள்ளது. கனமான இனோகுலம் மேம்பாட்டுடன் துணை கலாச்சாரத்திற்குப் பிறகு இது பெறப்படுகிறது. இது மைக்ரோ ஏரோபிக் (7% v/v ஆக்சிஜன்) மற்றும் வளிமண்டல ஆக்ஸிஜன் நிலைகளின் கீழ் சமமாக வளரும், ஆனால் காற்றில்லா வளிமண்டலத்தில் அல்ல. 72 மணி நேரத்திற்குப் பிறகு, காலனியின் விட்டம் மிகவும் சிறியதாக இருந்தது, 2 மிமீ எட்டியது, மேலும் அது பழுப்பு, ஒளிஊடுருவக்கூடிய, வட்டமான, குவிந்த மற்றும் பளபளப்பாக இருந்தது. நிலையான உயிர்வேதியியல் சோதனை தடைபடுகிறது, ஏனெனில் ASxL5T ஐ திரவ ஊடகத்தில் நம்பகத்தன்மையுடன் வளர்க்க முடியாது, இது பயோஃபில்ம் உருவாக்கத்தின் சிக்கலான வாழ்க்கைச் சுழற்சியை நம்பியிருக்கலாம் என்று கூறுகிறது. இருப்பினும், பிளேட் இடைநீக்கம் ASxL5T ஏரோபிக், ஆக்சிடேஸ் மற்றும் கேடலேஸுக்கு சாதகமானது, மேலும் 5% NaCl-யை பொறுத்துக்கொள்ளக்கூடியது என்பதைக் காட்டுகிறது. ASxL5T ஆனது 10 μg ஸ்ட்ரெப்டோமைசினுக்கு எதிர்ப்புத் திறன் கொண்டது, ஆனால் பரிசோதிக்கப்பட்ட மற்ற அனைத்து நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பிகளுக்கும் உணர்திறன் கொண்டது. ASxL5T பாக்டீரியா செல்கள் TEM ஆல் ஆய்வு செய்யப்பட்டன (படம் 1). BA இல் இரை செல்கள் இல்லாமல் வளர்க்கப்படும் போது, ​​ASxL5T செல்கள் சிறிய காம்பிலோபாக்டர் ஆகும், சராசரி நீளம் 1.63 μm (± 0.4), அகலம் 0.37 μm (± 0.08) மற்றும் ஒரு நீண்ட (5 μm வரை) துருவம். பாலியல் கொடி. தோராயமாக 1.6% செல்கள் 0.2 μm க்கும் குறைவான அகலத்தைக் கொண்டிருப்பதாகத் தோன்றுகிறது, இது வடிகட்டி சாதனத்தின் வழியாக செல்ல அனுமதிக்கும். ஃபேரிங் (லத்தீன் குக்குல்லஸ்) போன்ற சில கலங்களின் மேல் ஒரு அசாதாரண கட்டமைப்பு நீட்டிப்பு காணப்பட்டது (1D, E, G இல் உள்ள அம்புகளைப் பார்க்கவும்). இது அதிகப்படியான வெளிப்புற சவ்வைக் கொண்டதாகத் தெரிகிறது, இது பெரிப்ளாஸ்மிக் உறையின் அளவை விரைவாகக் குறைப்பதன் காரணமாக இருக்கலாம், அதே நேரத்தில் வெளிப்புற சவ்வு அப்படியே உள்ளது, இது "தளர்வான" தோற்றத்தைக் காட்டுகிறது. ASxL5Tயை ஊட்டச்சத்துக்கள் இல்லாத நிலையில் (PBS இல்) 4°C இல் நீண்ட நேரம் வளர்த்ததால், பெரும்பாலான (ஆனால் அனைத்துமே இல்லை) செல்கள் கோக்கல் உருவ அமைப்பைக் காட்டுகின்றன (படம் 1C). ASxL5T ஆனது கேம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனியுடன் 48 மணிநேரத்திற்கு இரையாக வளரும் போது, ​​சராசரி செல் அளவு, ஹோஸ்ட் இல்லாமல் வளர்க்கப்படும் செல்களை விட கணிசமாக நீளமாகவும் குறுகலாகவும் இருக்கும் (அட்டவணை 1 மற்றும் படம் 1E). மாறாக, ASxL5T 48 மணிநேரத்திற்கு இரையாக ஈ.கோலையுடன் வளரும் போது, ​​சராசரி செல் அளவு நீளமாகவும் அகலமாகவும் இருக்கும், அது இரையின்றி வளரும் போது (அட்டவணை 1), மேலும் செல் நீளம் மாறுபடும், பொதுவாக இழைகளைக் காட்டுகிறது (படம் 1F). காம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனி அல்லது ஈ.கோலை இரையாக 48 மணிநேரம் அடைகாக்கும் போது, ​​ASxL5T செல்கள் ஃபிளாஜெல்லாவைக் காட்டவில்லை. அட்டவணை 1 ஆனது ASxL5T இன் இருப்பு, இல்லாமை மற்றும் இரை வகையின் அடிப்படையில் செல் அளவில் ஏற்படும் மாற்றங்களின் அவதானிப்புகளை சுருக்கமாகக் கூறுகிறது.
ASx5LT இன் TEM காட்சி: (A) ASx5LT நீண்ட சாட்டையைக் காட்டுகிறது; (B) வழக்கமான ASx5LT பேட்டரி; (C) cocci ASx5LT செல்கள் சத்துக்கள் இல்லாத நீண்ட அடைகாக்கும் பிறகு; (D) ASx5LT செல்களின் குழு அசாதாரணத்தைக் காட்டுகிறது (E) கேம்பிலோபாக்டர் இரையுடன் அடைகாக்கப்பட்ட ASx5LT செல் குழுவானது இரை வளர்ச்சி இல்லாதவற்றுடன் ஒப்பிடும்போது அதிகரித்த செல் நீளத்தைக் காட்டியது (D) மேலும் நுனி அமைப்பைக் காட்டியது; (F) பெரிய இழை ஃபிளாஜெல்லா, ASx5LT செல்கள், ஈ.கோலை இரையுடன் அடைகாத்த பிறகு; (G) E. coli உடன் அடைகாத்த பிறகு ஒரு ஒற்றை ASx5LT செல், அசாதாரண மேல் அமைப்பைக் காட்டுகிறது. பட்டை 1 μm ஐக் குறிக்கிறது.
16S rRNA மரபணு வரிசையை (அணுகல் எண் MT636545.1) தீர்மானிப்பது, Gammaproteobacteria வகுப்பில் உள்ளதைப் போன்ற தொடர்களை நிறுவ தரவுத்தளத் தேடல்களை செயல்படுத்துகிறது, மேலும் கடல் ஸ்பைரில்லம் குடும்பத்தில் உள்ள கடல் பாக்டீரியாக்களுக்கு மிக அருகில் உள்ளது (படம் 2), மற்றும் தலசோலிட்டஸ் ஜென்மத்தின் உறுப்பினர்கள். மரைன் பேசிலஸின் நெருங்கிய உறவினர். Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) குடும்பத்தைச் சேர்ந்த கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களிலிருந்து 16S rRNA மரபணு வரிசை தெளிவாக வேறுபட்டது. B. பாக்டீரியாவோரஸ் HD100T (வகை ஸ்ட்ரெய்ன், DSM 50701) மற்றும் B. பாக்டீரியாவோரஸ் DM11A ஆகியவற்றின் ஜோடிவரிசை ஒப்பீடுகள் 48.4% மற்றும் 47.7% ஆகவும், B. exovorus JSS க்கு இது 46.7% ஆகவும் இருந்தது. ASxL5T பாக்டீரியாக்கள் 16S rRNA மரபணுவின் 3 நகல்களைக் கொண்டுள்ளன, அவற்றில் இரண்டு ஒன்றுக்கொன்று ஒத்தவை, மூன்றாவது 3 அடிப்படைகள் தவிர. மற்ற இரண்டு கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா தனிமைப்படுத்தல்கள் (ASx5S மற்றும் ASx5O; 16S rRNA மரபணு அணுகல் எண்கள் முறையே MT636546.1 மற்றும் MT636547.1 ஆகும்) ஒரே இடத்தில் இருந்து ஒத்த உருவவியல் மற்றும் பினோடைபிக் பண்புகள் ஒரே மாதிரியாக இல்லை, ஆனால் அவை ASxL5T மற்றும் கலாச்சாரமற்றவையிலிருந்து வேறுபட்டவை. தரவுத்தள வரிசைகள் மற்றவற்றுடன் ஒன்றாக தொகுக்கப்பட்டுள்ளன ஓசியானோஸ்பைரிலேசியில் உள்ள இனங்கள் (படம் 2). ASxL5T இன் முழு மரபணு வரிசையும் தீர்மானிக்கப்பட்டு NCBI தரவுத்தளத்தில் சேமிக்கப்பட்டது, மேலும் அணுகல் எண் CP046056 ஆகும். ASxL5T இன் மரபணுவானது 2,831,152 bp இன் வட்ட நிறமூர்த்தத்தைக் கொண்டுள்ளது மற்றும் G + C விகிதம் 56.1% ஆகும். மரபணு வரிசையில் 2653 CDS (மொத்தம்) உள்ளது, இதில் 2567 புரதங்களை குறியாக்கம் செய்யும் என்று கணிக்கப்பட்டுள்ளது, அவற்றில் 1596 தூண்டுதல் செயல்பாடுகளாக (60.2%) ஒதுக்கப்படலாம். மரபணுவில் 9 rRNAகள் (5S, 16S மற்றும் 23Sக்கு 3) மற்றும் 57 tRNAகள் உட்பட 67 RNA-குறியீட்டு மரபணுக்கள் உள்ளன. ASxL5T இன் மரபணு பண்புகள் 16S rRNA மரபணு வரிசையிலிருந்து (அட்டவணை 2) அடையாளம் காணப்பட்ட அருகிலுள்ள உறவினர் வகையின் திரிபுகளின் கிடைக்கக்கூடிய மரபணுக்களுடன் ஒப்பிடப்பட்டது. அமினோ அமில அடையாளத்தை (AAI) பயன்படுத்தி, கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து தலசோலிட்டஸ் மரபணுக்களையும் ASxL5T உடன் ஒப்பிடலாம். AAI ஆல் நிர்ணயிக்கப்பட்ட மிக நெருக்கமான (முழுமையற்ற) மரபணு வரிசையானது Thalassolituus sp ஆகும். C2-1 (NZ_VNIL01000001 சேர்). இந்த திரிபு மரியானா அகழியின் ஆழ்கடல் வண்டல்களிலிருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டது, ஆனால் ஒப்பிடுவதற்கு இந்த விகாரத்தைப் பற்றிய எந்த பினோடைபிக் தகவல்களும் தற்போது இல்லை. ASxL5T இன் 2.82 Mb உடன் ஒப்பிடும்போது, ​​உயிரினத்தின் மரபணு 4.36 Mb இல் பெரியது. கடல் ஸ்பைரோசெட்களின் சராசரி மரபணு அளவு சுமார் 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 முழுமையான குறிப்பு மரபணுக்கள் https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly இல் இருந்து ஆராயப்பட்டது), எனவே ASxL5T இன் மரபணுவானது மற்ற உறுப்பினர்களுடன் ஒப்பிடுகையில், இது மிகவும் சிறியது. GToTree 1.5.54 ஐப் பயன்படுத்தி, Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16 க்கு குறிப்பிட்ட 172 ஒற்றை நகல் மரபணுக்களின் சீரமைக்கப்பட்ட மற்றும் இணைக்கப்பட்ட அமினோ அமில வரிசைகளைப் பயன்படுத்தி, மரபணு அடிப்படையிலான மதிப்பிடப்பட்ட அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு பைலோஜெனடிக் மரத்தை (படம் 3A) உருவாக்கவும். 17,18. இது தலசோலிட்டஸ், பாக்டீரியல் பிளேன் மற்றும் மரைன் பாக்டீரியத்துடன் நெருங்கிய தொடர்புடையது என்று பகுப்பாய்வு காட்டுகிறது. இருப்பினும், ASxL5T மரைன் ஸ்பைருலினாவில் உள்ள அதன் உறவினர்களிடமிருந்து வேறுபட்டது மற்றும் அதன் மரபணு வரிசை தரவு கிடைக்கிறது என்பதை இந்தத் தரவுகள் குறிப்பிடுகின்றன.
16S rRNA மரபணு வரிசையைப் பயன்படுத்தும் பைலோஜெனடிக் மரம், கடல் ஸ்பைருலினேசியில் உள்ள பயிரிடப்படாத மற்றும் கடல் பாக்டீரியா விகாரங்களுடன் ஒப்பிடும்போது ASxL5T, ASxO5 மற்றும் ASxS5 விகாரங்களின் (உணர்வோடு) நிலையை எடுத்துக்காட்டுகிறது. ஜென்பேங்க் அணுகல் எண் அடைப்புக்குறிக்குள் உள்ள திரிபு பெயரைப் பின்பற்றுகிறது. வரிசைகளை சீரமைக்க ClustalW ஐப் பயன்படுத்தவும், மேலும் பைலோஜெனடிக் உறவுகளை ஊகிக்க அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு முறை மற்றும் Tamura-Nei மாதிரியைப் பயன்படுத்தவும், மேலும் MEGA X திட்டத்தில் 1000 வழிகாட்டப்பட்ட பிரதிகளைச் செய்யவும். கிளையில் உள்ள எண் வழிகாட்டப்பட்ட நகல் மதிப்பு 50% ஐ விட அதிகமாக இருப்பதைக் குறிக்கிறது. Escherichia coli U/541T ஒரு குழுவாகப் பயன்படுத்தப்பட்டது.
(A) மரபணுவை அடிப்படையாகக் கொண்ட ஒரு பைலோஜெனடிக் மரம், கடல் ஸ்பைரோஸ்பைரேசி பாக்டீரியம் ASxL5T மற்றும் அதன் நெருங்கிய உறவினர்களான E. coli U 5/41T ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான உறவைக் காட்டுகிறது. (B) T. oleivorans MIL-1T உடன் ஒப்பிடும்போது, ​​ASx5LT புரதத்தின் orthologous group (COG) கிளஸ்டரின் அடிப்படையில் மரபணுக்களின் செயல்பாட்டு வகை விநியோகம் கணிக்கப்படுகிறது. இடதுபுறத்தில் உள்ள படம் ஒவ்வொரு மரபணுவிலும் உள்ள ஒவ்வொரு செயல்பாட்டு COG வகையிலும் உள்ள மரபணுக்களின் எண்ணிக்கையைக் காட்டுகிறது. வலதுபுறத்தில் உள்ள வரைபடம் ஒவ்வொரு செயல்பாட்டு COG குழுவிலும் உள்ள மரபணுக்களின் சதவீதத்தைக் காட்டுகிறது. (C) T. oleiverans MIL-1T உடன் ஒப்பிடும்போது, ​​ASxL5T இன் முழுமையான KEGG (கியோட்டோ என்சைக்ளோபீடியா ஆஃப் ஜீன்ஸ் அண்ட் ஜீனோம்ஸ்) மாடுலர் பாதையின் பகுப்பாய்வு.
ASxL5T மரபணுவில் உள்ள கூறு மரபணுக்களை ஆய்வு செய்ய KEGG தரவுத்தளத்தைப் பயன்படுத்தி ஏரோபிக் காமா புரோட்டியஸின் வழக்கமான வளர்சிதை மாற்றப் பாதையை வெளிப்படுத்தியது. ASxL5T ஆனது பாக்டீரியல் மோட்டார் புரதங்களுக்கு ஒதுக்கப்பட்ட மொத்தம் 75 மரபணுக்களைக் கொண்டுள்ளது, இதில் கெமோடாக்சிஸ், ஃபிளாஜெல்லா அசெம்பிளி மற்றும் டைப் IV ஃபைம்ப்ரியா சிஸ்டம் ஆகியவை அடங்கும். கடைசி பிரிவில், 10 மரபணுக்களில் 9 பிற உயிரினங்களின் இழுப்பு இயக்கத்திற்கு காரணமாகின்றன. ASxL5T இன் மரபணுவானது ஒரு முழுமையான டெட்ராஹைட்ரோபைரிமிடின் உயிரியக்கவியல் பாதையைக் கொண்டுள்ளது, இது ஹாலோபைல்களுக்கு எதிர்பார்க்கப்படும் ஆஸ்மோடிக் அழுத்தத்திற்கான பாதுகாப்பு பதிலில் பங்கேற்கிறது. ரைபோஃப்ளேவின் தொகுப்பு பாதைகள் உட்பட காஃபாக்டர்கள் மற்றும் வைட்டமின்களுக்கான பல முழுமையான பாதைகளையும் மரபணு கொண்டுள்ளது. ஆல்கேன் 1-மோனோஆக்சிஜனேஸ் (alkB2) மரபணு ASxL5T இல் இருந்தாலும், ஹைட்ரோகார்பன் பயன்பாட்டு பாதை முழுமையடையவில்லை. ASxL5T இன் மரபணு வரிசையில், TOL_2658 (alkB) மற்றும் TOL_2772 (ஆல்கஹால் டீஹைட்ரோஜினேஸ்) போன்ற T. ஒலிவரன்ஸ் MIL-1T21 இல் உள்ள ஹைட்ரோகார்பன்களின் சிதைவுக்கு முக்கியக் காரணமாகக் கண்டறியப்பட்ட மரபணுக்களின் ஹோமோலாஜ்கள் வெளிப்படையாக இல்லை. ASxL5T மற்றும் ஆலிவ் எண்ணெய் MIL-1T ஆகியவற்றுக்கு இடையே COG பிரிவில் மரபணு விநியோகத்தின் ஒப்பீட்டை படம் 3B காட்டுகிறது. ஒட்டுமொத்தமாக, சிறிய ASxL5T மரபணுவானது பெரிய தொடர்புடைய மரபணுவுடன் ஒப்பிடும்போது ஒவ்வொரு COG வகையிலிருந்தும் விகிதாச்சாரத்தில் குறைவான மரபணுக்களைக் கொண்டுள்ளது. ஒவ்வொரு செயல்பாட்டு வகையிலும் உள்ள மரபணுக்களின் எண்ணிக்கை மரபணுவின் சதவீதமாக வெளிப்படுத்தப்படும்போது, ​​மொழிபெயர்ப்பில் மரபணுக்களின் சதவீதம், ரைபோசோமால் அமைப்பு மற்றும் உயிரியக்கவியல் பிரிவுகள் மற்றும் ஆற்றல் உற்பத்தி மற்றும் மாற்றும் செயல்பாடு வகைகளில் வேறுபாடுகள் குறிப்பிடப்படுகின்றன, அவை பெரிய ASxL5T ஐ உருவாக்குகின்றன. மரபணு T. ஒலிவரன்ஸ் MIL-1T மரபணுவில் உள்ள அதே குழுவுடன் இந்த சதவீதம் ஒப்பிடப்படுகிறது. மாறாக, ASxL5T மரபணுவுடன் ஒப்பிடும்போது, ​​T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T ஆனது பிரதி, மறுசீரமைப்பு மற்றும் பழுதுபார்ப்பு மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் வகைகளில் மரபணுக்களின் அதிக சதவீதத்தைக் கொண்டுள்ளது. சுவாரஸ்யமாக, இரண்டு மரபணுக்களின் ஒவ்வொரு செயல்பாட்டு வகையின் உள்ளடக்கத்திலும் உள்ள மிகப்பெரிய வித்தியாசம் ASxL5T (படம் 3B) இல் உள்ள அறியப்படாத மரபணுக்களின் எண்ணிக்கையாகும். KEGG தொகுதிகளின் செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டது, இதில் ஒவ்வொரு KEGG தொகுதியும் மரபணு வரிசை தரவுகளின் சிறுகுறிப்பு மற்றும் உயிரியல் விளக்கத்திற்கான கைமுறையாக வரையறுக்கப்பட்ட செயல்பாட்டு அலகுகளின் தொகுப்பைக் குறிக்கிறது. ASxL5T மற்றும் ஆலிவ் MIL-1T இன் முழுமையான KOG தொகுதி பாதையில் மரபணு விநியோகத்தின் ஒப்பீடு படம் 3C இல் காட்டப்பட்டுள்ளது. ASxL5T ஆனது முழுமையான கந்தகம் மற்றும் நைட்ரஜன் வளர்சிதை மாற்றப் பாதையைக் கொண்டிருந்தாலும், T. ஒலிவரன்ஸ் MIL-1T இல் இல்லை என்பதை இந்தப் பகுப்பாய்வு காட்டுகிறது. இதற்கு மாறாக, T. ஒலிவரன்ஸ் MIL-1T ஆனது ஒரு முழுமையான சிஸ்டைன் மற்றும் மெத்தியோனைன் வளர்சிதை மாற்றப் பாதையைக் கொண்டுள்ளது, ஆனால் ASxL5T இல் இது முழுமையடையாது. எனவே, ASxL5T ஆனது சல்பேட் ஒருங்கிணைப்புக்கான ஒரு சிறப்பியல்பு தொகுதியைக் கொண்டுள்ளது (மெட்டபாலிக் திறன் அல்லது நோய்க்கிருமித்தன்மை போன்ற பினோடைபிக் குறிப்பான்களாகப் பயன்படுத்தக்கூடிய மரபணுக்களின் தொகுப்பாக வரையறுக்கப்படுகிறது; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T இல் ஒலிவரன்ஸ் MIL-1T. ASxL5T இன் மரபணு உள்ளடக்கத்தை கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கை முறையை பரிந்துரைக்கும் மரபணுக்களின் பட்டியலுடன் ஒப்பிடுவது முடிவில்லாதது. O ஆன்டிஜென் பாலிசாக்கரைடுடன் தொடர்புடைய லிகேஸை மையத்தில் குறியாக்கம் செய்யும் waaL மரபணு ASxL5T மரபணுவில் உள்ளது (ஆனால் பல கிராம்-எதிர்மறை பாக்டீரியாக்களில் இது பொதுவானது), டிரிப்டோபான் 2,3-டை ஆக்சிஜனேஸ் (TDO) மரபணுக்கள் 60 அமினோவை உள்ளடக்கியிருக்கலாம். அமிலப் பகுதிகள் பொதுவாக இல்லாத கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களில் காணப்படுகின்றன. ASxL5T மரபணுவில் வேறு எந்த வேட்டையாடும் குணாதிசயமான மரபணுக்களும் இல்லை, மெவலோனேட் பாதையில் ஐசோபிரனாய்டு உயிரியக்கத்தில் ஈடுபடும் என்சைம்கள் உட்பட. பரிசோதிக்கப்பட்ட வேட்டையாடும் குழுவில் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டரி மரபணு gntR இல்லை என்பதை நினைவில் கொள்ளவும், ஆனால் ASxL5T இல் மூன்று gntR போன்ற மரபணுக்களை அடையாளம் காண முடியும்.
ASxL5T இன் பினோடைபிக் பண்புகள் அட்டவணை 3 இல் சுருக்கப்பட்டுள்ளன மற்றும் இலக்கியத்தில் தெரிவிக்கப்பட்டுள்ள தொடர்புடைய வகை 23, 24, 25, 26 மற்றும் 27 ஆகியவற்றின் பினோடைபிக் பண்புகளுடன் ஒப்பிடப்படுகின்றன. T. Marinus, T. olevorans, B. sanyensis மற்றும் Oceanobacter kriegii இலிருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டவை செயலில், உப்பு-சகிப்புத்தன்மை கொண்ட, ஆக்சிடேஸ்-பாசிட்டிவ் ராட்-வடிவ உடல்கள், ஆனால் ASxL5T உடன் வேறு எந்த பினோடைபிக் பண்புகளும் இல்லை. கடலின் சராசரி pH 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), இது T. Marinus, T. olevorans, B. sanyensis மற்றும் O ஆகியவற்றில் பிரதிபலிக்கிறது. kriegii. ASxL5T பெரிய pH வரம்பிற்கு (4-9) பொதுவான கடல் அல்லாத உயிரினங்களுக்கு ஏற்றது. தலசோலிட்டஸ் எஸ்பியின் பினோடைபிக் பண்புகள். C2-1. தெரியவில்லை. ASxL5T இன் வளர்ச்சி வெப்பநிலை வரம்பு பொதுவாக கடல் விகாரங்களை விட (4-42 °C) அதிகமாக உள்ளது, இருப்பினும் சில ஆனால் அனைத்து T. மரினஸ் தனிமைப்படுத்தல்களும் வெப்பத்தை தாங்கும் திறன் கொண்டவை. குழம்பு ஊடகத்தில் ASxL5T ஐ வளர்க்க இயலாமை மேலும் பினோடைபிக் குணாதிசயத்தைத் தடுத்தது. BA தகடு, ONPG, அர்ஜினைன் டைஹைட்ரோலேஸ், லைசின் டிகார்பாக்சிலேஸ், ஆர்னிதைன் டிகார்பாக்சிலேஸ், சிட்ரேட் பயன்பாடு, யூரேஸ், டிரிப்டோபான் டீமினேஸ், ஜெலட்டின் ஹைட்ரோலிசிஸ் என்சைம் ஆகியவற்றிலிருந்து ஸ்க்ராப் செய்யப்பட்ட பொருட்களைச் சோதிக்க API 20E ஐப் பயன்படுத்தவும் உற்பத்தி செய்யப்பட்டன. புளிக்காத கார்போஹைட்ரேட்டுகள்: குளுக்கோஸ், மன்னோஸ், இனோசிட்டால், சர்பிடால், ரம்னோஸ், சுக்ரோஸ், மெலிபயோஸ், அமிக்டாலின் மற்றும் அரபினோஸ். வெளியிடப்பட்ட தொடர்புடைய குறிப்பு விகாரங்களுடன் ஒப்பிடும்போது, ​​ASxL5T விகாரத்தின் செல்லுலார் கொழுப்பு அமில சுயவிவரம் அட்டவணை 4 இல் காட்டப்பட்டுள்ளது. முக்கிய செல்லுலார் கொழுப்பு அமிலங்கள் C16:1ω6c மற்றும்/அல்லது C16:1ω7c, C16:0 மற்றும் C18:1ω9 ஆகும். ஹைட்ராக்ஸி கொழுப்பு அமிலங்கள் C12:0 3-OH மற்றும் C10:0 3-OH ஆகியவையும் உள்ளன. ASxL5T இல் C16:0 இன் விகிதம் தொடர்புடைய வகைகளின் அறிக்கை மதிப்பை விட அதிகமாக உள்ளது. இதற்கு மாறாக, அறிக்கையிடப்பட்ட T. marinus IMCC1826TT உடன் ஒப்பிடும்போது, ​​ASxL5T இல் C18:1ω7c மற்றும்/அல்லது C18:1ω6c விகிதம் குறைக்கப்பட்டது. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T மற்றும் O. kriegii DSM 6294T, ஆனால் B. sanyensis KCTC 32220T இல் கண்டறியப்படவில்லை. ASxL5T மற்றும் ASxLS இன் கொழுப்பு அமில சுயவிவரங்களை ஒப்பிடுகையில், இரண்டு விகாரங்களுக்கிடையில் தனிப்பட்ட கொழுப்பு அமிலங்களின் அளவு நுட்பமான வேறுபாடுகளை வெளிப்படுத்தியது, அவை ஒரே இனத்தின் மரபணு DNA வரிசையுடன் ஒத்துப்போகின்றன. சூடானின் கருப்பு சோதனையைப் பயன்படுத்தி பாலி-3-ஹைட்ராக்ஸிபியூட்ரேட் (PHB) துகள்கள் எதுவும் கண்டறியப்படவில்லை.
ASxL5T பாக்டீரியாவின் வேட்டையாடும் செயல்பாடு இரையின் வரம்பை தீர்மானிக்க ஆய்வு செய்யப்பட்டது. இந்த பாக்டீரியம் கேம்பிலோபாக்டர் இனங்களில் பிளேக்குகளை உருவாக்கலாம், அவற்றுள்: கேம்பிலோபாக்டர் சூயிஸ் 11608டி, கேம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனி பிடி14, கேம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனி 12662, கேம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனி என்சிடிசி 11168டி; Escherichia coli NCTC 12667; C. ஹெல்வெடிகஸ் NCTC 12472; சி லாரி என்சிடிசி 11458 மற்றும் சி. அப்சலியென்சிஸ் என்சிடிசி 11541டி. பரந்த அளவிலான கிராம்-எதிர்மறை மற்றும் கிராம்-பாசிட்டிவ் பாக்டீரியாக்களை சோதிக்க, முறையின் ஹோஸ்ட் வரம்பைத் தீர்மானிக்கும் பிரிவில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ள கலாச்சாரங்களைப் பயன்படுத்தவும். ASxL5T ஐ Escherichia coli NCTC 86 மற்றும் Citrobacter freundii NCTC 9750T ஆகியவற்றிலும் பயன்படுத்தலாம் என்று முடிவுகள் காட்டுகின்றன. Klebsiella oxytoca 11466 இல் உருவான பிளேக்குகள். E. coli NCTC 86 உடனான TEM தொடர்பு படம் 4A-D இல் காட்டப்பட்டுள்ளது, மேலும் Campylobacter jejuni PT14 மற்றும் Campylobacter suis S12 உடனான தொடர்பு படம் 4E-H நடுவில் காட்டப்பட்டுள்ளது. ஒவ்வொரு ASxL5T கலத்துடனும் ஒன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட E. coli செல்கள் இணைக்கப்பட்டு, உறிஞ்சப்படுவதற்கு முன் நீட்டிக்கப்பட்ட கலத்தின் பக்கவாட்டில் நிலைநிறுத்தப்பட்டு, சோதனை செய்யப்பட்ட இரை வகைகளுக்கு இடையே தாக்குதல் நுட்பம் வேறுபட்டதாகத் தெரிகிறது. இதற்கு நேர்மாறாக, ASxL5T ஆனது காம்பிலோபாக்டருடன் இணைக்கப்பட்டதாகத் தோன்றுகிறது, இது ஒரு ஒற்றைத் தொடர்பின் மூலம், பொதுவாக வேட்டையாடும் கலத்தின் உச்சியுடன் மற்றும் கேம்பிலோபாக்டர் கலத்தின் உச்சிக்கு அருகில் தொடர்பு கொள்கிறது (படம் 4H).
ASx5LT மற்றும் இரைக்கு இடையேயான தொடர்பைக் காட்டும் TEM: (AD) மற்றும் E. coli இரை; (EH) மற்றும் C. ஜெஜூனி இரை. (A) ஒற்றை E. coli (EC) கலத்துடன் இணைக்கப்பட்ட ஒரு பொதுவான ASx5LT செல்; (B) ஒரு இழை ASx5LT ஒற்றை EC கலத்துடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளது; (C) பல EC கலங்களுடன் இணைக்கப்பட்ட இழை ASx5LT செல்; (D) ஒற்றை E. coli (EC) கலத்தில் சிறிய ASx5LT செல்கள் இணைப்பு; (E) கேம்பிலோபாக்டர் ஜெஜூனி (CJ) கலத்துடன் இணைக்கப்பட்ட ஒற்றை ASx5LT செல்; (F) ASx5LT தாக்குதல்கள் C. ஹையோன்டெஸ்டினலிஸ் (CH) செல்கள்; (ஜி) இரண்டு ஒரு ASx5LT செல்கள் ஒரு CJ கலத்தைத் தாக்கின; (H) CJ கலத்தின் உச்சிக்கு அருகில் (பார் 0.2 μm) ASx5LT இணைப்புப் புள்ளியின் நெருக்கமான காட்சி. பட்டை 1 μm in (A-G) ஐக் குறிக்கிறது.
கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்கள் ஏராளமான இரையின் ஆதாரங்களைப் பயன்படுத்திக் கொள்ள உருவாகியுள்ளன. வெளிப்படையாக, அவை பல்வேறு சூழல்களில் பரவலாக உள்ளன. மக்கள்தொகை உறுப்பினர்களின் குறுகிய அளவு காரணமாக, பேஜ் பிரிப்பு முறையைப் பயன்படுத்தி ASxL5T பாக்டீரியாவை குழம்பிலிருந்து தனிமைப்படுத்த முடியும். கடல் பாக்டீரியாவின் ஓசியனோஸ்பிரில்லேசி குடும்பத்தின் உறுப்பினர்களுக்கு ASxL5T இன் மரபணு பொருத்தம் ஆச்சரியமளிக்கிறது, இருப்பினும் உயிரினம் உப்பு-சகிப்புத்தன்மை கொண்டது மற்றும் 5% உப்பு கொண்ட ஒரு ஊடகத்தில் வளரக்கூடியது. சோடியம் குளோரைடு உள்ளடக்கம் 0.1% க்கும் குறைவாக இருப்பதைக் குழம்பின் நீரின் தர பகுப்பாய்வு காட்டுகிறது. எனவே, புவியியல் ரீதியாகவும் வேதியியல் ரீதியாகவும் கடல் சூழலில் இருந்து சேறு வெகு தொலைவில் உள்ளது. ஒரே மூலத்திலிருந்து மூன்று தொடர்புடைய ஆனால் வெவ்வேறு தனிமைப்படுத்தல்கள் இருப்பது இந்த கடல் அல்லாத சூழலில் இந்த வேட்டையாடுபவர்கள் செழித்து வளர்கிறார்கள் என்பதற்கான சான்றுகளை வழங்குகிறது. கூடுதலாக, நுண்ணுயிர் பகுப்பாய்வு (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 இலிருந்து கிடைக்கும் தரவுக் கோப்புகள்) அதே 16S rRNA மரபணு வரிசை முதல் 50 மிக அதிகமான செயல்பாட்டு டாக்ஸாவில் (OTU) அமைந்துள்ளது என்பதைக் காட்டுகிறது. ) மண் ஒரு சில மாதிரி இடைவெளியில். ஜென்பேங்க் தரவுத்தளத்தில் பல கலாச்சாரமற்ற பாக்டீரியாக்கள் காணப்பட்டன, அவை ASxL5T பாக்டீரியாவைப் போன்ற 16S rRNA மரபணு வரிசைகளைக் கொண்டுள்ளன. இந்த வரிசைகள், ASxL5T, ASxS5 மற்றும் ASxO5 ஆகியவற்றின் வரிசைகளுடன் சேர்ந்து, தலசோலிட்டஸ் மற்றும் ஓசியானோபாக்டரில் இருந்து பிரிக்கப்பட்ட வெவ்வேறு கிளேடுகளைக் குறிக்கின்றன (படம் 2). 2009 ஆம் ஆண்டில் தென்னாப்பிரிக்க தங்கச் சுரங்கத்தில் 1.3 கிலோமீட்டர் ஆழத்தில் பிளவு நீரிலிருந்து மூன்று வகையான கலாச்சாரமற்ற பாக்டீரியாக்கள் (GQ921362, GQ921357 மற்றும் GQ921396) தனிமைப்படுத்தப்பட்டன, மற்ற இரண்டு (DQ256320 மற்றும் DQ337006) தென்னாப்பிரிக்காவின் நிலத்தடி நீரில் இருந்து வந்தவை. 2005 இல்). ASxL5T உடன் மிக நெருக்கமாக தொடர்புடைய 16S rRNA மரபணு வரிசையானது 2006 இல் வடக்கு பிரான்சின் கடற்கரைகளில் இருந்து பெறப்பட்ட மணல் படிவுகளின் செறிவூட்டல் கலாச்சாரத்திலிருந்து பெறப்பட்ட 16S rRNA மரபணு வரிசையின் ஒரு பகுதியாகும் (அணுகல் எண் AM29240828). கலாச்சாரமற்ற பாக்டீரியமான HQ183822.1 இலிருந்து நெருங்கிய தொடர்புடைய மற்றொரு 16S rRNA மரபணு வரிசை சீனாவில் உள்ள ஒரு நகராட்சி நிலப்பரப்பில் இருந்து கசிந்த சேகரிப்பு தொட்டியிலிருந்து பெறப்பட்டது. வெளிப்படையாக, ASxL5T பாக்டீரியா வகைபிரித்தல் தரவுத்தளங்களில் அதிக பிரதிநிதித்துவம் இல்லை, ஆனால் கலாச்சாரமற்ற பாக்டீரியாவிலிருந்து வரும் இந்த வரிசைகள் ASxL5T போன்ற உயிரினங்களைக் குறிக்கும், அவை உலகம் முழுவதும் விநியோகிக்கப்படுகின்றன, பொதுவாக சவாலான சூழல்களில். முழு மரபணு பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்விலிருந்து, ASxL5T க்கு மிக நெருக்கமான உறவினர் Thalassolituus sp ஆகும். C2-1, T. மரினஸ், T. ஒலிவோரன்ஸ். மற்றும் O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus கடல் கட்டாய ஹைட்ரோகார்பன் துண்டு துண்டான பாக்டீரியாவின் (OHCB) உறுப்பினராகும், இது கடல் மற்றும் நிலப்பரப்பு சூழல்களில் பரவலாக உள்ளது, மேலும் பொதுவாக ஹைட்ரோகார்பன் மாசு நிகழ்வுகளுக்குப் பிறகு ஆதிக்கம் செலுத்துகிறது. கடல் பாக்டீரியாக்கள் OHCB குழுவின் உறுப்பினர்கள் அல்ல, ஆனால் அவை கடல் சூழலில் இருந்து தனிமைப்படுத்தப்படுகின்றன.
ASxL5T என்பது ஒரு புதிய இனம் மற்றும் கடல் ஸ்பைரோஸ்பைரேசி குடும்பத்தில் முன்னர் அங்கீகரிக்கப்படாத இனத்தைச் சேர்ந்தது என்று பினோடைபிக் தரவு குறிப்பிடுகிறது. புதிதாக தனிமைப்படுத்தப்பட்ட விகாரங்களை ஒரு புதிய இனமாக வகைப்படுத்த தற்போது தெளிவான தரநிலை இல்லை. உலகளாவிய வகை எல்லைகளைத் தீர்மானிக்க முயற்சிகள் மேற்கொள்ளப்பட்டுள்ளன, எடுத்துக்காட்டாக, பழமைவாத புரதத்தின் (POCP) மரபணுவின் சதவீதத்தின் அடிப்படையில், கட்-ஆஃப் மதிப்பு 50% குறிப்பு திரிபுக்கு ஒத்ததாக இருக்க பரிந்துரைக்கப்படுகிறது. மற்றவர்கள் AAI மதிப்புகளைப் பயன்படுத்த பரிந்துரைக்கின்றனர், அவை POCP ஐ விட நன்மைகளைக் கொண்டுள்ளன, ஏனெனில் அவை முழுமையற்ற மரபணுக்களிலிருந்து பெறப்படலாம்34. மாதிரி இனங்களின் மாதிரி விகாரத்துடன் ஒப்பிடும்போது AAI மதிப்பு 74% க்கும் குறைவாக இருந்தால், திரிபு வேறு வகைகளின் பிரதிநிதி என்று ஆசிரியர் நம்புகிறார். கடல் ஸ்பைரிலேசியில் உள்ள மாதிரி இனமானது கடல் ஸ்பைரில்லம், மற்றும் மாதிரி திரிபு O. லினம் ATCC 11336T ஆகும். ASxL5T மற்றும் O. linum ATCC 11336T க்கு இடையேயான AAI மதிப்பு 54.34%, மற்றும் ASxL5T மற்றும் T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T (ஜெனஸ் வகை விகாரங்கள்) ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான AAI மதிப்பு 67.61% ஆகும், இது ASxL5T ஆனது Thalassolitu இலிருந்து வேறுபட்டது என்பதைக் குறிக்கிறது. வகைப்பாடு தரநிலையாக 16S rRNA மரபணு வரிசையைப் பயன்படுத்தி, பரிந்துரைக்கப்பட்ட இன வரையறை எல்லை 94.5%35 ஆகும். ASxL5T தலசோலிட்டஸ் இனத்தில் வைக்கப்படலாம், இது T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T மற்றும் 96.17% உடன் 95.03% 16S rRNA வரிசை அடையாளத்தைக் காட்டுகிறது. மரினஸ் IMCC1826T. இருப்பினும், இது B. சான்யென்சிஸ் NV9 உடன் 94.64% 16S rRNA மரபணு அடையாளத்தைக் கொண்ட Bacteroides இனத்திலும் வைக்கப்படும், 16S rRNA மரபணு போன்ற ஒற்றை மரபணுவின் பயன்பாடு தன்னிச்சையான வகைப்பாடு மற்றும் ஒதுக்கீட்டிற்கு வழிவகுக்கும் என்பதைக் குறிக்கிறது. மற்றொரு பரிந்துரைக்கப்பட்ட முறையானது ANI மற்றும் Genome Alignment Score (AF) ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தி, தற்போதுள்ள வகைகளின் அனைத்து வகையான மற்றும் வகை அல்லாத விகாரங்களிலிருந்தும் தரவுப் புள்ளிகளின் தொகுப்பை ஆய்வு செய்கிறது. பகுப்பாய்வு செய்யப்படும் டாக்ஸாவிற்கு குறிப்பிட்ட மதிப்பிடப்பட்ட இனத்தின் ஊடுருவல் புள்ளியுடன் இன எல்லையை இணைக்க ஆசிரியர் பரிந்துரைக்கிறார். இருப்பினும், தலசோலிட்டஸ் தனிமைப்படுத்தலில் இருந்து போதுமான முழுமையான மரபணு வரிசைகள் இல்லை என்றால், இந்த முறையால் ASxL5T தலசோலிட்டஸ் இனத்தைச் சேர்ந்ததா என்பதை தீர்மானிக்க முடியாது. பகுப்பாய்விற்கான முழுமையான மரபணு வரிசைகள் குறைவாக இருப்பதால், முழு மரபணு பைலோஜெனடிக் மரமும் எச்சரிக்கையுடன் விளக்கப்பட வேண்டும். இரண்டாவதாக, முழு மரபணு ஒப்பீட்டு முறைகள் ஒப்பிடப்பட்ட மரபணுக்களின் அளவுகளில் கணிசமான வேறுபாடுகளைக் கணக்கிட முடியாது. அவை தொடர்புடைய இனங்களுக்கிடையில் பாதுகாக்கப்பட்ட மைய ஒற்றை நகல் மரபணுக்களின் ஒற்றுமையை அளந்தன, ஆனால் ASxL5T இன் மிகச் சிறிய மரபணுவில் இல்லாத அதிக எண்ணிக்கையிலான மரபணுக்களை கணக்கில் எடுத்துக்கொள்ளவில்லை. வெளிப்படையாக, ASxL5T மற்றும் Thalassolituus, Oceanobacter மற்றும் Bacterioplanes உள்ளிட்ட குழுக்களுக்கு பொதுவான மூதாதையர் உள்ளனர், ஆனால் பரிணாமம் வேறுபட்ட பாதையை எடுத்துள்ளது, இது மரபணு குறைப்புக்கு வழிவகுத்தது, இது கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கை முறைக்கு ஏற்றதாக இருக்கலாம். இது T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1Tக்கு முரணானது, இது 28% பெரியது மற்றும் ஹைட்ரோகார்பன்களைப் பயன்படுத்துவதற்கு பல்வேறு சுற்றுச்சூழல் அழுத்தங்களின் கீழ் உருவாகியுள்ளது. ரிக்கெட்சியா, கிளமிடியா மற்றும் புச்னேரா போன்ற கட்டாய உயிரணு ஒட்டுண்ணிகள் மற்றும் சிம்பியன்ட்களுடன் ஒரு சுவாரஸ்யமான ஒப்பீடு செய்யப்படலாம். அவற்றின் மரபணு அளவு சுமார் 1 Mb ஆகும். புரவலன் செல் வளர்சிதை மாற்றங்களைப் பயன்படுத்தும் திறன் மரபணு இழப்புக்கு வழிவகுக்கிறது, எனவே குறிப்பிடத்தக்க பரிணாம மரபணு சிதைவுக்கு உட்பட்டது. கடல் இரசாயன ஊட்டச்சத்து உயிரினங்களிலிருந்து கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கை முறை வரையிலான பரிணாம மாற்றங்கள் மரபணு அளவிலும் இதேபோன்ற குறைப்பை ஏற்படுத்தக்கூடும். COG மற்றும் KEGG பகுப்பாய்வு குறிப்பிட்ட செயல்பாடுகளுக்குப் பயன்படுத்தப்படும் மரபணுக்களின் எண்ணிக்கை மற்றும் ASxL5T மற்றும் T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான மரபணு பாதைகளில் உள்ள உலகளாவிய வேறுபாடுகளை எடுத்துக்காட்டுகிறது, அவை மொபைல் மரபணு கூறுகளின் பரவலான இருப்பு காரணமாக இல்லை. ASxL5T இன் முழு மரபணுவின் G + C விகிதத்தில் உள்ள வேறுபாடு 56.1%, மற்றும் T. ஒலிவோரன்ஸ் MIL-1T இன் 46.6% ஆகும், இது பிரிக்கப்பட்டிருப்பதையும் குறிக்கிறது.
ASxL5T மரபணுவின் குறியீட்டு உள்ளடக்கத்தை ஆய்வு செய்வது பினோடைபிக் குணாதிசயங்களில் செயல்பாட்டு நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது. மரபணுக்கள் குறியாக்கம் வகை IV fimbriae (Tfp) குறிப்பாக ஆர்வமாக உள்ளது, ஏனெனில் அவை செல் இயக்கத்தை ஊக்குவிக்கின்றன, சமூக சறுக்கு அல்லது வலிப்பு, மேற்பரப்பில் ஃபிளாஜெல்லா இல்லாமல். அறிக்கைகளின்படி, Tfp ஆனது வேட்டையாடுதல், நோய்க்கிருமி உருவாக்கம், பயோஃபில்ம் உருவாக்கம், இயற்கையான டிஎன்ஏ எடுப்பு, தானியங்கி செல் திரட்டல் மற்றும் மேம்பாடு உட்பட மற்ற செயல்பாடுகளைக் கொண்டுள்ளது38. ASxL5T மரபணுவில் 18 ஜீன்கள் டிகுவானைலேட் சைக்லேஸ் (2 குவானோசின் ட்ரைபாஸ்பேட்டை குவானோசின் 2 பாஸ்பேட் மற்றும் சைக்லிக் டிஜிஎம்பியாக மாற்றும் ஒரு நொதி) மற்றும் 6 மரபணுக்கள் தொடர்புடைய டிகுவானைலேட் சைக்லேஸ் பாஸ்பேட்டை குறியாக்கம் செய்கின்றன. எஸ்டெரேஸிற்கான மரபணு (சுழற்சி டி-ஜிஎம்பியை குவானோசின் மோனோபாஸ்பேட்டாக சிதைப்பதை ஊக்குவிக்கிறது) சுவாரஸ்யமாக இருக்கிறது, ஏனெனில் சைக்ளிக்-டி-ஜிஎம்பி என்பது பயோஃபில்ம் மேம்பாடு மற்றும் பிரிப்பு, இயக்கம், செல் இணைப்பு மற்றும் வைரஸ் 39, 40 செயல்பாட்டில் ஈடுபட்டுள்ள முக்கியமான இரண்டாவது தூதுவர். Bdellovibrio பாக்டீரியோவோரஸில், சுழற்சி இரட்டை GMP ஆனது இலவச வாழ்க்கைக்கும் கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கை முறைக்கும் இடையிலான மாற்றத்தைக் கட்டுப்படுத்துவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது என்பதையும் கவனத்தில் கொள்ள வேண்டும்.
கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா பற்றிய பெரும்பாலான ஆராய்ச்சிகள் Bdellovibrio, Bdellovibrio போன்ற உயிரினங்கள் மற்றும் Myxococcus இனங்கள் மீது கவனம் செலுத்தியுள்ளன. இவை மற்றும் கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாவின் பிற அறியப்பட்ட எடுத்துக்காட்டுகள் ஒரு மாறுபட்ட குழுவை உருவாக்குகின்றன. இந்த பன்முகத்தன்மை இருந்தபோதிலும், அறியப்பட்ட 11 கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களின் பினோடைப்களைப் பிரதிபலிக்கும் பண்புக்கூறு புரதக் குடும்பங்களின் தொகுப்பு 3,22 அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளது. இருப்பினும், O ஆன்டிஜென் லிகேஸ் (waaL) குறியீட்டு மரபணுக்கள் மட்டுமே அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன, இது கிராம்-எதிர்மறை பாக்டீரியாக்களில் குறிப்பாக பொதுவானது. இந்த வகை பகுப்பாய்வு ASxL5T ஐ வேட்டையாடுபவராகக் குறிப்பிடுவதற்கு உதவியாக இல்லை, ஒருவேளை அது ஒரு புதிய தாக்குதல் உத்தியைப் பயன்படுத்துவதால். மிகவும் மாறுபட்ட கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா மரபணுக்களின் கிடைக்கும் தன்மை, குழு உறுப்பினர்களுக்கிடையேயான செயல்பாட்டு மற்றும் சுற்றுச்சூழல் வேறுபாடுகளின் ஆதாரங்களை கணக்கில் எடுத்துக் கொள்ளும் சிறந்த தெளிவுத்திறன் பகுப்பாய்வுகளை உருவாக்க உதவும். இந்த பகுப்பாய்வில் சேர்க்கப்படாத கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களின் எடுத்துக்காட்டுகளில் குப்ரியாவிடஸ் நெகேட்டர் 42 மற்றும் பிராடிமோனாபாக்டீரியா 43 உறுப்பினர்கள் அடங்கும், ஏனெனில் ஆராய்ச்சியாளர்கள் வெவ்வேறு நுண்ணுயிர் சமூகங்களை ஆராய்வதால், அதிக கொள்ளையடிக்கும் டாக்ஸா நிறுவப்பட்டது.
TEM படத்தால் கைப்பற்றப்பட்ட ASxL5T பாக்டீரியாவின் மிகவும் குறிப்பிடத்தக்க அம்சம் அதன் தனித்துவமான மற்றும் நெகிழ்வான உருவ அமைப்பாகும், இது இரை பாக்டீரியாவுடன் தொடர்புகளை ஊக்குவிக்கும். கவனிக்கப்பட்ட தொடர்பு வகை மற்ற கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களிலிருந்து வேறுபட்டது மற்றும் முன்னர் கண்டுபிடிக்கப்படவில்லை அல்லது புகாரளிக்கப்படவில்லை. முன்மொழியப்பட்ட ASxL5T கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கைச் சுழற்சி படம் 5 இல் காட்டப்பட்டுள்ளது. நாம் இங்கு தெரிவிக்கும் அதே போன்ற நுனி அமைப்புகளுடன் இலக்கியத்தில் சில எடுத்துக்காட்டுகள் உள்ளன, ஆனால் இந்த எடுத்துக்காட்டுகளில் Terasakiispira papahanaumokuakeensis, கடல் ஸ்பைரில்லம் பாக்டீரியா, அவ்வப்போது உச்சநிலை விரிவாக்கம் 44, மற்றும் Alphaprotekiobacteria, Terasa பாக்டீரியா ஆகியவை அடங்கும். , முன்பு இனத்தைச் சேர்ந்தது ஓசியானோஸ்பைரில்லம், "துருவப் படம்" என்று அழைக்கப்படுவதைக் காட்டுகிறது 45. பழைய கலாச்சாரங்களில், குறிப்பாக விப்ரியோ, கேம்பிலோபாக்டர் மற்றும் ஹெலிகோபாக்டர் 46, 47, 48 போன்ற வளைந்த வடிவங்களைக் கொண்ட பாக்டீரியாக்களில் கோக்கி வடிவங்கள் காணப்படுகின்றன. ASxL5T பாக்டீரியாவின் துல்லியமான வாழ்க்கைச் சுழற்சியை தெளிவுபடுத்துவதற்கு மேலும் வேலை தேவைப்படுகிறது. அது எவ்வாறு கைப்பற்றுகிறது மற்றும் வேட்டையாடுகிறது மற்றும் அதன் மரபணு மருத்துவ அல்லது உயிரி தொழில்நுட்ப நோக்கங்களுக்காகப் பயன்படுத்தக்கூடிய உயிரியல் ரீதியாக செயல்படும் சேர்மங்களை குறியாக்குகிறது என்பதை தீர்மானிக்க.
வெனேட்டர்பாக்டர் ஜென் விளக்கம். நவம்பர் Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ஆனது L. n. venator,'hunter' மற்றும் Gr. n. பாக்டீரியா, 'a rod'. Venatorbacter,'a hunting Rod' ஆகியவற்றிலிருந்து வெனட்டர்களைக் கொண்டது. செல்கள் ஏரோபிக், உப்பு-சகிப்புத்தன்மை கொண்டவை, வளைந்த கிராம் கறை எதிர்மறை, உடற்பயிற்சி கம்பி மற்றும் ஆக்சிடேஸ் செயல்பாடு பாசிட்டிவ் 4 முதல் 42 டிகிரி செல்சியஸ் வரையிலான வெப்பநிலை வரம்பில் 4-9 அமிலத்தன்மை கொண்ட அமிலத்தன்மையை பொறுத்துக்கொள்ளாது. அல்லது C16:1ω7c, C16:0 மற்றும் C18:1ω9 ; C12:0 3-OH மற்றும் C10:0 3-OH ஆனது குழம்பு ஊடகத்தில் வளராது. இந்த வகையைச் சேர்ந்த 56.1 mol% உறுப்பினர்கள் காம்பிலோபாக்டீரியர்களுக்கு எதிர்ப்புத் தெரிவிக்கின்றனர். இந்த இனத்தின் பைலோஜெனடிக் நிலை குடும்பத்தில் உள்ளது.
Venatorbacter cucullus sp இன் விளக்கம். நவம்பர் Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus என்றால் ஃபேரிங் என்று பொருள்).
கூடுதலாக, இந்த இனத்தின் விளக்கமான அம்சம் என்னவென்றால், BA அல்லது BHI இல் வளரும் போது, ​​செல்கள் 1.63 µm நீளமும் 0.37 µm அகலமும் கொண்டதாக இருக்கும். BHI அகாரில் உள்ள காலனிகள் மிகச் சிறியவை, 72 மணி நேரத்திற்குப் பிறகு விட்டம் 2 மிமீ அடையும். அவை பழுப்பு, ஒளிஊடுருவக்கூடிய, வட்டமான, குவிந்த மற்றும் பளபளப்பானவை. இந்த இனத்தின் உறுப்பினர்கள் Escherichia coli மற்றும் Klebsiella ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தலாம். கேம்பிலோபாக்டர் மற்றும் பல கிராம்-எதிர்மறை பாக்டீரியாக்கள் இரையாக செயல்படுகின்றன.
வழக்கமான விகாரமான ASxL5T ஆனது UK, நாட்டிங்ஹாம்ஷயரில் உள்ள மாட்டிறைச்சி பாலில் இருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டு, தேசிய வகை கலாச்சார சேகரிப்பில் (UK): சேர்க்கை எண் NCTC 14397 மற்றும் நெதர்லாந்து பாக்டீரியா கலாச்சார சேகரிப்பு (NCCB) அணுகல் எண் NCCB 100775 இன் முழுமையான ஜென்னோம் 5T வரிசை எண். டெபாசிட் செய்யப்பட்டுள்ளது CP046056 சேர்க்கையின் படி Genbank.
ASxL5T பாக்டீரியா மாட்டிறைச்சி பாலில் இருந்து பேஜ் தனிமைப்படுத்தும் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி தனிமைப்படுத்தப்பட்டது 9,49. SM பஃபரில் (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O மற்றும் 0.01% ஜெலட்டின்; Sigma Aldrich, Gillingham, UK), 1:9 (w/v) என்ற அளவில் குழம்பு நீர்த்தப்பட்டது. 4 டிகிரி செல்சியஸ் வெப்பநிலையில் 24 மணிநேரம், வேட்டையாடுபவர்களை உள்ளே இழுக்க மெதுவாகச் சுழலும் தாங்கல். இடைநீக்கம் 3 நிமிடங்களுக்கு 3000 கிராம் மையவிலக்கு செய்யப்பட்டது. சூப்பர்நேட்டண்ட் சேகரிக்கப்பட்டு, 5 நிமிடங்களுக்கு இரண்டாவது முறையாக 13,000 கிராம் மையவிலக்கு செய்யப்பட்டது. சூப்பர்நேட்டன்ட் பின்னர் 0.45 µm சவ்வு வடிகட்டி (Minisart; Sartorius, Gottingen, ஜெர்மனி) மற்றும் 0.2 µm சவ்வு வடிகட்டி (Minisart) மூலம் மீதமுள்ள பாக்டீரியா செல்களை அகற்றியது. ASxL5T இந்த வடிப்பான்களை அனுப்ப முடியும். அதே குழம்பிலிருந்து கேம்பிலோபாக்டர் என்டோரோசஸ் S12 (NCBI அணுகல் எண் CP040464) இன் மென்மையான அகார் புல்வெளி நிலையான நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி தயாரிக்கப்பட்டது. வடிகட்டப்பட்ட குழம்பு இந்த ஹோஸ்ட் செல் தகடுகள் ஒவ்வொன்றிலும் 10 µl துளிகளில் மும்மடங்காக விநியோகிக்கப்பட்டது மற்றும் உலர அனுமதிக்கப்பட்டது. மைக்ரோ ஏரோபிக் நிலைமைகளின் கீழ் (5% O2, 5% H2, 10% CO2 மற்றும் 80% N2) 48 மணிநேரங்களுக்கு 37 ° C வெப்பநிலையில் மைக்ரோ ஏரோபிலிக் தொட்டியில் தட்டு அடைக்கப்பட்டது. பெறப்பட்ட புலப்படும் தகடு SM தாங்கலில் பிரித்தெடுக்கப்பட்டது மற்றும் லைஸ் செய்யப்பட்ட உயிரினங்களை மேலும் பரப்புவதற்கு C. ஹைன்டெஸ்டினலிஸ் S12 இன் புதிய புல்வெளிக்கு மாற்றப்பட்டது. லைடிக் பிளேக்கிற்கு பாக்டீரியா தான் காரணம் மற்றும் பேஜ் அல்ல என்று தீர்மானிக்கப்பட்டவுடன், உயிரினத்தை ஹோஸ்டில் இருந்து சுயாதீனமாக வளர்க்க முயற்சிக்கவும் மேலும் அதை மேலும் வகைப்படுத்தவும். ஏரோபிக் கலாச்சாரம் 37 °C இல் 5% v/v defibrinated குதிரை இரத்தத்துடன் (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, supplement) நிகழ்த்தப்பட்டது. தேசிய மருத்துவ தரநிலைக் குழுவின் வழிகாட்டுதல்களின்படி, பாக்டீரியா எதிர்ப்பு உணர்திறன் சோதனைக்கு வட்டு பரவல் முறை பயன்படுத்தப்படுகிறது. ஏரோபிக் கலாச்சாரத்திற்காக பின்வரும் நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பிகள் (ஆக்ஸாய்டு) கொண்ட ஒரு வட்டைப் பயன்படுத்தி BHI அகார் 37 °C இல் வளர்க்கப்பட்டது: அமோக்ஸிசிலின் மற்றும் கிளாவுலானிக் அமிலம் 30 μg; செஃபோடாக்சைம் 30 μg; ஸ்ட்ரெப்டோமைசின் 10 μg; சிப்ரோஃப்ளோக்சசின் 5 μg; செஃப்டாசிடைம் 30 µg நாலிடிக்சிக் அமிலம் 30 μg; இமிபெனெம் 10 μg; அசித்ரோமைசின் 15 μg; குளோராம்பெனிகால் 30 μg; செஃபாக்சிடின் 30 μg; டெட்ராசைக்ளின் 30 μg; நைட்ரோஃபுரான்டோயின் 300 μg; அஸ்ட்ரியோனம் 30 μg; ஆம்பிசிலின் 10 μg; செபோடாக்சைம் 10 μg; ட்ரைமெத்தோபிரிம்-சல்பமெதோக்சசோல் 25 μg. 37 °C இல் BHI அகர் தட்டுகளில் ஏரோபிக் அடைகாப்பதன் மூலம் உப்பு சகிப்புத்தன்மை நிறுவப்பட்டது. 10% w/v வரை செறிவு வரம்பை வழங்க BHI அகார் தட்டுகளில் கூடுதல் NaCl சேர்க்கப்பட்டது. 37°C இல் உள்ள BHI அகார் தட்டுகளில் உள்ள ஏரோபிக் கலாச்சாரத்தால் pH வரம்பு தீர்மானிக்கப்படுகிறது, அங்கு pH வரம்பு 4 மற்றும் 9 க்கு இடையில் மலட்டு HCl அல்லது மலட்டு NaOH உடன் சரிசெய்யப்பட்டது, மேலும் தகட்டை ஊற்றுவதற்கு முன் இலக்கு pH மதிப்பு சரிபார்க்கப்படுகிறது. செல்லுலார் கொழுப்பு அமில பகுப்பாய்விற்கு, ASxL5T ஆனது BHI அகாரில் 3 நாட்களுக்கும் ஏரோபிக் 37 °C க்கும் வளர்க்கப்பட்டது. FERA Science Ltd, (York, UK) இன் MIDI (Sherlock Microbial Identification System, பதிப்பு 6.10) நிலையான நெறிமுறையின்படி, செல் கொழுப்பு அமிலங்கள் பிரித்தெடுக்கப்பட்டு, தயாரிக்கப்பட்டு பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டன.
TEMஐப் பொறுத்தவரை, 24 மணிநேரத்திற்கு BA இல் 37°C இல் ஒரே சீராகப் பரவி ஏரோபிக் முறையில் ASxL5T வளர்க்கப்பட்டது, பின்னர் அறை வெப்பநிலையில் 0.1 M cacodylate buffer இல் 1 ml 3% (v/v) குளுடரால்டிஹைடாக அறுவடை செய்யப்பட்டது, 1 மணிநேரம், பின்னர் மையவிலக்கு 3 நிமிடங்களுக்கு 10,000 கிராம். பின்னர் மெதுவாக 600 μl 0.1 M cacodylate buffer இல் துகள்களை மீண்டும் இணைக்கவும். நிலையான ASxL5T இடைநீக்கத்தை 200 மெஷ் காப்பர் கிரிட்டில் Formvar/கார்பன் படத்திற்கு மாற்றவும். பாக்டீரியாக்கள் 0.5% (w/v) யுரேனைல் அசிடேட்டுடன் 1 நிமிடம் கறைபட்டு, TEI Tecnai G2 12 Biotwin நுண்ணோக்கியைப் பயன்படுத்தி TEM ஆல் ஆய்வு செய்யப்பட்டது. மேலே குறிப்பிட்டுள்ளபடி, NZCYM குழம்பில் (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) அதே எண்ணிக்கையிலான இரை மற்றும் வேட்டையாடுகளை இணைத்து, 37°C வெப்பநிலையில், Campylobacter அல்லது Campylobacter இன் மைக்ரோ ஏரோபிக் நிலைமைகளின் கீழ் 48 மணி நேரம் அடைகாக்கவும், வேட்டையாடும் முன் தொடர்பு TEM ஆல் ஆய்வு செய்யப்பட்டது. எஸ்கெரிச்சியா கோலிக்கான ஏரோபிக் நிலைமைகள். வேட்டையாடுதல் காரணமாக உயிரணு உருவ அமைப்பில் ஏதேனும் மாற்றங்களைத் தீர்மானிக்க இரை மற்றும் கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாக்களை சுயாதீனமாக ஆய்வு செய்யவும். சூடான் கருப்பு முறை PHB திரட்சியின் ஒளியியல் நுண்ணோக்கிக்கு பயன்படுத்தப்பட்டது.
BHI அல்லது BA தட்டுகளில் ஸ்டெரைல் ஸ்வாப் மூலம் வளர்ச்சியை தடவுவதன் மூலம் ஒரே இரவில் ASxL5T கலாச்சாரங்களை வளர்க்கவும். ASxL5T செல்களைச் சேகரித்து அவற்றை MRD (CM0733, Oxoid) இல் இடைநிறுத்தி, பின்னர் செல்களை பட்டினி போடுவதற்கு 4°C வெப்பநிலையில் 7 நாட்களுக்கு வைக்கவும். NCTC குறிப்பு அல்லது ஆய்வக பங்கு பாக்டீரியா கலாச்சாரம் BHI குழம்பு அல்லது எண். 2 ஊட்டச்சத்து குழம்பு (CM007, Oxoid), ஒரே இரவில் அடைகாக்கப்பட்டது, 13,000 கிராம் மையவிலக்கு மற்றும் OD600 0.4 வரை MRD இல் மீண்டும் இணைக்கப்பட்டது. கலாச்சாரம்: பேசிலஸ் சப்டிலிஸ் NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 816, Kleb66u NCTC 10817, Listeria ஸ்பெஷல் பாக்டீரியா NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, சூடோமோனாஸ் ஃப்ளோரசன்ஸ் SMDL, ரோடோகாக்கஸ் நீர்மூழ்கிக் கப்பல் ஹாம்பர்கர் NCTC 1621, சால்மன்டெல்லா பாக்டீரியாவில் 5747, மியூசிலேஜ் NCTC 10861, ஸ்டேஃபிலோகோகஸ் ஆரியஸ் NCTC 8532T, ஸ்ட்ரெப்டோகாக்கஸ் நிமோனியா NCTC 7465T, யெர்சினியா என்டோரோகோலிட்டிகா NCTC 10460. Campylobacter ஹோஸ்ட் பிளாட்3°C 7Cயில் மைக்ரோ ஏரோபிகலியில் BAZY இல் இடைநிறுத்தப்பட்டது. குழம்பு. பரிசோதிக்கப்பட்ட கேம்பிலோபாக்டர் ஹோஸ்ட்கள்: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. ஹெல்வெடிகஸ் NCTC 12472, C. lari NCTC, C.1450ri48CTC, C.145 jejuni PT14, C... MRD இல் செல்களைச் சேகரித்து, 13,000g இல் மையவிலக்கு மற்றும் OD600 0.4 ஆகும் வரை MRD இல் மீண்டும் இணைக்கவும். 5 மில்லி உருகிய NZCYM டாப் அகார் (0.6% அகார்) உடன் 0.5 மில்லி சஸ்பென்ஷனைச் சேர்த்து, அதை 1.2% NZCYM கீழ்த் தட்டில் ஊற்றவும். குணப்படுத்தி உலர்த்திய பிறகு, தொடர்ச்சியாக நீர்த்த ASxL5T ஒவ்வொரு புல்வெளி பலகையிலும் 20 µl துளிகளாக மும்மடங்காக விநியோகிக்கப்பட்டது. கலாச்சாரத்தின் வெப்பநிலை மற்றும் வளிமண்டலம் சோதனை பாக்டீரியாவின் தேவைகளைப் பொறுத்தது.
பாக்டீரியல் தனிமைப்படுத்தப்பட்ட டிஎன்ஏவைத் தயாரிக்க GenElute™ பாக்டீரியல் ஜெனோமிக் டிஎன்ஏ கிட் (சிக்மா ஆல்ட்ரிட்ஜ்) பயன்படுத்தவும். 16S rRNA மரபணுவின் PCR பெருக்கத்திற்கும் சாய முடிவு வேதியியலைப் பயன்படுத்தி தயாரிப்பு வரிசை நிர்ணயத்திற்கும் நிலையான முறைகள் பயன்படுத்தப்பட்டன (Eurofins Value Read Service, Germany). BLAST-N நிரலைப் பயன்படுத்தி, இந்தத் தொடர்களை மற்ற 16S rRNA மரபணு வரிசைகளுடன் ஒப்பிட்டு, நெருங்கிய தொடர்புடைய இனங்களைக் கண்டறிந்து சேகரிக்கவும். இவை MEGA X திட்டத்தில் ClustalW ஐப் பயன்படுத்தி சீரமைக்கப்படுகின்றன. 1000 வழிகாட்டப்பட்ட நகல்களுடன் தமுரா-நெய் மாதிரியின் அடிப்படையில் அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு முறையைப் பயன்படுத்தி MEGA X ஐப் பயன்படுத்தி பைலோஜெனடிக் மரம் புனரமைக்கப்பட்டது. முழு மரபணு வரிசைமுறைக்காக டிஎன்ஏவைப் பிரித்தெடுக்க PureLink™ Genomic DNA Kit (Fisher Scientific, Loughborough, UK) ஐப் பயன்படுத்தவும். ASxL5T இன் மரபணு வரிசையானது Illumina MiSeq கலவையைப் பயன்படுத்தி தீர்மானிக்கப்பட்டது, இதில் நெக்ஸ்டெரா லேபிளிங் கிட் மற்றும் 2 முதல் 20 kb நீளமான ரீட்களை PacBio இயங்குதளத்தில் இருந்து 250 bp இரட்டை முனை ரீட்கள் மற்றும் 2 முதல் 20 kb வரையிலான ரீட்கள் பயன்படுத்தி தயாரிக்கப்பட்டது. செம்பியா பல்கலைக்கழகத்தில் ஜெனோமிக்ஸ் டிஎன்ஏ வரிசைமுறை ஆராய்ச்சி வசதி. சிஎல்சி ஜெனோமிக்ஸ் வொர்க் பெஞ்ச் 12.0.3 (கியாஜென், ஆர்ஹஸ், டென்மார்க்) ஐப் பயன்படுத்தி மரபணு சேகரிக்கப்பட்டது. ASxL5T கலாச்சாரங்கள் தேசிய வகை கலாச்சார சேகரிப்பு (UK) மற்றும் நெதர்லாந்து பாக்டீரியா கலாச்சார சேகரிப்பு (NCCB) ஆகியவற்றில் டெபாசிட் செய்யப்பட்டுள்ளன. ஒப்பிடுவதற்குப் பயன்படுத்தப்படும் தொடர்புடைய உயிரினங்களின் மரபணுக்கள்: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (அணுகல் எண் HF680312, முழுமையானது); பாக்டீரியோபிளேன்ஸ் சான்யென்சிஸ் KCTC 32220T (அணுகல் எண் BMYY01000001, முழுமையற்றது); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (அணுகல் எண் NZ_AUGV00000000, முழுமையற்றது); மரினாமோனாஸ் சமூகம் DSM 5604T (ASM436330v1 சேர்க்கப்பட்டது, முழுமையற்றது), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 சேர்க்கப்பட்டது, முழுமையற்றது) மற்றும் Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001ஐச் சேர், முழுமையற்றது). சீரமைப்பு மதிப்பெண் (AF) மற்றும் சராசரி நியூக்ளிக் அமில அடையாளத்தை (ANI) தீர்மானிக்க https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= இல் JGI Genome Portal36 ஐப் பயன்படுத்தவும். ஜோடிகளாக. அமினோ அமில அடையாளத்தை (AAI) தீர்மானிக்க Rodriguez-R & Konstantinidis55 முறை பயன்படுத்தப்பட்டது. GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ஐப் பயன்படுத்தி அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு ஃபைலோஜெனடிக் மரத்தை உருவாக்கவும். 16S rRNA பைலோஜெனியிலிருந்து ASxL5T உடன் தொடர்புடையதாக அடையாளம் காணப்பட்ட குறிப்பு வகைகளில் இருந்து கிடைக்கக்கூடிய குறிப்பு மரபணுவைக் குறிக்கும் உள்ளீட்டு மரபணு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டது. இன்டராக்டிவ் ட்ரீ ஆஃப் லைஃப் ஆன்லைன் கருவியை (https://itol.embl.de/) பயன்படுத்தி மரத்தின் சிறுகுறிப்பு. ASxL5T மரபணுவின் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு மற்றும் பகுப்பாய்வு BlastKOALA KEGG ஆன்லைன் கருவியைப் பயன்படுத்தி KEGG (கியோட்டோ என்சைக்ளோபீடியா ஆஃப் ஜீன்ஸ் அண்ட் ஜீனோம்ஸ்) தொகுதி செறிவூட்டல் விநியோகத்தைப் பயன்படுத்தி மேற்கொள்ளப்படுகிறது. COG வகைகளின் (எலும்பியல் குழுக்கள்) விநியோகம் eggNOG-mapper ஆன்லைன் கருவியைப் பயன்படுத்தி தீர்மானிக்கப்படுகிறது.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ மற்றும் Muñoz-Dorado, J. பாக்டீரியா வேட்டையாடுதல்: 75 ஆண்டுகள் மற்றும் அது தொடர்கிறது! . சூழல். நுண்ணுயிர். 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. முதலியன. பெருவியன் கடற்கரையில் கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாவின் பன்முகத்தன்மை மற்றும் பாக்டீரியா எதிர்ப்பு திறன். மார்ச் மருந்துகள். 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
பாஸ்டெர்னக், Z. மற்றும் பலர். அவற்றின் மரபணுக்கள் மூலம், நீங்கள் அவற்றைப் புரிந்துகொள்வீர்கள்: கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாவின் மரபணு பண்புகள். ISME ஜே. 7, 756–769 (2013).
சாக்கெட், RE பாக்டீரியோபேஜ் Bdellovibrio இன் கொள்ளையடிக்கும் வாழ்க்கை முறை. நிறுவ. பாஸ்டர் நுண்ணுயிரிகள். 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியாவிலிருந்து வரும் நுண்ணுயிர் எதிர்ப்பிகள். Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio மற்றும் இதே போன்ற உயிரினங்கள் வெவ்வேறு புரவலன் மக்கள்தொகையில் நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையை முன்னறிவிப்பவர்கள். நுண்ணுயிர். சூழலியல். 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. மற்றும் Ballesté-Delpierre, C. புதிய பாக்டீரியா எதிர்ப்பு முகவர்களின் தற்போதைய நிலையைக் கண்டறியவும். மருத்துவ. நுண்ணுயிர். தொற்றும். https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
ஹோப்லி, எல். மற்றும் பலர். பேஜ் மற்றும் பேஜ் ஆகியவற்றின் இரட்டை வேட்டையாடுதல் ஈ.கோலை இரையை ஒரு வேட்டையாடாமல் அழிக்க முடியும். ஜே. பாக்டீரியா. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF ஃப்ரீ-ரேஞ்ச் மற்றும் ஆர்கானிக் கோழிகளின் உணவு சுழற்சியின் போது தனிமைப்படுத்தப்பட்ட கேம்பிலோபாக்டர் மற்றும் பாக்டீரியோபேஜ்களின் எண்ணிக்கை மற்றும் பன்முகத்தன்மை. பயன்பாட்டு சூழல். நுண்ணுயிர். 71, 1259–1266 (2005).
வில்கின்சன், டிஏ போன்றவை. கேம்பிலோபாக்டர் பன்றியின் மரபணு வகைபிரித்தல் மற்றும் தொற்றுநோயியல் ஆகியவற்றைப் புதுப்பிக்கவும். அறிவியல். பிரதிநிதி 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
லீ, MD GToTree: சிஸ்டம்ஸ் ஜெனோமிக்ஸிற்கான பயனர் நட்பு பணிப்பாய்வு. உயிர் தகவலியல் 35, 4162–4164 (2019).
எட்கர், ஆர்சி தசை: நேரம் மற்றும் இட சிக்கலைக் குறைக்கும் பல வரிசை சீரமைப்பு முறை. BMC உயிரியல் தகவல். 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: பெரிய அளவிலான பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வில் தானியங்கி சீரமைப்பு மற்றும் டிரிம்மிங்கிற்கான ஒரு கருவி. உயிர் தகவலியல் 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC மரபணு மற்றும் மெட்டஜெனோமிக் வரிசை மொழிபெயர்ப்பு தொடக்க தள கணிப்பு. உயிர் தகவலியல் 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: குறுக்கு-தளம் மற்றும் திறமையான NCBI வகைப்படுத்தல் கருவித்தொகுப்பு. Bio Rxiv. (ஜூன் 1, 2021 அன்று அணுகப்பட்டது); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
விலை, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 - பெரிய சீரமைப்புடன் தோராயமான அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு மரம். PLoS One 5, e9490 (2010).
டாங்கே, O. GNU பேரலல். (ஜூன் 1, 2021 அன்று அணுகப்பட்டது); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
கனேஹிசா, எம். & கோட்டோ, எஸ். கே.ஜி.ஜி: கியோட்டோ என்சைக்ளோபீடியா ஆஃப் ஜீன்ஸ் அண்ட் ஜீனோம்ஸ். நியூக்ளிக் அமில ஆராய்ச்சி. 28, 27-30 (2000).
செக் குடியரசு, எல். முதலியன. எக்டோயின் மற்றும் ஹைட்ராக்ஸியெக்டோயினின் எக்ஸ்ட்ரெமோலைட்டுகளின் பங்கு அழுத்தப் பாதுகாப்பாளர்கள் மற்றும் ஊட்டச்சத்துக்கள்: மரபியல், அமைப்பு மரபியல், உயிர்வேதியியல் மற்றும் கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வு. ஜீன் (பாசல்). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA நடுத்தர மற்றும் நீண்ட சங்கிலி ஆல்கேன்களின் வளர்ச்சியின் போது கட்டாய கடல் ஹைட்ரோகார்பன்-சிதைக்கும் பாக்டீரியம் Thalassolituus oleivorans MIL-1 வளர்ச்சியின் போது வேறுபட்ட புரத வெளிப்பாடு. முன். நுண்ணுயிர். 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., and Jurkevitch, E. பினோடைபிக்-குறிப்பிட்ட குறிகாட்டிகளை வரையறுப்பதற்கான ஒரு புதிய ஒப்பீட்டு மரபியல் முறை கொள்ளையடிக்கும் பாக்டீரியா குறியில் குறிப்பிட்ட பரம்பரையை வெளிப்படுத்துகிறது. பொது அறிவியல் நூலகம் ஒன்று. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, முதலியன. Thalassolituus oleivorans மரபணு. நவம்பர், எஸ்பி. நவம்பர்., ஹைட்ரோகார்பன்களைப் பயன்படுத்துவதில் நிபுணத்துவம் பெற்ற புதிய வகை கடல் பாக்டீரியா. சர்வதேசம். ஜே. அமைப்பு. பரிணாமம். நுண்ணுயிர். 54, 141–148 (2004).
வாங், ஒய்., யூ, எம்., லியு, ஒய்., யாங், எக்ஸ். & ஜாங், எக்ஸ்எச் பாக்டீரியோபிளானாய்டுகள் பசிஃபிகம் ஜென். நவம்பர், எஸ்பி. நவம்பரில், தெற்கு பசிபிக் பகுதியில் சுற்றும் கடல் நீரில் இருந்து பிரிந்தது. சர்வதேசம். ஜே. அமைப்பு. பரிணாமம். நுண்ணுயிர். 66, 5010–5015 (2016).