కొత్త రకం గ్రామ్-నెగటివ్, ఏరోబిక్, సాల్ట్-టాలరెంట్, యాక్టివ్, రాడ్-ఆకారంలో మరియు దోపిడీ బ్యాక్టీరియా ASxL5T ఇంగ్లాండ్‌లోని నాటింగ్‌హామ్‌షైర్‌లోని ఆవు పేడ చెరువు నుండి వేరుచేయబడింది మరియు క్యాంపిలోబాక్టర్‌ను దాని ఆహారంగా ఉపయోగించింది. తదనంతరం, ఇతర క్యాంపిలోబాక్టర్ జాతులు మరియు ఎంటెరోబాక్టీరియాసి కుటుంబ సభ్యులు ఆహారంగా కనుగొనబడ్డారు. అతిధేయ కణాలు లేని ఉపసంస్కృతి తర్వాత, బ్రెయిన్ హార్ట్ ఇన్ఫ్యూషన్ అగర్‌లో బలహీనమైన అసెప్టిక్ పెరుగుదల సాధించబడింది. సరైన వృద్ధి పరిస్థితులు 37 °C మరియు pH 7. ట్రాన్స్‌మిషన్ ఎలక్ట్రాన్ మైక్రోస్కోపీ ఎర లభ్యతకు సంబంధించిన కొన్ని అసాధారణ స్వరూప లక్షణాలను వెల్లడించింది. 16S rRNA జన్యు శ్రేణిని ఉపయోగించి ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ ఐసోలేట్ మెరైన్ స్పిరులినా కుటుంబ సభ్యునికి సంబంధించినదని సూచించింది, అయితే తెలిసిన ఏ జాతికి చెందిన సభ్యునిగా స్పష్టంగా వర్గీకరించబడదు. ASxL5T యొక్క పూర్తి-జన్యు శ్రేణి సముద్ర స్పిరోచెట్‌ల సభ్యులతో సంబంధాన్ని నిర్ధారించింది. అనేక ASxL5Tలు సముద్రం, భూమి ఉపరితలం మరియు భూగర్భ జలాల నుండి అనేక సంస్కృతి లేని బ్యాక్టీరియాతో 16S rRNA జన్యు శ్రేణులను పంచుకుంటున్నాయని డేటాబేస్ శోధన వెల్లడించింది. ASxL5T జాతి కొత్త జాతిలో కొత్త జాతిని సూచిస్తుందని మేము సూచిస్తున్నాము. మేము Venatorbacter cucullus gen పేరును సిఫార్సు చేస్తున్నాము. నవంబర్, sp. నవంబర్‌లో, ASxL5T టైప్ స్ట్రెయిన్‌గా ఉపయోగించబడింది.
ప్రిడేటరీ బ్యాక్టీరియా అనేది బయోసింథటిక్ పదార్థాలు మరియు శక్తిని పొందేందుకు ఇతర సజీవ బ్యాక్టీరియాను వేటాడి చంపే సామర్థ్యాన్ని ప్రదర్శించే బ్యాక్టీరియా. ఇది చనిపోయిన సూక్ష్మజీవుల నుండి పోషకాల యొక్క సాధారణ పునరుద్ధరణకు భిన్నంగా ఉంటుంది మరియు ఇది పరాన్నజీవి పరస్పర చర్యల నుండి కూడా భిన్నంగా ఉంటుంది, దీనిలో బ్యాక్టీరియా వాటిని చంపకుండా వారి హోస్ట్‌తో సన్నిహిత సంబంధాన్ని ఏర్పరుస్తుంది. ప్రిడేటరీ బాక్టీరియా వివిధ జీవిత చక్రాలను అభివృద్ధి చేసి, అవి కనిపించే గూళ్ళలో (సముద్ర ఆవాసాలు వంటివి) సమృద్ధిగా ఉన్న ఆహార వనరుల ప్రయోజనాన్ని పొందాయి. అవి వర్గీకరణపరంగా విభిన్న సమూహం, ఇవి వాటి ప్రత్యేకమైన స్టెరిలైజేషన్ జీవిత చక్రం ద్వారా మాత్రమే అనుసంధానించబడ్డాయి1. ప్రెడేటరీ బాక్టీరియా యొక్క ఉదాహరణలు అనేక విభిన్న ఫైలాలలో కనుగొనబడ్డాయి, వీటిలో: ప్రోటీబాక్టీరియా, బాక్టీరాయిడ్స్ మరియు క్లోరెల్లా.3. అయినప్పటికీ, బాగా అధ్యయనం చేయబడిన దోపిడీ బ్యాక్టీరియా Bdellovibrio మరియు Bdellovibrio-మరియు-వంటి జీవులు (BALOs4). ప్రిడేటరీ బ్యాక్టీరియా కొత్త జీవశాస్త్రపరంగా క్రియాశీల సమ్మేళనాలు మరియు యాంటీ బాక్టీరియల్ ఏజెంట్లకు మంచి మూలం.
దోపిడీ బ్యాక్టీరియా సూక్ష్మజీవుల వైవిధ్యాన్ని మెరుగుపరుస్తుందని మరియు పర్యావరణ వ్యవస్థ ఆరోగ్యం, ఉత్పాదకత మరియు స్థిరత్వంపై సానుకూల ప్రభావాన్ని చూపుతుందని నమ్ముతారు. ఈ సానుకూల లక్షణాలు ఉన్నప్పటికీ, బ్యాక్టీరియాను కల్చర్ చేయడంలో ఇబ్బంది మరియు వాటి సంక్లిష్ట జీవిత చక్రాలను అర్థం చేసుకోవడానికి కణ పరస్పర చర్యలను జాగ్రత్తగా గమనించాల్సిన అవసరం కారణంగా కొత్త దోపిడీ బ్యాక్టీరియాపై కొన్ని అధ్యయనాలు ఉన్నాయి. కంప్యూటర్ విశ్లేషణ నుండి ఈ సమాచారాన్ని పొందడం సులభం కాదు.
యాంటీమైక్రోబయాల్ రెసిస్టెన్స్ పెరుగుతున్న యుగంలో, బాక్టీరియా వ్యాధికారకాలను లక్ష్యంగా చేసుకోవడానికి కొత్త వ్యూహాలు అధ్యయనం చేయబడుతున్నాయి, అవి బ్యాక్టీరియోఫేజ్‌ల ఉపయోగం మరియు దోపిడీ బ్యాక్టీరియా7,8. నాటింగ్‌హామ్‌షైర్‌లోని నాటింగ్‌హామ్ విశ్వవిద్యాలయం యొక్క డైరీ సెంటర్ నుండి సేకరించిన ఆవు పేడ నుండి ఫేజ్ ఐసోలేషన్ టెక్నాలజీని ఉపయోగించి ASxL5T బ్యాక్టీరియా 2019లో వేరుచేయబడింది. పరిశోధన యొక్క ఉద్దేశ్యం జీవ నియంత్రణ ఏజెంట్లుగా సంభావ్యత కలిగిన జీవులను వేరుచేయడం. క్యాంపిలోబాక్టర్ హైయోంటెస్టినాలిస్ అనేది జూనోటిక్ వ్యాధికారక, ఇది మానవ ప్రేగు సంబంధిత వ్యాధులతో ఎక్కువగా సంబంధం కలిగి ఉంటుంది. ఇది సీరంలో సర్వవ్యాప్తి చెందుతుంది మరియు లక్ష్య హోస్ట్‌గా ఉపయోగించబడుతుంది.
ASxL5T బాక్టీరియం గొడ్డు మాంసం జెల్లీ నుండి వేరు చేయబడింది, ఎందుకంటే ఇది C. హైయోంటెస్టినాలిస్ యొక్క పచ్చికలో ఏర్పడిన ఫలకాలు బాక్టీరియోఫేజ్‌ల ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన వాటితో సమానంగా ఉన్నాయని గమనించబడింది. ఇది ఊహించని అన్వేషణ, ఎందుకంటే ఫేజ్ ఐసోలేషన్ ప్రక్రియలో భాగంగా బ్యాక్టీరియా కణాలను తొలగించడానికి రూపొందించబడిన 0.2 µm ఫిల్టర్ ద్వారా వడపోత ఉంటుంది. ఫలకం నుండి సేకరించిన పదార్థాన్ని మైక్రోస్కోపిక్ పరీక్షలో చిన్న గ్రామ్-నెగటివ్ కర్వ్డ్ రాడ్-ఆకారపు బ్యాక్టీరియా పాలీహైడ్రాక్సీబ్యూటైరేట్ (PHB) పేరుకుపోలేదని వెల్లడించింది. వేటాడే కణాల నుండి స్వతంత్రమైన అసెప్టిక్ కల్చర్ రిచ్ ఘన మాధ్యమంలో (బ్రెయిన్ హార్ట్ ఇన్ఫ్యూషన్ అగర్ (BHI) మరియు బ్లడ్ అగర్ (BA) వంటివి) గ్రహించబడుతుంది మరియు దాని పెరుగుదల బలహీనంగా ఉంటుంది. ఇది భారీ ఐనోక్యులమ్ మెరుగుదలతో ఉపసంస్కృతి తర్వాత పొందబడుతుంది. ఇది మైక్రోఏరోబిక్ (7% v/v ఆక్సిజన్) మరియు వాతావరణ ఆక్సిజన్ పరిస్థితులలో సమానంగా పెరుగుతుంది, కానీ వాయురహిత వాతావరణంలో కాదు. 72 గంటల తర్వాత, కాలనీ యొక్క వ్యాసం చాలా చిన్నది, 2 మిమీకి చేరుకుంది మరియు ఇది లేత గోధుమరంగు, అపారదర్శక, గుండ్రని, కుంభాకార మరియు మెరిసేది. ASxL5T ద్రవ మాధ్యమంలో విశ్వసనీయంగా కల్చర్ చేయలేనందున ప్రామాణిక జీవరసాయన పరీక్షకు ఆటంకం ఏర్పడింది, ఇది బయోఫిల్మ్ నిర్మాణం యొక్క సంక్లిష్ట జీవిత చక్రంపై ఆధారపడవచ్చని సూచిస్తుంది. అయినప్పటికీ, ప్లేట్ సస్పెన్షన్ ASxL5T ఏరోబిక్ అని, ఆక్సిడేస్ మరియు ఉత్ప్రేరకానికి అనుకూలమైనది మరియు 5% NaClని తట్టుకోగలదని చూపింది. ASxL5T 10 µg స్ట్రెప్టోమైసిన్‌కు నిరోధకతను కలిగి ఉంటుంది, అయితే పరీక్షించిన అన్ని ఇతర యాంటీబయాటిక్‌లకు సున్నితంగా ఉంటుంది. ASxL5T బ్యాక్టీరియా కణాలను TEM (మూర్తి 1) పరిశీలించింది. BAలో వేటాడే కణాలు లేకుండా పెరిగినప్పుడు, ASxL5T కణాలు చిన్న క్యాంపిలోబాక్టర్‌గా ఉంటాయి, సగటు పొడవు 1.63 μm (± 0.4), వెడల్పు 0.37 μm (± 0.08) మరియు ఒకే పొడవైన (5 μm వరకు) పోల్‌తో ఉంటాయి. లైంగిక ఫ్లాగెల్లా. సుమారుగా 1.6% సెల్‌లు 0.2 μm కంటే తక్కువ వెడల్పును కలిగి ఉన్నట్లు కనిపిస్తాయి, ఇది ఫిల్టర్ పరికరం గుండా వెళ్ళడానికి అనుమతిస్తుంది. ఫెయిరింగ్ (లాటిన్ కుక్యులస్) మాదిరిగానే కొన్ని కణాల పైభాగంలో అసాధారణమైన నిర్మాణాత్మక పొడిగింపు గమనించబడింది (1D, E, Gలోని బాణాలను చూడండి). ఇది పెరిప్లాస్మిక్ ఎన్వలప్ యొక్క పరిమాణాన్ని వేగంగా తగ్గించడం వల్ల అదనపు బాహ్య పొరతో కూడి ఉన్నట్లు అనిపిస్తుంది, అయితే బయటి పొర చెక్కుచెదరకుండా ఉండి, "వదులు" రూపాన్ని చూపుతుంది. 4°C వద్ద ఎక్కువ కాలం పోషకాలు (PBSలో) లేనప్పుడు ASxL5Tని కల్చర్ చేయడం వల్ల చాలా (కానీ అన్నీ కాదు) కణాలు కోకల్ పదనిర్మాణ శాస్త్రాన్ని చూపుతాయి (మూర్తి 1C). ASxL5T క్యాంపిలోబాక్టర్ జెజునితో 48 గంటల పాటు ఎరగా పెరిగినప్పుడు, సగటు సెల్ పరిమాణం హోస్ట్ లేకుండా పెరిగిన కణాల కంటే చాలా పొడవుగా మరియు సన్నగా ఉంటుంది (టేబుల్ 1 మరియు మూర్తి 1E). దీనికి విరుద్ధంగా, ASxL5T E. coliతో 48 గంటల పాటు ఎరగా పెరిగినప్పుడు, సగటు సెల్ పరిమాణం అది ఎర లేకుండా పెరిగేటప్పుడు కంటే పొడవుగా మరియు వెడల్పుగా ఉంటుంది (టేబుల్ 1), మరియు సెల్ పొడవు మారుతూ ఉంటుంది, సాధారణంగా తంతువుగా చూపబడుతుంది (మూర్తి 1F). క్యాంపిలోబాక్టర్ జెజుని లేదా ఇ.కోలితో 48 గంటలపాటు ఆహారంగా పొదిగినప్పుడు, ASxL5T కణాలు ఎటువంటి ఫ్లాగెల్లాను చూపించలేదు. ASxL5T ఉనికి, లేకపోవడం మరియు వేటాడే రకం ఆధారంగా సెల్ పరిమాణంలో మార్పుల పరిశీలనలను టేబుల్ 1 సంగ్రహిస్తుంది.
ASx5LT యొక్క TEM ప్రదర్శన: (A) ASx5LT దీర్ఘ విప్ చూపుతుంది; (B) సాధారణ ASx5LT బ్యాటరీ; (C) పోషకాలు లేకుండా దీర్ఘకాలం పొదిగే తర్వాత cocci ASx5LT కణాలు; (D) ASx5LT కణాల సమూహం అసాధారణతను చూపుతుంది (E) క్యాంపిలోబాక్టర్ ఎరతో పొదిగిన ASx5LT సెల్ సమూహం ఎర పెరుగుదల లేని వాటితో పోలిస్తే పెరిగిన సెల్ పొడవును చూపించింది (D) కూడా ఎపికల్ నిర్మాణాన్ని చూపింది; (F) పెద్ద ఫిలమెంటస్ ఫ్లాగెల్లా, ASx5LT కణాలు, E. coli ఆహారంతో పొదిగిన తర్వాత; (G) E. coliతో పొదిగిన తర్వాత ఒకే ASx5LT సెల్, అసాధారణమైన పై నిర్మాణాన్ని చూపుతుంది. బార్ 1 μmని సూచిస్తుంది.
16S rRNA జన్యు శ్రేణిని నిర్ణయించడం (ప్రవేశ సంఖ్య MT636545.1) డేటాబేస్ శోధనలను గామాప్రొటీబాక్టీరియా తరగతిలో ఉండే సీక్వెన్స్‌లను ఏర్పరచడానికి వీలు కల్పిస్తుంది మరియు సముద్ర స్పిరిల్లమ్ కుటుంబంలోని సముద్ర బ్యాక్టీరియాకు దగ్గరగా ఉంటాయి (మూర్తి 2), మరియు థాలసోలిటస్ జెన్‌లో సభ్యులు. మెరైన్ బాసిల్లస్‌కు అత్యంత సన్నిహిత బంధువు. 16S rRNA జన్యు శ్రేణి Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) కుటుంబానికి చెందిన దోపిడీ బ్యాక్టీరియా నుండి స్పష్టంగా భిన్నంగా ఉంటుంది. B. బాక్టీరియోవోరస్ HD100T (రకం స్ట్రెయిన్, DSM 50701) మరియు B. బాక్టీరియోవోరస్ DM11A యొక్క జత పోలికలు 48.4% మరియు 47.7%, మరియు B. ఎక్సోవోరస్ JSSకి ఇది 46.7%. ASxL5T బ్యాక్టీరియా 16S rRNA జన్యువు యొక్క 3 కాపీలను కలిగి ఉంది, వాటిలో రెండు ఒకదానికొకటి సమానంగా ఉంటాయి మరియు మూడవది 3 బేస్‌ల దూరంలో ఉంటుంది. రెండు ఇతర దోపిడీ బాక్టీరియా ఐసోలేట్‌లు (ASx5S మరియు ASx5O; 16S rRNA జన్యు ప్రవేశ సంఖ్యలు వరుసగా MT636546.1 మరియు MT636547.1) ఒకే ప్రదేశం నుండి సారూప్య పదనిర్మాణ మరియు సమలక్షణ లక్షణాలతో ఒకేలా ఉండవు, కానీ అవి ASxL5T మరియు అసంస్కృతి నుండి భిన్నంగా ఉంటాయి. డేటాబేస్ సీక్వెన్సులు ఇతర వాటితో కలిసి క్లస్టర్ చేయబడ్డాయి ఓషనోస్పిరిలేసిలోని జాతులు (మూర్తి 2). ASxL5T యొక్క మొత్తం జీనోమ్ సీక్వెన్స్ నిర్ణయించబడింది మరియు NCBI డేటాబేస్‌లో సేవ్ చేయబడింది మరియు యాక్సెషన్ నంబర్ CP046056. ASxL5T యొక్క జన్యువు 56.1% G + C నిష్పత్తితో 2,831,152 bp యొక్క వృత్తాకార క్రోమోజోమ్‌ను కలిగి ఉంటుంది. జీనోమ్ సీక్వెన్స్ 2653 CDS (మొత్తం) కలిగి ఉంది, వీటిలో 2567 ప్రోటీన్‌లను ఎన్‌కోడ్ చేస్తుందని అంచనా వేయబడింది, వీటిలో 1596 పుటేటివ్ ఫంక్షన్‌లుగా కేటాయించబడతాయి (60.2%). జన్యువు 67 RNA-కోడింగ్ జన్యువులను కలిగి ఉంది, ఇందులో 9 rRNAలు (5S, 16S మరియు 23Sలకు 3 ఒక్కొక్కటి) మరియు 57 tRNAలు ఉన్నాయి. ASxL5T యొక్క జన్యు లక్షణాలు 16S rRNA జన్యు శ్రేణి (టేబుల్ 2) నుండి గుర్తించబడిన సమీప సాపేక్ష రకం జాతుల అందుబాటులో ఉన్న జన్యువులతో పోల్చబడ్డాయి. అందుబాటులో ఉన్న అన్ని థాలస్సోలిటస్ జన్యువులను ASxL5Tతో ​​పోల్చడానికి అమైనో ఆమ్ల గుర్తింపు (AAI)ని ఉపయోగించండి. AAI ద్వారా నిర్ణయించబడిన దగ్గరి అందుబాటులో ఉన్న (అసంపూర్ణ) జన్యు శ్రేణి తలస్సోలిటస్ sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001ని జోడించు). ఈ జాతి మరియానా ట్రెంచ్ యొక్క లోతైన సముద్రపు అవక్షేపాల నుండి వేరుచేయబడింది, అయితే పోల్చడానికి ఈ జాతి గురించి ప్రస్తుతం ఎటువంటి సమలక్షణ సమాచారం లేదు. ASxL5T యొక్క 2.82 Mbతో పోలిస్తే, జీవి యొక్క జన్యువు 4.36 Mb వద్ద పెద్దది. మెరైన్ స్పిరోచెట్‌ల యొక్క సగటు జన్యు పరిమాణం సుమారు 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 పూర్తి రిఫరెన్స్ జన్యువులు https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly నుండి పరిశోధించబడ్డాయి), కాబట్టి ASxL5T యొక్క జన్యువు దీనికి అనుగుణంగా ఉంటుంది. ఆర్డర్ ఇతర సభ్యులతో పోలిస్తే, ఇది చాలా చిన్నది. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16కి సంబంధించిన 172 సింగిల్-కాపీ జన్యువుల సమలేఖనం మరియు లింక్ చేయబడిన అమైనో ఆమ్ల శ్రేణులను ఉపయోగించి జన్యు-ఆధారిత అంచనా గరిష్ట సంభావ్యత ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు (Figure 3A)ని రూపొందించడానికి GToTree 1.5.54ని ఉపయోగించండి, 17 ,18. ఇది తలసోలిటస్, బాక్టీరియల్ ప్లేన్ మరియు మెరైన్ బాక్టీరియంతో దగ్గరి సంబంధం కలిగి ఉందని విశ్లేషణలో తేలింది. అయినప్పటికీ, ఈ డేటా ASxL5T మెరైన్ స్పిరులినాలోని దాని బంధువుల నుండి భిన్నంగా ఉందని మరియు దాని జన్యు శ్రేణి డేటా అందుబాటులో ఉందని సూచిస్తుంది.
16S rRNA జన్యు శ్రేణిని ఉపయోగించే ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు సముద్ర స్పిరులినేసిలోని సాగు చేయని మరియు సముద్ర బ్యాక్టీరియా జాతులకు సంబంధించి ASxL5T, ASxO5 మరియు ASxS5 జాతుల (గట్స్‌తో) యొక్క స్థానాన్ని హైలైట్ చేస్తుంది. జెన్‌బ్యాంక్ ప్రవేశ సంఖ్య కుండలీకరణాల్లోని జాతి పేరును అనుసరిస్తుంది. సీక్వెన్స్‌లను సమలేఖనం చేయడానికి ClustalWని ఉపయోగించండి మరియు ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధాలను ఊహించడానికి గరిష్ట సంభావ్యత పద్ధతి మరియు Tamura-Nei మోడల్‌ను ఉపయోగించండి మరియు MEGA X ప్రోగ్రామ్‌లో 1000 మార్గదర్శక ప్రతిరూపాలను అమలు చేయండి. బ్రాంచ్‌లోని సంఖ్య గైడెడ్ కాపీ విలువ 50% కంటే ఎక్కువగా ఉందని సూచిస్తుంది. Escherichia coli U/541T అవుట్‌గ్రూప్‌గా ఉపయోగించబడింది.
(A) సముద్రపు స్పిరోస్పిరేసి బాక్టీరియం ASxL5T మరియు దాని దగ్గరి బంధువులు, E. coli U 5/41T మధ్య సంబంధాన్ని ఒక అవుట్‌గ్రూప్‌గా చూపే జన్యువుపై ఆధారపడిన ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు. (B) T. oleivorans MIL-1Tతో పోలిస్తే, ASx5LT ప్రోటీన్ యొక్క ఆర్థోలాజస్ గ్రూప్ (COG) క్లస్టర్ ఆధారంగా జన్యువుల ఫంక్షనల్ కేటగిరీ పంపిణీ అంచనా వేయబడుతుంది. ఎడమవైపు ఉన్న బొమ్మ ప్రతి జన్యువులోని ప్రతి ఫంక్షనల్ COG వర్గంలోని జన్యువుల సంఖ్యను చూపుతుంది. కుడి వైపున ఉన్న గ్రాఫ్ ప్రతి ఫంక్షనల్ COG సమూహంలో ఉన్న జన్యువుల శాతాన్ని చూపుతుంది. (C) T. oleiverans MIL-1Tతో పోలిస్తే, ASxL5T యొక్క పూర్తి KEGG (క్యోటో ఎన్‌సైక్లోపీడియా ఆఫ్ జీన్స్ అండ్ జీనోమ్స్) మాడ్యులర్ పాత్‌వే యొక్క విశ్లేషణ.
ASxL5T జీనోమ్‌లో ఉన్న కాంపోనెంట్ జన్యువులను పరిశీలించడానికి KEGG డేటాబేస్ ఉపయోగించి ఏరోబిక్ గామా ప్రోటీయస్ యొక్క సాధారణ జీవక్రియ మార్గాన్ని వెల్లడించింది. ASxL5T బాక్టీరియల్ మోటార్ ప్రోటీన్‌లకు కేటాయించిన మొత్తం 75 జన్యువులను కలిగి ఉంది, ఇందులో కీమోటాక్సిస్, ఫ్లాగెల్లా అసెంబ్లీ మరియు టైప్ IV ఫింబ్రియా సిస్టమ్‌లో పాల్గొన్న జన్యువులు ఉన్నాయి. చివరి వర్గంలో, 10 జన్యువులలో 9 ఇతర జీవుల శ్రేణి యొక్క మెలితిప్పిన కదలికకు బాధ్యత వహిస్తాయి. ASxL5T యొక్క జన్యువు పూర్తి టెట్రాహైడ్రోపిరిమిడిన్ బయోసింథటిక్ పాత్‌వేని కలిగి ఉంది, ఇది హాలోఫైల్స్ కోసం ఆశించిన విధంగా ఓస్మోటిక్ ఒత్తిడికి రక్షిత ప్రతిస్పందనలో పాల్గొంటుంది. జన్యువు రిబోఫ్లావిన్ సంశ్లేషణ మార్గాలతో సహా కాఫాక్టర్లు మరియు విటమిన్ల కోసం అనేక పూర్తి మార్గాలను కూడా కలిగి ఉంది. ఆల్కనే 1-మోనోఆక్సిజనేస్ (alkB2) జన్యువు ASxL5Tలో ఉన్నప్పటికీ, హైడ్రోకార్బన్ వినియోగ మార్గం పూర్తి కాలేదు. ASxL5T యొక్క జన్యు శ్రేణిలో, T. oleiverans MIL-1T21లో హైడ్రోకార్బన్‌ల క్షీణతకు ప్రధాన కారణమని గుర్తించిన జన్యువుల హోమోలాగ్‌లు TOL_2658 (alkB) మరియు TOL_2772 (ఆల్కహాల్ డీహైడ్రోజినేస్) వంటివి స్పష్టంగా లేవు. ASxL5T మరియు ఆలివ్ ఆయిల్ MIL-1T మధ్య COG వర్గంలో జన్యు పంపిణీ యొక్క పోలికను మూర్తి 3B చూపుతుంది. మొత్తంమీద, చిన్న ASxL5T జన్యువు పెద్ద సంబంధిత జన్యువుతో పోలిస్తే ప్రతి COG వర్గం నుండి దామాషా ప్రకారం తక్కువ జన్యువులను కలిగి ఉంటుంది. ప్రతి ఫంక్షనల్ వర్గంలోని జన్యువుల సంఖ్య జన్యువు యొక్క శాతంగా వ్యక్తీకరించబడినప్పుడు, అనువాదం, రైబోసోమల్ నిర్మాణం మరియు బయోజెనిసిస్ కేటగిరీలు మరియు పెద్ద ASxL5Tని కలిగి ఉన్న శక్తి ఉత్పత్తి మరియు మార్పిడి ఫంక్షన్ వర్గాల్లోని జన్యువుల శాతంలో తేడాలు గుర్తించబడతాయి. జీనోమ్ శాతం T. oleiverans MIL-1T జీనోమ్‌లో ఉన్న అదే సమూహంతో పోల్చబడుతుంది. దీనికి విరుద్ధంగా, ASxL5T జీనోమ్‌తో పోలిస్తే, T. ఒలివోరాన్స్ MIL-1T రెప్లికేషన్, రీకాంబినేషన్ మరియు రిపేర్ మరియు ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కేటగిరీలలో ఎక్కువ శాతం జన్యువులను కలిగి ఉంది. ఆసక్తికరంగా, రెండు జన్యువుల యొక్క ప్రతి ఫంక్షనల్ వర్గం యొక్క కంటెంట్‌లో అతిపెద్ద వ్యత్యాసం ASxL5T (మూర్తి 3B)లో ఉన్న తెలియని జన్యువుల సంఖ్య. KEGG మాడ్యూల్స్ యొక్క సుసంపన్నత విశ్లేషణ నిర్వహించబడింది, ఇక్కడ ప్రతి KEGG మాడ్యూల్ జన్యు శ్రేణి డేటా యొక్క ఉల్లేఖన మరియు జీవ వివరణ కోసం మానవీయంగా నిర్వచించబడిన ఫంక్షనల్ యూనిట్ల సమితిని సూచిస్తుంది. ASxL5T మరియు ఆలివ్ MIL-1T యొక్క పూర్తి KOG మాడ్యూల్ మార్గంలో జన్యు పంపిణీ యొక్క పోలిక మూర్తి 3Cలో చూపబడింది. ఈ విశ్లేషణ ASxL5T పూర్తి సల్ఫర్ మరియు నైట్రోజన్ జీవక్రియ మార్గాన్ని కలిగి ఉన్నప్పటికీ, T. ఆలివెరాన్స్ MIL-1T లేదు. దీనికి విరుద్ధంగా, T. oleiverans MIL-1T పూర్తి సిస్టీన్ మరియు మెథియోనిన్ జీవక్రియ మార్గాన్ని కలిగి ఉంది, అయితే ఇది ASxL5Tలో అసంపూర్ణంగా ఉంటుంది. అందువల్ల, ASxL5T సల్ఫేట్ సమీకరణ కోసం ఒక లక్షణ మాడ్యూల్‌ను కలిగి ఉంది (జీవక్రియ సామర్థ్యం లేదా వ్యాధికారకత వంటి సమలక్షణ గుర్తులుగా ఉపయోగించబడే జన్యువుల సమితిగా నిర్వచించబడింది; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T లో . ఆలివెరాన్స్ MIL-1T. దోపిడీ జీవనశైలిని సూచించే జన్యువుల జాబితాతో ASxL5T యొక్క జన్యు కంటెంట్‌ను పోల్చడం అసంపూర్తిగా ఉంది. ASxL5T జన్యువులో O యాంటిజెన్ పాలిసాకరైడ్‌తో సంబంధం ఉన్న లిగేస్‌ను ఎన్‌కోడింగ్ చేసే waaL జన్యువు ఉన్నప్పటికీ (కానీ అనేక గ్రామ్-నెగటివ్ బ్యాక్టీరియాలో ఇది సాధారణం), ట్రిప్టోఫాన్ 2,3-డయాక్సిజనేస్ (TDO) జన్యువులు 60 అమైనోలను కలిగి ఉండవచ్చు. యాసిడ్ ప్రాంతాలు సాధారణంగా లేని దోపిడీ బ్యాక్టీరియాలో కనిపిస్తాయి. ASxL5T జన్యువులో ఇతర దోపిడీ లక్షణ జన్యువులు లేవు, మెవలోనేట్ మార్గంలో ఐసోప్రెనాయిడ్ బయోసింథసిస్‌లో పాల్గొన్న ఎన్‌కోడింగ్ ఎంజైమ్‌లు ఉన్నాయి. పరిశీలించిన ప్రిడేటర్ గ్రూప్‌లో ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేటరీ జీన్ gntR లేదని గమనించండి, అయితే ASxL5Tలో మూడు gntR-వంటి జన్యువులను గుర్తించవచ్చు.
ASxL5T యొక్క సమలక్షణ లక్షణాలు టేబుల్ 3లో సంగ్రహించబడ్డాయి మరియు సాహిత్యంలో నివేదించబడిన సంబంధిత జాతుల 23, 24, 25, 26 మరియు 27 యొక్క సమలక్షణ లక్షణాలతో పోల్చబడ్డాయి. T. Marinus, T. olevorans, B. sanyensis మరియు Oceanobacter kriegii నుండి ఐసోలేట్‌లు యాక్టివ్, ఉప్పు-తట్టుకోగల, ఆక్సిడేస్-పాజిటివ్ రాడ్-ఆకారపు శరీరాలను కలిగి ఉంటాయి, కానీ ASxL5Tతో ​​దాదాపుగా ఇతర సమలక్షణ లక్షణాలు లేవు. సముద్రం యొక్క సగటు pH 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), ఇది T. మారినస్, T. ఒలేవోరాన్స్, B. సానియెన్సిస్ మరియు Oలలో ప్రతిబింబిస్తుంది. క్రీగీ. ASxL5T అనేది నాన్-మెరైన్ జాతుల విలక్షణమైన పెద్ద pH పరిధి (4-9)కి అనుకూలంగా ఉంటుంది. తలసోలిటస్ sp యొక్క సమలక్షణ లక్షణాలు. C2-1. తెలియదు. ASxL5T యొక్క పెరుగుదల ఉష్ణోగ్రత పరిధి సాధారణంగా సముద్ర జాతుల (4–42 °C) కంటే విస్తృతంగా ఉంటుంది, అయితే కొన్ని కానీ అన్ని T. మారినస్ ఐసోలేట్‌లు వేడిని తట్టుకోగలవు. ఉడకబెట్టిన పులుసు మాధ్యమంలో ASxL5T పెరగడం అసమర్థత మరింత సమలక్షణ లక్షణాలను నిరోధించింది. BA ప్లేట్, ONPG, అర్జినైన్ డైహైడ్రోలేస్, లైసిన్ డెకార్బాక్సిలేస్, ఆర్నిథైన్ డెకార్బాక్సిలేస్, సిట్రేట్ వినియోగం, యూరియాస్, ట్రిప్టోఫాన్ డీమినేస్, జెలటిన్ జలవిశ్లేషణ ఎంజైమ్ నుండి స్క్రాప్ చేయబడిన పదార్థాలను పరీక్షించడానికి API 20Eని ఉపయోగించండి, పరీక్ష ఫలితాలు అన్నీ ప్రతికూలంగా ఉన్నాయి, కానీ H2S ఇండోల్ కాదు ఉత్పత్తి చేయబడ్డాయి. పులియబెట్టని కార్బోహైడ్రేట్లు: గ్లూకోజ్, మన్నోస్, ఇనోసిటాల్, సార్బిటాల్, రామ్నోస్, సుక్రోజ్, మెలిబియోస్, అమిగ్డాలిన్ మరియు అరబినోస్. ప్రచురించబడిన సంబంధిత సూచన జాతులతో పోలిస్తే, ASxL5T స్ట్రెయిన్ యొక్క సెల్యులార్ ఫ్యాటీ యాసిడ్ ప్రొఫైల్ టేబుల్ 4లో చూపబడింది. ప్రధాన సెల్యులార్ కొవ్వు ఆమ్లాలు C16:1ω6c మరియు/లేదా C16:1ω7c, C16:0 మరియు C18:1ω9. హైడ్రాక్సీ కొవ్వు ఆమ్లాలు C12:0 3-OH మరియు C10:0 3-OH కూడా ఉన్నాయి. ASxL5Tలో C16:0 నిష్పత్తి సంబంధిత జాతుల యొక్క నివేదించబడిన విలువ కంటే ఎక్కువగా ఉంది. దీనికి విరుద్ధంగా, నివేదించబడిన T. మారినస్ IMCC1826TTతో పోలిస్తే, ASxL5Tలో C18:1ω7c మరియు/లేదా C18:1ω6c నిష్పత్తి తగ్గింది. oleivorans MIL-1T మరియు O. kriegii DSM 6294T, కానీ B. sanyensis KCTC 32220Tలో కనుగొనబడలేదు. ASxL5T మరియు ASxLS యొక్క కొవ్వు ఆమ్ల ప్రొఫైల్‌లను పోల్చడం రెండు జాతుల మధ్య వ్యక్తిగత కొవ్వు ఆమ్లాల పరిమాణంలో సూక్ష్మమైన తేడాలను వెల్లడించింది, ఇవి ఒకే జాతికి చెందిన జన్యుసంబంధమైన DNA శ్రేణికి అనుగుణంగా ఉంటాయి. సుడాన్ బ్లాక్ టెస్ట్ ఉపయోగించి పాలీ-3-హైడ్రాక్సీబ్యూటిరేట్ (PHB) కణాలు ఏవీ కనుగొనబడలేదు.
ASxL5T బాక్టీరియా యొక్క ప్రెడేషన్ యాక్టివిటీ ఎర పరిధిని నిర్ణయించడానికి అధ్యయనం చేయబడింది. ఈ బాక్టీరియం కాంపిలోబాక్టర్ జాతులపై ఫలకాలను ఏర్పరుస్తుంది, వీటిలో: కాంపిలోబాక్టర్ సూయిస్ 11608T, కాంపిలోబాక్టర్ జెజుని PT14, క్యాంపిలోబాక్టర్ జెజుని 12662, కాంపిలోబాక్టర్ జెజుని NCTC 11168T; ఎస్చెరిచియా కోలి NCTC 12667; C. హెల్వెటికస్ NCTC 12472; సి లారీ NCTC 11458 మరియు C. upsaliensis NCTC 11541T. గ్రామ్-నెగటివ్ మరియు గ్రామ్-పాజిటివ్ బ్యాక్టీరియా యొక్క విస్తృత శ్రేణిని పరీక్షించడానికి పద్ధతి యొక్క హోస్ట్ పరిధి నిర్ధారణ విభాగంలో జాబితా చేయబడిన సంస్కృతులను ఉపయోగించండి. Escherichia coli NCTC 86 మరియు Citrobacter freundii NCTC 9750Tలో కూడా ASxL5Tని ఉపయోగించవచ్చని ఫలితాలు చూపిస్తున్నాయి. Klebsiella oxytoca 11466పై ఏర్పడిన ఫలకాలు. E. coli NCTC 86తో TEM పరస్పర చర్య మూర్తి 4A-Dలో చూపబడింది మరియు కాంపిలోబాక్టర్ జెజుని PT14 మరియు కాంపిలోబాక్టర్ సూయిస్ S12తో పరస్పర చర్య మూర్తి 4E-H మధ్యలో చూపబడింది. ప్రతి ASxL5T సెల్‌కి ఒకటి లేదా అంతకంటే ఎక్కువ E. కోలి కణాలు జతచేయబడి, శోషణకు ముందు విస్తరించిన సెల్‌తో పాటు పార్శ్వంగా ఉంచడంతో, పరీక్షించిన వేటాడే రకాల మధ్య దాడి విధానం భిన్నంగా కనిపిస్తుంది. దీనికి విరుద్ధంగా, ASxL5T క్యాంపిలోబాక్టర్‌కు ఒకే పాయింట్ ఆఫ్ కాంటాక్ట్ ద్వారా అటాచ్ చేసినట్లు కనిపిస్తుంది, సాధారణంగా ప్రెడేటర్ సెల్ యొక్క శిఖరంతో మరియు క్యాంపిలోబాక్టర్ సెల్ (మూర్తి 4H) శిఖరాగ్రానికి సమీపంలో ఉంటుంది.
ASx5LT మరియు ఎర మధ్య పరస్పర చర్యను చూపుతున్న TEM: (AD) మరియు E. కోలి వేట; (EH) మరియు C. జెజుని ప్రే. (A) ఒకే E. coli (EC) సెల్‌కి అనుసంధానించబడిన ఒక సాధారణ ASx5LT సెల్; (B) ఒక EC సెల్‌కు జోడించబడిన ఒక తంతు ASx5LT; (C) బహుళ EC కణాలకు అనుసంధానించబడిన ఒక తంతు ASx5LT సెల్; (D) ఒకే E. coli (EC) సెల్‌పై చిన్న ASx5LT కణాలు అటాచ్‌మెంట్; (E) క్యాంపిలోబాక్టర్ జెజుని (CJ) సెల్‌కి అనుసంధానించబడిన ఒకే ASx5LT సెల్; (F) ASx5LT C. హైయోంటెస్టినాలిస్ (CH) కణాలపై దాడి చేస్తుంది; (G) రెండు ఒక ASx5LT సెల్ CJ సెల్‌పై దాడి చేసింది; (H) CJ సెల్ (బార్ 0.2 μm) శిఖరాగ్రానికి సమీపంలో ఉన్న ASx5LT అటాచ్‌మెంట్ పాయింట్ యొక్క క్లోజ్-అప్ వీక్షణ. బార్ 1 μm in (A-G)ని సూచిస్తుంది.
ప్రిడేటరీ బాక్టీరియా విస్తారమైన ఎర వనరుల ప్రయోజనాన్ని పొందేందుకు అభివృద్ధి చెందింది. సహజంగానే, అవి అనేక విభిన్న వాతావరణాలలో విస్తృతంగా ఉన్నాయి. జనాభా సభ్యుల ఇరుకైన పరిమాణం కారణంగా, ఫేజ్ సెపరేషన్ పద్ధతిని ఉపయోగించి ASxL5T బ్యాక్టీరియాను స్లర్రీ నుండి వేరుచేయడం సాధ్యమవుతుంది. సముద్రపు బాక్టీరియా యొక్క ఓషనోస్పిరిల్లేసి కుటుంబ సభ్యులకు ASxL5T యొక్క జన్యుపరమైన ఔచిత్యం ఆశ్చర్యం కలిగిస్తుంది, అయినప్పటికీ జీవి ఉప్పును తట్టుకోగలదు మరియు 5% ఉప్పును కలిగి ఉన్న మాధ్యమంలో పెరుగుతుంది. స్లర్రి యొక్క నీటి నాణ్యత విశ్లేషణలో సోడియం క్లోరైడ్ కంటెంట్ 0.1% కంటే తక్కువగా ఉందని తేలింది. అందువల్ల, బురద సముద్ర పర్యావరణానికి దూరంగా ఉంటుంది-భౌగోళికంగా మరియు రసాయనికంగా. ఒకే మూలం నుండి మూడు సంబంధిత కానీ వేర్వేరు ఐసోలేట్‌ల ఉనికి ఈ సముద్రేతర వాతావరణంలో ఈ మాంసాహారులు అభివృద్ధి చెందుతున్నాయని రుజువు చేస్తుంది. అదనంగా, మైక్రోబయోమ్ విశ్లేషణ (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 నుండి అందుబాటులో ఉన్న డేటా ఫైల్‌లు) అదే 16S rRNA జన్యు శ్రేణి టాప్ 50 అత్యంత సమృద్ధిగా ఉన్న కార్యాచరణ టాక్సా (OTU)లో ఉన్నట్లు చూపింది. ) మట్టి యొక్క కొన్ని నమూనా వ్యవధిలో. జెన్‌బ్యాంక్ డేటాబేస్‌లో అనేక సంస్కారహీనమైన బ్యాక్టీరియా కనుగొనబడింది, ఇవి ASxL5T బ్యాక్టీరియా మాదిరిగానే 16S rRNA జన్యు శ్రేణులను కలిగి ఉన్నాయి. ఈ సీక్వెన్సులు, ASxL5T, ASxS5 మరియు ASxO5 సీక్వెన్స్‌లతో కలిపి, థాలసోలిటస్ మరియు ఓషనోబాక్టర్ (మూర్తి 2) నుండి వేరు చేయబడిన విభిన్న క్లాడ్‌లను సూచిస్తాయి. 2009లో దక్షిణాఫ్రికా బంగారు గనిలో 1.3 కిలోమీటర్ల లోతులో ఉన్న పగుళ్ల నీటి నుండి మూడు రకాల సంస్కృతి లేని బ్యాక్టీరియా (GQ921362, GQ921357 మరియు GQ921396) వేరుచేయబడింది మరియు మిగిలిన రెండు (DQ256320 మరియు DQ337006 దక్షిణాఫ్రికాలోని భూగర్భ జలాలు) 2005లో). ASxL5Tకి అత్యంత దగ్గరి సంబంధం ఉన్న 16S rRNA జన్యు శ్రేణి 16S rRNA జన్యు శ్రేణిలో భాగం, ఇది 2006లో ఉత్తర ఫ్రాన్స్ బీచ్‌ల నుండి పొందిన ఇసుక అవక్షేపాల సుసంపన్నత సంస్కృతి నుండి పొందబడింది (ప్రవేశ సంఖ్య AM29240828). సంస్కృతి లేని బాక్టీరియం HQ183822.1 నుండి మరొక దగ్గరి సంబంధం ఉన్న 16S rRNA జన్యు శ్రేణిని చైనాలోని మునిసిపల్ ల్యాండ్‌ఫిల్ నుండి లీచ్ చేసిన సేకరణ ట్యాంక్ నుండి పొందారు. సహజంగానే, వర్గీకరణ డేటాబేస్‌లలో ASxL5T బ్యాక్టీరియా ఎక్కువగా ప్రాతినిధ్యం వహించదు, అయితే సంస్కృతి లేని బ్యాక్టీరియా నుండి వచ్చే ఈ సీక్వెన్సులు ASxL5T మాదిరిగానే జీవులను సూచిస్తాయి, ఇవి ప్రపంచవ్యాప్తంగా పంపిణీ చేయబడతాయి, సాధారణంగా సవాలు వాతావరణంలో. మొత్తం జీనోమ్ ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ నుండి, ASxL5Tకి దగ్గరి బంధువు థాలస్సోలిటస్ sp. C2-1, T. మారినస్, T. ఒలివోరాన్స్. మరియు O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus సముద్ర మరియు భూసంబంధమైన పరిసరాలలో విస్తృతంగా వ్యాపించిన సముద్ర ఆబ్లిగేట్ హైడ్రోకార్బన్ ఫ్రాగ్మెంటేషన్ బాక్టీరియా (OHCB)లో సభ్యుడు, మరియు సాధారణంగా హైడ్రోకార్బన్ కాలుష్య సంఘటనలు30,31 తర్వాత ఆధిపత్యం చెలాయిస్తుంది. సముద్ర బ్యాక్టీరియా OHCB సమూహంలో సభ్యులు కాదు, కానీ సముద్ర పర్యావరణం నుండి వేరుచేయబడుతుంది.
ASxL5T అనేది కొత్త జాతి మరియు సముద్ర స్పిరోస్పిరేసి కుటుంబంలో గతంలో గుర్తించబడని జాతికి చెందిన సభ్యుని అని సమలక్షణ డేటా సూచిస్తుంది. కొత్తగా వేరు చేయబడిన జాతులను కొత్త జాతిగా వర్గీకరించడానికి ప్రస్తుతం స్పష్టమైన ప్రమాణం లేదు. సార్వత్రిక జాతుల సరిహద్దులను నిర్ణయించడానికి ప్రయత్నాలు జరిగాయి, ఉదాహరణకు, సంప్రదాయవాద ప్రోటీన్ (POCP) యొక్క జన్యువు శాతం ఆధారంగా, కట్-ఆఫ్ విలువ సూచన జాతికి 50% సమానంగా ఉండాలని సిఫార్సు చేయబడింది. ఇతరులు AAI విలువలను ఉపయోగించమని సూచిస్తున్నారు, ఇవి POCP కంటే ప్రయోజనాలను కలిగి ఉంటాయి, ఎందుకంటే అవి అసంపూర్ణ జన్యువుల నుండి పొందవచ్చు34. మోడల్ జాతుల మోడల్ జాతితో పోలిస్తే AAI విలువ 74% కంటే తక్కువగా ఉంటే, ఆ జాతి వేరే జాతికి ప్రతినిధి అని రచయిత అభిప్రాయపడ్డారు. మెరైన్ స్పిరిలేసియేలోని మోడల్ జాతి సముద్రపు స్పిరిల్లమ్, మరియు మోడల్ జాతి O. లైనమ్ ATCC 11336T. ASxL5T మరియు O. లైనమ్ ATCC 11336T మధ్య AAI విలువ 54.34%, మరియు ASxL5T మరియు T. ఒలివోరాన్స్ MIL-1T (జాతి రకం జాతులు) మధ్య AAI విలువ 67.61%, ఇది ASxL5T కొత్త జాతికి భిన్నంగా ఉందని సూచిస్తుంది. వర్గీకరణ ప్రమాణంగా 16S rRNA జన్యు శ్రేణిని ఉపయోగించి, సూచించబడిన జాతి డీలిమిటేషన్ సరిహద్దు 94.5%35. ASxL5Tని థాలస్సోలిటస్ జాతిలో ఉంచవచ్చు, T. ఒలివోరాన్స్ MIL-1T మరియు 96.17%తో 95.03% 16S rRNA సీక్వెన్స్ గుర్తింపును చూపుతుంది. మారినస్ IMCC1826T. అయినప్పటికీ, ఇది B. sanyensis NV9తో 94.64% 16S rRNA జన్యు గుర్తింపును కలిగి ఉన్న బాక్టీరాయిడ్స్ జాతిలో కూడా ఉంచబడుతుంది, 16S rRNA జన్యువు వంటి ఒకే జన్యువు యొక్క ఉపయోగం ఏకపక్ష వర్గీకరణ మరియు కేటాయింపులకు దారితీస్తుందని సూచిస్తుంది. మరొక సూచించబడిన పద్ధతి ANI మరియు జీనోమ్ అలైన్‌మెంట్ స్కోర్ (AF)ని ఉపయోగించి అన్ని రకాల డేటా పాయింట్ల క్లస్టరింగ్‌ను మరియు ఇప్పటికే ఉన్న జాతుల నాన్-టైప్ స్ట్రెయిన్‌లను పరిశీలించడానికి. విశ్లేషించబడుతున్న టాక్సాకు నిర్దిష్టంగా అంచనా వేసిన జాతి యొక్క ఇన్‌ఫ్లెక్షన్ పాయింట్‌తో జాతి సరిహద్దును కలపాలని రచయిత సిఫార్సు చేస్తున్నారు. అయినప్పటికీ, థాలస్సోలిటస్ ఐసోలేట్‌ల నుండి తగినంత పూర్తి జన్యు శ్రేణులు లేకుంటే, ఈ పద్ధతి ద్వారా ASxL5T థాలస్సోలిటస్ జాతికి చెందినదో కాదో నిర్ధారించడం అసాధ్యం. విశ్లేషణ కోసం పూర్తి జీనోమ్ సీక్వెన్స్‌ల పరిమిత లభ్యత కారణంగా, మొత్తం జీనోమ్ ఫైలోజెనెటిక్ ట్రీని జాగ్రత్తగా అర్థం చేసుకోవాలి. రెండవది, మొత్తం జన్యు పోలిక పద్ధతులు పోల్చబడిన జన్యువుల పరిమాణంలో గణనీయమైన వ్యత్యాసాలను కలిగి ఉండవు. వారు సంబంధిత జాతుల మధ్య సంరక్షించబడిన కోర్ సింగిల్-కాపీ జన్యువుల సారూప్యతను కొలుస్తారు, కానీ ASxL5T యొక్క చాలా చిన్న జన్యువులో లేని పెద్ద సంఖ్యలో జన్యువులను పరిగణనలోకి తీసుకోలేదు. సహజంగానే, ASxL5T మరియు థాలస్సోలిటస్, ఓషనోబాక్టర్ మరియు బాక్టీరియోప్లేన్‌లతో సహా సమూహాలు ఒక సాధారణ పూర్వీకులను కలిగి ఉన్నాయి, అయితే పరిణామం వేరొక మార్గాన్ని తీసుకుంది, ఇది జన్యువులో తగ్గింపుకు దారితీసింది, ఇది దోపిడీ జీవనశైలికి అనుగుణంగా ఉండవచ్చు. ఇది T. oleivorans MIL-1Tకి విరుద్ధంగా ఉంది, ఇది 28% పెద్దది మరియు హైడ్రోకార్బన్‌లను 23,30 ఉపయోగించేందుకు వివిధ పర్యావరణ ఒత్తిళ్లలో అభివృద్ధి చెందింది. రికెట్సియా, క్లామిడియా మరియు బుచ్నేరా వంటి ఆబ్లిగేట్ కణాంతర పరాన్నజీవులు మరియు సహజీవనాలతో ఆసక్తికరమైన పోలిక చేయవచ్చు. వాటి జీనోమ్ పరిమాణం దాదాపు 1 Mb. హోస్ట్ సెల్ మెటాబోలైట్‌లను ఉపయోగించుకునే సామర్థ్యం జన్యు నష్టానికి దారితీస్తుంది, కాబట్టి గణనీయమైన పరిణామ జన్యు క్షీణతకు గురైంది. సముద్ర రసాయన పోషక జీవుల నుండి దోపిడీ జీవనశైలి వరకు పరిణామాత్మక మార్పులు జన్యు పరిమాణంలో ఇదే విధమైన తగ్గింపుకు దారితీయవచ్చు. COG మరియు KEGG విశ్లేషణ నిర్దిష్ట ఫంక్షన్‌ల కోసం ఉపయోగించే జన్యువుల సంఖ్యను మరియు ASxL5T మరియు T. ఒలివోరాన్స్ MIL-1T మధ్య జన్యు మార్గాల్లోని ప్రపంచ వ్యత్యాసాలను హైలైట్ చేస్తుంది, ఇవి మొబైల్ జన్యు మూలకాల యొక్క విస్తృతమైన లభ్యత కారణంగా లేవు. ASxL5T యొక్క మొత్తం జన్యువు యొక్క G + C నిష్పత్తిలో వ్యత్యాసం 56.1%, మరియు T. ఒలివోరాన్స్ MIL-1T 46.6%, ఇది వేరు చేయబడిందని కూడా సూచిస్తుంది.
ASxL5T జన్యువు యొక్క కోడింగ్ కంటెంట్‌ను పరిశీలించడం వలన సమలక్షణ లక్షణాలపై క్రియాత్మక అంతర్దృష్టులు అందించబడతాయి. జన్యువుల ఎన్‌కోడింగ్ రకం IV ఫింబ్రియా (Tfp) ప్రత్యేక ఆసక్తిని కలిగి ఉంది, ఎందుకంటే అవి ఉపరితలంపై ఫ్లాగెల్లా లేకుండా సోషల్ గ్లైడింగ్ లేదా మూర్ఛలు అని పిలువబడే సెల్ కదలికను ప్రోత్సహిస్తాయి. నివేదికల ప్రకారం, Tfp ప్రెడేషన్, పాథోజెనిసిస్, బయోఫిల్మ్ ఫార్మేషన్, సహజ DNA తీసుకోవడం, ఆటోమేటిక్ సెల్ అగ్రిగేషన్ మరియు డెవలప్‌మెంట్‌తో సహా ఇతర విధులను కలిగి ఉంది. ASxL5T జన్యువు 18 జన్యువులను ఎన్‌కోడింగ్ డిగ్వానైలేట్ సైక్లేస్‌ను కలిగి ఉంది (2 గ్వానోసిన్ ట్రైఫాస్ఫేట్‌ను గ్వానోసిన్ 2 ఫాస్ఫేట్ మరియు సైక్లిక్ డిజిఎమ్‌పిగా మార్చడాన్ని ఉత్ప్రేరకపరిచే ఎంజైమ్) మరియు సంబంధిత డైగ్వానైలేట్ సైక్లేస్ ఫాస్ఫేట్‌ను ఎన్‌కోడింగ్ చేసే 6 జన్యువులు ఉన్నాయి. ఎస్టేరేస్ కోసం జన్యువు (సైక్లిక్ డి-జిఎమ్‌పిని గ్వానోసిన్ మోనోఫాస్ఫేట్‌గా క్షీణింపజేయడం) ఆసక్తికరంగా ఉంటుంది, ఎందుకంటే సైక్ల్-డి-జిఎమ్‌పి అనేది బయోఫిల్మ్ అభివృద్ధి మరియు విభజన, కదలిక, సెల్ అటాచ్‌మెంట్ మరియు వైరలెన్స్ 39, 40 ప్రక్రియలో పాల్గొన్న ముఖ్యమైన రెండవ మెసెంజర్. Bdellovibrio bacteriovorusలో, చక్రీయ డబుల్ GMP స్వేచ్ఛా జీవితం మరియు దోపిడీ జీవనశైలి మధ్య పరివర్తనను నియంత్రిస్తుందని కూడా గమనించాలి.
దోపిడీ బ్యాక్టీరియాపై చాలా పరిశోధనలు Bdellovibrio, Bdellovibrio లాంటి జీవులు మరియు Myxococcus జాతులపై దృష్టి సారించాయి. ఇవి మరియు దోపిడీ బ్యాక్టీరియా యొక్క ఇతర తెలిసిన ఉదాహరణలు విభిన్న సమూహాన్ని ఏర్పరుస్తాయి. ఈ వైవిధ్యం ఉన్నప్పటికీ, తెలిసిన 11 దోపిడీ బ్యాక్టీరియా యొక్క సమలక్షణాలను ప్రతిబింబించే లక్షణ ప్రోటీన్ కుటుంబాల సమితి 3,22 గుర్తించబడింది. అయినప్పటికీ, O యాంటిజెన్ లిగేస్ (waaL) ఎన్‌కోడింగ్ జన్యువులు మాత్రమే గుర్తించబడ్డాయి, ఇది గ్రామ్-నెగటివ్ బ్యాక్టీరియాలో ప్రత్యేకంగా కనిపిస్తుంది. ASxL5Tని ప్రెడేటర్‌గా పేర్కొనడంలో ఈ రకమైన విశ్లేషణ ఉపయోగపడదు, బహుశా ఇది నవల దాడి వ్యూహాన్ని ఉపయోగిస్తుంది. మరింత వైవిధ్యమైన దోపిడీ బ్యాక్టీరియా జన్యువుల లభ్యత సమూహ సభ్యుల మధ్య క్రియాత్మక మరియు పర్యావరణ వ్యత్యాసాల సాక్ష్యాలను పరిగణనలోకి తీసుకునే చక్కటి రిజల్యూషన్ విశ్లేషణలను అభివృద్ధి చేయడంలో సహాయపడుతుంది. ఈ విశ్లేషణలో చేర్చబడని దోపిడీ బాక్టీరియా యొక్క ఉదాహరణలలో క్యుప్రియావిడస్ నెకేటర్ 42 మరియు బ్రాడిమోనాబాక్టీరియా 43 సభ్యులు ఉన్నారు, ఎందుకంటే పరిశోధకులు వివిధ సూక్ష్మజీవుల సంఘాలను పరిశోధిస్తున్నందున, మరింత దోపిడీ టాక్సా స్థాపించబడింది.
TEM చిత్రం ద్వారా సంగ్రహించబడిన ASxL5T బ్యాక్టీరియా యొక్క అత్యంత గుర్తించదగిన లక్షణం దాని ప్రత్యేకమైన మరియు సౌకర్యవంతమైన పదనిర్మాణం, ఇది వేటాడే బ్యాక్టీరియాతో పరస్పర చర్యను ప్రోత్సహిస్తుంది. గమనించిన పరస్పర చర్య ఇతర దోపిడీ బ్యాక్టీరియా నుండి భిన్నంగా ఉంటుంది మరియు ఇది మునుపు కనుగొనబడలేదు లేదా నివేదించబడలేదు. ప్రతిపాదిత ASxL5T ప్రెడేటరీ లైఫ్ సైకిల్ మూర్తి 5లో చూపబడింది. మేము ఇక్కడ నివేదించినట్లుగా సారూప్య అపికల్ స్ట్రక్చర్‌లతో సాహిత్యంలో కొన్ని ఉదాహరణలు ఉన్నాయి, అయితే ఈ ఉదాహరణలలో టెరాసాకియిస్పిరా పాపహనామోకుకేన్సిస్, అప్పుడప్పుడు అపెక్స్ విస్తరణ 44తో సముద్రపు స్పిరిల్లమ్ బాక్టీరియం మరియు ఆల్ఫాప్రొటోకియోబాక్టీరియా, టెరాసాప్రొటీయోబాక్టీరియా ఉన్నాయి. , పూర్వం జాతికి చెందినది ఓషనోస్పిరిల్లమ్, "పోలార్ ఫిల్మ్" అని పిలవబడేది 45. కోకి రూపాలు తరచుగా పాత సంస్కృతులలో గమనించబడతాయి, ముఖ్యంగా విబ్రియో, క్యాంపిలోబాక్టర్ మరియు హెలికోబాక్టర్ 46, 47, 48 వంటి వక్ర రూపాలు కలిగిన బాక్టీరియా కోసం, ఇది క్షీణించిన స్థితిని సూచిస్తుంది. ASxL5T బ్యాక్టీరియా యొక్క ఖచ్చితమైన జీవిత చక్రాన్ని స్పష్టం చేయడానికి మరింత పని అవసరం. ఇది ఎలా సంగ్రహిస్తుంది మరియు వేటాడుతుంది మరియు వైద్య లేదా బయోటెక్నాలజీ ప్రయోజనాల కోసం ఉపయోగించబడే జీవసంబంధ క్రియాశీల సమ్మేళనాలను దాని జన్యువు ఎన్కోడ్ చేస్తుందో లేదో తెలుసుకోవడానికి.
వెనేటర్‌బాక్టర్ జెన్ యొక్క వివరణ. నవంబర్ వెనేటర్‌బాక్టర్ (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. అనేది L. n. వెనేటర్, 'హంటర్' మరియు Gr. n. బ్యాక్టర్, 'ఎ రాడ్'. వెనేటర్‌బాక్టర్, 'ఒక వేట రాడ్' నుండి వెనేటర్‌లతో రూపొందించబడింది. కణాలు ఏరోబిక్, ఉప్పు-తట్టుకోగలవు, వంగిన గ్రామ్ స్టెయిన్ నెగటివ్, ఎక్సర్సైజ్ రాడ్ PHB 4 నుండి 42 °C ఉష్ణోగ్రత పరిధిలో పేరుకుపోదు. లేదా C16:1ω7c, C16:0 మరియు C18:1ω9 ; C12:0 3-OH మరియు C10:0 3-OH హైడ్రాక్సీ ఫ్యాటీ యాసిడ్‌లుగా గుర్తించబడుతుంది, అవి పులుసు మాధ్యమంలో పెరగవు, ఈ జాతికి చెందిన వారు 56.1 మోల్‌% క్యాంపిలోబాక్టర్‌కి మరియు ఎంటెరోబాక్టీరియాసి కుటుంబ సభ్యులకు నిరోధాన్ని చూపుతారు. ఈ జాతి యొక్క ఫైలోజెనెటిక్ స్థానం కుటుంబంలో ఉంది.
వెనేటర్‌బాక్టర్ కుకుల్లస్ sp యొక్క వివరణ. నవంబర్ వెనేటర్‌బాక్టర్ కుక్యులస్ (cu'cull.us.; L. n. cucullus అంటే ఫెయిరింగ్).
అదనంగా, ఈ జాతి యొక్క వివరణాత్మక లక్షణం ఏమిటంటే, BA లేదా BHIలో పెరిగినప్పుడు, కణాలు 1.63 µm పొడవు మరియు 0.37 µm వెడల్పు కలిగి ఉంటాయి. BHI అగర్‌లోని కాలనీలు చాలా చిన్నవి, 72 గంటల తర్వాత 2 మిమీ వ్యాసం కలిగి ఉంటాయి. అవి లేత గోధుమరంగు, అపారదర్శక, గుండ్రని, కుంభాకార మరియు మెరిసేవి. ఈ జాతుల సభ్యులు ఎస్చెరిచియా కోలి మరియు క్లెబ్సియెల్లాలను ఉపయోగించవచ్చు. క్యాంపిలోబాక్టర్ మరియు అనేక ఇతర గ్రామ్-నెగటివ్ బ్యాక్టీరియా ఆహారంగా పనిచేస్తాయి.
సాధారణ జాతి ASxL5T నాటింగ్‌హామ్‌షైర్, UKలోని గొడ్డు మాంసం పాలు నుండి వేరుచేయబడింది మరియు నేషనల్ టైప్ కల్చర్ కలెక్షన్ (UK)లో నిక్షిప్తం చేయబడింది: ప్రవేశ సంఖ్య NCTC 14397 మరియు నెదర్లాండ్స్ బాక్టీరియల్ కల్చర్ కలెక్షన్ (NCCB) ప్రవేశ సంఖ్య NCCB 100775 యొక్క పూర్తి genome5T. లో జమ చేయబడింది CP046056 జోడింపు ప్రకారం జెన్‌బ్యాంక్.
ASxL5T బ్యాక్టీరియా ఫేజ్ ఐసోలేషన్ టెక్నాలజీని ఉపయోగించి గొడ్డు మాంసం పాలు నుండి వేరుచేయబడింది9,49. SM బఫర్ (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O మరియు 0.01% జెలటిన్; సిగ్మా ఆల్డ్రిచ్, గిల్లింగ్‌హామ్, UK)లో స్లర్రీ 1:9 (w/v) కరిగించబడింది, ఆపై పొదిగేది 24 గంటల పాటు 4°C వద్ద, వేటాడే జంతువులను ఎలిట్ చేయడానికి నెమ్మదిగా తిరుగుతుంది బఫర్. సస్పెన్షన్ 3 నిమిషాలకు 3000g వద్ద సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయబడింది. సూపర్‌నాటెంట్‌ని సేకరించి 13,000గ్రా వద్ద రెండవసారి 5 నిమిషాల పాటు సెంట్రిఫ్యూజ్ చేశారు. సూపర్‌నాటెంట్‌ను 0.45 µm మెమ్బ్రేన్ ఫిల్టర్ (మినిసార్ట్; సార్టోరియస్, గాట్టింగెన్, జర్మనీ) మరియు 0.2 µm మెమ్బ్రేన్ ఫిల్టర్ (మినిసార్ట్) ద్వారా మిగిలిన బ్యాక్టీరియా కణాలను తొలగించడానికి పంపారు. ASxL5T ఈ ఫిల్టర్‌లను పాస్ చేయగలదు. అదే స్లర్రి నుండి కాంపిలోబాక్టర్ ఎంట్రోసస్ S12 (NCBI యాక్సెషన్ నంబర్ CP040464) యొక్క మృదువైన అగర్ లాన్ ప్రామాణిక పద్ధతులను ఉపయోగించి తయారు చేయబడింది. ఫిల్టర్ చేయబడిన స్లర్రీ ఈ హోస్ట్ సెల్ ప్లేట్‌లలో ప్రతిదానిపై 10 µl బిందువులలో మూడుసార్లు పంపిణీ చేయబడింది మరియు ఆరబెట్టడానికి అనుమతించబడుతుంది. మైక్రోఏరోబిక్ పరిస్థితులలో (5% O2, 5% H2, 10% CO2, మరియు 80% N2) 48 గంటలపాటు 37°C వద్ద మైక్రోఏరోఫిలిక్ ట్యాంక్‌లో ప్లేట్ పొదిగేది. కనిపించే కనిపించే ఫలకం SM బఫర్‌లోకి సంగ్రహించబడింది మరియు లైస్డ్ జీవులను మరింత ప్రచారం చేయడానికి C. హైయోంటెస్టినాలిస్ S12 యొక్క తాజా పచ్చికకు బదిలీ చేయబడింది. లైటిక్ ఫలకానికి బ్యాక్టీరియా కారణమని మరియు ఫేజ్ కాదని నిర్ధారించిన తర్వాత, హోస్ట్ నుండి స్వతంత్రంగా జీవిని పెంచడానికి ప్రయత్నించండి మరియు దానిని మరింత వర్గీకరించండి. ఏరోబిక్ కల్చర్ 37 °C వద్ద 5% v/v డిఫైబ్రినేటెడ్ హార్స్ బ్లడ్ (TCS బయోసైన్సెస్ Lt, బకింగ్‌హామ్, UK, సప్లిమెంట్)తో ప్రదర్శించబడింది. నేషనల్ క్లినికల్ స్టాండర్డ్స్ కమిటీ మార్గదర్శకాల ప్రకారం, యాంటీ బాక్టీరియల్ ససెప్టబిలిటీ టెస్టింగ్ కోసం డిస్క్ డిఫ్యూజన్ పద్ధతి ఉపయోగించబడుతుంది. ఏరోబిక్ కల్చర్ కోసం కింది యాంటీబయాటిక్స్ (ఆక్సాయిడ్) కలిగిన డిస్క్‌ను ఉపయోగించి BHI అగర్ 37 °C వద్ద కల్చర్ చేయబడింది: అమోక్సిసిలిన్ మరియు క్లావులానిక్ యాసిడ్ 30 µg; సెఫోటాక్సిమ్ 30 µg; స్ట్రెప్టోమైసిన్ 10 µg; సిప్రోఫ్లోక్సాసిన్ 5 µg; సెఫ్టాజిడిమ్ 30 µg నాలిడిక్సిక్ ఆమ్లం 30 μg; ఇమిపెనెమ్ 10 µg; అజిత్రోమైసిన్ 15 µg; క్లోరాంఫెనికాల్ 30 µg; సెఫాక్సిటిన్ 30 µg; టెట్రాసైక్లిన్ 30 µg; నైట్రోఫురంటోయిన్ 300 μg; Aztreonam 30 µg; యాంపిసిలిన్ 10 µg; సెఫ్‌పోడాక్సిమ్ 10 µg; ట్రిమెథోప్రిమ్-సల్ఫామెథోక్సాజోల్ 25 µg. 37 °C వద్ద BHI అగర్ ప్లేట్‌లపై ఏరోబిక్ ఇంక్యుబేషన్ ద్వారా ఉప్పు సహనం స్థాపించబడింది. 10% w/v వరకు ఏకాగ్రత పరిధిని అందించడానికి BHI అగర్ ప్లేట్‌లకు అదనపు NaCl జోడించబడింది. pH పరిధి 37°C వద్ద BHI అగర్ ప్లేట్‌లపై ఏరోబిక్ కల్చర్ ద్వారా నిర్ణయించబడుతుంది, ఇక్కడ pH పరిధి శుభ్రమైన HCl లేదా స్టెరైల్ NaOHతో 4 మరియు 9 మధ్య సర్దుబాటు చేయబడింది మరియు ప్లేట్‌ను పోయడానికి ముందు టార్గెట్ pH విలువ ధృవీకరించబడుతుంది. సెల్యులార్ ఫ్యాటీ యాసిడ్ విశ్లేషణ కోసం, ASxL5T BHI అగర్‌పై 3 రోజులు మరియు ఏరోబిక్ వద్ద 37 °C వద్ద కల్చర్ చేయబడింది. FERA Science Ltd, (York, UK) యొక్క MIDI (షెర్లాక్ మైక్రోబియల్ ఐడెంటిఫికేషన్ సిస్టమ్, వెర్షన్ 6.10) ప్రామాణిక ప్రోటోకాల్ ప్రకారం, సెల్ కొవ్వు ఆమ్లాలు సంగ్రహించబడ్డాయి, తయారు చేయబడ్డాయి మరియు విశ్లేషించబడ్డాయి.
TEM కోసం, ASxL5Tని BAలో 37°C వద్ద 24 గంటల పాటు ఏకరీతిగా వ్యాప్తి చేయడం ద్వారా ఏరోబిక్ కల్చర్ చేయబడింది, ఆపై గది ఉష్ణోగ్రత వద్ద 0.1 M కాకోడైలేట్ బఫర్‌లో 1 ml 3% (v/v) గ్లుటరాల్డిహైడ్‌లో 1 గంటకు సరిదిద్దండి, ఆపై సెంట్రిఫ్యూజ్ 3 నిమిషాలకు 10,000 గ్రా. తర్వాత 600 μl 0.1 M కాకోడైలేట్ బఫర్‌లో గుళికను మెల్లగా మళ్లీ అమర్చండి. స్థిర ASxL5T సస్పెన్షన్‌ను 200 మెష్ కాపర్ గ్రిడ్‌లో ఫార్మ్‌వార్/కార్బన్ ఫిల్మ్‌కి బదిలీ చేయండి. బ్యాక్టీరియా 0.5% (w/v) యురేనిల్ అసిటేట్‌తో 1 నిమిషం పాటు తడిసినది మరియు TEI Tecnai G2 12 Biotwin మైక్రోస్కోప్‌ని ఉపయోగించి TEM ద్వారా పరిశీలించబడింది. పైన పేర్కొన్న విధంగా, NZCYM రసంలో (BD డిఫ్కో™, ఫిషర్ సైంటిఫిక్ UK Ltd, Loughborough) అదే సంఖ్యలో ఎర మరియు ప్రెడేటర్‌లను కలపండి మరియు 37°C వద్ద క్యాంపిలోబాక్టర్ లేదా కాంపిలోబాక్టర్ యొక్క మైక్రోఎరోబిక్ పరిస్థితులలో 48 గంటల పాటు పొదిగేది మరియు ప్రెడేటర్ యొక్క ముందస్తు పరస్పర చర్య TEM ద్వారా కూడా పరిశీలించబడింది. ఎస్చెరిచియా కోలికి ఏరోబిక్ పరిస్థితులు. వేటాడే కారణంగా కణ స్వరూపంలో ఏవైనా మార్పులను గుర్తించడానికి ఎర మరియు దోపిడీ బ్యాక్టీరియాను స్వతంత్రంగా పరిశీలించండి. PHB సంచితం యొక్క ఆప్టికల్ మైక్రోస్కోపీ కోసం సూడాన్ బ్లాక్ పద్ధతి ఉపయోగించబడింది.
శుభ్రమైన శుభ్రముపరచుతో BHI లేదా BA ప్లేట్‌లపై గ్రోత్‌ను పూయడం ద్వారా ASxL5T ఓవర్‌నైట్ కల్చర్‌లను పెంచుకోండి. ASxL5T కణాలను సేకరించి, వాటిని MRD (CM0733, ఆక్సాయిడ్)లో సస్పెండ్ చేయండి, ఆపై కణాలను ఆకలితో ఉంచడానికి వాటిని 4°C వద్ద 7 రోజుల పాటు ఉంచండి. NCTC రిఫరెన్స్ లేదా లేబొరేటరీ స్టాక్ బాక్టీరియల్ కల్చర్ BHI ఉడకబెట్టిన పులుసు లేదా నం. 2 న్యూట్రియంట్ బ్రూత్ (CM007, ఆక్సాయిడ్), రాత్రిపూట పొదిగేది, 13,000g వద్ద సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయబడింది మరియు OD600 0.4 వరకు MRDలో తిరిగి ఇవ్వబడింది. సంస్కృతి: బాసిల్లస్ సబ్టిలిస్ NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, ఎంటెరోబాక్టర్ ఏరోజెనెస్ NCTC 10006T, ఎంటరోకాకస్ ఫేకాలిస్ NCTC 775T, ఎస్చెరిచియా కోలి NCTC 816, ఆక్సీకోటోకాసి 811, Kleb66u NCTC 10817, లిస్టేరియా స్పెషల్ బ్యాక్టీరియా NCTC 4885, బాసిల్లస్ మాసెరన్స్ NCTC 6355T, ప్రొవిడెన్సియా స్టువర్ట్సీ NCTC 10318, సూడోమోనాస్ ఫ్లోరోసెన్స్ SMDL, రోడోకాకస్ సబ్‌మెరైన్ హాంబర్గర్ NCTC 1621లో NCTC 1621 5747, శ్లేష్మం NCTC 10861, స్టెఫిలోకాకస్ ఆరియస్ NCTC 8532T, స్ట్రెప్టోకోకస్ న్యుమోనియే NCTC 7465T, యెర్సినియా ఎంట్రోకోలిటికా NCTC 10460. క్యాంపిలోబాక్టర్ హోస్ట్ 7CBలో మైక్రోఎరోబికల్‌లో 7CBలో 3°Cలో సస్పెండ్ చేయబడింది. ఉడకబెట్టిన పులుసు. పరీక్షించిన క్యాంపిలోబాక్టర్ హోస్ట్‌లు: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. హెల్వెటికస్ NCTC 12472, C. లారీ NCTC, C.11 lari NCTC, C.145ri jejuni PT14, C... MRDలోని కణాలను సేకరించి, 13,000g వద్ద సెంట్రిఫ్యూజ్ చేసి, OD600 0.4 అయ్యే వరకు MRDలో మళ్లీ అమర్చండి. 5 ml కరిగించిన NZCYM టాప్ అగర్ (0.6% అగర్)కి 0.5 ml సస్పెన్షన్‌ని జోడించి, దానిని 1.2% NZCYM బాటమ్ ప్లేట్‌లో పోయాలి. క్యూరింగ్ మరియు ఎండబెట్టడం తర్వాత, సీరియల్‌గా పలుచన చేయబడిన ASxL5T ప్రతి లాన్ బోర్డుపై 20 µl బిందువుల వలె మూడుసార్లు పంపిణీ చేయబడింది. సంస్కృతి ఉష్ణోగ్రత మరియు వాతావరణం పరీక్ష బ్యాక్టీరియా యొక్క అవసరాలపై ఆధారపడి ఉంటుంది.
బ్యాక్టీరియా ఐసోలేట్‌ల నుండి DNAని సిద్ధం చేయడానికి GenElute™ బాక్టీరియల్ జెనోమిక్ DNA కిట్ (సిగ్మా ఆల్డ్రిడ్జ్) ఉపయోగించండి. 16S rRNA జన్యువు యొక్క PCR విస్తరణ మరియు డై టెర్మినేషన్ కెమిస్ట్రీ (యూరోఫిన్స్ వాల్యూ రీడ్ సర్వీస్, జర్మనీ) ఉపయోగించి ఉత్పత్తి క్రమ నిర్ధారణ కోసం ప్రామాణిక పద్ధతులు ఉపయోగించబడ్డాయి. దగ్గరి సంబంధం ఉన్న జాతులను గుర్తించడానికి మరియు సేకరించడానికి ఇతర 16S rRNA జన్యు శ్రేణులతో ఈ సీక్వెన్స్‌లను పోల్చడానికి BLAST-N ప్రోగ్రామ్‌ను ఉపయోగించండి. ఇవి MEGA X ప్రోగ్రామ్‌లో ClustalW ఉపయోగించి సమలేఖనం చేయబడ్డాయి. 1000 గైడెడ్ కాపీలతో, Tamura-Nei మోడల్ ఆధారంగా గరిష్ట సంభావ్యత పద్ధతిని ఉపయోగించి MEGA X ఉపయోగించి ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు పునర్నిర్మించబడింది. పూర్తి-జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ కోసం DNAను సంగ్రహించడానికి PureLink™ జెనోమిక్ DNA కిట్ (ఫిషర్ సైంటిఫిక్, లాఫ్‌బరో, UK) ఉపయోగించండి. ASxL5T యొక్క జన్యు శ్రేణి Illumina MiSeq కలయికను ఉపయోగించి నిర్ణయించబడింది, ఇందులో 250 bp డబుల్-ఎండ్ రీడ్‌లు నెక్స్టెరా లేబులింగ్ కిట్‌ని ఉపయోగించి తయారు చేయబడిన లైబ్రరీ మరియు PacBio ప్లాట్‌ఫారమ్ నుండి 2 నుండి 20 kb పొడవు రీడ్‌లను కలిగి ఉంటాయి. సెంబియా యూనివర్సిటీలో జెనోమిక్స్ DNA సీక్వెన్సింగ్ రీసెర్చ్ ఫెసిలిటీ. CLC జెనోమిక్స్ వర్క్‌బెంచ్ 12.0.3 (కియాగెన్, ఆర్హస్, డెన్మార్క్) ఉపయోగించి జన్యువు సమీకరించబడింది. ASxL5T సంస్కృతులు నేషనల్ టైప్ కల్చర్ కలెక్షన్ (UK) మరియు నెదర్లాండ్స్ బాక్టీరియల్ కల్చర్ కలెక్షన్ (NCCB)లో జమ చేయబడ్డాయి. పోలిక కోసం ఉపయోగించే సంబంధిత జీవుల జన్యువులు: థాలస్సోలిటస్ ఒలివోరాన్స్ MIL-1T (యాక్సెషన్ నంబర్ HF680312, పూర్తి); బాక్టీరియోప్లేన్స్ సాన్యెన్సిస్ KCTC 32220T (ప్రవేశ సంఖ్య BMYY01000001, అసంపూర్తిగా ఉంది); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (ప్రవేశ సంఖ్య NZ_AUGV00000000, అసంపూర్ణం); మారినామోనాస్ కమ్యూనిటీ DSM 5604T (ASM436330v1 జోడించబడింది, అసంపూర్ణమైనది), ఓషియానోస్పిరుల్లమ్ లైనమ్ ATCC 11336T (MTSD02000001 జోడించబడింది, అసంపూర్తిగా ఉంది) మరియు Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001ని జోడించు, అసంపూర్ణం). అమరిక స్కోర్ (AF) మరియు సగటు న్యూక్లియిక్ యాసిడ్ గుర్తింపు (ANI)ని నిర్ణయించడానికి https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= వద్ద JGI జీనోమ్ పోర్టల్36ని ఉపయోగించండి. జంటలుగా. Rodriguez-R & Konstantinidis55 యొక్క పద్ధతి అమైనో ఆమ్ల గుర్తింపు (AAI)ని నిర్ణయించడానికి ఉపయోగించబడింది. అంచనా వేయబడిన గరిష్ట సంభావ్యత ఫైలోజెనెటిక్ ట్రీని రూపొందించడానికి GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18ని ఉపయోగించండి. అందుబాటులో ఉన్న రిఫరెన్స్ జన్యువును సూచించే ఇన్‌పుట్ జన్యువు 16S rRNA ఫైలోజెని నుండి ASxL5Tకి సంబంధించినదిగా గుర్తించబడిన రిఫరెన్స్ జెనెరా నుండి ఎంపిక చేయబడింది. ఇంటరాక్టివ్ ట్రీ ఆఫ్ లైఫ్ ఆన్‌లైన్ టూల్ (https://itol.embl.de/) ఉపయోగించి చెట్టుపై వ్యాఖ్యానించబడింది. ASxL5T జన్యువు యొక్క ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు విశ్లేషణ KEGG (క్యోటో ఎన్‌సైక్లోపీడియా ఆఫ్ జీన్స్ అండ్ జీనోమ్స్) మాడ్యూల్ సుసంపన్నత పంపిణీని ఉపయోగించి BlastKOALA KEGG ఆన్‌లైన్ సాధనాన్ని ఉపయోగించి నిర్వహించబడుతుంది. COG వర్గాల పంపిణీ (ఆర్థోలాజస్ గ్రూపులు) ఎగ్‌నోగ్-మ్యాపర్ ఆన్‌లైన్ సాధనాన్ని ఉపయోగించి నిర్ణయించబడుతుంది.
పెరెజ్, J., మొరలెడ-మునోజ్, A., మార్కోస్-టోర్రెస్, FJ మరియు మునోజ్-డొరాడో, J. బాక్టీరియల్ ప్రెడేషన్: 75 సంవత్సరాలు మరియు ఇది కొనసాగుతుంది! . పర్యావరణం. సూక్ష్మజీవి. 18, 766–779 (2016).
లినారెస్-ఓటోయా, ఎల్. మొదలైనవి పెరువియన్ తీరప్రాంతంలో దోపిడీ బ్యాక్టీరియా యొక్క వైవిధ్యం మరియు యాంటీ బాక్టీరియల్ సంభావ్యత. మార్చి మందులు. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
పాస్టర్నాక్, Z. మరియు ఇతరులు. వారి జన్యువుల ద్వారా, మీరు వాటిని అర్థం చేసుకుంటారు: దోపిడీ బ్యాక్టీరియా యొక్క జన్యు లక్షణాలు. ISME J. 7, 756–769 (2013).
సాకెట్, RE బాక్టీరియోఫేజ్ Bdellovibrio యొక్క దోపిడీ జీవనశైలి. ఇన్స్టాల్. పాస్టర్ సూక్ష్మజీవులు. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. దోపిడీ బ్యాక్టీరియా నుండి యాంటీబయాటిక్స్. బీల్‌స్టెయిన్ J. హిస్టోకెమిస్ట్రీ 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio మరియు ఇలాంటి జీవులు వివిధ హోస్ట్ పాపులేషన్‌లలో సూక్ష్మజీవుల వైవిధ్యాన్ని అంచనా వేస్తాయి. సూక్ష్మజీవి. జీవావరణ శాస్త్రం. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. మరియు Ballesté-Delpierre, C. కొత్త యాంటీ బాక్టీరియల్ ఏజెంట్ల ప్రస్తుత స్థితిని కనుగొనండి. వైద్యసంబంధమైన. సూక్ష్మజీవి. సోకుతుంది. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
హోబ్లీ, ఎల్. మరియు ఇతరులు. ఫేజ్ మరియు ఫేజ్ యొక్క ద్వంద్వ ప్రెడేషన్ ఒక్క ప్రెడేషన్ లేకుండా E. coli ఎరను నిర్మూలించగలదు. J. బాక్టీరియా. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
ఎల్-షిబినీ, ఎ., కన్నెర్టన్, పిఎల్ & కన్నెర్టన్, IF ఫ్రీ-రేంజ్ మరియు ఆర్గానిక్ కోళ్ల దాణా చక్రంలో వేరుచేయబడిన క్యాంపిలోబాక్టర్ మరియు బ్యాక్టీరియోఫేజ్‌ల సంఖ్య మరియు వైవిధ్యం. అప్లికేషన్ పర్యావరణం. సూక్ష్మజీవి. 71, 1259–1266 (2005).
విల్కిన్సన్, DA మొదలైనవి. క్యాంపిలోబాక్టర్ స్వైన్ యొక్క జన్యు వర్గీకరణ మరియు ఎపిడెమియాలజీని నవీకరించండి. సైన్స్. ప్రతినిధి 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
లీ, MD GToTree: సిస్టమ్స్ జెనోమిక్స్ కోసం యూజర్ ఫ్రెండ్లీ వర్క్‌ఫ్లో. బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ 35, 4162–4164 (2019).
ఎడ్గార్, RC కండరాలు: సమయం మరియు స్థల సంక్లిష్టతను తగ్గించే బహుళ శ్రేణి అమరిక పద్ధతి. BMC జీవసంబంధ సమాచారం. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: పెద్ద-స్థాయి ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణలో ఆటోమేటిక్ అలైన్‌మెంట్ మరియు ట్రిమ్మింగ్ కోసం ఒక సాధనం. బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ 25, 1972–1973 (2009).
హయాట్, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC జన్యువు మరియు మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్స్ ట్రాన్స్‌లేషన్ స్టార్ట్ సైట్ ప్రిడిక్షన్. బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ 28, 2223-2230 (2012).
షెన్, W. & జియోంగ్, J. టాక్సన్‌కిట్: క్రాస్-ప్లాట్‌ఫారమ్ మరియు సమర్థవంతమైన NCBI వర్గీకరణ టూల్‌కిట్. బయో Rxiv. (జూన్ 1, 2021న యాక్సెస్ చేయబడింది); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
ధర, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-పెద్ద అమరికతో సుమారు గరిష్ట సంభావ్యత చెట్టు. PLoS One 5, e9490 (2010).
టాంగే, O. GNU సమాంతర. (జూన్ 1, 2021న యాక్సెస్ చేయబడింది); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
కనెహిసా, M. & గోటో, S. KEGG: క్యోటో ఎన్‌సైక్లోపీడియా ఆఫ్ జీన్స్ అండ్ జీనోమ్స్. న్యూక్లియిక్ యాసిడ్ పరిశోధన. 28, 27-30 (2000).
చెక్ రిపబ్లిక్ , ఎల్ జీన్ (బాసెల్). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA మీడియం మరియు లాంగ్ చైన్ ఆల్కనేస్‌ల పెరుగుదల సమయంలో అబ్లిగేట్ మెరైన్ హైడ్రోకార్బన్-డిగ్రేడింగ్ బాక్టీరియం Thalassolituus oleivorans MIL-1 పెరుగుదల సమయంలో డిఫరెన్షియల్ ప్రోటీన్ వ్యక్తీకరణ. ముందు. సూక్ష్మజీవి. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E., మరియు Jurkevitch, E. ఫినోటైపిక్-నిర్దిష్ట సూచికలను నిర్వచించడానికి కొత్త తులనాత్మక జన్యుశాస్త్ర పద్ధతి దోపిడీ బ్యాక్టీరియా గుర్తులో నిర్దిష్ట వారసత్వాన్ని వెల్లడిస్తుంది. పబ్లిక్ సైన్స్ లైబ్రరీ ఒకటి. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
యాకిమోవ్, MM, మొదలైనవి తలసోలిటస్ ఒలివోరాన్స్ జన్యువు. నవంబర్, sp. nov., హైడ్రోకార్బన్‌ల వినియోగంలో ప్రత్యేకత కలిగిన కొత్త రకం సముద్ర బ్యాక్టీరియా. అంతర్జాతీయత. J. సిస్టమ్. పరిణామం. సూక్ష్మజీవి. 54, 141–148 (2004).
వాంగ్, Y., యు, M., లియు, Y., యాంగ్, X. & జాంగ్, XH బాక్టీరియోప్లనోయిడ్స్ పసిఫికం జెన్. నవంబర్, sp. నవంబర్‌లో, ఇది దక్షిణ పసిఫిక్‌లో సంచరించే సముద్రపు నీటి నుండి విడిపోయింది. అంతర్జాతీయత. J. సిస్టమ్. పరిణామం. సూక్ష్మజీవి. 66, 5010–5015 (2016).