Навъи нави бактерияҳои грамм-манфӣ, аэробӣ, ба намак тобовар, фаъол, асошакл ва дарранда ASxL5T аз ҳавзи поруи гов дар Ноттингемшири Англия ҷудо карда шуд ва ба сифати сайди он Campylobacter истифода шуд. Баъдан, намудҳои дигари Campylobacter ва аъзоёни оилаи Enterobacteriaceae ҳамчун сайд кашф карда шуданд. Пас аз субкультура бидуни ҳуҷайраҳои мизбон, афзоиши асептикии заиф дар Brain Heart Infusion Agar ба даст омад. Шароити оптималии афзоиш 37 °C ва рН 7 аст. Микроскопияи электронии интиқол баъзе хусусиятҳои морфологии хеле ғайриоддии марбут ба мавҷудияти сайдро ошкор кард. Таҳлили филогенетикӣ бо истифода аз пайдарпаии генҳои 16S rRNA нишон дод, ки изолят ба узви оилаи Marine Spirulina алоқаманд аст, аммо онро ба таври возеҳ ҳамчун узви ягон ҷинси маълум тасниф кардан мумкин нест. Пайдарпаии пурраи геноми ASxL5T робитаро бо аъзои спирохетаҳои баҳрӣ тасдиқ кард. Ҷустуҷӯи пойгоҳи додаҳо нишон дод, ки якчанд ASxL5T пайдарпаии генҳои 16S rRNA-ро бо якчанд бактерияҳои бефарҳанг аз уқёнус, сатҳи замин ва обҳои зеризаминӣ мубодила мекунанд. Мо пешниҳод менамоем, ки штамм ASxL5T як намуди навро дар як ҷинсҳои нав муаррифӣ мекунад. Мо номи Venatorbacter cucullus genро тавсия медиҳем. Ноябр, сп. Дар моҳи ноябр, ASxL5T ҳамчун штамми навъи истифода бурда шуд.
Бактерияҳои дарранда бактерияҳое мебошанд, ки қобилияти шикор кардан ва куштани дигар бактерияҳои зиндаро барои ба даст овардани мавод ва энергияи биосинтетикӣ нишон медиҳанд. Ин аз барқароршавии умумии маводи ғизоӣ аз микроорганизмҳои мурда фарқ мекунад ва инчунин аз таъсири мутақобилаи паразитӣ, ки дар он бактерияҳо бидуни куштани онҳо бо соҳибашон муносибати наздик ба вуҷуд меоранд, фарқ мекунад. Бактерияҳои дарранда давраҳои гуногуни ҳаётро таҳаввул кардаанд, то аз манбаъҳои фаровони ғизо дар чойҳое, ки дар он ҷо ҷойгиранд (ба монанди макони зисти баҳрӣ) истифода баранд. Онҳо як гурӯҳи аз ҷиҳати таксономӣ гуногунанд, ки танҳо бо давраи зиндагии беҳамтои стерилизатсияи худ1 пайваст мешаванд. Намунаҳои бактерияҳои дарранда дар якчанд филаҳои гуногун пайдо шудаанд, аз ҷумла: Proteobacteria, Bacteroides ва Chlorella.3. Аммо, бактерияҳои дарранда аз ҳама хуб омӯхташуда организмҳои Bdellovibrio ва Bdellovibrio ва монанд мебошанд (BALOs4). Бактерияҳои дарранда манбаи ояндадори пайвастагиҳои нави аз ҷиҳати биологӣ фаъол ва агентҳои зиддибактериявӣ мебошанд5.
Гумон меравад, ки бактерияҳои дарранда гуногунии микробҳоро афзоиш медиҳанд ва ба саломатии экосистема, маҳсулнокӣ ва устуворӣ таъсири мусбӣ мерасонанд6. Сарфи назар аз ин сифатҳои мусбӣ, дар бораи бактерияҳои нави дарранда аз сабаби мушкилии парвариши бактерияҳо ва зарурати бодиққат мушоҳида кардани таъсири мутақобилаи ҳуҷайраҳо барои фаҳмидани давраҳои мураккаби ҳаёти онҳо кам тадқиқот вуҷуд дорад. Ин маълумотро аз таҳлили компютерӣ ба даст овардан осон нест.
Дар давраи афзоиши муқовимати зиддимикробӣ, стратегияҳои нави ҳадафгирии микроорганизмҳои бактериявӣ, ба монанди истифодаи бактериофагҳо ва бактерияҳои дарранда омӯхта мешаванд7,8. Бактерияҳои ASxL5T дар соли 2019 бо истифода аз технологияи ҷудокунии фагҳо аз саргини гов, ки аз Маркази ширии Донишгоҳи Ноттингем, Ноттингемшир ҷамъоварӣ шудаанд, ҷудо карда шуданд. Мақсади таҳқиқот ҷудо кардани организмҳои дорои потенсиал ҳамчун агентҳои назорати биологӣ мебошад. Campylobacter hyointestinalis як патогени зоонотикӣ буда, бо бемориҳои рӯдаи инсон бештар алоқаманд аст10. Он дар хуноба дар ҳама ҷо ҷойгир аст ва ҳамчун мизбони ҳадаф истифода мешавад.
Бактерияи ASxL5T аз желеи гов ҷудо карда шуд, зеро мушоҳида карда шуд, ки лавҳаҳои он дар алафзори C. hyointestinalis ба онҳое, ки бактериофагҳо тавлид мекунанд, монанданд. Ин як бозёфти ғайричашмдошт аст, зеро як қисми раванди ҷудокунии фагҳо филтр кардани филтри 0,2 микронро дар бар мегирад, ки барои нест кардани ҳуҷайраҳои бактериявӣ пешбинӣ шудааст. Азназаргузаронии микроскопии масолехи аз лавха гирифташуда маълум кард, ки бактерияхои хурди каҷшакли асои шакли грам-манфӣ полигидроксибутират (PHB) ҷамъ намекунанд. Фарҳанги асептикӣ, ки аз ҳуҷайраҳои сайд новобаста аст, дар муҳити сахти бой (ба монанди агар инфузияи дили майна (BHI) ва агар хуни (БА)) амалӣ карда мешавад ва афзоиши он суст аст. Он пас аз субкультура бо такмил додани вазнҳои вазнин ба даст оварда мешавад. Он дар шароити микроаэробӣ (7% ҳаҷм оксиген) ва оксигени атмосфера баробар хуб мерӯяд, аммо на дар атмосфераи анаэробӣ. Пас аз 72 соат диаметри колония хеле хурд буда, ба 2 мм мерасад ва он беж, шаффоф, мудаввар, барҷаста ва тобнок буд. Санҷиши стандартии биохимиявӣ монеъ мешавад, зеро ASxL5T-ро дар муҳити моеъ боэътимод парвариш кардан мумкин нест, ки ин нишон медиҳад, ки он метавонад ба давраи мураккаби ташаккули биофилм такя кунад. Аммо, суспензияи плита нишон дод, ки ASxL5T аэробӣ буда, барои оксидаза ва каталаза мусбат аст ва 5% NaCl-ро таҳаммул карда метавонад. ASxL5T ба 10 мкг стрептомицин тобовар аст, аммо ба дигар антибиотикҳои санҷида ҳассос аст. Ҳуҷайраҳои бактериявии ASxL5T аз ҷониби TEM тафтиш карда шуданд (расми 1). Ҳангоми парвариши бидуни ҳуҷайраҳои сайд дар BA, ҳуҷайраҳои ASxL5T Campylobacter хурд буда, дарозии миёна 1,63 мкм (± 0,4), паҳнои 0,37 мкм (± 0,08) ва як сутуни дароз (то 5 мкм) мебошанд. Парчами ҷинсӣ. Тақрибан 1,6% ҳуҷайраҳо паҳнои камтар аз 0,2 мкм доранд, ки ин имкон медиҳад, ки тавассути дастгоҳи филтр гузаред. Дар болои баъзе ҳуҷайраҳо тамдиди сохтории ғайриоддӣ ба мушоҳида расид, ки ба феҳрист (cucullus лотинӣ) монанд аст (ниг. ба тирчаҳо дар 1D, E, G). Чунин ба назар мерасад, ки ин аз мембранаи берунии зиёдатӣ иборат аст, ки метавонад аз сабаби зуд коҳиш ёфтани андозаи лифофаи периплазмӣ бошад, дар ҳоле ки мембранаи берунӣ бетағйир боқӣ монда, намуди "фуҷур" нишон медиҳад. Парвариши ASxL5T дар сурати набудани маводи ғизоӣ (дар PBS) дар муддати тӯлонӣ дар 4 ° C боиси он гардид, ки аксари ҳуҷайраҳо (вале на ҳама) морфологияи коккро нишон медиҳанд (Расми 1C). Вақте ки ASxL5T бо Campylobacter jejuni ҳамчун сайд дар тӯли 48 соат мерӯяд, андозаи миёнаи ҳуҷайра нисбат ба ҳуҷайраҳои бе ҳост парваришшуда ба таври назаррас дарозтар ва тангтар аст (Ҷадвали 1 ва Расми 1E). Баръакс, вақте ки ASxL5T бо E. coli ҳамчун сайд дар тӯли 48 соат мерӯяд, андозаи миёнаи ҳуҷайра назар ба он вақте ки бе сайд мерӯяд, дарозтар ва васеътар аст (Ҷадвали 1) ва дарозии ҳуҷайра тағйирёбанда буда, одатан филаментшаклро нишон медиҳад (Расми 1F). Вақте ки бо Campylobacter jejuni ё E. coli ҳамчун сайд дар тӯли 48 соат инкубатсия карда мешавад, ҳуҷайраҳои ASxL5T умуман флагеларо нишон надоданд. Ҷадвали 1 мушоҳидаҳои тағирёбии андозаи ҳуҷайраҳоро дар асоси мавҷудият, набудани ва навъи сайди ASxL5T ҷамъбаст мекунад.
Намоиши TEM аз ASx5LT: (A) ASx5LT қамчин дарозро нишон медиҳад; $B) батареяи маъмулии ASx5LT; $C) ҳуҷайраҳои коккҳои ASx5LT пас аз инкубатсияи тӯлонӣ бе маводи ғизоӣ; (D) як гурӯҳи ҳуҷайраҳои ASx5LT ғайримуқаррариро нишон медиҳанд (E) Гурӯҳи ҳуҷайраҳои ASx5LT, ки бо тӯъмаи Campylobacter инкубатсия карда шудаанд, дар муқоиса бо онҳое, ки афзоиши сайд надоранд (D) инчунин сохтори апикалӣ нишон доданд; $Е) Љуљайрањои калони филаментї, њуљайрањои ASx5LT, пас аз инкубатсия бо сайди E. coli; (G) Як ҳуҷайраи ягонаи ASx5LT пас аз инкубатсия бо E. coli, ки сохтори болоии ғайриоддиро нишон медиҳад. Бар 1 мкм-ро ифода мекунад.
Муайян кардани пайдарпаии генҳои 16S rRNA (рақами воридшавӣ MT636545.1) ба ҷустуҷӯи пойгоҳи додаҳо имкон медиҳад, ки пайдарпайии шабеҳи синфи Gammaproteobacteria муқаррар карда шаванд ва ба бактерияҳои баҳрӣ дар оилаи spirillum баҳрӣ наздиктаранд (Расми 2) ва аъзои насли Thalassolituus мебошанд. Наздиктарин хешованди Bacillus Marine. Пайдарпайии генҳои 16S rRNA аз бактерияҳои даррандае, ки ба оилаи Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) тааллуқ доранд, ба таври равшан фарқ мекунад. Муқоисаи дугонаи B. bacteriovorus HD100T (штамм, DSM 50701) ва B. bacteriovorus DM11A 48,4% ва 47,7% ва барои B. exovorus JSS 46,7% буд. Бактерияҳои ASxL5T 3 нусхаи гени 16S rRNA доранд, ки дутои онҳо ба ҳамдигар якхелаанд ва сеюми 3 асос аз ҳам ҷудо аст. Ду изолятҳои дигари бактерияҳои дарранда (ASx5S ва ASx5O; рақамҳои пайвастшавии генҳои 16S rRNA мутаносибан MT636546.1 ва MT636547.1 мебошанд) бо хусусиятҳои морфологӣ ва фенотипии як макон яксон нестанд, аммо онҳо аз ASxL5T ва Bacterialed фарқ мекунанд. пайдарпаии махзани маълумот дар якҷоягӣ бо дигар кластер наслҳо дар Oceanospirillaceae (расми 2). Тамоми пайдарпаии геномҳои ASxL5T дар пойгоҳи додаҳои NCBI муайян ва захира карда шудааст ва рақами пайвастшавӣ CP046056 мебошад. Геном ASxL5T аз хромосомаи даврашакл 2,831,152 bp бо таносуби G+C 56,1% иборат аст. Дар пайдарпаии геном 2653 CDS (ҳамагӣ) мавҷуд аст, ки аз онҳо 2567-тои онҳо барои рамзгузории сафедаҳо пешбинӣ шудаанд, ки 1596-тои онҳо метавонанд ҳамчун функсияҳои тахминӣ таъин карда шаванд (60,2%). Дар геном 67 генҳои рамзгузори РНК, аз ҷумла 9 рРНК (ҳар кадом 3-то барои 5S, 16S ва 23S) ва 57 tRNA мавҷуд аст. Хусусиятҳои геномии ASxL5T бо геномҳои мавҷудаи штаммҳои навъи нисбии наздиктарин аз пайдарпаии генҳои 16S rRNA муайяншуда муқоиса карда шуданд (Ҷадвали 2). Барои муқоиса кардани ҳамаи геномҳои дастраси Thalassolituus бо ASxL5T шахсияти аминокислотаҳо (AAI) -ро истифода баред. Наздиктарин пайдарпаии геномҳои дастрас (нопурра), ки аз ҷониби AAI муайян карда мешавад, Thalassolituus sp. C2-1 (илова кардани NZ_VNIL01000001). Ин штамм аз таҳшинҳои чуқури баҳри хандаи Мариана ҷудо карда шудааст, аммо дар айни замон маълумоти фенотипӣ дар бораи ин штамм барои муқоиса вуҷуд надорад. Дар муқоиса бо 2,82 Мб-и ASxL5T, геноми организм дар 4,36 Мб калонтар аст. Андозаи миёнаи геномҳои спирохетаҳои баҳрӣ тақрибан 4,16 Мб аст (± 1,1; n = 92 геноми мукаммали истинод аз https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly таҳқиқ карда шудааст), бинобар ин геноми ASxL5T бо Тартиб нисбат ба дигар аъзоён хеле хурд аст. GToTree 1.5.54-ро барои тавлиди дарахти эҳтимолии максималии филогенетикӣ дар асоси геном истифода баред (Расми 3А), бо истифода аз пайдарпаии аминокислотаҳои аминокислотаҳо мувофиқ ва пайвастшудаи 172 генҳои як нусхаи хоси Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16, 17, 18. Таҳлил нишон дод, ки он бо Thalassolituus, Plane Bacterium ва Bacterium Marine зич алоқаманд аст. Аммо, ин маълумотҳо нишон медиҳанд, ки ASxL5T аз хешовандонаш дар Marine Spirulina фарқ мекунад ва маълумоти пайдарпайии геноми он дастрас аст.
Дарахти филогенетикӣ бо истифода аз пайдарпаии генҳои 16S rRNA мавқеи штаммҳои ASxL5T, ASxO5 ва ASxS5 (бо рӯдаҳо) нисбат ба штаммҳои бактерияҳои коркарднашуда ва баҳриро дар Spirulinaceae Marine таъкид мекунад. Рақами ҳамроҳшавии Genbank пас аз номи штамм дар қавс меояд. Барои мувофиқ кардани пайдарпайҳо ClustalW-ро истифода баред ва усули эҳтимолияти ҳадди аксар ва модели Tamura-Nei-ро барои хулосабарории муносибатҳои филогенетикӣ истифода баред ва дар барномаи MEGA X 1000 такрори роҳнаморо иҷро кунед. Рақам дар филиал нишон медиҳад, ки арзиши нусхабардории роҳнамо аз 50% зиёдтар аст. Escherichia coli U/541T ҳамчун гурӯҳи берунӣ истифода мешуд.
$A) Дарахти филогенетикие, ки ба геном асос ёфтааст, муносибати байни бактерияи бахрии Spirospiraceae ASxL5T ва хешовандони наздики он, E. coli U 5/41T-ро хамчун гурухи берун нишон медихад. (B) Дар муқоиса бо T. oleivorans MIL-1T, тақсимоти категорияи функсионалии генҳо дар асоси кластери гурӯҳи ортоологии (COG) сафедаи ASx5LT пешбинӣ шудааст. Тасвири чап шумораи генҳоро дар ҳар як категорияи функсионалии COG дар ҳар як геном нишон медиҳад. Графикаи тарафи рост фоизи геномҳоро дар ҳар як гурӯҳи функсионалии COG нишон медиҳад. (C) Дар муқоиса бо T. oleiverans MIL-1T, таҳлили пурраи KEGG (Encyclopedia of Kioto of Gens and Genomes) роҳи модули ASxL5T.
Истифодаи пойгоҳи додаҳои KEGG барои тафтиш кардани генҳои ҷузъҳои дар геномҳои ASxL5T мавҷудбуда роҳи маъмулии метаболикии гамма Proteus аэробиро ошкор кард. ASxL5T дар маҷмӯъ 75 генро дар бар мегирад, ки ба сафедаҳои мотории бактериявӣ таъин шудаанд, аз ҷумла генҳое, ки дар химотаксис, монтажи флагелла ва системаи фимбрияҳои навъи IV иштирок мекунанд. Дар категорияи охирин, аз 10 ген 9-тои онҳо барои ҳаракати чархзании як қатор организмҳои дигар масъуланд. Дар геноми ASxL5T як роҳи мукаммали биосинтетикии тетрагидропиримидин мавҷуд аст, ки дар аксуламали муҳофизатӣ ба фишори осмотикӣ20, тавре ки барои галофилҳо пешбинӣ шудааст, иштирок мекунад. Геном инчунин дорои бисёр роҳҳои мукаммали кофакторҳо ва витаминҳо, аз ҷумла роҳҳои синтези рибофлавин мебошад. Гарчанде ки гени алкан 1-моноксигеназа (alkB2) дар ASxL5T мавҷуд аст, роҳи истифодаи карбогидрид пурра нест. Дар пайдарпаии геноми ASxL5T, гомологҳои генҳое, ки асосан барои таназзули карбогидридҳои T. oleiverans MIL-1T21 масъуланд, ба монанди TOL_2658 (alkB) ва TOL_2772 (дегидрогеназаи спиртӣ) баръало вуҷуд надоранд. Тасвири 3B муқоисаи тақсимоти генҳоро дар категорияи COG байни ASxL5T ва равғани зайтун MIL-1T нишон медиҳад. Дар маҷмӯъ, геномҳои хурдтари ASxL5T дар муқоиса бо геноми калонтари алоқаманд генҳои мутаносибан камтар аз ҳар як категорияи COG доранд. Вақте ки шумораи генҳо дар ҳар як категорияи функсионалӣ ҳамчун фоизи геном ифода карда мешавад, фарқиятҳо дар фоизи генҳо дар тарҷума, сохтори рибосомӣ ва категорияҳои биогенез ва категорияҳои истеҳсоли энергия ва функсияҳои табдилдиҳӣ, ки калонтар ASxL5T-ро ташкил медиҳанд, қайд карда мешаванд. геном Фоиз бо ҳамон гурӯҳе, ки дар геноми T. oleiverans MIL-1T мавҷуд аст, муқоиса карда мешавад. Баръакси ин, дар муқоиса бо геноми ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T фоизи бештари генҳоро дар категорияҳои репликатсия, рекомбинатсия ва таъмир ва транскрипсия дорад. Ҷолиб он аст, ки фарқияти калонтарин дар мундариҷаи ҳар як категорияи функсионалии ду геном шумораи генҳои номаълум дар ASxL5T мебошад (Расми 3B). Таҳлили ғанисозии модулҳои KEGG анҷом дода шуд, ки дар он ҳар як модули KEGG маҷмӯи воҳидҳои функсионалии ба таври дастӣ муайяншударо барои эзоҳ ва тафсири биологии маълумоти пайдарпайии геномҳо муаррифӣ мекунад. Муқоисаи тақсимоти генҳо дар роҳи пурраи модули KOG аз ASxL5T ва зайтун MIL-1T дар расми 3C нишон дода шудааст. Ин таҳлил нишон медиҳад, ки гарчанде ASxL5T дорои роҳи мукаммали мубодилаи сулфур ва нитроген аст, T. oleiverans MIL-1T надорад. Баръакси ин, T. oleiverans MIL-1T дорои роҳи мукаммали мубодилаи систеин ва метионин аст, аммо дар ASxL5T нопурра аст. Аз ин рӯ, ASxL5T дорои як модули хос барои азхудкунии сулфатҳо мебошад (ҳамчун маҷмӯи генҳо, ки метавонанд ҳамчун аломатҳои фенотипӣ, ба монанди қобилияти мубодилаи моддаҳо ё патогенӣ истифода шаванд; https://www.genome.jp/kegg/module.html) дар Т. Оливеран МИЛ-1Т. Муқоисаи мундариҷаи генҳои ASxL5T бо рӯйхати генҳое, ки тарзи ҳаёти даррандаро пешниҳод мекунанд, номумкин аст. Гарчанде ки гени waaL, ки лигазаро бо полисахариди антигени O ба ядро ​​рамзгузорӣ мекунад, дар геноми ASxL5T мавҷуд аст (аммо он дар бисёр бактерияҳои грам-манфӣ маъмул аст), генҳои триптофан 2,3-диоксигеназа (TDO) метавонанд 60 аминокислотаро дар бар гиранд. минтақаҳои кислотаҳо одатан дар бактерияҳои дарранда мавҷуданд, ки вуҷуд надоранд. Дар геномҳои ASxL5T дигар генҳои характери дарранда вуҷуд надоранд, аз ҷумла он ферментҳои рамзгузорие, ки дар биосинтези изопреноид дар роҳи мевалонат иштирок мекунанд. Аҳамият диҳед, ки дар гурӯҳи даррандаҳои тафтишшуда гени транскрипсияи танзимкунандаи gntR мавҷуд нест, аммо дар ASxL5T се гени ба gntR монандро муайян кардан мумкин аст.
Хусусиятҳои фенотипии ASxL5T дар ҷадвали 3 ҷамъбаст карда шудаанд ва бо хусусиятҳои фенотипии наслҳои алоқаманди 23, 24, 25, 26 ва 27 дар адабиёт гузориш дода шудаанд. Изолятҳои аз T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ва Oceanobacter kriegii фаъол, ба намак тобовар, ба оксидазаҳои мусбӣ ҷасади асоишакл мебошанд, вале бо ASxL5T тақрибан дигар хусусиятҳои фенотипӣ надоранд. Миқдори миёнаи рН-и уқёнус 8,1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) аст, ки дар T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ва О. криегй. ASxL5T барои диапазони калонтари рН (4-9) мувофиқ аст, ки ба намудҳои ғайри баҳрӣ хос аст. Хусусиятҳои фенотипии Thalassolituus sp. C2-1. Номаълум. Диапазони ҳарорати афзоиши ASxL5T одатан нисбат ба штаммҳои баҳрӣ (4–42 °C) васеътар аст, гарчанде ки баъзе изолятҳои T. marinus ба гармӣ таҳаммулпазиранд. Қобилияти парвариши ASxL5T дар васоити шӯрбо ба тавсифи минбаъдаи фенотипӣ монеъ шуд. API 20E-ро барои санҷиши маводҳои аз лавҳаи BA, ONPG, аргинин дигидролаза, лизин декарбоксилаза, истифодаи цитратҳо, уреаза, триптофан деаминаза, гидролизи желатин фермент истифода баред, натиҷаҳои санҷиш ҳама манфӣ буданд, аммо индол ва H2S истехсол карда шуданд. Ба карбогидратҳои ферментнашуда дохил мешаванд: глюкоза, манноза, инозитол, сорбитол, рамноза, сахароза, мелибиоза, амигдалин ва арабиноза. Дар муқоиса бо штаммҳои истинодҳои марбут ба нашршуда, профили кислотаи равғании ҳуҷайравии штамми ASxL5T дар ҷадвали 4 нишон дода шудааст. Кислотаҳои равғании асосии ҳуҷайравӣ C16:1ω6c ва/ё C16:1ω7c, C16:0 ва C18:1ω9 мебошанд. Кислотаҳои равғании гидрокси C12:0 3-OH ва C10:0 3-OH низ мавҷуданд. Таносуби C16:0 дар ASxL5T аз арзиши гузоришшудаи наслҳои алоқаманд баландтар аст. Баръакси ин, дар муқоиса бо гузориши T. marinus IMCC1826TT, таносуби C18:1ω7c ва/ё C18:1ω6c дар ASxL5T коҳиш ёфтааст. oleivorans MIL-1T ва O. kriegii DSM 6294T, вале дар B. sanyensis KCTC 32220T ошкор нашудааст. Муқоисаи профилҳои кислотаи равғании ASxL5T ва ASxLS фарқиятҳои нозук дар миқдори кислотаҳои равғании инфиродӣ байни ду штамм, ки ба пайдарпаии ДНК-и геномии як намуд мувофиқанд, ошкор карданд. Бо истифода аз санҷиши сиёҳи Судан ҳеҷ зарраҳои поли-3-гидроксибутират (PHB) ошкор карда нашуданд.
Фаъолияти пешгирикунандаи бактерияҳои ASxL5T барои муайян кардани доираи сайд омӯхта шуд. Ин бактерия метавонад дар намудҳои Campylobacter лавҳаҳо ташкил кунад, аз ҷумла: Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ва C. upsaliensis NCTC 11541T. Барои санҷидани доираи васеътари бактерияҳои грам-манфӣ ва грам-мусбат аз фарҳангҳое, ки дар бахши муайянкунии диапазони мизбон номбар шудаанд, истифода баред. Натиҷаҳо нишон медиҳанд, ки ASxL5T инчунин метавонад дар Escherichia coli NCTC 86 ва Citrobacter freundii NCTC 9750T истифода шавад. Плакаҳое, ки дар Klebsiella oxytoca 11466 ташкил шудаанд. Муносибати TEM бо E. coli NCTC 86 дар расми 4A-D нишон дода шудааст ва ҳамкорӣ бо Campylobacter jejuni PT14 ва Campylobacter suis S12 дар миёнаи расми 4E-H нишон дода шудааст. Механизми ҳамла байни навъҳои сайди санҷидашуда фарқ мекунад, ки як ё якчанд ҳуҷайраҳои E. coli ба ҳар як ҳуҷайраи ASxL5T часпонида шудаанд ва пеш аз адсорбсия дар паҳлӯи ҳуҷайраи васеъ ҷойгир шудаанд. Баръакс, ASxL5T ба Campylobacter тавассути як нуқтаи тамос пайваст мешавад, одатан дар тамос бо қуллаи ҳуҷайраи дарранда ва дар наздикии қуллаи ҳуҷайраи Campylobacter (Расми 4Н).
TEM таъсири мутақобилаи ASx5LT ва сайдро нишон медиҳад: (AD) ва E. coli сайд; (EH) ва C. jejuni сайд. $A) Як ҳуҷайраи маъмулии ASx5LT, ки ба як ҳуҷайраи E. coli (EC) пайваст аст; $B) ASx5LT-и нахдор, ки ба як ҳуҷайраи ягонаи EC пайваст карда шудааст; $C) Ячейкаи нахдори ASx5LT, ки ба якчанд ҳуҷайраҳои EC пайваст аст; (D) Замимаи ҳуҷайраҳои хурдтари ASx5LT дар як ҳуҷайраи E. coli (EC); $E) як ҳуҷайраи ягонаи ASx5LT, ки ба ҳуҷайраи Campylobacter jejuni (CJ) пайваст аст; (Е) ASx5LT ба ҳуҷайраҳои C. hyointestinalis (CH) ҳамла мекунад; (G) ду як ҳуҷайраи ASx5LT ба ҳуҷайраи CJ ҳамла карданд; (H) Намоиши наздики нуқтаи замимаи ASx5LT, дар наздикии қуллаи ҳуҷайраи CJ (бар 0,2 мкм). Бар 1 мкм дар (A–G) -ро ифода мекунад.
Бактерияҳои дарранда барои истифода аз манбаҳои зиёди сайд эволютсия шудаанд. Аён аст, ки онҳо дар бисёр муҳитҳои гуногун мавҷуданд. Аз сабаби танг будани шумораи аъзоёни популятсия имкон дорад, ки бактерияҳои ASxL5T-ро аз шлам бо усули ҷудокунии фаг ҷудо кунанд. Муносибати геномии ASxL5T ба аъзоёни оилаи oceanospirillaceae бактерияҳои баҳрӣ ҳайратовар аст, гарчанде ки организм ба намак таҳаммулпазир аст ва метавонад дар муҳити дорои намак 5% афзоиш ёбад. Тахлили сифати оби шлам нишон дод, ки таркиби хлориди натрий камтар аз 0,1 фоизро ташкил медихад. Аз ин рӯ, лой ҳам аз ҷиҳати ҷуғрофӣ ва ҳам аз ҷиҳати кимиёвӣ аз муҳити баҳр дур аст. Мавҷудияти се изолятсияи ба ҳам алоқаманд, вале гуногун аз як манбаъ шаҳодат медиҳад, ки ин даррандаҳо дар ин муҳити ғайри баҳрӣ рушд мекунанд. Илова бар ин, таҳлили микробиома (файлҳои маълумот аз https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 дастрас аст) нишон дод, ки ҳамон пайдарпаии генҳои 16S rRNA дар 50 таксони бештари амалиётӣ (OTU) ҷойгир аст. )^ар чанд фосилаи намунавии лой. Дар пойгоҳи додаҳои Genbank якчанд бактерияҳои бефарҳанг пайдо шуданд, ки дорои пайдарпаии генҳои 16S rRNA ба бактерияҳои ASxL5T мебошанд. Ин пайдарпайҳо дар якҷоягӣ бо пайдарпаии ASxL5T, ASxS5 ва ASxO5, ба назар чунин менамояд, ки кладҳои мухталифе, ки аз Thalassolituus ва Oceanobacter ҷудо шудаанд (расми 2). Се намуди бактерияҳои бефарҳанг (GQ921362, GQ921357 ва GQ921396) дар умқи 1,3 километр дар кони тиллои Африқои Ҷанубӣ дар соли 2009 ва дуи дигар (DQ256320 ва DQ3370) аз оби зеризаминӣ дар Африқои Ҷанубӣ (DQ3370) ҷудо карда шуданд. дар 2005). Пайдарпаии генҳои 16S rRNA, ки ба ASxL5T зич алоқаманд аст, як қисми пайдарпайи генҳои 16S rRNA мебошад, ки аз фарҳанги ғанисозии таҳшинҳои хокӣ аз соҳилҳои шимолии Фаронса дар соли 2006 гирифта шудааст (рақами воридшавӣ AM29240828). Боз як пайдарпаии генҳои 16S rRNA бо ҳам зич алоқаманд аз бактерияи бефарҳанг HQ183822.1 аз як зарфи ҷамъоварӣ, ки аз партовгоҳи мунисипалӣ дар Чин шуста шудааст, гирифта шудааст. Аён аст, ки бактерияҳои ASxL5T дар пойгоҳи додаҳои таксономӣ чандон намояндагӣ намекунанд, аммо ин пайдарпаии бактерияҳои бефарҳанг эҳтимолан организмҳои шабеҳи ASxL5T мебошанд, ки дар тамоми ҷаҳон, одатан дар муҳити душвор паҳн мешаванд. Аз тамоми таҳлили филогенетикии геном, наздиктарин нисбат ба ASxL5T Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ва O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus узви бактерияҳои облигати карбогидридҳои баҳрӣ (OHCB), ки дар муҳити баҳрӣ ва заминӣ паҳн шудааст ва одатан пас аз ифлосшавии карбогидридҳо бартарият дорад30,31. Бактерияҳои баҳрӣ аъзои гурӯҳи OHCB нестанд, аммо аз муҳити баҳр ҷудо шудаанд.
Маълумоти фенотипӣ нишон медиҳад, ки ASxL5T як намуди нав ва узви як ҷинси қаблан эътирофнашуда дар оилаи spirospiraceae баҳрӣ мебошад. Дар айни замон стандарти дақиқи тасниф кардани штаммҳои нав ҷудошуда ба насли нав вуҷуд надорад. Кӯшишҳо барои муайян кардани сарҳадҳои универсалии наслҳо анҷом дода шуданд, масалан, дар асоси фоизи геноми сафедаи консервативӣ (POCP), тавсия дода мешавад, ки арзиши бурида 50% ба штамми истинод33 якхела бошад. Дигарон истифодаи арзишҳои AAI-ро пешниҳод мекунанд, ки нисбат ба POCP бартарӣ доранд, зеро онҳоро аз геномҳои нопурра ба даст овардан мумкин аст34. Муаллиф чунин мешуморад, ки агар арзиши AAI дар муқоиса бо штамми намунавии намуди намунавӣ камтар аз 74% бошад, штамм намояндаи насли дигар аст. Насли намунавӣ дар spirillaceae баҳрӣ spirillum баҳрӣ ва штамми модели O. linum ATCC 11336T мебошад. Арзиши AAI байни ASxL5T ва O. linum ATCC 11336T 54,34% ва арзиши AAI байни ASxL5T ва T. oleivorans MIL-1T (штаммҳои навъи насл) 67,61% аст, ки ASxL5T як насли нав аз Thalas фарқ мекунад. Бо истифода аз пайдарпаии генҳои 16S rRNA ҳамчун стандарти тасниф, сарҳади пешниҳодшудаи делимитатсияи насл 94,5%35 аст. ASxL5T метавонад дар насли Thalassolituus ҷойгир карда шавад, ки 95,03% 16S rRNA-ро бо T. oleivorans MIL-1T ва 96,17% нишон медиҳад. marinus IMCC1826T. Бо вуҷуди ин, он инчунин дар ҷинси Bacteroides ҷойгир карда мешавад, ки дорои 94,64% генҳои 16S rRNA бо B. sanyensis NV9 мебошад, ки нишон медиҳад, ки истифодаи як ген ба монанди гени 16S rRNA метавонад ба тасниф ва таъини худсарона оварда расонад. Усули дигари пешниҳодшуда барои санҷиши кластеризатсияи нуқтаҳои маълумот аз ҳама намудҳо ва штаммҳои ғайринавбатии наслҳои мавҷуда ANI ва Genome Alignment Score (AF) -ро истифода мебарад. Муаллиф тавсия медиҳад, ки сарҳади ҷинсро бо нуқтаи гардиши ҷинси тахминии хоси таксонҳои таҳлилшаванда муттаҳид кунед. Аммо, агар пайдарпаии пурраи геномҳо аз изолятҳои Thalassolituus кофӣ набошад, бо ин усул муайян кардани он, ки ASxL5T ба насли Thalassolituus тааллуқ дорад, ғайриимкон аст. Аз сабаби мавҷудияти маҳдуди пайдарпайии пурраи геномҳо барои таҳлил, тамоми дарахти геноми филогенетикӣ бояд бо эҳтиёт тафсир карда шавад. Дуюм, усулҳои муқоисаи геномҳои умумӣ наметавонанд фарқияти ҷиддии андозаи геномҳои муқоисашударо ҳисоб кунанд. Онҳо шабоҳати генҳои ягонаи нусхабардории аслӣ дар байни наслҳои алоқамандро чен карданд, аммо шумораи зиёди генҳоро, ки дар геноми хеле хурдтари ASxL5T мавҷуд нестанд, ба назар нагирифтанд. Аён аст, ки ASxL5T ва гурӯҳҳо, аз ҷумла Thalassolituus, Oceanobacter ва Bacterioplanes як аҷдоди умумӣ доранд, аммо эволютсия роҳи дигарро пеш гирифта, боиси коҳиши геном шудааст, ки метавонад ба тарзи ҳаёти дарранда мутобиқ шавад. Ин дар муқоиса бо T. oleivorans MIL-1T, ки 28% калонтар аст ва дар зери фишорҳои гуногуни муҳити зист барои истифодаи карбогидридҳо эволютсия шудааст23,30. Муқоисаи ҷолибро бо паразитҳои ҳатмӣ ва симбионтҳои дохили ҳуҷайра, аз қабили Rickettsia, Chlamydia ва Buchnera кардан мумкин аст. Андозаи геноми онҳо тақрибан 1 Мб аст. Қобилияти истифодаи метаболитҳои ҳуҷайраҳои мизбон ба талафоти ген оварда мерасонад, аз ин рӯ ба таназзули назарраси эволютсионии геномӣ дучор шуд. Тағйироти эволютсионалӣ аз организмҳои ғизоии кимиёвии баҳрӣ ба тарзи ҳаёти дарранда метавонад ба коҳиши шабеҳи андозаи геном оварда расонад. Таҳлили COG ва KEGG шумораи генҳоеро, ки барои вазифаҳои мушаххас истифода мешаванд ва фарқиятҳои глобалии роҳҳои геномии байни ASxL5T ва T. oleivorans MIL-1T, ки ба мавҷудияти васеъи унсурҳои генетикии мобилӣ вобаста нестанд, таъкид мекунад. Тафовут дар таносуби G+C-и тамоми геноми ASxL5T 56,1% ва T. oleivorans MIL-1T 46,6% аст, ки ин ҳам аз ҷудо шудани он шаҳодат медиҳад.
Баррасии мундариҷаи рамзгузории геномҳои ASxL5T дар бораи хусусиятҳои фенотипӣ фаҳмиши функсионалӣ медиҳад. Мавҷудияти генҳое, ки навъи IV fimbriae (Tfp)-ро рамзгузорӣ мекунанд, таваҷҷӯҳи хоса дорад, зеро онҳо ба ҳаракати ҳуҷайраҳо мусоидат мекунанд, ки ба ҳаракати иҷтимоъӣ ё ларзиш номида мешаванд, бидуни флагелла дар рӯи замин. Тибқи гузоришҳо, Tfp вазифаҳои дигар дорад, аз ҷумла дарранда, патогенез, ташаккули биофилм, азхудкунии табиии ДНК, ҷамъшавии автоматии ҳуҷайра ва рушд38. Дар геноми ASxL5T 18 ген мавҷуд аст, ки дигуанилатсиклазаро рамзгузорӣ мекунад (ферменте, ки табдили 2 гуанозинтрифосфатро ба гуанозин 2 фосфат ва diGMP-и сиклиро катализатор мекунад) ва 6 генро рамзгузорӣ мекунад, ки дигуанилатсиклазаи дигуанилатсиклазаи мувофиқро рамзгузорӣ мекунад. Ген барои эстераз (катализатори таназзули сиклии ди-GMP ба гуанозин монофосфат) ҷолиб аст, зеро cycl-di-GMP як паёмбари муҳими дуюм аст, ки дар таҳия ва ҷудошавӣ, ҳаракат, замимаи ҳуҷайраҳо ва вирусентии 39, 40 дар раванд иштирок мекунад. Инчунин бояд қайд кард, ки дар Bdellovibrio bacteriovorus GMP-и дугонаи даврӣ барои назорат кардани гузариш байни ҳаёти озод ва тарзи ҳаёти дарранда нишон дода шудааст41.
Аксари тадқиқотҳо оид ба бактерияҳои дарранда ба организмҳои Bdellovibrio, Bdellovibrio ва намудҳои Myxococcus тамаркуз кардаанд. Ин ва дигар мисолҳои маълуми бактерияҳои дарранда як гурӯҳи гуногунро ташкил медиҳанд. Сарфи назар аз ин гуногунрангӣ, маҷмӯи оилаҳои сафедаи хос, ки фенотипҳои 11 бактерияи даррандаро инъикос мекунанд, муайян карда шудаанд3,22. Бо вуҷуди ин, танҳо генҳое муайян карда шудаанд, ки лигазаи O antigen (waaL) -ро рамз мекунанд, ки махсусан дар бактерияҳои грам-манфӣ маъмул аст. Ин шакли таҳлил барои таъин кардани ASxL5T ҳамчун дарранда муфид нест, эҳтимол аз он ки он стратегияи ҳамлаи навро истифода мебарад. Мавҷудияти геномҳои гуногуни бактериявии дарранда ба таҳияи таҳлилҳои дақиқтаре кӯмак хоҳад кард, ки далелҳои фарқиятҳои функсионалӣ ва экологиро дар байни аъзоёни гурӯҳ ба назар мегиранд. Намунаҳои бактерияҳои даррандае, ки ба ин таҳлил дохил карда нашудаанд, аъзоёни Cupriavidus necator42 ва Bradymonabacteria43 мебошанд, зеро вақте ки тадқиқотчиён ҷомеаҳои гуногуни микробҳоро таҳқиқ мекунанд, таксонҳои дарранда бештар пайдо мешаванд.
Хусусияти барҷастаи бактерияҳои ASxL5T, ки тавассути тасвири TEM гирифта шудааст, морфологияи беназир ва чандири он мебошад, ки метавонад ҳамкорӣ бо бактерияҳои сайдро мусоидат кунад. Навъи мутақобилаи мушоҳидашуда аз дигар бактерияҳои дарранда фарқ мекунад ва қаблан кашф ё гузориш нашудааст. Давраи зиндагии даррандаи ASxL5T дар расми 5 нишон дода шудааст. Дар адабиёти дорои сохторҳои апикалӣ, ки мо дар ин ҷо гузориш медиҳем, чанд намуна вуҷуд дорад, аммо ба ин мисолҳо Terasakiispira papahanaumokuakeensis, бактерияи spirillum баҳрӣ бо васеъшавии баъзан дар қуллаи 44 ва Alphaproteobsakeria, Terasakiispira papahanaumokuakeensis дохил мешаванд. , пештар ба насл мансуб буд Oceanospirillum, намоишгари "Плёнкаи қутбӣ" 45. Шаклҳои коккҳо аксар вақт дар фарҳангҳои кӯҳна мушоҳида мешаванд, махсусан барои бактерияҳои шаклҳои каҷ, ба монанди Vibrio, Campylobacter ва Helicobacter 46, 47, 48, ки метавонанд ҳолати таназзулро нишон диҳанд. Барои аник кардани давраи зиндагии бактерияҳои ASxL5T кори минбаъда лозим аст. Муайян кардани он, ки он чӣ гуна забт мекунад ва сайд мекунад ва оё геноми он пайвастагиҳои аз ҷиҳати биологӣ фаъолро рамзгузорӣ мекунад, ки метавонанд барои мақсадҳои тиббӣ ё биотехнологӣ истифода шаванд.
Тавсифи Venatorbacter gen. Ноябр Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. иборат аст аз venators L. n. venator,'hunter' ва Gr. n. bacter,'a rod'. Venatorbacter,'a шикор Род' Ҳуҷайраҳо аэробӣ, ба намак таҳаммулпазиранд, доғи Грам-манфӣ, чӯби машқҳо ва оксидазаҳо мусбатанд. PHB дар ҳарорати аз 4 то 42 °C ҷамъ намешавад :1ω7c, C16:0 ва C18:1ω9 C12:0 3-OH ва C10: 0 3-OH ҳамчун кислотаҳои равғании гидрокси пайдо мешаванд, ки таркиби DNA G + C 56,1 мол% -ро ташкил медиҳад. Мавқеи филогенетикии ин насл дар оила аст.
Тавсифи Venatorbacter cucullus sp. Ноябр Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus маънои одилонаро дорад).
Илова бар ин, хусусияти тавсифии ин ҷинс дар он аст, ки ҳангоми парвариш дар BA ё BHI ҳуҷайраҳо 1,63 мкм дарозӣ ва 0,37 мкм васеъ мебошанд. Колонияҳои BHI агар хеле хурд буда, пас аз 72 соат диаметрашон ба 2 мм мерасад. Онҳо беж, шаффоф, мудаввар, барҷаста ва тобнок мебошанд. Аъзоёни ин намуд метавонанд Escherichia coli ва Klebsiella -ро истифода баранд. Campylobacter ва якчанд бактерияҳои дигар грам-манфӣ ҳамчун сайд хизмат мекунанд.
Штамми маъмулии ASxL5T аз шири гов дар Ноттингемшири Британияи Кабир ҷудо карда шуд ва дар Коллексияи Миллии Намуди Фарҳанг (Бритониё) нигоҳ дошта шуд: рақами пайвастшавӣ NCTC 14397 ва Маҷмӯаи фарҳанги бактериявии Ҳолланд (NCCB) рақами пайвастшавӣ NCCB 100775. пайдарпаии пурраи геномиASxL5 ба генбанк мувофики илова гузошта шудааст CP046056.
Бактерияҳои ASxL5T аз шири гов бо истифода аз технологияи изолятсияи фаг ҷудо карда шуданд9,49. Шиша дар буфери SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 М NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O ва 0.01% желатин 1: 9 (в/в) омехта карда шуд; Сигма Олдрих, Гиллингем, Британияи Кабир), Сипас инкубатор дар 4°С дар давоми 24 соат, оҳиста давр зада, барои элюта даррандаҳо ба буфер. Суспензия дар 3000 г барои 3 дақиқа центрифуга карда шуд. Миқдори супернатант ҷамъоварӣ карда шуд ва дар 13000 г бори дуюм барои 5 дақиқа центрифуга карда шуд. Пас аз он супернатант аз филтри мембранаи 0,45 микрон (Минисарт; Сарториус, Готтинген, Олмон) ва филтри мембранаи 0,2 микрон (Минисарт) барои нест кардани ҳама ҳуҷайраҳои бактериявии боқимонда гузаронида шуд. ASxL5T метавонад аз ин филтрҳо гузарад. Майдони нарми агар аз Campylobacter enterosus S12 (рақами пайвасти NCBI CP040464) аз ҳамон шлам бо истифода аз усулҳои стандартӣ омода карда шуд. Шӯрбои филтршуда дар ҳар яке аз ин плитаҳои ҳуҷайраи мизбон дар қатраҳои 10 мкл дар се нусха тақсим карда шуд ва барои хушк шудан иҷозат дода шуд. Плита дар зарфи микроаэрофилӣ дар ҳарорати 37°С дар давоми 48 соат дар шароити микроаэробӣ (5% O2, 5% H2, 10% CO2 ва 80% N2) инкубатсия карда шуд. Плакаи намоёни ба даст овардашуда ба буфери SM истихроҷ карда шуд ва ба майдончаи тару тозаи C. hyointestinalis S12 интиқол дода шуд, то организмҳои лизишударо минбаъд паҳн кунанд. Пас аз он ки муайян карда мешавад, ки бактерияҳо сабаби лавҳаи литикӣ мебошанд, на фаг, кӯшиш кунед, ки организмро новобаста аз мизбон афзоиш диҳед ва минбаъд онро тавсиф кунед. Фарҳанги аэробӣ дар 37 °C бо 5% хуни дефибринишудаи асп (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, илова) гузаронида шуд. Тибқи дастурҳои Кумитаи миллии стандартҳои клиникӣ, усули диффузияи диск барои санҷиши ҳассосияти бактериявӣ истифода мешавад. Агар BHI дар ҳарорати 37 °C бо истифода аз диски дорои антибиотикҳои зерин (Oxoid) барои парвариши аэробӣ парвариш карда шуд: амоксициллин ва кислотаи клавуланӣ 30 мкг; цефотаксим 30 мкг; стрептомицин 10 мкг; ципрофлоксацин 5 мкг; Цефтазидим 30 мкг кислотаи налидиксий 30 мкг; Имипенем 10 мкг; Азитромицин 15 мкг; хлорамфеникол 30 мкг; Цефокситин 30 мкг; тетрациклин 30 мкг; нитрофурантоин 300 мкг; Азтреонам 30 мкг; ампициллин 10 мкг; Цефподоксим 10 мкг; Триметоприм-Сульфаметоксазол 25 мкг. Таҳаммулпазирии намак тавассути инкубатсияи аэробӣ дар плитаҳои агар BHI дар 37 °C муқаррар карда шуд. Ба лавҳаҳои агар BHI NaCl илова карда шуд, то диапазони консентратсияи то 10% в/в таъмин карда шавад. Диапазони рН тавассути фарҳанги аэробӣ дар лавҳаҳои агар BHI дар 37°C муайян карда мешавад, ки дар он диапазони рН аз 4 то 9 бо HCl хушкида ё NaOH хушкида танзим карда шудааст ва арзиши мақсадноки рН пеш аз рехтани табақ тасдиқ карда мешавад. Барои таҳлили кислотаи равғании ҳуҷайра, ASxL5T дар BHI агар барои 3 рӯз ва аэробӣ дар 37 °C парвариш карда шуд. Мувофиқи протоколи стандартии MIDI (Шерлок Microbial Identification System, версияи 6.10) аз FERA Science Ltd, (Йорк, Британияи Кабир), кислотаҳои равғании ҳуҷайра истихроҷ, омода ва таҳлил карда шуданд.
Барои TEM, ASxL5T бо роҳи паҳншавии яксон дар BA дар 37 ° C барои 24 соат аэробӣ парвариш карда шуд ва сипас ба 1 мл глутаральдегиди 3% (ҳаҷм / ҳаҷм) дар буфери 0,1 М какодилат дар ҳарорати хонагӣ ҷамъоварӣ карда шуд. 1 соат ислоҳ кунед, сипас центрифуга кунед. дар 10000 г барои 3 дақиқа. Пас аз он, бодиққат пеллетро дар буфери 600 мкл 0,1 М какодилат боздоред. Таваққуфи собит ASxL5T-ро ба плёнкаи Formvar/карбон дар шабакаи миси 200 тор интиқол диҳед. Бактерияҳо бо 0,5% (w/v) уранил ацетат барои 1 дақиқа ранг карда шуданд ва тавассути TEM бо истифода аз микроскопи TEI Tecnai G2 12 Biotwin тафтиш карда шуданд. Тавре ки дар боло зикр гардид, ҳамон миқдори сайд ва даррандаро дар шўрбои NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) муттаҳид кунед ва дар давоми 48 соат дар шароити микроаэробии Campylobacter ё Campylobacter дар ҳарорати 37°C инкубатор кунед. аз ҷониби TEM низ тафтиш карда шуд. Шароити аэробӣ барои Escherichia coli. Барои муайян кардани ҳама гуна тағирот дар морфологияи ҳуҷайра аз сабаби дарранда бактерияҳои сайд ва даррандаро мустақилона тафтиш кунед. Усули сиёҳи Судон барои микроскопияи оптикии ҷамъшавии PHB истифода шудааст.
Фарҳангҳои ASxL5T-ро дар як шабонарӯз тавассути пошидани афзоиш дар плитаҳои BHI ё BA бо тампони хушкида парвариш кунед. Ҳуҷайраҳои ASxL5T-ро ҷамъ кунед ва онҳоро дар MRD (CM0733, Oxoid) боздоред ва сипас онҳоро дар 4°C барои 7 рӯз барои гуруснагии ҳуҷайраҳо ҷойгир кунед. Маълумоти NCTC ё фарҳанги бактериявии лабораторӣ ба шўрбои BHI ё шўрбои ғизоии № 2 (CM007, Oxoid) пошида, шабона инкубатсия карда, дар 13,000 г центрифуга карда шуд ва дар MRD то 0,4 OD600 дубора боздошта шуд. Фарҳанг: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella6nosty1, Lebsiella6411 10817, Listeria бактерияҳои махсус NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, гамбургери зериобии Rhodococcus NCTC 1621T, бактерияҳои NCTC 1621T, Moncillus NCTC74 дар Salmonella4 NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Хости Campylobacter ба таври микроаэробӣ дар лавҳаҳои BA дар ҳарорати 37°C ва дар 37°C нигоҳ дошта шуд. Хостҳои озмоишшудаи Campylobacter инҳоянд: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458NC5, C1. PT14, C... Ҳуҷайраҳоро дар MRD ҷамъ кунед, дар 13,000 г центрифуга кунед ва дар MRD то OD600 0,4 бошад. Ба агар 5 мл гудохташудаи NZCYM боло (0,6% агар) аликвоти 0,5 мл суспензия илова кунед ва онро ба табақи поёнии 1,2% NZCYM рехт. Пас аз муолиҷа ва хушккунӣ, ASxL5T ба таври пайдарпай омехташуда ҳамчун қатраҳои 20 мкл дар ҳар як тахтаи газон дар се нусха тақсим карда шуд. Ҳарорати фарҳанг ва атмосфера аз талаботи бактерияҳои санҷишӣ вобаста аст.
Барои тайёр кардани ДНК аз изолятҳои бактериявӣ GenElute™ DNA-и бактериявии геномӣ (Sigma Aldridge) -ро истифода баред. Усулҳои стандартӣ барои тақвияти PCR гени 16S rRNA ва муайян кардани пайдарпаии маҳсулот бо истифода аз химияи қатъкунии рангҳо (Eurofins Value Read Service, Олмон) истифода шуданд. Барномаи BLAST-N-ро барои муқоисаи ин пайдарпаӣ бо дигар пайдарпаии генҳои 16S rRNA барои муайян ва ҷамъоварии намудҳои ба ҳам наздик истифода баред. Инҳо бо истифода аз ClustalW дар барномаи MEGA X мувофиқ карда мешаванд. Дарахти филогенетикӣ бо истифода аз MEGA X бо истифода аз усули эҳтимолияти ҳадди аксар дар асоси модели Tamura-Nei бо 1000 нусхаи роҳнамоӣ барқарор карда шуд54. Маҷмӯаи DNA Genomic PureLink ™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) барои истихроҷи ДНК барои пайдарпайии тамоми геномро истифода баред. пайдарпаии геномии ASxL5T бо истифода аз комбинатсияи Illumina MiSeq муайян карда шуд, ки аз 250 бит хондани дутарафа иборат аст, ки аз китобхонаи бо истифода аз маҷмӯаи тамғагузории Nextera омодашуда ва хондани дарозии 2 то 20 кб аз платформаи PacBio иборат аст. Муассисаи тадқиқотии пайдарпайии ДНК дар Донишгоҳи Сембия. Геном бо истифода аз CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Орхус, Дания) ҷамъ карда шуд. Фарҳангҳои ASxL5T дар Маҷмӯаи фарҳанги навъи миллӣ (Бритониё) ва Маҷмӯаи фарҳанги бактериявии Ҳолланд (NCCB) нигоҳ дошта мешаванд. Геномҳои организмҳои алоқаманде, ки барои муқоиса истифода мешаванд, инҳоянд: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (рақами вуруди HF680312, пурра); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (рақами пайвастшавӣ BMYY01000001, нопурра); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (рақами пайвастшавӣ NZ_AUGV00000000, нопурра); Ҷамъияти Marinamonas DSM 5604T (иловашуда ASM436330v1, нопурра), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (иловашуда MTSD02000001, нопурра) ва Thalassolituus sp. C2-1 (илова кардани NZ_VNIL01000001, нопурра). JGI Genome Portal36-ро дар https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= барои муайян кардани холҳои мутобиқшавӣ (AF) ва шахсияти миёнаи кислотаи нуклеинӣ (ANI) истифода баред. Дар ҷуфтҳо. Усули Rodriguez-R & Konstantinidis55 барои муайян кардани шахсияти аминокислотаҳо (AAI) истифода шудааст. GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18-ро барои тавлиди дарахти филогенетикии эҳтимолии максималӣ истифода баред. Геномҳои воридотӣ, ки геноми истинодҳои дастрасро намояндагӣ мекунанд, аз наслҳои истинод интихоб карда мешаванд, ки бо ASxL5T аз филогенияи 16S rRNA алоқаманданд. Бо истифода аз абзори интерактивии дарахти ҳаёт (https://itol.embl.de/) дарахтро шарҳ дод. Аннотация ва таҳлили функсионалии геноми ASxL5T бо истифода аз абзори онлайни BlastKOALA KEGG бо истифода аз тақсимоти ғанисозии модули KEGG (Encyclopedia of Kioto of Genes and Genomes) анҷом дода мешавад. Тақсимоти категорияҳои COG (гурӯҳҳои орфологӣ) бо истифода аз асбоби онлайни eggNOG-mapper муайян карда мешавад.
Перес, Ҷ., Мораледа-Муноз, А., Маркос-Торрес, ФЖ ва Муноз-Дорадо, Ҷ. Даррандаи бактериявӣ: 75 сол ва он идома дорад! . муҳити зист. микроорганизм. 18, 766–779 (2016).
Линарес-Отойа, Л. ва ғайра. Гуногунӣ ва потенсиали зиддибактериалии бактерияҳои дарранда дар соҳили Перу. Доруҳои март. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Пастернак, З. Тавассути генҳои онҳо, шумо онҳоро мефаҳмед: хусусиятҳои геномии бактерияҳои дарранда. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Сокетт, RE Тарзи ҳаёти даррандаи бактериофаги Бделловибрио. насб кунед. Микробҳои пастор. 63, 523–539 (2009).
Корп, Ҷ., Вела Гурович, MS & Nett, M. Антибиотикҳо аз бактерияҳои дарранда. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Ҷонке, Ҷ., Фрауне, С., Бош, TCG, Ҳентшел, У. & Шуленбург, Х. Бделловибрио ва организмҳои шабеҳ пешгӯиҳои гуногунии микробиомаҳо дар популятсияҳои гуногуни мизбон мебошанд. микроорганизм. Экология. 79, 252–257 (2020).
Вила, Ҷ., Морено-Моралес, Ҷ. ва Баллесте-Делпьер, С. Ҳолати кунунии агентҳои нави антибактериалиро кашф кунед. клиникӣ. микроорганизм. Сироят кардан. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Хобли, Л. Даррандаи дугонаи фаг ва фаг метавонад сайди E. coli-ро бе ягон дарранда нест кунад. J. Бактерияҳо. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Шумораи кампилобактерҳо ва бактериофагҳо, ки дар давраи ғизодиҳии чӯҷаҳои озод ва органикӣ ҷудо карда шудаанд. Муҳити барнома. микроорганизм. 71, 1259–1266 (2005).
Вилкинсон, DA ва ғайра. Навсозии таксономия ва эпидемиологияи хукҳои Campylobacter. илм. Намояндаи 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Ли, MD GToTree: Ҷараёни кории барои корбар дӯстона барои геномикаи системаҳо. Биоинформатика 35, 4162–4164 (2019).
Эдгар, RC MUSCLE: Усули ҳамоҳангсозии пайдарпай, ки мураккабии вақт ва фазоро коҳиш медиҳад. Маълумоти биологии BMC. 5, 113 (2004).
Капелла-Гутьеррес, С., Силла-Мартинес, ҶМ ва Габалдон, Т. ТримАл: Асбоб барои ҳамоҳангсозии автоматӣ ва буридан дар таҳлили миқёси филогенетикӣ. Биоинформатика 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, генҳои EC ва тарҷумаи пайдарпаии метагеномикӣ пешгӯии сайтро оғоз мекунанд. Биоинформатика 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Маҷмӯаи таснифоти байниплатформавӣ ва самараноки NCBI. Bio Rxiv. (1 июни соли 2021 дастрас шудааст); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Нарх, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-дарахти тахминии эҳтимолии ҳадди аксар бо ҳамбастагии калон. PLoS One 5, e9490 (2010).
Танге, O. GNU параллелӣ. (1 июни соли 2021 дастрас шудааст); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Канехиса, М. & Гото, S. KEGG: Энсиклопедияи Киото генҳо ва геномҳо. Тадқиқоти кислотаи нуклеинӣ. 28, 27-30 (2000).
Чехия, Л. ва ғ. Нақши экстремолитҳои эктоин ва гидроксиэктоин ҳамчун муҳофизони стресс ва маводи ғизоӣ: генетика, геномикаи система, биохимия ва таҳлили сохторӣ. Ген (Базел). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Грегсон, Б.Х., Методиева, Г., Методиев, М.В., Голышин, П.Н. & МакКев, Б.А. Ифодаи дифференсиалии протеин ҳангоми афзоиши бактерияи облигати карбогидридҳои баҳрии Thalassolituus oleivorans MIL-1 ҳангоми афзоиши алканҳои занҷири миёна ва дароз. пеш. микроорганизм. 9, 3130 (2018).
Пастернак, З., Бен Сассон, Т., Коэн, Ю., Сегев, Е. ва Юркевич, Е. Усули нави муқоисавии геномикӣ барои муайян кардани нишондиҳандаҳои мушаххаси фенотипӣ мероси мушаххасро дар аломати бактерияҳои дарранда ошкор мекунад. Китобхонаи илмии оммавӣ 1. 10. e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Якимов, М.М ва гайра гени Thalassolituus oleivorans. Ноябр, сп. нов, навъи нави бактерияхои бахрй, ки ба истифодаи карбогидридхо тахассус ёфтааст. интернационалй. J. Система. эволютсия. микроорганизм. 54, 141–148 (2004).
Ван, Ю., Ю, М., Лю, Ю., Янг, X. & Чжан, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Ноябр, сп. Дар моҳи ноябр, он аз оби баҳре, ки дар Уқёнуси Ором дар ҷануби Уқёнуси Ором давр мезанад, ҷудо шуд. интернационалй. J. Система. эволютсия. микроорганизм. 66, 5010–5015 (2016).