แบคทีเรียชนิดใหม่ของแบคทีเรีย ASxL5T ที่เป็นแกรมลบ แอโรบิก ทนเกลือ แอคทีฟ รูปแท่ง และนักล่า ถูกแยกได้จากบ่อมูลวัวในนอตติงแฮมเชียร์ ประเทศอังกฤษ และใช้ Campylobacter เป็นเหยื่อ ต่อมา Campylobacter สายพันธุ์อื่นและสมาชิกของตระกูล Enterobacteriaceae ถูกค้นพบว่าเป็นเหยื่อ หลังจากการเพาะเลี้ยงย่อยโดยไม่มีเซลล์เจ้าบ้าน การเจริญเติบโตแบบปลอดเชื้ออย่างอ่อนก็เกิดขึ้นได้ใน Brain Heart Infusion Agar สภาวะการเจริญเติบโตที่เหมาะสมที่สุดคือ 37 °C และ pH อยู่ที่ 7 กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านเผยให้เห็นลักษณะทางสัณฐานวิทยาที่ผิดปกติอย่างมากที่เกี่ยวข้องกับความพร้อมของเหยื่อ การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการโดยใช้ลำดับยีน 16S rRNA ระบุว่าไอโซเลทนั้นเกี่ยวข้องกับสมาชิกของตระกูลสาหร่ายเกลียวทองมารีน แต่ไม่สามารถจำแนกได้อย่างชัดเจนว่าเป็นสมาชิกในสกุลใดๆ ที่รู้จัก การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของ ASxL5T ยืนยันความสัมพันธ์กับสมาชิกของสไปโรเชตทางทะเล การค้นหาฐานข้อมูลพบว่า ASxL5T หลายตัวใช้ลำดับยีน 16S rRNA ร่วมกันกับแบคทีเรียที่ไม่ได้เพาะเลี้ยงหลายชนิดจากมหาสมุทร ผิวดิน และน้ำใต้ดิน เราแนะนำว่าสายพันธุ์ ASxL5T แสดงถึงสายพันธุ์ใหม่ในสกุลใหม่ เราขอแนะนำชื่อ Venatorbacter cucullus gen. พฤศจิกายน ส.ค. ในเดือนพฤศจิกายน ASxL5T ถูกใช้เป็นสายพันธุ์ชนิด
แบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารคือแบคทีเรียที่แสดงความสามารถในการตามล่าและฆ่าแบคทีเรียที่มีชีวิตอื่นๆ เพื่อให้ได้วัสดุและพลังงานสังเคราะห์ทางชีวภาพ สิ่งนี้แตกต่างจากการนำสารอาหารกลับคืนโดยทั่วไปจากจุลินทรีย์ที่ตายแล้ว และยังแตกต่างจากปฏิกิริยาของปรสิตด้วย ซึ่งแบคทีเรียจะสร้างความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับโฮสต์ของพวกมันโดยไม่ฆ่าพวกมัน แบคทีเรียนักล่ามีการพัฒนาวงจรชีวิตที่แตกต่างกันเพื่อใช้ประโยชน์จากแหล่งอาหารที่อุดมสมบูรณ์ในช่องที่พบพวกมัน (เช่น แหล่งที่อยู่อาศัยในทะเล) พวกมันเป็นกลุ่มที่มีความหลากหลายทางอนุกรมวิธาน ซึ่งเชื่อมโยงกันด้วยวงจรชีวิตการฆ่าเชื้อที่เป็นเอกลักษณ์ของพวกมันเท่านั้น1 ตัวอย่างของแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารพบได้ในไฟลาหลายชนิด รวมถึง: โปรตีโอแบคทีเรีย แบคทีเรียแบคเทอรอยเดส และคลอเรลลา3. อย่างไรก็ตาม แบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นที่ได้รับการศึกษาเป็นอย่างดีที่สุดคือ Bdellovibrio และ Bdellovibrio-and-like (BALOs4) แบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารเป็นแหล่งที่มีแนวโน้มของสารประกอบออกฤทธิ์ทางชีวภาพและสารต้านแบคทีเรียชนิดใหม่
เชื่อกันว่าแบคทีเรียนักล่าจะช่วยเพิ่มความหลากหลายของจุลินทรีย์และส่งผลเชิงบวกต่อสุขภาพของระบบนิเวศ ผลผลิต และเสถียรภาพ6 แม้จะมีคุณลักษณะเชิงบวกเหล่านี้ แต่ก็มีการศึกษาเพียงไม่กี่ครั้งเกี่ยวกับแบคทีเรียนักล่าชนิดใหม่ เนื่องจากความยากลำบากในการเพาะเลี้ยงแบคทีเรีย และความจำเป็นในการสังเกตปฏิกิริยาของเซลล์อย่างรอบคอบเพื่อทำความเข้าใจวงจรชีวิตที่ซับซ้อนของพวกมัน ข้อมูลนี้ไม่ใช่เรื่องง่ายที่จะได้รับจากการวิเคราะห์ด้วยคอมพิวเตอร์
ในยุคของการดื้อต่อยาต้านจุลชีพที่เพิ่มขึ้น กำลังศึกษากลยุทธ์ใหม่ในการกำหนดเป้าหมายเชื้อโรคจากแบคทีเรีย เช่น การใช้แบคทีริโอฟาจและแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหาร7,8 แบคทีเรีย ASxL5T ถูกแยกได้ในปี 2019 โดยใช้เทคโนโลยีการแยกฟาจจากมูลโคที่เก็บจาก Dairy Centre ของมหาวิทยาลัยนอตติงแฮม เมืองนอตติงแฮมเชอร์ วัตถุประสงค์ของการสืบสวนคือเพื่อแยกสิ่งมีชีวิตที่มีศักยภาพในการเป็นสารควบคุมทางชีวภาพ Campylobacter hyointestinalis เป็นเชื้อก่อโรคจากสัตว์สู่คนซึ่งสัมพันธ์กับโรคในลำไส้ของมนุษย์มากขึ้น มีอยู่ทั่วไปในซีรั่มและใช้เป็นโฮสต์เป้าหมาย
แบคทีเรีย ASxL5T ถูกแยกได้จากเยลลี่เนื้อ เนื่องจากพบว่าแผ่นโลหะที่ก่อตัวบนสนามหญ้าของ C. hyointestinalis มีความคล้ายคลึงกับที่ผลิตโดยแบคทีเรีย นี่เป็นการค้นพบที่ไม่คาดคิด เนื่องจากส่วนหนึ่งของกระบวนการแยกฟาจเกี่ยวข้องกับการกรองผ่านตัวกรองขนาด 0.2 µm ซึ่งออกแบบมาเพื่อกำจัดเซลล์แบคทีเรีย การตรวจด้วยกล้องจุลทรรศน์ของวัสดุที่สกัดจากแผ่นโลหะพบว่าแบคทีเรียรูปร่างแท่งโค้งแกรมลบขนาดเล็กไม่สะสมโพลีไฮดรอกซีบิวทีเรต (PHB) การเพาะเลี้ยงแบบปลอดเชื้อที่ไม่ขึ้นกับเซลล์เหยื่อจะเกิดขึ้นได้บนอาหารแข็งที่มีความเข้มข้นสูง (เช่น วุ้นการแช่หัวใจในสมอง (BHI) และวุ้นเลือด (BA)) และการเจริญเติบโตของมันอ่อนแอ ได้หลังจากการเพาะเลี้ยงย่อยด้วยการปรับปรุงหัวเชื้อหนัก เจริญเติบโตได้ดีพอๆ กันภายใต้สภาวะออกซิเจนไมโครแอโรบิก (ออกซิเจน 7% โดยปริมาตร/ปริมาตร) และสภาวะออกซิเจนในบรรยากาศ แต่ไม่ได้อยู่ในบรรยากาศแบบไม่ใช้ออกซิเจน หลังจากผ่านไป 72 ชั่วโมง เส้นผ่านศูนย์กลางของอาณานิคมมีขนาดเล็กมากถึง 2 มม. และมีลักษณะเป็นสีเบจ โปร่งแสง กลม นูนและเป็นมันเงา การทดสอบทางชีวเคมีมาตรฐานถูกขัดขวางเนื่องจากไม่สามารถเพาะเลี้ยง ASxL5T ได้อย่างน่าเชื่อถือในตัวกลางที่เป็นของเหลว ซึ่งแสดงให้เห็นว่าอาจขึ้นอยู่กับวงจรชีวิตที่ซับซ้อนของการก่อตัวของฟิล์มชีวะ อย่างไรก็ตาม สารแขวนลอยของเพลตแสดงให้เห็นว่า ASxL5T เป็นแบบแอโรบิก ซึ่งให้ผลบวกต่อออกซิเดสและคาตาเลส และสามารถทนต่อ NaCl ได้ 5% ASxL5T ทนต่อสเตรปโตมัยซิน 10 ไมโครกรัม แต่มีความไวต่อยาปฏิชีวนะอื่นๆ ทั้งหมดที่ทดสอบ ตรวจสอบเซลล์แบคทีเรีย ASxL5T โดย TEM (รูปที่ 1) เมื่อเติบโตโดยไม่มีเซลล์เหยื่อบน BA เซลล์ ASxL5T จะเป็น Campylobacter ขนาดเล็ก โดยมีความยาวเฉลี่ย 1.63 μm (± 0.4) ความกว้าง 0.37 μm (± 0.08) และเสายาวเดี่ยว (สูงถึง 5 μm) แฟลเจลลาทางเพศ ประมาณ 1.6% ของเซลล์ปรากฏว่ามีความกว้างน้อยกว่า 0.2 μm ซึ่งจะช่วยให้สามารถผ่านอุปกรณ์กรองได้ มีการสังเกตส่วนขยายของโครงสร้างที่ผิดปกติที่ด้านบนของเซลล์บางเซลล์ คล้ายกับแฟริ่ง (Latin cucullus) (ดูลูกศรใน 1D, E, G) ดูเหมือนว่าจะประกอบด้วยเยื่อหุ้มชั้นนอกส่วนเกิน ซึ่งอาจเกิดจากการลดลงอย่างรวดเร็วในขนาดของเปลือกเยื่อหุ้มชั้นนอก ในขณะที่เยื่อหุ้มชั้นนอกยังคงสภาพเดิม โดยแสดงลักษณะ "หลวม" การเพาะเลี้ยง ASxL5T โดยปราศจากสารอาหาร (ใน PBS) เป็นเวลานานที่ 4°C ส่งผลให้เซลล์ส่วนใหญ่ (แต่ไม่ใช่ทั้งหมด) แสดงสัณฐานวิทยาของก้นกบ (รูปที่ 1C) เมื่อ ASxL5T เติบโตโดยมี Campylobacter jejuni เป็นเหยื่อเป็นเวลา 48 ชั่วโมง ขนาดเซลล์โดยเฉลี่ยจะยาวและแคบกว่าเซลล์ที่เติบโตโดยไม่มีโฮสต์อย่างมีนัยสำคัญ (ตารางที่ 1 และรูปที่ 1E) ในทางตรงกันข้าม เมื่อ ASxL5T เติบโตโดยมีเชื้อ E. coli เป็นเหยื่อเป็นเวลา 48 ชั่วโมง ขนาดของเซลล์โดยเฉลี่ยจะยาวและกว้างกว่าเมื่อมันเติบโตโดยไม่มีเหยื่อ (ตารางที่ 1) และความยาวของเซลล์จะแปรผัน ซึ่งโดยปกติจะแสดงแบบเส้นใย (รูปที่ 1F) เมื่อฟักตัวด้วย Campylobacter jejuni หรือ E. coli เป็นเหยื่อเป็นเวลา 48 ชั่วโมง เซลล์ ASxL5T ไม่พบแฟลเจลลาเลย ตารางที่ 1 สรุปการสังเกตการเปลี่ยนแปลงขนาดเซลล์ตามการมีอยู่ การไม่มี และประเภทเหยื่อของ ASxL5T
การแสดง TEM ของ ASx5LT: (A) ASx5LT แสดงแส้ยาว; (B) แบตเตอรี่ ASx5LT ทั่วไป (C) เซลล์ cocci ASx5LT หลังจากการฟักตัวเป็นเวลานานโดยไม่มีสารอาหาร; ( D ) กลุ่มของเซลล์ ASx5LT แสดงความผิดปกติ ( E ) กลุ่มเซลล์ ASx5LT ที่บ่มด้วยเหยื่อ Campylobacter แสดงความยาวเซลล์เพิ่มขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเซลล์ที่ไม่มีการเจริญเติบโตของเหยื่อ ( D ) ยังแสดงโครงสร้างปลายยอด; (F) แฟลเจลลาเส้นใยขนาดใหญ่ เซลล์ ASx5LT หลังจากการฟักตัวด้วยเหยื่อ E. coli; (G) เซลล์ ASx5LT เซลล์เดียวหลังจากการฟักตัวด้วยเชื้อ E. coli ซึ่งแสดงโครงสร้างด้านบนที่ผิดปกติ แถบแสดงถึง 1 μm
การกำหนดลำดับยีน 16S rRNA (หมายเลขภาคยานุวัติ MT636545.1) ช่วยให้การค้นหาฐานข้อมูลสามารถสร้างลำดับที่คล้ายกับลำดับในคลาส Gammaproteobacteria และใกล้เคียงกับแบคทีเรียในทะเลในตระกูลสาหร่ายทะเลมากที่สุด (รูปที่ 2) และเป็นสมาชิกของสกุล Thalassolituus ญาติสนิทกับมารีนบาซิลลัสมากที่สุด ลำดับยีน 16S rRNA แตกต่างอย่างชัดเจนจากแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นที่อยู่ในตระกูล Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) การเปรียบเทียบแบบคู่ของ B. bacteriovorus HD100T (สายพันธุ์สายพันธุ์ DSM 50701) และ B. bacteriovorus DM11A คือ 48.4% และ 47.7% และสำหรับ B. exovorus JSS คือ 46.7% แบคทีเรีย ASxL5T มียีน 16S rRNA จำนวน 3 ชุด โดยสองชุดเหมือนกันและชุดที่สามอยู่ห่างกัน 3 ฐาน แบคทีเรียที่แยกได้อีกสองตัวที่แยกได้ (ASx5S และ ASx5O; หมายเลขภาคยานุวัติของยีน 16S rRNA คือ MT636546.1 และ MT636547.1 ตามลำดับ) ที่มีลักษณะทางสัณฐานวิทยาและฟีโนไทป์ที่คล้ายคลึงกันจากตำแหน่งเดียวกันจะไม่เหมือนกัน แต่จะแตกต่างจาก ASxL5T และแบคทีเรียที่ไม่มีการเพาะเลี้ยง ลำดับฐานข้อมูลจะรวมกลุ่มกับสกุลอื่นในวงศ์ Oceanospirillaceae (รูปที่ 2) ลำดับจีโนมทั้งหมดของ ASxL5T ได้รับการพิจารณาและบันทึกในฐานข้อมูล NCBI และหมายเลขภาคยานุวัติคือ CP046056 จีโนมของ ASxL5T ประกอบด้วยโครโมโซมวงกลม 2,831,152 bp โดยมีอัตราส่วน G + C 56.1% ลำดับจีโนมประกอบด้วย 2,653 CDS (ทั้งหมด) โดยที่ 2567 ถูกคาดการณ์ว่าจะเข้ารหัสโปรตีน ซึ่งสามารถกำหนดให้ 1,596 เป็นฟังก์ชันสมมุติได้ (60.2%) จีโนมประกอบด้วยยีนเข้ารหัส RNA 67 ยีน ซึ่งรวมถึง 9 rRNA (อย่างละ 3 ยีนสำหรับ 5S, 16S และ 23S) และ 57 tRNA ลักษณะทางจีโนมของ ASxL5T ถูกเปรียบเทียบกับจีโนมที่มีอยู่ของสายพันธุ์ชนิดสัมพันธ์ที่ใกล้ที่สุดที่ระบุจากลำดับยีน 16S rRNA (ตารางที่ 2) ใช้ข้อมูลประจำตัวของกรดอะมิโน (AAI) เพื่อเปรียบเทียบจีโนมของธาลัสโซลิทูสที่มีอยู่ทั้งหมดกับ ASxL5T ลำดับจีโนมที่ใกล้เคียงที่สุด (ไม่สมบูรณ์) ที่กำหนดโดย AAI คือ Thalassolitus sp C2-1 (เพิ่ม NZ_VNIL01000001) สายพันธุ์นี้แยกได้จากตะกอนใต้ทะเลลึกของร่องลึกบาดาลมาเรียนา แต่ขณะนี้ยังไม่มีข้อมูลฟีโนไทป์เกี่ยวกับสายพันธุ์นี้สำหรับการเปรียบเทียบ เมื่อเปรียบเทียบกับ 2.82 Mb ของ ASxL5T จีโนมของสิ่งมีชีวิตมีขนาดใหญ่กว่าที่ 4.36 Mb ขนาดจีโนมเฉลี่ยของสไปโรเชตทางทะเลอยู่ที่ประมาณ 4.16 Mb (± 1.1; n = 92 จีโนมอ้างอิงที่สมบูรณ์ที่ตรวจสอบจาก https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly) ดังนั้นจีโนมของ ASxL5T จึงสอดคล้องกับ เมื่อเทียบกับสมาชิกท่านอื่นถือว่าค่อนข้างน้อย ใช้ GToTree 1.5.54 เพื่อสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการที่เป็นไปได้สูงสุดโดยประมาณตามจีโนม (รูปที่ 3A) โดยใช้ลำดับกรดอะมิโนที่เชื่อมโยงและเชื่อมโยงของยีนสำเนาเดี่ยว 172 ยีนที่จำเพาะต่อ Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16 17 ,18. การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่ามีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับธาลัสโซลิทูส แบคทีเรียระนาบ และแบคทีเรียในทะเล อย่างไรก็ตาม ข้อมูลเหล่านี้บ่งชี้ว่า ASxL5T แตกต่างจากญาติในสาหร่ายเกลียวทองในทะเลและมีข้อมูลลำดับจีโนมอยู่
ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่ใช้ลำดับยีน 16S rRNA เน้นตำแหน่งของสายพันธุ์ ASxL5T, ASxO5 และ ASxS5 (ที่มีความกล้า) ที่สัมพันธ์กับสายพันธุ์แบคทีเรียที่ไม่ได้รับการเพาะปลูกและแบคทีเรียในทะเลในสาหร่ายเกลียวทองในทะเล หมายเลขภาคยานุวัติของ Genbank อยู่หลังชื่อสายพันธุ์ในวงเล็บ ใช้ ClustalW เพื่อจัดลำดับ และใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุดและแบบจำลอง Tamura-Nei เพื่ออนุมานความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ และดำเนินการจำลองแบบแนะนำ 1,000 ครั้งในโปรแกรม MEGA X ตัวเลขบนกิ่งระบุว่าค่าสำเนาที่แนะนำมากกว่า 50% Escherichia coli U/541T ถูกใช้เป็นกลุ่มนอก
(A) ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่มีพื้นฐานอยู่บนจีโนม ซึ่งแสดงความสัมพันธ์ระหว่างแบคทีเรีย Spirospiraceae ในทะเล ASxL5T และญาติใกล้ชิดของมัน E. coli U 5/41T เป็นกลุ่มนอก ( B ) เมื่อเปรียบเทียบกับ T. oleivorans MIL-1T การกระจายหมวดหมู่การทำงานของยีนจะถูกทำนายตามกลุ่ม orthologous group (COG) ของโปรตีน ASx5LT รูปด้านซ้ายแสดงจำนวนยีนในแต่ละหมวดหมู่ COG เชิงฟังก์ชันในแต่ละจีโนม กราฟทางด้านขวาแสดงเปอร์เซ็นต์ของจีโนมที่มีอยู่ในกลุ่ม COG เชิงฟังก์ชันแต่ละกลุ่ม ( C ) เมื่อเปรียบเทียบกับ T. oleiverans MIL-1T การวิเคราะห์เส้นทางโมดูลาร์ KEGG (สารานุกรมเกียวโตของยีนและจีโนม) ที่สมบูรณ์ของ ASxL5T
การใช้ฐานข้อมูล KEGG เพื่อตรวจสอบยีนส่วนประกอบที่มีอยู่ในจีโนม ASxL5T เผยให้เห็นวิถีทางเมแทบอลิซึมโดยทั่วไปของแกมมาโปรเตอุสแบบแอโรบิก ASxL5T มียีนทั้งหมด 75 ยีนที่กำหนดให้กับโปรตีนมอเตอร์ของแบคทีเรีย ซึ่งรวมถึงยีนที่เกี่ยวข้องกับเคมีบำบัด การประกอบแฟลเจลลา และระบบ fimbriae ชนิด IV ในหมวดหมู่สุดท้าย 9 ใน 10 ยีนมีหน้าที่ในการเคลื่อนไหวกระตุกของสิ่งมีชีวิตอื่นๆ จีโนมของ ASxL5T มีวิถีการสังเคราะห์ทางชีวภาพแบบเตตระไฮโดรไพริมิดีนที่สมบูรณ์ ซึ่งมีส่วนร่วมในการตอบสนองต่อการป้องกันต่อความเครียดจากออสโมติก ตามที่คาดไว้สำหรับฮาโลไฟล์ จีโนมยังมีวิถีทางที่สมบูรณ์มากมายสำหรับโคแฟคเตอร์และวิตามิน รวมถึงวิถีการสังเคราะห์ไรโบฟลาวิน แม้ว่ายีนอัลเคน 1-monooxygenase (alkB2) จะมีอยู่ใน ASxL5T แต่เส้นทางการใช้ไฮโดรคาร์บอนยังไม่สมบูรณ์ ในลำดับจีโนมของ ASxL5T ความคล้ายคลึงกันของยีนที่ถูกระบุว่ามีหน้าที่หลักในการย่อยสลายไฮโดรคาร์บอนใน T. oleiverans MIL-1T21 เช่น TOL_2658 (alkB) และ TOL_2772 (แอลกอฮอล์ดีไฮโดรจีเนส) หายไปอย่างเห็นได้ชัด รูปที่ 3B แสดงการเปรียบเทียบการกระจายตัวของยีนในหมวดหมู่ COG ระหว่าง ASxL5T และน้ำมันมะกอก MIL-1T โดยรวมแล้ว จีโนม ASxL5T ที่เล็กกว่าจะมียีนน้อยกว่าตามสัดส่วนจากแต่ละหมวดหมู่ COG เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนมที่เกี่ยวข้องที่ใหญ่กว่า เมื่อจำนวนยีนในแต่ละหมวดหมู่การทำงานแสดงเป็นเปอร์เซ็นต์ของจีโนม ความแตกต่างจะถูกบันทึกเป็นเปอร์เซ็นต์ของยีนในการแปล โครงสร้างไรโบโซมและประเภทการสร้างไบโอเจเนซิส และหมวดหมู่ฟังก์ชันการผลิตและการแปลงพลังงาน ซึ่งประกอบขึ้นเป็น ASxL5T ที่ใหญ่กว่า จีโนม เปอร์เซ็นต์จะถูกเปรียบเทียบกับกลุ่มเดียวกันที่มีอยู่ในจีโนม T. oleiverans MIL-1T ในทางตรงกันข้าม เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนม ASxL5T แล้ว T. oleivorans MIL-1T มีเปอร์เซ็นต์ของยีนที่สูงกว่าในการจำลองแบบ การรวมตัวกันใหม่และการซ่อมแซม และการถอดความ สิ่งที่น่าสนใจคือความแตกต่างที่ใหญ่ที่สุดในเนื้อหาของแต่ละหมวดหมู่การทำงานของจีโนมทั้งสองคือจำนวนยีนที่ไม่รู้จักที่มีอยู่ใน ASxL5T (รูปที่ 3B) ทำการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของโมดูล KEGG โดยที่แต่ละโมดูล KEGG แสดงถึงชุดของหน่วยการทำงานที่กำหนดไว้ด้วยตนเองสำหรับคำอธิบายประกอบและการตีความทางชีววิทยาของข้อมูลลำดับจีโนม การเปรียบเทียบการกระจายตัวของยีนในเส้นทางโมดูล KOG ที่สมบูรณ์ของ ASxL5T และ Olive MIL-1T แสดงในรูปที่ 3C การวิเคราะห์นี้แสดงให้เห็นว่าแม้ว่า ASxL5T จะมีวิถีเมแทบอลิซึมของซัลเฟอร์และไนโตรเจนที่สมบูรณ์ แต่ T. oleiverans MIL-1T ไม่มี ในทางตรงกันข้าม T. oleiverans MIL-1T มีวิถีเมแทบอลิซึมของซิสเทอีนและเมไทโอนีนที่สมบูรณ์ แต่จะไม่สมบูรณ์ใน ASxL5T ดังนั้น ASxL5T จึงมีโมดูลลักษณะเฉพาะสำหรับการดูดกลืนซัลเฟต (หมายถึงชุดของยีนที่สามารถใช้เป็นตัวบ่งชี้ฟีโนไทป์ได้ เช่น ความสามารถในการเผาผลาญหรือการเกิดโรค https://www.genome.jp/kegg/module.html) ใน T . โอลีเวอร์รัน MIL-1T. การเปรียบเทียบปริมาณยีนของ ASxL5T กับรายการยีนที่บ่งบอกถึงวิถีชีวิตแบบนักล่านั้นไม่สามารถสรุปได้ แม้ว่ายีน waaL ที่เข้ารหัส ligase ที่เกี่ยวข้องกับ O antigen polysaccharide ไปยังแกนกลางนั้นมีอยู่ในจีโนม ASxL5T (แต่พบได้ทั่วไปในแบคทีเรียแกรมลบจำนวนมาก) ยีน tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) อาจรวมถึงอะมิโน 60 ตัว บริเวณที่เป็นกรดซึ่งมักพบในแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารซึ่งไม่มีอยู่ ไม่มียีนที่มีลักษณะเฉพาะนักล่าอื่นๆ ในจีโนม ASxL5T รวมถึงเอนไซม์ที่เข้ารหัสที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ไอโซพรีนอยด์ในวิถีเมวาโลเนต โปรดทราบว่าไม่มียีนควบคุมการถอดรหัส gntR ในกลุ่มนักล่าที่ตรวจสอบ แต่สามารถระบุยีนที่คล้าย gntR ได้สามยีนใน ASxL5T
ลักษณะฟีโนไทป์ของ ASxL5T สรุปไว้ในตารางที่ 3 และเปรียบเทียบกับลักษณะฟีโนไทป์ของสกุลที่เกี่ยวข้อง 23, 24, 25, 26 และ 27 ที่รายงานในวรรณคดี เชื้อที่แยกได้จาก T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis และ Oceanobacter kriegii นั้นมีฤทธิ์ ทนต่อเกลือ และมีฤทธิ์ออกซิเดสเป็นบวก แต่แทบไม่มีลักษณะฟีโนไทป์อื่นใดกับ ASxL5T ค่า pH เฉลี่ยของมหาสมุทรอยู่ที่ 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) ซึ่งสะท้อนให้เห็นใน T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis และ O. ครีกี้ ASxL5T เหมาะสำหรับช่วง pH ที่ใหญ่กว่า (4-9) ซึ่งเป็นเรื่องปกติของสายพันธุ์ที่ไม่ใช่ทะเล ลักษณะฟีโนไทป์ของ Thalassolitius sp. ค2-1. ไม่ทราบ ช่วงอุณหภูมิการเจริญเติบโตของ ASxL5T โดยทั่วไปจะกว้างกว่าช่วงอุณหภูมิการเจริญเติบโตของสายพันธุ์ทะเล (4–42 °C) แม้ว่า T. marinus ที่แยกได้บางส่วนจะทนความร้อนได้ การไม่สามารถเติบโต ASxL5T ในสื่อน้ำซุปได้ป้องกันลักษณะฟีโนไทป์เพิ่มเติม ใช้ API 20E เพื่อทดสอบวัสดุที่คัดลอกมาจากแผ่น BA, ONPG, อาร์จินีนไดไฮโดรเลส, ไลซีนดีคาร์บอกซิเลส, ออร์นิทีนดีคาร์บอกซิเลส, การใช้ซิเตรต, ยูรีเอส, ทริปโตเฟนดีอะมิเนส, เอนไซม์เจลาตินไฮโดรไลซิส ผลการทดสอบเป็นลบทั้งหมด แต่ไม่มีอินโดล อะซิโตอินและ H2S ถูกผลิตขึ้น คาร์โบไฮเดรตที่ไม่ผ่านการหมัก ได้แก่ กลูโคส มานโนส อิโนซิทอล ซอร์บิทอล แรมโนส ซูโครส เมลิไบโอส อะมิกดาลิน และอาราบิโนส เมื่อเปรียบเทียบกับสายพันธุ์อ้างอิงที่เกี่ยวข้องที่เผยแพร่ โปรไฟล์กรดไขมันในเซลล์ของสายพันธุ์ ASxL5T แสดงในตารางที่ 4 กรดไขมันในเซลล์หลักคือ C16:1ω6c และ/หรือ C16:1ω7c, C16:0 และ C18:1ω9 กรดไขมันไฮดรอกซี C12:0 3-OH และ C10:0 3-OH ก็มีอยู่เช่นกัน อัตราส่วนของ C16:0 ใน ASxL5T สูงกว่ามูลค่าที่รายงานของประเภทที่เกี่ยวข้อง ในทางตรงกันข้าม เมื่อเปรียบเทียบกับ T. marinus IMCC1826TT ที่รายงาน อัตราส่วนของ C18:1ω7c และ/หรือ C18:1ω6c ใน ASxL5T จะลดลง oleivorans MIL-1T และ O. kriegii DSM 6294T แต่ตรวจไม่พบใน B. sanyensis KCTC 32220T การเปรียบเทียบโปรไฟล์กรดไขมันของ ASxL5T และ ASxLS เผยให้เห็นความแตกต่างเล็กน้อยในปริมาณของกรดไขมันแต่ละชนิดระหว่างสองสายพันธุ์ ซึ่งสอดคล้องกับลำดับดีเอ็นเอจีโนมของสายพันธุ์เดียวกัน ไม่พบอนุภาคโพลี-3-ไฮดรอกซีบิวทีเรต (PHB) โดยใช้การทดสอบซูดานแบล็ก
มีการศึกษากิจกรรมการล่าสัตว์ของแบคทีเรีย ASxL5T เพื่อกำหนดระยะของเหยื่อ แบคทีเรียนี้สามารถสร้างแผ่นโลหะบนสายพันธุ์ Campylobacter ได้แก่ Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; ค. เฮลเวติคัส NCTC 12472; C lari NCTC 11458 และ C. upsaliensis NCTC 11541T. ใช้การเพาะเลี้ยงที่ระบุไว้ในส่วนการกำหนดช่วงโฮสต์ของวิธีการเพื่อทดสอบแบคทีเรียแกรมลบและแบคทีเรียแกรมบวกในช่วงที่กว้างขึ้น ผลการวิจัยพบว่า ASxL5T สามารถใช้ใน Escherichia coli NCTC 86 และ Citrobacter freundii NCTC 9750T ได้เช่นกัน แผ่นโลหะที่เกิดขึ้นบน Klebsiella oxytoca 11466 ปฏิกิริยา TEM กับ E. coli NCTC 86 แสดงในรูปที่ 4A-D และการโต้ตอบกับ Campylobacter jejuni PT14 และ Campylobacter suis S12 จะแสดงในรูปที่ 4E-H ตรงกลาง กลไกการโจมตีดูเหมือนจะแตกต่างกันระหว่างชนิดของเหยื่อที่ทดสอบ โดยมีเซลล์ E. coli หนึ่งเซลล์หรือมากกว่าติดอยู่กับเซลล์ ASxL5T แต่ละเซลล์ และวางไว้ด้านข้างตามแนวเซลล์ที่ขยายออกไปก่อนที่จะดูดซับ ในทางตรงกันข้าม ASxL5T ดูเหมือนจะเกาะติดกับ Campylobacter ผ่านจุดสัมผัสเพียงจุดเดียว ซึ่งมักจะสัมผัสกับยอดของเซลล์นักล่าและใกล้กับยอดของเซลล์ Campylobacter (รูปที่ 4H)
TEM แสดงปฏิสัมพันธ์ระหว่าง ASx5LT และเหยื่อ: (AD) และเหยื่อ E. coli; (EH) และ C. jejuni เป็นเหยื่อ (A) เซลล์ ASx5LT ทั่วไปที่เชื่อมต่อกับเซลล์ E. coli (EC) เซลล์เดียว (B) ASx5LT แบบใยแก้วที่ติดอยู่กับเซลล์ EC เดียว (C) เซลล์ ASx5LT แบบเส้นใยที่เชื่อมต่อกับเซลล์ EC หลายเซลล์ (D) การแนบเซลล์ ASx5LT ที่เล็กกว่าบนเซลล์ E. coli (EC) เดียว (E) เซลล์ ASx5LT เซลล์เดียวที่เชื่อมต่อกับเซลล์ Campylobacter jejuni (CJ) (F) ASx5LT โจมตีเซลล์ C. hyointestinalis (CH) (G) เซลล์ ASx5LT หนึ่งเซลล์โจมตีเซลล์ CJ; (H) มุมมองระยะใกล้ของจุดยึด ASx5LT ใกล้กับยอดของเซลล์ CJ (แถบ 0.2 μm) แท่งแสดงถึง 1 μm ใน (A – G)
แบคทีเรียนักล่าได้พัฒนาเพื่อใช้ประโยชน์จากแหล่งเหยื่อที่มีอยู่มากมาย แน่นอนว่าพวกมันมีอยู่ทั่วไปในสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกัน เนื่องจากประชากรมีขนาดแคบ จึงเป็นไปได้ที่จะแยกแบคทีเรีย ASxL5T ออกจากสเลอรีโดยใช้วิธีการแยกฟาจได้ ความเกี่ยวข้องทางจีโนมของ ASxL5T กับสมาชิกของแบคทีเรียในทะเลตระกูล oceanospirillaceae เป็นเรื่องที่น่าประหลาดใจ แม้ว่าสิ่งมีชีวิตจะทนต่อเกลือและสามารถเติบโตได้บนอาหารที่มีเกลือ 5% การวิเคราะห์คุณภาพน้ำของสารละลายพบว่าปริมาณโซเดียมคลอไรด์น้อยกว่า 0.1% ดังนั้นโคลนจึงอยู่ห่างไกลจากสภาพแวดล้อมทางทะเลทั้งทางภูมิศาสตร์และทางเคมี การปรากฏตัวของสามสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกันแต่ต่างกันจากแหล่งเดียวกันเป็นหลักฐานว่าผู้ล่าเหล่านี้เจริญรุ่งเรืองในสภาพแวดล้อมที่ไม่ใช่ทางทะเล นอกจากนี้ การวิเคราะห์ไมโครไบโอม (ไฟล์ข้อมูลจาก https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990) แสดงให้เห็นว่าลำดับยีน 16S rRNA เดียวกันนั้นอยู่ในแท็กซ่าการดำเนินงานที่มีมากที่สุด 50 อันดับแรก (OTU ) ในช่วงเวลาการเก็บตัวอย่างไม่กี่ครั้งของโคลน พบแบคทีเรียที่ไม่ได้เพาะเลี้ยงหลายชนิดในฐานข้อมูล Genbank ซึ่งมีลำดับยีน 16S rRNA คล้ายกับแบคทีเรีย ASxL5T ลำดับเหล่านี้ ร่วมกับลำดับของ ASxL5T, ASxS5 และ ASxO5 ดูเหมือนจะเป็นตัวแทนของเคลดที่แตกต่างกันที่แยกจากธาลัสโซลิทูสและโอเชียโนแบคเตอร์ (รูปที่ 2) แบคทีเรียที่ไม่ได้เพาะเลี้ยงสามชนิด (GQ921362, GQ921357 และ GQ921396) ถูกแยกออกจากน้ำที่แยกตัวที่ระดับความลึก 1.3 กิโลเมตรในเหมืองทองคำของแอฟริกาใต้ในปี 2552 และอีกสองชนิด (DQ256320 และ DQ337006) มาจากน้ำใต้ดิน (รวมถึงในแอฟริกาใต้ด้วย ในปี พ.ศ. 2548) ลำดับยีน 16S rRNA ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่สุดกับ ASxL5T เป็นส่วนหนึ่งของลำดับยีน 16S rRNA ที่ได้รับจากการเพาะเลี้ยงตะกอนทรายที่ได้รับจากชายหาดทางตอนเหนือของฝรั่งเศสในปี 2549 (หมายเลขภาคยานุวัติ AM29240828) ลำดับยีน 16S rRNA ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดอีกลำดับหนึ่งจากแบคทีเรียที่ไม่มีการเพาะเลี้ยง HQ183822.1 ได้มาจากถังรวบรวมที่ถูกชะล้างจากการฝังกลบของเทศบาลในประเทศจีน แน่นอนว่าแบคทีเรีย ASxL5T ไม่ได้เป็นตัวแทนอย่างมากในฐานข้อมูลอนุกรมวิธาน แต่ลำดับจากแบคทีเรียที่ไม่ได้เพาะเลี้ยงเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะเป็นตัวแทนของสิ่งมีชีวิตที่คล้ายกับ ASxL5T ซึ่งกระจายอยู่ทั่วโลก ซึ่งโดยปกติจะอยู่ในสภาพแวดล้อมที่ท้าทาย จากการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการจีโนมทั้งหมด ความสัมพันธ์ที่ใกล้เคียงที่สุดกับ ASxL5T คือ Thalassolituus sp C2-1, T. marinus, T. oleivorans และ O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27 Thalassolituus เป็นสมาชิกของแบคทีเรียที่ทำให้เกิดการกระจายตัวของไฮโดรคาร์บอนในทะเล (OHCB) ซึ่งแพร่หลายในสภาพแวดล้อมทางทะเลและบนบก และมักจะกลายเป็นแบคทีเรียที่โดดเด่นหลังจากเหตุการณ์มลพิษจากไฮโดรคาร์บอน30,31 แบคทีเรียในทะเลไม่ใช่สมาชิกของกลุ่ม OHCB แต่ถูกแยกออกจากสภาพแวดล้อมทางทะเล
ข้อมูลฟีโนไทป์บ่งชี้ว่า ASxL5T เป็นสายพันธุ์ใหม่และเป็นสมาชิกของพืชสกุลที่ไม่รู้จักก่อนหน้านี้ในตระกูลสไปโรสไปราซีทะเลในทะเล ขณะนี้ยังไม่มีมาตรฐานที่ชัดเจนในการจำแนกสายพันธุ์ที่เพิ่งแยกได้เป็นสกุลใหม่ มีการพยายามกำหนดขอบเขตจำพวกสากล ตัวอย่างเช่น โดยขึ้นอยู่กับเปอร์เซ็นต์ของจีโนมของโปรตีนอนุรักษ์ (POCP) แนะนำว่าค่าจุดตัดคือ 50% เหมือนกับสายพันธุ์อ้างอิง33 คนอื่นๆ แนะนำให้ใช้ค่า AAI ซึ่งมีข้อได้เปรียบเหนือ POCP เนื่องจากสามารถหาได้จากจีโนมที่ไม่สมบูรณ์ ผู้เขียนเชื่อว่าหากค่า AAI น้อยกว่า 74% เมื่อเทียบกับสายพันธุ์แบบจำลองของสายพันธุ์แบบจำลอง สายพันธุ์นั้นจะเป็นตัวแทนของสกุลที่แตกต่างกัน สกุลแบบจำลองในสาหร่ายเกลียวทองในทะเลคือสาหร่ายเกลียวทอง และสายพันธุ์แบบจำลองคือ O. linum ATCC 11336T ค่า AAI ระหว่าง ASxL5T และ O. linum ATCC 11336T คือ 54.34% และค่า AAI ระหว่าง ASxL5T และ T. oleivorans MIL-1T (สายพันธุ์ประเภทสกุล) คือ 67.61% ซึ่งบ่งชี้ว่า ASxL5T แสดงถึงสกุลใหม่ที่แตกต่างจาก Thalassolituus การใช้ลำดับยีน 16S rRNA เป็นมาตรฐานการจำแนกประเภท ขอบเขตการกำหนดขอบเขตที่แนะนำคือ 94.5%35 ASxL5T อาจถูกจัดอยู่ในสกุล Thalassolitius โดยแสดงเอกลักษณ์ของลำดับ 16S rRNA 95.03% ด้วย T. oleivorans MIL-1T และ 96.17% มารินัส IMCC1826T. อย่างไรก็ตาม มันจะถูกจัดอยู่ในสกุล Bacteroides ที่มีเอกลักษณ์ของยีน 16S rRNA อยู่ที่ 94.64% พร้อมด้วย B. sanyensis NV9 ซึ่งบ่งชี้ว่าการใช้ยีนเดี่ยว เช่น ยีน 16S rRNA สามารถนำไปสู่การจำแนกประเภทและการกำหนดตำแหน่งได้ตามอำเภอใจ อีกวิธีที่แนะนำใช้ ANI และ Genome Alignment Score (AF) เพื่อตรวจสอบการรวมกลุ่มของจุดข้อมูลจากทุกประเภทและสายพันธุ์ที่ไม่ใช่ประเภทของจำพวกที่มีอยู่ ผู้เขียนแนะนำให้รวมขอบเขตประเภทกับจุดเปลี่ยนของประเภทโดยประมาณที่จำเพาะต่อแท็กซ่าที่กำลังวิเคราะห์ อย่างไรก็ตาม หากมีลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ไม่เพียงพอจากเชื้อ Thalassolituus ที่แยกได้ ก็เป็นไปไม่ได้ที่จะระบุได้ว่า ASxL5T เป็นของสกุล Thalassolituus โดยวิธีนี้หรือไม่ เนื่องจากลำดับจีโนมที่สมบูรณ์สำหรับการวิเคราะห์มีจำกัด จึงควรตีความต้นไม้สายวิวัฒนาการจีโนมทั้งหมดด้วยความระมัดระวัง ประการที่สอง วิธีการเปรียบเทียบจีโนมทั้งหมดไม่สามารถอธิบายความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในขนาดของจีโนมที่เปรียบเทียบได้ พวกเขาวัดความคล้ายคลึงกันของยีนสำเนาเดี่ยวหลักที่ได้รับการอนุรักษ์ระหว่างสกุลที่เกี่ยวข้อง แต่ไม่ได้คำนึงถึงยีนจำนวนมากที่ไม่มีอยู่ในจีโนมที่เล็กกว่ามากของ ASxL5T แน่นอนว่า ASxL5T และกลุ่มต่างๆ รวมถึง Thalassolituus, Oceanobacter และ Bacterioplanes มีบรรพบุรุษร่วมกัน แต่วิวัฒนาการมีเส้นทางที่แตกต่างออกไป ซึ่งนำไปสู่การลดจีโนม ซึ่งอาจต้องปรับให้เข้ากับวิถีชีวิตนักล่า ซึ่งตรงกันข้ามกับ T. oleivorans MIL-1T ซึ่งมีขนาดใหญ่กว่า 28% และมีการพัฒนาภายใต้แรงกดดันด้านสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกันเพื่อใช้ไฮโดรคาร์บอน23,30 การเปรียบเทียบที่น่าสนใจสามารถทำได้กับปรสิตและซิมไบโอนท์ภายในเซลล์ เช่น Rickettsia, Chlamydia และ Buchnera ขนาดจีโนมของมันอยู่ที่ประมาณ 1 Mb ความสามารถในการใช้สารเมตาบอไลต์ของเซลล์เจ้าบ้านทำให้เกิดการสูญเสียยีน ดังนั้นจึงเกิดการเสื่อมสลายของจีโนมเชิงวิวัฒนาการอย่างมีนัยสำคัญ การเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการจากสิ่งมีชีวิตที่เป็นสารอาหารทางเคมีในทะเลไปสู่วิถีชีวิตแบบนักล่าอาจส่งผลให้ขนาดจีโนมลดลงเช่นเดียวกัน การวิเคราะห์ COG และ KEGG เน้นย้ำถึงจำนวนยีนที่ใช้สำหรับการทำงานเฉพาะและความแตกต่างทั่วโลกในวิถีทางจีโนมระหว่าง ASxL5T และ T. oleivorans MIL-1T ซึ่งไม่ได้เกิดจากการมีอยู่ขององค์ประกอบทางพันธุกรรมที่เคลื่อนที่ได้อย่างกว้างขวาง ความแตกต่างในอัตราส่วน G + C ของจีโนมทั้งหมดของ ASxL5T คือ 56.1% และอัตราส่วนของ T. oleivorans MIL-1T คือ 46.6% ซึ่งบ่งชี้ด้วยว่ามันถูกแยกออกจากกัน
การตรวจสอบเนื้อหาการเข้ารหัสของจีโนม ASxL5T ให้ข้อมูลเชิงลึกเชิงฟังก์ชันเกี่ยวกับคุณลักษณะฟีโนไทป์ การมีอยู่ของยีนที่เข้ารหัสประเภท IV fimbriae (Tfp) เป็นสิ่งที่น่าสนใจเป็นพิเศษ เนื่องจากพวกมันส่งเสริมการเคลื่อนไหวของเซลล์ เรียกว่าการเคลื่อนตัวทางสังคมหรือการชัก โดยไม่มีแฟลเจลลาบนพื้นผิว ตามรายงาน Tfp มีหน้าที่อื่น ๆ รวมถึงการปล้นสะดม การเกิดโรค การสร้างฟิล์มชีวะ การดูดซึม DNA ตามธรรมชาติ การรวมตัวและการพัฒนาเซลล์อัตโนมัติ จีโนม ASxL5T ประกอบด้วยยีน 18 ยีนที่เข้ารหัส diguanylate cyclase (เอนไซม์ที่กระตุ้นการเปลี่ยนแปลงของ guanosine triฟอสเฟต 2 ตัวเป็น guanosine 2 ฟอสเฟต และ cyclic diGMP) และ 6 ยีนที่เข้ารหัส diguanylate cyclase ฟอสเฟต diguanylate ที่สอดคล้องกัน ยีนสำหรับเอสเทอเรส (เร่งปฏิกิริยาการสลายตัวของ cyclic di-GMP ไปเป็น guanosine monophosphate) น่าสนใจเนื่องจาก cycl-di-GMP เป็นตัวส่งสารลำดับที่สองที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาและการแยกฟิล์มชีวะ การเคลื่อนไหว การเกาะติดของเซลล์ และความรุนแรง 39, 40 ในกระบวนการ ควรสังเกตด้วยว่าในแบคทีเรีย Bdellovibrio มีการแสดง GMP สองเท่าแบบไซคลิกเพื่อควบคุมการเปลี่ยนแปลงระหว่างชีวิตอิสระและวิถีชีวิตที่กินสัตว์อื่น
การวิจัยส่วนใหญ่เกี่ยวกับแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารมุ่งเน้นไปที่ Bdellovibrio สิ่งมีชีวิตที่มีลักษณะคล้าย Bdellovibrio และสายพันธุ์ Myxococcus ตัวอย่างเหล่านี้และตัวอย่างอื่น ๆ ของแบคทีเรียนักล่าที่เป็นที่รู้จักก่อตัวเป็นกลุ่มที่หลากหลาย แม้จะมีความหลากหลายนี้ แต่ก็มีการระบุชุดของตระกูลโปรตีนที่มีลักษณะเฉพาะซึ่งสะท้อนฟีโนไทป์ของแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นที่รู้จัก 11 ชนิด ได้รับการระบุ3,22 อย่างไรก็ตาม มีการระบุเฉพาะยีนที่เข้ารหัส O antigen ligase (waaL) เท่านั้น ซึ่งพบได้บ่อยโดยเฉพาะในแบคทีเรียแกรมลบ การวิเคราะห์รูปแบบนี้ไม่มีประโยชน์ในการกำหนดให้ ASxL5T เป็นผู้ล่า อาจเป็นเพราะใช้กลยุทธ์การโจมตีแบบใหม่ ความพร้อมใช้งานของจีโนมแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นที่หลากหลายมากขึ้นจะช่วยพัฒนาการวิเคราะห์ความละเอียดปลีกย่อยที่คำนึงถึงหลักฐานของความแตกต่างในการทำงานและสิ่งแวดล้อมระหว่างสมาชิกกลุ่ม ตัวอย่างของแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหารที่ไม่รวมอยู่ในการวิเคราะห์นี้ ได้แก่ สมาชิกของ Cupriavidus necator42 และ Bradymonabacteria43 เนื่องจากในขณะที่นักวิจัยตรวจสอบชุมชนจุลินทรีย์ที่แตกต่างกัน กลุ่มแท็กซ่าที่กินสัตว์อื่นก็ถูกสร้างขึ้น
คุณลักษณะที่โดดเด่นที่สุดของแบคทีเรีย ASxL5T ที่จับภาพโดยภาพ TEM คือสัณฐานวิทยาที่มีเอกลักษณ์และยืดหยุ่น ซึ่งสามารถส่งเสริมการมีปฏิสัมพันธ์กับแบคทีเรียที่เป็นเหยื่อ ประเภทของปฏิสัมพันธ์ที่สังเกตได้แตกต่างจากแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นและไม่เคยมีการค้นพบหรือรายงานมาก่อน วงจรชีวิตนักล่า ASxL5T ที่เสนอจะแสดงในรูปที่ 5 มีตัวอย่างบางส่วนในวรรณกรรมที่มีโครงสร้างปลายคล้ายกันดังที่เรารายงานที่นี่ แต่ตัวอย่างเหล่านี้ ได้แก่ Terasakiispira papahanaumokuakeensis ซึ่งเป็นแบคทีเรียสาหร่ายเกลียวทองในทะเลที่มีการขยายยอดเป็นครั้งคราว 44 และ Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla ซึ่งเดิมอยู่ในสกุล Oceanospirillum จัดแสดงสิ่งที่เรียกว่า "ฟิล์มขั้วโลก" 45. รูปแบบของ Cocci มักพบในวัฒนธรรมที่มีอายุมากกว่า โดยเฉพาะแบคทีเรียที่มีรูปแบบโค้ง เช่น Vibrio, Campylobacter และ Helicobacter 46, 47, 48 ซึ่งอาจแสดงถึงสถานะที่เสื่อมโทรม จำเป็นต้องมีการทำงานเพิ่มเติมเพื่อชี้แจงวงจรชีวิตที่แม่นยำของแบคทีเรีย ASxL5T เพื่อพิจารณาว่ามันจับและเหยื่ออย่างไร และดูว่าจีโนมของมันเข้ารหัสสารประกอบออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่สามารถนำมาใช้เพื่อวัตถุประสงค์ทางการแพทย์หรือเทคโนโลยีชีวภาพได้หรือไม่
คำอธิบายของ Venatorbacter gen. พฤศจิกายน Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. ประกอบด้วย venators จาก L. n. venator, 'hunter' และ Gr. n. bacter, 'a rod' Venatorbacter, 'a hunting Rod' เซลล์เป็นแบบแอโรบิก ทนต่อเกลือ แกรมลบแบบโค้ง แอคติวิตีของคาตาเลสและออกซิเดสเป็นบวก 4 ถึง 42 °C ช่วง pH 4-9 ถือว่าผิดปกติ ในหอยทากทะเล กรดไขมันหลักไม่สามารถทนต่อค่า pH ที่เป็นกรดได้คือ C16:1ω6c และ/หรือ C16:1ω7c, C16:0 และ C18:1ω9 ; C12:0 3-OH และ C10:0 3-OH พบว่าเป็นกรดไขมันไฮดรอกซี สื่อ ปริมาณ DNA G + C คือ 56.1 mol% สมาชิกของสกุลนี้แสดงความต้านทานต่อ Campylobacter และพฤติกรรมการปล้นสะดมของสมาชิกของตระกูล Enterobacteriaceae
คำอธิบายของ Venatorbacter cucullus sp. พฤศจิกายน Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus หมายถึง fairing)
นอกจากนี้ คุณลักษณะเชิงพรรณนาของพืชสกุลนี้คือ เมื่อปลูกบน BA หรือ BHI เซลล์จะมีความยาว 1.63 µm และกว้าง 0.37 µm อาณานิคมบนวุ้น BHI มีขนาดเล็กมาก โดยมีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2 มม. หลังจากผ่านไป 72 ชั่วโมง มีสีเบจ โปร่งแสง กลม นูนและเป็นมันเงา สมาชิกของสายพันธุ์นี้สามารถใช้ Escherichia coli และ Klebsiella ได้ Campylobacter และแบคทีเรียแกรมลบอื่นๆ อีกหลายชนิดทำหน้าที่เป็นเหยื่อ
สายพันธุ์ทั่วไป ASxL5T ถูกแยกได้จากนมวัวในนอตติงแฮมเชอร์ สหราชอาณาจักร และฝากไว้ใน National Type Culture Collection (UK): หมายเลขภาคยานุวัติ NCTC 14397 และหมายเลขภาคยานุวัติของ Dutch Bacterial Culture Collection (NCCB) NCCB 100775 ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของ ASxL5T ได้รับการฝากไว้ใน Genbank ตามการเพิ่ม CP046056
แบคทีเรีย ASxL5T ถูกแยกออกจากนมวัวโดยใช้เทคโนโลยีการแยกฟาจ9,49 สารละลายถูกเจือจาง 1:9 (w/v) ในบัฟเฟอร์ SM (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O และ 0.01% เจลาติน; Sigma Aldrich, Gillingham, UK) จากนั้นฟักไข่ ที่อุณหภูมิ 4°C เป็นเวลา 24 ชั่วโมง หมุนช้าๆ เพื่อไล่สัตว์นักล่าเข้าไปในบัฟเฟอร์ สารแขวนลอยถูกปั่นแยกที่ 3000กรัม เป็นเวลา 3 นาที ส่วนลอยเหนือตะกอนถูกรวบรวมและปั่นแยกที่ 13,000 กรัมเป็นครั้งที่สองเป็นเวลา 5 นาที จากนั้น ส่วนลอยเหนือตะกอนจะถูกส่งผ่านตัวกรองเมมเบรน 0.45 µm (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germany) และตัวกรองเมมเบรน 0.2 µm (Minisart) เพื่อกำจัดเซลล์แบคทีเรียที่เหลืออยู่ ASxL5T สามารถผ่านตัวกรองเหล่านี้ได้ สนามหญ้าวุ้นแบบอ่อนของ Campylobacter enterosus S12 (หมายเลขภาคยานุวัติ NCBI CP040464) จากสารละลายเดียวกันถูกเตรียมโดยใช้เทคนิคมาตรฐาน สเลอรีที่ถูกกรองถูกกระจายบนเพลตเซลล์เจ้าบ้านเหล่านี้แต่ละเพลตในหยดขนาด 10 ไมโครลิตรเป็นสามเท่าและปล่อยให้แห้ง เพลตถูกบ่มในถังไมโครแอโรฟิลิกที่ 37°C เป็นเวลา 48 ชั่วโมงภายใต้สภาวะไมโครแอโรบิก (5% O2, 5% H2, 10% CO2 และ 80% N2) แผ่นโลหะที่มองเห็นได้จะถูกแยกออกเป็นบัฟเฟอร์ SM และถ่ายโอนไปยังสนามหญ้าสดของ C. hyointestinalis S12 เพื่อเผยแพร่สิ่งมีชีวิตที่ถูก lysed ต่อไป เมื่อพิจารณาแล้วว่าแบคทีเรียเป็นสาเหตุของคราบจุลินทรีย์ไลติก ไม่ใช่ฟาจ ให้พยายามทำให้สิ่งมีชีวิตเติบโตโดยไม่ขึ้นอยู่กับโฮสต์และกำหนดลักษณะเพิ่มเติม การเพาะเลี้ยงแบบแอโรบิกดำเนินการที่อุณหภูมิ 37 °C โดยมีเลือดม้าที่ผ่านการกระตุ้นหัวใจ 5% โดยปริมาตร/ปริมาตร (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, อาหารเสริม) ตามแนวทางของคณะกรรมการมาตรฐานคลินิกแห่งชาติ จะใช้วิธีการแพร่กระจายของแผ่นดิสก์เพื่อทดสอบความไวต่อฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรีย เพาะเลี้ยงวุ้น BHI ที่อุณหภูมิ 37 °C โดยใช้จานที่ประกอบด้วยยาปฏิชีวนะ (Oxoid) ต่อไปนี้สำหรับการเพาะเลี้ยงแบบใช้ออกซิเจน: แอมม็อกซิซิลลินและกรดคลาวูลานิก 30 ไมโครกรัม; เซโฟแทกซิม 30 ไมโครกรัม; สเตรปโตมัยซิน 10 ไมโครกรัม; ซิโปรฟลอกซาซิน 5 ไมโครกรัม; เซฟตาซิดิม 30 ไมโครกรัม กรดนาลิดิซิก 30 ไมโครกรัม; อิมิเพเนม 10 ไมโครกรัม; อะซิโทรมัยซิน 15 ไมโครกรัม; คลอแรมเฟนิคอล 30 ไมโครกรัม; เซฟอกซิติน 30 ไมโครกรัม; เตตราไซคลิน 30 ไมโครกรัม; ไนโตรฟูรันโทอิน 300 ไมโครกรัม; อัซทรีโอนัม 30 ไมโครกรัม; แอมพิซิลลิน 10 ไมโครกรัม ; เซฟโปดอกซิม 10 ไมโครกรัม; ไตรเมโทพริม-ซัลฟาเมทอกซาโซล 25 ไมโครกรัม ความทนทานต่อเกลือถูกกำหนดโดยการบ่มแบบแอโรบิกบนเพลตวุ้น BHI ที่อุณหภูมิ 37 °C NaCl เพิ่มเติมถูกเติมลงในเพลตวุ้น BHI เพื่อให้มีช่วงความเข้มข้นสูงถึง 10% น้ำหนัก/ปริมาตร ช่วง pH ถูกกำหนดโดยการเพาะเลี้ยงแบบแอโรบิกบนเพลตวุ้น BHI ที่อุณหภูมิ 37°C โดยที่ช่วง pH ได้รับการปรับให้อยู่ระหว่าง 4 ถึง 9 ด้วย HCl ปลอดเชื้อหรือ NaOH ปลอดเชื้อ และตรวจสอบค่า pH เป้าหมายก่อนเทเพลต สำหรับการวิเคราะห์กรดไขมันของเซลล์ ASxL5T ถูกเพาะเลี้ยงบนวุ้น BHI เป็นเวลา 3 วันและแบบแอโรบิกที่อุณหภูมิ 37 °C ตามโปรโตคอลมาตรฐาน MIDI (Sherlock Microbial Identification System เวอร์ชัน 6.10) ของ FERA Science Ltd (ยอร์ก สหราชอาณาจักร) กรดไขมันของเซลล์ได้รับการสกัด เตรียม และวิเคราะห์
สำหรับ TEM นั้น ASxL5T ได้รับการเพาะเลี้ยงแบบแอโรบิกโดยการแพร่กระจายอย่างสม่ำเสมอบน BA ที่อุณหภูมิ 37°C เป็นเวลา 24 ชั่วโมง จากนั้นเก็บเกี่ยวเป็นกลูตาราลดีไฮด์ 3% (ปริมาตร/ปริมาตร) 1 มิลลิลิตรในบัฟเฟอร์คาโคดีเลต 0.1 โมลาร์ที่อุณหภูมิห้อง ตรึงเป็นเวลา 1 ชั่วโมง จากนั้นหมุนเหวี่ยง ที่ 10,000 กรัม เป็นเวลา 3 นาที จากนั้นค่อย ๆ แขวนตะกอนเม็ดอีกครั้งในบัฟเฟอร์คาโคดิเลต 600 ไมโครลิตร 0.1 โมลาร์ ถ่ายโอนระบบกันสะเทือน ASxL5T แบบคงที่ไปยังฟิล์ม Formvar/คาร์บอนบนตะแกรงทองแดง 200 mesh แบคทีเรียถูกย้อมด้วยยูรานิลอะซิเตต 0.5% (น้ำหนัก/ปริมาตร) เป็นเวลา 1 นาทีและตรวจโดย TEM โดยใช้กล้องจุลทรรศน์ไบโอทวินของ TEI Tecnai G2 12 ดังที่ได้กล่าวไว้ข้างต้น ให้รวมเหยื่อและผู้ล่าจำนวนเท่ากันในน้ำซุป NZCYM (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) แล้วฟักเป็นเวลา 48 ชั่วโมงภายใต้สภาวะไมโครแอโรบิกของ Campylobacter หรือ Campylobacter ที่อุณหภูมิ 37°C ปฏิสัมพันธ์ระหว่างผู้ล่าและเหยื่อ ได้รับการตรวจโดย TEM ด้วย ภาวะแอโรบิกสำหรับเชื้อ Escherichia coli ตรวจสอบเหยื่อและแบคทีเรียนักล่าอย่างอิสระเพื่อตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงทางสัณฐานวิทยาของเซลล์เนื่องจากการปล้นสะดม ใช้วิธีซูดานแบล็กสำหรับกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงของการสะสม PHB
เพาะเลี้ยงเชื้อ ASxL5T ข้ามคืนโดยการทาการเจริญเติบโตบนเพลต BHI หรือ BA ด้วยผ้าเช็ดฆ่าเชื้อ รวบรวมเซลล์ ASxL5T และแขวนไว้ใน MRD (CM0733, Oxoid) จากนั้นนำไปวางไว้ที่อุณหภูมิ 4°C เป็นเวลา 7 วันเพื่อให้เซลล์อดอาหาร การเพาะเชื้อแบคทีเรียอ้างอิง NCTC หรือการเพาะเชื้อแบคทีเรียในห้องปฏิบัติการได้รับการปลูกเชื้อลงในน้ำซุป BHI หรือน้ำซุปสารอาหารหมายเลข 2 (CM007, Oxoid) บ่มข้ามคืน ปั่นเหวี่ยงที่ 13,000 กรัม และแขวนลอยใหม่ใน MRD จนกระทั่ง OD600 เท่ากับ 0.4 การเพาะเลี้ยง: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria แบคทีเรียพิเศษ NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, แฮมเบอร์เกอร์เรือดำน้ำ Rhodococcus NCTC 1621T, แบคทีเรียในลำไส้ Salmonella Mondeville NCTC 5747, เมือก NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460 โฮสต์ Campylobacter ได้รับการบ่มด้วยไมโครแอโรบิกบนเพลต BA ที่อุณหภูมิ 37°C และแขวนลอยในน้ำซุป NZCYM โฮสต์ Campylobacter ที่ทดสอบคือ: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... เก็บเซลล์ใน MRD ปั่นแยกที่ 13,000 กรัม และแขวนลอยใหม่ใน MRD จนกระทั่ง OD600 เท่ากับ 0.4 เติมส่วนผสมของสารแขวนลอย 0.5 มล. ลงในวุ้นด้านบน NZCYM ที่ละลายแล้ว 5 มล. (วุ้น 0.6%) แล้วเทลงบนจานด้านล่าง NZCYM 1.2% หลังจากการบ่มและทำให้แห้ง ASxL5T ที่ถูกเจือจางแบบอนุกรมถูกกระจายเป็นหยด 20 ไมโครลิตรบนกระดานสนามหญ้าแต่ละอันเป็นสามเท่า อุณหภูมิและบรรยากาศในการเพาะเลี้ยงขึ้นอยู่กับความต้องการของแบคทีเรียทดสอบ
ใช้ชุด GenElute™ Bacterial Genomic DNA (Sigma Aldridge) เพื่อเตรียม DNA จากแบคทีเรียที่แยกได้ ใช้วิธีการมาตรฐานสำหรับการขยาย PCR ของยีน 16S rRNA และการกำหนดลำดับผลิตภัณฑ์โดยใช้เคมีการสิ้นสุดสีย้อม (Eurofins Value Read Service ประเทศเยอรมนี) ใช้โปรแกรม BLAST-N เพื่อเปรียบเทียบลำดับเหล่านี้กับลำดับยีน 16S rRNA อื่นๆ เพื่อระบุและรวบรวมสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด สิ่งเหล่านี้ถูกจัดเรียงโดยใช้ ClustalW ในโปรแกรม MEGA X ต้นไม้สายวิวัฒนาการถูกสร้างขึ้นใหม่โดยใช้ MEGA X โดยใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุดตามแบบจำลองทามูระ-เนอิ โดยมีสำเนาแนะนำ 1,000 ชุด ใช้ชุด DNA Genomic DNA ของ PureLink™ (Fisher Scientific, Loughborough, UK) เพื่อแยก DNA สำหรับการหาลำดับจีโนมทั้งหมด ลำดับจีโนมของ ASxL5T ถูกกำหนดโดยใช้ชุดค่าผสมของ Illumina MiSeq ซึ่งประกอบด้วยการอ่านแบบ double-ended 250 bp ซึ่งประกอบด้วยไลบรารีที่จัดเตรียมโดยใช้ชุดการติดฉลาก Nextera และการอ่านแบบยาว 2 ถึง 20 kb จากแพลตฟอร์ม PacBio ศูนย์วิจัยลำดับดีเอ็นเอจีโนมิกส์ที่มหาวิทยาลัยเซมเบีย จีโนมถูกประกอบโดยใช้ CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, เดนมาร์ก) วัฒนธรรม ASxL5T ถูกฝากไว้ใน National Type Culture Collection (UK) และ Holland Bacterial Culture Collection (NCCB) จีโนมของสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องที่ใช้ในการเปรียบเทียบ ได้แก่ Thalassolitius oleivorans MIL-1T (เลขทะเบียน HF680312 ครบถ้วน); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (หมายเลขภาคยานุวัติ BMYY01000001 ไม่สมบูรณ์); โอเชียโนแบคเตอร์ kriegii DSM 6294T (หมายเลขทะเบียน NZ_AUGV00000000 ไม่สมบูรณ์); ชุมชน Marinamonas DSM 5604T (เพิ่ม ASM436330v1, ไม่สมบูรณ์), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (เพิ่ม MTSD02000001, ไม่สมบูรณ์) และ Thalassolituus sp. C2-1 (เพิ่ม NZ_VNIL01000001 ไม่สมบูรณ์) ใช้ JGI Genome Portal36 ที่ https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= เพื่อกำหนดคะแนนการจัดตำแหน่ง (AF) และเอกลักษณ์ของกรดนิวคลีอิกเฉลี่ย (ANI) เป็นคู่. วิธีการของ Rodriguez-R และ Konstantinidis55 ถูกนำมาใช้เพื่อกำหนดเอกลักษณ์ของกรดอะมิโน (AAI) ใช้ GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 เพื่อสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการที่เป็นไปได้สูงสุดโดยประมาณ จีโนมอินพุตที่แสดงถึงจีโนมอ้างอิงที่มีอยู่ถูกเลือกจากสกุลอ้างอิงที่ถูกระบุว่าเกี่ยวข้องกับ ASxL5T จากสายวิวัฒนาการ 16S rRNA ใส่คำอธิบายประกอบต้นไม้โดยใช้เครื่องมือออนไลน์เกี่ยวกับต้นไม้แห่งชีวิตแบบโต้ตอบ (https://itol.embl.de/) คำอธิบายประกอบการทำงานของและการวิเคราะห์จีโนม ASxL5T ดำเนินการโดยใช้เครื่องมือออนไลน์ BlastKOALA KEGG โดยใช้การกระจายการเสริมสมรรถนะโมดูล KEGG (สารานุกรมเกียวโตของยีนและจีโนม) การกระจายของหมวดหมู่ COG (กลุ่มออร์โธโลจีส) ถูกกำหนดโดยใช้เครื่องมือออนไลน์ eggNOG-mapper
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ และ Muñoz-Dorado, J. การปล้นสะดมของแบคทีเรีย: 75 ปีและยังคงดำเนินต่อไป! - สิ่งแวดล้อม. จุลินทรีย์. 18, 766–779 (2016)
Linares-Otoya, L. ฯลฯ ความหลากหลายและศักยภาพในการต้านเชื้อแบคทีเรียของแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่นบนแนวชายฝั่งเปรู ยาเดือนมีนาคม 15.E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017)
พาสเตอร์นัก Z. และคณะ คุณจะเข้าใจพวกมันผ่านยีนของพวกเขา: ลักษณะทางจีโนมของแบคทีเรียที่กินสัตว์เป็นอาหาร ISME เจ. 7, 756–769 (2013)
Sockett, RE วิถีชีวิตนักล่าของ bacteriophage Bdellovibrio ติดตั้ง. จุลินทรีย์ศิษยาภิบาล 63, 523–539 (2552)
Korp, J. , Vela Gurovic, MS & Nett, M. ยาปฏิชีวนะจากแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่น Beilstein J. ฮิสโตเคมี 12, 594–607 (2016)
Johnke, J. , Fraune, S. , Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio และสิ่งมีชีวิตที่คล้ายกันเป็นตัวทำนายความหลากหลายของไมโครไบโอมในประชากรโฮสต์ที่แตกต่างกัน จุลินทรีย์. นิเวศวิทยา. 79, 252–257 (2020)
Vila, J., Moreno-Morales, J. และ Ballesté-Delpierre, C. ค้นพบสถานะปัจจุบันของสารต้านแบคทีเรียชนิดใหม่ ทางคลินิก จุลินทรีย์. ติดเชื้อ https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019)
Hobley, L. และคณะ การปล้นสะดมแบบคู่ของฟาจและฟาจสามารถกำจัดเหยื่อของเชื้อ E. coli ได้โดยไม่ต้องมีการปล้นสะดมเพียงครั้งเดียว เจ.แบคทีเรีย. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A. , Connerton, PL & Connerton, IF จำนวนและความหลากหลายของ Campylobacter และ bacteriophages ที่แยกได้ในระหว่างวงจรการให้อาหารของไก่เลี้ยงแบบปล่อยอิสระและไก่อินทรีย์ สภาพแวดล้อมการใช้งาน จุลินทรีย์. 71, 1259–1266 (2005)
Wilkinson, DA ฯลฯ อัปเดตอนุกรมวิธานจีโนมและระบาดวิทยาของสุกร Campylobacter ศาสตร์. ตัวแทน 8, 2393 https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018)
Lee, MD GToTree: ขั้นตอนการทำงานที่ใช้งานง่ายสำหรับจีโนมิกส์ของระบบ ชีวสารสนเทศศาสตร์ 35, 4162–4164 (2019)
Edgar, RC MUSCLE: วิธีการจัดตำแหน่งแบบหลายลำดับที่ช่วยลดความซับซ้อนของเวลาและพื้นที่ ข้อมูลทางชีววิทยาของบีเอ็มซี 5, 113 (2547)
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: เครื่องมือสำหรับการจัดตำแหน่งและตัดแต่งอัตโนมัติในการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการขนาดใหญ่ ชีวสารสนเทศศาสตร์ 25, 1972–1973 (2009)
Hyatt, D. , LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, ยีน EC และการแปลลำดับ metagenomic เริ่มต้นการทำนายไซต์ ชีวสารสนเทศศาสตร์ 28, 2223-2230 (2012)
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: ชุดเครื่องมือจำแนก NCBI ข้ามแพลตฟอร์มและมีประสิทธิภาพ Bio Rxiv. (เข้าถึงเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2021); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019)
ราคา, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-แผนผังความน่าจะเป็นสูงสุดโดยประมาณพร้อมการจัดตำแหน่งขนาดใหญ่ โปรดหนึ่ง 5, e9490 (2010)
Tange, O. GNU ขนาน (เข้าถึงเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2021); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018)
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: สารานุกรมเกียวโตเกี่ยวกับยีนและจีโนม การวิจัยกรดนิวคลีอิก 28, 27-30 (2543)
สาธารณรัฐเช็ก, L. ฯลฯ บทบาทของ extremolytes ectoine และ hydroxyectoine ในฐานะตัวป้องกันความเครียดและสารอาหาร: พันธุศาสตร์ จีโนมของระบบ ชีวเคมี และการวิเคราะห์โครงสร้าง ยีน (บาเซิล) 9.E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018)
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA การแสดงออกของโปรตีนที่แตกต่างในระหว่างการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ย่อยสลายไฮโดรคาร์บอนในทะเลที่มีพันธะผูกพัน Thalassolituus oleivorans MIL-1 ในระหว่างการเจริญเติบโตของอัลเคนสายกลางและยาว ด้านหน้า. จุลินทรีย์. 9/3130 (2018)
Pasternak, Z. , Ben Sasson, T. , Cohen, Y. , Segev, E. , และ Jurkevitch, E. วิธีการเปรียบเทียบจีโนมใหม่สำหรับการกำหนดตัวบ่งชี้เฉพาะฟีโนไทป์เผยให้เห็นมรดกเฉพาะในเครื่องหมายแบคทีเรียที่กินสัตว์อื่น ห้องสมุดสาธารณะวิทยาศาสตร์ 1. 10.e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015)
Yakimov, MM ฯลฯ ยีน Thalassolitius oleivorans พฤศจิกายน ส.ค. พ.ย. แบคทีเรียทางทะเลชนิดใหม่ที่มีความเชี่ยวชาญในการใช้ไฮโดรคาร์บอน ความเป็นสากล เจ. ซิสเต็ม. วิวัฒนาการ. จุลินทรีย์. 54, 141–148 (2547)
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. พฤศจิกายน ส.ค. ในเดือนพฤศจิกายน แยกออกจากน้ำทะเลที่ไหลเวียนในมหาสมุทรแปซิฟิกใต้ ความเป็นสากล เจ. ซิสเต็ม. วิวัฒนาการ. จุลินทรีย์. 66, 5010–5015 (2016)