Gram-negatiw, aerob, duzlara çydamly, işjeň, hasa görnüşli we ýyrtyjy bakteriýalar ASxL5T Angliýanyň Nottingemşir şäherindäki sygyr goýun howuzyndan izolirlenip, Campylobacter-i ýyrtyjy hökmünde ulandy. Netijede, “Campylobacter” -iň beýleki görnüşleri we Enterobacteriaceae maşgalasynyň agzalary ýyrtyjy hökmünde tapyldy. Öýjükli subkulturadan soň, beýniniň ýürek infuziýa agajynda gowşak aseptiki ösüş gazanyldy. Iň amatly ösüş şertleri 37 ° C we pH 7 bolýar. Elektron mikroskopiýa ýyrtyjynyň bolmagy bilen baglanyşykly käbir üýtgeşik morfologiki aýratynlyklary ýüze çykardy. 16S rRNA gen yzygiderliligini ulanyp, filogenetiki derňew izolýasiýanyň Deňiz Spirulina maşgalasynyň agzasy bilen baglanyşyklydygyny görkezdi, ýöne belli bir jyns agzasy hökmünde kesgitlenip bilinmez. ASxL5T-iň genom yzygiderliligi deňiz spirohetleriniň agzalary bilen gatnaşygy tassyklady. Maglumatlar bazasynyň gözleginde birnäçe ASxL5T-leriň okeandan, gury ýer we ýerasty suwlardan birnäçe medeniýetsiz bakteriýalar bilen 16S rRNA gen yzygiderliligini paýlaşýandygy ýüze çykaryldy. ASxL5T ştammynyň täze jynsdaky täze görnüşi aňladýandygyny maslahat berýäris. Venatorbacter cucullus gen adyny maslahat berýäris. Noýabr, sp. Noýabr aýynda ASxL5T görnüşli ştamm hökmünde ulanyldy.
Edyrtyjy bakteriýalar, biosintetiki materiallary we energiýa almak üçin beýleki janly bakteriýalary awlamak we öldürmek ukybyny görkezýän bakteriýalardyr. Bu ýokumly maddalaryň ölen mikroorganizmlerden umumy dikeldilmeginden tapawutlanýar, şeýle hem bakteriýalar öý eýesi bilen öldürmezden ýakyn gatnaşyk döredýän parazit täsirlerinden tapawutlanýar. Edyrtyjy bakteriýalar, tapylan ýerlerinde (deňizdäki ýaşaýyş ýerleri ýaly) köp iýmit çeşmelerinden peýdalanmak üçin dürli durmuş sikllerini ösdürdi. Olar taksonomiki taýdan dürli topar bolup, diňe özboluşly sterilizasiýa ömri bilen baglanyşýarlar1. Predyrtyjy bakteriýalaryň mysallary birnäçe dürli phyla tapyldy, şol sanda: Proteobakteriýalar, Bakteroidler we Hlorella.3. Şeýle-de bolsa, iň gowy öwrenilen ýyrtyjy bakteriýalar Bdellowibrio we Bdellowibrio we şuňa meňzeş organizmlerdir (BALOs4). Edyrtyjy bakteriýalar täze biologiki işjeň birleşmeleriň we antibakterial serişdeleriň geljegi uly çeşmesidir5.
Edyrtyjy bakteriýalar mikroblaryň dürlüligini ýokarlandyrar we ekosistemanyň saglygyna, öndürijiligine we durnuklylygyna oňyn täsir eder diýip hasaplanýar6. Bu oňyn häsiýetlere garamazdan, bakteriýalary ösdürip ýetişdirmegiň kynlygy we çylşyrymly durmuş sikllerine düşünmek üçin öýjükleriň özara täsirini üns bilen synlamagyň zerurlygy sebäpli täze ýyrtyjy bakteriýalar barada gözlegler az. Bu maglumatlary kompýuter derňewinden almak aňsat däl.
Mikroblara garşylygy ýokarlanýan döwürde bakteriofaglary we ýyrtyjy bakteriýalary ulanmak ýaly bakterial patogenleri nyşana almak üçin täze strategiýalar öwrenilýär7,8. ASxL5T bakteriýalary 2019-njy ýylda Nottingemşir Nottingem uniwersitetiniň Süýt merkezinden ýygnan sygyr goýunlaryndan faz izolýasiýa tehnologiýasy arkaly izolýasiýa edildi. Gözlegiň maksady, biologiki gözegçilik serişdeleri hökmünde potensialy bolan organizmleri izolirlemek. “Campylobacter hyointestinalis”, adam içege keselleri bilen has köp baglanyşýan zoonotik patogen10. Serumda hemme ýerde bar we maksatly öý eýesi hökmünde ulanylýar.
ASxL5T bakteriýasy sygyr etinden izolýasiýa edildi, sebäbi C. hyointestinalis gazonynda emele gelen nyşanlaryň bakteriofaglaryň öndürýän önümlerine meňzeýändigi synlandy. Bu garaşylmadyk tapyndy, sebäbi fazany izolýasiýa etabynyň bir bölegi bakteriýa öýjüklerini aýyrmak üçin döredilen 0,2 mkm süzgüç arkaly süzülmegi öz içine alýar. Tagtadan alnan materialyň mikroskopiki gözden geçirilmegi, gram-negatiw egrilen çybyk şekilli bakteriýalaryň polihidroksibutyrat (PHB) toplamaýandygyny ýüze çykardy. Eyyrtyjy öýjüklerden garaşsyz aseptiki medeniýet, baý gaty gurşawda (beýniniň ýürek infuziýasy agar (BHI) we gan agar (BA)) amala aşyrylýar we ösüşi gowşak. Agyr inokulum gowulaşan subkulturadan soň alynýar. Mikroerob (7% v / v kislorod) we atmosfera kislorod şertlerinde deň derejede ösýär, ýöne anaerob atmosferada däl. 72 sagatdan soň koloniýanyň diametri gaty kiçi bolup, 2 mm-e ýetdi we goýy, açyk, tegelek, konweks we ýalpyldawukdy. Adaty biohimiki synag päsgelçilik döredýär, sebäbi ASxL5T suwuk metbugatda ygtybarly ösdürilip bilinmez, bu biofilmiň emele gelmeginiň çylşyrymly ýaşaýyş sikline bil baglap biler. Şeýle-de bolsa, plastinka asma ASxL5T-iň aerobdygyny, oksidaza we katalaza oňyn we 5% NaCl çydam edip biljekdigini görkezdi. ASxL5T 10 µg streptomisine çydamly, ýöne barlanan beýleki antibiotiklere duýgur. ASxL5T bakteriýa öýjükleri TEM tarapyndan barlandy (1-nji surat). BA-da ýyrtyjy öýjükler bolmazdan ulalanda, ASXL5T öýjükleri ortaça 1,63 μm (± 0.4), ini 0,37 μm (± 0.08) we bir uzyn (5 μm) polýus bilen kiçijik Campylobacter bolup durýar. Jynsy flagella. Öýjükleriň takmynan 1,6% ini 0,2 mk-dan az bolup, süzgüç enjamyndan geçmäge mümkinçilik berer. Käbir öýjükleriň ýokarsynda ýarmarka (latynça cucullus) meňzeş adaty bolmadyk gurluş uzalmasy syn edildi (1D, E, G oklara serediň). Bu, periplazmatik konwertiň ululygynyň çalt azalmagy sebäpli bolup biläýjek artykmaç daşky membranadan ybarat bolup görünýär, daşky membranasy bolsa "boş" görnüşi görkezýär. Uzyn wagtlap 4 ° C-de ýokumly maddalaryň ýoklugynda (PBS-de) ASxL5T ösdürip ýetişdirmek, öýjükleriň köpüsiniň (ýöne hemmesi däl) kokal morfologiýasyny görkezmegine sebäp boldy (1C surat). “ASxL5T” “Campylobacter jejuni” bilen 48 sagatlap ýyrtyjy hökmünde ulalanda, öýjügiň ortaça ululygy öý eýesi bolmadyk öýjüklerden ep-esli uzyn we dar bolýar (1-nji tablisa we 1E surat). Munuň tersine, ASxL5T E. coli bilen 48 sagatlap ýyrtyjy hökmünde ulalanda, öýjügiň ortaça ululygy ýyrtyjy bolman ulalandan has uzyn we has giňdir (1-nji tablisa) we öýjügiň uzynlygy üýtgeýär, adatça süzgüçli bolýar (1F surat). “Campylobacter jejuni” ýa-da E. coli bilen 48 sagatlap ýyrtyjy hökmünde inkubasiýa edilende, ASxL5T öýjükleri asla flagella görkezmedi. 1-nji tablisada ASxL5T-iň barlygyna, ýoklugyna we ýyrtyjy görnüşine baglylykda öýjük ululygynyň üýtgemegine synlar jemlenendir.
ASx5LT-iň TEM displeýi: (A) ASx5LT uzyn gamçyny görkezýär; (B) adaty ASx5LT batareýa; (C) ýokumly maddalar bolmazdan uzak wagtlap inkubasiýa edilenden soň ASC5LT öýjükleri; : (F) E. coli ýyrtyjy bilen inkubasiýa edilenden soň, uly Filamentli flagella, ASx5LT öýjükleri; (G) E. coli bilen inkubasiýa edilenden soň, adaty bolmadyk ýokarky gurluşy görkezýän ýekeje ASx5LT öýjük. Çyzyk 1 μm görkezýär.
16S rRNA gen yzygiderliligini kesgitlemek (MT636545.1 goşulma belgisi) maglumatlar bazasynyň gözleglerine, Gammaproteobakteriýa synpyna meňzeş yzygiderliligi kesgitlemäge mümkinçilik berýär we deňiz spirillum maşgalasyndaky deňiz bakteriýalaryna iň ýakyn (2-nji surat) we Talassolituus urugynyň agzalarydyr. Deňiz bakillusyna iň ýakyn garyndaş. 16S rRNA gen yzygiderliligi Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) maşgalasyna degişli ýyrtyjy bakteriýalardan düýpgöter tapawutlanýar. B. bakterioworus HD100T (görnüşli ştamm, DSM 50701) we B. bakterioworus DM11A bilen jübüt deňeşdirmeler 48,4% we 47,7%, B. exovorus JSS üçin 46,7% boldy. ASxL5T bakteriýalarynda 16S rRNA geniniň 3 nusgasy bar, olaryň ikisi biri-birine meňzeýär, üçünjisi bolsa 3 esas. Beýleki iki ýyrtyjy bakteriýa izolýasiýasy (ASx5S we ASx5O; 16S rRNA gen goşulma belgileri degişlilikde MT636546.1 we MT636547.1) birmeňzeş morfologiki we fenotip häsiýetleri birmeňzeş däl, ýöne ASxL5T we medeniýetsiz bakteriýadan tapawutlanýar maglumat bazasynyň yzygiderliligi Okeanospirillaceae-iň beýleki görnüşleri bilen jemlenendir (2-nji surat). ASxL5T-iň ähli gen yzygiderliligi NCBI maglumatlar bazasynda kesgitlenildi we saklandy, goşulmak belgisi CP046056. ASxL5T genomy, G + C gatnaşygy 56,1% bolan 2,831,152 bp tegelek hromosomadan durýar. Genom yzygiderliliginde 2653 CDS (jemi) bar, şolardan 2567-siniň beloklary kodlamagy çak edilýär, şolardan 1596-syny funksiýa hökmünde belläp bolýar (60.2%). Genomda 9 sany RRNA (hersi 5S, 16S we 23S üçin 3) we 57 tRNA ýaly 67 sany RNK kodlaýjy gen bar. ASxL5T-iň genom aýratynlyklary 16S rRNA gen yzygiderliliginden kesgitlenen iň ýakyn garyndaş görnüşiniň ştamlarynyň bar bolan genomlary bilen deňeşdirildi (2-nji tablisa). Bar bolan Talassolituus genomlaryny ASxL5T bilen deňeşdirmek üçin aminokislotanyň şahsyýetini (AAI) ulanyň. AAI tarapyndan kesgitlenen iň ýakyn (doly däl) gen yzygiderliligi Talassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 goşuň). Bu ştamm Mariana çukurynyň çuň deňiz çökündilerinden üzňeleşdirildi, ýöne deňeşdirmek üçin häzirki wagtda bu ştamm hakda fenotip maglumat ýok. ASxL5T-iň 2.82 Mb bilen deňeşdirilende, organizmiň genomy 4.36 Mb-da has uludyr. Deňiz spirohetleriniň genomynyň ortaça ululygy takmynan 4,16 Mb (± 1,1; n = 92 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assemble-den gözlenýän doly salgylanma genomlary), şonuň üçin ASxL5T genomy gabat gelýär. sargyt Beýleki agzalar bilen deňeşdirilende gaty az. Gammaproteobakteriýa 11,12,13,14,15,16, 172 sany bir gezeklik genleriň deňleşdirilen we birleşdirilen aminokislotalar yzygiderliligini ulanyp, gen esasly filogenetik agajy döretmek üçin GToTree 1.5.54 ulanyň. 17, 18. Derňew, Talassolituus, Bakteriýa uçary we deňiz bakteriýasy bilen ýakyndan baglanyşyklydygyny görkezdi. Şeýle-de bolsa, bu maglumatlar ASxL5T-iň Marine Spirulinadaky garyndaşlaryndan tapawutlydygyny we genleriň yzygiderliligi baradaky maglumatlaryň bardygyny görkezýär.
16S rRNA gen yzygiderliligini ulanýan filogenetik agaç, ASCL5T, ASxO5 we ASxS5 ştamlarynyň (içegeler bilen) Deňiz Spirulinaceae-de ösdürilmedik we deňiz bakteriýalarynyň ştammlaryna degişlidir. Genbank-a goşulmak belgisi, gabygyň adyna eýerýär. Yzygiderliligi deňlemek üçin ClustalW ulanyň we filogenetiki gatnaşyklary kesgitlemek üçin iň ýokary ähtimallyk usuly we Tamura-Nei modelini ulanyň we MEGA X programmasynda 1000 sany göçürme ýerine ýetiriň. Şahamçadaky san, göçürme bahasynyň 50% -den ýokarydygyny görkezýär. Escherichia coli U / 541T topar hökmünde ulanyldy.
(A) Genom esasly filogenetik agaç, ASxL5T deňiz Spirospiraceae bakteriýasy bilen ýakyn garyndaşlary E. coli U 5 / 41T arasyndaky gatnaşygy görkezýän topar. (B) T. oleivorans MIL-1T bilen deňeşdirilende, genleriň funksional kategoriýa paýlanyşy ASx5LT belogynyň ortologiki topary (COG) toparyna esaslanýar. Çep tarapdaky şekil, her genomdaky COG kategoriýasyndaky genleriň sanyny görkezýär. Sag tarapdaky grafika her bir işleýän COG toparyndaky genleriň göterimini görkezýär. (C) T. oleiverans MIL-1T bilen deňeşdirilende, ASxL5T-iň doly KEGG (Genleriň we genleriň Kyoto ensiklopediýasy) modul ýolunyň derňewi.
ASxL5T genomynda bar bolan komponent genlerini barlamak üçin KEGG maglumat bazasyny ulanmak, aerob gamma Proteusyň adaty metabolik ýoluny ýüze çykardy. ASxL5T, himotaksis, flagella ýygnamak we IV görnüşli fimbriýa ulgamy ýaly bakterial motor beloklaryna bellenen jemi 75 geni öz içine alýar. Iň soňky kategoriýada, 10 geniň 9-sy beýleki organizmleriň gyşarmagy üçin jogapkärdir. ASxL5T genomynda, halofillere garaşylyşy ýaly, osmotik stres 20-e gorag täsirine gatnaşýan doly tetrahidropirimidin biosintetiki ýoly bar. Genomda kofaktorlar we witaminler üçin riboflawiniň sintez ýollary ýaly köp sanly ýol bar. Alkan 1-monooksigenaza (alkB2) gen ASxL5T-de bar bolsa-da, uglewodoroddan peýdalanmak ýoly doly däl. ASxL5T gen yzygiderliliginde, TOL_2658 (alkB) we TOL_2772 (alkogol degidrojenaz) ýaly T. oleiverans MIL-1T21-de uglewodorodlaryň zaýalanmagyna sebäp bolan genleriň gomologlary ýok. 3B suratda, COG kategoriýasyndaky gen paýlanyşynyň ASxL5T we Zeýtun ýagy MIL-1T arasyndaky deňeşdirilişi görkezilýär. Umuman aýdanyňda, kiçi ASxL5T genomy, has uly baglanyşykly gen bilen deňeşdirilende her COG kategoriýasyndan proporsional az genleri öz içine alýar. Her bir funksional kategoriýadaky genleriň sany geniň göterimi hökmünde aňladylanda, terjime, ribosomal gurluş we biogenez kategoriýalarynda genleriň göteriminde tapawutlar, has uly ASxL5T emele getirýän energiýa önümçiligi we öwrüliş funksiýa kategoriýalarynda tapawutlar bellenýär. genom T. oleiverans MIL-1T genomynda bar bolan şol bir topar bilen deňeşdirilýär. Munuň tersine, ASxL5T genomy bilen deňeşdirilende, T. oleivorans MIL-1T köpeltmek, rekombinasiýa we abatlamak we transkripsiýa kategoriýalarynda genleriň has köp göterimine eýe. Gyzykly tarapy, iki geniň her bir funksional kategoriýasynyň mazmunyndaky iň uly tapawut, ASxL5T-de bar bolan näbelli genleriň sanydyr (3B surat). KEGG modullarynyň baýlaşdyryş derňewi geçirildi, bu ýerde her KEGG moduly genom yzygiderliliginiň maglumatlaryny düşündiriş we biologiki düşündirmek üçin el bilen kesgitlenen funksional birlikleri görkezýär. ASxL5T we zeýtun MIL-1T-iň doly KOG modul ýolunda gen paýlanyşynyň deňeşdirilişi 3C-nji suratda görkezilýär. Bu derňew, ASxL5T-de doly kükürt we azot metabolik ýolunyň bardygyna garamazdan, T. oleiverans MIL-1T ýokdugyny görkezýär. Munuň tersine, T. oleiverans MIL-1T doly sistein we metionin metabolik ýoly bar, ýöne ASxL5T-de doly däl. Şonuň üçin ASxL5T-de sulfat assimilýasiýasy üçin häsiýetli modul bar (metabolik kuwwat ýa-da patogen ýaly fenotip bellikler hökmünde ulanylyp bilinjek genler toplumy hökmünde kesgitlenýär; https://www.genome.jp/kegg/module.html) T-de oleiverans MIL-1T. ASxL5T-iň gen mazmunyny ýyrtyjy ýaşaýyş durmuşyny görkezýän genleriň sanawy bilen deňeşdirmek netijesiz. O antigen polisakarid bilen baglanyşykly ligany kodlaýan waaL geni ASxL5T geninde bar bolsa-da (ýöne köp gram-negatiw bakteriýalarda köp duş gelýär), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) genler 60 aminony öz içine alyp biler. ýok bolan ýyrtyjy bakteriýalarda köplenç kislota sebitleri. ASxL5T genomynda mevalonat ýolundaky izoprenoid biosintezine gatnaşýan kodlaýjy fermentleri öz içine alýan başga ýyrtyjy häsiýetli genler ýok. Gözden geçirilen ýyrtyjy toparda transkripsiýa kadalaşdyryjy gen gntR ýokdugyna üns beriň, ýöne ASxL5T-de üç gntR meňzeş gen kesgitlenip bilner.
ASxL5T-iň fenotip aýratynlyklary 3-nji tablisada jemlenendir we edebiýatda habar berlen 23, 24, 25, 26 we 27 görnüşleriň fenotip aýratynlyklary bilen deňeşdirilýär. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis we Oceanobacter kriegii izolýasiýalary işjeň, duzlara çydamly, oksidaza polo positiveitel çybyk görnüşli jisimler, ýöne ASxL5T bilen başga fenotip aýratynlyklary ýok diýen ýaly. Okeanyň ortaça pH 8.1 (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77) bolup, T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis we O. kriegii. ASxL5T deňiz däl görnüşlere mahsus bolan has uly pH diapazony (4-9) üçin amatlydyr. Talassolituus sp-iň fenotip aýratynlyklary. C2-1. Näbelli ASxL5T-iň ösüş temperatura diapazony, adatça, deňiz ştamlaryndan (4–42 ° C) has giňdir, ýöne T. marinus izolýasiýalarynyň hemmesi ýylylyga çydamly däldir. Çorbanyň metbugatynda ASxL5T ösdürip bilmezlik, fenotip häsiýetnamanyň öňüni aldy. BA plastinkasyndan, ONPG, argin dihidrolaza, lizin dekarboksilaza, ornitin dekarboksilaza, sitrat ulanylyşyna, karbamid, triptofan deaminaza, jelatin gidroliz fermentine synag edilen materiallary barlamak üçin API 20E ulanyň, synag netijeleri negatiwdi, ýöne indol, asetoin we H2S ýok. öndürildi. Düzedilmedik uglewodlar: glýukoza, mannoza, inozitol, sorbitol, rhamnoza, sukroz, melibioza, amigdalin we arabinoza. Çap edilen baglanyşykly salgylanma ştamlary bilen deňeşdirilende, ASxL5T ştammynyň öýjükli ýag kislotasynyň tertibi 4-nji tablisada görkezilýär. Öýjükli ýag kislotalary esasy C16: 1ω6c we / ýa-da C16: 1ω7c, C16: 0 we C18: 1ω9. Gidroksi ýag kislotalary C12: 0 3-OH we C10: 0 3-OH hem bar. ASxL5T-de C16: 0 gatnaşygy, degişli görnüşleriň habar berlen bahasyndan has ýokary. Munuň tersine, habar berlen T. marinus IMCC1826TT bilen deňeşdirilende, ASxL5T-de C18: 1ω7c we / ýa-da C18: 1ω6c gatnaşygy azalýar. oleivorans MIL-1T we O. kriegii DSM 6294T, ýöne B. sanyensis KCTC 32220T-de tapylmady. ASxL5T we ASxLS ýag kislotasynyň profilini deňeşdirip, şol bir görnüşiň genom DNK yzygiderliligine laýyk gelýän iki ştamyň arasyndaky aýry ýag kislotalarynyň mukdaryndaky inçe tapawutlary ýüze çykardy. Sudanyň gara synagyndan peýdalanyp, poli-3-gidroksibutyrat (PHB) bölejikleri tapylmady.
ASxL5T bakteriýalarynyň ýyrtyjy işjeňligi, ýyrtyjylaryň görnüşini kesgitlemek üçin öwrenildi. Bu bakteriýa, “Campylobacter suis 11608T”, “Campylobacter jejuni PT14”, “Campylobacter jejuni 12662”, “Campylobacter jejuni NCTC 11168T” ýaly nyşanlary döredip biler. Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 we C. upsaliensis NCTC 11541T. Gram-negatiw we Gram-pozitiw bakteriýalaryň has giň toparyny barlamak üçin usulyň ýer kesgitleýiş bölüminde görkezilen medeniýetleri ulanyň. Netijeler ASxL5T-iň Escherichia coli NCTC 86 we Citrobacter freundii NCTC 9750T-de hem ulanylyp bilinjekdigini görkezýär. Klebsiella oksitoka 11466-da emele gelen nyşanlar. E. coli NCTC 86 bilen TEM-iň täsiri 4A-D suratda görkezilýär, Campylobacter jejuni PT14 we Campylobacter suis S12 bilen täsiri 4E-H ortada görkezilýär. Hüjüm mehanizmi, her ASxL5T öýjügine bir ýa-da birnäçe E. coli öýjügi birikdirilen we adsorbsiýadan öň uzaldylan öýjügiň üstünde ýerleşýän ýyrtyjy görnüşleriň arasynda tapawutly ýaly görünýär. Munuň tersine, ASxL5T, ýyrtyjy öýjügiň ýokarsynda we Kampylobakter öýjüginiň ýokarsynda bir aragatnaşyk nokady arkaly “Campylobacter” -e birikdirilen ýaly görünýär (4H surat).
ASx5LT bilen ýyrtyjynyň özara täsirini görkezýän TEM: (AD) we E. coli ýyrtyjy; (EH) we C. jejuni ýyrtyjy. (A) Bir E. coli (EC) öýjügine birikdirilen adaty ASx5LT öýjük; (B) ECekeje EC öýjügine berkidilen ASx5LT; (C) Birnäçe EC öýjüklerine birikdirilen süzgüçli ASx5LT öýjük; (D) Bir E. coli (EC) öýjügine kiçi ASx5LT öýjükleri birikdirmek; (E) “Campylobacter jejuni” (CJ) öýjügine birikdirilen ýekeje ASx5LT öýjügi; (F) ASx5LT C. hyointestinalis (CH) öýjüklerine hüjüm edýär; (G) iki sany ASx5LT öýjük CJ öýjügine hüjüm etdi; (H) ASJ5LT birikdirme nokadynyň ýakyn görnüşi, CJ öýjüginiň ýokarsynda (bar 0,2 μm). Çyzyk 1 μm (A - G) aňladýar.
Edyrtyjy bakteriýalar köp ýyrtyjy çeşmelerden peýdalanmak üçin ösdi. Elbetde, olar dürli gurşawda giňden bar. Ilatyň agzalarynyň darlygy sebäpli, ASxL5T bakteriýalaryny fazany bölmek usuly bilen izolýasiýa edip bolýar. Deňiz bakteriýalarynyň okeanospirillaceae maşgalasynyň agzalary bilen ASxL5T-iň genom taýdan ähmiýeti geň galdyryjy, organizm duza çydamly we 5% duzly gurşawda ösüp bilýär. Suwuň hiliniň seljermesi natriý hloridiň düzüminiň 0,1% -den azdygyny görkezdi. Şonuň üçin palçyk deňiz gurşawyndan geografiki we himiki taýdan uzakda. Şol bir çeşmeden üç baglanyşykly, ýöne dürli izolýasiýanyň bolmagy bu ýyrtyjylaryň deňiz däl gurşawda gülläp ösýändigini görkezýär. Mundan başga-da, mikrobiome derňewi (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990-dan elýeterli maglumatlar faýllary) şol bir 16S rRNA gen yzygiderliliginiň iň köp 50 taksada (OTU) ýerleşýändigini görkezdi ) Palçykdan birnäçe aralykda. Genbank maglumatlar bazasynda ASxL5T bakteriýalaryna meňzeş 16S rRNA gen yzygiderliligi bolan birnäçe medeniýetsiz bakteriýa tapyldy. Bu yzygiderlilikler, ASxL5T, ASxS5 we ASxO5 yzygiderliligi bilen birlikde, Talassolituusdan we Okeanobakterden bölünen dürli klasslary görkezýär (2-nji surat). Üç görnüşli medeniýetsiz bakteriýa (GQ921362, GQ921357 we GQ921396) 2009-njy ýylda Günorta Afrikanyň altyn käninde 1,3 kilometr çuňlukda bölünen suwdan izolýasiýa edildi, galan ikisi (DQ256320 we DQ337006) ýerasty suwlardan (Günorta Afrikada-da). 2005-nji ýylda). ASxL5T bilen has ýakyn baglanyşykly 16S rRNA gen yzygiderliligi, 2006-njy ýylda Fransiýanyň demirgazygyndaky kenarlardan alnan çägeli çökündileriň baýlaşdyryş medeniýetinden alnan 16S rRNA gen yzygiderliliginiň bir bölegidir (goşulmak belgisi AM29240828). Beýleki bir ýakyn baglanyşykly 16S rRNA gen yzygiderliligi, HQ183822.1 bakteriýasyndan Hytaýyň şäher poligonyndan ýygnan tankdan alyndy. Elbetde, ASxL5T bakteriýalary taksonomiki maglumatlar bazalarynda ýokary derejede wekilçilik etmeýär, ýöne medeniýetsiz bakteriýalardan gelýän bu yzygiderlilik, adatça kyn şertlerde bütin dünýäde ýaýradylan ASxL5T meňzeş organizmleri aňladýar. Bütin gen filogenetiki derňewden ASxL5T-e iň ýakyn garyndaş Talassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Talassolituus deňiz we ýerüsti gurşawda giňden ýaýran we adatça uglewodorod hapalanmagyndan soň agdyklyk edýän deňiz borçly uglewodorod bölek bakteriýalarynyň (OHCB) agzasydyr. Deňiz bakteriýalary OHCB toparynyň agzalary däl, deňiz gurşawyndan üzňe.
Fenotip maglumatlary ASxL5T-iň täze görnüşdigini we deňiz spirospiraceae maşgalasynda öň tanalmaýan jynsyň agzasydygyny görkezýär. Häzirki wagtda täze izolirlenen ştamlary täze jyns görnüşine bölmek üçin takyk standart ýok. Universalhliumumy genera çäklerini kesgitlemek üçin synanyşyk edildi, mysal üçin, konserwatiw belogyň (POCP) geniniň göterimine esaslanyp, kesilen bahanyň salgylanma ştamyna 50% meňzeş bolmagy maslahat berilýär33. Beýlekiler, POCP-den artykmaçlyklary bolan AAI bahalaryny ulanmagy maslahat berýärler, sebäbi doly däl genomlardan alyp bolýar34. Awtoryň pikiriçe, AAI bahasy model görnüşleriniň nusga görnüşi bilen deňeşdirilende 74% -den az bolsa, ştamm başga bir görnüşiň wekili. Deňiz spirillasiýasyndaky nusga jyns deňiz spirillumy, model ştammy O. linum ATCC 11336T. ASxL5T bilen O. linum ATCC 11336T arasyndaky AAI bahasy 54.34%, ASxL5T we T. oleivorans MIL-1T (jyns görnüşleriniň ştamlary) arasyndaky AAI bahasy 67,61% bolup, ASxL5T-iň Talassolituusdan tapawutly täze jynsdygyny görkezýär. 16S rRNA gen yzygiderliligini klassifikasiýa ülňüsi hökmünde ulanyp, jynsyň bölüniş araçägi 94,5% 35. ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T we 96,17% bilen 95.03% 16S rRNA yzygiderliligini görkezip, Talassolituus jynsyna ýerleşdirilip bilner. marinus IMCC1826T. Şeýle-de bolsa, B. sanyensis NV9 bilen 94,64% 16S rRNA gen aýratynlygy bolan Bakteroidler jynsyna ýerleşdiriler, bu 16S rRNA geni ýaly bir geniň ulanylmagynyň özbaşdak klassifikasiýa we bellige alyp biljekdigini görkezýär. Beýleki teklip edilen usul, ANI we Genome Alignment Score (AF) ulanýar, bar bolan generanyň ähli görnüşlerinden we görnüş däl görnüşlerinden maglumatlar nokatlarynyň toparlanmagyny barlamak üçin. Authorazyjy seljerilýän taksa mahsus jynsyň inflýasiýa nokady bilen jyns araçägini birleşdirmegi maslahat berýär. Şeýle-de bolsa, Talassolituus izolýasiýasyndan genom yzygiderliligi ýeterlik bolmasa, ASxL5T-iň bu usul bilen Talassolituus jynsyna degişlidigini kesgitlemek mümkin däl. Derňew üçin doly genom yzygiderliliginiň çäklidigi sebäpli, ähli gen filogenetiki agajy seresaplylyk bilen düşündirmeli. Ikinjiden, genleri deňeşdirmegiň ähli usullary deňeşdirilen genleriň ululygyndaky düýpli tapawutlary hasaba alyp bilmez. Konserwirlenen ýadro ýekeje göçürme genleriň baglanyşykly genleriň arasyndaky meňzeşligini ölçediler, ýöne ASxL5T-iň has kiçi genomynda ýok genleriň köp mukdaryny göz öňünde tutmadylar. Elbetde, ASxL5T we Talassolituus, Okeanobakter we Bakterioplanlar ýaly toparlaryň umumy atasy bar, ýöne ewolýusiýa başga bir ýoldan geçip, ýyrtyjy ýaşaýyş durmuşyna uýgunlaşyp bilýän geniň azalmagyna sebäp boldy. Bu, 28% uludyr we uglewodorodlary ulanmak üçin dürli daşky gurşaw basyşlarynda ösen T. oleivorans MIL-1T-den tapawutlanýar23,30. Riketsiýa, Hlamidiýa we Buhnera ýaly öýjükli öýjükli parazitler we simbionlar bilen gyzykly deňeşdirme bolup biler. Genomyň ululygy takmynan 1 Mb. Öýjükli metabolitleri ulanmak ukyby gen ýitmegine getirýär, şonuň üçin ep-esli ewolýusiýa genom zaýalanýar. Deňiz himiki iýmitlendiriji organizmlerden ýyrtyjy ýaşaýyş durmuşyna ewolýusiýa üýtgemeleri genleriň ululygynyň peselmegine sebäp bolup biler. COG we KEGG derňewi, belli bir funksiýalar üçin ulanylýan genleriň sanyny we ykjam genetiki elementleriň giňden ýaýranlygy sebäpli ASxL5T we T. oleivorans MIL-1T arasyndaky genom ýollarynyň global tapawudyny görkezýär. ASxL5T-iň ähli genomynyň G + C gatnaşygyndaky tapawut 56,1%, T. oleivorans MIL-1T tapawudy 46,6%, bu hem onuň aýrylandygyny görkezýär.
ASxL5T geniniň kodlaşdyryş mazmunyny barlamak fenotip aýratynlyklary barada funksional düşünje berýär. IV fimbriae (Tfp) kodlaýyş genleriniň bolmagy aýratyn gyzyklanma döredýär, sebäbi olar ýer ýüzünde flagella bolmazdan, sosial süýşmek ýa-da sarsma diýlip atlandyrylýan öýjük hereketini ösdürýärler. Habarlara görä, Tfp ýyrtyjylyk, patogenez, biofilmiň emele gelmegi, tebigy DNK ýokaşmagy, öýjükleriň awtomatiki toplanmagy we ösüşi ýaly beýleki funksiýalara eýedir. ASxL5T genomynda diguanylat siklazyny kodlaýan 18 gen (2 guanozin trifosfatyň guanozine 2 fosfat we siklik diGMP öwrülmegini katalizleýän ferment) we degişli diguanylat siklaz fosfat diguanylaty kodlaýan 6 gen bar. Esteraza üçin gen (siklik di-GMP-iň guanozin monofosfatyň zaýalanmagyny katalizleýär) gyzykly, sebäbi sikl-di-GMP biofilmiň ösmegine we bölünmegine, hereketine, öýjük birikdirilmegine we wirus 39, 40 wirusyna gatnaşýan möhüm ikinji habarçydyr. Şeýle hem, Bdellowibrio bakterioworusynda erkin ýaşaýyş bilen ýyrtyjy ýaşaýyş durmuşynyň arasyndaky geçişe gözegçilik etmek üçin siklik goşa GMP-iň görkezilendigini bellemek gerek41.
Predyrtyjy bakteriýalar boýunça geçirilen gözlegleriň köpüsi Bdellowibrio, Bdellowibrio meňzeş organizmlere we Mikokokk görnüşlerine gönükdirildi. Predyrtyjy bakteriýalaryň bu we beýleki belli mysallary dürli topar döredýär. Bu dürlülige garamazdan, belli 11 ýyrtyjy bakteriýanyň fenotiplerini görkezýän häsiýetli belok maşgalalarynyň toplumy kesgitlendi3,22. Şeýle-de bolsa, Gram-negatiw bakteriýalarda has ýygy duş gelýän O antigen ligase (waaL) kodlaýan genler kesgitlenildi. Derňewiň bu görnüşi, ASxL5T-ni ýyrtyjy hökmünde kesgitlemekde peýdaly däl, belki-de, täze hüjüm strategiýasyny ulanandyr. Has köp dürli ýyrtyjy bakterial genomlaryň bolmagy, toparyň agzalarynyň arasyndaky funksional we daşky gurşaw tapawudynyň subutnamalaryny göz öňünde tutup has inçe çözgüt derňewlerini ösdürmäge kömek eder. Bu derňewiň içine girmeýän ýyrtyjy bakteriýalara mysal hökmünde Cupriavidus nekator42 we Bradymonabacteria43 agzalary girýär, sebäbi gözlegçiler dürli mikrob jemgyýetlerini derňeýänlerinde has köp ýyrtyjy taksa döredilýär.
TEM şekili bilen düşürilen ASxL5T bakteriýalarynyň iň görnükli aýratynlygy, ýyrtyjy bakteriýalar bilen täsirini ösdürip biljek özboluşly we çeýe morfologiýadyr. Gözegçiligiň görnüşi beýleki ýyrtyjy bakteriýalardan tapawutlanýar we öň açylmady ýa-da habar berilmedi. Teklip edilýän ASxL5T ýyrtyjy ýaşaýyş sikli 5-nji suratda görkezilýär. Edebiýatda şu ýerde habar berşimiz ýaly meňzeş gurluşly mysallar az, ýöne bu mysallara wagtal-wagtal ulalmagy 44 bolan deňiz spirill bakteriýasy Terasakiispira papahanaumokuakeensis we Alphaproteobacteria, Terasakiella pusilla degişlidir. ozal Okeanospirillum urugyna degişli bolup, "polýar film" diýlip atlandyrylýan 45 sergini görkezýär. Kokçi görnüşleri köplenç köne medeniýetlerde, esasanam Vibrio, Campylobacter we Helicobacter 46, 47, 48 ýaly egri görnüşli bakteriýalar üçin görülýär. ASxL5T bakteriýalarynyň takyk ýaşaýyş siklini anyklamak üçin has köp iş gerek. Nädip tutýandygyny we ýyrtyjydygyny, geniniň lukmançylyk ýa-da biotehnologiki maksatlar üçin ulanyp boljak biologiki işjeň birleşmeleri kodlaýandygyny ýa-da ýokdugyny kesgitlemek.
Wenatorbacter geniniň beýany. Noýabr Wenatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L. L. n. Wenator, 'awçy' we Gr. N bakteriýasy, 'hasa') wenatorlaryndan durýar. Öýjükler aerob, duzlara çydamly, egrilen Gram tegmilleri, maşk hasasy polo positiveiteldir 4-9 aralygy adaty däl. Deňiz çybyklarynda köpüsi kislotaly pH-e çydamsyzdyr : 0 3-OH gidroksidi ýag kislotalary hökmünde tapylýar. Çorbanyň metbugatynda ösmeýär. DNK G + C düzümi 56.1 mol Enterobacteriaceae maşgalasynyň agzalarynyň ýyrtyjy häsiýeti, bu jynsyň filogenetiki ýagdaýy maşgalada.
Venatorbacter cucullus sp. Noýabr Wenatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. N. Cucullus adalatly diýmekdir).
Mundan başga-da, bu jynsyň häsiýetlendiriji aýratynlygy BA ýa-da BHI-de ulalanda öýjükleriň uzynlygy 1,63 mk we ini 0,37 µm. BHI agaryndaky koloniýalar gaty kiçi, 72 sagatdan soň diametri 2 mm bolýar. Olar goýy, açyk, tegelek, konweks we ýalpyldawuk. Bu görnüşiň agzalary Escherichia coli we Klebsiella ulanyp bilerler. Kampilobakter we başga-da birnäçe gram-negatiw bakteriýa ýyrtyjy bolup hyzmat edýär.
Adaty ştamm ASxL5T Angliýanyň Nottingemşir şäherinde sygyr süýdünden izolirlenip, Milli görnüş medeni ýygyndysyna (Angliýa) goýuldy: goşulma belgisi NCTC 14397 we Gollandiýa bakteriýa medeniýeti ýygyndysy (NCCB) goşulma belgisi NCCB 100775. ASxL5T-iň doly gen yzygiderliligi. CP046056 goşulmagyna laýyklykda Genbankda goýuldy.
ASxL5T bakteriýalary faza izolýasiýa tehnologiýasy arkaly sygyr süýdünden izolirlendi9,49. Palçyk 1: 9 (w / v) SM buferinde (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0,1 M NaCl, 8 mM MgSO4.7H2O we 0.01% jelatin; Sigma Aldrih, Gillingham, Angliýa) suwuklandyryldy, Soňra inkubasiýa edildi 4 ° C-de 24 sagatlap, ýyrtyjylary bufere öwürmek üçin haýal aýlanýar. Asma 3000g derejesinde 3 minut merkezden gaçyryldy. Adatdan daşary tebigat 5 minutlap ikinji gezek 13,000 gr derejesinde ýygnandy we merkezden gaçyryldy. Adatdan daşary tebigat, galan bakteriýa öýjüklerini aýyrmak üçin 0,45 mk membranaly süzgüçden (Minisart; Sartorius, Gottingen, Germaniýa) we 0,2 mk membrananyň süzgüçinden (Minisart) geçdi. ASxL5T bu süzgüçlerden geçip biler. Şol usuldan “Campylobacter enterosus S12” (NCBI goşulma belgisi CP040464) ýumşak agar gazony, adaty usullar bilen taýýarlandy. Süzülen süýüm bu öýjükli öýjükleriň hersinde üç damjada 10 µl damjada paýlandy we guramagyna rugsat berildi. Tabak mikroerob şertlerinde (5% O2, 5% H2, 10% CO2 we 80% N2) 37 ° C derejesinde 48 sagatlap inkubasiýa edildi. Alnan görünýän nyşan SM buferine çykaryldy we lizirlenen organizmleri has köpeltmek üçin C. hyointestinalis S12 täze gazonyna geçirildi. Bakteriýalaryň faza däl-de, littiki plakanyň sebäbidigi kesgitlenenden soň, organizmi öý eýesinden garaşsyz ösdürmäge synanyşyň we hasam häsiýetlendiriň. Aerob medeniýeti 37 ° C-de 5% v / v defibrirlenen at gany bilen ýerine ýetirildi (TCS Biosciences Lt, Bukingem, Angliýa, goşundy). Milli kliniki ülňüler komitetiniň görkezmelerine görä, antibakterial duýgurlygy barlamak üçin diski ýaýratmak usuly ulanylýar. BHI agar, aerob medeniýeti üçin aşakdaky antibiotikleri (Oksid) öz içine alýan diski ulanyp, 37 ° C derejesinde ösdürilip ýetişdirildi: amoksitsillin we klawulan kislotasy 30 µg; sefotaksim 30 µg; streptomisin 10 µg; siprofloksasin 5 µg; Ceftazidime 30 µg Nalidik kislotasy 30 µg; Imipenem 10 µg; Azitromisin 15 µg; Hloramfenikol 30 µg; Sefoksitin 30 µg; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 µg; Ampisillin 10 µg; Cefpodoxime 10 µg; Trimetoprim-Sulfametoksazol 25 µg. Duza çydamlylygy 37 ° C-de BHI agar plitalarynda aerob inkubasiýa arkaly döredildi. 10% w / v çenli konsentrasiýa diapazonyny üpjün etmek üçin BHI agar plitalaryna goşmaça NaCl goşuldy. PH diapazony 37 ° C-de BHI agar plitalarynda aerob medeniýeti bilen kesgitlenýär, bu ýerde pH diapazony steril HCl ýa-da steril NaOH bilen 4 bilen 9 aralygynda sazlanýar we maksat pH bahasy tabak guýmazdan ozal barlanýar. Öýjükli ýag kislotasynyň derňewi üçin ASxL5T BHI agarda 3 gün, aerob 37 ° C-de ösdürilip ýetişdirildi. FERA Science Ltd, (Yorkork, Angliýa) MIDI (Şerlok Mikroblary kesgitlemek ulgamy, 6.10 wersiýa) standart protokolyna görä, öýjük ýag kislotalary çykaryldy, taýýarlandy we analiz edildi.
TEM üçin ASxL5T 37 ° C-de 24 sagadyň dowamynda birmeňzeş ýaýrap, aerob bilen ösdürilip ýetişdirildi, soňra otag temperaturasynda 0,1 M kakaodil buferinde 1 ml 3% (v / v) glutaraldegid ýygnaldy, 1 sagat düzediň, soňra sentrifuga 10 000 gr 3 minutda. Soňra pelleti 600 μl 0,1 M kakodilat buferinde ýuwaşlyk bilen üýtgediň. Kesgitlenen ASxL5T asmany 200 mesh mis torda Formvar / uglerod plyonkasyna geçiriň. Bakteriýalar 0,5% (w / v) uranil asetat bilen 1 minut boýaldy we TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskopy arkaly TEM tarapyndan barlandy. Aboveokarda belläp geçişimiz ýaly, NZCYM çorbasynda (BD Difco ™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) birmeňzeş mukdarda ýyrtyjy we ýyrtyjylary birleşdiriň we 37 ° C-de Campylobacter ýa-da Campylobacter-iň mikroerob şertlerinde 48 sagat inkubasiýa ediň. TEM tarapyndan hem gözden geçirildi. Escherichia coli üçin aerob şertleri. Predyrtyjylyk sebäpli öýjük morfologiýasyndaky üýtgeşmeleri kesgitlemek üçin ýyrtyjy we ýyrtyjy bakteriýalary özbaşdak gözden geçiriň. PHB ýygnamagynyň optiki mikroskopiýasy üçin Sudanyň gara usuly ulanyldy.
BxI ýa-da BA plitalaryna steril çişirip, gijeki medeniýetleri ösdüriň. ASxL5T öýjüklerini ýygnaň we olary MRD-de (CM0733, Oksid) saklaň we öýjükleri açlyk üçin 7 günüň dowamynda 4 ° C derejesinde goýuň. NCTC salgylanmasy ýa-da laboratoriýa ätiýaçlyk bakteriýa medeniýeti BHI çorbasyna ýa-da 2-nji iýmitlendiriji çorbasyna (CM007, Oksoid) sanjym edildi, bir gije inkubasiýa edildi, 13,000 gr merkezden gaçyryldy we OD600 0,4 bolýança MRD-de ýerleşdirildi. Medeniýet: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oksitoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Maccia NCT stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rodokokk suwasty gämi gamburger NCTC 1621T, Salmonella içege bakteriýalary Mondeville NCTC 5747, gyjyndyrma NCTC 10861, Stafilokokk aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniaol NCTC 7465 “Campylobacter” öý eýesi, 37 ° C derejesinde BA plitalaryna mikroerobiki inkubasiýa edildi we NZCYM çorbasynda saklandy. Synagdan geçirilen “Campylobacter” öý eýeleri: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C ... MRD-de öýjükleri ýygnaň, 13,000 gr sentrifuga we OD600 0,4 bolýança MRD-de gaýtadan işlediň. 5 ml eredilen NZCYM ýokarky agara (0,6% agar) 0,5 ml asma alikot goşuň we 1,2% NZCYM aşaky tabaga guýuň. Bejerilenden we guradylandan soň, yzygiderli suwuklandyrylan ASxL5T üç gazonda her gazon tagtasynda 20 damja damja hökmünde paýlandy. Medeniýetiň temperaturasy we atmosferasy synag bakteriýalarynyň talaplaryna baglydyr.
Bakteriýa izolýasiýalaryndan DNK taýýarlamak üçin GenElute ™ bakterial genom DNK toplumyny (Sigma Aldridge) ulanyň. 16S rRNA genini PCR güýçlendirmek we boýag gutarmak himiýasy (Eurofins Value Read Service, Germaniýa) ulanyp, önümleriň yzygiderliligini kesgitlemek üçin standart usullar ulanyldy. Closelyakyn baglanyşykly görnüşleri kesgitlemek we ýygnamak üçin bu yzygiderliligi beýleki 16S rRNA gen yzygiderliligi bilen deňeşdirmek üçin BLAST-N programmasyny ulanyň. Bular MEGA X programmasynda ClustalW ulanyp deňleşdirildi. Filogenetik agaç, Tamura-Nei modeline esaslanýan iň ýokary ähtimallyk usuly bilen MEGA X ulanylyp, 1000 gollanma nusgasy bilen täzeden guruldy54. Genhli genom yzygiderliligi üçin DNK çykarmak üçin PureLink ™ Genomiki DNK toplumyny (Fisher Scientific, Loughborough, Angliýa) ulanyň. ASxL5T-iň gen yzygiderliligi, Nextera bellikler toplumy we PacBio platformasyndan 2-20 kb uzynlykdaky okalýan kitaphanadan düzülen 250 at güýji goşa okalýan Illumina MiSeq kombinasiýasy arkaly kesgitlenildi. Sembia uniwersitetiniň genomika DNK yzygiderliligi gözleg desgasy. Genom CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Orhus, Daniýa) ulanylyp ýygnandy. ASxL5T medeniýetleri Milli görnüşdäki medeni ýygyndyda (Angliýa) we Gollandiýanyň bakteriýa medeniýeti ýygyndysynda (NCCB) saklanýar. Deňeşdirmek üçin ulanylýan baglanyşykly organizmleriň genomlary: Talassolituus oleivorans MIL-1T (goşulma belgisi HF680312, doly); Bakterioplanes sanyensis KCTC 32220T (goşulmak belgisi BMYY01000001, doly däl); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (goşulmak belgisi NZ_AUGV00000000, doly däl); Marinamonas jemgyýeti DSM 5604T (ASM436330v1 goşuldy, doly däl), Okeanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 goşuldy, doly däl) we Talassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001 goşuň, doly däl). Deňeşdiriş balyny (AF) we ortaça nuklein kislotasynyň şahsyýetini (ANI) kesgitlemek üçin https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= JGI Genome Portal36 ulanyň. Jübüt. Rodriges-R & Konstantinidis55 usuly aminokislotanyň şahsyýetini (AAI) kesgitlemek üçin ulanyldy. Filogenetiki agajyň iň ýokary ähtimallygyny döretmek üçin GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18 ulanyň. Bar bolan salgylanma genomyny görkezýän giriş genomy, 16S rRNA filogeniýasyndan ASxL5T bilen baglanyşyklydygy kesgitlenen generadan saýlanýar. Durmuş interaktiw agajy onlaýn guraly (https://itol.embl.de/) ulanyp, agajy bellik etdi. ASxL5T geniniň funksional düşündirişi we derňewi KEGG (Genleriň we genleriň Kyoto ensiklopediýasy) moduly baýlaşdyryş paýlanyşyny ulanyp, BlastKOALA KEGG onlaýn guralynyň kömegi bilen amala aşyrylýar. COG kategoriýalarynyň (ortologiki toparlar) paýlanyşy, ýumurtgaNOG-mapper onlaýn guralynyň kömegi bilen kesgitlenýär.
Perez, J., Moraleda-Muñoz, A., Markos-Torres, FJ we Muñoz-Dorado, J. Bakterial ýyrtyjy: 75 ýyl we dowam edýär! . daşky gurşaw. mikroorganizm. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoýa, L. we başgalar Perunyň kenar ýakasyndaky ýyrtyjy bakteriýalaryň dürlüligi we antibakterial potensialy. Mart aýynyň neşe serişdeleri. 15. E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. we ş.m. Genleri arkaly olara düşünersiňiz: ýyrtyjy bakteriýalaryň genom aýratynlyklary. ISME J. 7, 756–769 (2013).
Sokett, RE Bdellowibrio bakteriofagynyň ýyrtyjy durmuşy. gurmak. Çopan mikroblary. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurowiç, MS & Nett, M. atoryrtyjy bakteriýalardan antibiotikler. Beilşteýn J. Gistohimiýa 12, 594–607 (2016).
Jonke, J. mikroorganizm. Ekologiýa. 79, 252-257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. we Ballesté-Delpierre, C. Täze antibakterial serişdeleriň häzirki ýagdaýyny öwreniň. kliniki. mikroorganizm. Okanç. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobli, L. we ş.m. Sahypanyň we fazanyň goşa ýyrtylmagy, E. coli ýyrtyjysyny ýekeje ýyrtyjylyksyz ýok edip biler. J. Bakteriýalar. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Şibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Erkin we organiki towuklaryň iýmitleniş siklinde izolirlenen Campylobacter we bakteriofaglaryň sany we dürlüligi. Programma gurşawy. mikroorganizm. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA we ş.m. Campylobacter doňuzlarynyň genom taksonomiýasyny we epidemiologiýasyny täzeläň. ylym. 2393-nji ýylyň 8-nji wekili. Https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Li, MD GToTree: Ulgam genomikasy üçin ulanyjy üçin amatly iş. Bioinformatika 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Wagt we giňişlik çylşyrymlylygyny azaldýan köp yzygiderlilik usuly. BMC biologiki maglumatlary. 5, 113 (2004).
Capella-Gutierrez, S., Silla-Martines, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Uly göwrümli filogenetiki derňewde awtomatiki deňleşdirmek we kesmek üçin gural. Bioinformatika, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC gen we metagenomiki yzygiderliligi terjime sahypasynyň çaklamasy. Bioinformatika 28, 2223-2230 (2012).
Şen, W. & Xiong, J. TaxonKit: platforma we täsirli NCBI klassifikasiýa gurallary. Bio Rxiv. (2021-nji ýylyň 1-nji iýunynda girildi); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Bahasy, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-iň uly ähtimallyk bilen iň uly ähtimallyk agajy. “PLoS One 5”, e9490 (2010).
Tange, O. GNU parallel. (2021-nji ýylyň 1-nji iýunynda girildi); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Genleriň we genleriň Kyoto ensiklopediýasy. Nuklein kislotasynyň gözlegleri. 28, 27-30 (2000).
Çehiýa, L. we ş.m. Ekstremolitleriň ektoiniň we gidroksektoiniň stres goraýjylary we ýokumly maddalary: genetika, ulgam genomikasy, biohimiýa we gurluş derňewi. Gen (Bazel). 9. E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, B. öň. mikroorganizm. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Kohen,.,. Jemgyýetçilik kitaphanasy Bir. 10. E0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakakimow, MM we ş.m. Talassolituus oleivorans geni. Noýabr, sp. uglewodorodlary ulanmaga ýöriteleşen deňiz bakteriýalarynyň täze görnüşi. halkara. J. Ulgam. ewolýusiýa. mikroorganizm. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. & Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Noýabr, sp. Noýabr aýynda Günorta Pacificuwaş ummanynda aýlanýan deňiz suwundan aýryldy. halkara. J. Ulgam. ewolýusiýa. mikroorganizm. 66, 5010–5015 (2016).