Gram-negatif, aerobik, tuza dayanıklı, aktif, çubuk şeklinde ve yırtıcı bakterilerin yeni bir türü ASxL5T, İngiltere'nin Nottinghamshire kentindeki bir inek gübresi havuzundan izole edildi ve Campylobacter'i av olarak kullandı. Daha sonra diğer Campylobacter türleri ve Enterobacteriaceae familyasının üyelerinin av olarak keşfedildiği görüldü. Konakçı hücre içermeyen alt kültürden sonra Brain Heart Infusion Agar'da zayıf aseptik büyüme elde edildi. Optimum büyüme koşulları 37 °C ve pH 7'dir. Transmisyon elektron mikroskobu, avın mevcudiyetiyle ilgili bazı çok sıra dışı morfolojik özellikleri ortaya çıkardı. 16S rRNA gen dizisini kullanan filogenetik analiz, izolatın Marine Spirulina ailesinin bir üyesiyle ilişkili olduğunu ancak bilinen herhangi bir cinsin üyesi olarak açıkça sınıflandırılamayacağını gösterdi. ASxL5T'nin tam genom dizilimi, deniz spiroketlerinin üyeleriyle ilişkiyi doğruladı. Bir veri tabanı araştırması, birkaç ASxL5T'nin, 16S rRNA gen dizilerini okyanus, kara yüzeyi ve yeraltı suyundan çeşitli kültürlenmemiş bakterilerle paylaştığını ortaya çıkardı. ASxL5T suşunun yeni bir cins içindeki yeni bir türü temsil ettiğini öneriyoruz. Venatorbacter cucullus gen adını öneriyoruz. Kasım, sp. Kasım ayında tip suş olarak ASxL5T kullanıldı.
Yırtıcı bakteriler, biyosentetik malzeme ve enerji elde etmek için diğer canlı bakterileri avlama ve öldürme yeteneği sergileyen bakterilerdir. Bu, ölü mikroorganizmalardan besin maddelerinin genel olarak geri kazanılmasından farklıdır ve aynı zamanda bakterilerin, konakçılarını öldürmeden yakın bir ilişki kurduğu parazit etkileşimlerinden de farklıdır. Yırtıcı bakteriler, bulundukları nişlerdeki (deniz habitatları gibi) bol miktardaki besin kaynaklarından yararlanmak için farklı yaşam döngüleri geliştirmişlerdir. Bunlar taksonomik olarak çeşitliliğe sahip bir gruptur ve yalnızca benzersiz sterilizasyon yaşam döngüsüyle birbirine bağlanır1. Yırtıcı bakteri örnekleri, aralarında Proteobakteriler, Bacteroides ve Chlorella'nın da bulunduğu birçok farklı filumda bulunmuştur.3. Bununla birlikte, en iyi çalışılmış yırtıcı bakteriler Bdellovibrio ve Bdellovibrio ve benzeri organizmalardır (BALO'lar4). Yırtıcı bakteriler, yeni biyolojik olarak aktif bileşiklerin ve antibakteriyel ajanların umut verici bir kaynağıdır5.
Yırtıcı bakterilerin mikrobiyal çeşitliliği arttırdığına ve ekosistem sağlığı, üretkenliği ve istikrarı üzerinde olumlu bir etkiye sahip olduğuna inanılmaktadır6. Bu olumlu özelliklere rağmen, bakterileri kültürlemenin zorluğu ve karmaşık yaşam döngülerini anlamak için hücre etkileşimlerini dikkatle gözlemleme ihtiyacı nedeniyle yeni yırtıcı bakteriler üzerine çok az çalışma bulunmaktadır. Bu bilgiyi bilgisayar analizinden elde etmek kolay değildir.
Antimikrobiyal direncin arttığı bir çağda, bakteriyofajların ve yırtıcı bakterilerin kullanımı gibi bakteriyel patojenleri hedef alan yeni stratejiler üzerinde çalışılmaktadır7,8. ASxL5T bakterileri, 2019 yılında Nottinghamshire, Nottingham Üniversitesi Süt Ürünleri Merkezi'nden toplanan inek gübresinden faj izolasyon teknolojisi kullanılarak izole edildi. Araştırmanın amacı biyolojik kontrol ajanı potansiyeli olan organizmaları izole etmektir. Campylobacter hyointestinalis, insanlarda bağırsak hastalıklarıyla giderek daha fazla ilişkilendirilen zoonotik bir patojendir10. Serumda her yerde bulunur ve hedef konakçı olarak kullanılır.
ASxL5T bakterisi, C. hyointestinalis'in çimlerinde oluşturduğu plakların bakteriyofajlar tarafından üretilenlere benzer olduğu gözlemlendiğinden sığır eti jölesinden izole edildi. Bu beklenmeyen bir bulgudur, çünkü faj izolasyon sürecinin bir kısmı, bakteriyel hücreleri çıkarmak için tasarlanmış 0,2 µm'lik bir filtreden filtrelemeyi içerir. Plaktan çıkarılan materyalin mikroskobik incelemesi, küçük gram-negatif kavisli çubuk şeklindeki bakterilerin polihidroksibutirat (PHB) biriktirmediğini ortaya çıkardı. Av hücrelerinden bağımsız aseptik kültür, zengin katı besiyerinde (beyin kalp infüzyon agarı (BHI) ve kanlı agar (BA) gibi) gerçekleştirilir ve büyümesi zayıftır. Ağır aşılı alt kültürlerin iyileştirilmesinden sonra elde edilir. Mikroaerobik (%7 v/v oksijen) ve atmosferik oksijen koşullarında eşit derecede iyi büyür, ancak anaerobik atmosferde gelişmez. 72 saat sonra koloninin çapı çok küçüktü, 2 mm'ye ulaştı ve bej, yarı saydam, yuvarlak, dışbükey ve parlaktı. ASxL5T'nin sıvı ortamda güvenilir bir şekilde kültürlenemediği için standart biyokimyasal testler engellenmektedir, bu da biyofilm oluşumunun karmaşık yaşam döngüsüne bağlı olabileceğini düşündürmektedir. Ancak plaka süspansiyonu, ASxL5T'nin aerobik olduğunu, oksidaz ve katalaz açısından pozitif olduğunu ve %5 NaCl'yi tolere edebildiğini gösterdi. ASxL5T, 10 µg streptomisine dirençlidir ancak test edilen diğer tüm antibiyotiklere karşı duyarlıdır. ASxL5T bakteri hücreleri TEM ile incelendi (Şekil 1). BA'da av hücreleri olmadan büyüdüğünde ASxL5T hücreleri, ortalama uzunluğu 1,63 μm (± 0,4), genişliği 0,37 μm (± 0,08) ve tek bir uzun (5 μm'ye kadar) kutbu olan küçük Campylobacter'dir. Cinsel flagella. Hücrelerin yaklaşık %1,6'sının, filtre cihazından geçişe izin verecek şekilde 0,2 μm'den daha az bir genişliğe sahip olduğu görülmektedir. Bazı hücrelerin tepesinde, kaportaya (Latin cucullus) benzer şekilde alışılmadık bir yapısal uzantı gözlemlendi (bkz. 1D, E, G'deki oklar). Bu, periplazmik zarfın boyutunda hızlı bir azalmaya bağlı olabilecek aşırı dış zardan oluşuyor gibi görünüyor, dış zar sağlam kalırken "gevşek" bir görünüm sergiliyor. ASxL5T'nin besinlerin yokluğunda (PBS'de) 4°C'de uzun süre kültürlenmesi, hücrelerin çoğunun (fakat hepsinin değil) kokkal morfoloji göstermesiyle sonuçlandı (Şekil 1C). ASxL5T, 48 saat boyunca av olarak Campylobacter jejuni ile büyüdüğünde, ortalama hücre boyutu, konakçı olmadan büyüyen hücrelere göre önemli ölçüde daha uzun ve daha dardır (Tablo 1 ve Şekil 1E). Buna karşılık, ASxL5T 48 saat boyunca av olarak E. coli ile birlikte büyüdüğünde, ortalama hücre boyutu av olmadan büyüdüğü zamana göre daha uzun ve daha geniş olur (Tablo 1) ve hücre uzunluğu değişkendir ve genellikle filamentözdür (Şekil 1F). Av olarak Campylobacter jejuni veya E. coli ile 48 saat inkübe edildiğinde ASxL5T hücrelerinde hiçbir flagella görülmedi. Tablo 1, ASxL5T'nin varlığı, yokluğu ve av tipine bağlı olarak hücre boyutundaki değişikliklerin gözlemlerini özetlemektedir.
ASx5LT'nin TEM ekranı: (A) ASx5LT uzun kamçıyı gösterir; (B) tipik ASx5LT pil; (C) besinler olmadan uzun inkübasyondan sonra cocci ASx5LT hücreleri; (D) bir grup ASx5LT hücresi anormallik gösterir (E) Campylobacter avıyla inkübe edilen ASx5LT hücre grubu, av büyümesi olmayanlarla karşılaştırıldığında hücre uzunluğunun arttığını gösterdi (D) ayrıca apikal yapı gösterdi; (F) E. coli avıyla inkübasyondan sonra Büyük Filamentöz flagella, ASx5LT hücreleri; (G) E. coli ile inkübasyondan sonra alışılmadık bir üst yapı gösteren tek bir ASx5LT hücresi. Çubuk 1 μm'yi temsil eder.
16S rRNA gen dizisinin (erişim numarası MT636545.1) belirlenmesi, veritabanı araştırmalarının Gammaproteobakteriler sınıfındakilere benzer diziler oluşturmasına olanak tanır ve deniz spirillum ailesindeki deniz bakterilerine en yakın olanlardır (Şekil 2) ve Thalassolituus cinsinin üyeleridir Marine Bacillus'un en yakın akrabası. 16S rRNA gen dizisi, Bdelvibrionaceae (Deltaproteobacteria) familyasına ait predatör bakterilerden açıkça farklıdır. B. bacteriovorus HD100T (tip suş, DSM 50701) ve B. bacteriovorus DM11A'nın ikili karşılaştırmaları %48,4 ve %47,7, B. exovorus JSS için ise %46,7 idi. ASxL5T bakterisinde 16S rRNA geninin ikisi birbirinin aynısı, üçüncüsü ise 3 baz aralıklı olmak üzere 3 kopya bulunur. Aynı lokasyondan benzer morfolojik ve fenotipik özelliklere sahip diğer iki predatör bakteriyel izolat (ASx5S ve ASx5O; 16S rRNA gen erişim numaraları sırasıyla MT636546.1 ve MT636547.1'dir) aynı değildir ancak ASxL5T ve kültürlenmemiş Bakterilerden farklıdırlar. veritabanı dizileri Oceanospirilaceae'deki diğer cinslerle birlikte kümelenmiştir (Şekil 2). ASxL5T'nin tüm genom dizisi belirlenmiş ve NCBI veritabanına kaydedilmiştir ve erişim numarası CP046056'dır. ASxL5T'nin genomu, %56,1 G + C oranına sahip 2.831.152 bp'lik dairesel bir kromozomdan oluşur. Genom dizisi 2653 CDS (toplam) içerir; bunlardan 2567'sinin proteinleri kodladığı tahmin edilir, bunlardan 1596'sı varsayılan işlevler olarak atanabilir (%60,2). Genom, 9 rRNA (5S, 16S ve 23S için her biri 3) ve 57 tRNA dahil olmak üzere 67 RNA kodlayan gen içerir. ASxL5T'nin genomik özellikleri, 16S rRNA gen dizisinden tanımlanan en yakın akraba tipteki suşların mevcut genomlarıyla karşılaştırıldı (Tablo 2). Mevcut tüm Thalassolituus genomlarını ASxL5T ile karşılaştırmak için amino asit kimliğini (AAI) kullanın. AAI tarafından belirlenen en yakın (eksik) genom dizisi Thalassolituus sp.'dir. C2-1 (NZ_VNIL01000001'i ekleyin). Bu tür, Mariana Çukuru'nun derin deniz çökeltilerinden izole edilmiştir, ancak şu anda bu tür hakkında karşılaştırma için hiçbir fenotipik bilgi bulunmamaktadır. ASxL5T'nin 2,82 Mb'ı ile karşılaştırıldığında organizmanın genomu 4,36 Mb ile daha büyüktür. Deniz spiroketlerinin ortalama genom boyutu yaklaşık 4,16 Mb'dir (± 1,1; n = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly adresinden araştırılan 92 tam referans genomu), dolayısıyla ASxL5T genomu aşağıdakilerle uyumludur: sipariş Diğer üyelerle karşılaştırıldığında oldukça küçüktür. Gammaproteobacteria 11,12,13,14,15,16'ya özgü 172 tek kopya genin hizalanmış ve bağlantılı amino asit dizilerini kullanarak genom bazlı tahmini maksimum olasılıklı filogenetik ağaç (Şekil 3A) oluşturmak için GToTree 1.5.54'ü kullanın, 17 ,18. Analiz, Thalassolituus, Bacterial Plane ve Marine Bacterium ile yakından ilişkili olduğunu gösterdi. Ancak bu veriler ASxL5T'nin Marine Spirulina'daki akrabalarından farklı olduğunu ve genom dizisi verilerinin mevcut olduğunu göstermektedir.
16S rRNA gen dizisini kullanan filogenetik ağaç, Marine Spirulinaceae'deki işlenmemiş ve deniz bakteri türlerine göre ASxL5T, ASxO5 ve ASxS5 türlerinin (bağırsaklarla birlikte) konumunu vurgular. Genbank erişim numarası parantez içindeki suş adının ardından gelir. Dizileri hizalamak için ClustalW'yi kullanın ve filogenetik ilişkileri anlamak için maksimum olasılık yöntemini ve Tamura-Nei modelini kullanın ve MEGA X programında 1000 rehberli çoğaltma gerçekleştirin. Daldaki sayı, kılavuzlu kopyalama değerinin %50'den büyük olduğunu gösterir. Dış grup olarak Escherichia coli U/541T kullanıldı.
(A) Deniz Spirospiraceae bakterisi ASxL5T ile yakın akrabaları E. coli U 5/41T arasındaki ilişkiyi bir dış grup olarak gösteren, genoma dayalı bir filogenetik ağaç. (B) T. oleivorans MIL-1T ile karşılaştırıldığında genlerin fonksiyonel kategori dağılımı, ASx5LT proteininin ortolog grup (COG) kümesine dayalı olarak tahmin edilir. Soldaki şekil, her genomdaki her fonksiyonel COG kategorisindeki gen sayısını gösterir. Sağdaki grafik, her bir fonksiyonel COG grubunda bulunan genomların yüzdesini gösterir. (C) T. oleiverans MIL-1T ile karşılaştırıldığında, ASxL5T'nin tam KEGG (Kyoto Genler ve Genom Ansiklopedisi) modüler yolunun analizi.
ASxL5T genomunda mevcut bileşen genlerini incelemek için KEGG veri tabanını kullanmak, aerobik gama Proteus'un tipik metabolik yolunu ortaya çıkardı. ASxL5T, kemotaksis, flagella düzeneği ve tip IV fimbria sisteminde yer alan genler dahil olmak üzere bakteriyel motor proteinlerine atanan toplam 75 gen içerir. Son kategoride, 10 genden 9'u diğer organizmaların seğirme hareketlerinden sorumludur. ASxL5T genomu, halofillerden beklendiği gibi ozmotik strese20 karşı koruyucu tepkiye katılan tam bir tetrahidropirimidin biyosentetik yolu içerir. Genom ayrıca riboflavin sentez yolları da dahil olmak üzere kofaktörler ve vitaminler için birçok tam yol içerir. ASxL5T'de alkan 1-monooksijenaz (alkB2) geni mevcut olmasına rağmen hidrokarbon kullanım yolu tam değildir. ASxL5T'nin genom dizisinde, T. oleiverans MIL-1T21'deki hidrokarbonların bozunmasından esas olarak sorumlu olarak tanımlanan TOL_2658 (alkB) ve TOL_2772 (alkol dehidrojenaz) gibi genlerin homologları açıkça yoktur. Şekil 3B, ASxL5T ve Zeytinyağı MIL-1T arasındaki COG kategorisindeki gen dağılımının karşılaştırmasını göstermektedir. Genel olarak, daha küçük ASxL5T genomu, daha büyük ilgili genomla karşılaştırıldığında her bir COG kategorisinden orantılı olarak daha az gen içerir. Her fonksiyonel kategorideki genlerin sayısı genomun yüzdesi olarak ifade edildiğinde, daha büyük ASxL5T'yi oluşturan çeviri, ribozomal yapı ve biyogenez kategorileri ile enerji üretimi ve dönüşüm fonksiyonu kategorilerindeki genlerin yüzdesinde farklılıklar not edilir. genom Yüzde, T. oleiverans MIL-1T genomunda bulunan aynı grupla karşılaştırılır. Bunun aksine, ASxL5T genomuyla karşılaştırıldığında T. oleivorans MIL-1T, replikasyon, rekombinasyon ve onarım ve transkripsiyon kategorilerinde daha yüksek oranda gen içerir. İlginç bir şekilde, iki genomun her bir fonksiyonel kategorisinin içeriğindeki en büyük fark, ASxL5T'de bulunan bilinmeyen genlerin sayısıdır (Şekil 3B). KEGG modüllerinin bir zenginleştirme analizi gerçekleştirildi; burada her KEGG modülü, genom dizisi verilerinin ek açıklaması ve biyolojik olarak yorumlanması için manuel olarak tanımlanmış bir dizi fonksiyonel birimi temsil eder. ASxL5T ve zeytin MIL-1T'nin tam KOG modülü yolundaki gen dağılımının karşılaştırılması Şekil 3C'de gösterilmektedir. Bu analiz, ASxL5T'nin tam bir kükürt ve nitrojen metabolik yoluna sahip olmasına rağmen T. oleiverans MIL-1T'nin olmadığını göstermektedir. Buna karşılık, T. oleiverans MIL-1T'nin tam bir sistein ve metionin metabolik yolu vardır, ancak ASxL5T'de eksiktir. Bu nedenle ASxL5T, sülfat asimilasyonu için karakteristik bir modüle sahiptir (metabolik kapasite veya patojenite gibi fenotipik belirteçler olarak kullanılabilecek bir dizi gen olarak tanımlanır; https://www.genome.jp/kegg/module.html). oleiverans MIL-1T. ASxL5T'nin gen içeriğini yırtıcı bir yaşam tarzını öneren genlerin listesiyle karşılaştırmak sonuçsuzdur. Çekirdeğe O antijeni polisakarit ile ilişkili ligazı kodlayan waaL geni ASxL5T genomunda mevcut olmasına rağmen (ancak birçok Gram-negatif bakteride yaygındır), triptofan 2,3-dioksijenaz (TDO) Genleri 60 amino asit içerebilir. yırtıcı bakterilerde yaygın olarak bulunan ve mevcut olmayan asit bölgeleri. ASxL5T genomunda, mevalonat yolundaki izoprenoid biyosentezinde yer alan enzimleri kodlayanlar da dahil olmak üzere başka yırtıcı karakteristik gen yoktur. İncelenen yırtıcı grupta transkripsiyonel düzenleyici gen gntR'nin bulunmadığını, ancak ASxL5T'de üç gntR benzeri genin tanımlanabileceğini unutmayın.
ASxL5T'nin fenotipik özellikleri Tablo 3'te özetlenmiştir ve literatürde bildirilen ilgili cins 23, 24, 25, 26 ve 27'nin fenotipik özellikleriyle karşılaştırılmıştır. T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ve Oceanobacter kriegii'den elde edilen izolatlar aktif, tuza toleranslı, oksidaz pozitif çubuk şekilli gövdelerdir ancak ASxL5T ile neredeyse hiçbir başka fenotipik özelliğe sahip değildir. Okyanusun ortalama pH'ı 8,1'dir (https://ocean.si.edu/ocean-life/invertebrates/ocean-acidification#section_77), bu da T. marinus, T. olevorans, B. sanyensis ve O. kriegii. ASxL5T, denizde yaşamayan türlere özgü daha geniş pH aralığı (4-9) için uygundur. Thalassolituus sp.'nin fenotipik özellikleri. C2-1. Bilinmiyor. ASxL5T'nin büyüme sıcaklığı aralığı genellikle deniz türlerininkinden daha geniştir (4–42 °C), ancak T. marinus izolatlarının tamamı olmasa da bazıları ısıya dayanıklıdır. ASxL5T'nin et suyu ortamında yetiştirilememesi, daha fazla fenotipik karakterizasyonu engelledi. BA plakasından kazınan malzemeleri test etmek için API 20E kullanın, ONPG, arginin dihidrolaz, lizin dekarboksilaz, ornitin dekarboksilaz, sitrat kullanımı, üreaz, triptofan deaminaz, jelatin hidroliz Enzimi, test sonuçlarının tümü negatifti, ancak indol, asetoin ve H2S yoktu üretildi. Fermente edilmemiş karbonhidratlar şunları içerir: glikoz, mannoz, inositol, sorbitol, ramnoz, sakaroz, melibiyoz, amigdalin ve arabinoz. Yayınlanmış ilgili referans suşlarla karşılaştırıldığında ASxL5T suşunun hücresel yağ asidi profili Tablo 4'te gösterilmektedir. Ana hücresel yağ asitleri C16:1ω6c ve/veya C16:1ω7c, C16:0 ve C18:1ω9'dur. Hidroksi yağ asitleri C12:0 3-OH ve C10:0 3-OH da mevcuttur. ASxL5T'deki C16:0 oranı ilgili cinslerin bildirilen değerinden daha yüksektir. Bunun aksine, bildirilen T. marinus IMCC1826TT ile karşılaştırıldığında, ASxL5T'de C18:1ω7c ve/veya C18:1ω6c oranı azalır. oleivorans MIL-1T ve O. kriegii DSM 6294T, ancak B. sanyensis KCTC 32220T'de tespit edilmedi. ASxL5T ve ASxLS'nin yağ asidi profillerinin karşılaştırılması, iki suş arasındaki bireysel yağ asitlerinin miktarında, aynı türün genomik DNA sekansıyla tutarlı olan ince farkları ortaya çıkardı. Sudan siyah testi kullanılarak hiçbir poli-3-hidroksibutirat (PHB) partikülü tespit edilmedi.
Av aralığını belirlemek için ASxL5T bakterilerinin avlanma aktivitesi araştırıldı. Bu bakteri, Campylobacter suis 11608T, Campylobacter jejuni PT14, Campylobacter jejuni 12662, Campylobacter jejuni NCTC 11168T; Escherichia coli NCTC 12667; C. helveticus NCTC 12472; C lari NCTC 11458 ve C. upsaliensis NCTC 11541T. Daha geniş bir Gram-negatif ve Gram-pozitif bakteri aralığını test etmek için yöntemin konakçı aralığı belirleme bölümünde listelenen kültürleri kullanın. Sonuçlar ASxL5T'nin Escherichia coli NCTC 86 ve Citrobacter freundii NCTC 9750T'de de kullanılabileceğini göstermektedir. Klebsiella oxytoca 11466 üzerinde oluşan plaklar. E. coli NCTC 86 ile TEM etkileşimi Şekil 4A-D'de gösterilmektedir ve Campylobacter jejuni PT14 ve Campylobacter suis S12 ile etkileşim Şekil 4E-H ortada gösterilmektedir. Saldırı mekanizması, test edilen av türleri arasında farklı görünüyor; her bir ASxL5T hücresine bir veya daha fazla E. coli hücresi bağlanıyor ve adsorpsiyondan önce genişlemiş hücre boyunca yanal olarak konumlanıyor. Buna karşılık, ASxL5T'nin Campylobacter'e tek bir temas noktası yoluyla, genellikle yırtıcı hücrenin tepe noktasıyla temas halinde ve Campylobacter hücresinin tepe noktasına yakın bir yerde bağlandığı görülmektedir (Şekil 4H).
ASx5LT ile av arasındaki etkileşimi gösteren TEM: (AD) ve E. coli avı; (EH) ve C. jejuni avı. (A) Tek bir E. coli (EC) hücresine bağlı tipik bir ASx5LT hücresi; (B) Tek bir EC hücresine bağlı filamentli bir ASx5LT; (C) Birden fazla EC hücresine bağlı filamentli bir ASx5LT hücresi; (D) Tek bir E. coli (EC) hücresine bağlanma Daha küçük ASx5LT hücreleri; (E) bir Campylobacter jejuni (CJ) hücresine bağlı tek bir ASx5LT hücresi; (F) ASx5LT, C. hyointestinalis (CH) hücrelerine saldırır; (G) iki Bir ASx5LT hücresi bir CJ hücresine saldırdı; (H) CJ hücresinin tepesine yakın (bar 0,2 μm) ASx5LT bağlantı noktasının yakından görünümü. Çubuk (A-G)'de 1 μm'yi temsil eder.
Yırtıcı bakteriler, bol miktardaki av kaynaklarından yararlanmak üzere evrimleşmişlerdir. Açıkçası, birçok farklı ortamda yaygın olarak mevcutlar. Popülasyon üyelerinin boyutunun dar olması nedeniyle, faj ayırma yöntemini kullanarak ASxL5T bakterilerini bulamaçtan izole etmek mümkündür. Organizmanın tuza toleranslı olmasına ve %5 tuz içeren bir ortamda büyüyebilmesine rağmen, ASxL5T'nin okyanus bakterilerinin oceanospirilaceae familyasının üyeleriyle genomik ilişkisi şaşırtıcıdır. Bulamacın su kalitesi analizi, sodyum klorür içeriğinin %0,1'den az olduğunu gösterdi. Bu nedenle çamur hem coğrafi hem de kimyasal olarak deniz ortamından uzaktır. Aynı kaynaktan birbiriyle ilişkili ancak farklı üç izolatın varlığı, bu avcıların deniz dışı ortamda geliştiklerine dair kanıt sağlıyor. Ek olarak, mikrobiyom analizi (veri dosyaları https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB38990 adresinde mevcuttur) aynı 16S rRNA gen dizisinin en bol bulunan ilk 50 operasyonel taksonda (OTU) bulunduğunu gösterdi. ) Çamurun birkaç örnekleme aralığında. Genbank veri tabanında, ASxL5T bakterilerine benzer 16S rRNA gen sekanslarına sahip birçok kültürlenmemiş bakteri bulundu. Bu diziler, ASxL5T, ASxS5 ve ASxO5 dizileriyle birlikte Thalassolituus ve Oceanobacter'den ayrılmış farklı dalları temsil ediyor gibi görünmektedir (Şekil 2). 2009 yılında Güney Afrika altın madeninde 1,3 kilometre derinlikteki çatlak suyundan üç tür kültürlenmemiş bakteri (GQ921362, GQ921357 ve GQ921396) izole edilmiş, diğer ikisi (DQ256320 ve DQ337006) ise yeraltı sularından (yine Güney Afrika'da) izole edilmiştir. 2005 yılında). ASxL5T ile en yakından ilişkili olan 16S rRNA gen dizisi, 2006 yılında kuzey Fransa'nın sahillerinden elde edilen kumlu çökeltilerin zenginleştirme kültüründen elde edilen 16S rRNA gen dizisinin bir parçasıdır (erişim numarası AM29240828). Kültürlenmemiş bakteri HQ183822.1'den yakından ilişkili bir başka 16S rRNA gen dizisi, Çin'deki belediyeye ait bir çöplükten sızan bir toplama tankından elde edildi. Açıkçası, ASxL5T bakterileri taksonomik veritabanlarında yüksek oranda temsili değildir, ancak kültürlenmemiş bakterilerden elde edilen bu dizilerin, genellikle zorlu ortamlarda tüm dünyaya dağıtılan ASxL5T'ye benzer organizmaları temsil etmesi muhtemeldir. Tüm genom filogenetik analizine göre ASxL5T'ye en yakın akraba Thalassolituus sp. C2-1, T. marinus, T. oleivorans. Ve O. kriegii 23, 24, 25, 26, 27. Thalassolituus, deniz ve kara ortamlarında yaygın olarak bulunan ve genellikle hidrokarbon kirliliği olaylarından sonra baskın hale gelen deniz zorunlu hidrokarbon parçalanma bakterisinin (OHCB) bir üyesidir30,31. Deniz bakterileri OHCB grubunun üyesi değildir ancak deniz ortamından izole edilmiştir.
Fenotipik veriler, ASxL5T'nin yeni bir tür olduğunu ve deniz spirospiraceae familyasında daha önce tanınmayan bir cinsin üyesi olduğunu göstermektedir. Yeni izole edilen suşları yeni bir cinse sınıflandırmaya yönelik net bir standart şu anda mevcut değildir. Örneğin, koruyucu bir proteinin (POCP) genomunun yüzdesine dayalı olarak evrensel cins sınırlarını belirlemek için girişimlerde bulunulmuştur; kesme değerinin referans suş33 ile %50 aynı olması tavsiye edilir. Diğerleri, eksik genomlardan elde edilebilmeleri nedeniyle POCP'ye göre avantajları olan AAI değerlerinin kullanılmasını önermektedir34. Yazar, model türün model türüyle karşılaştırıldığında AAI değerinin %74'ten az olması durumunda türün farklı bir cinsi temsil ettiğine inanmaktadır. Deniz spirilaceae familyasındaki model cins, deniz spirillumudur ve model suş, O. linum ATCC 11336T'dir. ASxL5T ile O. linum ATCC 11336T arasındaki AAI değeri %54,34 olup, ASxL5T ile T. oleivorans MIL-1T (cins tipi suşlar) arasındaki AAI değeri %67,61 olup, ASxL5T'nin Thalassolituus'tan farklı yeni bir cinsi temsil ettiğini göstermektedir. Sınıflandırma standardı olarak 16S rRNA gen dizisi kullanıldığında, önerilen cins sınırlama sınırı %94,5'tir35. ASxL5T, T. oleivorans MIL-1T ile %95,03 ve %96,17 16S rRNA sekansı özdeşliği gösteren Thalassolituus cinsine yerleştirilebilir. marinus IMCC1826T. Ancak aynı zamanda B. sanyensis NV9 ile %94,64 16S rRNA gen özdeşliğine sahip olan Bacteroides cinsine de yerleştirilecektir, bu da 16S rRNA geni gibi tek bir genin kullanımının keyfi sınıflandırma ve atamaya yol açabileceğini göstermektedir. Önerilen başka bir yöntem, mevcut cinslerin tüm türlerinden ve tür dışı türlerinden veri noktalarının kümelenmesini incelemek için ANI ve Genom Hizalama Puanını (AF) kullanır. Yazar, cins sınırının, analiz edilen taksonlara özgü tahmin edilen cinsin dönüm noktasıyla birleştirilmesini önermektedir. Ancak Thalassolituus izolatlarından yeterli sayıda tam genom dizisi yoksa ASxL5T'nin Thalassolituus cinsine ait olup olmadığını bu yöntemle belirlemek imkansızdır. Analiz için tam genom dizilerinin sınırlı mevcudiyeti nedeniyle, genom filogenetik ağacının tamamı dikkatle yorumlanmalıdır. İkinci olarak, tüm genom karşılaştırma yöntemleri, karşılaştırılan genomların boyutlarındaki önemli farklılıkları hesaba katamaz. İlgili cinsler arasındaki korunmuş çekirdek tek kopyalı genlerin benzerliğini ölçtüler, ancak ASxL5T'nin çok daha küçük genomunda bulunmayan çok sayıda genleri hesaba katmadılar. Açıkçası, ASxL5T ve Thalassolituus, Oceanobacter ve Bacterioplanes'i içeren grupların ortak bir ataları var, ancak evrim farklı bir yol izledi ve genomda yırtıcı bir yaşam tarzına uyum sağlayabilecek bir azalmaya yol açtı. Bu, %28 daha büyük olan ve farklı çevresel baskılar altında hidrokarbonları kullanmak üzere gelişen T. oleivorans MIL-1T'nin tersidir23,30. Rickettsia, Chlamydia ve Buchnera gibi zorunlu hücre içi parazitler ve ortakyaşarlar ile ilginç bir karşılaştırma yapılabilir. Genom boyutları yaklaşık 1 Mb'dır. Konakçı hücre metabolitlerini kullanma yeteneği gen kaybına yol açar, dolayısıyla önemli evrimsel genomik bozulma yaşanır. Denizdeki kimyasal besin organizmalarından yırtıcı yaşam tarzlarına doğru evrimsel değişiklikler, genom boyutunda benzer bir azalmaya neden olabilir. COG ve KEGG analizi, belirli işlevler için kullanılan genlerin sayısını ve ASxL5T ile T. oleivorans MIL-1T arasındaki genomik yollardaki küresel farklılıkları vurgulamaktadır; bu farklılıklar, mobil genetik elemanların yaygın olarak bulunmasından kaynaklanmamaktadır. ASxL5T'nin tüm genomunun G+C oranı farkı %56,1, T. oleivorans MIL-1T'ninki ise %46,6'dır, bu da onun segregasyona uğradığını gösterir.
ASxL5T genomunun kodlama içeriğinin incelenmesi, fenotipik özelliklere ilişkin işlevsel bilgiler sağlar. Tip IV fimbriaları (Tfp) kodlayan genlerin varlığı özellikle ilgi çekicidir çünkü bunlar, yüzeyde flagella olmadan sosyal kayma veya kasılma adı verilen hücre hareketini teşvik ederler. Raporlara göre Tfp'nin avlanma, patogenez, biyofilm oluşumu, doğal DNA alımı, otomatik hücre toplanması ve gelişimi dahil olmak üzere başka işlevleri de vardır38. ASxL5T genomu, diguanilat siklaz'ı (2 guanozin trifosfatın guanozin 2 fosfat ve siklik diGMP'ye dönüşümünü katalize eden bir enzim) kodlayan 18 gen ve karşılık gelen diguanilat siklaz fosfat diguanilatı kodlayan 6 gen içerir. Esteraz geni (siklik di-GMP'nin guanozin monofosfata bozunmasını katalize eder) ilginçtir çünkü sikl-di-GMP, süreçte biyofilm gelişimi ve ayrılması, hareket, hücre bağlanması ve virülans39, 40 ile ilgili önemli bir ikinci habercidir. Ayrıca Bdellovibrio bacteriovorus'ta döngüsel çift GMP'nin özgür yaşam ile yırtıcı yaşam tarzı41 arasındaki geçişi kontrol ettiği gösterilmiştir.
Yırtıcı bakteriler üzerine yapılan araştırmaların çoğu Bdellovibrio, Bdellovibrio benzeri organizmalar ve Myxococcus türlerine odaklanmıştır. Yırtıcı bakterilerin bu ve bilinen diğer örnekleri çok çeşitli bir grup oluşturur. Bu çeşitliliğe rağmen, bilinen 11 yırtıcı bakterinin fenotiplerini yansıtan bir dizi karakteristik protein ailesi tanımlanmıştır3,22. Bununla birlikte, yalnızca Gram-negatif bakterilerde özellikle yaygın olan O antijen ligazı (waaL) kodlayan genler tanımlanmıştır. Bu analiz biçimi ASxL5T'nin yırtıcı olarak tanımlanmasına yardımcı olmuyor, çünkü muhtemelen yeni bir saldırı stratejisi kullanıyor. Daha çeşitli yırtıcı bakteri genomlarının mevcudiyeti, grup üyeleri arasındaki işlevsel ve çevresel farklılıkların kanıtlarını dikkate alan daha hassas çözümleme analizlerinin geliştirilmesine yardımcı olacaktır. Bu analize dahil edilmeyen yırtıcı bakteri örnekleri arasında Cupriavidus necator42 ve Bradymonabacteria43 üyeleri yer alır, çünkü araştırmacılar farklı mikrobiyal toplulukları araştırdıkça daha fazla yırtıcı takson ortaya çıkar.
TEM görüntüsüyle yakalanan ASxL5T bakterilerinin en dikkat çekici özelliği, av bakterilerle etkileşimi teşvik edebilen benzersiz ve esnek morfolojisidir. Gözlemlenen etkileşimin türü diğer yırtıcı bakterilerden farklıdır ve daha önce keşfedilmemiş veya bildirilmemiştir. Önerilen ASxL5T yırtıcı yaşam döngüsü Şekil 5'te gösterilmektedir. Literatürde burada bildirdiğimiz gibi benzer apikal yapılara sahip birkaç örnek vardır, ancak bu örnekler arasında ara sıra tepe noktası genişlemesi olan bir deniz spirillum bakterisi olan Terasakiispira papahanaumokuakeensis44 ve Alphaproteobakteriler, Terasakiella pusilla yer alır. Eskiden Oceanospirillum cinsine ait olan, sözde "kutup filmi" sergileniyor 45. Cocci formları eski kültürlerde, özellikle de bozulmuş bir durumu temsil edebilen Vibrio, Campylobacter ve Helicobacter 46, 47, 48 gibi kavisli formlara sahip bakteriler için sıklıkla görülür. ASxL5T bakterilerinin kesin yaşam döngüsünü açıklığa kavuşturmak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. Nasıl yakalayıp avladığını ve genomunun tıbbi veya biyoteknolojik amaçlarla kullanılabilecek biyolojik olarak aktif bileşikleri kodlayıp kodlamadığını belirlemek.
Venatorbacter gen'in tanımı. November Venatorbacter (Ven.a.tor, ba'c.ter, L., L. n. venator, 'avcı' ve Gr. n. bacter, 'bir çubuk'tan oluşan venatörlerden oluşur. Venatorbacter, 'bir av çubuğu' Hücreler aerobiktir, tuza dayanıklıdır, kavisli Gram boyası negatiftir, katalaz ve oksidaz aktivitesi pozitiftir. 4 ila sıcaklık aralığında birikmez. 42 °C Batık. 4-9 pH aralığı alışılmadık bir durumdur. Deniz salyangozlarının çoğu asidik pH'a toleranssızdır. Ana yağ asitleri C16:1ω6c ve/veya C16:1ω7c, C16:0 ve C18:1ω9'dur. :0 3-OH ve C10:0 3-OH, hidroksi yağ asitleri olarak bulunur. Et suyu ortamında üremezler. G+C içeriği %56,1 mol'dür. Bu cinsin üyeleri Campylobacter'e karşı direnç gösterir ve Enterobacteriaceae familyası üyelerinin yırtıcı davranışları bu cinsin filogenetik konumu içindedir.
Venatorbacter cucullus sp.'nin tanımı Kasım Venatorbacter cucullus (cu'cull.us.; L. n. cucullus, kaporta anlamına gelir).
Ayrıca bu cinsin tanımlayıcı özelliği, BA veya BHI üzerinde büyütüldüğünde hücrelerin 1,63 µm uzunluğunda ve 0,37 µm genişliğinde olmasıdır. BHI agardaki koloniler çok küçüktür ve 72 saat sonra çapı 2 mm'ye ulaşır. Bej, yarı saydam, yuvarlak, dışbükey ve parlaktırlar. Bu türün üyeleri Escherichia coli ve Klebsiella'yı kullanabilir. Campylobacter ve diğer bazı Gram-negatif bakteriler av görevi görür.
Tipik ASxL5T suşu, Nottinghamshire, Birleşik Krallık'ta sığır sütünden izole edildi ve Ulusal Tip Kültür Koleksiyonunda (Birleşik Krallık) saklandı: erişim numarası NCTC 14397 ve Hollanda Bakteri Kültürü Koleksiyonu (NCCB) erişim numarası NCCB 100775. ASxL5T'nin tam genom dizisi CP046056 ekine göre Genbank'a yatırılmıştır.
ASxL5T bakterileri faj izolasyon teknolojisi9,49 kullanılarak sığır sütünden izole edildi. Bulamaç, SM tamponu (50 mM Tris-HCl [pH 7.5], 0.1 M NaCl, 8 mM MgS04.7H2O ve %0.01 jelatin; Sigma Aldrich, Gillingham, UK) içerisinde 1:9 (ağırlık/hacim) oranında seyreltildi, Daha sonra inkübe edildi. 24 saat boyunca 4°C'de, avcıları tampona taşımak için yavaşça döndürülür. Süspansiyon 3000 g'de 3 dakika boyunca santrifüjlendi. Süpernatan toplandı ve 5 dakika boyunca ikinci kez 13.000 g'de santrifüjlendi. Daha sonra süpernatan, kalan bakteri hücrelerini çıkarmak için 0,45 um'lik bir membran filtreden (Minisart; Sartorius, Göttingen, Almanya) ve 0,2 um'lik bir membran filtreden (Minisart) geçirildi. ASxL5T bu filtreleri geçebilir. Aynı bulamaçtan Campylobacter enterosus S12'nin (NCBI erişim numarası CP040464) yumuşak agar çimi standart teknikler kullanılarak hazırlandı. Filtrelenen bulamaç, bu konakçı hücre plakalarının her birine 10 ul damlacıklar halinde üç kopya halinde dağıtıldı ve kurumasına izin verildi. Plaka, mikroaerobik koşullar altında (%5 O2, %5 H2, %10 CO2 ve %80 N2) 48 saat boyunca 37°C'de bir mikroaerofilik tankta inkübe edildi. Elde edilen görünür plak SM tamponuna ekstre edildi ve parçalanmış organizmaların daha da çoğalması için C. hyointestinalis S12'nin taze çimine aktarıldı. Litik plağın nedeninin faj değil bakteri olduğu belirlendikten sonra, organizmayı konakçıdan bağımsız olarak büyütmeye çalışın ve onu daha fazla karakterize edin. Aerobik kültür, %5 v/v defibrinlenmiş at kanı (TCS Biosciences Lt, Buckingham, UK, ek) ile 37 °C'de gerçekleştirildi. Ulusal Klinik Standartlar Komitesinin yönergelerine göre antibakteriyel duyarlılık testi için disk difüzyon yöntemi kullanılmaktadır. BHI agar, aerobik kültür için aşağıdaki antibiyotikleri (Oxoid) içeren bir disk kullanılarak 37 °C'de kültürlendi: amoksisilin ve klavulanik asit 30 µg; sefotaksim 30 µg; streptomisin 10 µg; siprofloksasin 5 µg; Seftazidime 30 µg Nalidiksik asit 30 µg; İmipenem 10 µg; Azitromisin 15 µg; Kloramfenikol 30 µg; Sefoksitin 30 ug; Tetrasiklin 30 µg; Nitrofurantoin 300 µg; Aztreonam 30 ug; Ampisilin 10 ug; Sefpodoksim 10 µg; Trimetoprim-Sülfametoksazol 25 µg. Tuz toleransı, 37 °C'de BHI agar plakaları üzerinde aerobik inkübasyonla belirlendi. Ağ/hac %10'a kadar bir konsantrasyon aralığı sağlamak için BHI agar plakalarına ilave NaCl eklendi. pH aralığı, 37°C'de BHI agar plakaları üzerinde aerobik kültür ile belirlenir; burada pH aralığı, steril HCl veya steril NaOH ile 4 ila 9 arasına ayarlanmıştır ve hedef pH değeri, plakayı dökmeden önce doğrulanır. Hücresel yağ asidi analizi için ASxL5T, BHI agarda 3 gün boyunca ve 37 °C'de aerobik olarak kültürlendi. FERA Science Ltd'nin (York, Birleşik Krallık) MIDI (Sherlock Mikrobiyal Tanımlama Sistemi, versiyon 6.10) standart protokolüne göre hücre yağ asitleri ekstrakte edildi, hazırlandı ve analiz edildi.
TEM için, ASxL5T, 24 saat boyunca 37°C'de BA üzerinde eşit bir şekilde yayılarak aerobik olarak kültürlendi ve daha sonra 1 saat boyunca oda sıcaklığında Fix'te 0,1 M kakodilat tamponu içerisinde 1 ml %3 (h/h) glutaraldehit içerisinde toplandı, ardından santrifüj edildi 10.000 g'de 3 dakika süreyle. Daha sonra peleti 600 ul 0,1 M kakodilat tamponunda yavaşça yeniden süspanse edin. Sabit ASxL5T süspansiyonunu 200 gözenekli bakır ızgara üzerindeki Formvar/karbon filme aktarın. Bakteriler 1 dakika boyunca %0,5 (a/h) uranil asetat ile boyandı ve TEI Tecnai G2 12 Biotwin mikroskobu kullanılarak TEM ile incelendi. Yukarıda bahsedildiği gibi, aynı sayıda av ve yırtıcıyı NZCYM sıvı besiyerinde (BD Difco™, Fisher Scientific UK Ltd, Loughborough) birleştirin ve 37°C'de Campylobacter veya Campylobacter'in mikroaerobik koşulları altında 48 saat boyunca inkübe edin. Yırtıcı hayvan ve avın etkileşimi TEM'de de inceleme yapıldı. Escherichia coli için aerobik koşullar. Yırtıcılığa bağlı olarak hücre morfolojisinde herhangi bir değişiklik olup olmadığını belirlemek için avı ve yırtıcı bakterileri bağımsız olarak inceleyin. PHB birikiminin optik mikroskopisi için Sudan siyahı yöntemi kullanıldı.
Büyümeyi BHI veya BA plakalarına steril bir bezle bulaştırarak ASxL5T gece kültürlerini büyütün. ASxL5T hücrelerini toplayın ve onları MRD'de (CM0733, Oxoid) süspanse edin ve ardından hücreleri aç bırakmak için 7 gün boyunca 4°C'ye yerleştirin. NCTC referansı veya laboratuvar stok bakteri kültürü, BHI et suyuna veya No. 2 besin et suyuna (CM007, Oxoid) aşılandı, gece boyunca inkübe edildi, 13.000 g'de santrifüjlendi ve OD600 0,4 olana kadar MRD içinde yeniden süspanse edildi. Kültür: Bacillus subtilis NCTC 3610T, Citrobacter freundii NCTC 9750T, Enterobacter aerogenes NCTC 10006T, Enterococcus faecalis NCTC 775T, Escherichia coli NCTC 86, Klebsiella oxytoca 11466, Leuconostoc NCTC 10817, Listeria Özel bakteriler NCTC 4885, Bacillus macerans NCTC 6355T, Providencia stuartsii NCTC 10318, Pseudomonas fluorescens SMDL, Rhodococcus denizaltı hamburgeri NCTC 1621T, Salmonella bağırsak bakterisi Mondeville NCTC 5747, müsilaj NCTC 10861, Staphylococcus aureus NCTC 8532T, Streptococcus pneumoniae NCTC 7465T, Yersinia enterocolitica NCTC 10460. Campylobacter konakçısı, 37°C'de BA plakaları üzerinde mikroaerobik olarak inkübe edildi ve NZCYM sıvı besiyerinde süspanse edildi. Test edilen Campylobacter konakçıları şunlardır: C. coli 12667 NCTC, C. jejuni 12662, C. jejuni PT14, C. jejuni NCTC 11168T, C. helveticus NCTC 12472, C. lari NCTC 11458, C. lari NCTC 11458, C. jejuni PT14 , C... Hücreleri MRD'de toplayın, 13.000 g'de santrifüjleyin ve OD600 0,4 olana kadar MRD'de yeniden süspanse edin. 5 ml eritilmiş NZCYM üst agara (%0,6 agar) 0,5 ml süspansiyondan bir kısım ekleyin ve bunu %1,2 NZCYM alt plaka üzerine dökün. Sertleştirme ve kurutmanın ardından seri olarak seyreltilmiş ASxL5T, her çim tahtasına üç kopya halinde 20 ul damlacıklar halinde dağıtıldı. Kültür sıcaklığı ve atmosferi test bakterilerinin gereksinimlerine bağlıdır.
Bakteriyel izolatlardan DNA hazırlamak için GenElute™ Bakteriyel Genomik DNA Kitini (Sigma Aldridge) kullanın. 16S rRNA geninin PCR amplifikasyonu ve boya sonlandırma kimyası (Eurofins Value Read Service, Almanya) kullanılarak ürün dizisinin belirlenmesi için standart yöntemler kullanıldı. Yakından ilişkili türleri tanımlamak ve toplamak amacıyla bu dizileri diğer 16S rRNA gen dizileriyle karşılaştırmak için BLAST-N programını kullanın. Bunlar MEGA X programında ClustalW kullanılarak hizalanır. Filogenetik ağaç, 1000 kılavuzlu kopya54 ile Tamura-Nei modelini temel alan maksimum olasılık yöntemi kullanılarak MEGA X kullanılarak yeniden yapılandırıldı. Tam genom dizilimi için DNA çıkarmak amacıyla PureLink™ Genomik DNA Kitini (Fisher Scientific, Loughborough, Birleşik Krallık) kullanın. ASxL5T'nin genom dizisi, Nextera etiketleme kiti kullanılarak hazırlanan bir kütüphaneden oluşan 250 bp çift uçlu okumalardan ve PacBio platformundan 2 ila 20 kb uzunluğunda okumalardan oluşan Illumina MiSeq kombinasyonu kullanılarak belirlendi. Sembia Üniversitesi'ndeki Genomik DNA Dizileme Araştırma Tesisi. Genom, CLC Genomics Workbench 12.0.3 (Qiagen, Aarhus, Danimarka) kullanılarak birleştirildi. ASxL5T kültürleri, Ulusal Tip Kültür Koleksiyonu'nda (Birleşik Krallık) ve Hollanda Bakteri Kültürü Koleksiyonu'nda (NCCB) saklanmaktadır. Karşılaştırma için kullanılan ilgili organizmaların genomları şunlardır: Thalassolituus oleivorans MIL-1T (erişim numarası HF680312, tam); Bacterioplanes sanyensis KCTC 32220T (erişim numarası BMYY01000001, eksik); Oceanobacter kriegii DSM 6294T (erişim numarası NZ_AUGV00000000, eksik); Marinamonas topluluğu DSM 5604T (ASM436330v1 eklendi, tamamlanmamış), Oceanospirullum linum ATCC 11336T (MTSD02000001 eklendi, tamamlanmamış) ve Thalassolituus sp. C2-1 (NZ_VNIL01000001'i ekleyin, eksik). Hizalama puanını (AF) ve ortalama nükleik asit kimliğini (ANI) belirlemek için https://img.jgi.doe.gov//cgi-bin/mer/main.cgi?section=ANI&page= adresindeki JGI Genom Portalı36'yı kullanın. Çiftler halinde. Amino asit kimliğini (AAI) belirlemek için Rodriguez-R & Konstantinidis55'in yöntemi kullanıldı. Tahmini maksimum olasılıklı filogenetik ağaç oluşturmak için GToTree 1.5.5411,12,13,14,15,16,17,18'i kullanın. Mevcut referans genomunu temsil eden girdi genomu, 16S rRNA filogenisinden ASxL5T ile ilişkili olduğu tanımlanan referans cinslerden seçilir. Etkileşimli çevrimiçi hayat ağacı aracını (https://itol.embl.de/) kullanarak ağaca açıklamalar eklendi. ASxL5T genomunun fonksiyonel açıklaması ve analizi, KEGG (Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi) modül zenginleştirme dağıtımı kullanılarak BlastKOALA KEGG çevrimiçi aracı kullanılarak gerçekleştirilir. COG kategorilerinin (ortolog gruplar) dağılımı, EggNOG-mapper çevrimiçi aracı kullanılarak belirlenir.
Pérez, J., Moraleda-Muñoz, A., Marcos-Torres, FJ ve Muñoz-Dorado, J. Bakteriyel yırtıcılık: 75 yıl ve devam ediyor! . çevre. mikroorganizma. 18, 766–779 (2016).
Linares-Otoya, L. vb. Peru kıyı şeridindeki yırtıcı bakterilerin çeşitliliği ve antibakteriyel potansiyeli. Mart uyuşturucuları. 15.E308. https://doi.org/10.3390/md15100308 (2017).
Pasternak, Z. ve ark. Genleri sayesinde onları anlayacaksınız: yırtıcı bakterilerin genomik özellikleri. ISME J.7, 756–769 (2013).
Sockett, RE Bakteriyofaj Bdellovibrio'nun yırtıcı yaşam tarzı. düzenlemek. Papaz mikropları. 63, 523–539 (2009).
Korp, J., Vela Gurovic, MS & Nett, M. Yırtıcı bakterilerden antibiyotikler. Beilstein J. Histochemistry 12, 594–607 (2016).
Johnke, J., Fraune, S., Bosch, TCG, Hentschel, U. & Schulenburg, H. Bdellovibrio ve benzer organizmalar, farklı konakçı popülasyonlarındaki mikrobiyom çeşitliliğinin belirleyicileridir. mikroorganizma. Ekoloji. 79, 252–257 (2020).
Vila, J., Moreno-Morales, J. ve Ballesté-Delpierre, C. Yeni antibakteriyel ajanların mevcut durumunu keşfedin. klinik. mikroorganizma. Bulaştırmak. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.09.015 (2019).
Hobley, L. ve diğerleri. Faj ve fajın ikili avlanması, E. coli avını tek bir avlanma olmadan yok edebilir. J. Bakteriler. 202, e00629-19. https://doi.org/10.1128/JB.00629-19 (2020).
El-Shibiny, A., Connerton, PL & Connerton, IF Serbest gezinen ve organik tavukların beslenme döngüsü sırasında izole edilen Campylobacter ve bakteriyofajların sayısı ve çeşitliliği. Uygulama ortamı. mikroorganizma. 71, 1259–1266 (2005).
Wilkinson, DA vb. Campylobacter domuzunun genomik taksonomisini ve epidemiyolojisini güncelleyin. bilim. Temsilci 8, 2393. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20889-x (2018).
Lee, MD GToTree: Sistem genomiği için kullanıcı dostu iş akışı. Biyoinformatik 35, 4162–4164 (2019).
Edgar, RC MUSCLE: Zaman ve uzay karmaşıklığını azaltan çoklu dizi hizalama yöntemi. BMC biyolojik bilgisi. 5, 113 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. TrimAl: Büyük ölçekli filogenetik analizde otomatik hizalama ve düzeltme için bir araç. Biyoinformatik 25, 1972–1973 (2009).
Hyatt, D., LoCascio, PF, Hauser, LJ & Uberbacher, EC geni ve metagenomik dizi çevirisi başlangıç ​​bölgesi tahmini. Biyoinformatik 28, 2223-2230 (2012).
Shen, W. & Xiong, J. TaxonKit: Platformlar arası ve etkili NCBI sınıflandırma araç seti. Biyo Rxiv. (1 Haziran 2021'de erişildi); https://www.biorxiv.org/content/10.1101/513523v1 (2019).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2-geniş hizalamaya sahip yaklaşık maksimum olabilirlik ağacı. PLoS One 5, e9490 (2010).
Tange, O. GNU Paralel. (1 Haziran 2021'de erişildi); https://zenodo.org/record/1146014#.YOHaiJhKiUk (2018).
Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi. Nükleik asit araştırması. 28, 27-30 (2000).
Çek Cumhuriyeti, L. vb. Ekstremolitlerin ektoin ve hidroksiektoinin stres koruyucuları ve besin maddeleri olarak rolü: genetik, sistem genomiği, biyokimya ve yapısal analiz. Gen (Basel). 9.E177. https://doi.org/10.3390/genes9040177 (2018).
Gregson, BH, Metodieva, G., Metodiev, MV, Golyshin, PN & McKew, BA Orta ve uzun zincirli alkanların büyümesi sırasında zorunlu deniz hidrokarbonunu parçalayan bakteri Thalassolituus oleivorans MIL-1'in büyümesi sırasında diferansiyel protein ifadesi. ön. mikroorganizma. 9, 3130 (2018).
Pasternak, Z., Ben Sasson, T., Cohen, Y., Segev, E. ve Jurkevitch, E. Fenotipe özgü göstergeleri tanımlamaya yönelik yeni bir karşılaştırmalı genomik yöntemi, yırtıcı bakteri markasındaki spesifik kalıtımı ortaya koymaktadır. Halk Bilimi Kütüphanesi Bir. 10.e0142933. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142933 (2015).
Yakimov, MM, vb. Thalassolituus oleivorans geni. Kasım, sp. Kasım, hidrokarbonların kullanımında uzmanlaşmış yeni bir deniz bakterisi türü. uluslararasılık. J. Sistem. evrim. mikroorganizma. 54, 141–148 (2004).
Wang, Y., Yu, M., Liu, Y., Yang, X. ve Zhang, XH Bacterioplanoides pacificum gen. Kasım, sp. Kasım ayında Güney Pasifik'te dolaşan deniz suyundan ayrıldı. uluslararasılık. J. Sistem. evrim. mikroorganizma. 66, 5010–5015 (2016).